home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ The C Users' Group Library 1994 August / wc-cdrom-cusersgrouplibrary-1994-08.iso / vol_200 / 211_01 / xsrch.tst < prev    next >
Text File  |  1979-12-31  |  10KB  |  242 lines
  1. .ig XSRCH.TST        VERS:- 01.00  DATE:- 09/26/86  TIME:- 09:37:59 PM
  2. .. Test file consisting of several CAS abstracts for use in trials of xsrchr
  3. ..    (CAS abstracts are the default option if XSRCH.ZIP = XSRCHCAS.ZIP):
  4. ..
  5. ..    Usage: xsrchr  xsrch.tst  +results_file
  6. ..        [the program then enters full screen input - 
  7. ..            it is setup for condensing CAS files -
  8. ..            enter ESC to continue]
  9. ..
  10. ..    XSRCHR extracts condensed files like XMERGE1.TST, etc, from
  11. ..        full abstract files. 
  12. ..    XSRCHR also can extract records satisfying specific search strings.
  13. *
  14. ANSWER 1 OF 5
  15.  
  16. AN  CA103(25):209170v
  17. TI  Hydrogen-bonding networks in bacteriorhodopsin may afford a proton
  18.     pathway and structural stability
  19. AU  Rosenbusch, J. P.
  20. CS  Eur. Mol. Biol. Lab.
  21. LO  Heidelberg 6900, Fed. Rep. Ger.
  22. SO  Bull. Inst. Pasteur (Paris), 83(3), 207-20
  23. SC  6-3 (General Biochemistry)
  24. DT  J
  25. CO  BIPAA8
  26. IS  0020-2452
  27. PY  1985
  28. LA  Eng
  29. AB  A structure of bacteriorhodopsin is proposed that may explain
  30.     functional and structural properties which have not been previously
  31.     accounted for.  Its pattern is derived uniquely from the
  32.     identification of turn regions as shown by C. Paul and J. P.
  33.     Rosenbusch (1985).  Significantly more polar and potentially ionized
  34.     groups would be contained in the hydrophobic domain of the membrane
  35.     than previously assumed, and would form extensive networks of H
  36.     bonds.  Criteria for residues which may contribute to proton
  37.     conduction, combined with topol. considerations, suggest specific
  38.     linear proton pathways that span the entire membrane in discrete
  39.     steps.  Two examples are presented, both of which comprise carboxyl
  40.     and tyrosyl residues as pa⌠h≈ay π∩nstituents and include the
  41.     retinal-linked lysine.  The proximities of the groups involved as
  42.     well as the very short helix-linking segments impose stringent topol.
  43.     criteria.  This allows probing of whether the proposed dense
  44.     H-bonding systems could afford satn. of all donor and acceptor
  45.     groups.  Irresp. of detailed assignments, such satn. appears
  46.     possible.  H bonds within and between helixes could explain the
  47.     unusual stability of bacteriorhodopsin and could also account for
  48.     interactions between monomers, allowing their assocn. to purple
  49.     membranes.  Although this working hypothesis appears to offer
  50.     plausible interpretations for several crit. properties of
  51.     bacteriorhodopsin, it is likely to be as resistant to unequivocal
  52.     proof as previously proposed models.  Before the structure is known
  53.     at at. resoln., however, the notion of extensive H bonding within
  54.     hydrophobic domains in the protein and membrane interior may
  55.     nonetheless refresh the concepts of the principles governing membrane
  56.     protein structure.
  57. KW  bacteriorhodopsin structure model function; hydrogen bond network
  58.     bacteriorhodopsin; membrane protein hydrogen bond network
  59. IT  Halobacterium halobium
  60.        (bacteriorhodopsin of, hydrogen-bond network in, protein structure
  61.        and function in relation to)
  62. IT  Bacteriorhodopsins
  63.        (hydrogen bond network in, hydrogen ion transport and monomer
  64.        assocn. in relation to)
  65. IT  Proteins
  66.        (membranes, hydrogen-bond network in, structure and function at)
  67. IT  Hydrogen bond
  68.        (network, in bacteriorhodopsin, hydrogen ion transport and monomer
  69.        assocn. in relation to)
  70. IT  Conformation and Conformers
  71.     Molecular structure, natural product
  72.        (of bacteriorhodopsin, hydrogen-bond network in, membrane protein
  73.        structure and function in relation to)
  74. IT  Biological transport
  75.        (of hydrogen ions, by bacteriorhodopsin, hydrogen-bond network in,
  76.        membrane protein structure and function in relation to)
  77. IT  12408-02-5, biological studies
  78.        (transport of, by bacteriorhodopsin, hydrogen-bond network in
  79.        relation to)
  80.  
  81. *
  82. ANSWER 2 OF 5
  83.  
  84. AN  CA102(5):41618a
  85. TI  On the role of hydrogen bonds and hydrogen-bonded systems with large
  86.     proton polarizability for mechanisms of proton activation and
  87.     conduction in bacteriorhodopsin
  88. AU  Zundel, G.; Merz, H.
  89. CS  Inst. Phys. Chem., Univ. Munich
  90. LO  Munich D-8000/2, Fed. Rep. Ger.
  91. SO  Prog. Clin. Biol. Res., 164(Inf. Energy Transduction Biol. Membr.),
  92.     153-64
  93. SC  6-0 (General Biochemistry)
  94. SX  10
  95. DT  J
  96. CO  PCBRD2
  97. IS  0361-7742
  98. PY  1984
  99. LA  Eng
  100. AB  A review with 45 refs.  H bonds and H-bonded chains with large proton
  101.     polarizability are of decisive importance, both for the activation of
  102.     protons and the conduction of the pos. charge in bacteriorhodopsin.
  103. KW  review bacteriorhodopsin proton transfer hydrogen; hydrogen bond
  104.     bacteriorhodopsin pump review
  105. IT  Hydrogen bond
  106.        (in proton transport by bacteriorhodopsin)
  107. IT  Bacteriorhodopsins
  108.        (proton transport in, hydrogen bonds and hydrogen-bonded systems
  109.        in)
  110. IT  12408-02-5, biological studies
  111.        (transport of, in bacteriorhodopsin, hydrogen bonds and
  112.        hydrogen-bonded systems in)
  113.  
  114. *
  115. ANSWER 3 OF 5
  116.  
  117. AN  CA97(23):194653m
  118. TI  Light-induced aldimine bond migration as a possible mechanism for
  119.     proton transfer in bacteriorhodopsin
  120. AU  Ovchinnikov, Yu. A.; Abdulaev, N. G.
  121. CS  Shemyakin Inst. Bioorg. Chem.
  122. LO  Moscow 117988, USSR
  123. SO  Membr. Transp., Volume 2, 319-22.  Edited by: Martonosi, Anthony N.
  124.     Plenum: New York, N. Y.
  125. SC  6-1 (General Biochemistry)
  126. DT  C
  127. CO  48ETAH
  128. PY  1982
  129. LA  Eng
  130. AB  The light-driven proton-transporting mechanism of bacteriorhodopsin
  131.     (BR) in membranes appears to involve proton-specific channels formed
  132.     by chains of H bonds within the mol.  This mechanism is supported by
  133.     exptl. studies on aldimine bond migration occurring during the BR
  134.     photocycle in which retinal covalently attached to the .epsilon.-NH2
  135.     group of lysine-41 (Lys-41) in the dark migrates to Lys-215 on
  136.     illumination.  The protonation and deprotonation of retinal aldimines
  137.     in different microenvironments of BR is advantageous for proton
  138.     transport across the purple membrane.
  139. KW  bacteriorhodopsin photocycle aldimine proton transport
  140. IT  Light, biological effects
  141.        (aldimine bond migration in bacteriorhodopsin induced by, hydrogen
  142.        ion transport in relation to)
  143. IT  Bacteriorhodopsins
  144.        (aldimine bond migration in photocycle of, hydrogen ion transport
  145.        in relation to)
  146. IT  Hydrogen bond
  147.        (of bacteriorhodopsin, photocycle effect on, hydrogen ion
  148.        transport in relation to)
  149. IT  Biological transport
  150.        (of hydrogen ion, by purple membrane in bacteriorhodopsin
  151.        photocycle, aldimine bond migration in relation to)
  152. IT  Cell membrane
  153.        (purple, bacteriorhodopsin hydrogen bonding in, photocycle effect
  154.        on)
  155. IT  116-31-4
  156.        (migration of, in bacteriorhodopsin photocycle, hydrogen ion
  157.        transport in relation to)
  158. IT  12408-02-5, biological studies
  159.        (transport of, by purple membrane in bacteriorhodopsin photocycle,
  160.        aldimine bond migration in relation to)
  161.  
  162. *
  163. ANSWER 4 OF 5
  164.  
  165. AN  CA95(19):164133h
  166. TI  Proton conduction in bacteriorhodopsin via a hydrogen-bonded chain
  167.     with large proton polarizability
  168. AU  Merz, Helmut; Zundel, Georg
  169. CS  Phys.-Chem. Inst., Univ. Muenchen
  170. LO  Munich D-8000/2, Fed. Rep. Ger.
  171. SO  Biochem. Biophys. Res. Commun., 101(2), 540-6
  172. SC  6-3 (General Biochemistry)
  173. DT  J
  174. CO  BBRCA9
  175. IS  0006-291X
  176. PY  1981
  177. LA  Eng
  178. AB  A Corey-Pauling-Kolthun mol. model of bacteriorhodopsin was built.
  179.     This model shows that a largely structurally sym. H-bonded chain
  180.     Asp-Tyr-Tyr-Tyr-Tyr-Tyr-Tyr-Glu may be formed.  With regard to the
  181.     total proton potential this chain shows very large proton
  182.     polarizability and thus via this chain the pos. charge can be
  183.     conducted to the outside of the membrane via a Grotthus mechanism.
  184. KW  bacteriorhodopsin proton transport hydrogen bond
  185. IT  Bacteriorhodopsins
  186.        (hydrogen ion transport by, hydrogen-bonded peptide chain in
  187.        relation to)
  188. IT  Hydrogen bond
  189.        (of peptide chain, of bacteriorhodopsin, hydrogen ion transport in
  190.        relation to)
  191. IT  12408-02-5, biological studies
  192.        (transport of, in bacteriorhodopsin, hydrogen-bonded peptide chain
  193.        in relation to)
  194.  
  195. *
  196. ANSWER 5 OF 5
  197.  
  198. AN  CA94(15):116126r
  199. TI  Molecular models of proton pumps
  200. AU  Nagle, J. F.; Mille, M.
  201. CS  Dep. Phys., Carnegie-Mellon Univ.
  202. LO  Pittsburgh, PA 15213, USA
  203. SO  J. Chem. Phys., 74(2), 1367-72
  204. SC  6-1 (General Biochemistry)
  205. DT  J
  206. CO  JCPSA6
  207. IS  0021-9606
  208. PY  1981
  209. LA  Eng
  210. AB  Three theor. models of proton pumps are discussed at the mol. level.
  211.     The models contain H bonded chains, which are the best understood
  212.     channels, structurally and kinetically, for proton conduction within
  213.     membranes.  The 1st model, called the integral injector model, has an
  214.     active site which involves a pK change.  The 2nd model, called the
  215.     switch model, utilizes a conformational change in a retinal as the
  216.     active site.  The 3rd model, called the active chain model, involves
  217.     a conformational change in the protein, and the active site is
  218.     delocalized to include the entire H-bonded chain.  The models
  219.     presented were chosen in part because of their possible relevance to
  220.     the bacteriorhodopsin proton pump and are compared with this system,
  221.     but the basic principles involved have greater generality.  They were
  222.     chosen to explore the general family of theor. proton pumps.  Each
  223.     model illustrates general principles that form a basis for generating
  224.     addnl. models in the family.
  225. KW  proton pump membrane model; bacteriorhodopsin proton pump model
  226. IT  Chains, chemical
  227.        (conformational transitions of, of proton pump protein,
  228.        mechanistic model in relation to)
  229. IT  Hydrogen bond
  230.        (in proton pump models)
  231. IT  Biological transport
  232.        (of hydrogen ion, mechanism of, model of)
  233. IT  Conformational inversion
  234.        (of retinal, proton pump mechanism in relation to)
  235. IT  Bacteriorhodopsins
  236.        (proton transport by, mechanism of, models of)
  237. IT  Membranes and Diaphragms
  238.        (biol., proton transport by, mechanism of, models of)
  239. IT  12408-02-5, biological studies
  240.        (transport of, model of)
  241.  
  242.