home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ NetNews Usenet Archive 1993 #1 / NN_1993_1.iso / spool / bionet / software / 2359 next >
Encoding:
Text File  |  1993-01-04  |  1.5 KB  |  34 lines
  1. Newsgroups: bionet.software
  2. Path: sparky!uunet!usc!sdd.hp.com!think.com!yale.edu!ira.uka.de!chx400!bernina!neptune!gonnet
  3. From: gonnet@inf.ethz.ch (Gaston Gonnet)
  4. Subject: Re: Program to compare all members of a group of sequences
  5. Message-ID: <1993Jan4.102845.16334@neptune.inf.ethz.ch>
  6. Sender: news@neptune.inf.ethz.ch (Mr News)
  7. Nntp-Posting-Host: rutishauser-gw.inf.ethz.ch
  8. Organization: Dept. Informatik, Swiss Federal Institute of Technology (ETH), Zurich, CH
  9. References: <1992Dec30.051200.21456@tigger.jvnc.net>
  10. Date: Mon, 4 Jan 1993 10:28:45 GMT
  11. Lines: 21
  12.  
  13. In article <1992Dec30.051200.21456@tigger.jvnc.net> mrl775@tigger.jvnc.net writes:
  14. > Hello
  15. >
  16. >Does anyone know of a program that will take a set of sequences, and find
  17. >common local alignments (sort of like what blast and blast3 do, but with each
  18. >member of the set).  I am looking to define cofactor binding sites, and have a
  19. >list of sequences that all bind the cofactor, but have no good method of
  20. >comparing them all together (a multiple alignment doesnt work).  Any hints,
  21. >pointers, source, executables would be appreciated.
  22. ======================================================
  23. We compute multiple alignments based on local (all-against-all)
  24. alignments.  This may solve your problem.  You can try this by
  25. submitting a request to our automatic server.
  26.  
  27. Send a mail message to  cbrg@inf.ethz.ch  with the body
  28.  
  29. help AllAll
  30.  
  31. and you will receive a description on how to submit requests.
  32.  
  33. Gaston H. Gonnet, Informatik, Zurich
  34.