home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ nlmpubs.nlm.nih.gov / 2014.05.nlmpubs.nlm.nih.gov.tar / nlmpubs.nlm.nih.gov / umls / net.txt < prev    next >
Text File  |  1994-04-25  |  74KB  |  1,521 lines
  1.  
  2. 4.  UMLS SEMANTIC NETWORK
  3.  
  4.  
  5. 4.1   Introduction
  6.  
  7.  
  8. The purpose of the Semantic Network is to provide a consistent categorization
  9. of all concepts represented in the UMLS Metathesaurus and to provide a set of
  10. useful relations between these concepts. All information about specific
  11. concepts is found in the Metathesaurus; the Network  provides information about
  12. the set of basic semantic types, or categories, which may be assigned to these
  13. concepts.
  14.  
  15. The semantic types are the nodes in the Network, and the relations between
  16. them are the links.  Major groupings have been established for organisms,
  17. anatomical structures, biologic function, chemicals, events, physical objects,
  18. and concepts or ideas.  Each concept in the Metathesaurus has been assigned one
  19. or more semantic types from the Network.  The assignments are made based on the
  20. meanings the concepts have in the source vocabularies. The 1993 release of the
  21. Semantic Network includes 132 semantic types.
  22.  
  23. The primary relation is the 'isa'  link.  This link establishes the hierarchy
  24. of types within the Network and is used for deciding on the most specific
  25. semantic type available for assignment to a Metathesaurus concept. By
  26. traversing the 'isa' links it is possible to compute an interpretation for any
  27. given node in the network.  A set of 46 non-hierarchical relations between the
  28. types is included. These are grouped into four major categories, which are
  29. themselves relations:  'physically_related_to', 'temporally_related_to',
  30. 'functionally_related_to', and 'conceptually_related_to'.
  31.  
  32. The relations are stated between high level nodes in the Network whenever
  33. possible and are generally inherited via the 'isa' link by all the children of
  34. those nodes.  Thus, for example, the relation 'process_of' is stated to hold
  35. between the semantic types 'Biologic Function' and 'Organism'.  Therefore, it
  36. also holds between 'Organ or Tissue Function' (which is a 'Physiologic
  37. Function', which is, in turn, a 'Biologic Function') and 'Animal' (which is
  38. an 'Organism').  The fully inherited set of non-hierarchical links has been
  39. provided with this release of the Network and is described below in the
  40. description of the relational file format.
  41.  
  42. In some cases there will be a conflict between the placement of types in the
  43. Network and the link to be inherited.  If this is so, the inheritance of the
  44. link is said to be blocked. For example, by inheritance the type 'Mental
  45. Process' would be 'process_of' 'Plant'.  Since plants are not sentient beings,
  46. this link is explicitly blocked.  In other cases the nature of the relation
  47. is such that it should not be inherited by the children of the types that
  48. it links. In that case, the relation is defined for the two semantic types it
  49. explicitly links, but blocked for all the children of those types.  For
  50. example, 'conceptual_part_of' links 'Body System' and 'Fully Formed Anatomical
  51. Structure', but it should not link 'Body System' to all the children of 'Fully
  52. Formed Anatomical Structure'; e.g., a body system is not a conceptual part
  53. of a cell.
  54.  
  55. The relations are stated between semantic types and do not necessarily apply
  56. to all instances of concepts that have been assigned to those semantic types.
  57. That is, the relation may or may not hold between any particular pair of
  58. concepts.  So, though the relation 'evaluation_of' holds between the semantic
  59. types 'Sign' and 'Organism Attribute', a particular sign or a particular
  60. attribute may not be linked by this relation.  Thus, signs such as "overweight"
  61. and "fever" are evaluations of the organism attributes "body weight" and "body
  62. temperature", respectively.  However, "overweight" is not an evaluation of
  63. "body temperature", and "fever" is not an evaluation of "body weight".
  64.  
  65. The relations provided in the Network do not represent all possible relations
  66. between semantic types.  Rather, they are intended as an initial  step in the
  67. development of a set which will be useful for retrieval of information from a
  68. variety of computerized biomedical databases.
  69.  
  70. The Semantic Network serves as an authority for the semantic types that are
  71. assigned to concepts in the Metathesaurus and that are assigned to databases
  72. in the Information Sources Map (ISM).  The Network defines these types, both
  73. with textual descriptions and by means of the information inherent in its
  74. hierarchies.  It defines the set of relationships that hold between high
  75. level semantic types and, in conjunction with the other UMLS knowledge sources,
  76. makes these available for the purpose of enhancing existing information
  77. retrieval methods.
  78.  
  79. The UMLS Semantic Network is provided in two formats; a relational table format
  80. and a unit record format.
  81.  
  82.  
  83. Differences between the 1992 and 1993 Experimental Editions:
  84.  
  85. The 1993 edition of the Semantic Network contains has combined the types 'Sign'
  86. and 'Symptom' into one new type 'Sign or Symptom', and no longer has the
  87. type 'Gene Product'.  One additional relational table is included with the
  88. Network files. This table is an expansion of the Network structure table and
  89. gives the fully inherited set of non-hierarchical links represented in the
  90. Network, expressed as triples of semantic type and relation names.
  91.  
  92.  
  93. Co-occurrence Information
  94.  
  95. Groupings of semantic types have been established for the purpose of displaying
  96. MEDLINE co-occurrence information.  These 14 high-level groupings appear in
  97. the MetaCard application on the "occurs" screen and are listed in Appendix D.
  98.  
  99.  
  100. Labelled MeSH relationships
  101.  
  102. Several portions of the MeSH hierarchy have been labelled with child to parent
  103. semantic relationships.  All of sections A (Anatomy), C (Diseases), and F
  104. (Psychiatry and Psychology) have been labelled, as well as sub-trees 4-11 in
  105. section G (Biological Sciences).  The `isa' relation and all non-hierarchical
  106. relations in the Semantic Network are valid for use in this labelling.  One
  107. additional relation is used: 'equivalent_to'.
  108.  
  109. The links that are expressed between MeSH terms are, with some exceptions,
  110. reflected in the Semantic Network.  That is, if two MeSH terms are linked by a
  111. certain relation, then that link is expressed in the Network as a link between
  112. the semantic types that have been assigned to those MeSH terms.  For example,
  113. "Amniotic Fluid", which is a 'Body Substance', is a child of "Embryo", which is
  114. an 'Embryonic Structure'. The labelled relationship is 'surrounds'.  Therefore,
  115. the link "Body Substance surrounds Embryonic Structure" is represented in the
  116. Network.
  117.  
  118. In a few cases the links are not represented in the Network.  By convention,
  119. each instance of a semantic type can be in an 'isa' relation to other instances
  120. of the same semantic type.  For example, if in the MeSH file a child term is
  121. an instance of a 'Disease or Syndrome' and if it is linked by 'isa' to the
  122. parent term which is also a 'Disease or Syndrome', then the link "Disease or
  123. Syndrome isa Disease or Syndrome" holds.  In some cases MeSH terms that are
  124. linked by the 'associated_with' relationship are not represented in the Network
  125. because they were felt to be too specific to the MeSH structure itself.
  126.  
  127. 4.3   Semantic Network ASCII Relational Format
  128.  
  129.  
  130. There are two basic tables and two ancillary tables included in this format.
  131. The two basic tables contain exactly the same information as the unit record
  132. file, but the information is presented somewhat differently.  One table
  133. contains definitional information about the semantic types and relations;
  134. the other contains information about the structure of the Network.  Each
  135. semantic type and each relation has been assigned a 4 character unique
  136. identifier (UI).  These are of the form "T001", "T002", etc.  The ancillary
  137. tables are expansions of the table that contains the Network structure.  They
  138. give the fully inherited set of non-hierarchical links represented in the
  139. Network.  The first table is expressed as triples of UI's.  The second is
  140. expressed as triples of names.  Fields in all tables are separated by  a "|".
  141. The tables are listed and described below:
  142.  
  143. SRDEF    Basic information about the Semantic Types and Relations.
  144. SRSTR    Structure of the Network.
  145. SRSTRE1  Fully inherited set of non-hierarchical Relations (UIs).
  146. SRSTRE2  Fully inherited set of non-hierarchical Relations (names).
  147.  
  148. Specific Descriptions of each Table:
  149.  
  150. Table:  SRDEF
  151. Field 1:  Record Type (STY = Semantic Type  or RL = Relation).
  152. Field 2:  Unique Identifier of the Semantic Type or Relation.
  153. Field 3:  Name of the Semantic Type or Relation.
  154. Field 4:  Tree Number of the Semantic Type or Relation.
  155. Field 5:  Definition of the Semantic Type or Relation.
  156. Field 6:  Abbreviation of the Relation Name (RL records only).
  157. Field 7:  Inverse of the Relation (RL records only).
  158.  
  159. Table:  SRSTR
  160. Field 1:  Argument 1 (Name of a Semantic Type or Relation).
  161. Field 2:  Relation ('isa' or the name of a non-hierarchical Relation).
  162. Field 3:  Argument 2 (Name of a Semantic Type or Relation); if this
  163.           field is blank this means that the Semantic Type or Relation is one
  164.           of the top nodes of the Network.
  165. Field 4:  Link Status (D = Defined for the Arguments and its children;
  166.           B = Blocked; DNI = Defined but Not Inherited by the children of the
  167.           Arguments).
  168.           N.B.: The relations expressed in this table are binary relations and
  169.           the arguments are ordered pairs.  The relations are stated only for
  170.           the top-most node of the 'isa' hierarchy of the Semantic Types to
  171.           which they may apply.
  172.  
  173. Table:  SRSTRE1 or SRSTRE2
  174. Field 1:  Argument 1 (UI or name of a Semantic Type).
  175. Field 2:  Relation (UI or name of a non-hierarchical Relation).
  176. Field 3:  Argument 2 (UI or name of a Semantic Type).
  177.           N.B.: The relations expressed in this table are binary relations
  178.           and the arguments are ordered pairs.  The non-hierarchical relations
  179.           have been fully inherited in this table.
  180.  
  181.  
  182. 4.4   Semantic Network ASCII Unit Record Format
  183.  
  184.  
  185. The file "SU" contains individual records for both semantic types and
  186. relations.
  187. Each record begins with a unique identifier field (UI) which contains the 4
  188. character UI.  These are of the form "T001", "T002", etc.  Each field in a
  189. record begins on a new line and may continue over several lines. If "<none>"
  190. appears in a field, that means there is no value for that field.
  191.  
  192.  
  193. Semantic Type records contain the following fields:
  194.  
  195. UI:   Unique Identifier of the Semantic Type.
  196. STY:  Name of the Semantic Type.
  197. STN:  Tree Number of the Semantic Type.
  198. DEF:  Definition of the Semantic Type.
  199. HL:  Hierarchical links of the Semantic Type to its parent
  200.      ({isa}) and its children ({inverse_isa}).  If there is no
  201.      parent listed, this means that the Semantic Type has no
  202.      parent and is one of the top nodes of the Network.
  203.  
  204. Relation records contain the following fields:
  205.  
  206. UI:    Unique Identifier of the Relation.
  207. RL:    Name of the Relation.
  208. ABR:   Abbreviation of the Relation.
  209. RIN:   Name of the inverse of the Relation.
  210. RTN:   Tree Number of the Relation.
  211. DEF:   Definition of the Relation.
  212. INH:   "N" if the relation is not inherited; field otherwise
  213.        does not occur.
  214. HL:    Hierarchical links of the Relation to its parent ({isa})
  215.        and its children ({inverse_isa}).  If there is no parent listed,
  216.        this means that the Relation has no parent and is one of the top
  217.        nodes of the Network.
  218. STL:   Semantic Types linked by this Relation.
  219.        N.B.: These are binary relations and the arguments are ordered
  220.        pairs. The relations are stated only for the top-most node of
  221.        the 'isa' hierarchy of the Semantic Types to which they may
  222.        apply.
  223. STLB:  Semantic Types linked by this Relation are blocked; field
  224.        otherwise does not occur
  225.  
  226.  
  227. 4.5  Semantic Network Browser
  228.  
  229.  
  230. The Semantic Network Browser is a Macintosh application that allows the user
  231. to browse the Semantic Network.  The Browser reads a file in unit record
  232. format. The unit record file included with the Browser (called "UMLS Net") is
  233. a slight augmentation of the "SU" file described above.  (See below for a brief
  234. description of the differences).
  235.  
  236. Using the Browser:
  237.  
  238. The Semantic Network Browser will run on the Apple Macintosh family of
  239. computers, will work with MultiFinder, and requires System 6.0 or later.
  240.  
  241. To use the Browser, double-click on the application icon.  The Menu bar will
  242. change and an information box will be displayed.
  243.  
  244. The user can click on the information box to make it go away.
  245.  
  246. Choose Open from the File menu.
  247.  
  248. Choose "UMLS Net" (or the name of any other appropriately constructed file)
  249. from the file selection dialog.
  250.  
  251. The cursor will change to indicate processing is underway; in a few seconds
  252. the top-most nodes of the Semantic Network will be displayed.
  253.  
  254. The leftmost item (displayed in 18-point type and in red on color monitors)
  255. indicates the user's current position.  The items in the column to the right
  256. (displayed in 14-point type and in green on color monitors) are one step away
  257. from the current position.
  258.  
  259. A line connecting items indicates a relation between them.  A heavy line
  260. indicates an 'isa' relation (or its inverse).  The name of the relation is
  261. indicated by a two-letter abbreviation (e.g., is); the inverse of the relation
  262. is indicated by a trailing apostrophe (e.g., is').
  263.  
  264. Single-click on an item to select it.  Selected items are highlighted to
  265. indicate the selection.
  266.  
  267. Double-click on any item to move that item to the leftmost position; the
  268. display will change accordingly.
  269.  
  270. If the last item viewed is still visible in the current display, it is
  271. outlined by a box.
  272.  
  273. If the mouse is clicked on either the line or the two-letter abbreviation
  274. representing a relation, a pop-up appears that gives the unabbreviated name of
  275. the relation.  Network properties (i.e., 'isa', 'inverse_isa' a relation's
  276. inverse, and a relation's domain) are shown within parentheses; relations
  277. defined in the data file are not.  If the mouse is double-clicked within the
  278. pop-up, the relation then becomes the current (leftmost) position.  The
  279. resultant display shows the relation, its domain (the class of items to which
  280. it applies), its inverse, and the domain of its inverse.  If the relation is
  281. related to other relations (via the 'isa' relation), they will also be shown.
  282. Note that a relation's inverse is displayed below it, within the same column.
  283.  
  284.  
  285. MENUS
  286.  
  287. The Open (or Close) option of the File menu allows the user to open (close) a
  288. specially constructed text file (e.g., "UMLS Net").
  289.  
  290. The Page Setup and Print options of the File menu can be used to print a copy
  291. of the current display.
  292.  
  293. Quit quits the application.
  294.  
  295. The Copy option of the Edit menu can be used to copy a selected item into the
  296. clipboard.  A selected item is any item that is highlighted, including the
  297. pop-up full name of a relation.
  298.  
  299. The Find option in the Options menu presents a dialog box that allows the user
  300. to search for an item.  The user may enter the whole item, one or more words
  301. from the item (in any order), or just the initial letters from words in the
  302. item. All matching items are displayed in a list from which the user may
  303. select an item to view.
  304.  
  305. The Definition option in the Options menu displays the definition of a selected
  306. type or relation in a separate window, which may then be closed or left open,
  307. as desired.  If no item is selected, the definition of the current (i.e.,
  308. leftmost) item is displayed.  The tree number of the item, if specified in the
  309. data file, is shown at the lower left; its unique identifier is shown at the
  310. lower right. Note that the Options, Treetops, and Last Ten menus will not be
  311. usable while the Definitions window is the foremost window.
  312.  
  313. The Depth option in the Options menu presents a submenu from which the user can
  314. choose to display items that are up to one, two, or more steps away from the
  315. current item.  Items that are a single step away from the current item are
  316. displayed in 14-point green type.  Items that are two or more steps away from
  317. the current item are displayed in 12-point black type.
  318.  
  319. Note  that if the browser runs out of memory while trying to generate a display
  320. and the depth is greater than one, it will set the depth to one and try again.
  321.  
  322. The Relations option in the Options menu presents a dialog box that allows the
  323. user to specify which relations should be displayed.  The user chooses from a
  324. list of all of the relations that were defined in the data file.  One or more
  325. items can be selected from this list by dragging along contiguous items or by
  326. clicking separate items.  In addition, the user can choose the Depth of the
  327. display and whether or not the 'isa' relation is to be displayed.  All
  328. relations and the 'isa' relation can be selected (or deselected) at once with
  329. the "Select All" (or "Deselect All") button.  Clicking on "OK" displays the
  330. results of the user's choices.
  331.  
  332. The Treetops menu is a navigational aid to position the user at the top of one
  333. of the trees in the collection (i.e., the item selected will become the
  334. leftmost item in the display).  The items in this menu indicate distinct trees
  335. in the network.
  336.  
  337. Note that both relations and semantic types can be organized into trees.
  338.  
  339. The Last Ten menu is provided as a navigational aid.  It displays a list of
  340. the ten most recent items or phrases selected by the user during the current
  341. session and can be used to go immediately to a previous position.
  342.  
  343.  
  344. A USEFUL EXERCISE
  345.  
  346. The entire hierarchy of semantic types can be displayed by using the Relations
  347. option in the Options menu. Click on "Deselect All", check 'isa' and select the
  348. "top_level_of" relation in the list of relations (located almost at the bottom
  349. of the list). Set the depth to infinity and click "OK". These settings cause
  350. the browser to show only the 'isa' and "top_level_of" relations (and their
  351. inverse relations) and to display all semantic types in the network that can
  352. be reached from the current semantic type by following these relations
  353. repeatedly. Position the display at "* Semantic Network", if it isn't there
  354. already.  ("* Semantic Network" acts as a root for all of the isa hierarchies
  355. into which the semantic types are organized. The "top_level_of" relation links
  356. "* Semantic Network" with the top of each isa hierarchy.) This display can be
  357. printed but will have to be cut and pasted together as it covers several 8 1/2
  358. by 11 pages, depending on the settings for the Print Options item in the File
  359. menu.
  360.  
  361.  
  362.  
  363. Differences between the "SU" and "UMLS Net" Files:
  364.  
  365. The unit record file included with the Browser (called "UMLS Net") is a slight
  366. augmentation of the "SU" file described earlier.  One additional node and one
  367. additional link have been added.  The additions appear at the end of the UMLS
  368. Net file and are given the Unique Identifiers G01-G02.  The file was augmented
  369. for display purposes only.  The augmentation allows the user to see the
  370. top-level nodes in the network when first starting the application.
  371. RL: adjacent_to
  372. DEF: Close to, near or abutting another physical unit with no other structure
  373. of the same kind intervening.  This includes adjoins, abuts, is contiguous to,
  374. is juxtaposed, and is close to.
  375.  
  376. RL: affects
  377. DEF: Produces a direct effect on.  Implied here is the altering or influencing
  378. of an existing condition, state, situation, or entity.  This includes has a
  379. role in, alters, influences, predisposes, catalyzes, stimulates, regulates,
  380. depresses, impedes, enhances,  contributes to, leads to, and modifies.
  381.  
  382. RL: assesses_effect_of
  383. DEF: Analyzes the influence or consequences of the function or action of.
  384.  
  385. RL: associated_with
  386. DEF: has a significant or salient relationship to.
  387.  
  388. RL: carries_out
  389. DEF: Executes a function or performs a procedure or activity.  This
  390. includes transacts, operates on, handles, and executes.
  391.  
  392. RL: causes
  393. DEF: Brings about a condition or an effect.  Implied here is that an agent,
  394. such as for example, a pharmacologic substance or an organism, has brought
  395. about the effect.  This includes induces, effects, evokes, and etiology.
  396.  
  397. RL: co-occurs_with
  398. DEF: Occurs at the same time as, together with, or jointly.  This includes
  399. is co-incident with, is concurrent with, is contemporaneous with, accompanies,
  400. coexists with, and is concomitant with.
  401.  
  402. RL: complicates
  403. DEF: Causes to become more severe or complex or results in adverse effects.
  404.  
  405. RL: conceptual_part_of
  406. DEF: Conceptually a portion, division, or component of some larger whole.
  407. INH: N
  408.  
  409. RL: conceptually_related_to
  410. DEF: Related by some abstract concept, thought, or idea.
  411. INH: N
  412.  
  413. RL: connected_to
  414. DEF: Directly attached to another physical unit as tendons are connected to
  415. muscles.  This includes attached to and anchored to.
  416.  
  417. RL: consists_of
  418. DEF: Is structurally made up of in whole or in part of some material or matter.
  419. This includes composed of, made of, and formed of.
  420.  
  421. RL: contains
  422. DEF: Holds or is the receptacle for fluids or other substances. This includes
  423. is filled with, holds, and is occupied by.
  424.  
  425. RL: degree_of
  426. DEF: The relative intensity of a process or the relative intensity or amount
  427. of a quality or attribute.
  428.  
  429. RL: derivative_of
  430. DEF: In chemistry, a substance structurally related to another or that can be
  431. made from the other substance.  This is used only for structural relationships.
  432. This does not include functional relationships such as metabolite of, by
  433. product of, nor analog of.
  434.  
  435. RL: developmental_form_of
  436. DEF: An earlier stage in the individual maturation of.
  437.  
  438. RL: diagnoses
  439. DEF: Distinguishes or identifies the nature or characteristics of.
  440.  
  441. RL: disrupts
  442. DEF: Alters or influences an already existing condition, state, or situation.
  443. Produces a negative effect on.
  444.  
  445. RL: evaluation_of
  446. DEF: Judgment of the value or degree of some attribute or process.
  447.  
  448. RL: exhibits
  449. DEF: Shows or demonstrates.
  450.  
  451. RL: functionally_related_to
  452. DEF: Related by the carrying out of some function or activity.
  453.  
  454. RL: indicates
  455. DEF: Gives evidence for the presence at some time of an entity or process.
  456.  
  457. RL: interacts_with
  458. DEF: Acts, functions, or operates together with.
  459.  
  460. RL: interconnects
  461. DEF: Serves to link or join together two or more other physical units.  This
  462. includes joins, links, conjoins, articulates, separates, and bridges.
  463.  
  464. RL: issue_in
  465. DEF: Is an issue in or a point of discussion, study, debate, or dispute.
  466.  
  467. RL: location_of
  468. DEF: The position, site, or region of an entity or the site of a process.
  469.  
  470. RL: manages
  471. DEF: Administers, or contributes to the care of an individual or group of
  472. individuals.
  473.  
  474. RL: manifestation_of
  475. DEF: That part of a phenomenon which is directly observable or concretely or
  476. visibly expressed, or which gives evidence to the underlying process.
  477. This includes expression of, display of, and exhibition of.
  478.  
  479. RL: measurement_of
  480. DEF: The dimension, quantity, or capacity determined by measuring.
  481.  
  482. RL: measures
  483. DEF: Ascertains or marks the dimensions, quantity, degree, or capacity of.
  484.  
  485. RL: method_of
  486. DEF: The manner and sequence of events in performing an act or procedure.
  487.  
  488. RL: occurs_in
  489. DEF: Takes place in or happens under given conditions, circumstances, or time
  490. periods, or in a given location or population.  This includes appears in,
  491. transpires, comes about, is present in, and exists in.
  492.  
  493. RL: part_of
  494. DEF: Composes, with one or more other physical units, some larger whole.  This
  495. includes component of, division of, portion of, fragment of, section of, and
  496. layer of.
  497.  
  498. RL: physically_related_to
  499. DEF: Related by virtue of some physical attribute or characteristic.
  500.  
  501. RL: practices
  502. DEF: Performs habitually or customarily.
  503.  
  504. RL: precedes
  505. DEF: Occurs earlier in time.  This includes antedates, comes before, is in
  506. advance of, predates, and is prior to.
  507.  
  508. RL: prevents
  509. DEF: Stops, hinders or eliminates an action or condition.
  510.  
  511. RL: process_of
  512. DEF: Action, function, or state of.
  513.  
  514. RL: produces
  515. DEF: Brings forth, generates or creates.  This includes yields, secretes,
  516. emits, biosynthesizes, generates, releases, discharges, and creates.
  517.  
  518. RL: property_of
  519. DEF: Characteristic of, or quality of.
  520.  
  521. RL: result_of
  522. DEF: The condition, product, or state occurring as a consequence, effect,
  523. or conclusion of an activity or process.  This includes product of, effect of,
  524. sequel of, outcome of, culmination of, and completion of.
  525.  
  526. RL: surrounds
  527. DEF: Establishes the boundaries for, or defines the limits of another physical
  528. structure.  This includes limits, bounds, confines, encloses, and
  529. circumscribes.
  530.  
  531. RL: temporally_related_to
  532. DEF: Related in time by preceding, co-occuring with, or following.
  533.  
  534. RL: traverses
  535. DEF: Crosses or extends across another physical structure or area.  This
  536. includes crosses over and crosses through.
  537.  
  538. RL: treats
  539. DEF: Applies a remedy with the object of effecting a cure or managing a
  540. condition.
  541.  
  542. RL: uses
  543. DEF: Employs in the carrying out of some activity.  This includes applies,
  544. utilizes, employs, and avails.
  545. STY: Acquired Abnormality
  546. DEF: An abnormal structure, or one that is abnormal in size or location, found
  547. in or deriving from a previously normal structure.  Metathesaurus examples
  548. include "Hernia", "Fistula", "Hemorrhoids", and "Varicose Veins".
  549.  
  550. STY: Activity
  551. DEF: An operation or series of operations that an organism or machine carries
  552. out or participates in.  The children of this type in the network are
  553. 'Behavior', 'Daily or Recreational Activity', 'Occupational Activity', and
  554. 'Machine Activity'.  Metathesaurus examples include "Development Planning",
  555. "Expeditions", "Information Distribution", "Migration", and "Voting".
  556.  
  557. STY: Age Group
  558. DEF: An individual or individuals classified according to their age.
  559. Metathesaurus examples include "Adult", "Infant, Premature", "Adolescents",
  560. and "Octogenarian".
  561.  
  562. STY: Alga
  563. DEF: A chiefly aquatic plant that contains chlorophyll, but does not form
  564. embryos during development and lacks vascular tissue.  Metathesaurus examples
  565. include "Chlorella", "Laminaria", "Seaweed", and "Anabaena".
  566.  
  567. STY: Alkaloid
  568. DEF: A basic, nitrogen-containing compound of plant origin. Included here are
  569. aporphines, cinchona, curare, ergot, opium, belladonna, rauwolfia, and vinca
  570. alkaloids, among others.  Metathesaurus examples include "Quinidine",
  571. "Aconitine", "3-Hydroxy-N-Methylmorphinan", "Vincamine", and "Rauwolfia
  572. Alkaloids".
  573.  
  574. STY: Amino Acid Sequence
  575. DEF: The sequence of amino acids as arrayed in chains, sheets, etc., within the
  576. protein molecule. It is of fundamental importance in determining protein
  577. structure.
  578.  
  579. STY: Amino Acid, Peptide, or Protein
  580. DEF: Amino acids and chains of amino acids connected by peptide linkages.
  581. Metathesaurus examples include "Glycoproteins", "Myoglobin", "Alanine",
  582. "Sulfatase", and "Acetylcysteine".
  583.  
  584. STY: Amphibian
  585. DEF: A cold-blooded, smooth-skinned vertebrate which characteristically hatches
  586. as an aquatic larva, breathing by gills.  When mature, the amphibian breathes
  587. with lungs.  Metathesaurus examples include "Salamandra", "Urodela", and
  588. "Frog".
  589.  
  590. STY: Anatomical Structure
  591. DEF: A normal or pathological part of the anatomy or structural organization of
  592. an organism.  If the term refers to a structure found only in non-humans, the
  593. Non-Human flag is assigned as well.  Examples of this would be such terms as
  594. "Feathers", "Gills", and "Horns".  The children of this type in the network are
  595. 'Embryonic Structure', 'Congenital Abnormality', 'Acquired Abnormality', and
  596. 'Fully Formed Anatomical Structure'.
  597.  
  598. STY: Animal
  599. DEF: An organism with eukaryotic cells, and lacking stiff cell walls, plastids
  600. and photosynthetic pigments.  The children of this type in the network are
  601. 'Invertebrate', and 'Vertebrate'.  Metathesaurus examples include "Animals,
  602. Poisonous", "Animals, Newborn", and "Animals, Laboratory".
  603.  
  604. STY: Bacterium
  605. DEF: A small, typically one-celled, prokaryotic micro-organism.  Metathesaurus
  606. examples include "Bacillus cereus", "Acetobacter", "Bordetella pertussis", and
  607. "Cytophaga".
  608.  
  609. STY: Behavior
  610. DEF: Any of the activities of humans or animals that can be observed directly
  611. by others or can be made systematically observable by the use of special
  612. strategies. If the term refers to a behavior exhibited  only by non-humans,
  613. the Non-Human flag is assigned as well.  The children of this type in the
  614. network are 'Social Behavior', and 'Individual Behavior'.
  615.  
  616. STY: Biologic Function
  617. DEF: A state, activity or process of the body or one of its systems or parts.
  618. If the term refers to a biologic function found only in non-humans, the
  619. Non-Human flag is assigned as well.  The children of this type in the network
  620. are 'Physiologic Function', and 'Pathologic Function'.
  621.  
  622. STY: Biologically Active Substance
  623. DEF: A substance produced or required by an organism, of primary interest
  624. because of its role in the biologic functioning of the organism that produces
  625. it.  The children of this type in the network are 'Neuroreactive Substance or
  626. Biogenic Amine', 'Hormone', 'Enzyme', 'Vitamin', 'Prostaglandin', and
  627. 'Immunologic Factor'.  Metathesaurus examples include "Myelin", "Gastric Acid",
  628. "Growth Substances", and "Enzyme Precursors".
  629.  
  630. STY: Biomedical Occupation or Discipline
  631. DEF: A vocation, academic discipline, or field of study related to biomedicine.
  632. Metathesaurus examples include "Dermatology", "Emergency Nursing", "Dentistry",
  633. "Family Practice", and "Cellular Neurobiology".
  634.  
  635. STY: Biomedical or Dental Material
  636. DEF: A substance used in biomedicine or dentistry predominantly for its
  637. physical, as opposed to chemical, properties. Included here are biocompatible
  638. materials, tissue adhesives, bone cements, resins, etc.  Metathesaurus
  639. examples include "Anion Exchange Resins", "Dental Casting Investment",
  640. "Elastosil", "Bone Cements", and "Drug Implants".
  641.  
  642. STY: Bird
  643. DEF: A vertebrate having a constant body temperature and characterized by the
  644. presence of feathers.  Metathesaurus examples include "Canaries", "Pigeons",
  645. and "Quail".
  646.  
  647. STY: Body Location or Region
  648. DEF: An area, subdivision, or region of the body demarcated for the purpose of
  649. topographical description.  If the term refers to a body location or region
  650. found only in non-humans, the Non-Human flag is assigned as well.
  651. Metathesaurus examples include "Abdomen", "Thorax", "Back", and "Gluteal
  652. Region".
  653.  
  654. STY: Body Part, Organ, or Organ Component
  655. DEF: A collection of cells and tissues which are localized to a specific area
  656. or combine and carry out one or more specialized functions of an organism.  This
  657. ranges from gross structures to small components of complex organs. These
  658. structures are relatively localized in comparison to tissues.  Metathesaurus
  659. examples include "Eye", "Liver", "Pulmonary Artery", and "Laryngeal Mucosa".
  660.  
  661. STY: Body Space or Junction
  662. DEF: An area enclosed or surrounded by body parts or organs or the place where
  663. two anatomical structures meet or connect.  If the term refers to a body space
  664. or junction found only in non-humans, the Non-Human flag is assigned as well.
  665. Metathesaurus examples include "Synapses", "Peritoneal Cavity", "Neuromuscular
  666. Junction", and "Knee Joint".
  667.  
  668. STY: Body Substance
  669. DEF: Extracellular material, or mixtures of cells and extracellular material,
  670. produced, excreted, or accreted by the body. Included here are substances such
  671. as saliva, dental enamel, sweat, and gastric acid.  If the term refers to a
  672. body substance found only in non-humans, the Non-Human flag is assigned as
  673. well.  Metathesaurus examples include "Saliva", "Necrotic debris", "Mucus", and
  674. "Amniotic Fluid".
  675.  
  676. STY: Body System
  677. DEF: A complex of anatomical structures that performs a common function.
  678. Metathesaurus examples include "Renin-Angiotensin System", "Limbic System",
  679. "Skeleton", and "Reticuloendothelial System".
  680.  
  681. STY: Carbohydrate Sequence
  682. DEF: The sequence of carbohydrates within polysaccharides, glycoproteins, and
  683. glycolipids.
  684.  
  685. STY: Carbohydrate
  686. DEF: A compound consisting of carbon, hydrogen, and oxygen in which the
  687. hydrogen/oxygen ratio is the same as in water, and in which repeating units are
  688. joined through oxygen linkages.  Carbohydrates are generally characterized as
  689. sugars and include mono-, di-, oligo-, and polysaccharides, glycosides,
  690. glycans, and starches.  Included here are sugar phosphates.  Excluded are
  691. glycolipids.  Metathesaurus examples include "Glycosides", "Polysaccharides",
  692. "Deoxyglucose", and "Sepharose".
  693.  
  694. STY: Cell Component
  695. DEF: A part of a cell or the intercellular matrix, generally visible by
  696. light microscopy.  Metathesaurus examples include "Golgi Apparatus",
  697. "Microsomes", and "Organelles".
  698.  
  699. STY: Cell Function
  700. DEF: A physiologic function inherent to cells or cell components.
  701. Metathesaurus examples include "Cell Division", "Cell Cycle", "Erythrocyte
  702. Aggregation", and "Lymphocyte Transformation".
  703.  
  704. STY: Cell or Molecular Dysfunction
  705. DEF: A pathologic function inherent to cells, parts of cells, or molecules.
  706. Metathesaurus examples include "Cellular necrosis", "Wallerian Degeneration",
  707. "Cell Transformation, Neoplastic", and "DNA Damage".
  708.  
  709. STY: Cell
  710. DEF: The fundamental structural and functional unit of living organisms.
  711. Metathesaurus examples include "Erythrocytes", "Dendritic Cells", and
  712. "Histiocytes".
  713.  
  714. STY: Chemical Viewed Functionally
  715. DEF: A chemical viewed from the perspective of its functional characteristics
  716. or pharmacological activities.  The children of this type in the network are
  717. 'Pharmacologic Substance', 'Biomedical or Dental Material', 'Biologically
  718. Active Substance', 'Indicator or Reagent', and 'Hazardous or Poisonous
  719. Substance'.  Metathesaurus examples include "Aerosol Propellants", "Soaps", and
  720. "Food Additives".
  721.  
  722. STY: Chemical Viewed Structurally
  723. DEF: A chemical viewed from the perspective of its structural characteristics.
  724. Included here are terms which can mean either a salt, an ion, or a compound
  725. (e.g., "Bromates" and "Bromides").  The children of this type in the network
  726. are 'Inorganic Chemical', and 'Organic Chemical'.  Metathesaurus examples
  727. include "Free Radicals", "Onium Compounds", "Salts", and "Sulfur Compounds".
  728.  
  729. STY: Chemical
  730. DEF: Chemicals are viewed from two distinct perspectives in the network,
  731. functionally and structurally. Almost every chemical term is assigned at least
  732. two types, one from the structure hierarchy and at least one from the function
  733. hierarchy.  The children of this type in the network are 'Chemical Viewed
  734. Functionally', and 'Chemical Viewed Structurally'.
  735.  
  736. STY: Conceptual Entity
  737. DEF: A broad type for grouping abstract entities or concepts.  The children
  738. of this type in the network are 'Idea or Concept', 'Finding', 'Organism
  739. Attribute', 'Intellectual Product', 'Language', 'Occupation or Discipline',
  740. 'Organization', 'Group Attribute', and 'Group'.
  741.  
  742. STY: Congenital Abnormality
  743. DEF: An abnormal structure, or one that is abnormal in size or location,
  744. present at birth or evolving over time as a result of a defect in embryogenesis.
  745. Metathesaurus examples include "Congenital cranial meningocele" and
  746. "Syndactylia".
  747.  
  748. STY: Daily or Recreational Activity
  749. DEF: An activity carried out for recreation or exercise.  Metathesaurus
  750. examples include "Swimming", "Camping", "Child Care", and "Exercise".
  751.  
  752. STY: Diagnostic Procedure
  753. DEF: A procedure, method, or technique used to determine the nature or identity
  754. of a disease or disorder.  This excludes procedures which are primarily carried
  755. out on specimens in a laboratory.  Metathesaurus examples include
  756. "Electrocardiography", "Ultrasonography", "Heart Auscultation", and
  757. "Personality Assessment".
  758.  
  759. STY: Disease or Syndrome
  760. DEF: A condition which alters or interferes with a normal process, state, or
  761. activity of an organism.  It is usually characterized by the abnormal
  762. functioning of one or more of the host's systems, parts, or organs.  Included
  763. here is a complex of symptoms descriptive of a disorder.  This type has one
  764. child in the network, 'Mental or Behavioral Dysfunction'.  Metathesaurus
  765. examples include "Diabetes Mellitus", "Brain Neoplasms", "Nephrotic Syndrome",
  766. "Dumping Syndrome", and "Malabsorption Syndromes".
  767.  
  768. STY: Educational Activity
  769. DEF: An activity related to the organization and provision of education.
  770. Metathesaurus examples include "Community Health Education",
  771. "Preceptorship", "Academic Training", and "Family Planning Training".
  772.  
  773. STY: Eicosanoid
  774. DEF: A compound structurally related to arachidonic acid. Included here are
  775. arachidonic acid, eicosanoic acid, and saturated or unsaturated derivatives of
  776. each.  Metathesaurus examples include "Thromboxane B2", "n-Eicosanoic acid",
  777. "8,11,14-Eicosatrienoic Acid", and "Leokotriene C-4".
  778.  
  779. STY: Element or Ion
  780. DEF: One of the 109 presently known kinds of substance that comprise all matter
  781. at and above the atomic level. This includes elemental metals, rare gases, and
  782. naturally occurring radioactive elements, as well as the ionic counterparts of
  783. elements.  This does not include the less abundant isotopic forms, for which
  784. the type 'Isotope' is assigned.  Metathesaurus examples include "Aluminum",
  785. "Carbon", "Uranium", "Beryllium", and "Oxygen Ion".
  786.  
  787. STY: Embryonic Structure
  788. DEF: An anatomical structure that exists only before the organism is fully
  789. formed; in mammals, for example, a structure that exists only prior to the
  790. birth of the organism.  This structure may be normal or abnormal.
  791. Metathesaurus examples include "Neural Crest", "Blastoderm", and "Fetal Heart".
  792.  
  793. STY: Entity
  794. DEF: A physical or conceptual entity. The children of this type in the network
  795. are 'Physical Object', and 'Conceptual Entity'.
  796.  
  797. STY: Environmental Effect of Humans
  798. DEF: A change in the natural environment that is a result of the activities of
  799. human beings.  Metathesaurus examples include "Water Pollution", "Acid Rain",
  800. "Soil Degradation", and "Smog".
  801.  
  802. STY: Enzyme
  803. DEF: A complex protein that is produced by living cells and which catalyzes
  804. specific biochemical reactions.  There are six main types of enzymes,
  805. oxidoreductases, transferases, hydrolases, lyases, isomerases, and ligases.
  806. Metathesaurus examples include "ATP Citrate Lyase", "Acetyl CoA
  807. Acetyltransferase", "Complement Activating Enzymes", and "Glucose Oxidase".
  808.  
  809. STY: Event
  810. DEF: A broad type for grouping activities, processes and states.  The children
  811. of this type in the network are 'Activity', and 'Phenomenon or Process'.
  812.  
  813. STY: Experimental Model of Disease
  814. DEF: A representation in a non-human organism of a human disease for the
  815. purpose of research into its mechanism or treatment.  Metathesaurus examples
  816. include "Avian Leukosis", "Streptozotocin Diabetes", "Ehrlich Ascites Tumor",
  817. and "Melanoma, Experimental".
  818.  
  819. STY: Family Group
  820. DEF: An individual or individuals classified according to their family
  821. relationships or relative position in the family unit.  Metathesaurus examples
  822. include "Only Child", "Single Parent", "Surrogate Mothers", and "Twins".
  823.  
  824. STY: Finding
  825. DEF: That which is discovered by direct observation or measurement of an
  826. organism attribute or condition, including the clinical history of the patient.
  827. The children of this type in the network are 'Laboratory or Test Result' and
  828. 'Sign or Symptom'.  Metathesaurus examples include "Occupational problem",
  829. "Birth History", and "Downward displacement of diaphragm".
  830.  
  831. STY: Fish
  832. DEF: A cold-blooded aquatic vertebrate characterized by fins and breathing by
  833. gills.  Included here are fishes having either a bony skeleton, such as a
  834. perch, or a cartilaginous skeleton, such as a shark, or those lacking a jaw,
  835. such as a lamprey or hagfish.  Metathesaurus examples include "Bass", "Eels",
  836. and "Carp".
  837.  
  838. STY: Food
  839. DEF: Any substance containing nutrients, such as carbohydrates, proteins, and
  840. fats, that can be ingested by a living organism and metabolized into energy
  841. and body tissue.  Some foods are naturally occurring, others are either
  842. partially or entirely made by humans.  Metathesaurus examples include "Egg
  843. Yolk", "Nuts", "Beverages", and "Margarine".
  844.  
  845. STY: Fully Formed Anatomical Structure
  846. DEF: An anatomical structure in a fully formed organism; in mammals, for
  847. example, a structure in the body after the birth of the organism.  The children
  848. of this type in the network are 'Body Part, Organ, or Organ Component',
  849. 'Tissue', 'Cell', 'Cell Component', and 'Macromolecular Structure'. They are
  850. linked to each other by the part_of relationship in the network. Thus, a
  851. Macromolecular Structure is part of a Cell Component, which is part of a Cell,
  852. etc.  A term is assigned to the most specific type available.
  853.  
  854. STY: Functional Concept
  855. DEF: A concept which is of interest because it pertains to the carrying out of
  856. a process or activity.  This type has one child in the network, 'Body System'.
  857. Metathesaurus examples include "Solar System".
  858.  
  859. STY: Fungus
  860. DEF: A eukaryotic organism characterized by the absence of chlorophyll and the
  861. presence of a rigid cell wall.  Included here are both slime molds and true
  862. fungi such as yeasts, molds, mildews, and mushrooms.  Metathesaurus examples
  863. include "Blastomyces", "Neurospora", "Aspergillus clavatus", and
  864. "Helminthosporium".
  865.  
  866. STY: Gene or Genome
  867. DEF: A specific sequence, or in the case of the genome the complete sequence,
  868. of nucleotides along a molecule of DNA or RNA (in the case of some viruses)
  869. which represent the functional units of heredity.  Metathesaurus examples
  870. include "Alleles", "Genes, Structural", "Genome, Human", and "c-Ha-ras Genes".
  871.  
  872. STY: Genetic Function
  873. DEF: Functions of or related to the maintenance, translation or expression
  874. of the genetic material.  Metathesaurus examples include "Amino Acid
  875. Activation", "Early Gene Transcription", "Gene Amplification", and "RNA
  876. Splicing".
  877.  
  878. STY: Geographic Area
  879. DEF: A geographic location, generally having definite boundaries.
  880. Metathesaurus examples include "Canada", "Baltimore", "Far East", "Arctic
  881. Regions", and "Cities".
  882.  
  883. STY: Governmental or Regulatory Activity
  884. DEF: An activity carried out by officially constituted governments, or an
  885. activity related to the creation or enforcement of the rules or regulations
  886. governing some field of endeavor.  Metathesaurus examples include "Facility
  887. Regulation and Control", "Public Assistance", "Credentialing", and
  888. "Certification".
  889.  
  890. STY: Group Attribute
  891. DEF: A conceptual entity which refers to the frequency or distribution of
  892. certain characteristics or phenomena in certain groups.  Metathesaurus
  893. examples include "Neonatal Mortality", "Life Expectancy", "Family Size",
  894. "Population Characteristics", and "Group Structure".
  895.  
  896. STY: Group
  897. DEF: A conceptual entity referring to the classification of individuals
  898. according to certain shared characteristics.  The children of this type in the
  899. network are 'Professional or Occupational Group', 'Population Group', 'Family
  900. Group', 'Age Group', and 'Patient or Disabled Group'.
  901.  
  902. STY: Hazardous or Poisonous Substance
  903. DEF: A substance of concern because of its potentially hazardous or toxic
  904. effects.  This would include most drugs of abuse, as well as agents that require
  905. special handling because of their toxicity.  Most pharmaceutical agents,
  906. although potentially harmful, are excluded here and are assigned to the type
  907. 'Pharmacologic Substance'.  Metathesaurus examples include "Paraquat",
  908. "Crack Cocaine", "Plant poison", "Carcinogens", and "Sodium Cyanide".
  909.  
  910. STY: Health Care Activity
  911. DEF: An activity of or relating to the practice of medicine or involving the
  912. care of patients.  The children of this type in the network are 'Diagnostic
  913. Procedure', 'Laboratory Procedure', and 'Therapeutic or Preventive Procedure'.
  914. Metathesaurus examples include "Preventive Health Services", "Ambulatory Care",
  915. "Clinic Activities", and "Geriatric Nursing".
  916.  
  917. STY: Health Care Related Organization
  918. DEF: An established organization which carries out specific functions related
  919. to health care delivery or research in the life sciences.  Terms for health
  920. care related professional societies are assigned the type Professional Society.
  921. Metathesaurus examples include "American Cancer Society", "Health Care
  922. Coalitions", "Ambulatory Care Facilities", and "Pan American Health
  923. Organization".
  924.  
  925. STY: Hormone
  926. DEF: In animals, a chemical secreted by an endocrine gland whose products are
  927. released into the circulating fluid.  Plant hormones or synthetic hormones
  928. which are used only to alter or control various physiologic processes, e.g.,
  929. reproductive control agents, are assigned only to the type 'Pharmacologic
  930. Substance'.  Hormones act as chemical messengers and regulate various
  931. physiologic processes such as growth, reproduction, metabolism, etc.  They
  932. usually fall into two broad classes, steroid hormones and peptide hormones.
  933. Metathesaurus examples include "Gonadotropins", "Epicortisol",
  934. "Glucocorticoids", "Pentagastrin", and "MSH Release Inhibiting Hormone".
  935.  
  936. STY: Human-caused Phenomenon or Process
  937. DEF: A phenomenon or process that is a result of the activities of human
  938. beings. If the term refers to the activity itself, rather than the result of
  939. that activity, a type from the 'Activity' hierarchy is assigned instead.  This
  940. type has one child in the network, 'Environmental Effect of Humans'.
  941. Metathesaurus examples include "Social Change", "Baby Boom", and "International
  942. Cooperation".
  943.  
  944. STY: Human
  945. DEF: Modern man, the only remaining species of the Homo genus.  If a term
  946. describes a human being from the point of view of occupational, family, social
  947. status, etc., then a type from the 'Group' hierarchy is assigned instead.  A
  948. small number of Metathesaurus terms has been assigned this type, e.g.,
  949. "Hominidae", "Man", and "Homo sapiens".
  950.  
  951. STY: Idea or Concept
  952. DEF: An abstract concept, such as a social, religious or philosophical concept.
  953. The children of this type in the network are 'Temporal Concept', 'Qualitative
  954. Concept', 'Quantitative Concept', 'Functional Concept', and 'Spatial Concept'.
  955. Metathesaurus examples include "Civil Rights", "Freedom", "Ethics",
  956. "Spiritualism", and "Capitalism".
  957.  
  958. STY: Immunologic Factor
  959. DEF: A biologic factor whose activities affect or play a role in the
  960. functioning of the immune system.  Metathesaurus examples include "Autocrine
  961. Motility Factor", "Antilymphocyte Globulin", "HIV Antigens", and "Hepatitis
  962. surface antigen".
  963.  
  964. STY: Indicator or Reagent
  965. DEF: A substance used in laboratory reactions, or laboratory or diagnostic
  966. tests and procedures to detect, measure, examine, or analyze other chemicals,
  967. processes, or conditions.  Metathesaurus examples include "Contrast Media",
  968. "Buffers", "Affinity Labels", and "Dansyl Compounds".
  969.  
  970. STY: Individual Behavior
  971. DEF: Behavior exhibited by a human or an animal that is not a direct result of
  972. interaction with other members of the species, but which may have an effect on
  973. others.  Metathesaurus examples include "Assertiveness", "Self Disclosure",
  974. "Nail Biting", and "Risk-Taking".
  975.  
  976. STY: Injury or Poisoning
  977. DEF: A traumatic wound, injury, or poisoning caused by an external agent or
  978. force.  Metathesaurus examples include "Frostbite", "Mushroom Poisoning",
  979. "Acid burn", "Snake Bites", and "Ergotism".
  980.  
  981. STY: Inorganic Chemical
  982. DEF: The general class of substances including the elements, their ionic and
  983. isotopic counterparts, and any chemical compound whose molecules are bound
  984. together ionically rather than covalently.  This includes all compounds which
  985. do not contain carbon as a principal component.  The children of this type in
  986. the network are 'Element or Ion', 'Isotope', and 'Inorganic Compound'.
  987. Metathesaurus examples include "Electrolytes", "Dithionite", and "Technetium Tc
  988. 99m Sulfur Colloid".
  989.  
  990. STY: Inorganic Compound
  991. DEF: A single compound, generally with ionic bonding, not containing carbon as
  992. a principal component (except carbides, carbonates, cyanides, cyanates, and
  993. carbon disulfide).  The bonding between elements in inorganic compounds is
  994. generally ionic.  Included here are inorganic acids and salts, alloys, alkalies,
  995. and minerals.  Excluded are
  996. hydrocarbons.  Metathesaurus examples include "Ferrocyanide salt", "Ammonia",
  997. and "Aluminum Hydroxide".
  998.  
  999. STY: Intellectual Product
  1000. DEF: A conceptual entity resulting from human endeavor. Terms assigned to this
  1001. type generally refer to information created by humans for some purpose. This
  1002. type has one child in the network, 'Regulation or Law'.  Metathesaurus examples
  1003. include "Bayes Theorem", "Information Systems", and "Literature".
  1004.  
  1005. STY: Invertebrate
  1006. DEF: An animal which has no spinal column.  This type has no children in the
  1007. network and is assigned to all invertebrate animals.  Metathesaurus examples
  1008. include "Helminths", "Octopus", "Wasps", and "Protozoa".
  1009.  
  1010. STY: Isotope
  1011. DEF: A form of element having the same atomic number (i.e., the same number of
  1012. protons), but differing in atomic weight or mass due to the presence of one or
  1013. more additional neutrons.  Included here are both stable and radioactive
  1014. isotopes.  Metathesaurus examples include "Radioisotopes", "Chromium Isotopes",
  1015. "Cobalt Radioisotopes", "Co-58 (8)", and "Deuterium".
  1016.  
  1017. STY: Laboratory Procedure
  1018. DEF: A procedure, method, or technique used to determine the composition,
  1019. quantity, or concentration of a specimen, and which is carried out in a clinical
  1020. laboratory.  Included here are procedures which measure the times and rates
  1021. of reactions.  Metathesaurus examples include "Radioimmunoassay", "Legionella
  1022. titer", "Blood Protein Electrophoresis", and "Spectrophotometry".
  1023.  
  1024. STY: Laboratory or Test Result
  1025. DEF: The outcome of a specific test to measure an attribute or to determine the
  1026. presence, absence, or degree of a condition.  Laboratory or test results are
  1027. considered inherently quantitative and, thus, are not assigned the additional
  1028. type 'Quantitative Concept'.  Metathesaurus examples include "Apgar Score",
  1029. "Gastric acidity", "Blood Volume", and "Hypernatremia".
  1030.  
  1031. STY: Lactam
  1032. DEF: A cyclic amide, usually with 4- or 5-membered rings that may or may not be
  1033. fused to other rings, as in compounds structurally related to the penicillins
  1034. and cephalosporins.  Metathesaurus examples include "Penicillanic Acid",
  1035. "Caprolactam", "Alloxan", and "Ticarcillin".
  1036.  
  1037. STY: Language
  1038. DEF: The system of communication used by a particular nation or people.
  1039. Metathesaurus examples include "Afrikaans", "Greek, Modern", "braille", and
  1040. "Welsh".
  1041.  
  1042. STY: Lipid
  1043. DEF: A fat or fat-derived substance, such as fatty acids, fatty alcohols, and
  1044. waxes.  Included here are  glyco- and  phospholipids.  Metathesaurus examples
  1045. include "Ceroid", "Sphingolipids", "Glycerides", and "Calcifediol".
  1046.  
  1047. STY: Machine Activity
  1048. DEF: An activity carried out primarily or exclusively by machines.
  1049. Metathesaurus examples include "Air Conditioning", "Equipment Failure",
  1050. "Natural Language Processing", "Computer Simulation", and "Word
  1051. Processing".
  1052.  
  1053. STY: Macromolecular Structure
  1054. DEF: A very large molecule whose structure contributes to the physiology of the
  1055. cell.  This type has one child in the network, 'Gene or Genome'.  Metathesaurus
  1056. examples include "Scleroproteins", "Histone H5", and "Collagen".
  1057.  
  1058. STY: Mammal
  1059. DEF: A vertebrate having a constant body temperature and characterized by the
  1060. presence of hair, mammary glands and sweat glands. This type has one child in
  1061. the network, 'Human'.  Metathesaurus examples include "Bears", "Macaca",
  1062. "Hamsters", and "Kangaroos".
  1063.  
  1064. STY: Manufactured Object
  1065. DEF: A physical object made by human beings. The children of this type in the
  1066. network are 'Medical Device', and 'Research Device'.  Metathesaurus examples
  1067. include "Cooking and Eating Utensils", "Bookplates", "Adhesive tape", and
  1068. "Car Seats".
  1069.  
  1070. STY: Medical Device
  1071. DEF: A manufactured object used primarily in the diagnosis, treatment, or
  1072. prevention of physiologic or anatomic disorders.  Metathesaurus examples
  1073. include "Hip Prosthesis", "Oxygenators", "Syringes", and "Obstetrical Forceps".
  1074.  
  1075. STY: Mental Process
  1076. DEF: A physiologic function involving the mind or cognitive processing.
  1077. Metathesaurus examples include "Avoidance Learning", "Pattern Recognition",
  1078. "Anger", and "Cognition".
  1079.  
  1080. STY: Mental or Behavioral Dysfunction
  1081. DEF: A clinically significant dysfunction whose major manifestation is
  1082. behavioral or psychological.  These dysfunctions may have identified or
  1083. presumed biological etiologies or manifestations.  Metathesaurus examples
  1084. include "Memory Disorders", "Agoraphobia", "Hallucinations", "Anxiety States,
  1085. Neurotic", and "Cyclothymic Disorder".
  1086.  
  1087. STY: Molecular Biology Research Technique
  1088. DEF: Any of the techniques used in the study of or the directed modification of
  1089. the gene complement of a living organism.  Metathesaurus examples include
  1090. "Genetic Engineering", "Heterozygote Detection", "Sequence Homology
  1091. Determination", and "Blotting, Northern".
  1092.  
  1093. STY: Molecular Function
  1094. DEF: A physiologic function occurring at the molecular level.  This type has
  1095. one child in the network, 'Genetic Function'.  Metathesaurus examples include
  1096. "Electron Transport", "Glycolysis", and "Binding, Competitive".
  1097.  
  1098. STY: Molecular Sequence
  1099. DEF: A broad type for grouping the collected sequences of amino acids,
  1100. carbohydrates, and nucleotide sequences.  Descriptions of these sequences are
  1101. generally reported in the published literature and/or are deposited in and
  1102. maintained by databanks such as GenBank, European Molecular Biology Laboratory
  1103. (EMBL), National Biomedical Research Foundation (NBRF), or other sequence
  1104. repositories.  The children of this type in the network are 'Nucleotide
  1105. Sequence', 'Amino Acid Sequence', and 'Carbohydrate Sequence'.
  1106.  
  1107. STY: Natural Phenomenon or Process
  1108. DEF: A phenomenon or process that occurs irrespective of the activities of
  1109. human beings.  This type has one child in the network, 'Biologic Function'.
  1110. Metathesaurus examples include "Lightning", "Air Movements",
  1111. "Sunlight", "Biological Phenomena", and "Corrosion".
  1112.  
  1113. STY: Neuroreactive Substance or Biogenic Amine
  1114. DEF: A biologic factor whose activities affect or play a role in the
  1115. functioning of the nervous system.  Included here are catecholamines,
  1116. neuroregulators, neurophysins, etc.  Metathesaurus examples include
  1117. "Catecholamine", "Tryptamines", and "Neurotensin".
  1118.  
  1119. STY: Nucleic Acid, Nucleoside, or Nucleotide
  1120. DEF: A complex compound of high molecular weight occurring in living cells.
  1121. These are basically of two types, ribonucleic (RNA) and deoxyribo-nucleic
  1122. (DNA) acids, both of which consist of nucleotides (nucleoside phosphates
  1123. linked together by phosphate bridges).  Metathesaurus examples include
  1124. "Adenosine", "Dibutyryl Cyclic AMP", "Deoxyadenosines", and "Nicotinamide
  1125. Mononucleotide".
  1126.  
  1127. STY: Nucleotide Sequence
  1128. DEF: The sequence of purines and pyrimidines in nucleic acids and
  1129. polynucleotides.  Included here are nucleotide-rich regions, conserved
  1130. sequence, and DNA transforming region.  Metathesaurus examples include "AT
  1131. Rich Region", "Base Sequence", "Direct Repeat", and "Exons".
  1132.  
  1133. STY: Occupation or Discipline
  1134. DEF: A vocation, academic discipline, or field of study, or a subpart of an
  1135. occupation or discipline.  If the term refers to the individuals who have the
  1136. vocation, the type 'Professional or Occupational Group' is assigned.  This type
  1137. has one child in the network, 'Biomedical Occupation or Discipline'.
  1138. Metathesaurus examples include "Anthropology", "Ecology", "Linguistics", "Air
  1139. Microbiology", and "Craniology".
  1140.  
  1141. STY: Occupational Activity
  1142. DEF: An activity carried out as part of an occupation or job.  The children of
  1143. this type in the network are 'Health Care Activity', 'Research Activity',
  1144. 'Governmental or Regulatory Activity', and 'Educational Activity'.
  1145. Metathesaurus examples include "Financial Management", "Collective Bargaining",
  1146. "Commerce", and "Book Classification".
  1147.  
  1148. STY: Organ or Tissue Function
  1149. DEF: A physiologic function of a particular organ, organ system, or tissue.
  1150. Metathesaurus examples include "Osteogenesis", "Tooth Calcification", and
  1151. "Renal Circulation".
  1152.  
  1153. STY: Organic Chemical
  1154. DEF: The general class of carbon-containing compounds, usually based on carbon
  1155. chains or rings, and also containing hydrogen (hydrocarbons), with or without
  1156. nitrogen, oxygen, or other elements.  The bonding between elements is generally
  1157. covalent.  The children of this type in the network are 'Steroid',
  1158. 'Eicosanoid', 'Lactam', 'Alkaloid', 'Nucleic Acid, Nucleoside, or Nucleotide',
  1159. 'Organophosphorus Compound', 'Amino Acid, Peptide, or Protein', 'Carbohydrate',
  1160. and 'Lipid'.  Metathesaurus examples include "Busulfan", "Carotene",
  1161. "Trinitrobenzene", and "Metanephrine".
  1162.  
  1163. STY: Organism Attribute
  1164. DEF: A property of the organism or its major parts.  If the term refers to an
  1165. attribute found only in non-humans, the Non-Human flag is assigned as well.
  1166. Metathesaurus examples include "Body Weight", "Body Temperature",
  1167. "Ambidexterity", and "Eye Color".
  1168.  
  1169. STY: Organism Function
  1170. DEF: A physiologic function of the organism as a whole, of multiple organ
  1171. systems, or of multiple organs or tissues.  This type has one child in the
  1172. network, 'Mental Process'.  Metathesaurus examples include "Growth", "Sleep",
  1173. "Hibernation", and "Homeostasis".
  1174.  
  1175. STY: Organism
  1176. DEF: Generally, a living individual, including all plants and animals.  The
  1177. children of this type in the network are 'Plant', 'Fungus', 'Virus',
  1178. 'Rickettsia or Chlamydia', 'Bacterium', and 'Animal'.  Metathesaurus examples
  1179. include "Plankton", "Homozygote", and "Radiation Chimera".
  1180.  
  1181. STY: Organization
  1182. DEF: The result of uniting for a common purpose or function.  The continued
  1183. existence of an organization is not dependent on any of its members, its
  1184. location, or particular facility.  Components or subparts of organizations are
  1185. also included here.  The children of this type in the network are 'Health Care
  1186. Related Organization', 'Professional Society', and 'Self-help or Relief
  1187. Organization'.  Metathesaurus examples include "Universities", "United
  1188. Nations", "United States Environmental Protection Agency", "European Economic
  1189. Community", and "Labor Unions".
  1190.  
  1191. STY: Organophosphorus Compound
  1192. DEF: An organic compound containing phosphorus as a constituent. Included here
  1193. are organic phosphinic, phosphonic and phosphoric acid derivatives and their
  1194. thiophosphorus counterparts.  Excluded are phospholipids and sugar phosphates.
  1195. Metathesaurus examples include "Phosphonoacetic Acid", "Phosphoric Acid
  1196. Esters", "Diphosphonates", and "Thiamine Triphosphate".
  1197.  
  1198. STY: Pathologic Function
  1199. DEF: A disordered process, activity, or state of the organism as a whole, of a
  1200. body system or systems, or of multiple organs or tissues.  Included here are
  1201. normal responses to a negative stimulus as well as patholologic conditions or
  1202. states that are less specific than a disease.  Pathologic functions frequently
  1203. have systemic effects.  The children of this type in the network are 'Disease
  1204. or Syndrome', 'Cell or Molecular Dysfunction', and 'Experimental Model of
  1205. Disease'.  Metathesaurus examples include "Shock", "Infarction", "Cerebral
  1206. Anoxia", "Inflammation", "Anaphylaxis", and "Acid-Base Imbalance".
  1207.  
  1208. STY: Patient or Disabled Group
  1209. DEF: An individual or individuals classified according to a disability,
  1210. disease, condition or treatment.  Metathesaurus examples include "Amputees",
  1211. "Child, Institutionalized", and "Inpatients".
  1212.  
  1213. STY: Pharmacologic Substance
  1214. DEF: A substance used in the treatment, diagnosis, prevention, or analysis of
  1215. normal and abnormal body function.  This includes substances that occur
  1216. naturally in the body and are administered therapeutically.  Metathesaurus
  1217. examples include "Codeine", "Antipruritics", "Ampicillin", "Cardiovascular
  1218. Agents", "Insulin", and "Ganglionic Blockaders".
  1219.  
  1220. STY: Phenomenon or Process
  1221. DEF: A process or state which occurs naturally or as a result of an activity.
  1222. The children of this type in the network are 'Human-caused Phenomenon or
  1223. Process', 'Natural Phenomenon or Process', and 'Injury or Poisoning'.
  1224. Metathesaurus examples include "Disasters", "Famine", and "Noise".
  1225.  
  1226. STY: Physical Object
  1227. DEF: An object perceptible to the sense of vision or touch.  The children of
  1228. this type in the network are 'Organism', 'Anatomical Structure', 'Manufactured
  1229. Object', and 'Substance'.
  1230.  
  1231. STY: Physiologic Function
  1232. DEF: A normal process, activity, or state of the body.  The children of this
  1233. type in the network are 'Organism Function', 'Organ or Tissue Function', 'Cell
  1234. Function', and 'Molecular Function'.
  1235.  
  1236. STY: Plant
  1237. DEF: An organism having cellulose cell walls, growing by synthesis of inorganic
  1238. substances, generally distinguished by the presence of chlorophyll, and lacking
  1239. the power of locomotion.  Plant parts are included here as well.  This type has
  1240. one child in the network, 'Alga'.  Metathesaurus examples include "Potatoes",
  1241. "Pollen", and "Vegetables".
  1242.  
  1243. STY: Population Group
  1244. DEF: An indivdual or individuals classified according to their sex, racial
  1245. origin, religion, common place of living, financial or social status, or some
  1246. other cultural or behavioral attribute.  Metathesaurus examples include
  1247. "Asian Americans", "Ethnic Groups", "Homeless Persons", and "Low-Income
  1248. Population".
  1249.  
  1250. STY: Professional Society
  1251. DEF: An organization uniting those who have a common vocation or who are
  1252. involved with a common field of study.  Metathesaurus examples include
  1253. "American Medical Association", "Library Associations", and "International
  1254. Council of Nurses".
  1255.  
  1256. STY: Professional or Occupational Group
  1257. DEF: An individual or individuals classified according to their vocation.
  1258. Metathesaurus examples include "Zoologist", "Physicians", "Hospital
  1259. Volunteers", "Clergy", "Military Personnel", and "Demographers".
  1260.  
  1261. STY: Prostaglandin
  1262. DEF: A member of the group of physiologically active compounds derived from
  1263. arachidonic acid.  Members of the group play major roles in the reproductive
  1264. process, smooth muscle stimulation, blood pressure levels, inflammation, etc.
  1265. Included here are prostacyclins, thromboxanes, and leukotrienes.  Metathesaurus
  1266. examples include "Alprostadil", "Prostaglandins F", "Thromboxane A2", and
  1267. "Rioprostil".
  1268.  
  1269. STY: Qualitative Concept
  1270. DEF: A concept which is an assessment of some quality, rather than a direct
  1271. measurement.  Metathesaurus examples include "Clinical Competence", "Quality
  1272. of Health Care", "Abuse of Health Services", and "Consumer Satisfaction".
  1273.  
  1274. STY: Quantitative Concept
  1275. DEF: A concept which involves the dimensions, quantity or capacity of something
  1276. using some unit of measure, or which involves the quantitative comparison of
  1277. entities.  Metathesaurus examples include "Metric System", "Body Height",
  1278. "Age Distribution", and "Secretory Rate".
  1279.  
  1280. STY: Regulation or Law
  1281. DEF: An intellectual product resulting from legislative or regulatory activity.
  1282. Metathesaurus examples include "Building Codes", "Criminal Law", "Health
  1283. Planning Guidelines", and "Security Measures".
  1284.  
  1285. STY: Reptile
  1286. DEF: A cold-blooded vertebrate having an external covering of scales or horny
  1287. plates.  Reptiles breathe by means of lungs and are generally egg-laying.
  1288. Metathesaurus examples include "Lizards", "Snakes", "Turtles", and "Iguanas".
  1289.  
  1290. STY: Research Activity
  1291. DEF: An activity carried out as part of research or experimentation.  This type
  1292. has one child in the network, 'Molecular Biology Research Technique'.
  1293. Metathesaurus examples include "Study Design", "Animal Experimentation",
  1294. "Biomedical Research", and "Cluster Analysis".
  1295.  
  1296. STY: Research Device
  1297. DEF: A manufactured object used primarily in carrying out scientific research
  1298. or experimentation.  Metathesaurus examples include "Questionnaires",
  1299. "Atmosphere Exposure Chambers", and "Cell-Free System".
  1300.  
  1301. STY: Rickettsia or Chlamydia
  1302. DEF: An organism intermediate in size and complexity between a virus and a
  1303. bacterium, and which is parasitic within the cells of insects and ticks.
  1304. Included here are all the chlamydias, also called "PLT" for psittacosis-
  1305. lymphogranuloma venereum-trachoma.  Metathesaurus examples include "Anaplasma",
  1306. "Bartonella", and "Chlamydia trachomatis".
  1307.  
  1308. STY: Self-help or Relief Organization
  1309. DEF: An organization whose purpose and function is to provide assistance to the
  1310. needy or to offer support to those sharing similar problems.  Metathesaurus
  1311. examples include "Alcoholics Anonymous", "Red Cross", "Charities", and
  1312. "Tuberculosis Societies".
  1313.  
  1314. STY: Sign or Symptom
  1315. DEF: An observable manifestation of a disease or condition based on clinical
  1316. judgment, or a manifestation of a disease or condition which is experienced by
  1317. the patient and reported as a subjective observation.  Metathesaurus examples
  1318. include "Pallor", "Body Weight Changes", "Echolalia", "Hyperventilation",
  1319. "Pain", "Toothache", "Nausea", and "Cough".
  1320.  
  1321. STY: Social Behavior
  1322. DEF: Behavior that is a direct result or function of the interaction of humans
  1323. or animals with their fellows.  Metathesaurus examples include "Interpersonal
  1324. Relations", "Social Conformity", "Acculturation", and "Communication".
  1325.  
  1326. STY: Spatial Concept
  1327. DEF: A location, region, or space, generally having definite boundaries.  The
  1328. children of this type in the network are 'Body Space or Junction', 'Body
  1329. Location or Region', 'Molecular Sequence', and 'Geographic Area'.
  1330.  
  1331. STY: Steroid
  1332. DEF: One of a group of polycyclic, 17-carbon-atom, fused-ring compounds
  1333. occurring both in natural and synthetic forms.  Included here are naturally
  1334. occurring and synthetic steroids, bufanolides, cardanolides, homosteroids,
  1335. norsteroids, and secosteroids.  Metathesaurus examples include "Bufanolides",
  1336. "Norandrostanes", "17-Hydroxycorticosteroids", and "Prednisone".
  1337.  
  1338. STY: Substance
  1339. DEF: A material with definite or fairly definite chemical composition.  The
  1340. children of this type in the network are 'Chemical', 'Body Substance', and
  1341. 'Food'.  Metathesaurus examples include "Charcoal", "Foreign Bodies", "Air",
  1342. "Fossils", and "Electrons".
  1343.  
  1344. STY: Temporal Concept
  1345. DEF: A concept which pertains to time or duration.  Metathesaurus examples
  1346. include "Half-Life", "Postoperative Period", "Puerperium", "Birth Intervals",
  1347. and "Postimplantation Phase".
  1348.  
  1349. STY: Therapeutic or Preventive Procedure
  1350. DEF: A procedure, method, or technique designed to prevent a disease or a
  1351. disorder, or to improve physical function, or used in the process of treating
  1352. a disease or injury.  Metathesaurus examples include "Cesarean Section",
  1353. "Counseling", "Vaccine Therapy", and "Cochlear Implant".
  1354.  
  1355. STY: Tissue
  1356. DEF: An aggregation of similarly specialized cells and the associated
  1357. intercellular substance.  Tissues are relatively non-localized in comparison
  1358. to body parts, organs or organ components.  Metathesaurus examples include
  1359. "Cartilage", "Epidermis", "Basophilic muscle fibers", and "Endothelium".
  1360.  
  1361. STY: Vertebrate
  1362. DEF: An animal which has a spinal column.  The children of this type in the
  1363. network are 'Amphibian', 'Bird', 'Fish', 'Reptile', and 'Mammal'.
  1364.  
  1365. STY: Virus
  1366. DEF: An organism consisting of a core of a single nucleic acid enclosed in a
  1367. protective coat of protein.  A virus may replicate only inside a host living
  1368. cell.  A virus exhibits some but not all of the usual characteristics of living
  1369. things.  Metathesaurus examples include "Parvoviridae", "Foot-and-Mouth Disease
  1370. Virus", and "Echovirus 6".
  1371.  
  1372. STY: Vitamin
  1373. DEF: A substance, usually an organic chemical complex, present in natural
  1374. products or made synthetically, which is essential in the diet of man or other
  1375. higher animals.  Included here are vitamin precursors and provitamins.
  1376. Metathesaurus examples include "Vitamin A", "Ascorbic Acid", "Biotin",
  1377. "Riboflavin", and "25-Hydroxyvitamin D 2".
  1378. STY|T001|Organism|A1.1|Generally, a living individual, including all plants and animals.  The children of this type in the network are 'Plant', 'Fungus', 'Virus', 'Rickettsia or Chlamydia', 'Bacterium', and 'Animal'.  Metathesaurus examples include "Plankton", "Homozygote", and "Radiation Chimera".|||
  1379. STY|T002|Plant|A1.1.1|An organism having cellulose cell walls, growing by synthesis of inorganic substances, generally distinguished by the presence of chlorophyll, and lacking the power of locomotion.  Plant parts are included here as well.  This type has one child in the network, 'Alga'.  Metathesaurus examples include "Potatoes", "Pollen", and "Vegetables".|||
  1380. STY|T003|Alga|A1.1.1.1|A chiefly aquatic plant that contains chlorophyll, but does not form embryos during development and lacks vascular tissue.  Metathesaurus examples include "Chlorella", "Laminaria", "Seaweed", and "Anabaena".|||
  1381. STY|T004|Fungus|A1.1.2|A eukaryotic organism characterized by the absence of chlorophyll and the presence of a rigid cell wall.  Included here are both slime molds and true fungi such as yeasts, molds, mildews, and mushrooms.  Metathesaurus examples include "Blastomyces", "Neurospora", "Aspergillus clavatus", and "Helminthosporium".|||
  1382. STY|T005|Virus|A1.1.3|An organism consisting of a core of a single nucleic acid enclosed in a protective coat of protein.  A virus may replicate only inside a host living cell.  A virus exhibits some but not all of the usual characteristics of living things.  Metathesaurus examples include "Parvoviridae", "Foot-and-Mouth Disease Virus", and "Echovirus 6".|||
  1383. STY|T006|Rickettsia or Chlamydia|A1.1.4|An organism intermediate in size and complexity between a virus and a bacterium, and which is parasitic within the cells of insects and ticks. Included here are all the chlamydias, also called "PLT" for psittacosis- lymphogranuloma venereum-trachoma.  Metathesaurus examples include "Anaplasma", "Bartonella", and "Chlamydia trachomatis".|||
  1384. RL|T141|carries_out|CC.2|Executes a function or performs a procedure or activity.  This includes transacts, operates on, handles, and executes.|CO|carried_out_by|
  1385. RL|T142|interacts_with|CC.3|Acts, functions, or operates together with.|IW|interacts_with|
  1386. RL|T143|practices|CC.4|Performs habitually or customarily.|PA|practiced_by|
  1387. RL|T144|produces|CC.5|Brings forth, generates or creates.  This includes yields, secretes, emits, biosynthesizes, generates, releases, discharges, and creates.|PS|produced_by|
  1388. Activity|isa|Event|D|
  1389. Amphibian|isa|Vertebrate|D|
  1390. Animal|isa|Organism|D|
  1391. Biologic Function|isa|Natural Phenomenon or Process|D|
  1392. Body Location or Region|isa|Spatial Concept|D|
  1393. Diagnostic Procedure|isa|Health Care Activity|D|
  1394. Finding|associated_with|Pathologic Function|D|
  1395. Group|exhibits|Behavior|D|
  1396. Injury or Poisoning|complicates|Pathologic Function|D|
  1397. Organism Attribute|measurement_of|Physiologic Function|D|
  1398. UI: T020
  1399. STY: Acquired Abnormality
  1400. STN: A1.2.3
  1401. DEF: An abnormal structure, or one that is abnormal in size or location, found
  1402. in or deriving from a previously normal structure.  Metathesaurus examples
  1403. include "Hernia", "Fistula", "Hemorrhoids", and "Varicose Veins".
  1404. HL: {isa} Anatomical Structure
  1405.  
  1406. UI: T052
  1407. STY: Activity
  1408. STN: B1
  1409. DEF: An operation or series of operations that an organism or machine carries
  1410. out or participates in.  The children of this type in the network are
  1411. 'Behavior', 'Daily or Recreational Activity', 'Occupational Activity', and
  1412. 'Machine Activity'.  Metathesaurus examples include "Development Planning",
  1413. "Expeditions", "Information Distribution", "Migration", and "Voting".
  1414. HL: {isa} Event;
  1415. {inverse_isa} Behavior;
  1416. {inverse_isa} Daily or Recreational Activity;
  1417. {inverse_isa} Occupational Activity;
  1418. {inverse_isa} Machine Activity
  1419.  
  1420. UI: T100
  1421. STY: Age Group
  1422. STN: A2.9.4
  1423. DEF: An individual or individuals classified according to their age.
  1424. Metathesaurus examples include "Adult", "Infant, Premature", "Adolescents",
  1425. and "Octogenarian".
  1426. HL: {isa} Group
  1427.  
  1428. UI: T003
  1429. STY: Alga
  1430. STN: A1.1.1.1
  1431. DEF: A chiefly aquatic plant that contains chlorophyll, but does not form
  1432. embryos during development and lacks vascular tissue.  Metathesaurus examples
  1433. include "Chlorella", "Laminaria", "Seaweed", and "Anabaena".
  1434. HL: {isa} Plant
  1435.  
  1436. UI: T113
  1437. STY: Alkaloid
  1438. STN: A1.4.1.2.1.4
  1439. DEF: A basic, nitrogen-containing compound of plant origin. Included here are
  1440. aporphines, cinchona, curare, ergot, opium, belladonna, rauwolfia, and vinca
  1441. alkaloids, among others.  Metathesaurus examples include "Quinidine",
  1442. "Aconitine", "3-Hydroxy-N-Methylmorphinan", "Vincamine", and "Rauwolfia
  1443. Alkaloids".
  1444. HL: {isa} Organic Chemical
  1445.  
  1446. UI: T087
  1447. STY: Amino Acid Sequence
  1448. STN: A2.1.5.3.2
  1449. DEF: The sequence of amino acids as arrayed in chains, sheets, etc., within the
  1450. protein molecule. It is of fundamental importance in determining protein
  1451. structure.
  1452. HL: {isa} Molecular Sequence
  1453.  
  1454. UI: T173
  1455. RL: adjacent_to
  1456. ABR: AD
  1457. RIN: adjacent_to
  1458. RTN: AA.5
  1459. DEF: Close to, near or abutting another physical unit with no other structure
  1460. of the same kind intervening.  This includes adjoins, abuts, is contiguous to,
  1461. is juxtaposed, and is close to.
  1462. HL: {isa} physically_related_to
  1463. STL: [Body Location or Region|Body Location or Region];
  1464. [Body Location or Region|Body Part, Organ, or Organ Component];
  1465. [Body Location or Region|Body Space or Junction];
  1466. [Body Part, Organ, or Organ Component|Body Part, Organ, or Organ Component];
  1467. [Body Part, Organ, or Organ Component|Body Space or Junction];
  1468. [Body Part, Organ, or Organ Component|Cell];
  1469. [Body Part, Organ, or Organ Component|Tissue];
  1470. [Body Space or Junction|Body Space or Junction];
  1471. [Cell Component|Body Space or Junction];
  1472. [Cell Component|Cell Component];
  1473. [Cell|Cell];
  1474. [Tissue|Body Space or Junction];
  1475. [Tissue|Tissue]
  1476.  
  1477. UI: T141
  1478. RL: carries_out
  1479. ABR: CO
  1480. RIN: carried_out_by
  1481. RTN: CC.2
  1482. DEF: Executes a function or performs a procedure or activity.  This
  1483. includes transacts, operates on, handles, and executes.
  1484. HL: {isa} functionally_related_to
  1485. STL: [Group|Occupational Activity];
  1486. [Group|Daily or Recreational Activity];
  1487. [Organization|Occupational Activity];
  1488. [Gene or Genome|Molecular Function]
  1489.  
  1490. UI: T137
  1491. RL: co-occurs_with
  1492. ABR: CW
  1493. RIN: co-occurs_with
  1494. RTN: BB.1
  1495. DEF: Occurs at the same time as, together with, or jointly.  This includes
  1496. is co-incident with, is concurrent with, is contemporaneous with, accompanies,
  1497. coexists with, and is concomitant with.
  1498. HL: {isa} temporally_related_to
  1499. STL: [Finding|Finding];
  1500. [Congenital Abnormality|Acquired Abnormality];
  1501. [Congenital Abnormality|Congenital Abnormality];
  1502. [Acquired Abnormality|Acquired Abnormality];
  1503. [Acquired Abnormality|Injury or Poisoning];
  1504. [Pathologic Function|Pathologic Function];
  1505. [Pathologic Function|Acquired Abnormality];
  1506. [Pathologic Function|Congenital Abnormality];
  1507. [Pathologic Function|Injury or Poisoning];
  1508. [Physiologic Function|Physiologic Function];
  1509. [Injury or Poisoning|Injury or Poisoning]
  1510.  
  1511. UI: T143
  1512. RL: practices
  1513. ABR: PA
  1514. RIN: practiced_by
  1515. RTN: CC.4
  1516. DEF: Performs habitually or customarily.
  1517. HL: {isa} functionally_related_to
  1518. STL: [Professional or Occupational Group|Occupation or Discipline]
  1519.  
  1520.  
  1521.