home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ GEMini Atari / GEMini_Atari_CD-ROM_Walnut_Creek_December_1993.iso / zip / graphics / utility / ms074.lzh / MS074 / MOLSYS.TXT < prev    next >
Text File  |  1993-02-10  |  40KB  |  748 lines
  1. -------------------------------------------------------------------------------
  2.  
  3.             Preliminary Manual for MolSys v0.74
  4.  
  5. -------------------------------------------------------------------------------
  6.  
  7. © September 1992 Helion Graphics. Written by Robert Mellish & Howard Jones.
  8.  
  9. MolSys v0.74 is shareware and may not be distributed for profit or without 
  10. this text file. All source code, text files and file formats remain 
  11. copyright Helion Graphics. The programmers make no claim for accuracy or 
  12. fitness of purpose for MolSys or any of its related files and documentation.
  13.  
  14. About MolSys ------------------------------------------------------------------
  15.  
  16. MolSys is a molecular modelling package for the Atari ST. It requires an
  17. ST-mono monitor but should run irrespective of memory size. It was developed
  18. from MolView v2.5, MolBuild v0.7 and MolScript v0.1. These programs were
  19. inspired by a PC program written by Alan Mynett and published in the 
  20. October 1987 edition of Personal Computer World.
  21. MolSys is powerful, but quick and easy to learn and use, and is capable of
  22. directly printing output or producing files which may be imported into DTP
  23. packages for inclusion in documents. 
  24. MolSys was written using the Lattice C V5 development package from HiSoft.
  25.  
  26. Limitations of This Version ---------------------------------------------------
  27.  
  28. MolSys v0.74 contains only a limited animation function, and is also limited to
  29. a maximum of 100 atoms and 16 molecule fragments in memory at one time. To
  30. register for the latest version of MolSys, see the section at the end of this
  31. file. Please register if you like MolSys, and especially if you intend to use
  32. it for any serious work. Registering will encourage me to produce future
  33. versions with more features.
  34.  
  35. Changes From Previous Versions ------------------------------------------------
  36.  
  37. If you have used MolSys before, it will be necessary to re-install MolSys as
  38. the format of the MOLSYS.INF file has changed. More importantly, the format
  39. of MLS (molecule fragment) files has also changed, and so it is necessary to
  40. convert any you have made with previous versions of MolSys into the new format.
  41. This can be done with the supplied program MS_5_6.TTP. See its accompaning text
  42. file for instructions.
  43.   
  44. Installing MolSys -------------------------------------------------------------
  45.  
  46. Configuration of MolSys is done via the MOLSYS.INF file. This file is best
  47. edited by using the supplied installation program, MSI. The supplied INF
  48. file should allow you to run MolSys without need for further installation.
  49. Just double click on MOLSYS.PRG to begin. If you later want to adapt the
  50. installation, follow the instructions below.
  51.  
  52. You should first copy the MOLSYS.PRG, MOLSYS.RSC, MOLSYS.INF, SYSTEM.FNT,
  53. SYSTEM.FN8, MSI.PRG and MSI.RSC into the same folder, and then double click
  54. on MSI.PRG.
  55. After the credit dialogue, you are presented with a menu which allows
  56. you to access a series of dialogue boxes containing options and default
  57. values which you may change.
  58. The first dialogue is the main options. The first editable field is the
  59. file path of the resource file. Normally, this will just be '\', which
  60. will cause the program to search in the current directory. Note that if
  61. the resource file cannot be found, the program will abort.
  62. The second field is the file path and name of the 16x8 screen font to be used
  63. by MolSys. (Usually 'SYSTEM.FNT'). This path and name will also be used when
  64. MolSys loads the replacement 8x8 screen font, but with the extender '.FN8'
  65. substituted (i.e. 'SYSTEM.FN8'). These are optional, and the replacement fonts
  66. will not be used if the 'disabled' button is highlighted. These fonts are
  67. Harlekin format screen fonts.
  68. The third field is the default path of the molecule fragment files.
  69. The forth field is maximum number of atoms which may be added to the
  70. molecule. In this version of MolSys, this number cannot be set greater
  71. than 100. If you register, you will receive a version where the maximum
  72. number of atoms is limited only by available memory. On a 'clean' 520ST
  73. this value can be up to about 3000, which should be adequate for most
  74. purposes. By decreasing this number, it is possible to make more memory
  75. available for animation, ramdisks, print spoolers, desk accessories etc.
  76. The second dialogue is the default values dialogue. This allows the setting
  77. of the default translation distance, rotation angle, zoom level, size of
  78. spheres in reduced size mode and size of sticks in stickmode 3 (thick).
  79. It also allows you to set the units displayed in measuring operations
  80. to Angstroms (Å) or nanometers (nm). This option is currently not supported
  81. and nanometers are always used.
  82. The third dialogue allows the setting of the type of shading used to display 
  83. the various atom types. Clicking on an atom displays the type of shading used.
  84. Click on a shading type to change the display of the selected atom type to
  85. that shade.
  86. Clicking on 'Save and Exit' saves the MOLSYS.INF file and exits the program.
  87. Clicking on just 'Exit' exits without saving the file. 
  88.  
  89. Running MolSys ----------------------------------------------------------------
  90.  
  91. The file MOLSYS.INF should be in the current directory when MOLSYS.PRG
  92. is run, i.e. in the same directory as MOLSYS.PRG. On running, the program will
  93. attempt to load MOLSYS.INF and the resource file. If these files cannot be
  94. found the program will abort. It will then attempt to load the fonts, and then
  95. allocate memory for screen buffers and variables. If the program runs out of
  96. memory on loading, try decreasing the maximum number of atoms set.
  97.  
  98. Overview of Terms Used in MolSys ----------------------------------------------
  99.  
  100. In MolSys, a molecule consists of a number of sites and atoms. Atoms are shown
  101. by their chemical symbol (e.g. C,H,O,Cl etc.) and sites are shown by a number
  102. between 0 and 3. Sites are the only place where atoms may be placed. The type
  103. of site shows the type of atoms which may be placed there, 0 means all atoms,
  104. and 1,2 or 3 means only singly, doubly or triply bonded atoms. One of these
  105. sites or atoms will be the current (or marked) site or atom. In build mode,
  106. this site or atom will have a diamond-shaped marker placed around it. If
  107. stick mode is on, bonds between sites and atoms are shown by lines. 
  108. A collection of sites and atoms bonded together forms a molecule fragment.
  109. The fragments currently in memory can be shown on the fragment selector
  110. (see below), where the visibility of fragments can be turned on or off.
  111. One of these fragments will be the current fragment, and its title will appear
  112. at the top of the display. Note that the current fragment does not necessarily
  113. have to contain the current atom. The current fragment is the one on which
  114. normally all manipulations are made.
  115. Throughout MolSys, all distances are expressed in nanometres (1E-9 metres),
  116. and all angles in degrees.
  117.  
  118. Selecting Functions in MolSys ------------------------------------------------
  119.  
  120. When a function icon is selected (or the corresponding keyboard shortcut is
  121. pressed), the icon may invert, which means that further input is required.
  122. For functions such as the freehand rotate and move controls, the mouse cursor
  123. will change to an open hand, and the mouse moved to manipulate the molecule.
  124. For functions such as rotate bond and measure bond angle, the cursor will
  125. change to a cross and one or more atoms may be required to be selected.
  126. For all these functions, pressing the right mouse button will exit or cancel
  127. the function.
  128.  
  129. Dialogues in MolSys -----------------------------------------------------------
  130.  
  131. Certain dialogue boxes in MolSys show a small diamond in the upper right hand
  132. corner. Clicking on this allows you to drag the dialogue around the screen to
  133. see the screen beneath. The position you leave the dialogue in when you exit
  134. it will be the position it will subsequently reappear in when you next invoke
  135. the function.
  136.  
  137. Using MolSys ------------------------------------------------------------------
  138.  
  139. Once loaded, the program will show a bank of icons down the left side,
  140. and a large blank area on the right. At the top of this area is the title
  141. bar. Click on this bar to produce a dialogue allowing you to change the title
  142. of the current molecule fragment. This title will change if the current
  143. fragment is changed. In the middle of the blank area will be a small zero.
  144. This is the place in which the first atom will appear, see the build section
  145. below.
  146. Four functions are available under the File menu option. These are:
  147.  
  148. New:        Clears all the current molecules.
  149. Load:        Loads a molecule fragment.
  150. Save:        Saves the current molecule fragment.
  151. Quit:        Quits the program.
  152.  
  153. All of these functions except quit are available using the File icon bank, see
  154. below.
  155.  
  156. At the top of the icon bank are three large icons, with the leftmost high-
  157. lighted. Clicking on one of these selects one the three icon banks which 
  158. allow control of the program. These are:
  159.  
  160. Move/Display:    These icons allow the molecule to be translated, rotated
  161.         and displayed with various options.
  162. Build:        Controls the building of molecules, deletion of atoms,
  163.         measurement of distances and angles and changing of
  164.         these values. Note that when build mode is active,
  165.         the current atom is shown with a diamond shaped marker.
  166. File:        Controls the loading, saving and animation of molecules,
  167.         saving and printing of screenshots, allows access to the
  168.         molecule selector and controls miscellaneous functions such
  169.         as New and Help.
  170.  
  171. For each of the three banks, the function of the icons, from left to right
  172. are given below.
  173.  
  174.  
  175. The Move/Display Icons --------------------------------------------------------
  176.  
  177. Global:        Toggles global mode on and off. With global mode on,
  178.         translations and rotations effect all the visible molecule
  179.         fragments. With global off, transformations only effect the
  180.         current molecule. The default setting is off.
  181.         
  182. Translation:    The  6 filled arrow icons move the molecule in the direction
  183.         shown by the arrow by a set distance.
  184.  
  185. Zoom out/in:    Zooms the display in and out. Double click on either to set
  186.         the zoom level to normal.
  187.  
  188. Rotation:    The 6 open arrows rotate the molecule around the current 
  189.         centre of rotation by a set angle. Double clicking on these
  190.         icons causes the molecule to rotate around the marked atom.
  191.  
  192. Set distance:    Sets the distance the molecule is moved by the translation
  193.         controls. The default value is 0.01 nm.
  194.  
  195. Set angle:    Sets the angle that is used for rotation with the rotation
  196.         controls. The default value is 10°.
  197.  
  198. Freehand move:    Moves the molecule with the mouse. Click and hold the
  199.         left button and move the mouse to drag the model in the
  200.         X-Y plane. Press the right button to exit freehand move.
  201. Freehand
  202. rotate:        Rotates the molecule with the mouse. Click and hold the
  203.         left button and move the mouse left/right to rotate the
  204.         model around the Y axis, move up/down to rotate around the
  205.         X axis. Press the right button to exit.
  206. Translate
  207. to atom:    Click on an atom with the left button to centre the atom
  208.         on the screen - this also makes it the centre of rotation.
  209.         Press the right button to cancel.
  210. Centre 
  211. molecule:    Centres the molecule on the screen. Rotation centre is now
  212.         the average position of all the atoms. Note that if global
  213.         mode is off, only the current fragment is centred.
  214.  
  215. Ball:        Toggle space filling ball display. Note that ball display
  216.         drastically slows down the program, and should not be
  217.         used when rotating or moving the molecule.
  218.  
  219. Stick:        Toggle stick display. With stick display on, bonds are
  220.         shown as lines between atoms, drawn with the current
  221.         stick mode. Note that if Ball mode is also active,
  222.         only the portion of the bond outside the ball is drawn.
  223.  
  224. Label:        Toggle label display. Prints the chemical symbol on each
  225.         atom when on, and also prints the site type on each site.
  226.  
  227. Hide hydrogens:    Toggle the display of hydrogen atoms. With this mode on,
  228.         hydrogen atoms and bonds to hydrogen are not shown.
  229.  
  230. Ball size:    Toggles between the full and the reduced size of space
  231.         filling spheres. Double clicking on this icon calls up
  232.         a dialogue which allows you to change the percentage size
  233.         of the spheres and the thickness of the bonds in
  234.         stickmode 3 (thick) which is displayed when reduced size
  235.         is selected. Use the arrows to change the values up or down.
  236.  
  237. Stick modes:    Four stick display modes at the bottom of the icon bank.
  238.         The first is thin mode, with all bonds drawn as single
  239.         width lines. The second mode is depth cueing, and shows
  240.         bonds between atoms close to the viewer as thicker lines,
  241.         which helps when rotating the molecule. The third mode
  242.         is thick mode, which shows thick bonds scaled according
  243.         to perspective. The fourth is typed mode, which shows
  244.         single bonds as thin lines, and double and triple bonds
  245.         as thicker lines.
  246.         
  247. Fragment Names:    With this mode on, all visible fragments will have their names
  248.         superimposed on them, allowing easy identification.
  249.  
  250. The Build Icons ---------------------------------------------------------------
  251.  
  252. Add atom:    Eighteen types of atom are shown, which when clicked will be
  253.         added at the current site, shown with the diamond-shaped
  254.         marker. This marker (only shown in build mode) may be
  255.         repositioned by clicking near to an atom on the display
  256.         screen. For each icon, the type of atoms is shown (carbon,
  257.         hydrogen, oxygen, nitrogen, fluorine, chlorine, bromine,
  258.         phosphorous, sulphur) together with its bonds. Single bonds
  259.         are shown with a hyphen (-), or a greater-than (>) or less-
  260.         than (<) sign in the case of two single bonds, or a greater-
  261.         than-or-equal-to (≥) in the case of three single bonds. Double
  262.         bonds are shown as equal signs (=) or much-less-than («) signs
  263.         for two double bonds, and triple bonds as equivalence signs
  264.         (≡). See section 'Building molecules', below.
  265.         
  266. Add group:    Nine common functional groups are shown (benzene, OH, CN, CH3,
  267.         CH2, CO, NH2, PO2HO and COOH) which will be added to the
  268.         current site if clicked upon. Note that these groups may not
  269.         be used to start a molecule, i.e. they cannot be added to a
  270.         site type of zero.
  271.  
  272. Make:        Joins two molecule fragments together. The marked atom must be
  273.         a site, and after selecting this icon, click on another site
  274.         of the same type in a different molecule fragment. This second
  275.         fragment will be joined to the first fragment at the marked
  276.         atom.
  277.         If you click on a site in the same fragment, a ring will be
  278.         formed. This is done by directly linking the atoms connected
  279.         to the marked site and the selected sites.
  280.         
  281. Break:        Breaks a molecule into two fragments. Clicking on an atom
  282.         bonded to the marked atom splits the molecule into two
  283.         fragments across the bond.
  284.         Note that in v0.74 you cannot break a ring structure.
  285.  
  286. Make current:    Clicking on this icon makes the molecule fragment containing
  287.         the current atom to be the current fragment. The title bar at
  288.         the top of the display will change to reflect this, and a box
  289.         will flash to show the current fragment.
  290.                 
  291. Delete:        Deletes the currently marked atom. Note that only atoms
  292.         which are only attached to one other atom may be deleted
  293.         (i.e. all other attached sites must be empty). So to delete
  294.         a CH3 group, the hydrogens must be deleted before the carbon
  295.         atom can be deleted. Also, to delete a ring structure, the
  296.         whole ring must be deleted at once with a multiple delete
  297.         command.
  298. Multiple
  299. Delete:        Clicking on an atom bonded to the marked atom deletes all the
  300.         atoms connected to that side of the marker. The atoms which
  301.         will be deleted are shown crossed out and confirmation is
  302.         asked for before the atoms are deleted.
  303.  
  304.  
  305. Group:        Seperate fragments may be grouped together by using this
  306.         function. Click on any other fragment, and this will
  307.         become grouped together with the current fragment.
  308.         Then any function such as rotation, saving etc. will act
  309.         upon the whole group of fragments.
  310.  
  311. Ungroup:    This allows you to seperate grouped but unbonded fragments
  312.         from the currently selected group. Click on a fragment to
  313.         seperate it from the current group.
  314.  
  315. Auto distance:    Bond lenths in MolSys are calculated from the covalent radii
  316.         of the atoms, which does not always give the correct value.
  317.         With auto distance on, bond distances when adding atoms are
  318.         automatically calculated. With it off, when atoms are added
  319.         a dialogue appears which shows the computers choice for the
  320.         bond distance (in nm), which may be changed to a different
  321.         value. Press OK to add the atom, or Cancel to abort the
  322.         add. Note that auto distance defaults to on.
  323.  
  324. Geometry:    Clicking on this item produces a sub-menu with eight options:
  325.  
  326. Rotate bond:    Rotates part of a molecule along a bond. Click on an atom
  327.         which is bonded to the marked atom. (Right button to cancel.)
  328.         A dialogue appears which allows you to type in the angle to
  329.         rotate the part of the molecule which is bonded to the marked 
  330.         atom. Click on plus or minus to set the direction, and then
  331.         click on OK or Cancel. Alternatively, you may click on
  332.         Freehand, which allows you to move the mouse up and down to
  333.         rotate along the bond. Press the left button to stop rotating
  334.         and the right to exit. Note that this will temporarily change
  335.         the display mode to stick mode 2. Note however that for large
  336.         molecules, the freehand function is not recommended.
  337.         Also, you may click on Minimize Energy, which attempts to
  338.         rotated around the bond to minimize their van der Waals
  339.         energy (see below). 
  340.         In the dialogue you can set the total angle to rotate by
  341.         and the number of steps for which the energy will be
  342.         calculated. The total angle will normally be 360°, but other
  343.         angles may be specified if necessary. The Global button
  344.         selects whether the energy calculations will be carried out
  345.         for the current fragment or all the fragments in memory.
  346.         After calculation, a graph is displayed of energy against
  347.         rotation angle. The minimum energy position found is shown
  348.         with a dotted vertical line, and this will be the position
  349.         the molecule is rotated into.
  350.         The calculation of the minimum energy position may take a
  351.         very long time even with small molecules, so the number of
  352.         steps should be chosen to be low.
  353.  
  354. Set bond angle:    Sets the angle between two bonds of the marked atom. Click on
  355.         two atoms which are bonded to the marked atom. (Note that the
  356.         atoms bonded to the second atom selected will be the ones
  357.         which are moved.) A dialogue appears with the angle between
  358.         the bonds at the marked atom. Change this value and click on
  359.         OK to set, or Cancel to abort the function. Note that you
  360.         cannot set any angles in a ring structure.
  361. Set bond
  362. length:        Sets the length of a bond. Click on an atom bonded to the
  363.         marked atom. A dialogue appears which shows the current
  364.         length of this bond. Change this value and click on OK to
  365.         set, or Cancel to abort the function. Note that you cannot
  366.         set any lengths in a ring structure.
  367.                 
  368. Torsion angle:    The torsion angle of a row of atoms A-B-C-D is the apparent
  369.         angle between bonds A-B and C-D when looking down the axis B-C.
  370.         Click on three atoms bonded in a chain with the first connected
  371.         to the marked atom. The marked atom corresponds to A, the
  372.         first selected to B and so on. A dialogue appears with the
  373.         torsion angle. Clicking on 'Align' will set the torsion angle
  374.         to zero (i.e. align atoms A and D) if this does not involve
  375.         rotating a bond in a ring structure.
  376.  
  377. Bond angle:    Click on two atoms, not necessarily bonded to the marked atom.
  378.         A dialogue appears with the angle between these two atoms at
  379.         the marked atom.
  380.  
  381. Length:        Click on an atom. A dialogue appears with the distance (in
  382.         nanometers) from this atom to the marked atom.
  383.  
  384. Set in-plane
  385. bond angle:    This requires you to choose 3 further atoms, all bonded to
  386.         the currently marked atom. Thus the marked atom must have at
  387.         least 3 bonds when  using this function. First click on 2
  388.         more atoms bonded to the marked atom. These (along with the
  389.         marked atom) define a plane in which the angle is measured.
  390.         Then click on the atom for which the angle is to be set.
  391.         The projection of this atom's bond onto the defined plane 
  392.         forms an angle with respect to a 'normal' in the plane. This
  393.         angle can be set in the resulting dialogue.
  394.  
  395. Set out-of-plane
  396. bond angle:    The marked atom must have at least 3 bonds to use this
  397.         function. First select two bonded atoms, which defines a plane
  398.         with the marked atom. Then select a bonded atom for which the
  399.         angle is to be set. This atom's bond defines an angle with
  400.         respect to the plane. This angle can be set in the resulting
  401.         dialogue. 
  402.  
  403. The File Icons ----------------------------------------------------------------
  404.  
  405. Load:        Loads a .MLS file from disk. The loaded file becomes a new
  406.         fragment, and is placed in the same position as when it was
  407.         saved.
  408.  
  409. Save:        Saves the current fragment as a .MLS file to disk.
  410.  
  411. Molecule fragment
  412. selector:    Shows a dialogue which lists all the molecule fragments
  413.         currently built. The current fragment may be changed by the
  414.         buttons on the left, and the fragments visible may be changed
  415.         by selecting the buttons on the right. Clicking on a fragment
  416.         title allows you to change it's name. Clicking on create will
  417.         create a new fragment at the centre of the display (a site
  418.         type 0) and makes this the current site and fragment. Clicking
  419.         on delete deletes the whole of the current fragment. Note that
  420.         if there is only one fragment left, this cannot be deleted.
  421.         Copy makes a copy of the current fragment 0.25 nm to the left
  422.         (-x direction) of the original. Load and Save perform the same
  423.         operation as those icons on the File bank, see above.
  424.         Click on OK to exit this dialogue.
  425.  
  426. Calculate van der Waals
  427. energy:        The energy of a molecule may be calculated from the energies
  428.         of interactions between its atoms. The interactions between
  429.         non-bonded atoms are called van der Waals forces, and the
  430.         energy-seperation relationship caused by these forces is
  431.         called the Lennard-Jones 6-12 potential. The form of this
  432.         potential gives a prefered seperation distance between atoms,
  433.         which is called the van der Waals radius of the atom.
  434.         This function calculates the energy of the current fragment
  435.         by summing the energies of interaction of its atoms. The more
  436.         atoms in a molecule, the longer this will take. About 30
  437.         seconds is necessary to calculate the energy of a 100-atom
  438.         molecule. If Global mode is on, the energy of interaction
  439.         between atoms in different fragments is also calculated.
  440.         After calculation, the energy is displayed in kilocalories per
  441.         mole. This is the standard unit for conformational energy
  442.         calculations. 
  443.          
  444. Super view:    Shows a full screen display of the molecule with the current
  445.         display settings. Clicking the mouse produces a menu which
  446.         allows the printing of the display or saving it as a Degas
  447.         (.PI3) or GEM image (.IMG) file to disk.
  448.  
  449. Animate:    The animation facility in available version 0.74 is only a
  450.         subset of the full implimentation which will be available
  451.         in future versions. However, the current version is fully
  452.         usable and is comparable with animation features of other
  453.         molecular modelling packages. An animation may be output
  454.         in two ways, either by saving a series of Degas pictures
  455.         to disk for playback with SHOW.TTP, or (if you have enough
  456.         memory) by writing the screens to memory for playback inside
  457.         MolSys. In the produced dialogue, these two options may be
  458.         selected by the 'Degas' and 'Memory' buttons. By the side of
  459.         the Memory button, the number of available screens is shown.
  460.         This value will be dependent upon the memory size of your
  461.         computer, the number of atoms set in MOLSYS.INF and whether
  462.         you have any desk accessories resident. The number of screens
  463.         available on a 520 or 1040ST is unlikely to be enough for
  464.         smooth animations, but on a 2 or 4Mb ST you may be able to
  465.         have over 50 frames in an animation. The program will not let
  466.         you try to run a memory animation with insurficient memory
  467.         available. In this case, you must use a Degas animation
  468.         instead. The three buttons 'Play','Clear' and 'Save' will
  469.         be disabled when you first use the animation option, and are
  470.         described below.
  471.         At the top of the dialogue box, the path where degas screens
  472.         will be saved is shown. Next to the 'Degas' option button,
  473.         the name of the files is shown. These fields may be edited
  474.         in the usual way, and the path may also be set with the
  475.         'Set Path' button. The produced files will take the name
  476.         'path\name.001','path\name.002' etc.
  477.         The direction of movement of the molecule is shown. Click
  478.         on an icon to set the direction. (Note that the rotate bond
  479.         icon is not currently available.) The angle of rotation at
  480.         each step can be edited, as can the number of steps to save
  481.         to memory or disk. Clicking on 'Set to Cycle' sets the angle
  482.         field such that one complete revolution will take place in
  483.         the number of steps shown. 'Global' sets whether all molecule
  484.         fragments are to be moved, or just the current molecule.
  485.         Now clicking on 'Cancel' aborts the animation, or 'OK' starts
  486.         it. If you are performing a Degas animation, a dialogue shows
  487.         the free space needed on the disk the files will be written
  488.         to. Click on 'Cancel' to abort, or 'OK' to continue.
  489.         The screen will now draw each frame of the animation, which
  490.         may take some time. At each step, the screen will be written
  491.         to memory or disk. If you have selected Memory animation, a
  492.         dialogue appears showing the controls of the playback.
  493.         Clicking on 'OK' shows the memory-saved screens in sequence,
  494.         looping round at the end. Use the [+] and [-] keys on the
  495.         main keyboard or the keypad to increase or decrease the speed
  496.         of playback. Pressing [SPACE] exits the animation.
  497.         If you have used the Degas animation option, you may now
  498.         use the SHOW.TTP program the show your saved frames. Read the
  499.         SHOW.TXT file for instructions of use.
  500.         If you have used the memory animation function, on re-entering
  501.         the Animate dialogue, three more options are available.
  502.         'Play' replays the animation, 'Clear' erases the animation
  503.         and 'Save' writes the stored animation to disk as a series of
  504.         Degas files, using the same file path and name as those set
  505.         for Degas animations.
  506.         
  507. New:        Clears all the current molecules.
  508.  
  509. Help:        Toggles the help messages which are shown during certain
  510.         operations at the bottom of the display area. Help mode
  511.         also enables the display of certain error messages.
  512.         Default is on. Double clicking on this icon brings up
  513.         a list of keyboard shortcuts. Click the mouse to exit.
  514. Install
  515. printer:    Sets the port and resolution of the printer for printing the
  516.         screen.
  517.                 
  518. Blank 2:    In v0.74, creates a file in the current directory called
  519.         MOLSYS.LOG, which is used for testing purposes.
  520.  
  521. Show surface:    This function allows the showing of the effective 'surface' of
  522.         a molecule as a 3D dot pattern. In the resulting dialogue, the
  523.         pitch of the dots can be selected, which is the seperation, in
  524.         degrees, between points on the sphere of the atom. The smaller
  525.         the pitch, the more dots displayed and the longer it takes to
  526.         display them. The visibility of the molecule can also be
  527.         selected. This shows whether the normal display of the molecule
  528.         will be shown on top of the dot display. The selection of van
  529.         der Waals or covalent radii chooses which of these radii to
  530.         display the atoms with. After showing the display, which may
  531.         take a long time if the dot density is high or the number of
  532.         atoms in the molecule is large, the picture can be printed or
  533.         saved as for the Super View feature.
  534.         
  535. Keyboard Shorcuts -------------------------------------------------------------
  536.  
  537. Certain functions may be used via a key press irrespective of the currently
  538. selected icon bank. See above for a description of the functions. Also, some
  539. icons have small letters in the bottom right, which give the keyboard shortcut
  540. for that function.
  541.  
  542. Key                Function
  543.  
  544. [LEFT],[RIGHT],
  545. [UP],[DOWN],
  546. [INS],[CLR]:    Rotate the model, as for rotate icons.
  547. Keypad[4],[5],[8],[5],
  548. [7],[9]:    Rotate the model around the marked atom.
  549. [SHIFT]+[LEFT],[RIGHT],
  550. [UP],[DOWN],
  551. [INS],[CLR]:    Translate the model, as for translate icons.
  552. [SPACE]:    Toggle between Move/Display,Build and File icon banks.
  553. [HELP]:        Shows a list of keyboard shortcuts.
  554. [S]:        Toggle stick mode.
  555. [B]:        Toggle ball mode.
  556. [L]:        Toggle labelling.
  557. [1],[2],
  558. [3],[4]:    Set stick mode to thin, depth cue, thick or typed.
  559. [H]:        Toggle hide hydrogens.
  560. [Z]:        Toggle ball size.
  561. [C]:        Centre molecule.
  562. [T]:        Translate to atom.
  563. [DELETE]:    Deletes the marked atom.
  564. Keypad[+],
  565. Keypad[-]:    Zoom display in or out.
  566. Keypad[*]:    Set zoom to normal.
  567. [M]:        Engage freehand move mode.
  568. [R]:        Engage freehand rotate mode.
  569. [G]:        Toggles global mode on and off.
  570. [N]:        Toggles fragment names on and off.
  571. [CTRL]+[C]:    Creates a new fragment in the centre of the screen, 
  572.         and makes this the current atom and fragment.
  573. [CTRL]+[D]:    Deletes the current fragment.
  574. [CTRL]+[S]:    Saves the current fragment to disk.
  575. [CTRL]+[L]:    Loads a fragment from disk.
  576. [CTRL]+[X]:    Copies the current fragment.
  577. [TAB]:        Changes the current fragment by cycling through all
  578.         the fragments.
  579. [RETURN]:    Makes the fragment containg the current atom to be the
  580.         current fragment. (Only available in build mode.)
  581. [ESC]:        Renames the current fragment.
  582. [ENTER]:    Invokes MultiSys™ fragment selector.
  583. [UNDO]:        Quit MolSys.
  584. [F1],[F2],[F3]:    Set display types to useful defaults.
  585.  
  586. Note that a list of keyboard shortcuts can be displayed by double clicking on
  587. the 'Help' icon, or by pressing the [HELP] key.
  588.  
  589. Renaming Molecules ------------------------------------------------------------
  590.  
  591. When renaming molecule fragments (by clicking on the title bar, pressing [ESC]
  592. or through the molecule selector), it is possible to include the greek letters
  593. alpha, beta, epsilon, gamma, lambda, omega, pi, sigma and tau in the name by
  594. typing '\' then 'a','b','e','g','l','o','p','s' or 't'. If you require the '\'
  595. symbol in the name of a molecule, type two backslashes '\\'. Note that some
  596. letters are only available in the supplied fonts, and will be displayed as 
  597. Hebrew characters if you are using the normal screen fonts.
  598. When a new fragment is created, it is automatically named 'Untitled'. This is
  599. also the name given to a fragment created with the Break Bond function. When
  600. using the Make Bond function, the amalgamated fragment takes on the name of the
  601. fragment containing the marked atom. Turning fragment names on gives a
  602. continuous update of the names of all the visible fragments.
  603.  
  604. Building Molecules ------------------------------------------------------------
  605.  
  606. The procedure for building molecules is not as flexible as some systems, but is
  607. quick and easy to learn and very quick to use, and requires no knowledge of
  608. bond lengths or angles. It is recommended that you turn on the labelling and
  609. stick modes and turn off ball display mode before you attempt to build a
  610. molecule.
  611. On entering build mode for the first time (click on the icon, or press space),
  612. a zero surrounded by a diamond can be seen in the middle of the display area.
  613. This zero is a 'Site'. Sites are the only place which atoms may be added in
  614. MolSys. The diamond is the marker of the current atom or site. If there is more
  615. than one site or atom on screen, clicking on the display area in build mode
  616. sets the marker to the nearest atom or site. (Double clicking will also make
  617. the fragment this atom is in the current fragment.) The zero means this is a
  618. special type of site, as any atom can be added there. Clicking on an atom icon
  619. (e.g. '>C=') will place that type of atom at the zero site, and add more sites
  620. to the display. In this case, it will add three: two '1's and a '2'. These
  621. numbers represent the type of bond possible between the atom the site is bonded
  622. to and any atom you may subsequently place at the site. Note that this atom
  623. must have at least one bond of the correct type, e.g. only '>C=','=O' '=N-'
  624. '≥P=' and '>S«' atoms can be added at a type 2 site, and only '≡C-' and '≡N'
  625. atoms can be added at a type 3 site. Adding further atoms may produce more
  626. sites where more atoms can be bonded. It may be necessary to scale or rotate
  627. the molecule during the course of building it. This is more conveniently done
  628. with keyboard shortcuts than by switching to the Move/Display icon bank.
  629. Groups are added a similar way, except that the may only be added to type 1
  630. sites. Clicking on a group icon adds that group to the molecule at the 
  631. current site. Note that groups or atoms may not be added to a site which
  632. is of the incorrect type, or when an atom is marked. The program will also
  633. not allow you to add more atoms than is set in the configuration file.
  634.  
  635. Example of Building a Molecule ------------------------------------------------
  636.  
  637. Turn on the stick and labelling modes, and turn off ball mode. Press [1],[2]
  638. or [4] to get the sticks displayed in a useful mode. Click on New (in the
  639. File icons, or under the File menu.)  Click on Build mode. Press keypad[*] and
  640. then [C]: if it was not already there, a zero surrounded by a diamond will
  641. appear in the centre of the display area. Click on '>C<': The zero will be
  642. replaced by a 'C' and four lines ending in '1's will appear. Click on each '1'
  643. in turn and add hydrogens ('-H') to the first three and a carboxyl group
  644. ('-COOH') to the fourth. Click on the title bar at the top of the display area
  645. and type '[ESC]Ethanoic Acid[RETURN]'. You have made your first molecule with
  646. MolSys! Enjoy!
  647.  
  648. A More Complex Example --------------------------------------------------------
  649.  
  650. Taking the molecule built above, making sure you are in build mode, delete one
  651. of the hydrogens bonded to the main carbon by selecting it and clicking delete:
  652. the 'H' will be replaced by a '1'. Now move the molecule off to one side with
  653. the translate icons or keys, so that it no longer covers the centre of the
  654. display. Now press [CTRL]+[C]: This creates a new molecule fragment and a '0'
  655. will appear in the centre of the screen, and will become the current site. Note
  656. also that the title bar changes to 'Untitled', the title of the new fragment. 
  657. Now click on '>N-' to place a nitrogen atom at the new site, and replace two of
  658. the three created sites with hydrogens by clicking on each one of them in turn
  659. and clicking '-H'. Rotate the nitrogen about a bit using the cursor keys - note
  660. that, if global mode is off, the ethanoic acid molecule will not move. Make the
  661. final '1' site the current atom by clicking on it, and then click on 'Make':
  662. The icon will highlight and the cursor will change to a cross. Click now on the
  663. '1' in the ethanoic acid molecule you moved off to the side earlier. The
  664. molecule will become bonded to the nitrogen atom at the centre of the screen.
  665. Click on the title bar and type '[ESC]Glycine[RETURN]'. You have just made a
  666. model of glycine, the simplest amino acid.
  667.  
  668. Tips --------------------------------------------------------------------------
  669.  
  670. When displaying molecules, the best display mode is ball mode on, stick mode 3
  671. (thick) and reduced size mode. (This can be set by pressing [F2].)
  672. Try adjusting the ball and stick size and thickness (double click on the size
  673. icon) to find the best ratio. Because ball mode slows down the program so
  674. much, it is best to switch it off when rotating or moving the molecule. Using
  675. stickmode 2 (depth cue) gives a better feeling of orientation when rotating.
  676. When building, it is best to turn labelling on so as to see the site types, and
  677. stickmode 4 to see the bond types. 
  678.  
  679. Bugs --------------------------------------------------------------------------
  680.  
  681. The one major bug in MolSys is the failure of the build function to align
  682. double-bonded atoms correctly. This may be done manually by finding the torsion
  683. angle and using the 'align' feature to rotate along the double bond until the
  684. atoms are correctly aligned.
  685. This will be done automatically in future versions.
  686. If you find any bugs in MolSys, please contact me at the address below.
  687.  
  688. Features of Future Versions ---------------------------------------------------
  689.  
  690. MolSys version 1.00 is currently under development. Its features will include:
  691.  
  692. *    Support for ST medium, ST high, TT medium, TT high and larger screen
  693.     resolutions, in fact any screen of width 640 pixels or more. Colour
  694.     will also be supported, with support for 1, 2, 4, 8 & 16 bit colour.
  695.  
  696. *    Much more GEM legal programming, hopefully compatible with MultiTOS.
  697.  
  698. *    Faster graphics (maybe).
  699.  
  700. *    GEM IMG, Metafile and PostScript graphic output formats.
  701.  
  702. If you would like to see a particular feature in MolSys that it does not yet
  703. have, let me know and I will try to implement it. I am also willing to produce
  704. customized versions of the program.
  705. I would also appreciate any information on file formats used by other 
  706. molecular modelling programs, including those used on other machines. I may
  707. then be able to implement these types of files in the forthcoming file
  708. converter program, MSC. Failing a human readable listing, I may be able to
  709. decypher the actual files themselves, given a few small examples.
  710. For information on the MolSys molecule file format, consult the file MLS.TXT
  711. which accompanies this distribution.
  712.  
  713. Information -------------------------------------------------------------------
  714.  
  715. Future versions of MolSys will continue to be released into the Public Domain,
  716. but unlimited versions will only be available by registering. Please send me a
  717. cheque/PO/cash for £10.00 to the address below, made payable to Robert Mellish.
  718. You will receive the latest (unlimited) version of the program, notification
  719. of future upgrades and (maybe- no guarantees) a printed manual. A copy of the
  720. C source code is also available to registered users. If you have any comments,
  721. recommendations or ideas for MolSys, please write to tell me, even if you
  722. don't want to register. I would especially like ideas for new features which
  723. I may implement in future versions of the program.
  724.  
  725. A version of MolSys for IBM PC compatibles, PMS, will soon be available.
  726. Write to the address below for more information.
  727.  
  728. Robert Mellish,
  729. Westbury, Ranelagh Drive,
  730. Bracknell, Berkshire.
  731. RG12 3DA
  732. UK
  733.  
  734. Tel:(0344) 428171
  735.  
  736. email:    r.mellish@ic.ac.uk
  737.  
  738. Remember, MolSys is the best molecular modelling system on the ST!
  739.  
  740. -------------------------------------------------------------------------------
  741. (If you can't afford £10, or don't think MolSys is worth it, that's OK. Send
  742. me whatever you can, or just write to me. I always like to hear from users, so
  743. drop me a line at the address above if you have any comments. I will send you
  744. the latest version (with the 100 atom limit still in) if you send me a disk
  745. and postage.)
  746. -------------------------------------------------------------------------------
  747.  
  748. Robert Mellish, Helion Graphics, 09/02/93 MolSys v0.74