home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ vis-ftp.cs.umass.edu / vis-ftp.cs.umass.edu.tar / vis-ftp.cs.umass.edu / pub / Software / Khoros / UMassWorkSpaces / ProductionSystem.Z / ProductionSystem
Text File  |  1992-01-29  |  1MB  |  18,538 lines
  1. # Khoros Image Processing System Workspace
  2. #
  3. # cantata workspace file (/users3/local/khoros/UMassWorkSpaces/ProductionSystem.Z) was created 
  4. # on Wed Jan 29 08:13:09 1992
  5. # by user heller
  6. #
  7. # BeginWorkspace
  8. -F 4.2 1 1 0x0+0+0 +0+0 'Dummy Form' not_used
  9. -S 1 0
  10. -d 1 0 9x2+2+2 'Subform 1'
  11. -d 1 0 9x2+22+2 'Subform 2'
  12. -d 1 0 9x2+2+2 'Subform 3'
  13. -d 1 0 9x2+4+2 'Subform 4'
  14. -d 1 0 9x2+6+2 'Subform 5'
  15. -d 1 0 9x2+8+2 'Subform 6'
  16. -d 1 0 9x2+10+2 'Subform 7'
  17. -d 1 0 9x2+12+2 'Subform 8'
  18. -d 1 0 9x2+14+2 'Subform 9'
  19. -d 1 0 9x2+16+2 'Subform 10'
  20. -d 1 0 9x2+18+2 'Subform 40'
  21. -d 1 0 9x2+20+2 'Subform 41'
  22. -d 1 0 9x2+22+2 'Subform 42'
  23. -d 1 0 9x2+24+2 'Subform 1'
  24. -E
  25. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  26. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  27. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  28. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  29. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  30. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  31. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  32. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  33. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  34. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  35. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  36. -g 1 0 18x1+1+13 'ReMerge'
  37. -g 1 0 18x1+1+13 'RegLab'
  38. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  39. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  40. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  41. -g 1 0 18x1+1+18 'ShowEdges'
  42. -g 1 0 18x1+1+19 'ShowLines'
  43. -g 1 0 18x1+1+21 'intensity'
  44. -g 1 1 18x1+1+23 'VisImages'
  45. -H 1  18x2+1+25 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  46. -Q 1 0 18x2+1+27 'QUIT'
  47. -E
  48. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  49. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  50. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  51. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  52. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  53. -E
  54. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  55. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  56. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  57. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  58. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  59. -E
  60. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  61. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  62. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  63. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  64. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  65. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  66. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  67. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  68. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  69. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  70. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  71. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  72. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  73. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  74. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  75. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  76. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  77. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  78. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  79. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  80. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  81. -E
  82. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  83. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  84. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  85. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  86. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  87. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  88. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  89. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  90. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  91. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  92. -E
  93. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  94. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  95. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  96. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  97. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  98. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  99. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  100. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  101. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  102. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  103. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  104. -E
  105. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  106. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  107. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  108. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  109. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  110. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  111. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  112. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  113. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  114. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  115. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  116. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  117. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  118. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  119. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  120. -E
  121. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  122. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  123. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  124. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  125. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  126. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  127. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  128. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  129. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  130. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  131. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  132. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  133. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  134. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  135. -E
  136. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  137. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  138. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  139. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  140. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  141. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  142. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  143. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  144. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  145. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  146. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  147. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  148. -E
  149. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  150. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  151. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  152. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  153. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  154. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  155. -E
  156. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  157. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  158. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  159. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  160. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  161. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  162. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  163. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  164. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  165. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  166. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  167. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  168. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  169. -E
  170. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  171. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  172. -E
  173. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  174. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  175. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg
  176. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector
  177. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector
  178. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  179. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh
  180. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta
  181. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  182. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  183. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  184. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  185. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  186. -E
  187. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  188. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  189. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  190. -E
  191. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  192. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg
  193. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  194. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  195. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  196. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  197. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  198. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  199. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  200. -E
  201. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  202. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  203. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg
  204. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  205. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  206. -E
  207. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  208. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  209. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  210. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  211. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  212. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  213. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  214. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  215. -E
  216. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  217. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  218. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  219. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  220. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  221. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  222. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  223. -E
  224. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  225. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  226. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  227. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  228. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  229. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  230. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  231. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  232. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  233. -E
  234. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  235. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  236. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  237. -E
  238. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  239. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  240. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  241. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  242. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  243. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  244. -E
  245. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  246. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  247. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  248. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  249. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  250. -E
  251. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  252. -b +18+1 'Intensity from color'
  253. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  254. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  255. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  256. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  257. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  258. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  259. -E
  260. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  261. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  262. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  263. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  264. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  265. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  266. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  267. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  268. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  269. -E
  270. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage '/visimg/.' '/visimg/.'
  271. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  272. -E
  273. -E
  274. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  275. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  276. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  277. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  278. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  279. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  280. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  281. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  282. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  283. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  284. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  285. -g 1 0 18x1+1+13 'ReMerge'
  286. -g 1 0 18x1+1+13 'RegLab'
  287. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  288. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  289. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  290. -g 1 0 18x1+1+18 'ShowEdges'
  291. -g 1 0 18x1+1+19 'ShowLines'
  292. -g 1 0 18x1+1+21 'intensity'
  293. -g 1 1 18x1+1+23 'VisImages'
  294. -H 1  18x2+1+25 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  295. -Q 1 0 18x2+1+27 'QUIT'
  296. -E
  297. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  298. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  299. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  300. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  301. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  302. -E
  303. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  304. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  305. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  306. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  307. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  308. -E
  309. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  310. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  311. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  312. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  313. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  314. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  315. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  316. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  317. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  318. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  319. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  320. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  321. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  322. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  323. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  324. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  325. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  326. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  327. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  328. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  329. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  330. -E
  331. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  332. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  333. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  334. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  335. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  336. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  337. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  338. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  339. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  340. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  341. -E
  342. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  343. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  344. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  345. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  346. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  347. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  348. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  349. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  350. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  351. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  352. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  353. -E
  354. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  355. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  356. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  357. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  358. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  359. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  360. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  361. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  362. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  363. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  364. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  365. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  366. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  367. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  368. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  369. -E
  370. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  371. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  372. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  373. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  374. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  375. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  376. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  377. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  378. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  379. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  380. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  381. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  382. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  383. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  384. -E
  385. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  386. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  387. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  388. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  389. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  390. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  391. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  392. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  393. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  394. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  395. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  396. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  397. -E
  398. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  399. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  400. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  401. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  402. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  403. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  404. -E
  405. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  406. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  407. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  408. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  409. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  410. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  411. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  412. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  413. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  414. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  415. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  416. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  417. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  418. -E
  419. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  420. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  421. -E
  422. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  423. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  424. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg
  425. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector
  426. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector
  427. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  428. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh
  429. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta
  430. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  431. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  432. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  433. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  434. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  435. -E
  436. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  437. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  438. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  439. -E
  440. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  441. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg
  442. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  443. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  444. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  445. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  446. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  447. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  448. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  449. -E
  450. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  451. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  452. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg
  453. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  454. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  455. -E
  456. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  457. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  458. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  459. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  460. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  461. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  462. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  463. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  464. -E
  465. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  466. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  467. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  468. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  469. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  470. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  471. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  472. -E
  473. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  474. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  475. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  476. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  477. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  478. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  479. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  480. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  481. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  482. -E
  483. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  484. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  485. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  486. -E
  487. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  488. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  489. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  490. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  491. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  492. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  493. -E
  494. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  495. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  496. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  497. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  498. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  499. -E
  500. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  501. -b +18+1 'Intensity from color'
  502. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  503. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  504. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  505. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  506. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  507. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  508. -E
  509. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  510. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  511. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  512. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  513. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  514. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  515. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  516. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  517. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  518. -E
  519. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage '/visimg/.' '/visimg/.'
  520. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  521. -E
  522. -E
  523. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  524. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  525. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  526. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  527. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  528. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  529. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  530. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  531. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  532. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  533. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  534. -g 1 0 18x1+1+13 'ReMerge'
  535. -g 1 0 18x1+1+13 'RegLab'
  536. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  537. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  538. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  539. -g 1 0 18x1+1+18 'ShowEdges'
  540. -g 1 0 18x1+1+19 'ShowLines'
  541. -g 1 0 18x1+1+21 'intensity'
  542. -g 1 1 18x1+1+23 'VisImages'
  543. -H 1  18x2+1+25 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  544. -Q 1 0 18x2+1+27 'QUIT'
  545. -E
  546. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  547. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  548. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  549. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  550. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  551. -E
  552. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  553. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  554. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  555. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  556. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  557. -E
  558. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  559. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  560. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  561. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  562. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  563. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  564. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  565. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  566. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  567. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  568. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  569. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  570. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  571. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  572. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  573. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  574. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  575. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  576. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  577. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  578. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  579. -E
  580. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  581. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  582. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  583. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  584. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  585. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  586. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  587. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  588. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  589. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  590. -E
  591. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  592. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  593. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  594. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  595. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  596. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  597. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  598. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  599. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  600. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  601. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  602. -E
  603. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  604. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  605. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  606. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  607. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  608. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  609. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  610. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  611. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  612. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  613. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  614. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  615. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  616. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  617. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  618. -E
  619. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  620. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  621. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  622. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  623. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  624. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  625. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  626. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  627. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  628. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  629. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  630. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  631. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  632. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  633. -E
  634. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  635. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  636. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  637. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  638. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  639. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  640. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  641. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  642. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  643. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  644. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  645. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  646. -E
  647. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  648. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  649. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  650. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  651. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  652. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  653. -E
  654. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  655. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  656. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  657. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  658. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  659. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  660. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  661. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  662. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  663. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  664. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  665. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  666. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  667. -E
  668. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  669. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  670. -E
  671. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  672. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  673. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg
  674. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector
  675. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector
  676. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  677. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh
  678. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta
  679. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  680. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  681. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  682. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  683. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  684. -E
  685. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  686. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  687. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  688. -E
  689. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  690. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg
  691. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  692. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  693. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  694. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  695. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  696. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  697. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  698. -E
  699. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  700. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  701. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg
  702. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  703. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  704. -E
  705. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  706. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  707. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  708. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  709. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  710. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  711. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  712. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  713. -E
  714. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  715. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  716. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  717. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  718. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  719. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  720. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  721. -E
  722. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  723. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  724. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  725. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  726. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  727. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  728. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  729. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  730. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  731. -E
  732. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  733. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  734. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  735. -E
  736. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  737. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  738. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  739. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  740. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  741. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  742. -E
  743. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  744. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  745. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  746. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  747. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  748. -E
  749. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  750. -b +18+1 'Intensity from color'
  751. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  752. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  753. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  754. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  755. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  756. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  757. -E
  758. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  759. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  760. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  761. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  762. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  763. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  764. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  765. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  766. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  767. -E
  768. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage '/visimg/.' '/visimg/.'
  769. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  770. -E
  771. -E
  772. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  773. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  774. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  775. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  776. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  777. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  778. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  779. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  780. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  781. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  782. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  783. -g 1 0 18x1+1+13 'ReMerge'
  784. -g 1 0 18x1+1+13 'RegLab'
  785. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  786. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  787. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  788. -g 1 0 18x1+1+18 'ShowEdges'
  789. -g 1 0 18x1+1+19 'ShowLines'
  790. -g 1 0 18x1+1+21 'intensity'
  791. -g 1 1 18x1+1+23 'VisImages'
  792. -H 1  18x2+1+25 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  793. -Q 1 0 18x2+1+27 'QUIT'
  794. -E
  795. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  796. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  797. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  798. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  799. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  800. -E
  801. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  802. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  803. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  804. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  805. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  806. -E
  807. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  808. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  809. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  810. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  811. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  812. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  813. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  814. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  815. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  816. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  817. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  818. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  819. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  820. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  821. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  822. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  823. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  824. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  825. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  826. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  827. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  828. -E
  829. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  830. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  831. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  832. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  833. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  834. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  835. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  836. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  837. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  838. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  839. -E
  840. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  841. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  842. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  843. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  844. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  845. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  846. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  847. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  848. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  849. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  850. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  851. -E
  852. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  853. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  854. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  855. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  856. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  857. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  858. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  859. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  860. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  861. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  862. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  863. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  864. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  865. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  866. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  867. -E
  868. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  869. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  870. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  871. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  872. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  873. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  874. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  875. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  876. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  877. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  878. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  879. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  880. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  881. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  882. -E
  883. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  884. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  885. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  886. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  887. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  888. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  889. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  890. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  891. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  892. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  893. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  894. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  895. -E
  896. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  897. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  898. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  899. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  900. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  901. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  902. -E
  903. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  904. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  905. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  906. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  907. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  908. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  909. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  910. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  911. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  912. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  913. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  914. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  915. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  916. -E
  917. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  918. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  919. -E
  920. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  921. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  922. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg
  923. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector
  924. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector
  925. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  926. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh
  927. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta
  928. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  929. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  930. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  931. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  932. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  933. -E
  934. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  935. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  936. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  937. -E
  938. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  939. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg
  940. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  941. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  942. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  943. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  944. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  945. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  946. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  947. -E
  948. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  949. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  950. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg
  951. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  952. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  953. -E
  954. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  955. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  956. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  957. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  958. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  959. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  960. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  961. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  962. -E
  963. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  964. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  965. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  966. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  967. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  968. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  969. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  970. -E
  971. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  972. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  973. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  974. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  975. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  976. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  977. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  978. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  979. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  980. -E
  981. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  982. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  983. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  984. -E
  985. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  986. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  987. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  988. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  989. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  990. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  991. -E
  992. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  993. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  994. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  995. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  996. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  997. -E
  998. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  999. -b +18+1 'Intensity from color'
  1000. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  1001. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  1002. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  1003. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  1004. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  1005. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  1006. -E
  1007. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  1008. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  1009. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  1010. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  1011. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  1012. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  1013. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  1014. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  1015. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  1016. -E
  1017. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage '/visimg/.' '/visimg/.'
  1018. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  1019. -E
  1020. -E
  1021. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  1022. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  1023. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  1024. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  1025. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  1026. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  1027. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  1028. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  1029. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  1030. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  1031. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  1032. -g 1 0 18x1+1+13 'ReMerge'
  1033. -g 1 0 18x1+1+13 'RegLab'
  1034. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  1035. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  1036. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  1037. -g 1 0 18x1+1+18 'ShowEdges'
  1038. -g 1 0 18x1+1+19 'ShowLines'
  1039. -g 1 1 18x1+1+21 'intensity'
  1040. -g 1 0 18x1+1+23 'VisImages'
  1041. -H 1  18x2+1+25 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  1042. -Q 1 0 18x2+1+27 'QUIT'
  1043. -E
  1044. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  1045. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  1046. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  1047. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  1048. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  1049. -E
  1050. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  1051. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  1052. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  1053. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  1054. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  1055. -E
  1056. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  1057. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  1058. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  1059. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  1060. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  1061. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  1062. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  1063. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  1064. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  1065. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  1066. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  1067. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  1068. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  1069. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  1070. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  1071. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  1072. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  1073. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  1074. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  1075. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  1076. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  1077. -E
  1078. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  1079. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  1080. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  1081. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  1082. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  1083. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  1084. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  1085. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  1086. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  1087. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  1088. -E
  1089. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  1090. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  1091. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  1092. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  1093. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  1094. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  1095. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  1096. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  1097. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  1098. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  1099. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  1100. -E
  1101. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  1102. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  1103. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  1104. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  1105. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  1106. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  1107. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  1108. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  1109. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  1110. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  1111. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  1112. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  1113. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  1114. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  1115. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  1116. -E
  1117. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  1118. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  1119. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  1120. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  1121. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  1122. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  1123. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  1124. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  1125. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  1126. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  1127. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  1128. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  1129. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  1130. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  1131. -E
  1132. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  1133. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  1134. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  1135. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  1136. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  1137. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  1138. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  1139. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  1140. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  1141. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  1142. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  1143. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  1144. -E
  1145. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  1146. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  1147. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  1148. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  1149. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  1150. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  1151. -E
  1152. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  1153. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  1154. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  1155. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  1156. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  1157. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  1158. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  1159. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  1160. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  1161. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  1162. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  1163. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  1164. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  1165. -E
  1166. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  1167. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  1168. -E
  1169. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  1170. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  1171. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg
  1172. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector
  1173. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector
  1174. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  1175. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh
  1176. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta
  1177. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  1178. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  1179. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  1180. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  1181. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  1182. -E
  1183. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  1184. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  1185. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  1186. -E
  1187. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  1188. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg
  1189. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  1190. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  1191. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  1192. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  1193. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  1194. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  1195. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  1196. -E
  1197. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  1198. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  1199. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg
  1200. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  1201. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  1202. -E
  1203. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  1204. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  1205. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  1206. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  1207. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  1208. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  1209. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  1210. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  1211. -E
  1212. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  1213. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  1214. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  1215. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  1216. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  1217. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  1218. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  1219. -E
  1220. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  1221. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  1222. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  1223. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  1224. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  1225. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  1226. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  1227. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  1228. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  1229. -E
  1230. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  1231. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  1232. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  1233. -E
  1234. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  1235. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  1236. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  1237. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  1238. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  1239. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  1240. -E
  1241. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  1242. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  1243. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  1244. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  1245. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  1246. -E
  1247. -P 1 1 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  1248. -b +18+1 'Intensity from color'
  1249. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red '/users4/bigtmp/llvs2EAAa02396' '/users4/bigtmp/llvs2EAAa02396'
  1250. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green '/users4/bigtmp/llvs2DAAa02396' '/users4/bigtmp/llvs2DAAa02396'
  1251. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue '/users4/bigtmp/llvs2CAAa02396' '/users4/bigtmp/llvs2CAAa02396'
  1252. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity '/users4/bigtmp/intenAAAa02396' '/users4/bigtmp/intenAAAa02396'
  1253. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  1254. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  1255. -E
  1256. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  1257. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  1258. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  1259. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  1260. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  1261. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  1262. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  1263. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  1264. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  1265. -E
  1266. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  1267. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  1268. -E
  1269. -E
  1270. -M 1 0 80x38+0+0 +5+1 'Enter Comment' comment
  1271. -P 1 1 80x38+0+0 +6+1 'Comment Pane used to comment a cantata workspace' comment
  1272. -s 1 0 0 1 0 22x1+1+3 +0+0 ' comment' 'Glyph  Label' 'Label for cantata glyph' label ' README' ' README'
  1273. -b +1+5 'Text area for commenting the cantata workspace'
  1274. -s 1 0 0 1 0 55x10+0+6 +0+0 ' ' ' ' 'first string' comment 'This is the complete production system.  \n\nBoldtLines does perceptual grouping of line.\n\nBurnsLines finds straight lines.\n\nNaginKohler does region segmentation (using histograms).\n\nNKColorDynRM does a color segmention using NK (very high)\non each color, creating a union and using the Griffith\ndynamic remerging procedure to create the final \nsegmentation.\n\nInput planes come in via the "visimages" glyphs.  There are\nconversion from LLVS planes to VIFF files and an RGB to \nIntensity function.' 'This is the complete production system.  \n\nBoldtLines does perceptual grouping of line.\n\nBurnsLines finds straight lines.\n\nNaginKohler does region segmentation (using histograms).\n\nNKColorDynRM does a color segmention using NK (very high)\non each color, creating a union and using the Griffith\ndynamic remerging procedure to create the final \nsegmentation.\n\nInput planes come in via the "visimages" glyphs.  There are\nconversion from LLVS planes to VIFF files and an RGB to \nIntensity function.'
  1275. -Q 1 0 13x2+2+15 'QUIT'
  1276. -H 1  13x2+42+15 'Help' 'man page for workspace management' KHOROS_HOME/doc/cantata/edit/comment/help
  1277. -E
  1278. -E
  1279. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  1280. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  1281. -g 1 1 18x1+1+1 'llvs2viff'
  1282. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  1283. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  1284. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  1285. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  1286. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  1287. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  1288. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  1289. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  1290. -g 1 0 18x1+1+13 'ReMerge'
  1291. -g 1 0 18x1+1+13 'RegLab'
  1292. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  1293. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  1294. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  1295. -g 1 0 18x1+1+18 'ShowEdges'
  1296. -g 1 0 18x1+1+19 'ShowLines'
  1297. -g 1 0 18x1+1+21 'intensity'
  1298. -g 1 0 18x1+1+23 'VisImages'
  1299. -H 1  18x2+1+25 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  1300. -Q 1 0 18x2+1+27 'QUIT'
  1301. -E
  1302. -P 1 1 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  1303. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i '/visimg/.' '/visimg/.'
  1304. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o '/users4/bigtmp/llvs2BAAa02396' '/users4/bigtmp/llvs2BAAa02396'
  1305. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  1306. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  1307. -E
  1308. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  1309. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  1310. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  1311. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  1312. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  1313. -E
  1314. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  1315. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  1316. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  1317. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  1318. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  1319. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  1320. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  1321. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  1322. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  1323. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  1324. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  1325. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  1326. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  1327. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  1328. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  1329. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  1330. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  1331. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  1332. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  1333. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  1334. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  1335. -E
  1336. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  1337. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  1338. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  1339. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  1340. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  1341. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  1342. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  1343. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  1344. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  1345. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  1346. -E
  1347. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  1348. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  1349. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  1350. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  1351. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  1352. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  1353. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  1354. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  1355. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  1356. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  1357. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  1358. -E
  1359. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  1360. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  1361. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  1362. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  1363. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  1364. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  1365. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  1366. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  1367. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  1368. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  1369. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  1370. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  1371. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  1372. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  1373. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  1374. -E
  1375. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  1376. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  1377. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  1378. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  1379. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  1380. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  1381. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  1382. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  1383. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  1384. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  1385. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  1386. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  1387. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  1388. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  1389. -E
  1390. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  1391. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  1392. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  1393. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  1394. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  1395. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  1396. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  1397. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  1398. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  1399. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  1400. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  1401. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  1402. -E
  1403. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  1404. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  1405. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  1406. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  1407. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  1408. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  1409. -E
  1410. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  1411. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  1412. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  1413. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  1414. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  1415. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  1416. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  1417. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  1418. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  1419. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  1420. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  1421. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  1422. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  1423. -E
  1424. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  1425. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  1426. -E
  1427. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  1428. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  1429. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg
  1430. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector
  1431. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector
  1432. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  1433. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh
  1434. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta
  1435. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  1436. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  1437. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  1438. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  1439. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  1440. -E
  1441. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  1442. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  1443. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  1444. -E
  1445. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  1446. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg
  1447. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  1448. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  1449. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  1450. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  1451. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  1452. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  1453. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  1454. -E
  1455. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  1456. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  1457. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg
  1458. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  1459. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  1460. -E
  1461. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  1462. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  1463. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  1464. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  1465. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  1466. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  1467. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  1468. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  1469. -E
  1470. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  1471. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  1472. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  1473. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  1474. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  1475. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  1476. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  1477. -E
  1478. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  1479. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  1480. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  1481. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  1482. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  1483. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  1484. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  1485. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  1486. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  1487. -E
  1488. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  1489. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  1490. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  1491. -E
  1492. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  1493. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  1494. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  1495. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  1496. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  1497. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  1498. -E
  1499. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  1500. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  1501. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  1502. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  1503. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  1504. -E
  1505. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  1506. -b +18+1 'Intensity from color'
  1507. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  1508. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  1509. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  1510. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  1511. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  1512. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  1513. -E
  1514. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  1515. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  1516. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  1517. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  1518. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  1519. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  1520. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  1521. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  1522. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  1523. -E
  1524. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  1525. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  1526. -E
  1527. -E
  1528. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  1529. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  1530. -g 1 1 18x1+1+1 'llvs2viff'
  1531. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  1532. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  1533. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  1534. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  1535. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  1536. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  1537. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  1538. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  1539. -g 1 0 18x1+1+13 'ReMerge'
  1540. -g 1 0 18x1+1+13 'RegLab'
  1541. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  1542. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  1543. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  1544. -g 1 0 18x1+1+18 'ShowEdges'
  1545. -g 1 0 18x1+1+19 'ShowLines'
  1546. -g 1 0 18x1+1+21 'intensity'
  1547. -g 1 0 18x1+1+23 'VisImages'
  1548. -H 1  18x2+1+25 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  1549. -Q 1 0 18x2+1+27 'QUIT'
  1550. -E
  1551. -P 1 1 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  1552. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i '/visimg/.' '/visimg/.'
  1553. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o '/users4/bigtmp/llvs2CAAa02396' '/users4/bigtmp/llvs2CAAa02396'
  1554. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  1555. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  1556. -E
  1557. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  1558. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  1559. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  1560. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  1561. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  1562. -E
  1563. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  1564. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  1565. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  1566. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  1567. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  1568. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  1569. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  1570. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  1571. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  1572. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  1573. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  1574. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  1575. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  1576. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  1577. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  1578. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  1579. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  1580. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  1581. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  1582. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  1583. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  1584. -E
  1585. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  1586. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  1587. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  1588. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  1589. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  1590. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  1591. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  1592. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  1593. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  1594. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  1595. -E
  1596. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  1597. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  1598. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  1599. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  1600. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  1601. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  1602. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  1603. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  1604. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  1605. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  1606. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  1607. -E
  1608. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  1609. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  1610. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  1611. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  1612. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  1613. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  1614. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  1615. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  1616. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  1617. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  1618. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  1619. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  1620. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  1621. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  1622. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  1623. -E
  1624. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  1625. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  1626. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  1627. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  1628. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  1629. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  1630. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  1631. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  1632. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  1633. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  1634. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  1635. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  1636. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  1637. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  1638. -E
  1639. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  1640. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  1641. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  1642. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  1643. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  1644. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  1645. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  1646. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  1647. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  1648. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  1649. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  1650. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  1651. -E
  1652. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  1653. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  1654. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  1655. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  1656. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  1657. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  1658. -E
  1659. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  1660. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  1661. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  1662. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  1663. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  1664. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  1665. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  1666. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  1667. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  1668. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  1669. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  1670. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  1671. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  1672. -E
  1673. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  1674. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  1675. -E
  1676. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  1677. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  1678. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg
  1679. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector
  1680. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector
  1681. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  1682. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh
  1683. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta
  1684. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  1685. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  1686. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  1687. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  1688. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  1689. -E
  1690. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  1691. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  1692. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  1693. -E
  1694. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  1695. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg
  1696. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  1697. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  1698. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  1699. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  1700. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  1701. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  1702. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  1703. -E
  1704. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  1705. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  1706. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg
  1707. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  1708. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  1709. -E
  1710. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  1711. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  1712. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  1713. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  1714. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  1715. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  1716. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  1717. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  1718. -E
  1719. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  1720. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  1721. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  1722. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  1723. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  1724. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  1725. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  1726. -E
  1727. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  1728. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  1729. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  1730. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  1731. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  1732. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  1733. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  1734. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  1735. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  1736. -E
  1737. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  1738. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  1739. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  1740. -E
  1741. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  1742. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  1743. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  1744. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  1745. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  1746. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  1747. -E
  1748. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  1749. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  1750. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  1751. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  1752. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  1753. -E
  1754. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  1755. -b +18+1 'Intensity from color'
  1756. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  1757. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  1758. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  1759. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  1760. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  1761. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  1762. -E
  1763. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  1764. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  1765. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  1766. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  1767. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  1768. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  1769. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  1770. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  1771. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  1772. -E
  1773. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  1774. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  1775. -E
  1776. -E
  1777. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  1778. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  1779. -g 1 1 18x1+1+1 'llvs2viff'
  1780. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  1781. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  1782. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  1783. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  1784. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  1785. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  1786. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  1787. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  1788. -g 1 0 18x1+1+13 'ReMerge'
  1789. -g 1 0 18x1+1+13 'RegLab'
  1790. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  1791. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  1792. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  1793. -g 1 0 18x1+1+18 'ShowEdges'
  1794. -g 1 0 18x1+1+19 'ShowLines'
  1795. -g 1 0 18x1+1+21 'intensity'
  1796. -g 1 0 18x1+1+23 'VisImages'
  1797. -H 1  18x2+1+25 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  1798. -Q 1 0 18x2+1+27 'QUIT'
  1799. -E
  1800. -P 1 1 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  1801. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i '/visimg/.' '/visimg/.'
  1802. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o '/users4/bigtmp/llvs2DAAa02396' '/users4/bigtmp/llvs2DAAa02396'
  1803. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  1804. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  1805. -E
  1806. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  1807. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  1808. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  1809. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  1810. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  1811. -E
  1812. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  1813. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  1814. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  1815. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  1816. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  1817. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  1818. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  1819. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  1820. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  1821. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  1822. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  1823. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  1824. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  1825. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  1826. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  1827. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  1828. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  1829. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  1830. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  1831. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  1832. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  1833. -E
  1834. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  1835. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  1836. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  1837. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  1838. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  1839. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  1840. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  1841. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  1842. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  1843. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  1844. -E
  1845. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  1846. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  1847. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  1848. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  1849. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  1850. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  1851. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  1852. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  1853. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  1854. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  1855. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  1856. -E
  1857. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  1858. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  1859. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  1860. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  1861. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  1862. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  1863. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  1864. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  1865. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  1866. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  1867. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  1868. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  1869. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  1870. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  1871. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  1872. -E
  1873. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  1874. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  1875. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  1876. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  1877. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  1878. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  1879. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  1880. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  1881. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  1882. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  1883. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  1884. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  1885. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  1886. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  1887. -E
  1888. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  1889. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  1890. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  1891. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  1892. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  1893. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  1894. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  1895. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  1896. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  1897. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  1898. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  1899. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  1900. -E
  1901. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  1902. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  1903. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  1904. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  1905. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  1906. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  1907. -E
  1908. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  1909. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  1910. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  1911. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  1912. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  1913. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  1914. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  1915. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  1916. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  1917. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  1918. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  1919. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  1920. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  1921. -E
  1922. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  1923. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  1924. -E
  1925. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  1926. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  1927. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg
  1928. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector
  1929. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector
  1930. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  1931. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh
  1932. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta
  1933. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  1934. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  1935. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  1936. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  1937. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  1938. -E
  1939. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  1940. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  1941. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  1942. -E
  1943. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  1944. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg
  1945. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  1946. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  1947. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  1948. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  1949. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  1950. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  1951. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  1952. -E
  1953. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  1954. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  1955. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg
  1956. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  1957. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  1958. -E
  1959. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  1960. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  1961. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  1962. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  1963. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  1964. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  1965. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  1966. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  1967. -E
  1968. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  1969. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  1970. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  1971. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  1972. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  1973. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  1974. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  1975. -E
  1976. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  1977. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  1978. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  1979. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  1980. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  1981. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  1982. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  1983. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  1984. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  1985. -E
  1986. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  1987. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  1988. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  1989. -E
  1990. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  1991. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  1992. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  1993. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  1994. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  1995. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  1996. -E
  1997. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  1998. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  1999. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  2000. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  2001. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  2002. -E
  2003. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  2004. -b +18+1 'Intensity from color'
  2005. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  2006. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  2007. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  2008. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  2009. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  2010. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  2011. -E
  2012. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  2013. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  2014. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  2015. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  2016. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  2017. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  2018. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  2019. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  2020. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  2021. -E
  2022. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  2023. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  2024. -E
  2025. -E
  2026. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  2027. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  2028. -g 1 1 18x1+1+1 'llvs2viff'
  2029. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  2030. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  2031. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  2032. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  2033. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  2034. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  2035. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  2036. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  2037. -g 1 0 18x1+1+13 'ReMerge'
  2038. -g 1 0 18x1+1+13 'RegLab'
  2039. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  2040. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  2041. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  2042. -g 1 0 18x1+1+18 'ShowEdges'
  2043. -g 1 0 18x1+1+19 'ShowLines'
  2044. -g 1 0 18x1+1+21 'intensity'
  2045. -g 1 0 18x1+1+23 'VisImages'
  2046. -H 1  18x2+1+25 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  2047. -Q 1 0 18x2+1+27 'QUIT'
  2048. -E
  2049. -P 1 1 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  2050. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i '/visimg/.' '/visimg/.'
  2051. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o '/users4/bigtmp/llvs2EAAa02396' '/users4/bigtmp/llvs2EAAa02396'
  2052. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  2053. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  2054. -E
  2055. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  2056. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  2057. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  2058. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  2059. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  2060. -E
  2061. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  2062. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  2063. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  2064. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  2065. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  2066. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  2067. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  2068. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  2069. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  2070. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  2071. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  2072. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  2073. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  2074. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  2075. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  2076. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  2077. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  2078. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  2079. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  2080. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  2081. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  2082. -E
  2083. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  2084. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  2085. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  2086. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  2087. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  2088. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  2089. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  2090. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  2091. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  2092. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  2093. -E
  2094. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  2095. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  2096. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  2097. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  2098. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  2099. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  2100. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  2101. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  2102. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  2103. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  2104. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  2105. -E
  2106. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  2107. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  2108. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  2109. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  2110. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  2111. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  2112. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  2113. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  2114. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  2115. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  2116. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  2117. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  2118. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  2119. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  2120. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  2121. -E
  2122. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  2123. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  2124. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  2125. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  2126. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  2127. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  2128. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  2129. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  2130. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  2131. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  2132. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  2133. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  2134. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  2135. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  2136. -E
  2137. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  2138. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  2139. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  2140. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  2141. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  2142. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  2143. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  2144. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  2145. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  2146. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  2147. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  2148. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  2149. -E
  2150. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  2151. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  2152. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  2153. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  2154. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  2155. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  2156. -E
  2157. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  2158. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  2159. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  2160. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  2161. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  2162. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  2163. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  2164. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  2165. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  2166. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  2167. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  2168. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  2169. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  2170. -E
  2171. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  2172. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  2173. -E
  2174. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  2175. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  2176. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg
  2177. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector
  2178. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector
  2179. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  2180. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh
  2181. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta
  2182. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  2183. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  2184. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  2185. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  2186. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  2187. -E
  2188. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  2189. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  2190. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  2191. -E
  2192. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  2193. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg
  2194. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  2195. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  2196. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  2197. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  2198. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  2199. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  2200. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  2201. -E
  2202. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  2203. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  2204. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg
  2205. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  2206. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  2207. -E
  2208. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  2209. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  2210. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  2211. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  2212. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  2213. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  2214. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  2215. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  2216. -E
  2217. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  2218. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  2219. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  2220. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  2221. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  2222. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  2223. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  2224. -E
  2225. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  2226. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  2227. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  2228. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  2229. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  2230. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  2231. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  2232. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  2233. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  2234. -E
  2235. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  2236. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  2237. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  2238. -E
  2239. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  2240. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  2241. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  2242. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  2243. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  2244. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  2245. -E
  2246. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  2247. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  2248. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  2249. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  2250. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  2251. -E
  2252. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  2253. -b +18+1 'Intensity from color'
  2254. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  2255. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  2256. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  2257. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  2258. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  2259. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  2260. -E
  2261. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  2262. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  2263. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  2264. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  2265. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  2266. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  2267. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  2268. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  2269. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  2270. -E
  2271. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  2272. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  2273. -E
  2274. -E
  2275. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  2276. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  2277. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  2278. -g 1 1 18x1+1+2 'viff2llvs'
  2279. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  2280. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  2281. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  2282. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  2283. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  2284. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  2285. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  2286. -g 1 0 18x1+1+13 'ReMerge'
  2287. -g 1 0 18x1+1+13 'RegLab'
  2288. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  2289. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  2290. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  2291. -g 1 0 18x1+1+18 'ShowEdges'
  2292. -g 1 0 18x1+1+19 'ShowLines'
  2293. -g 1 0 18x1+1+21 'intensity'
  2294. -g 1 0 18x1+1+23 'VisImages'
  2295. -H 1  18x2+1+25 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  2296. -Q 1 0 18x2+1+27 'QUIT'
  2297. -E
  2298. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  2299. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  2300. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  2301. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  2302. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  2303. -E
  2304. -P 1 1 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  2305. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i '/users4/bigtmp/remerSAAa02396' '/users4/bigtmp/remerSAAa02396'
  2306. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  2307. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  2308. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  2309. -E
  2310. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  2311. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  2312. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  2313. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  2314. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  2315. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  2316. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  2317. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  2318. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  2319. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  2320. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  2321. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  2322. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  2323. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  2324. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  2325. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  2326. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  2327. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  2328. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  2329. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  2330. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  2331. -E
  2332. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  2333. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  2334. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  2335. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  2336. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  2337. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  2338. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  2339. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  2340. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  2341. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  2342. -E
  2343. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  2344. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  2345. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  2346. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  2347. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  2348. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  2349. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  2350. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  2351. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  2352. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  2353. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  2354. -E
  2355. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  2356. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  2357. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  2358. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  2359. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  2360. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  2361. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  2362. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  2363. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  2364. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  2365. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  2366. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  2367. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  2368. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  2369. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  2370. -E
  2371. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  2372. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  2373. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  2374. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  2375. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  2376. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  2377. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  2378. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  2379. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  2380. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  2381. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  2382. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  2383. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  2384. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  2385. -E
  2386. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  2387. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  2388. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  2389. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  2390. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  2391. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  2392. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  2393. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  2394. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  2395. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  2396. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  2397. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  2398. -E
  2399. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  2400. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  2401. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  2402. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  2403. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  2404. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  2405. -E
  2406. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  2407. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  2408. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  2409. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  2410. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  2411. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  2412. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  2413. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  2414. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  2415. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  2416. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  2417. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  2418. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  2419. -E
  2420. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  2421. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  2422. -E
  2423. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  2424. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  2425. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg
  2426. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector
  2427. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector
  2428. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  2429. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh
  2430. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta
  2431. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  2432. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  2433. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  2434. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  2435. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  2436. -E
  2437. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  2438. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  2439. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  2440. -E
  2441. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  2442. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg
  2443. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  2444. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  2445. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  2446. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  2447. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  2448. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  2449. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  2450. -E
  2451. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  2452. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  2453. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg
  2454. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  2455. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  2456. -E
  2457. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  2458. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  2459. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  2460. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  2461. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  2462. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  2463. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  2464. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  2465. -E
  2466. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  2467. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  2468. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  2469. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  2470. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  2471. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  2472. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  2473. -E
  2474. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  2475. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  2476. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  2477. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  2478. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  2479. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  2480. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  2481. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  2482. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  2483. -E
  2484. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  2485. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  2486. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  2487. -E
  2488. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  2489. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  2490. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  2491. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  2492. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  2493. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  2494. -E
  2495. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  2496. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  2497. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  2498. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  2499. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  2500. -E
  2501. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  2502. -b +18+1 'Intensity from color'
  2503. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  2504. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  2505. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  2506. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  2507. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  2508. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  2509. -E
  2510. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  2511. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  2512. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  2513. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  2514. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  2515. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  2516. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  2517. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  2518. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  2519. -E
  2520. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  2521. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  2522. -E
  2523. -E
  2524. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  2525. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  2526. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  2527. -g 1 1 18x1+1+2 'viff2llvs'
  2528. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  2529. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  2530. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  2531. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  2532. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  2533. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  2534. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  2535. -g 1 0 18x1+1+13 'ReMerge'
  2536. -g 1 0 18x1+1+13 'RegLab'
  2537. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  2538. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  2539. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  2540. -g 1 0 18x1+1+18 'ShowEdges'
  2541. -g 1 0 18x1+1+19 'ShowLines'
  2542. -g 1 0 18x1+1+21 'intensity'
  2543. -g 1 0 18x1+1+23 'VisImages'
  2544. -H 1  18x2+1+25 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  2545. -Q 1 0 18x2+1+27 'QUIT'
  2546. -E
  2547. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  2548. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  2549. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  2550. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  2551. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  2552. -E
  2553. -P 1 1 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  2554. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i '/users4/bigtmp/remerYAAa02396' '/users4/bigtmp/remerYAAa02396'
  2555. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  2556. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  2557. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  2558. -E
  2559. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  2560. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  2561. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  2562. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  2563. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  2564. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  2565. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  2566. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  2567. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  2568. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  2569. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  2570. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  2571. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  2572. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  2573. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  2574. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  2575. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  2576. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  2577. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  2578. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  2579. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  2580. -E
  2581. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  2582. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  2583. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  2584. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  2585. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  2586. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  2587. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  2588. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  2589. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  2590. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  2591. -E
  2592. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  2593. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  2594. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  2595. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  2596. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  2597. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  2598. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  2599. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  2600. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  2601. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  2602. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  2603. -E
  2604. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  2605. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  2606. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  2607. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  2608. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  2609. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  2610. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  2611. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  2612. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  2613. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  2614. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  2615. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  2616. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  2617. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  2618. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  2619. -E
  2620. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  2621. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  2622. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  2623. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  2624. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  2625. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  2626. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  2627. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  2628. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  2629. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  2630. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  2631. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  2632. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  2633. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  2634. -E
  2635. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  2636. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  2637. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  2638. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  2639. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  2640. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  2641. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  2642. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  2643. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  2644. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  2645. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  2646. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  2647. -E
  2648. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  2649. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  2650. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  2651. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  2652. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  2653. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  2654. -E
  2655. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  2656. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  2657. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  2658. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  2659. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  2660. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  2661. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  2662. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  2663. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  2664. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  2665. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  2666. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  2667. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  2668. -E
  2669. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  2670. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  2671. -E
  2672. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  2673. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  2674. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg
  2675. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector
  2676. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector
  2677. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  2678. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh
  2679. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta
  2680. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  2681. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  2682. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  2683. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  2684. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  2685. -E
  2686. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  2687. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  2688. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  2689. -E
  2690. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  2691. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg
  2692. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  2693. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  2694. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  2695. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  2696. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  2697. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  2698. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  2699. -E
  2700. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  2701. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  2702. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg
  2703. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  2704. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  2705. -E
  2706. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  2707. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  2708. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  2709. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  2710. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  2711. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  2712. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  2713. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  2714. -E
  2715. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  2716. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  2717. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  2718. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  2719. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  2720. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  2721. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  2722. -E
  2723. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  2724. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  2725. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  2726. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  2727. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  2728. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  2729. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  2730. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  2731. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  2732. -E
  2733. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  2734. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  2735. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  2736. -E
  2737. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  2738. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  2739. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  2740. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  2741. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  2742. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  2743. -E
  2744. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  2745. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  2746. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  2747. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  2748. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  2749. -E
  2750. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  2751. -b +18+1 'Intensity from color'
  2752. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  2753. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  2754. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  2755. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  2756. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  2757. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  2758. -E
  2759. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  2760. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  2761. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  2762. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  2763. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  2764. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  2765. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  2766. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  2767. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  2768. -E
  2769. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  2770. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  2771. -E
  2772. -E
  2773. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  2774. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  2775. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  2776. -g 1 1 18x1+1+2 'viff2llvs'
  2777. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  2778. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  2779. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  2780. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  2781. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  2782. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  2783. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  2784. -g 1 0 18x1+1+13 'ReMerge'
  2785. -g 1 0 18x1+1+13 'RegLab'
  2786. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  2787. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  2788. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  2789. -g 1 0 18x1+1+18 'ShowEdges'
  2790. -g 1 0 18x1+1+19 'ShowLines'
  2791. -g 1 0 18x1+1+21 'intensity'
  2792. -g 1 0 18x1+1+23 'VisImages'
  2793. -H 1  18x2+1+25 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  2794. -Q 1 0 18x2+1+27 'QUIT'
  2795. -E
  2796. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  2797. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  2798. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  2799. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  2800. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  2801. -E
  2802. -P 1 1 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  2803. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i '/users4/bigtmp/remerXAAa02396' '/users4/bigtmp/remerXAAa02396'
  2804. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  2805. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  2806. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  2807. -E
  2808. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  2809. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  2810. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  2811. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  2812. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  2813. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  2814. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  2815. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  2816. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  2817. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  2818. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  2819. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  2820. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  2821. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  2822. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  2823. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  2824. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  2825. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  2826. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  2827. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  2828. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  2829. -E
  2830. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  2831. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  2832. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  2833. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  2834. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  2835. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  2836. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  2837. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  2838. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  2839. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  2840. -E
  2841. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  2842. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  2843. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  2844. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  2845. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  2846. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  2847. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  2848. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  2849. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  2850. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  2851. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  2852. -E
  2853. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  2854. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  2855. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  2856. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  2857. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  2858. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  2859. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  2860. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  2861. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  2862. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  2863. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  2864. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  2865. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  2866. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  2867. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  2868. -E
  2869. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  2870. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  2871. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  2872. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  2873. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  2874. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  2875. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  2876. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  2877. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  2878. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  2879. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  2880. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  2881. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  2882. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  2883. -E
  2884. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  2885. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  2886. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  2887. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  2888. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  2889. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  2890. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  2891. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  2892. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  2893. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  2894. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  2895. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  2896. -E
  2897. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  2898. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  2899. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  2900. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  2901. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  2902. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  2903. -E
  2904. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  2905. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  2906. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  2907. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  2908. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  2909. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  2910. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  2911. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  2912. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  2913. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  2914. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  2915. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  2916. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  2917. -E
  2918. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  2919. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  2920. -E
  2921. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  2922. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  2923. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg
  2924. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector
  2925. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector
  2926. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  2927. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh
  2928. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta
  2929. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  2930. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  2931. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  2932. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  2933. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  2934. -E
  2935. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  2936. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  2937. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  2938. -E
  2939. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  2940. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg
  2941. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  2942. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  2943. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  2944. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  2945. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  2946. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  2947. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  2948. -E
  2949. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  2950. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  2951. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg
  2952. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  2953. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  2954. -E
  2955. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  2956. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  2957. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  2958. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  2959. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  2960. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  2961. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  2962. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  2963. -E
  2964. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  2965. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  2966. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  2967. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  2968. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  2969. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  2970. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  2971. -E
  2972. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  2973. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  2974. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  2975. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  2976. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  2977. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  2978. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  2979. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  2980. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  2981. -E
  2982. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  2983. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  2984. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  2985. -E
  2986. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  2987. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  2988. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  2989. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  2990. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  2991. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  2992. -E
  2993. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  2994. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  2995. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  2996. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  2997. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  2998. -E
  2999. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  3000. -b +18+1 'Intensity from color'
  3001. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  3002. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  3003. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  3004. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  3005. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  3006. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  3007. -E
  3008. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  3009. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  3010. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  3011. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  3012. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  3013. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  3014. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  3015. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  3016. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  3017. -E
  3018. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  3019. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  3020. -E
  3021. -E
  3022. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  3023. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  3024. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  3025. -g 1 1 18x1+1+2 'viff2llvs'
  3026. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  3027. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  3028. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  3029. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  3030. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  3031. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  3032. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  3033. -g 1 0 18x1+1+13 'ReMerge'
  3034. -g 1 0 18x1+1+13 'RegLab'
  3035. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  3036. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  3037. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  3038. -g 1 0 18x1+1+18 'Dynamic Remerge'
  3039. -g 1 0 18x1+1+19 'One By Two'
  3040. -g 1 0 18x1+1+20 'Threshold Edges'
  3041. -g 1 0 18x1+1+21 'Region Label Edges'
  3042. -g 1 0 18x1+1+23 'ShowEdges'
  3043. -g 1 0 18x1+1+24 'ShowLines'
  3044. -g 1 0 18x1+1+26 'intensity'
  3045. -g 1 0 18x1+1+28 'VisImages'
  3046. -H 1  18x2+1+30 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  3047. -Q 1 0 18x2+1+32 'QUIT'
  3048. -E
  3049. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  3050. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  3051. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  3052. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  3053. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  3054. -E
  3055. -P 1 1 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  3056. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i '/users4/bigtmp/reglaWCAa02396' '/users4/bigtmp/reglaWCAa02396'
  3057. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  3058. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  3059. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  3060. -E
  3061. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  3062. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  3063. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  3064. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  3065. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  3066. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  3067. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  3068. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  3069. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  3070. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  3071. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  3072. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  3073. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  3074. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  3075. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  3076. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  3077. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  3078. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  3079. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  3080. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  3081. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  3082. -E
  3083. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  3084. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  3085. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  3086. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  3087. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  3088. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  3089. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  3090. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  3091. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  3092. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  3093. -E
  3094. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  3095. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  3096. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  3097. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  3098. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  3099. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  3100. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  3101. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  3102. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  3103. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  3104. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  3105. -E
  3106. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  3107. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  3108. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  3109. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  3110. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  3111. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  3112. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  3113. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  3114. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  3115. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  3116. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  3117. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  3118. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  3119. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  3120. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  3121. -E
  3122. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  3123. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  3124. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  3125. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  3126. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  3127. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  3128. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  3129. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  3130. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  3131. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  3132. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  3133. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  3134. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  3135. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  3136. -E
  3137. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  3138. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  3139. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  3140. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  3141. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  3142. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  3143. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  3144. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  3145. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  3146. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  3147. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  3148. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  3149. -E
  3150. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  3151. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  3152. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  3153. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  3154. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  3155. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  3156. -E
  3157. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  3158. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  3159. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  3160. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  3161. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  3162. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  3163. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  3164. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  3165. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  3166. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  3167. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  3168. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  3169. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  3170. -E
  3171. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  3172. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  3173. -E
  3174. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  3175. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  3176. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg
  3177. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector
  3178. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector
  3179. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  3180. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh
  3181. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta
  3182. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  3183. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  3184. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  3185. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  3186. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  3187. -E
  3188. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  3189. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  3190. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  3191. -E
  3192. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  3193. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg
  3194. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  3195. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  3196. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  3197. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  3198. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  3199. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  3200. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  3201. -E
  3202. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  3203. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  3204. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg
  3205. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  3206. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  3207. -E
  3208. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  3209. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  3210. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  3211. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  3212. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  3213. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  3214. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  3215. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  3216. -E
  3217. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  3218. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  3219. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  3220. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  3221. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  3222. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  3223. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  3224. -E
  3225. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  3226. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  3227. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  3228. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  3229. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  3230. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  3231. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  3232. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  3233. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  3234. -E
  3235. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  3236. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  3237. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  3238. -E
  3239. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Joey Griffith"s Dynamic Remerge' dyremerge
  3240. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+1 +0+0 ' ' 'Intensity Image' 'Intensity Image' intensity
  3241. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Red Image' 'Red Image' red
  3242. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Green Image' 'Green Image' green
  3243. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Blue Image' 'Blue Image' blue
  3244. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Over Segemnted Image' 'Over Segmented Image' overseg
  3245. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 ' ' 'Label Image' 'resulting label image' labels
  3246. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 50 'Target Size' 'Target size' target
  3247. -f 1 0 0 1 0 50x1+2+9 +0+0 1 1 1 'Threshold' 'Threshold' thresh
  3248. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' dyremerge
  3249. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for dyremerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/dyremerge
  3250. -E
  3251. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'One By Two Edge Detector' onebytwo
  3252. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' image
  3253. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Horizontal Output Image' 'Horizontal Output Image' horiz
  3254. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Vertical Output Image' 'Vertical Output Image' vert
  3255. -l 1 0 0 1 0 50x1+2+6 +0+0 1 'Absolute Value' 'False' 'True' 'Absolute Value' absolute
  3256. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' onebytwo
  3257. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for onebytwo' KHOROS_HOME/doc/cantata/subforms/UMass/onebytwo
  3258. -E
  3259. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Threshold Edges' threshedg
  3260. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Red Edge Image ' 'Red Edge Image ' red
  3261. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Green Edge Image ' 'Green Edge Image ' green
  3262. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Blue Edge Image ' 'Blue Edge Image ' blue
  3263. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Edge Image' 'Output Edge Image' edges
  3264. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 0 'Threshold' 'Threshold' thresh
  3265. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' threshedg
  3266. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for threshedg' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/threshedg
  3267. -E
  3268. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Create a region label plane from a pair of edge planes' reglabedg
  3269. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Horizontal Edge Image' 'Horizontal Edge Image' horiz
  3270. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Vertical Edge Image' 'Vertical Edge Image' vert
  3271. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Output Label Image' 'Output Label Image' labels
  3272. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 1 1 0 'Threshold' 'Edge threshold' thresh
  3273. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 0 'Unlabeled value' 'Unlabeled value' unlabeled
  3274. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Minimin Label' 'Minimum Label' minlabel
  3275. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 'Eraser' 'False' 'True' 'Eraser' eraser
  3276. -R 1 0 4 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' reglabedg
  3277. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for reglabedg' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/reglabedg
  3278. -E
  3279. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  3280. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  3281. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  3282. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  3283. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  3284. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  3285. -E
  3286. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  3287. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  3288. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  3289. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  3290. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  3291. -E
  3292. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  3293. -b +18+1 'Intensity from color'
  3294. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  3295. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  3296. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  3297. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  3298. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  3299. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  3300. -E
  3301. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  3302. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  3303. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  3304. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  3305. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  3306. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  3307. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  3308. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  3309. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  3310. -E
  3311. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  3312. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  3313. -E
  3314. -E
  3315. -E
  3316. #  BeginVariables
  3317.  
  3318.  
  3319.  
  3320. # No variables currently declared. #
  3321.  
  3322. #  EndVariables
  3323. #  BeginEnvironment
  3324. #    Grid 1
  3325. #    GridSize 20
  3326. #    SmallGlyph 0
  3327. #    RubberBand 0
  3328. #    ParallelExec 0
  3329. #    Viewport 1
  3330. #    AttachCanvas 1
  3331. #    ShowDav 1
  3332. #    ShowModified 1
  3333. #    EchoRoutine 1
  3334. #    LeaveGlyph 1
  3335. #    DemandDriven 0
  3336. #    ShowClipboard 0
  3337. #    InheritAttributes 0
  3338. #    GlobalVariables 1
  3339. #    AutoPlacement 1
  3340. #    GlyphPlacement 0
  3341. #    RemoteExec 0
  3342. #  EndEnvironment
  3343. # 'visimages' 2 1 'visimages0_glyph' 60+0
  3344. # 'visimages' 2 1 'visimages1_glyph' 60+100
  3345. # 'visimages' 2 1 'visimages2_glyph' 60+200
  3346. # 'visimages' 2 1 'visimages3_glyph' 60+300
  3347. # 'intensity' 2 1 'intensity4_glyph' 300+0
  3348. # ' README' 6 1 ' README0_comment' 0+0
  3349. # 'llvs2viff' 2 1 'llvs2viff5_glyph' 160+300
  3350. # 'llvs2viff' 2 1 'llvs2viff6_glyph' 160+200
  3351. # 'llvs2viff' 2 1 'llvs2viff7_glyph' 160+100
  3352. # 'llvs2viff' 2 1 'llvs2viff8_glyph' 160+0
  3353. # 'BoldtLines' 3 1 'BoldtLines0_procedure' 400+0
  3354. # BeginWorkspace
  3355. -F 4.2 1 1 0x0+0+0 +0+0 'Dummy Form' not_used
  3356. -S 1 0
  3357. -d 1 0 9x2+2+2 'Subform 11'
  3358. -d 1 0 9x2+22+2 'Subform 12'
  3359. -d 1 0 9x2+2+2 'Subform 13'
  3360. -d 1 0 9x2+4+2 'Subform 14'
  3361. -d 1 0 9x2+6+2 'Subform 15'
  3362. -d 1 0 9x2+8+2 'Subform 16'
  3363. -d 1 0 9x2+10+2 'Subform 1'
  3364. -d 1 0 9x2+12+2 'Subform 1'
  3365. -E
  3366. -M 1 0 100x40+10+20 +27+1 '2D Spatial Domain Filters' 2Dspatl
  3367. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  3368. -g 1 0 18x1+1+1 'Median (quicksort)'
  3369. -g 1 0 18x1+1+2 'Median (histogram)'
  3370. -g 1 0 18x1+1+3 'Sobel'
  3371. -g 1 0 18x1+1+4 'Gradient'
  3372. -g 1 0 18x1+1+5 'DRF Edge Extract'
  3373. -g 1 0 18x1+1+6 'GEF Edge Extract'
  3374. -g 1 0 18x1+1+7 'SDEF Edge Extract'
  3375. -g 1 0 18x1+1+8 'Speckle Removal'
  3376. -g 1 1 18x1+1+9 '2D Convolution'
  3377. -H 1  18x2+1+11 'HELP' 'guide help' KHOROS_HOME/doc/cantata/subforms/filter2Dspatl/help
  3378. -Q 1 0 18x2+1+13 'QUIT'
  3379. -E
  3380. -P 1 0 80x38+22+2 +0+0 'Median Filter Using a Quick Sort to Find Median Value' vqmed
  3381. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' i
  3382. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output Image' 'resulting output image' o
  3383. -i 1 0 0 1 0 50x1+2+6 +0+0 1 32 3 'Filter Width ' 'filter width' w
  3384. -i 1 0 0 1 0 50x1+2+8 +0+0 1 32 3 'Filter Height' 'filter height' h
  3385. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' vqmed
  3386. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vqmed' KHOROS_HOME/doc/manpages/vqmed.1
  3387. -E
  3388. -P 1 0 80x38+22+2 +8+0 'Median Filtering Via Histogram Update' vhmed
  3389. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' i
  3390. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' o
  3391. -i 1 0 0 1 0 50x1+2+6 +0+0 1 32 3 'Window Width ' 'window width argument' w
  3392. -i 1 0 0 1 0 50x1+2+8 +0+0 1 32 3 'Window Height' 'window height argument' h
  3393. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' vhmed
  3394. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vhmed' KHOROS_HOME/doc/manpages/vhmed.1
  3395. -E
  3396. -P 1 0 80x38+22+2 +2+0 'Performs Image Spatial Differentiation By Running' vdiff
  3397. -b +8+1 'NxN Weighted Operators on an Image (sobel)'
  3398. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image   ' 'input image filename' i1
  3399. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 'KHOROS_HOME/data/kernels/sobel_x' 'X Sobel kernel' 'input kernel (operator) in X' i2
  3400. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 'KHOROS_HOME/data/kernels/sobel_y' 'Y Sobel kernel' 'input kernel (operator) in Y' i3
  3401. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Image  ' 'output image filename' o
  3402. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' vdiff
  3403. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vdiff' KHOROS_HOME/doc/manpages/vdiff.1
  3404. -E
  3405. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Sharpen an Image by Differentiation (Gradient)' vgrad
  3406. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' i
  3407. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output Image' 'resulting output image' o
  3408. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 'Select Gradient  ' 'Vertical' 'Roberts ' 'Choose Vertical Gradient [False] Roberts Gradient [True]' t
  3409. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 'Invert Output?' 'photoPOSITIVE' 'photoNEGATIVE' 'Choose Photopositive [False] or Photonegative [True]' p
  3410. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' vgrad
  3411. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vgrad' KHOROS_HOME/doc/manpages/vgrad.1
  3412. -E
  3413. -P 1 0 80x38+22+2 +13+0 'Difference Recursive Filter' vdrf
  3414. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input  Image' 'input image' i
  3415. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image' o
  3416. -b +2+5 'Filter Parameters:'
  3417. -f 1 0 1 1 0 48x1+4+6 +0+0 0 1 0.3 ' a1 ' 'Filter Parameter DRF' a1
  3418. -f 1 0 1 1 0 48x1+4+7 +0+0 0 1 0.3 ' a2 ' 'Filter Parameter DRF' a2
  3419. -i 1 0 1 1 0 20x1+4+9 +0+0 0 11 5 'Window Size (0-11, odd)' 'Window size for calculating the adaptative gradient' w
  3420. -b +2+11 'Hysteresis Thresholds:'
  3421. -i 1 0 1 1 0 48x1+4+12 +0+0 0 255 12 ' T1 ' '1st Hysteresis Threshold' t1
  3422. -i 1 0 1 1 0 48x1+4+13 +0+0 0 255 15 ' T2 ' '2nd Hysteresis Threshold' t2
  3423. -b +2+15 'Minimum Length of a Segment (in Pixels)'
  3424. -i 1 0 1 1 0 48x1+4+16 +0+0 0 100000 10 'Length' 'Minimum Pixel Number in a Segment' l
  3425. -R 1 0 1 13x2+1+18 'Execute' 'do operation' vdrf
  3426. -H 1  13x2+39+18 'Help' 'man page for visef' KHOROS_HOME/doc/manpages/vdrf.1
  3427. -E
  3428. -P 1 0 80x38+22+2 +14+0 'First Derivative Operator' vgef
  3429. -b +12+1 'for Symmetric Exponential Filter'
  3430. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input  Image' 'input image' i
  3431. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image' o
  3432. -b +2+6 'Filter Parameters:'
  3433. -f 1 0 1 1 0 48x1+4+7 +0+0 0 1 0.45 ' a0 ' 'Filter Parameter GEF' a0
  3434. -b +2+9 'Hysteresis Thresholds:'
  3435. -i 1 0 1 1 0 48x1+4+10 +0+0 0 255 3 ' T1 ' '1st Hysteresis Threshold' t1
  3436. -i 1 0 1 1 0 48x1+4+11 +0+0 0 255 4 ' T2 ' '2nd Hysteresis Threshold' t2
  3437. -b +2+13 'Minimum Length of a Segment (in Pixels):'
  3438. -i 1 0 1 1 0 48x1+4+14 +0+0 0 100000 5 'Length' 'Minimum Pixel Number in a Segment' l
  3439. -R 1 0 1 13x2+1+16 'Execute' 'do operation' vgef
  3440. -H 1  13x2+39+16 'Help' 'man page for visef' KHOROS_HOME/doc/manpages/vgef.1
  3441. -E
  3442. -P 1 0 80x38+22+2 +14+0 'Second Derivative Operator' vsdef
  3443. -b +12+1 'for Symmetric Exponential Filter'
  3444. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input  Image' 'input image' i
  3445. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image' o
  3446. -b +2+6 'Filter Parameters:'
  3447. -f 1 0 1 1 0 48x1+4+7 +0+0 0 1 0.45 ' a0 ' 'Filter Parameter GEF' a0
  3448. -b +2+9 'Hysteresis Thresholds:'
  3449. -i 1 0 1 1 0 48x1+4+10 +0+0 0 255 3 ' T1 ' '1st Hysteresis Threshold' t1
  3450. -i 1 0 1 1 0 48x1+4+11 +0+0 0 255 4 ' T2 ' '2nd Hysteresis Threshold' t2
  3451. -b +2+13 'Minimum Length of a Segment (in Pixels):'
  3452. -i 1 0 1 1 0 48x1+4+14 +0+0 0 100000 10 'Length' 'Minimum Pixel Number in a Segment' l
  3453. -R 1 0 1 13x2+1+16 'Execute' 'do operation' vsdef
  3454. -H 1  13x2+39+16 'Help' 'man page for visef' KHOROS_HOME/doc/manpages/vsdef.1
  3455. -E
  3456. -P 1 0 80x38+22+2 +0+0 'Speckle  removal' vspeckle
  3457. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image   ' 'input image' i
  3458. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output Image  ' 'output image' o
  3459. -i 1 0 1 1 0 50x1+2+7 +0+0 1 20 1 'Number of Iterations' 'Iterations' n
  3460. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' vspeckle
  3461. -H 1  13x2+35+13 'Help' 'man page for vspeckle' KHOROS_HOME/doc/manpages/vspeckle.1
  3462. -E
  3463. -P 1 1 80x38+22+2 +7+0 'Two-D Spatial Convolution of Two Images' vconvolve
  3464. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'first input image' i1 '/users4/bigtmp/mergeIAAa02396' '/users4/bigtmp/mergeIAAa02396'
  3465. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 'KHOROS_HOME/data/kernels/' 'Input Kernel' 'second input image (filter kernel)' i2 'KHOROS_HOME/data/kernels/laplacian3x3' 'KHOROS_HOME/data/kernels/laplacian3x3'
  3466. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Image' 'resulting output image' o '/users4/bigtmp/vconvFAAa02396' '/users4/bigtmp/vconvFAAa02396'
  3467. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' vconvolve
  3468. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vconvolve' KHOROS_HOME/doc/manpages/vconvolve.1
  3469. -E
  3470. -E
  3471. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  3472. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  3473. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  3474. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  3475. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  3476. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  3477. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  3478. -g 1 1 18x1+1+8 'boldtline'
  3479. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  3480. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  3481. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  3482. -g 1 0 18x1+1+13 'ReMerge'
  3483. -g 1 0 18x1+1+13 'RegLab'
  3484. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  3485. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  3486. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  3487. -g 1 0 18x1+1+18 'ShowEdges'
  3488. -g 1 0 18x1+1+19 'ShowLines'
  3489. -g 1 0 18x1+1+21 'intensity'
  3490. -g 1 0 18x1+1+23 'VisImages'
  3491. -H 1  18x2+1+25 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  3492. -Q 1 0 18x2+1+27 'QUIT'
  3493. -E
  3494. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  3495. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  3496. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  3497. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  3498. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  3499. -E
  3500. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  3501. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  3502. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  3503. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  3504. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  3505. -E
  3506. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  3507. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  3508. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  3509. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  3510. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  3511. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  3512. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  3513. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  3514. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  3515. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  3516. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  3517. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  3518. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  3519. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  3520. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  3521. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  3522. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  3523. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  3524. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  3525. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  3526. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  3527. -E
  3528. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  3529. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  3530. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  3531. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  3532. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  3533. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  3534. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  3535. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  3536. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  3537. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  3538. -E
  3539. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  3540. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  3541. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  3542. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  3543. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  3544. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  3545. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  3546. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  3547. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  3548. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  3549. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  3550. -E
  3551. -P 1 1 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  3552. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage '/users4/bigtmp/mergeIAAa02396' '/users4/bigtmp/mergeIAAa02396'
  3553. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage '/users4/bigtmp/vtranYCAa02396' '/users4/bigtmp/vtranYCAa02396'
  3554. -I 1 0 1 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile '$KHOROS_HOME/UMassWorkSpaces/po_io_grouping_schedule.lis' '$KHOROS_HOME/UMassWorkSpaces/po_io_grouping_schedule.lis'
  3555. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles 15 '15'
  3556. -f 1 1 1 1 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast 5 '5.0'
  3557. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  3558. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  3559. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  3560. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame 'frame' 'frame'
  3561. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines '/users4/bigtmp/boldtGAAa02396' '/users4/bigtmp/boldtGAAa02396'
  3562. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile '/users4/bigtmp/boldtHAAa02396' '/users4/bigtmp/boldtHAAa02396'
  3563. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out ' ' ' '
  3564. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  3565. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  3566. -E
  3567. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  3568. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  3569. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  3570. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  3571. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  3572. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  3573. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  3574. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  3575. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  3576. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  3577. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  3578. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  3579. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  3580. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  3581. -E
  3582. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  3583. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  3584. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  3585. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  3586. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  3587. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  3588. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  3589. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  3590. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  3591. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  3592. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  3593. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  3594. -E
  3595. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  3596. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  3597. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  3598. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  3599. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  3600. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  3601. -E
  3602. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  3603. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  3604. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  3605. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  3606. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  3607. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  3608. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  3609. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  3610. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  3611. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  3612. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  3613. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  3614. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  3615. -E
  3616. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  3617. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  3618. -E
  3619. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  3620. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  3621. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg
  3622. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector
  3623. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector
  3624. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  3625. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh
  3626. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta
  3627. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  3628. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  3629. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  3630. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  3631. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  3632. -E
  3633. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  3634. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  3635. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  3636. -E
  3637. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  3638. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg
  3639. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  3640. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  3641. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  3642. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  3643. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  3644. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  3645. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  3646. -E
  3647. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  3648. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  3649. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg
  3650. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  3651. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  3652. -E
  3653. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  3654. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  3655. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  3656. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  3657. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  3658. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  3659. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  3660. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  3661. -E
  3662. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  3663. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  3664. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  3665. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  3666. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  3667. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  3668. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  3669. -E
  3670. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  3671. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  3672. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  3673. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  3674. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  3675. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  3676. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  3677. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  3678. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  3679. -E
  3680. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  3681. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  3682. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  3683. -E
  3684. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  3685. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  3686. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  3687. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  3688. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  3689. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  3690. -E
  3691. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  3692. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  3693. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  3694. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  3695. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  3696. -E
  3697. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  3698. -b +18+1 'Intensity from color'
  3699. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  3700. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  3701. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  3702. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  3703. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  3704. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  3705. -E
  3706. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  3707. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  3708. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  3709. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  3710. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  3711. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  3712. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  3713. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  3714. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  3715. -E
  3716. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  3717. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  3718. -E
  3719. -E
  3720. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  3721. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  3722. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  3723. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  3724. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  3725. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  3726. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  3727. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  3728. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  3729. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  3730. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  3731. -g 1 0 18x1+1+13 'ReMerge'
  3732. -g 1 0 18x1+1+13 'RegLab'
  3733. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  3734. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  3735. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  3736. -g 1 0 18x1+1+18 'ShowEdges'
  3737. -g 1 1 18x1+1+19 'ShowLines'
  3738. -g 1 0 18x1+1+21 'intensity'
  3739. -g 1 0 18x1+1+23 'VisImages'
  3740. -H 1  18x2+1+25 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  3741. -Q 1 0 18x2+1+27 'QUIT'
  3742. -E
  3743. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  3744. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  3745. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  3746. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  3747. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  3748. -E
  3749. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  3750. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  3751. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  3752. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  3753. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  3754. -E
  3755. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  3756. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  3757. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  3758. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  3759. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  3760. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  3761. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  3762. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  3763. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  3764. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  3765. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  3766. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  3767. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  3768. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  3769. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  3770. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  3771. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  3772. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  3773. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  3774. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  3775. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  3776. -E
  3777. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  3778. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  3779. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  3780. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  3781. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  3782. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  3783. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  3784. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  3785. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  3786. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  3787. -E
  3788. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  3789. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  3790. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  3791. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  3792. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  3793. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  3794. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  3795. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  3796. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  3797. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  3798. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  3799. -E
  3800. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  3801. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  3802. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  3803. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  3804. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  3805. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  3806. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  3807. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  3808. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  3809. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  3810. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  3811. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  3812. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  3813. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  3814. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  3815. -E
  3816. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  3817. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  3818. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  3819. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  3820. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  3821. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  3822. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  3823. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  3824. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  3825. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  3826. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  3827. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  3828. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  3829. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  3830. -E
  3831. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  3832. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  3833. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  3834. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  3835. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  3836. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  3837. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  3838. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  3839. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  3840. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  3841. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  3842. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  3843. -E
  3844. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  3845. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  3846. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  3847. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  3848. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  3849. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  3850. -E
  3851. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  3852. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  3853. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  3854. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  3855. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  3856. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  3857. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  3858. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  3859. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  3860. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  3861. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  3862. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  3863. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  3864. -E
  3865. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  3866. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  3867. -E
  3868. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  3869. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  3870. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg
  3871. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector
  3872. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector
  3873. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  3874. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh
  3875. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta
  3876. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  3877. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  3878. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  3879. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  3880. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  3881. -E
  3882. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  3883. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  3884. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  3885. -E
  3886. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  3887. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg
  3888. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  3889. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  3890. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  3891. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  3892. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  3893. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  3894. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  3895. -E
  3896. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  3897. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  3898. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg
  3899. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  3900. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  3901. -E
  3902. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  3903. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  3904. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  3905. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  3906. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  3907. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  3908. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  3909. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  3910. -E
  3911. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  3912. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  3913. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  3914. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  3915. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  3916. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  3917. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  3918. -E
  3919. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  3920. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  3921. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  3922. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  3923. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  3924. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  3925. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  3926. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  3927. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  3928. -E
  3929. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  3930. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  3931. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  3932. -E
  3933. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  3934. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  3935. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  3936. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  3937. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  3938. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  3939. -E
  3940. -P 1 1 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  3941. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines '/users4/bigtmp/boldtGAAa02396' '/users4/bigtmp/boldtGAAa02396'
  3942. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  3943. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  3944. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  3945. -E
  3946. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  3947. -b +18+1 'Intensity from color'
  3948. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  3949. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  3950. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  3951. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  3952. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  3953. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  3954. -E
  3955. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  3956. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  3957. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  3958. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  3959. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  3960. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  3961. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  3962. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  3963. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  3964. -E
  3965. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  3966. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  3967. -E
  3968. -E
  3969. -M 1 0 100x40+10+20 +31+1 'File Information' info
  3970. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  3971. -g 1 0 18x1+1+1 'VIFF Information'
  3972. -g 1 0 18x1+1+2 'Image (2D) Stats'
  3973. -g 1 0 18x1+1+3 'Signal (1D) Stats'
  3974. -g 1 0 18x1+1+4 '1D Peak Detector'
  3975. -g 1 0 18x1+1+6 'Extract VIFF Data'
  3976. -g 1 0 18x1+1+8 'Print Data'
  3977. -g 1 0 18x1+1+9 'Print Map Data'
  3978. -g 1 0 18x1+1+11 'Edit VIFF Comment'
  3979. -g 1 0 18x1+1+12 'Edit VIFF Header'
  3980. -g 1 1 18x1+1+14 'ASCII File Viewer'
  3981. -H 1  18x2+1+16 'HELP' 'guide help' KHOROS_HOME/doc/cantata/subforms/info/help
  3982. -Q 1 0 18x2+1+18 'QUIT'
  3983. -E
  3984. -P 1 0 80x38+22+2 +8+0 'Information about a VIFF Image File' vfileinfo
  3985. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' i
  3986. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f
  3987. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation ' vfileinfo
  3988. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vfileinfo' KHOROS_HOME/doc/manpages/vfileinfo.1
  3989. -E
  3990. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Compute Statistics on VIFF File (2-D)' vstats
  3991. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+1 +0+0 ' ' 'Input Image        ' 'input image' i
  3992. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Masking Image   ' 'statistics operation masking image' m
  3993. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f
  3994. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'VIFF Output File' 'VIFF format output file' o
  3995. -b +3+5 'Select statistics for VIFF output file:  '
  3996. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+6 +0+0 1 'Save ALL statistics ' 'False' 'True' 'if yes, all stats saved' all
  3997. -b +3+7 'OR Save (selected):'
  3998. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+8 +0+0 0 'mean                ' 'False' 'True' 'if yes, mean is a band of output' mu
  3999. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+9 +0+0 0 'variance            ' 'False' 'True' 'if yes, variance is a band of output' var
  4000. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+10 +0+0 0 'standard deviation  ' 'False' 'True' 'if yes, std deviation is a band of output' sd
  4001. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+11 +0+0 0 'rms                 ' 'False' 'True' 'if yes, rms is a band of output' rms
  4002. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+12 +0+0 0 'maximum value       ' 'False' 'True' 'if yes, maximum value is a band of output' vmax
  4003. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+13 +0+0 0 'x coord of max value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of max value is a band of output' xmax
  4004. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+14 +0+0 0 'y coord of max value' 'False' 'True' 'if yes, y coord of max value is a band of output' ymax
  4005. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+15 +0+0 0 'minimum value       ' 'False' 'True' 'if yes, minimum value is a band of output' vmin
  4006. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+16 +0+0 0 'x coord of min value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of min value is a band of output' xmin
  4007. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+17 +0+0 0 'y coord of min value' 'False' 'True' 'if yes, y coord of min value is a band of output' ymin
  4008. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+18 +0+0 0 'integral            ' 'False' 'True' 'if yes, integral value is a band of output' in
  4009. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+19 +0+0 0 'pos part of integral' 'False' 'True' 'if yes, pos part of integral is a band of output' pin
  4010. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+20 +0+0 0 'neg part of integral' 'False' 'True' 'if yes, neg part of integral is a band of output' nin
  4011. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+21 +0+0 0 'num contributing pts' 'False' 'True' 'if yes, num contributing pts is a band of output' pts
  4012. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+22 +0+0 0 'num positive points ' 'False' 'True' 'if yes, num positive pts is a band of output' ppts
  4013. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+23 +0+0 0 'num negative points ' 'False' 'True' 'if yes, num negative pts is a band of output' npts
  4014. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+24 +0+0 0 'skewness            ' 'False' 'True' 'if yes, skewness is a band of output' sk
  4015. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+25 +0+0 0 'kurtosis            ' 'False' 'True' 'if yes, kurtosis is a band of output' kur
  4016. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+26 +0+0 0 'entropy             ' 'False' 'True' 'if yes, entropy is a band of output' ent
  4017. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+27 +0+0 0 'contrast            ' 'False' 'True' 'if yes, contrast is a band of output' con
  4018. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+29 +0+0 1 'Compute Each Data Band Separately?' 'No ' 'Yes' 'if yes, Compute each data band statistics separately' b
  4019. -R 1 0 1 13x2+1+31 'Execute' 'do operation ' vstats
  4020. -H 1  13x2+39+31 'Help' 'man page for vstats' KHOROS_HOME/doc/manpages/vstats.1
  4021. -E
  4022. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Compute Statistics on VIFF File (1-D)' dstats
  4023. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+1 +0+0 ' ' 'Input VIFF File     ' 'input file' i
  4024. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Masking File     ' 'statistics operation masking file' m
  4025. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output ASCII File' 'output ASCII file' f
  4026. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'VIFF Output File ' 'VIFF format output file' o
  4027. -b +3+5 'Select Statistics for VIFF Output File:  '
  4028. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+6 +0+0 1 'Save ALL statistics ' 'False' 'True' 'if yes, all stats saved' all
  4029. -b +3+7 'OR Save (selected):'
  4030. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+8 +0+0 0 'mean                ' 'False' 'True' 'if yes, mean is a band of output' mu
  4031. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+9 +0+0 0 'variance            ' 'False' 'True' 'if yes, variance is a band of output' var
  4032. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+10 +0+0 0 'standard deviation  ' 'False' 'True' 'if yes, std deviation is a band of output' sd
  4033. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+11 +0+0 0 'rms                 ' 'False' 'True' 'if yes, rms is a band of output' rms
  4034. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+12 +0+0 0 'maximum value       ' 'False' 'True' 'if yes, maximum value is a band of output' vmax
  4035. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+13 +0+0 0 'x coord of max value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of max value is a band of output' xmax
  4036. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+14 +0+0 0 'minimum value       ' 'False' 'True' 'if yes, minimum value is a band of output' vmin
  4037. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+15 +0+0 0 'x coord of min value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of min value is a band of output' xmin
  4038. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+16 +0+0 0 'integral            ' 'False' 'True' 'if yes, integral value is a band of output' in
  4039. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+17 +0+0 0 'pos part of integral' 'False' 'True' 'if yes, pos part of integral is a band of output' pin
  4040. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+18 +0+0 0 'neg part of integral' 'False' 'True' 'if yes, neg part of integral is a band of output' nin
  4041. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+19 +0+0 0 'num contributing pts' 'False' 'True' 'if yes, num contributing pts is a band of output' pts
  4042. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+20 +0+0 0 'num positive points ' 'False' 'True' 'if yes, num positive pts is a band of output' ppts
  4043. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+21 +0+0 0 'num negative points ' 'False' 'True' 'if yes, num negative pts is a band of output' npts
  4044. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+22 +0+0 0 'skewness            ' 'False' 'True' 'if yes, skewness is a band of output' sk
  4045. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+23 +0+0 0 'kurtosis            ' 'False' 'True' 'if yes, kurtosis is a band of output' kur
  4046. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+24 +0+0 0 'entropy             ' 'False' 'True' 'if yes, entropy is a band of output' ent
  4047. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+25 +0+0 0 'contrast            ' 'False' 'True' 'if yes, contrast is a band of output' con
  4048. -T 1 0 1 1 0 40x1+2+27 +0+0 1 'Data Processing Option (select one):' 'process dir. (0=down vectors, 1=across bands, 2=entire file)' d
  4049. -i 1 0 1 1 0 10x1+3+1 +0+0 0 2 1 'Across Bands' 'Process by Bands' d
  4050. -i 1 0 1 0 0 10x1+3+2 +0+0 0 2 0 'Down Vectors' 'direction of processing (1 = across bands, 0 = down vectors)' d
  4051. -i 1 0 1 0 0 10x1+3+3 +0+0 0 2 2 'Calculate One Stat Set for Entire File' 'Process by Bands' d
  4052. -E
  4053. -R 1 0 1 13x2+1+31 'Execute' 'do operation ' dstats
  4054. -H 1  13x2+39+31 'Help' 'man page for dstats' KHOROS_HOME/doc/manpages/dstats.1
  4055. -E
  4056. -P 1 0 80x40+22+2 +13+0 'Find Peaks or Troughs in Data' dpeakpick
  4057. -I 1 0 0 1 0 1 51x1+1+2 +0+0 ' ' 'Input File          ' 'input file' i ' '
  4058. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f ' '
  4059. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'VIFF Output File' 'VIFF format output file' o ' '
  4060. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+6 +0+0 1    'find peaks or troughs:' 'Troughs' 'Peaks' 'if true, find peaks ' p
  4061. -b +1+8 'Specify Number of Peaks or Troughs to Detect (N):'
  4062. -C 0
  4063. -l 1 0 1 1 0 40x1+4+9 +0+0 1     'Find All               ' 'False' 'True' 'Find all peaks or troughs' all
  4064. -i 1 0 1 0 0 42x1+4+10 +0+0 2 2 1 'Specify Number of Peaks' 'Number of peaks or troughs to find ' n
  4065. -E
  4066. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+12 +0+0 1    'Find ' 'max/min' 'first' 'if FALSE find first n, and if TRUE find max/min n, peaks or troughs' m
  4067. -b +22+12 'N peaks/troughs in sequence.'
  4068. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+13 +0+0 0    'Include Endpoints for P/T Designation' 'False' 'True' 'If TRUE, endpoints will be considered for peak designation' e
  4069. -i 1 0 1 1 0 42x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Window Size              ' 'Num steps on both sides of point on which to base peak decision' w
  4070. -f 1 0 1 0 0 42x1+2+16 +0+0 1 1 0 'Min Height to Width Ratio' 'min that abs value of average slope over window can be' hwr
  4071. -l 1 0 1 1 0 40x1+2+18 +0+0 1 'Data Processing Direction' 'Down Vectors' 'Across Bands' 'data processing direction (0 = down vectors, 1 = across bands)' d 1
  4072. -R 1 0 1 13x2+1+20 'Execute' 'do operation ' dpeakpick
  4073. -H 1   13x2+39+20 'Help' 'man page for dpeakpick' ~KHOROS_HOME/doc/manpages/dpeakpick.1
  4074. -E
  4075. -P 1 0 80x38+22+2 +6+0 'Extract Data for PARSER from a VIFF File' varviff
  4076. -b +0+1 'Connection Filenames:'
  4077. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File' 'input file' i1
  4078. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Gating VIFF File' 'input file that is passed to output unmodified (used to gate operation)' i2
  4079. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Optional Output File' 'connecting file' o
  4080. -b +0+6 'Location of Data in VIFF Structure:'
  4081. -i 1 0 0 1 1 30x1+2+7 +0+0 0 0 0 'X location ' 'x location' x
  4082. -i 1 0 0 1 1 30x1+2+8 +0+0 0 0 0 'Y location ' 'y location' y
  4083. -i 1 0 0 1 1 30x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Band number' 'band number' b
  4084. -s 1 0 0 1 1 47x1+0+11 +0+0 ' ' 'Data Variable Name:' 'variable' v
  4085. -R 1 0 4 13x2+1+13 'Execute' 'Execute operation' varviff
  4086. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'Man page for varviff' KHOROS_HOME/doc/manpages/varviff.1
  4087. -E
  4088. -P 1 0 80x38+22+2 +4+0 'Print (Image or Plot) Data to the Screen File' vprdata
  4089. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' i
  4090. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Output ASCII File' 'output ASCII file' f
  4091. -l 1 0 1 1 0 50x1+2+7 +0+0 1 'Print Data Format:' 'Column Form' 'Matrix Form' 'if yes (default) print data as matrix, if no then column' m
  4092. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' vprdata
  4093. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vprdata' KHOROS_HOME/doc/manpages/vprdata.1
  4094. -E
  4095. -P 1 0 80x38+22+2 +15+0 'Print the Colormap Values' vprmap
  4096. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image  ' 'input image filename' i
  4097. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f
  4098. -l 1 0 1 1 0 50x1+2+7 +0+0 1 'Print Values Format:' 'Column Form' 'Matrix Form' 'default: print data as matrix' m
  4099. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation ' vprmap
  4100. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vprmap' KHOROS_HOME/doc/manpages/vprmap.1
  4101. -E
  4102. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Change the Comment Field on a VIFF Image File' vcomment
  4103. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'input image' i
  4104. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' xterm -e vcomment
  4105. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vcomment' KHOROS_HOME/doc/manpages/vcomment.1
  4106. -E
  4107. -P 1 0 80x38+22+2 +17+0 'Edit VIFF Header' vheaded
  4108. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input image ' 'Input image' i
  4109. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output image' 'output image' o
  4110. -l 1 0 1 1 0 50x1+2+5 +0+0 0 'Edit dangerous fields' 'No' 'Yes' 'edit dangerous fields' danger
  4111. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'execute operation' xterm -e vheaded
  4112. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vheaded' KHOROS_HOME/doc/manpages/vheaded.1
  4113. -E
  4114. -P 1 1 80x38+22+2 +17+0 'View an ASCII File' xvviewer
  4115. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Filename' 'filename to view' i '/users4/bigtmp/boldtHAAa02396' '/users4/bigtmp/boldtHAAa02396'
  4116. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation ' xvviewer
  4117. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for xvviewer' KHOROS_HOME/doc/manpages/xvviewer.1
  4118. -E
  4119. -E
  4120. -M 1 0 100x40+0+0 +27+1 'Input Data from Files' input_file
  4121. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  4122. -g 1 0 18x1+1+1 'Images'
  4123. -g 1 0 18x1+1+2 'Signals'
  4124. -g 1 1 18x1+1+3 'Kernels'
  4125. -g 1 0 18x1+1+4 'Morpho Kernels'
  4126. -g 1 0 18x1+1+6 'User Defined'
  4127. -H 1  18x2+1+11 'HELP' 'guide help' KHOROS_HOME/doc/cantata/subforms/input_file/help
  4128. -Q 1 0 18x2+1+13 'QUIT'
  4129. -E
  4130. -P 1 0 80x38+22+2 +4+0 'Input Supplied and/or Example Image' images
  4131. -T 1 0 0 1 1 40x8+1+1 +0+0 1 'List of Supplied Standard Images:' 'lists supplied images' OLD
  4132. -O 1 0 1 1 0 1 16x1+4+1 +0+0 'KHOROS_HOME/data/images/ball.xv' 'ball.xv' 'input image filename' o
  4133. -O 1 0 1 0 0 1 16x1+4+2 +0+0 'KHOROS_HOME/data/images/feath.dith' 'feath.dith' 'input image filename' o
  4134. -O 1 0 1 0 0 1 16x1+4+3 +0+0 'KHOROS_HOME/data/images/feath.xv' 'feath.xv' 'input image filename' o
  4135. -O 1 0 1 0 0 1 16x1+4+4 +0+0 'KHOROS_HOME/data/images/wolf.xv' 'wolf.xv' 'input image filename' o
  4136. -O 1 0 1 0 0 1 16x1+4+5 +0+0 'KHOROS_HOME/data/images/lenna.254.xv' 'lenna.254.xv' 'input image filename' o
  4137. -O 1 0 1 0 0 1 16x1+4+6 +0+0 'KHOROS_HOME/data/images/head.xv' 'head.xv' 'input image filename' o
  4138. -O 1 0 1 0 0 1 16x1+4+7 +0+0 'KHOROS_HOME/data/images/mandril.rgb.xv' 'mandrilr.rgb.xv' 'input image filename' o
  4139. -O 1 0 1 0 0 1 16x1+4+8 +0+0 'KHOROS_HOME/data/images/flower.250.xv' 'flower.250.xv' 'input image filename' o
  4140. -O 1 0 1 0 0 1 16x1+4+9 +0+0 'KHOROS_HOME/data/images/ultrasound.xv' 'ultrasound.xv' 'input image filename' o
  4141. -O 1 0 1 0 0 1 16x1+28+1 +0+0 'KHOROS_HOME/data/images/moon.xv' 'moon.xv' 'input image filename' o
  4142. -O 1 0 1 0 0 1 16x1+28+2 +0+0 'KHOROS_HOME/data/images/mandril.254.xv' 'mandril.254.xv' 'input image filename' o
  4143. -O 1 0 1 0 0 1 16x1+28+3 +0+0 'KHOROS_HOME/data/images/tools.xv' 'tools.xv' 'input image filename' o
  4144. -O 1 0 1 0 0 1 16x1+28+4 +0+0 'KHOROS_HOME/data/images/visual_mtf.xv' 'visual_mtf.xv' 'input image filename' o
  4145. -O 1 0 1 0 0 1 16x1+28+5 +0+0 'KHOROS_HOME/data/images/xray.xv' 'xray.xv' 'input image filename' o
  4146. -O 1 0 1 0 0 1 16x1+28+6 +0+0 'KHOROS_HOME/data/images/airport.xv' 'airport.xv' 'input image filename' o
  4147. -O 1 0 1 0 0 1 16x1+28+7 +0+0 'KHOROS_HOME/data/images/spine.xv' 'spine.xv' 'input image filename' o
  4148. -O 1 0 1 0 0 1 16x1+28+8 +0+0 'KHOROS_HOME/data/images/lizard.rgb.xv' 'lizard.rgb.xv' 'input image filename' o
  4149. -E
  4150. -H 1  13x2+39+11 'Help' 'man page for images' KHOROS_HOME/doc/cantata/subforms/input_file/help/images
  4151. -E
  4152. -P 1 0 80x38+22+2 +4+0 'Input Supplied and/or Example Signal' signals
  4153. -T 1 0 0 1 1 40x8+1+1 +0+0 1 'List of Supplied Standard Signals:' 'lists supplied signals' OLD
  4154. -O 1 0 1 1 0 1 30x1+4+1 +0+0 'KHOROS_HOME/data/signals/brain.c.xv' 'NMR Healthy Brain Scan (complex)' 'input signal filename' o
  4155. -O 1 0 1 0 0 1 30x1+4+2 +0+0 'KHOROS_HOME/data/signals/tumor.c.xv' 'NMR Tumor Brain Scan (complex)' 'input signal filename' o
  4156. -O 1 0 1 0 0 1 30x1+4+3 +0+0 'KHOROS_HOME/data/signals/stroke.c.xv' 'NMR Stroke Brain Scan (complex)' 'input signal filename' o
  4157. -O 1 0 1 0 0 1 30x1+4+4 +0+0 'KHOROS_HOME/data/signals/sine.r.xv' 'Sinusoid' 'input signal filename' o
  4158. -O 1 0 1 0 0 1 30x1+4+5 +0+0 'KHOROS_HOME/data/signals/pulse.r.xv' 'Pulse Train' 'input signal filename' o
  4159. -O 1 0 1 0 0 1 30x1+4+6 +0+0 'KHOROS_HOME/data/signals/gnoise.r.xv' 'Gaussian Noise (var=1.0, mean=0.0)' 'input signal filename' o
  4160. -O 1 0 1 0 0 1 30x1+4+7 +0+0 'KHOROS_HOME/data/signals/rnoise.r.xv' 'Rayleigh Noise (var=1.0)' 'input signal filename' o
  4161. -O 1 0 1 0 0 1 30x1+4+8 +0+0 'KHOROS_HOME/data/signals/unoise.r.xv' 'Uniform Noise (mean=0.0)' 'input signal filename' o
  4162. -E
  4163. -H 1  13x2+39+11 'Help' 'man page for signals' KHOROS_HOME/doc/cantata/subforms/input_file/help/signals
  4164. -E
  4165. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input Supplied Standard or User Defined Kernel' kernels
  4166. -T 1 0 0 1 1 40x8+1+1 +0+0 1 'List of Supplied Standard Kernels:' 'lists supplied kernels' OLD 6
  4167. -O 1 0 1 0 0 1 16x1+4+1 +0+0 'KHOROS_HOME/data/kernels/avg3x3' 'avg3x3' 'input image filename' o 'KHOROS_HOME/data/kernels/avg3x3' 'KHOROS_HOME/data/kernels/avg3x3'
  4168. -O 1 0 1 0 0 1 16x1+4+2 +0+0 'KHOROS_HOME/data/kernels/avg5x5' 'avg5x5' 'input image filename' o
  4169. -O 1 0 1 0 0 1 16x1+4+3 +0+0 'KHOROS_HOME/data/kernels/avg7x7' 'avg7x7' 'input image filename' o
  4170. -O 1 0 1 0 0 1 16x1+4+4 +0+0 'KHOROS_HOME/data/kernels/edgekern' 'edgekern' 'input image filename' o
  4171. -O 1 0 1 0 0 1 16x1+4+5 +0+0 'KHOROS_HOME/data/kernels/unsharp3x3' 'unsharp3x3' 'input image filename' o
  4172. -O 1 0 1 1 0 1 16x1+4+6 +0+0 'KHOROS_HOME/data/kernels/laplacian3x3' 'laplacian3x3' 'input image filename' o 'KHOROS_HOME/data/kernels/laplacian3x3' 'KHOROS_HOME/data/kernels/laplacian3x3'
  4173. -O 1 0 1 0 0 1 16x1+4+7 +0+0 'KHOROS_HOME/data/kernels/lpf5x5.xv' 'lpf5x5.xv' 'input image filename' o 'KHOROS_HOME/data/kernels/laplacian3x3' 'KHOROS_HOME/data/kernels/laplacian3x3'
  4174. -O 1 0 1 0 0 1 16x1+4+8 +0+0 'KHOROS_HOME/data/kernels/sobel_x' 'sobel_x' 'input image filename' o
  4175. -O 1 0 1 0 0 1 16x1+4+9 +0+0 'KHOROS_HOME/data/kernels/sobel_y' 'sobel_y' 'input image filename' o
  4176. -O 1 0 1 0 0 1 16x1+28+1 +0+0 'KHOROS_HOME/data/kernels/frei_chen_w1' 'frei_chen_w1' 'input image filename' o
  4177. -O 1 0 1 0 0 1 16x1+28+2 +0+0 'KHOROS_HOME/data/kernels/frei_chen_w2' 'frei_chen_w2' 'input image filename' o
  4178. -O 1 0 1 0 0 1 16x1+28+3 +0+0 'KHOROS_HOME/data/kernels/frei_chen_w3' 'frei_chen_w3' 'input image filename' o
  4179. -O 1 0 1 0 0 1 16x1+28+4 +0+0 'KHOROS_HOME/data/kernels/frei_chen_w4' 'frei_chen_w4' 'input image filename' o
  4180. -O 1 0 1 0 0 1 16x1+28+5 +0+0 'KHOROS_HOME/data/kernels/frei_chen_w5' 'frei_chen_w5' 'input image filename' o
  4181. -O 1 0 1 0 0 1 16x1+28+6 +0+0 'KHOROS_HOME/data/kernels/frei_chen_w6' 'frei_chen_w6' 'input image filename' o
  4182. -O 1 0 1 0 0 1 16x1+28+7 +0+0 'KHOROS_HOME/data/kernels/frei_chen_w7' 'frei_chen_w7' 'input image filename' o
  4183. -O 1 0 1 0 0 1 16x1+28+8 +0+0 'KHOROS_HOME/data/kernels/frei_chen_w8' 'frei_chen_w8' 'input image filename' o
  4184. -O 1 0 1 0 0 1 16x1+28+8 +0+0 'KHOROS_HOME/data/kernels/frei_chen_w9' 'frei_chen_w9' 'input image filename' o
  4185. -E
  4186. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+12 +0+0 'KHOROS_HOME/data/kernels/' 'Select Kernel' 'user specified kernel' o 'KHOROS_HOME/data/kernels/' 'KHOROS_HOME/data/kernels/'
  4187. -H 1  13x2+39+14 'Help' 'man page for kernels' KHOROS_HOME/doc/cantata/subforms/input_file/help/kernels
  4188. -E
  4189. -P 1 0 80x38+22+2 +0+0 'Input Supplied Standard or User Defined Morphokernel' mkernels
  4190. -T 1 0 0 1 1 40x8+1+1 +0+2 5 'List of Supplied Standard Morphokernels:' 'lists supplied kernels' OLD
  4191. -O 1 0 1 1 0 1 16x1+4+3 +0+0 'KHOROS_HOME/data/morphokernel/cell20.mor' 'cell20.mor' 'input image filename' o
  4192. -O 1 0 1 0 0 1 16x1+4+4 +0+0 'KHOROS_HOME/data/morphokernel/circle11.mor' 'circle11.mor' 'input image filename' o
  4193. -O 1 0 1 0 0 1 16x1+4+5 +0+0 'KHOROS_HOME/data/morphokernel/circle5.mor' 'circle5.mor' 'input image filename' o
  4194. -O 1 0 1 0 0 1 16x1+4+6 +0+0 'KHOROS_HOME/data/morphokernel/circle6.mor' 'circle6.mor' 'input image filename' o
  4195. -O 1 0 1 0 0 1 16x1+4+7 +0+0 'KHOROS_HOME/data/morphokernel/circle7.mor' 'circle7.mor' 'input image filename' o
  4196. -O 1 0 1 0 0 1 16x1+4+8 +0+0 'KHOROS_HOME/data/morphokernel/diamond5.mor' 'diamond5.mor' 'input image filename' o
  4197. -O 1 0 1 0 0 1 16x1+28+3 +0+0 'KHOROS_HOME/data/morphokernel/diamond7.mor' 'diamond7.mor' 'input image filename' o
  4198. -O 1 0 1 0 0 1 16x1+28+4 +0+0 'KHOROS_HOME/data/morphokernel/kd1.mor' 'kd1.mor' 'input image filename' o
  4199. -O 1 0 1 0 0 1 16x1+28+5 +0+0 'KHOROS_HOME/data/morphokernel/kd2.mor' 'kd2.mor' 'input image filename' o
  4200. -O 1 0 1 0 0 1 16x1+28+6 +0+0 'KHOROS_HOME/data/morphokernel/kd3.mor' 'kd3.mor' 'input image filename' o
  4201. -O 1 0 1 0 0 1 16x1+28+7 +0+0 'KHOROS_HOME/data/morphokernel/kd5.mor' 'kd5.mor' 'input image filename' o
  4202. -E
  4203. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+12 +0+0 'KHOROS_HOME/data/morphokernel/' 'Select Kernel' 'user specified morphokernel' o
  4204. -H 1  13x2+39+14 'Help' 'man page for kernels' KHOROS_HOME/doc/cantata/subforms/input_file/help/mkernel
  4205. -E
  4206. -P 1 0 80x38+22+2 +4+0 'User Defined Input Data File' input
  4207. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+1 +0+0 ' ' 'User Specified File' 'user specified data' o
  4208. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Connection' 'input file' i
  4209. -H 1  13x2+39+11 'Help' 'man page for images' KHOROS_HOME/doc/cantata/subforms/input_file/help/user_def
  4210. -E
  4211. -E
  4212. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Standard Control Structures' control
  4213. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  4214. -g 1 0 18x1+1+2 'Count-Loop'
  4215. -g 1 0 18x1+1+3 'While-Loop'
  4216. -g 1 0 18x1+1+5 'If-Then-Else'
  4217. -g 1 1 18x1+1+6 'Merge'
  4218. -H 1  18x2+1+11 'HELP' 'guide help' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/help/Overview
  4219. -Q 1 0 18x2+1+13 'QUIT'
  4220. -E
  4221. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'Counting-Loop Control Structure' count_loop
  4222. -b +0+1 'Counting-Loop Parameters:'
  4223. -s 1 0 0 1 0 40x1+1+2 +0+0 ' ' 'Loop Control Variable' 'loop control variable' lcv
  4224. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+3 +0+0 0 0 1 'Initial Value     ' 'initial value' init
  4225. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+4 +0+0 0 0 1 'Increment Value   ' 'increment value' incr
  4226. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+5 +0+0 0 0 1 'Final Value       ' 'test value' test
  4227. -b +0+6 'Control Path Connections:'
  4228. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+7 +0+0 ' ' 'Initial input' 'Initial input file' i_in
  4229. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +0+0 ' ' '   Loop input ' 'Loop input file' i_lp
  4230. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Exit output' 'Exit output file' o_ex
  4231. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+10 +0+0 ' ' '   Loop output' 'Loop output file' o_lp
  4232. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for count_loop' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/count_loop/help
  4233. -E
  4234. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'While-Loop Control Structure' while_loop
  4235. -b +0+1 'While-Loop Parameters:'
  4236. -i 1 0 1 0 0 50x1+1+2 +0+0 0 0 1 'Initial Expression' 'Initial expression' init
  4237. -i 1 0 1 0 0 50x1+1+3 +0+0 0 0 1 'Update Expression ' 'Update expression' update
  4238. -i 1 0 0 1 0 50x1+1+4 +0+0 0 0 1 '   Test Condition    ' 'Test condition' test
  4239. -b +0+6 'Control Path Connections:'
  4240. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+7 +0+0 ' ' 'Initial input' 'Initial input file' i_in
  4241. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +0+0 ' ' '   Loop input ' 'Loop input file' i_lp
  4242. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Exit output' 'Exit output file' o_ex
  4243. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+10 +0+0 ' ' '   Loop output' 'Loop output file' o_lp
  4244. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for while_loop' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/while_loop/help
  4245. -E
  4246. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'If-Then-Else Control Structure' if_else
  4247. -i 1 0 0 1 0 50x1+1+2 +0+0 0 0 1 'If Conditional Expression' 'Boolean expression' cond
  4248. -b +0+4 'Control Path Connections:'
  4249. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+5 +3+0 ' ' 'Input ' 'input_file' i
  4250. -b +1+6 'Then (TRUE)'
  4251. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+7 +3+0 ' ' 'Output' 'TRUE output file' o1
  4252. -b +1+8 'Else (FALSE)'
  4253. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Output' 'FALSE output file' o2
  4254. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for if_then_else' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/if_else/help
  4255. -E
  4256. -P 1 1 80x38+22+2 +18+0 'Merge Structure' merge
  4257. -b +1+2 'Control Path Connections:'
  4258. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+4 +3+0 ' ' 'Input 1' 'input file 1' i1 '/users4/bigtmp/intenAAAa02396' '/users4/bigtmp/intenAAAa02396'
  4259. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+6 +0+0 ' ' 'Input 2' 'input file 2' i2 ' ' ' '
  4260. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +3+0 ' ' 'Output ' 'output file' o '/users4/bigtmp/mergeIAAa02396' '/users4/bigtmp/mergeIAAa02396'
  4261. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for merge' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/merge/help
  4262. -E
  4263. -E
  4264. -M 1 0 80x38+0+0 +5+1 'Enter Comment' comment
  4265. -P 1 1 80x38+0+0 +6+1 'Comment Pane used to comment a cantata workspace' comment
  4266. -s 1 0 0 1 0 22x1+1+3 +0+0 ' comment' 'Glyph  Label' 'Label for cantata glyph' label ' README' ' README'
  4267. -b +1+5 'Text area for commenting the cantata workspace'
  4268. -s 1 0 0 1 0 55x10+0+6 +0+0 ' ' ' ' 'first string' comment 'This is Michael Boldt' 'This is Michael Boldt'
  4269. -Q 1 0 13x2+2+15 'QUIT'
  4270. -H 1  13x2+42+15 'Help' 'man page for workspace management' KHOROS_HOME/doc/cantata/edit/comment/help
  4271. -E
  4272. -E
  4273. -M 1 0 100x40+10+20 +28+1 'Geometric Manipulations' geomanip
  4274. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  4275. -g 1 0 18x1+1+1 'Shrink Image'
  4276. -g 1 0 18x1+1+2 'Expand Image'
  4277. -g 1 0 18x1+1+3 'Resize Image'
  4278. -g 1 0 18x1+1+4 'Rotate Image'
  4279. -g 1 0 18x1+1+5 'Transpose Image'
  4280. -g 1 1 18x1+1+6 'Translate Image'
  4281. -g 1 0 18x1+1+7 'Flip Image'
  4282. -H 1  18x2+1+11 'HELP' 'guide help' KHOROS_HOME/doc/cantata/subforms/geomanip/help
  4283. -Q 1 0 18x2+1+13 'QUIT'
  4284. -E
  4285. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Shrink Image by Skipping Pixels (Sub-Sampling)' vshrink
  4286. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' i
  4287. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output (shrunk image)' o
  4288. -i 1 0 1 1 1 47x1+2+6 +1+0 2 2000 2 'Shrink Factor  ' 'shrink scale factor' s
  4289. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' vshrink
  4290. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vshrink' KHOROS_HOME/doc/manpages/vshrink.1
  4291. -E
  4292. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Expand Image by Integer Scale Factor' vexpand
  4293. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' i
  4294. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output Image' 'resulting expanded image' o
  4295. -i 1 0 1 1 1 47x1+2+6 +1+0 2 2000 2 'Scale Factor  ' 'expansion scale factor' s
  4296. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' vexpand
  4297. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vexpand' KHOROS_HOME/doc/manpages/vexpand.1
  4298. -E
  4299. -P 1 0 80x38+22+2 +0+0 'Magnify or Reduce Image using Bilinear Interpolation' vresize
  4300. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image   ' 'input image' i
  4301. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output Image  ' 'resulting output image' o
  4302. -f 1 0 1 0 0 40x1+2+5 +1+0 1 1 0 'X Center of Action' 'x coordinate of the center of action' x
  4303. -f 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +1+0 1 1 0 'Y Center of Action' 'y coordinate of the center of action' y
  4304. -f 1 0 1 1 0 40x1+2+8 +1+0 2 2 2 'X Magnification' 'magnification in the horizontal direction' h
  4305. -f 1 0 1 1 0 40x1+2+9 +1+0 2 2 2 'Y Magnification' 'magnification in the vertical direction' v
  4306. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' vresize
  4307. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vresize' KHOROS_HOME/doc/manpages/vresize.1
  4308. -E
  4309. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'Rotate Image about a Center Point' vrotate
  4310. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' i
  4311. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output Image' 'resulting output image' o
  4312. -i 1 0 1 0 1 40x1+2+6 +1+0 0 0 0 'X Coord of Center of Rotation' 'X coord of center of rotation' x
  4313. -i 1 0 1 0 1 40x1+2+7 +1+0 0 0 0 'Y Coord of Center of Rotation' 'Y coord of center of rotation' y
  4314. -f 1 0 1 1 1 40x1+2+9 +1+0 0 0 45 'Rotation Angle (degrees)' 'specifies the clockwise rotation angle in degrees' d
  4315. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' vrotate
  4316. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vrotate' KHOROS_HOME/doc/manpages/vrotate.1
  4317. -E
  4318. -P 1 0 80x38+22+2 +17+0 'Transpose an Image' vtranspos
  4319. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' i
  4320. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Output Image' 'resulting output image' o
  4321. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'execute operation' vtranspos
  4322. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vtranspos' KHOROS_HOME/doc/manpages/vtranspos.1
  4323. -E
  4324. -P 1 1 80x38+22+2 +17+0 'Translate an Image' vtranslat
  4325. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+2 +0+0 ' ' 'Input Image  ' 'input image' i '/users4/bigtmp/vconvFAAa02396' '/users4/bigtmp/vconvFAAa02396'
  4326. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+3 +0+0 ' ' 'Output Image ' 'resulting output image' o '/users4/bigtmp/vtranYCAa02396' '/users4/bigtmp/vtranYCAa02396'
  4327. -i 1 1 0 1 1 24x1+1+5 +0+0 0 0 0 'X_Translation' 'Translation along x axe' x -1 '-1'
  4328. -i 1 1 0 1 1 24x1+1+6 +0+0 0 0 0 'Y_Translation' 'Translation along y axe' y -1 '-1'
  4329. -l 1 0 1 1 1 50x1+1+8 +0+0 0 'Wrap or Pad Image?' 'Pad ' 'Wrap' 'if true, wraps the image around, if false pads with a padding value' w
  4330. -f 1 0 1 0 1 47x1+1+10 +0+0 0 0 0 'Padding Value ' 'paddingvalue' p
  4331. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'execute operation' vtranslat
  4332. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vtranslat' KHOROS_HOME/doc/manpages/vtranslat.1
  4333. -E
  4334. -P 1 0 80x38+22+2 +5+0 'Flip Image Top-for-Bottom or Right-for-Left' vflip
  4335. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image ' i
  4336. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image' o
  4337. -l 1 0 1 1 1 50x1+4+6 +0+0 0 'Flip top-for-bottom' 'No ' 'Yes' 'flip top/bottom' t
  4338. -l 1 0 1 1 1 50x1+4+8 +0+0 1 'Flip right-for-left' 'No ' 'Yes' 'flip right/left' r
  4339. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' vflip
  4340. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vflip' KHOROS_HOME/doc/manpages/vflip.1
  4341. -E
  4342. -E
  4343. -E
  4344. #  BeginVariables
  4345.  
  4346.  
  4347.  
  4348. # No variables currently declared. #
  4349.  
  4350. #  EndVariables
  4351. #  BeginEnvironment
  4352. #    Grid 1
  4353. #    GridSize 20
  4354. #    SmallGlyph 0
  4355. #    RubberBand 0
  4356. #    ParallelExec 1
  4357. #    Viewport 1
  4358. #    AttachCanvas 1
  4359. #    ShowDav 0
  4360. #    ShowModified 0
  4361. #    EchoRoutine 1
  4362. #    LeaveGlyph 0
  4363. #    DemandDriven 0
  4364. #    ShowClipboard 0
  4365. #    InheritAttributes 1
  4366. #    GlobalVariables 1
  4367. #    AutoPlacement 1
  4368. #    GlyphPlacement 0
  4369. #    RemoteExec 0
  4370. #  EndEnvironment
  4371. # 'vconvolve' 2 1 'vconvolve9_glyph' 300+60
  4372. # 'boldtline' 2 1 'boldtline10_glyph' 580+0
  4373. # 'showlines' 2 1 'showlines11_glyph' 720+0
  4374. # 'xvviewer' 2 1 'xvviewer12_glyph' 720+100
  4375. # 'kernels' 2 1 'kernels13_glyph' 200+180
  4376. # 'merge' 4 1 'merge0_control' 120+0
  4377. # ' README' 6 1 ' README1_comment' 0+0
  4378. # 'vtranslat' 2 1 'vtranslat70_glyph' 420+60
  4379. # EndWorkspace
  4380. # 'BurnsLines' 3 1 'BurnsLines1_procedure' 400+120
  4381. # BeginWorkspace
  4382. -F 4.2 1 1 0x0+0+0 +0+0 'Dummy Form' not_used
  4383. -S 1 0
  4384. -d 1 0 9x2+2+2 'Subform 17'
  4385. -d 1 0 9x2+22+2 'Subform 18'
  4386. -d 1 0 9x2+2+2 'Subform 19'
  4387. -d 1 0 9x2+4+2 'Subform 20'
  4388. -d 1 0 9x2+6+2 'Subform 21'
  4389. -d 1 0 9x2+8+2 'Subform 1'
  4390. -E
  4391. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  4392. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  4393. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  4394. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  4395. -g 1 1 18x1+1+4 'burns'
  4396. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  4397. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  4398. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  4399. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  4400. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  4401. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  4402. -g 1 0 18x1+1+13 'ReMerge'
  4403. -g 1 0 18x1+1+13 'RegLab'
  4404. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  4405. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  4406. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  4407. -g 1 0 18x1+1+18 'ShowEdges'
  4408. -g 1 0 18x1+1+19 'ShowLines'
  4409. -g 1 0 18x1+1+21 'intensity'
  4410. -g 1 0 18x1+1+23 'VisImages'
  4411. -H 1  18x2+1+25 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  4412. -Q 1 0 18x2+1+27 'QUIT'
  4413. -E
  4414. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  4415. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  4416. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  4417. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  4418. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  4419. -E
  4420. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  4421. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  4422. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  4423. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  4424. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  4425. -E
  4426. -P 1 1 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  4427. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage '/users4/bigtmp/mergePAAa02396' '/users4/bigtmp/mergePAAa02396'
  4428. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img '/users4/bigtmp/labthNAAa02396' '/users4/bigtmp/labthNAAa02396'
  4429. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img '/users4/bigtmp/labthOAAa02396' '/users4/bigtmp/labthOAAa02396'
  4430. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg '/users4/bigtmp/genthKAAa02396' '/users4/bigtmp/genthKAAa02396'
  4431. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  4432. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  4433. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  4434. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  4435. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  4436. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  4437. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  4438. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  4439. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  4440. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  4441. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  4442. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame 'frame' 'frame'
  4443. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out ' ' ' '
  4444. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines '/users4/bigtmp/burnsJAAa02396' '/users4/bigtmp/burnsJAAa02396'
  4445. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  4446. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  4447. -E
  4448. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  4449. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  4450. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  4451. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  4452. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  4453. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  4454. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  4455. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  4456. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  4457. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  4458. -E
  4459. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  4460. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  4461. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  4462. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  4463. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  4464. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  4465. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  4466. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  4467. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  4468. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  4469. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  4470. -E
  4471. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  4472. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  4473. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  4474. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  4475. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  4476. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  4477. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  4478. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  4479. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  4480. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  4481. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  4482. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  4483. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  4484. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  4485. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  4486. -E
  4487. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  4488. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  4489. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  4490. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  4491. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  4492. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  4493. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  4494. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  4495. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  4496. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  4497. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  4498. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  4499. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  4500. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  4501. -E
  4502. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  4503. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  4504. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  4505. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  4506. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  4507. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  4508. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  4509. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  4510. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  4511. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  4512. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  4513. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  4514. -E
  4515. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  4516. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  4517. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  4518. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  4519. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  4520. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  4521. -E
  4522. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  4523. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  4524. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  4525. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  4526. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  4527. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  4528. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  4529. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  4530. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  4531. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  4532. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  4533. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  4534. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  4535. -E
  4536. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  4537. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  4538. -E
  4539. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  4540. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  4541. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg
  4542. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector
  4543. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector
  4544. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  4545. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh
  4546. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta
  4547. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  4548. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  4549. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  4550. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  4551. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  4552. -E
  4553. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  4554. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  4555. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  4556. -E
  4557. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  4558. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg
  4559. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  4560. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  4561. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  4562. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  4563. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  4564. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  4565. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  4566. -E
  4567. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  4568. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  4569. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg
  4570. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  4571. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  4572. -E
  4573. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  4574. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  4575. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  4576. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  4577. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  4578. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  4579. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  4580. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  4581. -E
  4582. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  4583. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  4584. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  4585. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  4586. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  4587. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  4588. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  4589. -E
  4590. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  4591. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  4592. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  4593. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  4594. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  4595. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  4596. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  4597. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  4598. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  4599. -E
  4600. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  4601. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  4602. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  4603. -E
  4604. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  4605. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  4606. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  4607. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  4608. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  4609. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  4610. -E
  4611. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  4612. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  4613. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  4614. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  4615. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  4616. -E
  4617. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  4618. -b +18+1 'Intensity from color'
  4619. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  4620. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  4621. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  4622. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  4623. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  4624. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  4625. -E
  4626. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  4627. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  4628. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  4629. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  4630. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  4631. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  4632. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  4633. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  4634. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  4635. -E
  4636. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  4637. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  4638. -E
  4639. -E
  4640. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  4641. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  4642. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  4643. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  4644. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  4645. -g 1 1 18x1+1+5 'gradient'
  4646. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  4647. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  4648. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  4649. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  4650. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  4651. -g 1 0 18x1+1+13 'ReMerge'
  4652. -g 1 0 18x1+1+13 'RegLab'
  4653. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  4654. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  4655. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  4656. -g 1 0 18x1+1+18 'ShowEdges'
  4657. -g 1 0 18x1+1+19 'ShowLines'
  4658. -g 1 0 18x1+1+21 'intensity'
  4659. -g 1 0 18x1+1+23 'VisImages'
  4660. -H 1  18x2+1+25 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  4661. -Q 1 0 18x2+1+27 'QUIT'
  4662. -E
  4663. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  4664. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  4665. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  4666. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  4667. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  4668. -E
  4669. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  4670. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  4671. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  4672. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  4673. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  4674. -E
  4675. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  4676. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  4677. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  4678. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  4679. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  4680. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  4681. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  4682. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  4683. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  4684. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  4685. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  4686. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  4687. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  4688. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  4689. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  4690. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  4691. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  4692. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  4693. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  4694. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  4695. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  4696. -E
  4697. -P 1 1 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  4698. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg '/users4/bigtmp/mergePAAa02396' '/users4/bigtmp/mergePAAa02396'
  4699. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask ' ' ' '
  4700. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier ' ' ' '
  4701. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  4702. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg '/users4/bigtmp/genthKAAa02396' '/users4/bigtmp/genthKAAa02396'
  4703. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img '/users4/bigtmp/genthLAAa02396' '/users4/bigtmp/genthLAAa02396'
  4704. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img '/users4/bigtmp/genthMAAa02396' '/users4/bigtmp/genthMAAa02396'
  4705. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  4706. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  4707. -E
  4708. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  4709. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  4710. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  4711. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  4712. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  4713. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  4714. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  4715. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  4716. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  4717. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  4718. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  4719. -E
  4720. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  4721. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  4722. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  4723. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  4724. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  4725. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  4726. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  4727. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  4728. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  4729. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  4730. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  4731. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  4732. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  4733. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  4734. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  4735. -E
  4736. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  4737. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  4738. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  4739. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  4740. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  4741. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  4742. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  4743. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  4744. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  4745. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  4746. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  4747. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  4748. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  4749. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  4750. -E
  4751. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  4752. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  4753. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  4754. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  4755. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  4756. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  4757. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  4758. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  4759. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  4760. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  4761. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  4762. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  4763. -E
  4764. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  4765. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  4766. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  4767. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  4768. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  4769. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  4770. -E
  4771. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  4772. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  4773. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  4774. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  4775. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  4776. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  4777. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  4778. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  4779. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  4780. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  4781. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  4782. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  4783. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  4784. -E
  4785. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  4786. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  4787. -E
  4788. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  4789. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  4790. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg
  4791. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector
  4792. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector
  4793. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  4794. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh
  4795. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta
  4796. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  4797. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  4798. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  4799. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  4800. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  4801. -E
  4802. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  4803. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  4804. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  4805. -E
  4806. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  4807. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg
  4808. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  4809. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  4810. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  4811. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  4812. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  4813. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  4814. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  4815. -E
  4816. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  4817. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  4818. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg
  4819. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  4820. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  4821. -E
  4822. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  4823. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  4824. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  4825. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  4826. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  4827. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  4828. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  4829. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  4830. -E
  4831. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  4832. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  4833. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  4834. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  4835. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  4836. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  4837. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  4838. -E
  4839. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  4840. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  4841. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  4842. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  4843. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  4844. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  4845. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  4846. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  4847. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  4848. -E
  4849. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  4850. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  4851. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  4852. -E
  4853. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  4854. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  4855. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  4856. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  4857. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  4858. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  4859. -E
  4860. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  4861. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  4862. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  4863. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  4864. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  4865. -E
  4866. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  4867. -b +18+1 'Intensity from color'
  4868. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  4869. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  4870. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  4871. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  4872. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  4873. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  4874. -E
  4875. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  4876. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  4877. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  4878. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  4879. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  4880. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  4881. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  4882. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  4883. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  4884. -E
  4885. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  4886. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  4887. -E
  4888. -E
  4889. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  4890. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  4891. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  4892. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  4893. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  4894. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  4895. -g 1 1 18x1+1+6 'labtheta'
  4896. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  4897. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  4898. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  4899. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  4900. -g 1 0 18x1+1+13 'ReMerge'
  4901. -g 1 0 18x1+1+13 'RegLab'
  4902. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  4903. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  4904. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  4905. -g 1 0 18x1+1+18 'ShowEdges'
  4906. -g 1 0 18x1+1+19 'ShowLines'
  4907. -g 1 0 18x1+1+21 'intensity'
  4908. -g 1 0 18x1+1+23 'VisImages'
  4909. -H 1  18x2+1+25 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  4910. -Q 1 0 18x2+1+27 'QUIT'
  4911. -E
  4912. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  4913. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  4914. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  4915. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  4916. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  4917. -E
  4918. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  4919. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  4920. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  4921. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  4922. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  4923. -E
  4924. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  4925. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  4926. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  4927. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  4928. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  4929. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  4930. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  4931. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  4932. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  4933. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  4934. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  4935. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  4936. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  4937. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  4938. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  4939. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  4940. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  4941. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  4942. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  4943. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  4944. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  4945. -E
  4946. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  4947. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  4948. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  4949. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  4950. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  4951. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  4952. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  4953. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  4954. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  4955. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  4956. -E
  4957. -P 1 1 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  4958. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg '/users4/bigtmp/genthKAAa02396' '/users4/bigtmp/genthKAAa02396'
  4959. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img '/users4/bigtmp/genthLAAa02396' '/users4/bigtmp/genthLAAa02396'
  4960. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img '/users4/bigtmp/genthMAAa02396' '/users4/bigtmp/genthMAAa02396'
  4961. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  4962. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  4963. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  4964. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img '/users4/bigtmp/labthNAAa02396' '/users4/bigtmp/labthNAAa02396'
  4965. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img '/users4/bigtmp/labthOAAa02396' '/users4/bigtmp/labthOAAa02396'
  4966. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  4967. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  4968. -E
  4969. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  4970. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  4971. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  4972. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  4973. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  4974. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  4975. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  4976. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  4977. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  4978. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  4979. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  4980. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  4981. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  4982. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  4983. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  4984. -E
  4985. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  4986. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  4987. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  4988. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  4989. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  4990. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  4991. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  4992. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  4993. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  4994. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  4995. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  4996. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  4997. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  4998. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  4999. -E
  5000. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  5001. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  5002. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  5003. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  5004. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  5005. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  5006. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  5007. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  5008. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  5009. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  5010. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  5011. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  5012. -E
  5013. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  5014. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  5015. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  5016. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  5017. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  5018. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  5019. -E
  5020. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  5021. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  5022. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  5023. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  5024. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  5025. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  5026. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  5027. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  5028. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  5029. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  5030. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  5031. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  5032. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  5033. -E
  5034. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  5035. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  5036. -E
  5037. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  5038. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  5039. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg
  5040. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector
  5041. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector
  5042. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  5043. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh
  5044. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta
  5045. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  5046. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  5047. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  5048. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  5049. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  5050. -E
  5051. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  5052. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  5053. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  5054. -E
  5055. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  5056. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg
  5057. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  5058. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  5059. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  5060. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  5061. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  5062. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  5063. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  5064. -E
  5065. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  5066. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  5067. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg
  5068. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  5069. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  5070. -E
  5071. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  5072. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  5073. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  5074. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  5075. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  5076. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  5077. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  5078. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  5079. -E
  5080. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  5081. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  5082. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  5083. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  5084. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  5085. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  5086. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  5087. -E
  5088. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  5089. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  5090. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  5091. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  5092. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  5093. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  5094. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  5095. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  5096. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  5097. -E
  5098. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  5099. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  5100. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  5101. -E
  5102. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  5103. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  5104. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  5105. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  5106. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  5107. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  5108. -E
  5109. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  5110. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  5111. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  5112. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  5113. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  5114. -E
  5115. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  5116. -b +18+1 'Intensity from color'
  5117. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  5118. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  5119. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  5120. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  5121. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  5122. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  5123. -E
  5124. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  5125. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  5126. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  5127. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  5128. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  5129. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  5130. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  5131. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  5132. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  5133. -E
  5134. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  5135. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  5136. -E
  5137. -E
  5138. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  5139. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  5140. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  5141. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  5142. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  5143. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  5144. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  5145. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  5146. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  5147. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  5148. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  5149. -g 1 0 18x1+1+13 'ReMerge'
  5150. -g 1 0 18x1+1+13 'RegLab'
  5151. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  5152. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  5153. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  5154. -g 1 0 18x1+1+18 'ShowEdges'
  5155. -g 1 1 18x1+1+19 'ShowLines'
  5156. -g 1 0 18x1+1+21 'intensity'
  5157. -g 1 0 18x1+1+23 'VisImages'
  5158. -H 1  18x2+1+25 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  5159. -Q 1 0 18x2+1+27 'QUIT'
  5160. -E
  5161. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  5162. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  5163. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  5164. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  5165. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  5166. -E
  5167. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  5168. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  5169. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  5170. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  5171. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  5172. -E
  5173. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  5174. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  5175. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  5176. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  5177. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  5178. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  5179. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  5180. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  5181. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  5182. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  5183. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  5184. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  5185. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  5186. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  5187. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  5188. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  5189. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  5190. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  5191. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  5192. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  5193. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  5194. -E
  5195. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  5196. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  5197. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  5198. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  5199. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  5200. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  5201. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  5202. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  5203. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  5204. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  5205. -E
  5206. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  5207. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  5208. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  5209. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  5210. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  5211. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  5212. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  5213. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  5214. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  5215. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  5216. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  5217. -E
  5218. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  5219. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  5220. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  5221. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  5222. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  5223. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  5224. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  5225. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  5226. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  5227. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  5228. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  5229. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  5230. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  5231. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  5232. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  5233. -E
  5234. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  5235. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  5236. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  5237. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  5238. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  5239. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  5240. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  5241. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  5242. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  5243. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  5244. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  5245. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  5246. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  5247. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  5248. -E
  5249. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  5250. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  5251. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  5252. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  5253. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  5254. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  5255. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  5256. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  5257. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  5258. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  5259. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  5260. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  5261. -E
  5262. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  5263. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  5264. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  5265. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  5266. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  5267. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  5268. -E
  5269. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  5270. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  5271. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  5272. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  5273. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  5274. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  5275. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  5276. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  5277. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  5278. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  5279. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  5280. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  5281. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  5282. -E
  5283. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  5284. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  5285. -E
  5286. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  5287. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  5288. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg
  5289. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector
  5290. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector
  5291. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  5292. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh
  5293. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta
  5294. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  5295. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  5296. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  5297. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  5298. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  5299. -E
  5300. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  5301. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  5302. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  5303. -E
  5304. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  5305. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg
  5306. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  5307. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  5308. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  5309. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  5310. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  5311. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  5312. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  5313. -E
  5314. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  5315. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  5316. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg
  5317. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  5318. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  5319. -E
  5320. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  5321. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  5322. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  5323. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  5324. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  5325. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  5326. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  5327. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  5328. -E
  5329. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  5330. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  5331. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  5332. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  5333. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  5334. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  5335. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  5336. -E
  5337. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  5338. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  5339. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  5340. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  5341. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  5342. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  5343. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  5344. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  5345. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  5346. -E
  5347. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  5348. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  5349. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  5350. -E
  5351. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  5352. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  5353. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  5354. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  5355. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  5356. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  5357. -E
  5358. -P 1 1 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  5359. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines '/users4/bigtmp/burnsJAAa02396' '/users4/bigtmp/burnsJAAa02396'
  5360. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  5361. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  5362. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  5363. -E
  5364. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  5365. -b +18+1 'Intensity from color'
  5366. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  5367. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  5368. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  5369. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  5370. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  5371. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  5372. -E
  5373. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  5374. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  5375. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  5376. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  5377. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  5378. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  5379. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  5380. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  5381. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  5382. -E
  5383. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  5384. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  5385. -E
  5386. -E
  5387. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Standard Control Structures' control
  5388. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  5389. -g 1 0 18x1+1+2 'Count-Loop'
  5390. -g 1 0 18x1+1+3 'While-Loop'
  5391. -g 1 0 18x1+1+5 'If-Then-Else'
  5392. -g 1 1 18x1+1+6 'Merge'
  5393. -H 1  18x2+1+11 'HELP' 'guide help' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/help/Overview
  5394. -Q 1 0 18x2+1+13 'QUIT'
  5395. -E
  5396. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'Counting-Loop Control Structure' count_loop
  5397. -b +0+1 'Counting-Loop Parameters:'
  5398. -s 1 0 0 1 0 40x1+1+2 +0+0 ' ' 'Loop Control Variable' 'loop control variable' lcv
  5399. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+3 +0+0 0 0 1 'Initial Value     ' 'initial value' init
  5400. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+4 +0+0 0 0 1 'Increment Value   ' 'increment value' incr
  5401. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+5 +0+0 0 0 1 'Final Value       ' 'test value' test
  5402. -b +0+6 'Control Path Connections:'
  5403. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+7 +0+0 ' ' 'Initial input' 'Initial input file' i_in
  5404. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +0+0 ' ' '   Loop input ' 'Loop input file' i_lp
  5405. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Exit output' 'Exit output file' o_ex
  5406. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+10 +0+0 ' ' '   Loop output' 'Loop output file' o_lp
  5407. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for count_loop' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/count_loop/help
  5408. -E
  5409. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'While-Loop Control Structure' while_loop
  5410. -b +0+1 'While-Loop Parameters:'
  5411. -i 1 0 1 0 0 50x1+1+2 +0+0 0 0 1 'Initial Expression' 'Initial expression' init
  5412. -i 1 0 1 0 0 50x1+1+3 +0+0 0 0 1 'Update Expression ' 'Update expression' update
  5413. -i 1 0 0 1 0 50x1+1+4 +0+0 0 0 1 '   Test Condition    ' 'Test condition' test
  5414. -b +0+6 'Control Path Connections:'
  5415. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+7 +0+0 ' ' 'Initial input' 'Initial input file' i_in
  5416. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +0+0 ' ' '   Loop input ' 'Loop input file' i_lp
  5417. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Exit output' 'Exit output file' o_ex
  5418. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+10 +0+0 ' ' '   Loop output' 'Loop output file' o_lp
  5419. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for while_loop' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/while_loop/help
  5420. -E
  5421. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'If-Then-Else Control Structure' if_else
  5422. -i 1 0 0 1 0 50x1+1+2 +0+0 0 0 1 'If Conditional Expression' 'Boolean expression' cond
  5423. -b +0+4 'Control Path Connections:'
  5424. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+5 +3+0 ' ' 'Input ' 'input_file' i
  5425. -b +1+6 'Then (TRUE)'
  5426. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+7 +3+0 ' ' 'Output' 'TRUE output file' o1
  5427. -b +1+8 'Else (FALSE)'
  5428. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Output' 'FALSE output file' o2
  5429. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for if_then_else' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/if_else/help
  5430. -E
  5431. -P 1 1 80x38+22+2 +18+0 'Merge Structure' merge
  5432. -b +1+2 'Control Path Connections:'
  5433. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+4 +3+0 ' ' 'Input 1' 'input file 1' i1 '/users4/bigtmp/intenAAAa02396' '/users4/bigtmp/intenAAAa02396'
  5434. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+6 +0+0 ' ' 'Input 2' 'input file 2' i2 ' ' ' '
  5435. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +3+0 ' ' 'Output ' 'output file' o '/users4/bigtmp/mergePAAa02396' '/users4/bigtmp/mergePAAa02396'
  5436. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for merge' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/merge/help
  5437. -E
  5438. -E
  5439. -M 1 0 80x38+0+0 +5+1 'Enter Comment' comment
  5440. -P 1 1 80x38+0+0 +6+1 'Comment Pane used to comment a cantata workspace' comment
  5441. -s 1 0 0 1 0 22x1+1+3 +0+0 ' comment' 'Glyph  Label' 'Label for cantata glyph' label 'README' 'README'
  5442. -b +1+5 'Text area for commenting the cantata workspace'
  5443. -s 1 0 0 1 0 55x10+0+6 +0+0 ' ' ' ' 'first string' comment 'This is Brian Burns' 'This is Brian Burns'
  5444. -Q 1 0 13x2+2+15 'QUIT'
  5445. -H 1  13x2+42+15 'Help' 'man page for workspace management' KHOROS_HOME/doc/cantata/edit/comment/help
  5446. -E
  5447. -E
  5448. -E
  5449. #  BeginVariables
  5450.  
  5451.  
  5452.  
  5453. # No variables currently declared. #
  5454.  
  5455. #  EndVariables
  5456. #  BeginEnvironment
  5457. #    Grid 1
  5458. #    GridSize 20
  5459. #    SmallGlyph 0
  5460. #    RubberBand 0
  5461. #    ParallelExec 1
  5462. #    Viewport 1
  5463. #    AttachCanvas 1
  5464. #    ShowDav 0
  5465. #    ShowModified 0
  5466. #    EchoRoutine 1
  5467. #    LeaveGlyph 0
  5468. #    DemandDriven 0
  5469. #    ShowClipboard 0
  5470. #    InheritAttributes 1
  5471. #    GlobalVariables 1
  5472. #    AutoPlacement 1
  5473. #    GlyphPlacement 0
  5474. #    RemoteExec 0
  5475. #  EndEnvironment
  5476. # 'burns' 2 1 'burns14_glyph' 680+0
  5477. # 'gentheta' 2 1 'gentheta15_glyph' 200+60
  5478. # 'labtheta' 2 1 'labtheta16_glyph' 400+140
  5479. # 'showlines' 2 1 'showlines17_glyph' 780+0
  5480. # 'merge' 4 1 'merge1_control' 20+0
  5481. # 'README' 6 1 'README2_comment' 0+120
  5482. # EndWorkspace
  5483. # 'NaginKohler' 3 1 'NaginKohler2_procedure' 400+240
  5484. # BeginWorkspace
  5485. -F 4.2 1 1 0x0+0+0 +0+0 'Dummy Form' not_used
  5486. -S 1 0
  5487. -d 1 0 9x2+2+2 'Subform 22'
  5488. -d 1 0 9x2+22+2 'Subform 23'
  5489. -d 1 0 9x2+2+2 'Subform 24'
  5490. -d 1 0 9x2+4+2 'Subform 25'
  5491. -d 1 0 9x2+6+2 'Subform 26'
  5492. -d 1 0 9x2+8+2 'Subform 27'
  5493. -d 1 0 9x2+10+2 'Subform 28'
  5494. -d 1 0 9x2+12+2 'Subform 29'
  5495. -d 1 0 9x2+14+2 'Subform 30'
  5496. -d 1 0 9x2+16+2 'Subform 31'
  5497. -d 1 0 9x2+18+2 'Subform 32'
  5498. -d 1 0 9x2+20+2 'Subform 33'
  5499. -d 1 0 9x2+22+2 'Subform 34'
  5500. -d 1 0 9x2+28+2 'Subform 2'
  5501. -d 1 0 9x2+32+2 'Subform 4'
  5502. -d 1 0 9x2+34+2 'Subform 5'
  5503. -d 1 0 9x2+36+2 'Subform 6'
  5504. -d 1 0 9x2+38+2 'Subform 3'
  5505. -d 1 0 9x2+40+2 'Subform 4'
  5506. -d 1 0 9x2+42+2 'Subform 5'
  5507. -d 1 0 9x2+44+2 'Subform 6'
  5508. -d 1 0 9x2+46+2 'Subform 7'
  5509. -d 1 0 9x2+46+2 'Subform 8'
  5510. -d 1 0 9x2+44+2 'Subform 1'
  5511. -d 1 0 9x2+46+2 'Subform 2'
  5512. -E
  5513. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  5514. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  5515. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  5516. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  5517. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  5518. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  5519. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  5520. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  5521. -g 1 1 18x1+1+10 'GenMu'
  5522. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  5523. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  5524. -g 1 0 18x1+1+13 'ReMerge'
  5525. -g 1 0 18x1+1+13 'RegLab'
  5526. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  5527. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  5528. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  5529. -g 1 0 18x1+1+18 'ShowEdges'
  5530. -g 1 0 18x1+1+19 'ShowLines'
  5531. -g 1 0 18x1+1+21 'intensity'
  5532. -g 1 0 18x1+1+23 'VisImages'
  5533. -H 1  18x2+1+25 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  5534. -Q 1 0 18x2+1+27 'QUIT'
  5535. -E
  5536. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  5537. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  5538. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  5539. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  5540. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  5541. -E
  5542. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  5543. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  5544. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  5545. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  5546. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  5547. -E
  5548. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  5549. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  5550. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  5551. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  5552. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  5553. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  5554. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  5555. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  5556. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  5557. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  5558. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  5559. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  5560. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  5561. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  5562. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  5563. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  5564. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  5565. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  5566. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  5567. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  5568. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  5569. -E
  5570. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  5571. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  5572. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  5573. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  5574. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  5575. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  5576. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  5577. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  5578. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  5579. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  5580. -E
  5581. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  5582. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  5583. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  5584. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  5585. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  5586. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  5587. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  5588. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  5589. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  5590. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  5591. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  5592. -E
  5593. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  5594. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  5595. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  5596. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  5597. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  5598. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  5599. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  5600. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  5601. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  5602. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  5603. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  5604. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  5605. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  5606. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  5607. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  5608. -E
  5609. -P 1 1 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  5610. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg '/users4/bigtmp/varviEBAa02396' '/users4/bigtmp/varviEBAa02396'
  5611. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector 16 'RSector'
  5612. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector 16 'CSector'
  5613. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval 0 'MinVal'
  5614. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval 0 'MaxVal'
  5615. -i 1 1 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin 0 '0'
  5616. -i 1 1 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth 1 '1'
  5617. -i 1 1 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize 3 '3'
  5618. -s 1 1 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0'
  5619. -T 1 1 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound 0
  5620. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  5621. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  5622. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  5623. -E
  5624. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist 15 'MinPeakDistance'
  5625. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp 0 'MinPeakDistanceAddp'
  5626. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight 3 'MinPeakHeight'
  5627. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp 1 'MinPeakHeightAddp'
  5628. -f 1 1 1 1 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr 3 'MinPeakValleyRatio'
  5629. -f 1 1 1 1 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp 1 'MinPeakValleyRatioAddp'
  5630. -i 1 1 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim 5 '5'
  5631. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer 2 'PeakAdditionIterations'
  5632. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg '/users4/bigtmp/genmuQAAa02396' '/users4/bigtmp/genmuQAAa02396'
  5633. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  5634. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  5635. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  5636. -E
  5637. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  5638. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  5639. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  5640. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  5641. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  5642. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  5643. -E
  5644. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  5645. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  5646. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  5647. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  5648. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  5649. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  5650. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  5651. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  5652. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  5653. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  5654. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  5655. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  5656. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  5657. -E
  5658. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  5659. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  5660. -E
  5661. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  5662. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  5663. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg
  5664. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector
  5665. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector
  5666. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  5667. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh
  5668. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta
  5669. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  5670. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  5671. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  5672. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  5673. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  5674. -E
  5675. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  5676. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  5677. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  5678. -E
  5679. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  5680. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg
  5681. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  5682. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  5683. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  5684. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  5685. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  5686. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  5687. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  5688. -E
  5689. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  5690. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  5691. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg
  5692. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  5693. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  5694. -E
  5695. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  5696. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  5697. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  5698. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  5699. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  5700. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  5701. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  5702. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  5703. -E
  5704. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  5705. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  5706. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  5707. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  5708. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  5709. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  5710. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  5711. -E
  5712. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  5713. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  5714. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  5715. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  5716. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  5717. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  5718. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  5719. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  5720. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  5721. -E
  5722. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  5723. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  5724. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  5725. -E
  5726. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  5727. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  5728. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  5729. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  5730. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  5731. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  5732. -E
  5733. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  5734. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  5735. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  5736. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  5737. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  5738. -E
  5739. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  5740. -b +18+1 'Intensity from color'
  5741. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  5742. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  5743. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  5744. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  5745. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  5746. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  5747. -E
  5748. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  5749. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  5750. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  5751. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  5752. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  5753. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  5754. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  5755. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  5756. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  5757. -E
  5758. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  5759. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  5760. -E
  5761. -E
  5762. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  5763. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  5764. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  5765. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  5766. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  5767. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  5768. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  5769. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  5770. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  5771. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  5772. -g 1 1 18x1+1+12 'NK Normalize'
  5773. -g 1 0 18x1+1+13 'ReMerge'
  5774. -g 1 0 18x1+1+13 'RegLab'
  5775. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  5776. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  5777. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  5778. -g 1 0 18x1+1+18 'ShowEdges'
  5779. -g 1 0 18x1+1+19 'ShowLines'
  5780. -g 1 0 18x1+1+21 'intensity'
  5781. -g 1 0 18x1+1+23 'VisImages'
  5782. -H 1  18x2+1+25 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  5783. -Q 1 0 18x2+1+27 'QUIT'
  5784. -E
  5785. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  5786. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  5787. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  5788. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  5789. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  5790. -E
  5791. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  5792. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  5793. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  5794. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  5795. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  5796. -E
  5797. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  5798. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  5799. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  5800. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  5801. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  5802. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  5803. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  5804. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  5805. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  5806. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  5807. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  5808. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  5809. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  5810. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  5811. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  5812. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  5813. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  5814. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  5815. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  5816. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  5817. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  5818. -E
  5819. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  5820. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  5821. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  5822. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  5823. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  5824. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  5825. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  5826. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  5827. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  5828. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  5829. -E
  5830. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  5831. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  5832. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  5833. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  5834. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  5835. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  5836. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  5837. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  5838. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  5839. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  5840. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  5841. -E
  5842. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  5843. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  5844. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  5845. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  5846. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  5847. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  5848. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  5849. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  5850. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  5851. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  5852. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  5853. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  5854. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  5855. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  5856. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  5857. -E
  5858. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  5859. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  5860. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  5861. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  5862. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  5863. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  5864. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  5865. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  5866. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  5867. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  5868. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  5869. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  5870. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  5871. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  5872. -E
  5873. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  5874. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  5875. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  5876. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  5877. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  5878. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  5879. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  5880. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  5881. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  5882. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  5883. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  5884. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  5885. -E
  5886. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  5887. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  5888. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  5889. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  5890. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  5891. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  5892. -E
  5893. -P 1 1 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  5894. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  5895. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  5896. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg '/users4/bigtmp/mergeCBAa02396' '/users4/bigtmp/mergeCBAa02396'
  5897. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  5898. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  5899. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper 89 'ScalingMaxval'
  5900. -T 1 1 1 1 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype 1
  5901. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x 0
  5902. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  5903. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  5904. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  5905. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x 0
  5906. -E
  5907. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg '/users4/bigtmp/nknorRAAa02396' '/users4/bigtmp/nknorRAAa02396'
  5908. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  5909. -E
  5910. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  5911. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  5912. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg
  5913. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector
  5914. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector
  5915. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  5916. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh
  5917. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta
  5918. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  5919. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  5920. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  5921. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  5922. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  5923. -E
  5924. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  5925. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  5926. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  5927. -E
  5928. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  5929. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg
  5930. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  5931. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  5932. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  5933. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  5934. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  5935. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  5936. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  5937. -E
  5938. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  5939. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  5940. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg
  5941. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  5942. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  5943. -E
  5944. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  5945. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  5946. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  5947. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  5948. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  5949. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  5950. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  5951. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  5952. -E
  5953. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  5954. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  5955. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  5956. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  5957. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  5958. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  5959. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  5960. -E
  5961. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  5962. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  5963. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  5964. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  5965. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  5966. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  5967. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  5968. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  5969. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  5970. -E
  5971. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  5972. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  5973. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  5974. -E
  5975. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  5976. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  5977. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  5978. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  5979. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  5980. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  5981. -E
  5982. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  5983. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  5984. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  5985. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  5986. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  5987. -E
  5988. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  5989. -b +18+1 'Intensity from color'
  5990. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  5991. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  5992. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  5993. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  5994. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  5995. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  5996. -E
  5997. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  5998. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  5999. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  6000. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  6001. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  6002. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  6003. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  6004. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  6005. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  6006. -E
  6007. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  6008. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  6009. -E
  6010. -E
  6011. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  6012. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  6013. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  6014. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  6015. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  6016. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  6017. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  6018. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  6019. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  6020. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  6021. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  6022. -g 1 0 18x1+1+13 'ReMerge'
  6023. -g 1 0 18x1+1+13 'RegLab'
  6024. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  6025. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  6026. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  6027. -g 1 1 18x1+1+18 'ShowEdges'
  6028. -g 1 0 18x1+1+19 'ShowLines'
  6029. -g 1 0 18x1+1+21 'intensity'
  6030. -g 1 0 18x1+1+23 'VisImages'
  6031. -H 1  18x2+1+25 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  6032. -Q 1 0 18x2+1+27 'QUIT'
  6033. -E
  6034. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  6035. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  6036. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  6037. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  6038. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  6039. -E
  6040. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  6041. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  6042. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  6043. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  6044. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  6045. -E
  6046. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  6047. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  6048. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  6049. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  6050. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  6051. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  6052. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  6053. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  6054. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  6055. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  6056. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  6057. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  6058. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  6059. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  6060. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  6061. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  6062. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  6063. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  6064. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  6065. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  6066. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  6067. -E
  6068. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  6069. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  6070. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  6071. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  6072. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  6073. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  6074. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  6075. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  6076. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  6077. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  6078. -E
  6079. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  6080. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  6081. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  6082. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  6083. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  6084. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  6085. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  6086. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  6087. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  6088. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  6089. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  6090. -E
  6091. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  6092. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  6093. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  6094. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  6095. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  6096. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  6097. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  6098. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  6099. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  6100. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  6101. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  6102. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  6103. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  6104. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  6105. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  6106. -E
  6107. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  6108. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  6109. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  6110. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  6111. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  6112. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  6113. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  6114. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  6115. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  6116. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  6117. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  6118. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  6119. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  6120. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  6121. -E
  6122. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  6123. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  6124. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  6125. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  6126. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  6127. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  6128. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  6129. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  6130. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  6131. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  6132. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  6133. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  6134. -E
  6135. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  6136. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  6137. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  6138. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  6139. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  6140. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  6141. -E
  6142. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  6143. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  6144. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  6145. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  6146. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  6147. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  6148. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  6149. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  6150. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  6151. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  6152. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  6153. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  6154. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  6155. -E
  6156. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  6157. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  6158. -E
  6159. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  6160. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  6161. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg
  6162. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector
  6163. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector
  6164. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  6165. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh
  6166. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta
  6167. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  6168. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  6169. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  6170. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  6171. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  6172. -E
  6173. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  6174. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  6175. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  6176. -E
  6177. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  6178. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg
  6179. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  6180. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  6181. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  6182. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  6183. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  6184. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  6185. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  6186. -E
  6187. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  6188. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  6189. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg
  6190. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  6191. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  6192. -E
  6193. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  6194. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  6195. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  6196. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  6197. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  6198. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  6199. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  6200. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  6201. -E
  6202. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  6203. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  6204. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  6205. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  6206. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  6207. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  6208. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  6209. -E
  6210. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  6211. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  6212. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  6213. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  6214. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  6215. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  6216. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  6217. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  6218. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  6219. -E
  6220. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  6221. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  6222. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  6223. -E
  6224. -P 1 1 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  6225. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg '/users4/bigtmp/remerSAAa02396' '/users4/bigtmp/remerSAAa02396'
  6226. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  6227. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  6228. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  6229. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  6230. -E
  6231. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  6232. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  6233. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  6234. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  6235. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  6236. -E
  6237. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  6238. -b +18+1 'Intensity from color'
  6239. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  6240. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  6241. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  6242. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  6243. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  6244. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  6245. -E
  6246. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  6247. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  6248. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  6249. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  6250. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  6251. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  6252. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  6253. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  6254. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  6255. -E
  6256. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  6257. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  6258. -E
  6259. -E
  6260. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  6261. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  6262. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  6263. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  6264. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  6265. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  6266. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  6267. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  6268. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  6269. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  6270. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  6271. -g 1 1 18x1+1+13 'ReMerge'
  6272. -g 1 0 18x1+1+13 'RegLab'
  6273. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  6274. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  6275. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  6276. -g 1 0 18x1+1+18 'ShowEdges'
  6277. -g 1 0 18x1+1+19 'ShowLines'
  6278. -g 1 0 18x1+1+21 'intensity'
  6279. -g 1 0 18x1+1+23 'VisImages'
  6280. -H 1  18x2+1+25 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  6281. -Q 1 0 18x2+1+27 'QUIT'
  6282. -E
  6283. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  6284. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  6285. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  6286. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  6287. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  6288. -E
  6289. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  6290. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  6291. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  6292. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  6293. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  6294. -E
  6295. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  6296. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  6297. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  6298. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  6299. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  6300. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  6301. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  6302. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  6303. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  6304. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  6305. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  6306. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  6307. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  6308. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  6309. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  6310. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  6311. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  6312. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  6313. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  6314. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  6315. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  6316. -E
  6317. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  6318. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  6319. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  6320. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  6321. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  6322. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  6323. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  6324. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  6325. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  6326. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  6327. -E
  6328. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  6329. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  6330. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  6331. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  6332. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  6333. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  6334. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  6335. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  6336. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  6337. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  6338. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  6339. -E
  6340. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  6341. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  6342. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  6343. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  6344. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  6345. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  6346. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  6347. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  6348. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  6349. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  6350. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  6351. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  6352. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  6353. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  6354. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  6355. -E
  6356. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  6357. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  6358. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  6359. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  6360. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  6361. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  6362. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  6363. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  6364. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  6365. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  6366. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  6367. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  6368. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  6369. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  6370. -E
  6371. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  6372. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  6373. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  6374. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  6375. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  6376. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  6377. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  6378. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  6379. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  6380. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  6381. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  6382. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  6383. -E
  6384. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  6385. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  6386. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  6387. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  6388. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  6389. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  6390. -E
  6391. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  6392. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  6393. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  6394. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  6395. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  6396. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  6397. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  6398. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  6399. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  6400. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  6401. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  6402. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  6403. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  6404. -E
  6405. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  6406. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  6407. -E
  6408. -P 1 1 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  6409. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg '/users4/bigtmp/regsuTAAa02396' '/users4/bigtmp/regsuTAAa02396'
  6410. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg '/users4/bigtmp/nknorRAAa02396' '/users4/bigtmp/nknorRAAa02396'
  6411. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector 16 'RSector'
  6412. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector 16 'CSector'
  6413. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  6414. -f 1 1 1 1 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh 1.1 'NormalMergeThreshold'
  6415. -f 1 1 1 1 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta 2.5 'RemergeTheta'
  6416. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  6417. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  6418. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  6419. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  6420. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  6421. -E
  6422. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg '/users4/bigtmp/remerSAAa02396' '/users4/bigtmp/remerSAAa02396'
  6423. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  6424. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  6425. -E
  6426. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  6427. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg
  6428. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  6429. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  6430. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  6431. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  6432. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  6433. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  6434. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  6435. -E
  6436. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  6437. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  6438. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg
  6439. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  6440. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  6441. -E
  6442. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  6443. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  6444. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  6445. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  6446. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  6447. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  6448. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  6449. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  6450. -E
  6451. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  6452. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  6453. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  6454. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  6455. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  6456. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  6457. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  6458. -E
  6459. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  6460. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  6461. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  6462. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  6463. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  6464. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  6465. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  6466. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  6467. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  6468. -E
  6469. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  6470. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  6471. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  6472. -E
  6473. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  6474. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  6475. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  6476. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  6477. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  6478. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  6479. -E
  6480. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  6481. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  6482. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  6483. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  6484. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  6485. -E
  6486. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  6487. -b +18+1 'Intensity from color'
  6488. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  6489. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  6490. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  6491. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  6492. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  6493. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  6494. -E
  6495. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  6496. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  6497. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  6498. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  6499. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  6500. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  6501. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  6502. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  6503. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  6504. -E
  6505. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  6506. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  6507. -E
  6508. -E
  6509. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  6510. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  6511. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  6512. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  6513. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  6514. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  6515. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  6516. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  6517. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  6518. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  6519. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  6520. -g 1 0 18x1+1+13 'ReMerge'
  6521. -g 1 0 18x1+1+13 'RegLab'
  6522. -g 1 1 18x1+1+14 'RegSupp'
  6523. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  6524. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  6525. -g 1 0 18x1+1+18 'ShowEdges'
  6526. -g 1 0 18x1+1+19 'ShowLines'
  6527. -g 1 0 18x1+1+21 'intensity'
  6528. -g 1 0 18x1+1+23 'VisImages'
  6529. -H 1  18x2+1+25 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  6530. -Q 1 0 18x2+1+27 'QUIT'
  6531. -E
  6532. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  6533. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  6534. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  6535. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  6536. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  6537. -E
  6538. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  6539. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  6540. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  6541. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  6542. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  6543. -E
  6544. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  6545. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  6546. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  6547. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  6548. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  6549. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  6550. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  6551. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  6552. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  6553. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  6554. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  6555. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  6556. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  6557. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  6558. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  6559. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  6560. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  6561. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  6562. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  6563. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  6564. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  6565. -E
  6566. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  6567. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  6568. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  6569. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  6570. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  6571. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  6572. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  6573. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  6574. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  6575. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  6576. -E
  6577. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  6578. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  6579. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  6580. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  6581. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  6582. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  6583. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  6584. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  6585. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  6586. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  6587. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  6588. -E
  6589. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  6590. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  6591. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  6592. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  6593. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  6594. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  6595. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  6596. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  6597. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  6598. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  6599. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  6600. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  6601. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  6602. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  6603. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  6604. -E
  6605. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  6606. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  6607. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  6608. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  6609. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  6610. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  6611. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  6612. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  6613. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  6614. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  6615. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  6616. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  6617. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  6618. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  6619. -E
  6620. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  6621. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  6622. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  6623. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  6624. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  6625. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  6626. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  6627. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  6628. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  6629. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  6630. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  6631. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  6632. -E
  6633. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  6634. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  6635. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  6636. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  6637. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  6638. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  6639. -E
  6640. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  6641. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  6642. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  6643. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  6644. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  6645. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  6646. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  6647. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  6648. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  6649. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  6650. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  6651. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  6652. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  6653. -E
  6654. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  6655. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  6656. -E
  6657. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  6658. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  6659. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg
  6660. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector
  6661. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector
  6662. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  6663. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh
  6664. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta
  6665. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  6666. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  6667. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  6668. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  6669. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  6670. -E
  6671. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  6672. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  6673. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  6674. -E
  6675. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  6676. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg
  6677. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  6678. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  6679. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  6680. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  6681. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  6682. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  6683. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  6684. -E
  6685. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  6686. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  6687. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg
  6688. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  6689. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  6690. -E
  6691. -P 1 1 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  6692. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg '/users4/bigtmp/reglaUAAa02396' '/users4/bigtmp/reglaUAAa02396'
  6693. -I 1 0 1 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg '/users4/bigtmp/nknorRAAa02396' '/users4/bigtmp/nknorRAAa02396'
  6694. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  6695. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  6696. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg '/users4/bigtmp/regsuTAAa02396' '/users4/bigtmp/regsuTAAa02396'
  6697. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  6698. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  6699. -E
  6700. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  6701. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  6702. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  6703. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  6704. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  6705. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  6706. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  6707. -E
  6708. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  6709. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  6710. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  6711. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  6712. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  6713. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  6714. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  6715. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  6716. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  6717. -E
  6718. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  6719. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  6720. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  6721. -E
  6722. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  6723. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  6724. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  6725. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  6726. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  6727. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  6728. -E
  6729. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  6730. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  6731. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  6732. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  6733. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  6734. -E
  6735. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  6736. -b +18+1 'Intensity from color'
  6737. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  6738. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  6739. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  6740. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  6741. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  6742. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  6743. -E
  6744. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  6745. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  6746. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  6747. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  6748. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  6749. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  6750. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  6751. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  6752. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  6753. -E
  6754. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  6755. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  6756. -E
  6757. -E
  6758. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  6759. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  6760. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  6761. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  6762. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  6763. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  6764. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  6765. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  6766. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  6767. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  6768. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  6769. -g 1 0 18x1+1+13 'ReMerge'
  6770. -g 1 1 18x1+1+13 'RegLab'
  6771. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  6772. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  6773. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  6774. -g 1 0 18x1+1+18 'ShowEdges'
  6775. -g 1 0 18x1+1+19 'ShowLines'
  6776. -g 1 0 18x1+1+21 'intensity'
  6777. -g 1 0 18x1+1+23 'VisImages'
  6778. -H 1  18x2+1+25 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  6779. -Q 1 0 18x2+1+27 'QUIT'
  6780. -E
  6781. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  6782. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  6783. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  6784. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  6785. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  6786. -E
  6787. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  6788. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  6789. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  6790. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  6791. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  6792. -E
  6793. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  6794. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  6795. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  6796. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  6797. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  6798. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  6799. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  6800. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  6801. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  6802. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  6803. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  6804. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  6805. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  6806. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  6807. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  6808. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  6809. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  6810. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  6811. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  6812. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  6813. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  6814. -E
  6815. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  6816. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  6817. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  6818. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  6819. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  6820. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  6821. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  6822. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  6823. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  6824. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  6825. -E
  6826. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  6827. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  6828. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  6829. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  6830. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  6831. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  6832. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  6833. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  6834. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  6835. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  6836. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  6837. -E
  6838. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  6839. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  6840. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  6841. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  6842. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  6843. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  6844. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  6845. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  6846. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  6847. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  6848. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  6849. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  6850. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  6851. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  6852. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  6853. -E
  6854. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  6855. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  6856. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  6857. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  6858. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  6859. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  6860. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  6861. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  6862. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  6863. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  6864. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  6865. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  6866. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  6867. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  6868. -E
  6869. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  6870. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  6871. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  6872. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  6873. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  6874. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  6875. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  6876. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  6877. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  6878. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  6879. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  6880. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  6881. -E
  6882. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  6883. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  6884. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  6885. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  6886. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  6887. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  6888. -E
  6889. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  6890. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  6891. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  6892. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  6893. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  6894. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  6895. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  6896. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  6897. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  6898. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  6899. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  6900. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  6901. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  6902. -E
  6903. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  6904. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  6905. -E
  6906. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  6907. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  6908. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg
  6909. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector
  6910. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector
  6911. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  6912. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh
  6913. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta
  6914. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  6915. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  6916. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  6917. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  6918. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  6919. -E
  6920. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  6921. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  6922. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  6923. -E
  6924. -P 1 1 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  6925. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg '/users4/bigtmp/genmuQAAa02396' '/users4/bigtmp/genmuQAAa02396'
  6926. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  6927. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector 16 'RSector'
  6928. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector 16 'CSector'
  6929. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  6930. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  6931. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  6932. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  6933. -E
  6934. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  6935. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  6936. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg '/users4/bigtmp/reglaUAAa02396' '/users4/bigtmp/reglaUAAa02396'
  6937. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  6938. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  6939. -E
  6940. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  6941. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  6942. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  6943. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  6944. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  6945. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  6946. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  6947. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  6948. -E
  6949. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  6950. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  6951. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  6952. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  6953. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  6954. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  6955. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  6956. -E
  6957. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  6958. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  6959. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  6960. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  6961. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  6962. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  6963. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  6964. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  6965. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  6966. -E
  6967. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  6968. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  6969. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  6970. -E
  6971. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  6972. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  6973. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  6974. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  6975. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  6976. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  6977. -E
  6978. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  6979. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  6980. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  6981. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  6982. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  6983. -E
  6984. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  6985. -b +18+1 'Intensity from color'
  6986. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  6987. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  6988. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  6989. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  6990. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  6991. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  6992. -E
  6993. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  6994. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  6995. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  6996. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  6997. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  6998. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  6999. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  7000. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  7001. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  7002. -E
  7003. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  7004. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  7005. -E
  7006. -E
  7007. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  7008. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  7009. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  7010. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  7011. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  7012. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  7013. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  7014. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  7015. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  7016. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  7017. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  7018. -g 1 0 18x1+1+13 'ReMerge'
  7019. -g 1 0 18x1+1+13 'RegLab'
  7020. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  7021. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  7022. -g 1 1 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  7023. -g 1 0 18x1+1+18 'ShowEdges'
  7024. -g 1 0 18x1+1+19 'ShowLines'
  7025. -g 1 0 18x1+1+21 'intensity'
  7026. -g 1 0 18x1+1+23 'VisImages'
  7027. -H 1  18x2+1+25 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  7028. -Q 1 0 18x2+1+27 'QUIT'
  7029. -E
  7030. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  7031. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  7032. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  7033. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  7034. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  7035. -E
  7036. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  7037. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  7038. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  7039. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  7040. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  7041. -E
  7042. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  7043. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  7044. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  7045. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  7046. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  7047. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  7048. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  7049. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  7050. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  7051. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  7052. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  7053. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  7054. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  7055. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  7056. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  7057. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  7058. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  7059. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  7060. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  7061. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  7062. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  7063. -E
  7064. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  7065. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  7066. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  7067. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  7068. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  7069. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  7070. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  7071. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  7072. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  7073. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  7074. -E
  7075. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  7076. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  7077. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  7078. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  7079. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  7080. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  7081. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  7082. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  7083. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  7084. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  7085. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  7086. -E
  7087. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  7088. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  7089. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  7090. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  7091. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  7092. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  7093. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  7094. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  7095. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  7096. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  7097. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  7098. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  7099. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  7100. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  7101. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  7102. -E
  7103. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  7104. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  7105. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  7106. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  7107. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  7108. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  7109. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  7110. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  7111. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  7112. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  7113. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  7114. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  7115. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  7116. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  7117. -E
  7118. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  7119. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  7120. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  7121. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  7122. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  7123. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  7124. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  7125. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  7126. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  7127. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  7128. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  7129. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  7130. -E
  7131. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  7132. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  7133. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  7134. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  7135. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  7136. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  7137. -E
  7138. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  7139. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  7140. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  7141. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  7142. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  7143. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  7144. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  7145. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  7146. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  7147. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  7148. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  7149. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  7150. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  7151. -E
  7152. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  7153. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  7154. -E
  7155. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  7156. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  7157. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg
  7158. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector
  7159. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector
  7160. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  7161. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh
  7162. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta
  7163. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  7164. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  7165. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  7166. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  7167. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  7168. -E
  7169. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  7170. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  7171. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  7172. -E
  7173. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  7174. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg
  7175. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  7176. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  7177. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  7178. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  7179. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  7180. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  7181. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  7182. -E
  7183. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  7184. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  7185. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg
  7186. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  7187. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  7188. -E
  7189. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  7190. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  7191. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  7192. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  7193. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  7194. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  7195. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  7196. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  7197. -E
  7198. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  7199. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  7200. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  7201. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  7202. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  7203. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  7204. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  7205. -E
  7206. -P 1 1 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  7207. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg '/users4/bigtmp/if_elZAAa02396' '/users4/bigtmp/if_elZAAa02396'
  7208. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations 5 'WeymouthIterations'
  7209. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  7210. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  7211. -T 1 1 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version 2
  7212. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal 1
  7213. -l 1 0 1 1 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified 0
  7214. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  7215. -E
  7216. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg '/users4/bigtmp/weymoVAAa02396' '/users4/bigtmp/weymoVAAa02396'
  7217. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  7218. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  7219. -E
  7220. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  7221. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  7222. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  7223. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  7224. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  7225. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  7226. -E
  7227. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  7228. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  7229. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  7230. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  7231. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  7232. -E
  7233. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  7234. -b +18+1 'Intensity from color'
  7235. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  7236. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  7237. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  7238. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  7239. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  7240. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  7241. -E
  7242. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  7243. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  7244. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  7245. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  7246. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  7247. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  7248. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  7249. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  7250. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  7251. -E
  7252. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  7253. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  7254. -E
  7255. -E
  7256. -M 1 0 100x40+10+20 +31+1 'File Information' info
  7257. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  7258. -g 1 0 18x1+1+1 'VIFF Information'
  7259. -g 1 1 18x1+1+2 'Image (2D) Stats'
  7260. -g 1 0 18x1+1+3 'Signal (1D) Stats'
  7261. -g 1 0 18x1+1+4 '1D Peak Detector'
  7262. -g 1 0 18x1+1+6 'Extract VIFF Data'
  7263. -g 1 0 18x1+1+8 'Print Data'
  7264. -g 1 0 18x1+1+9 'Print Map Data'
  7265. -g 1 0 18x1+1+11 'Edit VIFF Comment'
  7266. -g 1 0 18x1+1+12 'Edit VIFF Header'
  7267. -g 1 0 18x1+1+14 'ASCII File Viewer'
  7268. -H 1  18x2+1+16 'HELP' 'guide help' KHOROS_HOME/doc/cantata/subforms/info/help
  7269. -Q 1 0 18x2+1+18 'QUIT'
  7270. -E
  7271. -P 1 0 80x38+22+2 +8+0 'Information about a VIFF Image File' vfileinfo
  7272. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' i
  7273. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f
  7274. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation ' vfileinfo
  7275. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vfileinfo' KHOROS_HOME/doc/manpages/vfileinfo.1
  7276. -E
  7277. -P 1 1 80x38+22+2 +7+0 'Compute Statistics on VIFF File (2-D)' vstats
  7278. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+1 +0+0 ' ' 'Input Image        ' 'input image' i '/users4/bigtmp/nknorRAAa02396' '/users4/bigtmp/nknorRAAa02396'
  7279. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Masking Image   ' 'statistics operation masking image' m ' ' ' '
  7280. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f '/users4/bigtmp/vstatBBAa28013' '/users4/bigtmp/vstatBBAa28013'
  7281. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'VIFF Output File' 'VIFF format output file' o '/users4/bigtmp/vstatVAAa01257' '/users4/bigtmp/vstatVAAa01257'
  7282. -b +3+5 'Select statistics for VIFF output file:  '
  7283. -l 1 1 1 1 0 30x1+5+6 +0+0 1 'Save ALL statistics ' 'False' 'True' 'if yes, all stats saved' all 0
  7284. -b +3+7 'OR Save (selected):'
  7285. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+8 +0+0 0 'mean                ' 'False' 'True' 'if yes, mean is a band of output' mu 0
  7286. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+9 +0+0 0 'variance            ' 'False' 'True' 'if yes, variance is a band of output' var 0
  7287. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+10 +0+0 0 'standard deviation  ' 'False' 'True' 'if yes, std deviation is a band of output' sd 0
  7288. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+11 +0+0 0 'rms                 ' 'False' 'True' 'if yes, rms is a band of output' rms 0
  7289. -l 1 1 1 1 0 30x1+5+12 +0+0 0 'maximum value       ' 'False' 'True' 'if yes, maximum value is a band of output' vmax 1
  7290. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+13 +0+0 0 'x coord of max value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of max value is a band of output' xmax 0
  7291. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+14 +0+0 0 'y coord of max value' 'False' 'True' 'if yes, y coord of max value is a band of output' ymax 0
  7292. -l 1 1 1 1 0 30x1+5+15 +0+0 0 'minimum value       ' 'False' 'True' 'if yes, minimum value is a band of output' vmin 1
  7293. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+16 +0+0 0 'x coord of min value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of min value is a band of output' xmin 0
  7294. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+17 +0+0 0 'y coord of min value' 'False' 'True' 'if yes, y coord of min value is a band of output' ymin 0
  7295. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+18 +0+0 0 'integral            ' 'False' 'True' 'if yes, integral value is a band of output' in 0
  7296. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+19 +0+0 0 'pos part of integral' 'False' 'True' 'if yes, pos part of integral is a band of output' pin 0
  7297. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+20 +0+0 0 'neg part of integral' 'False' 'True' 'if yes, neg part of integral is a band of output' nin 0
  7298. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+21 +0+0 0 'num contributing pts' 'False' 'True' 'if yes, num contributing pts is a band of output' pts 0
  7299. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+22 +0+0 0 'num positive points ' 'False' 'True' 'if yes, num positive pts is a band of output' ppts 0
  7300. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+23 +0+0 0 'num negative points ' 'False' 'True' 'if yes, num negative pts is a band of output' npts 0
  7301. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+24 +0+0 0 'skewness            ' 'False' 'True' 'if yes, skewness is a band of output' sk 0
  7302. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+25 +0+0 0 'kurtosis            ' 'False' 'True' 'if yes, kurtosis is a band of output' kur 0
  7303. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+26 +0+0 0 'entropy             ' 'False' 'True' 'if yes, entropy is a band of output' ent 0
  7304. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+27 +0+0 0 'contrast            ' 'False' 'True' 'if yes, contrast is a band of output' con 0
  7305. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+29 +0+0 1 'Compute Each Data Band Separately?' 'No ' 'Yes' 'if yes, Compute each data band statistics separately' b
  7306. -R 1 0 1 13x2+1+31 'Execute' 'do operation ' vstats
  7307. -H 1  13x2+39+31 'Help' 'man page for vstats' KHOROS_HOME/doc/manpages/vstats.1
  7308. -E
  7309. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Compute Statistics on VIFF File (1-D)' dstats
  7310. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+1 +0+0 ' ' 'Input VIFF File     ' 'input file' i
  7311. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Masking File     ' 'statistics operation masking file' m
  7312. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output ASCII File' 'output ASCII file' f
  7313. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'VIFF Output File ' 'VIFF format output file' o
  7314. -b +3+5 'Select Statistics for VIFF Output File:  '
  7315. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+6 +0+0 1 'Save ALL statistics ' 'False' 'True' 'if yes, all stats saved' all
  7316. -b +3+7 'OR Save (selected):'
  7317. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+8 +0+0 0 'mean                ' 'False' 'True' 'if yes, mean is a band of output' mu
  7318. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+9 +0+0 0 'variance            ' 'False' 'True' 'if yes, variance is a band of output' var
  7319. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+10 +0+0 0 'standard deviation  ' 'False' 'True' 'if yes, std deviation is a band of output' sd
  7320. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+11 +0+0 0 'rms                 ' 'False' 'True' 'if yes, rms is a band of output' rms
  7321. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+12 +0+0 0 'maximum value       ' 'False' 'True' 'if yes, maximum value is a band of output' vmax
  7322. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+13 +0+0 0 'x coord of max value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of max value is a band of output' xmax
  7323. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+14 +0+0 0 'minimum value       ' 'False' 'True' 'if yes, minimum value is a band of output' vmin
  7324. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+15 +0+0 0 'x coord of min value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of min value is a band of output' xmin
  7325. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+16 +0+0 0 'integral            ' 'False' 'True' 'if yes, integral value is a band of output' in
  7326. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+17 +0+0 0 'pos part of integral' 'False' 'True' 'if yes, pos part of integral is a band of output' pin
  7327. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+18 +0+0 0 'neg part of integral' 'False' 'True' 'if yes, neg part of integral is a band of output' nin
  7328. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+19 +0+0 0 'num contributing pts' 'False' 'True' 'if yes, num contributing pts is a band of output' pts
  7329. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+20 +0+0 0 'num positive points ' 'False' 'True' 'if yes, num positive pts is a band of output' ppts
  7330. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+21 +0+0 0 'num negative points ' 'False' 'True' 'if yes, num negative pts is a band of output' npts
  7331. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+22 +0+0 0 'skewness            ' 'False' 'True' 'if yes, skewness is a band of output' sk
  7332. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+23 +0+0 0 'kurtosis            ' 'False' 'True' 'if yes, kurtosis is a band of output' kur
  7333. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+24 +0+0 0 'entropy             ' 'False' 'True' 'if yes, entropy is a band of output' ent
  7334. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+25 +0+0 0 'contrast            ' 'False' 'True' 'if yes, contrast is a band of output' con
  7335. -T 1 0 1 1 0 40x1+2+27 +0+0 1 'Data Processing Option (select one):' 'process dir. (0=down vectors, 1=across bands, 2=entire file)' d
  7336. -i 1 0 1 1 0 10x1+3+1 +0+0 0 2 1 'Across Bands' 'Process by Bands' d
  7337. -i 1 0 1 0 0 10x1+3+2 +0+0 0 2 0 'Down Vectors' 'direction of processing (1 = across bands, 0 = down vectors)' d
  7338. -i 1 0 1 0 0 10x1+3+3 +0+0 0 2 2 'Calculate One Stat Set for Entire File' 'Process by Bands' d
  7339. -E
  7340. -R 1 0 1 13x2+1+31 'Execute' 'do operation ' dstats
  7341. -H 1  13x2+39+31 'Help' 'man page for dstats' KHOROS_HOME/doc/manpages/dstats.1
  7342. -E
  7343. -P 1 0 80x40+22+2 +13+0 'Find Peaks or Troughs in Data' dpeakpick
  7344. -I 1 0 0 1 0 1 51x1+1+2 +0+0 ' ' 'Input File          ' 'input file' i ' '
  7345. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f ' '
  7346. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'VIFF Output File' 'VIFF format output file' o ' '
  7347. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+6 +0+0 1    'find peaks or troughs:' 'Troughs' 'Peaks' 'if true, find peaks ' p
  7348. -b +1+8 'Specify Number of Peaks or Troughs to Detect (N):'
  7349. -C 0
  7350. -l 1 0 1 1 0 40x1+4+9 +0+0 1     'Find All               ' 'False' 'True' 'Find all peaks or troughs' all
  7351. -i 1 0 1 0 0 42x1+4+10 +0+0 2 2 1 'Specify Number of Peaks' 'Number of peaks or troughs to find ' n
  7352. -E
  7353. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+12 +0+0 1    'Find ' 'max/min' 'first' 'if FALSE find first n, and if TRUE find max/min n, peaks or troughs' m
  7354. -b +22+12 'N peaks/troughs in sequence.'
  7355. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+13 +0+0 0    'Include Endpoints for P/T Designation' 'False' 'True' 'If TRUE, endpoints will be considered for peak designation' e
  7356. -i 1 0 1 1 0 42x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Window Size              ' 'Num steps on both sides of point on which to base peak decision' w
  7357. -f 1 0 1 0 0 42x1+2+16 +0+0 1 1 0 'Min Height to Width Ratio' 'min that abs value of average slope over window can be' hwr
  7358. -l 1 0 1 1 0 40x1+2+18 +0+0 1 'Data Processing Direction' 'Down Vectors' 'Across Bands' 'data processing direction (0 = down vectors, 1 = across bands)' d 1
  7359. -R 1 0 1 13x2+1+20 'Execute' 'do operation ' dpeakpick
  7360. -H 1   13x2+39+20 'Help' 'man page for dpeakpick' ~KHOROS_HOME/doc/manpages/dpeakpick.1
  7361. -E
  7362. -P 1 0 80x38+22+2 +6+0 'Extract Data for PARSER from a VIFF File' varviff
  7363. -b +0+1 'Connection Filenames:'
  7364. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File' 'input file' i1
  7365. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Gating VIFF File' 'input file that is passed to output unmodified (used to gate operation)' i2
  7366. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Optional Output File' 'connecting file' o
  7367. -b +0+6 'Location of Data in VIFF Structure:'
  7368. -i 1 0 0 1 1 30x1+2+7 +0+0 0 0 0 'X location ' 'x location' x
  7369. -i 1 0 0 1 1 30x1+2+8 +0+0 0 0 0 'Y location ' 'y location' y
  7370. -i 1 0 0 1 1 30x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Band number' 'band number' b
  7371. -s 1 0 0 1 1 47x1+0+11 +0+0 ' ' 'Data Variable Name:' 'variable' v
  7372. -R 1 0 4 13x2+1+13 'Execute' 'Execute operation' varviff
  7373. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'Man page for varviff' KHOROS_HOME/doc/manpages/varviff.1
  7374. -E
  7375. -P 1 0 80x38+22+2 +4+0 'Print (Image or Plot) Data to the Screen File' vprdata
  7376. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' i
  7377. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Output ASCII File' 'output ASCII file' f
  7378. -l 1 0 1 1 0 50x1+2+7 +0+0 1 'Print Data Format:' 'Column Form' 'Matrix Form' 'if yes (default) print data as matrix, if no then column' m
  7379. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' vprdata
  7380. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vprdata' KHOROS_HOME/doc/manpages/vprdata.1
  7381. -E
  7382. -P 1 0 80x38+22+2 +15+0 'Print the Colormap Values' vprmap
  7383. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image  ' 'input image filename' i
  7384. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f
  7385. -l 1 0 1 1 0 50x1+2+7 +0+0 1 'Print Values Format:' 'Column Form' 'Matrix Form' 'default: print data as matrix' m
  7386. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation ' vprmap
  7387. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vprmap' KHOROS_HOME/doc/manpages/vprmap.1
  7388. -E
  7389. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Change the Comment Field on a VIFF Image File' vcomment
  7390. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'input image' i
  7391. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' xterm -e vcomment
  7392. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vcomment' KHOROS_HOME/doc/manpages/vcomment.1
  7393. -E
  7394. -P 1 0 80x38+22+2 +17+0 'Edit VIFF Header' vheaded
  7395. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input image ' 'Input image' i
  7396. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output image' 'output image' o
  7397. -l 1 0 1 1 0 50x1+2+5 +0+0 0 'Edit dangerous fields' 'No' 'Yes' 'edit dangerous fields' danger
  7398. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'execute operation' xterm -e vheaded
  7399. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vheaded' KHOROS_HOME/doc/manpages/vheaded.1
  7400. -E
  7401. -P 1 0 80x38+22+2 +17+0 'View an ASCII File' xvviewer
  7402. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Filename' 'filename to view' i
  7403. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation ' xvviewer
  7404. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for xvviewer' KHOROS_HOME/doc/manpages/xvviewer.1
  7405. -E
  7406. -E
  7407. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Standard Control Structures' control
  7408. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  7409. -g 1 0 18x1+1+2 'Count-Loop'
  7410. -g 1 0 18x1+1+3 'While-Loop'
  7411. -g 1 0 18x1+1+5 'If-Then-Else'
  7412. -g 1 1 18x1+1+6 'Merge'
  7413. -H 1  18x2+1+11 'HELP' 'guide help' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/help/Overview
  7414. -Q 1 0 18x2+1+13 'QUIT'
  7415. -E
  7416. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'Counting-Loop Control Structure' count_loop
  7417. -b +0+1 'Counting-Loop Parameters:'
  7418. -s 1 0 0 1 0 40x1+1+2 +0+0 ' ' 'Loop Control Variable' 'loop control variable' lcv
  7419. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+3 +0+0 0 0 1 'Initial Value     ' 'initial value' init
  7420. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+4 +0+0 0 0 1 'Increment Value   ' 'increment value' incr
  7421. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+5 +0+0 0 0 1 'Final Value       ' 'test value' test
  7422. -b +0+6 'Control Path Connections:'
  7423. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+7 +0+0 ' ' 'Initial input' 'Initial input file' i_in
  7424. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +0+0 ' ' '   Loop input ' 'Loop input file' i_lp
  7425. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Exit output' 'Exit output file' o_ex
  7426. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+10 +0+0 ' ' '   Loop output' 'Loop output file' o_lp
  7427. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for count_loop' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/count_loop/help
  7428. -E
  7429. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'While-Loop Control Structure' while_loop
  7430. -b +0+1 'While-Loop Parameters:'
  7431. -i 1 0 1 0 0 50x1+1+2 +0+0 0 0 1 'Initial Expression' 'Initial expression' init
  7432. -i 1 0 1 0 0 50x1+1+3 +0+0 0 0 1 'Update Expression ' 'Update expression' update
  7433. -i 1 0 0 1 0 50x1+1+4 +0+0 0 0 1 '   Test Condition    ' 'Test condition' test
  7434. -b +0+6 'Control Path Connections:'
  7435. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+7 +0+0 ' ' 'Initial input' 'Initial input file' i_in
  7436. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +0+0 ' ' '   Loop input ' 'Loop input file' i_lp
  7437. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Exit output' 'Exit output file' o_ex
  7438. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+10 +0+0 ' ' '   Loop output' 'Loop output file' o_lp
  7439. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for while_loop' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/while_loop/help
  7440. -E
  7441. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'If-Then-Else Control Structure' if_else
  7442. -i 1 0 0 1 0 50x1+1+2 +0+0 0 0 1 'If Conditional Expression' 'Boolean expression' cond
  7443. -b +0+4 'Control Path Connections:'
  7444. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+5 +3+0 ' ' 'Input ' 'input_file' i
  7445. -b +1+6 'Then (TRUE)'
  7446. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+7 +3+0 ' ' 'Output' 'TRUE output file' o1
  7447. -b +1+8 'Else (FALSE)'
  7448. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Output' 'FALSE output file' o2
  7449. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for if_then_else' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/if_else/help
  7450. -E
  7451. -P 1 1 80x38+22+2 +18+0 'Merge Structure' merge
  7452. -b +1+2 'Control Path Connections:'
  7453. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+4 +3+0 ' ' 'Input 1' 'input file 1' i1 '/users4/bigtmp/intenAAAa02396' '/users4/bigtmp/intenAAAa02396'
  7454. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+6 +0+0 ' ' 'Input 2' 'input file 2' i2 ' ' ' '
  7455. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +3+0 ' ' 'Output ' 'output file' o '/users4/bigtmp/mergeWAAa02396' '/users4/bigtmp/mergeWAAa02396'
  7456. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for merge' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/merge/help
  7457. -E
  7458. -E
  7459. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  7460. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  7461. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  7462. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  7463. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  7464. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  7465. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  7466. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  7467. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  7468. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  7469. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  7470. -g 1 1 18x1+1+13 'ReMerge'
  7471. -g 1 0 18x1+1+13 'RegLab'
  7472. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  7473. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  7474. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  7475. -g 1 0 18x1+1+18 'ShowEdges'
  7476. -g 1 0 18x1+1+19 'ShowLines'
  7477. -g 1 0 18x1+1+21 'intensity'
  7478. -g 1 0 18x1+1+23 'VisImages'
  7479. -H 1  18x2+1+25 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  7480. -Q 1 0 18x2+1+27 'QUIT'
  7481. -E
  7482. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  7483. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  7484. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  7485. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  7486. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  7487. -E
  7488. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  7489. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  7490. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  7491. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  7492. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  7493. -E
  7494. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  7495. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  7496. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  7497. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  7498. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  7499. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  7500. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  7501. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  7502. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  7503. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  7504. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  7505. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  7506. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  7507. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  7508. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  7509. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  7510. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  7511. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  7512. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  7513. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  7514. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  7515. -E
  7516. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  7517. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  7518. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  7519. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  7520. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  7521. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  7522. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  7523. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  7524. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  7525. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  7526. -E
  7527. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  7528. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  7529. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  7530. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  7531. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  7532. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  7533. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  7534. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  7535. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  7536. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  7537. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  7538. -E
  7539. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  7540. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  7541. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  7542. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  7543. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  7544. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  7545. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  7546. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  7547. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  7548. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  7549. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  7550. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  7551. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  7552. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  7553. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  7554. -E
  7555. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  7556. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  7557. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  7558. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  7559. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  7560. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  7561. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  7562. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  7563. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  7564. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  7565. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  7566. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  7567. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  7568. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  7569. -E
  7570. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  7571. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  7572. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  7573. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  7574. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  7575. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  7576. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  7577. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  7578. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  7579. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  7580. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  7581. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  7582. -E
  7583. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  7584. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  7585. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  7586. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  7587. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  7588. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  7589. -E
  7590. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  7591. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  7592. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  7593. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  7594. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  7595. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  7596. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  7597. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  7598. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  7599. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  7600. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  7601. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  7602. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  7603. -E
  7604. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  7605. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  7606. -E
  7607. -P 1 1 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  7608. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg '/users4/bigtmp/regsuTAAa02396' '/users4/bigtmp/regsuTAAa02396'
  7609. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg '/users4/bigtmp/nknorRAAa02396' '/users4/bigtmp/nknorRAAa02396'
  7610. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector 16 'RSector'
  7611. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector 16 'CSector'
  7612. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  7613. -f 1 1 1 1 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh 1.7 'StrongMergeThreshold'
  7614. -f 1 1 1 1 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta 2.5 'RemergeTheta'
  7615. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  7616. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  7617. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  7618. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  7619. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  7620. -E
  7621. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg '/users4/bigtmp/remerXAAa02396' '/users4/bigtmp/remerXAAa02396'
  7622. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  7623. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  7624. -E
  7625. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  7626. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg
  7627. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  7628. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  7629. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  7630. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  7631. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  7632. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  7633. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  7634. -E
  7635. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  7636. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  7637. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg
  7638. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  7639. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  7640. -E
  7641. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  7642. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  7643. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  7644. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  7645. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  7646. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  7647. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  7648. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  7649. -E
  7650. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  7651. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  7652. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  7653. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  7654. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  7655. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  7656. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  7657. -E
  7658. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  7659. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  7660. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  7661. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  7662. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  7663. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  7664. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  7665. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  7666. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  7667. -E
  7668. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  7669. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  7670. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  7671. -E
  7672. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  7673. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  7674. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  7675. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  7676. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  7677. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  7678. -E
  7679. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  7680. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  7681. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  7682. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  7683. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  7684. -E
  7685. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  7686. -b +18+1 'Intensity from color'
  7687. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  7688. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  7689. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  7690. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  7691. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  7692. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  7693. -E
  7694. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  7695. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  7696. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  7697. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  7698. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  7699. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  7700. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  7701. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  7702. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  7703. -E
  7704. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  7705. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  7706. -E
  7707. -E
  7708. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  7709. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  7710. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  7711. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  7712. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  7713. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  7714. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  7715. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  7716. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  7717. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  7718. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  7719. -g 1 1 18x1+1+13 'ReMerge'
  7720. -g 1 0 18x1+1+13 'RegLab'
  7721. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  7722. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  7723. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  7724. -g 1 0 18x1+1+18 'ShowEdges'
  7725. -g 1 0 18x1+1+19 'ShowLines'
  7726. -g 1 0 18x1+1+21 'intensity'
  7727. -g 1 0 18x1+1+23 'VisImages'
  7728. -H 1  18x2+1+25 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  7729. -Q 1 0 18x2+1+27 'QUIT'
  7730. -E
  7731. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  7732. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  7733. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  7734. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  7735. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  7736. -E
  7737. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  7738. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  7739. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  7740. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  7741. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  7742. -E
  7743. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  7744. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  7745. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  7746. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  7747. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  7748. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  7749. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  7750. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  7751. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  7752. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  7753. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  7754. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  7755. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  7756. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  7757. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  7758. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  7759. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  7760. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  7761. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  7762. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  7763. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  7764. -E
  7765. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  7766. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  7767. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  7768. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  7769. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  7770. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  7771. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  7772. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  7773. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  7774. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  7775. -E
  7776. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  7777. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  7778. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  7779. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  7780. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  7781. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  7782. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  7783. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  7784. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  7785. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  7786. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  7787. -E
  7788. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  7789. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  7790. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  7791. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  7792. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  7793. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  7794. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  7795. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  7796. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  7797. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  7798. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  7799. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  7800. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  7801. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  7802. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  7803. -E
  7804. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  7805. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  7806. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  7807. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  7808. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  7809. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  7810. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  7811. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  7812. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  7813. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  7814. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  7815. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  7816. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  7817. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  7818. -E
  7819. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  7820. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  7821. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  7822. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  7823. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  7824. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  7825. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  7826. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  7827. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  7828. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  7829. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  7830. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  7831. -E
  7832. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  7833. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  7834. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  7835. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  7836. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  7837. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  7838. -E
  7839. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  7840. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  7841. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  7842. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  7843. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  7844. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  7845. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  7846. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  7847. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  7848. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  7849. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  7850. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  7851. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  7852. -E
  7853. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  7854. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  7855. -E
  7856. -P 1 1 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  7857. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg '/users4/bigtmp/regsuTAAa02396' '/users4/bigtmp/regsuTAAa02396'
  7858. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg '/users4/bigtmp/nknorRAAa02396' '/users4/bigtmp/nknorRAAa02396'
  7859. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector 16 'RSector '
  7860. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector 16 'CSector'
  7861. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  7862. -f 1 1 1 1 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh 0.6 'WeakMergeThreshold'
  7863. -f 1 1 1 1 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta 2.5 'RemergeTheta'
  7864. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  7865. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  7866. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  7867. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  7868. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  7869. -E
  7870. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg '/users4/bigtmp/remerYAAa02396' '/users4/bigtmp/remerYAAa02396'
  7871. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  7872. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  7873. -E
  7874. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  7875. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg
  7876. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  7877. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  7878. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  7879. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  7880. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  7881. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  7882. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  7883. -E
  7884. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  7885. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  7886. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg
  7887. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  7888. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  7889. -E
  7890. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  7891. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  7892. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  7893. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  7894. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  7895. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  7896. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  7897. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  7898. -E
  7899. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  7900. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  7901. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  7902. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  7903. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  7904. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  7905. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  7906. -E
  7907. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  7908. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  7909. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  7910. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  7911. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  7912. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  7913. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  7914. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  7915. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  7916. -E
  7917. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  7918. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  7919. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  7920. -E
  7921. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  7922. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  7923. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  7924. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  7925. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  7926. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  7927. -E
  7928. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  7929. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  7930. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  7931. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  7932. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  7933. -E
  7934. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  7935. -b +18+1 'Intensity from color'
  7936. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  7937. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  7938. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  7939. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  7940. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  7941. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  7942. -E
  7943. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  7944. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  7945. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  7946. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  7947. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  7948. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  7949. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  7950. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  7951. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  7952. -E
  7953. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  7954. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  7955. -E
  7956. -E
  7957. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  7958. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  7959. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  7960. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  7961. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  7962. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  7963. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  7964. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  7965. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  7966. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  7967. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  7968. -g 1 0 18x1+1+13 'ReMerge'
  7969. -g 1 0 18x1+1+13 'RegLab'
  7970. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  7971. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  7972. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  7973. -g 1 1 18x1+1+18 'ShowEdges'
  7974. -g 1 0 18x1+1+19 'ShowLines'
  7975. -g 1 0 18x1+1+21 'intensity'
  7976. -g 1 0 18x1+1+23 'VisImages'
  7977. -H 1  18x2+1+25 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  7978. -Q 1 0 18x2+1+27 'QUIT'
  7979. -E
  7980. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  7981. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  7982. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  7983. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  7984. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  7985. -E
  7986. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  7987. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  7988. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  7989. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  7990. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  7991. -E
  7992. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  7993. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  7994. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  7995. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  7996. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  7997. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  7998. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  7999. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  8000. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  8001. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  8002. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  8003. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  8004. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  8005. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  8006. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  8007. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  8008. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  8009. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  8010. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  8011. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  8012. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  8013. -E
  8014. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  8015. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  8016. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  8017. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  8018. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  8019. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  8020. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  8021. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  8022. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  8023. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  8024. -E
  8025. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  8026. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  8027. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  8028. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  8029. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  8030. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  8031. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  8032. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  8033. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  8034. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  8035. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  8036. -E
  8037. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  8038. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  8039. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  8040. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  8041. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  8042. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  8043. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  8044. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  8045. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  8046. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  8047. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  8048. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  8049. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  8050. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  8051. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  8052. -E
  8053. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  8054. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  8055. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  8056. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  8057. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  8058. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  8059. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  8060. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  8061. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  8062. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  8063. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  8064. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  8065. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  8066. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  8067. -E
  8068. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  8069. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  8070. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  8071. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  8072. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  8073. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  8074. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  8075. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  8076. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  8077. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  8078. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  8079. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  8080. -E
  8081. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  8082. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  8083. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  8084. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  8085. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  8086. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  8087. -E
  8088. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  8089. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  8090. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  8091. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  8092. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  8093. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  8094. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  8095. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  8096. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  8097. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  8098. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  8099. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  8100. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  8101. -E
  8102. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  8103. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  8104. -E
  8105. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  8106. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  8107. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg
  8108. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector
  8109. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector
  8110. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  8111. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh
  8112. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta
  8113. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  8114. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  8115. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  8116. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  8117. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  8118. -E
  8119. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  8120. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  8121. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  8122. -E
  8123. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  8124. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg
  8125. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  8126. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  8127. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  8128. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  8129. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  8130. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  8131. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  8132. -E
  8133. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  8134. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  8135. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg
  8136. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  8137. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  8138. -E
  8139. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  8140. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  8141. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  8142. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  8143. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  8144. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  8145. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  8146. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  8147. -E
  8148. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  8149. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  8150. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  8151. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  8152. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  8153. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  8154. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  8155. -E
  8156. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  8157. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  8158. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  8159. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  8160. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  8161. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  8162. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  8163. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  8164. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  8165. -E
  8166. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  8167. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  8168. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  8169. -E
  8170. -P 1 1 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  8171. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg '/users4/bigtmp/remerXAAa02396' '/users4/bigtmp/remerXAAa02396'
  8172. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  8173. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  8174. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  8175. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  8176. -E
  8177. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  8178. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  8179. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  8180. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  8181. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  8182. -E
  8183. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  8184. -b +18+1 'Intensity from color'
  8185. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  8186. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  8187. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  8188. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  8189. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  8190. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  8191. -E
  8192. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  8193. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  8194. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  8195. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  8196. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  8197. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  8198. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  8199. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  8200. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  8201. -E
  8202. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  8203. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  8204. -E
  8205. -E
  8206. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  8207. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  8208. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  8209. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  8210. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  8211. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  8212. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  8213. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  8214. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  8215. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  8216. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  8217. -g 1 0 18x1+1+13 'ReMerge'
  8218. -g 1 0 18x1+1+13 'RegLab'
  8219. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  8220. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  8221. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  8222. -g 1 1 18x1+1+18 'ShowEdges'
  8223. -g 1 0 18x1+1+19 'ShowLines'
  8224. -g 1 0 18x1+1+21 'intensity'
  8225. -g 1 0 18x1+1+23 'VisImages'
  8226. -H 1  18x2+1+25 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  8227. -Q 1 0 18x2+1+27 'QUIT'
  8228. -E
  8229. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  8230. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  8231. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  8232. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  8233. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  8234. -E
  8235. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  8236. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  8237. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  8238. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  8239. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  8240. -E
  8241. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  8242. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  8243. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  8244. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  8245. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  8246. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  8247. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  8248. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  8249. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  8250. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  8251. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  8252. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  8253. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  8254. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  8255. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  8256. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  8257. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  8258. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  8259. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  8260. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  8261. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  8262. -E
  8263. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  8264. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  8265. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  8266. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  8267. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  8268. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  8269. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  8270. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  8271. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  8272. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  8273. -E
  8274. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  8275. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  8276. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  8277. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  8278. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  8279. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  8280. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  8281. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  8282. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  8283. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  8284. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  8285. -E
  8286. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  8287. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  8288. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  8289. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  8290. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  8291. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  8292. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  8293. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  8294. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  8295. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  8296. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  8297. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  8298. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  8299. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  8300. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  8301. -E
  8302. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  8303. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  8304. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  8305. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  8306. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  8307. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  8308. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  8309. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  8310. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  8311. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  8312. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  8313. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  8314. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  8315. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  8316. -E
  8317. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  8318. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  8319. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  8320. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  8321. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  8322. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  8323. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  8324. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  8325. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  8326. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  8327. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  8328. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  8329. -E
  8330. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  8331. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  8332. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  8333. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  8334. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  8335. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  8336. -E
  8337. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  8338. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  8339. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  8340. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  8341. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  8342. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  8343. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  8344. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  8345. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  8346. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  8347. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  8348. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  8349. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  8350. -E
  8351. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  8352. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  8353. -E
  8354. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  8355. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  8356. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg
  8357. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector
  8358. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector
  8359. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  8360. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh
  8361. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta
  8362. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  8363. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  8364. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  8365. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  8366. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  8367. -E
  8368. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  8369. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  8370. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  8371. -E
  8372. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  8373. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg
  8374. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  8375. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  8376. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  8377. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  8378. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  8379. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  8380. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  8381. -E
  8382. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  8383. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  8384. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg
  8385. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  8386. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  8387. -E
  8388. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  8389. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  8390. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  8391. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  8392. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  8393. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  8394. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  8395. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  8396. -E
  8397. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  8398. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  8399. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  8400. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  8401. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  8402. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  8403. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  8404. -E
  8405. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  8406. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  8407. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  8408. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  8409. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  8410. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  8411. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  8412. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  8413. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  8414. -E
  8415. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  8416. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  8417. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  8418. -E
  8419. -P 1 1 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  8420. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg '/users4/bigtmp/remerYAAa02396' '/users4/bigtmp/remerYAAa02396'
  8421. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  8422. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  8423. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  8424. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  8425. -E
  8426. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  8427. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  8428. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  8429. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  8430. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  8431. -E
  8432. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  8433. -b +18+1 'Intensity from color'
  8434. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  8435. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  8436. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  8437. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  8438. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  8439. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  8440. -E
  8441. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  8442. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  8443. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  8444. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  8445. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  8446. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  8447. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  8448. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  8449. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  8450. -E
  8451. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  8452. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  8453. -E
  8454. -E
  8455. -M 1 0 80x38+0+0 +5+1 'Enter Comment' comment
  8456. -P 1 1 80x38+0+0 +6+1 'Comment Pane used to comment a cantata workspace' comment
  8457. -s 1 0 0 1 0 22x1+1+3 +0+0 ' comment' 'Glyph  Label' 'Label for cantata glyph' label 'READ 1st' 'READ 1st'
  8458. -b +1+5 'Text area for commenting the cantata workspace'
  8459. -s 1 0 0 1 0 55x10+0+6 +0+0 ' ' ' ' 'first string' comment 'This is the NaginKohler segmentation procedure.\n\nIt has a number of different settings: medium, high, very \nhigh, low, and very low - see the comment boxes labeled\nmedium, high, very high, low, and very low.\n\n' 'This is the NaginKohler segmentation procedure.\n\nIt has a number of different settings: medium, high, very \nhigh, low, and very low - see the comment boxes labeled\nmedium, high, very high, low, and very low.\n\n'
  8460. -Q 1 0 13x2+2+15 'QUIT'
  8461. -H 1  13x2+42+15 'Help' 'man page for workspace management' KHOROS_HOME/doc/cantata/edit/comment/help
  8462. -E
  8463. -E
  8464. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Standard Control Structures' control
  8465. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  8466. -g 1 0 18x1+1+2 'Count-Loop'
  8467. -g 1 0 18x1+1+3 'While-Loop'
  8468. -g 1 1 18x1+1+5 'If-Then-Else'
  8469. -g 1 0 18x1+1+6 'Merge'
  8470. -H 1  18x2+1+11 'HELP' 'guide help' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/help/Overview
  8471. -Q 1 0 18x2+1+13 'QUIT'
  8472. -E
  8473. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'Counting-Loop Control Structure' count_loop
  8474. -b +0+1 'Counting-Loop Parameters:'
  8475. -s 1 0 0 1 0 40x1+1+2 +0+0 ' ' 'Loop Control Variable' 'loop control variable' lcv
  8476. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+3 +0+0 0 0 1 'Initial Value     ' 'initial value' init
  8477. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+4 +0+0 0 0 1 'Increment Value   ' 'increment value' incr
  8478. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+5 +0+0 0 0 1 'Final Value       ' 'test value' test
  8479. -b +0+6 'Control Path Connections:'
  8480. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+7 +0+0 ' ' 'Initial input' 'Initial input file' i_in
  8481. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +0+0 ' ' '   Loop input ' 'Loop input file' i_lp
  8482. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Exit output' 'Exit output file' o_ex
  8483. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+10 +0+0 ' ' '   Loop output' 'Loop output file' o_lp
  8484. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for count_loop' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/count_loop/help
  8485. -E
  8486. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'While-Loop Control Structure' while_loop
  8487. -b +0+1 'While-Loop Parameters:'
  8488. -i 1 0 1 0 0 50x1+1+2 +0+0 0 0 1 'Initial Expression' 'Initial expression' init
  8489. -i 1 0 1 0 0 50x1+1+3 +0+0 0 0 1 'Update Expression ' 'Update expression' update
  8490. -i 1 0 0 1 0 50x1+1+4 +0+0 0 0 1 '   Test Condition    ' 'Test condition' test
  8491. -b +0+6 'Control Path Connections:'
  8492. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+7 +0+0 ' ' 'Initial input' 'Initial input file' i_in
  8493. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +0+0 ' ' '   Loop input ' 'Loop input file' i_lp
  8494. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Exit output' 'Exit output file' o_ex
  8495. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+10 +0+0 ' ' '   Loop output' 'Loop output file' o_lp
  8496. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for while_loop' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/while_loop/help
  8497. -E
  8498. -P 1 1 80x38+22+2 +10+0 'If-Then-Else Control Structure' if_else
  8499. -i 1 0 0 1 0 50x1+1+2 +0+0 0 0 1 'If Conditional Expression' 'Boolean expression' cond 1 'EnhancementAlgorithm'
  8500. -b +0+4 'Control Path Connections:'
  8501. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+5 +3+0 ' ' 'Input ' 'input_file' i '/users4/bigtmp/mergeWAAa02396' '/users4/bigtmp/mergeWAAa02396'
  8502. -b +1+6 'Then (TRUE)'
  8503. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+7 +3+0 ' ' 'Output' 'TRUE output file' o1 '/users4/bigtmp/if_elZAAa02396' '/users4/bigtmp/if_elZAAa02396'
  8504. -b +1+8 'Else (FALSE)'
  8505. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Output' 'FALSE output file' o2 '/users4/bigtmp/if_elABAa02396' '/users4/bigtmp/if_elABAa02396'
  8506. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for if_then_else' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/if_else/help
  8507. -E
  8508. -P 1 0 80x38+22+2 +18+0 'Merge Structure' merge
  8509. -b +1+2 'Control Path Connections:'
  8510. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+4 +3+0 ' ' 'Input 1' 'input file 1' i1
  8511. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+6 +0+0 ' ' 'Input 2' 'input file 2' i2
  8512. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +3+0 ' ' 'Output ' 'output file' o
  8513. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for merge' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/merge/help
  8514. -E
  8515. -E
  8516. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  8517. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  8518. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  8519. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  8520. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  8521. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  8522. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  8523. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  8524. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  8525. -g 1 1 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  8526. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  8527. -g 1 0 18x1+1+13 'ReMerge'
  8528. -g 1 0 18x1+1+13 'RegLab'
  8529. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  8530. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  8531. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  8532. -g 1 0 18x1+1+18 'ShowEdges'
  8533. -g 1 0 18x1+1+19 'ShowLines'
  8534. -g 1 0 18x1+1+21 'intensity'
  8535. -g 1 0 18x1+1+23 'VisImages'
  8536. -H 1  18x2+1+25 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  8537. -Q 1 0 18x2+1+27 'QUIT'
  8538. -E
  8539. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  8540. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  8541. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  8542. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  8543. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  8544. -E
  8545. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  8546. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  8547. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  8548. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  8549. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  8550. -E
  8551. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  8552. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  8553. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  8554. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  8555. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  8556. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  8557. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  8558. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  8559. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  8560. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  8561. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  8562. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  8563. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  8564. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  8565. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  8566. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  8567. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  8568. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  8569. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  8570. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  8571. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  8572. -E
  8573. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  8574. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  8575. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  8576. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  8577. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  8578. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  8579. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  8580. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  8581. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  8582. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  8583. -E
  8584. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  8585. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  8586. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  8587. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  8588. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  8589. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  8590. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  8591. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  8592. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  8593. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  8594. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  8595. -E
  8596. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  8597. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  8598. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  8599. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  8600. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  8601. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  8602. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  8603. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  8604. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  8605. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  8606. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  8607. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  8608. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  8609. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  8610. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  8611. -E
  8612. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  8613. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  8614. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  8615. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  8616. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  8617. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  8618. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  8619. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  8620. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  8621. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  8622. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  8623. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  8624. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  8625. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  8626. -E
  8627. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  8628. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  8629. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  8630. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  8631. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  8632. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  8633. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  8634. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  8635. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  8636. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  8637. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  8638. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  8639. -E
  8640. -P 1 1 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  8641. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg '/users4/bigtmp/if_elABAa02396' '/users4/bigtmp/if_elABAa02396'
  8642. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations 1 'NagaoIterations'
  8643. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg '/users4/bigtmp/nagaoBBAa02396' '/users4/bigtmp/nagaoBBAa02396'
  8644. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  8645. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  8646. -E
  8647. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  8648. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  8649. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  8650. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  8651. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  8652. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  8653. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  8654. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  8655. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  8656. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  8657. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  8658. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  8659. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  8660. -E
  8661. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  8662. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  8663. -E
  8664. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  8665. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  8666. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg
  8667. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector
  8668. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector
  8669. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  8670. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh
  8671. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta
  8672. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  8673. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  8674. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  8675. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  8676. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  8677. -E
  8678. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  8679. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  8680. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  8681. -E
  8682. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  8683. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg
  8684. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  8685. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  8686. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  8687. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  8688. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  8689. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  8690. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  8691. -E
  8692. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  8693. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  8694. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg
  8695. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  8696. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  8697. -E
  8698. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  8699. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  8700. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  8701. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  8702. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  8703. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  8704. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  8705. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  8706. -E
  8707. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  8708. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  8709. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  8710. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  8711. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  8712. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  8713. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  8714. -E
  8715. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  8716. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  8717. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  8718. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  8719. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  8720. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  8721. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  8722. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  8723. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  8724. -E
  8725. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  8726. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  8727. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  8728. -E
  8729. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  8730. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  8731. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  8732. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  8733. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  8734. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  8735. -E
  8736. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  8737. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  8738. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  8739. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  8740. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  8741. -E
  8742. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  8743. -b +18+1 'Intensity from color'
  8744. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  8745. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  8746. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  8747. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  8748. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  8749. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  8750. -E
  8751. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  8752. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  8753. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  8754. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  8755. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  8756. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  8757. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  8758. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  8759. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  8760. -E
  8761. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  8762. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  8763. -E
  8764. -E
  8765. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Standard Control Structures' control
  8766. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  8767. -g 1 0 18x1+1+2 'Count-Loop'
  8768. -g 1 0 18x1+1+3 'While-Loop'
  8769. -g 1 0 18x1+1+5 'If-Then-Else'
  8770. -g 1 1 18x1+1+6 'Merge'
  8771. -H 1  18x2+1+11 'HELP' 'guide help' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/help/Overview
  8772. -Q 1 0 18x2+1+13 'QUIT'
  8773. -E
  8774. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'Counting-Loop Control Structure' count_loop
  8775. -b +0+1 'Counting-Loop Parameters:'
  8776. -s 1 0 0 1 0 40x1+1+2 +0+0 ' ' 'Loop Control Variable' 'loop control variable' lcv
  8777. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+3 +0+0 0 0 1 'Initial Value     ' 'initial value' init
  8778. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+4 +0+0 0 0 1 'Increment Value   ' 'increment value' incr
  8779. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+5 +0+0 0 0 1 'Final Value       ' 'test value' test
  8780. -b +0+6 'Control Path Connections:'
  8781. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+7 +0+0 ' ' 'Initial input' 'Initial input file' i_in
  8782. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +0+0 ' ' '   Loop input ' 'Loop input file' i_lp
  8783. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Exit output' 'Exit output file' o_ex
  8784. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+10 +0+0 ' ' '   Loop output' 'Loop output file' o_lp
  8785. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for count_loop' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/count_loop/help
  8786. -E
  8787. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'While-Loop Control Structure' while_loop
  8788. -b +0+1 'While-Loop Parameters:'
  8789. -i 1 0 1 0 0 50x1+1+2 +0+0 0 0 1 'Initial Expression' 'Initial expression' init
  8790. -i 1 0 1 0 0 50x1+1+3 +0+0 0 0 1 'Update Expression ' 'Update expression' update
  8791. -i 1 0 0 1 0 50x1+1+4 +0+0 0 0 1 '   Test Condition    ' 'Test condition' test
  8792. -b +0+6 'Control Path Connections:'
  8793. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+7 +0+0 ' ' 'Initial input' 'Initial input file' i_in
  8794. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +0+0 ' ' '   Loop input ' 'Loop input file' i_lp
  8795. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Exit output' 'Exit output file' o_ex
  8796. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+10 +0+0 ' ' '   Loop output' 'Loop output file' o_lp
  8797. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for while_loop' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/while_loop/help
  8798. -E
  8799. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'If-Then-Else Control Structure' if_else
  8800. -i 1 0 0 1 0 50x1+1+2 +0+0 0 0 1 'If Conditional Expression' 'Boolean expression' cond
  8801. -b +0+4 'Control Path Connections:'
  8802. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+5 +3+0 ' ' 'Input ' 'input_file' i
  8803. -b +1+6 'Then (TRUE)'
  8804. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+7 +3+0 ' ' 'Output' 'TRUE output file' o1
  8805. -b +1+8 'Else (FALSE)'
  8806. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Output' 'FALSE output file' o2
  8807. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for if_then_else' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/if_else/help
  8808. -E
  8809. -P 1 1 80x38+22+2 +18+0 'Merge Structure' merge
  8810. -b +1+2 'Control Path Connections:'
  8811. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+4 +3+0 ' ' 'Input 1' 'input file 1' i1 '/users4/bigtmp/weymoVAAa02396' '/users4/bigtmp/weymoVAAa02396'
  8812. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+1+6 +0+0 ' ' 'Input 2' 'input file 2' i2 '/users4/bigtmp/nagaoBBAa02396' '/users4/bigtmp/nagaoBBAa02396'
  8813. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +3+0 ' ' 'Output ' 'output file' o '/users4/bigtmp/mergeCBAa02396' '/users4/bigtmp/mergeCBAa02396'
  8814. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for merge' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/merge/help
  8815. -E
  8816. -E
  8817. -M 1 0 80x38+0+0 +5+1 'Enter Comment' comment
  8818. -P 1 1 80x38+0+0 +6+1 'Comment Pane used to comment a cantata workspace' comment
  8819. -s 1 0 0 1 0 22x1+1+3 +0+0 ' comment' 'Glyph  Label' 'Label for cantata glyph' label 'VeryHigh' 'VeryHigh'
  8820. -b +1+5 'Text area for commenting the cantata workspace'
  8821. -s 1 0 0 1 0 55x10+0+6 +0+0 ' ' ' ' 'first string' comment 'RSector =  16\nCSector = 16\nPeakAdditionIterations = 0\nMinPeakDistanceRelative = 2\nMinPeakDistanceRelativeAddp = 2\nMinPeakHeightFactor = 0.3\nMinPeakHeightFactorAddp = 0.3\nMinPeakValleyRatio = 1.0\nMinPeakValleyRatioAddp = 1.0\nNormalMergeThreshold = 1.1\nWeakMergeThreshold = 0.6\nStrongMergeThreshold  = 1.7\n' 'RSector =  16\nCSector = 16\nPeakAdditionIterations = 0\nMinPeakDistanceRelative = 2\nMinPeakDistanceRelativeAddp = 2\nMinPeakHeightFactor = 0.3\nMinPeakHeightFactorAddp = 0.3\nMinPeakValleyRatio = 1.0\nMinPeakValleyRatioAddp = 1.0\nNormalMergeThreshold = 1.1\nWeakMergeThreshold = 0.6\nStrongMergeThreshold  = 1.7\n'
  8822. -Q 1 0 13x2+2+15 'QUIT'
  8823. -H 1  13x2+42+15 'Help' 'man page for workspace management' KHOROS_HOME/doc/cantata/edit/comment/help
  8824. -E
  8825. -E
  8826. -M 1 0 80x38+0+0 +5+1 'Enter Comment' comment
  8827. -P 1 1 80x38+0+0 +6+1 'Comment Pane used to comment a cantata workspace' comment
  8828. -s 1 0 0 1 0 22x1+1+3 +0+0 ' comment' 'Glyph  Label' 'Label for cantata glyph' label 'High' 'High'
  8829. -b +1+5 'Text area for commenting the cantata workspace'
  8830. -s 1 0 0 1 0 55x10+0+6 +0+0 ' ' ' ' 'first string' comment 'RSector = 16\nCSector = 16\nPeakAdditionIterations = 2\nMinPeakDistanceRelative  = 7\nMinPeakDistanceRelativeAddp = 3\nMinPeakHeightFactor = 0.6\nMinPeakHeightFactorAddp = 0.3\nMinPeakValleyRatio = 1.5\nMinPeakValleyRatioAddp =  1.0\nNormalMergeThreshold  = 1.1\nWeakMergeThreshold = 0.6\nStrongMergeThreshold = 1.7' 'RSector = 16\nCSector = 16\nPeakAdditionIterations = 2\nMinPeakDistanceRelative  = 7\nMinPeakDistanceRelativeAddp = 3\nMinPeakHeightFactor = 0.6\nMinPeakHeightFactorAddp = 0.3\nMinPeakValleyRatio = 1.5\nMinPeakValleyRatioAddp =  1.0\nNormalMergeThreshold  = 1.1\nWeakMergeThreshold = 0.6\nStrongMergeThreshold = 1.7'
  8831. -Q 1 0 13x2+2+15 'QUIT'
  8832. -H 1  13x2+42+15 'Help' 'man page for workspace management' KHOROS_HOME/doc/cantata/edit/comment/help
  8833. -E
  8834. -E
  8835. -M 1 0 80x38+0+0 +5+1 'Enter Comment' comment
  8836. -P 1 1 80x38+0+0 +6+1 'Comment Pane used to comment a cantata workspace' comment
  8837. -s 1 0 0 1 0 22x1+1+3 +0+0 ' comment' 'Glyph  Label' 'Label for cantata glyph' label 'Medium' 'Medium'
  8838. -b +1+5 'Text area for commenting the cantata workspace'
  8839. -s 1 0 0 1 0 55x10+0+6 +0+0 ' ' ' ' 'first string' comment 'RSector = 16\nCSector = 16\nPeakAdditionIterations = 2\nMinPeakDistanceRelative = 15\nMinPeakDistanceRelativeAddp  = 7\nMinPeakHeightFactor = 1.0\nMinPeakHeightFactorAddp  = 0.4\nMinPeakValleyRatio = 3.0\nMinPeakValleyRatioAddp = 1.0\nNormalMergeThreshold = 1.1\nWeakMergeThreshold = 0.6\nStrongMergeThreshold = 1.7' 'RSector = 16\nCSector = 16\nPeakAdditionIterations = 2\nMinPeakDistanceRelative = 15\nMinPeakDistanceRelativeAddp  = 7\nMinPeakHeightFactor = 1.0\nMinPeakHeightFactorAddp  = 0.4\nMinPeakValleyRatio = 3.0\nMinPeakValleyRatioAddp = 1.0\nNormalMergeThreshold = 1.1\nWeakMergeThreshold = 0.6\nStrongMergeThreshold = 1.7'
  8840. -Q 1 0 13x2+2+15 'QUIT'
  8841. -H 1  13x2+42+15 'Help' 'man page for workspace management' KHOROS_HOME/doc/cantata/edit/comment/help
  8842. -E
  8843. -E
  8844. -M 1 0 80x38+0+0 +5+1 'Enter Comment' comment
  8845. -P 1 1 80x38+0+0 +6+1 'Comment Pane used to comment a cantata workspace' comment
  8846. -s 1 0 0 1 0 22x1+1+3 +0+0 ' comment' 'Glyph  Label' 'Label for cantata glyph' label 'Low' 'Low'
  8847. -b +1+5 'Text area for commenting the cantata workspace'
  8848. -s 1 0 0 1 0 55x10+0+6 +0+0 ' ' ' ' 'first string' comment 'RSector = 16\nCSector = 16\nPeakAdditionIterations = 2\nMinPeakDistanceRelative = 22\nMinPeakDistanceRelativeAddp  = 16\nMinPeakHeightFactor = 1.5\nMinPeakHeightFactorAddp = 0.6\nMinPeakValleyRatio = 4.0\nMinPeakValleyRatioAddp = 1.5\nNormalMergeThreshold = 1.1\nWeakMergeThreshold = 0.6\nStrongMergeThreshold = 1.7' 'RSector = 16\nCSector = 16\nPeakAdditionIterations = 2\nMinPeakDistanceRelative = 22\nMinPeakDistanceRelativeAddp  = 16\nMinPeakHeightFactor = 1.5\nMinPeakHeightFactorAddp = 0.6\nMinPeakValleyRatio = 4.0\nMinPeakValleyRatioAddp = 1.5\nNormalMergeThreshold = 1.1\nWeakMergeThreshold = 0.6\nStrongMergeThreshold = 1.7'
  8849. -Q 1 0 13x2+2+15 'QUIT'
  8850. -H 1  13x2+42+15 'Help' 'man page for workspace management' KHOROS_HOME/doc/cantata/edit/comment/help
  8851. -E
  8852. -E
  8853. -M 1 0 80x38+0+0 +5+1 'Enter Comment' comment
  8854. -P 1 1 80x38+0+0 +6+1 'Comment Pane used to comment a cantata workspace' comment
  8855. -s 1 0 0 1 0 22x1+1+3 +0+0 ' comment' 'Glyph  Label' 'Label for cantata glyph' label 'VeryLow' 'VeryLow'
  8856. -b +1+5 'Text area for commenting the cantata workspace'
  8857. -s 1 0 0 1 0 55x10+0+6 +0+0 ' ' ' ' 'first string' comment 'RSector = 16\nCSector = 16\nPeakAdditionIterations = 2\nMinPeakDistanceRelative = 33\nMinPeakDistanceRelativeAddp = 33\nMinPeakHeightFactor = 2.0\nMinPeakHeightFactorAddp = 0.7\nMinPeakValleyRatio = 10.0\nMinPeakValleyRatioAddp = 2.5\nNormalMergeThreshold = 1.1\nWeakMergeThreshold = 0.6\nStrongMergeThreshold = 1.7' 'RSector = 16\nCSector = 16\nPeakAdditionIterations = 2\nMinPeakDistanceRelative = 33\nMinPeakDistanceRelativeAddp = 33\nMinPeakHeightFactor = 2.0\nMinPeakHeightFactorAddp = 0.7\nMinPeakValleyRatio = 10.0\nMinPeakValleyRatioAddp = 2.5\nNormalMergeThreshold = 1.1\nWeakMergeThreshold = 0.6\nStrongMergeThreshold = 1.7'
  8858. -Q 1 0 13x2+2+15 'QUIT'
  8859. -H 1  13x2+42+15 'Help' 'man page for workspace management' KHOROS_HOME/doc/cantata/edit/comment/help
  8860. -E
  8861. -E
  8862. -M 1 0 80x38+0+0 +5+1 'Enter Comment' comment
  8863. -P 1 1 80x38+0+0 +6+1 'Comment Pane used to comment a cantata workspace' comment
  8864. -s 1 0 0 1 0 22x1+1+3 +0+0 ' comment' 'Glyph  Label' 'Label for cantata glyph' label 'base def' 'base def'
  8865. -b +1+5 'Text area for commenting the cantata workspace'
  8866. -s 1 0 0 1 0 55x10+0+6 +0+0 ' ' ' ' 'first string' comment 'ScalingMaxval = 89\nNagaoIterations = 1\nWeymouthIterations = 5\nEnhancementAlgorithm = 1\nRemergeTheta = 2.5\n' 'ScalingMaxval = 89\nNagaoIterations = 1\nWeymouthIterations = 5\nEnhancementAlgorithm = 1\nRemergeTheta = 2.5\n'
  8867. -Q 1 0 13x2+2+15 'QUIT'
  8868. -H 1  13x2+42+15 'Help' 'man page for workspace management' KHOROS_HOME/doc/cantata/edit/comment/help
  8869. -E
  8870. -E
  8871. -M 1 0 100x40+10+20 +31+1 'File Information' info
  8872. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  8873. -g 1 0 18x1+1+1 'VIFF Information'
  8874. -g 1 0 18x1+1+2 'Image (2D) Stats'
  8875. -g 1 0 18x1+1+3 'Signal (1D) Stats'
  8876. -g 1 0 18x1+1+4 '1D Peak Detector'
  8877. -g 1 1 18x1+1+6 'Extract VIFF Data'
  8878. -g 1 0 18x1+1+8 'Print Data'
  8879. -g 1 0 18x1+1+9 'Print Map Data'
  8880. -g 1 0 18x1+1+11 'Edit VIFF Comment'
  8881. -g 1 0 18x1+1+12 'Edit VIFF Header'
  8882. -g 1 0 18x1+1+14 'ASCII File Viewer'
  8883. -H 1  18x2+1+16 'HELP' 'guide help' KHOROS_HOME/doc/cantata/subforms/info/help
  8884. -Q 1 0 18x2+1+18 'QUIT'
  8885. -E
  8886. -P 1 0 80x38+22+2 +8+0 'Information about a VIFF Image File' vfileinfo
  8887. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' i
  8888. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f
  8889. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation ' vfileinfo
  8890. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vfileinfo' KHOROS_HOME/doc/manpages/vfileinfo.1
  8891. -E
  8892. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Compute Statistics on VIFF File (2-D)' vstats
  8893. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+1 +0+0 ' ' 'Input Image        ' 'input image' i
  8894. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Masking Image   ' 'statistics operation masking image' m
  8895. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f
  8896. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'VIFF Output File' 'VIFF format output file' o
  8897. -b +3+5 'Select statistics for VIFF output file:  '
  8898. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+6 +0+0 1 'Save ALL statistics ' 'False' 'True' 'if yes, all stats saved' all
  8899. -b +3+7 'OR Save (selected):'
  8900. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+8 +0+0 0 'mean                ' 'False' 'True' 'if yes, mean is a band of output' mu
  8901. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+9 +0+0 0 'variance            ' 'False' 'True' 'if yes, variance is a band of output' var
  8902. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+10 +0+0 0 'standard deviation  ' 'False' 'True' 'if yes, std deviation is a band of output' sd
  8903. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+11 +0+0 0 'rms                 ' 'False' 'True' 'if yes, rms is a band of output' rms
  8904. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+12 +0+0 0 'maximum value       ' 'False' 'True' 'if yes, maximum value is a band of output' vmax
  8905. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+13 +0+0 0 'x coord of max value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of max value is a band of output' xmax
  8906. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+14 +0+0 0 'y coord of max value' 'False' 'True' 'if yes, y coord of max value is a band of output' ymax
  8907. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+15 +0+0 0 'minimum value       ' 'False' 'True' 'if yes, minimum value is a band of output' vmin
  8908. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+16 +0+0 0 'x coord of min value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of min value is a band of output' xmin
  8909. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+17 +0+0 0 'y coord of min value' 'False' 'True' 'if yes, y coord of min value is a band of output' ymin
  8910. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+18 +0+0 0 'integral            ' 'False' 'True' 'if yes, integral value is a band of output' in
  8911. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+19 +0+0 0 'pos part of integral' 'False' 'True' 'if yes, pos part of integral is a band of output' pin
  8912. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+20 +0+0 0 'neg part of integral' 'False' 'True' 'if yes, neg part of integral is a band of output' nin
  8913. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+21 +0+0 0 'num contributing pts' 'False' 'True' 'if yes, num contributing pts is a band of output' pts
  8914. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+22 +0+0 0 'num positive points ' 'False' 'True' 'if yes, num positive pts is a band of output' ppts
  8915. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+23 +0+0 0 'num negative points ' 'False' 'True' 'if yes, num negative pts is a band of output' npts
  8916. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+24 +0+0 0 'skewness            ' 'False' 'True' 'if yes, skewness is a band of output' sk
  8917. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+25 +0+0 0 'kurtosis            ' 'False' 'True' 'if yes, kurtosis is a band of output' kur
  8918. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+26 +0+0 0 'entropy             ' 'False' 'True' 'if yes, entropy is a band of output' ent
  8919. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+27 +0+0 0 'contrast            ' 'False' 'True' 'if yes, contrast is a band of output' con
  8920. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+29 +0+0 1 'Compute Each Data Band Separately?' 'No ' 'Yes' 'if yes, Compute each data band statistics separately' b
  8921. -R 1 0 1 13x2+1+31 'Execute' 'do operation ' vstats
  8922. -H 1  13x2+39+31 'Help' 'man page for vstats' KHOROS_HOME/doc/manpages/vstats.1
  8923. -E
  8924. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Compute Statistics on VIFF File (1-D)' dstats
  8925. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+1 +0+0 ' ' 'Input VIFF File     ' 'input file' i
  8926. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Masking File     ' 'statistics operation masking file' m
  8927. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output ASCII File' 'output ASCII file' f
  8928. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'VIFF Output File ' 'VIFF format output file' o
  8929. -b +3+5 'Select Statistics for VIFF Output File:  '
  8930. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+6 +0+0 1 'Save ALL statistics ' 'False' 'True' 'if yes, all stats saved' all
  8931. -b +3+7 'OR Save (selected):'
  8932. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+8 +0+0 0 'mean                ' 'False' 'True' 'if yes, mean is a band of output' mu
  8933. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+9 +0+0 0 'variance            ' 'False' 'True' 'if yes, variance is a band of output' var
  8934. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+10 +0+0 0 'standard deviation  ' 'False' 'True' 'if yes, std deviation is a band of output' sd
  8935. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+11 +0+0 0 'rms                 ' 'False' 'True' 'if yes, rms is a band of output' rms
  8936. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+12 +0+0 0 'maximum value       ' 'False' 'True' 'if yes, maximum value is a band of output' vmax
  8937. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+13 +0+0 0 'x coord of max value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of max value is a band of output' xmax
  8938. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+14 +0+0 0 'minimum value       ' 'False' 'True' 'if yes, minimum value is a band of output' vmin
  8939. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+15 +0+0 0 'x coord of min value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of min value is a band of output' xmin
  8940. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+16 +0+0 0 'integral            ' 'False' 'True' 'if yes, integral value is a band of output' in
  8941. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+17 +0+0 0 'pos part of integral' 'False' 'True' 'if yes, pos part of integral is a band of output' pin
  8942. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+18 +0+0 0 'neg part of integral' 'False' 'True' 'if yes, neg part of integral is a band of output' nin
  8943. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+19 +0+0 0 'num contributing pts' 'False' 'True' 'if yes, num contributing pts is a band of output' pts
  8944. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+20 +0+0 0 'num positive points ' 'False' 'True' 'if yes, num positive pts is a band of output' ppts
  8945. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+21 +0+0 0 'num negative points ' 'False' 'True' 'if yes, num negative pts is a band of output' npts
  8946. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+22 +0+0 0 'skewness            ' 'False' 'True' 'if yes, skewness is a band of output' sk
  8947. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+23 +0+0 0 'kurtosis            ' 'False' 'True' 'if yes, kurtosis is a band of output' kur
  8948. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+24 +0+0 0 'entropy             ' 'False' 'True' 'if yes, entropy is a band of output' ent
  8949. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+25 +0+0 0 'contrast            ' 'False' 'True' 'if yes, contrast is a band of output' con
  8950. -T 1 0 1 1 0 40x1+2+27 +0+0 1 'Data Processing Option (select one):' 'process dir. (0=down vectors, 1=across bands, 2=entire file)' d
  8951. -i 1 0 1 1 0 10x1+3+1 +0+0 0 2 1 'Across Bands' 'Process by Bands' d
  8952. -i 1 0 1 0 0 10x1+3+2 +0+0 0 2 0 'Down Vectors' 'direction of processing (1 = across bands, 0 = down vectors)' d
  8953. -i 1 0 1 0 0 10x1+3+3 +0+0 0 2 2 'Calculate One Stat Set for Entire File' 'Process by Bands' d
  8954. -E
  8955. -R 1 0 1 13x2+1+31 'Execute' 'do operation ' dstats
  8956. -H 1  13x2+39+31 'Help' 'man page for dstats' KHOROS_HOME/doc/manpages/dstats.1
  8957. -E
  8958. -P 1 0 80x40+22+2 +13+0 'Find Peaks or Troughs in Data' dpeakpick
  8959. -I 1 0 0 1 0 1 51x1+1+2 +0+0 ' ' 'Input File          ' 'input file' i ' '
  8960. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f ' '
  8961. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'VIFF Output File' 'VIFF format output file' o ' '
  8962. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+6 +0+0 1    'find peaks or troughs:' 'Troughs' 'Peaks' 'if true, find peaks ' p
  8963. -b +1+8 'Specify Number of Peaks or Troughs to Detect (N):'
  8964. -C 0
  8965. -l 1 0 1 1 0 40x1+4+9 +0+0 1     'Find All               ' 'False' 'True' 'Find all peaks or troughs' all
  8966. -i 1 0 1 0 0 42x1+4+10 +0+0 2 2 1 'Specify Number of Peaks' 'Number of peaks or troughs to find ' n
  8967. -E
  8968. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+12 +0+0 1    'Find ' 'max/min' 'first' 'if FALSE find first n, and if TRUE find max/min n, peaks or troughs' m
  8969. -b +22+12 'N peaks/troughs in sequence.'
  8970. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+13 +0+0 0    'Include Endpoints for P/T Designation' 'False' 'True' 'If TRUE, endpoints will be considered for peak designation' e
  8971. -i 1 0 1 1 0 42x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Window Size              ' 'Num steps on both sides of point on which to base peak decision' w
  8972. -f 1 0 1 0 0 42x1+2+16 +0+0 1 1 0 'Min Height to Width Ratio' 'min that abs value of average slope over window can be' hwr
  8973. -l 1 0 1 1 0 40x1+2+18 +0+0 1 'Data Processing Direction' 'Down Vectors' 'Across Bands' 'data processing direction (0 = down vectors, 1 = across bands)' d 1
  8974. -R 1 0 1 13x2+1+20 'Execute' 'do operation ' dpeakpick
  8975. -H 1   13x2+39+20 'Help' 'man page for dpeakpick' ~KHOROS_HOME/doc/manpages/dpeakpick.1
  8976. -E
  8977. -P 1 1 80x38+22+2 +6+0 'Extract Data for PARSER from a VIFF File' varviff
  8978. -b +0+1 'Connection Filenames:'
  8979. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File' 'input file' i1 '/users4/bigtmp/vstatVAAa01257' '/users4/bigtmp/vstatVAAa01257'
  8980. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Gating VIFF File' 'input file that is passed to output unmodified (used to gate operation)' i2 '/users4/bigtmp/nknorRAAa02396' '/users4/bigtmp/nknorRAAa02396'
  8981. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Optional Output File' 'connecting file' o '/users4/bigtmp/varviDBAa02396' '/users4/bigtmp/varviDBAa02396'
  8982. -b +0+6 'Location of Data in VIFF Structure:'
  8983. -i 1 0 0 1 1 30x1+2+7 +0+0 0 0 0 'X location ' 'x location' x
  8984. -i 1 0 0 1 1 30x1+2+8 +0+0 0 0 0 'Y location ' 'y location' y
  8985. -i 1 0 0 1 1 30x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Band number' 'band number' b
  8986. -s 1 1 0 1 1 47x1+0+11 +0+0 ' ' 'Data Variable Name:' 'variable' v 'MaxVal' 'MaxVal'
  8987. -R 1 0 4 13x2+1+13 'Execute' 'Execute operation' varviff
  8988. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'Man page for varviff' KHOROS_HOME/doc/manpages/varviff.1
  8989. -E
  8990. -P 1 0 80x38+22+2 +4+0 'Print (Image or Plot) Data to the Screen File' vprdata
  8991. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' i
  8992. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Output ASCII File' 'output ASCII file' f
  8993. -l 1 0 1 1 0 50x1+2+7 +0+0 1 'Print Data Format:' 'Column Form' 'Matrix Form' 'if yes (default) print data as matrix, if no then column' m
  8994. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' vprdata
  8995. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vprdata' KHOROS_HOME/doc/manpages/vprdata.1
  8996. -E
  8997. -P 1 0 80x38+22+2 +15+0 'Print the Colormap Values' vprmap
  8998. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image  ' 'input image filename' i
  8999. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f
  9000. -l 1 0 1 1 0 50x1+2+7 +0+0 1 'Print Values Format:' 'Column Form' 'Matrix Form' 'default: print data as matrix' m
  9001. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation ' vprmap
  9002. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vprmap' KHOROS_HOME/doc/manpages/vprmap.1
  9003. -E
  9004. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Change the Comment Field on a VIFF Image File' vcomment
  9005. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'input image' i
  9006. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' xterm -e vcomment
  9007. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vcomment' KHOROS_HOME/doc/manpages/vcomment.1
  9008. -E
  9009. -P 1 0 80x38+22+2 +17+0 'Edit VIFF Header' vheaded
  9010. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input image ' 'Input image' i
  9011. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output image' 'output image' o
  9012. -l 1 0 1 1 0 50x1+2+5 +0+0 0 'Edit dangerous fields' 'No' 'Yes' 'edit dangerous fields' danger
  9013. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'execute operation' xterm -e vheaded
  9014. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vheaded' KHOROS_HOME/doc/manpages/vheaded.1
  9015. -E
  9016. -P 1 0 80x38+22+2 +17+0 'View an ASCII File' xvviewer
  9017. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Filename' 'filename to view' i
  9018. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation ' xvviewer
  9019. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for xvviewer' KHOROS_HOME/doc/manpages/xvviewer.1
  9020. -E
  9021. -E
  9022. -M 1 0 100x40+10+20 +31+1 'File Information' info
  9023. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  9024. -g 1 0 18x1+1+1 'VIFF Information'
  9025. -g 1 0 18x1+1+2 'Image (2D) Stats'
  9026. -g 1 0 18x1+1+3 'Signal (1D) Stats'
  9027. -g 1 0 18x1+1+4 '1D Peak Detector'
  9028. -g 1 1 18x1+1+6 'Extract VIFF Data'
  9029. -g 1 0 18x1+1+8 'Print Data'
  9030. -g 1 0 18x1+1+9 'Print Map Data'
  9031. -g 1 0 18x1+1+11 'Edit VIFF Comment'
  9032. -g 1 0 18x1+1+12 'Edit VIFF Header'
  9033. -g 1 0 18x1+1+14 'ASCII File Viewer'
  9034. -H 1  18x2+1+16 'HELP' 'guide help' KHOROS_HOME/doc/cantata/subforms/info/help
  9035. -Q 1 0 18x2+1+18 'QUIT'
  9036. -E
  9037. -P 1 0 80x38+22+2 +8+0 'Information about a VIFF Image File' vfileinfo
  9038. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' i
  9039. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f
  9040. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation ' vfileinfo
  9041. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vfileinfo' KHOROS_HOME/doc/manpages/vfileinfo.1
  9042. -E
  9043. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Compute Statistics on VIFF File (2-D)' vstats
  9044. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+1 +0+0 ' ' 'Input Image        ' 'input image' i
  9045. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Masking Image   ' 'statistics operation masking image' m
  9046. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f
  9047. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'VIFF Output File' 'VIFF format output file' o
  9048. -b +3+5 'Select statistics for VIFF output file:  '
  9049. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+6 +0+0 1 'Save ALL statistics ' 'False' 'True' 'if yes, all stats saved' all
  9050. -b +3+7 'OR Save (selected):'
  9051. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+8 +0+0 0 'mean                ' 'False' 'True' 'if yes, mean is a band of output' mu
  9052. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+9 +0+0 0 'variance            ' 'False' 'True' 'if yes, variance is a band of output' var
  9053. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+10 +0+0 0 'standard deviation  ' 'False' 'True' 'if yes, std deviation is a band of output' sd
  9054. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+11 +0+0 0 'rms                 ' 'False' 'True' 'if yes, rms is a band of output' rms
  9055. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+12 +0+0 0 'maximum value       ' 'False' 'True' 'if yes, maximum value is a band of output' vmax
  9056. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+13 +0+0 0 'x coord of max value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of max value is a band of output' xmax
  9057. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+14 +0+0 0 'y coord of max value' 'False' 'True' 'if yes, y coord of max value is a band of output' ymax
  9058. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+15 +0+0 0 'minimum value       ' 'False' 'True' 'if yes, minimum value is a band of output' vmin
  9059. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+16 +0+0 0 'x coord of min value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of min value is a band of output' xmin
  9060. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+17 +0+0 0 'y coord of min value' 'False' 'True' 'if yes, y coord of min value is a band of output' ymin
  9061. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+18 +0+0 0 'integral            ' 'False' 'True' 'if yes, integral value is a band of output' in
  9062. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+19 +0+0 0 'pos part of integral' 'False' 'True' 'if yes, pos part of integral is a band of output' pin
  9063. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+20 +0+0 0 'neg part of integral' 'False' 'True' 'if yes, neg part of integral is a band of output' nin
  9064. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+21 +0+0 0 'num contributing pts' 'False' 'True' 'if yes, num contributing pts is a band of output' pts
  9065. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+22 +0+0 0 'num positive points ' 'False' 'True' 'if yes, num positive pts is a band of output' ppts
  9066. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+23 +0+0 0 'num negative points ' 'False' 'True' 'if yes, num negative pts is a band of output' npts
  9067. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+24 +0+0 0 'skewness            ' 'False' 'True' 'if yes, skewness is a band of output' sk
  9068. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+25 +0+0 0 'kurtosis            ' 'False' 'True' 'if yes, kurtosis is a band of output' kur
  9069. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+26 +0+0 0 'entropy             ' 'False' 'True' 'if yes, entropy is a band of output' ent
  9070. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+27 +0+0 0 'contrast            ' 'False' 'True' 'if yes, contrast is a band of output' con
  9071. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+29 +0+0 1 'Compute Each Data Band Separately?' 'No ' 'Yes' 'if yes, Compute each data band statistics separately' b
  9072. -R 1 0 1 13x2+1+31 'Execute' 'do operation ' vstats
  9073. -H 1  13x2+39+31 'Help' 'man page for vstats' KHOROS_HOME/doc/manpages/vstats.1
  9074. -E
  9075. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Compute Statistics on VIFF File (1-D)' dstats
  9076. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+1 +0+0 ' ' 'Input VIFF File     ' 'input file' i
  9077. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Masking File     ' 'statistics operation masking file' m
  9078. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output ASCII File' 'output ASCII file' f
  9079. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'VIFF Output File ' 'VIFF format output file' o
  9080. -b +3+5 'Select Statistics for VIFF Output File:  '
  9081. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+6 +0+0 1 'Save ALL statistics ' 'False' 'True' 'if yes, all stats saved' all
  9082. -b +3+7 'OR Save (selected):'
  9083. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+8 +0+0 0 'mean                ' 'False' 'True' 'if yes, mean is a band of output' mu
  9084. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+9 +0+0 0 'variance            ' 'False' 'True' 'if yes, variance is a band of output' var
  9085. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+10 +0+0 0 'standard deviation  ' 'False' 'True' 'if yes, std deviation is a band of output' sd
  9086. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+11 +0+0 0 'rms                 ' 'False' 'True' 'if yes, rms is a band of output' rms
  9087. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+12 +0+0 0 'maximum value       ' 'False' 'True' 'if yes, maximum value is a band of output' vmax
  9088. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+13 +0+0 0 'x coord of max value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of max value is a band of output' xmax
  9089. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+14 +0+0 0 'minimum value       ' 'False' 'True' 'if yes, minimum value is a band of output' vmin
  9090. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+15 +0+0 0 'x coord of min value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of min value is a band of output' xmin
  9091. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+16 +0+0 0 'integral            ' 'False' 'True' 'if yes, integral value is a band of output' in
  9092. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+17 +0+0 0 'pos part of integral' 'False' 'True' 'if yes, pos part of integral is a band of output' pin
  9093. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+18 +0+0 0 'neg part of integral' 'False' 'True' 'if yes, neg part of integral is a band of output' nin
  9094. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+19 +0+0 0 'num contributing pts' 'False' 'True' 'if yes, num contributing pts is a band of output' pts
  9095. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+20 +0+0 0 'num positive points ' 'False' 'True' 'if yes, num positive pts is a band of output' ppts
  9096. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+21 +0+0 0 'num negative points ' 'False' 'True' 'if yes, num negative pts is a band of output' npts
  9097. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+22 +0+0 0 'skewness            ' 'False' 'True' 'if yes, skewness is a band of output' sk
  9098. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+23 +0+0 0 'kurtosis            ' 'False' 'True' 'if yes, kurtosis is a band of output' kur
  9099. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+24 +0+0 0 'entropy             ' 'False' 'True' 'if yes, entropy is a band of output' ent
  9100. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+25 +0+0 0 'contrast            ' 'False' 'True' 'if yes, contrast is a band of output' con
  9101. -T 1 0 1 1 0 40x1+2+27 +0+0 1 'Data Processing Option (select one):' 'process dir. (0=down vectors, 1=across bands, 2=entire file)' d
  9102. -i 1 0 1 1 0 10x1+3+1 +0+0 0 2 1 'Across Bands' 'Process by Bands' d
  9103. -i 1 0 1 0 0 10x1+3+2 +0+0 0 2 0 'Down Vectors' 'direction of processing (1 = across bands, 0 = down vectors)' d
  9104. -i 1 0 1 0 0 10x1+3+3 +0+0 0 2 2 'Calculate One Stat Set for Entire File' 'Process by Bands' d
  9105. -E
  9106. -R 1 0 1 13x2+1+31 'Execute' 'do operation ' dstats
  9107. -H 1  13x2+39+31 'Help' 'man page for dstats' KHOROS_HOME/doc/manpages/dstats.1
  9108. -E
  9109. -P 1 0 80x40+22+2 +13+0 'Find Peaks or Troughs in Data' dpeakpick
  9110. -I 1 0 0 1 0 1 51x1+1+2 +0+0 ' ' 'Input File          ' 'input file' i ' '
  9111. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f ' '
  9112. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'VIFF Output File' 'VIFF format output file' o ' '
  9113. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+6 +0+0 1    'find peaks or troughs:' 'Troughs' 'Peaks' 'if true, find peaks ' p
  9114. -b +1+8 'Specify Number of Peaks or Troughs to Detect (N):'
  9115. -C 0
  9116. -l 1 0 1 1 0 40x1+4+9 +0+0 1     'Find All               ' 'False' 'True' 'Find all peaks or troughs' all
  9117. -i 1 0 1 0 0 42x1+4+10 +0+0 2 2 1 'Specify Number of Peaks' 'Number of peaks or troughs to find ' n
  9118. -E
  9119. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+12 +0+0 1    'Find ' 'max/min' 'first' 'if FALSE find first n, and if TRUE find max/min n, peaks or troughs' m
  9120. -b +22+12 'N peaks/troughs in sequence.'
  9121. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+13 +0+0 0    'Include Endpoints for P/T Designation' 'False' 'True' 'If TRUE, endpoints will be considered for peak designation' e
  9122. -i 1 0 1 1 0 42x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Window Size              ' 'Num steps on both sides of point on which to base peak decision' w
  9123. -f 1 0 1 0 0 42x1+2+16 +0+0 1 1 0 'Min Height to Width Ratio' 'min that abs value of average slope over window can be' hwr
  9124. -l 1 0 1 1 0 40x1+2+18 +0+0 1 'Data Processing Direction' 'Down Vectors' 'Across Bands' 'data processing direction (0 = down vectors, 1 = across bands)' d 1
  9125. -R 1 0 1 13x2+1+20 'Execute' 'do operation ' dpeakpick
  9126. -H 1   13x2+39+20 'Help' 'man page for dpeakpick' ~KHOROS_HOME/doc/manpages/dpeakpick.1
  9127. -E
  9128. -P 1 1 80x38+22+2 +6+0 'Extract Data for PARSER from a VIFF File' varviff
  9129. -b +0+1 'Connection Filenames:'
  9130. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File' 'input file' i1 '/users4/bigtmp/vstatVAAa01257' '/users4/bigtmp/vstatVAAa01257'
  9131. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Gating VIFF File' 'input file that is passed to output unmodified (used to gate operation)' i2 '/users4/bigtmp/varviDBAa02396' '/users4/bigtmp/varviDBAa02396'
  9132. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Optional Output File' 'connecting file' o '/users4/bigtmp/varviEBAa02396' '/users4/bigtmp/varviEBAa02396'
  9133. -b +0+6 'Location of Data in VIFF Structure:'
  9134. -i 1 0 0 1 1 30x1+2+7 +0+0 0 0 0 'X location ' 'x location' x
  9135. -i 1 0 0 1 1 30x1+2+8 +0+0 0 0 0 'Y location ' 'y location' y
  9136. -i 1 1 0 1 1 30x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Band number' 'band number' b 1 '1'
  9137. -s 1 1 0 1 1 47x1+0+11 +0+0 ' ' 'Data Variable Name:' 'variable' v 'MinVal' 'MinVal'
  9138. -R 1 0 4 13x2+1+13 'Execute' 'Execute operation' varviff
  9139. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'Man page for varviff' KHOROS_HOME/doc/manpages/varviff.1
  9140. -E
  9141. -P 1 0 80x38+22+2 +4+0 'Print (Image or Plot) Data to the Screen File' vprdata
  9142. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' i
  9143. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Output ASCII File' 'output ASCII file' f
  9144. -l 1 0 1 1 0 50x1+2+7 +0+0 1 'Print Data Format:' 'Column Form' 'Matrix Form' 'if yes (default) print data as matrix, if no then column' m
  9145. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' vprdata
  9146. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vprdata' KHOROS_HOME/doc/manpages/vprdata.1
  9147. -E
  9148. -P 1 0 80x38+22+2 +15+0 'Print the Colormap Values' vprmap
  9149. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image  ' 'input image filename' i
  9150. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f
  9151. -l 1 0 1 1 0 50x1+2+7 +0+0 1 'Print Values Format:' 'Column Form' 'Matrix Form' 'default: print data as matrix' m
  9152. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation ' vprmap
  9153. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vprmap' KHOROS_HOME/doc/manpages/vprmap.1
  9154. -E
  9155. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Change the Comment Field on a VIFF Image File' vcomment
  9156. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'input image' i
  9157. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' xterm -e vcomment
  9158. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vcomment' KHOROS_HOME/doc/manpages/vcomment.1
  9159. -E
  9160. -P 1 0 80x38+22+2 +17+0 'Edit VIFF Header' vheaded
  9161. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input image ' 'Input image' i
  9162. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output image' 'output image' o
  9163. -l 1 0 1 1 0 50x1+2+5 +0+0 0 'Edit dangerous fields' 'No' 'Yes' 'edit dangerous fields' danger
  9164. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'execute operation' xterm -e vheaded
  9165. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vheaded' KHOROS_HOME/doc/manpages/vheaded.1
  9166. -E
  9167. -P 1 0 80x38+22+2 +17+0 'View an ASCII File' xvviewer
  9168. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Filename' 'filename to view' i
  9169. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation ' xvviewer
  9170. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for xvviewer' KHOROS_HOME/doc/manpages/xvviewer.1
  9171. -E
  9172. -E
  9173. -E
  9174. #  BeginVariables
  9175.  
  9176.  
  9177. #
  9178. # list of currently declared variables
  9179. #
  9180.  
  9181. # Simple expression 'maxval'
  9182. maxval = 1
  9183.  
  9184. # Simple expression 'minval'
  9185. minval = 0
  9186.  
  9187. # Dependant expression 'MinPeakHeightAddp'
  9188. # current evaluated value = 102
  9189.   MinPeakHeightAddp = floor((MinPeakHeightFactorAddp*(SectorFactor/Range)))
  9190.  
  9191. # Simple expression 'MinPeakHeightFactorAddp'
  9192. MinPeakHeightFactorAddp = 0.4
  9193.  
  9194. # Simple expression 'MinVal'
  9195. MinVal = 0
  9196.  
  9197. # Simple expression 'MaxVal'
  9198. MaxVal = 1
  9199.  
  9200. # Simple expression 'RSector'
  9201. RSector = 16
  9202.  
  9203. # Simple expression 'CSector'
  9204. CSector = 16
  9205.  
  9206. # Dependant expression 'SectorFactor'
  9207. # current evaluated value = 256
  9208.   SectorFactor = (RSector*CSector)
  9209.  
  9210. # Dependant expression 'MinPeakHeight'
  9211. # current evaluated value = 256
  9212.   MinPeakHeight = floor((MinPeakHeightFactor*(SectorFactor/Range)))
  9213.  
  9214. # Simple expression 'MinPeakHeightFactor'
  9215. MinPeakHeightFactor = 1
  9216.  
  9217. # Dependant expression 'MinPeakDistanceAddp'
  9218. # current evaluated value = 0
  9219.   MinPeakDistanceAddp = floor((Range*(MinPeakDistanceRelativeAddp/100)))
  9220.  
  9221. # Simple expression 'MinPeakDistanceRelativeAddp'
  9222. MinPeakDistanceRelativeAddp = 7
  9223.  
  9224. # Dependant expression 'Range'
  9225. # current evaluated value = 1
  9226.   Range = abs((MaxVal-MinVal))
  9227.  
  9228. # Dependant expression 'MinPeakDistance'
  9229. # current evaluated value = 0
  9230.   MinPeakDistance = floor((Range*(MinPeakDistanceRelative/100)))
  9231.  
  9232. # Simple expression 'MinPeakDistanceRelative'
  9233. MinPeakDistanceRelative = 15
  9234.  
  9235. # Simple expression 'StrongMergeThreshold'
  9236. StrongMergeThreshold = 1.7
  9237.  
  9238. # Simple expression 'WeakMergeThreshold'
  9239. WeakMergeThreshold = 0.6
  9240.  
  9241. # Simple expression 'RemergeTheta'
  9242. RemergeTheta = 2.5
  9243.  
  9244. # Simple expression 'EnhancementAlgorithm'
  9245. EnhancementAlgorithm = 1
  9246.  
  9247. # Simple expression 'WeymouthIterations'
  9248. WeymouthIterations = 5
  9249.  
  9250. # Simple expression 'NagaoIterations'
  9251. NagaoIterations = 1
  9252.  
  9253. # Simple expression 'ScalingMaxval'
  9254. ScalingMaxval = 89
  9255.  
  9256. # Simple expression 'PeakAdditionIterations'
  9257. PeakAdditionIterations = 2
  9258.  
  9259. # Simple expression 'MinPeakValleyRatio'
  9260. MinPeakValleyRatio = 3
  9261.  
  9262. # Simple expression 'MinPeakValleyRatioAddp'
  9263. MinPeakValleyRatioAddp = 1
  9264.  
  9265. # Simple expression 'NormalMergeThreshold'
  9266. NormalMergeThreshold = 1.1
  9267.  
  9268.  
  9269. #  EndVariables
  9270. #  BeginEnvironment
  9271. #    Grid 1
  9272. #    GridSize 20
  9273. #    SmallGlyph 0
  9274. #    RubberBand 0
  9275. #    ParallelExec 1
  9276. #    Viewport 1
  9277. #    AttachCanvas 1
  9278. #    ShowDav 0
  9279. #    ShowModified 0
  9280. #    EchoRoutine 1
  9281. #    LeaveGlyph 0
  9282. #    DemandDriven 0
  9283. #    ShowClipboard 0
  9284. #    InheritAttributes 1
  9285. #    GlobalVariables 1
  9286. #    AutoPlacement 1
  9287. #    GlyphPlacement 0
  9288. #    RemoteExec 0
  9289. #  EndEnvironment
  9290. # 'genmu' 2 1 'genmu18_glyph' 620+120
  9291. # 'nknormalize' 2 1 'nknormalize19_glyph' 220+280
  9292. # 'showedges' 2 1 'showedges20_glyph' 1040+120
  9293. # 'remerge' 2 1 'remerge21_glyph' 940+120
  9294. # 'regsupp' 2 1 'regsupp22_glyph' 820+120
  9295. # 'reglab' 2 1 'reglab23_glyph' 720+120
  9296. # 'weymouth' 2 1 'weymouth24_glyph' 300+0
  9297. # 'vstats' 2 1 'vstats25_glyph' 320+200
  9298. # 'merge' 4 1 'merge2_control' 0+80
  9299. # 'remerge' 2 1 'remerge26_glyph' 940+360
  9300. # 'remerge' 2 1 'remerge27_glyph' 940+240
  9301. # 'showedges' 2 1 'showedges28_glyph' 1040+360
  9302. # 'showedges' 2 1 'showedges29_glyph' 1040+240
  9303. # 'READ 1st' 6 1 'READ 1st3_comment' 0+0
  9304. # 'if_else' 4 1 'if_else3_control' 140+80
  9305. # 'nagao' 2 1 'nagao30_glyph' 300+100
  9306. # 'merge' 4 1 'merge4_control' 400+0
  9307. # 'VeryHigh' 6 1 'VeryHigh4_comment' 0+180
  9308. # 'High' 6 1 'High5_comment' 60+180
  9309. # 'Medium' 6 1 'Medium6_comment' 120+180
  9310. # 'Low' 6 1 'Low7_comment' 180+180
  9311. # 'VeryLow' 6 1 'VeryLow8_comment' 240+180
  9312. # 'base def' 6 1 'base def9_comment' 60+0
  9313. # 'varviff' 2 1 'varviff31_glyph' 420+140
  9314. # 'varviff' 2 1 'varviff32_glyph' 520+120
  9315. # EndWorkspace
  9316. # 'viff2llvs' 2 1 'viff2llvs33_glyph' 640+140
  9317. # 'viff2llvs' 2 1 'viff2llvs34_glyph' 640+340
  9318. # 'viff2llvs' 2 1 'viff2llvs35_glyph' 640+240
  9319. # 'NKColorDynRM' 3 1 'NKColorDynRM3_procedure' 400+380
  9320. # BeginWorkspace
  9321. -F 4.2 1 1 0x0+0+0 +0+0 'Dummy Form' not_used
  9322. -S 1 0
  9323. -d 1 0 9x2+2+2 'Subform 1'
  9324. -d 1 0 9x2+22+2 'Subform 2'
  9325. -d 1 0 9x2+2+2 'Subform 3'
  9326. -d 1 0 9x2+4+2 'Subform 4'
  9327. -d 1 0 9x2+6+2 'Subform 5'
  9328. -d 1 0 9x2+8+2 'Subform 6'
  9329. -d 1 0 9x2+10+2 'Subform 7'
  9330. -d 1 0 9x2+14+2 'Subform 9'
  9331. -d 1 0 9x2+14+2 'Subform 11'
  9332. -d 1 0 9x2+16+2 'Subform 12'
  9333. -E
  9334. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Standard Control Structures' control
  9335. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  9336. -g 1 0 18x1+1+2 'Count-Loop'
  9337. -g 1 0 18x1+1+3 'While-Loop'
  9338. -g 1 0 18x1+1+5 'If-Then-Else'
  9339. -g 1 1 18x1+1+6 'Merge'
  9340. -H 1  18x2+1+11 'HELP' 'guide help' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/help/Overview
  9341. -Q 1 0 18x2+1+13 'QUIT'
  9342. -E
  9343. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'Counting-Loop Control Structure' count_loop
  9344. -b +0+1 'Counting-Loop Parameters:'
  9345. -s 1 0 0 1 0 40x1+1+2 +0+0 ' ' 'Loop Control Variable' 'loop control variable' lcv
  9346. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+3 +0+0 0 0 1 'Initial Value     ' 'initial value' init
  9347. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+4 +0+0 0 0 1 'Increment Value   ' 'increment value' incr
  9348. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+5 +0+0 0 0 1 'Final Value       ' 'test value' test
  9349. -b +0+6 'Control Path Connections:'
  9350. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+7 +0+0 ' ' 'Initial input' 'Initial input file' i_in
  9351. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +0+0 ' ' '   Loop input ' 'Loop input file' i_lp
  9352. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Exit output' 'Exit output file' o_ex
  9353. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+10 +0+0 ' ' '   Loop output' 'Loop output file' o_lp
  9354. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for count_loop' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/count_loop/help
  9355. -E
  9356. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'While-Loop Control Structure' while_loop
  9357. -b +0+1 'While-Loop Parameters:'
  9358. -i 1 0 1 0 0 50x1+1+2 +0+0 0 0 1 'Initial Expression' 'Initial expression' init
  9359. -i 1 0 1 0 0 50x1+1+3 +0+0 0 0 1 'Update Expression ' 'Update expression' update
  9360. -i 1 0 0 1 0 50x1+1+4 +0+0 0 0 1 '   Test Condition    ' 'Test condition' test
  9361. -b +0+6 'Control Path Connections:'
  9362. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+7 +0+0 ' ' 'Initial input' 'Initial input file' i_in
  9363. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +0+0 ' ' '   Loop input ' 'Loop input file' i_lp
  9364. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Exit output' 'Exit output file' o_ex
  9365. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+10 +0+0 ' ' '   Loop output' 'Loop output file' o_lp
  9366. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for while_loop' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/while_loop/help
  9367. -E
  9368. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'If-Then-Else Control Structure' if_else
  9369. -i 1 0 0 1 0 50x1+1+2 +0+0 0 0 1 'If Conditional Expression' 'Boolean expression' cond
  9370. -b +0+4 'Control Path Connections:'
  9371. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+5 +3+0 ' ' 'Input ' 'input_file' i
  9372. -b +1+6 'Then (TRUE)'
  9373. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+7 +3+0 ' ' 'Output' 'TRUE output file' o1
  9374. -b +1+8 'Else (FALSE)'
  9375. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Output' 'FALSE output file' o2
  9376. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for if_then_else' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/if_else/help
  9377. -E
  9378. -P 1 1 80x38+22+2 +18+0 'Merge Structure' merge
  9379. -b +1+2 'Control Path Connections:'
  9380. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+4 +3+0 ' ' 'Input 1' 'input file 1' i1 '/users4/bigtmp/intenAAAa02396' '/users4/bigtmp/intenAAAa02396'
  9381. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+6 +0+0 ' ' 'Input 2' 'input file 2' i2 ' ' ' '
  9382. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +3+0 ' ' 'Output ' 'output file' o '/users4/bigtmp/mergePCAa02396' '/users4/bigtmp/mergePCAa02396'
  9383. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for merge' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/merge/help
  9384. -E
  9385. -E
  9386. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Standard Control Structures' control
  9387. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  9388. -g 1 0 18x1+1+2 'Count-Loop'
  9389. -g 1 0 18x1+1+3 'While-Loop'
  9390. -g 1 0 18x1+1+5 'If-Then-Else'
  9391. -g 1 1 18x1+1+6 'Merge'
  9392. -H 1  18x2+1+11 'HELP' 'guide help' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/help/Overview
  9393. -Q 1 0 18x2+1+13 'QUIT'
  9394. -E
  9395. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'Counting-Loop Control Structure' count_loop
  9396. -b +0+1 'Counting-Loop Parameters:'
  9397. -s 1 0 0 1 0 40x1+1+2 +0+0 ' ' 'Loop Control Variable' 'loop control variable' lcv
  9398. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+3 +0+0 0 0 1 'Initial Value     ' 'initial value' init
  9399. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+4 +0+0 0 0 1 'Increment Value   ' 'increment value' incr
  9400. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+5 +0+0 0 0 1 'Final Value       ' 'test value' test
  9401. -b +0+6 'Control Path Connections:'
  9402. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+7 +0+0 ' ' 'Initial input' 'Initial input file' i_in
  9403. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +0+0 ' ' '   Loop input ' 'Loop input file' i_lp
  9404. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Exit output' 'Exit output file' o_ex
  9405. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+10 +0+0 ' ' '   Loop output' 'Loop output file' o_lp
  9406. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for count_loop' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/count_loop/help
  9407. -E
  9408. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'While-Loop Control Structure' while_loop
  9409. -b +0+1 'While-Loop Parameters:'
  9410. -i 1 0 1 0 0 50x1+1+2 +0+0 0 0 1 'Initial Expression' 'Initial expression' init
  9411. -i 1 0 1 0 0 50x1+1+3 +0+0 0 0 1 'Update Expression ' 'Update expression' update
  9412. -i 1 0 0 1 0 50x1+1+4 +0+0 0 0 1 '   Test Condition    ' 'Test condition' test
  9413. -b +0+6 'Control Path Connections:'
  9414. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+7 +0+0 ' ' 'Initial input' 'Initial input file' i_in
  9415. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +0+0 ' ' '   Loop input ' 'Loop input file' i_lp
  9416. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Exit output' 'Exit output file' o_ex
  9417. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+10 +0+0 ' ' '   Loop output' 'Loop output file' o_lp
  9418. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for while_loop' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/while_loop/help
  9419. -E
  9420. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'If-Then-Else Control Structure' if_else
  9421. -i 1 0 0 1 0 50x1+1+2 +0+0 0 0 1 'If Conditional Expression' 'Boolean expression' cond
  9422. -b +0+4 'Control Path Connections:'
  9423. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+5 +3+0 ' ' 'Input ' 'input_file' i
  9424. -b +1+6 'Then (TRUE)'
  9425. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+7 +3+0 ' ' 'Output' 'TRUE output file' o1
  9426. -b +1+8 'Else (FALSE)'
  9427. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Output' 'FALSE output file' o2
  9428. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for if_then_else' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/if_else/help
  9429. -E
  9430. -P 1 1 80x38+22+2 +18+0 'Merge Structure' merge
  9431. -b +1+2 'Control Path Connections:'
  9432. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+4 +3+0 ' ' 'Input 1' 'input file 1' i1 '/users4/bigtmp/llvs2DAAa02396' '/users4/bigtmp/llvs2DAAa02396'
  9433. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+6 +0+0 ' ' 'Input 2' 'input file 2' i2 ' ' ' '
  9434. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +3+0 ' ' 'Output ' 'output file' o '/users4/bigtmp/mergeQCAa02396' '/users4/bigtmp/mergeQCAa02396'
  9435. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for merge' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/merge/help
  9436. -E
  9437. -E
  9438. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Standard Control Structures' control
  9439. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  9440. -g 1 0 18x1+1+2 'Count-Loop'
  9441. -g 1 0 18x1+1+3 'While-Loop'
  9442. -g 1 0 18x1+1+5 'If-Then-Else'
  9443. -g 1 1 18x1+1+6 'Merge'
  9444. -H 1  18x2+1+11 'HELP' 'guide help' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/help/Overview
  9445. -Q 1 0 18x2+1+13 'QUIT'
  9446. -E
  9447. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'Counting-Loop Control Structure' count_loop
  9448. -b +0+1 'Counting-Loop Parameters:'
  9449. -s 1 0 0 1 0 40x1+1+2 +0+0 ' ' 'Loop Control Variable' 'loop control variable' lcv
  9450. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+3 +0+0 0 0 1 'Initial Value     ' 'initial value' init
  9451. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+4 +0+0 0 0 1 'Increment Value   ' 'increment value' incr
  9452. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+5 +0+0 0 0 1 'Final Value       ' 'test value' test
  9453. -b +0+6 'Control Path Connections:'
  9454. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+7 +0+0 ' ' 'Initial input' 'Initial input file' i_in
  9455. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +0+0 ' ' '   Loop input ' 'Loop input file' i_lp
  9456. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Exit output' 'Exit output file' o_ex
  9457. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+10 +0+0 ' ' '   Loop output' 'Loop output file' o_lp
  9458. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for count_loop' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/count_loop/help
  9459. -E
  9460. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'While-Loop Control Structure' while_loop
  9461. -b +0+1 'While-Loop Parameters:'
  9462. -i 1 0 1 0 0 50x1+1+2 +0+0 0 0 1 'Initial Expression' 'Initial expression' init
  9463. -i 1 0 1 0 0 50x1+1+3 +0+0 0 0 1 'Update Expression ' 'Update expression' update
  9464. -i 1 0 0 1 0 50x1+1+4 +0+0 0 0 1 '   Test Condition    ' 'Test condition' test
  9465. -b +0+6 'Control Path Connections:'
  9466. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+7 +0+0 ' ' 'Initial input' 'Initial input file' i_in
  9467. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +0+0 ' ' '   Loop input ' 'Loop input file' i_lp
  9468. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Exit output' 'Exit output file' o_ex
  9469. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+10 +0+0 ' ' '   Loop output' 'Loop output file' o_lp
  9470. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for while_loop' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/while_loop/help
  9471. -E
  9472. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'If-Then-Else Control Structure' if_else
  9473. -i 1 0 0 1 0 50x1+1+2 +0+0 0 0 1 'If Conditional Expression' 'Boolean expression' cond
  9474. -b +0+4 'Control Path Connections:'
  9475. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+5 +3+0 ' ' 'Input ' 'input_file' i
  9476. -b +1+6 'Then (TRUE)'
  9477. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+7 +3+0 ' ' 'Output' 'TRUE output file' o1
  9478. -b +1+8 'Else (FALSE)'
  9479. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Output' 'FALSE output file' o2
  9480. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for if_then_else' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/if_else/help
  9481. -E
  9482. -P 1 1 80x38+22+2 +18+0 'Merge Structure' merge
  9483. -b +1+2 'Control Path Connections:'
  9484. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+4 +3+0 ' ' 'Input 1' 'input file 1' i1 '/users4/bigtmp/llvs2EAAa02396' '/users4/bigtmp/llvs2EAAa02396'
  9485. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+6 +0+0 ' ' 'Input 2' 'input file 2' i2 ' ' ' '
  9486. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +3+0 ' ' 'Output ' 'output file' o '/users4/bigtmp/mergeRCAa02396' '/users4/bigtmp/mergeRCAa02396'
  9487. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for merge' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/merge/help
  9488. -E
  9489. -E
  9490. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Standard Control Structures' control
  9491. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  9492. -g 1 0 18x1+1+2 'Count-Loop'
  9493. -g 1 0 18x1+1+3 'While-Loop'
  9494. -g 1 0 18x1+1+5 'If-Then-Else'
  9495. -g 1 1 18x1+1+6 'Merge'
  9496. -H 1  18x2+1+11 'HELP' 'guide help' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/help/Overview
  9497. -Q 1 0 18x2+1+13 'QUIT'
  9498. -E
  9499. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'Counting-Loop Control Structure' count_loop
  9500. -b +0+1 'Counting-Loop Parameters:'
  9501. -s 1 0 0 1 0 40x1+1+2 +0+0 ' ' 'Loop Control Variable' 'loop control variable' lcv
  9502. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+3 +0+0 0 0 1 'Initial Value     ' 'initial value' init
  9503. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+4 +0+0 0 0 1 'Increment Value   ' 'increment value' incr
  9504. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+5 +0+0 0 0 1 'Final Value       ' 'test value' test
  9505. -b +0+6 'Control Path Connections:'
  9506. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+7 +0+0 ' ' 'Initial input' 'Initial input file' i_in
  9507. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +0+0 ' ' '   Loop input ' 'Loop input file' i_lp
  9508. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Exit output' 'Exit output file' o_ex
  9509. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+10 +0+0 ' ' '   Loop output' 'Loop output file' o_lp
  9510. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for count_loop' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/count_loop/help
  9511. -E
  9512. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'While-Loop Control Structure' while_loop
  9513. -b +0+1 'While-Loop Parameters:'
  9514. -i 1 0 1 0 0 50x1+1+2 +0+0 0 0 1 'Initial Expression' 'Initial expression' init
  9515. -i 1 0 1 0 0 50x1+1+3 +0+0 0 0 1 'Update Expression ' 'Update expression' update
  9516. -i 1 0 0 1 0 50x1+1+4 +0+0 0 0 1 '   Test Condition    ' 'Test condition' test
  9517. -b +0+6 'Control Path Connections:'
  9518. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+7 +0+0 ' ' 'Initial input' 'Initial input file' i_in
  9519. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +0+0 ' ' '   Loop input ' 'Loop input file' i_lp
  9520. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Exit output' 'Exit output file' o_ex
  9521. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+10 +0+0 ' ' '   Loop output' 'Loop output file' o_lp
  9522. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for while_loop' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/while_loop/help
  9523. -E
  9524. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'If-Then-Else Control Structure' if_else
  9525. -i 1 0 0 1 0 50x1+1+2 +0+0 0 0 1 'If Conditional Expression' 'Boolean expression' cond
  9526. -b +0+4 'Control Path Connections:'
  9527. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+5 +3+0 ' ' 'Input ' 'input_file' i
  9528. -b +1+6 'Then (TRUE)'
  9529. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+7 +3+0 ' ' 'Output' 'TRUE output file' o1
  9530. -b +1+8 'Else (FALSE)'
  9531. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Output' 'FALSE output file' o2
  9532. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for if_then_else' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/if_else/help
  9533. -E
  9534. -P 1 1 80x38+22+2 +18+0 'Merge Structure' merge
  9535. -b +1+2 'Control Path Connections:'
  9536. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+4 +3+0 ' ' 'Input 1' 'input file 1' i1 '/users4/bigtmp/llvs2CAAa02396' '/users4/bigtmp/llvs2CAAa02396'
  9537. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+6 +0+0 ' ' 'Input 2' 'input file 2' i2 ' ' ' '
  9538. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +3+0 ' ' 'Output ' 'output file' o '/users4/bigtmp/mergeSCAa02396' '/users4/bigtmp/mergeSCAa02396'
  9539. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for merge' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/merge/help
  9540. -E
  9541. -E
  9542. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  9543. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  9544. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  9545. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  9546. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  9547. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  9548. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  9549. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  9550. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  9551. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  9552. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  9553. -g 1 0 18x1+1+13 'ReMerge'
  9554. -g 1 0 18x1+1+13 'RegLab'
  9555. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  9556. -g 1 1 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  9557. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  9558. -g 1 0 18x1+1+18 'Dynamic Remerge'
  9559. -g 1 0 18x1+1+19 'One By Two'
  9560. -g 1 0 18x1+1+20 'Threshold Edges'
  9561. -g 1 0 18x1+1+21 'Region Label Edges'
  9562. -g 1 0 18x1+1+23 'ShowEdges'
  9563. -g 1 0 18x1+1+24 'ShowLines'
  9564. -g 1 0 18x1+1+26 'intensity'
  9565. -g 1 0 18x1+1+28 'VisImages'
  9566. -H 1  18x2+1+30 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  9567. -Q 1 0 18x2+1+32 'QUIT'
  9568. -E
  9569. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  9570. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  9571. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  9572. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  9573. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  9574. -E
  9575. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  9576. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  9577. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  9578. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  9579. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  9580. -E
  9581. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  9582. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  9583. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  9584. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  9585. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  9586. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  9587. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  9588. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  9589. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  9590. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  9591. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  9592. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  9593. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  9594. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  9595. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  9596. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  9597. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  9598. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  9599. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  9600. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  9601. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  9602. -E
  9603. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  9604. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  9605. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  9606. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  9607. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  9608. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  9609. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  9610. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  9611. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  9612. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  9613. -E
  9614. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  9615. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  9616. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  9617. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  9618. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  9619. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  9620. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  9621. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  9622. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  9623. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  9624. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  9625. -E
  9626. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  9627. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  9628. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  9629. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  9630. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  9631. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  9632. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  9633. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  9634. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  9635. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  9636. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  9637. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  9638. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  9639. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  9640. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  9641. -E
  9642. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  9643. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  9644. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  9645. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  9646. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  9647. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  9648. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  9649. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  9650. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  9651. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  9652. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  9653. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  9654. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  9655. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  9656. -E
  9657. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  9658. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  9659. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  9660. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  9661. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  9662. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  9663. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  9664. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  9665. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  9666. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  9667. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  9668. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  9669. -E
  9670. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  9671. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  9672. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  9673. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  9674. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  9675. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  9676. -E
  9677. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  9678. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  9679. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  9680. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  9681. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  9682. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  9683. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  9684. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  9685. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  9686. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  9687. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  9688. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  9689. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  9690. -E
  9691. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  9692. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  9693. -E
  9694. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  9695. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  9696. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg
  9697. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector
  9698. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector
  9699. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  9700. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh
  9701. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta
  9702. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  9703. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  9704. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  9705. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  9706. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  9707. -E
  9708. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  9709. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  9710. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  9711. -E
  9712. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  9713. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg
  9714. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  9715. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  9716. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  9717. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  9718. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  9719. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  9720. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  9721. -E
  9722. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  9723. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  9724. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg
  9725. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  9726. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  9727. -E
  9728. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  9729. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  9730. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  9731. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  9732. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  9733. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  9734. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  9735. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  9736. -E
  9737. -P 1 1 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  9738. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1 '/users4/bigtmp/remerHBAa02396' '/users4/bigtmp/remerHBAa02396'
  9739. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2 '/users4/bigtmp/remerTBAa02396' '/users4/bigtmp/remerTBAa02396'
  9740. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3 '/users4/bigtmp/remerFCAa02396' '/users4/bigtmp/remerFCAa02396'
  9741. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg '/users4/bigtmp/threeTCAa02396' '/users4/bigtmp/threeTCAa02396'
  9742. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  9743. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  9744. -E
  9745. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  9746. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  9747. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  9748. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  9749. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  9750. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  9751. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  9752. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  9753. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  9754. -E
  9755. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  9756. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  9757. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  9758. -E
  9759. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Joey Griffith"s Dynamic Remerge' dyremerge
  9760. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+1 +0+0 ' ' 'Intensity Image' 'Intensity Image' intensity
  9761. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Red Image' 'Red Image' red
  9762. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Green Image' 'Green Image' green
  9763. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Blue Image' 'Blue Image' blue
  9764. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Label Image' 'resulting label image' labels
  9765. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 2 2 50 'Target Size' 'Target size' target
  9766. -f 1 0 0 1 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 1 'Threshold' 'Threshold' thresh
  9767. -R 1 0 1 13x2+1+12 'Execute' 'do operation' dyremerge
  9768. -H 1  13x2+39+12 'HELP' 'documentation for dyremerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/dyremerge
  9769. -E
  9770. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'One By Two Edge Detector' onebytwo
  9771. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' image
  9772. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Horizontal Output Image' 'Horizontal Output Image' horiz
  9773. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Vertical Output Image' 'Vertical Output Image' vert
  9774. -l 1 0 0 1 0 50x1+2+6 +0+0 1 'Absolute Value' 'False' 'True' 'Absolute Value' absolute
  9775. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' onebytwo
  9776. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for onebytwo' KHOROS_HOME/doc/cantata/subforms/UMass/onebytwo
  9777. -E
  9778. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Threshold Edges' threshedg
  9779. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Red Edge Image ' 'Red Edge Image ' red
  9780. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Green Edge Image ' 'Green Edge Image ' green
  9781. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Blue Edge Image ' 'Blue Edge Image ' blue
  9782. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Edge Image' 'Output Edge Image' edges
  9783. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 0 'Threshold' 'Threshold' thresh
  9784. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' threshedg
  9785. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for threshedg' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/threshedg
  9786. -E
  9787. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Create a region label plane from a pair of edge planes' reglabedg
  9788. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Horizontal Edge Image' 'Horizontal Edge Image' horiz
  9789. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Vertical Edge Image' 'Vertical Edge Image' vert
  9790. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Output Label Image' 'Output Label Image' labels
  9791. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 1 1 0 'Threshold' 'Edge threshold' thresh
  9792. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 0 'Unlabeled value' 'Unlabeled value' unlabeled
  9793. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Minimin Label' 'Minimum Label' minlabel
  9794. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 'Eraser' 'False' 'True' 'Eraser' eraser
  9795. -R 1 0 4 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' reglabedg
  9796. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for reglabedg' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/reglabedg
  9797. -E
  9798. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  9799. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  9800. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  9801. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  9802. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  9803. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  9804. -E
  9805. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  9806. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  9807. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  9808. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  9809. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  9810. -E
  9811. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  9812. -b +18+1 'Intensity from color'
  9813. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  9814. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  9815. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  9816. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  9817. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  9818. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  9819. -E
  9820. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  9821. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  9822. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  9823. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  9824. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  9825. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  9826. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  9827. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  9828. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  9829. -E
  9830. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  9831. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  9832. -E
  9833. -E
  9834. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  9835. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  9836. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  9837. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  9838. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  9839. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  9840. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  9841. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  9842. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  9843. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  9844. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  9845. -g 1 0 18x1+1+13 'ReMerge'
  9846. -g 1 1 18x1+1+13 'RegLab'
  9847. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  9848. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  9849. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  9850. -g 1 0 18x1+1+18 'Dynamic Remerge'
  9851. -g 1 0 18x1+1+19 'One By Two'
  9852. -g 1 0 18x1+1+20 'Threshold Edges'
  9853. -g 1 0 18x1+1+21 'Region Label Edges'
  9854. -g 1 0 18x1+1+23 'ShowEdges'
  9855. -g 1 0 18x1+1+24 'ShowLines'
  9856. -g 1 0 18x1+1+26 'intensity'
  9857. -g 1 0 18x1+1+28 'VisImages'
  9858. -H 1  18x2+1+30 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  9859. -Q 1 0 18x2+1+32 'QUIT'
  9860. -E
  9861. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  9862. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  9863. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  9864. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  9865. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  9866. -E
  9867. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  9868. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  9869. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  9870. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  9871. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  9872. -E
  9873. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  9874. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  9875. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  9876. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  9877. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  9878. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  9879. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  9880. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  9881. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  9882. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  9883. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  9884. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  9885. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  9886. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  9887. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  9888. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  9889. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  9890. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  9891. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  9892. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  9893. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  9894. -E
  9895. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  9896. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  9897. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  9898. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  9899. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  9900. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  9901. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  9902. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  9903. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  9904. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  9905. -E
  9906. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  9907. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  9908. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  9909. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  9910. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  9911. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  9912. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  9913. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  9914. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  9915. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  9916. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  9917. -E
  9918. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  9919. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  9920. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  9921. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  9922. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  9923. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  9924. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  9925. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  9926. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  9927. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  9928. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  9929. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  9930. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  9931. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  9932. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  9933. -E
  9934. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  9935. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  9936. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  9937. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  9938. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  9939. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  9940. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  9941. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  9942. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  9943. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  9944. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  9945. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  9946. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  9947. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  9948. -E
  9949. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  9950. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  9951. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  9952. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  9953. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  9954. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  9955. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  9956. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  9957. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  9958. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  9959. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  9960. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  9961. -E
  9962. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  9963. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  9964. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  9965. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  9966. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  9967. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  9968. -E
  9969. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  9970. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  9971. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  9972. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  9973. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  9974. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  9975. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  9976. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  9977. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  9978. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  9979. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  9980. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  9981. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  9982. -E
  9983. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  9984. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  9985. -E
  9986. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  9987. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  9988. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg
  9989. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector
  9990. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector
  9991. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  9992. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh
  9993. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta
  9994. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  9995. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  9996. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  9997. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  9998. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  9999. -E
  10000. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  10001. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  10002. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  10003. -E
  10004. -P 1 1 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  10005. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg '/users4/bigtmp/regsuVCAa02396' '/users4/bigtmp/regsuVCAa02396'
  10006. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  10007. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  10008. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  10009. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  10010. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  10011. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  10012. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  10013. -E
  10014. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  10015. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  10016. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg '/users4/bigtmp/reglaUCAa02396' '/users4/bigtmp/reglaUCAa02396'
  10017. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  10018. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  10019. -E
  10020. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  10021. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  10022. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  10023. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  10024. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  10025. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  10026. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  10027. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  10028. -E
  10029. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  10030. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  10031. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  10032. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  10033. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  10034. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  10035. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  10036. -E
  10037. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  10038. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  10039. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  10040. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  10041. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  10042. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  10043. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  10044. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  10045. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  10046. -E
  10047. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  10048. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  10049. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  10050. -E
  10051. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Joey Griffith"s Dynamic Remerge' dyremerge
  10052. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+1 +0+0 ' ' 'Intensity Image' 'Intensity Image' intensity
  10053. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Red Image' 'Red Image' red
  10054. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Green Image' 'Green Image' green
  10055. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Blue Image' 'Blue Image' blue
  10056. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Label Image' 'resulting label image' labels
  10057. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 2 2 50 'Target Size' 'Target size' target
  10058. -f 1 0 0 1 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 1 'Threshold' 'Threshold' thresh
  10059. -R 1 0 1 13x2+1+12 'Execute' 'do operation' dyremerge
  10060. -H 1  13x2+39+12 'HELP' 'documentation for dyremerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/dyremerge
  10061. -E
  10062. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'One By Two Edge Detector' onebytwo
  10063. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' image
  10064. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Horizontal Output Image' 'Horizontal Output Image' horiz
  10065. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Vertical Output Image' 'Vertical Output Image' vert
  10066. -l 1 0 0 1 0 50x1+2+6 +0+0 1 'Absolute Value' 'False' 'True' 'Absolute Value' absolute
  10067. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' onebytwo
  10068. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for onebytwo' KHOROS_HOME/doc/cantata/subforms/UMass/onebytwo
  10069. -E
  10070. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Threshold Edges' threshedg
  10071. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Red Edge Image ' 'Red Edge Image ' red
  10072. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Green Edge Image ' 'Green Edge Image ' green
  10073. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Blue Edge Image ' 'Blue Edge Image ' blue
  10074. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Edge Image' 'Output Edge Image' edges
  10075. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 0 'Threshold' 'Threshold' thresh
  10076. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' threshedg
  10077. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for threshedg' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/threshedg
  10078. -E
  10079. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Create a region label plane from a pair of edge planes' reglabedg
  10080. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Horizontal Edge Image' 'Horizontal Edge Image' horiz
  10081. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Vertical Edge Image' 'Vertical Edge Image' vert
  10082. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Output Label Image' 'Output Label Image' labels
  10083. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 1 1 0 'Threshold' 'Edge threshold' thresh
  10084. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 0 'Unlabeled value' 'Unlabeled value' unlabeled
  10085. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Minimin Label' 'Minimum Label' minlabel
  10086. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 'Eraser' 'False' 'True' 'Eraser' eraser
  10087. -R 1 0 4 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' reglabedg
  10088. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for reglabedg' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/reglabedg
  10089. -E
  10090. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  10091. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  10092. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  10093. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  10094. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  10095. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  10096. -E
  10097. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  10098. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  10099. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  10100. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  10101. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  10102. -E
  10103. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  10104. -b +18+1 'Intensity from color'
  10105. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  10106. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  10107. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  10108. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  10109. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  10110. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  10111. -E
  10112. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  10113. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  10114. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  10115. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  10116. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  10117. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  10118. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  10119. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  10120. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  10121. -E
  10122. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  10123. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  10124. -E
  10125. -E
  10126. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  10127. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  10128. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  10129. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  10130. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  10131. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  10132. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  10133. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  10134. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  10135. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  10136. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  10137. -g 1 0 18x1+1+13 'ReMerge'
  10138. -g 1 0 18x1+1+13 'RegLab'
  10139. -g 1 1 18x1+1+14 'RegSupp'
  10140. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  10141. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  10142. -g 1 0 18x1+1+18 'Dynamic Remerge'
  10143. -g 1 0 18x1+1+19 'One By Two'
  10144. -g 1 0 18x1+1+20 'Threshold Edges'
  10145. -g 1 0 18x1+1+21 'Region Label Edges'
  10146. -g 1 0 18x1+1+23 'ShowEdges'
  10147. -g 1 0 18x1+1+24 'ShowLines'
  10148. -g 1 0 18x1+1+26 'intensity'
  10149. -g 1 0 18x1+1+28 'VisImages'
  10150. -H 1  18x2+1+30 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  10151. -Q 1 0 18x2+1+32 'QUIT'
  10152. -E
  10153. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  10154. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  10155. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  10156. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  10157. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  10158. -E
  10159. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  10160. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  10161. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  10162. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  10163. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  10164. -E
  10165. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  10166. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  10167. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  10168. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  10169. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  10170. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  10171. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  10172. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  10173. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  10174. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  10175. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  10176. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  10177. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  10178. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  10179. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  10180. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  10181. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  10182. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  10183. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  10184. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  10185. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  10186. -E
  10187. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  10188. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  10189. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  10190. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  10191. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  10192. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  10193. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  10194. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  10195. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  10196. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  10197. -E
  10198. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  10199. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  10200. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  10201. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  10202. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  10203. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  10204. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  10205. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  10206. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  10207. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  10208. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  10209. -E
  10210. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  10211. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  10212. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  10213. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  10214. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  10215. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  10216. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  10217. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  10218. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  10219. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  10220. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  10221. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  10222. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  10223. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  10224. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  10225. -E
  10226. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  10227. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  10228. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  10229. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  10230. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  10231. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  10232. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  10233. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  10234. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  10235. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  10236. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  10237. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  10238. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  10239. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  10240. -E
  10241. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  10242. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  10243. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  10244. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  10245. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  10246. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  10247. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  10248. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  10249. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  10250. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  10251. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  10252. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  10253. -E
  10254. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  10255. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  10256. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  10257. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  10258. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  10259. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  10260. -E
  10261. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  10262. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  10263. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  10264. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  10265. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  10266. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  10267. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  10268. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  10269. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  10270. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  10271. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  10272. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  10273. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  10274. -E
  10275. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  10276. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  10277. -E
  10278. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  10279. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  10280. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg
  10281. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector
  10282. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector
  10283. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  10284. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh
  10285. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta
  10286. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  10287. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  10288. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  10289. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  10290. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  10291. -E
  10292. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  10293. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  10294. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  10295. -E
  10296. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  10297. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg
  10298. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  10299. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  10300. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  10301. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  10302. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  10303. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  10304. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  10305. -E
  10306. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  10307. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  10308. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg
  10309. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  10310. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  10311. -E
  10312. -P 1 1 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  10313. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg '/users4/bigtmp/threeTCAa02396' '/users4/bigtmp/threeTCAa02396'
  10314. -I 1 0 1 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg '/users4/bigtmp/mergeRCAa02396' '/users4/bigtmp/mergeRCAa02396'
  10315. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  10316. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  10317. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg '/users4/bigtmp/regsuVCAa02396' '/users4/bigtmp/regsuVCAa02396'
  10318. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  10319. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  10320. -E
  10321. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  10322. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  10323. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  10324. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  10325. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  10326. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  10327. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  10328. -E
  10329. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  10330. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  10331. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  10332. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  10333. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  10334. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  10335. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  10336. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  10337. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  10338. -E
  10339. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  10340. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  10341. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  10342. -E
  10343. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Joey Griffith"s Dynamic Remerge' dyremerge
  10344. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+1 +0+0 ' ' 'Intensity Image' 'Intensity Image' intensity
  10345. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Red Image' 'Red Image' red
  10346. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Green Image' 'Green Image' green
  10347. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Blue Image' 'Blue Image' blue
  10348. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Label Image' 'resulting label image' labels
  10349. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 2 2 50 'Target Size' 'Target size' target
  10350. -f 1 0 0 1 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 1 'Threshold' 'Threshold' thresh
  10351. -R 1 0 1 13x2+1+12 'Execute' 'do operation' dyremerge
  10352. -H 1  13x2+39+12 'HELP' 'documentation for dyremerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/dyremerge
  10353. -E
  10354. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'One By Two Edge Detector' onebytwo
  10355. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' image
  10356. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Horizontal Output Image' 'Horizontal Output Image' horiz
  10357. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Vertical Output Image' 'Vertical Output Image' vert
  10358. -l 1 0 0 1 0 50x1+2+6 +0+0 1 'Absolute Value' 'False' 'True' 'Absolute Value' absolute
  10359. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' onebytwo
  10360. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for onebytwo' KHOROS_HOME/doc/cantata/subforms/UMass/onebytwo
  10361. -E
  10362. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Threshold Edges' threshedg
  10363. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Red Edge Image ' 'Red Edge Image ' red
  10364. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Green Edge Image ' 'Green Edge Image ' green
  10365. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Blue Edge Image ' 'Blue Edge Image ' blue
  10366. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Edge Image' 'Output Edge Image' edges
  10367. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 0 'Threshold' 'Threshold' thresh
  10368. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' threshedg
  10369. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for threshedg' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/threshedg
  10370. -E
  10371. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Create a region label plane from a pair of edge planes' reglabedg
  10372. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Horizontal Edge Image' 'Horizontal Edge Image' horiz
  10373. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Vertical Edge Image' 'Vertical Edge Image' vert
  10374. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Output Label Image' 'Output Label Image' labels
  10375. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 1 1 0 'Threshold' 'Edge threshold' thresh
  10376. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 0 'Unlabeled value' 'Unlabeled value' unlabeled
  10377. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Minimin Label' 'Minimum Label' minlabel
  10378. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 'Eraser' 'False' 'True' 'Eraser' eraser
  10379. -R 1 0 4 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' reglabedg
  10380. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for reglabedg' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/reglabedg
  10381. -E
  10382. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  10383. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  10384. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  10385. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  10386. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  10387. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  10388. -E
  10389. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  10390. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  10391. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  10392. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  10393. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  10394. -E
  10395. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  10396. -b +18+1 'Intensity from color'
  10397. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  10398. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  10399. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  10400. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  10401. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  10402. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  10403. -E
  10404. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  10405. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  10406. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  10407. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  10408. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  10409. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  10410. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  10411. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  10412. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  10413. -E
  10414. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  10415. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  10416. -E
  10417. -E
  10418. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  10419. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  10420. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  10421. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  10422. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  10423. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  10424. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  10425. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  10426. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  10427. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  10428. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  10429. -g 1 0 18x1+1+13 'ReMerge'
  10430. -g 1 1 18x1+1+13 'RegLab'
  10431. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  10432. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  10433. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  10434. -g 1 0 18x1+1+18 'Dynamic Remerge'
  10435. -g 1 0 18x1+1+19 'One By Two'
  10436. -g 1 0 18x1+1+20 'Threshold Edges'
  10437. -g 1 0 18x1+1+21 'Region Label Edges'
  10438. -g 1 0 18x1+1+23 'ShowEdges'
  10439. -g 1 0 18x1+1+24 'ShowLines'
  10440. -g 1 0 18x1+1+26 'intensity'
  10441. -g 1 0 18x1+1+28 'VisImages'
  10442. -H 1  18x2+1+30 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  10443. -Q 1 0 18x2+1+32 'QUIT'
  10444. -E
  10445. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  10446. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  10447. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  10448. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  10449. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  10450. -E
  10451. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  10452. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  10453. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  10454. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  10455. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  10456. -E
  10457. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  10458. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  10459. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  10460. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  10461. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  10462. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  10463. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  10464. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  10465. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  10466. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  10467. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  10468. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  10469. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  10470. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  10471. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  10472. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  10473. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  10474. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  10475. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  10476. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  10477. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  10478. -E
  10479. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  10480. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  10481. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  10482. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  10483. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  10484. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  10485. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  10486. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  10487. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  10488. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  10489. -E
  10490. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  10491. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  10492. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  10493. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  10494. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  10495. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  10496. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  10497. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  10498. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  10499. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  10500. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  10501. -E
  10502. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  10503. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  10504. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  10505. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  10506. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  10507. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  10508. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  10509. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  10510. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  10511. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  10512. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  10513. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  10514. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  10515. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  10516. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  10517. -E
  10518. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  10519. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  10520. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  10521. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  10522. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  10523. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  10524. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  10525. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  10526. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  10527. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  10528. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  10529. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  10530. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  10531. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  10532. -E
  10533. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  10534. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  10535. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  10536. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  10537. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  10538. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  10539. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  10540. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  10541. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  10542. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  10543. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  10544. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  10545. -E
  10546. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  10547. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  10548. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  10549. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  10550. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  10551. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  10552. -E
  10553. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  10554. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  10555. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  10556. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  10557. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  10558. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  10559. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  10560. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  10561. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  10562. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  10563. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  10564. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  10565. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  10566. -E
  10567. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  10568. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  10569. -E
  10570. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  10571. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  10572. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg
  10573. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector
  10574. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector
  10575. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  10576. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh
  10577. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta
  10578. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  10579. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  10580. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  10581. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  10582. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  10583. -E
  10584. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  10585. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  10586. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  10587. -E
  10588. -P 1 1 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  10589. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg '/users4/bigtmp/dyremXCAa02396' '/users4/bigtmp/dyremXCAa02396'
  10590. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  10591. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  10592. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  10593. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  10594. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  10595. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  10596. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  10597. -E
  10598. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  10599. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  10600. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg '/users4/bigtmp/reglaWCAa02396' '/users4/bigtmp/reglaWCAa02396'
  10601. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  10602. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  10603. -E
  10604. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  10605. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  10606. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  10607. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  10608. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  10609. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  10610. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  10611. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  10612. -E
  10613. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  10614. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  10615. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  10616. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  10617. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  10618. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  10619. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  10620. -E
  10621. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  10622. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  10623. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  10624. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  10625. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  10626. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  10627. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  10628. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  10629. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  10630. -E
  10631. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  10632. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  10633. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  10634. -E
  10635. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Joey Griffith"s Dynamic Remerge' dyremerge
  10636. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+1 +0+0 ' ' 'Intensity Image' 'Intensity Image' intensity
  10637. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Red Image' 'Red Image' red
  10638. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Green Image' 'Green Image' green
  10639. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Blue Image' 'Blue Image' blue
  10640. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Label Image' 'resulting label image' labels
  10641. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 2 2 50 'Target Size' 'Target size' target
  10642. -f 1 0 0 1 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 1 'Threshold' 'Threshold' thresh
  10643. -R 1 0 1 13x2+1+12 'Execute' 'do operation' dyremerge
  10644. -H 1  13x2+39+12 'HELP' 'documentation for dyremerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/dyremerge
  10645. -E
  10646. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'One By Two Edge Detector' onebytwo
  10647. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' image
  10648. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Horizontal Output Image' 'Horizontal Output Image' horiz
  10649. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Vertical Output Image' 'Vertical Output Image' vert
  10650. -l 1 0 0 1 0 50x1+2+6 +0+0 1 'Absolute Value' 'False' 'True' 'Absolute Value' absolute
  10651. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' onebytwo
  10652. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for onebytwo' KHOROS_HOME/doc/cantata/subforms/UMass/onebytwo
  10653. -E
  10654. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Threshold Edges' threshedg
  10655. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Red Edge Image ' 'Red Edge Image ' red
  10656. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Green Edge Image ' 'Green Edge Image ' green
  10657. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Blue Edge Image ' 'Blue Edge Image ' blue
  10658. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Edge Image' 'Output Edge Image' edges
  10659. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 0 'Threshold' 'Threshold' thresh
  10660. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' threshedg
  10661. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for threshedg' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/threshedg
  10662. -E
  10663. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Create a region label plane from a pair of edge planes' reglabedg
  10664. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Horizontal Edge Image' 'Horizontal Edge Image' horiz
  10665. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Vertical Edge Image' 'Vertical Edge Image' vert
  10666. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Output Label Image' 'Output Label Image' labels
  10667. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 1 1 0 'Threshold' 'Edge threshold' thresh
  10668. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 0 'Unlabeled value' 'Unlabeled value' unlabeled
  10669. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Minimin Label' 'Minimum Label' minlabel
  10670. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 'Eraser' 'False' 'True' 'Eraser' eraser
  10671. -R 1 0 4 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' reglabedg
  10672. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for reglabedg' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/reglabedg
  10673. -E
  10674. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  10675. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  10676. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  10677. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  10678. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  10679. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  10680. -E
  10681. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  10682. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  10683. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  10684. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  10685. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  10686. -E
  10687. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  10688. -b +18+1 'Intensity from color'
  10689. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  10690. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  10691. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  10692. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  10693. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  10694. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  10695. -E
  10696. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  10697. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  10698. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  10699. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  10700. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  10701. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  10702. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  10703. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  10704. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  10705. -E
  10706. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  10707. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  10708. -E
  10709. -E
  10710. -M 1 0 100x40+10+20 +28+1 'Execute UMass program' UMass
  10711. -P 1 1 80x38+22+2 +9+0 'Joey Griffith"s Dynamic Remerge' dyremerge
  10712. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+1 +0+0 ' ' 'Intensity Image' 'Intensity Image' intensity '/users4/bigtmp/mergePCAa02396' '/users4/bigtmp/mergePCAa02396'
  10713. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Red Image' 'Red Image' red '/users4/bigtmp/mergeRCAa02396' '/users4/bigtmp/mergeRCAa02396'
  10714. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Green Image' 'Green Image' green '/users4/bigtmp/mergeQCAa02396' '/users4/bigtmp/mergeQCAa02396'
  10715. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Blue Image' 'Blue Image' blue '/users4/bigtmp/mergeSCAa02396' '/users4/bigtmp/mergeSCAa02396'
  10716. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Over Segemnted Image' 'Over Segmented Image' overseg '/users4/bigtmp/reglaUCAa02396' '/users4/bigtmp/reglaUCAa02396'
  10717. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 ' ' 'Label Image' 'resulting label image' labels '/users4/bigtmp/dyremXCAa02396' '/users4/bigtmp/dyremXCAa02396'
  10718. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 50 'Target Size' 'Target size' target
  10719. -f 1 0 0 1 0 50x1+2+9 +0+0 1 1 1 'Threshold' 'Threshold' thresh
  10720. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' dyremerge
  10721. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for dyremerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/dyremerge
  10722. -E
  10723. -E
  10724. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  10725. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  10726. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  10727. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  10728. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  10729. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  10730. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  10731. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  10732. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  10733. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  10734. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  10735. -g 1 0 18x1+1+13 'ReMerge'
  10736. -g 1 0 18x1+1+13 'RegLab'
  10737. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  10738. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  10739. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  10740. -g 1 0 18x1+1+18 'Dynamic Remerge'
  10741. -g 1 0 18x1+1+19 'One By Two'
  10742. -g 1 0 18x1+1+20 'Threshold Edges'
  10743. -g 1 0 18x1+1+21 'Region Label Edges'
  10744. -g 1 1 18x1+1+23 'ShowEdges'
  10745. -g 1 0 18x1+1+24 'ShowLines'
  10746. -g 1 0 18x1+1+26 'intensity'
  10747. -g 1 0 18x1+1+28 'VisImages'
  10748. -H 1  18x2+1+30 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  10749. -Q 1 0 18x2+1+32 'QUIT'
  10750. -E
  10751. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  10752. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  10753. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  10754. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  10755. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  10756. -E
  10757. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  10758. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  10759. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  10760. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  10761. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  10762. -E
  10763. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  10764. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  10765. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  10766. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  10767. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  10768. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  10769. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  10770. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  10771. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  10772. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  10773. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  10774. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  10775. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  10776. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  10777. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  10778. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  10779. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  10780. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  10781. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  10782. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  10783. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  10784. -E
  10785. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  10786. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  10787. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  10788. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  10789. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  10790. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  10791. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  10792. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  10793. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  10794. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  10795. -E
  10796. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  10797. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  10798. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  10799. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  10800. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  10801. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  10802. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  10803. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  10804. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  10805. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  10806. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  10807. -E
  10808. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  10809. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  10810. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  10811. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  10812. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  10813. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  10814. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  10815. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  10816. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  10817. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  10818. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  10819. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  10820. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  10821. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  10822. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  10823. -E
  10824. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  10825. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  10826. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  10827. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  10828. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  10829. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  10830. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  10831. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  10832. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  10833. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  10834. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  10835. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  10836. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  10837. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  10838. -E
  10839. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  10840. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  10841. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  10842. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  10843. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  10844. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  10845. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  10846. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  10847. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  10848. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  10849. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  10850. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  10851. -E
  10852. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  10853. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  10854. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  10855. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  10856. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  10857. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  10858. -E
  10859. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  10860. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  10861. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  10862. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  10863. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  10864. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  10865. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  10866. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  10867. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  10868. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  10869. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  10870. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  10871. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  10872. -E
  10873. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  10874. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  10875. -E
  10876. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  10877. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  10878. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg
  10879. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector
  10880. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector
  10881. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  10882. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh
  10883. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta
  10884. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  10885. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  10886. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  10887. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  10888. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  10889. -E
  10890. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  10891. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  10892. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  10893. -E
  10894. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  10895. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg
  10896. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  10897. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  10898. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  10899. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  10900. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  10901. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  10902. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  10903. -E
  10904. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  10905. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  10906. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg
  10907. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  10908. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  10909. -E
  10910. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  10911. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  10912. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  10913. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  10914. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  10915. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  10916. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  10917. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  10918. -E
  10919. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  10920. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  10921. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  10922. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  10923. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  10924. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  10925. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  10926. -E
  10927. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  10928. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  10929. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  10930. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  10931. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  10932. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  10933. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  10934. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  10935. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  10936. -E
  10937. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  10938. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  10939. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  10940. -E
  10941. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Joey Griffith"s Dynamic Remerge' dyremerge
  10942. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+1 +0+0 ' ' 'Intensity Image' 'Intensity Image' intensity
  10943. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Red Image' 'Red Image' red
  10944. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Green Image' 'Green Image' green
  10945. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Blue Image' 'Blue Image' blue
  10946. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Label Image' 'resulting label image' labels
  10947. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 2 2 50 'Target Size' 'Target size' target
  10948. -f 1 0 0 1 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 1 'Threshold' 'Threshold' thresh
  10949. -R 1 0 1 13x2+1+12 'Execute' 'do operation' dyremerge
  10950. -H 1  13x2+39+12 'HELP' 'documentation for dyremerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/dyremerge
  10951. -E
  10952. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'One By Two Edge Detector' onebytwo
  10953. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' image
  10954. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Horizontal Output Image' 'Horizontal Output Image' horiz
  10955. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Vertical Output Image' 'Vertical Output Image' vert
  10956. -l 1 0 0 1 0 50x1+2+6 +0+0 1 'Absolute Value' 'False' 'True' 'Absolute Value' absolute
  10957. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' onebytwo
  10958. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for onebytwo' KHOROS_HOME/doc/cantata/subforms/UMass/onebytwo
  10959. -E
  10960. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Threshold Edges' threshedg
  10961. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Red Edge Image ' 'Red Edge Image ' red
  10962. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Green Edge Image ' 'Green Edge Image ' green
  10963. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Blue Edge Image ' 'Blue Edge Image ' blue
  10964. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Edge Image' 'Output Edge Image' edges
  10965. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 0 'Threshold' 'Threshold' thresh
  10966. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' threshedg
  10967. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for threshedg' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/threshedg
  10968. -E
  10969. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Create a region label plane from a pair of edge planes' reglabedg
  10970. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Horizontal Edge Image' 'Horizontal Edge Image' horiz
  10971. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Vertical Edge Image' 'Vertical Edge Image' vert
  10972. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Output Label Image' 'Output Label Image' labels
  10973. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 1 1 0 'Threshold' 'Edge threshold' thresh
  10974. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 0 'Unlabeled value' 'Unlabeled value' unlabeled
  10975. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Minimin Label' 'Minimum Label' minlabel
  10976. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 'Eraser' 'False' 'True' 'Eraser' eraser
  10977. -R 1 0 4 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' reglabedg
  10978. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for reglabedg' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/reglabedg
  10979. -E
  10980. -P 1 1 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  10981. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg '/users4/bigtmp/reglaWCAa02396' '/users4/bigtmp/reglaWCAa02396'
  10982. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  10983. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  10984. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  10985. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  10986. -E
  10987. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  10988. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  10989. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  10990. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  10991. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  10992. -E
  10993. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  10994. -b +18+1 'Intensity from color'
  10995. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  10996. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  10997. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  10998. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  10999. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  11000. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  11001. -E
  11002. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  11003. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  11004. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  11005. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  11006. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  11007. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  11008. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  11009. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  11010. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  11011. -E
  11012. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  11013. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  11014. -E
  11015. -E
  11016. -E
  11017. #  BeginVariables
  11018.  
  11019.  
  11020.  
  11021. # No variables currently declared. #
  11022.  
  11023. #  EndVariables
  11024. #  BeginEnvironment
  11025. #    Grid 1
  11026. #    GridSize 20
  11027. #    SmallGlyph 0
  11028. #    RubberBand 0
  11029. #    ParallelExec 0
  11030. #    Viewport 1
  11031. #    AttachCanvas 1
  11032. #    ShowDav 1
  11033. #    ShowModified 1
  11034. #    EchoRoutine 1
  11035. #    LeaveGlyph 1
  11036. #    DemandDriven 0
  11037. #    ShowClipboard 0
  11038. #    InheritAttributes 1
  11039. #    GlobalVariables 1
  11040. #    AutoPlacement 1
  11041. #    GlyphPlacement 0
  11042. #    RemoteExec 0
  11043. #  EndEnvironment
  11044. # 'nkvh_red' 3 1 'nkvh_red4_procedure' 220+160
  11045. # BeginWorkspace
  11046. -F 4.2 1 1 0x0+0+0 +0+0 'Dummy Form' not_used
  11047. -S 1 0
  11048. -d 1 0 9x2+2+2 'Subform 22'
  11049. -d 1 0 9x2+22+2 'Subform 23'
  11050. -d 1 0 9x2+4+2 'Subform 25'
  11051. -d 1 0 9x2+8+2 'Subform 27'
  11052. -d 1 0 9x2+10+2 'Subform 28'
  11053. -d 1 0 9x2+12+2 'Subform 29'
  11054. -d 1 0 9x2+14+2 'Subform 30'
  11055. -d 1 0 9x2+28+2 'Subform 2'
  11056. -d 1 0 9x2+32+2 'Subform 4'
  11057. -d 1 0 9x2+34+2 'Subform 5'
  11058. -d 1 0 9x2+36+2 'Subform 6'
  11059. -d 1 0 9x2+38+2 'Subform 3'
  11060. -d 1 0 9x2+46+2 'Subform 8'
  11061. -d 1 0 9x2+44+2 'Subform 1'
  11062. -d 1 0 9x2+46+2 'Subform 2'
  11063. -E
  11064. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  11065. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  11066. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  11067. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  11068. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  11069. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  11070. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  11071. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  11072. -g 1 1 18x1+1+10 'GenMu'
  11073. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  11074. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  11075. -g 1 0 18x1+1+13 'ReMerge'
  11076. -g 1 0 18x1+1+13 'RegLab'
  11077. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  11078. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  11079. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  11080. -g 1 0 18x1+1+18 'ShowEdges'
  11081. -g 1 0 18x1+1+19 'ShowLines'
  11082. -g 1 0 18x1+1+21 'intensity'
  11083. -g 1 0 18x1+1+23 'VisImages'
  11084. -H 1  18x2+1+25 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  11085. -Q 1 0 18x2+1+27 'QUIT'
  11086. -E
  11087. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  11088. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  11089. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  11090. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  11091. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  11092. -E
  11093. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  11094. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  11095. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  11096. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  11097. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  11098. -E
  11099. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  11100. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  11101. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  11102. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  11103. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  11104. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  11105. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  11106. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  11107. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  11108. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  11109. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  11110. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  11111. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  11112. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  11113. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  11114. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  11115. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  11116. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  11117. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  11118. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  11119. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  11120. -E
  11121. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  11122. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  11123. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  11124. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  11125. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  11126. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  11127. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  11128. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  11129. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  11130. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  11131. -E
  11132. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  11133. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  11134. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  11135. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  11136. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  11137. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  11138. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  11139. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  11140. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  11141. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  11142. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  11143. -E
  11144. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  11145. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  11146. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  11147. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  11148. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  11149. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  11150. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  11151. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  11152. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  11153. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  11154. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  11155. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  11156. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  11157. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  11158. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  11159. -E
  11160. -P 1 1 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  11161. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg '/users4/bigtmp/varviQBAa02396' '/users4/bigtmp/varviQBAa02396'
  11162. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector 16 'RSector'
  11163. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector 16 'CSector'
  11164. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval 0 'MinVal'
  11165. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval 0 'MaxVal'
  11166. -i 1 1 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin 0 '0'
  11167. -i 1 1 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth 1 '1'
  11168. -i 1 1 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize 3 '3'
  11169. -s 1 1 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0'
  11170. -T 1 1 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound 0
  11171. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  11172. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  11173. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  11174. -E
  11175. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist 15 'MinPeakDistance'
  11176. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp 0 'MinPeakDistanceAddp'
  11177. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight 3 'MinPeakHeight'
  11178. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp 1 'MinPeakHeightAddp'
  11179. -f 1 1 1 1 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr 3 'MinPeakValleyRatio'
  11180. -f 1 1 1 1 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp 1 'MinPeakValleyRatioAddp'
  11181. -i 1 1 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim 5 '5'
  11182. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer 2 'PeakAdditionIterations'
  11183. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg '/users4/bigtmp/genmuFBAa02396' '/users4/bigtmp/genmuFBAa02396'
  11184. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  11185. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  11186. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  11187. -E
  11188. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  11189. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  11190. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  11191. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  11192. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  11193. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  11194. -E
  11195. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  11196. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  11197. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  11198. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  11199. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  11200. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  11201. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  11202. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  11203. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  11204. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  11205. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  11206. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  11207. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  11208. -E
  11209. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  11210. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  11211. -E
  11212. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  11213. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  11214. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg
  11215. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector
  11216. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector
  11217. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  11218. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh
  11219. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta
  11220. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  11221. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  11222. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  11223. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  11224. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  11225. -E
  11226. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  11227. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  11228. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  11229. -E
  11230. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  11231. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg
  11232. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  11233. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  11234. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  11235. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  11236. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  11237. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  11238. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  11239. -E
  11240. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  11241. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  11242. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg
  11243. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  11244. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  11245. -E
  11246. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  11247. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  11248. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  11249. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  11250. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  11251. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  11252. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  11253. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  11254. -E
  11255. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  11256. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  11257. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  11258. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  11259. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  11260. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  11261. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  11262. -E
  11263. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  11264. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  11265. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  11266. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  11267. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  11268. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  11269. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  11270. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  11271. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  11272. -E
  11273. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  11274. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  11275. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  11276. -E
  11277. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  11278. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  11279. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  11280. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  11281. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  11282. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  11283. -E
  11284. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  11285. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  11286. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  11287. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  11288. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  11289. -E
  11290. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  11291. -b +18+1 'Intensity from color'
  11292. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  11293. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  11294. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  11295. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  11296. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  11297. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  11298. -E
  11299. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  11300. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  11301. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  11302. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  11303. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  11304. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  11305. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  11306. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  11307. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  11308. -E
  11309. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  11310. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  11311. -E
  11312. -E
  11313. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  11314. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  11315. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  11316. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  11317. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  11318. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  11319. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  11320. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  11321. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  11322. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  11323. -g 1 1 18x1+1+12 'NK Normalize'
  11324. -g 1 0 18x1+1+13 'ReMerge'
  11325. -g 1 0 18x1+1+13 'RegLab'
  11326. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  11327. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  11328. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  11329. -g 1 0 18x1+1+18 'ShowEdges'
  11330. -g 1 0 18x1+1+19 'ShowLines'
  11331. -g 1 0 18x1+1+21 'intensity'
  11332. -g 1 0 18x1+1+23 'VisImages'
  11333. -H 1  18x2+1+25 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  11334. -Q 1 0 18x2+1+27 'QUIT'
  11335. -E
  11336. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  11337. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  11338. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  11339. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  11340. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  11341. -E
  11342. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  11343. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  11344. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  11345. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  11346. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  11347. -E
  11348. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  11349. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  11350. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  11351. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  11352. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  11353. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  11354. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  11355. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  11356. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  11357. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  11358. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  11359. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  11360. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  11361. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  11362. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  11363. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  11364. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  11365. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  11366. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  11367. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  11368. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  11369. -E
  11370. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  11371. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  11372. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  11373. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  11374. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  11375. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  11376. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  11377. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  11378. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  11379. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  11380. -E
  11381. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  11382. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  11383. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  11384. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  11385. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  11386. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  11387. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  11388. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  11389. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  11390. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  11391. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  11392. -E
  11393. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  11394. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  11395. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  11396. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  11397. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  11398. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  11399. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  11400. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  11401. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  11402. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  11403. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  11404. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  11405. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  11406. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  11407. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  11408. -E
  11409. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  11410. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  11411. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  11412. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  11413. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  11414. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  11415. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  11416. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  11417. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  11418. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  11419. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  11420. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  11421. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  11422. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  11423. -E
  11424. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  11425. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  11426. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  11427. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  11428. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  11429. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  11430. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  11431. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  11432. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  11433. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  11434. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  11435. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  11436. -E
  11437. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  11438. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  11439. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  11440. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  11441. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  11442. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  11443. -E
  11444. -P 1 1 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  11445. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  11446. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  11447. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg '/users4/bigtmp/mergeOBAa02396' '/users4/bigtmp/mergeOBAa02396'
  11448. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  11449. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  11450. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper 89 'ScalingMaxval'
  11451. -T 1 1 1 1 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype 1
  11452. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x 0
  11453. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  11454. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  11455. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  11456. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x 0
  11457. -E
  11458. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg '/users4/bigtmp/nknorGBAa02396' '/users4/bigtmp/nknorGBAa02396'
  11459. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  11460. -E
  11461. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  11462. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  11463. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg
  11464. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector
  11465. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector
  11466. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  11467. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh
  11468. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta
  11469. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  11470. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  11471. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  11472. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  11473. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  11474. -E
  11475. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  11476. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  11477. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  11478. -E
  11479. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  11480. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg
  11481. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  11482. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  11483. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  11484. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  11485. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  11486. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  11487. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  11488. -E
  11489. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  11490. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  11491. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg
  11492. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  11493. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  11494. -E
  11495. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  11496. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  11497. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  11498. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  11499. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  11500. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  11501. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  11502. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  11503. -E
  11504. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  11505. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  11506. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  11507. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  11508. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  11509. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  11510. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  11511. -E
  11512. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  11513. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  11514. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  11515. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  11516. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  11517. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  11518. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  11519. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  11520. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  11521. -E
  11522. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  11523. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  11524. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  11525. -E
  11526. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  11527. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  11528. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  11529. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  11530. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  11531. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  11532. -E
  11533. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  11534. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  11535. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  11536. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  11537. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  11538. -E
  11539. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  11540. -b +18+1 'Intensity from color'
  11541. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  11542. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  11543. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  11544. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  11545. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  11546. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  11547. -E
  11548. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  11549. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  11550. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  11551. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  11552. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  11553. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  11554. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  11555. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  11556. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  11557. -E
  11558. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  11559. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  11560. -E
  11561. -E
  11562. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  11563. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  11564. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  11565. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  11566. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  11567. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  11568. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  11569. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  11570. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  11571. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  11572. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  11573. -g 1 1 18x1+1+13 'ReMerge'
  11574. -g 1 0 18x1+1+13 'RegLab'
  11575. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  11576. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  11577. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  11578. -g 1 0 18x1+1+18 'ShowEdges'
  11579. -g 1 0 18x1+1+19 'ShowLines'
  11580. -g 1 0 18x1+1+21 'intensity'
  11581. -g 1 0 18x1+1+23 'VisImages'
  11582. -H 1  18x2+1+25 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  11583. -Q 1 0 18x2+1+27 'QUIT'
  11584. -E
  11585. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  11586. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  11587. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  11588. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  11589. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  11590. -E
  11591. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  11592. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  11593. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  11594. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  11595. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  11596. -E
  11597. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  11598. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  11599. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  11600. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  11601. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  11602. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  11603. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  11604. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  11605. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  11606. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  11607. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  11608. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  11609. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  11610. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  11611. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  11612. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  11613. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  11614. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  11615. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  11616. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  11617. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  11618. -E
  11619. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  11620. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  11621. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  11622. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  11623. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  11624. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  11625. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  11626. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  11627. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  11628. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  11629. -E
  11630. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  11631. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  11632. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  11633. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  11634. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  11635. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  11636. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  11637. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  11638. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  11639. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  11640. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  11641. -E
  11642. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  11643. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  11644. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  11645. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  11646. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  11647. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  11648. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  11649. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  11650. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  11651. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  11652. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  11653. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  11654. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  11655. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  11656. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  11657. -E
  11658. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  11659. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  11660. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  11661. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  11662. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  11663. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  11664. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  11665. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  11666. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  11667. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  11668. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  11669. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  11670. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  11671. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  11672. -E
  11673. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  11674. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  11675. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  11676. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  11677. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  11678. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  11679. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  11680. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  11681. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  11682. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  11683. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  11684. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  11685. -E
  11686. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  11687. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  11688. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  11689. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  11690. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  11691. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  11692. -E
  11693. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  11694. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  11695. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  11696. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  11697. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  11698. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  11699. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  11700. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  11701. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  11702. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  11703. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  11704. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  11705. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  11706. -E
  11707. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  11708. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  11709. -E
  11710. -P 1 1 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  11711. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg '/users4/bigtmp/reglaIBAa02396' '/users4/bigtmp/reglaIBAa02396'
  11712. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg '/users4/bigtmp/nknorGBAa02396' '/users4/bigtmp/nknorGBAa02396'
  11713. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector 16 'RSector'
  11714. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector 16 'CSector'
  11715. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  11716. -f 1 1 1 1 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh 1.1 'NormalMergeThreshold'
  11717. -f 1 1 1 1 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta 2.5 'RemergeTheta'
  11718. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  11719. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  11720. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  11721. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  11722. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  11723. -E
  11724. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg '/users4/bigtmp/remerHBAa02396' '/users4/bigtmp/remerHBAa02396'
  11725. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  11726. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  11727. -E
  11728. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  11729. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg
  11730. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  11731. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  11732. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  11733. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  11734. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  11735. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  11736. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  11737. -E
  11738. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  11739. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  11740. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg
  11741. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  11742. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  11743. -E
  11744. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  11745. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  11746. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  11747. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  11748. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  11749. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  11750. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  11751. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  11752. -E
  11753. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  11754. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  11755. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  11756. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  11757. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  11758. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  11759. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  11760. -E
  11761. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  11762. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  11763. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  11764. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  11765. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  11766. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  11767. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  11768. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  11769. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  11770. -E
  11771. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  11772. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  11773. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  11774. -E
  11775. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  11776. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  11777. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  11778. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  11779. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  11780. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  11781. -E
  11782. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  11783. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  11784. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  11785. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  11786. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  11787. -E
  11788. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  11789. -b +18+1 'Intensity from color'
  11790. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  11791. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  11792. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  11793. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  11794. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  11795. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  11796. -E
  11797. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  11798. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  11799. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  11800. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  11801. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  11802. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  11803. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  11804. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  11805. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  11806. -E
  11807. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  11808. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  11809. -E
  11810. -E
  11811. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  11812. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  11813. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  11814. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  11815. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  11816. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  11817. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  11818. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  11819. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  11820. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  11821. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  11822. -g 1 0 18x1+1+13 'ReMerge'
  11823. -g 1 1 18x1+1+13 'RegLab'
  11824. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  11825. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  11826. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  11827. -g 1 0 18x1+1+18 'ShowEdges'
  11828. -g 1 0 18x1+1+19 'ShowLines'
  11829. -g 1 0 18x1+1+21 'intensity'
  11830. -g 1 0 18x1+1+23 'VisImages'
  11831. -H 1  18x2+1+25 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  11832. -Q 1 0 18x2+1+27 'QUIT'
  11833. -E
  11834. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  11835. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  11836. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  11837. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  11838. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  11839. -E
  11840. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  11841. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  11842. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  11843. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  11844. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  11845. -E
  11846. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  11847. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  11848. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  11849. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  11850. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  11851. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  11852. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  11853. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  11854. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  11855. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  11856. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  11857. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  11858. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  11859. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  11860. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  11861. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  11862. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  11863. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  11864. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  11865. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  11866. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  11867. -E
  11868. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  11869. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  11870. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  11871. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  11872. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  11873. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  11874. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  11875. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  11876. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  11877. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  11878. -E
  11879. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  11880. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  11881. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  11882. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  11883. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  11884. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  11885. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  11886. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  11887. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  11888. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  11889. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  11890. -E
  11891. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  11892. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  11893. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  11894. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  11895. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  11896. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  11897. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  11898. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  11899. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  11900. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  11901. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  11902. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  11903. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  11904. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  11905. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  11906. -E
  11907. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  11908. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  11909. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  11910. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  11911. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  11912. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  11913. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  11914. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  11915. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  11916. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  11917. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  11918. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  11919. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  11920. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  11921. -E
  11922. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  11923. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  11924. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  11925. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  11926. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  11927. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  11928. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  11929. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  11930. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  11931. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  11932. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  11933. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  11934. -E
  11935. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  11936. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  11937. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  11938. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  11939. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  11940. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  11941. -E
  11942. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  11943. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  11944. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  11945. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  11946. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  11947. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  11948. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  11949. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  11950. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  11951. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  11952. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  11953. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  11954. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  11955. -E
  11956. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  11957. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  11958. -E
  11959. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  11960. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  11961. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg
  11962. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector
  11963. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector
  11964. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  11965. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh
  11966. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta
  11967. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  11968. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  11969. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  11970. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  11971. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  11972. -E
  11973. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  11974. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  11975. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  11976. -E
  11977. -P 1 1 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  11978. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg '/users4/bigtmp/genmuFBAa02396' '/users4/bigtmp/genmuFBAa02396'
  11979. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  11980. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector 16 'RSector'
  11981. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector 16 'CSector'
  11982. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  11983. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  11984. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  11985. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  11986. -E
  11987. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  11988. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  11989. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg '/users4/bigtmp/reglaIBAa02396' '/users4/bigtmp/reglaIBAa02396'
  11990. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  11991. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  11992. -E
  11993. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  11994. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  11995. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  11996. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  11997. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  11998. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  11999. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  12000. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  12001. -E
  12002. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  12003. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  12004. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  12005. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  12006. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  12007. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  12008. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  12009. -E
  12010. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  12011. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  12012. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  12013. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  12014. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  12015. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  12016. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  12017. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  12018. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  12019. -E
  12020. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  12021. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  12022. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  12023. -E
  12024. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  12025. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  12026. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  12027. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  12028. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  12029. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  12030. -E
  12031. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  12032. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  12033. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  12034. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  12035. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  12036. -E
  12037. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  12038. -b +18+1 'Intensity from color'
  12039. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  12040. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  12041. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  12042. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  12043. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  12044. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  12045. -E
  12046. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  12047. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  12048. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  12049. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  12050. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  12051. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  12052. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  12053. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  12054. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  12055. -E
  12056. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  12057. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  12058. -E
  12059. -E
  12060. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  12061. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  12062. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  12063. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  12064. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  12065. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  12066. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  12067. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  12068. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  12069. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  12070. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  12071. -g 1 0 18x1+1+13 'ReMerge'
  12072. -g 1 0 18x1+1+13 'RegLab'
  12073. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  12074. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  12075. -g 1 1 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  12076. -g 1 0 18x1+1+18 'ShowEdges'
  12077. -g 1 0 18x1+1+19 'ShowLines'
  12078. -g 1 0 18x1+1+21 'intensity'
  12079. -g 1 0 18x1+1+23 'VisImages'
  12080. -H 1  18x2+1+25 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  12081. -Q 1 0 18x2+1+27 'QUIT'
  12082. -E
  12083. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  12084. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  12085. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  12086. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  12087. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  12088. -E
  12089. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  12090. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  12091. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  12092. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  12093. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  12094. -E
  12095. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  12096. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  12097. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  12098. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  12099. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  12100. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  12101. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  12102. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  12103. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  12104. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  12105. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  12106. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  12107. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  12108. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  12109. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  12110. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  12111. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  12112. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  12113. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  12114. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  12115. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  12116. -E
  12117. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  12118. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  12119. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  12120. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  12121. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  12122. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  12123. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  12124. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  12125. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  12126. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  12127. -E
  12128. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  12129. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  12130. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  12131. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  12132. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  12133. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  12134. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  12135. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  12136. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  12137. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  12138. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  12139. -E
  12140. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  12141. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  12142. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  12143. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  12144. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  12145. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  12146. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  12147. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  12148. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  12149. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  12150. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  12151. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  12152. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  12153. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  12154. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  12155. -E
  12156. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  12157. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  12158. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  12159. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  12160. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  12161. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  12162. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  12163. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  12164. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  12165. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  12166. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  12167. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  12168. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  12169. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  12170. -E
  12171. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  12172. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  12173. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  12174. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  12175. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  12176. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  12177. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  12178. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  12179. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  12180. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  12181. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  12182. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  12183. -E
  12184. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  12185. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  12186. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  12187. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  12188. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  12189. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  12190. -E
  12191. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  12192. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  12193. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  12194. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  12195. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  12196. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  12197. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  12198. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  12199. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  12200. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  12201. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  12202. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  12203. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  12204. -E
  12205. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  12206. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  12207. -E
  12208. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  12209. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  12210. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg
  12211. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector
  12212. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector
  12213. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  12214. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh
  12215. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta
  12216. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  12217. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  12218. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  12219. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  12220. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  12221. -E
  12222. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  12223. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  12224. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  12225. -E
  12226. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  12227. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg
  12228. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  12229. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  12230. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  12231. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  12232. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  12233. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  12234. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  12235. -E
  12236. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  12237. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  12238. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg
  12239. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  12240. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  12241. -E
  12242. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  12243. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  12244. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  12245. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  12246. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  12247. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  12248. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  12249. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  12250. -E
  12251. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  12252. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  12253. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  12254. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  12255. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  12256. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  12257. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  12258. -E
  12259. -P 1 1 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  12260. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg '/users4/bigtmp/if_elLBAa02396' '/users4/bigtmp/if_elLBAa02396'
  12261. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations 5 'WeymouthIterations'
  12262. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  12263. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  12264. -T 1 1 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version 2
  12265. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal 1
  12266. -l 1 0 1 1 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified 0
  12267. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  12268. -E
  12269. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg '/users4/bigtmp/weymoJBAa02396' '/users4/bigtmp/weymoJBAa02396'
  12270. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  12271. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  12272. -E
  12273. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  12274. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  12275. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  12276. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  12277. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  12278. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  12279. -E
  12280. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  12281. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  12282. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  12283. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  12284. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  12285. -E
  12286. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  12287. -b +18+1 'Intensity from color'
  12288. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  12289. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  12290. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  12291. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  12292. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  12293. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  12294. -E
  12295. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  12296. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  12297. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  12298. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  12299. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  12300. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  12301. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  12302. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  12303. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  12304. -E
  12305. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  12306. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  12307. -E
  12308. -E
  12309. -M 1 0 100x40+10+20 +31+1 'File Information' info
  12310. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  12311. -g 1 0 18x1+1+1 'VIFF Information'
  12312. -g 1 1 18x1+1+2 'Image (2D) Stats'
  12313. -g 1 0 18x1+1+3 'Signal (1D) Stats'
  12314. -g 1 0 18x1+1+4 '1D Peak Detector'
  12315. -g 1 0 18x1+1+6 'Extract VIFF Data'
  12316. -g 1 0 18x1+1+8 'Print Data'
  12317. -g 1 0 18x1+1+9 'Print Map Data'
  12318. -g 1 0 18x1+1+11 'Edit VIFF Comment'
  12319. -g 1 0 18x1+1+12 'Edit VIFF Header'
  12320. -g 1 0 18x1+1+14 'ASCII File Viewer'
  12321. -H 1  18x2+1+16 'HELP' 'guide help' KHOROS_HOME/doc/cantata/subforms/info/help
  12322. -Q 1 0 18x2+1+18 'QUIT'
  12323. -E
  12324. -P 1 0 80x38+22+2 +8+0 'Information about a VIFF Image File' vfileinfo
  12325. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' i
  12326. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f
  12327. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation ' vfileinfo
  12328. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vfileinfo' KHOROS_HOME/doc/manpages/vfileinfo.1
  12329. -E
  12330. -P 1 1 80x38+22+2 +7+0 'Compute Statistics on VIFF File (2-D)' vstats
  12331. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+1 +0+0 ' ' 'Input Image        ' 'input image' i '/users4/bigtmp/nknorGBAa02396' '/users4/bigtmp/nknorGBAa02396'
  12332. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Masking Image   ' 'statistics operation masking image' m ' ' ' '
  12333. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f '/users4/bigtmp/vstatBBAa28013' '/users4/bigtmp/vstatBBAa28013'
  12334. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'VIFF Output File' 'VIFF format output file' o '/users4/bigtmp/vstatVAAa01257' '/users4/bigtmp/vstatVAAa01257'
  12335. -b +3+5 'Select statistics for VIFF output file:  '
  12336. -l 1 1 1 1 0 30x1+5+6 +0+0 1 'Save ALL statistics ' 'False' 'True' 'if yes, all stats saved' all 0
  12337. -b +3+7 'OR Save (selected):'
  12338. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+8 +0+0 0 'mean                ' 'False' 'True' 'if yes, mean is a band of output' mu 0
  12339. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+9 +0+0 0 'variance            ' 'False' 'True' 'if yes, variance is a band of output' var 0
  12340. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+10 +0+0 0 'standard deviation  ' 'False' 'True' 'if yes, std deviation is a band of output' sd 0
  12341. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+11 +0+0 0 'rms                 ' 'False' 'True' 'if yes, rms is a band of output' rms 0
  12342. -l 1 1 1 1 0 30x1+5+12 +0+0 0 'maximum value       ' 'False' 'True' 'if yes, maximum value is a band of output' vmax 1
  12343. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+13 +0+0 0 'x coord of max value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of max value is a band of output' xmax 0
  12344. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+14 +0+0 0 'y coord of max value' 'False' 'True' 'if yes, y coord of max value is a band of output' ymax 0
  12345. -l 1 1 1 1 0 30x1+5+15 +0+0 0 'minimum value       ' 'False' 'True' 'if yes, minimum value is a band of output' vmin 1
  12346. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+16 +0+0 0 'x coord of min value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of min value is a band of output' xmin 0
  12347. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+17 +0+0 0 'y coord of min value' 'False' 'True' 'if yes, y coord of min value is a band of output' ymin 0
  12348. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+18 +0+0 0 'integral            ' 'False' 'True' 'if yes, integral value is a band of output' in 0
  12349. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+19 +0+0 0 'pos part of integral' 'False' 'True' 'if yes, pos part of integral is a band of output' pin 0
  12350. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+20 +0+0 0 'neg part of integral' 'False' 'True' 'if yes, neg part of integral is a band of output' nin 0
  12351. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+21 +0+0 0 'num contributing pts' 'False' 'True' 'if yes, num contributing pts is a band of output' pts 0
  12352. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+22 +0+0 0 'num positive points ' 'False' 'True' 'if yes, num positive pts is a band of output' ppts 0
  12353. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+23 +0+0 0 'num negative points ' 'False' 'True' 'if yes, num negative pts is a band of output' npts 0
  12354. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+24 +0+0 0 'skewness            ' 'False' 'True' 'if yes, skewness is a band of output' sk 0
  12355. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+25 +0+0 0 'kurtosis            ' 'False' 'True' 'if yes, kurtosis is a band of output' kur 0
  12356. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+26 +0+0 0 'entropy             ' 'False' 'True' 'if yes, entropy is a band of output' ent 0
  12357. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+27 +0+0 0 'contrast            ' 'False' 'True' 'if yes, contrast is a band of output' con 0
  12358. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+29 +0+0 1 'Compute Each Data Band Separately?' 'No ' 'Yes' 'if yes, Compute each data band statistics separately' b
  12359. -R 1 0 1 13x2+1+31 'Execute' 'do operation ' vstats
  12360. -H 1  13x2+39+31 'Help' 'man page for vstats' KHOROS_HOME/doc/manpages/vstats.1
  12361. -E
  12362. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Compute Statistics on VIFF File (1-D)' dstats
  12363. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+1 +0+0 ' ' 'Input VIFF File     ' 'input file' i
  12364. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Masking File     ' 'statistics operation masking file' m
  12365. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output ASCII File' 'output ASCII file' f
  12366. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'VIFF Output File ' 'VIFF format output file' o
  12367. -b +3+5 'Select Statistics for VIFF Output File:  '
  12368. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+6 +0+0 1 'Save ALL statistics ' 'False' 'True' 'if yes, all stats saved' all
  12369. -b +3+7 'OR Save (selected):'
  12370. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+8 +0+0 0 'mean                ' 'False' 'True' 'if yes, mean is a band of output' mu
  12371. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+9 +0+0 0 'variance            ' 'False' 'True' 'if yes, variance is a band of output' var
  12372. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+10 +0+0 0 'standard deviation  ' 'False' 'True' 'if yes, std deviation is a band of output' sd
  12373. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+11 +0+0 0 'rms                 ' 'False' 'True' 'if yes, rms is a band of output' rms
  12374. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+12 +0+0 0 'maximum value       ' 'False' 'True' 'if yes, maximum value is a band of output' vmax
  12375. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+13 +0+0 0 'x coord of max value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of max value is a band of output' xmax
  12376. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+14 +0+0 0 'minimum value       ' 'False' 'True' 'if yes, minimum value is a band of output' vmin
  12377. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+15 +0+0 0 'x coord of min value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of min value is a band of output' xmin
  12378. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+16 +0+0 0 'integral            ' 'False' 'True' 'if yes, integral value is a band of output' in
  12379. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+17 +0+0 0 'pos part of integral' 'False' 'True' 'if yes, pos part of integral is a band of output' pin
  12380. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+18 +0+0 0 'neg part of integral' 'False' 'True' 'if yes, neg part of integral is a band of output' nin
  12381. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+19 +0+0 0 'num contributing pts' 'False' 'True' 'if yes, num contributing pts is a band of output' pts
  12382. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+20 +0+0 0 'num positive points ' 'False' 'True' 'if yes, num positive pts is a band of output' ppts
  12383. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+21 +0+0 0 'num negative points ' 'False' 'True' 'if yes, num negative pts is a band of output' npts
  12384. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+22 +0+0 0 'skewness            ' 'False' 'True' 'if yes, skewness is a band of output' sk
  12385. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+23 +0+0 0 'kurtosis            ' 'False' 'True' 'if yes, kurtosis is a band of output' kur
  12386. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+24 +0+0 0 'entropy             ' 'False' 'True' 'if yes, entropy is a band of output' ent
  12387. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+25 +0+0 0 'contrast            ' 'False' 'True' 'if yes, contrast is a band of output' con
  12388. -T 1 0 1 1 0 40x1+2+27 +0+0 1 'Data Processing Option (select one):' 'process dir. (0=down vectors, 1=across bands, 2=entire file)' d
  12389. -i 1 0 1 1 0 10x1+3+1 +0+0 0 2 1 'Across Bands' 'Process by Bands' d
  12390. -i 1 0 1 0 0 10x1+3+2 +0+0 0 2 0 'Down Vectors' 'direction of processing (1 = across bands, 0 = down vectors)' d
  12391. -i 1 0 1 0 0 10x1+3+3 +0+0 0 2 2 'Calculate One Stat Set for Entire File' 'Process by Bands' d
  12392. -E
  12393. -R 1 0 1 13x2+1+31 'Execute' 'do operation ' dstats
  12394. -H 1  13x2+39+31 'Help' 'man page for dstats' KHOROS_HOME/doc/manpages/dstats.1
  12395. -E
  12396. -P 1 0 80x40+22+2 +13+0 'Find Peaks or Troughs in Data' dpeakpick
  12397. -I 1 0 0 1 0 1 51x1+1+2 +0+0 ' ' 'Input File          ' 'input file' i ' '
  12398. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f ' '
  12399. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'VIFF Output File' 'VIFF format output file' o ' '
  12400. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+6 +0+0 1    'find peaks or troughs:' 'Troughs' 'Peaks' 'if true, find peaks ' p
  12401. -b +1+8 'Specify Number of Peaks or Troughs to Detect (N):'
  12402. -C 0
  12403. -l 1 0 1 1 0 40x1+4+9 +0+0 1     'Find All               ' 'False' 'True' 'Find all peaks or troughs' all
  12404. -i 1 0 1 0 0 42x1+4+10 +0+0 2 2 1 'Specify Number of Peaks' 'Number of peaks or troughs to find ' n
  12405. -E
  12406. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+12 +0+0 1    'Find ' 'max/min' 'first' 'if FALSE find first n, and if TRUE find max/min n, peaks or troughs' m
  12407. -b +22+12 'N peaks/troughs in sequence.'
  12408. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+13 +0+0 0    'Include Endpoints for P/T Designation' 'False' 'True' 'If TRUE, endpoints will be considered for peak designation' e
  12409. -i 1 0 1 1 0 42x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Window Size              ' 'Num steps on both sides of point on which to base peak decision' w
  12410. -f 1 0 1 0 0 42x1+2+16 +0+0 1 1 0 'Min Height to Width Ratio' 'min that abs value of average slope over window can be' hwr
  12411. -l 1 0 1 1 0 40x1+2+18 +0+0 1 'Data Processing Direction' 'Down Vectors' 'Across Bands' 'data processing direction (0 = down vectors, 1 = across bands)' d 1
  12412. -R 1 0 1 13x2+1+20 'Execute' 'do operation ' dpeakpick
  12413. -H 1   13x2+39+20 'Help' 'man page for dpeakpick' ~KHOROS_HOME/doc/manpages/dpeakpick.1
  12414. -E
  12415. -P 1 0 80x38+22+2 +6+0 'Extract Data for PARSER from a VIFF File' varviff
  12416. -b +0+1 'Connection Filenames:'
  12417. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File' 'input file' i1
  12418. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Gating VIFF File' 'input file that is passed to output unmodified (used to gate operation)' i2
  12419. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Optional Output File' 'connecting file' o
  12420. -b +0+6 'Location of Data in VIFF Structure:'
  12421. -i 1 0 0 1 1 30x1+2+7 +0+0 0 0 0 'X location ' 'x location' x
  12422. -i 1 0 0 1 1 30x1+2+8 +0+0 0 0 0 'Y location ' 'y location' y
  12423. -i 1 0 0 1 1 30x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Band number' 'band number' b
  12424. -s 1 0 0 1 1 47x1+0+11 +0+0 ' ' 'Data Variable Name:' 'variable' v
  12425. -R 1 0 4 13x2+1+13 'Execute' 'Execute operation' varviff
  12426. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'Man page for varviff' KHOROS_HOME/doc/manpages/varviff.1
  12427. -E
  12428. -P 1 0 80x38+22+2 +4+0 'Print (Image or Plot) Data to the Screen File' vprdata
  12429. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' i
  12430. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Output ASCII File' 'output ASCII file' f
  12431. -l 1 0 1 1 0 50x1+2+7 +0+0 1 'Print Data Format:' 'Column Form' 'Matrix Form' 'if yes (default) print data as matrix, if no then column' m
  12432. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' vprdata
  12433. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vprdata' KHOROS_HOME/doc/manpages/vprdata.1
  12434. -E
  12435. -P 1 0 80x38+22+2 +15+0 'Print the Colormap Values' vprmap
  12436. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image  ' 'input image filename' i
  12437. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f
  12438. -l 1 0 1 1 0 50x1+2+7 +0+0 1 'Print Values Format:' 'Column Form' 'Matrix Form' 'default: print data as matrix' m
  12439. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation ' vprmap
  12440. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vprmap' KHOROS_HOME/doc/manpages/vprmap.1
  12441. -E
  12442. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Change the Comment Field on a VIFF Image File' vcomment
  12443. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'input image' i
  12444. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' xterm -e vcomment
  12445. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vcomment' KHOROS_HOME/doc/manpages/vcomment.1
  12446. -E
  12447. -P 1 0 80x38+22+2 +17+0 'Edit VIFF Header' vheaded
  12448. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input image ' 'Input image' i
  12449. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output image' 'output image' o
  12450. -l 1 0 1 1 0 50x1+2+5 +0+0 0 'Edit dangerous fields' 'No' 'Yes' 'edit dangerous fields' danger
  12451. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'execute operation' xterm -e vheaded
  12452. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vheaded' KHOROS_HOME/doc/manpages/vheaded.1
  12453. -E
  12454. -P 1 0 80x38+22+2 +17+0 'View an ASCII File' xvviewer
  12455. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Filename' 'filename to view' i
  12456. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation ' xvviewer
  12457. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for xvviewer' KHOROS_HOME/doc/manpages/xvviewer.1
  12458. -E
  12459. -E
  12460. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Standard Control Structures' control
  12461. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  12462. -g 1 0 18x1+1+2 'Count-Loop'
  12463. -g 1 0 18x1+1+3 'While-Loop'
  12464. -g 1 0 18x1+1+5 'If-Then-Else'
  12465. -g 1 1 18x1+1+6 'Merge'
  12466. -H 1  18x2+1+11 'HELP' 'guide help' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/help/Overview
  12467. -Q 1 0 18x2+1+13 'QUIT'
  12468. -E
  12469. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'Counting-Loop Control Structure' count_loop
  12470. -b +0+1 'Counting-Loop Parameters:'
  12471. -s 1 0 0 1 0 40x1+1+2 +0+0 ' ' 'Loop Control Variable' 'loop control variable' lcv
  12472. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+3 +0+0 0 0 1 'Initial Value     ' 'initial value' init
  12473. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+4 +0+0 0 0 1 'Increment Value   ' 'increment value' incr
  12474. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+5 +0+0 0 0 1 'Final Value       ' 'test value' test
  12475. -b +0+6 'Control Path Connections:'
  12476. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+7 +0+0 ' ' 'Initial input' 'Initial input file' i_in
  12477. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +0+0 ' ' '   Loop input ' 'Loop input file' i_lp
  12478. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Exit output' 'Exit output file' o_ex
  12479. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+10 +0+0 ' ' '   Loop output' 'Loop output file' o_lp
  12480. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for count_loop' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/count_loop/help
  12481. -E
  12482. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'While-Loop Control Structure' while_loop
  12483. -b +0+1 'While-Loop Parameters:'
  12484. -i 1 0 1 0 0 50x1+1+2 +0+0 0 0 1 'Initial Expression' 'Initial expression' init
  12485. -i 1 0 1 0 0 50x1+1+3 +0+0 0 0 1 'Update Expression ' 'Update expression' update
  12486. -i 1 0 0 1 0 50x1+1+4 +0+0 0 0 1 '   Test Condition    ' 'Test condition' test
  12487. -b +0+6 'Control Path Connections:'
  12488. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+7 +0+0 ' ' 'Initial input' 'Initial input file' i_in
  12489. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +0+0 ' ' '   Loop input ' 'Loop input file' i_lp
  12490. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Exit output' 'Exit output file' o_ex
  12491. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+10 +0+0 ' ' '   Loop output' 'Loop output file' o_lp
  12492. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for while_loop' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/while_loop/help
  12493. -E
  12494. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'If-Then-Else Control Structure' if_else
  12495. -i 1 0 0 1 0 50x1+1+2 +0+0 0 0 1 'If Conditional Expression' 'Boolean expression' cond
  12496. -b +0+4 'Control Path Connections:'
  12497. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+5 +3+0 ' ' 'Input ' 'input_file' i
  12498. -b +1+6 'Then (TRUE)'
  12499. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+7 +3+0 ' ' 'Output' 'TRUE output file' o1
  12500. -b +1+8 'Else (FALSE)'
  12501. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Output' 'FALSE output file' o2
  12502. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for if_then_else' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/if_else/help
  12503. -E
  12504. -P 1 1 80x38+22+2 +18+0 'Merge Structure' merge
  12505. -b +1+2 'Control Path Connections:'
  12506. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+4 +3+0 ' ' 'Input 1' 'input file 1' i1 '/users4/bigtmp/mergeRCAa02396' '/users4/bigtmp/mergeRCAa02396'
  12507. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+6 +0+0 ' ' 'Input 2' 'input file 2' i2 ' ' ' '
  12508. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +3+0 ' ' 'Output ' 'output file' o '/users4/bigtmp/mergeKBAa02396' '/users4/bigtmp/mergeKBAa02396'
  12509. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for merge' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/merge/help
  12510. -E
  12511. -E
  12512. -M 1 0 80x38+0+0 +5+1 'Enter Comment' comment
  12513. -P 1 1 80x38+0+0 +6+1 'Comment Pane used to comment a cantata workspace' comment
  12514. -s 1 0 0 1 0 22x1+1+3 +0+0 ' comment' 'Glyph  Label' 'Label for cantata glyph' label 'READ 1st' 'READ 1st'
  12515. -b +1+5 'Text area for commenting the cantata workspace'
  12516. -s 1 0 0 1 0 55x10+0+6 +0+0 ' ' ' ' 'first string' comment 'This is the NaginKohler segmentation procedure.\n\nIt has a number of different settings: medium, high, very \nhigh, low, and very low - see the comment boxes labeled\nmedium, high, very high, low, and very low.\n\n' 'This is the NaginKohler segmentation procedure.\n\nIt has a number of different settings: medium, high, very \nhigh, low, and very low - see the comment boxes labeled\nmedium, high, very high, low, and very low.\n\n'
  12517. -Q 1 0 13x2+2+15 'QUIT'
  12518. -H 1  13x2+42+15 'Help' 'man page for workspace management' KHOROS_HOME/doc/cantata/edit/comment/help
  12519. -E
  12520. -E
  12521. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Standard Control Structures' control
  12522. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  12523. -g 1 0 18x1+1+2 'Count-Loop'
  12524. -g 1 0 18x1+1+3 'While-Loop'
  12525. -g 1 1 18x1+1+5 'If-Then-Else'
  12526. -g 1 0 18x1+1+6 'Merge'
  12527. -H 1  18x2+1+11 'HELP' 'guide help' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/help/Overview
  12528. -Q 1 0 18x2+1+13 'QUIT'
  12529. -E
  12530. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'Counting-Loop Control Structure' count_loop
  12531. -b +0+1 'Counting-Loop Parameters:'
  12532. -s 1 0 0 1 0 40x1+1+2 +0+0 ' ' 'Loop Control Variable' 'loop control variable' lcv
  12533. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+3 +0+0 0 0 1 'Initial Value     ' 'initial value' init
  12534. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+4 +0+0 0 0 1 'Increment Value   ' 'increment value' incr
  12535. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+5 +0+0 0 0 1 'Final Value       ' 'test value' test
  12536. -b +0+6 'Control Path Connections:'
  12537. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+7 +0+0 ' ' 'Initial input' 'Initial input file' i_in
  12538. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +0+0 ' ' '   Loop input ' 'Loop input file' i_lp
  12539. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Exit output' 'Exit output file' o_ex
  12540. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+10 +0+0 ' ' '   Loop output' 'Loop output file' o_lp
  12541. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for count_loop' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/count_loop/help
  12542. -E
  12543. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'While-Loop Control Structure' while_loop
  12544. -b +0+1 'While-Loop Parameters:'
  12545. -i 1 0 1 0 0 50x1+1+2 +0+0 0 0 1 'Initial Expression' 'Initial expression' init
  12546. -i 1 0 1 0 0 50x1+1+3 +0+0 0 0 1 'Update Expression ' 'Update expression' update
  12547. -i 1 0 0 1 0 50x1+1+4 +0+0 0 0 1 '   Test Condition    ' 'Test condition' test
  12548. -b +0+6 'Control Path Connections:'
  12549. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+7 +0+0 ' ' 'Initial input' 'Initial input file' i_in
  12550. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +0+0 ' ' '   Loop input ' 'Loop input file' i_lp
  12551. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Exit output' 'Exit output file' o_ex
  12552. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+10 +0+0 ' ' '   Loop output' 'Loop output file' o_lp
  12553. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for while_loop' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/while_loop/help
  12554. -E
  12555. -P 1 1 80x38+22+2 +10+0 'If-Then-Else Control Structure' if_else
  12556. -i 1 0 0 1 0 50x1+1+2 +0+0 0 0 1 'If Conditional Expression' 'Boolean expression' cond 1 'EnhancementAlgorithm'
  12557. -b +0+4 'Control Path Connections:'
  12558. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+5 +3+0 ' ' 'Input ' 'input_file' i '/users4/bigtmp/mergeKBAa02396' '/users4/bigtmp/mergeKBAa02396'
  12559. -b +1+6 'Then (TRUE)'
  12560. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+7 +3+0 ' ' 'Output' 'TRUE output file' o1 '/users4/bigtmp/if_elLBAa02396' '/users4/bigtmp/if_elLBAa02396'
  12561. -b +1+8 'Else (FALSE)'
  12562. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Output' 'FALSE output file' o2 '/users4/bigtmp/if_elMBAa02396' '/users4/bigtmp/if_elMBAa02396'
  12563. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for if_then_else' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/if_else/help
  12564. -E
  12565. -P 1 0 80x38+22+2 +18+0 'Merge Structure' merge
  12566. -b +1+2 'Control Path Connections:'
  12567. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+4 +3+0 ' ' 'Input 1' 'input file 1' i1
  12568. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+6 +0+0 ' ' 'Input 2' 'input file 2' i2
  12569. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +3+0 ' ' 'Output ' 'output file' o
  12570. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for merge' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/merge/help
  12571. -E
  12572. -E
  12573. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  12574. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  12575. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  12576. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  12577. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  12578. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  12579. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  12580. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  12581. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  12582. -g 1 1 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  12583. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  12584. -g 1 0 18x1+1+13 'ReMerge'
  12585. -g 1 0 18x1+1+13 'RegLab'
  12586. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  12587. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  12588. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  12589. -g 1 0 18x1+1+18 'ShowEdges'
  12590. -g 1 0 18x1+1+19 'ShowLines'
  12591. -g 1 0 18x1+1+21 'intensity'
  12592. -g 1 0 18x1+1+23 'VisImages'
  12593. -H 1  18x2+1+25 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  12594. -Q 1 0 18x2+1+27 'QUIT'
  12595. -E
  12596. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  12597. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  12598. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  12599. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  12600. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  12601. -E
  12602. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  12603. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  12604. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  12605. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  12606. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  12607. -E
  12608. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  12609. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  12610. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  12611. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  12612. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  12613. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  12614. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  12615. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  12616. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  12617. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  12618. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  12619. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  12620. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  12621. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  12622. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  12623. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  12624. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  12625. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  12626. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  12627. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  12628. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  12629. -E
  12630. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  12631. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  12632. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  12633. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  12634. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  12635. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  12636. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  12637. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  12638. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  12639. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  12640. -E
  12641. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  12642. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  12643. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  12644. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  12645. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  12646. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  12647. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  12648. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  12649. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  12650. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  12651. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  12652. -E
  12653. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  12654. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  12655. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  12656. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  12657. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  12658. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  12659. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  12660. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  12661. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  12662. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  12663. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  12664. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  12665. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  12666. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  12667. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  12668. -E
  12669. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  12670. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  12671. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  12672. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  12673. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  12674. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  12675. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  12676. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  12677. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  12678. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  12679. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  12680. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  12681. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  12682. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  12683. -E
  12684. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  12685. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  12686. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  12687. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  12688. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  12689. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  12690. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  12691. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  12692. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  12693. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  12694. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  12695. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  12696. -E
  12697. -P 1 1 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  12698. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg '/users4/bigtmp/if_elMBAa02396' '/users4/bigtmp/if_elMBAa02396'
  12699. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations 1 'NagaoIterations'
  12700. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg '/users4/bigtmp/nagaoNBAa02396' '/users4/bigtmp/nagaoNBAa02396'
  12701. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  12702. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  12703. -E
  12704. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  12705. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  12706. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  12707. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  12708. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  12709. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  12710. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  12711. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  12712. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  12713. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  12714. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  12715. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  12716. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  12717. -E
  12718. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  12719. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  12720. -E
  12721. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  12722. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  12723. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg
  12724. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector
  12725. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector
  12726. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  12727. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh
  12728. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta
  12729. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  12730. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  12731. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  12732. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  12733. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  12734. -E
  12735. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  12736. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  12737. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  12738. -E
  12739. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  12740. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg
  12741. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  12742. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  12743. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  12744. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  12745. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  12746. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  12747. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  12748. -E
  12749. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  12750. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  12751. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg
  12752. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  12753. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  12754. -E
  12755. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  12756. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  12757. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  12758. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  12759. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  12760. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  12761. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  12762. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  12763. -E
  12764. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  12765. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  12766. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  12767. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  12768. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  12769. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  12770. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  12771. -E
  12772. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  12773. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  12774. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  12775. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  12776. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  12777. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  12778. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  12779. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  12780. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  12781. -E
  12782. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  12783. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  12784. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  12785. -E
  12786. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  12787. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  12788. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  12789. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  12790. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  12791. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  12792. -E
  12793. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  12794. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  12795. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  12796. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  12797. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  12798. -E
  12799. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  12800. -b +18+1 'Intensity from color'
  12801. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  12802. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  12803. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  12804. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  12805. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  12806. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  12807. -E
  12808. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  12809. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  12810. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  12811. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  12812. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  12813. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  12814. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  12815. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  12816. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  12817. -E
  12818. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  12819. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  12820. -E
  12821. -E
  12822. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Standard Control Structures' control
  12823. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  12824. -g 1 0 18x1+1+2 'Count-Loop'
  12825. -g 1 0 18x1+1+3 'While-Loop'
  12826. -g 1 0 18x1+1+5 'If-Then-Else'
  12827. -g 1 1 18x1+1+6 'Merge'
  12828. -H 1  18x2+1+11 'HELP' 'guide help' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/help/Overview
  12829. -Q 1 0 18x2+1+13 'QUIT'
  12830. -E
  12831. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'Counting-Loop Control Structure' count_loop
  12832. -b +0+1 'Counting-Loop Parameters:'
  12833. -s 1 0 0 1 0 40x1+1+2 +0+0 ' ' 'Loop Control Variable' 'loop control variable' lcv
  12834. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+3 +0+0 0 0 1 'Initial Value     ' 'initial value' init
  12835. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+4 +0+0 0 0 1 'Increment Value   ' 'increment value' incr
  12836. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+5 +0+0 0 0 1 'Final Value       ' 'test value' test
  12837. -b +0+6 'Control Path Connections:'
  12838. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+7 +0+0 ' ' 'Initial input' 'Initial input file' i_in
  12839. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +0+0 ' ' '   Loop input ' 'Loop input file' i_lp
  12840. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Exit output' 'Exit output file' o_ex
  12841. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+10 +0+0 ' ' '   Loop output' 'Loop output file' o_lp
  12842. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for count_loop' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/count_loop/help
  12843. -E
  12844. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'While-Loop Control Structure' while_loop
  12845. -b +0+1 'While-Loop Parameters:'
  12846. -i 1 0 1 0 0 50x1+1+2 +0+0 0 0 1 'Initial Expression' 'Initial expression' init
  12847. -i 1 0 1 0 0 50x1+1+3 +0+0 0 0 1 'Update Expression ' 'Update expression' update
  12848. -i 1 0 0 1 0 50x1+1+4 +0+0 0 0 1 '   Test Condition    ' 'Test condition' test
  12849. -b +0+6 'Control Path Connections:'
  12850. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+7 +0+0 ' ' 'Initial input' 'Initial input file' i_in
  12851. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +0+0 ' ' '   Loop input ' 'Loop input file' i_lp
  12852. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Exit output' 'Exit output file' o_ex
  12853. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+10 +0+0 ' ' '   Loop output' 'Loop output file' o_lp
  12854. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for while_loop' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/while_loop/help
  12855. -E
  12856. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'If-Then-Else Control Structure' if_else
  12857. -i 1 0 0 1 0 50x1+1+2 +0+0 0 0 1 'If Conditional Expression' 'Boolean expression' cond
  12858. -b +0+4 'Control Path Connections:'
  12859. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+5 +3+0 ' ' 'Input ' 'input_file' i
  12860. -b +1+6 'Then (TRUE)'
  12861. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+7 +3+0 ' ' 'Output' 'TRUE output file' o1
  12862. -b +1+8 'Else (FALSE)'
  12863. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Output' 'FALSE output file' o2
  12864. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for if_then_else' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/if_else/help
  12865. -E
  12866. -P 1 1 80x38+22+2 +18+0 'Merge Structure' merge
  12867. -b +1+2 'Control Path Connections:'
  12868. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+4 +3+0 ' ' 'Input 1' 'input file 1' i1 '/users4/bigtmp/weymoJBAa02396' '/users4/bigtmp/weymoJBAa02396'
  12869. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+1+6 +0+0 ' ' 'Input 2' 'input file 2' i2 '/users4/bigtmp/nagaoNBAa02396' '/users4/bigtmp/nagaoNBAa02396'
  12870. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +3+0 ' ' 'Output ' 'output file' o '/users4/bigtmp/mergeOBAa02396' '/users4/bigtmp/mergeOBAa02396'
  12871. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for merge' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/merge/help
  12872. -E
  12873. -E
  12874. -M 1 0 80x38+0+0 +5+1 'Enter Comment' comment
  12875. -P 1 1 80x38+0+0 +6+1 'Comment Pane used to comment a cantata workspace' comment
  12876. -s 1 0 0 1 0 22x1+1+3 +0+0 ' comment' 'Glyph  Label' 'Label for cantata glyph' label 'VeryHigh' 'VeryHigh'
  12877. -b +1+5 'Text area for commenting the cantata workspace'
  12878. -s 1 0 0 1 0 55x10+0+6 +0+0 ' ' ' ' 'first string' comment 'RSector =  16\nCSector = 16\nPeakAdditionIterations = 0\nMinPeakDistanceRelative = 2\nMinPeakDistanceRelativeAddp = 2\nMinPeakHeightFactor = 0.3\nMinPeakHeightFactorAddp = 0.3\nMinPeakValleyRatio = 1.0\nMinPeakValleyRatioAddp = 1.0\nNormalMergeThreshold = 1.1\nWeakMergeThreshold = 0.6\nStrongMergeThreshold  = 1.7\n' 'RSector =  16\nCSector = 16\nPeakAdditionIterations = 0\nMinPeakDistanceRelative = 2\nMinPeakDistanceRelativeAddp = 2\nMinPeakHeightFactor = 0.3\nMinPeakHeightFactorAddp = 0.3\nMinPeakValleyRatio = 1.0\nMinPeakValleyRatioAddp = 1.0\nNormalMergeThreshold = 1.1\nWeakMergeThreshold = 0.6\nStrongMergeThreshold  = 1.7\n'
  12879. -Q 1 0 13x2+2+15 'QUIT'
  12880. -H 1  13x2+42+15 'Help' 'man page for workspace management' KHOROS_HOME/doc/cantata/edit/comment/help
  12881. -E
  12882. -E
  12883. -M 1 0 80x38+0+0 +5+1 'Enter Comment' comment
  12884. -P 1 1 80x38+0+0 +6+1 'Comment Pane used to comment a cantata workspace' comment
  12885. -s 1 0 0 1 0 22x1+1+3 +0+0 ' comment' 'Glyph  Label' 'Label for cantata glyph' label 'base def' 'base def'
  12886. -b +1+5 'Text area for commenting the cantata workspace'
  12887. -s 1 0 0 1 0 55x10+0+6 +0+0 ' ' ' ' 'first string' comment 'ScalingMaxval = 89\nNagaoIterations = 1\nWeymouthIterations = 5\nEnhancementAlgorithm = 1\nRemergeTheta = 2.5\n' 'ScalingMaxval = 89\nNagaoIterations = 1\nWeymouthIterations = 5\nEnhancementAlgorithm = 1\nRemergeTheta = 2.5\n'
  12888. -Q 1 0 13x2+2+15 'QUIT'
  12889. -H 1  13x2+42+15 'Help' 'man page for workspace management' KHOROS_HOME/doc/cantata/edit/comment/help
  12890. -E
  12891. -E
  12892. -M 1 0 100x40+10+20 +31+1 'File Information' info
  12893. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  12894. -g 1 0 18x1+1+1 'VIFF Information'
  12895. -g 1 0 18x1+1+2 'Image (2D) Stats'
  12896. -g 1 0 18x1+1+3 'Signal (1D) Stats'
  12897. -g 1 0 18x1+1+4 '1D Peak Detector'
  12898. -g 1 1 18x1+1+6 'Extract VIFF Data'
  12899. -g 1 0 18x1+1+8 'Print Data'
  12900. -g 1 0 18x1+1+9 'Print Map Data'
  12901. -g 1 0 18x1+1+11 'Edit VIFF Comment'
  12902. -g 1 0 18x1+1+12 'Edit VIFF Header'
  12903. -g 1 0 18x1+1+14 'ASCII File Viewer'
  12904. -H 1  18x2+1+16 'HELP' 'guide help' KHOROS_HOME/doc/cantata/subforms/info/help
  12905. -Q 1 0 18x2+1+18 'QUIT'
  12906. -E
  12907. -P 1 0 80x38+22+2 +8+0 'Information about a VIFF Image File' vfileinfo
  12908. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' i
  12909. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f
  12910. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation ' vfileinfo
  12911. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vfileinfo' KHOROS_HOME/doc/manpages/vfileinfo.1
  12912. -E
  12913. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Compute Statistics on VIFF File (2-D)' vstats
  12914. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+1 +0+0 ' ' 'Input Image        ' 'input image' i
  12915. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Masking Image   ' 'statistics operation masking image' m
  12916. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f
  12917. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'VIFF Output File' 'VIFF format output file' o
  12918. -b +3+5 'Select statistics for VIFF output file:  '
  12919. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+6 +0+0 1 'Save ALL statistics ' 'False' 'True' 'if yes, all stats saved' all
  12920. -b +3+7 'OR Save (selected):'
  12921. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+8 +0+0 0 'mean                ' 'False' 'True' 'if yes, mean is a band of output' mu
  12922. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+9 +0+0 0 'variance            ' 'False' 'True' 'if yes, variance is a band of output' var
  12923. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+10 +0+0 0 'standard deviation  ' 'False' 'True' 'if yes, std deviation is a band of output' sd
  12924. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+11 +0+0 0 'rms                 ' 'False' 'True' 'if yes, rms is a band of output' rms
  12925. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+12 +0+0 0 'maximum value       ' 'False' 'True' 'if yes, maximum value is a band of output' vmax
  12926. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+13 +0+0 0 'x coord of max value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of max value is a band of output' xmax
  12927. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+14 +0+0 0 'y coord of max value' 'False' 'True' 'if yes, y coord of max value is a band of output' ymax
  12928. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+15 +0+0 0 'minimum value       ' 'False' 'True' 'if yes, minimum value is a band of output' vmin
  12929. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+16 +0+0 0 'x coord of min value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of min value is a band of output' xmin
  12930. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+17 +0+0 0 'y coord of min value' 'False' 'True' 'if yes, y coord of min value is a band of output' ymin
  12931. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+18 +0+0 0 'integral            ' 'False' 'True' 'if yes, integral value is a band of output' in
  12932. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+19 +0+0 0 'pos part of integral' 'False' 'True' 'if yes, pos part of integral is a band of output' pin
  12933. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+20 +0+0 0 'neg part of integral' 'False' 'True' 'if yes, neg part of integral is a band of output' nin
  12934. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+21 +0+0 0 'num contributing pts' 'False' 'True' 'if yes, num contributing pts is a band of output' pts
  12935. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+22 +0+0 0 'num positive points ' 'False' 'True' 'if yes, num positive pts is a band of output' ppts
  12936. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+23 +0+0 0 'num negative points ' 'False' 'True' 'if yes, num negative pts is a band of output' npts
  12937. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+24 +0+0 0 'skewness            ' 'False' 'True' 'if yes, skewness is a band of output' sk
  12938. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+25 +0+0 0 'kurtosis            ' 'False' 'True' 'if yes, kurtosis is a band of output' kur
  12939. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+26 +0+0 0 'entropy             ' 'False' 'True' 'if yes, entropy is a band of output' ent
  12940. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+27 +0+0 0 'contrast            ' 'False' 'True' 'if yes, contrast is a band of output' con
  12941. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+29 +0+0 1 'Compute Each Data Band Separately?' 'No ' 'Yes' 'if yes, Compute each data band statistics separately' b
  12942. -R 1 0 1 13x2+1+31 'Execute' 'do operation ' vstats
  12943. -H 1  13x2+39+31 'Help' 'man page for vstats' KHOROS_HOME/doc/manpages/vstats.1
  12944. -E
  12945. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Compute Statistics on VIFF File (1-D)' dstats
  12946. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+1 +0+0 ' ' 'Input VIFF File     ' 'input file' i
  12947. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Masking File     ' 'statistics operation masking file' m
  12948. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output ASCII File' 'output ASCII file' f
  12949. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'VIFF Output File ' 'VIFF format output file' o
  12950. -b +3+5 'Select Statistics for VIFF Output File:  '
  12951. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+6 +0+0 1 'Save ALL statistics ' 'False' 'True' 'if yes, all stats saved' all
  12952. -b +3+7 'OR Save (selected):'
  12953. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+8 +0+0 0 'mean                ' 'False' 'True' 'if yes, mean is a band of output' mu
  12954. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+9 +0+0 0 'variance            ' 'False' 'True' 'if yes, variance is a band of output' var
  12955. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+10 +0+0 0 'standard deviation  ' 'False' 'True' 'if yes, std deviation is a band of output' sd
  12956. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+11 +0+0 0 'rms                 ' 'False' 'True' 'if yes, rms is a band of output' rms
  12957. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+12 +0+0 0 'maximum value       ' 'False' 'True' 'if yes, maximum value is a band of output' vmax
  12958. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+13 +0+0 0 'x coord of max value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of max value is a band of output' xmax
  12959. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+14 +0+0 0 'minimum value       ' 'False' 'True' 'if yes, minimum value is a band of output' vmin
  12960. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+15 +0+0 0 'x coord of min value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of min value is a band of output' xmin
  12961. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+16 +0+0 0 'integral            ' 'False' 'True' 'if yes, integral value is a band of output' in
  12962. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+17 +0+0 0 'pos part of integral' 'False' 'True' 'if yes, pos part of integral is a band of output' pin
  12963. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+18 +0+0 0 'neg part of integral' 'False' 'True' 'if yes, neg part of integral is a band of output' nin
  12964. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+19 +0+0 0 'num contributing pts' 'False' 'True' 'if yes, num contributing pts is a band of output' pts
  12965. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+20 +0+0 0 'num positive points ' 'False' 'True' 'if yes, num positive pts is a band of output' ppts
  12966. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+21 +0+0 0 'num negative points ' 'False' 'True' 'if yes, num negative pts is a band of output' npts
  12967. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+22 +0+0 0 'skewness            ' 'False' 'True' 'if yes, skewness is a band of output' sk
  12968. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+23 +0+0 0 'kurtosis            ' 'False' 'True' 'if yes, kurtosis is a band of output' kur
  12969. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+24 +0+0 0 'entropy             ' 'False' 'True' 'if yes, entropy is a band of output' ent
  12970. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+25 +0+0 0 'contrast            ' 'False' 'True' 'if yes, contrast is a band of output' con
  12971. -T 1 0 1 1 0 40x1+2+27 +0+0 1 'Data Processing Option (select one):' 'process dir. (0=down vectors, 1=across bands, 2=entire file)' d
  12972. -i 1 0 1 1 0 10x1+3+1 +0+0 0 2 1 'Across Bands' 'Process by Bands' d
  12973. -i 1 0 1 0 0 10x1+3+2 +0+0 0 2 0 'Down Vectors' 'direction of processing (1 = across bands, 0 = down vectors)' d
  12974. -i 1 0 1 0 0 10x1+3+3 +0+0 0 2 2 'Calculate One Stat Set for Entire File' 'Process by Bands' d
  12975. -E
  12976. -R 1 0 1 13x2+1+31 'Execute' 'do operation ' dstats
  12977. -H 1  13x2+39+31 'Help' 'man page for dstats' KHOROS_HOME/doc/manpages/dstats.1
  12978. -E
  12979. -P 1 0 80x40+22+2 +13+0 'Find Peaks or Troughs in Data' dpeakpick
  12980. -I 1 0 0 1 0 1 51x1+1+2 +0+0 ' ' 'Input File          ' 'input file' i ' '
  12981. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f ' '
  12982. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'VIFF Output File' 'VIFF format output file' o ' '
  12983. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+6 +0+0 1    'find peaks or troughs:' 'Troughs' 'Peaks' 'if true, find peaks ' p
  12984. -b +1+8 'Specify Number of Peaks or Troughs to Detect (N):'
  12985. -C 0
  12986. -l 1 0 1 1 0 40x1+4+9 +0+0 1     'Find All               ' 'False' 'True' 'Find all peaks or troughs' all
  12987. -i 1 0 1 0 0 42x1+4+10 +0+0 2 2 1 'Specify Number of Peaks' 'Number of peaks or troughs to find ' n
  12988. -E
  12989. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+12 +0+0 1    'Find ' 'max/min' 'first' 'if FALSE find first n, and if TRUE find max/min n, peaks or troughs' m
  12990. -b +22+12 'N peaks/troughs in sequence.'
  12991. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+13 +0+0 0    'Include Endpoints for P/T Designation' 'False' 'True' 'If TRUE, endpoints will be considered for peak designation' e
  12992. -i 1 0 1 1 0 42x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Window Size              ' 'Num steps on both sides of point on which to base peak decision' w
  12993. -f 1 0 1 0 0 42x1+2+16 +0+0 1 1 0 'Min Height to Width Ratio' 'min that abs value of average slope over window can be' hwr
  12994. -l 1 0 1 1 0 40x1+2+18 +0+0 1 'Data Processing Direction' 'Down Vectors' 'Across Bands' 'data processing direction (0 = down vectors, 1 = across bands)' d 1
  12995. -R 1 0 1 13x2+1+20 'Execute' 'do operation ' dpeakpick
  12996. -H 1   13x2+39+20 'Help' 'man page for dpeakpick' ~KHOROS_HOME/doc/manpages/dpeakpick.1
  12997. -E
  12998. -P 1 1 80x38+22+2 +6+0 'Extract Data for PARSER from a VIFF File' varviff
  12999. -b +0+1 'Connection Filenames:'
  13000. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File' 'input file' i1 '/users4/bigtmp/vstatVAAa01257' '/users4/bigtmp/vstatVAAa01257'
  13001. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Gating VIFF File' 'input file that is passed to output unmodified (used to gate operation)' i2 '/users4/bigtmp/nknorGBAa02396' '/users4/bigtmp/nknorGBAa02396'
  13002. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Optional Output File' 'connecting file' o '/users4/bigtmp/varviPBAa02396' '/users4/bigtmp/varviPBAa02396'
  13003. -b +0+6 'Location of Data in VIFF Structure:'
  13004. -i 1 0 0 1 1 30x1+2+7 +0+0 0 0 0 'X location ' 'x location' x
  13005. -i 1 0 0 1 1 30x1+2+8 +0+0 0 0 0 'Y location ' 'y location' y
  13006. -i 1 0 0 1 1 30x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Band number' 'band number' b
  13007. -s 1 1 0 1 1 47x1+0+11 +0+0 ' ' 'Data Variable Name:' 'variable' v 'MaxVal' 'MaxVal'
  13008. -R 1 0 4 13x2+1+13 'Execute' 'Execute operation' varviff
  13009. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'Man page for varviff' KHOROS_HOME/doc/manpages/varviff.1
  13010. -E
  13011. -P 1 0 80x38+22+2 +4+0 'Print (Image or Plot) Data to the Screen File' vprdata
  13012. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' i
  13013. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Output ASCII File' 'output ASCII file' f
  13014. -l 1 0 1 1 0 50x1+2+7 +0+0 1 'Print Data Format:' 'Column Form' 'Matrix Form' 'if yes (default) print data as matrix, if no then column' m
  13015. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' vprdata
  13016. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vprdata' KHOROS_HOME/doc/manpages/vprdata.1
  13017. -E
  13018. -P 1 0 80x38+22+2 +15+0 'Print the Colormap Values' vprmap
  13019. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image  ' 'input image filename' i
  13020. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f
  13021. -l 1 0 1 1 0 50x1+2+7 +0+0 1 'Print Values Format:' 'Column Form' 'Matrix Form' 'default: print data as matrix' m
  13022. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation ' vprmap
  13023. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vprmap' KHOROS_HOME/doc/manpages/vprmap.1
  13024. -E
  13025. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Change the Comment Field on a VIFF Image File' vcomment
  13026. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'input image' i
  13027. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' xterm -e vcomment
  13028. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vcomment' KHOROS_HOME/doc/manpages/vcomment.1
  13029. -E
  13030. -P 1 0 80x38+22+2 +17+0 'Edit VIFF Header' vheaded
  13031. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input image ' 'Input image' i
  13032. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output image' 'output image' o
  13033. -l 1 0 1 1 0 50x1+2+5 +0+0 0 'Edit dangerous fields' 'No' 'Yes' 'edit dangerous fields' danger
  13034. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'execute operation' xterm -e vheaded
  13035. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vheaded' KHOROS_HOME/doc/manpages/vheaded.1
  13036. -E
  13037. -P 1 0 80x38+22+2 +17+0 'View an ASCII File' xvviewer
  13038. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Filename' 'filename to view' i
  13039. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation ' xvviewer
  13040. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for xvviewer' KHOROS_HOME/doc/manpages/xvviewer.1
  13041. -E
  13042. -E
  13043. -M 1 0 100x40+10+20 +31+1 'File Information' info
  13044. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  13045. -g 1 0 18x1+1+1 'VIFF Information'
  13046. -g 1 0 18x1+1+2 'Image (2D) Stats'
  13047. -g 1 0 18x1+1+3 'Signal (1D) Stats'
  13048. -g 1 0 18x1+1+4 '1D Peak Detector'
  13049. -g 1 1 18x1+1+6 'Extract VIFF Data'
  13050. -g 1 0 18x1+1+8 'Print Data'
  13051. -g 1 0 18x1+1+9 'Print Map Data'
  13052. -g 1 0 18x1+1+11 'Edit VIFF Comment'
  13053. -g 1 0 18x1+1+12 'Edit VIFF Header'
  13054. -g 1 0 18x1+1+14 'ASCII File Viewer'
  13055. -H 1  18x2+1+16 'HELP' 'guide help' KHOROS_HOME/doc/cantata/subforms/info/help
  13056. -Q 1 0 18x2+1+18 'QUIT'
  13057. -E
  13058. -P 1 0 80x38+22+2 +8+0 'Information about a VIFF Image File' vfileinfo
  13059. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' i
  13060. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f
  13061. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation ' vfileinfo
  13062. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vfileinfo' KHOROS_HOME/doc/manpages/vfileinfo.1
  13063. -E
  13064. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Compute Statistics on VIFF File (2-D)' vstats
  13065. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+1 +0+0 ' ' 'Input Image        ' 'input image' i
  13066. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Masking Image   ' 'statistics operation masking image' m
  13067. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f
  13068. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'VIFF Output File' 'VIFF format output file' o
  13069. -b +3+5 'Select statistics for VIFF output file:  '
  13070. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+6 +0+0 1 'Save ALL statistics ' 'False' 'True' 'if yes, all stats saved' all
  13071. -b +3+7 'OR Save (selected):'
  13072. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+8 +0+0 0 'mean                ' 'False' 'True' 'if yes, mean is a band of output' mu
  13073. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+9 +0+0 0 'variance            ' 'False' 'True' 'if yes, variance is a band of output' var
  13074. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+10 +0+0 0 'standard deviation  ' 'False' 'True' 'if yes, std deviation is a band of output' sd
  13075. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+11 +0+0 0 'rms                 ' 'False' 'True' 'if yes, rms is a band of output' rms
  13076. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+12 +0+0 0 'maximum value       ' 'False' 'True' 'if yes, maximum value is a band of output' vmax
  13077. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+13 +0+0 0 'x coord of max value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of max value is a band of output' xmax
  13078. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+14 +0+0 0 'y coord of max value' 'False' 'True' 'if yes, y coord of max value is a band of output' ymax
  13079. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+15 +0+0 0 'minimum value       ' 'False' 'True' 'if yes, minimum value is a band of output' vmin
  13080. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+16 +0+0 0 'x coord of min value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of min value is a band of output' xmin
  13081. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+17 +0+0 0 'y coord of min value' 'False' 'True' 'if yes, y coord of min value is a band of output' ymin
  13082. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+18 +0+0 0 'integral            ' 'False' 'True' 'if yes, integral value is a band of output' in
  13083. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+19 +0+0 0 'pos part of integral' 'False' 'True' 'if yes, pos part of integral is a band of output' pin
  13084. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+20 +0+0 0 'neg part of integral' 'False' 'True' 'if yes, neg part of integral is a band of output' nin
  13085. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+21 +0+0 0 'num contributing pts' 'False' 'True' 'if yes, num contributing pts is a band of output' pts
  13086. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+22 +0+0 0 'num positive points ' 'False' 'True' 'if yes, num positive pts is a band of output' ppts
  13087. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+23 +0+0 0 'num negative points ' 'False' 'True' 'if yes, num negative pts is a band of output' npts
  13088. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+24 +0+0 0 'skewness            ' 'False' 'True' 'if yes, skewness is a band of output' sk
  13089. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+25 +0+0 0 'kurtosis            ' 'False' 'True' 'if yes, kurtosis is a band of output' kur
  13090. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+26 +0+0 0 'entropy             ' 'False' 'True' 'if yes, entropy is a band of output' ent
  13091. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+27 +0+0 0 'contrast            ' 'False' 'True' 'if yes, contrast is a band of output' con
  13092. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+29 +0+0 1 'Compute Each Data Band Separately?' 'No ' 'Yes' 'if yes, Compute each data band statistics separately' b
  13093. -R 1 0 1 13x2+1+31 'Execute' 'do operation ' vstats
  13094. -H 1  13x2+39+31 'Help' 'man page for vstats' KHOROS_HOME/doc/manpages/vstats.1
  13095. -E
  13096. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Compute Statistics on VIFF File (1-D)' dstats
  13097. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+1 +0+0 ' ' 'Input VIFF File     ' 'input file' i
  13098. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Masking File     ' 'statistics operation masking file' m
  13099. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output ASCII File' 'output ASCII file' f
  13100. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'VIFF Output File ' 'VIFF format output file' o
  13101. -b +3+5 'Select Statistics for VIFF Output File:  '
  13102. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+6 +0+0 1 'Save ALL statistics ' 'False' 'True' 'if yes, all stats saved' all
  13103. -b +3+7 'OR Save (selected):'
  13104. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+8 +0+0 0 'mean                ' 'False' 'True' 'if yes, mean is a band of output' mu
  13105. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+9 +0+0 0 'variance            ' 'False' 'True' 'if yes, variance is a band of output' var
  13106. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+10 +0+0 0 'standard deviation  ' 'False' 'True' 'if yes, std deviation is a band of output' sd
  13107. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+11 +0+0 0 'rms                 ' 'False' 'True' 'if yes, rms is a band of output' rms
  13108. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+12 +0+0 0 'maximum value       ' 'False' 'True' 'if yes, maximum value is a band of output' vmax
  13109. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+13 +0+0 0 'x coord of max value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of max value is a band of output' xmax
  13110. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+14 +0+0 0 'minimum value       ' 'False' 'True' 'if yes, minimum value is a band of output' vmin
  13111. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+15 +0+0 0 'x coord of min value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of min value is a band of output' xmin
  13112. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+16 +0+0 0 'integral            ' 'False' 'True' 'if yes, integral value is a band of output' in
  13113. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+17 +0+0 0 'pos part of integral' 'False' 'True' 'if yes, pos part of integral is a band of output' pin
  13114. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+18 +0+0 0 'neg part of integral' 'False' 'True' 'if yes, neg part of integral is a band of output' nin
  13115. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+19 +0+0 0 'num contributing pts' 'False' 'True' 'if yes, num contributing pts is a band of output' pts
  13116. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+20 +0+0 0 'num positive points ' 'False' 'True' 'if yes, num positive pts is a band of output' ppts
  13117. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+21 +0+0 0 'num negative points ' 'False' 'True' 'if yes, num negative pts is a band of output' npts
  13118. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+22 +0+0 0 'skewness            ' 'False' 'True' 'if yes, skewness is a band of output' sk
  13119. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+23 +0+0 0 'kurtosis            ' 'False' 'True' 'if yes, kurtosis is a band of output' kur
  13120. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+24 +0+0 0 'entropy             ' 'False' 'True' 'if yes, entropy is a band of output' ent
  13121. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+25 +0+0 0 'contrast            ' 'False' 'True' 'if yes, contrast is a band of output' con
  13122. -T 1 0 1 1 0 40x1+2+27 +0+0 1 'Data Processing Option (select one):' 'process dir. (0=down vectors, 1=across bands, 2=entire file)' d
  13123. -i 1 0 1 1 0 10x1+3+1 +0+0 0 2 1 'Across Bands' 'Process by Bands' d
  13124. -i 1 0 1 0 0 10x1+3+2 +0+0 0 2 0 'Down Vectors' 'direction of processing (1 = across bands, 0 = down vectors)' d
  13125. -i 1 0 1 0 0 10x1+3+3 +0+0 0 2 2 'Calculate One Stat Set for Entire File' 'Process by Bands' d
  13126. -E
  13127. -R 1 0 1 13x2+1+31 'Execute' 'do operation ' dstats
  13128. -H 1  13x2+39+31 'Help' 'man page for dstats' KHOROS_HOME/doc/manpages/dstats.1
  13129. -E
  13130. -P 1 0 80x40+22+2 +13+0 'Find Peaks or Troughs in Data' dpeakpick
  13131. -I 1 0 0 1 0 1 51x1+1+2 +0+0 ' ' 'Input File          ' 'input file' i ' '
  13132. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f ' '
  13133. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'VIFF Output File' 'VIFF format output file' o ' '
  13134. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+6 +0+0 1    'find peaks or troughs:' 'Troughs' 'Peaks' 'if true, find peaks ' p
  13135. -b +1+8 'Specify Number of Peaks or Troughs to Detect (N):'
  13136. -C 0
  13137. -l 1 0 1 1 0 40x1+4+9 +0+0 1     'Find All               ' 'False' 'True' 'Find all peaks or troughs' all
  13138. -i 1 0 1 0 0 42x1+4+10 +0+0 2 2 1 'Specify Number of Peaks' 'Number of peaks or troughs to find ' n
  13139. -E
  13140. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+12 +0+0 1    'Find ' 'max/min' 'first' 'if FALSE find first n, and if TRUE find max/min n, peaks or troughs' m
  13141. -b +22+12 'N peaks/troughs in sequence.'
  13142. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+13 +0+0 0    'Include Endpoints for P/T Designation' 'False' 'True' 'If TRUE, endpoints will be considered for peak designation' e
  13143. -i 1 0 1 1 0 42x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Window Size              ' 'Num steps on both sides of point on which to base peak decision' w
  13144. -f 1 0 1 0 0 42x1+2+16 +0+0 1 1 0 'Min Height to Width Ratio' 'min that abs value of average slope over window can be' hwr
  13145. -l 1 0 1 1 0 40x1+2+18 +0+0 1 'Data Processing Direction' 'Down Vectors' 'Across Bands' 'data processing direction (0 = down vectors, 1 = across bands)' d 1
  13146. -R 1 0 1 13x2+1+20 'Execute' 'do operation ' dpeakpick
  13147. -H 1   13x2+39+20 'Help' 'man page for dpeakpick' ~KHOROS_HOME/doc/manpages/dpeakpick.1
  13148. -E
  13149. -P 1 1 80x38+22+2 +6+0 'Extract Data for PARSER from a VIFF File' varviff
  13150. -b +0+1 'Connection Filenames:'
  13151. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File' 'input file' i1 '/users4/bigtmp/vstatVAAa01257' '/users4/bigtmp/vstatVAAa01257'
  13152. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Gating VIFF File' 'input file that is passed to output unmodified (used to gate operation)' i2 '/users4/bigtmp/varviPBAa02396' '/users4/bigtmp/varviPBAa02396'
  13153. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Optional Output File' 'connecting file' o '/users4/bigtmp/varviQBAa02396' '/users4/bigtmp/varviQBAa02396'
  13154. -b +0+6 'Location of Data in VIFF Structure:'
  13155. -i 1 0 0 1 1 30x1+2+7 +0+0 0 0 0 'X location ' 'x location' x
  13156. -i 1 0 0 1 1 30x1+2+8 +0+0 0 0 0 'Y location ' 'y location' y
  13157. -i 1 1 0 1 1 30x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Band number' 'band number' b 1 '1'
  13158. -s 1 1 0 1 1 47x1+0+11 +0+0 ' ' 'Data Variable Name:' 'variable' v 'MinVal' 'MinVal'
  13159. -R 1 0 4 13x2+1+13 'Execute' 'Execute operation' varviff
  13160. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'Man page for varviff' KHOROS_HOME/doc/manpages/varviff.1
  13161. -E
  13162. -P 1 0 80x38+22+2 +4+0 'Print (Image or Plot) Data to the Screen File' vprdata
  13163. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' i
  13164. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Output ASCII File' 'output ASCII file' f
  13165. -l 1 0 1 1 0 50x1+2+7 +0+0 1 'Print Data Format:' 'Column Form' 'Matrix Form' 'if yes (default) print data as matrix, if no then column' m
  13166. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' vprdata
  13167. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vprdata' KHOROS_HOME/doc/manpages/vprdata.1
  13168. -E
  13169. -P 1 0 80x38+22+2 +15+0 'Print the Colormap Values' vprmap
  13170. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image  ' 'input image filename' i
  13171. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f
  13172. -l 1 0 1 1 0 50x1+2+7 +0+0 1 'Print Values Format:' 'Column Form' 'Matrix Form' 'default: print data as matrix' m
  13173. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation ' vprmap
  13174. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vprmap' KHOROS_HOME/doc/manpages/vprmap.1
  13175. -E
  13176. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Change the Comment Field on a VIFF Image File' vcomment
  13177. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'input image' i
  13178. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' xterm -e vcomment
  13179. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vcomment' KHOROS_HOME/doc/manpages/vcomment.1
  13180. -E
  13181. -P 1 0 80x38+22+2 +17+0 'Edit VIFF Header' vheaded
  13182. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input image ' 'Input image' i
  13183. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output image' 'output image' o
  13184. -l 1 0 1 1 0 50x1+2+5 +0+0 0 'Edit dangerous fields' 'No' 'Yes' 'edit dangerous fields' danger
  13185. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'execute operation' xterm -e vheaded
  13186. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vheaded' KHOROS_HOME/doc/manpages/vheaded.1
  13187. -E
  13188. -P 1 0 80x38+22+2 +17+0 'View an ASCII File' xvviewer
  13189. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Filename' 'filename to view' i
  13190. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation ' xvviewer
  13191. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for xvviewer' KHOROS_HOME/doc/manpages/xvviewer.1
  13192. -E
  13193. -E
  13194. -E
  13195. #  BeginVariables
  13196.  
  13197.  
  13198. #
  13199. # list of currently declared variables
  13200. #
  13201.  
  13202. # Simple expression 'maxval'
  13203. maxval = 1
  13204.  
  13205. # Simple expression 'minval'
  13206. minval = 0
  13207.  
  13208. # Dependant expression 'MinPeakHeightAddp'
  13209. # current evaluated value = 76
  13210.   MinPeakHeightAddp = floor((MinPeakHeightFactorAddp*(SectorFactor/Range)))
  13211.  
  13212. # Simple expression 'MinPeakHeightFactorAddp'
  13213. MinPeakHeightFactorAddp = 0.3
  13214.  
  13215. # Simple expression 'MinVal'
  13216. MinVal = 0
  13217.  
  13218. # Simple expression 'MaxVal'
  13219. MaxVal = 1
  13220.  
  13221. # Simple expression 'RSector'
  13222. RSector = 16
  13223.  
  13224. # Simple expression 'CSector'
  13225. CSector = 16
  13226.  
  13227. # Dependant expression 'SectorFactor'
  13228. # current evaluated value = 256
  13229.   SectorFactor = (RSector*CSector)
  13230.  
  13231. # Dependant expression 'MinPeakHeight'
  13232. # current evaluated value = 76
  13233.   MinPeakHeight = floor((MinPeakHeightFactor*(SectorFactor/Range)))
  13234.  
  13235. # Simple expression 'MinPeakHeightFactor'
  13236. MinPeakHeightFactor = 0.3
  13237.  
  13238. # Dependant expression 'MinPeakDistanceAddp'
  13239. # current evaluated value = 0
  13240.   MinPeakDistanceAddp = floor((Range*(MinPeakDistanceRelativeAddp/100)))
  13241.  
  13242. # Simple expression 'MinPeakDistanceRelativeAddp'
  13243. MinPeakDistanceRelativeAddp = 2
  13244.  
  13245. # Dependant expression 'Range'
  13246. # current evaluated value = 1
  13247.   Range = abs((MaxVal-MinVal))
  13248.  
  13249. # Dependant expression 'MinPeakDistance'
  13250. # current evaluated value = 0
  13251.   MinPeakDistance = floor((Range*(MinPeakDistanceRelative/100)))
  13252.  
  13253. # Simple expression 'MinPeakDistanceRelative'
  13254. MinPeakDistanceRelative = 2
  13255.  
  13256. # Simple expression 'StrongMergeThreshold'
  13257. StrongMergeThreshold = 1.7
  13258.  
  13259. # Simple expression 'WeakMergeThreshold'
  13260. WeakMergeThreshold = 0.6
  13261.  
  13262. # Simple expression 'RemergeTheta'
  13263. RemergeTheta = 2.5
  13264.  
  13265. # Simple expression 'EnhancementAlgorithm'
  13266. EnhancementAlgorithm = 1
  13267.  
  13268. # Simple expression 'WeymouthIterations'
  13269. WeymouthIterations = 5
  13270.  
  13271. # Simple expression 'NagaoIterations'
  13272. NagaoIterations = 1
  13273.  
  13274. # Simple expression 'ScalingMaxval'
  13275. ScalingMaxval = 89
  13276.  
  13277. # Simple expression 'PeakAdditionIterations'
  13278. PeakAdditionIterations = 0
  13279.  
  13280. # Simple expression 'MinPeakValleyRatio'
  13281. MinPeakValleyRatio = 1
  13282.  
  13283. # Simple expression 'MinPeakValleyRatioAddp'
  13284. MinPeakValleyRatioAddp = 1
  13285.  
  13286. # Simple expression 'NormalMergeThreshold'
  13287. NormalMergeThreshold = 1.1
  13288.  
  13289.  
  13290. #  EndVariables
  13291. #  BeginEnvironment
  13292. #    Grid 1
  13293. #    GridSize 20
  13294. #    SmallGlyph 0
  13295. #    RubberBand 0
  13296. #    ParallelExec 1
  13297. #    Viewport 1
  13298. #    AttachCanvas 1
  13299. #    ShowDav 0
  13300. #    ShowModified 0
  13301. #    EchoRoutine 1
  13302. #    LeaveGlyph 0
  13303. #    DemandDriven 0
  13304. #    ShowClipboard 0
  13305. #    InheritAttributes 1
  13306. #    GlobalVariables 1
  13307. #    AutoPlacement 1
  13308. #    GlyphPlacement 0
  13309. #    RemoteExec 0
  13310. #  EndEnvironment
  13311. # 'genmu' 2 1 'genmu36_glyph' 620+120
  13312. # 'nknormalize' 2 1 'nknormalize37_glyph' 220+280
  13313. # 'remerge' 2 1 'remerge38_glyph' 820+120
  13314. # 'reglab' 2 1 'reglab39_glyph' 720+120
  13315. # 'weymouth' 2 1 'weymouth40_glyph' 300+0
  13316. # 'vstats' 2 1 'vstats41_glyph' 320+200
  13317. # 'merge' 4 1 'merge5_control' 0+80
  13318. # 'READ 1st' 6 1 'READ 1st10_comment' 0+0
  13319. # 'if_else' 4 1 'if_else6_control' 140+80
  13320. # 'nagao' 2 1 'nagao42_glyph' 300+100
  13321. # 'merge' 4 1 'merge7_control' 400+0
  13322. # 'VeryHigh' 6 1 'VeryHigh11_comment' 0+180
  13323. # 'base def' 6 1 'base def12_comment' 60+0
  13324. # 'varviff' 2 1 'varviff43_glyph' 420+140
  13325. # 'varviff' 2 1 'varviff44_glyph' 520+120
  13326. # EndWorkspace
  13327. # 'nkvh_green' 3 1 'nkvh_green5_procedure' 220+280
  13328. # BeginWorkspace
  13329. -F 4.2 1 1 0x0+0+0 +0+0 'Dummy Form' not_used
  13330. -S 1 0
  13331. -d 1 0 9x2+2+2 'Subform 22'
  13332. -d 1 0 9x2+22+2 'Subform 23'
  13333. -d 1 0 9x2+4+2 'Subform 25'
  13334. -d 1 0 9x2+8+2 'Subform 27'
  13335. -d 1 0 9x2+10+2 'Subform 28'
  13336. -d 1 0 9x2+12+2 'Subform 29'
  13337. -d 1 0 9x2+14+2 'Subform 30'
  13338. -d 1 0 9x2+28+2 'Subform 2'
  13339. -d 1 0 9x2+32+2 'Subform 4'
  13340. -d 1 0 9x2+34+2 'Subform 5'
  13341. -d 1 0 9x2+36+2 'Subform 6'
  13342. -d 1 0 9x2+38+2 'Subform 3'
  13343. -d 1 0 9x2+46+2 'Subform 8'
  13344. -d 1 0 9x2+44+2 'Subform 1'
  13345. -d 1 0 9x2+46+2 'Subform 2'
  13346. -E
  13347. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  13348. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  13349. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  13350. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  13351. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  13352. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  13353. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  13354. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  13355. -g 1 1 18x1+1+10 'GenMu'
  13356. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  13357. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  13358. -g 1 0 18x1+1+13 'ReMerge'
  13359. -g 1 0 18x1+1+13 'RegLab'
  13360. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  13361. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  13362. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  13363. -g 1 0 18x1+1+18 'ShowEdges'
  13364. -g 1 0 18x1+1+19 'ShowLines'
  13365. -g 1 0 18x1+1+21 'intensity'
  13366. -g 1 0 18x1+1+23 'VisImages'
  13367. -H 1  18x2+1+25 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  13368. -Q 1 0 18x2+1+27 'QUIT'
  13369. -E
  13370. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  13371. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  13372. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  13373. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  13374. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  13375. -E
  13376. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  13377. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  13378. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  13379. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  13380. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  13381. -E
  13382. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  13383. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  13384. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  13385. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  13386. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  13387. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  13388. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  13389. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  13390. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  13391. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  13392. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  13393. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  13394. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  13395. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  13396. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  13397. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  13398. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  13399. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  13400. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  13401. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  13402. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  13403. -E
  13404. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  13405. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  13406. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  13407. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  13408. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  13409. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  13410. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  13411. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  13412. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  13413. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  13414. -E
  13415. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  13416. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  13417. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  13418. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  13419. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  13420. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  13421. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  13422. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  13423. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  13424. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  13425. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  13426. -E
  13427. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  13428. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  13429. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  13430. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  13431. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  13432. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  13433. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  13434. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  13435. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  13436. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  13437. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  13438. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  13439. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  13440. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  13441. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  13442. -E
  13443. -P 1 1 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  13444. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg '/users4/bigtmp/varviCCAa02396' '/users4/bigtmp/varviCCAa02396'
  13445. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector 16 'RSector'
  13446. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector 16 'CSector'
  13447. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval 0 'MinVal'
  13448. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval 0 'MaxVal'
  13449. -i 1 1 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin 0 '0'
  13450. -i 1 1 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth 1 '1'
  13451. -i 1 1 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize 3 '3'
  13452. -s 1 1 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0'
  13453. -T 1 1 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound 0
  13454. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  13455. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  13456. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  13457. -E
  13458. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist 15 'MinPeakDistance'
  13459. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp 0 'MinPeakDistanceAddp'
  13460. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight 3 'MinPeakHeight'
  13461. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp 1 'MinPeakHeightAddp'
  13462. -f 1 1 1 1 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr 3 'MinPeakValleyRatio'
  13463. -f 1 1 1 1 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp 1 'MinPeakValleyRatioAddp'
  13464. -i 1 1 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim 5 '5'
  13465. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer 2 'PeakAdditionIterations'
  13466. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg '/users4/bigtmp/genmuRBAa02396' '/users4/bigtmp/genmuRBAa02396'
  13467. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  13468. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  13469. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  13470. -E
  13471. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  13472. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  13473. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  13474. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  13475. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  13476. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  13477. -E
  13478. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  13479. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  13480. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  13481. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  13482. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  13483. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  13484. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  13485. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  13486. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  13487. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  13488. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  13489. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  13490. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  13491. -E
  13492. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  13493. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  13494. -E
  13495. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  13496. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  13497. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg
  13498. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector
  13499. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector
  13500. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  13501. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh
  13502. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta
  13503. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  13504. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  13505. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  13506. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  13507. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  13508. -E
  13509. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  13510. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  13511. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  13512. -E
  13513. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  13514. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg
  13515. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  13516. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  13517. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  13518. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  13519. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  13520. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  13521. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  13522. -E
  13523. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  13524. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  13525. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg
  13526. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  13527. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  13528. -E
  13529. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  13530. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  13531. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  13532. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  13533. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  13534. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  13535. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  13536. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  13537. -E
  13538. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  13539. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  13540. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  13541. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  13542. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  13543. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  13544. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  13545. -E
  13546. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  13547. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  13548. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  13549. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  13550. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  13551. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  13552. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  13553. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  13554. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  13555. -E
  13556. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  13557. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  13558. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  13559. -E
  13560. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  13561. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  13562. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  13563. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  13564. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  13565. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  13566. -E
  13567. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  13568. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  13569. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  13570. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  13571. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  13572. -E
  13573. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  13574. -b +18+1 'Intensity from color'
  13575. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  13576. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  13577. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  13578. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  13579. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  13580. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  13581. -E
  13582. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  13583. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  13584. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  13585. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  13586. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  13587. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  13588. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  13589. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  13590. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  13591. -E
  13592. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  13593. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  13594. -E
  13595. -E
  13596. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  13597. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  13598. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  13599. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  13600. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  13601. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  13602. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  13603. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  13604. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  13605. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  13606. -g 1 1 18x1+1+12 'NK Normalize'
  13607. -g 1 0 18x1+1+13 'ReMerge'
  13608. -g 1 0 18x1+1+13 'RegLab'
  13609. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  13610. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  13611. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  13612. -g 1 0 18x1+1+18 'ShowEdges'
  13613. -g 1 0 18x1+1+19 'ShowLines'
  13614. -g 1 0 18x1+1+21 'intensity'
  13615. -g 1 0 18x1+1+23 'VisImages'
  13616. -H 1  18x2+1+25 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  13617. -Q 1 0 18x2+1+27 'QUIT'
  13618. -E
  13619. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  13620. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  13621. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  13622. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  13623. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  13624. -E
  13625. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  13626. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  13627. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  13628. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  13629. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  13630. -E
  13631. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  13632. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  13633. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  13634. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  13635. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  13636. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  13637. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  13638. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  13639. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  13640. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  13641. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  13642. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  13643. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  13644. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  13645. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  13646. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  13647. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  13648. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  13649. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  13650. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  13651. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  13652. -E
  13653. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  13654. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  13655. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  13656. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  13657. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  13658. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  13659. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  13660. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  13661. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  13662. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  13663. -E
  13664. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  13665. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  13666. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  13667. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  13668. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  13669. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  13670. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  13671. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  13672. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  13673. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  13674. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  13675. -E
  13676. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  13677. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  13678. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  13679. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  13680. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  13681. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  13682. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  13683. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  13684. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  13685. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  13686. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  13687. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  13688. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  13689. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  13690. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  13691. -E
  13692. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  13693. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  13694. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  13695. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  13696. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  13697. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  13698. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  13699. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  13700. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  13701. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  13702. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  13703. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  13704. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  13705. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  13706. -E
  13707. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  13708. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  13709. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  13710. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  13711. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  13712. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  13713. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  13714. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  13715. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  13716. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  13717. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  13718. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  13719. -E
  13720. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  13721. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  13722. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  13723. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  13724. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  13725. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  13726. -E
  13727. -P 1 1 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  13728. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  13729. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  13730. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg '/users4/bigtmp/mergeACAa02396' '/users4/bigtmp/mergeACAa02396'
  13731. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  13732. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  13733. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper 89 'ScalingMaxval'
  13734. -T 1 1 1 1 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype 1
  13735. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x 0
  13736. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  13737. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  13738. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  13739. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x 0
  13740. -E
  13741. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg '/users4/bigtmp/nknorSBAa02396' '/users4/bigtmp/nknorSBAa02396'
  13742. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  13743. -E
  13744. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  13745. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  13746. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg
  13747. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector
  13748. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector
  13749. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  13750. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh
  13751. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta
  13752. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  13753. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  13754. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  13755. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  13756. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  13757. -E
  13758. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  13759. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  13760. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  13761. -E
  13762. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  13763. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg
  13764. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  13765. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  13766. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  13767. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  13768. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  13769. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  13770. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  13771. -E
  13772. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  13773. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  13774. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg
  13775. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  13776. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  13777. -E
  13778. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  13779. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  13780. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  13781. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  13782. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  13783. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  13784. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  13785. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  13786. -E
  13787. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  13788. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  13789. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  13790. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  13791. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  13792. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  13793. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  13794. -E
  13795. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  13796. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  13797. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  13798. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  13799. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  13800. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  13801. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  13802. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  13803. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  13804. -E
  13805. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  13806. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  13807. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  13808. -E
  13809. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  13810. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  13811. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  13812. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  13813. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  13814. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  13815. -E
  13816. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  13817. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  13818. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  13819. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  13820. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  13821. -E
  13822. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  13823. -b +18+1 'Intensity from color'
  13824. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  13825. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  13826. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  13827. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  13828. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  13829. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  13830. -E
  13831. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  13832. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  13833. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  13834. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  13835. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  13836. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  13837. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  13838. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  13839. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  13840. -E
  13841. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  13842. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  13843. -E
  13844. -E
  13845. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  13846. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  13847. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  13848. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  13849. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  13850. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  13851. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  13852. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  13853. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  13854. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  13855. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  13856. -g 1 1 18x1+1+13 'ReMerge'
  13857. -g 1 0 18x1+1+13 'RegLab'
  13858. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  13859. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  13860. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  13861. -g 1 0 18x1+1+18 'ShowEdges'
  13862. -g 1 0 18x1+1+19 'ShowLines'
  13863. -g 1 0 18x1+1+21 'intensity'
  13864. -g 1 0 18x1+1+23 'VisImages'
  13865. -H 1  18x2+1+25 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  13866. -Q 1 0 18x2+1+27 'QUIT'
  13867. -E
  13868. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  13869. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  13870. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  13871. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  13872. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  13873. -E
  13874. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  13875. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  13876. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  13877. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  13878. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  13879. -E
  13880. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  13881. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  13882. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  13883. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  13884. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  13885. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  13886. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  13887. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  13888. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  13889. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  13890. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  13891. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  13892. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  13893. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  13894. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  13895. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  13896. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  13897. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  13898. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  13899. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  13900. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  13901. -E
  13902. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  13903. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  13904. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  13905. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  13906. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  13907. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  13908. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  13909. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  13910. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  13911. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  13912. -E
  13913. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  13914. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  13915. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  13916. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  13917. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  13918. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  13919. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  13920. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  13921. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  13922. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  13923. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  13924. -E
  13925. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  13926. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  13927. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  13928. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  13929. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  13930. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  13931. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  13932. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  13933. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  13934. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  13935. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  13936. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  13937. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  13938. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  13939. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  13940. -E
  13941. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  13942. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  13943. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  13944. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  13945. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  13946. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  13947. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  13948. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  13949. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  13950. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  13951. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  13952. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  13953. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  13954. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  13955. -E
  13956. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  13957. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  13958. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  13959. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  13960. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  13961. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  13962. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  13963. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  13964. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  13965. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  13966. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  13967. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  13968. -E
  13969. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  13970. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  13971. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  13972. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  13973. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  13974. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  13975. -E
  13976. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  13977. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  13978. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  13979. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  13980. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  13981. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  13982. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  13983. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  13984. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  13985. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  13986. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  13987. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  13988. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  13989. -E
  13990. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  13991. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  13992. -E
  13993. -P 1 1 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  13994. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg '/users4/bigtmp/reglaUBAa02396' '/users4/bigtmp/reglaUBAa02396'
  13995. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg '/users4/bigtmp/nknorSBAa02396' '/users4/bigtmp/nknorSBAa02396'
  13996. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector 16 'RSector'
  13997. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector 16 'CSector'
  13998. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  13999. -f 1 1 1 1 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh 1.1 'NormalMergeThreshold'
  14000. -f 1 1 1 1 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta 2.5 'RemergeTheta'
  14001. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  14002. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  14003. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  14004. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  14005. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  14006. -E
  14007. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg '/users4/bigtmp/remerTBAa02396' '/users4/bigtmp/remerTBAa02396'
  14008. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  14009. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  14010. -E
  14011. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  14012. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg
  14013. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  14014. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  14015. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  14016. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  14017. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  14018. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  14019. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  14020. -E
  14021. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  14022. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  14023. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg
  14024. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  14025. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  14026. -E
  14027. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  14028. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  14029. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  14030. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  14031. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  14032. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  14033. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  14034. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  14035. -E
  14036. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  14037. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  14038. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  14039. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  14040. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  14041. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  14042. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  14043. -E
  14044. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  14045. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  14046. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  14047. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  14048. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  14049. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  14050. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  14051. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  14052. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  14053. -E
  14054. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  14055. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  14056. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  14057. -E
  14058. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  14059. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  14060. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  14061. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  14062. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  14063. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  14064. -E
  14065. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  14066. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  14067. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  14068. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  14069. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  14070. -E
  14071. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  14072. -b +18+1 'Intensity from color'
  14073. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  14074. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  14075. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  14076. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  14077. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  14078. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  14079. -E
  14080. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  14081. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  14082. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  14083. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  14084. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  14085. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  14086. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  14087. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  14088. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  14089. -E
  14090. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  14091. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  14092. -E
  14093. -E
  14094. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  14095. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  14096. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  14097. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  14098. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  14099. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  14100. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  14101. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  14102. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  14103. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  14104. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  14105. -g 1 0 18x1+1+13 'ReMerge'
  14106. -g 1 1 18x1+1+13 'RegLab'
  14107. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  14108. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  14109. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  14110. -g 1 0 18x1+1+18 'ShowEdges'
  14111. -g 1 0 18x1+1+19 'ShowLines'
  14112. -g 1 0 18x1+1+21 'intensity'
  14113. -g 1 0 18x1+1+23 'VisImages'
  14114. -H 1  18x2+1+25 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  14115. -Q 1 0 18x2+1+27 'QUIT'
  14116. -E
  14117. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  14118. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  14119. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  14120. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  14121. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  14122. -E
  14123. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  14124. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  14125. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  14126. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  14127. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  14128. -E
  14129. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  14130. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  14131. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  14132. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  14133. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  14134. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  14135. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  14136. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  14137. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  14138. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  14139. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  14140. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  14141. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  14142. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  14143. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  14144. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  14145. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  14146. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  14147. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  14148. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  14149. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  14150. -E
  14151. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  14152. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  14153. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  14154. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  14155. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  14156. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  14157. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  14158. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  14159. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  14160. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  14161. -E
  14162. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  14163. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  14164. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  14165. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  14166. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  14167. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  14168. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  14169. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  14170. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  14171. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  14172. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  14173. -E
  14174. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  14175. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  14176. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  14177. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  14178. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  14179. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  14180. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  14181. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  14182. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  14183. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  14184. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  14185. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  14186. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  14187. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  14188. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  14189. -E
  14190. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  14191. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  14192. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  14193. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  14194. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  14195. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  14196. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  14197. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  14198. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  14199. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  14200. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  14201. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  14202. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  14203. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  14204. -E
  14205. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  14206. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  14207. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  14208. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  14209. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  14210. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  14211. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  14212. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  14213. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  14214. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  14215. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  14216. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  14217. -E
  14218. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  14219. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  14220. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  14221. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  14222. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  14223. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  14224. -E
  14225. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  14226. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  14227. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  14228. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  14229. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  14230. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  14231. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  14232. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  14233. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  14234. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  14235. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  14236. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  14237. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  14238. -E
  14239. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  14240. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  14241. -E
  14242. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  14243. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  14244. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg
  14245. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector
  14246. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector
  14247. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  14248. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh
  14249. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta
  14250. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  14251. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  14252. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  14253. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  14254. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  14255. -E
  14256. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  14257. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  14258. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  14259. -E
  14260. -P 1 1 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  14261. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg '/users4/bigtmp/genmuRBAa02396' '/users4/bigtmp/genmuRBAa02396'
  14262. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  14263. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector 16 'RSector'
  14264. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector 16 'CSector'
  14265. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  14266. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  14267. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  14268. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  14269. -E
  14270. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  14271. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  14272. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg '/users4/bigtmp/reglaUBAa02396' '/users4/bigtmp/reglaUBAa02396'
  14273. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  14274. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  14275. -E
  14276. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  14277. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  14278. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  14279. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  14280. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  14281. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  14282. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  14283. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  14284. -E
  14285. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  14286. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  14287. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  14288. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  14289. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  14290. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  14291. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  14292. -E
  14293. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  14294. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  14295. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  14296. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  14297. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  14298. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  14299. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  14300. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  14301. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  14302. -E
  14303. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  14304. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  14305. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  14306. -E
  14307. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  14308. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  14309. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  14310. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  14311. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  14312. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  14313. -E
  14314. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  14315. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  14316. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  14317. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  14318. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  14319. -E
  14320. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  14321. -b +18+1 'Intensity from color'
  14322. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  14323. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  14324. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  14325. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  14326. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  14327. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  14328. -E
  14329. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  14330. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  14331. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  14332. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  14333. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  14334. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  14335. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  14336. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  14337. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  14338. -E
  14339. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  14340. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  14341. -E
  14342. -E
  14343. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  14344. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  14345. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  14346. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  14347. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  14348. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  14349. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  14350. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  14351. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  14352. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  14353. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  14354. -g 1 0 18x1+1+13 'ReMerge'
  14355. -g 1 0 18x1+1+13 'RegLab'
  14356. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  14357. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  14358. -g 1 1 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  14359. -g 1 0 18x1+1+18 'ShowEdges'
  14360. -g 1 0 18x1+1+19 'ShowLines'
  14361. -g 1 0 18x1+1+21 'intensity'
  14362. -g 1 0 18x1+1+23 'VisImages'
  14363. -H 1  18x2+1+25 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  14364. -Q 1 0 18x2+1+27 'QUIT'
  14365. -E
  14366. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  14367. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  14368. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  14369. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  14370. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  14371. -E
  14372. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  14373. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  14374. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  14375. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  14376. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  14377. -E
  14378. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  14379. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  14380. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  14381. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  14382. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  14383. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  14384. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  14385. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  14386. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  14387. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  14388. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  14389. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  14390. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  14391. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  14392. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  14393. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  14394. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  14395. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  14396. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  14397. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  14398. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  14399. -E
  14400. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  14401. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  14402. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  14403. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  14404. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  14405. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  14406. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  14407. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  14408. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  14409. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  14410. -E
  14411. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  14412. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  14413. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  14414. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  14415. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  14416. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  14417. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  14418. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  14419. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  14420. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  14421. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  14422. -E
  14423. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  14424. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  14425. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  14426. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  14427. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  14428. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  14429. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  14430. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  14431. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  14432. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  14433. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  14434. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  14435. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  14436. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  14437. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  14438. -E
  14439. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  14440. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  14441. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  14442. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  14443. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  14444. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  14445. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  14446. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  14447. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  14448. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  14449. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  14450. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  14451. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  14452. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  14453. -E
  14454. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  14455. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  14456. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  14457. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  14458. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  14459. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  14460. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  14461. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  14462. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  14463. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  14464. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  14465. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  14466. -E
  14467. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  14468. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  14469. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  14470. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  14471. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  14472. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  14473. -E
  14474. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  14475. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  14476. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  14477. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  14478. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  14479. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  14480. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  14481. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  14482. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  14483. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  14484. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  14485. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  14486. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  14487. -E
  14488. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  14489. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  14490. -E
  14491. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  14492. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  14493. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg
  14494. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector
  14495. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector
  14496. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  14497. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh
  14498. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta
  14499. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  14500. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  14501. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  14502. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  14503. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  14504. -E
  14505. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  14506. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  14507. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  14508. -E
  14509. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  14510. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg
  14511. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  14512. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  14513. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  14514. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  14515. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  14516. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  14517. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  14518. -E
  14519. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  14520. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  14521. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg
  14522. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  14523. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  14524. -E
  14525. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  14526. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  14527. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  14528. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  14529. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  14530. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  14531. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  14532. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  14533. -E
  14534. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  14535. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  14536. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  14537. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  14538. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  14539. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  14540. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  14541. -E
  14542. -P 1 1 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  14543. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg '/users4/bigtmp/if_elXBAa02396' '/users4/bigtmp/if_elXBAa02396'
  14544. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations 5 'WeymouthIterations'
  14545. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  14546. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  14547. -T 1 1 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version 2
  14548. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal 1
  14549. -l 1 0 1 1 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified 0
  14550. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  14551. -E
  14552. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg '/users4/bigtmp/weymoVBAa02396' '/users4/bigtmp/weymoVBAa02396'
  14553. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  14554. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  14555. -E
  14556. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  14557. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  14558. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  14559. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  14560. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  14561. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  14562. -E
  14563. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  14564. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  14565. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  14566. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  14567. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  14568. -E
  14569. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  14570. -b +18+1 'Intensity from color'
  14571. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  14572. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  14573. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  14574. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  14575. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  14576. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  14577. -E
  14578. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  14579. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  14580. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  14581. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  14582. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  14583. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  14584. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  14585. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  14586. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  14587. -E
  14588. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  14589. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  14590. -E
  14591. -E
  14592. -M 1 0 100x40+10+20 +31+1 'File Information' info
  14593. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  14594. -g 1 0 18x1+1+1 'VIFF Information'
  14595. -g 1 1 18x1+1+2 'Image (2D) Stats'
  14596. -g 1 0 18x1+1+3 'Signal (1D) Stats'
  14597. -g 1 0 18x1+1+4 '1D Peak Detector'
  14598. -g 1 0 18x1+1+6 'Extract VIFF Data'
  14599. -g 1 0 18x1+1+8 'Print Data'
  14600. -g 1 0 18x1+1+9 'Print Map Data'
  14601. -g 1 0 18x1+1+11 'Edit VIFF Comment'
  14602. -g 1 0 18x1+1+12 'Edit VIFF Header'
  14603. -g 1 0 18x1+1+14 'ASCII File Viewer'
  14604. -H 1  18x2+1+16 'HELP' 'guide help' KHOROS_HOME/doc/cantata/subforms/info/help
  14605. -Q 1 0 18x2+1+18 'QUIT'
  14606. -E
  14607. -P 1 0 80x38+22+2 +8+0 'Information about a VIFF Image File' vfileinfo
  14608. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' i
  14609. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f
  14610. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation ' vfileinfo
  14611. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vfileinfo' KHOROS_HOME/doc/manpages/vfileinfo.1
  14612. -E
  14613. -P 1 1 80x38+22+2 +7+0 'Compute Statistics on VIFF File (2-D)' vstats
  14614. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+1 +0+0 ' ' 'Input Image        ' 'input image' i '/users4/bigtmp/nknorSBAa02396' '/users4/bigtmp/nknorSBAa02396'
  14615. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Masking Image   ' 'statistics operation masking image' m ' ' ' '
  14616. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f '/users4/bigtmp/vstatBBAa28013' '/users4/bigtmp/vstatBBAa28013'
  14617. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'VIFF Output File' 'VIFF format output file' o '/users4/bigtmp/vstatVAAa01257' '/users4/bigtmp/vstatVAAa01257'
  14618. -b +3+5 'Select statistics for VIFF output file:  '
  14619. -l 1 1 1 1 0 30x1+5+6 +0+0 1 'Save ALL statistics ' 'False' 'True' 'if yes, all stats saved' all 0
  14620. -b +3+7 'OR Save (selected):'
  14621. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+8 +0+0 0 'mean                ' 'False' 'True' 'if yes, mean is a band of output' mu 0
  14622. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+9 +0+0 0 'variance            ' 'False' 'True' 'if yes, variance is a band of output' var 0
  14623. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+10 +0+0 0 'standard deviation  ' 'False' 'True' 'if yes, std deviation is a band of output' sd 0
  14624. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+11 +0+0 0 'rms                 ' 'False' 'True' 'if yes, rms is a band of output' rms 0
  14625. -l 1 1 1 1 0 30x1+5+12 +0+0 0 'maximum value       ' 'False' 'True' 'if yes, maximum value is a band of output' vmax 1
  14626. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+13 +0+0 0 'x coord of max value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of max value is a band of output' xmax 0
  14627. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+14 +0+0 0 'y coord of max value' 'False' 'True' 'if yes, y coord of max value is a band of output' ymax 0
  14628. -l 1 1 1 1 0 30x1+5+15 +0+0 0 'minimum value       ' 'False' 'True' 'if yes, minimum value is a band of output' vmin 1
  14629. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+16 +0+0 0 'x coord of min value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of min value is a band of output' xmin 0
  14630. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+17 +0+0 0 'y coord of min value' 'False' 'True' 'if yes, y coord of min value is a band of output' ymin 0
  14631. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+18 +0+0 0 'integral            ' 'False' 'True' 'if yes, integral value is a band of output' in 0
  14632. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+19 +0+0 0 'pos part of integral' 'False' 'True' 'if yes, pos part of integral is a band of output' pin 0
  14633. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+20 +0+0 0 'neg part of integral' 'False' 'True' 'if yes, neg part of integral is a band of output' nin 0
  14634. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+21 +0+0 0 'num contributing pts' 'False' 'True' 'if yes, num contributing pts is a band of output' pts 0
  14635. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+22 +0+0 0 'num positive points ' 'False' 'True' 'if yes, num positive pts is a band of output' ppts 0
  14636. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+23 +0+0 0 'num negative points ' 'False' 'True' 'if yes, num negative pts is a band of output' npts 0
  14637. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+24 +0+0 0 'skewness            ' 'False' 'True' 'if yes, skewness is a band of output' sk 0
  14638. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+25 +0+0 0 'kurtosis            ' 'False' 'True' 'if yes, kurtosis is a band of output' kur 0
  14639. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+26 +0+0 0 'entropy             ' 'False' 'True' 'if yes, entropy is a band of output' ent 0
  14640. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+27 +0+0 0 'contrast            ' 'False' 'True' 'if yes, contrast is a band of output' con 0
  14641. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+29 +0+0 1 'Compute Each Data Band Separately?' 'No ' 'Yes' 'if yes, Compute each data band statistics separately' b
  14642. -R 1 0 1 13x2+1+31 'Execute' 'do operation ' vstats
  14643. -H 1  13x2+39+31 'Help' 'man page for vstats' KHOROS_HOME/doc/manpages/vstats.1
  14644. -E
  14645. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Compute Statistics on VIFF File (1-D)' dstats
  14646. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+1 +0+0 ' ' 'Input VIFF File     ' 'input file' i
  14647. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Masking File     ' 'statistics operation masking file' m
  14648. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output ASCII File' 'output ASCII file' f
  14649. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'VIFF Output File ' 'VIFF format output file' o
  14650. -b +3+5 'Select Statistics for VIFF Output File:  '
  14651. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+6 +0+0 1 'Save ALL statistics ' 'False' 'True' 'if yes, all stats saved' all
  14652. -b +3+7 'OR Save (selected):'
  14653. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+8 +0+0 0 'mean                ' 'False' 'True' 'if yes, mean is a band of output' mu
  14654. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+9 +0+0 0 'variance            ' 'False' 'True' 'if yes, variance is a band of output' var
  14655. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+10 +0+0 0 'standard deviation  ' 'False' 'True' 'if yes, std deviation is a band of output' sd
  14656. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+11 +0+0 0 'rms                 ' 'False' 'True' 'if yes, rms is a band of output' rms
  14657. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+12 +0+0 0 'maximum value       ' 'False' 'True' 'if yes, maximum value is a band of output' vmax
  14658. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+13 +0+0 0 'x coord of max value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of max value is a band of output' xmax
  14659. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+14 +0+0 0 'minimum value       ' 'False' 'True' 'if yes, minimum value is a band of output' vmin
  14660. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+15 +0+0 0 'x coord of min value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of min value is a band of output' xmin
  14661. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+16 +0+0 0 'integral            ' 'False' 'True' 'if yes, integral value is a band of output' in
  14662. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+17 +0+0 0 'pos part of integral' 'False' 'True' 'if yes, pos part of integral is a band of output' pin
  14663. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+18 +0+0 0 'neg part of integral' 'False' 'True' 'if yes, neg part of integral is a band of output' nin
  14664. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+19 +0+0 0 'num contributing pts' 'False' 'True' 'if yes, num contributing pts is a band of output' pts
  14665. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+20 +0+0 0 'num positive points ' 'False' 'True' 'if yes, num positive pts is a band of output' ppts
  14666. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+21 +0+0 0 'num negative points ' 'False' 'True' 'if yes, num negative pts is a band of output' npts
  14667. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+22 +0+0 0 'skewness            ' 'False' 'True' 'if yes, skewness is a band of output' sk
  14668. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+23 +0+0 0 'kurtosis            ' 'False' 'True' 'if yes, kurtosis is a band of output' kur
  14669. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+24 +0+0 0 'entropy             ' 'False' 'True' 'if yes, entropy is a band of output' ent
  14670. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+25 +0+0 0 'contrast            ' 'False' 'True' 'if yes, contrast is a band of output' con
  14671. -T 1 0 1 1 0 40x1+2+27 +0+0 1 'Data Processing Option (select one):' 'process dir. (0=down vectors, 1=across bands, 2=entire file)' d
  14672. -i 1 0 1 1 0 10x1+3+1 +0+0 0 2 1 'Across Bands' 'Process by Bands' d
  14673. -i 1 0 1 0 0 10x1+3+2 +0+0 0 2 0 'Down Vectors' 'direction of processing (1 = across bands, 0 = down vectors)' d
  14674. -i 1 0 1 0 0 10x1+3+3 +0+0 0 2 2 'Calculate One Stat Set for Entire File' 'Process by Bands' d
  14675. -E
  14676. -R 1 0 1 13x2+1+31 'Execute' 'do operation ' dstats
  14677. -H 1  13x2+39+31 'Help' 'man page for dstats' KHOROS_HOME/doc/manpages/dstats.1
  14678. -E
  14679. -P 1 0 80x40+22+2 +13+0 'Find Peaks or Troughs in Data' dpeakpick
  14680. -I 1 0 0 1 0 1 51x1+1+2 +0+0 ' ' 'Input File          ' 'input file' i ' '
  14681. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f ' '
  14682. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'VIFF Output File' 'VIFF format output file' o ' '
  14683. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+6 +0+0 1    'find peaks or troughs:' 'Troughs' 'Peaks' 'if true, find peaks ' p
  14684. -b +1+8 'Specify Number of Peaks or Troughs to Detect (N):'
  14685. -C 0
  14686. -l 1 0 1 1 0 40x1+4+9 +0+0 1     'Find All               ' 'False' 'True' 'Find all peaks or troughs' all
  14687. -i 1 0 1 0 0 42x1+4+10 +0+0 2 2 1 'Specify Number of Peaks' 'Number of peaks or troughs to find ' n
  14688. -E
  14689. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+12 +0+0 1    'Find ' 'max/min' 'first' 'if FALSE find first n, and if TRUE find max/min n, peaks or troughs' m
  14690. -b +22+12 'N peaks/troughs in sequence.'
  14691. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+13 +0+0 0    'Include Endpoints for P/T Designation' 'False' 'True' 'If TRUE, endpoints will be considered for peak designation' e
  14692. -i 1 0 1 1 0 42x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Window Size              ' 'Num steps on both sides of point on which to base peak decision' w
  14693. -f 1 0 1 0 0 42x1+2+16 +0+0 1 1 0 'Min Height to Width Ratio' 'min that abs value of average slope over window can be' hwr
  14694. -l 1 0 1 1 0 40x1+2+18 +0+0 1 'Data Processing Direction' 'Down Vectors' 'Across Bands' 'data processing direction (0 = down vectors, 1 = across bands)' d 1
  14695. -R 1 0 1 13x2+1+20 'Execute' 'do operation ' dpeakpick
  14696. -H 1   13x2+39+20 'Help' 'man page for dpeakpick' ~KHOROS_HOME/doc/manpages/dpeakpick.1
  14697. -E
  14698. -P 1 0 80x38+22+2 +6+0 'Extract Data for PARSER from a VIFF File' varviff
  14699. -b +0+1 'Connection Filenames:'
  14700. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File' 'input file' i1
  14701. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Gating VIFF File' 'input file that is passed to output unmodified (used to gate operation)' i2
  14702. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Optional Output File' 'connecting file' o
  14703. -b +0+6 'Location of Data in VIFF Structure:'
  14704. -i 1 0 0 1 1 30x1+2+7 +0+0 0 0 0 'X location ' 'x location' x
  14705. -i 1 0 0 1 1 30x1+2+8 +0+0 0 0 0 'Y location ' 'y location' y
  14706. -i 1 0 0 1 1 30x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Band number' 'band number' b
  14707. -s 1 0 0 1 1 47x1+0+11 +0+0 ' ' 'Data Variable Name:' 'variable' v
  14708. -R 1 0 4 13x2+1+13 'Execute' 'Execute operation' varviff
  14709. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'Man page for varviff' KHOROS_HOME/doc/manpages/varviff.1
  14710. -E
  14711. -P 1 0 80x38+22+2 +4+0 'Print (Image or Plot) Data to the Screen File' vprdata
  14712. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' i
  14713. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Output ASCII File' 'output ASCII file' f
  14714. -l 1 0 1 1 0 50x1+2+7 +0+0 1 'Print Data Format:' 'Column Form' 'Matrix Form' 'if yes (default) print data as matrix, if no then column' m
  14715. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' vprdata
  14716. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vprdata' KHOROS_HOME/doc/manpages/vprdata.1
  14717. -E
  14718. -P 1 0 80x38+22+2 +15+0 'Print the Colormap Values' vprmap
  14719. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image  ' 'input image filename' i
  14720. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f
  14721. -l 1 0 1 1 0 50x1+2+7 +0+0 1 'Print Values Format:' 'Column Form' 'Matrix Form' 'default: print data as matrix' m
  14722. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation ' vprmap
  14723. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vprmap' KHOROS_HOME/doc/manpages/vprmap.1
  14724. -E
  14725. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Change the Comment Field on a VIFF Image File' vcomment
  14726. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'input image' i
  14727. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' xterm -e vcomment
  14728. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vcomment' KHOROS_HOME/doc/manpages/vcomment.1
  14729. -E
  14730. -P 1 0 80x38+22+2 +17+0 'Edit VIFF Header' vheaded
  14731. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input image ' 'Input image' i
  14732. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output image' 'output image' o
  14733. -l 1 0 1 1 0 50x1+2+5 +0+0 0 'Edit dangerous fields' 'No' 'Yes' 'edit dangerous fields' danger
  14734. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'execute operation' xterm -e vheaded
  14735. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vheaded' KHOROS_HOME/doc/manpages/vheaded.1
  14736. -E
  14737. -P 1 0 80x38+22+2 +17+0 'View an ASCII File' xvviewer
  14738. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Filename' 'filename to view' i
  14739. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation ' xvviewer
  14740. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for xvviewer' KHOROS_HOME/doc/manpages/xvviewer.1
  14741. -E
  14742. -E
  14743. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Standard Control Structures' control
  14744. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  14745. -g 1 0 18x1+1+2 'Count-Loop'
  14746. -g 1 0 18x1+1+3 'While-Loop'
  14747. -g 1 0 18x1+1+5 'If-Then-Else'
  14748. -g 1 1 18x1+1+6 'Merge'
  14749. -H 1  18x2+1+11 'HELP' 'guide help' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/help/Overview
  14750. -Q 1 0 18x2+1+13 'QUIT'
  14751. -E
  14752. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'Counting-Loop Control Structure' count_loop
  14753. -b +0+1 'Counting-Loop Parameters:'
  14754. -s 1 0 0 1 0 40x1+1+2 +0+0 ' ' 'Loop Control Variable' 'loop control variable' lcv
  14755. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+3 +0+0 0 0 1 'Initial Value     ' 'initial value' init
  14756. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+4 +0+0 0 0 1 'Increment Value   ' 'increment value' incr
  14757. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+5 +0+0 0 0 1 'Final Value       ' 'test value' test
  14758. -b +0+6 'Control Path Connections:'
  14759. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+7 +0+0 ' ' 'Initial input' 'Initial input file' i_in
  14760. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +0+0 ' ' '   Loop input ' 'Loop input file' i_lp
  14761. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Exit output' 'Exit output file' o_ex
  14762. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+10 +0+0 ' ' '   Loop output' 'Loop output file' o_lp
  14763. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for count_loop' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/count_loop/help
  14764. -E
  14765. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'While-Loop Control Structure' while_loop
  14766. -b +0+1 'While-Loop Parameters:'
  14767. -i 1 0 1 0 0 50x1+1+2 +0+0 0 0 1 'Initial Expression' 'Initial expression' init
  14768. -i 1 0 1 0 0 50x1+1+3 +0+0 0 0 1 'Update Expression ' 'Update expression' update
  14769. -i 1 0 0 1 0 50x1+1+4 +0+0 0 0 1 '   Test Condition    ' 'Test condition' test
  14770. -b +0+6 'Control Path Connections:'
  14771. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+7 +0+0 ' ' 'Initial input' 'Initial input file' i_in
  14772. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +0+0 ' ' '   Loop input ' 'Loop input file' i_lp
  14773. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Exit output' 'Exit output file' o_ex
  14774. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+10 +0+0 ' ' '   Loop output' 'Loop output file' o_lp
  14775. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for while_loop' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/while_loop/help
  14776. -E
  14777. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'If-Then-Else Control Structure' if_else
  14778. -i 1 0 0 1 0 50x1+1+2 +0+0 0 0 1 'If Conditional Expression' 'Boolean expression' cond
  14779. -b +0+4 'Control Path Connections:'
  14780. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+5 +3+0 ' ' 'Input ' 'input_file' i
  14781. -b +1+6 'Then (TRUE)'
  14782. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+7 +3+0 ' ' 'Output' 'TRUE output file' o1
  14783. -b +1+8 'Else (FALSE)'
  14784. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Output' 'FALSE output file' o2
  14785. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for if_then_else' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/if_else/help
  14786. -E
  14787. -P 1 1 80x38+22+2 +18+0 'Merge Structure' merge
  14788. -b +1+2 'Control Path Connections:'
  14789. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+4 +3+0 ' ' 'Input 1' 'input file 1' i1 '/users4/bigtmp/mergeQCAa02396' '/users4/bigtmp/mergeQCAa02396'
  14790. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+6 +0+0 ' ' 'Input 2' 'input file 2' i2 ' ' ' '
  14791. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +3+0 ' ' 'Output ' 'output file' o '/users4/bigtmp/mergeWBAa02396' '/users4/bigtmp/mergeWBAa02396'
  14792. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for merge' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/merge/help
  14793. -E
  14794. -E
  14795. -M 1 0 80x38+0+0 +5+1 'Enter Comment' comment
  14796. -P 1 1 80x38+0+0 +6+1 'Comment Pane used to comment a cantata workspace' comment
  14797. -s 1 0 0 1 0 22x1+1+3 +0+0 ' comment' 'Glyph  Label' 'Label for cantata glyph' label 'READ 1st' 'READ 1st'
  14798. -b +1+5 'Text area for commenting the cantata workspace'
  14799. -s 1 0 0 1 0 55x10+0+6 +0+0 ' ' ' ' 'first string' comment 'This is the NaginKohler segmentation procedure.\n\nIt has a number of different settings: medium, high, very \nhigh, low, and very low - see the comment boxes labeled\nmedium, high, very high, low, and very low.\n\n' 'This is the NaginKohler segmentation procedure.\n\nIt has a number of different settings: medium, high, very \nhigh, low, and very low - see the comment boxes labeled\nmedium, high, very high, low, and very low.\n\n'
  14800. -Q 1 0 13x2+2+15 'QUIT'
  14801. -H 1  13x2+42+15 'Help' 'man page for workspace management' KHOROS_HOME/doc/cantata/edit/comment/help
  14802. -E
  14803. -E
  14804. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Standard Control Structures' control
  14805. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  14806. -g 1 0 18x1+1+2 'Count-Loop'
  14807. -g 1 0 18x1+1+3 'While-Loop'
  14808. -g 1 1 18x1+1+5 'If-Then-Else'
  14809. -g 1 0 18x1+1+6 'Merge'
  14810. -H 1  18x2+1+11 'HELP' 'guide help' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/help/Overview
  14811. -Q 1 0 18x2+1+13 'QUIT'
  14812. -E
  14813. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'Counting-Loop Control Structure' count_loop
  14814. -b +0+1 'Counting-Loop Parameters:'
  14815. -s 1 0 0 1 0 40x1+1+2 +0+0 ' ' 'Loop Control Variable' 'loop control variable' lcv
  14816. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+3 +0+0 0 0 1 'Initial Value     ' 'initial value' init
  14817. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+4 +0+0 0 0 1 'Increment Value   ' 'increment value' incr
  14818. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+5 +0+0 0 0 1 'Final Value       ' 'test value' test
  14819. -b +0+6 'Control Path Connections:'
  14820. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+7 +0+0 ' ' 'Initial input' 'Initial input file' i_in
  14821. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +0+0 ' ' '   Loop input ' 'Loop input file' i_lp
  14822. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Exit output' 'Exit output file' o_ex
  14823. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+10 +0+0 ' ' '   Loop output' 'Loop output file' o_lp
  14824. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for count_loop' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/count_loop/help
  14825. -E
  14826. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'While-Loop Control Structure' while_loop
  14827. -b +0+1 'While-Loop Parameters:'
  14828. -i 1 0 1 0 0 50x1+1+2 +0+0 0 0 1 'Initial Expression' 'Initial expression' init
  14829. -i 1 0 1 0 0 50x1+1+3 +0+0 0 0 1 'Update Expression ' 'Update expression' update
  14830. -i 1 0 0 1 0 50x1+1+4 +0+0 0 0 1 '   Test Condition    ' 'Test condition' test
  14831. -b +0+6 'Control Path Connections:'
  14832. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+7 +0+0 ' ' 'Initial input' 'Initial input file' i_in
  14833. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +0+0 ' ' '   Loop input ' 'Loop input file' i_lp
  14834. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Exit output' 'Exit output file' o_ex
  14835. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+10 +0+0 ' ' '   Loop output' 'Loop output file' o_lp
  14836. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for while_loop' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/while_loop/help
  14837. -E
  14838. -P 1 1 80x38+22+2 +10+0 'If-Then-Else Control Structure' if_else
  14839. -i 1 0 0 1 0 50x1+1+2 +0+0 0 0 1 'If Conditional Expression' 'Boolean expression' cond 1 'EnhancementAlgorithm'
  14840. -b +0+4 'Control Path Connections:'
  14841. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+5 +3+0 ' ' 'Input ' 'input_file' i '/users4/bigtmp/mergeWBAa02396' '/users4/bigtmp/mergeWBAa02396'
  14842. -b +1+6 'Then (TRUE)'
  14843. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+7 +3+0 ' ' 'Output' 'TRUE output file' o1 '/users4/bigtmp/if_elXBAa02396' '/users4/bigtmp/if_elXBAa02396'
  14844. -b +1+8 'Else (FALSE)'
  14845. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Output' 'FALSE output file' o2 '/users4/bigtmp/if_elYBAa02396' '/users4/bigtmp/if_elYBAa02396'
  14846. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for if_then_else' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/if_else/help
  14847. -E
  14848. -P 1 0 80x38+22+2 +18+0 'Merge Structure' merge
  14849. -b +1+2 'Control Path Connections:'
  14850. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+4 +3+0 ' ' 'Input 1' 'input file 1' i1
  14851. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+6 +0+0 ' ' 'Input 2' 'input file 2' i2
  14852. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +3+0 ' ' 'Output ' 'output file' o
  14853. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for merge' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/merge/help
  14854. -E
  14855. -E
  14856. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  14857. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  14858. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  14859. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  14860. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  14861. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  14862. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  14863. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  14864. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  14865. -g 1 1 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  14866. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  14867. -g 1 0 18x1+1+13 'ReMerge'
  14868. -g 1 0 18x1+1+13 'RegLab'
  14869. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  14870. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  14871. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  14872. -g 1 0 18x1+1+18 'ShowEdges'
  14873. -g 1 0 18x1+1+19 'ShowLines'
  14874. -g 1 0 18x1+1+21 'intensity'
  14875. -g 1 0 18x1+1+23 'VisImages'
  14876. -H 1  18x2+1+25 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  14877. -Q 1 0 18x2+1+27 'QUIT'
  14878. -E
  14879. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  14880. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  14881. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  14882. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  14883. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  14884. -E
  14885. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  14886. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  14887. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  14888. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  14889. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  14890. -E
  14891. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  14892. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  14893. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  14894. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  14895. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  14896. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  14897. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  14898. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  14899. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  14900. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  14901. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  14902. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  14903. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  14904. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  14905. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  14906. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  14907. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  14908. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  14909. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  14910. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  14911. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  14912. -E
  14913. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  14914. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  14915. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  14916. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  14917. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  14918. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  14919. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  14920. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  14921. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  14922. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  14923. -E
  14924. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  14925. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  14926. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  14927. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  14928. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  14929. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  14930. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  14931. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  14932. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  14933. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  14934. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  14935. -E
  14936. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  14937. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  14938. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  14939. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  14940. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  14941. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  14942. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  14943. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  14944. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  14945. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  14946. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  14947. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  14948. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  14949. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  14950. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  14951. -E
  14952. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  14953. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  14954. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  14955. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  14956. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  14957. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  14958. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  14959. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  14960. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  14961. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  14962. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  14963. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  14964. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  14965. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  14966. -E
  14967. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  14968. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  14969. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  14970. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  14971. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  14972. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  14973. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  14974. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  14975. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  14976. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  14977. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  14978. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  14979. -E
  14980. -P 1 1 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  14981. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg '/users4/bigtmp/if_elYBAa02396' '/users4/bigtmp/if_elYBAa02396'
  14982. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations 1 'NagaoIterations'
  14983. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg '/users4/bigtmp/nagaoZBAa02396' '/users4/bigtmp/nagaoZBAa02396'
  14984. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  14985. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  14986. -E
  14987. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  14988. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  14989. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  14990. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  14991. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  14992. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  14993. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  14994. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  14995. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  14996. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  14997. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  14998. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  14999. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  15000. -E
  15001. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  15002. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  15003. -E
  15004. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  15005. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  15006. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg
  15007. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector
  15008. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector
  15009. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  15010. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh
  15011. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta
  15012. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  15013. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  15014. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  15015. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  15016. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  15017. -E
  15018. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  15019. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  15020. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  15021. -E
  15022. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  15023. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg
  15024. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  15025. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  15026. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  15027. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  15028. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  15029. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  15030. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  15031. -E
  15032. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  15033. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  15034. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg
  15035. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  15036. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  15037. -E
  15038. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  15039. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  15040. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  15041. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  15042. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  15043. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  15044. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  15045. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  15046. -E
  15047. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  15048. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  15049. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  15050. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  15051. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  15052. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  15053. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  15054. -E
  15055. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  15056. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  15057. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  15058. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  15059. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  15060. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  15061. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  15062. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  15063. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  15064. -E
  15065. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  15066. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  15067. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  15068. -E
  15069. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  15070. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  15071. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  15072. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  15073. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  15074. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  15075. -E
  15076. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  15077. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  15078. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  15079. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  15080. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  15081. -E
  15082. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  15083. -b +18+1 'Intensity from color'
  15084. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  15085. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  15086. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  15087. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  15088. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  15089. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  15090. -E
  15091. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  15092. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  15093. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  15094. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  15095. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  15096. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  15097. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  15098. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  15099. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  15100. -E
  15101. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  15102. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  15103. -E
  15104. -E
  15105. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Standard Control Structures' control
  15106. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  15107. -g 1 0 18x1+1+2 'Count-Loop'
  15108. -g 1 0 18x1+1+3 'While-Loop'
  15109. -g 1 0 18x1+1+5 'If-Then-Else'
  15110. -g 1 1 18x1+1+6 'Merge'
  15111. -H 1  18x2+1+11 'HELP' 'guide help' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/help/Overview
  15112. -Q 1 0 18x2+1+13 'QUIT'
  15113. -E
  15114. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'Counting-Loop Control Structure' count_loop
  15115. -b +0+1 'Counting-Loop Parameters:'
  15116. -s 1 0 0 1 0 40x1+1+2 +0+0 ' ' 'Loop Control Variable' 'loop control variable' lcv
  15117. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+3 +0+0 0 0 1 'Initial Value     ' 'initial value' init
  15118. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+4 +0+0 0 0 1 'Increment Value   ' 'increment value' incr
  15119. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+5 +0+0 0 0 1 'Final Value       ' 'test value' test
  15120. -b +0+6 'Control Path Connections:'
  15121. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+7 +0+0 ' ' 'Initial input' 'Initial input file' i_in
  15122. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +0+0 ' ' '   Loop input ' 'Loop input file' i_lp
  15123. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Exit output' 'Exit output file' o_ex
  15124. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+10 +0+0 ' ' '   Loop output' 'Loop output file' o_lp
  15125. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for count_loop' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/count_loop/help
  15126. -E
  15127. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'While-Loop Control Structure' while_loop
  15128. -b +0+1 'While-Loop Parameters:'
  15129. -i 1 0 1 0 0 50x1+1+2 +0+0 0 0 1 'Initial Expression' 'Initial expression' init
  15130. -i 1 0 1 0 0 50x1+1+3 +0+0 0 0 1 'Update Expression ' 'Update expression' update
  15131. -i 1 0 0 1 0 50x1+1+4 +0+0 0 0 1 '   Test Condition    ' 'Test condition' test
  15132. -b +0+6 'Control Path Connections:'
  15133. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+7 +0+0 ' ' 'Initial input' 'Initial input file' i_in
  15134. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +0+0 ' ' '   Loop input ' 'Loop input file' i_lp
  15135. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Exit output' 'Exit output file' o_ex
  15136. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+10 +0+0 ' ' '   Loop output' 'Loop output file' o_lp
  15137. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for while_loop' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/while_loop/help
  15138. -E
  15139. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'If-Then-Else Control Structure' if_else
  15140. -i 1 0 0 1 0 50x1+1+2 +0+0 0 0 1 'If Conditional Expression' 'Boolean expression' cond
  15141. -b +0+4 'Control Path Connections:'
  15142. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+5 +3+0 ' ' 'Input ' 'input_file' i
  15143. -b +1+6 'Then (TRUE)'
  15144. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+7 +3+0 ' ' 'Output' 'TRUE output file' o1
  15145. -b +1+8 'Else (FALSE)'
  15146. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Output' 'FALSE output file' o2
  15147. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for if_then_else' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/if_else/help
  15148. -E
  15149. -P 1 1 80x38+22+2 +18+0 'Merge Structure' merge
  15150. -b +1+2 'Control Path Connections:'
  15151. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+4 +3+0 ' ' 'Input 1' 'input file 1' i1 '/users4/bigtmp/weymoVBAa02396' '/users4/bigtmp/weymoVBAa02396'
  15152. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+1+6 +0+0 ' ' 'Input 2' 'input file 2' i2 '/users4/bigtmp/nagaoZBAa02396' '/users4/bigtmp/nagaoZBAa02396'
  15153. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +3+0 ' ' 'Output ' 'output file' o '/users4/bigtmp/mergeACAa02396' '/users4/bigtmp/mergeACAa02396'
  15154. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for merge' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/merge/help
  15155. -E
  15156. -E
  15157. -M 1 0 80x38+0+0 +5+1 'Enter Comment' comment
  15158. -P 1 1 80x38+0+0 +6+1 'Comment Pane used to comment a cantata workspace' comment
  15159. -s 1 0 0 1 0 22x1+1+3 +0+0 ' comment' 'Glyph  Label' 'Label for cantata glyph' label 'VeryHigh' 'VeryHigh'
  15160. -b +1+5 'Text area for commenting the cantata workspace'
  15161. -s 1 0 0 1 0 55x10+0+6 +0+0 ' ' ' ' 'first string' comment 'RSector =  16\nCSector = 16\nPeakAdditionIterations = 0\nMinPeakDistanceRelative = 2\nMinPeakDistanceRelativeAddp = 2\nMinPeakHeightFactor = 0.3\nMinPeakHeightFactorAddp = 0.3\nMinPeakValleyRatio = 1.0\nMinPeakValleyRatioAddp = 1.0\nNormalMergeThreshold = 1.1\nWeakMergeThreshold = 0.6\nStrongMergeThreshold  = 1.7\n' 'RSector =  16\nCSector = 16\nPeakAdditionIterations = 0\nMinPeakDistanceRelative = 2\nMinPeakDistanceRelativeAddp = 2\nMinPeakHeightFactor = 0.3\nMinPeakHeightFactorAddp = 0.3\nMinPeakValleyRatio = 1.0\nMinPeakValleyRatioAddp = 1.0\nNormalMergeThreshold = 1.1\nWeakMergeThreshold = 0.6\nStrongMergeThreshold  = 1.7\n'
  15162. -Q 1 0 13x2+2+15 'QUIT'
  15163. -H 1  13x2+42+15 'Help' 'man page for workspace management' KHOROS_HOME/doc/cantata/edit/comment/help
  15164. -E
  15165. -E
  15166. -M 1 0 80x38+0+0 +5+1 'Enter Comment' comment
  15167. -P 1 1 80x38+0+0 +6+1 'Comment Pane used to comment a cantata workspace' comment
  15168. -s 1 0 0 1 0 22x1+1+3 +0+0 ' comment' 'Glyph  Label' 'Label for cantata glyph' label 'base def' 'base def'
  15169. -b +1+5 'Text area for commenting the cantata workspace'
  15170. -s 1 0 0 1 0 55x10+0+6 +0+0 ' ' ' ' 'first string' comment 'ScalingMaxval = 89\nNagaoIterations = 1\nWeymouthIterations = 5\nEnhancementAlgorithm = 1\nRemergeTheta = 2.5\n' 'ScalingMaxval = 89\nNagaoIterations = 1\nWeymouthIterations = 5\nEnhancementAlgorithm = 1\nRemergeTheta = 2.5\n'
  15171. -Q 1 0 13x2+2+15 'QUIT'
  15172. -H 1  13x2+42+15 'Help' 'man page for workspace management' KHOROS_HOME/doc/cantata/edit/comment/help
  15173. -E
  15174. -E
  15175. -M 1 0 100x40+10+20 +31+1 'File Information' info
  15176. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  15177. -g 1 0 18x1+1+1 'VIFF Information'
  15178. -g 1 0 18x1+1+2 'Image (2D) Stats'
  15179. -g 1 0 18x1+1+3 'Signal (1D) Stats'
  15180. -g 1 0 18x1+1+4 '1D Peak Detector'
  15181. -g 1 1 18x1+1+6 'Extract VIFF Data'
  15182. -g 1 0 18x1+1+8 'Print Data'
  15183. -g 1 0 18x1+1+9 'Print Map Data'
  15184. -g 1 0 18x1+1+11 'Edit VIFF Comment'
  15185. -g 1 0 18x1+1+12 'Edit VIFF Header'
  15186. -g 1 0 18x1+1+14 'ASCII File Viewer'
  15187. -H 1  18x2+1+16 'HELP' 'guide help' KHOROS_HOME/doc/cantata/subforms/info/help
  15188. -Q 1 0 18x2+1+18 'QUIT'
  15189. -E
  15190. -P 1 0 80x38+22+2 +8+0 'Information about a VIFF Image File' vfileinfo
  15191. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' i
  15192. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f
  15193. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation ' vfileinfo
  15194. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vfileinfo' KHOROS_HOME/doc/manpages/vfileinfo.1
  15195. -E
  15196. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Compute Statistics on VIFF File (2-D)' vstats
  15197. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+1 +0+0 ' ' 'Input Image        ' 'input image' i
  15198. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Masking Image   ' 'statistics operation masking image' m
  15199. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f
  15200. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'VIFF Output File' 'VIFF format output file' o
  15201. -b +3+5 'Select statistics for VIFF output file:  '
  15202. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+6 +0+0 1 'Save ALL statistics ' 'False' 'True' 'if yes, all stats saved' all
  15203. -b +3+7 'OR Save (selected):'
  15204. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+8 +0+0 0 'mean                ' 'False' 'True' 'if yes, mean is a band of output' mu
  15205. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+9 +0+0 0 'variance            ' 'False' 'True' 'if yes, variance is a band of output' var
  15206. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+10 +0+0 0 'standard deviation  ' 'False' 'True' 'if yes, std deviation is a band of output' sd
  15207. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+11 +0+0 0 'rms                 ' 'False' 'True' 'if yes, rms is a band of output' rms
  15208. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+12 +0+0 0 'maximum value       ' 'False' 'True' 'if yes, maximum value is a band of output' vmax
  15209. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+13 +0+0 0 'x coord of max value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of max value is a band of output' xmax
  15210. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+14 +0+0 0 'y coord of max value' 'False' 'True' 'if yes, y coord of max value is a band of output' ymax
  15211. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+15 +0+0 0 'minimum value       ' 'False' 'True' 'if yes, minimum value is a band of output' vmin
  15212. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+16 +0+0 0 'x coord of min value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of min value is a band of output' xmin
  15213. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+17 +0+0 0 'y coord of min value' 'False' 'True' 'if yes, y coord of min value is a band of output' ymin
  15214. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+18 +0+0 0 'integral            ' 'False' 'True' 'if yes, integral value is a band of output' in
  15215. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+19 +0+0 0 'pos part of integral' 'False' 'True' 'if yes, pos part of integral is a band of output' pin
  15216. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+20 +0+0 0 'neg part of integral' 'False' 'True' 'if yes, neg part of integral is a band of output' nin
  15217. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+21 +0+0 0 'num contributing pts' 'False' 'True' 'if yes, num contributing pts is a band of output' pts
  15218. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+22 +0+0 0 'num positive points ' 'False' 'True' 'if yes, num positive pts is a band of output' ppts
  15219. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+23 +0+0 0 'num negative points ' 'False' 'True' 'if yes, num negative pts is a band of output' npts
  15220. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+24 +0+0 0 'skewness            ' 'False' 'True' 'if yes, skewness is a band of output' sk
  15221. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+25 +0+0 0 'kurtosis            ' 'False' 'True' 'if yes, kurtosis is a band of output' kur
  15222. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+26 +0+0 0 'entropy             ' 'False' 'True' 'if yes, entropy is a band of output' ent
  15223. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+27 +0+0 0 'contrast            ' 'False' 'True' 'if yes, contrast is a band of output' con
  15224. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+29 +0+0 1 'Compute Each Data Band Separately?' 'No ' 'Yes' 'if yes, Compute each data band statistics separately' b
  15225. -R 1 0 1 13x2+1+31 'Execute' 'do operation ' vstats
  15226. -H 1  13x2+39+31 'Help' 'man page for vstats' KHOROS_HOME/doc/manpages/vstats.1
  15227. -E
  15228. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Compute Statistics on VIFF File (1-D)' dstats
  15229. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+1 +0+0 ' ' 'Input VIFF File     ' 'input file' i
  15230. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Masking File     ' 'statistics operation masking file' m
  15231. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output ASCII File' 'output ASCII file' f
  15232. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'VIFF Output File ' 'VIFF format output file' o
  15233. -b +3+5 'Select Statistics for VIFF Output File:  '
  15234. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+6 +0+0 1 'Save ALL statistics ' 'False' 'True' 'if yes, all stats saved' all
  15235. -b +3+7 'OR Save (selected):'
  15236. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+8 +0+0 0 'mean                ' 'False' 'True' 'if yes, mean is a band of output' mu
  15237. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+9 +0+0 0 'variance            ' 'False' 'True' 'if yes, variance is a band of output' var
  15238. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+10 +0+0 0 'standard deviation  ' 'False' 'True' 'if yes, std deviation is a band of output' sd
  15239. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+11 +0+0 0 'rms                 ' 'False' 'True' 'if yes, rms is a band of output' rms
  15240. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+12 +0+0 0 'maximum value       ' 'False' 'True' 'if yes, maximum value is a band of output' vmax
  15241. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+13 +0+0 0 'x coord of max value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of max value is a band of output' xmax
  15242. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+14 +0+0 0 'minimum value       ' 'False' 'True' 'if yes, minimum value is a band of output' vmin
  15243. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+15 +0+0 0 'x coord of min value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of min value is a band of output' xmin
  15244. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+16 +0+0 0 'integral            ' 'False' 'True' 'if yes, integral value is a band of output' in
  15245. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+17 +0+0 0 'pos part of integral' 'False' 'True' 'if yes, pos part of integral is a band of output' pin
  15246. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+18 +0+0 0 'neg part of integral' 'False' 'True' 'if yes, neg part of integral is a band of output' nin
  15247. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+19 +0+0 0 'num contributing pts' 'False' 'True' 'if yes, num contributing pts is a band of output' pts
  15248. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+20 +0+0 0 'num positive points ' 'False' 'True' 'if yes, num positive pts is a band of output' ppts
  15249. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+21 +0+0 0 'num negative points ' 'False' 'True' 'if yes, num negative pts is a band of output' npts
  15250. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+22 +0+0 0 'skewness            ' 'False' 'True' 'if yes, skewness is a band of output' sk
  15251. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+23 +0+0 0 'kurtosis            ' 'False' 'True' 'if yes, kurtosis is a band of output' kur
  15252. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+24 +0+0 0 'entropy             ' 'False' 'True' 'if yes, entropy is a band of output' ent
  15253. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+25 +0+0 0 'contrast            ' 'False' 'True' 'if yes, contrast is a band of output' con
  15254. -T 1 0 1 1 0 40x1+2+27 +0+0 1 'Data Processing Option (select one):' 'process dir. (0=down vectors, 1=across bands, 2=entire file)' d
  15255. -i 1 0 1 1 0 10x1+3+1 +0+0 0 2 1 'Across Bands' 'Process by Bands' d
  15256. -i 1 0 1 0 0 10x1+3+2 +0+0 0 2 0 'Down Vectors' 'direction of processing (1 = across bands, 0 = down vectors)' d
  15257. -i 1 0 1 0 0 10x1+3+3 +0+0 0 2 2 'Calculate One Stat Set for Entire File' 'Process by Bands' d
  15258. -E
  15259. -R 1 0 1 13x2+1+31 'Execute' 'do operation ' dstats
  15260. -H 1  13x2+39+31 'Help' 'man page for dstats' KHOROS_HOME/doc/manpages/dstats.1
  15261. -E
  15262. -P 1 0 80x40+22+2 +13+0 'Find Peaks or Troughs in Data' dpeakpick
  15263. -I 1 0 0 1 0 1 51x1+1+2 +0+0 ' ' 'Input File          ' 'input file' i ' '
  15264. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f ' '
  15265. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'VIFF Output File' 'VIFF format output file' o ' '
  15266. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+6 +0+0 1    'find peaks or troughs:' 'Troughs' 'Peaks' 'if true, find peaks ' p
  15267. -b +1+8 'Specify Number of Peaks or Troughs to Detect (N):'
  15268. -C 0
  15269. -l 1 0 1 1 0 40x1+4+9 +0+0 1     'Find All               ' 'False' 'True' 'Find all peaks or troughs' all
  15270. -i 1 0 1 0 0 42x1+4+10 +0+0 2 2 1 'Specify Number of Peaks' 'Number of peaks or troughs to find ' n
  15271. -E
  15272. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+12 +0+0 1    'Find ' 'max/min' 'first' 'if FALSE find first n, and if TRUE find max/min n, peaks or troughs' m
  15273. -b +22+12 'N peaks/troughs in sequence.'
  15274. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+13 +0+0 0    'Include Endpoints for P/T Designation' 'False' 'True' 'If TRUE, endpoints will be considered for peak designation' e
  15275. -i 1 0 1 1 0 42x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Window Size              ' 'Num steps on both sides of point on which to base peak decision' w
  15276. -f 1 0 1 0 0 42x1+2+16 +0+0 1 1 0 'Min Height to Width Ratio' 'min that abs value of average slope over window can be' hwr
  15277. -l 1 0 1 1 0 40x1+2+18 +0+0 1 'Data Processing Direction' 'Down Vectors' 'Across Bands' 'data processing direction (0 = down vectors, 1 = across bands)' d 1
  15278. -R 1 0 1 13x2+1+20 'Execute' 'do operation ' dpeakpick
  15279. -H 1   13x2+39+20 'Help' 'man page for dpeakpick' ~KHOROS_HOME/doc/manpages/dpeakpick.1
  15280. -E
  15281. -P 1 1 80x38+22+2 +6+0 'Extract Data for PARSER from a VIFF File' varviff
  15282. -b +0+1 'Connection Filenames:'
  15283. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File' 'input file' i1 '/users4/bigtmp/vstatVAAa01257' '/users4/bigtmp/vstatVAAa01257'
  15284. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Gating VIFF File' 'input file that is passed to output unmodified (used to gate operation)' i2 '/users4/bigtmp/nknorSBAa02396' '/users4/bigtmp/nknorSBAa02396'
  15285. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Optional Output File' 'connecting file' o '/users4/bigtmp/varviBCAa02396' '/users4/bigtmp/varviBCAa02396'
  15286. -b +0+6 'Location of Data in VIFF Structure:'
  15287. -i 1 0 0 1 1 30x1+2+7 +0+0 0 0 0 'X location ' 'x location' x
  15288. -i 1 0 0 1 1 30x1+2+8 +0+0 0 0 0 'Y location ' 'y location' y
  15289. -i 1 0 0 1 1 30x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Band number' 'band number' b
  15290. -s 1 1 0 1 1 47x1+0+11 +0+0 ' ' 'Data Variable Name:' 'variable' v 'MaxVal' 'MaxVal'
  15291. -R 1 0 4 13x2+1+13 'Execute' 'Execute operation' varviff
  15292. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'Man page for varviff' KHOROS_HOME/doc/manpages/varviff.1
  15293. -E
  15294. -P 1 0 80x38+22+2 +4+0 'Print (Image or Plot) Data to the Screen File' vprdata
  15295. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' i
  15296. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Output ASCII File' 'output ASCII file' f
  15297. -l 1 0 1 1 0 50x1+2+7 +0+0 1 'Print Data Format:' 'Column Form' 'Matrix Form' 'if yes (default) print data as matrix, if no then column' m
  15298. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' vprdata
  15299. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vprdata' KHOROS_HOME/doc/manpages/vprdata.1
  15300. -E
  15301. -P 1 0 80x38+22+2 +15+0 'Print the Colormap Values' vprmap
  15302. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image  ' 'input image filename' i
  15303. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f
  15304. -l 1 0 1 1 0 50x1+2+7 +0+0 1 'Print Values Format:' 'Column Form' 'Matrix Form' 'default: print data as matrix' m
  15305. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation ' vprmap
  15306. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vprmap' KHOROS_HOME/doc/manpages/vprmap.1
  15307. -E
  15308. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Change the Comment Field on a VIFF Image File' vcomment
  15309. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'input image' i
  15310. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' xterm -e vcomment
  15311. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vcomment' KHOROS_HOME/doc/manpages/vcomment.1
  15312. -E
  15313. -P 1 0 80x38+22+2 +17+0 'Edit VIFF Header' vheaded
  15314. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input image ' 'Input image' i
  15315. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output image' 'output image' o
  15316. -l 1 0 1 1 0 50x1+2+5 +0+0 0 'Edit dangerous fields' 'No' 'Yes' 'edit dangerous fields' danger
  15317. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'execute operation' xterm -e vheaded
  15318. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vheaded' KHOROS_HOME/doc/manpages/vheaded.1
  15319. -E
  15320. -P 1 0 80x38+22+2 +17+0 'View an ASCII File' xvviewer
  15321. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Filename' 'filename to view' i
  15322. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation ' xvviewer
  15323. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for xvviewer' KHOROS_HOME/doc/manpages/xvviewer.1
  15324. -E
  15325. -E
  15326. -M 1 0 100x40+10+20 +31+1 'File Information' info
  15327. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  15328. -g 1 0 18x1+1+1 'VIFF Information'
  15329. -g 1 0 18x1+1+2 'Image (2D) Stats'
  15330. -g 1 0 18x1+1+3 'Signal (1D) Stats'
  15331. -g 1 0 18x1+1+4 '1D Peak Detector'
  15332. -g 1 1 18x1+1+6 'Extract VIFF Data'
  15333. -g 1 0 18x1+1+8 'Print Data'
  15334. -g 1 0 18x1+1+9 'Print Map Data'
  15335. -g 1 0 18x1+1+11 'Edit VIFF Comment'
  15336. -g 1 0 18x1+1+12 'Edit VIFF Header'
  15337. -g 1 0 18x1+1+14 'ASCII File Viewer'
  15338. -H 1  18x2+1+16 'HELP' 'guide help' KHOROS_HOME/doc/cantata/subforms/info/help
  15339. -Q 1 0 18x2+1+18 'QUIT'
  15340. -E
  15341. -P 1 0 80x38+22+2 +8+0 'Information about a VIFF Image File' vfileinfo
  15342. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' i
  15343. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f
  15344. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation ' vfileinfo
  15345. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vfileinfo' KHOROS_HOME/doc/manpages/vfileinfo.1
  15346. -E
  15347. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Compute Statistics on VIFF File (2-D)' vstats
  15348. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+1 +0+0 ' ' 'Input Image        ' 'input image' i
  15349. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Masking Image   ' 'statistics operation masking image' m
  15350. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f
  15351. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'VIFF Output File' 'VIFF format output file' o
  15352. -b +3+5 'Select statistics for VIFF output file:  '
  15353. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+6 +0+0 1 'Save ALL statistics ' 'False' 'True' 'if yes, all stats saved' all
  15354. -b +3+7 'OR Save (selected):'
  15355. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+8 +0+0 0 'mean                ' 'False' 'True' 'if yes, mean is a band of output' mu
  15356. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+9 +0+0 0 'variance            ' 'False' 'True' 'if yes, variance is a band of output' var
  15357. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+10 +0+0 0 'standard deviation  ' 'False' 'True' 'if yes, std deviation is a band of output' sd
  15358. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+11 +0+0 0 'rms                 ' 'False' 'True' 'if yes, rms is a band of output' rms
  15359. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+12 +0+0 0 'maximum value       ' 'False' 'True' 'if yes, maximum value is a band of output' vmax
  15360. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+13 +0+0 0 'x coord of max value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of max value is a band of output' xmax
  15361. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+14 +0+0 0 'y coord of max value' 'False' 'True' 'if yes, y coord of max value is a band of output' ymax
  15362. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+15 +0+0 0 'minimum value       ' 'False' 'True' 'if yes, minimum value is a band of output' vmin
  15363. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+16 +0+0 0 'x coord of min value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of min value is a band of output' xmin
  15364. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+17 +0+0 0 'y coord of min value' 'False' 'True' 'if yes, y coord of min value is a band of output' ymin
  15365. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+18 +0+0 0 'integral            ' 'False' 'True' 'if yes, integral value is a band of output' in
  15366. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+19 +0+0 0 'pos part of integral' 'False' 'True' 'if yes, pos part of integral is a band of output' pin
  15367. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+20 +0+0 0 'neg part of integral' 'False' 'True' 'if yes, neg part of integral is a band of output' nin
  15368. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+21 +0+0 0 'num contributing pts' 'False' 'True' 'if yes, num contributing pts is a band of output' pts
  15369. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+22 +0+0 0 'num positive points ' 'False' 'True' 'if yes, num positive pts is a band of output' ppts
  15370. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+23 +0+0 0 'num negative points ' 'False' 'True' 'if yes, num negative pts is a band of output' npts
  15371. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+24 +0+0 0 'skewness            ' 'False' 'True' 'if yes, skewness is a band of output' sk
  15372. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+25 +0+0 0 'kurtosis            ' 'False' 'True' 'if yes, kurtosis is a band of output' kur
  15373. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+26 +0+0 0 'entropy             ' 'False' 'True' 'if yes, entropy is a band of output' ent
  15374. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+27 +0+0 0 'contrast            ' 'False' 'True' 'if yes, contrast is a band of output' con
  15375. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+29 +0+0 1 'Compute Each Data Band Separately?' 'No ' 'Yes' 'if yes, Compute each data band statistics separately' b
  15376. -R 1 0 1 13x2+1+31 'Execute' 'do operation ' vstats
  15377. -H 1  13x2+39+31 'Help' 'man page for vstats' KHOROS_HOME/doc/manpages/vstats.1
  15378. -E
  15379. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Compute Statistics on VIFF File (1-D)' dstats
  15380. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+1 +0+0 ' ' 'Input VIFF File     ' 'input file' i
  15381. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Masking File     ' 'statistics operation masking file' m
  15382. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output ASCII File' 'output ASCII file' f
  15383. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'VIFF Output File ' 'VIFF format output file' o
  15384. -b +3+5 'Select Statistics for VIFF Output File:  '
  15385. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+6 +0+0 1 'Save ALL statistics ' 'False' 'True' 'if yes, all stats saved' all
  15386. -b +3+7 'OR Save (selected):'
  15387. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+8 +0+0 0 'mean                ' 'False' 'True' 'if yes, mean is a band of output' mu
  15388. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+9 +0+0 0 'variance            ' 'False' 'True' 'if yes, variance is a band of output' var
  15389. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+10 +0+0 0 'standard deviation  ' 'False' 'True' 'if yes, std deviation is a band of output' sd
  15390. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+11 +0+0 0 'rms                 ' 'False' 'True' 'if yes, rms is a band of output' rms
  15391. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+12 +0+0 0 'maximum value       ' 'False' 'True' 'if yes, maximum value is a band of output' vmax
  15392. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+13 +0+0 0 'x coord of max value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of max value is a band of output' xmax
  15393. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+14 +0+0 0 'minimum value       ' 'False' 'True' 'if yes, minimum value is a band of output' vmin
  15394. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+15 +0+0 0 'x coord of min value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of min value is a band of output' xmin
  15395. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+16 +0+0 0 'integral            ' 'False' 'True' 'if yes, integral value is a band of output' in
  15396. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+17 +0+0 0 'pos part of integral' 'False' 'True' 'if yes, pos part of integral is a band of output' pin
  15397. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+18 +0+0 0 'neg part of integral' 'False' 'True' 'if yes, neg part of integral is a band of output' nin
  15398. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+19 +0+0 0 'num contributing pts' 'False' 'True' 'if yes, num contributing pts is a band of output' pts
  15399. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+20 +0+0 0 'num positive points ' 'False' 'True' 'if yes, num positive pts is a band of output' ppts
  15400. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+21 +0+0 0 'num negative points ' 'False' 'True' 'if yes, num negative pts is a band of output' npts
  15401. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+22 +0+0 0 'skewness            ' 'False' 'True' 'if yes, skewness is a band of output' sk
  15402. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+23 +0+0 0 'kurtosis            ' 'False' 'True' 'if yes, kurtosis is a band of output' kur
  15403. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+24 +0+0 0 'entropy             ' 'False' 'True' 'if yes, entropy is a band of output' ent
  15404. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+25 +0+0 0 'contrast            ' 'False' 'True' 'if yes, contrast is a band of output' con
  15405. -T 1 0 1 1 0 40x1+2+27 +0+0 1 'Data Processing Option (select one):' 'process dir. (0=down vectors, 1=across bands, 2=entire file)' d
  15406. -i 1 0 1 1 0 10x1+3+1 +0+0 0 2 1 'Across Bands' 'Process by Bands' d
  15407. -i 1 0 1 0 0 10x1+3+2 +0+0 0 2 0 'Down Vectors' 'direction of processing (1 = across bands, 0 = down vectors)' d
  15408. -i 1 0 1 0 0 10x1+3+3 +0+0 0 2 2 'Calculate One Stat Set for Entire File' 'Process by Bands' d
  15409. -E
  15410. -R 1 0 1 13x2+1+31 'Execute' 'do operation ' dstats
  15411. -H 1  13x2+39+31 'Help' 'man page for dstats' KHOROS_HOME/doc/manpages/dstats.1
  15412. -E
  15413. -P 1 0 80x40+22+2 +13+0 'Find Peaks or Troughs in Data' dpeakpick
  15414. -I 1 0 0 1 0 1 51x1+1+2 +0+0 ' ' 'Input File          ' 'input file' i ' '
  15415. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f ' '
  15416. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'VIFF Output File' 'VIFF format output file' o ' '
  15417. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+6 +0+0 1    'find peaks or troughs:' 'Troughs' 'Peaks' 'if true, find peaks ' p
  15418. -b +1+8 'Specify Number of Peaks or Troughs to Detect (N):'
  15419. -C 0
  15420. -l 1 0 1 1 0 40x1+4+9 +0+0 1     'Find All               ' 'False' 'True' 'Find all peaks or troughs' all
  15421. -i 1 0 1 0 0 42x1+4+10 +0+0 2 2 1 'Specify Number of Peaks' 'Number of peaks or troughs to find ' n
  15422. -E
  15423. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+12 +0+0 1    'Find ' 'max/min' 'first' 'if FALSE find first n, and if TRUE find max/min n, peaks or troughs' m
  15424. -b +22+12 'N peaks/troughs in sequence.'
  15425. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+13 +0+0 0    'Include Endpoints for P/T Designation' 'False' 'True' 'If TRUE, endpoints will be considered for peak designation' e
  15426. -i 1 0 1 1 0 42x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Window Size              ' 'Num steps on both sides of point on which to base peak decision' w
  15427. -f 1 0 1 0 0 42x1+2+16 +0+0 1 1 0 'Min Height to Width Ratio' 'min that abs value of average slope over window can be' hwr
  15428. -l 1 0 1 1 0 40x1+2+18 +0+0 1 'Data Processing Direction' 'Down Vectors' 'Across Bands' 'data processing direction (0 = down vectors, 1 = across bands)' d 1
  15429. -R 1 0 1 13x2+1+20 'Execute' 'do operation ' dpeakpick
  15430. -H 1   13x2+39+20 'Help' 'man page for dpeakpick' ~KHOROS_HOME/doc/manpages/dpeakpick.1
  15431. -E
  15432. -P 1 1 80x38+22+2 +6+0 'Extract Data for PARSER from a VIFF File' varviff
  15433. -b +0+1 'Connection Filenames:'
  15434. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File' 'input file' i1 '/users4/bigtmp/vstatVAAa01257' '/users4/bigtmp/vstatVAAa01257'
  15435. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Gating VIFF File' 'input file that is passed to output unmodified (used to gate operation)' i2 '/users4/bigtmp/varviBCAa02396' '/users4/bigtmp/varviBCAa02396'
  15436. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Optional Output File' 'connecting file' o '/users4/bigtmp/varviCCAa02396' '/users4/bigtmp/varviCCAa02396'
  15437. -b +0+6 'Location of Data in VIFF Structure:'
  15438. -i 1 0 0 1 1 30x1+2+7 +0+0 0 0 0 'X location ' 'x location' x
  15439. -i 1 0 0 1 1 30x1+2+8 +0+0 0 0 0 'Y location ' 'y location' y
  15440. -i 1 1 0 1 1 30x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Band number' 'band number' b 1 '1'
  15441. -s 1 1 0 1 1 47x1+0+11 +0+0 ' ' 'Data Variable Name:' 'variable' v 'MinVal' 'MinVal'
  15442. -R 1 0 4 13x2+1+13 'Execute' 'Execute operation' varviff
  15443. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'Man page for varviff' KHOROS_HOME/doc/manpages/varviff.1
  15444. -E
  15445. -P 1 0 80x38+22+2 +4+0 'Print (Image or Plot) Data to the Screen File' vprdata
  15446. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' i
  15447. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Output ASCII File' 'output ASCII file' f
  15448. -l 1 0 1 1 0 50x1+2+7 +0+0 1 'Print Data Format:' 'Column Form' 'Matrix Form' 'if yes (default) print data as matrix, if no then column' m
  15449. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' vprdata
  15450. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vprdata' KHOROS_HOME/doc/manpages/vprdata.1
  15451. -E
  15452. -P 1 0 80x38+22+2 +15+0 'Print the Colormap Values' vprmap
  15453. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image  ' 'input image filename' i
  15454. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f
  15455. -l 1 0 1 1 0 50x1+2+7 +0+0 1 'Print Values Format:' 'Column Form' 'Matrix Form' 'default: print data as matrix' m
  15456. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation ' vprmap
  15457. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vprmap' KHOROS_HOME/doc/manpages/vprmap.1
  15458. -E
  15459. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Change the Comment Field on a VIFF Image File' vcomment
  15460. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'input image' i
  15461. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' xterm -e vcomment
  15462. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vcomment' KHOROS_HOME/doc/manpages/vcomment.1
  15463. -E
  15464. -P 1 0 80x38+22+2 +17+0 'Edit VIFF Header' vheaded
  15465. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input image ' 'Input image' i
  15466. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output image' 'output image' o
  15467. -l 1 0 1 1 0 50x1+2+5 +0+0 0 'Edit dangerous fields' 'No' 'Yes' 'edit dangerous fields' danger
  15468. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'execute operation' xterm -e vheaded
  15469. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vheaded' KHOROS_HOME/doc/manpages/vheaded.1
  15470. -E
  15471. -P 1 0 80x38+22+2 +17+0 'View an ASCII File' xvviewer
  15472. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Filename' 'filename to view' i
  15473. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation ' xvviewer
  15474. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for xvviewer' KHOROS_HOME/doc/manpages/xvviewer.1
  15475. -E
  15476. -E
  15477. -E
  15478. #  BeginVariables
  15479.  
  15480.  
  15481. #
  15482. # list of currently declared variables
  15483. #
  15484.  
  15485. # Simple expression 'maxval'
  15486. maxval = 1
  15487.  
  15488. # Simple expression 'minval'
  15489. minval = 0
  15490.  
  15491. # Dependant expression 'MinPeakHeightAddp'
  15492. # current evaluated value = 76
  15493.   MinPeakHeightAddp = floor((MinPeakHeightFactorAddp*(SectorFactor/Range)))
  15494.  
  15495. # Simple expression 'MinPeakHeightFactorAddp'
  15496. MinPeakHeightFactorAddp = 0.3
  15497.  
  15498. # Simple expression 'MinVal'
  15499. MinVal = 0
  15500.  
  15501. # Simple expression 'MaxVal'
  15502. MaxVal = 1
  15503.  
  15504. # Simple expression 'RSector'
  15505. RSector = 16
  15506.  
  15507. # Simple expression 'CSector'
  15508. CSector = 16
  15509.  
  15510. # Dependant expression 'SectorFactor'
  15511. # current evaluated value = 256
  15512.   SectorFactor = (RSector*CSector)
  15513.  
  15514. # Dependant expression 'MinPeakHeight'
  15515. # current evaluated value = 76
  15516.   MinPeakHeight = floor((MinPeakHeightFactor*(SectorFactor/Range)))
  15517.  
  15518. # Simple expression 'MinPeakHeightFactor'
  15519. MinPeakHeightFactor = 0.3
  15520.  
  15521. # Dependant expression 'MinPeakDistanceAddp'
  15522. # current evaluated value = 0
  15523.   MinPeakDistanceAddp = floor((Range*(MinPeakDistanceRelativeAddp/100)))
  15524.  
  15525. # Simple expression 'MinPeakDistanceRelativeAddp'
  15526. MinPeakDistanceRelativeAddp = 2
  15527.  
  15528. # Dependant expression 'Range'
  15529. # current evaluated value = 1
  15530.   Range = abs((MaxVal-MinVal))
  15531.  
  15532. # Dependant expression 'MinPeakDistance'
  15533. # current evaluated value = 0
  15534.   MinPeakDistance = floor((Range*(MinPeakDistanceRelative/100)))
  15535.  
  15536. # Simple expression 'MinPeakDistanceRelative'
  15537. MinPeakDistanceRelative = 2
  15538.  
  15539. # Simple expression 'StrongMergeThreshold'
  15540. StrongMergeThreshold = 1.7
  15541.  
  15542. # Simple expression 'WeakMergeThreshold'
  15543. WeakMergeThreshold = 0.6
  15544.  
  15545. # Simple expression 'RemergeTheta'
  15546. RemergeTheta = 2.5
  15547.  
  15548. # Simple expression 'EnhancementAlgorithm'
  15549. EnhancementAlgorithm = 1
  15550.  
  15551. # Simple expression 'WeymouthIterations'
  15552. WeymouthIterations = 5
  15553.  
  15554. # Simple expression 'NagaoIterations'
  15555. NagaoIterations = 1
  15556.  
  15557. # Simple expression 'ScalingMaxval'
  15558. ScalingMaxval = 89
  15559.  
  15560. # Simple expression 'PeakAdditionIterations'
  15561. PeakAdditionIterations = 0
  15562.  
  15563. # Simple expression 'MinPeakValleyRatio'
  15564. MinPeakValleyRatio = 1
  15565.  
  15566. # Simple expression 'MinPeakValleyRatioAddp'
  15567. MinPeakValleyRatioAddp = 1
  15568.  
  15569. # Simple expression 'NormalMergeThreshold'
  15570. NormalMergeThreshold = 1.1
  15571.  
  15572.  
  15573. #  EndVariables
  15574. #  BeginEnvironment
  15575. #    Grid 1
  15576. #    GridSize 20
  15577. #    SmallGlyph 0
  15578. #    RubberBand 0
  15579. #    ParallelExec 1
  15580. #    Viewport 1
  15581. #    AttachCanvas 1
  15582. #    ShowDav 0
  15583. #    ShowModified 0
  15584. #    EchoRoutine 1
  15585. #    LeaveGlyph 0
  15586. #    DemandDriven 0
  15587. #    ShowClipboard 0
  15588. #    InheritAttributes 1
  15589. #    GlobalVariables 1
  15590. #    AutoPlacement 1
  15591. #    GlyphPlacement 0
  15592. #    RemoteExec 0
  15593. #  EndEnvironment
  15594. # 'genmu' 2 1 'genmu45_glyph' 620+120
  15595. # 'nknormalize' 2 1 'nknormalize46_glyph' 220+280
  15596. # 'remerge' 2 1 'remerge47_glyph' 820+120
  15597. # 'reglab' 2 1 'reglab48_glyph' 720+120
  15598. # 'weymouth' 2 1 'weymouth49_glyph' 300+0
  15599. # 'vstats' 2 1 'vstats50_glyph' 320+200
  15600. # 'merge' 4 1 'merge8_control' 0+80
  15601. # 'READ 1st' 6 1 'READ 1st13_comment' 0+0
  15602. # 'if_else' 4 1 'if_else9_control' 140+80
  15603. # 'nagao' 2 1 'nagao51_glyph' 300+100
  15604. # 'merge' 4 1 'merge10_control' 400+0
  15605. # 'VeryHigh' 6 1 'VeryHigh14_comment' 0+180
  15606. # 'base def' 6 1 'base def15_comment' 60+0
  15607. # 'varviff' 2 1 'varviff52_glyph' 420+140
  15608. # 'varviff' 2 1 'varviff53_glyph' 520+120
  15609. # EndWorkspace
  15610. # 'nkvh_blue' 3 1 'nkvh_blue6_procedure' 220+400
  15611. # BeginWorkspace
  15612. -F 4.2 1 1 0x0+0+0 +0+0 'Dummy Form' not_used
  15613. -S 1 0
  15614. -d 1 0 9x2+2+2 'Subform 22'
  15615. -d 1 0 9x2+22+2 'Subform 23'
  15616. -d 1 0 9x2+4+2 'Subform 25'
  15617. -d 1 0 9x2+8+2 'Subform 27'
  15618. -d 1 0 9x2+10+2 'Subform 28'
  15619. -d 1 0 9x2+12+2 'Subform 29'
  15620. -d 1 0 9x2+14+2 'Subform 30'
  15621. -d 1 0 9x2+28+2 'Subform 2'
  15622. -d 1 0 9x2+32+2 'Subform 4'
  15623. -d 1 0 9x2+34+2 'Subform 5'
  15624. -d 1 0 9x2+36+2 'Subform 6'
  15625. -d 1 0 9x2+38+2 'Subform 3'
  15626. -d 1 0 9x2+46+2 'Subform 8'
  15627. -d 1 0 9x2+44+2 'Subform 1'
  15628. -d 1 0 9x2+46+2 'Subform 2'
  15629. -E
  15630. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  15631. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  15632. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  15633. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  15634. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  15635. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  15636. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  15637. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  15638. -g 1 1 18x1+1+10 'GenMu'
  15639. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  15640. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  15641. -g 1 0 18x1+1+13 'ReMerge'
  15642. -g 1 0 18x1+1+13 'RegLab'
  15643. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  15644. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  15645. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  15646. -g 1 0 18x1+1+18 'ShowEdges'
  15647. -g 1 0 18x1+1+19 'ShowLines'
  15648. -g 1 0 18x1+1+21 'intensity'
  15649. -g 1 0 18x1+1+23 'VisImages'
  15650. -H 1  18x2+1+25 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  15651. -Q 1 0 18x2+1+27 'QUIT'
  15652. -E
  15653. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  15654. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  15655. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  15656. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  15657. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  15658. -E
  15659. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  15660. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  15661. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  15662. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  15663. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  15664. -E
  15665. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  15666. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  15667. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  15668. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  15669. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  15670. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  15671. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  15672. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  15673. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  15674. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  15675. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  15676. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  15677. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  15678. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  15679. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  15680. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  15681. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  15682. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  15683. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  15684. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  15685. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  15686. -E
  15687. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  15688. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  15689. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  15690. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  15691. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  15692. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  15693. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  15694. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  15695. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  15696. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  15697. -E
  15698. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  15699. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  15700. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  15701. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  15702. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  15703. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  15704. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  15705. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  15706. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  15707. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  15708. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  15709. -E
  15710. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  15711. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  15712. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  15713. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  15714. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  15715. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  15716. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  15717. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  15718. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  15719. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  15720. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  15721. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  15722. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  15723. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  15724. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  15725. -E
  15726. -P 1 1 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  15727. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg '/users4/bigtmp/varviOCAa02396' '/users4/bigtmp/varviOCAa02396'
  15728. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector 16 'RSector'
  15729. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector 16 'CSector'
  15730. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval 0 'MinVal'
  15731. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval 0 'MaxVal'
  15732. -i 1 1 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin 0 '0'
  15733. -i 1 1 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth 1 '1'
  15734. -i 1 1 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize 3 '3'
  15735. -s 1 1 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0'
  15736. -T 1 1 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound 0
  15737. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  15738. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  15739. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  15740. -E
  15741. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist 15 'MinPeakDistance'
  15742. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp 0 'MinPeakDistanceAddp'
  15743. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight 3 'MinPeakHeight'
  15744. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp 1 'MinPeakHeightAddp'
  15745. -f 1 1 1 1 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr 3 'MinPeakValleyRatio'
  15746. -f 1 1 1 1 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp 1 'MinPeakValleyRatioAddp'
  15747. -i 1 1 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim 5 '5'
  15748. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer 2 'PeakAdditionIterations'
  15749. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg '/users4/bigtmp/genmuDCAa02396' '/users4/bigtmp/genmuDCAa02396'
  15750. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  15751. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  15752. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  15753. -E
  15754. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  15755. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  15756. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  15757. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  15758. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  15759. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  15760. -E
  15761. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  15762. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  15763. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  15764. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  15765. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  15766. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  15767. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  15768. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  15769. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  15770. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  15771. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  15772. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  15773. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  15774. -E
  15775. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  15776. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  15777. -E
  15778. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  15779. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  15780. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg
  15781. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector
  15782. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector
  15783. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  15784. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh
  15785. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta
  15786. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  15787. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  15788. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  15789. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  15790. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  15791. -E
  15792. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  15793. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  15794. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  15795. -E
  15796. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  15797. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg
  15798. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  15799. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  15800. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  15801. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  15802. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  15803. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  15804. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  15805. -E
  15806. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  15807. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  15808. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg
  15809. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  15810. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  15811. -E
  15812. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  15813. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  15814. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  15815. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  15816. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  15817. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  15818. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  15819. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  15820. -E
  15821. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  15822. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  15823. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  15824. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  15825. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  15826. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  15827. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  15828. -E
  15829. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  15830. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  15831. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  15832. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  15833. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  15834. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  15835. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  15836. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  15837. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  15838. -E
  15839. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  15840. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  15841. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  15842. -E
  15843. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  15844. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  15845. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  15846. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  15847. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  15848. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  15849. -E
  15850. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  15851. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  15852. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  15853. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  15854. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  15855. -E
  15856. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  15857. -b +18+1 'Intensity from color'
  15858. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  15859. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  15860. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  15861. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  15862. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  15863. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  15864. -E
  15865. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  15866. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  15867. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  15868. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  15869. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  15870. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  15871. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  15872. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  15873. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  15874. -E
  15875. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  15876. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  15877. -E
  15878. -E
  15879. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  15880. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  15881. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  15882. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  15883. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  15884. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  15885. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  15886. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  15887. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  15888. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  15889. -g 1 1 18x1+1+12 'NK Normalize'
  15890. -g 1 0 18x1+1+13 'ReMerge'
  15891. -g 1 0 18x1+1+13 'RegLab'
  15892. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  15893. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  15894. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  15895. -g 1 0 18x1+1+18 'ShowEdges'
  15896. -g 1 0 18x1+1+19 'ShowLines'
  15897. -g 1 0 18x1+1+21 'intensity'
  15898. -g 1 0 18x1+1+23 'VisImages'
  15899. -H 1  18x2+1+25 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  15900. -Q 1 0 18x2+1+27 'QUIT'
  15901. -E
  15902. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  15903. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  15904. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  15905. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  15906. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  15907. -E
  15908. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  15909. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  15910. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  15911. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  15912. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  15913. -E
  15914. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  15915. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  15916. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  15917. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  15918. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  15919. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  15920. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  15921. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  15922. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  15923. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  15924. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  15925. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  15926. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  15927. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  15928. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  15929. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  15930. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  15931. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  15932. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  15933. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  15934. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  15935. -E
  15936. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  15937. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  15938. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  15939. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  15940. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  15941. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  15942. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  15943. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  15944. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  15945. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  15946. -E
  15947. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  15948. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  15949. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  15950. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  15951. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  15952. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  15953. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  15954. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  15955. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  15956. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  15957. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  15958. -E
  15959. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  15960. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  15961. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  15962. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  15963. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  15964. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  15965. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  15966. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  15967. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  15968. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  15969. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  15970. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  15971. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  15972. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  15973. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  15974. -E
  15975. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  15976. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  15977. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  15978. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  15979. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  15980. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  15981. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  15982. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  15983. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  15984. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  15985. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  15986. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  15987. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  15988. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  15989. -E
  15990. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  15991. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  15992. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  15993. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  15994. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  15995. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  15996. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  15997. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  15998. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  15999. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  16000. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  16001. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  16002. -E
  16003. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  16004. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  16005. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  16006. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  16007. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  16008. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  16009. -E
  16010. -P 1 1 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  16011. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  16012. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  16013. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg '/users4/bigtmp/mergeMCAa02396' '/users4/bigtmp/mergeMCAa02396'
  16014. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  16015. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  16016. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper 89 'ScalingMaxval'
  16017. -T 1 1 1 1 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype 1
  16018. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x 0
  16019. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  16020. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  16021. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  16022. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x 0
  16023. -E
  16024. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg '/users4/bigtmp/nknorECAa02396' '/users4/bigtmp/nknorECAa02396'
  16025. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  16026. -E
  16027. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  16028. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  16029. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg
  16030. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector
  16031. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector
  16032. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  16033. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh
  16034. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta
  16035. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  16036. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  16037. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  16038. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  16039. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  16040. -E
  16041. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  16042. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  16043. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  16044. -E
  16045. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  16046. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg
  16047. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  16048. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  16049. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  16050. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  16051. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  16052. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  16053. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  16054. -E
  16055. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  16056. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  16057. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg
  16058. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  16059. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  16060. -E
  16061. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  16062. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  16063. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  16064. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  16065. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  16066. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  16067. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  16068. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  16069. -E
  16070. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  16071. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  16072. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  16073. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  16074. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  16075. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  16076. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  16077. -E
  16078. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  16079. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  16080. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  16081. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  16082. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  16083. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  16084. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  16085. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  16086. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  16087. -E
  16088. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  16089. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  16090. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  16091. -E
  16092. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  16093. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  16094. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  16095. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  16096. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  16097. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  16098. -E
  16099. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  16100. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  16101. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  16102. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  16103. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  16104. -E
  16105. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  16106. -b +18+1 'Intensity from color'
  16107. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  16108. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  16109. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  16110. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  16111. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  16112. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  16113. -E
  16114. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  16115. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  16116. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  16117. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  16118. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  16119. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  16120. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  16121. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  16122. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  16123. -E
  16124. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  16125. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  16126. -E
  16127. -E
  16128. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  16129. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  16130. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  16131. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  16132. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  16133. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  16134. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  16135. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  16136. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  16137. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  16138. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  16139. -g 1 1 18x1+1+13 'ReMerge'
  16140. -g 1 0 18x1+1+13 'RegLab'
  16141. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  16142. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  16143. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  16144. -g 1 0 18x1+1+18 'ShowEdges'
  16145. -g 1 0 18x1+1+19 'ShowLines'
  16146. -g 1 0 18x1+1+21 'intensity'
  16147. -g 1 0 18x1+1+23 'VisImages'
  16148. -H 1  18x2+1+25 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  16149. -Q 1 0 18x2+1+27 'QUIT'
  16150. -E
  16151. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  16152. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  16153. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  16154. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  16155. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  16156. -E
  16157. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  16158. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  16159. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  16160. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  16161. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  16162. -E
  16163. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  16164. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  16165. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  16166. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  16167. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  16168. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  16169. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  16170. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  16171. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  16172. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  16173. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  16174. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  16175. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  16176. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  16177. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  16178. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  16179. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  16180. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  16181. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  16182. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  16183. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  16184. -E
  16185. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  16186. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  16187. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  16188. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  16189. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  16190. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  16191. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  16192. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  16193. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  16194. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  16195. -E
  16196. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  16197. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  16198. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  16199. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  16200. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  16201. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  16202. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  16203. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  16204. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  16205. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  16206. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  16207. -E
  16208. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  16209. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  16210. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  16211. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  16212. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  16213. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  16214. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  16215. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  16216. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  16217. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  16218. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  16219. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  16220. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  16221. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  16222. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  16223. -E
  16224. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  16225. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  16226. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  16227. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  16228. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  16229. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  16230. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  16231. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  16232. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  16233. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  16234. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  16235. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  16236. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  16237. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  16238. -E
  16239. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  16240. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  16241. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  16242. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  16243. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  16244. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  16245. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  16246. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  16247. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  16248. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  16249. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  16250. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  16251. -E
  16252. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  16253. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  16254. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  16255. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  16256. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  16257. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  16258. -E
  16259. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  16260. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  16261. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  16262. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  16263. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  16264. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  16265. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  16266. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  16267. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  16268. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  16269. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  16270. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  16271. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  16272. -E
  16273. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  16274. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  16275. -E
  16276. -P 1 1 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  16277. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg '/users4/bigtmp/reglaGCAa02396' '/users4/bigtmp/reglaGCAa02396'
  16278. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg '/users4/bigtmp/nknorECAa02396' '/users4/bigtmp/nknorECAa02396'
  16279. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector 16 'RSector'
  16280. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector 16 'CSector'
  16281. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  16282. -f 1 1 1 1 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh 1.1 'NormalMergeThreshold'
  16283. -f 1 1 1 1 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta 2.5 'RemergeTheta'
  16284. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  16285. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  16286. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  16287. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  16288. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  16289. -E
  16290. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg '/users4/bigtmp/remerFCAa02396' '/users4/bigtmp/remerFCAa02396'
  16291. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  16292. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  16293. -E
  16294. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  16295. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg
  16296. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  16297. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  16298. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  16299. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  16300. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  16301. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  16302. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  16303. -E
  16304. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  16305. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  16306. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg
  16307. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  16308. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  16309. -E
  16310. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  16311. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  16312. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  16313. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  16314. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  16315. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  16316. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  16317. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  16318. -E
  16319. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  16320. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  16321. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  16322. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  16323. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  16324. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  16325. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  16326. -E
  16327. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  16328. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  16329. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  16330. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  16331. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  16332. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  16333. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  16334. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  16335. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  16336. -E
  16337. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  16338. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  16339. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  16340. -E
  16341. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  16342. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  16343. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  16344. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  16345. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  16346. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  16347. -E
  16348. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  16349. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  16350. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  16351. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  16352. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  16353. -E
  16354. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  16355. -b +18+1 'Intensity from color'
  16356. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  16357. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  16358. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  16359. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  16360. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  16361. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  16362. -E
  16363. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  16364. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  16365. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  16366. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  16367. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  16368. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  16369. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  16370. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  16371. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  16372. -E
  16373. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  16374. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  16375. -E
  16376. -E
  16377. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  16378. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  16379. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  16380. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  16381. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  16382. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  16383. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  16384. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  16385. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  16386. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  16387. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  16388. -g 1 0 18x1+1+13 'ReMerge'
  16389. -g 1 1 18x1+1+13 'RegLab'
  16390. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  16391. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  16392. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  16393. -g 1 0 18x1+1+18 'ShowEdges'
  16394. -g 1 0 18x1+1+19 'ShowLines'
  16395. -g 1 0 18x1+1+21 'intensity'
  16396. -g 1 0 18x1+1+23 'VisImages'
  16397. -H 1  18x2+1+25 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  16398. -Q 1 0 18x2+1+27 'QUIT'
  16399. -E
  16400. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  16401. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  16402. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  16403. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  16404. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  16405. -E
  16406. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  16407. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  16408. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  16409. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  16410. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  16411. -E
  16412. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  16413. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  16414. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  16415. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  16416. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  16417. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  16418. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  16419. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  16420. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  16421. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  16422. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  16423. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  16424. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  16425. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  16426. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  16427. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  16428. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  16429. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  16430. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  16431. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  16432. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  16433. -E
  16434. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  16435. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  16436. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  16437. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  16438. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  16439. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  16440. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  16441. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  16442. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  16443. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  16444. -E
  16445. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  16446. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  16447. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  16448. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  16449. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  16450. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  16451. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  16452. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  16453. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  16454. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  16455. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  16456. -E
  16457. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  16458. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  16459. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  16460. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  16461. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  16462. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  16463. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  16464. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  16465. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  16466. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  16467. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  16468. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  16469. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  16470. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  16471. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  16472. -E
  16473. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  16474. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  16475. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  16476. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  16477. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  16478. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  16479. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  16480. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  16481. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  16482. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  16483. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  16484. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  16485. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  16486. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  16487. -E
  16488. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  16489. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  16490. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  16491. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  16492. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  16493. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  16494. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  16495. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  16496. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  16497. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  16498. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  16499. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  16500. -E
  16501. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  16502. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  16503. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  16504. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  16505. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  16506. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  16507. -E
  16508. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  16509. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  16510. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  16511. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  16512. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  16513. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  16514. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  16515. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  16516. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  16517. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  16518. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  16519. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  16520. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  16521. -E
  16522. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  16523. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  16524. -E
  16525. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  16526. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  16527. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg
  16528. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector
  16529. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector
  16530. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  16531. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh
  16532. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta
  16533. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  16534. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  16535. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  16536. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  16537. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  16538. -E
  16539. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  16540. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  16541. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  16542. -E
  16543. -P 1 1 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  16544. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg '/users4/bigtmp/genmuDCAa02396' '/users4/bigtmp/genmuDCAa02396'
  16545. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  16546. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector 16 'RSector'
  16547. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector 16 'CSector'
  16548. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  16549. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  16550. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  16551. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  16552. -E
  16553. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  16554. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  16555. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg '/users4/bigtmp/reglaGCAa02396' '/users4/bigtmp/reglaGCAa02396'
  16556. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  16557. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  16558. -E
  16559. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  16560. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  16561. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  16562. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  16563. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  16564. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  16565. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  16566. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  16567. -E
  16568. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  16569. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  16570. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  16571. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  16572. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  16573. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  16574. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  16575. -E
  16576. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  16577. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  16578. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  16579. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  16580. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  16581. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  16582. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  16583. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  16584. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  16585. -E
  16586. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  16587. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  16588. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  16589. -E
  16590. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  16591. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  16592. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  16593. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  16594. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  16595. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  16596. -E
  16597. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  16598. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  16599. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  16600. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  16601. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  16602. -E
  16603. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  16604. -b +18+1 'Intensity from color'
  16605. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  16606. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  16607. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  16608. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  16609. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  16610. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  16611. -E
  16612. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  16613. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  16614. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  16615. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  16616. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  16617. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  16618. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  16619. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  16620. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  16621. -E
  16622. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  16623. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  16624. -E
  16625. -E
  16626. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  16627. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  16628. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  16629. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  16630. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  16631. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  16632. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  16633. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  16634. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  16635. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  16636. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  16637. -g 1 0 18x1+1+13 'ReMerge'
  16638. -g 1 0 18x1+1+13 'RegLab'
  16639. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  16640. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  16641. -g 1 1 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  16642. -g 1 0 18x1+1+18 'ShowEdges'
  16643. -g 1 0 18x1+1+19 'ShowLines'
  16644. -g 1 0 18x1+1+21 'intensity'
  16645. -g 1 0 18x1+1+23 'VisImages'
  16646. -H 1  18x2+1+25 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  16647. -Q 1 0 18x2+1+27 'QUIT'
  16648. -E
  16649. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  16650. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  16651. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  16652. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  16653. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  16654. -E
  16655. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  16656. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  16657. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  16658. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  16659. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  16660. -E
  16661. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  16662. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  16663. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  16664. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  16665. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  16666. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  16667. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  16668. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  16669. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  16670. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  16671. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  16672. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  16673. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  16674. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  16675. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  16676. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  16677. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  16678. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  16679. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  16680. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  16681. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  16682. -E
  16683. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  16684. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  16685. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  16686. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  16687. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  16688. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  16689. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  16690. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  16691. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  16692. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  16693. -E
  16694. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  16695. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  16696. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  16697. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  16698. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  16699. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  16700. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  16701. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  16702. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  16703. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  16704. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  16705. -E
  16706. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  16707. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  16708. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  16709. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  16710. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  16711. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  16712. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  16713. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  16714. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  16715. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  16716. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  16717. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  16718. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  16719. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  16720. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  16721. -E
  16722. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  16723. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  16724. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  16725. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  16726. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  16727. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  16728. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  16729. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  16730. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  16731. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  16732. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  16733. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  16734. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  16735. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  16736. -E
  16737. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  16738. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  16739. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  16740. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  16741. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  16742. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  16743. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  16744. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  16745. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  16746. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  16747. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  16748. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  16749. -E
  16750. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  16751. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  16752. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  16753. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  16754. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  16755. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  16756. -E
  16757. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  16758. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  16759. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  16760. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  16761. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  16762. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  16763. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  16764. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  16765. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  16766. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  16767. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  16768. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  16769. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  16770. -E
  16771. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  16772. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  16773. -E
  16774. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  16775. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  16776. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg
  16777. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector
  16778. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector
  16779. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  16780. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh
  16781. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta
  16782. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  16783. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  16784. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  16785. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  16786. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  16787. -E
  16788. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  16789. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  16790. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  16791. -E
  16792. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  16793. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg
  16794. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  16795. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  16796. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  16797. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  16798. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  16799. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  16800. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  16801. -E
  16802. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  16803. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  16804. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg
  16805. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  16806. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  16807. -E
  16808. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  16809. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  16810. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  16811. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  16812. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  16813. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  16814. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  16815. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  16816. -E
  16817. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  16818. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  16819. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  16820. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  16821. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  16822. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  16823. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  16824. -E
  16825. -P 1 1 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  16826. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg '/users4/bigtmp/if_elJCAa02396' '/users4/bigtmp/if_elJCAa02396'
  16827. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations 5 'WeymouthIterations'
  16828. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  16829. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  16830. -T 1 1 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version 2
  16831. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal 1
  16832. -l 1 0 1 1 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified 0
  16833. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  16834. -E
  16835. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg '/users4/bigtmp/weymoHCAa02396' '/users4/bigtmp/weymoHCAa02396'
  16836. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  16837. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  16838. -E
  16839. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  16840. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  16841. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  16842. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  16843. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  16844. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  16845. -E
  16846. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  16847. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  16848. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  16849. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  16850. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  16851. -E
  16852. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  16853. -b +18+1 'Intensity from color'
  16854. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  16855. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  16856. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  16857. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  16858. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  16859. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  16860. -E
  16861. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  16862. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  16863. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  16864. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  16865. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  16866. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  16867. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  16868. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  16869. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  16870. -E
  16871. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  16872. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  16873. -E
  16874. -E
  16875. -M 1 0 100x40+10+20 +31+1 'File Information' info
  16876. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  16877. -g 1 0 18x1+1+1 'VIFF Information'
  16878. -g 1 1 18x1+1+2 'Image (2D) Stats'
  16879. -g 1 0 18x1+1+3 'Signal (1D) Stats'
  16880. -g 1 0 18x1+1+4 '1D Peak Detector'
  16881. -g 1 0 18x1+1+6 'Extract VIFF Data'
  16882. -g 1 0 18x1+1+8 'Print Data'
  16883. -g 1 0 18x1+1+9 'Print Map Data'
  16884. -g 1 0 18x1+1+11 'Edit VIFF Comment'
  16885. -g 1 0 18x1+1+12 'Edit VIFF Header'
  16886. -g 1 0 18x1+1+14 'ASCII File Viewer'
  16887. -H 1  18x2+1+16 'HELP' 'guide help' KHOROS_HOME/doc/cantata/subforms/info/help
  16888. -Q 1 0 18x2+1+18 'QUIT'
  16889. -E
  16890. -P 1 0 80x38+22+2 +8+0 'Information about a VIFF Image File' vfileinfo
  16891. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' i
  16892. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f
  16893. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation ' vfileinfo
  16894. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vfileinfo' KHOROS_HOME/doc/manpages/vfileinfo.1
  16895. -E
  16896. -P 1 1 80x38+22+2 +7+0 'Compute Statistics on VIFF File (2-D)' vstats
  16897. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+1 +0+0 ' ' 'Input Image        ' 'input image' i '/users4/bigtmp/nknorECAa02396' '/users4/bigtmp/nknorECAa02396'
  16898. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Masking Image   ' 'statistics operation masking image' m ' ' ' '
  16899. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f '/users4/bigtmp/vstatBBAa28013' '/users4/bigtmp/vstatBBAa28013'
  16900. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'VIFF Output File' 'VIFF format output file' o '/users4/bigtmp/vstatVAAa01257' '/users4/bigtmp/vstatVAAa01257'
  16901. -b +3+5 'Select statistics for VIFF output file:  '
  16902. -l 1 1 1 1 0 30x1+5+6 +0+0 1 'Save ALL statistics ' 'False' 'True' 'if yes, all stats saved' all 0
  16903. -b +3+7 'OR Save (selected):'
  16904. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+8 +0+0 0 'mean                ' 'False' 'True' 'if yes, mean is a band of output' mu 0
  16905. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+9 +0+0 0 'variance            ' 'False' 'True' 'if yes, variance is a band of output' var 0
  16906. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+10 +0+0 0 'standard deviation  ' 'False' 'True' 'if yes, std deviation is a band of output' sd 0
  16907. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+11 +0+0 0 'rms                 ' 'False' 'True' 'if yes, rms is a band of output' rms 0
  16908. -l 1 1 1 1 0 30x1+5+12 +0+0 0 'maximum value       ' 'False' 'True' 'if yes, maximum value is a band of output' vmax 1
  16909. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+13 +0+0 0 'x coord of max value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of max value is a band of output' xmax 0
  16910. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+14 +0+0 0 'y coord of max value' 'False' 'True' 'if yes, y coord of max value is a band of output' ymax 0
  16911. -l 1 1 1 1 0 30x1+5+15 +0+0 0 'minimum value       ' 'False' 'True' 'if yes, minimum value is a band of output' vmin 1
  16912. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+16 +0+0 0 'x coord of min value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of min value is a band of output' xmin 0
  16913. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+17 +0+0 0 'y coord of min value' 'False' 'True' 'if yes, y coord of min value is a band of output' ymin 0
  16914. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+18 +0+0 0 'integral            ' 'False' 'True' 'if yes, integral value is a band of output' in 0
  16915. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+19 +0+0 0 'pos part of integral' 'False' 'True' 'if yes, pos part of integral is a band of output' pin 0
  16916. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+20 +0+0 0 'neg part of integral' 'False' 'True' 'if yes, neg part of integral is a band of output' nin 0
  16917. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+21 +0+0 0 'num contributing pts' 'False' 'True' 'if yes, num contributing pts is a band of output' pts 0
  16918. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+22 +0+0 0 'num positive points ' 'False' 'True' 'if yes, num positive pts is a band of output' ppts 0
  16919. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+23 +0+0 0 'num negative points ' 'False' 'True' 'if yes, num negative pts is a band of output' npts 0
  16920. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+24 +0+0 0 'skewness            ' 'False' 'True' 'if yes, skewness is a band of output' sk 0
  16921. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+25 +0+0 0 'kurtosis            ' 'False' 'True' 'if yes, kurtosis is a band of output' kur 0
  16922. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+26 +0+0 0 'entropy             ' 'False' 'True' 'if yes, entropy is a band of output' ent 0
  16923. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+27 +0+0 0 'contrast            ' 'False' 'True' 'if yes, contrast is a band of output' con 0
  16924. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+29 +0+0 1 'Compute Each Data Band Separately?' 'No ' 'Yes' 'if yes, Compute each data band statistics separately' b
  16925. -R 1 0 1 13x2+1+31 'Execute' 'do operation ' vstats
  16926. -H 1  13x2+39+31 'Help' 'man page for vstats' KHOROS_HOME/doc/manpages/vstats.1
  16927. -E
  16928. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Compute Statistics on VIFF File (1-D)' dstats
  16929. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+1 +0+0 ' ' 'Input VIFF File     ' 'input file' i
  16930. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Masking File     ' 'statistics operation masking file' m
  16931. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output ASCII File' 'output ASCII file' f
  16932. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'VIFF Output File ' 'VIFF format output file' o
  16933. -b +3+5 'Select Statistics for VIFF Output File:  '
  16934. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+6 +0+0 1 'Save ALL statistics ' 'False' 'True' 'if yes, all stats saved' all
  16935. -b +3+7 'OR Save (selected):'
  16936. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+8 +0+0 0 'mean                ' 'False' 'True' 'if yes, mean is a band of output' mu
  16937. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+9 +0+0 0 'variance            ' 'False' 'True' 'if yes, variance is a band of output' var
  16938. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+10 +0+0 0 'standard deviation  ' 'False' 'True' 'if yes, std deviation is a band of output' sd
  16939. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+11 +0+0 0 'rms                 ' 'False' 'True' 'if yes, rms is a band of output' rms
  16940. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+12 +0+0 0 'maximum value       ' 'False' 'True' 'if yes, maximum value is a band of output' vmax
  16941. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+13 +0+0 0 'x coord of max value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of max value is a band of output' xmax
  16942. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+14 +0+0 0 'minimum value       ' 'False' 'True' 'if yes, minimum value is a band of output' vmin
  16943. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+15 +0+0 0 'x coord of min value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of min value is a band of output' xmin
  16944. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+16 +0+0 0 'integral            ' 'False' 'True' 'if yes, integral value is a band of output' in
  16945. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+17 +0+0 0 'pos part of integral' 'False' 'True' 'if yes, pos part of integral is a band of output' pin
  16946. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+18 +0+0 0 'neg part of integral' 'False' 'True' 'if yes, neg part of integral is a band of output' nin
  16947. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+19 +0+0 0 'num contributing pts' 'False' 'True' 'if yes, num contributing pts is a band of output' pts
  16948. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+20 +0+0 0 'num positive points ' 'False' 'True' 'if yes, num positive pts is a band of output' ppts
  16949. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+21 +0+0 0 'num negative points ' 'False' 'True' 'if yes, num negative pts is a band of output' npts
  16950. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+22 +0+0 0 'skewness            ' 'False' 'True' 'if yes, skewness is a band of output' sk
  16951. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+23 +0+0 0 'kurtosis            ' 'False' 'True' 'if yes, kurtosis is a band of output' kur
  16952. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+24 +0+0 0 'entropy             ' 'False' 'True' 'if yes, entropy is a band of output' ent
  16953. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+25 +0+0 0 'contrast            ' 'False' 'True' 'if yes, contrast is a band of output' con
  16954. -T 1 0 1 1 0 40x1+2+27 +0+0 1 'Data Processing Option (select one):' 'process dir. (0=down vectors, 1=across bands, 2=entire file)' d
  16955. -i 1 0 1 1 0 10x1+3+1 +0+0 0 2 1 'Across Bands' 'Process by Bands' d
  16956. -i 1 0 1 0 0 10x1+3+2 +0+0 0 2 0 'Down Vectors' 'direction of processing (1 = across bands, 0 = down vectors)' d
  16957. -i 1 0 1 0 0 10x1+3+3 +0+0 0 2 2 'Calculate One Stat Set for Entire File' 'Process by Bands' d
  16958. -E
  16959. -R 1 0 1 13x2+1+31 'Execute' 'do operation ' dstats
  16960. -H 1  13x2+39+31 'Help' 'man page for dstats' KHOROS_HOME/doc/manpages/dstats.1
  16961. -E
  16962. -P 1 0 80x40+22+2 +13+0 'Find Peaks or Troughs in Data' dpeakpick
  16963. -I 1 0 0 1 0 1 51x1+1+2 +0+0 ' ' 'Input File          ' 'input file' i ' '
  16964. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f ' '
  16965. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'VIFF Output File' 'VIFF format output file' o ' '
  16966. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+6 +0+0 1    'find peaks or troughs:' 'Troughs' 'Peaks' 'if true, find peaks ' p
  16967. -b +1+8 'Specify Number of Peaks or Troughs to Detect (N):'
  16968. -C 0
  16969. -l 1 0 1 1 0 40x1+4+9 +0+0 1     'Find All               ' 'False' 'True' 'Find all peaks or troughs' all
  16970. -i 1 0 1 0 0 42x1+4+10 +0+0 2 2 1 'Specify Number of Peaks' 'Number of peaks or troughs to find ' n
  16971. -E
  16972. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+12 +0+0 1    'Find ' 'max/min' 'first' 'if FALSE find first n, and if TRUE find max/min n, peaks or troughs' m
  16973. -b +22+12 'N peaks/troughs in sequence.'
  16974. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+13 +0+0 0    'Include Endpoints for P/T Designation' 'False' 'True' 'If TRUE, endpoints will be considered for peak designation' e
  16975. -i 1 0 1 1 0 42x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Window Size              ' 'Num steps on both sides of point on which to base peak decision' w
  16976. -f 1 0 1 0 0 42x1+2+16 +0+0 1 1 0 'Min Height to Width Ratio' 'min that abs value of average slope over window can be' hwr
  16977. -l 1 0 1 1 0 40x1+2+18 +0+0 1 'Data Processing Direction' 'Down Vectors' 'Across Bands' 'data processing direction (0 = down vectors, 1 = across bands)' d 1
  16978. -R 1 0 1 13x2+1+20 'Execute' 'do operation ' dpeakpick
  16979. -H 1   13x2+39+20 'Help' 'man page for dpeakpick' ~KHOROS_HOME/doc/manpages/dpeakpick.1
  16980. -E
  16981. -P 1 0 80x38+22+2 +6+0 'Extract Data for PARSER from a VIFF File' varviff
  16982. -b +0+1 'Connection Filenames:'
  16983. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File' 'input file' i1
  16984. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Gating VIFF File' 'input file that is passed to output unmodified (used to gate operation)' i2
  16985. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Optional Output File' 'connecting file' o
  16986. -b +0+6 'Location of Data in VIFF Structure:'
  16987. -i 1 0 0 1 1 30x1+2+7 +0+0 0 0 0 'X location ' 'x location' x
  16988. -i 1 0 0 1 1 30x1+2+8 +0+0 0 0 0 'Y location ' 'y location' y
  16989. -i 1 0 0 1 1 30x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Band number' 'band number' b
  16990. -s 1 0 0 1 1 47x1+0+11 +0+0 ' ' 'Data Variable Name:' 'variable' v
  16991. -R 1 0 4 13x2+1+13 'Execute' 'Execute operation' varviff
  16992. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'Man page for varviff' KHOROS_HOME/doc/manpages/varviff.1
  16993. -E
  16994. -P 1 0 80x38+22+2 +4+0 'Print (Image or Plot) Data to the Screen File' vprdata
  16995. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' i
  16996. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Output ASCII File' 'output ASCII file' f
  16997. -l 1 0 1 1 0 50x1+2+7 +0+0 1 'Print Data Format:' 'Column Form' 'Matrix Form' 'if yes (default) print data as matrix, if no then column' m
  16998. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' vprdata
  16999. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vprdata' KHOROS_HOME/doc/manpages/vprdata.1
  17000. -E
  17001. -P 1 0 80x38+22+2 +15+0 'Print the Colormap Values' vprmap
  17002. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image  ' 'input image filename' i
  17003. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f
  17004. -l 1 0 1 1 0 50x1+2+7 +0+0 1 'Print Values Format:' 'Column Form' 'Matrix Form' 'default: print data as matrix' m
  17005. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation ' vprmap
  17006. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vprmap' KHOROS_HOME/doc/manpages/vprmap.1
  17007. -E
  17008. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Change the Comment Field on a VIFF Image File' vcomment
  17009. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'input image' i
  17010. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' xterm -e vcomment
  17011. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vcomment' KHOROS_HOME/doc/manpages/vcomment.1
  17012. -E
  17013. -P 1 0 80x38+22+2 +17+0 'Edit VIFF Header' vheaded
  17014. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input image ' 'Input image' i
  17015. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output image' 'output image' o
  17016. -l 1 0 1 1 0 50x1+2+5 +0+0 0 'Edit dangerous fields' 'No' 'Yes' 'edit dangerous fields' danger
  17017. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'execute operation' xterm -e vheaded
  17018. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vheaded' KHOROS_HOME/doc/manpages/vheaded.1
  17019. -E
  17020. -P 1 0 80x38+22+2 +17+0 'View an ASCII File' xvviewer
  17021. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Filename' 'filename to view' i
  17022. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation ' xvviewer
  17023. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for xvviewer' KHOROS_HOME/doc/manpages/xvviewer.1
  17024. -E
  17025. -E
  17026. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Standard Control Structures' control
  17027. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  17028. -g 1 0 18x1+1+2 'Count-Loop'
  17029. -g 1 0 18x1+1+3 'While-Loop'
  17030. -g 1 0 18x1+1+5 'If-Then-Else'
  17031. -g 1 1 18x1+1+6 'Merge'
  17032. -H 1  18x2+1+11 'HELP' 'guide help' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/help/Overview
  17033. -Q 1 0 18x2+1+13 'QUIT'
  17034. -E
  17035. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'Counting-Loop Control Structure' count_loop
  17036. -b +0+1 'Counting-Loop Parameters:'
  17037. -s 1 0 0 1 0 40x1+1+2 +0+0 ' ' 'Loop Control Variable' 'loop control variable' lcv
  17038. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+3 +0+0 0 0 1 'Initial Value     ' 'initial value' init
  17039. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+4 +0+0 0 0 1 'Increment Value   ' 'increment value' incr
  17040. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+5 +0+0 0 0 1 'Final Value       ' 'test value' test
  17041. -b +0+6 'Control Path Connections:'
  17042. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+7 +0+0 ' ' 'Initial input' 'Initial input file' i_in
  17043. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +0+0 ' ' '   Loop input ' 'Loop input file' i_lp
  17044. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Exit output' 'Exit output file' o_ex
  17045. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+10 +0+0 ' ' '   Loop output' 'Loop output file' o_lp
  17046. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for count_loop' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/count_loop/help
  17047. -E
  17048. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'While-Loop Control Structure' while_loop
  17049. -b +0+1 'While-Loop Parameters:'
  17050. -i 1 0 1 0 0 50x1+1+2 +0+0 0 0 1 'Initial Expression' 'Initial expression' init
  17051. -i 1 0 1 0 0 50x1+1+3 +0+0 0 0 1 'Update Expression ' 'Update expression' update
  17052. -i 1 0 0 1 0 50x1+1+4 +0+0 0 0 1 '   Test Condition    ' 'Test condition' test
  17053. -b +0+6 'Control Path Connections:'
  17054. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+7 +0+0 ' ' 'Initial input' 'Initial input file' i_in
  17055. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +0+0 ' ' '   Loop input ' 'Loop input file' i_lp
  17056. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Exit output' 'Exit output file' o_ex
  17057. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+10 +0+0 ' ' '   Loop output' 'Loop output file' o_lp
  17058. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for while_loop' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/while_loop/help
  17059. -E
  17060. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'If-Then-Else Control Structure' if_else
  17061. -i 1 0 0 1 0 50x1+1+2 +0+0 0 0 1 'If Conditional Expression' 'Boolean expression' cond
  17062. -b +0+4 'Control Path Connections:'
  17063. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+5 +3+0 ' ' 'Input ' 'input_file' i
  17064. -b +1+6 'Then (TRUE)'
  17065. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+7 +3+0 ' ' 'Output' 'TRUE output file' o1
  17066. -b +1+8 'Else (FALSE)'
  17067. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Output' 'FALSE output file' o2
  17068. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for if_then_else' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/if_else/help
  17069. -E
  17070. -P 1 1 80x38+22+2 +18+0 'Merge Structure' merge
  17071. -b +1+2 'Control Path Connections:'
  17072. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+4 +3+0 ' ' 'Input 1' 'input file 1' i1 '/users4/bigtmp/mergeSCAa02396' '/users4/bigtmp/mergeSCAa02396'
  17073. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+6 +0+0 ' ' 'Input 2' 'input file 2' i2 ' ' ' '
  17074. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +3+0 ' ' 'Output ' 'output file' o '/users4/bigtmp/mergeICAa02396' '/users4/bigtmp/mergeICAa02396'
  17075. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for merge' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/merge/help
  17076. -E
  17077. -E
  17078. -M 1 0 80x38+0+0 +5+1 'Enter Comment' comment
  17079. -P 1 1 80x38+0+0 +6+1 'Comment Pane used to comment a cantata workspace' comment
  17080. -s 1 0 0 1 0 22x1+1+3 +0+0 ' comment' 'Glyph  Label' 'Label for cantata glyph' label 'READ 1st' 'READ 1st'
  17081. -b +1+5 'Text area for commenting the cantata workspace'
  17082. -s 1 0 0 1 0 55x10+0+6 +0+0 ' ' ' ' 'first string' comment 'This is the NaginKohler segmentation procedure.\n\nIt has a number of different settings: medium, high, very \nhigh, low, and very low - see the comment boxes labeled\nmedium, high, very high, low, and very low.\n\n' 'This is the NaginKohler segmentation procedure.\n\nIt has a number of different settings: medium, high, very \nhigh, low, and very low - see the comment boxes labeled\nmedium, high, very high, low, and very low.\n\n'
  17083. -Q 1 0 13x2+2+15 'QUIT'
  17084. -H 1  13x2+42+15 'Help' 'man page for workspace management' KHOROS_HOME/doc/cantata/edit/comment/help
  17085. -E
  17086. -E
  17087. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Standard Control Structures' control
  17088. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  17089. -g 1 0 18x1+1+2 'Count-Loop'
  17090. -g 1 0 18x1+1+3 'While-Loop'
  17091. -g 1 1 18x1+1+5 'If-Then-Else'
  17092. -g 1 0 18x1+1+6 'Merge'
  17093. -H 1  18x2+1+11 'HELP' 'guide help' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/help/Overview
  17094. -Q 1 0 18x2+1+13 'QUIT'
  17095. -E
  17096. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'Counting-Loop Control Structure' count_loop
  17097. -b +0+1 'Counting-Loop Parameters:'
  17098. -s 1 0 0 1 0 40x1+1+2 +0+0 ' ' 'Loop Control Variable' 'loop control variable' lcv
  17099. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+3 +0+0 0 0 1 'Initial Value     ' 'initial value' init
  17100. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+4 +0+0 0 0 1 'Increment Value   ' 'increment value' incr
  17101. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+5 +0+0 0 0 1 'Final Value       ' 'test value' test
  17102. -b +0+6 'Control Path Connections:'
  17103. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+7 +0+0 ' ' 'Initial input' 'Initial input file' i_in
  17104. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +0+0 ' ' '   Loop input ' 'Loop input file' i_lp
  17105. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Exit output' 'Exit output file' o_ex
  17106. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+10 +0+0 ' ' '   Loop output' 'Loop output file' o_lp
  17107. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for count_loop' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/count_loop/help
  17108. -E
  17109. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'While-Loop Control Structure' while_loop
  17110. -b +0+1 'While-Loop Parameters:'
  17111. -i 1 0 1 0 0 50x1+1+2 +0+0 0 0 1 'Initial Expression' 'Initial expression' init
  17112. -i 1 0 1 0 0 50x1+1+3 +0+0 0 0 1 'Update Expression ' 'Update expression' update
  17113. -i 1 0 0 1 0 50x1+1+4 +0+0 0 0 1 '   Test Condition    ' 'Test condition' test
  17114. -b +0+6 'Control Path Connections:'
  17115. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+7 +0+0 ' ' 'Initial input' 'Initial input file' i_in
  17116. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +0+0 ' ' '   Loop input ' 'Loop input file' i_lp
  17117. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Exit output' 'Exit output file' o_ex
  17118. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+10 +0+0 ' ' '   Loop output' 'Loop output file' o_lp
  17119. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for while_loop' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/while_loop/help
  17120. -E
  17121. -P 1 1 80x38+22+2 +10+0 'If-Then-Else Control Structure' if_else
  17122. -i 1 0 0 1 0 50x1+1+2 +0+0 0 0 1 'If Conditional Expression' 'Boolean expression' cond 1 'EnhancementAlgorithm'
  17123. -b +0+4 'Control Path Connections:'
  17124. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+5 +3+0 ' ' 'Input ' 'input_file' i '/users4/bigtmp/mergeICAa02396' '/users4/bigtmp/mergeICAa02396'
  17125. -b +1+6 'Then (TRUE)'
  17126. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+7 +3+0 ' ' 'Output' 'TRUE output file' o1 '/users4/bigtmp/if_elJCAa02396' '/users4/bigtmp/if_elJCAa02396'
  17127. -b +1+8 'Else (FALSE)'
  17128. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Output' 'FALSE output file' o2 '/users4/bigtmp/if_elKCAa02396' '/users4/bigtmp/if_elKCAa02396'
  17129. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for if_then_else' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/if_else/help
  17130. -E
  17131. -P 1 0 80x38+22+2 +18+0 'Merge Structure' merge
  17132. -b +1+2 'Control Path Connections:'
  17133. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+4 +3+0 ' ' 'Input 1' 'input file 1' i1
  17134. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+6 +0+0 ' ' 'Input 2' 'input file 2' i2
  17135. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +3+0 ' ' 'Output ' 'output file' o
  17136. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for merge' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/merge/help
  17137. -E
  17138. -E
  17139. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  17140. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  17141. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  17142. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  17143. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  17144. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  17145. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  17146. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  17147. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  17148. -g 1 1 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  17149. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  17150. -g 1 0 18x1+1+13 'ReMerge'
  17151. -g 1 0 18x1+1+13 'RegLab'
  17152. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  17153. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  17154. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  17155. -g 1 0 18x1+1+18 'ShowEdges'
  17156. -g 1 0 18x1+1+19 'ShowLines'
  17157. -g 1 0 18x1+1+21 'intensity'
  17158. -g 1 0 18x1+1+23 'VisImages'
  17159. -H 1  18x2+1+25 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  17160. -Q 1 0 18x2+1+27 'QUIT'
  17161. -E
  17162. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  17163. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  17164. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  17165. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  17166. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  17167. -E
  17168. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  17169. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  17170. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  17171. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  17172. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  17173. -E
  17174. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  17175. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  17176. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  17177. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  17178. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  17179. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  17180. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  17181. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  17182. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  17183. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  17184. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  17185. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  17186. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  17187. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  17188. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  17189. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  17190. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  17191. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  17192. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  17193. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  17194. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  17195. -E
  17196. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  17197. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  17198. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  17199. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  17200. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  17201. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  17202. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  17203. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  17204. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  17205. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  17206. -E
  17207. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  17208. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  17209. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  17210. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  17211. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  17212. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  17213. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  17214. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  17215. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  17216. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  17217. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  17218. -E
  17219. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  17220. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  17221. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  17222. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  17223. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  17224. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  17225. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  17226. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  17227. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  17228. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  17229. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  17230. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  17231. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  17232. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  17233. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  17234. -E
  17235. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  17236. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  17237. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  17238. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  17239. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  17240. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  17241. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  17242. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  17243. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  17244. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  17245. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  17246. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  17247. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  17248. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  17249. -E
  17250. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  17251. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  17252. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  17253. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  17254. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  17255. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  17256. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  17257. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  17258. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  17259. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  17260. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  17261. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  17262. -E
  17263. -P 1 1 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  17264. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg '/users4/bigtmp/if_elKCAa02396' '/users4/bigtmp/if_elKCAa02396'
  17265. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations 1 'NagaoIterations'
  17266. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg '/users4/bigtmp/nagaoLCAa02396' '/users4/bigtmp/nagaoLCAa02396'
  17267. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  17268. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  17269. -E
  17270. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  17271. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  17272. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  17273. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  17274. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  17275. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  17276. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  17277. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  17278. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  17279. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  17280. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  17281. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  17282. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  17283. -E
  17284. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  17285. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  17286. -E
  17287. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  17288. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  17289. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg
  17290. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector
  17291. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector
  17292. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  17293. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh
  17294. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta
  17295. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  17296. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  17297. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  17298. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  17299. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  17300. -E
  17301. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  17302. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  17303. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  17304. -E
  17305. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  17306. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg
  17307. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  17308. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  17309. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  17310. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  17311. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  17312. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  17313. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  17314. -E
  17315. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  17316. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  17317. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg
  17318. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  17319. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  17320. -E
  17321. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  17322. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  17323. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  17324. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  17325. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  17326. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  17327. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  17328. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  17329. -E
  17330. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  17331. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  17332. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  17333. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  17334. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  17335. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  17336. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  17337. -E
  17338. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  17339. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  17340. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  17341. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  17342. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  17343. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  17344. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  17345. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  17346. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  17347. -E
  17348. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  17349. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  17350. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  17351. -E
  17352. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  17353. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  17354. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  17355. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  17356. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  17357. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  17358. -E
  17359. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  17360. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  17361. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  17362. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  17363. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  17364. -E
  17365. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  17366. -b +18+1 'Intensity from color'
  17367. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  17368. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  17369. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  17370. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  17371. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  17372. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  17373. -E
  17374. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  17375. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  17376. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  17377. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  17378. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  17379. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  17380. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  17381. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  17382. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  17383. -E
  17384. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  17385. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  17386. -E
  17387. -E
  17388. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Standard Control Structures' control
  17389. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  17390. -g 1 0 18x1+1+2 'Count-Loop'
  17391. -g 1 0 18x1+1+3 'While-Loop'
  17392. -g 1 0 18x1+1+5 'If-Then-Else'
  17393. -g 1 1 18x1+1+6 'Merge'
  17394. -H 1  18x2+1+11 'HELP' 'guide help' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/help/Overview
  17395. -Q 1 0 18x2+1+13 'QUIT'
  17396. -E
  17397. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'Counting-Loop Control Structure' count_loop
  17398. -b +0+1 'Counting-Loop Parameters:'
  17399. -s 1 0 0 1 0 40x1+1+2 +0+0 ' ' 'Loop Control Variable' 'loop control variable' lcv
  17400. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+3 +0+0 0 0 1 'Initial Value     ' 'initial value' init
  17401. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+4 +0+0 0 0 1 'Increment Value   ' 'increment value' incr
  17402. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+5 +0+0 0 0 1 'Final Value       ' 'test value' test
  17403. -b +0+6 'Control Path Connections:'
  17404. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+7 +0+0 ' ' 'Initial input' 'Initial input file' i_in
  17405. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +0+0 ' ' '   Loop input ' 'Loop input file' i_lp
  17406. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Exit output' 'Exit output file' o_ex
  17407. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+10 +0+0 ' ' '   Loop output' 'Loop output file' o_lp
  17408. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for count_loop' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/count_loop/help
  17409. -E
  17410. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'While-Loop Control Structure' while_loop
  17411. -b +0+1 'While-Loop Parameters:'
  17412. -i 1 0 1 0 0 50x1+1+2 +0+0 0 0 1 'Initial Expression' 'Initial expression' init
  17413. -i 1 0 1 0 0 50x1+1+3 +0+0 0 0 1 'Update Expression ' 'Update expression' update
  17414. -i 1 0 0 1 0 50x1+1+4 +0+0 0 0 1 '   Test Condition    ' 'Test condition' test
  17415. -b +0+6 'Control Path Connections:'
  17416. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+7 +0+0 ' ' 'Initial input' 'Initial input file' i_in
  17417. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +0+0 ' ' '   Loop input ' 'Loop input file' i_lp
  17418. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Exit output' 'Exit output file' o_ex
  17419. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+10 +0+0 ' ' '   Loop output' 'Loop output file' o_lp
  17420. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for while_loop' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/while_loop/help
  17421. -E
  17422. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'If-Then-Else Control Structure' if_else
  17423. -i 1 0 0 1 0 50x1+1+2 +0+0 0 0 1 'If Conditional Expression' 'Boolean expression' cond
  17424. -b +0+4 'Control Path Connections:'
  17425. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+5 +3+0 ' ' 'Input ' 'input_file' i
  17426. -b +1+6 'Then (TRUE)'
  17427. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+7 +3+0 ' ' 'Output' 'TRUE output file' o1
  17428. -b +1+8 'Else (FALSE)'
  17429. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Output' 'FALSE output file' o2
  17430. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for if_then_else' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/if_else/help
  17431. -E
  17432. -P 1 1 80x38+22+2 +18+0 'Merge Structure' merge
  17433. -b +1+2 'Control Path Connections:'
  17434. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+4 +3+0 ' ' 'Input 1' 'input file 1' i1 '/users4/bigtmp/weymoHCAa02396' '/users4/bigtmp/weymoHCAa02396'
  17435. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+1+6 +0+0 ' ' 'Input 2' 'input file 2' i2 '/users4/bigtmp/nagaoLCAa02396' '/users4/bigtmp/nagaoLCAa02396'
  17436. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +3+0 ' ' 'Output ' 'output file' o '/users4/bigtmp/mergeMCAa02396' '/users4/bigtmp/mergeMCAa02396'
  17437. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for merge' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/merge/help
  17438. -E
  17439. -E
  17440. -M 1 0 80x38+0+0 +5+1 'Enter Comment' comment
  17441. -P 1 1 80x38+0+0 +6+1 'Comment Pane used to comment a cantata workspace' comment
  17442. -s 1 0 0 1 0 22x1+1+3 +0+0 ' comment' 'Glyph  Label' 'Label for cantata glyph' label 'VeryHigh' 'VeryHigh'
  17443. -b +1+5 'Text area for commenting the cantata workspace'
  17444. -s 1 0 0 1 0 55x10+0+6 +0+0 ' ' ' ' 'first string' comment 'RSector =  16\nCSector = 16\nPeakAdditionIterations = 0\nMinPeakDistanceRelative = 2\nMinPeakDistanceRelativeAddp = 2\nMinPeakHeightFactor = 0.3\nMinPeakHeightFactorAddp = 0.3\nMinPeakValleyRatio = 1.0\nMinPeakValleyRatioAddp = 1.0\nNormalMergeThreshold = 1.1\nWeakMergeThreshold = 0.6\nStrongMergeThreshold  = 1.7\n' 'RSector =  16\nCSector = 16\nPeakAdditionIterations = 0\nMinPeakDistanceRelative = 2\nMinPeakDistanceRelativeAddp = 2\nMinPeakHeightFactor = 0.3\nMinPeakHeightFactorAddp = 0.3\nMinPeakValleyRatio = 1.0\nMinPeakValleyRatioAddp = 1.0\nNormalMergeThreshold = 1.1\nWeakMergeThreshold = 0.6\nStrongMergeThreshold  = 1.7\n'
  17445. -Q 1 0 13x2+2+15 'QUIT'
  17446. -H 1  13x2+42+15 'Help' 'man page for workspace management' KHOROS_HOME/doc/cantata/edit/comment/help
  17447. -E
  17448. -E
  17449. -M 1 0 80x38+0+0 +5+1 'Enter Comment' comment
  17450. -P 1 1 80x38+0+0 +6+1 'Comment Pane used to comment a cantata workspace' comment
  17451. -s 1 0 0 1 0 22x1+1+3 +0+0 ' comment' 'Glyph  Label' 'Label for cantata glyph' label 'base def' 'base def'
  17452. -b +1+5 'Text area for commenting the cantata workspace'
  17453. -s 1 0 0 1 0 55x10+0+6 +0+0 ' ' ' ' 'first string' comment 'ScalingMaxval = 89\nNagaoIterations = 1\nWeymouthIterations = 5\nEnhancementAlgorithm = 1\nRemergeTheta = 2.5\n' 'ScalingMaxval = 89\nNagaoIterations = 1\nWeymouthIterations = 5\nEnhancementAlgorithm = 1\nRemergeTheta = 2.5\n'
  17454. -Q 1 0 13x2+2+15 'QUIT'
  17455. -H 1  13x2+42+15 'Help' 'man page for workspace management' KHOROS_HOME/doc/cantata/edit/comment/help
  17456. -E
  17457. -E
  17458. -M 1 0 100x40+10+20 +31+1 'File Information' info
  17459. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  17460. -g 1 0 18x1+1+1 'VIFF Information'
  17461. -g 1 0 18x1+1+2 'Image (2D) Stats'
  17462. -g 1 0 18x1+1+3 'Signal (1D) Stats'
  17463. -g 1 0 18x1+1+4 '1D Peak Detector'
  17464. -g 1 1 18x1+1+6 'Extract VIFF Data'
  17465. -g 1 0 18x1+1+8 'Print Data'
  17466. -g 1 0 18x1+1+9 'Print Map Data'
  17467. -g 1 0 18x1+1+11 'Edit VIFF Comment'
  17468. -g 1 0 18x1+1+12 'Edit VIFF Header'
  17469. -g 1 0 18x1+1+14 'ASCII File Viewer'
  17470. -H 1  18x2+1+16 'HELP' 'guide help' KHOROS_HOME/doc/cantata/subforms/info/help
  17471. -Q 1 0 18x2+1+18 'QUIT'
  17472. -E
  17473. -P 1 0 80x38+22+2 +8+0 'Information about a VIFF Image File' vfileinfo
  17474. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' i
  17475. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f
  17476. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation ' vfileinfo
  17477. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vfileinfo' KHOROS_HOME/doc/manpages/vfileinfo.1
  17478. -E
  17479. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Compute Statistics on VIFF File (2-D)' vstats
  17480. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+1 +0+0 ' ' 'Input Image        ' 'input image' i
  17481. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Masking Image   ' 'statistics operation masking image' m
  17482. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f
  17483. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'VIFF Output File' 'VIFF format output file' o
  17484. -b +3+5 'Select statistics for VIFF output file:  '
  17485. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+6 +0+0 1 'Save ALL statistics ' 'False' 'True' 'if yes, all stats saved' all
  17486. -b +3+7 'OR Save (selected):'
  17487. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+8 +0+0 0 'mean                ' 'False' 'True' 'if yes, mean is a band of output' mu
  17488. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+9 +0+0 0 'variance            ' 'False' 'True' 'if yes, variance is a band of output' var
  17489. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+10 +0+0 0 'standard deviation  ' 'False' 'True' 'if yes, std deviation is a band of output' sd
  17490. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+11 +0+0 0 'rms                 ' 'False' 'True' 'if yes, rms is a band of output' rms
  17491. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+12 +0+0 0 'maximum value       ' 'False' 'True' 'if yes, maximum value is a band of output' vmax
  17492. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+13 +0+0 0 'x coord of max value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of max value is a band of output' xmax
  17493. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+14 +0+0 0 'y coord of max value' 'False' 'True' 'if yes, y coord of max value is a band of output' ymax
  17494. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+15 +0+0 0 'minimum value       ' 'False' 'True' 'if yes, minimum value is a band of output' vmin
  17495. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+16 +0+0 0 'x coord of min value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of min value is a band of output' xmin
  17496. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+17 +0+0 0 'y coord of min value' 'False' 'True' 'if yes, y coord of min value is a band of output' ymin
  17497. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+18 +0+0 0 'integral            ' 'False' 'True' 'if yes, integral value is a band of output' in
  17498. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+19 +0+0 0 'pos part of integral' 'False' 'True' 'if yes, pos part of integral is a band of output' pin
  17499. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+20 +0+0 0 'neg part of integral' 'False' 'True' 'if yes, neg part of integral is a band of output' nin
  17500. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+21 +0+0 0 'num contributing pts' 'False' 'True' 'if yes, num contributing pts is a band of output' pts
  17501. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+22 +0+0 0 'num positive points ' 'False' 'True' 'if yes, num positive pts is a band of output' ppts
  17502. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+23 +0+0 0 'num negative points ' 'False' 'True' 'if yes, num negative pts is a band of output' npts
  17503. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+24 +0+0 0 'skewness            ' 'False' 'True' 'if yes, skewness is a band of output' sk
  17504. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+25 +0+0 0 'kurtosis            ' 'False' 'True' 'if yes, kurtosis is a band of output' kur
  17505. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+26 +0+0 0 'entropy             ' 'False' 'True' 'if yes, entropy is a band of output' ent
  17506. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+27 +0+0 0 'contrast            ' 'False' 'True' 'if yes, contrast is a band of output' con
  17507. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+29 +0+0 1 'Compute Each Data Band Separately?' 'No ' 'Yes' 'if yes, Compute each data band statistics separately' b
  17508. -R 1 0 1 13x2+1+31 'Execute' 'do operation ' vstats
  17509. -H 1  13x2+39+31 'Help' 'man page for vstats' KHOROS_HOME/doc/manpages/vstats.1
  17510. -E
  17511. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Compute Statistics on VIFF File (1-D)' dstats
  17512. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+1 +0+0 ' ' 'Input VIFF File     ' 'input file' i
  17513. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Masking File     ' 'statistics operation masking file' m
  17514. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output ASCII File' 'output ASCII file' f
  17515. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'VIFF Output File ' 'VIFF format output file' o
  17516. -b +3+5 'Select Statistics for VIFF Output File:  '
  17517. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+6 +0+0 1 'Save ALL statistics ' 'False' 'True' 'if yes, all stats saved' all
  17518. -b +3+7 'OR Save (selected):'
  17519. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+8 +0+0 0 'mean                ' 'False' 'True' 'if yes, mean is a band of output' mu
  17520. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+9 +0+0 0 'variance            ' 'False' 'True' 'if yes, variance is a band of output' var
  17521. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+10 +0+0 0 'standard deviation  ' 'False' 'True' 'if yes, std deviation is a band of output' sd
  17522. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+11 +0+0 0 'rms                 ' 'False' 'True' 'if yes, rms is a band of output' rms
  17523. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+12 +0+0 0 'maximum value       ' 'False' 'True' 'if yes, maximum value is a band of output' vmax
  17524. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+13 +0+0 0 'x coord of max value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of max value is a band of output' xmax
  17525. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+14 +0+0 0 'minimum value       ' 'False' 'True' 'if yes, minimum value is a band of output' vmin
  17526. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+15 +0+0 0 'x coord of min value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of min value is a band of output' xmin
  17527. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+16 +0+0 0 'integral            ' 'False' 'True' 'if yes, integral value is a band of output' in
  17528. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+17 +0+0 0 'pos part of integral' 'False' 'True' 'if yes, pos part of integral is a band of output' pin
  17529. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+18 +0+0 0 'neg part of integral' 'False' 'True' 'if yes, neg part of integral is a band of output' nin
  17530. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+19 +0+0 0 'num contributing pts' 'False' 'True' 'if yes, num contributing pts is a band of output' pts
  17531. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+20 +0+0 0 'num positive points ' 'False' 'True' 'if yes, num positive pts is a band of output' ppts
  17532. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+21 +0+0 0 'num negative points ' 'False' 'True' 'if yes, num negative pts is a band of output' npts
  17533. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+22 +0+0 0 'skewness            ' 'False' 'True' 'if yes, skewness is a band of output' sk
  17534. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+23 +0+0 0 'kurtosis            ' 'False' 'True' 'if yes, kurtosis is a band of output' kur
  17535. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+24 +0+0 0 'entropy             ' 'False' 'True' 'if yes, entropy is a band of output' ent
  17536. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+25 +0+0 0 'contrast            ' 'False' 'True' 'if yes, contrast is a band of output' con
  17537. -T 1 0 1 1 0 40x1+2+27 +0+0 1 'Data Processing Option (select one):' 'process dir. (0=down vectors, 1=across bands, 2=entire file)' d
  17538. -i 1 0 1 1 0 10x1+3+1 +0+0 0 2 1 'Across Bands' 'Process by Bands' d
  17539. -i 1 0 1 0 0 10x1+3+2 +0+0 0 2 0 'Down Vectors' 'direction of processing (1 = across bands, 0 = down vectors)' d
  17540. -i 1 0 1 0 0 10x1+3+3 +0+0 0 2 2 'Calculate One Stat Set for Entire File' 'Process by Bands' d
  17541. -E
  17542. -R 1 0 1 13x2+1+31 'Execute' 'do operation ' dstats
  17543. -H 1  13x2+39+31 'Help' 'man page for dstats' KHOROS_HOME/doc/manpages/dstats.1
  17544. -E
  17545. -P 1 0 80x40+22+2 +13+0 'Find Peaks or Troughs in Data' dpeakpick
  17546. -I 1 0 0 1 0 1 51x1+1+2 +0+0 ' ' 'Input File          ' 'input file' i ' '
  17547. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f ' '
  17548. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'VIFF Output File' 'VIFF format output file' o ' '
  17549. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+6 +0+0 1    'find peaks or troughs:' 'Troughs' 'Peaks' 'if true, find peaks ' p
  17550. -b +1+8 'Specify Number of Peaks or Troughs to Detect (N):'
  17551. -C 0
  17552. -l 1 0 1 1 0 40x1+4+9 +0+0 1     'Find All               ' 'False' 'True' 'Find all peaks or troughs' all
  17553. -i 1 0 1 0 0 42x1+4+10 +0+0 2 2 1 'Specify Number of Peaks' 'Number of peaks or troughs to find ' n
  17554. -E
  17555. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+12 +0+0 1    'Find ' 'max/min' 'first' 'if FALSE find first n, and if TRUE find max/min n, peaks or troughs' m
  17556. -b +22+12 'N peaks/troughs in sequence.'
  17557. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+13 +0+0 0    'Include Endpoints for P/T Designation' 'False' 'True' 'If TRUE, endpoints will be considered for peak designation' e
  17558. -i 1 0 1 1 0 42x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Window Size              ' 'Num steps on both sides of point on which to base peak decision' w
  17559. -f 1 0 1 0 0 42x1+2+16 +0+0 1 1 0 'Min Height to Width Ratio' 'min that abs value of average slope over window can be' hwr
  17560. -l 1 0 1 1 0 40x1+2+18 +0+0 1 'Data Processing Direction' 'Down Vectors' 'Across Bands' 'data processing direction (0 = down vectors, 1 = across bands)' d 1
  17561. -R 1 0 1 13x2+1+20 'Execute' 'do operation ' dpeakpick
  17562. -H 1   13x2+39+20 'Help' 'man page for dpeakpick' ~KHOROS_HOME/doc/manpages/dpeakpick.1
  17563. -E
  17564. -P 1 1 80x38+22+2 +6+0 'Extract Data for PARSER from a VIFF File' varviff
  17565. -b +0+1 'Connection Filenames:'
  17566. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File' 'input file' i1 '/users4/bigtmp/vstatVAAa01257' '/users4/bigtmp/vstatVAAa01257'
  17567. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Gating VIFF File' 'input file that is passed to output unmodified (used to gate operation)' i2 '/users4/bigtmp/nknorECAa02396' '/users4/bigtmp/nknorECAa02396'
  17568. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Optional Output File' 'connecting file' o '/users4/bigtmp/varviNCAa02396' '/users4/bigtmp/varviNCAa02396'
  17569. -b +0+6 'Location of Data in VIFF Structure:'
  17570. -i 1 0 0 1 1 30x1+2+7 +0+0 0 0 0 'X location ' 'x location' x
  17571. -i 1 0 0 1 1 30x1+2+8 +0+0 0 0 0 'Y location ' 'y location' y
  17572. -i 1 0 0 1 1 30x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Band number' 'band number' b
  17573. -s 1 1 0 1 1 47x1+0+11 +0+0 ' ' 'Data Variable Name:' 'variable' v 'MaxVal' 'MaxVal'
  17574. -R 1 0 4 13x2+1+13 'Execute' 'Execute operation' varviff
  17575. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'Man page for varviff' KHOROS_HOME/doc/manpages/varviff.1
  17576. -E
  17577. -P 1 0 80x38+22+2 +4+0 'Print (Image or Plot) Data to the Screen File' vprdata
  17578. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' i
  17579. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Output ASCII File' 'output ASCII file' f
  17580. -l 1 0 1 1 0 50x1+2+7 +0+0 1 'Print Data Format:' 'Column Form' 'Matrix Form' 'if yes (default) print data as matrix, if no then column' m
  17581. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' vprdata
  17582. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vprdata' KHOROS_HOME/doc/manpages/vprdata.1
  17583. -E
  17584. -P 1 0 80x38+22+2 +15+0 'Print the Colormap Values' vprmap
  17585. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image  ' 'input image filename' i
  17586. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f
  17587. -l 1 0 1 1 0 50x1+2+7 +0+0 1 'Print Values Format:' 'Column Form' 'Matrix Form' 'default: print data as matrix' m
  17588. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation ' vprmap
  17589. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vprmap' KHOROS_HOME/doc/manpages/vprmap.1
  17590. -E
  17591. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Change the Comment Field on a VIFF Image File' vcomment
  17592. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'input image' i
  17593. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' xterm -e vcomment
  17594. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vcomment' KHOROS_HOME/doc/manpages/vcomment.1
  17595. -E
  17596. -P 1 0 80x38+22+2 +17+0 'Edit VIFF Header' vheaded
  17597. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input image ' 'Input image' i
  17598. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output image' 'output image' o
  17599. -l 1 0 1 1 0 50x1+2+5 +0+0 0 'Edit dangerous fields' 'No' 'Yes' 'edit dangerous fields' danger
  17600. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'execute operation' xterm -e vheaded
  17601. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vheaded' KHOROS_HOME/doc/manpages/vheaded.1
  17602. -E
  17603. -P 1 0 80x38+22+2 +17+0 'View an ASCII File' xvviewer
  17604. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Filename' 'filename to view' i
  17605. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation ' xvviewer
  17606. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for xvviewer' KHOROS_HOME/doc/manpages/xvviewer.1
  17607. -E
  17608. -E
  17609. -M 1 0 100x40+10+20 +31+1 'File Information' info
  17610. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  17611. -g 1 0 18x1+1+1 'VIFF Information'
  17612. -g 1 0 18x1+1+2 'Image (2D) Stats'
  17613. -g 1 0 18x1+1+3 'Signal (1D) Stats'
  17614. -g 1 0 18x1+1+4 '1D Peak Detector'
  17615. -g 1 1 18x1+1+6 'Extract VIFF Data'
  17616. -g 1 0 18x1+1+8 'Print Data'
  17617. -g 1 0 18x1+1+9 'Print Map Data'
  17618. -g 1 0 18x1+1+11 'Edit VIFF Comment'
  17619. -g 1 0 18x1+1+12 'Edit VIFF Header'
  17620. -g 1 0 18x1+1+14 'ASCII File Viewer'
  17621. -H 1  18x2+1+16 'HELP' 'guide help' KHOROS_HOME/doc/cantata/subforms/info/help
  17622. -Q 1 0 18x2+1+18 'QUIT'
  17623. -E
  17624. -P 1 0 80x38+22+2 +8+0 'Information about a VIFF Image File' vfileinfo
  17625. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' i
  17626. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f
  17627. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation ' vfileinfo
  17628. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vfileinfo' KHOROS_HOME/doc/manpages/vfileinfo.1
  17629. -E
  17630. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Compute Statistics on VIFF File (2-D)' vstats
  17631. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+1 +0+0 ' ' 'Input Image        ' 'input image' i
  17632. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Masking Image   ' 'statistics operation masking image' m
  17633. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f
  17634. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'VIFF Output File' 'VIFF format output file' o
  17635. -b +3+5 'Select statistics for VIFF output file:  '
  17636. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+6 +0+0 1 'Save ALL statistics ' 'False' 'True' 'if yes, all stats saved' all
  17637. -b +3+7 'OR Save (selected):'
  17638. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+8 +0+0 0 'mean                ' 'False' 'True' 'if yes, mean is a band of output' mu
  17639. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+9 +0+0 0 'variance            ' 'False' 'True' 'if yes, variance is a band of output' var
  17640. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+10 +0+0 0 'standard deviation  ' 'False' 'True' 'if yes, std deviation is a band of output' sd
  17641. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+11 +0+0 0 'rms                 ' 'False' 'True' 'if yes, rms is a band of output' rms
  17642. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+12 +0+0 0 'maximum value       ' 'False' 'True' 'if yes, maximum value is a band of output' vmax
  17643. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+13 +0+0 0 'x coord of max value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of max value is a band of output' xmax
  17644. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+14 +0+0 0 'y coord of max value' 'False' 'True' 'if yes, y coord of max value is a band of output' ymax
  17645. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+15 +0+0 0 'minimum value       ' 'False' 'True' 'if yes, minimum value is a band of output' vmin
  17646. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+16 +0+0 0 'x coord of min value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of min value is a band of output' xmin
  17647. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+17 +0+0 0 'y coord of min value' 'False' 'True' 'if yes, y coord of min value is a band of output' ymin
  17648. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+18 +0+0 0 'integral            ' 'False' 'True' 'if yes, integral value is a band of output' in
  17649. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+19 +0+0 0 'pos part of integral' 'False' 'True' 'if yes, pos part of integral is a band of output' pin
  17650. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+20 +0+0 0 'neg part of integral' 'False' 'True' 'if yes, neg part of integral is a band of output' nin
  17651. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+21 +0+0 0 'num contributing pts' 'False' 'True' 'if yes, num contributing pts is a band of output' pts
  17652. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+22 +0+0 0 'num positive points ' 'False' 'True' 'if yes, num positive pts is a band of output' ppts
  17653. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+23 +0+0 0 'num negative points ' 'False' 'True' 'if yes, num negative pts is a band of output' npts
  17654. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+24 +0+0 0 'skewness            ' 'False' 'True' 'if yes, skewness is a band of output' sk
  17655. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+25 +0+0 0 'kurtosis            ' 'False' 'True' 'if yes, kurtosis is a band of output' kur
  17656. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+26 +0+0 0 'entropy             ' 'False' 'True' 'if yes, entropy is a band of output' ent
  17657. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+27 +0+0 0 'contrast            ' 'False' 'True' 'if yes, contrast is a band of output' con
  17658. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+29 +0+0 1 'Compute Each Data Band Separately?' 'No ' 'Yes' 'if yes, Compute each data band statistics separately' b
  17659. -R 1 0 1 13x2+1+31 'Execute' 'do operation ' vstats
  17660. -H 1  13x2+39+31 'Help' 'man page for vstats' KHOROS_HOME/doc/manpages/vstats.1
  17661. -E
  17662. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Compute Statistics on VIFF File (1-D)' dstats
  17663. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+1 +0+0 ' ' 'Input VIFF File     ' 'input file' i
  17664. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Masking File     ' 'statistics operation masking file' m
  17665. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output ASCII File' 'output ASCII file' f
  17666. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'VIFF Output File ' 'VIFF format output file' o
  17667. -b +3+5 'Select Statistics for VIFF Output File:  '
  17668. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+6 +0+0 1 'Save ALL statistics ' 'False' 'True' 'if yes, all stats saved' all
  17669. -b +3+7 'OR Save (selected):'
  17670. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+8 +0+0 0 'mean                ' 'False' 'True' 'if yes, mean is a band of output' mu
  17671. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+9 +0+0 0 'variance            ' 'False' 'True' 'if yes, variance is a band of output' var
  17672. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+10 +0+0 0 'standard deviation  ' 'False' 'True' 'if yes, std deviation is a band of output' sd
  17673. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+11 +0+0 0 'rms                 ' 'False' 'True' 'if yes, rms is a band of output' rms
  17674. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+12 +0+0 0 'maximum value       ' 'False' 'True' 'if yes, maximum value is a band of output' vmax
  17675. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+13 +0+0 0 'x coord of max value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of max value is a band of output' xmax
  17676. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+14 +0+0 0 'minimum value       ' 'False' 'True' 'if yes, minimum value is a band of output' vmin
  17677. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+15 +0+0 0 'x coord of min value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of min value is a band of output' xmin
  17678. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+16 +0+0 0 'integral            ' 'False' 'True' 'if yes, integral value is a band of output' in
  17679. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+17 +0+0 0 'pos part of integral' 'False' 'True' 'if yes, pos part of integral is a band of output' pin
  17680. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+18 +0+0 0 'neg part of integral' 'False' 'True' 'if yes, neg part of integral is a band of output' nin
  17681. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+19 +0+0 0 'num contributing pts' 'False' 'True' 'if yes, num contributing pts is a band of output' pts
  17682. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+20 +0+0 0 'num positive points ' 'False' 'True' 'if yes, num positive pts is a band of output' ppts
  17683. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+21 +0+0 0 'num negative points ' 'False' 'True' 'if yes, num negative pts is a band of output' npts
  17684. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+22 +0+0 0 'skewness            ' 'False' 'True' 'if yes, skewness is a band of output' sk
  17685. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+23 +0+0 0 'kurtosis            ' 'False' 'True' 'if yes, kurtosis is a band of output' kur
  17686. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+24 +0+0 0 'entropy             ' 'False' 'True' 'if yes, entropy is a band of output' ent
  17687. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+25 +0+0 0 'contrast            ' 'False' 'True' 'if yes, contrast is a band of output' con
  17688. -T 1 0 1 1 0 40x1+2+27 +0+0 1 'Data Processing Option (select one):' 'process dir. (0=down vectors, 1=across bands, 2=entire file)' d
  17689. -i 1 0 1 1 0 10x1+3+1 +0+0 0 2 1 'Across Bands' 'Process by Bands' d
  17690. -i 1 0 1 0 0 10x1+3+2 +0+0 0 2 0 'Down Vectors' 'direction of processing (1 = across bands, 0 = down vectors)' d
  17691. -i 1 0 1 0 0 10x1+3+3 +0+0 0 2 2 'Calculate One Stat Set for Entire File' 'Process by Bands' d
  17692. -E
  17693. -R 1 0 1 13x2+1+31 'Execute' 'do operation ' dstats
  17694. -H 1  13x2+39+31 'Help' 'man page for dstats' KHOROS_HOME/doc/manpages/dstats.1
  17695. -E
  17696. -P 1 0 80x40+22+2 +13+0 'Find Peaks or Troughs in Data' dpeakpick
  17697. -I 1 0 0 1 0 1 51x1+1+2 +0+0 ' ' 'Input File          ' 'input file' i ' '
  17698. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f ' '
  17699. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'VIFF Output File' 'VIFF format output file' o ' '
  17700. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+6 +0+0 1    'find peaks or troughs:' 'Troughs' 'Peaks' 'if true, find peaks ' p
  17701. -b +1+8 'Specify Number of Peaks or Troughs to Detect (N):'
  17702. -C 0
  17703. -l 1 0 1 1 0 40x1+4+9 +0+0 1     'Find All               ' 'False' 'True' 'Find all peaks or troughs' all
  17704. -i 1 0 1 0 0 42x1+4+10 +0+0 2 2 1 'Specify Number of Peaks' 'Number of peaks or troughs to find ' n
  17705. -E
  17706. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+12 +0+0 1    'Find ' 'max/min' 'first' 'if FALSE find first n, and if TRUE find max/min n, peaks or troughs' m
  17707. -b +22+12 'N peaks/troughs in sequence.'
  17708. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+13 +0+0 0    'Include Endpoints for P/T Designation' 'False' 'True' 'If TRUE, endpoints will be considered for peak designation' e
  17709. -i 1 0 1 1 0 42x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Window Size              ' 'Num steps on both sides of point on which to base peak decision' w
  17710. -f 1 0 1 0 0 42x1+2+16 +0+0 1 1 0 'Min Height to Width Ratio' 'min that abs value of average slope over window can be' hwr
  17711. -l 1 0 1 1 0 40x1+2+18 +0+0 1 'Data Processing Direction' 'Down Vectors' 'Across Bands' 'data processing direction (0 = down vectors, 1 = across bands)' d 1
  17712. -R 1 0 1 13x2+1+20 'Execute' 'do operation ' dpeakpick
  17713. -H 1   13x2+39+20 'Help' 'man page for dpeakpick' ~KHOROS_HOME/doc/manpages/dpeakpick.1
  17714. -E
  17715. -P 1 1 80x38+22+2 +6+0 'Extract Data for PARSER from a VIFF File' varviff
  17716. -b +0+1 'Connection Filenames:'
  17717. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File' 'input file' i1 '/users4/bigtmp/vstatVAAa01257' '/users4/bigtmp/vstatVAAa01257'
  17718. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Gating VIFF File' 'input file that is passed to output unmodified (used to gate operation)' i2 '/users4/bigtmp/varviNCAa02396' '/users4/bigtmp/varviNCAa02396'
  17719. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Optional Output File' 'connecting file' o '/users4/bigtmp/varviOCAa02396' '/users4/bigtmp/varviOCAa02396'
  17720. -b +0+6 'Location of Data in VIFF Structure:'
  17721. -i 1 0 0 1 1 30x1+2+7 +0+0 0 0 0 'X location ' 'x location' x
  17722. -i 1 0 0 1 1 30x1+2+8 +0+0 0 0 0 'Y location ' 'y location' y
  17723. -i 1 1 0 1 1 30x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Band number' 'band number' b 1 '1'
  17724. -s 1 1 0 1 1 47x1+0+11 +0+0 ' ' 'Data Variable Name:' 'variable' v 'MinVal' 'MinVal'
  17725. -R 1 0 4 13x2+1+13 'Execute' 'Execute operation' varviff
  17726. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'Man page for varviff' KHOROS_HOME/doc/manpages/varviff.1
  17727. -E
  17728. -P 1 0 80x38+22+2 +4+0 'Print (Image or Plot) Data to the Screen File' vprdata
  17729. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' i
  17730. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Output ASCII File' 'output ASCII file' f
  17731. -l 1 0 1 1 0 50x1+2+7 +0+0 1 'Print Data Format:' 'Column Form' 'Matrix Form' 'if yes (default) print data as matrix, if no then column' m
  17732. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' vprdata
  17733. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vprdata' KHOROS_HOME/doc/manpages/vprdata.1
  17734. -E
  17735. -P 1 0 80x38+22+2 +15+0 'Print the Colormap Values' vprmap
  17736. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image  ' 'input image filename' i
  17737. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f
  17738. -l 1 0 1 1 0 50x1+2+7 +0+0 1 'Print Values Format:' 'Column Form' 'Matrix Form' 'default: print data as matrix' m
  17739. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation ' vprmap
  17740. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vprmap' KHOROS_HOME/doc/manpages/vprmap.1
  17741. -E
  17742. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Change the Comment Field on a VIFF Image File' vcomment
  17743. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'input image' i
  17744. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' xterm -e vcomment
  17745. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vcomment' KHOROS_HOME/doc/manpages/vcomment.1
  17746. -E
  17747. -P 1 0 80x38+22+2 +17+0 'Edit VIFF Header' vheaded
  17748. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input image ' 'Input image' i
  17749. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output image' 'output image' o
  17750. -l 1 0 1 1 0 50x1+2+5 +0+0 0 'Edit dangerous fields' 'No' 'Yes' 'edit dangerous fields' danger
  17751. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'execute operation' xterm -e vheaded
  17752. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vheaded' KHOROS_HOME/doc/manpages/vheaded.1
  17753. -E
  17754. -P 1 0 80x38+22+2 +17+0 'View an ASCII File' xvviewer
  17755. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Filename' 'filename to view' i
  17756. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation ' xvviewer
  17757. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for xvviewer' KHOROS_HOME/doc/manpages/xvviewer.1
  17758. -E
  17759. -E
  17760. -E
  17761. #  BeginVariables
  17762.  
  17763.  
  17764. #
  17765. # list of currently declared variables
  17766. #
  17767.  
  17768. # Simple expression 'maxval'
  17769. maxval = 1
  17770.  
  17771. # Simple expression 'minval'
  17772. minval = 0
  17773.  
  17774. # Dependant expression 'MinPeakHeightAddp'
  17775. # current evaluated value = 76
  17776.   MinPeakHeightAddp = floor((MinPeakHeightFactorAddp*(SectorFactor/Range)))
  17777.  
  17778. # Simple expression 'MinPeakHeightFactorAddp'
  17779. MinPeakHeightFactorAddp = 0.3
  17780.  
  17781. # Simple expression 'MinVal'
  17782. MinVal = 0
  17783.  
  17784. # Simple expression 'MaxVal'
  17785. MaxVal = 1
  17786.  
  17787. # Simple expression 'RSector'
  17788. RSector = 16
  17789.  
  17790. # Simple expression 'CSector'
  17791. CSector = 16
  17792.  
  17793. # Dependant expression 'SectorFactor'
  17794. # current evaluated value = 256
  17795.   SectorFactor = (RSector*CSector)
  17796.  
  17797. # Dependant expression 'MinPeakHeight'
  17798. # current evaluated value = 76
  17799.   MinPeakHeight = floor((MinPeakHeightFactor*(SectorFactor/Range)))
  17800.  
  17801. # Simple expression 'MinPeakHeightFactor'
  17802. MinPeakHeightFactor = 0.3
  17803.  
  17804. # Dependant expression 'MinPeakDistanceAddp'
  17805. # current evaluated value = 0
  17806.   MinPeakDistanceAddp = floor((Range*(MinPeakDistanceRelativeAddp/100)))
  17807.  
  17808. # Simple expression 'MinPeakDistanceRelativeAddp'
  17809. MinPeakDistanceRelativeAddp = 2
  17810.  
  17811. # Dependant expression 'Range'
  17812. # current evaluated value = 1
  17813.   Range = abs((MaxVal-MinVal))
  17814.  
  17815. # Dependant expression 'MinPeakDistance'
  17816. # current evaluated value = 0
  17817.   MinPeakDistance = floor((Range*(MinPeakDistanceRelative/100)))
  17818.  
  17819. # Simple expression 'MinPeakDistanceRelative'
  17820. MinPeakDistanceRelative = 2
  17821.  
  17822. # Simple expression 'StrongMergeThreshold'
  17823. StrongMergeThreshold = 1.7
  17824.  
  17825. # Simple expression 'WeakMergeThreshold'
  17826. WeakMergeThreshold = 0.6
  17827.  
  17828. # Simple expression 'RemergeTheta'
  17829. RemergeTheta = 2.5
  17830.  
  17831. # Simple expression 'EnhancementAlgorithm'
  17832. EnhancementAlgorithm = 1
  17833.  
  17834. # Simple expression 'WeymouthIterations'
  17835. WeymouthIterations = 5
  17836.  
  17837. # Simple expression 'NagaoIterations'
  17838. NagaoIterations = 1
  17839.  
  17840. # Simple expression 'ScalingMaxval'
  17841. ScalingMaxval = 89
  17842.  
  17843. # Simple expression 'PeakAdditionIterations'
  17844. PeakAdditionIterations = 0
  17845.  
  17846. # Simple expression 'MinPeakValleyRatio'
  17847. MinPeakValleyRatio = 1
  17848.  
  17849. # Simple expression 'MinPeakValleyRatioAddp'
  17850. MinPeakValleyRatioAddp = 1
  17851.  
  17852. # Simple expression 'NormalMergeThreshold'
  17853. NormalMergeThreshold = 1.1
  17854.  
  17855.  
  17856. #  EndVariables
  17857. #  BeginEnvironment
  17858. #    Grid 1
  17859. #    GridSize 20
  17860. #    SmallGlyph 0
  17861. #    RubberBand 0
  17862. #    ParallelExec 1
  17863. #    Viewport 1
  17864. #    AttachCanvas 1
  17865. #    ShowDav 0
  17866. #    ShowModified 0
  17867. #    EchoRoutine 1
  17868. #    LeaveGlyph 0
  17869. #    DemandDriven 0
  17870. #    ShowClipboard 0
  17871. #    InheritAttributes 1
  17872. #    GlobalVariables 1
  17873. #    AutoPlacement 1
  17874. #    GlyphPlacement 0
  17875. #    RemoteExec 0
  17876. #  EndEnvironment
  17877. # 'genmu' 2 1 'genmu54_glyph' 620+120
  17878. # 'nknormalize' 2 1 'nknormalize55_glyph' 220+280
  17879. # 'remerge' 2 1 'remerge56_glyph' 820+120
  17880. # 'reglab' 2 1 'reglab57_glyph' 720+120
  17881. # 'weymouth' 2 1 'weymouth58_glyph' 300+0
  17882. # 'vstats' 2 1 'vstats59_glyph' 320+200
  17883. # 'merge' 4 1 'merge11_control' 0+80
  17884. # 'READ 1st' 6 1 'READ 1st16_comment' 0+0
  17885. # 'if_else' 4 1 'if_else12_control' 140+80
  17886. # 'nagao' 2 1 'nagao60_glyph' 300+100
  17887. # 'merge' 4 1 'merge13_control' 400+0
  17888. # 'VeryHigh' 6 1 'VeryHigh17_comment' 0+180
  17889. # 'base def' 6 1 'base def18_comment' 60+0
  17890. # 'varviff' 2 1 'varviff61_glyph' 420+140
  17891. # 'varviff' 2 1 'varviff62_glyph' 520+120
  17892. # EndWorkspace
  17893. # 'merge' 4 1 'merge14_control' 80+40
  17894. # 'merge' 4 1 'merge15_control' 80+280
  17895. # 'merge' 4 1 'merge16_control' 80+160
  17896. # 'merge' 4 1 'merge17_control' 80+400
  17897. # 'threeseg' 2 1 'threeseg63_glyph' 380+160
  17898. # 'reglab' 2 1 'reglab64_glyph' 580+160
  17899. # 'regsupp' 2 1 'regsupp65_glyph' 480+160
  17900. # 'reglab' 2 1 'reglab66_glyph' 780+80
  17901. # 'dyremerge' 2 1 'dyremerge67_glyph' 680+80
  17902. # 'showedges' 2 1 'showedges68_glyph' 880+80
  17903. # EndWorkspace
  17904. # 'viff2llvs' 2 1 'viff2llvs69_glyph' 640+460
  17905. # EndWorkspace
  17906. # GlyphBegin 'visimages0_glyph'
  17907. # ConnectionBegin
  17908.    #    /visimg/visimg/im1i8.plane 0 1
  17909. # ConnectionEnd
  17910. # ConnectionBegin
  17911.    #    /visimg/. 0 1
  17912. # 'llvs2viff8_glyph' 2042 0
  17913. # ConnectionEnd
  17914. # GlyphEnd
  17915. # GlyphBegin 'visimages1_glyph'
  17916. # ConnectionBegin
  17917.    #    /visimg/visimg/im1i8.plane 0 1
  17918. # ConnectionEnd
  17919. # ConnectionBegin
  17920.    #    /visimg/. 0 1
  17921. # 'llvs2viff7_glyph' 1793 0
  17922. # ConnectionEnd
  17923. # GlyphEnd
  17924. # GlyphBegin 'visimages2_glyph'
  17925. # ConnectionBegin
  17926.    #    /visimg/visimg/im1i8.plane 0 1
  17927. # ConnectionEnd
  17928. # ConnectionBegin
  17929.    #    /visimg/. 0 1
  17930. # 'llvs2viff6_glyph' 1544 0
  17931. # ConnectionEnd
  17932. # GlyphEnd
  17933. # GlyphBegin 'visimages3_glyph'
  17934. # ConnectionBegin
  17935.    #    /visimg/visimg/im1i8.plane 0 1
  17936. # ConnectionEnd
  17937. # ConnectionBegin
  17938.    #    /visimg/. 0 1
  17939. # 'llvs2viff5_glyph' 1295 0
  17940. # ConnectionEnd
  17941. # GlyphEnd
  17942. # GlyphBegin 'intensity4_glyph'
  17943. # ConnectionBegin
  17944.    #    /users4/bigtmp/intenAAAa02396 1 1
  17945. # 'merge0_control' 903 0
  17946. # 'merge1_control' 1051 0
  17947. # 'merge2_control' 1968 0
  17948. # 'merge14_control' 59 0
  17949. # ConnectionEnd
  17950. # GlyphEnd
  17951. # GlyphBegin ' README0_comment'
  17952. # GlyphEnd
  17953. # GlyphBegin 'llvs2viff5_glyph'
  17954. # ConnectionBegin
  17955.    #    /users4/bigtmp/llvs2BAAa02396 1 1
  17956. # ConnectionEnd
  17957. # GlyphEnd
  17958. # GlyphBegin 'llvs2viff6_glyph'
  17959. # ConnectionBegin
  17960.    #    /users4/bigtmp/llvs2CAAa02396 1 1
  17961. # 'intensity4_glyph' 1243 2
  17962. # 'merge17_control' 215 0
  17963. # ConnectionEnd
  17964. # GlyphEnd
  17965. # GlyphBegin 'llvs2viff7_glyph'
  17966. # ConnectionBegin
  17967.    #    /users4/bigtmp/llvs2DAAa02396 1 1
  17968. # 'intensity4_glyph' 1242 1
  17969. # 'merge15_control' 111 0
  17970. # ConnectionEnd
  17971. # GlyphEnd
  17972. # GlyphBegin 'llvs2viff8_glyph'
  17973. # ConnectionBegin
  17974.    #    /users4/bigtmp/llvs2EAAa02396 1 1
  17975. # 'intensity4_glyph' 1241 0
  17976. # 'merge16_control' 163 0
  17977. # ConnectionEnd
  17978. # GlyphEnd
  17979. # GlyphBegin 'vconvolve9_glyph'
  17980. # ConnectionBegin
  17981.    #    /users4/bigtmp/vconvFAAa02396 1 1
  17982. # 'vtranslat70_glyph' 970 0
  17983. # ConnectionEnd
  17984. # GlyphEnd
  17985. # GlyphBegin 'boldtline10_glyph'
  17986. # ConnectionBegin
  17987.    #    /users4/bigtmp/boldtGAAa02396 1 1
  17988. # 'showlines11_glyph' 586 0
  17989. # ConnectionEnd
  17990. # ConnectionBegin
  17991.    #    /users4/bigtmp/boldtHAAa02396 1 1
  17992. # 'xvviewer12_glyph' 760 0
  17993. # ConnectionEnd
  17994. # ConnectionBegin
  17995. # ConnectionEnd
  17996. # GlyphEnd
  17997. # GlyphBegin 'showlines11_glyph'
  17998. # GlyphEnd
  17999. # GlyphBegin 'xvviewer12_glyph'
  18000. # GlyphEnd
  18001. # GlyphBegin 'kernels13_glyph'
  18002. # ConnectionBegin
  18003.    #    KHOROS_HOME/data/kernels/laplacian3x3 0 1
  18004. # 'vconvolve9_glyph' 110 1
  18005. # ConnectionEnd
  18006. # ConnectionBegin
  18007.    #    KHOROS_HOME/data/kernels/ 0 0
  18008. # ConnectionEnd
  18009. # GlyphEnd
  18010. # GlyphBegin 'merge0_control'
  18011. # ConnectionBegin
  18012.    #    /users4/bigtmp/mergeIAAa02396 1 1
  18013. # 'vconvolve9_glyph' 109 0
  18014. # 'boldtline10_glyph' 197 0
  18015. # ConnectionEnd
  18016. # GlyphEnd
  18017. # GlyphBegin ' README1_comment'
  18018. # GlyphEnd
  18019. # GlyphBegin 'vtranslat70_glyph'
  18020. # ConnectionBegin
  18021.    #    /users4/bigtmp/vtranYCAa02396 1 1
  18022. # 'boldtline10_glyph' 198 1
  18023. # ConnectionEnd
  18024. # GlyphEnd
  18025. # GlyphBegin 'burns14_glyph'
  18026. # ConnectionBegin
  18027. # ConnectionEnd
  18028. # ConnectionBegin
  18029.    #    /users4/bigtmp/burnsJAAa02396 1 1
  18030. # 'showlines17_glyph' 977 0
  18031. # ConnectionEnd
  18032. # GlyphEnd
  18033. # GlyphBegin 'gentheta15_glyph'
  18034. # ConnectionBegin
  18035.    #    /users4/bigtmp/genthKAAa02396 1 1
  18036. # 'labtheta16_glyph' 576 0
  18037. # 'burns14_glyph' 48 3
  18038. # ConnectionEnd
  18039. # ConnectionBegin
  18040.    #    /users4/bigtmp/genthLAAa02396 1 1
  18041. # 'labtheta16_glyph' 577 1
  18042. # ConnectionEnd
  18043. # ConnectionBegin
  18044.    #    /users4/bigtmp/genthMAAa02396 1 1
  18045. # 'labtheta16_glyph' 578 2
  18046. # ConnectionEnd
  18047. # GlyphEnd
  18048. # GlyphBegin 'labtheta16_glyph'
  18049. # ConnectionBegin
  18050.    #    /users4/bigtmp/labthNAAa02396 1 1
  18051. # 'burns14_glyph' 46 1
  18052. # ConnectionEnd
  18053. # ConnectionBegin
  18054.    #    /users4/bigtmp/labthOAAa02396 1 1
  18055. # 'burns14_glyph' 47 2
  18056. # ConnectionEnd
  18057. # GlyphEnd
  18058. # GlyphBegin 'showlines17_glyph'
  18059. # GlyphEnd
  18060. # GlyphBegin 'merge1_control'
  18061. # ConnectionBegin
  18062.    #    /users4/bigtmp/mergePAAa02396 1 1
  18063. # 'burns14_glyph' 45 0
  18064. # 'gentheta15_glyph' 316 0
  18065. # ConnectionEnd
  18066. # GlyphEnd
  18067. # GlyphBegin 'README2_comment'
  18068. # GlyphEnd
  18069. # GlyphBegin 'genmu18_glyph'
  18070. # ConnectionBegin
  18071.    #    /users4/bigtmp/genmuQAAa02396 1 1
  18072. # 'reglab23_glyph' 1440 0
  18073. # ConnectionEnd
  18074. # GlyphEnd
  18075. # GlyphBegin 'nknormalize19_glyph'
  18076. # ConnectionBegin
  18077.    #    /users4/bigtmp/nknorRAAa02396 1 1
  18078. # 'vstats25_glyph' 1793 0
  18079. # 'remerge21_glyph' 925 1
  18080. # 'remerge27_glyph' 2373 1
  18081. # 'remerge26_glyph' 2124 1
  18082. # 'varviff31_glyph' 3495 1
  18083. # 'regsupp22_glyph' 1208 1
  18084. # ConnectionEnd
  18085. # GlyphEnd
  18086. # GlyphBegin 'showedges20_glyph'
  18087. # GlyphEnd
  18088. # GlyphBegin 'remerge21_glyph'
  18089. # ConnectionBegin
  18090.    #    /users4/bigtmp/remerSAAa02396 1 1
  18091. # 'showedges20_glyph' 740 0
  18092. # 'viff2llvs33_glyph' 2297 0
  18093. # ConnectionEnd
  18094. # GlyphEnd
  18095. # GlyphBegin 'regsupp22_glyph'
  18096. # ConnectionBegin
  18097.    #    /users4/bigtmp/regsuTAAa02396 1 1
  18098. # 'remerge21_glyph' 924 0
  18099. # 'remerge26_glyph' 2123 0
  18100. # 'remerge27_glyph' 2372 0
  18101. # ConnectionEnd
  18102. # GlyphEnd
  18103. # GlyphBegin 'reglab23_glyph'
  18104. # ConnectionBegin
  18105.    #    /users4/bigtmp/reglaUAAa02396 1 1
  18106. # 'regsupp22_glyph' 1207 0
  18107. # ConnectionEnd
  18108. # GlyphEnd
  18109. # GlyphBegin 'weymouth24_glyph'
  18110. # ConnectionBegin
  18111.    #    /users4/bigtmp/weymoVAAa02396 1 1
  18112. # 'merge4_control' 3326 0
  18113. # ConnectionEnd
  18114. # GlyphEnd
  18115. # GlyphBegin 'vstats25_glyph'
  18116. # ConnectionBegin
  18117.    #    /users4/bigtmp/vstatBBAa28013 0 0
  18118. # ConnectionEnd
  18119. # ConnectionBegin
  18120.    #    /users4/bigtmp/vstatVAAa01257 0 1
  18121. # 'varviff31_glyph' 3494 0
  18122. # 'varviff32_glyph' 3645 0
  18123. # ConnectionEnd
  18124. # GlyphEnd
  18125. # GlyphBegin 'merge2_control'
  18126. # ConnectionBegin
  18127.    #    /users4/bigtmp/mergeWAAa02396 1 1
  18128. # 'if_else3_control' 3016 0
  18129. # ConnectionEnd
  18130. # GlyphEnd
  18131. # GlyphBegin 'remerge26_glyph'
  18132. # ConnectionBegin
  18133.    #    /users4/bigtmp/remerXAAa02396 1 1
  18134. # 'showedges28_glyph' 2686 0
  18135. # 'viff2llvs35_glyph' 2795 0
  18136. # ConnectionEnd
  18137. # GlyphEnd
  18138. # GlyphBegin 'remerge27_glyph'
  18139. # ConnectionBegin
  18140.    #    /users4/bigtmp/remerYAAa02396 1 1
  18141. # 'showedges29_glyph' 2935 0
  18142. # 'viff2llvs34_glyph' 2546 0
  18143. # ConnectionEnd
  18144. # GlyphEnd
  18145. # GlyphBegin 'showedges28_glyph'
  18146. # GlyphEnd
  18147. # GlyphBegin 'showedges29_glyph'
  18148. # GlyphEnd
  18149. # GlyphBegin 'READ 1st3_comment'
  18150. # GlyphEnd
  18151. # GlyphBegin 'if_else3_control'
  18152. # ConnectionBegin
  18153.    #    /users4/bigtmp/if_elZAAa02396 1 1
  18154. # 'weymouth24_glyph' 1722 0
  18155. # ConnectionEnd
  18156. # ConnectionBegin
  18157.    #    /users4/bigtmp/if_elABAa02396 1 1
  18158. # 'nagao30_glyph' 3156 0
  18159. # ConnectionEnd
  18160. # GlyphEnd
  18161. # GlyphBegin 'nagao30_glyph'
  18162. # ConnectionBegin
  18163.    #    /users4/bigtmp/nagaoBBAa02396 1 1
  18164. # 'merge4_control' 3327 1
  18165. # ConnectionEnd
  18166. # GlyphEnd
  18167. # GlyphBegin 'merge4_control'
  18168. # ConnectionBegin
  18169.    #    /users4/bigtmp/mergeCBAa02396 1 1
  18170. # 'nknormalize19_glyph' 411 0
  18171. # ConnectionEnd
  18172. # GlyphEnd
  18173. # GlyphBegin 'VeryHigh4_comment'
  18174. # GlyphEnd
  18175. # GlyphBegin 'High5_comment'
  18176. # GlyphEnd
  18177. # GlyphBegin 'Medium6_comment'
  18178. # GlyphEnd
  18179. # GlyphBegin 'Low7_comment'
  18180. # GlyphEnd
  18181. # GlyphBegin 'VeryLow8_comment'
  18182. # GlyphEnd
  18183. # GlyphBegin 'base def9_comment'
  18184. # GlyphEnd
  18185. # GlyphBegin 'varviff31_glyph'
  18186. # ConnectionBegin
  18187.    #    /users4/bigtmp/varviDBAa02396 1 1
  18188. # 'varviff32_glyph' 3646 1
  18189. # ConnectionEnd
  18190. # GlyphEnd
  18191. # GlyphBegin 'varviff32_glyph'
  18192. # ConnectionBegin
  18193.    #    /users4/bigtmp/varviEBAa02396 1 1
  18194. # 'genmu18_glyph' 125 0
  18195. # ConnectionEnd
  18196. # GlyphEnd
  18197. # GlyphBegin 'viff2llvs33_glyph'
  18198. # ConnectionBegin
  18199. # ConnectionEnd
  18200. # GlyphEnd
  18201. # GlyphBegin 'viff2llvs34_glyph'
  18202. # ConnectionBegin
  18203. # ConnectionEnd
  18204. # GlyphEnd
  18205. # GlyphBegin 'viff2llvs35_glyph'
  18206. # ConnectionBegin
  18207. # ConnectionEnd
  18208. # GlyphEnd
  18209. # GlyphBegin 'genmu36_glyph'
  18210. # ConnectionBegin
  18211.    #    /users4/bigtmp/genmuFBAa02396 1 1
  18212. # 'reglab39_glyph' 932 0
  18213. # ConnectionEnd
  18214. # GlyphEnd
  18215. # GlyphBegin 'nknormalize37_glyph'
  18216. # ConnectionBegin
  18217.    #    /users4/bigtmp/nknorGBAa02396 1 1
  18218. # 'vstats41_glyph' 1285 0
  18219. # 'remerge38_glyph' 666 1
  18220. # 'varviff43_glyph' 1955 1
  18221. # ConnectionEnd
  18222. # GlyphEnd
  18223. # GlyphBegin 'remerge38_glyph'
  18224. # ConnectionBegin
  18225.    #    /users4/bigtmp/remerHBAa02396 1 1
  18226. # 'threeseg63_glyph' 417 0
  18227. # ConnectionEnd
  18228. # GlyphEnd
  18229. # GlyphBegin 'reglab39_glyph'
  18230. # ConnectionBegin
  18231.    #    /users4/bigtmp/reglaIBAa02396 1 1
  18232. # 'remerge38_glyph' 665 0
  18233. # ConnectionEnd
  18234. # GlyphEnd
  18235. # GlyphBegin 'weymouth40_glyph'
  18236. # ConnectionBegin
  18237.    #    /users4/bigtmp/weymoJBAa02396 1 1
  18238. # 'merge7_control' 1822 0
  18239. # ConnectionEnd
  18240. # GlyphEnd
  18241. # GlyphBegin 'vstats41_glyph'
  18242. # ConnectionBegin
  18243.    #    /users4/bigtmp/vstatBBAa28013 0 0
  18244. # ConnectionEnd
  18245. # ConnectionBegin
  18246.    #    /users4/bigtmp/vstatVAAa01257 0 1
  18247. # 'varviff43_glyph' 1954 0
  18248. # 'varviff44_glyph' 2105 0
  18249. # ConnectionEnd
  18250. # GlyphEnd
  18251. # GlyphBegin 'merge5_control'
  18252. # ConnectionBegin
  18253.    #    /users4/bigtmp/mergeKBAa02396 1 1
  18254. # 'if_else6_control' 1512 0
  18255. # ConnectionEnd
  18256. # GlyphEnd
  18257. # GlyphBegin 'READ 1st10_comment'
  18258. # GlyphEnd
  18259. # GlyphBegin 'if_else6_control'
  18260. # ConnectionBegin
  18261.    #    /users4/bigtmp/if_elLBAa02396 1 1
  18262. # 'weymouth40_glyph' 1214 0
  18263. # ConnectionEnd
  18264. # ConnectionBegin
  18265.    #    /users4/bigtmp/if_elMBAa02396 1 1
  18266. # 'nagao42_glyph' 1652 0
  18267. # ConnectionEnd
  18268. # GlyphEnd
  18269. # GlyphBegin 'nagao42_glyph'
  18270. # ConnectionBegin
  18271.    #    /users4/bigtmp/nagaoNBAa02396 1 1
  18272. # 'merge7_control' 1823 1
  18273. # ConnectionEnd
  18274. # GlyphEnd
  18275. # GlyphBegin 'merge7_control'
  18276. # ConnectionBegin
  18277.    #    /users4/bigtmp/mergeOBAa02396 1 1
  18278. # 'nknormalize37_glyph' 401 0
  18279. # ConnectionEnd
  18280. # GlyphEnd
  18281. # GlyphBegin 'VeryHigh11_comment'
  18282. # GlyphEnd
  18283. # GlyphBegin 'base def12_comment'
  18284. # GlyphEnd
  18285. # GlyphBegin 'varviff43_glyph'
  18286. # ConnectionBegin
  18287.    #    /users4/bigtmp/varviPBAa02396 1 1
  18288. # 'varviff44_glyph' 2106 1
  18289. # ConnectionEnd
  18290. # GlyphEnd
  18291. # GlyphBegin 'varviff44_glyph'
  18292. # ConnectionBegin
  18293.    #    /users4/bigtmp/varviQBAa02396 1 1
  18294. # 'genmu36_glyph' 115 0
  18295. # ConnectionEnd
  18296. # GlyphEnd
  18297. # GlyphBegin 'genmu45_glyph'
  18298. # ConnectionBegin
  18299.    #    /users4/bigtmp/genmuRBAa02396 1 1
  18300. # 'reglab48_glyph' 932 0
  18301. # ConnectionEnd
  18302. # GlyphEnd
  18303. # GlyphBegin 'nknormalize46_glyph'
  18304. # ConnectionBegin
  18305.    #    /users4/bigtmp/nknorSBAa02396 1 1
  18306. # 'vstats50_glyph' 1285 0
  18307. # 'remerge47_glyph' 666 1
  18308. # 'varviff52_glyph' 1955 1
  18309. # ConnectionEnd
  18310. # GlyphEnd
  18311. # GlyphBegin 'remerge47_glyph'
  18312. # ConnectionBegin
  18313.    #    /users4/bigtmp/remerTBAa02396 1 1
  18314. # 'threeseg63_glyph' 418 1
  18315. # ConnectionEnd
  18316. # GlyphEnd
  18317. # GlyphBegin 'reglab48_glyph'
  18318. # ConnectionBegin
  18319.    #    /users4/bigtmp/reglaUBAa02396 1 1
  18320. # 'remerge47_glyph' 665 0
  18321. # ConnectionEnd
  18322. # GlyphEnd
  18323. # GlyphBegin 'weymouth49_glyph'
  18324. # ConnectionBegin
  18325.    #    /users4/bigtmp/weymoVBAa02396 1 1
  18326. # 'merge10_control' 1822 0
  18327. # ConnectionEnd
  18328. # GlyphEnd
  18329. # GlyphBegin 'vstats50_glyph'
  18330. # ConnectionBegin
  18331.    #    /users4/bigtmp/vstatBBAa28013 0 0
  18332. # ConnectionEnd
  18333. # ConnectionBegin
  18334.    #    /users4/bigtmp/vstatVAAa01257 0 1
  18335. # 'varviff52_glyph' 1954 0
  18336. # 'varviff53_glyph' 2105 0
  18337. # ConnectionEnd
  18338. # GlyphEnd
  18339. # GlyphBegin 'merge8_control'
  18340. # ConnectionBegin
  18341.    #    /users4/bigtmp/mergeWBAa02396 1 1
  18342. # 'if_else9_control' 1512 0
  18343. # ConnectionEnd
  18344. # GlyphEnd
  18345. # GlyphBegin 'READ 1st13_comment'
  18346. # GlyphEnd
  18347. # GlyphBegin 'if_else9_control'
  18348. # ConnectionBegin
  18349.    #    /users4/bigtmp/if_elXBAa02396 1 1
  18350. # 'weymouth49_glyph' 1214 0
  18351. # ConnectionEnd
  18352. # ConnectionBegin
  18353.    #    /users4/bigtmp/if_elYBAa02396 1 1
  18354. # 'nagao51_glyph' 1652 0
  18355. # ConnectionEnd
  18356. # GlyphEnd
  18357. # GlyphBegin 'nagao51_glyph'
  18358. # ConnectionBegin
  18359.    #    /users4/bigtmp/nagaoZBAa02396 1 1
  18360. # 'merge10_control' 1823 1
  18361. # ConnectionEnd
  18362. # GlyphEnd
  18363. # GlyphBegin 'merge10_control'
  18364. # ConnectionBegin
  18365.    #    /users4/bigtmp/mergeACAa02396 1 1
  18366. # 'nknormalize46_glyph' 401 0
  18367. # ConnectionEnd
  18368. # GlyphEnd
  18369. # GlyphBegin 'VeryHigh14_comment'
  18370. # GlyphEnd
  18371. # GlyphBegin 'base def15_comment'
  18372. # GlyphEnd
  18373. # GlyphBegin 'varviff52_glyph'
  18374. # ConnectionBegin
  18375.    #    /users4/bigtmp/varviBCAa02396 1 1
  18376. # 'varviff53_glyph' 2106 1
  18377. # ConnectionEnd
  18378. # GlyphEnd
  18379. # GlyphBegin 'varviff53_glyph'
  18380. # ConnectionBegin
  18381.    #    /users4/bigtmp/varviCCAa02396 1 1
  18382. # 'genmu45_glyph' 115 0
  18383. # ConnectionEnd
  18384. # GlyphEnd
  18385. # GlyphBegin 'genmu54_glyph'
  18386. # ConnectionBegin
  18387.    #    /users4/bigtmp/genmuDCAa02396 1 1
  18388. # 'reglab57_glyph' 932 0
  18389. # ConnectionEnd
  18390. # GlyphEnd
  18391. # GlyphBegin 'nknormalize55_glyph'
  18392. # ConnectionBegin
  18393.    #    /users4/bigtmp/nknorECAa02396 1 1
  18394. # 'vstats59_glyph' 1285 0
  18395. # 'remerge56_glyph' 666 1
  18396. # 'varviff61_glyph' 1955 1
  18397. # ConnectionEnd
  18398. # GlyphEnd
  18399. # GlyphBegin 'remerge56_glyph'
  18400. # ConnectionBegin
  18401.    #    /users4/bigtmp/remerFCAa02396 1 1
  18402. # 'threeseg63_glyph' 419 2
  18403. # ConnectionEnd
  18404. # GlyphEnd
  18405. # GlyphBegin 'reglab57_glyph'
  18406. # ConnectionBegin
  18407.    #    /users4/bigtmp/reglaGCAa02396 1 1
  18408. # 'remerge56_glyph' 665 0
  18409. # ConnectionEnd
  18410. # GlyphEnd
  18411. # GlyphBegin 'weymouth58_glyph'
  18412. # ConnectionBegin
  18413.    #    /users4/bigtmp/weymoHCAa02396 1 1
  18414. # 'merge13_control' 1822 0
  18415. # ConnectionEnd
  18416. # GlyphEnd
  18417. # GlyphBegin 'vstats59_glyph'
  18418. # ConnectionBegin
  18419.    #    /users4/bigtmp/vstatBBAa28013 0 0
  18420. # ConnectionEnd
  18421. # ConnectionBegin
  18422.    #    /users4/bigtmp/vstatVAAa01257 0 1
  18423. # 'varviff61_glyph' 1954 0
  18424. # 'varviff62_glyph' 2105 0
  18425. # ConnectionEnd
  18426. # GlyphEnd
  18427. # GlyphBegin 'merge11_control'
  18428. # ConnectionBegin
  18429.    #    /users4/bigtmp/mergeICAa02396 1 1
  18430. # 'if_else12_control' 1512 0
  18431. # ConnectionEnd
  18432. # GlyphEnd
  18433. # GlyphBegin 'READ 1st16_comment'
  18434. # GlyphEnd
  18435. # GlyphBegin 'if_else12_control'
  18436. # ConnectionBegin
  18437.    #    /users4/bigtmp/if_elJCAa02396 1 1
  18438. # 'weymouth58_glyph' 1214 0
  18439. # ConnectionEnd
  18440. # ConnectionBegin
  18441.    #    /users4/bigtmp/if_elKCAa02396 1 1
  18442. # 'nagao60_glyph' 1652 0
  18443. # ConnectionEnd
  18444. # GlyphEnd
  18445. # GlyphBegin 'nagao60_glyph'
  18446. # ConnectionBegin
  18447.    #    /users4/bigtmp/nagaoLCAa02396 1 1
  18448. # 'merge13_control' 1823 1
  18449. # ConnectionEnd
  18450. # GlyphEnd
  18451. # GlyphBegin 'merge13_control'
  18452. # ConnectionBegin
  18453.    #    /users4/bigtmp/mergeMCAa02396 1 1
  18454. # 'nknormalize55_glyph' 401 0
  18455. # ConnectionEnd
  18456. # GlyphEnd
  18457. # GlyphBegin 'VeryHigh17_comment'
  18458. # GlyphEnd
  18459. # GlyphBegin 'base def18_comment'
  18460. # GlyphEnd
  18461. # GlyphBegin 'varviff61_glyph'
  18462. # ConnectionBegin
  18463.    #    /users4/bigtmp/varviNCAa02396 1 1
  18464. # 'varviff62_glyph' 2106 1
  18465. # ConnectionEnd
  18466. # GlyphEnd
  18467. # GlyphBegin 'varviff62_glyph'
  18468. # ConnectionBegin
  18469.    #    /users4/bigtmp/varviOCAa02396 1 1
  18470. # 'genmu54_glyph' 115 0
  18471. # ConnectionEnd
  18472. # GlyphEnd
  18473. # GlyphBegin 'merge14_control'
  18474. # ConnectionBegin
  18475.    #    /users4/bigtmp/mergePCAa02396 1 1
  18476. # 'dyremerge67_glyph' 1391 0
  18477. # ConnectionEnd
  18478. # GlyphEnd
  18479. # GlyphBegin 'merge15_control'
  18480. # ConnectionBegin
  18481.    #    /users4/bigtmp/mergeQCAa02396 1 1
  18482. # 'merge8_control' 1460 0
  18483. # 'dyremerge67_glyph' 1393 2
  18484. # ConnectionEnd
  18485. # GlyphEnd
  18486. # GlyphBegin 'merge16_control'
  18487. # ConnectionBegin
  18488.    #    /users4/bigtmp/mergeRCAa02396 1 1
  18489. # 'merge5_control' 1460 0
  18490. # 'regsupp65_glyph' 993 1
  18491. # 'dyremerge67_glyph' 1392 1
  18492. # ConnectionEnd
  18493. # GlyphEnd
  18494. # GlyphBegin 'merge17_control'
  18495. # ConnectionBegin
  18496.    #    /users4/bigtmp/mergeSCAa02396 1 1
  18497. # 'merge11_control' 1460 0
  18498. # 'dyremerge67_glyph' 1394 3
  18499. # ConnectionEnd
  18500. # GlyphEnd
  18501. # GlyphBegin 'threeseg63_glyph'
  18502. # ConnectionBegin
  18503.    #    /users4/bigtmp/threeTCAa02396 1 1
  18504. # 'regsupp65_glyph' 992 0
  18505. # ConnectionEnd
  18506. # GlyphEnd
  18507. # GlyphBegin 'reglab64_glyph'
  18508. # ConnectionBegin
  18509.    #    /users4/bigtmp/reglaUCAa02396 1 1
  18510. # 'dyremerge67_glyph' 1395 4
  18511. # ConnectionEnd
  18512. # GlyphEnd
  18513. # GlyphBegin 'regsupp65_glyph'
  18514. # ConnectionBegin
  18515.    #    /users4/bigtmp/regsuVCAa02396 1 1
  18516. # 'reglab64_glyph' 684 0
  18517. # ConnectionEnd
  18518. # GlyphEnd
  18519. # GlyphBegin 'reglab66_glyph'
  18520. # ConnectionBegin
  18521.    #    /users4/bigtmp/reglaWCAa02396 1 1
  18522. # 'showedges68_glyph' 1660 0
  18523. # 'viff2llvs69_glyph' 3048 0
  18524. # ConnectionEnd
  18525. # GlyphEnd
  18526. # GlyphBegin 'dyremerge67_glyph'
  18527. # ConnectionBegin
  18528.    #    /users4/bigtmp/dyremXCAa02396 1 1
  18529. # 'reglab66_glyph' 1268 0
  18530. # ConnectionEnd
  18531. # GlyphEnd
  18532. # GlyphBegin 'showedges68_glyph'
  18533. # GlyphEnd
  18534. # GlyphBegin 'viff2llvs69_glyph'
  18535. # ConnectionBegin
  18536. # ConnectionEnd
  18537. # GlyphEnd
  18538.