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/ NetNews Usenet Archive 1992 #31 / NN_1992_31.iso / spool / bionet / molbio / biomatr / 122 < prev    next >
Encoding:
Internet Message Format  |  1993-01-03  |  4.5 KB
  1. Path: sparky!uunet!stanford.edu!ames!saimiri.primate.wisc.edu!zaphod.mps.ohio-state.edu!menudo.uh.edu!davison
  2. From: davison@menudo.uh.edu (Dan Davison)
  3. Newsgroups: bionet.molbio.bio-matrix
  4. Subject: The Biomatrix: what it is
  5. Date: 3 Jan 1993 19:23:40 GMT
  6. Organization: University of Houston
  7. Lines: 93
  8. Distribution: bionet
  9. Message-ID: <1i7efsINN1hh@menudo.uh.edu>
  10. NNTP-Posting-Host: menudo.uh.edu
  11.  
  12. [This is a posting of a notice about the BIO-MATRIX project, its aims,
  13. and current activities. It appears irregularly.] 
  14.  
  15. BIO-MATRIX is not a database or a functional tool.   The concept's
  16. underpinnings are best described in the "Final Report of the Workshop
  17. on Matrix Biology".  I will summarize here my interpretation of
  18. the Matrix concept.
  19.  
  20. The Matrix of Biological Knowledge is a response to the way biologists
  21. reason about their systems.  Physicists have recourse to first
  22. principles and in the last 20 years we've seen implications of quantum
  23. mechanics on the cosmological scale.  The complexity of biological
  24. systems is such that it's going to be a *long* time before one can
  25. reason a Tetrahymena from first principles.  As each scientist thinks
  26. about their particular system, they consciously (and frequently
  27. unconsiously) reason about their system by analogy.  A striking
  28. example of this appeared on the cover of Science; the
  29. three-dimensional structure of _ras_ is essentially identical to one
  30. proposed a few years before, based on what was known about a property
  31. of _ras_, that it binds GTP.  By examining an already-determined
  32. tertiary structure of a GTP-binding protein, they were able to make an
  33. accurate prediction of what _ras_ would look like.
  34.  
  35.     The Matrix concept wants to organize biological knowledge so
  36. that the predictive power of models in different disciplines can be
  37. applied to a different, perhaps new, discipline.  Molecular biologists
  38. have been using such reasoning for years; but what does the hydra
  39. biologist know of the models in toxicology?  Are there any
  40. toxicological model systems that speak to a protist system?  I don't
  41. know the answer, and I doubt that anyone else does either.  
  42.  
  43.     The Matrix subsitutes reasoning by analogy for reasoning
  44. from first principles.  The proposal is to combine biological
  45. knowledge in three ways; (1) collect data into databases, and have the
  46. agencies that fund research get serious about the proper disposition
  47. of the knowledge they've been funding (such as requiring, as a
  48. condition of grant funding, any resulting data to be submitted to
  49. GenBank for nucleotide information; PIR for protein information; and
  50. Brookhaven for x-ray crystallographic information).  (2) organize the
  51. databases in such a way that access to them is transparent.  You tell
  52. your Macintosh that you want to know all about X; the program
  53. goes and calls MedLine, ToxLine, BRS, and whatever else...including
  54. databases that you may not know exist... and retrieves the information
  55. for you.  This is the knowledge base component of the Matrix (yes,
  56. highly simpilified).  (3) Tools to help get that information even if
  57. you don't know it's there; this is the Information Retrieval component
  58. of the Matrix.
  59.  
  60. Another view follows.
  61.  
  62.  
  63. -------------------------------------------------------------------
  64. Requests to be added to the direct-distribution mailing list should be
  65. sent to biosci@net.bio.net (BITNET: biosci%net.bio.net@CUNYVM) 
  66.  
  67.  
  68. Submissions for the list are always encouraged, and should be sent to
  69. BIO-MATRIX@net.BIO.NET (BITNET: BIO-MATRIX%net.BIO.NET@CUNYVM) or
  70. posted to the newsgroup bionet.molbio.bio-matrix.
  71.  
  72.  
  73. The Gene-Server at the University of Houston is an archive server
  74. containing Matrix information.  It can be contacted from most networks and
  75. can reply to all known networks (no failures yet!).  For info, send
  76. the line
  77.     help
  78. to 
  79. gene-server@bchs.uh.edu (internet), 
  80. gene-server%bchs.uh.edu@CUNYVM (BITNET, EARN, NETNORTH)
  81.  
  82. For Biomatrix-specific information, send the line
  83.         send matrix help
  84. to the gene-server address.
  85. -------------------------------------------------------------------
  86. Dan Davison 
  87. Biomatrix Executive Committee member
  88. davison@uh.edu (internet), davison@UHOU (bitnet)
  89. Department of Biochemical and Biophysical Sciences,  BCHS-5934
  90. University of Houston, 4800 Calhoun, Houston, Tx 77204-5934 USA. 
  91.  
  92.  
  93.  
  94.  
  95.  
  96. --
  97. dr. dan davison/dept. of biochemical and biophysical sciences/univ. of
  98. Houston/4800 Calhoun/Houston,TX 77204-5934/davison@uh.edu/DAVISON@UHOU
  99.  
  100. -----RIP Isaac Asimov 1920-1992     I'll miss him --------------------
  101.  
  102. Disclaimer: As always, I speak only for myself, and, usually, only to
  103. myself.
  104.  
  105.