home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ NetNews Usenet Archive 1992 #31 / NN_1992_31.iso / spool / bionet / genome / arabidop / 641 < prev    next >
Encoding:
Internet Message Format  |  1992-12-23  |  2.3 KB
  1. Path: sparky!uunet!spool.mu.edu!uwm.edu!biosci!POPGEN.BIOLOGY.UMT.EDU!tmo
  2. From: tmo@POPGEN.BIOLOGY.UMT.EDU (Thomas Mitchell-Olds)
  3. Newsgroups: bionet.genome.arabidopsis
  4. Subject: Finding close flanking markers
  5. Message-ID: <9212231819.AA12108@popgen.biology.umt.edu>
  6. Date: 23 Dec 92 18:19:24 GMT
  7. Sender: daemon@net.bio.net
  8. Distribution: bionet
  9. Lines: 39
  10.  
  11. Recently zrsung@insect.berkeley.edu asked:
  12.  
  13. >Dear members of Arabidopsis community,
  14. >I'm in a desperate need of new (not listed on H. Goodman &
  15. >E.Meyerowitz maps) RFLP markers on chromosome 5.They should be close to
  16. >the RFLP  marker m247. 
  17. >Also, I'm  looking for YAC clones for the marker m247.
  18. >Any information regarding this matter will be appreciated.
  19. > Chang-Hsien Yang, Dept.of Plant Biology, UC Berkeley /
  20.  
  21. In the absence of mapped markers that are very close to an area of interest, 
  22. a strategy based on bulk segregant analysis may be helpful.   Michelmore 
  23. (PNAS 88:9828) and Skolnik (PNAS 89:1477) have had good success with a similar methods.
  24.  
  25. 1) Obtain the Dupont recombinant inbred lines from the Ohio stock center.
  26.  
  27. 2) Get the RFLP genotypes for these lines from the Arabidopsis database.
  28.  
  29. 3) For markers near your region of interest, identify recombinant inbred
  30. lines fixed for each allele at nearby markers.  Make pooled DNA from individuals
  31. in each group, and compare RAPD markers between the two groups.  Polymorphic markers
  32. in the region of interest will show differences between the two DNA pools,
  33. while markers elsewhere in the genome will give identical banding patterns. 
  34. For example, assume the Arabidopsis genome is 500 cM, and your bulk segregant
  35. analysis compared individuals differing over 10 cM.  On average, 2% of your
  36. RAPD markers will be in the 10 cM region near your gene.  Assuming two
  37. polymorphic bands per RAPD primer, you could screen 500 primers (1,000 loci),
  38. and find about 20 markers near your gene.  On average, several markers should be less
  39. than 0.5 cM from your gene.  You have a 95% chance that your gene of interest is
  40. flanked by two RAPD markers defining an interval SMALLER than 0.75 cM.  These
  41. nearby RAPDs can then be used to identify cosmids or YACs.  This strategy would
  42. be much easier if DuPont would release information on their mapped primers.
  43.  
  44. Good luck!
  45.  
  46. Tom Mitchell-Olds
  47. tmo@selway.umt.edu
  48.  
  49.  
  50.