Middelalderens Dorpat ble grunnlagt i 1224 av en tysk ridderorden som hadde erobret en eldre estlandsk handelsbosetting på stedet. Dorpat ble biskopsete, og var på slutten av 1200-tallet den østligste av alle hansabyene. Herfra gikk handelsveier til Novgorod, og byen blomstret fra 1300-tallet til midten av 1500-tallet som et sentrum mellom øst og vest. I middelalderbyen, som ble påbygd med nye lag fra 1700-tallet, har det vært intensive arkeologiske undersøkelser.
