home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ NetNews Usenet Archive 1993 #1 / NN_1993_1.iso / spool / bionet / software / 2368 < prev    next >
Encoding:
Internet Message Format  |  1993-01-05  |  6.7 KB
  1. Path: sparky!uunet!biosci!daresbury!daresbury!news
  2. From: PARSONS_A@snd01.pcr.co.uk
  3. Newsgroups: bionet.software
  4. Subject: GCG synchronisation problem
  5. Message-ID: <1993Jan5.093228.21154@gserv1.dl.ac.uk>
  6. Date: 5 Jan 93 09:33:09 GMT
  7. Sender: list-admin@daresbury.ac.uk
  8. Distribution: bionet
  9. Lines: 166
  10. Original-To: BIO-SOFT <BIO-SOFT@UK.AC.DARESBURY>
  11.  
  12. Happy New Year Neteers,
  13.  
  14. I have had no joy out of GCG on this one - anyone had anyexperience of this 
  15. particular error whilst using GCG and (a) what it might mean and (b) how it
  16. affects the quality of the results that I get?
  17.  
  18. Thanks in Advance,
  19.  
  20. Tony Parsons <<parsons_a@snd01.pcr.co.uk = Pfizer Central Research UK>>
  21.  
  22. Details.....
  23.  
  24. I was trying to search PIR using FASTA and got the following error :-
  25.  
  26.  *** ERROR in SQNext. Sequence reading is out of synchronization. 
  27.  
  28.  
  29. Any ideas what is going on?
  30.  
  31. Log file follows...
  32.  
  33. Tony Parsons - Pfizer central Research  (parsons_a@snd01.pcr.co.uk)
  34.  
  35. -------------------------  log of session  -----------------------------------
  36.  
  37.                          WELCOME TO GCG
  38.                       Sequence Analysis Software Package 
  39.                            Version 7.1,  March, 1992
  40.  
  41.          (c)1982, 1983, 1984, 1985, 1986, 1987, 1989, 1991, 1992
  42.               Genetics Computer Group, Inc.  All rights reserved.
  43.  
  44.          Published research assisted by this software should cite:
  45.   Devereux, Haeberli and Smithies (1984). A Comprehensive Set of Sequence 
  46.     Analysis Programs for the VAX. Nucleic Acids Research 12(1); 387-395 
  47.  
  48. Databases available: 
  49. GenBank            Release 73.0 (9/92)  PIR-Protein        Release 34.0 (10/92)
  50. EMBL (Modified)    Release 32.0 (9/92)  SwissProt          Release 23.0 ( 8/92)
  51. PIR-Nucleic        Release 36.0 (3/90)  Vecbase            Release  3.0 ( 8/87)
  52. PROSITE            Release  9.2 (9/92)  REBASE restriction enzymes 9210 (10/92)
  53.             MIPSX  34.0  (9/92)
  54.              Help is available with the command $ GenHelp
  55.  
  56. PROBLEMS WITH NEW SOFTWARE or DATABASES        email: PARSONS_A   tel - 6871
  57.  Running Fasta  using : 
  58. ...
  59. /INfile=ul08.gcg
  60. /BEGin=1
  61. /END=750
  62. /INfile2=p:*
  63. /WORd=2
  64. /LIStsize=40
  65. /OUTfile=Ul08.Fasta
  66. /Default
  67.  
  68.  
  69.  *** ERROR in SQNext. Sequence reading is out of synchronization. 
  70.  
  71.  
  72.  
  73.  
  74.  
  75. (Peptide) FASTA of: Ul08.Gcg  from: 1   to: 750  December 8, 1992  15:09
  76.  TO: p:*  Sequences:        223  Symbols:     30,658  Word Size: 2
  77.  
  78.  
  79. Score Init1 Initn
  80. <  2     0     0:
  81.    4     0     0:
  82.    6     0     0:
  83.    8     0     0:
  84.   10     0     0:
  85.   12     0     0:
  86.   14     0     0:
  87.   16     1     1:=
  88.   18     4     4:==
  89.   20    12    12:======
  90.   22    26    26:=============
  91.   24    21    21:===========
  92.   26    35    35:==================
  93.   28    30    30:===============
  94.   30    10    10:=====
  95.   32    44    43:======================
  96.   34     7     6:===-
  97.   36     4     2:=-
  98.   38    10     6:===--
  99.   40     7     3:==--
  100.   42     4     5:==+
  101.   44     2     2:=
  102.   46     1     1:=
  103.   48     5     6:===
  104.   50     0     2:+
  105.   52     0     1:+
  106.   54     0     1:+
  107.   56     0     1:+
  108.   58     0     0:
  109.   60     0     1:+
  110.   62     0     1:+
  111.   64     0     0:
  112.   66     0     1:+
  113.   68     0     1:+
  114.   70     0     0:
  115.   72     0     1:+
  116.   74     0     0:
  117.   76     0     0:
  118.   78     0     0:
  119.   80     0     0:
  120. > 80     0     0:
  121.  mean initn score:  23.8 (2.83)
  122.  mean init1 score:  23.8 (2.83)
  123.  
  124.  
  125. The best scores are:                            init1 initn opt
  126.  
  127. Pir1:Cbms  Cytochrome b - Mouse mitochondrion (SGC1)          39    72    40
  128. Pir1:Cbrt  Cytochrome b - Rat mitochondrion (SGC1)            39    68    40
  129. Pir1:Cbqfr  Cytochrome b - Rhodospirillum rubrum              39    66    41
  130. Pir1:Cbhu  Cytochrome b - Human mitochondrion (SGC1)          37    62    39
  131. Pir1:Wmrz17  Cytochrome b6-f complex 17K protein - Rice c...  44    59    66
  132. Pir1:O4hud1  Debrisoquine 4-hydroxylase (EC 1.14.14.-) cy...  37    55    37
  133. Pir1:Cbbo  Cytochrome b - Bovine mitochondrion (SGC1)         39    54    40
  134. Pir1:Wmlv17  Cytochrome b6-f complex 17K protein - Liverw...  37    52    57
  135. Pir1:Cbxl  Cytochrome b - African clawed frog mitochondri...  38    49    42
  136. Pir1:Ccqfct  Cytochrome c' - Rhodocyclus tenuis               35    49    35
  137. Pir1:Cbboc6  Cytochrome b-c1 complex, 6.4K protein - Bovine   36    48    41
  138. Pir1:Cblv55  Cytochrome b559 component E - Liverwort (Mar...  47    47    50
  139. Pir1:Cbobe  Cytochrome b - Evening primrose mitochondrion     47    47    61
  140. Pir1:Cbnt55  Cytochrome b559 component E - Common tobacco...  47    47    50
  141. Pir1:Cbrz55  Cytochrome b559 component E - Rice chloroplast   47    47    50
  142. Pir1:Cbvf  Cytochrome b - Fava bean mitochondrion             47    47    61
  143. Pir1:Wmnt17  Cytochrome b6-f complex 17K protein - Common...  45    45    67
  144. Pir1:Ccrfpp  Cytochrome c' - Rhodobacter capsulatus           33    43    33
  145. Pir1:Cclm  Cytochrome c - Pacific lamprey                     43    43    46
  146. Pir1:Cbutb  Cytochrome b - Trypanosoma brucei mitochondri...  32    42    42
  147. Pir1:Rdbyun  Ubiquinol--cytochrome-c reductase (EC 1.10.2...  42    42    42
  148. Pir1:Wmsp17  Cytochrome b6-f complex 17K protein - Spinac...  41    41    67
  149. Pir1:Cbyb55  Cytochrome b559 component psbE - Synechocyst...  41    41    48
  150. Pir1:O4psz  Denitrification system component nirT - Pseud...  41    41    51
  151. Pir1:Ccps5a  Cytochrome c551 - Pseudomonas aeruginosa         40    40    41
  152. Pir1:Cbrz  Cytochrome b - Rice mitochondrion                  39    39    41
  153. Pir1:Cbzm  Cytochrome b - Maize mitochondrion                 39    39    41
  154. Pir1:Ccps5f  Cytochrome c551 - Pseudomonas fluorescens bi...  38    38    49
  155. Pir1:Cbbo5  Cytochrome b5 - Bovine                            38    38    52
  156. Pir1:Ccps5d  Cytochrome c551 - Pseudomonas sp.                38    38    49
  157. Pir1:Ccbf6  Cytochrome c6 - Yellow-green alga (Bumillerio...  37    37    39
  158. Pir1:Ccps5s  Cytochrome c551 - Pseudomonas stutzeri (stra...  37    37    52
  159. Pir1:Ccps5b  Cytochrome c551 precursor - Pseudomonas stut...  37    37    47
  160. Pir1:Wmkl17  Cytochrome b6-f complex 17K protein - Chlore...  36    36    38
  161. Pir1:Cctw5t  Cytochrome c552 - Thermus aquaticus              36    36    36
  162. Pir1:Cblv6  Cytochrome b6 - Liverwort (Marchantia polymor...  34    34    36
  163. Pir1:Ccck  Cytochrome c - Yeast (Issatchenkia orientalis)     33    33    36
  164. Pir1:Ccus  Cytochrome c - Smut fungus (Ustilago sphaerogena)  33    33    34
  165. Pir1:Cceg  Cytochrome c - Euglena gracilis                    33    33    41
  166. Pir1:Cchq  Cytochrome c - Yeast (Hansenula anomala)           33    33    37
  167.  
  168. Aligning...
  169.  CPU time:  0:00:19
  170.  Output File: Ul08.Fasta
  171.   PARSONS_A    job terminated at  8-DEC-1992 15:13:16.77
  172.  
  173.   Accounting information:
  174.   Buffered I/O count:             457         Peak working set size:   12603
  175.   Direct I/O count:              1919         Peak page file size:     21702
  176.   Page faults:                  15293         Mounted volumes:             0
  177.   Charged CPU time:           0 00:00:29.73   Elapsed time:     0 00:05:30.12
  178.