home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ NetNews Usenet Archive 1992 #30 / NN_1992_30.iso / spool / comp / archives / 3758 < prev    next >
Encoding:
Internet Message Format  |  1992-12-14  |  4.2 KB
  1. Path: sparky!uunet!zaphod.mps.ohio-state.edu!sdd.hp.com!spool.mu.edu!agate!agate!usenet
  2. From: smiyazaw@smss2.smlab.eg.gunma-u.ac.jp (Sanzo Miyazawa)
  3. Newsgroups: comp.archives
  4. Subject: [bionet.general] DNA/Protein sequence retrieval by "whois"
  5. Followup-To: bionet.general,bionet.software
  6. Date: 14 Dec 1992 08:16:51 GMT
  7. Organization: Gunma University, Faculty of Technology, Japan
  8. Lines: 105
  9. Sender: adam@soda
  10. Approved: adam@soda
  11. Distribution: world
  12. Message-ID: <1ghftjINNla7@agate.berkeley.edu>
  13. References: <1992Dec10.200020@smss2.smlab.eg.gunma-u.ac.jp>
  14. NNTP-Posting-Host: soda.berkeley.edu
  15. X-Original-Newsgroups: bionet.general,bionet.software
  16. X-Original-Date: 10 Dec 92 11:00:20 GMT
  17.  
  18. Archive-name: auto/bionet.general/DNA-Protein-sequence-retrieval-by-whois
  19.  
  20.  
  21.     Flat DNA/Protein Sequence Retrieval Service by "whois"
  22.     ------------------------------------------------------
  23.  
  24.  
  25. DNA and Protein sequences can be obtained by using "whois" command
  26. in a local UNIX system on your desk.
  27.  
  28. It is possible to do keyword search in DNA/protein databases but
  29. it often generates too much output so that sequence retrieval 
  30. by specifying entry names or accession numbers can be only allowed.
  31.  
  32. For fasta homology search and keyword search/retrieval, 
  33. use a "Flat DB E-Mail Network Server" which is also available 
  34. at smlab.eg.gunma-u.ac.jp.  For a brief manual, send an empty mail 
  35. to flat-netserv@smlab.eg.gunma-u.ac.jp.
  36.  
  37.  
  38.                 12/10/02
  39.  
  40.                 Sanzo Miyazawa
  41.                 Gunma Univ., Faculty of Technology
  42.                 FAX:   +81 277 40 1026
  43.                 Phone: +81 277 40 1027
  44.                 E-mail: sanzo.miyazawa@smlab.eg.gunma-u.ac.jp
  45.  
  46.  
  47.  
  48. NAME
  49.      scandb - scan a database to find entries by  entry  name  or
  50.      accession number
  51.  
  52. SYNOPSIS
  53.      % alias scandb "whois -h smlab.eg.gunma-u.ac.jp"
  54.      % scandb help
  55.      % scandb "_d_b-_n_a_m_e [ -1 ] [ -o ] [  '_e_n_t_r_y'...] [ | -a '#_a_c_c'... ]"
  56.  
  57. DESCRIPTION
  58.      Scandb scans the _d_b-_n_a_m_e  database  to  find  _e_n_t_r_i_e_s...  or
  59.      #_a_c_c...   .   '_E_n_t_r_y'  and  '#_a_c_c'  (acession  numbers)  are
  60.      expressed in the regular expression but the case of  letters
  61.      is ignored.  The following databases are available.
  62.  
  63.      _d_b-_n_a_m_e = genbank | embl | genpept | swiss | pir | prf
  64.  
  65.           genbank | gb
  66.                GenBank DNA database including regular release and
  67.                new entries
  68.  
  69.           embl EMBL DNA database including  regular  release  and
  70.                new entries.
  71.  
  72.           genpept | gp
  73.                GenBank Gene Product Database
  74.  
  75.           swiss
  76.                SwissProt protein database
  77.  
  78.           pir  PIR protein database
  79.  
  80.           prf  Peptide Research Foundation peptide database
  81.  
  82.      "gb" and "embl" include new entries released  by e-mail  or  
  83.      obtained by anonymous-FTP in addition to entries in their 
  84.      regular release.
  85.  
  86. OPTIONS
  87.      -1   All entries with the specified name or accession number
  88.           in  database  are retrieved; otherwise only one entries
  89.           first found is retrieved; the first found entry is usu-
  90.           ally  the most recently released one.  To retrieve mul-
  91.           tiple entries by using wild characters,  "-1"  must  be
  92.           specified.  However, if a secondary accession number is
  93.           specified, multiple entries with the  accession  number
  94.           might  be  retrieved, even if "-1" is not used.  If -o"
  95.           is specified, -1 will be assumed.
  96.  
  97.      -o   Entries are not retrieved in the specified order but in
  98.           the original order.  Retrieval becomes faster.
  99.  
  100.      -a   must be specified if you want to  retrieve  entries  by
  101.           accession number.
  102.  
  103. EXAMPLES
  104.      flat% scandb "genbank AGMERLTR1 musbas"    # by entry name;case insensitive
  105.      flat% scandb "genbank -a M11391 d00611"    # by accession number
  106.  
  107. ALSO
  108.      For fasta homology search and keyword search/retrieval, 
  109.      use a "Flat DB E-Mail Network Server" which is also available 
  110.      at smlab.eg.gunma-u.ac.jp.  For a brief manual, send an empty mail 
  111.      to flat-netserv@smlab.eg.gunma-u.ac.jp.
  112.  
  113. AUTHORS
  114.      Sanzo Miyazawa (smiyazaw@smlab.eg.gunma-u.ac.jp)
  115.      Gunma University, Faculty of Technology
  116.      1-5-1 Tenjin
  117.      Kiryu, Gunma 376
  118.      Japan
  119.  
  120. BUGS
  121.      This command somewhat takes time because of setting up an environment.
  122.  
  123.