home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ NetNews Usenet Archive 1992 #27 / NN_1992_27.iso / spool / bionet / molbio / methdsr / 2587 < prev    next >
Encoding:
Internet Message Format  |  1992-11-19  |  1.9 KB
  1. Path: sparky!uunet!zaphod.mps.ohio-state.edu!uwm.edu!biosci!MED.PITT.EDU!bsh
  2. From: bsh@MED.PITT.EDU (Basavaraju Shankarappa)
  3. Newsgroups: bionet.molbio.methds-reagnts
  4. Subject: dye removal from ABI terminator reactions.
  5. Message-ID: <9211192226.AA14131@deimos.med.pitt.edu>
  6. Date: 19 Nov 92 22:26:11 GMT
  7. Sender: daemon@net.bio.net
  8. Distribution: bionet
  9. Lines: 32
  10.  
  11. From: scarr@kean.ucs.mun.ca
  12. Subject: Removing dye from 373A reactions
  13.  
  14. >Has anyone found a cheap, quick, reliable way of removing excess dye
  15. >terminators from a Cycle Sequencing reaction for an ABI373A sequencer?
  16. >We usually use an isopropanol extraction, but this seems to leave
  17. >variable amounts of the dyes behind. The ABI recommended BioSpin columns
  18. >do a better job, but they are costly and the ritual is slow & tedious.
  19. >Anyone had any experience with other commerical columns?
  20. >Steve Carr 
  21.  
  22. We now routinely purify the excess dye from reactions using home (lab)-made
  23. quick spin columns.  They may not overcome the tedium but they sure are 
  24. cheap.  We make a hole in the bottom of 0.5 ml eppendorf using a 26 g needle
  25. and add about 25 ul volume of zirconium glass beads.  Then I pour sephadex
  26. G-50 in 0.3M NaAc (5g in 60 ml) to the top of the tube.  Stick the small
  27. eppendorf inside a 2 ml tube and spin at about 500 rpm for couple of minutes.
  28. Now the tube is transferred to a new 1.5 ml tube and the sample is added on
  29. top.  Now I spin at about 1500 rpm for couple of minutes.  
  30. The eluate is precipitated by atleast 3 volumes of isopropanol washed with
  31. 70% etoh and resuspended for loading.
  32.  
  33.     I intend to have large number of colmumns poured and stored at 4 C.
  34. I think it can be done.  But I havenot done it yet.  This way, all I have 
  35. to do is do a quick spin, exchange the tubes add sample spin and ppt.
  36. I get my zirconium beads from Biospec products PO Box 772 Bartelsville
  37. OK 74005.  (918)-336-3363.  Cat # 11079-101. $20.00 a pound; lasts for a
  38. life-time. 
  39. Raj Shankarappa
  40. bsh@med.pitt.edu
  41. Univ of Pittsburgh
  42.  
  43.