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/ NetNews Usenet Archive 1992 #27 / NN_1992_27.iso / spool / bionet / molbio / methdsr / 2605 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1992-11-22  |  1.5 KB  |  41 lines
  1. Newsgroups: bionet.molbio.methds-reagnts
  2. Path: sparky!uunet!zaphod.mps.ohio-state.edu!caen!batcomputer!cornell!uw-beaver!news.u.washington.edu!stein.u.washington.edu!wilddrb
  3. From: wilddrb@stein.u.washington.edu (Robert Wildin)
  4. Subject: Re: Result from "Primer" programme
  5. Message-ID: <1992Nov22.232720.10261@u.washington.edu>
  6. Sender: news@u.washington.edu
  7. Organization: University of Washington
  8. References: <1992Nov22.035931.25161@lugb.latrobe.edu.au>
  9. Date: Sun, 22 Nov 1992 23:27:20 GMT
  10. Lines: 29
  11.  
  12. biosmd@luxor.latrobe.edu.au (Sean Davidson) writes:
  13.  
  14.  
  15. >I have been using the "Primer" programme on the published sequence of a mouse
  16. >gene (HSP70.1) and it reports homology in the 3' non-transcribed region, with
  17. >the mouse repetitve element B2.
  18. >My question is, could this explain why my attempts at using a probe which
  19. >is derived from the 3' region of this gene, has failed so far in Southern
  20. >blots - all I get is hybridization to apparently all DNA, even when washed
  21. >at 65 degrees in 0.1xSSC.
  22. >Does anyone know HOW homolgous the sequence has to be before Primer reports
  23. >it ?
  24.  
  25. >Any comments appreciated,
  26. >Sean
  27. Than is almost certainly your problem.  Theoretically, if you could wash 
  28. with perfect stringency, the homology would not be detected.  The problem is 
  29. that there are so many copies of B1 and B2 elements in the genome, that
  30. even imperfect hybridization to a few results in a black blot.
  31.  
  32. Sorry, I have no experience with primer.
  33.  
  34.  :w
  35.  
  36. D
  37. A
  38.  
  39.  
  40. Sorry, I have no experience with Primer.
  41.