L'idée d'une galerie nationale réunissant les collections royales, essentiellement constituées
d'œuvres d'art espagnoles mais aussi italiennes et flamandes grâce aux achats faits dans ces pays par les vice-rois pour le compte des souverains, vit le jour au XVIIIe siècle. Nous le savons par une lettre du peintre tchèque Antonio Mengs, datée de 1774, dans laquelle celui-ci recommandait également que la "galerie" fût organisée de façon rationnelle. En 1810, Joseph Bonaparte décréta la création d'un musée, mais ce n'est qu'en 1814, avec la restauration de Ferdinand VII, que fut décidée la création du Palais National de Peinture. On choisit pour ce faire un édifice néoclassique situé sur le Paseo del Prado, une avenue centrale et fréquentée. Le musée, voulu par la monarchie, fut appelé Musée Royal de Peinture et ouvert au public en février 1819. Avec le départ en exil de la reine Isabelle II en 1868, le Musée Royal devint un Musée National.
La première partie des collections fut constituée lorsqu'à la fin du XVe siècle l'Espagne devint un état uni. La reine Isabelle la Catholique aima tout particulièrement l'art flamand, tandis que
Charles Quint (1516-1556) accrut la collection d'œuvres des différentes écoles internationales. Parmi ses nombreux mérites, le plus important fut peut-être d'avoir été le principal et le plus enthousiaste commanditaire de Titien.
Et son fils Philippe II (1556-1598) continua lui aussi à collectionner les œuvres de cet artiste, faisant parvenir en Espagne des tableaux comme Vénus et Adonis et son Autoportrait. Au XVIIe siècle, le Prado connut une impulsion nouvelle sous Philippe IV. Celui-ci eut en effet la chance d'acquérir une bonne partie des chefs-d'œuvre de la collection de Charles Ier d'Angleterre, et la sagesse de nommer peintre de la cour l'un des maîtres de l'art espagnol, Diego Vélasquez, dont le Prado possède une riche collection. Et c'est également Vélasquez que le roi envoya en Italie pour y acheter des chefs-d'œuvre italiens.
A la fin du XVIIIe siècle, c'est Francisco Goya qui fut nommé peintre de la cour par Charles IV.
Tout au long du XIXe siècle, les acquisitions se poursuivirent, en partie grâce à la reine Isabelle II, qui donna son patrimoine au pays lorsqu'elle partit en exil. Au début du siècle commencèrent des travaux d'agrandissement du musée, destinés à accueillir la vaste collection formée grâce à des siècles de collectionnisme fervent.
