home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Share Gallery 1 / share_gal_1.zip / share_gal_1 / UT / UT095.ZIP / JD250C.EXE / JEPRS.DOC
Text File  |  1990-12-31  |  273KB  |  6,733 lines
  1.  
  2.  
  3.  
  4.  
  5.  
  6.                                                    JEPRS User's Guide, page 1
  7.  
  8.  
  9.  
  10.                                   Table of Contents
  11.  
  12.  
  13.  
  14.         Introduction to JEPRS . . . .   3   Adding References . . . . .     48
  15.           What is JEPRS?  . . . . . .   3     Suggested Format  . . . .     50
  16.           Features & Requirements   .   4     Entering Sample References    54
  17.           Registration & Distribution                                           6
  18.           Further Help and Questions    7   Formatting References . . .     57
  19.                                               Pre-Defined Settings  . .     57
  20.         Setting Up JEPRS  . . . . . .   9     Starting Formatting   . .     61
  21.           Files on Disk   . . . . . .   9
  22.           Installation  . . . . . .    10   Searching . . . . . . . . .     63
  23.           Starting JEPRS  . . . . .    11     Pre-Defined Settings  . .     63
  24.           Creating Your Own                   Starting a Search   . . .     68
  25.             Database  . . . . . . .    13
  26.           Maneuvering Through               Utilities . . . . . . . . .     71
  27.             JEPRS   . . . . . . . .    13     Importing   . . . . . . .     71
  28.           Exiting The Program   . .    16     Exporting   . . . . . . .     74
  29.                                               Compressing the Database      76
  30.         The Main Menu . . . . . . .    17
  31.           System Information  . . .    17   Format Styles: A Tutorial .     78
  32.                                               Comma-Delimited Output  .     82
  33.         On-Line Help System . . . .    19
  34.           Context-Sensitive Help  .    19   Printer Definitions: Tutorial   84
  35.                                               Sample     Laser      Printer
  36.         Quick Start Tutorial  . . .    21        Definition . . . . . .     84
  37.           Listing References  . . .    21     Dot Matrix Example  . . .     89
  38.           Adding References   . . .    22
  39.           Searching References  . .    23
  40.           Global Defaults   . . . .    24   Appendices:
  41.           Formatting References   .    25
  42.           Importing References  . .    27   JEPRS' Files  . . . . . . .     90
  43.           Exporting References  . .    29
  44.                                             Upgrading Version 1.x to 2.x    95
  45.         Global Defaults . . . . . .    31     Converting  Format Files to a
  46.           Editing Printer Definitions                                          35        Config File  . . . . .     95
  47.           Editing     Format     Styles       Running JConvert  . . . .     96
  48.             (Journal Definitions)      39
  49.                                             Practical Uses: Number Files    98
  50.         Listing References  . . . .    45
  51.           Editing      &       Updating
  52.             References  . . . . . .    46   Index . . . . . . . . . . .    101
  53.  
  54.  
  55.  
  56.  
  57.  
  58.  
  59.  
  60.  
  61.  
  62.  
  63.  
  64.  
  65.  
  66.  
  67.  
  68.  
  69.  
  70.  
  71.  
  72.         JEPRS User's Guide, page 2
  73.  
  74.  
  75.  
  76.  
  77.                                         JEPRS!
  78.  
  79.                                The Journal & Editorial
  80.                               Personal Reference System
  81.  
  82.  
  83.  
  84.  
  85.                                      User's Guide
  86.  
  87.                                      Version 2.5
  88.  
  89.  
  90.  
  91.  
  92.                                       _______
  93.                                  ____|__     |                (R)
  94.                               --|       |    |-------------------
  95.                                 |   ____|__  |  Association of
  96.                                 |  |       |_|  Shareware
  97.                                 |__|   o   |    Professionals
  98.                               -----|   |   |---------------------
  99.                                    |___|___|    MEMBER
  100.  
  101.  
  102.  
  103.                                                   Disclaimer of Warranty
  104.                JEPRS  version 2.5
  105.                  December, 1990               This software and documentation
  106.                                             are sold ``as is'' and without
  107.                by Louis M. Miranda          warranties as to performance of
  108.         6033 East Northwest Highway,#1106   merchantability or any other
  109.            Dallas, TX  75231-7463  USA      warranties expressed or implied. 
  110.                                             Because of the various hardware
  111.           ``JEPRS'' and ``The Journal &     and software environments into
  112.           Editorial Personal Reference      which this program may be put, no
  113.            System'' are trademarks of       warranty of fitness for a
  114.                 Louis M. Miranda;           particular purpose is offered.
  115.           Program and Documentation are       Good data processing procedure
  116.         Copyr. 1985-1990 Louis M. Miranda   dictates that any program be
  117.                                             thoroughly tested with non-
  118.                                             critical data before relying on
  119.                                             it.  The user must assume the
  120.                                             entire risk of using this
  121.                                             program.  Any liability of the
  122.                                             seller will be limited
  123.                                             exclusively to product
  124.                                             replacement or refund of purchase
  125.                                             price.
  126.  
  127.  
  128.  
  129.  
  130.  
  131.  
  132.  
  133.  
  134.  
  135.  
  136.  
  137.  
  138.                                                    JEPRS User's Guide, page 3
  139.  
  140.  
  141.  
  142.                            C  H  A  P  T  E  R     O  N  E
  143.                                       _________
  144.  
  145.                                 Introduction to JEPRS
  146.  
  147.  
  148.  
  149.  
  150.  
  151.                          ####################################
  152.  
  153.           This chapter of the JEPRS User's Guide will provide you with
  154.         background information on the capabilities of the program. You will
  155.         come away with an appreciation of what JEPRS can do, compatibility
  156.         with other programs, new features of version 2.5, computer system
  157.         requirements, and registration and shareware distribution information.
  158.  
  159.                         #####################################
  160.  
  161.  
  162.                                     **************
  163.                                     What is JEPRS?
  164.                                       **********
  165.           JEPRS (pronounced ``Jeepers!'') stands for the Journal and
  166.         Editorial Personal Reference System. It is a program that maintains a
  167.         database of references to articles published in journals, books,
  168.         and/or magazines. You can add, edit/update, list, search, import, and
  169.         export your reference citations. Also, print your references in
  170.         virtually any style imaginable, including underlining, boldface,
  171.         italics, superscripts, and subscripts. Lastly, JEPRS can read
  172.         reference codes you place in your WordPerfect 5.0 and 5.1 manuscripts
  173.         as well as PC-Write 3.0 manuscripts; it can then automatically
  174.         generate a bibliography from those reference codes and produce a
  175.         WordPerfect or PC-Write compatible output file; and then it can go
  176.         back and replace your reference codes in your original manuscript with
  177.         either an author/year citation or sequentially numbered citations.
  178.  
  179.           Why should you use JEPRS instead of some other program? There are
  180.         three very good answers to that question:
  181.  
  182.           >> It's powerful. The combination of importing, exporting,
  183.         searching, formatting, and word processor file capabilities of JEPRS
  184.         are simply unequaled. JEPRS is very much the equal of programs costing
  185.         many times more.
  186.  
  187.           >> It's easy to use. JEPRS is run by pull-down menus and pop-up
  188.         dialog boxes, so you don't have to remember arcane commands. It also
  189.         has most of its defaults pre-defined, so you don't have to wade
  190.         through screen after screen of questions. In addition, JEPRS sports a
  191.         context-sensitive help system-just press the [F1] key for instant
  192.         help.
  193.  
  194.  
  195.  
  196.  
  197.  
  198.  
  199.  
  200.  
  201.  
  202.  
  203.  
  204.         JEPRS User's Guide, page 4
  205.  
  206.           >> It's inexpensive. At a cost of only US$39.95, JEPRS is a great
  207.         bargain.
  208.  
  209.  
  210.  
  211.         >>>>>   Compatibility with Other Programs   <<<<<
  212.           JEPRS maintains its own proprietary database files that are not
  213.         readable by any other program. Nonetheless, it can be compatible with
  214.         virtually any reference management system you may be using now. That's
  215.         because the combination of JEPRS with Med2Go can read any of the
  216.         following file formats:
  217.                                    Comma-delimited
  218.                                        MedLine
  219.                                     BRS/Colleague
  220.                                          ERIC
  221.                                        PsycLit
  222.  
  223.         JEPRS can also write any of the following file types:
  224.                                    Comma-delimited
  225.                                        MedLine
  226.  
  227.         This makes it possible to trade references among the various programs
  228.         that you and your colleagues may be using. For example, JEPRS can
  229.         import MedLine/NLM files from Current Contents on DisketteTM.
  230.         Likewise, JEPRS references output to a MedLine file can be read into
  231.         most commercial reference management systems. And comma-delimited
  232.         files can be read into most commercial generic database systems, such
  233.         as dBase, Excel, and Paradox.
  234.  
  235.  
  236.                                     **************
  237.                                Features & Requirements
  238.                                       **********
  239.  
  240.  
  241.  
  242.         >>>>>   New Features of Version 2.5   <<<<<
  243.           Several enhancements to JEPRS version 2.0 have occurred with
  244.         version 2.5. These have been listed in the file called WhatsNew.Doc,
  245.         but the major points are reiterated here:
  246.  
  247.           >> WordPerfect and PC-Write Support. JEPRS can now directly output
  248.         WordPerfect 5.x and PC-Write 3.0 files. So now you can take advantage
  249.         of your word processor's advanced capabilities, such as line
  250.         justification, advanced formatting, and printer downloadable fonts.
  251.  
  252.           >> Automatic Bibliography Generation. Simply enter special codes
  253.         into your word processor manuscript (such as {J#123} ), and JEPRS can
  254.         automatically read the codes and generate a bibliography that includes
  255.         the references you specified (such as #123). In addition, JEPRS will
  256.         then go back and replace the codes with sequential numbers (1, 2, 3,
  257.         ...) or author/year citations (Miranda, et al. (1990)).
  258.  
  259.  
  260.  
  261.  
  262.  
  263.  
  264.  
  265.  
  266.  
  267.  
  268.  
  269.  
  270.                                                    JEPRS User's Guide, page 5
  271.  
  272.           >> Mouse Support. Use of a mouse is now supported at all menus, and
  273.         in the Help screens. (Mouse support is not available for text
  274.         editing.)
  275.  
  276.           >> Adding/Editing References. When adding or editing/updating
  277.         references, entering text is now much easier. That's because multiline
  278.         fields (such as authors, journal, and keywords) can now be edited in
  279.         one line, without having to press [Enter] to go to the next part of
  280.         the field.
  281.  
  282.           >> Importing: Med2Go. Registered users of JEPRS now receive a free
  283.         utility called Med2Go. Med2Go lets you translate Comma-Delimited,
  284.         ERIC, BRS/Colleague, and PsycLit files into MedLine files. The MedLine
  285.         files can then be directly imported into JEPRS using the
  286.         Utilities/Import Menu.
  287.  
  288.           >> Sorting. When viewing results from a search, and when formatting
  289.         output, you can now sort the references by author, year, or journal.
  290.         Sorting is also much faster than in version 2.0.
  291.  
  292.           >> Periods After Author Initials. If you enter your authors'
  293.         initials without periods, you can now define your format styles such
  294.         that periods will be automatically inserted. In other words, JEPRS can
  295.         now convert ``Miranda LM'' to ``Miranda L.M.''.
  296.  
  297.  
  298.  
  299.         >>>>>   System Requirements   <<<<<
  300.           JEPRS is made to run under DOS (version 2.0 or higher) on IBM PCs,
  301.         PS/2s, and compatibles. JEPRS itself requires only 320 kilobytes of
  302.         RAM, so any computer with 384k or more can run the program.
  303.  
  304.           A hard disk is not required for proper operation, but searches are
  305.         considerably faster on a hard disk compared to floppies. In an average
  306.         JEPRS database you could probably store 300 references per 100
  307.         kilobytes of disk space (i.e.,  you could probably store 1000
  308.         references on a 360k floppy or 4000 references on a 1.44 megabyte
  309.         disk).
  310.  
  311.  
  312.  
  313.  
  314.  
  315.  
  316.  
  317.  
  318.  
  319.  
  320.  
  321.  
  322.  
  323.  
  324.  
  325.  
  326.  
  327.  
  328.  
  329.  
  330.  
  331.  
  332.  
  333.  
  334.  
  335.  
  336.         JEPRS User's Guide, page 6
  337.  
  338.                                     **************
  339.                              Registration & Distribution
  340.                                       **********
  341.  
  342.  
  343.  
  344.         >>>>>   Registering JEPRS   <<<<<
  345.           JEPRS is distributed as ``shareware''. Shareware is simply a method
  346.         of distributing the software. There are many shareware programs that
  347.         meet or exceed the capabilities of similar commercial programs.
  348.  
  349.           The shareware concept means that you are free to try the program
  350.         for a 30 day evaluation period at no charge. If, at the end of that
  351.         time, you decide you like it enough to continue using it, then you are
  352.         obligated to pay a registration fee to the author, just like any
  353.         software you purchase in a store. It is not public domain, and it is
  354.         not free.
  355.  
  356.           Unregistered copies display Unregistered Version on the bottom
  357.         right side of the >Main Menu.< When you register, you will receive
  358.         information on disabling that message, and also disabling the >Opening
  359.         Screen<.
  360.  
  361.           The registration fee is ridiculously small considering the amount
  362.         of work JEPRS can do. The current fee is only $39.95. Registration has
  363.         several advantages:
  364.             The latest version of JEPRS.
  365.             The latest version of Med2Go.
  366.             A 60-page laser-printed User's Guide (this is a printed version
  367.           of the JEPRS.Doc file).
  368.             Six months of free customer support (by US Mail and CompuServe
  369.           Mail).
  370.             Update Notices. Registered users are always kept up-to-date with
  371.           reports of minor releases (to fix bugs or add small numbers of
  372.           features). Major updates are planned about once a year.
  373.             The latest version of Peruse. Peruse is a free utility (written
  374.           by a fellow ASP member) that lets you easily look through any text
  375.           file you have on your computer. You can use a mouse to scroll
  376.           through the text in any direction. There is on-line hypertext help,
  377.           and a customization program too.
  378.  
  379.           To order/register your use of JEPRS, print out the ``Order.Doc''
  380.         file that's included on the disk, and fill out the information
  381.         requested. Or, when you see the >Opening Screen< when JEPRS first
  382.         starts, press [F1] to see ordering information, then press
  383.         [PrintScreen] to print out the form on your printer.
  384.  
  385.  
  386.  
  387.         >>>>>   Shareware Distribution   <<<<<
  388.           If you want to distribute JEPRS to other users (friends and
  389.         business acquaintances, for example), you are free to do so as long as
  390.         you distribute all the files that you received, in their original
  391.  
  392.  
  393.  
  394.  
  395.  
  396.  
  397.  
  398.  
  399.  
  400.  
  401.  
  402.                                                    JEPRS User's Guide, page 7
  403.  
  404.         condition (that is, unmodified by you) at no charge.
  405.  
  406.           For commercial distributors and bulletin board system operators,
  407.         please see the file called ``Vendor.Doc'' on the distribution disk,
  408.         for distribution requirements.
  409.  
  410.  
  411.  
  412.         >>>>>   ASP: The Association of Shareware Professionals   <<<<<
  413.           ASP, the Association of Shareware Professionals, is a professional
  414.         group for shareware authors who are committed to the shareware
  415.         concept. It also provides benefits to users such as yourself: Members
  416.         of the ASP must adhere to a code of ethics. Also, ASP Member shareware
  417.         programs must not be `crippled': they must be fully-functioning
  418.         versions of the software. In addition, users have the opportunity to
  419.         bring unresolved complaints with authors to the ASP Ombudsman who can
  420.         make final decisions.
  421.  
  422.           If an author is a member of ASP, it is a good indication of two
  423.         things: 1) The author's commitment to the program, and  2) The general
  424.         quality of that program.
  425.  
  426.           How can you be sure that a program is written by an author who is a
  427.         member of the ASP? Just look for the ASP logo:
  428.  
  429.                                       _______
  430.                                  ____|__     |                (R)
  431.                               --|       |    |-------------------
  432.                                 |   ____|__  |  Association of
  433.                                 |  |       |_|  Shareware
  434.                                 |__|   o   |    Professionals
  435.                               -----|   |   |---------------------
  436.                                    |___|___|    MEMBER
  437.  
  438.  
  439.           This program is produced by a member of the Association of
  440.         Shareware Professionals (ASP). ASP wants to make sure that the
  441.         shareware principle works for you. If you are unable to resolve a
  442.         shareware-related problem with an ASP member by contacting the member
  443.         directly, ASP may be able to help. The ASP Ombudsman can help you
  444.         resolve a dispute or problem with an ASP member, but does not provide
  445.         technical support for members' products. Please write to the ASP
  446.         Ombudsman at P.O. Box 5786, Bellevue, WA 98006 or send a Compuserve
  447.         message via CompuServe Mail to ASP Ombudsman 70007,3536.
  448.  
  449.           For more information on the ASP, or on shareware in general, enter
  450.         ``Go Shareware'' at any CompuServe ! prompt.
  451.  
  452.  
  453.                                     **************
  454.                               Further Help and Questions
  455.                                       **********
  456.           Questions and comments regarding JEPRS' operation are always
  457.  
  458.  
  459.  
  460.  
  461.  
  462.  
  463.  
  464.  
  465.  
  466.  
  467.  
  468.         JEPRS User's Guide, page 8
  469.  
  470.         welcomed. Feedback from users is the best way I have of finding out
  471.         what features you want to see in future versions. Every major new
  472.         feature has been requested by a user of the program. Your voice
  473.         counts.
  474.  
  475.         ==================================================================
  476.                                    Customer Support
  477.  
  478.                                    Louis M. Miranda
  479.                              6033 E. Northwest Hwy, #1106
  480.                                 Dallas, TX  75231-7463
  481.  
  482.                               CompuServe Mail: 73567,471
  483.  
  484.         ===================================================================
  485.  
  486.         Sometime during 1991 I will be moving out of the Dallas area. If you
  487.         cannot reach me by mail, please try to contact me via CompuServe. If
  488.         you do not have access to CompuServe, please try to contact me through
  489.         the ASP:
  490.  
  491.                                   Executive Director
  492.                             Assoc. Shareware Professionals
  493.                                     P.O. Box 5786
  494.                                   Bellvue, WA  98006
  495.  
  496.  
  497.  
  498.  
  499.                          Thank you for your support of JEPRS!
  500.  
  501.  
  502.  
  503.  
  504.  
  505.  
  506.  
  507.  
  508.  
  509.  
  510.  
  511.  
  512.  
  513.  
  514.  
  515.  
  516.  
  517.  
  518.  
  519.  
  520.  
  521.  
  522.  
  523.  
  524.  
  525.  
  526.  
  527.  
  528.  
  529.  
  530.  
  531.  
  532.  
  533.  
  534.                                                    JEPRS User's Guide, page 9
  535.  
  536.  
  537.  
  538.                            C  H  A  P  T  E  R     T  W  O
  539.                                       _________
  540.  
  541.                                    Setting Up JEPRS
  542.  
  543.  
  544.  
  545.  
  546.  
  547.                          ####################################
  548.  
  549.           This chapter provides information on setting up JEPRS on your own
  550.         system. In addition to a listing of the major files on the
  551.         distribution disk, this chapter will tell you how to: install JEPRS on
  552.         your own computer; start the program (including command-line options);
  553.         maneuver through the menus; create your own database; and terminate
  554.         the program.
  555.  
  556.  
  557.                         #####################################
  558.  
  559.  
  560.                                     **************
  561.                                     Files on Disk
  562.                                       **********
  563.           Here is a list of the major files that make up the JEPRS system,
  564.         and a short description of their use (A complete list of files is in
  565.         the ``ReadMe.Doc'' file):
  566.  
  567.           >> JEPRS.Exe. This is the JEPRS program itself; entering JEPRS at
  568.         the DOS prompt (C:>) starts the program.
  569.  
  570.           >> ReadMe.Doc. This file contains the most basic information for
  571.         starting JEPRS. It also lists all the files you should find on the
  572.         distribution disk.
  573.  
  574.           >> JEPRS.Doc. The file you are reading now: The User's Guide to
  575.         JEPRS. This is the main documentation file for the program. It
  576.         contains background information on JEPRS, system requirements,
  577.         registration information, setting up the program, tutorials on JEPRS'
  578.         main functions, and a detailed listing of each menu's options.
  579.  
  580.           >> WhatsNew.Doc. New features of the latest version of JEPRS are
  581.         listed in this file.
  582.  
  583.           >> Order.Doc. Printing this file on your printer produces a form
  584.         you can use to register your copy of JEPRS, as well as make comments
  585.         about the program.
  586.  
  587.           >> JEPRS.Hlp. Contains the text for JEPRS' context-sensitive help
  588.         screens. If JEPRS can't find this file when it is running, you will
  589.  
  590.  
  591.  
  592.  
  593.  
  594.  
  595.  
  596.  
  597.  
  598.  
  599.  
  600.         JEPRS User's Guide, page 10
  601.  
  602.         not be able to get on-line, context-sensitive help by pressing the
  603.         [F1] key.
  604.  
  605.           >> Ref1.JPR. A sample database file for JEPRS. It contains the
  606.         actual text of the database.
  607.  
  608.           >> Ref1.JPK. The `key' file that goes along with the Ref1.JPR
  609.         database file. You cannot use a database file without a key file.
  610.  
  611.           >> JEPRS.Cfg. A sample config (`configuration') file that contains
  612.         30 formatting definitions, printer control codes, default directory
  613.         and file name information, and user-definable Global Defaults.
  614.  
  615.  
  616.                                     **************
  617.                                      Installation
  618.                                       **********
  619.           Before installing JEPRS, make a copy of all the files on the
  620.         program disk. Never use your original disk to run the program. This is
  621.         especially true with a shareware program like JEPRS, since you must
  622.         distribute the software exactly as you received it.
  623.  
  624.           If you are upgrading from version 1.0 or 1.1, please see the
  625.         chapter in the Appendix on converting Format files to Config files.
  626.  
  627.  
  628.  
  629.         >>>>>   Floppy Drive Systems   <<<<<
  630.           If you don't have a hard disk, simply use your new copy disk of
  631.         JEPRS as your working disk; there's no need for any special
  632.         installation procedures. If you are updating a previous version of
  633.         JEPRS, copy the following files from the new version's disk onto your
  634.         present working disk:
  635.                                       JEPRS.Exe
  636.                                       JEPRS.Hlp
  637.                                       ReadMe.Doc
  638.                                      WhatsNew.Doc
  639.  
  640.         The only file that is absolutely necessary to copy is ``JEPRS.Exe'';
  641.         however, if you want the >Help< screens to work, you must also copy
  642.         ``JEPRS.Hlp'' to your work disk.
  643.  
  644.  
  645.  
  646.         >>>>>   Hard Disk Systems   <<<<<
  647.           If you have a hard disk, follow these instructions to install JEPRS
  648.         on your hard disk. Once you make a copy of the original disk, insert
  649.         the copied disk into one of your floppy drives. Now make sure your
  650.         default drive is the hard disk (that is, if your hard disk is drive
  651.         C:, then enter C: at the DOS prompt). Now enter the following commands
  652.         at the DOS prompt (these commands will create a new directory called
  653.         ``JEPRS'', and copy all the files on this disk to that directory):
  654.             C:\> cd \
  655.  
  656.  
  657.  
  658.  
  659.  
  660.  
  661.  
  662.  
  663.  
  664.  
  665.  
  666.                                                   JEPRS User's Guide, page 11
  667.  
  668.             C:\> md JEPRS
  669.             C:\> cd \JEPRS
  670.             C:\JEPRS> copy a:*.*
  671.  
  672.         This assumes that your disk is in floppy drive A:. Substitute a:*.*
  673.         above with whatever your floppy drive is (e.g. b:*.* if your disk is
  674.         in floppy drive B:).
  675.  
  676.           Now enter dir at the DOS prompt to see if all the files are there.
  677.         If not, go through the procedure again just in case you missed a step
  678.         or entered something else by mistake.
  679.  
  680.  
  681.                                     **************
  682.                                     Starting JEPRS
  683.                                       **********
  684.           You start the program by simply entering the command ``JEPRS'' at
  685.         the DOS prompt, like this:
  686.                                    C:\JEPRS> JEPRS
  687.  
  688.         If all goes well, three short messages will scroll onto the bottom of
  689.         the screen and the >Welcome Screen< will appear. Press [F1] to get
  690.         ordering information, or any other key to go to the >Main Menu<. (Once
  691.         you have registered your shareware version of JEPRS with the author,
  692.         you will be provided with a way to disable the opening screen.)
  693.  
  694.           If you are starting JEPRS without a database (for example, when you
  695.         are creating a new one), you will get an error message stating that
  696.         JEPRS can't find the database files; this is normal. Just press [F6]
  697.         to create your own database (see below for detailed instructions on
  698.         creating your own database), [F4] to specify a new name, or [F10] to
  699.         exit the program.
  700.  
  701.  
  702.  
  703.         >>>>>   Command Line Options   <<<<<
  704.           There are several command line options that you may use when
  705.         starting JEPRS. These include 1) Config file name and 2) Screen color
  706.         options. The general format for entering these options is:
  707.                         C:\JEPRS> JEPRS <Config filename> /opt
  708.  
  709.         where <Config filename> is a valid filename for your config file,
  710.         including a path if necessary, and /opt is any combination of screen
  711.         color options (see below).
  712.  
  713.           >> Config Filename. If for some reason you wish to use a different
  714.         name for the Config file (in other words, you're not calling it
  715.         JEPRS.Cfg or it's not in the current drive and/or directory), then you
  716.         can specify its name on the command line, like this:
  717.                               C:\JEPRS> JEPRS MyRefs.Cfg
  718.  
  719.         This tells JEPRS to use MyRefs.Cfg as the Config file, which must be
  720.         in the current directory. If you wish, you may also specify the drive
  721.  
  722.  
  723.  
  724.  
  725.  
  726.  
  727.  
  728.  
  729.  
  730.  
  731.  
  732.         JEPRS User's Guide, page 12
  733.  
  734.         and/or directory it is in, if this is not the current one. For
  735.         example, if you keep MyRefs.Cfg in a directory called C:\PRINTER, then
  736.         start JEPRS like this:
  737.                         C:\JEPRS> JEPRS C:\PRINTER\MyRefs.Cfg
  738.  
  739.         This tells JEPRS not only the name of the file, but also in which
  740.         subdirectory it is located.
  741.  
  742.           >> Screen Color Options. In addition to Config filenames, you can
  743.         specify one or more options dealing with the appearance of text on the
  744.         screen. The /opt shown in the command line above is any combination
  745.         of:
  746.           /A  -> amber monitor with color video card
  747.           /G  -> green monitor with color video card
  748.           /B  -> turns blinking off in formatting
  749.           /C  -> turns colors off in formatting
  750.  
  751.         Actually /A and /G are the same command, but both options are provided
  752.         so that they are somewhat mnemonic. These two commands put the program
  753.         into Black and White Mode (see the >Global Defaults Menu<); that is,
  754.         all text is black, white, or gray, so that it can be properly
  755.         displayed on any monitor.
  756.  
  757.           The /B option turns off the blinking attribute of italicized text
  758.         when displaying output from the >Format Menu< on the screen.
  759.  
  760.           The /C option turns off the color attributes of boldface and
  761.         underlined text when displaying output from the >Format Menu< on the
  762.         screen. Boldface is normally displayed as white on cyan, and underline
  763.         is normally blue on black, but both become black on cyan when this
  764.         option is invoked.
  765.  
  766.           You can mix and match options in any combination; so if you want to
  767.         use your Config file called MyRefs.Cfg (in the subdirectory called
  768.         C:\PRINTER); you hate blinking characters; and you are using an amber
  769.         monitor with a CGA video adaptor, you could start JEPRS like this:
  770.              C:\> JEPRS C:\PRINTER\MyRefs.Cfg /B/A
  771.  
  772.  
  773.  
  774.         >>>>>   Running Under Microsoft Windows   <<<<<
  775.           JEPRS and Med2Go can be run under Microsoft Windows without any
  776.         modifications. You must run them as ``DOS applications'', though,
  777.         since they are not Windows-specific applications.
  778.  
  779.           Here is how to set up JEPRS with its own icon in Windows version
  780.         3's Program Manager. Use the mouse to select the Program Group you
  781.         want JEPRS to appear in. Then at the Program Manager menu choose
  782.         [F]ile/[N]ew, then click on Program Item and choose [OK]. Now the
  783.         Program Item Properties dialog box appears. At the [D]escription,
  784.         enter ``JEPRS'', and at the [C]ommand Line, enter the path and
  785.         filename for JEPRS. For example, if JEPRS is on drive C: in the
  786.         directory called \JEPRS, then enter ``C:\JEPRS\JEPRS.Exe''. You can
  787.  
  788.  
  789.  
  790.  
  791.  
  792.  
  793.  
  794.  
  795.  
  796.  
  797.  
  798.                                                   JEPRS User's Guide, page 13
  799.  
  800.         also include command-line options here (described above). For example,
  801.         if your JEPRS Config file is called MyRefs.Cfg, then you would enter
  802.         the following at [C]ommand Line:
  803.                         C:\JEPRS\JEPRS.Exe C:\JEPRS\MyRefs.Cfg
  804.  
  805.           You can also add a special icon for JEPRS. Click on the button that
  806.         says Change [I]con... and the Select Icon dialog box appears. At
  807.         [F]ile Name, enter the path (drive and directory) where your JEPRS
  808.         files are, specifying a file name of JEPRS.Ico. To use the same
  809.         example as before, if your JEPRS files are on drive C: in the
  810.         directory called \JEPRS, then enter ``C:\JEPRS\JEPRS.Ico'' at [F]ile
  811.         Name. Then click on View [N]ext to see what the icon looks like. Now
  812.         keep clicking on the OK buttons until you are back at the Program
  813.         Manager. You'll notice that the J! JEPRS icon is now displayed in your
  814.         program group. To start JEPRS, simply double-click on this J! icon.
  815.  
  816.  
  817.                                     **************
  818.                                   Creating Your Own
  819.         Database
  820.                                       **********
  821.           When using the tutorial, JEPRS automatically uses the sample
  822.         Ref1.JPR and Ref1.JPK database files. Now you probably want to create
  823.         your own database. 
  824.  
  825.           Once at the >Main Menu<, press [F2] to go to the >Global Defaults
  826.         Menu<. Press [F]iles and then [R]eference file; now enter the name
  827.         that you want for your database file (for example, MyRefs.JPR) and
  828.         press [Enter]. JEPRS will then ask you for the name of the matching
  829.         Key file, and it will automatically provide you with a default name
  830.         (such as MyRefs.JPK, in this example). You can use the arrow keys,
  831.         [Home], [End], [Insert], and [Delete] to edit the name any way you
  832.         wish. After you press [Enter] to accept the name, JEPRS will pop up
  833.         with an error message-don't worry, just press [F6] and JEPRS will
  834.         create new Database and Key files with the names you specified. Then
  835.         press [Esc] twice to return to the >Main Menu.<
  836.  
  837.           And now one last thing: save the new Database & Key file names into
  838.         your Config file so you won't have to go through this whole procedure
  839.         everytime you start JEPRS. Do this now by pressing [F2] to return to
  840.         the >Global Defaults Menu<; then press [D]efaults, then press [S]ave
  841.         defaults + filenames. So from now on when you start JEPRS with the
  842.         Config file, it will automatically look for your new MyRefs.JPR and
  843.         MyRefs.JPK files.
  844.  
  845.  
  846.  
  847.  
  848.                                     **************
  849.                                  Maneuvering Through
  850.         JEPRS
  851.                                       **********
  852.  
  853.  
  854.  
  855.  
  856.  
  857.  
  858.  
  859.  
  860.  
  861.  
  862.  
  863.  
  864.         JEPRS User's Guide, page 14
  865.  
  866.  
  867.         >>>>>   Screen Design   <<<<<
  868.           The screen is basically divided into 5 sections; since every menu
  869.         has this same basic layout, let me describe some background about it.
  870.  
  871.           >> Menu Title. The topmost line on the screen always contains the
  872.         menu title. This is meant to give you some idea of where you are in
  873.         the program, and what you can do.
  874.  
  875.           >> Menu Line. The second line from the top contains a list of the
  876.         actual commands you have available to you. When the menu line is
  877.         active, the first letter of each command is highlighted and one of the
  878.         commands is completely highlighted. This is to let you know that you
  879.         can just press the highlighted letter to invoke the command, or if you
  880.         just press [Enter] then the command that is completely highlighted is
  881.         automatically invoked. You can change the highlighted command by using
  882.         the left and right arrow keys, or by pointing the mouse at the command
  883.         name and pressing the left mouse button.
  884.  
  885.           >> Format/Terms/Filename Area. In the middle left of the screen,
  886.         one of three lists are displayed: either a list of possible format
  887.         styles for formatting, a list of the terms you are using for
  888.         searching, or the directory & file names you have programmed into the
  889.         Config file. On the >Main Menu<, for example, the file names are
  890.         listed.
  891.  
  892.           >> Messages Window. On the bottom left side of the screen, there is
  893.         generally a messages window. It has basically two functions: To
  894.         provide you with a short description of what you can do, and a list of
  895.         the function keys you can press and what their functions are.
  896.  
  897.           >> Defaults/Information. The right side of the screen lists the
  898.         current local or global defaults, and sometimes some additional
  899.         information.
  900.  
  901.  
  902.  
  903.         >>>>>   Menus & Prompt Boxes   <<<<<
  904.           When you are at any of JEPRS' menus, you can change the highlighted
  905.         command with the cursor keys, but no matter what alpha-numeric key you
  906.         press, it is not actually displayed on the screen. That's because you
  907.         are entering input for a Menu.
  908.  
  909.           You select a menu item in any of 3 ways:
  910.  
  911.           >> Arrow keys. Use the arrow keys to highlight the item of choice,
  912.         and then press [Enter].
  913.  
  914.           >> Highlight letter. Press the highlighted letter of the function
  915.         you want to invoke.
  916.  
  917.           >> Mouse. Use the mouse to point to the item you wish to invoke,
  918.         then press the left mouse button.
  919.  
  920.  
  921.  
  922.  
  923.  
  924.  
  925.  
  926.  
  927.  
  928.  
  929.  
  930.                                                   JEPRS User's Guide, page 15
  931.  
  932.           The mouse buttons have the following keystroke equivalents:
  933.  
  934.         ===================================================================
  935.                              Left mouse button = [Enter]
  936.                               Right mouse button = [Esc]
  937.                            Both mouse buttons = [F1] (Help)
  938.         ===================================================================
  939.  
  940.           The other type of input is for a Prompt. An example of a prompt is
  941.         when you enter Search Terms on the >Search Menu<. The screen shows the
  942.         prompt ``Enter Search Terms:'' and a reverse video box is displayed.
  943.         Often, there is a default value already present; in that case, just
  944.         pressing [Enter] will cause that default value to be used.
  945.         Alternatively, you can just start typing your new entry, and the
  946.         default one will be replaced by what you type. (The mouse is not
  947.         functional at a prompt where you have to enter anything other than a
  948.         yes/no answer.)
  949.  
  950.           One nice feature about prompts and their default values is that in
  951.         addition to either taking them as they are or completely replacing
  952.         them, you have the option of editing them. In order to edit text
  953.         displayed at a prompt (as oppposed to replacing it), the first key you
  954.         press must be an editing key which must be one of:
  955.           [RightArrow]
  956.           [LeftArrow]
  957.           [Ctrl + RightArrow]
  958.           [Ctrl + LeftArrow]
  959.           [Delete]
  960.           [Ctrl + End]
  961.           [Insert]
  962.           [Home]
  963.           [End]
  964.  
  965.         If you press one of these keys before pressing an alpha-numeric
  966.         character key, then you can edit the text displayed after a prompt.
  967.         For example, let's say you're entering a file name on the >Global
  968.         Defaults Menu< and the old file name is
  969.                              C:\Lou\Lab\JEPRS\OldFile.JPR
  970.  
  971.         There are two ways to change the file name to ``NewFile.JPR''. The
  972.         first (hard) way is to just start typing the whole name in:
  973.                              C:\Lou\Lab\JEPRS\NewFile.JPR
  974.  
  975.         The second (easier) way is to edit the file name:
  976.           1. When the old file name is displayed, press the [End] key and
  977.           then press the [LeftArrow] key until the cursor is under the
  978.           ``O'' in ``OldFile''.
  979.           2. Now press [Delete] 3 times to delete ``Old''.
  980.           3. Just type in ``New''; the display should now read:
  981.                              C:\Lou\Lab\JEPRS\NewFile.JPR
  982.  
  983.           4. Press [Enter] to accept your changes.
  984.  
  985.  
  986.  
  987.  
  988.  
  989.  
  990.  
  991.  
  992.  
  993.  
  994.  
  995.  
  996.         JEPRS User's Guide, page 16
  997.  
  998.           This saves you a whole lot of unnecessary typing, so keep it in
  999.         mind whenever you need to change a default value at a prompt.
  1000.  
  1001.  
  1002.                                     **************
  1003.                                  Exiting The Program
  1004.                                       **********
  1005.           When you are done with JEPRS, return from wherever you are to the
  1006.         >Main Menu< (usually by pressing [Esc]), then exit the program as
  1007.         follows:
  1008.           1. Press [E]     . . . or . . .
  1009.           2. Press [Esc]   . . . or . . .
  1010.           3. Use the arrow keys or the left mouse button to highlight >Exit<,
  1011.           then press [Enter]       . . . or . . .
  1012.           4. Click the right mouse button.
  1013.  
  1014.           When you do this, JEPRS will beep (unless you turned off the
  1015.         ``Error/Warning Beep'' on the >Global Defaults Menu<) and then ask you
  1016.         if you really want to exit the program; if you do, press [Y] (or point
  1017.         the mouse at the letter `Y' in the prompt box, and click the left
  1018.         mouse button); if you don't, press [N] (or any other key or the right
  1019.         mouse button). If you press [Y], you will be returned to DOS, and your
  1020.         screen colors will return to what they were before JEPRS started.
  1021.  
  1022.           Of course, the other way of exiting JEPRS is to simply shut off
  1023.         your computer-but don't do that. If you turn off your computer without
  1024.         exiting JEPRS, then you may lose data from your data files. So
  1025.         remember, always exit JEPRS properly before turning off your computer.
  1026.  
  1027.  
  1028.  
  1029.  
  1030.  
  1031.  
  1032.  
  1033.  
  1034.  
  1035.  
  1036.  
  1037.  
  1038.  
  1039.  
  1040.  
  1041.  
  1042.  
  1043.  
  1044.  
  1045.  
  1046.  
  1047.  
  1048.  
  1049.  
  1050.  
  1051.  
  1052.  
  1053.  
  1054.  
  1055.  
  1056.  
  1057.  
  1058.  
  1059.  
  1060.  
  1061.  
  1062.                                                   JEPRS User's Guide, page 17
  1063.  
  1064.  
  1065.  
  1066.                         C  H  A  P  T  E  R     T  H  R  E  E
  1067.                                       _________
  1068.  
  1069.                                     The Main Menu
  1070.  
  1071.  
  1072.  
  1073.  
  1074.  
  1075.                          ####################################
  1076.  
  1077.           Once you start JEPRS, and you pass the >Welcome Screen<, you are
  1078.         presented with the >Main Menu< from which you can enter any of JEPRS'
  1079.         commands.
  1080.  
  1081.                         #####################################
  1082.  
  1083.  
  1084.                                     **************
  1085.                                   System Information
  1086.                                       **********
  1087.           Notice the information on the right side of the screen labelled
  1088.         ``System Information.''  This provides some useful information to you
  1089.         regarding the environment that JEPRS is working in. It is also
  1090.         information that is useful to me if you discover any problems with the
  1091.         program. If there are any problems, it is very helpful if you copy
  1092.         down the information here (or press [][PrintScrn] to print it on your
  1093.         printer) and send it to me along with your problem.
  1094.  
  1095.           Each item is described briefly here:
  1096.  
  1097.           >> Error/Warning Beep. This tells you whether the error beep is
  1098.         turned on or off. You can change its setting on the >Global Defaults
  1099.         Menu<.
  1100.  
  1101.           >> Total Memory (RAM). This just informs you how much memory you
  1102.         have installed in your computer. Some IBM computers display one
  1103.         kilobyte less than they actually have (e.g., 639kb is displayed even
  1104.         if your computer really has 640kb installed). If you're using Windows
  1105.         3.0, this figure reflects Windows' allocation of memory, and may not
  1106.         exactly reflect how much memory you have physically installed in your
  1107.         computer. Also, JEPRS cannot detect `extended' or `expanded' memory,
  1108.         so if you have this kind of memory, JEPRS doesn't know it's there and
  1109.         will not report it or use it.
  1110.  
  1111.           >> Memory Available. This tells you how much extra space JEPRS has
  1112.         available to it. The bigger your database, the smaller this number.
  1113.         Again, if you're using Microsoft Windows, you can edit your PIF file
  1114.         settings to increase or decrease the amount of space allocated to
  1115.         JEPRS. Memory Available will vary depending on how many TSR
  1116.         (``Terminate & Stay Resident'') programs you have in memory, and the
  1117.  
  1118.  
  1119.  
  1120.  
  1121.  
  1122.  
  1123.  
  1124.  
  1125.  
  1126.  
  1127.  
  1128.         JEPRS User's Guide, page 18
  1129.  
  1130.         number of successful matches in your last search. If you have
  1131.         performed a search with a large number of matches, this can tie up
  1132.         memory; if you plan on sorting formatted output on the >Format Menu<,
  1133.         you can free up most of your memory by deliberately performing a
  1134.         search that will have only a few matches.
  1135.  
  1136.           >> Number of references in reference file. The total number of
  1137.         reference citations in your database file is reported here. When you
  1138.         start a new database, it should say zero, and when you Add or Import
  1139.         references, it should go up correspondingly.
  1140.  
  1141.           >> Number of relocated references. JEPRS stores your references in
  1142.         a very compact format. The only disadvantage to this method is that if
  1143.         you edit any of your references to make them longer, some disk space
  1144.         is wasted. When this happens, JEPRS increments the number of relocated
  1145.         references by one. After you have accumulated 20 or so of these moved
  1146.         references, it starts to take up valuable disk space. To see how to
  1147.         get rid of these unused references, see the >Utilities/Compress
  1148.         Database Menu<.
  1149.  
  1150.           >> Version number. For version 2.50, JEPRS was released to the
  1151.         public in December 1990. Always let me know what version you are using
  1152.         if you report a problem.
  1153.  
  1154.           >> Unregistered Version.  If you see this on the screen, it means
  1155.         you are still evaluating the shareware version of JEPRS. Shareware
  1156.         means that you are free to try the program out for 30 days, after
  1157.         which you must either stop using the program, or register with the
  1158.         author. For information on registering with the author, please see the
  1159.         file called Order.Doc, or press [F2] (>Global Defaults Menu<), then
  1160.         Defaults, then Ordering information. When you register your use of
  1161.         JEPRS, the ``Unregistered Version'' text will change to ``Registered
  1162.         Version'', and you will be given information on how to disable the
  1163.         >Opening Screen<.
  1164.  
  1165.           >> DOS version. This tells you which version of DOS you are using
  1166.         (e.g., 2.11 or 3.21) to run JEPRS. 
  1167.  
  1168.           >> Time and date.  The current time and date are displayed on the
  1169.         bottom of the screen.
  1170.  
  1171.           >> Directory & Filenames. You can change any of these names at the
  1172.         >Global Defaults Menu<.
  1173.  
  1174.  
  1175.  
  1176.  
  1177.  
  1178.  
  1179.  
  1180.  
  1181.  
  1182.  
  1183.  
  1184.  
  1185.  
  1186.  
  1187.  
  1188.  
  1189.  
  1190.  
  1191.  
  1192.  
  1193.  
  1194.                                                   JEPRS User's Guide, page 19
  1195.  
  1196.  
  1197.  
  1198.                           C  H  A  P  T  E  R     F  O  U  R
  1199.                                       _________
  1200.  
  1201.                                  On-Line Help System
  1202.  
  1203.  
  1204.  
  1205.  
  1206.  
  1207.                          ####################################
  1208.  
  1209.           In order to make your life as simple as possible, JEPRS provides
  1210.         you with on-line context-sensitive Help screens at the press of a
  1211.         key-the [F1] key.
  1212.  
  1213.                         #####################################
  1214.  
  1215.  
  1216.                                     **************
  1217.                                 Context-Sensitive Help
  1218.                                       **********
  1219.           At most points within JEPRS (whenever you see ``[F1]=Help'', and
  1220.         sometimes even if you don't), you have the option of pressing [F1] to
  1221.         get Help. General help is obtained by pressing [F1] while still at the
  1222.         >Main Menu.< To obtain help with any command on the >Main Menu<,
  1223.         invoke that command, and then press the [F1] function key.
  1224.  
  1225.           After pressing [F1], you should see the Help screen on the left
  1226.         portion of the display (so now you can see your Defaults on the right
  1227.         side of the screen at the same time). The Help facility provides
  1228.         context-sensitive help no matter where you are in the program.
  1229.  
  1230.  
  1231.  
  1232.         >>>>>   Scrolling Through Help   <<<<<
  1233.           After asking for help, several keys are displayed on the bottom of
  1234.         the Help window:  [Up Arrow], [Down Arrow], [PgUp], [PgDn], [Home],
  1235.         [End], and [Esc]. Here is a short description of what each of these
  1236.         keys does:
  1237.  
  1238.           >> Up/Down Arrows. You can scroll through the text on the Help
  1239.         Screen by pressing the arrow keys. Each key press moves you up or down
  1240.         one line at a time. JEPRS stops when you have reached the beginning or
  1241.         end of Help.
  1242.  
  1243.           >> PgUp/PgDn. If more than one page of help text is available, you
  1244.         can use these keys to page through the text 20 lines at a time.
  1245.  
  1246.           >> Home/End. Pressing these keys will bring you to the very first
  1247.         or the very last page of the help text, respectively.
  1248.  
  1249.  
  1250.  
  1251.  
  1252.  
  1253.  
  1254.  
  1255.  
  1256.  
  1257.  
  1258.  
  1259.  
  1260.         JEPRS User's Guide, page 20
  1261.  
  1262.           >> Esc. When you are finished looking at the Help screen, just
  1263.         press [Esc] to return to where you were in JEPRS before you asked for
  1264.         Help.
  1265.  
  1266.           >> Mouse Functions. New in version 2.5 is the ability to use a
  1267.         mouse. Pressing the right mouse button is the same as pressing [Esc];
  1268.         that is, it exits you from Help. You can also use the mouse to point
  1269.         to any of the key labels at the bottom of the Help window, and then
  1270.         press the left mouse button to invoke the function. For example, if
  1271.         you place the mouse pointer on the key label [PgDn] and press the left
  1272.         mouse button, then the help text will scroll down one screen, just as
  1273.         if you had pressed the [PgDn] key on your keyboard.
  1274.  
  1275.  
  1276.  
  1277.         >>>>>   The Help File   <<<<<
  1278.           In order for Help to work, JEPRS must be able to find the file
  1279.         called ``JEPRS.Hlp''. If JEPRS can't find this file, it displays an
  1280.         error message:
  1281.           JEPRS.Hlp not found. 
  1282.           Press any key to continue.
  1283.  
  1284.         when you try to get Help. The Help file must be in either the current
  1285.         directory or the directory specified on the >Global Defaults Menu<.
  1286.  
  1287.           Each Help file is specific for each version of JEPRS. Therefore, if
  1288.         you get an update (for example, you switch from JEPRS version 2.06 to
  1289.         version 2.50) you must replace the old Help file with the new one
  1290.         supplied with the update. Otherwise, Help will provide incorrect
  1291.         information.
  1292.  
  1293.  
  1294.  
  1295.  
  1296.  
  1297.  
  1298.  
  1299.  
  1300.  
  1301.  
  1302.  
  1303.  
  1304.  
  1305.  
  1306.  
  1307.  
  1308.  
  1309.  
  1310.  
  1311.  
  1312.  
  1313.  
  1314.  
  1315.  
  1316.  
  1317.  
  1318.  
  1319.  
  1320.  
  1321.  
  1322.  
  1323.  
  1324.  
  1325.  
  1326.                                                   JEPRS User's Guide, page 21
  1327.  
  1328.  
  1329.  
  1330.                           C  H  A  P  T  E  R     F  I  V  E
  1331.                                       _________
  1332.  
  1333.                                  Quick Start Tutorial
  1334.  
  1335.  
  1336.  
  1337.  
  1338.  
  1339.                          ####################################
  1340.  
  1341.           Since JEPRS is so powerful, beginners can get bogged down trying to
  1342.         read the whole manual. So this chapter will take you on a quick tour
  1343.         of the capabilities of the entire program. After you complete this
  1344.         chapter, you should have a good feel for the overall capabilities of
  1345.         JEPRS. Parts of this tutorial assume you are using the sample files
  1346.         that came on your JEPRS distribution disk.
  1347.  
  1348.                         #####################################
  1349.  
  1350.  
  1351.                                     **************
  1352.                                   Listing References
  1353.                                       **********
  1354.           When you are at the >Main Menu<, simply press [L]ist to view the
  1355.         references in your database.
  1356.  
  1357.           You'll immediately notice that references are made up of any
  1358.         combination of:
  1359.           >> Title. 
  1360.           >> Author. 
  1361.           >> Journal. 
  1362.           >> Volume (Issue). 
  1363.           >> Page. 
  1364.           >> Year. 
  1365.           >> Citation Type. 
  1366.           >> Reference Number. 
  1367.           >> Editor. 
  1368.           >> Publisher. 
  1369.           >> Keywords. 
  1370.  
  1371.           Function keys that you can use are listed at the bottom of the
  1372.         screen. The [Page Up] and [Page Down] keys will list the previous and
  1373.         next references, respectively. When you know the number of the
  1374.         reference you wish to view, you can type in the number and press
  1375.         [Enter] to go immediately to that reference. You can also use the
  1376.         function keys listed to send the reference to a text file, number
  1377.         file, or your printer. (For more information on these files, see the
  1378.         Appendix.)
  1379.           This is also the place where you can edit or delete your
  1380.         references. When you press [F4], you enter the edit mode, and can
  1381.  
  1382.  
  1383.  
  1384.  
  1385.  
  1386.  
  1387.  
  1388.  
  1389.  
  1390.  
  1391.  
  1392.         JEPRS User's Guide, page 22
  1393.  
  1394.         modify or erase the current reference. You edit references the same
  1395.         way you add them, so see the section on Adding References for
  1396.         information what keys you can use to edit references. If you're in
  1397.         edit mode, press [Esc] to go to the menu at the top of the screen,
  1398.         then select [A]bandon to return to the >List References< screen.
  1399.  
  1400.           Press [Esc] to return to the >Main Menu<.
  1401.  
  1402.  
  1403.                                     **************
  1404.                                   Adding References
  1405.                                       **********
  1406.           Press [A]dd at the >Main Menu< to go to the >Add References<
  1407.         screen. The screen looks very much like the >List References< screen,
  1408.         and identical to the edit mode screen.
  1409.  
  1410.           You can move around the fields, and within the fields, just like
  1411.         most other programs on the market today:  use the editing keys on the
  1412.         right side of your keyboard. There is also a list of keys and their
  1413.         functions on the bottom of the screen. If you need more help moving
  1414.         around the screen, see the chapter on Adding References.
  1415.  
  1416.           New in version 2.5 of JEPRS is the ability to edit multi-line
  1417.         fields (such as the title, which can be up to 3 lines long) as if it
  1418.         were one extended line. That is, if you enter text that's too long to
  1419.         fit in the editing window, JEPRS will automatically scroll left and/or
  1420.         right to let you see all that you're editing.
  1421.  
  1422.           You can edit any of the fields on the screen with one exception: 
  1423.         the reference number. This number is assigned by JEPRS and will never
  1424.         be changed. The reason is that you can use JEPRS to read your
  1425.         manuscripts and automatically generate a bibliography (a new feature
  1426.         in version 2.5); if you were allowed to change the reference numbers,
  1427.         then JEPRS might insert the wrong reference into the bibliography that
  1428.         it generates.
  1429.  
  1430.           A nice feature of JEPRS that is missing in many other programs is
  1431.         the ability to use foreign (i.e., non-English) characters in your
  1432.         database. The characters that JEPRS can use are those in the IBM
  1433.         ``extended ASCII'' character set. To insert an extended character
  1434.         (such as a greek `alpha'), first type [^P] (that is, hold down the
  1435.         [Ctrl] key and press the [P] key once) and then hold down the [Alt]
  1436.         key and enter the ASCII code on the number pad on the right side of
  1437.         your keyboard. Since the ASCII code for `alpha' is #224, you would
  1438.         hold down the [Alt] key and then press [224] and then let go of the
  1439.         [Alt] key. You should now see an alpha ( ) on the screen.
  1440.  
  1441.           When finished adding or editing the reference, press [Esc] to go to
  1442.         the menu at the top of the screen. For now, press [A]bandon and then
  1443.         [M]ain Menu to return to the >Main Menu<.
  1444.  
  1445.  
  1446.                                     **************
  1447.  
  1448.  
  1449.  
  1450.  
  1451.  
  1452.  
  1453.  
  1454.  
  1455.  
  1456.  
  1457.  
  1458.                                                   JEPRS User's Guide, page 23
  1459.  
  1460.                                  Searching References
  1461.                                       **********
  1462.           One of JEPRS' most powerful routines is its >Search Menu<. You can
  1463.         perform anything from a very simple search (for example: find all
  1464.         references that contain an author named Wright) to complex searches
  1465.         that include AND/OR/NOT Boolean logic (such as find all references
  1466.         written by Wright or Weintraub and appeared in Cell or Science or
  1467.         Nature and between 1989-1990 and contain the keywords Differentiation
  1468.         or Muscles).
  1469.  
  1470.           To perform a simple search, first go to the >Search Menu< by
  1471.         pressing [S]earch at the >Main Menu<. The actual searching is done by
  1472.         pressing [G]o. But before you do that, you have to tell JEPRS what to
  1473.         search for. The fields to search through (for example, Authors) and
  1474.         the text to search for (for example, ``Wright'') are called `Terms' in
  1475.         JEPRS. So, to specify your Terms for a search, press [T]erms at the
  1476.         >Search Menu<.
  1477.  
  1478.           JEPRS asks you to ``Enter Search:''. This is where you enter the
  1479.         field to search through. The messages window displays a list of fields
  1480.         you can enter (as well as the Boolean operators you can use). For a
  1481.         simple search, just enter one field letter. Try entering an `A' for
  1482.         Authors, and then press [Enter].
  1483.  
  1484.           Next, JEPRS gives you a blank line to enter the text to search for.
  1485.         Since, we'll be looking for all authors with the name `Wright', enter
  1486.         `Wright' and press [Enter].
  1487.  
  1488.           Now you're back at the menu. To start the search, just press [G]o.
  1489.         While no matches are found, JEPRS will display the status in the
  1490.         Messages window. Once any matches are found, JEPRS automatically
  1491.         switches to the >Search Results< screen. It continues to update the
  1492.         display as new references are found.
  1493.  
  1494.           When it's done searching, you can use the up & down arrow keys to
  1495.         move the cursor to each reference. The bottom of the screen lists each
  1496.         function key you can use. For example, you can use function keys to
  1497.         mark, print, and view each reference.
  1498.  
  1499.           To view a reference in its entirety, just press [Enter] when the
  1500.         cursor is at that reference. That will bring you to the >List< screen,
  1501.         where you can view or edit the found references.
  1502.  
  1503.  
  1504.  
  1505.         >>>>>   Advanced Example   <<<<<
  1506.           Let's say you have to give a lecture on muscle cell determination
  1507.         and differentiation. You know you have many papers in your database
  1508.         that were authored by Wright, Emerson, Lassar, and Weintraub. The only
  1509.         problem is that, while each of these people publish papers of
  1510.         interest, they do not necessarily publish papers together. Most
  1511.         programs only allow you to perform searches using and (that is, ``find
  1512.         all papers by Wright and Emerson and Lassar and Weintraub'') which
  1513.  
  1514.  
  1515.  
  1516.  
  1517.  
  1518.  
  1519.  
  1520.  
  1521.  
  1522.  
  1523.  
  1524.         JEPRS User's Guide, page 24
  1525.  
  1526.         won't work in this case. But JEPRS can handle this with no problem.
  1527.         Try the following search by pressing [T]erms at the >Search Menu< and
  1528.         entering the text as follows:
  1529.  
  1530.             Enter Search: A/A/(A+A)+Y
  1531.             Wright
  1532.             Emerson
  1533.             Lassar
  1534.             Weintraub
  1535.             1985-1990
  1536.  
  1537.         This is a search for (author = Wright) or (author = Emerson) or
  1538.         (author = Lassar and author = Weintraub) and (year = 1985-1990).
  1539.         Lassar & Weintraub are placed in parentheses since they are often
  1540.         authors on the same papers. This kind of a search, which would be an
  1541.         extremely common occurrence, is actually not possible in many other
  1542.         reference management programs. And don't think that JEPRS only allows
  1543.         you to do this with authors; you can do it with any and all of the
  1544.         searchable fields (see the Messages window after pressing [T]erms at
  1545.         the >Search Menu< to see a list of the searchable fields, or consult
  1546.         the chapter on Searching).
  1547.  
  1548.  
  1549.                                     **************
  1550.                                    Global Defaults
  1551.                                       **********
  1552.           In addition to the `local' [D]efaults that JEPRS provides on the
  1553.         >Search<, >Format<, >Import<, and >Export Menus<, JEPRS provides
  1554.         >Global Defaults< that affect your entire JEPRS session. This includes
  1555.         specifying printer settings, the word processor you use, whether you
  1556.         want error beeping turned on or off, color vs. monochrome mode, etc.
  1557.  
  1558.           To get to the >Global Defaults Menu<, press [F2] at any of the
  1559.         >Search<, >Format<, >Import<, or >Export Menus<. To specify the word
  1560.         processor that you will use (JEPRS currently supports WordPerfect 5.x
  1561.         and PC-Write 3.0), choose [D]efaults/[W]ord Processor Type; then
  1562.         select either [W]ordPerfect or [P]C-Write. Then press [Esc] once to
  1563.         return to the menu. Now select a printer by choosing [U]se Printer #;
  1564.         a pop-up menu will list the available printers. Choose the one that
  1565.         most closely resembles your printer; if none of them does, you'll
  1566.         probably want to look at the chapter on Global Defaults later on in
  1567.         this User's Guide.
  1568.  
  1569.           To make sure your choices are saved in the Config file, choose
  1570.         [S]ave Defaults+Files at the [D]efaults menu. From now on, whenever
  1571.         you start JEPRS with this Config file, these defaults will be
  1572.         automatically selected for you.
  1573.  
  1574.           One more thing about the >Global Defaults Menu<: you can
  1575.         temporarily access DOS without exiting JEPRS. To do this, press [G]o
  1576.         To DOS and you will get the DOS prompt; the normal DOS prompt is
  1577.         modified to remind you to type `EXIT' and press [Enter] to return to
  1578.         JEPRS. (If you do not have enough memory, you will get an error
  1579.  
  1580.  
  1581.  
  1582.  
  1583.  
  1584.  
  1585.  
  1586.  
  1587.  
  1588.  
  1589.  
  1590.                                                   JEPRS User's Guide, page 25
  1591.  
  1592.         message; don't worry, just press any key to continue.)
  1593.  
  1594.           Now press [Esc] until you return to the >Main Menu<.
  1595.  
  1596.  
  1597.                                     **************
  1598.                                 Formatting References
  1599.                                       **********
  1600.           The whole point of owning a reference management system like JEPRS
  1601.         is to format the references in a variety of format styles. So what can
  1602.         JEPRS do in terms of formatting? Quite a bit, actually.
  1603.  
  1604.           At the >Main Menu<, press [F]ormat to go to the >Format Menu<. As
  1605.         with searching, formatting is started by pressing [G]o. But you'll
  1606.         want to specify some parameters before you start.
  1607.  
  1608.           First of all, you'll want to tell JEPRS which of the 30 format
  1609.         styles to use. So press [F]ormat at the >Format Menu< to access the
  1610.         format style selection menu. Use the up & down arrows and the [Page
  1611.         Up] & [Page Down] keys to select the style you want (the arrowhead
  1612.         will move to show you which one is currently selected). Then press
  1613.         [Enter] to confirm your choice, and you will be returned to the
  1614.         >Format Menu<.
  1615.  
  1616.           JEPRS lets you specify the source and destination of the
  1617.         references. To specify the source of the references to format, press
  1618.         [I]nput, and then choose from the pop-up menu; for now, choose
  1619.         [R]eference file, and then press [Enter] twice to accept the defaults
  1620.         (first and last references, inclusive). To specify the destination of
  1621.         the formatted references, press [O]utput, and then choose from the
  1622.         menu; for now, choose [S]creen, and then press [Y]es; and press [Esc]
  1623.         to return to the >Format Menu<.
  1624.  
  1625.           Now press [G]o to start the formatting. The screen will clear, and
  1626.         the formatted references will start to scroll across the screen. Press
  1627.         [Scroll Lock] to halt the screen (JEPRS is probably one of the few
  1628.         programs you use where the [Scroll Lock] key actually has a function).
  1629.         To re-start the formatting, just press the [Scroll Lock] key again.
  1630.         You'll notice that the text appears in different colors, unless the
  1631.         Global Default for [F]ormat screen colors has been turned off. Since
  1632.         your PC screen can't display italics, underlining, subscripts, and
  1633.         superscripts, I have resorted to displaying each of these attributes
  1634.         in a different color. Normal text is black on cyan, bold is white on
  1635.         cyan, and underlined is blue on black. If you send this to your
  1636.         printer (using [O]utput=[P]rinter), then these attributes would appear
  1637.         on the printed output (but make sure your printer is set up first, at
  1638.         the >Global Defaults Menu<).
  1639.  
  1640.           If you stopped the text from scrolling, then press [Scroll Lock] to
  1641.         get it going again. Then press [Esc] to abandon formatting, and answer
  1642.         [Y]es to the dialog box that asks you if you really want to terminate
  1643.         formatting. This will return you to the >Format Menu<.
  1644.  
  1645.  
  1646.  
  1647.  
  1648.  
  1649.  
  1650.  
  1651.  
  1652.  
  1653.  
  1654.  
  1655.  
  1656.         JEPRS User's Guide, page 26
  1657.  
  1658.           The >Format Menu< is where you do all formatting in JEPRS, except
  1659.         for exporting references in MedLine format. If you wanted to send the
  1660.         output to a PC-Write 3.0 or WordPerfect 5.x file, then you would
  1661.         specify [O]utput=[W]ordProcFile. Likewise, direct printer output would
  1662.         be sent by specifying [O]utput=[P]rinter.
  1663.  
  1664.  
  1665.  
  1666.         >>>>>   Automatic Bibliography Generation   <<<<<
  1667.           Beginning with version 2.5, JEPRS can ``read'' your manuscript and
  1668.         automatically generate a bibliography based on the reference numbers
  1669.         you place in the manuscript; it can then go back and replace those
  1670.         numbers with either (a) Author+Year or (b) Sequential Number
  1671.         citations. Only WordPerfect 5.x and PC-Write 3.0 are supported for
  1672.         this feature. An additional limitation is that JEPRS cannot replace
  1673.         citations that occur in WordPerfect Text Boxes (JEPRS can find the
  1674.         references there, but it cannot go back and replace them with
  1675.         citations). You specify the manuscript file that you want JEPRS to
  1676.         read by entering its file name on JEPRS' >Global Defaults Menu< (under
  1677.         [F]iles/[W]ord processor input file).
  1678.  
  1679.           To automatically generate a bibliography in this manner, you first
  1680.         go into your manuscript using your word processor (either WordPerfect
  1681.         5.x or PC-Write 3.0), and wherever you want a reference citation, you
  1682.         enter {J#0000}, where `0000' is the JEPRS reference number you want to
  1683.         cite. For example, if you want to cite JEPRS reference number 144,
  1684.         then you would enter {J#144}  into the manuscript. Then save the file
  1685.         and exit your word processor.
  1686.  
  1687.           Now start up JEPRS, and at the >Main Menu< press [F2] go to the
  1688.         >Global Defaults Menu<, press [F]iles/[W]ord processor input file,
  1689.         enter the name of your manuscript file and press [Enter]; then press
  1690.         [Esc ]to get back to the >Global Defaults Menu<. (If you haven't
  1691.         already specified your Word processor type, do that now at the >Global
  1692.         Defaults Menu<:  press [D]efaults/[W]ordProcessorType, and then select
  1693.         your word processor.) Now press [Esc] until you return to the >Main
  1694.         Menu<. Press [F]ormat, then [I]nput, then [W]ord Processor file. (Now
  1695.         select your [O]utput and [F]ormat Styles as you normally would.) When
  1696.         you press [G]o to start, JEPRS will search through your word processor
  1697.         manuscript for the codes you entered, and automatically generate the
  1698.         bibliography.
  1699.  
  1700.           After first asking for confirmation, JEPRS will then go back into
  1701.         your file and replace the codes you entered (such as {J#144}) with
  1702.         either an Author+Year citation or Sequential Numbers. JEPRS will not,
  1703.         however, modify your original manuscript. It creates a copy of your
  1704.         original manuscript, and modifies only the copy. So now use your word
  1705.         processor to retrieve the modified copy to see what it looks like.
  1706.         JEPRS names the modifed copy as *.New; in other words, if your
  1707.         manuscript was called CHAP_ONE.DOC, then JEPRS will name the modified
  1708.         version CHAP_ONE.NEW.
  1709.  
  1710.           How does JEPRS know whether to replace your codes with Author+Year
  1711.  
  1712.  
  1713.  
  1714.  
  1715.  
  1716.  
  1717.  
  1718.  
  1719.  
  1720.  
  1721.  
  1722.                                                   JEPRS User's Guide, page 27
  1723.  
  1724.         or Sequential Number citations? The Format Styles specify whether
  1725.         Author+Year or Sequential Numbers are used. You can go back and modify
  1726.         your Format Styles by pressing [F2] to go to the >Global Defaults
  1727.         Menu<, then select [D]efaults/[J]ournal Definitions, and then select
  1728.         the number of the format style you want to use. Press the [Tab] key
  1729.         until you are in the field called ``Replace WP Code With:'', and then
  1730.         choose [A]uthor+Year or [N]umbers. Then press [Esc] to go to the menu
  1731.         at the top of the screen, and press [S]ave to save the format. Now
  1732.         press [Esc] until you return to the >Main Menu<.
  1733.  
  1734.  
  1735.                                     **************
  1736.                                  Importing References
  1737.                                       **********
  1738.           In this section of the chapter, I will describe how to use both
  1739.         PaperChase and ISI's Current Contents on Diskette to create MedLine
  1740.         formatted Import files, and then show how to add the Import file into
  1741.         your JEPRS database file. The basic concepts provided in this section
  1742.         of the chapter should be applicable to you even if you use other on-
  1743.         line or CD-ROM based systems. See the additional documentation on
  1744.         Med2Go to see how to convert other format types (ERIC, Psyclit, and
  1745.         comma-delimited) to MedLine, so that JEPRS can import them.
  1746.  
  1747.  
  1748.  
  1749.         >>>>>   Creating an Import file with PaperChase   <<<<<
  1750.           PaperChase is an easy to use, menu-driven, on-line system for
  1751.         accessing the National Library of Medicine's MedLine reference
  1752.         database. PaperChase is available through CompuServe Information
  1753.         Services (Go PCH), and also directly through Beth Israel Hospital in
  1754.         Boston, Massachusetts. Your local medical center library would
  1755.         probably have information on accessing this system.
  1756.  
  1757.           I will now assume that you have successfully completed one or more
  1758.         on-line searches with PaperChase. While still logged on to PaperChase,
  1759.         choose `P' from the Main Menu for ``Put all references on print
  1760.         queue''. Then choose `E' for ``Exit PaperChase to print''.
  1761.  
  1762.           A menu is then displayed for Print Options. At this menu, choose #2
  1763.         ``National Library of Medicine format'' (this is the MedLine format).
  1764.  
  1765.           The final menu in PaperChase will be titled ``Include on Printout .
  1766.         . . ''. You have 4 choices:
  1767.           1)  References only
  1768.           2)  References plus abstracts
  1769.           3)  References plus Medical Subject Headings
  1770.           4)  References + abstracts + Medical Subject Headings
  1771.  
  1772.         Remember that the system charges extra if you download abstracts, but
  1773.         there is no extra charge for Medical Subject Headings. Therefore, I
  1774.         would suggest you always use #3 or #4. If you do, then when you import
  1775.         the file into JEPRS, JEPRS will convert the Medical Subject Headings
  1776.         into Keywords automatically.
  1777.  
  1778.  
  1779.  
  1780.  
  1781.  
  1782.  
  1783.  
  1784.  
  1785.  
  1786.  
  1787.  
  1788.         JEPRS User's Guide, page 28
  1789.  
  1790.           After choosing #3 or #4 above, PaperChase then gives you
  1791.         instructions for downloading to a file. Follow these instructions
  1792.         exactly, and make a note of the filename you used for your downloaded
  1793.         references. This filename will become the Import file for JEPRS. Now
  1794.         go ahead to the section called ``Retrieving an Import File into
  1795.         JEPRS''.
  1796.  
  1797.  
  1798.  
  1799.         >>>>>   Creating an Import File with Current Contents on Diskette
  1800.         (CCOD)   <<<<<
  1801.           Current Contents on Diskette (CCOD) is a PC-based system for
  1802.         looking at weekly updates of the scientific literature. This section
  1803.         of the tutorial will teach you how to create a MedLine formatted
  1804.         Import file while using CCOD version 1.3. It will then describe in
  1805.         detail how to bring that Import file into your JEPRS database.
  1806.  
  1807.           Start CCOD the way you normally do (usually by entering `CC' at the
  1808.         DOS prompt), then load one of your weekly issues of Current Contents
  1809.         into the program by selecting [C]CIssue, then [O]pen Back CC
  1810.         Issue . . . , then choose the specific issue you want from the menu
  1811.         and press [Enter]; it will then verify your choice and tell you it's
  1812.         ready; at that point, press any key to continue, then [Esc] to the
  1813.         >Main Menu<, then press [S]earch, then [S]earch Session. Now define a
  1814.         new search profile or run an old profile, then press [F5] to view the
  1815.         results of your search. Press [V]iew to switch back and forth between
  1816.         full-screen and 1-line entries. Use the arrow keys to move the
  1817.         highlight bar around, then press [I] (for P[I]C) at each reference you
  1818.         want to import into JEPRS, or press [M]arkAll if you want to import
  1819.         them all.
  1820.  
  1821.           To create the actual MedLine formatted file, continue as follows.
  1822.         Press [F]ile, and at the pop-up FILE menu, choose [S]ave, and then
  1823.         [A]ll records (that means all P[I]Ced records). Select [F]ile Format,
  1824.         and then [N]LM-MedLine; at File [n]ame, enter the name of the file to
  1825.         contain the exported references (this will become JEPRS' Import file).
  1826.         Now choose [A]ppend/Overwrite, and select either [A]ppend or
  1827.         [O]verwrite, depending on whether you wish to save previous references
  1828.         in the export file. Finally, press [Enter] to start the export.
  1829.  
  1830.  
  1831.  
  1832.         >>>>>   Retrieving an Import File into JEPRS   <<<<<
  1833.           Start up JEPRS the way you normally do. Press [U]tilities, then
  1834.         press [F2] to get to the >Global Defaults Menu<. Press [F]iles, and
  1835.         then [I]mport file, and then enter the name of the Import file (the
  1836.         file you just sent your references into, using either PaperChase or
  1837.         Current Contents on Diskette). Remember that you can enter just a
  1838.         filename, or a whole file specification, including drive and directory
  1839.         information. For example, JEPRS comes with a sample MedLine file
  1840.         called ProComm.Log. After entering the Import filename, press [Enter].
  1841.         Press [Esc] once to return to the >Global Defaults Menu<, and once
  1842.         again to return to the >Utilities Menu<.
  1843.  
  1844.  
  1845.  
  1846.  
  1847.  
  1848.  
  1849.  
  1850.  
  1851.  
  1852.  
  1853.  
  1854.                                                   JEPRS User's Guide, page 29
  1855.  
  1856.           At the >Utilities Menu<, press [I]mport to get to the >Import
  1857.         Menu<. Look at the right side of the screen:  is the default called
  1858.         ``Edit references before importing'' set to Yes or No?  If Yes, then
  1859.         when you press [G]o to start importing, JEPRS will stop at each
  1860.         reference and allow you to discard it or edit it before importing it;
  1861.         if No, then JEPRS will import all of the references in the Import file
  1862.         at once. For the purposes of this tutorial, set this to [N]o. Press
  1863.         [G]o to start the importing process.
  1864.  
  1865.           I have noticed that CCOD has a quirk: It capitalizes the first
  1866.         letter of each word in the title and every other letter is lowercase.
  1867.         Not only is this inconsistent with most other programs, they even go
  1868.         so far as to capitalize an abbreviation, such as `ATP', like this:
  1869.         `Atp' which is obviously wrong.
  1870.  
  1871.           Because of this quirk, I suggest you set [D]efaults/-[E]dit
  1872.         references before importing=[Y]es at the >Import Menu< in JEPRS. This
  1873.         allows you to modify your reference citations during importing. Of
  1874.         course, if this quirk doesn't bother you, then you can set [E]dit
  1875.         references before importing=[N]o, if you wish.
  1876.  
  1877.           Importing was easy, wasn't it? So easy, in fact, that you may not
  1878.         have noticed something. Some reference management programs require you
  1879.         to ``clean up'' your Import file before actually importing it. But
  1880.         JEPRS is smart enough to gloss over all the useless information (it
  1881.         just ignores the small amount of text that PaperChase and other
  1882.         systems add to the file). This is just part of JEPRS's continuing
  1883.         philosophy of making your life as easy as possible-let JEPRS do the
  1884.         hard work for you.
  1885.  
  1886.  
  1887.                                     **************
  1888.                                  Exporting References
  1889.  
  1890.                                       ********** JEPRS has the capability to
  1891.         export references in the MedLine format, which is done at the >Export
  1892.         Menu<, available through the >Utilities Menu<. It can also produce
  1893.         comma-delimited output at the >Format Menu<. This part of the tutorial
  1894.         will show you how to use the exporting function of JEPRS.
  1895.  
  1896.  
  1897.  
  1898.         >>>>>   Creating a Number File in a Search   <<<<<
  1899.           You may be wondering what a Number File and a Search have to do
  1900.         with exporting references! Actually, neither are required for
  1901.         exporting, but they do show some of the flexibility and advanced
  1902.         features of JEPRS. Therefore, I'll include them in this section of the
  1903.         tutorial chapter.
  1904.  
  1905.           Let's say you are talking with a colleague, and she wants to find
  1906.         out more about the work of a scientist named Wright. You mention that
  1907.         you have a database full of Wright's references, and volunteer to give
  1908.         them to your colleague. This calls for exporting the references from
  1909.  
  1910.  
  1911.  
  1912.  
  1913.  
  1914.  
  1915.  
  1916.  
  1917.  
  1918.  
  1919.  
  1920.         JEPRS User's Guide, page 30
  1921.  
  1922.         JEPRS. The easiest way to do this is to do a search for ``Wright'' in
  1923.         authors, send the numbers of the found references to a Number File,
  1924.         and then use the Number File as the source for the reference numbers
  1925.         in a JEPRS Export.
  1926.  
  1927.           To do this, press [S]earch at JEPRS' >Main Menu<. At the >Search
  1928.         Menu<, press [T]erms, then enter an [A] (for Author search) and press
  1929.         [Enter]. Then enter Wright and press [Enter] again. Then press [G]o to
  1930.         start the search.
  1931.  
  1932.           When the search is finished, press [F5] to Mark all the found
  1933.         references, then press [F8] to send them to a Number File. (If you get
  1934.         an error message stating that the file already exists, press [F4] to
  1935.         specify a new file name, and call it ``Wright.Num''.) Now press [Esc]
  1936.         twice to return to the >Main Menu<.
  1937.  
  1938.  
  1939.  
  1940.         >>>>>   Exporting the Found References   <<<<<
  1941.           Now that you've sent the references you found in a search to a
  1942.         Number File, you can export them. When you're at the >Main Menu<,
  1943.         press [U]tilities and then [E]xport to get to the >Export Menu<. Since
  1944.         the numbers of the references that you want to export are in the
  1945.         Number File, you'll have to specify that as the Input, or source of
  1946.         the reference numbers. So press [I]nput and then [N]umber file to tell
  1947.         JEPRS where to find the reference numbers. For now, leave the default
  1948.         output as the screen.
  1949.  
  1950.           Just press [G]o to start the exporting. Since you specified the
  1951.         screen as output, the references aren't really exported; they're just
  1952.         formatted and sent to the screen. To send them to an Export File,
  1953.         select [O]utput from the menu, then select [T]ext file and answer
  1954.         [Y]es at the menu.
  1955.  
  1956.           So where will JEPRS send the contents of the Text File? Actually,
  1957.         at the >Export Menu<, a Text File is a special case:  it's called an
  1958.         Export File. You specify the name of the Export File at the >Global
  1959.         Defaults Menu<; the default name is JEPRS.Exp. That's where the Wright
  1960.         references have been sent.
  1961.  
  1962.           That's it for exporting; press [Esc] twice to return to the >Main
  1963.         Menu<.
  1964.  
  1965.  
  1966.  
  1967.  
  1968.  
  1969.  
  1970.  
  1971.  
  1972.  
  1973.  
  1974.  
  1975.  
  1976.  
  1977.  
  1978.  
  1979.  
  1980.  
  1981.  
  1982.  
  1983.  
  1984.  
  1985.  
  1986.                                                   JEPRS User's Guide, page 31
  1987.  
  1988.  
  1989.  
  1990.                            C  H  A  P  T  E  R     S  I  X
  1991.                                       _________
  1992.  
  1993.                                    Global Defaults
  1994.  
  1995.  
  1996.  
  1997.  
  1998.  
  1999.                          ####################################
  2000.  
  2001.           The purpose of the >Global Defaults Menu< is to allow you to modify
  2002.         virtually every aspect of JEPRS' working environment, to better suit
  2003.         it to your personal needs. Everything on this menu can be saved in
  2004.         your Config file; in this way, once you define your work environment,
  2005.         JEPRS will act the way you want it to. You won't have to modify these
  2006.         variables every time you start up JEPRS because it will read them in
  2007.         from your Config file automatically. 
  2008.  
  2009.                         #####################################
  2010.  
  2011.  
  2012.           The >Global Defaults Menu< is accessible from the >Main Menu<, the
  2013.         >Search Menu<, the >Format Menu<, and the >Utilities Menu<. On the
  2014.         right side of the screen, you will see all the Defaults that are
  2015.         accessible from the [D]efaults choice on this menu. In addition,
  2016.         ``Available space on default drive'' tells you how many bytes of space
  2017.         are left to use on the current disk drive. If you're getting low on
  2018.         space, you might want to keep track of this number to make sure you
  2019.         don't try to add references if there is no space left on your disk.
  2020.         ``Total disk space on default drive'' tells you how many total bytes
  2021.         your drive is capable of holding.
  2022.  
  2023.           The next few sections of this chapter will explain how to go about
  2024.         changing, and then saving, the global defaults.
  2025.  
  2026.  
  2027.  
  2028.         >>>>>   Files   <<<<<
  2029.           This option allows you to change the names of any of the files that
  2030.         you are using in JEPRS. This prevents you from having to exit the
  2031.         program just to use a different data file, for example. Note that when
  2032.         you first start JEPRS, it immediately looks for the Config file on the
  2033.         current directory with the name ``JEPRS.Cfg'' (unless you specify a
  2034.         different name on the command line; see the chapter Setting Up JEPRS,
  2035.         especially the sections Starting JEPRS/Command Line Options). If JEPRS
  2036.         can't find the Config file, it uses default names for all of JEPRS's
  2037.         files. The default names are:
  2038.           Reference File:     Ref1.JPR
  2039.           WP Input File:      (None)
  2040.           Output WP File:  (None)
  2041.  
  2042.  
  2043.  
  2044.  
  2045.  
  2046.  
  2047.  
  2048.  
  2049.  
  2050.  
  2051.  
  2052.         JEPRS User's Guide, page 32
  2053.  
  2054.           Text File:     JEPRS.Txt
  2055.           Number File:   JEPRS.Num
  2056.           Config File:     JEPRS.Cfg (or whatever you entered on the command
  2057.                            line)
  2058.           Import File:     ProComm.Log
  2059.           Export File:     JEPRS.Exp
  2060.  
  2061.           In addition, you can enter a drive and directory name. If you do
  2062.         so, then anytime JEPRS goes looking for a file (for example, the Text
  2063.         file), it will first look in the directory specified in the Text file
  2064.         name; if none was specified, then JEPRS looks in the current default
  2065.         directory. If JEPRS doesn't find it there, then it looks in the
  2066.         directory specified in the Drive and directory name. On the other
  2067.         hand, when JEPRS creates files (such as Text and Number files) then it
  2068.         just uses the filename specified (and if no Drive and Directory was
  2069.         specified, then it uses the current DOS directory).
  2070.  
  2071.           >> Changing a file name. To change a file name, press the first
  2072.         (highlighted) letter of the file type, or just highlight the file type
  2073.         using the up and down arrow keys and then press [Enter]. You will be
  2074.         prompted for the new name of the file in a pop-up dialog box. Note
  2075.         that the old name is displayed there so that you can edit it. Edit the
  2076.         old name or just type in a completely new name, then press [Enter]
  2077.         when finished. The filenames you enter here are only temporary; if you
  2078.         want to make them permanent, you can save them in your Config file.
  2079.         For instructions, see the section below on [D]efaults/[S]ave
  2080.         defaults+files.
  2081.  
  2082.             If you change the name of the Reference file, you will be
  2083.         prompted for both the Reference and the RefKey file names, since they
  2084.         are specific for each other. JEPRS is smart enough to give the same
  2085.         name for each file, except for the extension (*.JPR for the Reference
  2086.         file, and *.JPK for the Ref Key file). You don't have to use *.JPR and
  2087.         *.JPK as the file extensions, but if you don't then JEPRS will not
  2088.         automatically use the same file names.
  2089.  
  2090.  
  2091.  
  2092.         >>>>>   Defaults   <<<<<
  2093.           When you select [D]efaults, a pull-down menu appears. Just like
  2094.         every other pull-down menu in JEPRS, use the up and down arrow keys
  2095.         and the [PgUp] and [PgDn] keys to scroll through the choices and press
  2096.         [Enter] to make a choice (or just press the highlighted letter). There
  2097.         are a number of items JEPRS lets you configure:
  2098.  
  2099.           >> Error/warning beep. This allows you to turn JEPRS' beeping on or
  2100.         off. Whenever you type an incorrect command, or at various other times
  2101.         when JEPRS wants your attention, it will beep at you. If for some
  2102.         reason you wish JEPRS wouldn't do that (you're working late at night
  2103.         for example), just select [N]o, and JEPRS will never beep at you.
  2104.  
  2105.           >> Text file formatting. There are several places at which JEPRS
  2106.         allows you to send formatted output to a Text file. In most cases,
  2107.  
  2108.  
  2109.  
  2110.  
  2111.  
  2112.  
  2113.  
  2114.  
  2115.  
  2116.  
  2117.  
  2118.                                                   JEPRS User's Guide, page 33
  2119.  
  2120.         JEPRS will send only your text, and not any printer codes. However,
  2121.         when you direct Output to a Text file at the >Format Menu<, JEPRS has
  2122.         the ability to include the printer codes. That way, you can send your
  2123.         output to a file, and then use the MS-DOS Print command to print it
  2124.         later (for example if the printer is already busy, or if you want to
  2125.         print it on a different machine). If [T]ext file formatting=[Y]es,
  2126.         then printer codes will be sent to the Text file; if [N]o, then
  2127.         printer codes will not be sent to the Text file.
  2128.  
  2129.           >> Use printer #. Beginning with version 2.0, JEPRS allows you to
  2130.         define up to 5 printers. This menu option lets you choose which of
  2131.         those printer definitions to use. After invoking this command, a menu
  2132.         of 5 printers is displayed. Use the arrow keys and [PgUp] and [PgDn]
  2133.         to move among the entries, and then press [Enter]. Or just enter the
  2134.         number of the printer you want to use. If you press [Esc], then your
  2135.         previous choice is not changed. If you will be routinely sending
  2136.         output to a word processor file instead of the printer, then there is
  2137.         no need to select a printer definition.
  2138.  
  2139.           >> Save defaults+files. Whenever you change any of the Global
  2140.         Defaults, they are retained in your computer's memory, but they are
  2141.         not permanently saved in your Config file. If you would like to save
  2142.         them, select this command from the menu. When your defaults and files
  2143.         have been successfully saved, the menu will automatically disappear.
  2144.         For a list of all the defaults that are saved with this command, see
  2145.         the appendix chapter on JEPRS' Files, especially the subsection called
  2146.         Config file.
  2147.  
  2148.           >> Journal Definitions/Format Style Definitions. Your Config file
  2149.         is capable of storing up to 30 Format Styles (that you use on the
  2150.         >Format Menu<). This option lets you change the definitions to
  2151.         anything you like. For more information on editing these definitions
  2152.         see the section below called Editing Journal Definitions/Format
  2153.         Styles.
  2154.  
  2155.           >> Printer Definitions. The Config file can store up to 5 Printer
  2156.         Definitions. This option permits you to edit your definitions to best
  2157.         suit your printer. For more information on editing your printer
  2158.         definitions, see the section below called Editing Printer Definitions.
  2159.  
  2160.           >> Colors for screen. This menu section lets you specify screen
  2161.         colors and attributes. When you choose this command, a sub-menu
  2162.         appears:  you can then choose [T]ext color/B&W mode, [F]ormatting
  2163.         colors, and [B]linking.
  2164.  
  2165.           [T]ext color/B&W mode lets you choose a video mode. In color mode,
  2166.         JEPRS uses colors; in black and white mode, all the screen text is
  2167.         converted to black, white, and one shade of gray. Here is a brief list
  2168.         of recommendations:
  2169.  
  2170.  
  2171.         [Video Monitor               Video Card            Color Mode]
  2172.  
  2173.  
  2174.  
  2175.  
  2176.  
  2177.  
  2178.  
  2179.  
  2180.  
  2181.  
  2182.  
  2183.  
  2184.         JEPRS User's Guide, page 34
  2185.  
  2186.  
  2187.         Color                        CGA, EGA, MCGA, VGA   Color
  2188.         Amber, Green, or White       CGA, EGA, MCGA, Mono  B&W
  2189.         (any one-color screen,
  2190.                                      VGA                   Color        including portables)
  2191.  
  2192.  
  2193.  
  2194.  
  2195.           There are some notable exceptions to these general rules. For
  2196.         example, both Compaq and Zenith have CGA cards that display different
  2197.         shades of gray on one-color monitors (amber, green, or white). In that
  2198.         case, the Color mode would probably look best.
  2199.  
  2200.           [F]ormatting colors affects the look of the screen when you format
  2201.         references at the >Format Menu<. If this is set to [C]olors for
  2202.         formatting, then normal text is displayed as black on cyan, bold text
  2203.         is white on cyan, and underlined text is represented as blue on black.
  2204.         If this is set to [N]o colors for formatting, then all text appears as
  2205.         black on cyan.
  2206.  
  2207.           [B]linking is similar to the [F]ormatting colors command, except
  2208.         that it controls how italic text is represented on the >Format Menu<.
  2209.         If this is set to [Y]es, then italic text is represented by blinking
  2210.         text; if set to [N]o, then blinking is turned off, regardless of
  2211.         italics.
  2212.  
  2213.           >> Form-feed to printer. Sometimes you may want to eject the last
  2214.         sheet of paper from your printer. This command allows you to do that
  2215.         without having to get up and walk over to your printer. Just press
  2216.         [Y]es to send the form-feed, or any other character to return to the
  2217.         pull-down menu.
  2218.  
  2219.           >> Ordering information. This choice presents you with details of
  2220.         how to order the latest version of JEPRS from the author. Remember:
  2221.         JEPRS is shareware, it is not free software. If you haven't already
  2222.         done so, you should register your use of JEPRS with the author if you
  2223.         are past the 30-day evaluation period.
  2224.  
  2225.           >> Word Processor Type. Version 2.5 of JEPRS now supports the
  2226.         reading and writing of WordPerfect 5.x and PC-Write 3.0 documents. Use
  2227.         this option to tell JEPRS what kind of word processor you use. This
  2228.         option is only necessary if you use [I]nput=[W]ordProcFile on the
  2229.         >Format Menu<, or [O]utput=[W]ordProcFile on the >Search Menu< or
  2230.         >Format Menu<.
  2231.  
  2232.  
  2233.  
  2234.         >>>>>   Go to DOS   <<<<<
  2235.           Go to DOS allows you to temporarily exit JEPRS and return to DOS
  2236.         (your computer's operating system). This would be useful, for example,
  2237.         to get a directory listing without having to exit from JEPRS. Whenever
  2238.         you use this command, however, don't forget to type ``Exit'' and then
  2239.  
  2240.  
  2241.  
  2242.  
  2243.  
  2244.  
  2245.  
  2246.  
  2247.  
  2248.  
  2249.  
  2250.                                                   JEPRS User's Guide, page 35
  2251.  
  2252.         press [Enter] to return to JEPRS. In fact, JEPRS will now modify your
  2253.         DOS prompt to remind you to return to the program.
  2254.  
  2255.           One thing to remember when using this option: Do not run a TSR
  2256.         (Terminate & Stay Resident) program (like SideKick) when you use this
  2257.         command. If you do so, and then return to JEPRS, your computer will
  2258.         likely crash. If you want to load a TSR program, you should exit JEPRS
  2259.         completely, by going to the >Main Menu< and pressing [E]xit.
  2260.  
  2261.           An improvement to the [G]o to DOS command in version 2.0 was JEPRS'
  2262.         use of the COMSPEC specification from your DOS CONFIG.SYS file. This
  2263.         change will not affect most users. But if you are a ``power user'' and
  2264.         you use a DOS command processor that is not the standard COMMAND.COM
  2265.         (such as if you use 4DOS or DR-DOS), then now JEPRS will successfully
  2266.         call this file via the COMSPEC specification. In previous versions,
  2267.         JEPRS just looked for a file called COMMAND.COM in the DOS path.
  2268.  
  2269.  
  2270.                                     **************
  2271.                              Editing Printer Definitions
  2272.                                       **********
  2273.           A variety of printers are supported by JEPRS in the Config file
  2274.         which comes with the program. If your printer is not one of the pre-
  2275.         defined ones, or you want to add extra features, then you can easily
  2276.         modify any or all of the 5 available printer definitions.
  2277.  
  2278.           Note: If you plan on sending all of your JEPRS output to a Word
  2279.         Processor File, then there is no need to bother defining printer
  2280.         commands. Simply retrieve the Word Processor File into your word
  2281.         processor.
  2282.  
  2283.         ===================================================================
  2284.                             *****  ADVANCED TOPIC:  *****
  2285.                             Why five printer definitions?
  2286.  
  2287.           There are at least two reasons why you might want more than one
  2288.         printer definition. One easy example is that you have a laser printer
  2289.         at work and a dot matrix printer at home. By combining all your
  2290.         formatting and printing commands in one file, JEPRS prevents you from
  2291.         having to have a new set of Config files for each printer; you just
  2292.         modify the existing printer definitions to suit your needs.
  2293.           Secondly, you could specify one printer definition for Comma-
  2294.         delimited output. In this case, you would later direct this output to
  2295.         a Text file rather than your printer.
  2296.         ===================================================================
  2297.  
  2298.  
  2299.  
  2300.           To edit your printer definition(s), go to the >Global Defaults
  2301.         Menu<, choose [D]efaults/[P]rinter definitions. A pop-up menu will
  2302.         appear, listing the five pre-defined printer definitions. Choose one
  2303.         of the definitions by using the arrow keys and pressing [Enter] or
  2304.         just entering the number of the printer. Brief help is available by
  2305.  
  2306.  
  2307.  
  2308.  
  2309.  
  2310.  
  2311.  
  2312.  
  2313.  
  2314.  
  2315.  
  2316.         JEPRS User's Guide, page 36
  2317.  
  2318.         pressing [F1]. If you want to use the current printer definition, just
  2319.         press [Esc].
  2320.  
  2321.           After selecting a printer to edit, you are presented with the
  2322.         >Modify Printer Formats< screen. Here is where you can enter all your
  2323.         printer-specific information. Check your printer manual for the codes
  2324.         you need to enter for underlining, boldface, etc.
  2325.  
  2326.  
  2327.  
  2328.         >>>>>   Entering Printer Codes   <<<<<
  2329.           Many printer codes cannot be entered directly by the keyboard. For
  2330.         example, if one of your printer codes was <Esc>, you couldn't just
  2331.         press [Esc] to enter that code, because JEPRS would interpret that
  2332.         <Esc> as the command to go to the menu at the top of the screen. To
  2333.         enter a special printer code, first press ^P; that is, hold down the
  2334.         [Ctrl] key and tap the [P] key once. Then enter your code. (This is
  2335.         similar to the way WordStar and SideKick allow you to enter printer
  2336.         codes.) Let me give you a quick example. Let's say your printer manual
  2337.         tells you to enter the following code to turn underlining on:
  2338.             <Esc>&d3D
  2339.  
  2340.         . . . and the following code to turn underlining off:
  2341.             <Esc>&d@
  2342.  
  2343.         You would enter the first code like this:
  2344.             ^P
  2345.             Esc
  2346.             &
  2347.             d
  2348.             3
  2349.             D
  2350.  
  2351.         . . . and the second code like this:
  2352.             ^P
  2353.             Esc
  2354.             &
  2355.             d
  2356.             @
  2357.  
  2358.         .where each line represents a single character (that is, ``^P'' means
  2359.         hold down the [Ctrl] key and press [P], and ``Esc'' means press the
  2360.         [Esc] key).
  2361.  
  2362.           You can also enter codes by using the [Alt] key and the number pad
  2363.         on the right side of the screen. For example, some printer manuals
  2364.         tell you the printer commands in ``decimal'' format. In this system,
  2365.         for example, <Esc> is represented by the number 27; this is also the
  2366.         system used by the ``CHR$'' command in the BASIC computer language
  2367.         (that is, <Esc> would be ``CHR$(27)''). You can enter these by first
  2368.         pressing [^P], then while holding down the [Alt] key, pressing [2] and
  2369.         then [7] on the number pad (not the numbers on the top row of the
  2370.         keyboard) and then letting go of the [Alt] key.
  2371.  
  2372.  
  2373.  
  2374.  
  2375.  
  2376.  
  2377.  
  2378.  
  2379.  
  2380.  
  2381.  
  2382.                                                   JEPRS User's Guide, page 37
  2383.  
  2384.  
  2385.  
  2386.         >>>>>   Modify Printer Formats   <<<<<
  2387.           Here is a brief description of each of the fields listed on the
  2388.         >Modify Printer Formats< screen.
  2389.  
  2390.           >> Printer Number. You cannot change this number; it is set by
  2391.         JEPRS. This number allows you to pick this printer at the [U]se
  2392.         printer # command on the >Global Defaults Menu<.
  2393.  
  2394.           >> Printer Name. Enter the name of your printer. This name will
  2395.         appear next to the printer number on the printer selection menu.
  2396.  
  2397.           >> Printer Initialization Code. You can enter a code here that will
  2398.         be sent to your printer every time you send output to the printer at
  2399.         the >Format Menu<. For example, you may want to specify a certain
  2400.         font, or character pitch, or otherwise initialize your printer.
  2401.  
  2402.           >> Printer Reset Code. This code will be sent to your printer every
  2403.         time printer output is finished when you are at the >Format Menu<.
  2404.  
  2405.           >> Title. This text and/or codes will be sent to the printer as the
  2406.         title for the first (and only the first) page of output. You may want
  2407.         to enter something like ``Reference List'' or ``Bibliography'' in this
  2408.         space. If you choose [O]utput=[W]ordProcFile on the >Search Menu< or
  2409.         >Format Menu<, then this title will be sent to your word processor
  2410.         output file with a ``Large'' attribute (i.e., in WordPerfect 5.x, it
  2411.         will appear with the ``Large'' codes; in PC-Write 3.0, it will appear
  2412.         ``Double Wide'').
  2413.  
  2414.           >> Header. This text and/or codes is sent to the printer as the top
  2415.         line of every page of output. There is also one special code you can
  2416.         enter: ``\P''. If that code appears anywhere on the line, it will
  2417.         automatically be replaced with the page number (you can set the
  2418.         starting page number on the >Format Menu<). For example, you may want
  2419.         to enter something like:
  2420.                           JEPRS output 18 Nov 1990, page \P
  2421.  
  2422.           >> Left Margin. Enter the number of characters you want JEPRS to
  2423.         skip to make a left margin. For example, if you enter ``0'', then
  2424.         JEPRS will start printing at the very left edge of the page; if you
  2425.         enter ``12'', JEPRS will skip 12 spaces before printing each line.
  2426.  
  2427.           >> Characters per line. This is the number of characters printed on
  2428.         each line before starting on the next line. Example: You're printing
  2429.         on 8.5 x 11 inch paper; your printer prints at 10 cpi (characters per
  2430.         inch); your left margin is 10 characters (= 1 inch); and you want a
  2431.         right margin of 1 inch. In this case, you should specify ``65'' as the
  2432.         Characters per line, since there is a total of 85 characters per line
  2433.         (8.5 inches x 10 char/inch), you have a left margin of 10 characters
  2434.         (1 inch) and you wanted your right margin to be 1 inch (85 - 10 - 10 =
  2435.         65).
  2436.  
  2437.  
  2438.  
  2439.  
  2440.  
  2441.  
  2442.  
  2443.  
  2444.  
  2445.  
  2446.  
  2447.  
  2448.         JEPRS User's Guide, page 38
  2449.  
  2450.           Things get a little tricky if your printer prints a proportionally
  2451.         spaced font (like a laser printer's Times Roman typeface). Since each
  2452.         character's width is different, you'll just have to play around with
  2453.         the line length number until you get a number that is large enough so
  2454.         that it doesn't leave too wide a right margin, yet small enough that
  2455.         it doesn't chop letters off the right hand side. And if you enter your
  2456.         Keywords in ALL CAPITALS remember that these are much wider than
  2457.         lowercase letters and you'll have to allow for this when printing. If
  2458.         you want to print keywords in ALL CAPS then I suggest that either you
  2459.         use a non-proportional (fixed-spacing) font or that you send the
  2460.         format to a Text file (instead of to the printer) or a Word Processor
  2461.         Output file. 
  2462.  
  2463.           >> Pause after each page. For most printers, you would choose [N]o
  2464.         here. However, for printers in which you have to hand feed each
  2465.         individual sheet of paper, set this to [Y]es. When this value is
  2466.         [Y]es, then when JEPRS finishes printing one page at the >Format
  2467.         Menu<, it will ask you to feed the next sheet of paper and press
  2468.         [Enter] before it starts printing the next page.
  2469.  
  2470.           >> Top margin. This is the number of spaces to be skipped at the
  2471.         top of each page. For example, if your printer is set for printing 6
  2472.         lines per inch and you want to leave a 1-inch top margin, then enter 6
  2473.         here.
  2474.  
  2475.           >> Lines per page.  Enter the number of lines per page, not
  2476.         including the top margin or header. Let's use the example again of a
  2477.         printer with 6 lines per vertical inch. On an 11-inch piece of paper,
  2478.         that's a total of 66 lines. If you set Top margin to 6, then you're
  2479.         left with 60 lines. But then JEPRS prints the Header and skips 3 lines
  2480.         automatically, so now you're down to 57 lines. If you want to leave a
  2481.         1-inch bottom margin (6 lines) then you're down to 51 lines: this is
  2482.         the number you should enter for Lines per page.
  2483.  
  2484.           >> Form feed last page. If you want JEPRS to eject the final
  2485.         printed page from your printer, then choose [Y]es here.
  2486.  
  2487.           >> Underline/Bold/Italic/Superscript/Subscript On/Off. Enter the
  2488.         codes your printer requires to start and stop each of these special
  2489.         features. See the earlier section called Entering Printer Codes that
  2490.         describes how to use the [^P] key to enter codes here.
  2491.  
  2492.           >> Comments. This is two lines of text where you can enter any
  2493.         comments you want. These comments are for your information only; JEPRS
  2494.         ignores them completely when formatting. You might want to enter
  2495.         information like what your Initialization and Reset codes mean in
  2496.         English.
  2497.  
  2498.  
  2499.  
  2500.         >>>>>   Saving Your Definitions   <<<<<
  2501.           When finished editing your printer definition, press [Esc] to get
  2502.         to the menu at the top of the screen. As usual, you may press [H]elp
  2503.  
  2504.  
  2505.  
  2506.  
  2507.  
  2508.  
  2509.  
  2510.  
  2511.  
  2512.  
  2513.  
  2514.                                                   JEPRS User's Guide, page 39
  2515.  
  2516.         to get help. Otherwise press [S]ave to save your printer definition,
  2517.         press [E]dit to modify a different definition (see Advanced Topic,
  2518.         below), or press [Esc] to return to the >Global Defaults Menu<.
  2519.  
  2520.  
  2521.         ===================================================================
  2522.                             *****  ADVANCED TOPIC:  *****
  2523.                         Keeping Definitions in Memory or Disk
  2524.  
  2525.           If you don't [S]ave your definition, then it still stays in your
  2526.         computer's memory, but it will be erased under two conditions:
  2527.  
  2528.           1.  You exit JEPRS.
  2529.  
  2530.           2.  You choose a printer definition again. Let me give an example.
  2531.         Let's say you edited printer definition #2, and you're now at the menu
  2532.         at the top of the screen. Then you press [Esc] without [S]aving, so
  2533.         the modified printer definition #2 is still in memory and the original
  2534.         printer definition #2 is still in your Config file. If you then access
  2535.         the printer selection menu (either by pressing [U]se printer #, or by
  2536.         pressing [P]rinter definitions, at the >Global Defaults Menu<) and
  2537.         select #2 and press [Enter], then the original #2 is read in from your
  2538.         Config file and replaces the modified #2 that was in memory. On the
  2539.         other hand, if you're at the printer selection menu and you press
  2540.         [Esc] (instead of choosing #2 again) then the modified #2 is kept in
  2541.         memory and you can edit it (or [S]ave it) again.
  2542.         ===================================================================
  2543.  
  2544.  
  2545.  
  2546.  
  2547.                                     **************
  2548.                      Editing Format Styles (Journal Definitions)
  2549.                                       **********
  2550.           You can create up to 30 different Format Styles/Journal Definitions
  2551.         in JEPRS. These various formats are used for selecting the style of
  2552.         output at the >Format Menu<. To edit any of them, go to the >Global
  2553.         Defaults Menu<, choose [D]efaults, and then [J]ournal definitions. A
  2554.         pop-up menu will appear from which you can select any of the 30 Format
  2555.         styles. To select one, use the up & down arrow keys, [PgUp] & [PgDn],
  2556.         and [Enter] to select. Or, just enter the number of the style you wish
  2557.         to edit. If you instead press [Esc], the previously selected style
  2558.         will be used.
  2559.  
  2560.  
  2561.         ===================================================================
  2562.                             *****  ADVANCED TOPIC:  *****
  2563.                            Using More Than 30 Format Styles
  2564.  
  2565.           JEPRS' ability to use up to 30 Format Styles within one Config file
  2566.         is more than enough for most users. However, sometimes people ask if
  2567.         somehow more than 30 can be accomodated. The answer is `Yes'.
  2568.  
  2569.  
  2570.  
  2571.  
  2572.  
  2573.  
  2574.  
  2575.  
  2576.  
  2577.  
  2578.  
  2579.  
  2580.         JEPRS User's Guide, page 40
  2581.  
  2582.           You can do it by simply making copies of your Config file at the
  2583.         DOS prompt. Then when you start up JEPRS, specify the name of the
  2584.         Config file you want to use on the command line (see the section in
  2585.         Chapter Two called Starting JEPRS/Command Line Options for more
  2586.         details).
  2587.  
  2588.           For example, if your Config file is called JEPRS.Cfg, then use the
  2589.         DOS copy command to create another one with a different name:
  2590.                          C:\JEPRS> Copy JEPRS.Cfg MyRefs.Cfg
  2591.  
  2592.           Remember to create these copies only after you have set up your
  2593.         printer definition(s) and other defaults. This way, you won't have to
  2594.         redefine them for each copy you make.
  2595.         ===================================================================
  2596.  
  2597.  
  2598.  
  2599.           Once you select a Format style to edit, you will be placed at the
  2600.         >Modify Journal Formats< screen. Here is where you can directly edit
  2601.         any aspect of the Format styles/Journal definitions. You can enter any
  2602.         normal text, any of the codes listed at the bottom of the screen, or
  2603.         any non-standard character by using the [^P] key (see the previous
  2604.         section, >Editing Printer Definitions< for information on entering
  2605.         special codes with the [^P] key).
  2606.  
  2607.           Here is a brief run-down of each field.
  2608.  
  2609.           >> Journal Name. Enter the name of the Format style. This name will
  2610.         be displayed on the pop-up menu that lets you choose among the thirty
  2611.         Format styles.
  2612.  
  2613.           >> Number. This is the number of the Format style. You cannot
  2614.         modify this number.
  2615.  
  2616.           >> Sort Reference. New with version 2.5 is the ability to sort
  2617.         output by author, journal, or year. If you choose [A]uthor, [J]ournal,
  2618.         or [Y]ear here, output references will be sorted by author, journal,
  2619.         or year, respectively, before being sent to the output device(s)
  2620.         selected at the >Format Menu<. If [N]one is selected, then no sorting
  2621.         is done.
  2622.  
  2623.           >> Indent Length. The number of characters each continuation line
  2624.         is indented beyond the left margin defined in the printer definition.
  2625.         If this number is zero, then no indenting is done:
  2626.  
  2627.         1. SA Jones & ME Smith (1989) Fake references and you, Journal of
  2628.         Irreproducible Results
  2629.  
  2630.         If this number is set to 5, for example, then five spaces would be
  2631.         skipped on the 2nd and additional lines:
  2632.  
  2633.         1. SA Jones & ME Smith (1989) Fake
  2634.              references and you, Journal of
  2635.  
  2636.  
  2637.  
  2638.  
  2639.  
  2640.  
  2641.  
  2642.  
  2643.  
  2644.  
  2645.  
  2646.                                                   JEPRS User's Guide, page 41
  2647.  
  2648.              Irreproducible Results
  2649.  
  2650.           If this value is set to anything other than zero, and you send
  2651.         output to the Output Word Processor File, then an <Indent> code will
  2652.         be placed in the file.
  2653.  
  2654.           >> Replace WP codes with:. If you select [I]nput=[W]ord Proc File
  2655.         at the >Format Menu<, then JEPRS can, at your option, go back into
  2656.         your word processor document and replace your JEPRS codes with either
  2657.         an Author+Year citation or Sequential Numbers. This option is where
  2658.         you select either [A]uthor+Year or [N]umbers. For example, if you
  2659.         select [A]uthor+Year and tell JEPRS to replace your codes at the
  2660.         >Format Menu<, then JEPRS would replace a {J#123} code with Miranda,
  2661.         et al. (1992).
  2662.  
  2663.           >> Periods for Initials:. New in version 2.5 of JEPRS is the
  2664.         ability to add periods after authors' initials. For example, if you
  2665.         have an author entered as ``Miranda LM'', then JEPRS can make it look
  2666.         like ``Miranda L.M.'' when it is formatted. To turn this feature on,
  2667.         select [A]dd periods; otherwise select [N]o periods.
  2668.  
  2669.           >> Journal/Abstract/Book. This is where you enter the codes (listed
  2670.         at the bottom of the screen) that tell JEPRS how to format your
  2671.         journal, book, and abstract articles. First, here's some basic
  2672.         information you should know about entering formats:
  2673.  
  2674.           The first set of characters you enter on a line (before the first
  2675.         space) will be used to connect the names of the authors if there is
  2676.         more than one. For example, if you start off the defintion with ``and
  2677.         '' (don't forget the space), then when multiple authors are listed for
  2678.         a reference they will be printed as ``WE Wright and LM Miranda''. On
  2679.         the other hand, if you start off the definition with ``& '', then
  2680.         multiple authors will be printed like this:  ``WE Wright & LM
  2681.         Miranda''. I can't imagine using anything other than ``and '' or ``&
  2682.         '' to connect the authors, but if you do, realize that it can't be any
  2683.         more than 10 characters long and it can't have spaces within it. 
  2684.  
  2685.           Any character that is not a special code will be printed exactly as
  2686.         is. For example, if your definition is ``and \L (\Y).\/\/'' then a
  2687.         sample output would be:
  2688.         WE Wright and LM Miranda (1988).
  2689.  
  2690.  
  2691.         (yes, that's right; the last two line feed characters (\/\/) create an
  2692.         extra blank line; also, the year is enclosed in parentheses, just as
  2693.         you specified in the definition). The best way to understand how
  2694.         definitions work is to print out sample ones using the >Format Menu<,
  2695.         and compare the output to the codes in the Format style definition.
  2696.         After comparing them carefully, you'll get a better feel for how the
  2697.         system works.
  2698.  
  2699.  
  2700.  
  2701.  
  2702.  
  2703.  
  2704.  
  2705.  
  2706.  
  2707.  
  2708.  
  2709.  
  2710.  
  2711.  
  2712.         JEPRS User's Guide, page 42
  2713.  
  2714.         >>>>>   Format Style Codes   <<<<<
  2715.           Here is a complete rundown of what the special codes in the Format
  2716.         styles are for.
  2717.  
  2718.           >> \F. Place authors in output, first name first (e.g.,  ``LM
  2719.         Miranda, VK Lin and WE Wright'').
  2720.  
  2721.           >> \L. Place authors in output, last name first (e.g., ``Miranda,
  2722.         LM, Lin, VK, and Wright, WE'').
  2723.  
  2724.           >> \1. Place authors in output, last name first for the first
  2725.         author, first name first for each additional author (e.g., ``Miranda,
  2726.         LM, VK Lin and WE Wright'').
  2727.  
  2728.           >> \A. Place authors in output without any modifications (that is,
  2729.         don't add the ``and '' or ``& '' or extra commas). This would likely
  2730.         only be used for comma-delimited output.
  2731.  
  2732.           >> \T. Place title in output.
  2733.  
  2734.           >> \J. Place journal name in output.
  2735.  
  2736.           >> \N. Place reference number in output. For example, reference #22
  2737.         would have a ``22'' in front of it, reference #67 would have a ``67''
  2738.         in front of it, each regardless of its relative position in the
  2739.         output. (See also `\#', below.)
  2740.  
  2741.           >> \C. Place citation type in output (i.e., ``Journal'', ``Book'',
  2742.         or ``Abstract'').
  2743.  
  2744.           >> \Pa. Place page numbers in output.
  2745.  
  2746.           >> \E. Place editor in output.
  2747.  
  2748.           >> \Pu. Place publisher in output.
  2749.  
  2750.           >> \Y. Place year in output.
  2751.  
  2752.           >> \K. Place keywords in output.
  2753.  
  2754.           >> \#. Number output references sequentially. That is, the first
  2755.         reference printed (regardless of its number in the database) is
  2756.         printed with the number `1'; the second reference printed (regardless
  2757.         of its number in the database) is printed with the number `2'; and so
  2758.         on. (See also, `\N', above.)
  2759.  
  2760.           >> \/. Start new line. (That's a backslash followed by a forward
  2761.         slash, not a capital V).
  2762.  
  2763.           >> \<. Start optional inclusion.
  2764.  
  2765.           >> \>. End optional inclusion. What's an ``optional inclusion''?
  2766.         This is used to prevent printing any text that is dependent on one of
  2767.  
  2768.  
  2769.  
  2770.  
  2771.  
  2772.  
  2773.  
  2774.  
  2775.  
  2776.  
  2777.  
  2778.                                                   JEPRS User's Guide, page 43
  2779.  
  2780.         the fields being present. Let's say that the rules are that if you are
  2781.         referencing a book then the title of the chapter has to be in single
  2782.         quotes. So your definition in JEPRS might look like this:
  2783.         and \F. `\T' in: \J.
  2784.  
  2785.         That's fine if every book in your JEPRS database has a chapter title.
  2786.         A sample would look like this:
  2787.         WE Wright. `Muscle Cells' in: Cell Development.
  2788.  
  2789.         But if you had a book that didn't have chapter titles, the output
  2790.         would look kind of funny, like the next line:
  2791.         WE Wright. `' in:  Cell Differentiation.
  2792.  
  2793.         That's not exactly a catastrophe, but it is undesirable. The optional
  2794.         inclusion codes allow you to get around a situation like this. In this
  2795.         case, you define your output this way instead (compare it to the prior
  2796.         definition):
  2797.         and \F. \<`\T' in:  \>\J.
  2798.  
  2799.         Notice the `\<' and `\>' optional inclusion codes which surround
  2800.         ```\T' in:  ''. What this tells JEPRS is that if the field inside the
  2801.         optional inclusion characters (in this case `\T', or the Title field)
  2802.         is empty, then don't print any of the characters within the optional
  2803.         inclusion. Therefore, the two examples above would print like this:
  2804.         WE Wright. `Muscle Cells' in:  Cell Development.
  2805.         WE Wright. Cell Differentiation.
  2806.  
  2807.         And that is much nicer output. A major example is given in the chapter
  2808.         called Format Styles: A Tutorial (also look at the examples in the
  2809.         Config file provided).
  2810.  
  2811.           The next few codes are toggles. This means that you have to use
  2812.         them twice: once to turn on the function, and once to turn it off. You
  2813.         usually have to do the same thing in a word processor, like entering a
  2814.         command to start boldface, entering the text to be boldfaced, and then
  2815.         finally entering another code to stop boldface.
  2816.  
  2817.           >> \S. Toggle subscripts.
  2818.  
  2819.           >> \^. Toggle superscripts.
  2820.  
  2821.           >> \~. Toggle italics.
  2822.  
  2823.           >> \B. Toggle boldface.
  2824.  
  2825.           >> \_. Toggle underline.
  2826.  
  2827.         If you haven't entered the printer-specific sequences for these codes
  2828.         in the printer definition in your Config file, then they won't print
  2829.         on your printer.
  2830.  
  2831.           Once you've modified the Format styles to your specific needs,
  2832.         formatting with different format styles is simply a matter of choosing
  2833.  
  2834.  
  2835.  
  2836.  
  2837.  
  2838.  
  2839.  
  2840.  
  2841.  
  2842.  
  2843.  
  2844.         JEPRS User's Guide, page 44
  2845.  
  2846.         one from a menu.
  2847.  
  2848.           >> Comments. The last two lines of the screen are where you can
  2849.         enter any comments you like. These are for your use only; JEPRS will
  2850.         not try to interpret them or use them for any other function.
  2851.  
  2852.  
  2853.  
  2854.         >>>>>   Saving Your Definitions   <<<<<
  2855.           When finished editing your Format style, press [Esc] to get to the
  2856.         menu at the top of the screen. As usual, you may press [H]elp to get
  2857.         help. Otherwise press [S]ave to save your Format style definition,
  2858.         press [E]dit to modify a different definition (see Advanced Topic,
  2859.         below), or press [Esc] to return to the >Global Defaults Menu<.
  2860.  
  2861.  
  2862.         ===================================================================
  2863.                             *****  ADVANCED TOPIC:  *****
  2864.                         Keeping Definitions in Memory or Disk
  2865.  
  2866.           If you don't [S]ave your definition, then it still stays in your
  2867.         computer's memory, but it will be erased under two conditions:
  2868.  
  2869.           1.  You exit JEPRS.
  2870.  
  2871.           2.  You choose a Format Style again. Let me give an example. Let's
  2872.         say you edited Format Style #2, and you're now at the menu at the top
  2873.         of the screen. Then you press [Esc] without [S]aving, so the modified
  2874.         journal definition #2 is still in memory and the original journal
  2875.         definition #2 is still in your Config file. If you then access the
  2876.         Format Style selection menu (by pressing [F]ormat style on the >Format
  2877.         Menu<, or by pressing [J]ournal definitions at the >Global Defaults
  2878.         Menu<) and select #2 and press [Enter], then the original #2 is read
  2879.         in from your Config file and replaces the modified #2 that was in
  2880.         memory. On the other hand, if you're at the journal definition
  2881.         selection menu and you press [Esc] (instead of choosing #2 again) then
  2882.         the modified #2 is kept in memory and you can edit it (or [S]ave it)
  2883.         again.
  2884.         ===================================================================
  2885.  
  2886.  
  2887.  
  2888.  
  2889.  
  2890.  
  2891.  
  2892.  
  2893.  
  2894.  
  2895.  
  2896.  
  2897.  
  2898.  
  2899.  
  2900.  
  2901.  
  2902.  
  2903.  
  2904.  
  2905.  
  2906.  
  2907.  
  2908.  
  2909.  
  2910.                                                   JEPRS User's Guide, page 45
  2911.  
  2912.  
  2913.  
  2914.                         C  H  A  P  T  E  R     S  E  V  E  N
  2915.                                       _________
  2916.  
  2917.                                   Listing References
  2918.  
  2919.  
  2920.  
  2921.  
  2922.  
  2923.                          ####################################
  2924.  
  2925.           The >List References< screen permits access to your references
  2926.         individually. Many times you will want to look up just a single
  2927.         reference or two. There is no need to do a search through the entire
  2928.         database if you already know the number of the reference you want to
  2929.         examine or edit.
  2930.  
  2931.                         #####################################
  2932.  
  2933.  
  2934.           Choose [L]ist from the >Main Menu< to get to the >List References<
  2935.         screen. Note: The >List References <screen can also be called from the
  2936.         Search Results screen. There are some subtle differences when using
  2937.         List from the Main Menu and List from the Search Results screen. See
  2938.         the Advanced Topic below for an elaboration of the differences.
  2939.  
  2940.           When you first reach the >List References< screen, JEPRS initially
  2941.         displays the most recently accessed reference in your database, and
  2942.         then asks you for a reference number. If there are no references in
  2943.         your database, JEPRS will automatically return to the >Main Menu<.
  2944.         Enter the number of the reference you wish to view; the corresponding
  2945.         reference in the database is subsequently displayed. JEPRS displays
  2946.         your reference in the standard screen format, allowing 3 lines for the
  2947.         title, 2 lines for the author, 2 lines for the journal, space for the
  2948.         volume, pages, year, and type, one line for the editor (if a book), 2
  2949.         lines for the publisher (if a book), and 5 lines for keywords.
  2950.  
  2951.           If, by mistake, you enter the number of a reference that is not in
  2952.         the database (for example, a number larger than the last reference in
  2953.         the database), JEPRS displays the closest valid reference. You can use
  2954.         this to your advantage:  If you enter a number larger than your
  2955.         database (such as ``99999''), JEPRS assumes you want to go to the end
  2956.         of the database, and will display the last reference.
  2957.  
  2958.           Also, realize that you are entering the numbers at a prompt, so you
  2959.         can use non-printing keys to edit the value. For example, if you
  2960.         displayed reference #122 then ``122'' will be displayed as the default
  2961.         value for the next reference; to look at reference #129, just press
  2962.         [End], then [BackSpace] once, then press [9] and [Enter] and #129 will
  2963.         be displayed.
  2964.  
  2965.  
  2966.  
  2967.  
  2968.  
  2969.  
  2970.  
  2971.  
  2972.  
  2973.  
  2974.  
  2975.  
  2976.         JEPRS User's Guide, page 46
  2977.  
  2978.  
  2979.         >>>>>   Function Keys   <<<<<
  2980.           Several keys perform special functions-these are described on the
  2981.         bottom of the screen. Here is a run-down of each of those keys and
  2982.         their functions within the program.
  2983.  
  2984.           >> Esc. As you have probably come to expect by now, this key will
  2985.         end what you're doing and bring you back to the >Main Menu<.
  2986.  
  2987.           >> F1. As always, this will give you context-sensitive help,
  2988.         including a brief description of the function keys available on the
  2989.         >List References< screen.
  2990.  
  2991.           >> F4. Edit reference (see separate section, below).
  2992.  
  2993.           >> PgDn.  ([Page Down] on 101-key keyboards) displays the next
  2994.         reference in your database. For example, if you first enter `142',
  2995.         JEPRS displays reference #142; if you then press [PgDn], reference
  2996.         number 143 will be displayed.
  2997.  
  2998.           >> PgUp.  ([Page Up] on 101-key keyboards) displays the previous
  2999.         reference, just the opposite of [PgDn].
  3000.  
  3001.           >> F8. Only the number (e.g. `6') of the current reference is sent
  3002.         to a Number File. This Number File can subsequently be used for input
  3003.         ([I]nput=[N]umber file) during formatting or exporting.
  3004.  
  3005.           >> F9. The displayed reference is sent to your printer in the
  3006.         currently defined Format Style (selected on the >Format Menu<).
  3007.  
  3008.           >> F10. Sends the displayed reference to a DOS Text File (again, in
  3009.         the currently-defined Format Style). Remember that [D]efaults/[T]ext
  3010.         File Formatting on the >Global Defaults Menu< determines whether
  3011.         printer codes are sent to this file.
  3012.  
  3013.  
  3014.                                     **************
  3015.                             Editing & Updating References
  3016.                                       **********
  3017.           Editing references is essentially identical to adding references.
  3018.         See the next chapter, Adding References, for information on the
  3019.         function keys and menus used for editing and adding references.
  3020.  
  3021.           Since JEPRS does not have a Delete Reference option, >Edit
  3022.         Reference< can be used to remove an old reference citation and replace
  3023.         it with a new one.
  3024.  
  3025.  
  3026.         ===================================================================
  3027.                             *****  ADVANCED TOPIC:  *****
  3028.                          Listing in the Search Results Screen
  3029.  
  3030.           When >List References< is called from the >Search Results< screen,
  3031.  
  3032.  
  3033.  
  3034.  
  3035.  
  3036.  
  3037.  
  3038.  
  3039.  
  3040.  
  3041.  
  3042.                                                   JEPRS User's Guide, page 47
  3043.  
  3044.         there are a few minor changes in the workings of the function keys:
  3045.  
  3046.           >> Esc. This will bring you back to the >Search Results< screen,
  3047.         not the >Main Menu<.
  3048.  
  3049.           >> PgUp. Instead of displaying the previous reference in the
  3050.         database, the previous found reference is displayed.
  3051.  
  3052.           >> PgDn. Instead of displaying the next reference in the database,
  3053.         the next found reference is displayed.
  3054.  
  3055.           The changes in [PgUp]/[PgDn] function may not be intuitive, so
  3056.         here's an example:
  3057.  
  3058.           Let's say you performed a search that found the following
  3059.         references that matched your search terms:
  3060.           #3, #6, #88, #122, and #131
  3061.  
  3062.         You press [Enter] at the >Search Results< screen while the cursor is
  3063.         on reference #88; this brings up the >List References< screen
  3064.         displaying #88. If you now pressed [PgDn], then instead of #89 being
  3065.         displayed, #122 would be displayed because it is the next found
  3066.         reference from the search. Likewise, pressing [PgUp] would display #6,
  3067.         since it was the previous found reference. Well, what if you really
  3068.         did want to see reference #87? Don't worry-you can still enter `87' at
  3069.         the prompt.
  3070.         ===================================================================
  3071.  
  3072.  
  3073.  
  3074.  
  3075.  
  3076.  
  3077.  
  3078.  
  3079.  
  3080.  
  3081.  
  3082.  
  3083.  
  3084.  
  3085.  
  3086.  
  3087.  
  3088.  
  3089.  
  3090.  
  3091.  
  3092.  
  3093.  
  3094.  
  3095.  
  3096.  
  3097.  
  3098.  
  3099.  
  3100.  
  3101.  
  3102.  
  3103.  
  3104.  
  3105.  
  3106.  
  3107.  
  3108.         JEPRS User's Guide, page 48
  3109.  
  3110.  
  3111.  
  3112.                         C  H  A  P  T  E  R     E  I  G  H  T
  3113.                                       _________
  3114.  
  3115.                                   Adding References
  3116.  
  3117.  
  3118.  
  3119.  
  3120.  
  3121.                          ####################################
  3122.  
  3123.           One of the first things you'll want to do after starting your own
  3124.         database is to add references to it. This part of the program is where
  3125.         you enter new references at the keyboard (your other option is to
  3126.         automatically load references in various formats from a text file
  3127.         using the >Import Menu<).
  3128.  
  3129.                         #####################################
  3130.  
  3131.           Press [A]dd at the >Main Menu< to get to the >Add References<
  3132.         screen. You're presented with the standard screen format used for
  3133.         adding, editing, and listing references. It displays: 
  3134.  
  3135.  
  3136.  
  3137.             [Field]           [Size or Value]
  3138.  
  3139.         Title           3 Lines
  3140.  
  3141.         Author          2 Lines
  3142.         Journal         2 Lines
  3143.  
  3144.         Volume          13 Characters
  3145.  
  3146.         Pages           13 Characters
  3147.  
  3148.         Year            4 Characters
  3149.         Type            Journal/Book/Abstract
  3150.  
  3151.         Number          1-64,000
  3152.  
  3153.         Editor          1 Line
  3154.         Publisher       2 Lines
  3155.  
  3156.         Keywords        5 Lines
  3157.  
  3158.  
  3159.  
  3160.  
  3161.         The menu at the top of the screen is initially inactive. As usual, the
  3162.         function keys are listed at the bottom of the screen. The cursor is
  3163.  
  3164.  
  3165.  
  3166.  
  3167.  
  3168.  
  3169.  
  3170.  
  3171.  
  3172.  
  3173.  
  3174.                                                   JEPRS User's Guide, page 49
  3175.  
  3176.         first placed on the Title field.
  3177.  
  3178.  
  3179.  
  3180.         >>>>>   Function Keys   <<<<<
  3181.              The function keys used for moving around your text generally
  3182.         perform the same function they would in a word processor or text
  3183.         editor:
  3184.  
  3185.  
  3186.                       [Key]                     [Function]
  3187.  
  3188.  
  3189.                        [F1]  Context sensitive help with adding your
  3190.                              references.
  3191.                       [Esc]  Activate menu at top of screen.
  3192.  
  3193.                       [Tab]  Move cursor to the next field.
  3194.  
  3195.                 [Shift+Tab]  Move cursor to the previous field.
  3196.               [Right Arrow]  Move cursor one character right.
  3197.  
  3198.                [Left Arrow]  Move cursor one character left.
  3199.  
  3200.                     [Ctrl +  Move cursor one word right.
  3201.                Right Arrow]
  3202.                     [Ctrl +  Move cursor one word left.
  3203.                 Left Arrow]
  3204.  
  3205.                      [PgUp]  Move cursor to the Title field.
  3206.  
  3207.                      [PgDn]  Move cursor to the Keywords field.
  3208.                      [Home]  Move cursor to the beginning of the current
  3209.                              field.
  3210.  
  3211.                       [End]  Move cursor to the end of the current field.
  3212.  
  3213.                  [Ctrl+End]  Delete from cursor to end of line.
  3214.                 [BackSpace]  Delete previous character.
  3215.  
  3216.                       [Del]  Delete character over the cursor.
  3217.  
  3218.                       [Ins]  Toggle editor between Insert Mode and Overwrite
  3219.                              Mode.*
  3220.  
  3221.  
  3222.  
  3223.         *-See the bottom right corner of the screen; there is text there that
  3224.         says `Insert' or `Overwrite'. When in Insert Mode, any characters to
  3225.         the right of the cursor are pushed aside when you type in new
  3226.         characters. In Overwrite Mode, characters to the right of the cursor
  3227.         are written over and erased by the characters you are entering.
  3228.  
  3229.  
  3230.  
  3231.  
  3232.  
  3233.  
  3234.  
  3235.  
  3236.  
  3237.  
  3238.  
  3239.  
  3240.         JEPRS User's Guide, page 50
  3241.  
  3242.           New in version 2.5 is the ability to edit multi-line fields as a
  3243.         single, scrollable line of text. For example, when you first go into
  3244.         editing mode, you start in the Title field; this field is 3 lines
  3245.         long, but the screen shows a box surrounding a single line of text. As
  3246.         you enter more text into this box, you'll see the text start to scroll
  3247.         to the left when you reach the right side of the box. When you use the
  3248.         control and arrow keys (see table) to move around the field, you'll
  3249.         see the text scroll left or right, depending on which direction you're
  3250.         moving in.
  3251.  
  3252.           When you are editing a multi-line field (i.e., Title, Author,
  3253.         Journal, Publisher, or Keywords), JEPRS displays a helpful hint
  3254.         alongside the title of the text box. For example, when you are editing
  3255.         the Keywords, the title says ``Enter keywords, separated by
  3256.         semicolons(;)''.
  3257.  
  3258.  
  3259.  
  3260.         >>>>>   Saving or Abandoning the Reference   <<<<<
  3261.           When you are done adding or editing your reference, press [Esc] to
  3262.         activate the menu at the top of the screen. Once you do this, you have
  3263.         one of three choices:
  3264.  
  3265.           >> [S]ave reference. Your reference is added to the database on
  3266.         disk.
  3267.  
  3268.           >> [A]bandon reference. The reference you just edited is ignored
  3269.         (it is not saved to disk) and the reference entry form is cleared.
  3270.  
  3271.           >> [E]dit. You are returned to the reference you were just editing,
  3272.         in order to continue modifying it.
  3273.  
  3274.           >> [H]elp. This brings up a help screen.
  3275.  
  3276.  
  3277.           Once you have chosen [S]ave or [A]bandon, the next menu provides
  3278.         you with two choices:
  3279.  
  3280.           >> [C]ontinue. Go back to the >Add References< screen to add
  3281.         another reference.
  3282.  
  3283.           >> [M]ain Menu. Return to the >Main Menu< (pressing [Esc] here will
  3284.         do the same thing).
  3285.  
  3286.  
  3287.                                     **************
  3288.                                    Suggested Format
  3289.                                       **********
  3290.           Most of the time, JEPRS doesn't really care how you enter your
  3291.         references into the database-the fields are all basically just text
  3292.         fields, so you can enter anything you want. (The only field it does
  3293.         care about is the Authors-you should follow closely the suggestions
  3294.         provided below.) However, in order to make the formatted output as
  3295.  
  3296.  
  3297.  
  3298.  
  3299.  
  3300.  
  3301.  
  3302.  
  3303.  
  3304.  
  3305.  
  3306.                                                   JEPRS User's Guide, page 51
  3307.  
  3308.         consistent as possible, here is a list of suggestions for how you
  3309.         might enter your references into each of the fields:
  3310.  
  3311.           >> Title. The first letter of the first word of the title is
  3312.         capitalized. Do not place a period at the end of the title.
  3313.  
  3314.           >> Authors. This is the only field where you must pay strict
  3315.         attention to the guidelines. Authors are entered last name first,
  3316.         followed by a space and then the initials. There is no space between
  3317.         initials (this is crucial), but periods can be used if you like, and
  3318.         dashes are OK for hyphenated initials. Spaces and dashes are OK
  3319.         between multi-part last names (e.g., `da Vinci' or `Weaver-Jones').
  3320.         For multiple authors, place a comma and a space after each author
  3321.         (this is crucial), except the last author. Do not place an ``and'' or
  3322.         ``&'' before the last author-JEPRS can do this for you when
  3323.         formatting. Here are some examples of correct and incorrect Author
  3324.         entries:
  3325.  
  3326.  
  3327.                   [Author Entry]                        [Problem]
  3328.  
  3329.  
  3330.         Lin VK-I                            Correct.
  3331.         Lin V K-I                           Wrong: Extra space.
  3332.  
  3333.         Wright WE, Lin LM                   Correct.
  3334.  
  3335.         Wright WE & Lin LM                  Wrong: Don't use `and' or `&' in
  3336.                                             authors.
  3337.         da Vinci L                          Correct.
  3338.  
  3339.         da Vinci, L                         Wrong: Extra comma.
  3340.  
  3341.  
  3342.  
  3343.  
  3344.           >> Journal. It is generally easier and takes less typing to enter
  3345.         standard abbreviations for journals, rather than full names (e.g.
  3346.         ``Mol Cell Biol'' instead of ``Molecular and Cellular Biology''), but
  3347.         this is not required. When formatting bibliographies/reference lists,
  3348.         some publications want the full journal name cited, while others want
  3349.         the abbreviation. JEPRS cannot switch between the two: you must be
  3350.         consistent and enter one style or the other and leave it up to that
  3351.         publication's proofers to enter the full text or make the
  3352.         abbreviations.
  3353.  
  3354.           >> Volume. If you wish to include the issue number, you may want to
  3355.         do it the way MedLine does, by enclosing it in parentheses (e.g.,
  3356.         volume 112, number 8 would be 112(8) in MedLine) but this is not
  3357.         required. See note for novices under Year.
  3358.  
  3359.           >> Pages. There are a variety of ways of entering the pages. You
  3360.         can enter just the first page; the first page, a dash, and the last
  3361.  
  3362.  
  3363.  
  3364.  
  3365.  
  3366.  
  3367.  
  3368.  
  3369.  
  3370.  
  3371.  
  3372.         JEPRS User's Guide, page 52
  3373.  
  3374.         page; or the first page, a dash, and the `significant digits' of the
  3375.         last page. For example:
  3376.             134        or
  3377.             134-139    or
  3378.             134-9
  3379.  
  3380.         Note that MedLine does it the last way (134-9), if you want to
  3381.         maintain consistency with MedLine. See also the note for novices under
  3382.         Year.
  3383.  
  3384.           >> Year. No requirements. A note to novice computer users: 
  3385.         although a lowercase `L' (l) and a one (1) and, likewise, an uppercase
  3386.         `o' (O) and a zero (0) may look very similar to you, they are very
  3387.         different things to a computer! If, for example, you enter the year as
  3388.         l988 (using a lowercase `l'), and then use JEPRS' >Search Menu< to
  3389.         find all years equal to 1988 (using a one `1'), JEPRS will not think
  3390.         that is a match. Keep that in mind when entering the Volume, Pages,
  3391.         and Year.
  3392.  
  3393.           >> Type. New in version 2.5 is a pop-up menu, making it easier to
  3394.         select either [A]bstract, [B]ook, or [J]ournal. The reference type is
  3395.         useful for 2 reasons:  (1) it functions to limit your search to, for
  3396.         example, only books or only journal articles; (2) it is also required
  3397.         for proper formatting on the >Format Menu<, since JEPRS can format
  3398.         references differently, depending on whether they are an [A]bstract,
  3399.         [B]ook, or [J]ournal.
  3400.  
  3401.  
  3402.         ===================================================================
  3403.                             *****  ADVANCED TOPIC:  *****
  3404.                                 Non-English Characters
  3405.  
  3406.           You can add and search for ``foreign'' (non-English) characters in
  3407.         the PC's extended character set; On the >Add Reference< and >Edit
  3408.         Reference< screens, you can add any character to your reference that
  3409.         your PC can display; characters not on the keyboard (such as ` ' or
  3410.         ` ' or ` ') are entered by holding down the [Alt] key and entering the
  3411.         ASCII code of the letter or symbol on the numeric keypad. For example,
  3412.         to enter a ``beta'', hold down [Alt], press [2], [2], [5], and then
  3413.         let go of the [Alt] key, and you should see ` ' on your screen.
  3414.  
  3415.           On the >Search Menu<, you can search for the extended characters
  3416.         you have entered into your references. (However, you cannot search for
  3417.         the box-drawing characters, such as      .)
  3418.  
  3419.           When using these extended characters, and then searching for them,
  3420.         keep these facts in mind: 1. Make sure your printer can print them!
  3421.         Not all printers can print the PC's extended character set. 2. Realize
  3422.         that when searching, `a' is not the same as ` ' (that is, non-English
  3423.         characters do not match the English ones); if you entered ` ' in your
  3424.         reference, then you must use ` ' when searching for it. 3. Whether
  3425.         searching is set to [C]ase-sensitive=[N]o or [Y]es, JEPRS will not
  3426.         convert lowercase extended characters to their uppercase equivalents. 
  3427.  
  3428.  
  3429.  
  3430.  
  3431.  
  3432.  
  3433.  
  3434.  
  3435.  
  3436.  
  3437.  
  3438.                                                   JEPRS User's Guide, page 53
  3439.  
  3440.         For example, if you turn [C]ase Sensitivity off, and search for
  3441.         `L one', then JEPRS will convert that to `L ONE' before searching; it
  3442.         will not convert it to `L ONE'.
  3443.         ===================================================================
  3444.  
  3445.  
  3446.  
  3447.           >> Number (#). This is automatically assigned by JEPRS. Neither you
  3448.         nor JEPRS can ever change it.
  3449.  
  3450.           >> Editor. Some people prefer entering the full name, some use just
  3451.         the first initials and full last name; whatever you do, just maintain
  3452.         consistency. Don't end it with punctuation.
  3453.  
  3454.           >> Publisher. Generally, you would enter the publisher's name and
  3455.         city. Don't end it with punctuation.
  3456.  
  3457.  
  3458.         ===================================================================
  3459.                             *****  ADVANCED TOPIC:  *****
  3460.                             Keywords: Uppercase or Lower?
  3461.  
  3462.           The only disadvantage to using all uppercase keywords is in
  3463.         printing formatted output using a proportionally-spaced font (there is
  3464.         no problem when using a fixed-spacing font or in sending output to a
  3465.         Word Processor File). That's because JEPRS determines a line is full
  3466.         of text based on the number of characters in the line, not the width
  3467.         of the characters. Look at the following example:
  3468.  
  3469.           THIS IS A TEST OF FIXED SPACING
  3470.           This is a test of fixed spacing
  3471.  
  3472.            THIS IS A TEST OF PROPORTIONAL SPACING
  3473.            This is a test of proportional spacing
  3474.  
  3475.         ******NOTE: for users reading this from the JEPRS.Doc file, the above
  3476.         tests of "fixed" and "proportional" spacing will not display
  3477.         correctly.******
  3478.  
  3479.           With a fixed-spacing font, both the all-uppercase and the mixed-
  3480.         case lines take the same amount of space; but with a proportional
  3481.         font, the all-uppercase line is much longer. This would force you to
  3482.         make your line width much smaller, subsequently displaying the rest of
  3483.         the reference (which would be mixed uppercase and lowercase) with a
  3484.         very wide right margin. Of course, if you plan on importing MedLine
  3485.         files, these have their keywords in all uppercase already, so you'll
  3486.         have to deal with this problem eventually. My recommendation would be
  3487.         to use a fixed-spacing font when printing out the keywords (for
  3488.         example, just to get a listing of your entire database) but you can
  3489.         use a proportional font when printing bibliographies (because you
  3490.         usually don't print out the keywords for them anyway). On the other
  3491.         hand, if you plan on sending the output to a Word Processor File, then
  3492.         you can use any font and let you word processor worry about spacing
  3493.  
  3494.  
  3495.  
  3496.  
  3497.  
  3498.  
  3499.  
  3500.  
  3501.  
  3502.  
  3503.  
  3504.         JEPRS User's Guide, page 54
  3505.  
  3506.         and line breaks.
  3507.         ===================================================================
  3508.  
  3509.  
  3510.  
  3511.           >> Keywords. Keywords must be separated by a semicolon (`;'). This
  3512.         is so that when you display or export your references, JEPRS can find
  3513.         a place to break the keywords into separate lines. Keywords can be
  3514.         entered in either all capitals or mixed upper- and lower-case; there
  3515.         is no particular advantage to doing it either way, since during a
  3516.         Search you can convert them to uppercase for comparison.
  3517.  
  3518.  
  3519.                                     **************
  3520.                               Entering Sample References
  3521.                                       **********
  3522.           Here are some suggestions for entering the three (actually, four)
  3523.         types of references that JEPRS was designed to deal with.
  3524.  
  3525.           >> Entering a Reference for a Journal or Magazine Article. These
  3526.         types of articles generally have: an article title, several authors, a
  3527.         journal or magazine name, a volume number, page(s) of publication,
  3528.         year of publication, and any number of keywords you want to add. Let's
  3529.         say the reference was the article called ``Myogenin, a factor
  3530.         regulating myogenesis, has a domain homologous to MyoD'' by Woodring
  3531.         E. Wright, David A. Sassoon, and Victor K. Lin, that appeared in the
  3532.         journal Cell in 1989, volume 56, pages 607 through 617, and then you
  3533.         wanted to add some keywords. A sample entry might look like Figure 1.
  3534.  
  3535.           Some of the keywords in the example in Figure 1 have strange
  3536.         character doublets like `\S' and `\~'; these are JEPRS' formatting
  3537.         codes for subscripting and italicizing, respectively. So, when they
  3538.         keywords are printed on your printer, `C\S3\SH10T1/2' will come out as
  3539.         `C3H10T1/2', and `\~myc\~-homology' will come out as `myc-homology'.
  3540.         You can enter any of JEPRS' commands for boldfacing, underlining,
  3541.         italicizing, super- and sub-scripting right into your references;
  3542.         however, note that this feature is in addition to the >Format Menu<
  3543.         formatting options, so don't think you have to italicize every journal
  3544.         name in your database, because it should be done at the >Format Menu<.
  3545.         The formatting commands are described in the >Global Defaults<
  3546.         chapter, in the section on creating Journal Definitions.
  3547.  
  3548.           >> Entering a Reference for an Abstract. One of the various types
  3549.         of entries you may want to make is for a reference to an abstract. In
  3550.         the biomedical sciences, for example, abstracts of data to be
  3551.         presented at scientific meetings are generally published in a
  3552.         softcover book. The information for an abstract is similar to that of
  3553.         a book (see below), but quite different from a journal entry. The
  3554.         example in Figure 2 is from a poster presented at a Cold Spring Harbor
  3555.         Laboratory meeting in September, 1989.
  3556.  
  3557.           In this case, note that the `Journal' field becomes the symposium
  3558.         title, and the `Editor' is actually the organizers of the meeting.
  3559.  
  3560.  
  3561.  
  3562.  
  3563.  
  3564.  
  3565.  
  3566.  
  3567.  
  3568.  
  3569.  
  3570.                                                   JEPRS User's Guide, page 55
  3571.  
  3572.           >> Entering a Reference to a Book. The third major category JEPRS
  3573.         was designed for is book entries. If you plan on referencing a whole
  3574.         book as one entity (rather than chapter by chapter), see Figure 3 for
  3575.         a suggestion.
  3576.  
  3577.           Notice that the Title and Authors are blank, the Journal becomes
  3578.         the book title, the Volume is blank (unless, of course, it is a serial
  3579.         publication), the Pages are blank, and everything else is as expected.
  3580.  
  3581.           >> Entering a Reference to a Book Chapter. Sometimes, however, you
  3582.         will want to reference a specific chapter of a book, rather than the
  3583.         book as a whole. This is easily accomplished in Figure 4 by a slight
  3584.         modification of the Book definition in Figure 3.
  3585.  
  3586.           In the example in Figure 4, the chapter title is entered in the
  3587.         Title field, the chapter authors in the Author field, the book name in
  3588.         the Journal field, the `Book' type in the Type field, and the book
  3589.         editors in the Editor field. Just as in the Journal or Magazine
  3590.         example, JEPRS's special formatting characters are used, in this case
  3591.         italics for Drosophila.
  3592.  
  3593.  
  3594.         ===================================================================
  3595.         Title:Myogenin, a factor regulating myogenesis, has a domain        ......
  3596.         homologous to MyoD
  3597.         Authors:Wright WE, Sassoon DA, Lin VK        ........
  3598.         Journal:Cell        ........
  3599.         Volume:56   Pages:607-17 Year:1989  Type:Journal #:158        .......     ......       .....      .....        ..
  3600.         Keywords:Rat;myogenesis;cell differentiation; cell determination;        .........
  3601.         myogenin; MyoD1; L\S6\S; C\S3\SH10T1/2; \~myc\~-homology domain;
  3602.         \~myd\~; BUdR/Bromodeoxyuridine;
  3603.         ===================================================================
  3604.         Figure 1: A sample reference for a Journal article.
  3605.         ===================================================================
  3606.  
  3607.  
  3608.  
  3609.         ===================================================================
  3610.         Title:Developmental regulation of myogenin, a gene regulating        ......
  3611.         vertebrate myogenesis
  3612.         Authors:Miranda LM, Wright WE        ........
  3613.         Journal:Regulation of eukaryotic mRNA transcription        ........
  3614.         Volume:      Pages:150 Year:1989  Type:Abstract #:855        .......      ......    .....      .....         ..
  3615.         Editor:W Herr, R Tjian, K Yamamoto        .......
  3616.         Publisher:Cold Spring Harbor Laboratory, Cold        ..........
  3617.         Spring Harbor, NY  USA
  3618.         Keywords:Rat;myogenesis;cell differentiation;        .........
  3619.         myogenin;MyoD1;L\S6\S;C\S2\SC\S12\S;Promoter
  3620.         \~myc\~-homology domain;TATA box;transfection;
  3621.         ===================================================================
  3622.         Figure 2.  A sample reference for an Abstract.
  3623.         ===================================================================
  3624.  
  3625.  
  3626.  
  3627.  
  3628.  
  3629.  
  3630.  
  3631.  
  3632.  
  3633.  
  3634.  
  3635.  
  3636.         JEPRS User's Guide, page 56
  3637.  
  3638.         ===================================================================
  3639.         Title:        ......
  3640.         Authors:        ........
  3641.         Journal:Year Book of Developmental Biology        ........
  3642.         Volume:      Pages:    Year:1989  Type:Book   #:856        .......      ......    .....      .....       ..
  3643.         Editor:JM Schindler        .......
  3644.         Publisher:CRC Press, Inc., Boca Raton FL  USA        ..........
  3645.         Keywords:cell differentiation;developmental biology;mini-reviews;cell        .........
  3646.         determination;gene expression;cell biology;morphogenesis;pattern
  3647.         formation;
  3648.         ===================================================================
  3649.         Figure 3.  A sample reference for a Book.
  3650.         ===================================================================
  3651.  
  3652.  
  3653.  
  3654.         ===================================================================
  3655.         Title:Genetics of \~Drosophila\~ embryogenesis        ......
  3656.         Authors:Mahowald AP, Hardy PA        ........
  3657.         Journal:Ann Rev Genet        ........
  3658.         Volume:      Pages:149-77 Year:1985  Type:Book   #:857        .......      ......       .....      .....       ..
  3659.         Editor:        .......
  3660.         Publisher:Annual Reviews, Inc., Palo Alto, CA  USA        ..........
  3661.         Keywords:cell differentiation;developmental biology;        .........
  3662.         cell determination;gene expression;morphogenesis;pattern
  3663.         formation;\~Drosophila\~;
  3664.         ===================================================================
  3665.         Figure 4.  A sample reference for a Book Chapter.
  3666.         ===================================================================
  3667.  
  3668.  
  3669.  
  3670.  
  3671.  
  3672.  
  3673.  
  3674.  
  3675.  
  3676.  
  3677.  
  3678.  
  3679.  
  3680.  
  3681.  
  3682.  
  3683.  
  3684.  
  3685.  
  3686.  
  3687.  
  3688.  
  3689.  
  3690.  
  3691.  
  3692.  
  3693.  
  3694.  
  3695.  
  3696.  
  3697.  
  3698.  
  3699.  
  3700.  
  3701.  
  3702.                                                   JEPRS User's Guide, page 57
  3703.  
  3704.  
  3705.  
  3706.                           C  H  A  P  T  E  R     N  I  N  E
  3707.                                       _________
  3708.  
  3709.                                 Formatting References
  3710.  
  3711.  
  3712.  
  3713.  
  3714.  
  3715.                          ####################################
  3716.  
  3717.           Formatting is one of several areas where JEPRS far exceeds the
  3718.         capabilities of most of its competitors. Formatted output can be
  3719.         boldfaced, underlined, italicized, superscripted, and subscripted,
  3720.         depending upon the capabilities of your word processor or printer. You
  3721.         can also specify page length, characters per line, a header, page
  3722.         numbering, and other parameters at the >Global Defaults Menu<.
  3723.  
  3724.                         #####################################
  3725.  
  3726.           At the >Main Menu< press [F]ormat. The >Format Menu< contains the
  3727.         commands [G]o, [F]ormat, [I]nput, [O]utput, [D]efaults, and [H]elp. As
  3728.         usual, the Help command can also be invoked by pressing [F1]. Of
  3729.         course, [Esc] brings you back to the >Main Menu<.
  3730.  
  3731.  
  3732.                                     **************
  3733.                                  Pre-Defined Settings
  3734.                                       **********
  3735.           JEPRS has the ability to set your [I]nput, [O]utputs, [F]ormat
  3736.         style, and [D]efaults to previously determined values. If you like
  3737.         these values as they are, you can skip over this section and get right
  3738.         on to formatting. However, if any of these are not to your liking,
  3739.         simply modify them as described here.
  3740.  
  3741.  
  3742.  
  3743.         >>>>>   Formats   <<<<<
  3744.           You can define up to 30 Format styles (also known as journal
  3745.         definitions) in your Config file (see the chapters Global Defaults and
  3746.         Format Styles: A Tutorial for information on modifying these styles).
  3747.         These format styles define how the formatted output from JEPRS will
  3748.         look.
  3749.  
  3750.           When you press [F]ormat while at the >Format Menu<, you can pick
  3751.         which format style to use. Use the up and down arrow keys and the
  3752.         [PgUp] and [PgDn] keys to scroll through the 30 available styles. When
  3753.         the arrow is next to the format style you wish to use, just press
  3754.         [Enter]. Or, just enter the number at the ``Format Style:'' prompt. If
  3755.         you decide you don't want to change the style, just press [Esc].
  3756.  
  3757.  
  3758.  
  3759.  
  3760.  
  3761.  
  3762.  
  3763.  
  3764.  
  3765.  
  3766.  
  3767.  
  3768.         JEPRS User's Guide, page 58
  3769.  
  3770.           If there is one format style that you use most often, you can save
  3771.         its number in your Config file as the default format style. Just go
  3772.         ahead and choose one of the available styles, and you will be returned
  3773.         to the >Format Menu<. Now press [F2] to go to the >Global Defaults
  3774.         Menu<. When you get to this menu, press [D]efaults, and then [S]ave
  3775.         defaults+files. Now whenever you use that Config file, the format
  3776.         style you just saved will be used as the default style.
  3777.  
  3778.  
  3779.  
  3780.         >>>>>   Input   <<<<<
  3781.           By default, JEPRS uses the keyboard for input. This means that when
  3782.         you press [G]o to start formatting, you would have to use the keyboard
  3783.         to manually enter the number of each reference that you want
  3784.         formatted. Sometimes this is not the best way to format your
  3785.         references. For example, you may want a whole subsection of your
  3786.         reference file (or the whole thing) formatted, or you may want to use
  3787.         a Word Processor File as input. Either of these are very easy to do.
  3788.  
  3789.           When at the >Format Menu<, press [I]nput. This will bring up a
  3790.         pull-down menu. Like every other pull-down menu in JEPRS, use the up
  3791.         and down arrow keys and [PgUp] and [PgDn] keys to move among the
  3792.         choices, then press [Enter] when the selection you want is
  3793.         highlighted. Or, just press the highlighted letter of your choice.
  3794.         Notice that when you make a selection, a yellow arrow appears next to
  3795.         that name on the right side of the screen. This is a reminder of your
  3796.         choice. Here is a list of the effects of selecting each of the inputs:
  3797.  
  3798.           >> Keyboard input. After pressing [G]o, you will be prompted to
  3799.         enter the number of every reference that you want formatted.
  3800.  
  3801.           >> Number file input. After pressing [G]o, JEPRS will look for the
  3802.         Number file, using the name specified on the >Global Defaults Menu<.
  3803.         This is just a text file containing numbers of references, with each
  3804.         number on a separate line. You can create this file yourself with a
  3805.         text editor or word processor (in the DOS Text or Non-document mode).
  3806.         In addition, JEPRS can create this file by pressing [F9] when at the
  3807.         >List Menu< or the >Search Results< screen. For more information on
  3808.         the Number file, see the chapter in the Appendix on JEPRS' Files.
  3809.  
  3810.           >> Reference file input. If you select this item at the pull-down
  3811.         [I]nput menu, then you are asked at which reference you wish to start
  3812.         and end. If you want to format the whole database, then just use the
  3813.         default values (which are the first and last reference in the
  3814.         database). Otherwise, you can enter any two reference numbers at which
  3815.         to start and end formatting. When you press [G]o, JEPRS will auto-
  3816.         matically format the references you specified.
  3817.  
  3818.           >> Word Processor file input. New in version 2.5 is JEPRS' ability
  3819.         to read WordPerfect 5.x and PC-Write 3.0 documents. After you press
  3820.         [G]o, JEPRS looks for the Word Processor Input File, using the name
  3821.         specified on the >Global Defaults Menu<. (You use your word processor
  3822.         to insert JEPRS codes into your document, such as {J#123}; see the
  3823.  
  3824.  
  3825.  
  3826.  
  3827.  
  3828.  
  3829.  
  3830.  
  3831.  
  3832.  
  3833.  
  3834.                                                   JEPRS User's Guide, page 59
  3835.  
  3836.         Advanced Topic.) JEPRS will then read through your Word Processor
  3837.         Input File, looking for the codes; in this example, it would generate
  3838.         output for reference #123.
  3839.  
  3840.           JEPRS can optionally go back and replace your JEPRS codes (such as
  3841.         {J#123} ) with either an author+year citation or sequential numbering.
  3842.         (You specify author+year or sequential numbering for each Format
  3843.         Style; see the chapter on Global Defaults, especially the subsection
  3844.         on Editing Format Styles for information on choosing between these two
  3845.         options.) After it reads through your Word Processor Input File and
  3846.         generates the bibliography, a pop-up dialog box appears on the screen,
  3847.         asking you if you want to replace the JEPRS codes. If you choose [N]o,
  3848.         then no further processing will be done.  If you choose [Y]es, then
  3849.         JEPRS will create a new file which will be an exact copy of your Word
  3850.         Processor Input File, except that the JEPRS codes will be replaced by
  3851.         author+year or sequentially numbered citations. This new file will
  3852.         have the same name as your old file, except the extension will be
  3853.         *.New. For example, if your original Word Processor Input File was
  3854.         called MyFile.WP, then the revised version will be called MyFile.New.
  3855.  
  3856.  
  3857.         ===================================================================
  3858.                             *****  ADVANCED TOPIC:  *****
  3859.                      JEPRS Codes in Your Word Processor Documents
  3860.  
  3861.           Since JEPRS can now read WordPerfect and PC-Write documents, it is
  3862.         important to be very precise about entering the codes that JEPRS can
  3863.         read. The format is simple: Just type in a left squiggly bracket,
  3864.         followed by a capital `j', followed by the number or pound sign,
  3865.         followed by the JEPRS reference number, followed by a right squiggly
  3866.         bracket. For example, if you want to cite JEPRS reference #44, then
  3867.         you would type:
  3868.                                         {J#44}
  3869.  
  3870.         into your word processor document at the point where you wanted the
  3871.         reference cited.
  3872.  
  3873.           If you are using WordPerfect, keep in mind that you must use
  3874.         version 5.0 or higher, and that you should not use Text Boxes (JEPRS
  3875.         can find the codes if they are in a Text Box, but if you tell JEPRS to
  3876.         replace them with author+year or sequential number citations, then
  3877.         your document will become corrupted).
  3878.  
  3879.           You can use your word processor to surround the JEPRS codes with
  3880.         special features. For example, what if you need to have the codes
  3881.         replaced not just with sequential numbers, but superscripted numbers?
  3882.         Instead of just entering the JEPRS codes by themselves:
  3883.                                         {J#44}
  3884.  
  3885.         you can surround them with `superscript' codes from your word
  3886.         processor. For example, here is how the above code would look in
  3887.         WordPerfect's ``reveal codes'' screen if you put superscript codes
  3888.         around it:
  3889.  
  3890.  
  3891.  
  3892.  
  3893.  
  3894.  
  3895.  
  3896.  
  3897.  
  3898.  
  3899.  
  3900.         JEPRS User's Guide, page 60
  3901.  
  3902.                               [SUPRSCPT]{J#44}[suprscpt]
  3903.  
  3904.         The one thing you should keep in mind if you do this is that your word
  3905.         processor codes should be outside of the JEPRS codes' squiggly braces
  3906.         (as in the example above).
  3907.         ===================================================================
  3908.  
  3909.  
  3910.  
  3911.  
  3912.  
  3913.  
  3914.         >>>>>   Output   <<<<<
  3915.           When you select [O]utput from the >Format Menu<, a pull-down menu
  3916.         pops up to give you a choice of [S]creen, [P]rinter, [T]ext, or [W]ord
  3917.         Processor File. You can mix and match any combination of outputs.
  3918.         Check the right side of the screen under ``Output:'' to see which of
  3919.         the outputs are currently selected.
  3920.  
  3921.           >> Screen. Once you press [G]o to start, the formatted references
  3922.         will be displayed on the screen, continuously scrolling from bottom to
  3923.         top.
  3924.  
  3925.           >> Printer. Your formatted references will be directed to your
  3926.         printer. The currently defined printer will be used; check the >Global
  3927.         Defaults Menu< to see which printer that is.
  3928.  
  3929.           >> Text File. The references will be sent to the currently defined
  3930.         Text File (see the >Global Defaults Menu< to change the name of that
  3931.         file). Note that [D]efaults/[T]ext File Formatting on the >Global
  3932.         Defaults Menu< determines how the output references are formatted, in
  3933.         addition to the current Format Style.
  3934.  
  3935.           >> Word Processor File. Your specified references are sent to the
  3936.         [O]utput Word Processor File (>Global Defaults Menu<). This can be
  3937.         either a WordPerfect 5.x or PC-Write 3.0 file. You specify the file
  3938.         type at the >Global Defaults Menu< under [D]efaults/[W]ord Processor
  3939.         Type.
  3940.  
  3941.  
  3942.  
  3943.         >>>>>   Defaults   <<<<<
  3944.           There are two local defaults on the >Format Menu<:
  3945.  
  3946.           >> Page Start #. This number tells JEPRS how to number the pages on
  3947.         your output. JEPRS only numbers the output pages if you include the
  3948.         ``\P'' code in your header (see Printer definitions on the >Global
  3949.         Defaults Menu<). By default, it starts page numbering at page #1, but
  3950.         you can set this number to anything greater than zero. For example, if
  3951.         you set it to 23, then the first page of output will be listed as #23,
  3952.         the second page as #24, the third page as #25, and so on. JEPRS does
  3953.         not number your pages when [O]utput=[W]ord Processor File, since your
  3954.         word processor can do that for you.
  3955.  
  3956.  
  3957.  
  3958.  
  3959.  
  3960.  
  3961.  
  3962.  
  3963.  
  3964.  
  3965.  
  3966.                                                   JEPRS User's Guide, page 61
  3967.  
  3968.           >> Replace " with . . . . This default is useful for comma-
  3969.         delimited output. When you use comma-delimited output as a format
  3970.         style, then the fields are each enclosed in double quote marks and
  3971.         separated by commas. For example, if the year was `1989' and the
  3972.         author was `Wright WE' in one of your references, then they would
  3973.         appear in comma delimited output as:
  3974.                                  "Wright WE", "1989"
  3975.  
  3976.         However, there is the possibility that one of your references might
  3977.         itself contain a double quote mark. This would seriously interfere
  3978.         with your ability to import that reference into another database
  3979.         system (the additional double quote mark would mess it up). The
  3980.         [R]eplace " With . . .  default allows you to change every occurrence
  3981.         of a double quote mark with some other character when it is output
  3982.         during formatting. So if you had a keyword that was:
  3983.                                Open Reading Frame/"ORF"
  3984.  
  3985.         and you set the [R]eplace " With . . .  default character to a single
  3986.         backwards quote (`), then JEPRS would send your formatted output like
  3987.         this:
  3988.                               "Open Reading Frame/`ORF`"
  3989.  
  3990.         thereby avoiding the problem of extra double quotes in your output.
  3991.  
  3992.  
  3993.                                     **************
  3994.                                  Starting Formatting
  3995.                                       **********
  3996.           Once all the default values are set to your liking, just select
  3997.         [G]o to start the formatting process. Your screen will vary depending
  3998.         on the type of input and output you have selected.
  3999.  
  4000.           >> Keyboard Input. If you have selected keyboard input, then the
  4001.         very last line on the screen will prompt you for a reference number
  4002.         entry. Type in any number and press [Enter]. The number will
  4003.         automatically be incremented, so if you want to enter a sequential
  4004.         series of numbers, just keep pressing [Enter]. Since it is a prompt,
  4005.         you also have the option of editing the value displayed.
  4006.  
  4007.           If you have selected screen output, then the references will be
  4008.         displayed on the screen as soon as you enter the number. However, if
  4009.         the particular format style you have selected has [S]ort=[A]uthor,
  4010.         [S]ort=[J]ournal, or [S]ort=[Y]ear, then the references are displayed
  4011.         only after you have entered the last reference number and then pressed
  4012.         [F3] to start formatting.
  4013.  
  4014.           If you have not selected screen output, then a pop-up window will
  4015.         appear. This window will display the number of each reference as JEPRS
  4016.         is formatting it and sending it to the specified output(s).
  4017.  
  4018.           >> Reference File, Number File, or Word Processor File Input. If
  4019.         you have selected any of these files as input, then the screen will
  4020.         clear and the following will appear at the bottom:
  4021.  
  4022.  
  4023.  
  4024.  
  4025.  
  4026.  
  4027.  
  4028.  
  4029.  
  4030.  
  4031.  
  4032.         JEPRS User's Guide, page 62
  4033.  
  4034.                           [Esc]=Exit     [ScrollLock]=Pause
  4035.  
  4036.         As usual, pressing [Esc] will terminate the current process and bring
  4037.         you back to the previous menu. Before it does, though, a pop-up dialog
  4038.         box will first ask you ``Terminate Formatting? (y/n)''; press [Y] to
  4039.         stop formatting or [N] to continue.
  4040.  
  4041.           If you have turned screen output on, the formatting references will
  4042.         scroll by on the screen quite rapidly. There is, however, an easy way
  4043.         to temporarily stop the screen:  press the [ScrollLock] key on your
  4044.         keyboard (it's generally near the top right corner of your keyboard).
  4045.         If you do, the screen will pause, and the following message will
  4046.         appear at the bottom:
  4047.                             Press [ScrollLock] to continue
  4048.  
  4049.         So, just press the key again to restart the formatting display of your
  4050.         references.
  4051.  
  4052.           If you have turned screen output off (and are using text file, word
  4053.         processor file, or printer output) then a pop-up box will appear
  4054.         displaying the current reference number being sent to the requested
  4055.         output device(s).
  4056.  
  4057.  
  4058.  
  4059.  
  4060.  
  4061.  
  4062.  
  4063.  
  4064.  
  4065.  
  4066.  
  4067.  
  4068.  
  4069.  
  4070.  
  4071.  
  4072.  
  4073.  
  4074.  
  4075.  
  4076.  
  4077.  
  4078.  
  4079.  
  4080.  
  4081.  
  4082.  
  4083.  
  4084.  
  4085.  
  4086.  
  4087.  
  4088.  
  4089.  
  4090.  
  4091.  
  4092.  
  4093.  
  4094.  
  4095.  
  4096.  
  4097.  
  4098.                                                   JEPRS User's Guide, page 63
  4099.  
  4100.  
  4101.  
  4102.                            C  H  A  P  T  E  R     T  E  N
  4103.                                       _________
  4104.  
  4105.                                       Searching
  4106.  
  4107.  
  4108.  
  4109.  
  4110.  
  4111.                          ####################################
  4112.  
  4113.           Once your database becomes fairly large, you will often not
  4114.         remember exactly which references it contains. You would probably like
  4115.         a system that allows you to search through your database to find the
  4116.         reference or group of references that you're looking for. JEPRS is
  4117.         quite flexible in this regard, and allows both very simple and quite
  4118.         complex searches. This chapter will describe how to go about searching
  4119.         through your database.
  4120.  
  4121.                         #####################################
  4122.  
  4123.           Press [S]earch at the >Main Menu< to go to the >Search Menu<. The
  4124.         menu at the top of the screen contains the commands [G]o, [T]erms,
  4125.         [O]utput, [D]efaults, and [H]elp. As usual, Help can also be accessed
  4126.         by pressing [F1]. And [Esc] brings you back to the >Main Menu<.
  4127.  
  4128.  
  4129.                                     **************
  4130.                                  Pre-Defined Settings
  4131.                                       **********
  4132.           All you need to do in order to perform a simple search is to
  4133.         specify one search [T]erm and then press [G]o to start (assuming all
  4134.         the pre-defined selections listed on the right side of your screen are
  4135.         to your liking). You cannot start a search without specifying any
  4136.         Terms; if you try to, you will get an error message.
  4137.  
  4138.  
  4139.  
  4140.         >>>>>   Terms   <<<<<
  4141.           Search terms specify the fields to be searched as well as the text
  4142.         that you want to match. To search for all papers by an author named
  4143.         ``Wright'', you would:
  4144.             Press [T]erms.
  4145.             Enter A to search through the author field.
  4146.             Enter Wright to search for this particular text.
  4147.  
  4148.           Once you press [T]erms, you are asked to ``Enter search:''; this is
  4149.         where you enter the letters corresponding to the field(s) to be
  4150.         searched. JEPRS lists the letters and their respective fields at the
  4151.         bottom of the screen (see table for field codes).
  4152.  
  4153.  
  4154.  
  4155.  
  4156.  
  4157.  
  4158.  
  4159.  
  4160.  
  4161.  
  4162.  
  4163.  
  4164.         JEPRS User's Guide, page 64
  4165.  
  4166.                             [Field Codes for Search Terms]
  4167.  
  4168.  
  4169.            [A]uthors      [E]ditor       [K]eywords        [C]itation type
  4170.             [T]itle        [Y]ear        [P]ublisher          [J]ournal
  4171.  
  4172.  
  4173.           You can perform mulitple searches by connecting the field codes
  4174.         with operators (see table for a list of operators).
  4175.  
  4176.  
  4177.  
  4178.                           [Operators and their Significance]
  4179.  
  4180.                      +                                 AND
  4181.  
  4182.                      -                                 NOT
  4183.                      /                                 OR
  4184.  
  4185.  
  4186.  
  4187.           These are the Boolean logical operators. So if you want to search
  4188.         for papers by Author ``Wright'' and Title ``Myogenin'' then you would
  4189.         enter A+T for [A]uthor [+][and] [T]itle, then enter Wright, then enter
  4190.         Myogenin. [When you're entering the text, you must enter it in the
  4191.         same order as the field codes; that is, you couldn't enter
  4192.         ``Myogenin'' first and ``Wright'' second, otherwise it would look for
  4193.         ``Myogenin'' in the authors and ``Wright'' in the titles, giving you a
  4194.         nonsense answer. In order to help you along, JEPRS will make the
  4195.         current field code blink while you are entering the search text for
  4196.         it.]  Thus your screen should look like this:
  4197.           Enter Search: A+T
  4198.           Wright
  4199.           Myogenin
  4200.  
  4201.           Because the Boolean logical operators are not always intuitive, let
  4202.         me give a brief explanation of each. If your search is A+T then both
  4203.         the author and the title you specify must be in the same reference
  4204.         citation in order for it to be considered a match. If your search is
  4205.         A-T then the author must be in the reference citation and the title
  4206.         must not be in that same reference to be a match. If your search is
  4207.         A/T then either that author or that title must be in the reference in
  4208.         order to be a match. Here are some additional tidbits to ponder:
  4209.  
  4210.             A+T is logically identical to T+A; that is, both an author an a
  4211.         title must be in the same reference.
  4212.  
  4213.             A/T is logically identical to T/A; that is, either an author or a
  4214.         title must be in the same reference.
  4215.  
  4216.             A-T is very different from T-A. In the first case, the author
  4217.         must be in a reference and the title must not be in a reference; in
  4218.         the latter, the title must be in a reference and the author must not.
  4219.  
  4220.  
  4221.  
  4222.  
  4223.  
  4224.  
  4225.  
  4226.  
  4227.  
  4228.  
  4229.  
  4230.                                                   JEPRS User's Guide, page 65
  4231.  
  4232.             JEPRS doesn't allow you to do a search like -A (in other words,
  4233.         find all references except those with a certain author). You can get
  4234.         around this by doing something like A-A; when asked for the first
  4235.         search text just press [Enter] (this will match all references) and
  4236.         then for the second search text enter the name of the author you don't
  4237.         want. This accomplishes the same thing as -A.
  4238.  
  4239.             JEPRS doesn't necessarily search for whole words. So if you
  4240.         specify a search for authors named ``STEIN'' it will also find
  4241.         ``STEINBERG'' and ``FRANKENSTEIN'' because they both have ``STEIN'' in
  4242.         them. There are three ways to try to get around this: (1) Make [C]ase
  4243.         Sensitivity=[Y]es and search for ``Stein''; then ``Frankenstein''
  4244.         would not be a match; (2) Use a space, a comma, or other delimiter,
  4245.         for example ``Stein,''; then ``Steinberg'' would not be a match; and
  4246.         finally (3) if after performing your search you find that there are
  4247.         one or two common `contaminants', you can use [F4] (>Modify Search<)
  4248.         to specifically exclude them (e.g., -A Steinberg would get rid of all
  4249.         matches that had ``Steinberg'' in them). Of course in this case you
  4250.         would have to be careful to make sure that some of your references
  4251.         didn't contain both Stein and Steinberg as authors.
  4252.  
  4253.  
  4254.  
  4255.         >>>>>   Advanced Example   <<<<<
  4256.           Let's say you're preparing a bibliography on various subtopics
  4257.         within a more general field. This time, you're going to want to find
  4258.         all references dealing with DNA, but specifically eukaryotic cell
  4259.         transfection or prokaryotic cell transformation. You also want to
  4260.         exclude the older references, which will probably not be as much use
  4261.         to you. You also want to exclude all Abstracts, since they won't
  4262.         contain enough information to be really useful in this particular
  4263.         instance. This would be entered as:
  4264.  
  4265.           Enter Search: (K+(K/K))+Y-C
  4266.           DNA
  4267.           Transformation
  4268.           Transfection
  4269.           1986-1989
  4270.           A
  4271.  
  4272.         This search strategy tells JEPRS to look for all references that deal
  4273.         with (keywords = DNA and (keywords = Transformation or keywords =
  4274.         Transfection)) and (year = 1986-1989) but not (citation type =
  4275.         Abstract).
  4276.  
  4277.  
  4278.         ===================================================================
  4279.                             *****  ADVANCED TOPIC:  *****
  4280.                    Parentheses & Boolean Operators in Search Terms
  4281.  
  4282.           Placement of the parentheses is crucial in the advanced example. If
  4283.         you did not include the parentheses, and entered your search as simply
  4284.         K+K/K+Y-C, then that would have yielded a very different answer. This
  4285.  
  4286.  
  4287.  
  4288.  
  4289.  
  4290.  
  4291.  
  4292.  
  4293.  
  4294.  
  4295.  
  4296.         JEPRS User's Guide, page 66
  4297.  
  4298.         can be demonstrated by listing some hypothetical references below:
  4299.  
  4300.                      [Sample Reference Numbers & Their Keywords]
  4301.  
  4302.  
  4303.                 1          DNA; transfection
  4304.                 2          transfection; protein
  4305.  
  4306.                 3          DNA; transformation
  4307.  
  4308.  
  4309.           If you entered your search as (K+(K/K)), then references 1 & 3
  4310.         would match (because 1 has `DNA' and `transfection' and 3 has `DNA'
  4311.         and `transformation').
  4312.  
  4313.           If you entered your search as K+K/K (which would be equivalent to
  4314.         entering (K+K)/K, since JEPRS is just reading and interpreting from
  4315.         left to right) then references 2 & 3 would match (because 2 has
  4316.         `transfection' and 3 has both `DNA' and `transformation').
  4317.  
  4318.           The Boolean logic operators can be very powerful, but they can
  4319.         sometimes be confusing, too. If you are in doubt as to how a search
  4320.         will be interpreted, use parentheses to force a particular
  4321.         interpretation. Too many parentheses can't hurt.
  4322.         ===================================================================
  4323.  
  4324.  
  4325.  
  4326.  
  4327.  
  4328.  
  4329.         >>>>>   Output   <<<<<
  4330.           When you select this option, a pull-down menu appears, allowing you
  4331.         to select any combination of [S]creen, [P]rinter, [T]ext file or
  4332.         [N]umber file. Check the right side of your screen to see which
  4333.         output(s) are currently selected. The default is [S]creen=[Y]es,
  4334.         everything else=[N]o. If you try to turn all the outputs off, JEPRS
  4335.         will beep and turn the [S]creen back on.
  4336.  
  4337.           >> Screen. Once searching begins, successful matches will be
  4338.         displayed on your screen in a compact, one-line format for each
  4339.         reference found.
  4340.  
  4341.           >> Printer. Successful matches will be sent to your printer in the
  4342.         currently-defined format style (see the >Format Menu< to select the
  4343.         format style). Note, however, that printer codes will not be sent to
  4344.         the printer. Also, the margins are predefined and cannot be changed.
  4345.         If you want to have formatted output (including boldface, etc.) sent
  4346.         to your printer, you must have output sent to your printer from the
  4347.         >Format Menu<, not the >Search Menu<. You can do this by using
  4348.         [O]utput=[N]umber file at the >Search Menu< and then using
  4349.         [I]nput=[N]umber file at the >Format Menu<.
  4350.  
  4351.  
  4352.  
  4353.  
  4354.  
  4355.  
  4356.  
  4357.  
  4358.  
  4359.  
  4360.  
  4361.  
  4362.                                                   JEPRS User's Guide, page 67
  4363.  
  4364.           >> Number File. Only the numbers of the successful matches will be
  4365.         sent to this DOS text file. This file can then be used as Input on the
  4366.         >Format Menu< and the >Export Menu<. See the chapter in the Appendix
  4367.         on JEPRS' Files for more information on the Number file.
  4368.  
  4369.           >> Text File. This is identical to having output sent to the
  4370.         Printer, except that it will be sent to the Text file (see the >Global
  4371.         Defaults Menu< for the name of the currently-defined Text file). All
  4372.         the caveats listed under ``Printer'', above, are also true for the
  4373.         Text file. In addition, [D]efaults/[T]ext File Formatting on the
  4374.         >Global Defaults Menu< also affects output to the Text file.
  4375.  
  4376.  
  4377.  
  4378.         >>>>>   Defaults   <<<<<
  4379.           There are a variety of local defaults that affect how the current
  4380.         search is executed.
  4381.  
  4382.           >> Begin. Specifies at which reference number the search will
  4383.         start. An example of its use would be if you had a database of 900
  4384.         references and you knew that the paper you were looking for was in the
  4385.         last 300 or so references; then you would specify [B]egin at #600.
  4386.         This would cut down your search time significantly. The default value
  4387.         is 1 (the first reference in the database).
  4388.  
  4389.           >> End. This is just like Begin, but at the other end of the
  4390.         spectrum; just specify at what reference number you want searching to
  4391.         stop. The default value is the last reference in the database.
  4392.  
  4393.           >> Matches. This tells JEPRS to stop the search after this many
  4394.         matches have been found. Let's say that you know that a certain
  4395.         search, such as keywords for ``DNA'', will yield a lot of matches, but
  4396.         you only want to see the first 15 of them. Press [M]atches and enter
  4397.         ``15''. Then when you start the search, as soon as the 15th match is
  4398.         found, searching automatically stops. If fewer than 15 matches are
  4399.         found it will just search to the end of the database and then stop.
  4400.         The default value is the total number of references in the database.
  4401.         (If you have a very large database and you wish to sort it before
  4402.         displaying it, it is a good idea to use a Match number smaller than
  4403.         the database; this frees up memory for the sorting.)
  4404.  
  4405.           >> Case Sensitivity. When this is set equal to [N]o, then both your
  4406.         search text and the references in the database are converted to
  4407.         uppercase before being compared. That way you don't have to worry
  4408.         about entering ``DNA-binding protein'' or ``dna-Binding Protein'',
  4409.         since they will both be converted to ``DNA-BINDING PROTEIN'' for the
  4410.         search. If you wish to make the comparisons directly without
  4411.         converting to uppercase, then make [C]ase Sensitivity=[Y]es. You can
  4412.         make your choice `permanent' by saving this value in the Config file.
  4413.         That is, when you choose [D]efaults/[S]ave defaults+files at the
  4414.         >Global Defaults Menu<, the answer you entered here is saved and used
  4415.         whenever you use your Config file.
  4416.  
  4417.  
  4418.  
  4419.  
  4420.  
  4421.  
  4422.  
  4423.  
  4424.  
  4425.  
  4426.  
  4427.  
  4428.         JEPRS User's Guide, page 68
  4429.  
  4430.           >> Sort. If this is set to [N]one, then JEPRS displays the
  4431.         references in the order they were found in the database. If you set
  4432.         [S]ort=[A]uthor, your matched references will be displayed
  4433.         alphabetically by the first author's last name. If [S]ort=[J]ournal,
  4434.         the found references are sorted by the Journal name. Finally, if
  4435.         [S]ort=[Y]ear, then the references are displayed in Year order. As
  4436.         with [C]ase sensitivity, this value can be saved in your Config file
  4437.         (see above).
  4438.  
  4439.  
  4440.                                     **************
  4441.                                   Starting a Search
  4442.                                       **********
  4443.           Once you press [G]o to start the search, the Messages window on the
  4444.         bottom of the screen will show you the number of references being
  4445.         searched as well as how many matches have been found.
  4446.  
  4447.           You can press [Esc] at any time to stop the search;  if you do so,
  4448.         a pop-up dialog box will ask you to confirm your decision. Press [Y]
  4449.         to terminate the search, or press any other key to continue. Note that
  4450.         this terminates the search, it doesn't abandon it. So if any matches
  4451.         were found before you pressed [Esc], they'd be sent to the desired
  4452.         output after terminating the search.
  4453.  
  4454.           >> Text file, Number file, & Printer output. If any of these
  4455.         outputs have been selected, then once the search is completed, a pop-
  4456.         up box will display the number of each reference as it is being
  4457.         formatted and sent to the proper output. Again, you can press [Esc]
  4458.         here to terminate the output.
  4459.  
  4460.           >> Screen Output. If you have selected the screen as output, then
  4461.         as soon as any matched references are found, the window switches to
  4462.         the Search Results screen. As each matching reference is found, it is
  4463.         added to the Search Results in a compact, one-line format. Once the
  4464.         search is completed, the matches will be displayed in the Search
  4465.         Results screen in the order in which they were found in the database;
  4466.         unless, of course, sorting was turned on, in which case they will be
  4467.         sorted before being redisplayed.
  4468.  
  4469.  
  4470.  
  4471.         >>>>>   Search Results Screen   <<<<<
  4472.           The idea behind this display is that it presents as many references
  4473.         as possible, with the most useful information, in the least amount of
  4474.         space. This lets you scroll around the matching reference list, select
  4475.         specific references (or groups of references) you want to send to
  4476.         various outputs, view entire references, and edit references-all in
  4477.         one place.
  4478.  
  4479.           The function keys available are described here. Users upgrading
  4480.         from version 1.x: the key used for Modifying the search is different
  4481.         in version 2.5.
  4482.  
  4483.  
  4484.  
  4485.  
  4486.  
  4487.  
  4488.  
  4489.  
  4490.  
  4491.  
  4492.  
  4493.  
  4494.                                                   JEPRS User's Guide, page 69
  4495.  
  4496.           >> [Up Arrow]. This moves the cursor up one reference at a time.
  4497.         The screen is scrolled down one line if necessary.
  4498.  
  4499.           >> [Down Arrow]. Moves the cursor down one reference at a time. The
  4500.         screen is scrolled up one line if necessary.
  4501.  
  4502.           >> [PgUp]. Scrolls the screen up one page (if more than one page of
  4503.         matches have been found).
  4504.  
  4505.           >> [PgDn]. Scrolls the screen down one page (if more than one page
  4506.         of matches has been found).
  4507.  
  4508.           >> [Enter]. Displays the entire reference. What this actually does
  4509.         is bring up the >List Reference< screen, using the current reference
  4510.         number. In this way you are not limited to seeing only part of the
  4511.         matched references-you can see the whole thing. While at the >List
  4512.         Reference< screen, you can press the [F4] key to bring you to the
  4513.         >Edit Reference< screen where you can edit the reference (see the
  4514.         chapter in this User's Guide on Listing References for more
  4515.         information). Pressing [PgDn] or [PgUp] while at the >List Reference
  4516.         <screen will display the next or previous found reference,
  4517.         respectively. In other words, it won't display the next sequential
  4518.         reference in the database, it will instead display the next (or
  4519.         previous) reference on the list of matched references on the >Search
  4520.         Results< Screen.
  4521.  
  4522.           >> [Esc]. You will be returned to the >Search Menu<. At this point
  4523.         you may start a completely new search, or you can modify any aspect of
  4524.         the previous search. The latter is possible because JEPRS saves the
  4525.         search terms and default values from your last search. JEPRS will even
  4526.         save them if you go off to some other part of the program and then
  4527.         come back to search later. Of course, once you exit the program your
  4528.         search terms and defaults are lost. Once you return to the >Search
  4529.         Menu<, if you decide you want to redisplay your most-recent search,
  4530.         you can press [F3] to go back to your previous search.
  4531.  
  4532.           >> [F1]. As always, this will give you context-sensitive help.
  4533.  
  4534.           >> [F4]. This lets you modify your search by bringing you to the
  4535.         >Modify Search Menu<. The first time you modify your search, a short
  4536.         list of instructions is provided. Your previous search terms are
  4537.         displayed on the top left of the screen. The number of matches JEPRS
  4538.         has found for the current search is displayed in the upper right
  4539.         corner. When you are specifying terms for >Modify Search<, think of it
  4540.         as being added to your original terms. For example, if your original
  4541.         search was A+A but you found too many matches, you could modify your
  4542.         search with -K which would be equivalent to an original search of A+A-
  4543.         K. Notice that searching by >Modify Search< is usually very quick;
  4544.         that's because it doesn't search the entire database-it only searches
  4545.         those references that have already yielded a match (and that's the
  4546.         reason you can't use the or (/) operator, because then it would have
  4547.         to search the entire database). You can modify a search up to a total
  4548.         of 3 times.
  4549.  
  4550.  
  4551.  
  4552.  
  4553.  
  4554.  
  4555.  
  4556.  
  4557.  
  4558.  
  4559.  
  4560.         JEPRS User's Guide, page 70
  4561.  
  4562.           >> [*]. Marks the reference that the cursor is sitting on. You can
  4563.         tell if a reference is Marked because it will have an asterisk (`*')
  4564.         next to the year. Marking a reference is used for output (see [F8],
  4565.         [F9], & [F10] below).
  4566.  
  4567.           >> [F5]. Marks all of the matched references. Even if more than one
  4568.         page of matches has been found, every matched reference on every page
  4569.         of the Search Results is marked. Marking a reference is used for
  4570.         output (see [F8], [F9], & [F10] below). Hint: To unMark all the
  4571.         references, press [F5], then press [F6].
  4572.  
  4573.           >> [F6]. Reverses all the Marks. That is, all Marked references
  4574.         become unMarked, and all unMarked references become Marked. Let's say
  4575.         you have 20 matches and you want to send one subset to the printer and
  4576.         another subset to a Number file (for exporting). You would first
  4577.         manually Mark each reference that you want printed by using the [*]
  4578.         key, and then press [F9] to send them to the printer. Then you would
  4579.         press [F6] to reverse all the marks, and press [F8] to send the other
  4580.         subset of references to the Number file.
  4581.  
  4582.           >> [F8]. If no references are Marked, this sends the number of the
  4583.         current reference (where the cursor is sitting) to the Number file. If
  4584.         any references are Marked, then only Marked references are sent to the
  4585.         Number file (regardless of where the cursor is).
  4586.  
  4587.           >> [F9]. If no references are Marked, this sends the entire text of
  4588.         the current reference to the printer. If any references are Marked,
  4589.         then only Marked references are sent to the printer. The currently-
  4590.         defined format style (see the >Format Menu<) is used for output. Also,
  4591.         the line width is pre-defined at 65 characters per line.
  4592.  
  4593.           >> [F10]. If no references are Marked, this sends the entire text
  4594.         of the current reference (where the cursor is sitting) to the Text
  4595.         file. If any references are Marked, then only Marked references are
  4596.         sent to the Text file (regardless of where the cursor is). The
  4597.         currently-defined format style (see the >Format Menu<) is used for
  4598.         output. Also, the line width is pre-defined at 65 characters per line.
  4599.         In addition, the [D]efaults/[T]ext file formatting on the >Global
  4600.         Defaults Menu< affects the output.
  4601.  
  4602.  
  4603.  
  4604.  
  4605.  
  4606.  
  4607.  
  4608.  
  4609.  
  4610.  
  4611.  
  4612.  
  4613.  
  4614.  
  4615.  
  4616.  
  4617.  
  4618.  
  4619.  
  4620.  
  4621.  
  4622.  
  4623.  
  4624.  
  4625.  
  4626.                                                   JEPRS User's Guide, page 71
  4627.  
  4628.  
  4629.  
  4630.                        C  H  A  P  T  E  R     E  L  E  V  E  N
  4631.                                       _________
  4632.  
  4633.                                       Utilities
  4634.  
  4635.  
  4636.  
  4637.  
  4638.  
  4639.                          ####################################
  4640.  
  4641.           The >Utilities Menu< contains three functions that, while very
  4642.         useful, are generally used less often than those functions listed at
  4643.         the >Main Menu<. Here, JEPRS allows you to import references, export
  4644.         references, and compress your database.
  4645.  
  4646.                         #####################################
  4647.  
  4648.  
  4649.                                     **************
  4650.                                       Importing
  4651.                                       **********
  4652.           JEPRS has the power to import references in three different formats
  4653.         from a variety of different sources. These are formats generally used
  4654.         only by Ph.D.s, M.D.s, and others in biomedical fields.
  4655.  
  4656.  
  4657.  
  4658.         >>>>>   Formats   <<<<<
  4659.           JEPRS supports three different import formats. You can select any
  4660.         one of them from the ones listed on the screen. The formats and their
  4661.         potential sources are:
  4662.  
  4663.           >> MedLine. This is a ``standard'' biomedical reference format
  4664.         defined by the USA's National Library of Medicine (NLM). Most
  4665.         commercially available reference management programs and on-line
  4666.         biomedical database systems support this type of file. For example,
  4667.         PaperChase (an on-line system of Harvard University-affiliated Beth
  4668.         Israel Hospital in Boston) allows you to search through the National
  4669.         Library of Medicine's main bibliographic database and download these
  4670.         references to your own computer. One of the (several) formats they
  4671.         support is MedLine.
  4672.  
  4673.           MedLine output is also produced by IBM PC-based programs, such as
  4674.         ISI's Current Contents on Diskette (CCOD). Just like PaperChase, CCOD
  4675.         allows you to save files in MedLine format.
  4676.  
  4677.           >> CL-MedLine. This format is slightly different from the standard
  4678.         MedLine format. It is produced by a program called CL-MedLine from a
  4679.         company called CLSI, Inc. CLSI, Inc. has recently announced that CL-
  4680.         MedLine is being discontinued. Therefore, future versions of JEPRS
  4681.  
  4682.  
  4683.  
  4684.  
  4685.  
  4686.  
  4687.  
  4688.  
  4689.  
  4690.  
  4691.  
  4692.         JEPRS User's Guide, page 72
  4693.  
  4694.         will no longer support this format.
  4695.  
  4696.           >> BRS/Colleague. Though this format looks a little like MedLine,
  4697.         it is really quite different. An on-line database searching system
  4698.         called BRS/Colleague produces these formatted files.
  4699.  
  4700.           Note: Keep in mind that you can generally import these files
  4701.         immediately into JEPRS without modifying them at all. For example, you
  4702.         sometimes get extraneous commands and other text mixed in with your
  4703.         actual references when you download these files from the on-line
  4704.         databases. Some other programs actually make you ``clean-up'' these
  4705.         files before importing them. But not JEPRS!  JEPRS is smart enough to
  4706.         ignore anything that isn't a real reference.
  4707.  
  4708.  
  4709.  
  4710.         >>>>>   Defaults   <<<<<
  4711.           Two local defaults are available from the menu:
  4712.  
  4713.           >> Remove subheadings from keywords. MedLine and other files tend
  4714.         to have a lot of information most people consider superfluous. This
  4715.         includes keywords for source of grant support (US government vs.
  4716.         private funding), and subheadings for keywords. Those subheadings can
  4717.         be useful for PaperChase searches, but tend to be less so in JEPRS.
  4718.         Therefore, if you set this value to [Y]es, then these terms will be
  4719.         stripped from your references before being added to your database.
  4720.  
  4721.           >> Edit references before adding to database. In most programs,
  4722.         once you starting importing, you have an all-or-none situation: import
  4723.         all the references in a file, or don't import at all!  You have the
  4724.         option in JEPRS of importing them one at a time. If this default is
  4725.         set to [Y]es, then as each reference is read in from the file, it is
  4726.         displayed on JEPRS' >Edit Reference< screen. At this point, you have
  4727.         the option of: discarding the reference and moving on to the next one;
  4728.         saving the reference as is; or editing the reference and then saving
  4729.         it. See below for more details.
  4730.  
  4731.  
  4732.  
  4733.         >>>>>   Starting an Import   <<<<<
  4734.           After verifying that the Format and Defaults are set to your
  4735.         liking, you are almost ready to start importing. The one last thing
  4736.         that must be taken care of is the name of the Import file. There are
  4737.         two ways to go about this, depending on whether you always import a
  4738.         file with the same name, or always use different names. If you always
  4739.         import a file with a standard name (such as MedLine.Txt) then you can
  4740.         go to the >Global Defaults Menu< (by pressing [F2] while at the
  4741.         >Utilities Menu<) and specify its name on the [F]iles/[I]mport file
  4742.         menu. Then go to [D]efaults/[S]ave defaults+files. In this way, the
  4743.         name of the Import file will be saved in your Config file, and you
  4744.         will not have to bother changing it every time you import a file.  If,
  4745.         on the other hand, the file will have a different name every time, see
  4746.         the advanced topic, below.
  4747.  
  4748.  
  4749.  
  4750.  
  4751.  
  4752.  
  4753.  
  4754.  
  4755.  
  4756.  
  4757.  
  4758.                                                   JEPRS User's Guide, page 73
  4759.  
  4760.  
  4761.         ===================================================================
  4762.                             *****  ADVANCED TOPIC:  *****
  4763.                       Using a Different Filename for each Import
  4764.  
  4765.           The other way of specifying an Import filename is if you have a
  4766.         different file name every time you perform an Import. In this case, it
  4767.         would be annoying to have to remember to go to the >Global Defaults
  4768.         Menu< and specify the filename for the Import file every time you
  4769.         performed an Import. What you can do is take advantage of JEPRS'
  4770.         intelligence: Go to the >Global Defaults Menu< (by pressing [F2] at
  4771.         the >Utilities Menu<) and this time specify a ``fake'' filename at the
  4772.         Import filename prompt. Choose a name that you know you will never
  4773.         use, like FakeFile.XYZ. Again, choose [D]efaults/[S]ave
  4774.         defaults+filenames to save this filename into your Config file. (Why
  4775.         are we saving a fake filename?! Read on . . . )
  4776.  
  4777.           Now whenever you are at the >Import File< menu and you press [G]o
  4778.         to start importing, a dialog box will pop-up to tell you there is a
  4779.         file error, since JEPRS can't find your fake file called FakeFile.XYZ.
  4780.         Then all you have to do is press [F4], enter the real filename, press
  4781.         [Enter,] and you're done.
  4782.         ===================================================================
  4783.  
  4784.  
  4785.  
  4786.  
  4787.           After pressing [G]o to start the Import, JEPRS checks for the
  4788.         Import file, starts reading from it, and then imports the references
  4789.         into your database. What you see on the screen depends on how you set
  4790.         the default called ``Edit references before adding to database?'':
  4791.  
  4792.           >> No editing/Import all at once. The messages window will clear,
  4793.         and then a horizontal bar graph will appear. As JEPRS reads in your
  4794.         Import File, the graph will show what percentage of the file has been
  4795.         read in. If at any point you decide you want to stop importing, just
  4796.         press [Esc]; once you do, a pop-up dialog box will ask you to confirm
  4797.         your decision. Press [Y] to terminate Import, or press any other key
  4798.         to continue.
  4799.  
  4800.           >> Edit references/Import one at a time. If this option is
  4801.         selected, then as each reference is read in from the Import File, you
  4802.         are presented with the >Edit Reference< screen. The cursor moves to
  4803.         the menu. If you just press [Enter] or [S]ave, then the reference is
  4804.         immediately saved into your database. You can instead press [A]bandon,
  4805.         in which case the current reference is discarded, or you can press
  4806.         [E]dit, in which case you can edit the reference before saving it.
  4807.         After you have chosen either [A]bandon or [S]ave, another menu appears
  4808.         at the top of the screen and a pop-up window appears. This window
  4809.         tells you the number of references read in from the Import File, as
  4810.         well as what percentage of the file has been read in. The menu then
  4811.         allows you to import the next reference by pressing [Enter] or
  4812.         [I]mport, or stop importing by pressing [E]xit. The two menus are set
  4813.  
  4814.  
  4815.  
  4816.  
  4817.  
  4818.  
  4819.  
  4820.  
  4821.  
  4822.  
  4823.  
  4824.         JEPRS User's Guide, page 74
  4825.  
  4826.         up for simplicity: that is, if you want to save each reference, you
  4827.         can just press [Enter] twice (once at the first menu to [S]ave, and
  4828.         once at the second menu to continue to [I]mport).
  4829.  
  4830.           Whether or not you have chosen [E]dit references before importing,
  4831.         once 100% of the file is read in (or you [E]xit importing), the
  4832.         ``Messages'' window will display the total number of references read
  4833.         in as well as the total number of references saved into the database.
  4834.         You are then prompted to press any key to return to the >Import Menu<.
  4835.  
  4836.  
  4837.                                     **************
  4838.                                       Exporting
  4839.                                       **********
  4840.           JEPRS has a very rich and powerful Formatting capability, which is
  4841.         accessed by selecting [F]ormat from the >Main Menu<. However, there is
  4842.         one particular type of formatting that JEPRS' format commands cannot
  4843.         do: the MedLine format. So JEPRS has the ability to export in the
  4844.         MedLine format at the >Export Menu<. (Note that this feature is
  4845.         probably only important to biomedical researchers, students, and
  4846.         clinicians.)
  4847.  
  4848.  
  4849.  
  4850.         >>>>>   Input   <<<<<
  4851.           By default, JEPRS uses the keyboard for input. This means that when
  4852.         you press [G]o to start exporting, you have to use the keyboard to
  4853.         manually enter the number of each reference that you want exported.
  4854.         Sometimes this is not the best way to specify the references you wish
  4855.         to export. For example, you may want an entire subsection of your
  4856.         reference file exported, or you may want to use a Number File as
  4857.         input. Either of these is very easy to do.
  4858.  
  4859.           When at the >Export Menu<, press [I]nput. This will bring up a
  4860.         pull-down menu. Notice that when you make a selection, a yellow
  4861.         arrowhead appears next to that name on the right side of the screen.
  4862.         This is a reminder of your choice. Here is a rundown of your options:
  4863.  
  4864.           >> Keyboard input. After pressing [G]o, you will be prompted to
  4865.         enter the number of every reference that you want exported.
  4866.  
  4867.           >> Number file input. After pressing [G]o, JEPRS will look for the
  4868.         Number File, using the name specified on the >Global Defaults Menu<.
  4869.         This is just a text file containing numbers of references, with each
  4870.         number on a separate line. You can create this file yourself with a
  4871.         text editor or word processor (in the DOS Text or Non-document mode).
  4872.         In addition, JEPRS can create this file if you press [F9] when at the
  4873.         >List Menu< or the >Search Results< screen. For more information on
  4874.         the Number File, see the Appendix chapter on JEPRS' Files.
  4875.  
  4876.           >> Reference file input. If you select this item at the pull-down
  4877.         [I]nput menu, then you are asked at which references you wish to start
  4878.         and end. If you want to export the whole database, then just use the
  4879.  
  4880.  
  4881.  
  4882.  
  4883.  
  4884.  
  4885.  
  4886.  
  4887.  
  4888.  
  4889.  
  4890.                                                   JEPRS User's Guide, page 75
  4891.  
  4892.         default values (which are the first and last reference in the
  4893.         database). Otherwise, you can enter any two reference numbers at which
  4894.         to start and end exporting.
  4895.  
  4896.  
  4897.  
  4898.         >>>>>   Output   <<<<<
  4899.           When you select [O]utput from the >Export Menu<, a pull-down menu
  4900.         pops up to give you a choice of [S]creen, [P]rinter, or [T]ext File.
  4901.         You can mix and match any combination of outputs. Check the right side
  4902.         of the screen under ``Output:'' to see which of the outputs are
  4903.         currently selected. New with version 2.0 of JEPRS was the ability to
  4904.         send output to the screen and/or a printer. Nonetheless, the most
  4905.         useful output is still a Text file.
  4906.  
  4907.           >> Screen. Once you press [G]o to start, the exported references
  4908.         will be displayed on the screen, continuously scrolling from bottom to
  4909.         top.
  4910.  
  4911.           >> Printer. Your exported references will be directed to your
  4912.         printer.
  4913.  
  4914.           >> Text File. The references will be sent to the currently defined
  4915.         Text File (see the >Global Defaults Menu< to view the name of that
  4916.         file).
  4917.  
  4918.  
  4919.  
  4920.         >>>>>   Defaults   <<<<<
  4921.           There are two local defaults on the >Export Menu<.
  4922.  
  4923.           >> Remove printer codes from references. JEPRS is quite powerful in
  4924.         that in addition to printer codes (for example: underlining, italics,
  4925.         etc.) in the Format Styles, you can also have printer codes within
  4926.         your references. However, this can cause a problem during exporting,
  4927.         since no other program recognizes these codes. Therefore, if you set
  4928.         this default to [Y]es, then these codes will be removed before sending
  4929.         your references to the output device(s).
  4930.  
  4931.           >> Convert all keywords to uppercase. JEPRS itself doesn't really
  4932.         care if you keep your keywords in ALL UPPERCASE, all lowercase, or
  4933.         miXeD UpPeR ANd LoWerCaSE. However, the standard MedLine format has
  4934.         its keywords in ALL UPPERCASE. If you want all your keywords converted
  4935.         to uppercase during export, set this default to [Y]es (this doesn't
  4936.         affect your reference database itself; the keywords there remain
  4937.         unchanged).
  4938.  
  4939.  
  4940.  
  4941.         >>>>>   Starting an Export   <<<<<
  4942.           Just press [G]o to start, once you've decided all the defaults are
  4943.         to your liking. If Screen output is on, then the references will
  4944.         continuously scroll up the screen. If Screen output is off, a pop-up
  4945.  
  4946.  
  4947.  
  4948.  
  4949.  
  4950.  
  4951.  
  4952.  
  4953.  
  4954.  
  4955.  
  4956.         JEPRS User's Guide, page 76
  4957.  
  4958.         box will appear, telling you which references are being sent to the
  4959.         output device(s). At any time, you can press [Esc] to stop exporting,
  4960.         and a pop-up dialog box will ask you for confirmation. Press [Y]es to
  4961.         stop exporting, or any other key to continue.
  4962.  
  4963.  
  4964.                                     **************
  4965.                                Compressing the Database
  4966.                                       **********
  4967.           The file system JEPRS uses for storing your references is very
  4968.         efficient. It uses much less disk space (and many fewer files) than
  4969.         most database systems. Nonetheless, it does have one minor
  4970.         inefficiency: When you edit references, it marks the old version as
  4971.         invalid, and then adds a new version to the end of your database. This
  4972.         results in some wasted space in your database file. If this ever
  4973.         becomes a problem (for example if you are running out of disk space),
  4974.         you can easily correct it.
  4975.  
  4976.           On the >Main Menu< and the >Compress Database< screen, there is a
  4977.         listing for ``Number of moved references'' or ``Number of relocated
  4978.         references''. This number tells you how many of your references are
  4979.         (partially) duplicated in your database. You can use the >Compress
  4980.         Database< function to get rid of these extra references.
  4981.  
  4982.           The upper left quadrant of the screen displays some useful
  4983.         information. ``Reference file'' and ``Ref Key file'' refer to the
  4984.         names of your database files currently in use. The total number of
  4985.         references in your database, as well as the number of moved
  4986.         (relocated) references is also listed. If the number of moved
  4987.         references is zero, there is no point in compressing your database
  4988.         (but it won't hurt if you do).
  4989.  
  4990.           >> Insufficient Disk Space. JEPRS will tell you whether there is
  4991.         sufficient disk space to compress your database. That's because JEPRS
  4992.         needs to create a temporary file that is as big as your current
  4993.         database. JEPRS is smart enough to check for disk space before
  4994.         starting the compression. If there is not enough space on the current
  4995.         default drive, JEPRS will ask you to insert a new disk and/or specify
  4996.         a new drive name. If you have a two-floppy drive system, you can
  4997.         replace your JEPRS program disk with a new floppy; just don't replace
  4998.         your data disk, because obviously JEPRS will need access to it!  For
  4999.         example, if you have the JEPRS.Exe on drive A: and your database
  5000.         (Ref1.JPR & Ref1.JPK) on drive B:, then when JEPRS tells you there's
  5001.         insufficient space, replace your A: disk with a fresh floppy, then
  5002.         enter [A] when JEPRS asks you for a new disk drive name. Warning!: If
  5003.         you are using floppy disks, do not replace your disk until JEPRS tells
  5004.         you to. Just enter the one letter drive name and press [Enter] after
  5005.         replacing your disk. If you do not have sufficient disk space
  5006.         anywhere, just press [Esc]. (Once the compression is over, replace
  5007.         your floppy in drive A: with your JEPRS.Exe disk.)
  5008.  
  5009.  
  5010.  
  5011.  
  5012.  
  5013.  
  5014.  
  5015.  
  5016.  
  5017.  
  5018.  
  5019.  
  5020.  
  5021.  
  5022.                                                   JEPRS User's Guide, page 77
  5023.  
  5024.         >>>>>   Starting File Compression   <<<<<
  5025.           Just press [G]o to start the database compression. As JEPRS is
  5026.         doing its stuff, you'll see ``Number of references processed'' being
  5027.         incremented for each reference that JEPRS is copying to the fresh
  5028.         database. You will also see a warning in the ``Messages'' window. You
  5029.         must obey that message. That is, do not attempt to turn off your
  5030.         computer while JEPRS is compressing your database. Just like
  5031.         everywhere else in JEPRS, if you need to abandon program execution,
  5032.         just press the [Esc] key. If you do press [Esc], then you will be
  5033.         asked to confirm your decision: press [Y]es to stop compression, or
  5034.         any other key to continue.
  5035.  
  5036.           When JEPRS is done with the first part of compression, it will
  5037.         display a message saying that it is copying the new database to your
  5038.         current database's directory. When everything has been completed
  5039.         successfully, JEPRS will display the following message:
  5040.             Compression successful.
  5041.             Press any key to continue.
  5042.  
  5043.  
  5044.  
  5045.  
  5046.  
  5047.  
  5048.  
  5049.  
  5050.  
  5051.  
  5052.  
  5053.  
  5054.  
  5055.  
  5056.  
  5057.  
  5058.  
  5059.  
  5060.  
  5061.  
  5062.  
  5063.  
  5064.  
  5065.  
  5066.  
  5067.  
  5068.  
  5069.  
  5070.  
  5071.  
  5072.  
  5073.  
  5074.  
  5075.  
  5076.  
  5077.  
  5078.  
  5079.  
  5080.  
  5081.  
  5082.  
  5083.  
  5084.  
  5085.  
  5086.  
  5087.  
  5088.         JEPRS User's Guide, page 78
  5089.  
  5090.  
  5091.  
  5092.                        C  H  A  P  T  E  R     T  W  E  L  V  E
  5093.                                       _________
  5094.  
  5095.                               Format Styles: A Tutorial
  5096.  
  5097.  
  5098.  
  5099.  
  5100.  
  5101.                          ####################################
  5102.  
  5103.           One of JEPRS' most powerful features is its ability to let you
  5104.         define 30 Format styles and use these to format the output from your
  5105.         database. Recall that you can define different output styles for
  5106.         Journal, Book, and Abstract citation types: JEPRS automatically checks
  5107.         each reference to see whether it was defined by you to be a journal,
  5108.         book, or abstract, before choosing which format to output.
  5109.  
  5110.                         #####################################
  5111.  
  5112.           To modify a Format style, start up JEPRS and go to the >Main Menu<.
  5113.         Press [F2] to go to the >Global Defaults Menu<, then choose
  5114.         [D]efaults/[J]ournal definitions. This will bring up a selection menu
  5115.         for the Format styles; use the arrow keys and [PgUp] and [PgDn] to
  5116.         highlight the style you wish to edit, then press [Enter] to make your
  5117.         selection.
  5118.  
  5119.           You should now be at the >Global Defaults: Journal Definition<
  5120.         screen. Here is where you can enter the codes for formatting
  5121.         references. Review the chapter on Global Defaults to remind yourself
  5122.         what each of the codes means. A summary of each code's meaning is
  5123.         displayed at the bottom of the screen.
  5124.  
  5125.           Modifying Format Styles is very straightforward, once you get the
  5126.         hang of it. So let me first give you an example of a typical entry.
  5127.  
  5128.           Note: If you are reading this as the laser-printed documentation
  5129.         provided to registered users, then the underlining, italics, etc.,
  5130.         will appear on paper just as they would with JEPRS output. However, if
  5131.         you are reading this from the JEPRS.Doc file supplied with the
  5132.         program, then all of the text in the examples will appear normal and
  5133.         it won't be of much help. As an alternative, you can try printing out
  5134.         some examples using the Format styles provided in the program, or you
  5135.         can register with the author and be provided with the original laser-
  5136.         printed documents.
  5137.  
  5138.           The best way to enter a new Format Style is to first find an
  5139.         example of a reference with the most information. For example, for a
  5140.         book format, find out what is required for formatting the book title,
  5141.         chapter title, publisher, editor, volume, pages, and year. Let's say
  5142.         you are entering a new formatting style that when printed out should
  5143.  
  5144.  
  5145.  
  5146.  
  5147.  
  5148.  
  5149.  
  5150.  
  5151.  
  5152.  
  5153.  
  5154.                                                   JEPRS User's Guide, page 79
  5155.  
  5156.         look like this:
  5157.  
  5158.  
  5159.         ===================================================================
  5160.                                   Sample Reference:
  5161.  
  5162.         1. Miranda, LM, Lin, VK, and Wright, WE. (1989)  Cloning and
  5163.         expression of Myogenin: A gene that can direct vertebrate myogenesis.
  5164.         In: Proceedings of the Southwestern Developmental Biology Symposium.
  5165.         (John Jones, Ed.)  Alan R. Liss, Inc., 7:34.
  5166.         ===================================================================
  5167.  
  5168.  
  5169.  
  5170.           We'll do this step by step.
  5171.  
  5172.         1. The first thing that JEPRS expects in the formatting instructions
  5173.           is the text that connects the last two authors; in this case it's
  5174.           ``and '' (don't forget the space), so that so far your format is:
  5175.         and 
  5176.  
  5177.         2. Once the `connector word' is specified, everything else is
  5178.           sequential; that is, you start at the beginning of the citation and
  5179.           specify, character by character, the text and fields/codes to be
  5180.           printed. In our example, the first item printed is a number; each
  5181.           reference will be numbered sequentially (regardless of their
  5182.           original numbers in the database). This requires the use of JEPRS'
  5183.           \# code, so now your definition looks like this:
  5184.         and \#
  5185.  
  5186.         3. As I said, you build up your Format Style character by charcter
  5187.           and code by code. Therefore, since in our example the number is
  5188.           followed by a period and a space, that is what your format should
  5189.           look like:
  5190.         and \#. 
  5191.  
  5192.         4. After those spaces comes the authors. But here you have to make a
  5193.           choice among four possible codes: \F, \L, \1, and \A. Since in this
  5194.           case every author is listed last name first, the code is \L. Since
  5195.           the authors are not italicized or underlined or anything else, then
  5196.           just add this author code to the end of the current definition:
  5197.         and \#. \L
  5198.  
  5199.         5. The authors are followed by a period, two spaces, and then the
  5200.           year in parentheses. Since the year code is \Y, your definition now
  5201.           looks like this:
  5202.         and \#. \L. (\Y)
  5203.  
  5204.         6. Next comes two spaces and the title, which is in italics. The
  5205.           title code is \T and the italics code is \~. Since italics codes
  5206.           are toggles, you must put one code before the title, and one after:
  5207.         and \#. \L. (\Y)  \~\T\~
  5208.  
  5209.  
  5210.  
  5211.  
  5212.  
  5213.  
  5214.  
  5215.  
  5216.  
  5217.  
  5218.  
  5219.  
  5220.         JEPRS User's Guide, page 80
  5221.  
  5222.         7. Following that comes the text ``In:'' and the journal/book name
  5223.           (and a period) which is underlined. The journal code is \J and the
  5224.           underline toggle code is \_, so now you have:
  5225.         and \#. \L. (\Y)  \~\T\~  In:  \_\J.\_
  5226.  
  5227.         8. Now comes the editor, in parentheses with ``, Ed.'' appended to
  5228.           it. This would look like:
  5229.         and \#. \L. (\Y)  \~\T\~  In:  \_\J.\_  (\E, Ed.)
  5230.  
  5231.         9. After the editor comes the publisher (\Pu):
  5232.         and \#. \L. (\Y)  \~\T\~  In:  \_\J.\_  (\E, Ed.)  \Pu
  5233.  
  5234.         10. Soon to follow is a comma, a space, and the volume which is in
  5235.           bold face. The volume code is \V and the boldface toggle is \B,
  5236.           yielding:
  5237.         and \#. \L. (\Y)  \~\T\~  In:  \_\J.\_  (\E, Ed.)  \Pu, \B\V\B
  5238.  
  5239.         11. Immediately following the volume is a colon, the page number, and
  5240.           a period to end it. Since the page code is \Pa, you now have:
  5241.         and \#. \L. (\Y)  \~\T\~  In:  \_\J.\_  (\E, Ed.)  \Pu, \B\V\B:\Pa.
  5242.  
  5243.         12. Of course you always want to end each reference citation with a
  5244.           carriage return so the next one starts on the following line. To do
  5245.           this, add a new-line code \/ (that's a backslash followed by a
  5246.           forward slash, not a capital `V'). If you want a blank line between
  5247.           citations, add another new-line, so now it looks like this:
  5248.         and \#. \L. (\Y)  \~\T\~  In:  \_\J.\_  (\E, Ed.)  \Pu,
  5249.         \B\V\B:\Pa.\/\/
  5250.  
  5251.           So now you're done, right? Well, not quite. There is one other
  5252.         thing you might want to consider. Some books might not have chapter
  5253.         titles or an editor or a volume number. If JEPRS tried to format these
  5254.         books with the format style given above, it would look like Figure 2.
  5255.  
  5256.  
  5257.         ===================================================================
  5258.                                  Sample Reference #2:
  5259.  
  5260.         2. Miranda, LM, and Wright, WE. (1999)   In: Muscle differentiation
  5261.         and you!  (,Ed.)  Smith Books, Inc.,  :234.
  5262.         ===================================================================
  5263.  
  5264.  
  5265.  
  5266.  
  5267.           That looks quite unprofessional. But JEPRS can get around this with
  5268.         its ``optional inclusion'' codes. Anything within these codes is not
  5269.         printed if the field also within these codes is empty. Since the
  5270.         Title, Editor, and Volume fields above are empty, you could specify
  5271.         optional inclusion codes around their text to prevent it from printing
  5272.         out (of course, if those fields do have text in them, they will print
  5273.         out normally). Here is how I would modify our sample format using
  5274.         optional inclusion codes (\< and \>):
  5275.  
  5276.  
  5277.  
  5278.  
  5279.  
  5280.  
  5281.  
  5282.  
  5283.  
  5284.  
  5285.  
  5286.                                                   JEPRS User's Guide, page 81
  5287.  
  5288.         and \#. \L. (\Y)\<  \~\T\~  In:\>  \_\J.\_\<  (\E, Ed.)\>  \Pu,
  5289.         \<\B\V\B:\>\Pa.
  5290.  
  5291.           As I've modified it, those codes tell JEPRS not to print ``  \~\T\~ 
  5292.         In:'' if there is no Title; not to print ``  (\E, Ed.)'' if there is
  5293.         no Editor; and not to print ``\B\V\B:'' if there is no volume.
  5294.         Therefore, our sample would be printed like Figure 3.
  5295.  
  5296.  
  5297.         ===================================================================
  5298.                                  Sample Reference #3:
  5299.  
  5300.         2. Miranda, LM, and Wright, WE. (1999)  Muscle differentiation and
  5301.         you!  Smith Books, Inc., 234.
  5302.         ===================================================================
  5303.  
  5304.  
  5305.  
  5306.  
  5307.           Now that's much better. There are some things you should consider
  5308.         when using optional inclusion codes:
  5309.  
  5310.             Only one field can be included in the optional inclusion; in
  5311.         other words, ``\<  In: \J \>'' is legal, but then ``\< \T  In: \J \>''
  5312.         is illegal because it includes both the Title and Journal fields.
  5313.  
  5314.             You won't need them around every field, since I doubt you'll ever
  5315.         come across a reference with no authors or no title.
  5316.  
  5317.             The total number of characters within an optional inclusion
  5318.         cannot exceed 40 characters.
  5319.  
  5320.           That's it for the Format Style codes. If you have a format that you
  5321.         can't seem to get to work, send me a copy and I'll see if I can help
  5322.         you. The one major journal that is not amenable to this kind of
  5323.         formatting is Science, which has both footnotes and multiple
  5324.         references in its bibliography. My recommendation for that case is to
  5325.         use JEPRS to send the formatted references to an Output Word Processor
  5326.         File, then retrieve this into your word processor and modify it there.
  5327.  
  5328.  
  5329.         ===================================================================
  5330.                             *****  ADVANCED TOPIC:  *****
  5331.                              Printer Codes in References
  5332.  
  5333.           Here's something to keep in mind regarding formatting codes:
  5334.  
  5335.           Because JEPRS evaluates these codes as it runs (rather like a
  5336.         language interpreter) there is nothing preventing you from entering
  5337.         these codes into your references. For example, if some of your
  5338.         references discuss something about the ``c-myc oncogene'' then instead
  5339.         of having just ``c-myc oncogene'' as a keyword, you can have ``c-
  5340.         \~myc\~ oncogene'' as a keyword. Then it will print out like this: 
  5341.  
  5342.  
  5343.  
  5344.  
  5345.  
  5346.  
  5347.  
  5348.  
  5349.  
  5350.  
  5351.  
  5352.         JEPRS User's Guide, page 82
  5353.  
  5354.         ``c-myc oncogene''.
  5355.  
  5356.           There is a definite advantage to this: in addition to esthetics, it
  5357.         can make your searches more specific. For example, if you search for
  5358.         ``myc'' you will find references both to ``c-myc'' as well as ``myco-
  5359.         plasma'', whereas if you search for ``\~myc\~'', you will only find
  5360.         what you want:  ``c-\~myc\~''.
  5361.         ===================================================================
  5362.  
  5363.  
  5364.  
  5365.  
  5366.           See the Advanced Topic for information on using formatting codes in
  5367.         your references.
  5368.  
  5369.  
  5370.                                     **************
  5371.                                 Comma-Delimited Output
  5372.                                       **********
  5373.           JEPRS has the ability to format your output in `comma-delimited'
  5374.         form. This format can be used by many standard database systems (such
  5375.         as dBase, Excel, and Paradox) as a method of input. This feature thus
  5376.         allows you to output to a comma-delimited file so that you can import
  5377.         it into your favorite database. This is useful if a colleague of yours
  5378.         doesn't use JEPRS: it provides compatibility between the two systems.
  5379.         It also gives you an ``escape hatch'': if, in the future, you decide
  5380.         to use a reference management program other than JEPRS, then all your
  5381.         work isn't put to waste-you can just use comma-delimited output to
  5382.         convert your JEPRS database into the new database program's system.
  5383.  
  5384.  
  5385.         ===================================================================
  5386.                              Sample Comma-Delimited File:
  5387.  
  5388.         "1","Wright WE","Myogenesis","Cell","44:1","1997"
  5389.         "2","Jones RR","Anatomy","Science","2345:33","1996"
  5390.         "3","Doe J","The Cell","Nature","9932:423","1997"
  5391.         ===================================================================
  5392.  
  5393.  
  5394.  
  5395.  
  5396.           Comma-delimited is generally defined as the following:
  5397.  
  5398.             Each text field is surround by double quote marks and separated
  5399.         by commas.
  5400.  
  5401.             Each record (that is, each reference) is on one separate but
  5402.         adjacent lines. 
  5403.  
  5404.           A very simple example can be seen in Figure 4.
  5405.  
  5406.  
  5407.  
  5408.  
  5409.  
  5410.  
  5411.  
  5412.  
  5413.  
  5414.  
  5415.  
  5416.  
  5417.  
  5418.                                                   JEPRS User's Guide, page 83
  5419.  
  5420.         >>>>>   Requirements for Comma-delimited Output   <<<<<
  5421.           Making a comma-delimited output file requires two major steps:
  5422.  
  5423.           1. Creating a printer definition in which all the text fields are
  5424.         empty, and all the numeric fields are zero (0). Note: By setting the
  5425.         ``Characters per line'' field in the Printer Definition to zero, you
  5426.         are really telling JEPRS to set it to infinity.
  5427.  
  5428.           2. Creating a Format style in which you enter the codes for how you
  5429.         want your fields output. As just described, your Format style
  5430.         definition must have each field enclosed in double quotes and
  5431.         separated by commas.
  5432.  
  5433.  
  5434.  
  5435.         >>>>>   A Sample Format Style   <<<<<
  5436.           Here is a sample Format style for comma-delimited output (note that
  5437.         there is just a space as the `connector word' at the beginning of the
  5438.         definition):
  5439.  
  5440.          "\#","\A","\T","\J","\V","\Pa","\Y",
  5441.         "\Pu","\E","\K"\/
  5442.  
  5443.         (Don't forget the \/ at the end of the definition, so that each record
  5444.         is placed on a different line.)  This is just a sample of a Format
  5445.         style for comma-delimited output. You can arrange the fields in any
  5446.         order you like, and you can even exclude specific fields if you like.
  5447.  
  5448.           JEPRS provides you with 4 options for outputting the authors:  \A,
  5449.         \F, \L, and \1. However, \F, \L, and \1 all add extraneous commas that
  5450.         are great for bibliographies, but wreak havoc on programs trying to
  5451.         import references in comma-delimited form. Therefore, I recommend you
  5452.         use only \A to specify the authors field in formatted output for
  5453.         comma-delimited.
  5454.  
  5455.           There is a [D]efault on the >Format Menu< that allows you to
  5456.         specify a replacement character for the double quote character if it
  5457.         appears in your references. This will avoid a problem such as a
  5458.         reference that contains the keyword Open reading frame/"ORF". If you
  5459.         tried outputting this as comma delimited, then JEPRS would produce
  5460.         output as follows:
  5461.                               "Open reading frame/"ORF""
  5462.         which, I can assure you, will mess up your database program's
  5463.         importing. That's because it will look at that line and think the
  5464.         keyword is "Open reading frame/" and it will probably just discard the
  5465.         "ORF"". Therefore, if you use the Replace " with... Default on the
  5466.         >Format Menu<, then you can substitute a single quote character for
  5467.         the double quote character.
  5468.  
  5469.  
  5470.  
  5471.  
  5472.  
  5473.  
  5474.  
  5475.  
  5476.  
  5477.  
  5478.  
  5479.  
  5480.  
  5481.  
  5482.  
  5483.  
  5484.         JEPRS User's Guide, page 84
  5485.  
  5486.  
  5487.  
  5488.                     C  H  A  P  T  E  R     T  H  I  R  T  E  E  N
  5489.                                       _________
  5490.  
  5491.                            Printer Definitions: A Tutorial
  5492.  
  5493.  
  5494.  
  5495.  
  5496.  
  5497.                          ####################################
  5498.  
  5499.           This tutorial will give you instructions on how to create or modify
  5500.         a printer definition for your printer. This is a topic that many
  5501.         novices find intimidating, but I'll try to show you that it can be
  5502.         very easy to do. Just have a copy of your printer manual handy, and
  5503.         follow the step by step instructions here. If you plan on sending all
  5504.         your output to a WordPerfect 5.x or PC-Write 3.0 file, you do not need
  5505.         to define a printer definition.
  5506.  
  5507.                         #####################################
  5508.  
  5509.           Keep in mind that JEPRS allows you to define up to 5 printer
  5510.         definitions in your Config file. Why would anyone have five printers?
  5511.         There are in fact several scenarios where more than one printer
  5512.         definition would be useful:
  5513.  
  5514.             You have one type of printer at home, and another type of printer
  5515.         at work. For example, you might have a laser printer at work, and a
  5516.         dot matrix at home.
  5517.  
  5518.             Your printer supports several fonts. Many dot matrix printers can
  5519.         support 10 characters per inch (cpi), 12 cpi, and 16.66 cpi. Many
  5520.         laser printers support fonts of different sizes and typestyles. You
  5521.         can use a separate JEPRS printer definition for each font.
  5522.  
  5523.  
  5524.                                     **************
  5525.                            Sample Laser Printer Definition
  5526.                                       **********
  5527.           Before continuing with a sample definition, first review the
  5528.         chapter in the User's Guide on Global Defaults, especially the section
  5529.         on Printer Definitions. That section of the chapter will explain to
  5530.         you what kinds of information JEPRS is expecting when you define a
  5531.         printer. If you read that section before continuing here, you will
  5532.         have a much better understanding of how to modify the printer
  5533.         definitions to suit your particular needs.
  5534.  
  5535.           Edit the printer definition at the screen entitled ``>JEPRS Global
  5536.         Defaults: Modify Printer Formats<''. You get there from the >Main
  5537.         Menu< by pressing [F2] to go to the >Global Defaults Menu<; then
  5538.         select [D]efaults/[P]rinter Definitions. Then select one of the
  5539.  
  5540.  
  5541.  
  5542.  
  5543.  
  5544.  
  5545.  
  5546.  
  5547.  
  5548.  
  5549.  
  5550.                                                   JEPRS User's Guide, page 85
  5551.  
  5552.         printer definitions to modify.
  5553.  
  5554.           The sample we will create is a printer definition for a Hewlett-
  5555.         Packard LaserJet IIP printer. Of course, for your own printer, you
  5556.         would substitute the names and commands present in your printer manual
  5557.         for the commands we're entering here. This tutorial will provide you
  5558.         with the basis for understanding which codes to enter, and how to
  5559.         enter them.
  5560.  
  5561.           When you first get to this menu, the cursor is placed after
  5562.         ``Printer Name:''. At this point, enter the name you want to appear on
  5563.         the JEPRS menu for selecting printers. In other words, enter a short
  5564.         descriptive name, such as your printer and font. In this example, I
  5565.         will be creating a definition for an HP LaserJet IIP with a 12 pitch
  5566.         (that is, 12 characters per inch) Courier font; therefore, enter:
  5567.                           HP LaserJet IIP, 12 pitch Courier
  5568.  
  5569.           Now press [Tab] to get to the next fields. The information JEPRS
  5570.         wants here is the ``Printer Initialization Code.''  This is the
  5571.         sequence of codes JEPRS sends to your printer at the beginning of
  5572.         printer output from the >Format Menu<. What kinds of codes would you
  5573.         want here? This is where you would tell your printer the font you want
  5574.         to use, specifying the point size, typestyle, and/or pitch. For
  5575.         example, on a dot matrix printer, you might want to specify printing
  5576.         at 16 characters per inch (compressed type). In my example, I'm going
  5577.         to tell the LaserJet to print in a Courier typestyle, 10 point (size),
  5578.         12 pitch (12 char/inch), 8 lines of text per vertical inch, and 88
  5579.         lines per page.
  5580.  
  5581.           To do that, now get out the printer's reference manual. In the back
  5582.         it probably lists all the codes for everything you want it to do. For
  5583.         example, the LaserJet IIP manual says this is the code to enter for 12
  5584.         pitch spacing:
  5585.                                     <Esc>(s12.00H
  5586.  
  5587.         where <Esc> refers to the <Esc> character (ASCII char #27). Likewise,
  5588.         the HP manual shows that the following codes are for 10 point size,
  5589.         Courier typeface, 8 lines per vertical inch spacing, and 88 lines per
  5590.         page, respectively:
  5591.             <Esc>(s10.0V
  5592.             <Esc>(s3T
  5593.             <Esc>&l8D
  5594.             <Esc>&l88P
  5595.  
  5596.         OK, it was easy enough finding the printer codes, but now how do you
  5597.         enter them into JEPRS? Don't worry-that's also very easy.
  5598.  
  5599.  
  5600.  
  5601.         >>>>>   Entering Special Codes   <<<<<
  5602.           For most of the codes, you just type in the code at your keyboard.
  5603.         But some special codes require an extra step. For example, if you
  5604.         tried entering the <Esc> code by pressing the [Esc] key at your
  5605.  
  5606.  
  5607.  
  5608.  
  5609.  
  5610.  
  5611.  
  5612.  
  5613.  
  5614.  
  5615.  
  5616.         JEPRS User's Guide, page 86
  5617.  
  5618.         keyboard, JEPRS would interpret this as you asking to go to the menu
  5619.         at the top of screen (notice that at the bottom of JEPRS' screen it
  5620.         says ``[Esc]=Menu''). So how do you enter a special code like <Esc>?
  5621.         Easy: just press [^P] before pressing the [Esc] key. That is, hold
  5622.         down the key marked [Ctrl] and tap the [P] key once. You won't see
  5623.         anything on the screen, but then you can press the [Esc] key, and
  5624.         JEPRS will now interpret that as an <Esc> character, rather than the
  5625.         JEPRS command to return to the menu. (IBM-compatible computers show an
  5626.         <Esc> on the screen as an arrow pointing left.)
  5627.  
  5628.  
  5629.         ===================================================================
  5630.                             *****  ADVANCED TOPIC:  *****
  5631.                                  Entering ASCII Codes
  5632.  
  5633.           There is another way to enter special codes, if you know their
  5634.         ASCII value. ASCII (pronounced ``As-key'') is the American Standard
  5635.         Code for Information Interchange. It is simply a standard code so that
  5636.         different computers can talk to each other. In this code, every letter
  5637.         and digit has a code. For example the code for the letter `A' is 65,
  5638.         the code for `B' is 66, and so on. In a similar manner, the <Esc>
  5639.         character has a code of 27. Most printer manuals have an ASCII table
  5640.         at the back. You can use this information to enter the <Esc> character
  5641.         without pressing the [Esc] key. Just as before, press [^P] before
  5642.         entering the code for <Esc>, but this time instead of pressing the
  5643.         [Esc] key, hold down the [Alt] key and enter the ASCII code on the
  5644.         number pad on the right side of your keyboard. That is, to enter the
  5645.         code for <Esc> (which is 27), hold down the [Alt] key and press [2]
  5646.         and then [7], and then let go of the [Alt] key.
  5647.         ===================================================================
  5648.  
  5649.  
  5650.  
  5651.  
  5652.  
  5653.  
  5654.         >>>>>   Back to the Example . . .   <<<<<
  5655.           Now that you know how to enter special codes, entering the printer
  5656.         codes for the LaserJet IIP is easy. Since I want to have 12 pitch, 10
  5657.         point, Courier type at 8 lines per inch, 88 lines per page, I need to
  5658.         enter the code
  5659.         <Esc>(s12.00H<Esc>(s10.0V<Esc>(s3T<Esc>&l8D<Esc>&l88P
  5660.  
  5661.         into JEPRS' ``Printer Initialization Code''. So press [^P] and then
  5662.         [Esc] to enter the <Esc> character, then type in ``(s12.00H'', then
  5663.         [^P] and [Esc] and type ``(s10.0V'', then [^P] and [Esc] and type
  5664.         ``(s3T'', then [^P] and [Esc] and type ``&l8D'', then [^P] and [Esc]
  5665.         and type ``&l88P'', and press [Enter].
  5666.  
  5667.           The next field JEPRS asks for is the ``Printer Reset Code''. This
  5668.         code is sent by JEPRS to your printer whenever you have finished
  5669.         printing from the >Format Menu<. What kind of codes would you want to
  5670.         send?  Probably the only thing you want to send is a ``reset'' code
  5671.  
  5672.  
  5673.  
  5674.  
  5675.  
  5676.  
  5677.  
  5678.  
  5679.  
  5680.  
  5681.  
  5682.                                                   JEPRS User's Guide, page 87
  5683.  
  5684.         which will return your printer to its default settings. For the HP
  5685.         LaserJet series, this code is
  5686.                                         <Esc>E
  5687.  
  5688.         so I would enter that as [^P] then [Esc] and then type ``E'' and press
  5689.         [Enter].
  5690.  
  5691.           The next field is ``Title''. This is where you enter text that
  5692.         JEPRS will print on the top of the first page of output from the
  5693.         >Format Menu<. You might want to enter something like ``Bibliography''
  5694.         here. JEPRS does not automatically center this text. So you might want
  5695.         to add a few <Tab>s to get the text centered. But-Ooops!-you can't
  5696.         enter a <Tab> directly, because JEPRS considers it a special code,
  5697.         just like the <Esc> character. To enter a <Tab>, you must first press
  5698.         [^P] to enter a special character, and then press the [Tab] key.
  5699.         Repeat this for as many <Tab>s as necessary. On an IBM or compatible
  5700.         PC, the <Tab> character looks like a small circle.
  5701.  
  5702.           The next field is the ``Header''. Here is where you enter text that
  5703.         you want printed on the top of each page that JEPRS sends to the
  5704.         printer at the >Format Menu<. You might want to enter something like
  5705.         ``JEPRS Output from Ref1.JPR on 15 Dec 1990, page \P''. Remember, if
  5706.         you include the `\P' page code here, then JEPRS will automatically
  5707.         insert page numbers in the Header.
  5708.  
  5709.           ``Left margin'' is the next field. You can enter how many spaces
  5710.         you want JEPRS to skip before printing text on a line. In my example,
  5711.         I'm using a 12-pitch font so to get a 1-inch left margin, I will enter
  5712.         ``12'' in this field.
  5713.  
  5714.           Next comes ``Characters per line''. Again, using the example of a
  5715.         12-pitch font, I want 78 characters per line (that's because the paper
  5716.         width is 8.5 inches, there are 12 characters per inch, and I want 1-
  5717.         inch left and right margins, so that's:  8.5 - 1 - 1 = 6.5 x 12 cpi =
  5718.         78). So I will enter ``78'' here.
  5719.  
  5720.           ``Pause after each page'' is usually [N]o. The only time you want
  5721.         to set this to [Y]es is if you have to feed each sheet of paper to the
  5722.         printer by hand. If [Y]es, then after JEPRS prints each page, it
  5723.         pauses and asks you to press any key to continue. I will enter [N]o
  5724.         here.
  5725.  
  5726.           The next thing JEPRS wants you to enter is ``Top Margin''. This
  5727.         tells JEPRS how many lines to skip at the top of each page. I will
  5728.         enter ``5'' here to give a 1-inch top margin (that's because JEPRS
  5729.         adds 3 lines to the top margin for the Header and the Title, so the
  5730.         total is really 8 lines; and remember that I have previously set the
  5731.         vertical line spacing to 8 lines/inch, so this will give me a 1-inch
  5732.         top margin).
  5733.  
  5734.           ``Lines per page'' tells JEPRS how many lines to send to the
  5735.         printer before sending a <Form-Feed> character (the <Form-Feed>
  5736.         character tells the printer to eject the current page). I'm using 11-
  5737.  
  5738.  
  5739.  
  5740.  
  5741.  
  5742.  
  5743.  
  5744.  
  5745.  
  5746.  
  5747.  
  5748.         JEPRS User's Guide, page 88
  5749.  
  5750.         inch long paper, and (remember) using 8 lines of characters per
  5751.         vertical inch, so that gives me a total of 88 lines. But I'm also
  5752.         leaving a 1-inch top margin, and I want to leave a 1-inch bottom
  5753.         margin, so the number I'll enter is ``72''. (This Lines Per Page is
  5754.         not the same as the printer's own Lines Per Page; that is, in the
  5755.         initialization codes I entered 88 Lines Per Page for the printer [for
  5756.         letter size paper], but I entered only 72 Lines per page here, so that
  5757.         JEPRS will actually print 72 lines per page.)
  5758.  
  5759.           The last of the short-answer questions is ``Form feed last page''.
  5760.         When JEPRS is done printing, and fewer than the ``Lines per page''
  5761.         number of lines has been sent to the printer, JEPRS doesn't
  5762.         automatically send a <Form-Feed> to the printer. This is OK with dot-
  5763.         matrix printers, since you can just pull out the last page yourself.
  5764.         But if you have a laser printer, the last page will be stored in the
  5765.         printer's memory, but won't actually be printed until it gets a <Form-
  5766.         Feed> character (that's why if you use the [PrtScr] key with a laser
  5767.         printer, it doesn't seem to print right away). Therefore, I recommend
  5768.         you set this to [Y]es if you have a laser printer. In that case I'll
  5769.         set the example printer definition to [Y]es since it's a LaserJet IIP.
  5770.  
  5771.           The next group of fields is the character attribute fields. These
  5772.         fields allow you to enter codes for boldfacing, underlining,
  5773.         italicizing, superscripting, and subscripting portions of your
  5774.         references. Just enter the codes your printer requires for each of
  5775.         these attributes.
  5776.  
  5777.           For our example, the LaserJet IIP printer, the codes are as
  5778.         follows:
  5779.  
  5780.         [Attribute]             [On Code]              [Off Code]
  5781.  
  5782.  
  5783.         Underline               <Esc>&d3D              <Esc>&d@
  5784.         Boldface                <Esc>(s3B              <Esc>(s0B
  5785.  
  5786.         Italic                  <Esc>(s1S              <Esc>(s0S
  5787.  
  5788.  
  5789.  
  5790.         Two things to note: First, the <Esc> character above is entered by
  5791.         pressing [^P] before pressing [Esc]. And, second, the LaserJets have
  5792.         no built-in ability to handle super- and sub-scripts, so I have left
  5793.         those fields blank on purpose.
  5794.  
  5795.           The last field entry is for ``Comments''. JEPRS ignores what you
  5796.         enter here; it is for your use only. You would probably just enter a
  5797.         short description of all your commands. In the example, I will enter:
  5798.         Courier: 12 pitch, 10 point font at 8 lines per vertical inch, 88
  5799.         lines per page.
  5800.  
  5801.  
  5802.  
  5803.  
  5804.  
  5805.  
  5806.  
  5807.  
  5808.  
  5809.  
  5810.  
  5811.  
  5812.  
  5813.  
  5814.                                                   JEPRS User's Guide, page 89
  5815.  
  5816.                                     **************
  5817.                                   Dot Matrix Example
  5818.                                       **********
  5819.           Now let me give you some examples from a dot matrix printer manual.
  5820.         One very popular series of printers is Panasonic's KXP . . . series.
  5821.         In the back of the KXP-1080 printer manual, I looked up the code for
  5822.         `Font Selection:  Selects NLQ or Draft Font'. The manual states that
  5823.         NLQ (Near Letter Quality) text is selected by using the command:
  5824.                          ESC+x+n    where n=1,49,129, or 177
  5825.  
  5826.         The way that I have been representing codes, that would look like this
  5827.         in JEPRS:
  5828.                                       <Esc>x[1]
  5829.  
  5830.         where <Esc> is entered by first pressing [^P] and then pressing [Esc],
  5831.         `x' is entered just by pressing the [x] key on your keyboard, and [1]
  5832.         is entered by first pressing [^P] and then holding down [Alt],
  5833.         pressing [1] on the numeric keypad (not the [1] on the top row of the
  5834.         keyboard), and then letting go of the [Alt] key. (The [1] is the ASCII
  5835.         code 1, which appears as a `smiley face' on IBM compatibles.)
  5836.  
  5837.           Likewise, the Panasonic manual states that to turn on Draft
  5838.         Printing Mode, use the command:
  5839.                          ESC+x+m    where m=0,48,128, or 176
  5840.  
  5841.         In my own nomenclature, that code would look like this in JEPRS:
  5842.                                       <Esc>x[48]
  5843.  
  5844.         where <Esc> is entered as a special code, and [48] is entered as an
  5845.         ASCII code.
  5846.  
  5847.           Warning! Panasonic gives you the option of entering the ASCII codes
  5848.         [0], [48], [128], or [176] in the Draft Printing Mode example above;
  5849.         however, I entered [48] instead of [0]. That's because JEPRS can't
  5850.         send the ASCII code for [0] to your printer. So if your printer manual
  5851.         gives you an option of sending something instead of ASCII [0], use any
  5852.         of the other choices, but don't use [0].
  5853.  
  5854.  
  5855.  
  5856.  
  5857.  
  5858.  
  5859.  
  5860.  
  5861.  
  5862.  
  5863.  
  5864.  
  5865.  
  5866.  
  5867.  
  5868.  
  5869.  
  5870.  
  5871.  
  5872.  
  5873.  
  5874.  
  5875.  
  5876.  
  5877.  
  5878.  
  5879.  
  5880.         JEPRS User's Guide, page 90
  5881.  
  5882.  
  5883.  
  5884.                           A  P  P  E  N  D  I  X     O  N  E
  5885.                                       _________
  5886.  
  5887.                                      JEPRS' Files
  5888.  
  5889.  
  5890.  
  5891.  
  5892.  
  5893.                          ####################################
  5894.  
  5895.           All of the major file types that JEPRS uses are listed on the top
  5896.         left portion of the >Main Menu< screen. If you've read through the
  5897.         tutorial chapter in the User's Guide, then you should be at least
  5898.         vaguely familiar with the names of each of these files. You can change
  5899.         the names of any of these files at the >Global Defaults Menu<. Here is
  5900.         a complete description of their functions and uses.
  5901.  
  5902.                         #####################################
  5903.  
  5904.  
  5905.  
  5906.  
  5907.         >>>>>   Reference File   <<<<<
  5908.           The reference file is the main database file that JEPRS uses to
  5909.         store the references you enter using the program. This file (which has
  5910.         a default name of ``Ref1.JPR'') is maintained completely by JEPRS.
  5911.         Never modify the Reference file with any program other than JEPRS!
  5912.         There is currently no other program in the world that can properly
  5913.         read or write a JEPRS database file; it is a proprietary format. For
  5914.         anyone who is interested, the file specification is available from the
  5915.         author by sending a self-addressed stamped envelope to the address on
  5916.         the order form. To provide compatibility with other programs, JEPRS
  5917.         offers MedLine and comma-delimited export capabilities.
  5918.  
  5919.  
  5920.  
  5921.         >>>>>   Ref Key File   <<<<<
  5922.           This is a matching file for the main database (Reference) file.
  5923.         JEPRS uses it to keep track of where the references are in the main
  5924.         file. You cannot access the main Reference file without this Key file.
  5925.         The Key file's default name is ``Ref1.JPK''. Do not try to modify this
  5926.         file with any program other than JEPRS-otherwise you may lose all your
  5927.         data.
  5928.  
  5929.  
  5930.  
  5931.         >>>>>   Help File   <<<<<
  5932.           This file contains all the information displayed in the Help screen
  5933.         whenever you press [F1] for help in JEPRS. The name of this file is
  5934.         ``JEPRS.Hlp''. Each Help File is specific for each version of JEPRS.
  5935.  
  5936.  
  5937.  
  5938.  
  5939.  
  5940.  
  5941.  
  5942.  
  5943.  
  5944.  
  5945.  
  5946.                                                   JEPRS User's Guide, page 91
  5947.  
  5948.         If you try to use the Help File from JEPRS Version 2.0 with Version
  5949.         2.5 of JEPRS.Exe, you will often get incorrect information.
  5950.  
  5951.  
  5952.  
  5953.  
  5954.  
  5955.         >>>>>   Text File   <<<<<
  5956.           This is a file that can be created by JEPRS. If you press the [F10]
  5957.         key when you are displaying the results of a search, or when you are
  5958.         on the >List Reference< screen, or if you specify [O]utput=[T]ext File
  5959.         on the >Search Menu<, then the text of the reference(s) will be sent
  5960.         to this Text file (default name is ``JEPRS.Txt''). Text will also be
  5961.         sent to this file if you specify [O]utput=[T]ext File on the >Format
  5962.         Menu<.
  5963.  
  5964.           Once you create this file with JEPRS, you are free to edit it in a
  5965.         word processor, or send it to your printer for printing. JEPRS will
  5966.         never have to get information from this file; it only sends text to
  5967.         it, so you are free to change it any way you wish.
  5968.  
  5969.           Printer codes for underlining, boldface, etc. are sent to this file
  5970.         only under the following conditions:  1) When you are at the >Format
  5971.         Menu< and  2) When [D]efaults/[T]ext file formatting=[Y]es (see the
  5972.         >Global Defaults Menu< to set this value).
  5973.  
  5974.  
  5975.  
  5976.         >>>>>   Number File   <<<<<
  5977.           This file (default name is ``JEPRS.Num'') can be created by JEPRS.
  5978.         If you press the [F8] key when you are displaying the results of a
  5979.         search or when you are on the >List Reference< screen, or if you
  5980.         specify [O]utput=[N]umber File on the >Search Menu<, the numbers of
  5981.         the reference(s) will be sent to this file.
  5982.  
  5983.           The Number File is a normal DOS text file, just like the Text File
  5984.         above, but instead of containing the text of the entire reference, it
  5985.         only contains the number of the reference, with each number being on a
  5986.         different line.
  5987.  
  5988.           You can create a number file yourself with a text editor (or word
  5989.         processor in DOS Text file or Non-document mode). There are a few
  5990.         simple requirements for a Number File that you must adhere to:
  5991.  
  5992.             It must be a normal ASCII text file. You can verify this by using
  5993.         the Type command at the DOS prompt:
  5994.                               C:\JEPRS>  Type JEPRS.Num
  5995.  
  5996.         If you see any foreign or graphics characters, or if the numbers
  5997.         aren't lined up on the left side, then it's probably not an ASCII
  5998.         file.
  5999.  
  6000.             Each number must be on its own line. If more than one number is
  6001.  
  6002.  
  6003.  
  6004.  
  6005.  
  6006.  
  6007.  
  6008.  
  6009.  
  6010.  
  6011.  
  6012.         JEPRS User's Guide, page 92
  6013.  
  6014.         present on a line, only the first one is used.
  6015.  
  6016.             If characters other than a space or Tab appear before a number,
  6017.         that line is treated as a comment.
  6018.  
  6019.             Comments can appear by themselves on a line, or after a number.
  6020.  
  6021.             Empty lines are treated as comments.
  6022.  
  6023.             Invalid numbers (negative numbers or numbers larger than the
  6024.         database) are ignored.
  6025.  
  6026.           An example of a legal Number File would be:
  6027.  
  6028.  
  6029.         ===================================================================
  6030.         34
  6031.         This line is a comment
  6032.         55
  6033.         3;This is a comment (the "3" is valid)
  6034.         99
  6035.         This is a comment. This is ignored: 12
  6036.         ===================================================================
  6037.  
  6038.  
  6039.  
  6040.  
  6041.           Keep in mind that Number files can be quite useful: They can be
  6042.         used as input on both the >Format Menu< and the >Export Menu<. A
  6043.         chapter in the Appendix explains some of the advantages of using a
  6044.         Number file.
  6045.  
  6046.  
  6047.  
  6048.         >>>>>   Config File   <<<<<
  6049.           The Config file (short for ``configuration file'') contains the
  6050.         Format Styles, Global (and some local) Defaults, default directory and
  6051.         file names, and Printer Definitions for JEPRS. Its default name is
  6052.         ``JEPRS.Cfg''.
  6053.  
  6054.           >> Format Styles. You can define up to 30 of your own Format Styles
  6055.         (also called journal definitions) and keep them in the Config file. To
  6056.         edit the Format Styles, go to the >Global Defaults Menu<, choose
  6057.         [D]efaults, and then [J]ournal definitions. For more information on
  6058.         editing the Format Styles, see the chapters in the User's Guide called
  6059.         Global Defaults and Format Styles: A Tutorial.
  6060.  
  6061.           >> Printer Definitions. Up to 5 Printer Definitions can also be
  6062.         stored in the Config file. Follow the instructions above for editing
  6063.         the Format Styles, except choose [P]rinter definitions. Multiple
  6064.         printer definitions are useful if, for example, you have a laser
  6065.         printer at work, and a dot matrix at home. Also, you can define each
  6066.         printer definition to use different fonts (see your printer
  6067.  
  6068.  
  6069.  
  6070.  
  6071.  
  6072.  
  6073.  
  6074.  
  6075.  
  6076.  
  6077.  
  6078.                                                   JEPRS User's Guide, page 93
  6079.  
  6080.         documentation for the codes). See the chapters on Global Defaults as
  6081.         well as Printer Definitions: A Tutorial for information on Printer
  6082.         definitions.
  6083.  
  6084.           >> File/Directory Defaults. The file names on the >Main Menu< and
  6085.         the >Global Defaults Menu< can be stored in your Config file. For
  6086.         information on saving your filenames, see the chapter on Global
  6087.         Defaults.
  6088.  
  6089.           >> Global & Local Defaults. To customize JEPRS, you can save a
  6090.         number of defaults in the Config file:
  6091.  
  6092.  
  6093.         [                                                   [Menu]
  6094.                Global/Local Default Name]
  6095.  
  6096.         Error Beep                                Global Defaults
  6097.         Text File Formatting                      Global Defaults
  6098.         Printer #                                 Global Defaults
  6099.  
  6100.         Format Style #                            Global Defaults
  6101.         Color Mode                                Global Defaults
  6102.         Colors for Formatting                     Global Defaults
  6103.         Blinking on Formatting                    Global Defaults
  6104.         WordProcessor Type                        Global Defaults
  6105.  
  6106.         Sort References                           Search Menu
  6107.         Case Sensitivity                          Search Menu
  6108.         Format Style                              Format Menu
  6109.  
  6110.         Replace " With . . .                      Format Menu
  6111.         Remove Subheadings                        Import Menu
  6112.         Edit During Import                        Import Menu
  6113.         Import Format Type                        Import Menu
  6114.  
  6115.         Remove Printer Codes                      Export Menu
  6116.         Uppercase Keywords                        Export Menu
  6117.  
  6118.  
  6119.  
  6120.  
  6121.           Whenever you modify any of the above defaults, and then go to the
  6122.         >Global Defaults Menu< and choose [D]efaults/[S]ave defaults+files,
  6123.         all of the defaults listed above are saved into your Config file.
  6124.  
  6125.  
  6126.  
  6127.         >>>>>   Word Processor Input File   <<<<<
  6128.           This is a new file type that can be used with version 2.5 of JEPRS.
  6129.         It can be used as input on the >Format Menu<. You create this file
  6130.         with either WordPerfect 5.x or PC-Write 3.0, and it includes codes
  6131.         that JEPRS can read in order to automatically generate a bibliography.
  6132.         See the Advanced Topic in the chapter Formatting References for more
  6133.  
  6134.  
  6135.  
  6136.  
  6137.  
  6138.  
  6139.  
  6140.  
  6141.  
  6142.  
  6143.  
  6144.         JEPRS User's Guide, page 94
  6145.  
  6146.         information on using the JEPRS codes. See the chapter Global Defaults
  6147.         for specifying which word processor you are using.
  6148.  
  6149.  
  6150.  
  6151.         >>>>>   Output Word Processor File   <<<<<
  6152.           This is a new file type that can be created with version 2.5 of
  6153.         JEPRS. On the >Format Menu<, you can specify [O]utput=[W]ordProcessor
  6154.         File, in which case JEPRS will send your output to this file, which
  6155.         will be compatible with either WordPerfect 5.x or PC-Write 3.0; you
  6156.         specify your word processor type on the >Global Defaults Menu<.
  6157.  
  6158.  
  6159.  
  6160.  
  6161.  
  6162.  
  6163.  
  6164.  
  6165.  
  6166.  
  6167.  
  6168.  
  6169.  
  6170.  
  6171.  
  6172.  
  6173.  
  6174.  
  6175.  
  6176.  
  6177.  
  6178.  
  6179.  
  6180.  
  6181.  
  6182.  
  6183.  
  6184.  
  6185.  
  6186.  
  6187.  
  6188.  
  6189.  
  6190.  
  6191.  
  6192.  
  6193.  
  6194.  
  6195.  
  6196.  
  6197.  
  6198.  
  6199.  
  6200.  
  6201.  
  6202.  
  6203.  
  6204.  
  6205.  
  6206.  
  6207.  
  6208.  
  6209.  
  6210.                                                   JEPRS User's Guide, page 95
  6211.  
  6212.  
  6213.  
  6214.                           A  P  P  E  N  D  I  X     T  W  O
  6215.                                       _________
  6216.  
  6217.                              Upgrading Version 1.x to 2.x
  6218.  
  6219.  
  6220.  
  6221.  
  6222.  
  6223.                          ####################################
  6224.  
  6225.           Version 1.00, 1.10, and 1.11 of JEPRS used files called Format
  6226.         files to store configuration and format style information. Starting
  6227.         with version 2.0, these files are called Config files and are
  6228.         incompatible with the version 1 files. However, a file called
  6229.         JConvert.Exe is included for registered users that will automatically
  6230.         convert your Format files to a Config file.
  6231.  
  6232.                         #####################################
  6233.  
  6234.  
  6235.                                     **************
  6236.                        Converting Format Files to a Config File
  6237.                                       **********
  6238.           Before starting the conversion of Format files to a Config file,
  6239.         you should do some preparation. That's because JConvert.Exe can use up
  6240.         to nine of your Format files to create one all-encompassing Config
  6241.         file. The number of Format files used, as well as their conversion
  6242.         results, are listed here:
  6243.  
  6244.  
  6245.         [   # of Format Files]            [Destination in Config File]
  6246.  
  6247.                     1              Directory & Filename Defaults
  6248.  
  6249.                     5              Printer Definitions
  6250.                     3              Format Styles/Journal Definitions
  6251.  
  6252.  
  6253.  
  6254.         Thus, JConvert can use up to 9 of your Format files. Of course, if you
  6255.         have fewer than nine Format files, that's OK too, since you can just
  6256.         use duplicates of your pre-existing Format files.
  6257.  
  6258.           The rest of this chapter assumes you will be creating only one
  6259.         Config file; if you wish to create several, you can do that by either
  6260.         repeating the steps in this chapter or by using DOS's Copy command to
  6261.         create duplicate Config files, and then use JEPRS to directly edit
  6262.         those Config files.
  6263.  
  6264.           Get a pen and a piece of paper. Look through your Format file(s) to
  6265.  
  6266.  
  6267.  
  6268.  
  6269.  
  6270.  
  6271.  
  6272.  
  6273.  
  6274.  
  6275.  
  6276.         JEPRS User's Guide, page 96
  6277.  
  6278.         see which one contains the directory and filename information you want
  6279.         in your Config file. Write down the name and current directory of this
  6280.         file.
  6281.  
  6282.           Now write down the names of up to 5 Format files containing your
  6283.         various printer definitions. Since JEPRS version 2.0 and above can
  6284.         support up to 5 printer definitions in one Config file, you no longer
  6285.         will need several Format files for this purpose. (If you have fewer
  6286.         than 5 files, don't worry, we'll deal with this later.)
  6287.  
  6288.           Now write down the names of up to 3 Format files that contain your
  6289.         Format style/Journal definitions. JEPRS version 2.0 and above supports
  6290.         up to 30 Format styles per Config file. (Again, if you have fewer than
  6291.         3 files, we'll deal with this later.) 
  6292.           Now you're all set to start converting.
  6293.  
  6294.  
  6295.                                     **************
  6296.                                    Running JConvert
  6297.                                       **********
  6298.           You should have a file called JConvert.Exe in your JEPRS directory.
  6299.         If you don't, go back to your distribution disk(s) and look for it
  6300.         there; then copy it to your JEPRS directory or working disk. This file
  6301.         is the program that will actually convert your Format files to a
  6302.         Config file. JConvert.Exe is only provided to registered users.
  6303.  
  6304.           Enter the program name at the DOS command line (you don't need to
  6305.         add the `.Exe'):
  6306.                                   C:\JEPRS> JConvert
  6307.  
  6308.         A full-screen message will appear, describing the function of the
  6309.         program, as well as a warning to be sure you know the names of your
  6310.         Format files before continuing any further with the program. You can
  6311.         press [Esc] now to stop the program. However, if you don't want to
  6312.         stop, press any other key to continue.
  6313.  
  6314.           Near the top of the screen is a reminder that pressing [Esc] at any
  6315.         time will abandon creation of the Config file; if you press [Esc], the
  6316.         Config file will be deleted but the Format files will remain intact
  6317.         (in fact, JConvert will never modify or delete your Format files).
  6318.         Realize that, unlike JEPRS, JConvert will not ask for confirmation
  6319.         before terminating the program if you press [Esc].
  6320.  
  6321.           The first prompt asks you for the name of the Config file. The
  6322.         default name is ``JEPRS.Cfg'', but you can specify any file name (and
  6323.         a DOS Path, if desired). You can also use JEPRS' standard editing
  6324.         keys: [Ins], [Del], [Home], [End], [left arrow], and [right arrow].
  6325.         Just remember that if you want to edit the filename rather than
  6326.         replace it, press one of the editing keys before pressing any letters
  6327.         or numbers, otherwise JConvert will replace the old filename. If the
  6328.         filename you specified already exists, JConvert will warn you with the
  6329.         message:
  6330.                                       <Filename>
  6331.  
  6332.  
  6333.  
  6334.  
  6335.  
  6336.  
  6337.  
  6338.  
  6339.  
  6340.  
  6341.  
  6342.                                                   JEPRS User's Guide, page 97
  6343.  
  6344.                         ...already exists. Overwrite it? (y/n)
  6345.  
  6346.         Press [Y] to delete the old Config file and replace it with the one
  6347.         you are about to create. If you press [N], then JConvert will leave
  6348.         the old file alone, and will terminate the program.
  6349.  
  6350.           JConvert will then ask you for the name of the Format file
  6351.         containing the DIRECTORY/FILENAME information. The default name is
  6352.         ``Format.JPR'', but you can enter any filename. Type in the name of
  6353.         the file you wrote down earlier, and press [Enter]. JConvert then
  6354.         displays a message that it is reading in the Format file and then
  6355.         writing to the Config file.
  6356.  
  6357.           The next prompt is for the FIRST Format file containing PRINTER
  6358.         information. The default name is the filename you entered for
  6359.         directory/filename information. Again, you can use that name or enter
  6360.         any other name. Enter the name of one of the files you wrote down
  6361.         before. The program will then display a message stating that it's
  6362.         reading in the FIRST printer format, and then writing it to the Config
  6363.         file.
  6364.  
  6365.           In a like manner, JConvert then asks you for the SECOND, THIRD,
  6366.         FOURTH, and FIFTH Format files containing PRINTER information. Just
  6367.         enter the names of the files you wrote down in the previous section of
  6368.         this chapter. If you had fewer than 5 Format files with printer
  6369.         information, just press [Enter] every time you are prompted for a new
  6370.         filename. In this case, you'll just have duplicate printer definitions
  6371.         in your Config file. Of course, you will be able to modify these later
  6372.         on from within JEPRS. When you are finished converting your files, and
  6373.         you finally start JEPRS with your new Config file, the printer
  6374.         selection menu at the Global Defaults Menu will show the title of each
  6375.         printer definition as the Format file from which it originated.
  6376.  
  6377.           The last section of the program starts off by asking you for the
  6378.         FIRST Format file containing FORMATTING CODES. Enter one of the three
  6379.         names you wrote down on your list. Then JConvert displays a number
  6380.         corresponding to each of the Format styles as it reads them in and
  6381.         writes them to the Config file.
  6382.  
  6383.           It then proceeds to ask you for the SECOND and THIRD Format files
  6384.         containing FORMATTING CODES. Enter the two remaining Format filenames
  6385.         on your list. If you don't have 3 Format files, just press [Enter]
  6386.         when JConvert asks you for the filenames, and it will automatically
  6387.         use the first filename you entered for formatting codes (and you'll
  6388.         just end up with duplicate or triplicate codes which you can then
  6389.         modify at the >Global Defaults Menu< in JEPRS).
  6390.  
  6391.           When JConvert has successfully completed the conversion, the
  6392.         following message will appear:
  6393.                                   JConvert finished.
  6394.  
  6395.         and your computer will beep. You will then be returned to DOS.
  6396.  
  6397.  
  6398.  
  6399.  
  6400.  
  6401.  
  6402.  
  6403.  
  6404.  
  6405.  
  6406.  
  6407.  
  6408.         JEPRS User's Guide, page 98
  6409.  
  6410.  
  6411.  
  6412.                        A  P  P  E  N  D  I  X     T  H  R  E  E
  6413.                                       _________
  6414.  
  6415.                            Practical Uses for Number Files
  6416.  
  6417.  
  6418.  
  6419.  
  6420.  
  6421.                          ####################################
  6422.  
  6423.           One of JEPRS' most underutilized features is the Number file. This
  6424.         is a situation I hope to change with the addition of this chapter to
  6425.         the Appendix.
  6426.  
  6427.                         #####################################
  6428.  
  6429.  
  6430.           One of the features I required JEPRS to have was a way to keep
  6431.         track of a specific set of references. This set would be one that
  6432.         could be created by you, the user; for example during a search. Many
  6433.         other programs will allow you to send the results of your search to a
  6434.         file or the printer, but once you exit the program, that grouping of
  6435.         references is lost until you perform another search.
  6436.  
  6437.           But what if you're writing a paper and you need a group of
  6438.         references for the bibliography, which are not obtainable by a simple
  6439.         search? Most programs don't deal with this very well. You can enter
  6440.         reference numbers at the keyboard, but what if you made a mistake in a
  6441.         long list? The keyboard doesn't really sound like such a good idea. So
  6442.         I came up with the idea of a Number file; this has the advantage of
  6443.         both specificity (you can set up a group of references that wouldn't
  6444.         necessarily be found together in a search) and modifiability (you can
  6445.         use JEPRS to add references to a previous list, or use any standard
  6446.         text editor to remove or change references in a previous list).
  6447.  
  6448.  
  6449.  
  6450.         >>>>>   An Example   <<<<<
  6451.           Recall that JEPRS can use Number files as input not only on the
  6452.         >Format Menu<, but also on the >Export Menu<. Let's say you've just
  6453.         finished a discussion with a colleague. You tell her that you have
  6454.         five great papers that discuss a new Syrinx 2A vector you can use for
  6455.         cloning genes, and those references are in JEPRS. Your colleague may
  6456.         have JEPRS or some other reference management program that can read in
  6457.         MedLine formatted files. (Or your colleague may even keep her
  6458.         references in a generic database system that can read in comma-
  6459.         delimited files.)  Needless to say, your colleague does not relish the
  6460.         idea of getting a printout from you and then typing your references
  6461.         into her database. With the number file, there's an easier way.
  6462.  
  6463.  
  6464.  
  6465.  
  6466.  
  6467.  
  6468.  
  6469.  
  6470.  
  6471.  
  6472.  
  6473.  
  6474.                                                   JEPRS User's Guide, page 99
  6475.  
  6476.           All you have to do is start up JEPRS, go to the >Search Menu< and
  6477.         then: press [T]erms and specify `[K]' (for [K]eywords) and then enter
  6478.         ``Syrinx 2A''; press [G]o to start your search. Then press [F5] at the
  6479.         >Search Results< screen to Mark all the references, then press [F8] to
  6480.         send all the Marked references to the Number file.
  6481.  
  6482.           Then press [Esc] twice to return to the >Main Menu<, select
  6483.         [U]tilities, then select [E]xport. At the >Export Menu<, choose
  6484.         [I]nput/[N]umber file, and choose [O]utput/[T]ext file. Then press
  6485.         [G]o to start exporting. JEPRS will read in the numbers of the five
  6486.         papers on the Syrinx 2A vector from the Number file, look up those
  6487.         numbers in the database, format them according to the MedLine format,
  6488.         and send them out to the Export File. Voil ! Then you just copy the
  6489.         Export File to a floppy disk, hand it to your colleague, and she can
  6490.         read it into her program (because any biomedical reference database
  6491.         program worth its salt can read in a MedLine formatted file). This
  6492.         procedure may sound complex at first, but once you try it, you'll see
  6493.         how easy it really is.
  6494.  
  6495.  
  6496.  
  6497.         >>>>>   Why Numbered References?   <<<<<
  6498.           Let me explain why I instituted numbered references, and how I find
  6499.         them useful in everyday experiences.
  6500.  
  6501.           I initially tried keeping my article reprints in folders, based on
  6502.         subject keywords. However, I quickly ran into the problem of one paper
  6503.         with two primary keywords (say, Myogenesis and Transfection) and not
  6504.         being able to decide which folder to put it in. So the very first
  6505.         requirement for JEPRS was that it have a numbering system-one that the
  6506.         user couldn't change, accidentally or otherwise. That way, I now keep
  6507.         my photocopies in numerical order; if I need to find papers based on
  6508.         subject, I can now just use JEPRS' >Search Menu<: this gives me the
  6509.         reference number, which I then use to look in my filing cabinet of
  6510.         numerically arranged references.
  6511.  
  6512.           If a reference becomes outdated, I just recycle the paper it's
  6513.         printed on, and mark one of its keywords as Deleted; before adding new
  6514.         references, I do a search for Deleted in keywords to see if I can Edit
  6515.         an old reference rather than Add a new one.
  6516.  
  6517.  
  6518.  
  6519.  
  6520.  
  6521.  
  6522.  
  6523.  
  6524.  
  6525.  
  6526.  
  6527.  
  6528.  
  6529.  
  6530.  
  6531.  
  6532.  
  6533.  
  6534.  
  6535.  
  6536.  
  6537.  
  6538.  
  6539.  
  6540.         JEPRS User's Guide, page 100
  6541.  
  6542.  
  6543.  
  6544.                                                                        
  6545.                                  JEPRS Version 2.5  Order Form         
  6546.                                                                        
  6547.                                          Printed Manual
  6548.  
  6549.                Please send this form with payment to*:
  6550.                      Louis M. Miranda
  6551.                      6033 E. Northwest Hwy. #1106
  6552.                      Dallas, TX  75231-7463
  6553.  
  6554.                Name:______________________________________________________
  6555.                CompuServe ID number (optional):___________________________
  6556.                Address:___________________________________________________
  6557.  
  6558.                        ___________________________________________________
  6559.  
  6560.                        ___________________________________________________
  6561.  
  6562.                Please specify the disk size you want JEPRS on:
  6563.                    ()--3.5-inch disk        ()--5.25-inch disks
  6564.  
  6565.               REGISTRATION.
  6566.               Registration is $39.95 per copy ordered (see the file called
  6567.               Site_Lic.Doc for information on bulk pricing and site licenses).
  6568.  
  6569.                    Please register me for the latest version of JEPRS.
  6570.                    Also send me printed documentation and update
  6571.                    notices.  I understand that six months of user support is
  6572.                    included in the registration price..............$__________
  6573.  
  6574.                Postage and Handling: $4.00 ($10 outside USA/Canada)$__________
  6575.  
  6576.                Total enclosed......................................$__________
  6577.  
  6578.                    Please send check or money order in US $ addressed
  6579.                    to "Louis M. Miranda".  Purchase orders are also accepted.
  6580.  
  6581.              *--If you cannot reach the author at that address, please try to
  6582.                 contact me through CompuServe (73567,471) or the ASP:
  6583.                      Association of Shareware Professionals
  6584.                      P.O. Box 5786
  6585.                      Bellvue, WA  98006
  6586.  
  6587.  
  6588.  
  6589.  
  6590.  
  6591.  
  6592.  
  6593.  
  6594.  
  6595.  
  6596.  
  6597.  
  6598.  
  6599.  
  6600.  
  6601.  
  6602.  
  6603.  
  6604.  
  6605.  
  6606.                                                  JEPRS User's Guide, page 101
  6607.  
  6608.  
  6609.                                         Index
  6610.  
  6611.  
  6612.         4DOS Program  35                      Help File  90
  6613.         Add new references, samples           Number File  91
  6614.             54                                Ref Key File  90
  6615.         Adding references  22                 Reference File  90
  6616.         ASCII Codes, entering  86             Text File  91
  6617.         ASP, Association of Shareware       Files on disk  9
  6618.             Professionals  7                Format screen colors  25
  6619.         Author+Year  41                     Format Style Codes
  6620.         Automatic Bibliography                aka Printer Codes  42
  6621.             Generation  26                  Format Styles
  6622.         Beep, error/warning  32               Default  58
  6623.         Bibliography, Automatic               Editing  39
  6624.             Generation  26                    Selecting  57
  6625.         BRS/Colleague files                 Formatting codes  42
  6626.           Importing  72                     Go To DOS  24, 34
  6627.         CHR$  36                            Help key  19
  6628.         Citation type  52                   Importing files  71
  6629.         CL-MedLine                          Importing references
  6630.           Importing  71                       Editing  72
  6631.         Command line options  11            Indent Length  40
  6632.         COMMAND.COM (DOS)  35               Installation  10
  6633.         Compressing the Database  76        Journal definitions
  6634.         COMSPEC (DOS)  35                     Editing  39
  6635.         Config file name  11                Journal Name  40
  6636.         CONFIG.SYS (DOS)  35                Journal Number  40
  6637.         Connector word  79, 83              Journal/Abstract/Book
  6638.         Context-sensitive help  19               definitions  41
  6639.         Current Contents on Diskette        Listing References  21
  6640.           Importing  71                     Main Menu  17
  6641.         Current Contents on Diskette        Marking references  70
  6642.             (CCOD)  28                      MedLine files
  6643.         Customer Support  8                   Exporting  74
  6644.         Database                              Importing  71
  6645.           Creating  13                      Memory
  6646.         Defaults                              Available  17
  6647.           Global  31                          Total RAM  17
  6648.           saving  33                        Menu
  6649.         Delete reference  46                  Line  14
  6650.         Directory, default  32                Title  14
  6651.         DR-DOS Program  35                  Messages window  14
  6652.         Entering ASCII Codes  86            Modify Search Menu  69
  6653.         Entering Special Codes  85          New Features  4
  6654.         Exiting the program  16             Number File  29, 98
  6655.         Exporting references  74            Optional inclusion  42
  6656.         File names, changing  32            Ordering information  34
  6657.         Filenames  31                       Page number (\P)  37
  6658.         Files  31                           Page numbers  87
  6659.           Config File  92                   PaperChase  28, 72
  6660.           Help  20                            Importing  71
  6661.  
  6662.  
  6663.  
  6664.  
  6665.  
  6666.  
  6667.  
  6668.  
  6669.  
  6670.  
  6671.  
  6672.         JEPRS User's Guide, page 102
  6673.  
  6674.         PC-Write  24, 34                         67
  6675.         Printer                             Starting JEPRS  11
  6676.           form-feed  34                     System information  17
  6677.           initialization code  37           System Requirements  5
  6678.           name  37                          Text file formatting  32
  6679.           number  37                        Time and date  18
  6680.           reset code  37                    TSR (Terminate & Stay Resident)
  6681.           selecting  33                          program  35
  6682.         Printer codes  36, 81               Unregistered Version  6, 18
  6683.         Printer definition  84              Use Printer #  24
  6684.         Printer definitions                 Vendor.Doc file  7
  6685.           editing  35                       Version number, DOS  18
  6686.           Saving  38                        Version number, JEPRS  18
  6687.         Printing                            Welcome Screen  11
  6688.           attributes (underlining,          Why Numbered References?  99
  6689.             etc.)  38                       Word Processor Type  24, 34
  6690.           characters per line  37           WordPerfect  24, 34
  6691.           form feed last page  38           WordPerfect Text Boxes  26
  6692.           header  37
  6693.           left margin  37
  6694.           lines per page  38
  6695.           pause after each page  38
  6696.           title  37
  6697.           top margin  38
  6698.         Printing attributes
  6699.           codes  43
  6700.         Prompts vs. Menus  14
  6701.         Reference type  52
  6702.         References
  6703.           Number of in reference file 
  6704.             18
  6705.           Number of relocated  18
  6706.         Registering  6
  6707.         Replacing citations
  6708.           Author+Year  26
  6709.           Sequential Numbers  26
  6710.         Save Defaults+Files  24
  6711.         Screen color options  12
  6712.         Screen colors  33
  6713.         Screen design  14
  6714.         Search Results Screen  68
  6715.         Search terms  63
  6716.         Searchable fields  63
  6717.         Searching
  6718.           Case sensitivity  67
  6719.           Sorting  68
  6720.         Searching references  23
  6721.         Sequential Numbers  41
  6722.         Shareware  6
  6723.         Sort references during format 
  6724.             40
  6725.         Sorting
  6726.           using Matches to free memory 
  6727.  
  6728.  
  6729.  
  6730.  
  6731.  
  6732.  
  6733.