home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ OS/2 Shareware BBS: 24 DOS / 24-DOS.zip / proanaly.zip / EXAMPLES.TXT < prev    next >
Text File  |  1996-08-08  |  56KB  |  1,320 lines
  1. PROANALYST
  2.  
  3. EXAMPLES WITH STEP-BY-STEP INSTRUCTIONS
  4.  
  5. COPYRIGHT (C) 1996 Vladimir A.Ivanisenko, Alexey M.Eroshkin
  6.  
  7. Theoretical Dept., Research Institute of Molecular Biology,
  8. SRC VB "Vector", 633159, Koltsovo, Novosibirsk region, Russia
  9.  
  10. Examples list:
  11.  
  12. 1. Investigation of relationships between physico-chemical properties of
  13. peptides and their antimicrobial activity by multiple regression
  14. analysis.
  15.  
  16. 2. Simulation of peptide engineering experiments and prediction of
  17. antimicrobial activities of mutants.
  18.  
  19. 3. Searching for activity-modulating sites in disintegrins by profile
  20. analysis.
  21.  
  22. 4. Investigation of relationships between influenza a virus resistance
  23. to rimantadine  and physico-chemical properties of M2 protein by
  24. discriminant analysis.
  25.  
  26. 5. Searching for important functional or structural 3D sites in
  27. alpha-interferons by profile analysis.
  28.  
  29. 6. Searching for patterns in combinatorial peptide library.
  30.  
  31. 7. Profiles of physico-chemical properties (example with Hopp-Woods
  32. hydrophilicity).
  33.  
  34. NOTE: Calculations were made on the complete program version.
  35.  
  36. Step-by-step instructions for:
  37.  
  38. 1. INVESTIGATION OF RELATIONSHIPS BETWEEN PHYSICO-CHEMICAL PROPERTIES OF
  39. PEPTIDES AND THEIR ANTIMICROBIAL ACTIVITY BY MULTIPLE REGRESSION
  40. ANALYSIS.
  41.  
  42. 1.  Go to item "File".
  43. 2.  Go to the item "Property".
  44. 3.  Select the file "Property.ppt".
  45. 4.  Press "Alt I" to select all properties and press "Esc".
  46. 5.  Go to the item "Protein".
  47. 6.  Select the file "Antimicr.ali".
  48. 7.  Press "Alt I" to select all peptides and press "Esc".
  49. 8.  Go to the item "Prep. data".
  50. 9.  Move cursor to the first position in alignment and press "Alt B".
  51. 10. Move cursor to the last position in alignment and press "Alt E".
  52. 11. Press "F10" or "Esc" to go to the main menu.
  53. 12. Go to the item "Options".
  54. 13. Go to the item "Calculation".
  55. 14. Select "Min frame". Press "Enter", type 23, press "Enter".
  56. 15. Select "Max frame". Press "Enter", type 23, press "Enter".
  57. 16. Select "Min num. of factors". Press "Enter", type 2, press "Enter".
  58. 17. Select "Max num. of factors". Press "Enter", type 2, press "Enter".
  59. 18. Go to the main menu (by pressing "Esc").
  60. 19. Go to the item "Analysis".
  61. 20. Select "Factors definition" and press "Enter".
  62. 21. Press "Enter" on the line "Fragment 1 pos. 1-23".
  63. 22. Select "Average for a fragment" and press "Enter".
  64. 23. Switch all the properties to "On" (by pressing "Enter").
  65. 24. Press "Esc" and select "Moment, alpha helix periodicity" then press
  66.     "Enter".
  67. 25. Switch all properties to "On"  (by pressing "Enter").
  68. 26. Return back to the menu item "Analysis" (by pressing "Esc").
  69. 27. Go to the item "Structure-Activity".
  70. 28. Select "Multiple regression analysis" and press "ENTER".
  71. 29. Select "Automatic" and press "Enter".
  72. 30. Wait for calculation. The menu items "Analysis" will be shown
  73.     after calculation finishing.
  74. 31. Go to the item "View last result" to see the table of results.
  75. 32. Select any result and press "F3" to see the details.
  76. 33. To write this result to disk press "F2" and select the name of
  77.     already existing file or type new filename.
  78. 34. Press "F5" to view structure-activity plots or press "F6" to
  79.     view the plot of theoretical versus experimental activities.
  80. 35. Go to the item "Save last result" (by pressing "Esc") to save
  81.     the whole table of the results.
  82.  
  83. 36. Output of detail result:
  84. _____________________________________________
  85.  Multiple regression analysis.
  86.  
  87.  Split fragments:  1-23, 1-23,
  88. Gaps - ignore.
  89.  Min-max frame:          28-28
  90.  Min-max number factors: 2-2
  91.  
  92.  1) 1-23:Hydropathy Kyte-Doolittle ,Average for a fragment
  93.  
  94.  2) 1-23:HPLC  Parker ,Moment, A-helix periodicity
  95.  
  96.    N Group Act_e  Act_t  e-t  Value_factors     Name sequence
  97.    1.   1   0.05   0.06  -0.01   0.08   2.05  Magainin 2
  98.    2.   1   0.02  -0.01   0.03  -0.21   2.01  Antisense P
  99.    3.   1   0.01  -0.01   0.02  -0.24   2.04  Analog A1
  100.    4.   1   0.00   0.02  -0.01  -0.11   2.03  Analog A2
  101.    5.   1   0.03  -0.01   0.03  -0.49   2.19  Analog B1
  102.    6.   1   0.03   0.02   0.01  -0.36   2.18  Analog B2
  103.    7.   1   0.05   0.06  -0.01  -0.60   2.48  Analog C1
  104.    8.   1   0.05   0.09  -0.04  -0.47   2.47  Analog C2
  105.    9.   1   0.10   0.16  -0.06  -0.03   2.43  Analog P1
  106.   10.   1   0.20   0.20  -0.00   0.18   2.43  Analog P2
  107.   11.   1   0.20   0.18   0.02  -0.24   2.61  Analog P3
  108.   12.   1   0.40   0.37   0.03   0.13   2.94  Analog M1
  109.   13.   1   0.33   0.33   0.00  -0.12   3.00  Analog M2
  110.  
  111.    N Group  Alignment sequence:
  112.  
  113.    1.    1 GIGKFLHSAKKFGKAFVGEIMNS
  114.    2.    1 GIHYLSHKSFSKFFCGVQKFTNS
  115.    3.    1 GIHYLSHKSFSKFFAGVQKFTNS
  116.    4.    1 GIHYLSHKSFSKFFAGVGKFTNS
  117.    5.    1 GIHYLSHKSFSKFFKGVQKFTNS
  118.    6.    1 GIHYLSHKSFSKFFKGVGKFTNS
  119.    7.    1 GIHKLSHKSFSKFFKGVQKFTNS
  120.    8.    1 GIHKLSHKSFSKFFKGVGKFTNS
  121.    9.    1 AIHNFAHKSFAKFFRAVKKFANA
  122.   10.    1 AIHNLAHKSLAKLLRAVKKLANA
  123.   11.    1 GIHNFAHKSFAKFFRAVKKFANS
  124.   12.    1 AIHNLAHKLLKKLLRAVKKLANA
  125.   13.    1 KIHKLAHKLLKKLLKAVKKLAKA
  126.  
  127.  Y=+ 0.198 X1+ 0.329 X2-0.631
  128. 95% confidence intervals for coefficients of regression
  129.            K1     K2     K0
  130. Lower     0.115    0.268   -0.781
  131. High      0.282    0.391   -0.481
  132.  t-test statistics for H0
  133.           5.321   11.960    9.348
  134.  P-values for H0
  135.           0.956    0.994    0.988
  136.  F-test statistic for H0 = 99.547780
  137.  P-value          for H0 = 1.00000
  138.  Multiple correlation coefficient      R=0.975795
  139.  Coefficient of multiple determination R-square=95.217%
  140.  Total variance of activities = 0.017141
  141.  Residual mean squares        = 0.000984
  142.  
  143. __________________________________________________
  144.  
  145. 37. Common table of results (the upper part):
  146. __________________________________________________
  147.  Multiple regression analysis.
  148. __ Number item: 0 __
  149.  Statistic 99.547780  Sign 1.00000
  150.  Fragments: 1-23 1-23
  151.  Factors:
  152.  1):Hydropathy Kyte-Doolittle ,Average for a fragment
  153.  1):HPLC  Parker ,Moment, A-helix periodicity
  154. __ Number item: 1 __
  155.  Statistic 85.821807  Sign 0.999999
  156.  Fragments: 1-23 1-23
  157.  Factors:
  158.  1):Polarity Grantham,Average for a fragment
  159.  1):HPLC  Parker ,Moment, A-helix periodicity
  160. __ Number item: 2 __
  161.  Statistic 77.788728  Sign 0.999999
  162.  Fragments: 1-23 1-23
  163.  Factors:
  164.  1):Hydropathy Kyte-Doolittle ,Moment, A-helix periodicity
  165.  1):Polarity Bogardt et al.,Average for a fragment
  166. __ Number item: 3 __
  167.  Statistic 70.647806  Sign 0.999999
  168.  Fragments: 1-23 1-23
  169.  Factors:
  170.  1):Hydropathy Kyte-Doolittle ,Moment, A-helix periodicity
  171.  1):HPLC  Parker ,Average for a fragment
  172. __ Number item: 4 __
  173.  Statistic 67.409267  Sign 0.999998
  174.  Fragments: 1-23 1-23
  175.  Factors:
  176.  1):HPLC  Parker ,Average for a fragment
  177.  1):HPLC  Parker ,Moment, A-helix periodicity
  178. __ Number item: 5 __
  179.  Statistic 60.843946  Sign 0.999997
  180.  Fragments: 1-23 1-23
  181.  Factors:
  182.  1):Hydropathy Kyte-Doolittle ,Moment, A-helix periodicity
  183.  1):Hydrophilicity Hopp-Woods,Average for a fragment
  184. __ Number item: 6 __
  185.  Statistic 60.693755  Sign 0.999997
  186.  Fragments: 1-23 1-23
  187.  Factors:
  188.  1):Polarity Grantham,Average for a fragment
  189.  1):Polarity Grantham,Moment, A-helix periodicity
  190. ..........
  191. __________________________________________________________________
  192.  
  193.  
  194.  
  195. 2. SIMULATION OF PEPTIDE ENGINEERING EXPERIMENTS AND PREDICTION OF
  196. ANTIMICROBIAL ACTIVITIES OF MUTANTS.
  197.  
  198. 1.  Go to the item "File".
  199. 2.  Go to the item "Property".
  200. 3.  Select file "Property.ppt".
  201. 4.  Press "Alt I" to select all properties and press "Esc".
  202. 5.  Go to the item "Protein".
  203. 6.  Select file "Antimicr.ali".
  204. 7.  Press "Alt I" to select all peptides and press "Esc".
  205. 8.  Go to the item "Prep. data".
  206. 9.  Return back to the item "File".
  207. 10. Select the item "Save protein".
  208. 11. Type new file name (for example "antimic1").
  209. 12. Go to the item "Prep data".
  210. 13. Press "Ctrl Alt C" (group's numbers will be changed to 0 for all
  211.     peptides).
  212. 14. Move cursor to the first peptide and press "ENTER" (group number of
  213.     the peptide will be changed to 1).
  214. 15. Press "ENTER" on the next two peptides. We'll mutate the first
  215.     three peptides.
  216. 16. Move cursor to first peptide and press "Alt N".
  217. 17. Press "F4".
  218. 18. Delete old name by pressing "DEL" and type new name of the peptide
  219.     (for example "mutant1") and press "ENTER".
  220. 19. Change the names of the next two peptides (mutant2, mutant3).
  221. 20. Press "Esc" to go to the main window.
  222. 21. Press "Alt D" to go to activities window.
  223. 22. Select mutant1, press "F4", delete old value of activity, type "0",
  224.     press "ENTER".
  225. 23. Change the activities of the mutants mutant2 and mutant3..
  226. 24. Press "Esc" to go to the main window.
  227. 25. Move cursor to position number 8 in mutant1.
  228. 26. Type new amino acids "kll". Move cursor to position 12 and type
  229.     "kl".
  230. 27. Move cursor to mutant2 and make the same mutations.
  231. 28. Make the same mutations in mutant3.
  232. 29. Go to the item "File" and select "Save protein".
  233. 30. Select file "ANTIMIC1.ALI" and press "ENTER" (peptides with group
  234.     number not equaled to 0 will be added to the file "ANTIMIC1.ALI").
  235. 31. Select menu item "Protein".
  236. 32. Select file "ANTIMIC1.ALI"
  237. 33. Go to the item "Prep. data".
  238. 34. Move cursor to "mutant1" and press "ENTER" to change number of
  239.     group to 0).
  240.  
  241. [This is important. Proteins (peptides) from group "0" will not
  242. be used in calculation of regressions, but theoretical activity
  243. will be calculated for them].
  244.  
  245. 35. Change the number of group to 0 for "mutant2" and "mutant3".
  246. 36. Move cursor to the first position in sequence and press "Alt B".
  247. 37. Move cursor to the last position in sequence and press "Alt E".
  248. 38. Press "F10" or "Esc" to go to the main menu.
  249. 39. Go to menu item "Options".
  250. 40. Go to the item "Calculation".
  251. 41. Select "Min frame". Press "Enter", type 23, press "Enter".
  252. 42. Select "Max frame". Press "Enter", type 23, press "Enter".
  253. 43. Select "Min num. of factors". Press "Enter", type 2, press "Enter".
  254. 44. Select "Max num. of factors". Press "Enter", type 2, press "Enter".
  255. 45. Go to the main menu by pressing "Esc".
  256. 46. Go to menu item "Analysis".
  257. 47. Select "Factors definition".
  258. 48. Press "Enter" to select "Fragment 1 pos. 1-23".
  259. 49. Select "Average for a fragment".
  260. 50. Switch all the properties to "On" by pressing "Enter".
  261. 51. Press "Esc" , select "Moment, alpha helix periodicity" and press
  262.     "Enter".
  263. 52. Switch all the properties to "On" by pressing "Enter".
  264. 53. Return back to the menu item "Analysis" (by pressing "Esc").
  265. 54. Go to the item "Structure-Activity".
  266. 55. Select "Multiple regression analysis" and press "ENTER".
  267. 56. Select "Automatic" and press "Enter".
  268. 57. After finishing calculation, menu item "Analysis" will be shown.
  269. 58. Go to the item "View last result", press "Enter" and you'll see the
  270.     table of results.
  271. 59. Select the first one and press "F3" to view the details.
  272. 60. Press "F2" and type the name of result file "resmut1" to write the
  273.     result to disk.
  274. 61. You will find the values of theoretical activity for our mutants
  275.     in the file "RESMUT1.RES".
  276.  
  277. 62. RESMUT1.RES listing:
  278. _____________________________________________
  279.  
  280.  
  281.  Multiple regression analysis.
  282.  
  283.  Split fragments:  1-23, 1-23,
  284. Gaps - ignore.
  285.  Min-max frame:          28-28
  286.  Min-max number factors: 2-2
  287.  
  288.  1) 1-23:Hydropathy Kyte-Doolittle ,Average for a fragment
  289.  
  290.  2) 1-23:HPLC  Parker ,Moment, A-helix periodicity
  291.  
  292.    N Group Act_e  Act_t  e-t  Value_factors     Name sequence
  293.    1.   1   0.05   0.06  -0.01   0.08   2.05  Magainin 2
  294.    2.   1   0.02  -0.01   0.03  -0.21   2.01  Antisense P
  295.    3.   1   0.01  -0.01   0.02  -0.24   2.04  Analog A1
  296.    4.   1   0.00   0.02  -0.01  -0.11   2.03  Analog A2
  297.    5.   1   0.03  -0.01   0.03  -0.49   2.19  Analog B1
  298.    6.   1   0.03   0.02   0.01  -0.36   2.18  Analog B2
  299.    7.   1   0.05   0.06  -0.01  -0.60   2.48  Analog C1
  300.    8.   1   0.05   0.09  -0.04  -0.47   2.47  Analog C2
  301.    9.   1   0.10   0.16  -0.06  -0.03   2.43  Analog P1
  302.   10.   1   0.20   0.20  -0.00   0.18   2.43  Analog P2
  303.   11.   1   0.20   0.18   0.02  -0.24   2.61  Analog P3
  304.   12.   1   0.40   0.37   0.03   0.13   2.94  Analog M1
  305.   13.   1   0.33   0.33   0.00  -0.12   3.00  Analog M2
  306.   14.   0   0.00   0.53  -0.53   0.26   3.36 Mutant1
  307.   15.   0   0.00   0.14  -0.14   0.07   2.31 Mutant2
  308.   16.   0   0.00   0.15  -0.15   0.04   2.34 Mutant3
  309.  
  310.    N Group  Alignment sequence:
  311.  
  312.    1.    1 GIGKFLHSAKKFGKAFVGEIMNS
  313.    2.    1 GIHYLSHKSFSKFFCGVQKFTNS
  314.    3.    1 GIHYLSHKSFSKFFAGVQKFTNS
  315.    4.    1 GIHYLSHKSFSKFFAGVGKFTNS
  316.    5.    1 GIHYLSHKSFSKFFKGVQKFTNS
  317.    6.    1 GIHYLSHKSFSKFFKGVGKFTNS
  318.    7.    1 GIHKLSHKSFSKFFKGVQKFTNS
  319.    8.    1 GIHKLSHKSFSKFFKGVGKFTNS
  320.    9.    1 AIHNFAHKSFAKFFRAVKKFANA
  321.   10.    1 AIHNLAHKSLAKLLRAVKKLANA
  322.   11.    1 GIHNFAHKSFAKFFRAVKKFANS
  323.   12.    1 AIHNLAHKLLKKLLRAVKKLANA
  324.   13.    1 KIHKLAHKLLKKLLKAVKKLAKA
  325.   14.    0 GIGKFLHkllKklKAFVGEIMNS
  326.   15.    0 GIHYLSHkllSklFCGVQKFTNS
  327.   16.    0 GIHYLSHKllSklFAGVQKFTNS
  328.  
  329.  Y=+ 0.198 X1+ 0.329 X2-0.631
  330. 95% confidence intervals for coefficients of regression
  331.            K1     K2     K0
  332. Lower     0.115    0.268   -0.781
  333. High      0.282    0.391   -0.481
  334.  t-test statistics for H0
  335.           5.321   11.960    9.348
  336.  P-values for H0
  337.           0.956    0.994    0.988
  338.  F-test statistic for H0 = 99.547780
  339.  P-value          for H0 = 1.00000
  340.  Multiple correlation coefficient      R=0.975795
  341.  Coefficient of multiple determination R-square=95.217%
  342.  Total variance of activities = 0.017141
  343.  Residual mean squares        = 0.000984
  344.  
  345. 63. Calculated antimicrobial activity of our mutants are:
  346. 0.53  - Mutant1
  347. 0.14  - Mutant2
  348. 0.15  - Mutant3
  349.  
  350. __________________________________________________________________
  351.  
  352.  
  353.  
  354. 3. SEARCHING FOR ACTIVITY-MODULATING SITES IN DISINTEGRINS BY PROFILE
  355. ANALYSIS.
  356.  
  357.  
  358. 1.  Go to the item  "File".
  359. 2.  Go to the item  "Protein".
  360. 3.  Select file "DE1.ALI".
  361. 4.  Press "Alt I" to select all proteins and press "Esc".
  362. 5.  Go to the item "Prep. data".
  363. 6.  Move cursor to the first position and press "Alt B".
  364. 7. Move cursor to the last position and press "Alt E".
  365. 8. Press "F10" or "Esc" to go to the main menu.
  366. 9. Go to the item "Options".
  367. 10. Go to the item "Calculation".
  368. 11. Select "Min frame". Press "Enter", type 1, press "Enter".
  369. 12. Select "Max frame". Press "Enter", type 1, press "Enter".
  370. 13. Go to the main menu (press "Esc").
  371. 14. Go to the item "Analysis".
  372. 15. Go to the item "Structure-Activity".
  373. 16. Go to the item "Profile analysis".
  374. 17. Go to the item "Alphabetical analysis".
  375. 18. Select "SADC    1D" and press "ENTER".
  376. 19. Select matrix of amino acids similarity "ONE.MAT" and press "ENTER".
  377. 20. Type "0" (threshold value) and press "ENTER".
  378. 21. Wait for a moment. The resulting profile will be shown when
  379.     calculation will be complete.
  380. 22. Press "F2" if you want to print the profile, otherwise press "Esc".
  381. 23. Go to the item "Save profile", select name of already existing file or
  382.     type new name if you want to save the profile to disk.
  383. 24. If protein 3D structure is loaded, you can map the profile on 3D
  384.     structure:
  385. 25. Go to the item "View profile on    3D".
  386. 26. Type upper threshold for low values of the profile and press "ENTER".
  387. 27. Type low threshold for high values of the profile and press "ENTER".
  388. 28. You'll get stereo picture of protein in three colors that reflects
  389.     the low, intermediate and high values of the profile (low values
  390.     are in RED, intermediate values are in YELLOW and high values
  391.     are in CYAN).
  392. 29. Positions of high values are good candidates to activity-modulating
  393. center.
  394.  
  395. 34. Output with profile  to the disk:
  396. _________________________________________________________________
  397.  
  398.  
  399.  Current group: SADC
  400.  
  401.  Value threshold to discriminate clusters: 0.000000 Smoothing 0
  402. Matrix of aa similarity:
  403. matrix
  404.  
  405.  
  406.  Fragments:  1-45,
  407.  Min-max frame: 1-1
  408.    N Group     Name sequence
  409.    1.    1    Halysin
  410.    2.    1    Trigramin beta 1
  411.    3.    1    Trigramin alpha
  412.    4.    1    Trigramin gamma
  413.    5.    1    Bitistatin
  414.    6.    1    Albolabrin
  415.    7.    1    Trigramin beta 2
  416.    8.    1    Kistrin
  417.    9.    1    Barbourin
  418.   10.    1    Elegantin
  419.   11.    1    Batroxastatin
  420.   12.    1    Triflavin
  421.   13.    1    Tergemenin
  422.   14.    1    Applagin
  423.   15.    1    Flavoridin
  424.   16.    1    Bitan alpha
  425.  
  426.    N Group      Aligned sequences:
  427.  
  428.    1.    1 QCAEGLCCDQCRFMKKGTVCRIARGDDMDDYCNGISAGCPRNPF-
  429.    2.    1 QCGEGPCCDQCSFMKKGTICRRARGDDLDDYCNGRSAGCPRNPFH
  430.    3.    1 QCGEGLCCDQCSFIEEGTVCRIARGDDLDDYCNGRSAGCPRNPFH
  431.    4.    1 QCGEGLCCDQCSFMKKGTICRRARGDDLDDYCNGISAGCPRNPLH
  432.    5.    1 QCNHGECCDQCKFKKARTVCRIARGDWNDDYCTGKSSDCPWNH--
  433.    6.    1 QCGEGLCCDQCSFMKKGTICRRARGDDLDDYCNGISAGCPRNPLH
  434.    7.    1 QCGEGPCCDQCSFMKKGTICRRARGDDLDDYCNGRSAGCPRNPFH
  435.    8.    1 QCGEGLCCEQCKFSRAGKICRIPRGDMPDDRCTGQSADCPRYH--
  436.    9.    1 QCADGLCCDQCRFNKKGTVCRMAKGDWNDDTCTGQSADCPRNGLY
  437.   10.    1 QCADGLCCDQCRFKKKRTICRRARGDNPDDRCTGQSADCPRNGLY
  438.   11.    1 QCAEGLCCDQCRFKGAGKICRRARGDNPDDRCTGQSADCPRNRF-
  439.   12.    1 QCADGLCCDQCRFKKKRTICRIARGDFPDDRCTGQSADCPRWNGL
  440.   13.    1 QCADGLCCDQCRFNKKGTVCRMARGDWNDDTCTGQSADCPRNGLY
  441.   14.    1 QCAEGLCCDQCLFMKEGTVC-RARGDDVNDYCNGISAGCPRNPFH
  442.   15.    1 QCADGLCCDQCRFKKKTGICRIARGDFPDDRCTGLSNDCPRWNDL
  443.   16.    1 QCNHGECCDQCRFKKAGTVCRIARGDWNDDYCTGKSSDCPWNH--
  444.  
  445.  Value profile:
  446.      1      2      3      4      5      6      7      8      9     10
  447.  0.000  0.000 28.538 28.113  0.000  9.961  0.000  0.000  0.000  0.000
  448.  
  449.     11     12     13     14     15     16     17     18     19     20
  450.  0.000 45.270  0.000 28.975  5.946  2.857 29.393 28.941  0.074  0.000
  451.  
  452.     21     22     23     24     25     26     27     28     29     30
  453. 19.607  2.676  0.000  0.024  0.000  0.000 40.306 73.580 19.607  0.000
  454.  
  455.     31     32     33     34     35     36     37     38     39     40
  456. 26.959  0.000 26.568  0.000 47.810  0.000 28.123 26.568  0.000  0.000
  457.  
  458.     41     42     43     44     45
  459.  0.000 27.072 41.209 35.369 34.059
  460. __________________________________________________________________
  461.  
  462.  
  463.  
  464. 4. INVESTIGATION OF RELATIONSHIPS BETWEEN INFLUENZA A VIRUS RESISTANCE
  465. TO RIMANTADINE  AND PHYSICO-CHEMICAL PROPERTIES OF M2 PROTEIN BY
  466. DISCRIMINANT ANALYSIS.
  467.  
  468. 1.  Go to the item "File".
  469. 2.  Go to the item "Property".
  470. 3.  Select file "Property.ppt".
  471. 4.  Press "Alt I" to select all properties and press "Esc".
  472. 5.  Go to the item "Protein".
  473. 6.  Select file "M2.ALI".
  474. 7.  Press "Alt I" to select all proteins and press "Esc".
  475. 8.  Go to the item "Prep. data".
  476. 9.  Move cursor to the first protein with activity 0. Press "Ctrl Alt 2".
  477.     Switch number of group to 2 for all proteins with activity 0
  478.     by pressing "ENTER".
  479. 10. Move cursor to the first position in sequence and press "Alt B".
  480. 11. Move cursor to the last position and press "Alt E".
  481. 12. Press "F10" or "Esc" to go to the main menu.
  482. 13. Go to the item "Options".
  483. 14. Go to the item "Calculation".
  484. 15. Select "Min frame". Press "Enter", type "7", press "Enter".
  485. 16. Select "Max frame". Press "Enter", type "7", press "Enter".
  486. 17. Select "Min num. of factors". Press "Enter", type "1", press "Enter".
  487. 18. Select "Max num. of factors". Press "Enter", type "1", press "Enter".
  488. 19. Go to the main menu (by pressing "Esc").
  489. 20. Go to the item "Analysis".
  490. 21. Select "Factors definition" and press "Enter".
  491. 22. Press "Enter" to select "Fragment 1 pos. 1-97".
  492. 23. Select "Average for a fragment" and press "Enter".
  493. 24. Switch all properties to "On" (by pressing "Enter").
  494. 25. Return back to the menu item "Analysis" (by pressing "Esc").
  495. 26. Go to the item "Structure-Activity".
  496. 27. Select "Discriminant analysis" and press "ENTER".
  497. 28. Select "Automatic" and press "Enter".
  498. 29. Wait for calculation. After finishing the menu item "Analysis" will
  499.     be shown.
  500. 30. Go to the item "View last result" to see the table of results.
  501. 31. Select some result and press "F3" to view the details.
  502. 32. Press "F2" and select the name of existing file or type new
  503.     name (if you want to write this result to disk).
  504. 33. Go to the item "Save last result" (by pressing "Esc") if you want to
  505.     save the table of results.
  506.  
  507. 34. Output with  detail result:
  508. _____________________________________________
  509.  
  510.  
  511.  Discr. analysis.
  512.  
  513.  Split fragments:
  514. Gaps - ignore.
  515.  Min-max frame:          98-98
  516.  Min-max number factors: 1-1
  517.  
  518.  1) 28-34:Polarity Grantham,Average for a fragment
  519.  
  520.    N Group Act    Value_factors  Value_Disc_function   Name sequence
  521.    1.   1   1.00   7.49   1.20   PR8-34 r=1
  522.    2.   1   1.00   7.49   1.20   mon88   r
  523.    3.   1   1.00   7.49   1.20   LEN3-83 r
  524.    4.   1   1.00   7.49   1.20   MOS88   r
  525.    5.   1   1.00   7.49   1.20   MON86   r
  526.    6.   1   1.00   7.49   1.20   SVER82  r
  527.    7.   1   1.00   7.49   1.20   WS33    r
  528.    8.   1   1.00   7.59   1.90   LEN85   r
  529.    9.   1   1.00   7.49   1.20   WSN33   r
  530.   10.   1   1.00   7.59   1.90   LEN49   r
  531.   11.   1   1.00   7.24  -0.50   LEN6-83 r
  532.   12.   1   1.00   7.56   1.70   SWONT81 r
  533.   13.   1   1.00   7.56   1.70   SW29-37 r
  534.   14.   1   1.00   7.56   1.70   SWIA30  r
  535.   15.   1   1.00   7.56   1.70   SWWIS61 r
  536.   16.   1   1.00   7.24  -0.50   SWIA88  r
  537.   17.   1   1.00   7.56   1.70   WIS88   r
  538.   18.   1   1.00   7.56   1.70   SWMAR52 r
  539.   19.   1   1.00   7.56   1.70   SWMAY54 r
  540.   20.   1   1.00   7.56   1.70   SWTN77  r
  541.   21.   1   1.00   7.63   2.20   EQPR56  r
  542.   22.   2   0.00   7.24  -0.50   VIC72   s 0
  543.   23.   2   0.00   7.24  -0.50   AICHI   s
  544.   24.   2   0.00   7.24  -0.50   UDORN72 s
  545.   25.   2   0.00   7.24  -0.50   PC73    s
  546.   26.   2   0.00   7.24  -0.50   SING57  s
  547.   27.   2   0.00   7.24  -0.50   AA60    s
  548.   28.   2   0.00   7.24  -0.50   KOREA68 s
  549.   29.   2   0.00   7.24  -0.50   BANG79  s
  550.   30.   2   0.00   7.24  -0.50   FW50    s
  551.   31.   2   0.00   7.24  -0.50   MEM88   s
  552.   32.   2   0.00   7.24  -0.50   USSR77  s
  553.   33.   2   0.00   7.14  -1.20   PINALB79s
  554.   34.   2   0.00   7.14  -1.20   SWHK82  s
  555.   35.   2   0.00   7.14  -1.20   SWNED85 s
  556.   36.   2   0.00   7.14  -1.20   FPVR34  s
  557.   37.   2   0.00   7.14  -1.20   MLRDNY78s
  558.   38.   2   0.00   7.14  -1.20   TYMN81  s
  559.   39.   2   0.00   7.14  -1.20   TYMN80  s
  560.   40.   2   0.00   7.14  -1.20   CKVIC85 s
  561.   41.   2   0.00   7.14  -1.20   FPVD27  s
  562.   42.   2   0.00   7.14  -1.20   DKCZ56  s
  563.   43.   2   0.00   7.14  -1.20   FPVW27  s
  564.   44.   2   0.00   7.14  -1.20   GULMA80 s
  565.   45.   2   0.00   7.14  -1.20   GULMD79 s
  566.   46.   2   0.00   7.14  -1.20   BUDHOK77s
  567.   47.   2   0.00   7.14  -1.20   EQKY86  s
  568.   48.   2   0.00   7.14  -1.20   GULMD78 s
  569.   49.   2   0.00   7.14  -1.20   CKPEN1-83s
  570.   50.   2   0.00   7.14  -1.20   EQTN86   s
  571.   51.   2   0.00   7.14  -1.20   CKPENO-83s
  572.  
  573.    N Group  Alignment sequence:
  574.  
  575.    1.    1 IAANIIG
  576.    2.    1 IAANIIG
  577.    3.    1 IAANIIG
  578.    4.    1 IAANIIG
  579.    5.    1 IAANIIG
  580.    6.    1 IAANIIG
  581.    7.    1 IAANIIG
  582.    8.    1 VAANIIG
  583.    9.    1 IAANIIG
  584.   10.    1 VAANIIG
  585.   11.    1 VAASIIG
  586.   12.    1 AAASIIG
  587.   13.    1 AAASIIG
  588.   14.    1 AAASIIG
  589.   15.    1 AAASIIG
  590.   16.    1 AVASIIG
  591.   17.    1 AAASIIG
  592.   18.    1 AAASIIG
  593.   19.    1 AAASIIG
  594.   20.    1 AAASIIG
  595.   21.    1 AIASITG
  596.   22.    2 VAASIIG
  597.   23.    2 VAASIIG
  598.   24.    2 VAASIIG
  599.   25.    2 VAASIIG
  600.   26.    2 VAASIIG
  601.   27.    2 VAASIIG
  602.   28.    2 VAASIIG
  603.   29.    2 VAASIIG
  604.   30.    2 VAASIIG
  605.   31.    2 VAASIIG
  606.   32.    2 VAASIIG
  607.   33.    2 IAASIIG
  608.   34.    2 IAASIIG
  609.   35.    2 IAASIIG
  610.   36.    2 IAASIIG
  611.   37.    2 IAASIIG
  612.   38.    2 IAASIIG
  613.   39.    2 IAASIIG
  614.   40.    2 IAASIIG
  615.   41.    2 IAASIIG
  616.   42.    2 IAASIIG
  617.   43.    2 IAASIIG
  618.   44.    2 IAASIIG
  619.   45.    2 IAASIIG
  620.   46.    2 IAASIIG
  621.   47.    2 IAASIIG
  622.   48.    2 IAASIIG
  623.   49.    2 IAASIIG
  624.   50.    2 IAASIIG
  625.   51.    2 IAASIIG
  626.  
  627.  _____Mean values______
  628.  Variables/Groups
  629.  7.506122  7.179524
  630.  Function  Eigen values  Ratio (%)  R (Canonical correlation %) R^2
  631.     1     5.065847     100.000000     91.386135     83.514257
  632.  
  633. _______Discriminant function coefficients _______
  634.  N      0
  635.   -51.198039
  636.   7.000000
  637. _______Standardized coefficients _______
  638.   0.510004
  639.  Structural coefficients (Pearson's correlation coefficients)
  640.   1.000000
  641. ____________ Lamda-statistic Uilks  ( critical values)_
  642.    Function     Uilks       Chi-square       Freedom      95%     99%
  643.       1          0.165      87.430          1.000      3.841     6.635
  644.  
  645. _________________________________________________
  646.  
  647. 35. Output with the table of results (upper part):
  648.  
  649.  Discriminant analysis.
  650. __ Number item: 0 __
  651.  Statistic 0.164857  Sign 0.000000
  652.  Fragments: 28-34
  653.  Factors:
  654.  1):Polarity Grantham,Average for a fragment
  655. __ Number item: 1 __
  656.  Statistic 0.189363  Sign 0.000000
  657.  Fragments: 28-34
  658.  Factors:
  659.  1):Polarity Bogardt et al.,Average for a fragment
  660. __ Number item: 2 __
  661.  Statistic 0.191667  Sign 0.000000
  662.  Fragments: 28-34
  663.  Factors:
  664.  1):Hydropathy Kyte-Doolittle ,Average for a fragment
  665. __ Number item: 3 __
  666.  Statistic 0.248677  Sign 0.000000
  667.  Fragments: 27-33
  668.  Factors:
  669.  1):Polarity Grantham,Average for a fragment
  670. __ Number item: 4 __
  671.  Statistic 0.256571  Sign 0.000000
  672.  Fragments: 27-33
  673.  Factors:
  674.  1):Polarity Bogardt et al.,Average for a fragment
  675. __ Number item: 5 __
  676.  Statistic 0.279247  Sign 0.000000
  677.  Fragments: 28-34
  678.  Factors:
  679.  1):Hydrophobicity Eisenberg,Average for a fragment
  680. .......................
  681. __________________________________________________________________
  682.  
  683.  
  684. 5. SEARCHING FOR IMPORTANT FUNCTIONAL OR STRUCTURAL 3D SITES IN
  685. ALPHA-INTERFERONS BY PROFILE ANALYSIS.
  686.  
  687.  
  688. 1.  Go to the item  "File".
  689. 2.  Go to the item  "Protein".
  690. 3.  Select file "IFN.ALI".
  691. 4.  Press "Alt I" to select all proteins and press "Esc".
  692. 5.  Go to the item "Options".
  693. 6. Go to the item "Calculation".
  694. 7. Select "Type of input atoms". Switch on "CA".
  695. 8. Select "Min frame". Press "Enter", type "1", press "Enter".
  696. 9. Select "Max frame". Press "Enter", type "1", press "Enter".
  697. 10. Select "Cutoff radius" and type "7".
  698. 11. Go to the item  "File".
  699. 12. Select "3D-Structure".
  700. 13. Select file "IFN.PDB", press "Enter"  and select "Complete str".
  701. 14. Go to the item "Prep. data".
  702. 15.  Move cursor to the first position and press "Alt B".
  703. 16.  Move cursor to the last position and press "Alt E".
  704. 17.  Press "F10" or "Esc" to go to the main menu.
  705. 18. Go to the item "Analysis".
  706. 19. Go to the item "Structure-Activity".
  707. 20. Go to the item "Profile analysis".
  708. 21. Go to the item "Alphabetical analysis".
  709. 22. Select "Variation in current group 3D" and press "ENTER".
  710. 23. Select matrix of amino acids similarity "ONE.MAT" and press "ENTER".
  711. 24. Wait for a moment. The profile will be shown when calculation will
  712.     be finished.
  713. 25. Press "F2" if you want to print the profile, otherwise press "Esc".
  714. 26. Go to the item "Save profile", select the name from existing files or
  715.     type new name to save profile to disk.
  716. 27. If protein 3D structure is loaded, you can map the profile on 3D
  717.     structure:
  718. 28. Go to the item "View profile on    3D".
  719. 29. Type upper threshold for low values of the profile and press "ENTER".
  720. 30. Type low threshold for high values of the profile and press "ENTER".
  721. 31. You'll get stereo picture of protein in three colors that reflects
  722.     the low, intermediate and high values of the profile (low values
  723.     are in RED, intermediate values are in YELLOW and high values
  724.     are in CYAN).
  725. 32. 3D sites with low profile values are good candidates to
  726.     functional and/or structural important centers.
  727.  
  728. 33. Output with profile result:
  729. _________________________________________________________________
  730.  
  731.  
  732.  3D-Structure.
  733.  Variation in current group.
  734.  Cutoff radius 7.000000
  735.  Filter for atoms 1
  736.  Smoothing 0
  737. Matrix of aa similarity:
  738. matrix
  739.  
  740.  
  741.  Fragments:  1-164,
  742.  Min-max frame: 1-1
  743.    N Group     Name sequence
  744.    1.    1    MO B pr.
  745.    2.    1    BO B-3 pr.
  746.    3.    1    BO B-2 pr.
  747.    4.    1    BO B-1 pr.
  748.    5.    1    HO B-I pr.
  749.    6.    1    HU B-1 pr.
  750.    7.    1    BO A-II-1 pr.
  751.    8.    1    HO A-II-1 pr.
  752.    9.    1    HO A-II-2 pr.
  753.   10.    1    HU A-II-1 pr.
  754.   11.    1    RA A-I-1 pr.
  755.   12.    1    MO A-I-4 pr.
  756.   13.    1    MO A-2 pr.
  757.   14.    1    MO A-I-6 pr.
  758.   15.    1    MO A-1 pr.
  759.   16.    1    MO A-I-5 pr.
  760.   17.    1    BO A-I-A pr.
  761.   18.    1    BO A-I-C pr.
  762.   19.    1    BO A-I-B pr.
  763.   20.    1    BO A-I-D pr.
  764.   21.    1    BO A-I-1 pr.
  765.   22.    1    HO A-I-1 pr.
  766.   23.    1    HO A-I-3 pr.
  767.   24.    1    HO A-I-2 pr.
  768.   25.    1    HO A-I-4 pr.
  769.   26.    1    HU A-I-8 pr.
  770.   27.    1    HU A-4 pr.
  771.   28.    1    HU A-I-16 pr.
  772.   29.    1    HU A-10 pr.
  773.   30.    1    HU A-9 pr.
  774.   31.    1    HU A-I-4B pr.
  775.   32.    1    HU A-5 pr.
  776.   33.    1    HU A-I-F pr.
  777.   34.    1    HU A-I-14 pr.
  778.   35.    1    HU A-2 pr.
  779.   36.    1    HU A-1 pr.
  780.   37.    1    HU A-I-6 pr.
  781.  
  782.    N Group      Aligned sequences:
  783.  
  784.    1.    1 YKQLQLQERTNIRKCQELLEQLNGKI--NLTYRADFKIPMEMTEKMQ--KSYTAFAIQEM
  785.    2.    1 YSLLRFQQRRSAEVCQKLLGQLHSTPQHCLEAKMDFQVPEEMNQAQQFRKEDAILVIYEM
  786.    3.    1 YSLLRFQQRRSLALCQKLLRQLPSTPQHCLEARMDFQMPEEMKQAQQFQKEDAILVIYEM
  787.    4.    1 YSLLRFQQRQSLKECQKLLGQLPSTSQHCLEARMDFQMPEEMKQEQQFQKEDAILVMYEV
  788.    5.    1 YDLLRSQLRSSNSACLMLLRQLNGAPQRCPEDTMNFQVPEEIEQAQQFQKEDAALVIYEM
  789.    6.    1 YNLLGFLQRSSNFQCQKLLWQLNGRLEYCLKDRMNFDIPEEIKQLQQFQKEDAALTIYEM
  790.    7.    1 CDLSPNHVLVGRQNLRLLGQMRRLSPRFCLQDRKDFAFPQEMVEVSQFQEAQAISVLHEM
  791.    8.    1 CDLPASLDLRKQETLRVLHQMETISPPSCLKHRTDFRFPQEQLDGRQFPEAQATSVLQEM
  792.    9.    1 CDLPQNHILVSRKNFVLLGQMSRISSAICLKDRKDFRFPQDMADGRQFPEAQAASVLHEM
  793.   10.    1 CDLPQNHGLLSRNTLVLLHQMRRISPFLCLKDRRDFRFPQEMVKGSQLQKAHVMSVLHEM
  794.   11.    1 CDLPHTHNLRNKRVFTLLAQMRRLSPVSCLKDRKYFGFPLEKVDGQQIQKAQAIPVLHEL
  795.   12.    1 CDLPHTYNLGNKRALTVLEEMRRLPPLSCLKDRKDFGFPLEKVDNQQIQKAQAILVLRDL
  796.   13.    1 CDLPHTYNLRNKRALKVLAQMRRLPFLSCLKDRQDFGFPLEKVDNQQIQKAQAIPVLRDL
  797.   14.    1 CDLPQTHNLRNKRALTLLVKMRRLSPLSCLKDRKDFGFPQEKVGAQQIQEAQAIPVLTEL
  798.   15.    1 CDLPQTHNLRNKRALTLLVQMRRLSPLSCLKDRKDFGFPQEKVDAQQIKKAQAIPVLSEL
  799.   16.    1 CDLPQTHNLRNKRALTLLVKMRRLSPLSCLKDRKDFGFPQEKVGAQQIQEAQAIPVLSEL
  800.   17.    1 CHLPHTHSLANRRVLMLLQQLRRVSPSSCLQDRNDFEFLQEALGGSQLQKAQAISVLHEV
  801.   18.    1 CHLPHTHSLANRRVLMLLGQLRRVSPSSCLQDRNDFAFPQEALGGSQLQKAQAISVLHEV
  802.   19.    1 CHLPHTHSLPNRRVLTLLRQLRRVSPSSCLQDRNDFAFPQEALGGSQLQKAQAISVLHEV
  803.   20.    1 CHLPHSHSLAKRRVLTLLRQLRRVSPSSCLQDRNDFAFPQEALGGSQLQKAQAISVLHEV
  804.   21.    1 CHLPHSHSLAKRRVLTLLRQLRRVSPSSCLQDRNDFAFPQEALGGSQLQKAQAISVLHEV
  805.   22.    1 CDLPHTHSLGNTRVLMLLGQMRRISPFSCLKDRNDFGFPQEVFDGNQFRKPQAISAVHET
  806.   23.    1 CDLPHTHSLGNTRVLMLLGQMRRISPFSCLKDRNDFGFPQEVFDGNQFRKPQAISAVHET
  807.   24.    1 CDLPHTHSLGNTRVLMLLGQMRRISPFSCLKDRNDFGFPQEVFDGNQFRKPQAISAVHET
  808.   25.    1 CDLPHTHSLGNTRVLMLLGQMRRISPFSCLKDRNDFGFPQEVFDGNQFRKPQAISAVHET
  809.   26.    1 CDLPQTHSLGNRRALILLAQMRRISPFSCLKDRHDFEFPQEEFDDKQFQKAQAISVLHEM
  810.   27.    1 CDLPQTHSLGNRRALILLAQMRRISPFSCLKDRHDFEFPQEEFDDKQFQKAQAISVLHEM
  811.   28.    1 CDLPQTHSLGNRRALILLAQMGRISHFSCLKDRYDFGFPQEVFDGNQFQKAQAISAFHEM
  812.   29.    1 CDLPQTHSLRNRRALILLAQMGRISPFSCLKDRHEFRFPEEEFDGHQFQKTQAISVLHEM
  813.   30.    1 CDLPQTHSLGNRRALILLAQMGRISPFSCLKDRPDFGLPQEEFDGNQFQKTQAISVLHEM
  814.   31.    1 CDLPQTHSLGNRRALILLAQMGRISHFSCLKDRHDFGFPEEEFDGHQFQKTQAISVLHEM
  815.   32.    1 CDLPQTHSLGNRRALILLGQMGRISPFSCLKDRHDFRIPQEEFDGNQFQKAQAISVLHEM
  816.   33.    1 CDLPQTHSLGNRRALILLAQMGRISPFSCLKDRHDFGFPQEEFDGNQFQKAQAISVLHEM
  817.   34.    1 CNLSQTHSLNNRRTLMLMAQMRRISPFSCLKDRHDFEFPQEEFDGNQFQKAQAISVLHEM
  818.   35.    1 CDLPQTHSLGSRRTLMLLAQMRKISLFSCLKDRHDFGFPQEEF-GNQFQKAETIPVLHEM
  819.   36.    1 CDLPETHSLDNRRTLMLLAQMSRISPSSCLMDRHDFGFPQEEFDGNQFQKAPAISVLHEL
  820.   37.    1 CDLPQTHSLGHRRTMMLLAQMRRISLFSCLKDRHDFRFPQEEFDGNQFQKAEAISVLHEV
  821.  
  822.    1.    1 LQNVFLVFRNNFSSTGWNETIVVRLLDELHQQTVFLKTVL-EEKQEERLTWEMSSTALHL
  823.    2.    1 LQQIFNILTRDFSSTGWSETIIEDLLVELYGQMNRLQPIQKEIMQEQNFTMGDTTV-LHL
  824.    3.    1 LQQIFNILTRDFSSTGWSETIIEDLLEELYEQMNHLEPIQKEIMQKQNSTMGDTTV-LHL
  825.    4.    1 LQHIFGILTRDFSSTGWSETIIEDLLKELYWQMNRLQPIQKEIMQKQNSTTEDTIV-PHL
  826.    5.    1 LQHTWRIFRRNFASTGWNETIVKNLLVEVHLQMDRLETNLEEIMEEESSTWGNTTI-LRL
  827.    6.    1 LQNIFAIFRQDSSSTGWNETIVENLLANVYHQINHLKTVLEEKLEKEDFTRGKLMSSLHL
  828.    7.    1 LQQSFNLFHKERSSAAWDTTLLEQLLTGLHQQLDDLDACLGLLTGEEDSALGRTGPTLAM
  829.    8.    1 LQQIVSLFHTERSSAAWNTTLLDRLLAGLHQQLEDLNTCLDEQTGEEESALGTVGPTLAV
  830.    9.    1 LQQIFSLFHTERSSAAWNTTLLDELCTGLLRQLEDLDTCLEQEMGEEESALGTVRPTLAV
  831.   10.    1 LQQIFSLFHTERSSAAWNMTLLDQLHTELHQQLQHLETCLLQVVGEGESAGAISSPALTL
  832.   11.    1 TQQILSLFTSKESSTAWDATLLDSFCNDLQQQLSGLQACLMQQVGVQESPLTQEDSLLAV
  833.   12.    1 TQQILNLFTSKDLSATWNATLLDSFCNDLHQQLNDLKACVM-----QEPPLTQEDSLLAV
  834.   13.    1 TQQTLNLFTSKASSAAWNATLLDSFCNDLHQQLNDLQTCLMQQVGVQEPPLTQEDALLAV
  835.   14.    1 TQQILTLFTSKDSSAAWNATLLDSFCNDLHQLLNDLQGCLMQQVEIQALPLTQEDSLLAV
  836.   15.    1 TQQILNIFTSKDSSAAWNATLLDSFCNDLHQQLNDLQGCLMQQVGVQEFPLTQEDALLAV
  837.   16.    1 TQQVLNIFTSKDSSAAWNATLLDSFCNEVHQQLNDLKACVMQQVGVQESPLTQEDSLLAV
  838.   17.    1 TQHTFQLFSTEGSPATWDKSLLDKLRAALDQQLTDLQACLTQEEGLRGAPLLKEDSSLAV
  839.   18.    1 TQHTFQLFSTEGSATMWDESLLDKLRDALDQQLTDLQFCLRQEEELQGAPLLKEDSSLAV
  840.   19.    1 TQHTFQLFSTEGSATTWDESLLDKLHAALDQQLTDLQACLRQEEGLRGAPLLKEGSSLAV
  841.   20.    1 TQHTFQLSSTEGSAAVWDESLLDKLRTALDQQLTDLQACLRQEEGLPGAPLLKEDSSLAV
  842.   21.    1 TQHTFQLFSTEGSAAVWDESLLDRLRTALDQQLTDLQACLRQEEGLPGAPLLKEDSSLAV
  843.   22.    1 IQQIFHLFSTDGSSAAWDESLLDKLYTGLYQQLTELEACLSQEVGVEETPLMNEDSLLAV
  844.   23.    1 IQQIFHLFSTDGSSAAWDESLLDKLYTGLYQQLTELEACLSQEVGVEETPLMNEDSLLAV
  845.   24.    1 IQQIFHLFSTDGSSAAWDESLLDKLYTGLYQQLTELEACLSQEVGVEETPLMNEDSLLAV
  846.   25.    1 IQQIFHLFSTDGSSAAWDESLLDKLYTGLYQQLTELEACLSQEVGVEETPLMNEDSLLAV
  847.   26.    1 IQQTFNLFSTKDSSAALDETLLDEFYIELDQQLNDLESCVMQEVGVIESPLMYEDSILAV
  848.   27.    1 IQQTFNLFSTKDSSAALDETLLDEFYIELDQQLNDLEVLCDQEVGVIESPLMYEDSILAV
  849.   28.    1 IQQTFNLFSTKDSSAAWDETLLDKFYIELFQQLNDLEACVTQEVGVEEIALMNEDSILAV
  850.   29.    1 IQQTFNLFSTEDSSAAWEQSLLEKFSTELYQQLNDLEACVIQEVGVEETPLMNEDFILAV
  851.   30.    1 IQQTFNLFSTEDSSAAWEQSLLEKFSTELYQQLNNLEACVIQEVGMEETPLMNEDSILAV
  852.   31.    1 IQQTFNLFSTEDSSAAWEQSLLEKFSTELYQQLNDLEACVIQEVGVEETPLMNVDSILAV
  853.   32.    1 IQQTFNLFSTEDSSAAWEQSLLEKFSTELYQQLNDLEACVIQEVGVEETPLMNEDSILAV
  854.   33.    1 IQQTFNLFSTKDSSATWEQSLLEKFSTELNQQLNDMEACVIQEVGVEETPLMNVDSILAV
  855.   34.    1 MQQTFNLFSTKNSSAAWDETLLEKFYIELFQQMNDLEACVIQEVGVEETPLMNEDSILAV
  856.   35.    1 IQQIFNLFSTKDSSAAWDETLLDKFYTELYQQLNDLEACVIQGVGVTETPLMKEDSILAV
  857.   36.    1 IQQIFNLFTTKDSSAAWDEDLLDKFCTELYQQLNDLEACVMQEERVGETPLMNADSILAV
  858.   37.    1 IQQTFNLFSTKDSSVAWDERLLDKLYTELYQQLNDLEACVMQEVWVGGTPLMNEDSILAV
  859.  
  860.    1.    1 KSYYWRVQRYLKLMKYNSYAWMVVRAEIFRNFLIIRRLTRNFQN
  861.    2.    1 KKYYFNLVQYLESKEYNRCAWTVVRVQILTNFSFLMRLTASLRD
  862.    3.    1 RKYYFNLVQYLKSKEYNRCAWTVVRVQILRNFSFLTRLTGYLRE
  863.    4.    1 GKYYFNLMQYLESKEYDRCAWTVVQVQILTNVSFLMRLTGYVRD
  864.    5.    1 KKYYGRISQYLKAKKYSHCAWTVVQAEMLRNLAFLNGLTDYLQN
  865.    6.    1 KRYYGRILHYLKAKEYSHCAWTIVRVEILRNFYFINRLTGYLRN
  866.    7.    1 KRYFQGIHVYLQEKGYSDCAWEIVRLEIMRSLSSSTSLQERLRM
  867.    8.    1 KRYFRRIRLYLTEKKYSDCAWEIVRVDIMRSFSSSANLQGRLGM
  868.    9.    1 KRYFRGIHLYLKEKKYSDCAWEIVRMEIMRSFSSSANLQGRLRM
  869.   10.    1 RRYFQGIRVYLKEKKYSDCAWEVVRMEIMKSLFLSTNMQERLRS
  870.   11.    1 REYFHRITVYLRENKHSPCAWEVVKAEVWRALSSSANLMGRLRE
  871.   12.    1 RTYFHRITVYLRKKKHSLCAWEVIRAEVWRALSSSTNLLARLSE
  872.   13.    1 RKYFHRITVYLREKKHSPCAWEVVRAEVWRALSSSVNLLPRLSE
  873.   14.    1 RTYFHRITVFLREKKHSPCAWEVVRAEVWRALSSSAKLLARLNE
  874.   15.    1 RKYFHRITVYLREKKHSPCAWEVVRAEVWRALSSSANVLGRLRE
  875.   16.    1 RKYFHRITVYLREKKHSPCAWEVVRAEVWRALSSSVNLLARLSK
  876.   17.    1 RKYFHRLTLYLQEKRHSPCAWEVVRAEVMRAFSSSTNLQESFRR
  877.   18.    1 RKYFHRLTLYLQEKRHSPCAWEVVRAQVMRAFSSSTNLQESFRR
  878.   19.    1 RKYFHRLTLYLQEKRHSPCAWEVVRAEVMRAFSSSTNLQEKFRR
  879.   20.    1 RKYFHRLTLYLQEKRHSPCAWEVVRAQVMRAFSSSTNLQERFRR
  880.   21.    1 RKYFHRLTLYLQEKRHSPCAWEVVRAQVMRAFSSSTNLQERFRR
  881.   22.    1 RRYFQRIALYLQEKKYSPCAWEIVRAEIMRSFSSSTNLPQS---
  882.   23.    1 RRYFQRIALYLQEKKYSPCAWEIVRAEIMRSFSSSTNLPQS---
  883.   24.    1 RRYFQRIALYLQEKKYSPCAWEIVRAEIMRCFSSSTNLQQS---
  884.   25.    1 RRYFQRITLYLQEKKYSPCAWEIVRAEIMRSFSSSTNLPQS---
  885.   26.    1 RKYFQRITLYLTEKKYSSCAWEVVRAEIMRSFSLSINLQKRLKS
  886.   27.    1 RKYFQRITLYLTEKKYSSCAWEVVRAEIMRSFSLSINLQKRLKS
  887.   28.    1 RKYFQRITLYLMGKKYSPCAWEVVRAEIMRSFSFSTNLQKGLRR
  888.   29.    1 RKYFQRITLYLMEKKYSPCAWEVVRAEIMRSFSFSTNLKKGLRR
  889.   30.    1 RKYFQRITLYLTEKKYSPCAWEVVRAEIMRSLSFSTNLQKILRR
  890.   31.    1 RKYFQRITLYLTEKKYSPCAWEVVRAEIMRSLSFSTNLQKRLRR
  891.   32.    1 RKYFQRITLYLIERKYSPCAWEVVRAEIMRSLSFSTNLQKRLRR
  892.   33.    1 KKYFQRITLYLTEKKYSPCAWEVVRAEIMRSFSLSKIFQERLRR
  893.   34.    1 KKYFQRITLYLMEKKYSPCAWEVVRAEIMRSLSFSTNLQKRLRR
  894.   35.    1 RKYFQRITLYLKEKKYSPCAWEVVRAEIMRSFSLSTNLQESLRS
  895.   36.    1 KKYFRRITLYLTEKKYSPCAWEVVRAEIMRSLSLSTNLQERLRR
  896.   37.    1 RKYFQRITLYLTEKKYSPCAWEVVRAEIMRSFSSSRNLQERLRR
  897.  
  898.  Value profile:
  899.      1      2      3      4      5      6      7      8      9     10
  900. 76.543 49.632 75.529 67.057 75.529 77.232 66.241 65.439 84.393 84.393
  901.  
  902.     11     12     13     14     15     16     17     18     19     20
  903. 89.610 84.393 84.393 85.220 91.499 83.581 84.393 93.473 88.246 88.246
  904.  
  905.     21     22     23     24     25     26     27     28     29     30
  906. 89.610 91.019 77.933 84.393 78.287 78.287 69.314 55.326 33.775 51.321
  907.  
  908.     31     32     33     34     35     36     37     38     39     40
  909. 52.484 40.683 86.923 85.639 74.213 87.360 88.246 74.213 68.454 85.639
  910.  
  911.     41     42     43     44     45     46     47     48     49     50
  912. 72.622 77.581 70.191 81.615 73.251 70.191 65.175 71.694 79.368 65.439
  913.  
  914.     51     52     53     54     55     56     57     58     59     60
  915. 88.246 84.804 75.529 75.864 89.610 79.005 81.615 83.985 80.477 81.615
  916.  
  917.     61     62     63     64     65     66     67     68     69     70
  918. 81.615 79.005 79.005 80.477 86.923 74.538 75.864 74.538 80.105 80.853
  919.  
  920.     71     72     73     74     75     76     77     78     79     80
  921. 80.477 78.287 70.488 77.581 41.898 41.898 77.933 74.538 76.202 79.005
  922.  
  923.     81     82     83     84     85     86     87     88     89     90
  924. 86.063 86.063 84.393 86.491 86.491 90.075 90.075 91.019 91.019 90.544
  925.  
  926.     91     92     93     94     95     96     97     98     99    100
  927. 86.491 83.181 84.393 86.063 83.581 83.581 88.246 80.105 82.784 86.491
  928.  
  929.    101    102    103    104    105    106    107    108    109    110
  930. 86.063 82.391 86.923 88.696 69.605 75.864 75.529 80.477 66.241 74.866
  931.  
  932.    111    112    113    114    115    116    117    118    119    120
  933. 73.569 79.368 76.886 84.393 84.393 84.393 83.581 83.181 79.368 77.933
  934.  
  935.    121    122    123    124    125    126    127    128    129    130
  936. 74.866 70.488 87.360 76.202 76.202 76.886 71.694 83.181 83.181 84.393
  937.  
  938.    131    132    133    134    135    136    137    138    139    140
  939. 82.001 80.105 77.581 76.886 51.321 63.119 59.048 52.879 69.897 65.704
  940.  
  941.    141    142    143    144    145    146    147    148    149    150
  942. 35.336 67.333 59.048 65.175 70.488 70.786 71.694 72.622 71.390 82.001
  943.  
  944.    151    152    153    154    155    156    157    158    159    160
  945. 83.581 88.246 87.801 88.246 88.696 91.019 94.495 94.495 96.075 95.015
  946.  
  947.    161    162    163    164
  948. 94.495 94.495 94.495 91.499
  949. __________________________________________________________________
  950.  
  951.  
  952.  
  953. 6. SEARCHING FOR PATTERNS IN COMBINATORIAL PEPTIDE LIBRARY.
  954.  
  955.  
  956. 1.  Go to the item  "File".
  957. 2.  Go to the item  "Protein".
  958. 3.  Select file "LIBRARY.ALI".
  959. 4.  Press "Alt I" to select all peptides and press "Esc".
  960. 5.  Go to the item "Options".
  961. 6.  Select "Sequence display mode" and switch to "sequence".
  962. 7.  Go to the item "Calculation".
  963. 8.  Select "Min frame". Press "Enter", type "3", press "Enter".
  964. 9.  Select "Max frame". Press "Enter", type "4", press "Enter".
  965. 10. Go to the item "Prep. data".
  966. 11. Move cursor to the first position and press "Alt B".
  967. 12. Move cursor to the last position and press "Alt E".
  968. 13. Press "F10" or "Esc" to go to the main menu.
  969. 14. Go to the item "Analysis".
  970. 15. Select "Motifs search".
  971. 16. Select matrix of amino acids similarity "ONE.MAT", press "ENTER", 
  972.     type 25 as maximal % of acceptable mismatches.
  973. 17. Wait for calculation finishing.
  974. 18. Go to the item "Save last result", select the name of existing
  975.     file or type new name if you want to save patterns to disk.
  976. 19. Go to the item "View last result" to see the table of patterns.
  977. 20. Select any pattern (the first, for example) and press "ENTER" to map 
  978.     the pattern on the sequences. 
  979. 21. Go to the item "Prep. data" to view the pattern on the sequences.
  980.     Selected pattern is marked in RED. 
  981. 22. To sort the sequences by presence of the pattern press "Alt S" and
  982.     select item "SORT BY MOTIF". 
  983. 23. To change the font to display pattern press "F8". You'll get the
  984.     following result: 
  985.  
  986.  Name               Act   Grp Line 1   Col 1
  987.  
  988.  CLONE 8819,58     1.000  1 lnDmSNhipspltlp
  989.  CLONE 8893        1.000  1 lnDmSNhipspltlp
  990.  CLONE 8833        1.000  1 lvDlSNsqsppalls
  991.  CLONE 8875        1.000  1 lvDaSNmsnpvllla
  992.  CLONE 8855,91     1.000  1 lvDvSNttmqlssvn
  993.  CLONE 8884        1.000  1 lvDlSNrpvapnllg
  994.  CLONE 8832        1.000  1 ltDlSNvtarnwtvs
  995.  CLONE 8894        1.000  1 ltDkSNvphvwpypa
  996.  CLONE 8861        1.000  1 ldDySNvprttqslp
  997.  CLONE 8810,35     1.000  1 tiDmSNvyttptfps
  998.  CLONE 8827,48     1.000  1 fdDwSNkspaslppt
  999.  CLONE 8888        1.000  1 fvDlSNnvyssespn
  1000.  CLONE 8843        1.000  1 itDlSNmllpsppps
  1001.  CLONE 8845        1.000  1 itDlSNviapdtpky
  1002.  CLONE 8812        1.000  1 vnDmSNhipspltlp
  1003.  CLONE 8851,28,69  1.000  1 lqDnSNhlipsvppl
  1004.  CLONE 8841        1.000  1 fhthnmtDiSNrlps
  1005.  CLONE 8842        1.000  1 lsDqSNrpqftnlmr
  1006.  CLONE 8873        1.000  1 rvreedapnlslspi
  1007.  
  1008. 24. The library can be further divided into subgroups with different
  1009.     patterns by changing group number for sequences with identified
  1010.     pattern (press "Cntl-Alt-2" to change the active group number to "2"
  1011.     and "Enter" to change the sequence group number) combined with sorting by
  1012.     group number. 
  1013.  
  1014. 25. Press "F9" if you want to clear the pattern. 
  1015.  
  1016.  
  1017. 26. Listing of the patterns saved to disk (see item #18):
  1018. _________________________________________________________________
  1019.  
  1020.  
  1021. Search motifs.
  1022. Number item   Length of peptide    Frequency    Sequence
  1023. 1            4                   18           D-SN
  1024. 2            4                    7           PD-P
  1025. 3            4                    6           S-PP
  1026. 4            4                    6           DLSN
  1027. 5            4                    6           P-PP
  1028. 6            4                    6           P-GQ
  1029. 7            4                    6           GQ-P
  1030. 8            3                    6           DLS
  1031. 9            3                    6           LSN
  1032. 10            3                    6           PDP
  1033. 11            4                    5           VD-S
  1034. 12            4                    5           TD-S
  1035. 13            4                    5           P-PL
  1036. 14            4                    5           SQ-P
  1037. 15            4                    5           P-LL
  1038. 16            4                    5           S-VP
  1039. 17            3                    5           MSN
  1040. 18            3                    5           SNV
  1041. 19            3                    5           SLP
  1042. 20            3                    5           QTP
  1043. 21            4                    4           DMSN
  1044. 22            4                    4           S-SP
  1045. 23            4                    4           SE-P
  1046. 24            4                    4           T-LS
  1047. 25            4                    4           PS-P
  1048. __________________________________________________________________
  1049.  
  1050. Sequences with the main motif D-SN 
  1051.  
  1052.  
  1053. 7. PROFILES OF PHYSICO-CHEMICAL PROPERTIES (EXAMPLE WITH HOPP-WOODS
  1054. HYDROPHILICITY).
  1055.  
  1056. 1.  Go to the item "File".
  1057. 2.  Go to the item "Property".
  1058. 3.  Select file "Property.ppt".
  1059. 4.  Press "Alt I" to select all properties and press "Esc".
  1060. 5.  Go to the item "Protein".
  1061. 6.  Select file "IFN.ALI".
  1062. 7.  Press "Alt I" to select all proteins and press "Esc".
  1063. 8.  Go to the item "Prep. data".
  1064. 9.  Move cursor to the first position and press "Alt B".
  1065. 10. Move cursor to the last position and press "Alt E".
  1066. 11. Press "F10" or "Esc" to go to the main menu.
  1067. 12. Go to the item "Options".
  1068. 13. Go to the item "Calculation".
  1069. 14. Select "Min frame". Press "Enter", type "7", press "Enter".
  1070. 15. Select "Max frame". Press "Enter", type "7", press "Enter".
  1071. 18. Go to the main menu (by pressing "Esc").
  1072. 19. Go to the item "Analysis".
  1073. 20. Select "Factors definition" and press "Enter".
  1074. 21. Press "Enter" to select "Fragment 1 pos. 1-172.
  1075. 22. Select "Average for a fragment" and press "Enter".
  1076. 23. Switch property "Hydrophilicity Hopp-Woods" to "On" (by pressing "Enter")
  1077. 24. Switch all other properties to "Off" (by pressing "Enter").
  1078. 26. Return back to the menu item "Analysis" (by pressing "Esc").
  1079. 27. Go to the item  "Profile analysis".
  1080. 28. Select "Phys-chem profiles".
  1081. 29. Select "Average profile".
  1082. 21. Wait for calculation. After finishing the calculated profile
  1083.     will be shown.
  1084. 22. Press "F2" if you want to print the profile.
  1085. 23. Go to the item "Save profile", select the name of existing file or
  1086.     type new name if you want to save the profile to disk.
  1087. 24. If protein 3D structure is loaded, you can map the profile on 3D
  1088.     structure:
  1089. 25. Go to the item "View profile on    3D".
  1090. 26. Type upper threshold for low values of the profile and press "ENTER".
  1091. 27. Type low threshold for high values of the profile and press "ENTER".
  1092. 28. You'll get stereo picture of protein in three colors that reflects
  1093.     the low, intermediate and high values of the profile (low values
  1094.     are in RED, intermediate values are in YELLOW and high values
  1095.     are in CYAN).
  1096. 29. Sites with high profile values are possible surface regions.
  1097. 30. Profile result:
  1098. _____________________________________________
  1099.  
  1100.  
  1101.  Average profile for fragment: 1-172
  1102.  Min-max frame: 7-7
  1103.  Function: Average for a fragment
  1104.  Property: Hydrophilicity Hopp-Woods
  1105.  
  1106.  Name sequence:
  1107.    1.   MO B pr.
  1108.    2.   BO B-3 pr.
  1109.    3.   BO B-2 pr.
  1110.    4.   BO B-1 pr.
  1111.    5.   HO B-I pr.
  1112.    6.   HU B-1 pr.
  1113.    7.   BO A-II-1 pr.
  1114.    8.   HO A-II-1 pr.
  1115.    9.   HO A-II-2 pr.
  1116.   10.   HU A-II-1 pr.
  1117.   11.   RA A-I-1 pr.
  1118.   12.   MO A-I-4 pr.
  1119.   13.   MO A-2 pr.
  1120.   14.   MO A-I-6 pr.
  1121.   15.   MO A-1 pr.
  1122.   16.   MO A-I-5 pr.
  1123.   17.   BO A-I-A pr.
  1124.   18.   BO A-I-C pr.
  1125.   19.   BO A-I-B pr.
  1126.   20.   BO A-I-D pr.
  1127.   21.   BO A-I-1 pr.
  1128.   22.   HO A-I-1 pr.
  1129.   23.   HO A-I-3 pr.
  1130.   24.   HO A-I-2 pr.
  1131.   25.   HO A-I-4 pr.
  1132.   26.   HU A-I-8 pr.
  1133.   27.   HU A-4 pr.
  1134.   28.   HU A-I-16 pr.
  1135.   29.   HU A-10 pr.
  1136.   30.   HU A-9 pr.
  1137.   31.   HU A-I-4B pr.
  1138.   32.   HU A-5 pr.
  1139.   33.   HU A-I-F pr.
  1140.   34.   HU A-I-14 pr.
  1141.   35.   HU A-2 pr.
  1142.   36.   HU A-1 pr.
  1143.   37.   HU A-I-6 pr.
  1144.  
  1145.  Aligned sequences:
  1146.  
  1147.    1. YKQLQLQERTNIRKCQELLEQLNGKI--NLTYRADFKIPMEMTEKMQ--KSYTAFAIQEM
  1148.    2. YSLLRFQQRRSAEVCQKLLGQLHSTPQHCLEAKMDFQVPEEMNQAQQFRKEDAILVIYEM
  1149.    3. YSLLRFQQRRSLALCQKLLRQLPSTPQHCLEARMDFQMPEEMKQAQQFQKEDAILVIYEM
  1150.    4. YSLLRFQQRQSLKECQKLLGQLPSTSQHCLEARMDFQMPEEMKQEQQFQKEDAILVMYEV
  1151.    5. YDLLRSQLRSSNSACLMLLRQLNGAPQRCPEDTMNFQVPEEIEQAQQFQKEDAALVIYEM
  1152.    6. YNLLGFLQRSSNFQCQKLLWQLNGRLEYCLKDRMNFDIPEEIKQLQQFQKEDAALTIYEM
  1153.    7. CDLSPNHVLVGRQNLRLLGQMRRLSPRFCLQDRKDFAFPQEMVEVSQFQEAQAISVLHEM
  1154.    8. CDLPASLDLRKQETLRVLHQMETISPPSCLKHRTDFRFPQEQLDGRQFPEAQATSVLQEM
  1155.    9. CDLPQNHILVSRKNFVLLGQMSRISSAICLKDRKDFRFPQDMADGRQFPEAQAASVLHEM
  1156.   10. CDLPQNHGLLSRNTLVLLHQMRRISPFLCLKDRRDFRFPQEMVKGSQLQKAHVMSVLHEM
  1157.   11. CDLPHTHNLRNKRVFTLLAQMRRLSPVSCLKDRKYFGFPLEKVDGQQIQKAQAIPVLHEL
  1158.   12. CDLPHTYNLGNKRALTVLEEMRRLPPLSCLKDRKDFGFPLEKVDNQQIQKAQAILVLRDL
  1159.   13. CDLPHTYNLRNKRALKVLAQMRRLPFLSCLKDRQDFGFPLEKVDNQQIQKAQAIPVLRDL
  1160.   14. CDLPQTHNLRNKRALTLLVKMRRLSPLSCLKDRKDFGFPQEKVGAQQIQEAQAIPVLTEL
  1161.   15. CDLPQTHNLRNKRALTLLVQMRRLSPLSCLKDRKDFGFPQEKVDAQQIKKAQAIPVLSEL
  1162.   16. CDLPQTHNLRNKRALTLLVKMRRLSPLSCLKDRKDFGFPQEKVGAQQIQEAQAIPVLSEL
  1163.   17. CHLPHTHSLANRRVLMLLQQLRRVSPSSCLQDRNDFEFLQEALGGSQLQKAQAISVLHEV
  1164.   18. CHLPHTHSLANRRVLMLLGQLRRVSPSSCLQDRNDFAFPQEALGGSQLQKAQAISVLHEV
  1165.   19. CHLPHTHSLPNRRVLTLLRQLRRVSPSSCLQDRNDFAFPQEALGGSQLQKAQAISVLHEV
  1166.   20. CHLPHSHSLAKRRVLTLLRQLRRVSPSSCLQDRNDFAFPQEALGGSQLQKAQAISVLHEV
  1167.   21. CHLPHSHSLAKRRVLTLLRQLRRVSPSSCLQDRNDFAFPQEALGGSQLQKAQAISVLHEV
  1168.   22. CDLPHTHSLGNTRVLMLLGQMRRISPFSCLKDRNDFGFPQEVFDGNQFRKPQAISAVHET
  1169.   23. CDLPHTHSLGNTRVLMLLGQMRRISPFSCLKDRNDFGFPQEVFDGNQFRKPQAISAVHET
  1170.   24. CDLPHTHSLGNTRVLMLLGQMRRISPFSCLKDRNDFGFPQEVFDGNQFRKPQAISAVHET
  1171.   25. CDLPHTHSLGNTRVLMLLGQMRRISPFSCLKDRNDFGFPQEVFDGNQFRKPQAISAVHET
  1172.   26. CDLPQTHSLGNRRALILLAQMRRISPFSCLKDRHDFEFPQEEFDDKQFQKAQAISVLHEM
  1173.   27. CDLPQTHSLGNRRALILLAQMRRISPFSCLKDRHDFEFPQEEFDDKQFQKAQAISVLHEM
  1174.   28. CDLPQTHSLGNRRALILLAQMGRISHFSCLKDRYDFGFPQEVFDGNQFQKAQAISAFHEM
  1175.   29. CDLPQTHSLRNRRALILLAQMGRISPFSCLKDRHEFRFPEEEFDGHQFQKTQAISVLHEM
  1176.   30. CDLPQTHSLGNRRALILLAQMGRISPFSCLKDRPDFGLPQEEFDGNQFQKTQAISVLHEM
  1177.   31. CDLPQTHSLGNRRALILLAQMGRISHFSCLKDRHDFGFPEEEFDGHQFQKTQAISVLHEM
  1178.   32. CDLPQTHSLGNRRALILLGQMGRISPFSCLKDRHDFRIPQEEFDGNQFQKAQAISVLHEM
  1179.   33. CDLPQTHSLGNRRALILLAQMGRISPFSCLKDRHDFGFPQEEFDGNQFQKAQAISVLHEM
  1180.   34. CNLSQTHSLNNRRTLMLMAQMRRISPFSCLKDRHDFEFPQEEFDGNQFQKAQAISVLHEM
  1181.   35. CDLPQTHSLGSRRTLMLLAQMRKISLFSCLKDRHDFGFPQEEF-GNQFQKAETIPVLHEM
  1182.   36. CDLPETHSLDNRRTLMLLAQMSRISPSSCLMDRHDFGFPQEEFDGNQFQKAPAISVLHEL
  1183.   37. CDLPQTHSLGHRRTMMLLAQMRRISLFSCLKDRHDFRFPQEEFDGNQFQKAEAISVLHEV
  1184.  
  1185.    1. LQNVFLVFRNNFSSTGWNETIVVRLLDELHQQTVFLKTVL-EEKQEERLTWEMSSTALHL
  1186.    2. LQQIFNILTRDFSSTGWSETIIEDLLVELYGQMNRLQPIQKEIMQEQNFTMGDTTV-LHL
  1187.    3. LQQIFNILTRDFSSTGWSETIIEDLLEELYEQMNHLEPIQKEIMQKQNSTMGDTTV-LHL
  1188.    4. LQHIFGILTRDFSSTGWSETIIEDLLKELYWQMNRLQPIQKEIMQKQNSTTEDTIV-PHL
  1189.    5. LQHTWRIFRRNFASTGWNETIVKNLLVEVHLQMDRLETNLEEIMEEESSTWGNTTI-LRL
  1190.    6. LQNIFAIFRQDSSSTGWNETIVENLLANVYHQINHLKTVLEEKLEKEDFTRGKLMSSLHL
  1191.    7. LQQSFNLFHKERSSAAWDTTLLEQLLTGLHQQLDDLDACLGLLTGEEDSALGRTGPTLAM
  1192.    8. LQQIVSLFHTERSSAAWNTTLLDRLLAGLHQQLEDLNTCLDEQTGEEESALGTVGPTLAV
  1193.    9. LQQIFSLFHTERSSAAWNTTLLDELCTGLLRQLEDLDTCLEQEMGEEESALGTVRPTLAV
  1194.   10. LQQIFSLFHTERSSAAWNMTLLDQLHTELHQQLQHLETCLLQVVGEGESAGAISSPALTL
  1195.   11. TQQILSLFTSKESSTAWDATLLDSFCNDLQQQLSGLQACLMQQVGVQESPLTQEDSLLAV
  1196.   12. TQQILNLFTSKDLSATWNATLLDSFCNDLHQQLNDLKACVM-----QEPPLTQEDSLLAV
  1197.   13. TQQTLNLFTSKASSAAWNATLLDSFCNDLHQQLNDLQTCLMQQVGVQEPPLTQEDALLAV
  1198.   14. TQQILTLFTSKDSSAAWNATLLDSFCNDLHQLLNDLQGCLMQQVEIQALPLTQEDSLLAV
  1199.   15. TQQILNIFTSKDSSAAWNATLLDSFCNDLHQQLNDLQGCLMQQVGVQEFPLTQEDALLAV
  1200.   16. TQQVLNIFTSKDSSAAWNATLLDSFCNEVHQQLNDLKACVMQQVGVQESPLTQEDSLLAV
  1201.   17. TQHTFQLFSTEGSPATWDKSLLDKLRAALDQQLTDLQACLTQEEGLRGAPLLKEDSSLAV
  1202.   18. TQHTFQLFSTEGSATMWDESLLDKLRDALDQQLTDLQFCLRQEEELQGAPLLKEDSSLAV
  1203.   19. TQHTFQLFSTEGSATTWDESLLDKLHAALDQQLTDLQACLRQEEGLRGAPLLKEGSSLAV
  1204.   20. TQHTFQLSSTEGSAAVWDESLLDKLRTALDQQLTDLQACLRQEEGLPGAPLLKEDSSLAV
  1205.   21. TQHTFQLFSTEGSAAVWDESLLDRLRTALDQQLTDLQACLRQEEGLPGAPLLKEDSSLAV
  1206.   22. IQQIFHLFSTDGSSAAWDESLLDKLYTGLYQQLTELEACLSQEVGVEETPLMNEDSLLAV
  1207.   23. IQQIFHLFSTDGSSAAWDESLLDKLYTGLYQQLTELEACLSQEVGVEETPLMNEDSLLAV
  1208.   24. IQQIFHLFSTDGSSAAWDESLLDKLYTGLYQQLTELEACLSQEVGVEETPLMNEDSLLAV
  1209.   25. IQQIFHLFSTDGSSAAWDESLLDKLYTGLYQQLTELEACLSQEVGVEETPLMNEDSLLAV
  1210.   26. IQQTFNLFSTKDSSAALDETLLDEFYIELDQQLNDLESCVMQEVGVIESPLMYEDSILAV
  1211.   27. IQQTFNLFSTKDSSAALDETLLDEFYIELDQQLNDLEVLCDQEVGVIESPLMYEDSILAV
  1212.   28. IQQTFNLFSTKDSSAAWDETLLDKFYIELFQQLNDLEACVTQEVGVEEIALMNEDSILAV
  1213.   29. IQQTFNLFSTEDSSAAWEQSLLEKFSTELYQQLNDLEACVIQEVGVEETPLMNEDFILAV
  1214.   30. IQQTFNLFSTEDSSAAWEQSLLEKFSTELYQQLNNLEACVIQEVGMEETPLMNEDSILAV
  1215.   31. IQQTFNLFSTEDSSAAWEQSLLEKFSTELYQQLNDLEACVIQEVGVEETPLMNVDSILAV
  1216.   32. IQQTFNLFSTEDSSAAWEQSLLEKFSTELYQQLNDLEACVIQEVGVEETPLMNEDSILAV
  1217.   33. IQQTFNLFSTKDSSATWEQSLLEKFSTELNQQLNDMEACVIQEVGVEETPLMNVDSILAV
  1218.   34. MQQTFNLFSTKNSSAAWDETLLEKFYIELFQQMNDLEACVIQEVGVEETPLMNEDSILAV
  1219.   35. IQQIFNLFSTKDSSAAWDETLLDKFYTELYQQLNDLEACVIQGVGVTETPLMKEDSILAV
  1220.   36. IQQIFNLFTTKDSSAAWDEDLLDKFCTELYQQLNDLEACVMQEERVGETPLMNADSILAV
  1221.   37. IQQTFNLFSTKDSSVAWDERLLDKLYTELYQQLNDLEACVMQEVWVGGTPLMNEDSILAV
  1222.  
  1223.    1. KSYYWRVQRYLKLMKYNSYAWMVVRAEIFRNFLIIRRLTRNFQN--------
  1224.    2. KKYYFNLVQYLESKEYNRCAWTVVRVQILTNFSFLMRLTASLRD--------
  1225.    3. RKYYFNLVQYLKSKEYNRCAWTVVRVQILRNFSFLTRLTGYLRE--------
  1226.    4. GKYYFNLMQYLESKEYDRCAWTVVQVQILTNVSFLMRLTGYVRD--------
  1227.    5. KKYYGRISQYLKAKKYSHCAWTVVQAEMLRNLAFLNGLTDYLQN--------
  1228.    6. KRYYGRILHYLKAKEYSHCAWTIVRVEILRNFYFINRLTGYLRN--------
  1229.    7. KRYFQGIHVYLQEKGYSDCAWEIVRLEIMRSLSSSTSLQERLRMMDGDLKSP
  1230.    8. KRYFRRIRLYLTEKKYSDCAWEIVRVDIMRSFSSSANLQGRLGMKDGDLGSP
  1231.    9. KRYFRGIHLYLKEKKYSDCAWEIVRMEIMRSFSSSANLQGRLRMKDGDLGSP
  1232.   10. RRYFQGIRVYLKEKKYSDCAWEVVRMEIMKSLFLSTNMQERLRSKDRDLGSS
  1233.   11. REYFHRITVYLRENKHSPCAWEVVKAEVWRALSSSANLMGRLREERNES---
  1234.   12. RTYFHRITVYLRKKKHSLCAWEVIRAEVWRALSSSTNLLARLSEEKE-----
  1235.   13. RKYFHRITVYLREKKHSPCAWEVVRAEVWRALSSSVNLLPRLSEEKE-----
  1236.   14. RTYFHRITVFLREKKHSPCAWEVVRAEVWRALSSSAKLLARLNEDE------
  1237.   15. RKYFHRITVYLREKKHSPCAWEVVRAEVWRALSSSANVLGRLREEK------
  1238.   16. RKYFHRITVYLREKKHSPCAWEVVRAEVWRALSSSVNLLARLSKEE------
  1239.   17. RKYFHRLTLYLQEKRHSPCAWEVVRAEVMRAFSSSTNLQESFRRKD------
  1240.   18. RKYFHRLTLYLQEKRHSPCAWEVVRAQVMRAFSSSTNLQESFRRKD------
  1241.   19. RKYFHRLTLYLQEKRHSPCAWEVVRAEVMRAFSSSTNLQEKFRRKD------
  1242.   20. RKYFHRLTLYLQEKRHSPCAWEVVRAQVMRAFSSSTNLQERFRRKD------
  1243.   21. RKYFHRLTLYLQEKRHSPCAWEVVRAQVMRAFSSSTNLQERFRRKD------
  1244.   22. RRYFQRIALYLQEKKYSPCAWEIVRAEIMRSFSSSTNLPQS-----------
  1245.   23. RRYFQRIALYLQEKKYSPCAWEIVRAEIMRSFSSSTNLPQS-----------
  1246.   24. RRYFQRIALYLQEKKYSPCAWEIVRAEIMRCFSSSTNLQQS-----------
  1247.   25. RRYFQRITLYLQEKKYSPCAWEIVRAEIMRSFSSSTNLPQS-----------
  1248.   26. RKYFQRITLYLTEKKYSSCAWEVVRAEIMRSFSLSINLQKRLKSKE------
  1249.   27. RKYFQRITLYLTEKKYSSCAWEVVRAEIMRSFSLSINLQKRLKSKE------
  1250.   28. RKYFQRITLYLMGKKYSPCAWEVVRAEIMRSFSFSTNLQKGLRRKD------
  1251.   29. RKYFQRITLYLMEKKYSPCAWEVVRAEIMRSFSFSTNLKKGLRRKD------
  1252.   30. RKYFQRITLYLTEKKYSPCAWEVVRAEIMRSLSFSTNLQKILRRKD------
  1253.   31. RKYFQRITLYLTEKKYSPCAWEVVRAEIMRSLSFSTNLQKRLRRKD------
  1254.   32. RKYFQRITLYLIERKYSPCAWEVVRAEIMRSLSFSTNLQKRLRRKD------
  1255.   33. KKYFQRITLYLTEKKYSPCAWEVVRAEIMRSFSLSKIFQERLRRKE------
  1256.   34. KKYFQRITLYLMEKKYSPCAWEVVRAEIMRSLSFSTNLQKRLRRKD------
  1257.   35. RKYFQRITLYLKEKKYSPCAWEVVRAEIMRSFSLSTNLQESLRSKE------
  1258.   36. KKYFRRITLYLTEKKYSPCAWEVVRAEIMRSLSLSTNLQERLRRKE------
  1259.   37. RKYFQRITLYLTEKKYSPCAWEVVRAEIMRSFSSSRNLQERLRRKE------
  1260.  
  1261.  Value profile:
  1262.      1      2      3      4      5      6      7      8      9     10
  1263. -0.267 -0.058 -0.512 -0.171 -0.071  0.158  0.597  0.597  0.319  0.367
  1264.  
  1265.     11     12     13     14     15     16     17     18     19     20
  1266.  0.116 -0.200 -0.515 -0.799 -0.878 -0.409  0.036 -0.012  0.294  0.296
  1267.  
  1268.     21     22     23     24     25     26     27     28     29     30
  1269.  0.054  0.220 -0.142 -0.742 -0.202  0.093  0.555  0.763  1.145  0.926
  1270.  
  1271.     31     32     33     34     35     36     37     38     39     40
  1272.  1.309  0.646  0.285 -0.056  0.329  0.053  0.211  0.361  0.716  0.786
  1273.  
  1274.     41     42     43     44     45     46     47     48     49     50
  1275.  0.740 -0.006 -0.021  0.615  0.336  0.396  0.259 -0.000  0.290  0.013
  1276.  
  1277.     51     52     53     54     55     56     57     58     59     60
  1278. -0.669 -0.744 -0.407 -0.523 -0.489 -0.437 -0.240 -0.142 -0.415 -0.827
  1279.  
  1280.     61     62     63     64     65     66     67     68     69     70
  1281. -0.892 -1.035 -1.029 -1.009 -0.447  0.077  0.092  0.377  0.644  0.540
  1282.  
  1283.     71     72     73     74     75     76     77     78     79     80
  1284.  0.037 -0.092 -0.037 -0.062 -0.349 -0.531 -0.050  0.746  0.164 -0.200
  1285.  
  1286.     81     82     83     84     85     86     87     88     89     90
  1287. -0.229  0.297  0.297 -0.210 -0.508 -0.184 -0.299 -0.232 -0.157 -0.158
  1288.  
  1289.     91     92     93     94     95     96     97     98     99    100
  1290.  0.237  0.144 -0.031 -0.005 -0.013 -0.260  0.228 -0.157 -0.048  0.061
  1291.  
  1292.    101    102    103    104    105    106    107    108    109    110
  1293.  0.509  0.803  0.627  0.370  0.204  0.051  0.202  0.230  0.225  0.282
  1294.  
  1295.    111    112    113    114    115    116    117    118    119    120
  1296.  0.143  0.128  0.173 -0.169  0.014  0.117 -0.203 -0.402 -0.167  0.252
  1297.  
  1298.    121    122    123    124    125    126    127    128    129    130
  1299.  0.218 -0.244 -0.830 -0.831 -0.735 -0.573 -0.594  0.063  0.525  0.467
  1300.  
  1301.    131    132    133    134    135    136    137    138    139    140
  1302.  0.848  1.179  0.884  0.473 -0.414 -0.485 -0.456 -0.724 -0.391 -0.345
  1303.  
  1304.    141    142    143    144    145    146    147    148    149    150
  1305.  0.090  0.334 -0.261  0.364  0.581 -0.141 -0.028 -0.525 -0.288 -0.081
  1306.  
  1307.    151    152    153    154    155    156    157    158    159    160
  1308. -0.398 -0.656 -0.362 -0.134  0.210 -0.033  0.313  0.478  1.060  1.410
  1309.  
  1310.    161    162    163    164    165    166    167    168    169    170
  1311.  1.357  1.548  2.407  2.389  2.683  2.633  0.000  0.000  0.000  0.000
  1312.  
  1313.    171    172
  1314.  0.000  0.000
  1315. __________________________________________________________________
  1316.  
  1317.  
  1318.  
  1319.  
  1320.