Selv om Roskilde, fordi den mistet sin administrative posisjon, forfalt og ble en by av mindre betydning i begynnelsen av 1500-tallet, døde ikke livet der ut. Arkeologiske undersøkelser like ved katedralen har avdekket rester av steinbygninger fra slutten av 1500-tallet og begynnelsen av 1600-tallet. I 1983 fant man en kjeller på kirkelig grunn, og gravde frem deler av keramikk, kakler og bl.a. glass. Forskerne mente disse gjenstandene passet dårlig til selve funnstedet. Den danske kongen Kristian IV gir oss et lite vink i et brev datert 26. august 1624. Der klager han over at man holdt et skjenkested på kirkelig eiendom, og lot det stenge.
