Även om Roskilde miste sin administrativa ställning och i början av 1500-talet förföll till en andra rangens stad, dog livet inte ut. Vid arkeologiska undersökningar nära katedralen har man funnit grunder av stenbyggnader från slutet av 1500-talet och början av 1600-talet. Man fann 1983 en källare på kyrklig mark och grävde fram bitar av bl.a. lerkrukor, kakel och glas. Forskarna tyckte att föremålen passade dåligt in på fyndplatsen. Den danske konungen Kristian IV ger oss en liten vink i ett brev daterat den 26 augusti 1624, där han ondgör sig över att man höll en taverna på kyrklig mark. Han lät stänga krogen.
