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Text File  |  1996-01-30  |  3KB  |  71 lines
  1. Information is available on:
  2.   
  3. Entering Molecular Formulae
  4.  _________________________________________________
  5.  
  6. Note that if any read me files are supplied 
  7. as part of this application, they may have
  8. more recent information than is contained
  9. in this file.
  10.  
  11. IsoMass is ⌐ Chris Johnson, 1992
  12.  _________________________________________________
  13.  
  14. Entering Molecular Formulae
  15.  
  16.  The molecular formula is entered using chemical
  17. symbols in as near a natural manner as possible
  18. within the constraints of the standard WIMP
  19. interface. The program uses the normal chemical
  20. symbols for the elements. The case of the letters
  21. is important, eg chlorine must be Cl. The formula
  22. is entered in a single line and may contain up to
  23. 254 characters. The text in the icon will scroll
  24. as necessary when the length becomes too big for
  25. the display. As an example benzene would be
  26. entered as C6H6. The program checks through the
  27. formula for symbols it recognises, using the
  28. numbers as separators of the symbols. When only
  29. one atom of a particular element is present then
  30. it is essential to enter the figure one, eg
  31. methane would be entered as C1H4.
  32.  
  33.  This version of the program allows a maximum of
  34. 99 atoms of any particular element. There is also
  35. a limit on the overall number of atoms in the
  36. molecule, which depends upon the number of
  37. isotopes of each element, allowing up to 250
  38. different isotopic masses in total. Contact the
  39. author if you run into problems.
  40.  
  41.  When <RETURN> is pressed or the Calculate button
  42. is pressed, then the calculation is carried out,
  43. and the results are displayed, both as a listing
  44. of the data and as a bargraph.
  45.  
  46.  Clicking MENU leads to further options. The
  47. threshold intensity, below which peaks will be
  48. ignored, can be changed, as can the number of
  49. significant figures used to display the data. The
  50. data can be listed as fraction of total intensity,
  51. relative to the largest peak set to 100, or can be
  52. normalised relative to any value (see below).
  53.  
  54. Normalise
  55.  This leads to a dialogue box that allows you to
  56. set the intensity of a particular mass to any
  57. arbitrary value, typically 100. The intensities of
  58. all the other peaks are scaled accordingly. You
  59. may also choose to let the program simply set the
  60. largest peak to 100.
  61.  
  62. Save data
  63.  This leads to standard "saveas" dialogue boxes
  64. which allow the data to be saved either as a
  65. simple text file, or in MSPlotter format, which is
  66. an application for the production of high quality
  67. mass spec bargraphs. IsoMass supports RAM transfer
  68. for saving direct into applications such as Edit
  69. or MSPlotter.
  70.  _________________________________________________
  71.