home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ vis-ftp.cs.umass.edu / vis-ftp.cs.umass.edu.tar / vis-ftp.cs.umass.edu / pub / Software / Khoros / UMassWorkSpaces / DynReMerge.Z / DynReMerge
Text File  |  1991-07-09  |  582KB  |  8,898 lines
  1. # Khoros Image Processing System Workspace
  2. #
  3. # cantata workspace file (DynReMerge.Z) was created 
  4. # on Wed Jul  3 08:41:50 1991
  5. # by user heller
  6. #
  7. # BeginWorkspace
  8. -F 4.2 1 1 0x0+0+0 +0+0 'Dummy Form' not_used
  9. -S 1 0
  10. -d 1 0 9x2+2+2 'Subform 1'
  11. -d 1 0 9x2+22+2 'Subform 2'
  12. -d 1 0 9x2+2+2 'Subform 3'
  13. -d 1 0 9x2+4+2 'Subform 4'
  14. -d 1 0 9x2+6+2 'Subform 5'
  15. -d 1 0 9x2+8+2 'Subform 6'
  16. -d 1 0 9x2+10+2 'Subform 7'
  17. -d 1 0 9x2+14+2 'Subform 9'
  18. -d 1 0 9x2+14+2 'Subform 11'
  19. -d 1 0 9x2+16+2 'Subform 12'
  20. -E
  21. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Standard Control Structures' control
  22. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  23. -g 1 0 18x1+1+2 'Count-Loop'
  24. -g 1 0 18x1+1+3 'While-Loop'
  25. -g 1 0 18x1+1+5 'If-Then-Else'
  26. -g 1 1 18x1+1+6 'Merge'
  27. -H 1  18x2+1+11 'HELP' 'guide help' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/help/Overview
  28. -Q 1 0 18x2+1+13 'QUIT'
  29. -E
  30. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'Counting-Loop Control Structure' count_loop
  31. -b +0+1 'Counting-Loop Parameters:'
  32. -s 1 0 0 1 0 40x1+1+2 +0+0 ' ' 'Loop Control Variable' 'loop control variable' lcv
  33. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+3 +0+0 0 0 1 'Initial Value     ' 'initial value' init
  34. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+4 +0+0 0 0 1 'Increment Value   ' 'increment value' incr
  35. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+5 +0+0 0 0 1 'Final Value       ' 'test value' test
  36. -b +0+6 'Control Path Connections:'
  37. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+7 +0+0 ' ' 'Initial input' 'Initial input file' i_in
  38. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +0+0 ' ' '   Loop input ' 'Loop input file' i_lp
  39. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Exit output' 'Exit output file' o_ex
  40. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+10 +0+0 ' ' '   Loop output' 'Loop output file' o_lp
  41. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for count_loop' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/count_loop/help
  42. -E
  43. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'While-Loop Control Structure' while_loop
  44. -b +0+1 'While-Loop Parameters:'
  45. -i 1 0 1 0 0 50x1+1+2 +0+0 0 0 1 'Initial Expression' 'Initial expression' init
  46. -i 1 0 1 0 0 50x1+1+3 +0+0 0 0 1 'Update Expression ' 'Update expression' update
  47. -i 1 0 0 1 0 50x1+1+4 +0+0 0 0 1 '   Test Condition    ' 'Test condition' test
  48. -b +0+6 'Control Path Connections:'
  49. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+7 +0+0 ' ' 'Initial input' 'Initial input file' i_in
  50. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +0+0 ' ' '   Loop input ' 'Loop input file' i_lp
  51. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Exit output' 'Exit output file' o_ex
  52. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+10 +0+0 ' ' '   Loop output' 'Loop output file' o_lp
  53. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for while_loop' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/while_loop/help
  54. -E
  55. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'If-Then-Else Control Structure' if_else
  56. -i 1 0 0 1 0 50x1+1+2 +0+0 0 0 1 'If Conditional Expression' 'Boolean expression' cond
  57. -b +0+4 'Control Path Connections:'
  58. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+5 +3+0 ' ' 'Input ' 'input_file' i
  59. -b +1+6 'Then (TRUE)'
  60. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+7 +3+0 ' ' 'Output' 'TRUE output file' o1
  61. -b +1+8 'Else (FALSE)'
  62. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Output' 'FALSE output file' o2
  63. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for if_then_else' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/if_else/help
  64. -E
  65. -P 1 1 80x38+22+2 +18+0 'Merge Structure' merge
  66. -b +1+2 'Control Path Connections:'
  67. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+4 +3+0 ' ' 'Input 1' 'input file 1' i1 '/users4/bigtmp/intenAAAa03571' '/users4/bigtmp/intenAAAa03571'
  68. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+6 +0+0 ' ' 'Input 2' 'input file 2' i2 ' ' ' '
  69. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +3+0 ' ' 'Output ' 'output file' o '/users4/bigtmp/mergePCAa03571' '/users4/bigtmp/mergePCAa03571'
  70. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for merge' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/merge/help
  71. -E
  72. -E
  73. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Standard Control Structures' control
  74. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  75. -g 1 0 18x1+1+2 'Count-Loop'
  76. -g 1 0 18x1+1+3 'While-Loop'
  77. -g 1 0 18x1+1+5 'If-Then-Else'
  78. -g 1 1 18x1+1+6 'Merge'
  79. -H 1  18x2+1+11 'HELP' 'guide help' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/help/Overview
  80. -Q 1 0 18x2+1+13 'QUIT'
  81. -E
  82. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'Counting-Loop Control Structure' count_loop
  83. -b +0+1 'Counting-Loop Parameters:'
  84. -s 1 0 0 1 0 40x1+1+2 +0+0 ' ' 'Loop Control Variable' 'loop control variable' lcv
  85. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+3 +0+0 0 0 1 'Initial Value     ' 'initial value' init
  86. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+4 +0+0 0 0 1 'Increment Value   ' 'increment value' incr
  87. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+5 +0+0 0 0 1 'Final Value       ' 'test value' test
  88. -b +0+6 'Control Path Connections:'
  89. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+7 +0+0 ' ' 'Initial input' 'Initial input file' i_in
  90. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +0+0 ' ' '   Loop input ' 'Loop input file' i_lp
  91. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Exit output' 'Exit output file' o_ex
  92. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+10 +0+0 ' ' '   Loop output' 'Loop output file' o_lp
  93. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for count_loop' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/count_loop/help
  94. -E
  95. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'While-Loop Control Structure' while_loop
  96. -b +0+1 'While-Loop Parameters:'
  97. -i 1 0 1 0 0 50x1+1+2 +0+0 0 0 1 'Initial Expression' 'Initial expression' init
  98. -i 1 0 1 0 0 50x1+1+3 +0+0 0 0 1 'Update Expression ' 'Update expression' update
  99. -i 1 0 0 1 0 50x1+1+4 +0+0 0 0 1 '   Test Condition    ' 'Test condition' test
  100. -b +0+6 'Control Path Connections:'
  101. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+7 +0+0 ' ' 'Initial input' 'Initial input file' i_in
  102. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +0+0 ' ' '   Loop input ' 'Loop input file' i_lp
  103. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Exit output' 'Exit output file' o_ex
  104. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+10 +0+0 ' ' '   Loop output' 'Loop output file' o_lp
  105. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for while_loop' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/while_loop/help
  106. -E
  107. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'If-Then-Else Control Structure' if_else
  108. -i 1 0 0 1 0 50x1+1+2 +0+0 0 0 1 'If Conditional Expression' 'Boolean expression' cond
  109. -b +0+4 'Control Path Connections:'
  110. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+5 +3+0 ' ' 'Input ' 'input_file' i
  111. -b +1+6 'Then (TRUE)'
  112. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+7 +3+0 ' ' 'Output' 'TRUE output file' o1
  113. -b +1+8 'Else (FALSE)'
  114. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Output' 'FALSE output file' o2
  115. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for if_then_else' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/if_else/help
  116. -E
  117. -P 1 1 80x38+22+2 +18+0 'Merge Structure' merge
  118. -b +1+2 'Control Path Connections:'
  119. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+4 +3+0 ' ' 'Input 1' 'input file 1' i1 '/users4/bigtmp/llvs2DAAa03571' '/users4/bigtmp/llvs2DAAa03571'
  120. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+6 +0+0 ' ' 'Input 2' 'input file 2' i2 ' ' ' '
  121. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +3+0 ' ' 'Output ' 'output file' o '/users4/bigtmp/mergeQCAa03571' '/users4/bigtmp/mergeQCAa03571'
  122. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for merge' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/merge/help
  123. -E
  124. -E
  125. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Standard Control Structures' control
  126. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  127. -g 1 0 18x1+1+2 'Count-Loop'
  128. -g 1 0 18x1+1+3 'While-Loop'
  129. -g 1 0 18x1+1+5 'If-Then-Else'
  130. -g 1 1 18x1+1+6 'Merge'
  131. -H 1  18x2+1+11 'HELP' 'guide help' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/help/Overview
  132. -Q 1 0 18x2+1+13 'QUIT'
  133. -E
  134. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'Counting-Loop Control Structure' count_loop
  135. -b +0+1 'Counting-Loop Parameters:'
  136. -s 1 0 0 1 0 40x1+1+2 +0+0 ' ' 'Loop Control Variable' 'loop control variable' lcv
  137. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+3 +0+0 0 0 1 'Initial Value     ' 'initial value' init
  138. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+4 +0+0 0 0 1 'Increment Value   ' 'increment value' incr
  139. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+5 +0+0 0 0 1 'Final Value       ' 'test value' test
  140. -b +0+6 'Control Path Connections:'
  141. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+7 +0+0 ' ' 'Initial input' 'Initial input file' i_in
  142. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +0+0 ' ' '   Loop input ' 'Loop input file' i_lp
  143. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Exit output' 'Exit output file' o_ex
  144. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+10 +0+0 ' ' '   Loop output' 'Loop output file' o_lp
  145. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for count_loop' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/count_loop/help
  146. -E
  147. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'While-Loop Control Structure' while_loop
  148. -b +0+1 'While-Loop Parameters:'
  149. -i 1 0 1 0 0 50x1+1+2 +0+0 0 0 1 'Initial Expression' 'Initial expression' init
  150. -i 1 0 1 0 0 50x1+1+3 +0+0 0 0 1 'Update Expression ' 'Update expression' update
  151. -i 1 0 0 1 0 50x1+1+4 +0+0 0 0 1 '   Test Condition    ' 'Test condition' test
  152. -b +0+6 'Control Path Connections:'
  153. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+7 +0+0 ' ' 'Initial input' 'Initial input file' i_in
  154. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +0+0 ' ' '   Loop input ' 'Loop input file' i_lp
  155. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Exit output' 'Exit output file' o_ex
  156. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+10 +0+0 ' ' '   Loop output' 'Loop output file' o_lp
  157. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for while_loop' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/while_loop/help
  158. -E
  159. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'If-Then-Else Control Structure' if_else
  160. -i 1 0 0 1 0 50x1+1+2 +0+0 0 0 1 'If Conditional Expression' 'Boolean expression' cond
  161. -b +0+4 'Control Path Connections:'
  162. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+5 +3+0 ' ' 'Input ' 'input_file' i
  163. -b +1+6 'Then (TRUE)'
  164. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+7 +3+0 ' ' 'Output' 'TRUE output file' o1
  165. -b +1+8 'Else (FALSE)'
  166. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Output' 'FALSE output file' o2
  167. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for if_then_else' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/if_else/help
  168. -E
  169. -P 1 1 80x38+22+2 +18+0 'Merge Structure' merge
  170. -b +1+2 'Control Path Connections:'
  171. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+4 +3+0 ' ' 'Input 1' 'input file 1' i1 '/users4/bigtmp/llvs2EAAa03571' '/users4/bigtmp/llvs2EAAa03571'
  172. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+6 +0+0 ' ' 'Input 2' 'input file 2' i2 ' ' ' '
  173. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +3+0 ' ' 'Output ' 'output file' o '/users4/bigtmp/mergeRCAa03571' '/users4/bigtmp/mergeRCAa03571'
  174. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for merge' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/merge/help
  175. -E
  176. -E
  177. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Standard Control Structures' control
  178. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  179. -g 1 0 18x1+1+2 'Count-Loop'
  180. -g 1 0 18x1+1+3 'While-Loop'
  181. -g 1 0 18x1+1+5 'If-Then-Else'
  182. -g 1 1 18x1+1+6 'Merge'
  183. -H 1  18x2+1+11 'HELP' 'guide help' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/help/Overview
  184. -Q 1 0 18x2+1+13 'QUIT'
  185. -E
  186. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'Counting-Loop Control Structure' count_loop
  187. -b +0+1 'Counting-Loop Parameters:'
  188. -s 1 0 0 1 0 40x1+1+2 +0+0 ' ' 'Loop Control Variable' 'loop control variable' lcv
  189. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+3 +0+0 0 0 1 'Initial Value     ' 'initial value' init
  190. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+4 +0+0 0 0 1 'Increment Value   ' 'increment value' incr
  191. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+5 +0+0 0 0 1 'Final Value       ' 'test value' test
  192. -b +0+6 'Control Path Connections:'
  193. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+7 +0+0 ' ' 'Initial input' 'Initial input file' i_in
  194. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +0+0 ' ' '   Loop input ' 'Loop input file' i_lp
  195. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Exit output' 'Exit output file' o_ex
  196. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+10 +0+0 ' ' '   Loop output' 'Loop output file' o_lp
  197. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for count_loop' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/count_loop/help
  198. -E
  199. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'While-Loop Control Structure' while_loop
  200. -b +0+1 'While-Loop Parameters:'
  201. -i 1 0 1 0 0 50x1+1+2 +0+0 0 0 1 'Initial Expression' 'Initial expression' init
  202. -i 1 0 1 0 0 50x1+1+3 +0+0 0 0 1 'Update Expression ' 'Update expression' update
  203. -i 1 0 0 1 0 50x1+1+4 +0+0 0 0 1 '   Test Condition    ' 'Test condition' test
  204. -b +0+6 'Control Path Connections:'
  205. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+7 +0+0 ' ' 'Initial input' 'Initial input file' i_in
  206. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +0+0 ' ' '   Loop input ' 'Loop input file' i_lp
  207. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Exit output' 'Exit output file' o_ex
  208. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+10 +0+0 ' ' '   Loop output' 'Loop output file' o_lp
  209. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for while_loop' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/while_loop/help
  210. -E
  211. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'If-Then-Else Control Structure' if_else
  212. -i 1 0 0 1 0 50x1+1+2 +0+0 0 0 1 'If Conditional Expression' 'Boolean expression' cond
  213. -b +0+4 'Control Path Connections:'
  214. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+5 +3+0 ' ' 'Input ' 'input_file' i
  215. -b +1+6 'Then (TRUE)'
  216. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+7 +3+0 ' ' 'Output' 'TRUE output file' o1
  217. -b +1+8 'Else (FALSE)'
  218. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Output' 'FALSE output file' o2
  219. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for if_then_else' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/if_else/help
  220. -E
  221. -P 1 1 80x38+22+2 +18+0 'Merge Structure' merge
  222. -b +1+2 'Control Path Connections:'
  223. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+4 +3+0 ' ' 'Input 1' 'input file 1' i1 '/users4/bigtmp/llvs2CAAa03571' '/users4/bigtmp/llvs2CAAa03571'
  224. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+6 +0+0 ' ' 'Input 2' 'input file 2' i2 ' ' ' '
  225. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +3+0 ' ' 'Output ' 'output file' o '/users4/bigtmp/mergeSCAa03571' '/users4/bigtmp/mergeSCAa03571'
  226. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for merge' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/merge/help
  227. -E
  228. -E
  229. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  230. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  231. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  232. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  233. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  234. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  235. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  236. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  237. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  238. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  239. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  240. -g 1 0 18x1+1+13 'ReMerge'
  241. -g 1 0 18x1+1+13 'RegLab'
  242. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  243. -g 1 1 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  244. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  245. -g 1 0 18x1+1+18 'Dynamic Remerge'
  246. -g 1 0 18x1+1+19 'One By Two'
  247. -g 1 0 18x1+1+20 'Threshold Edges'
  248. -g 1 0 18x1+1+21 'Region Label Edges'
  249. -g 1 0 18x1+1+23 'ShowEdges'
  250. -g 1 0 18x1+1+24 'ShowLines'
  251. -g 1 0 18x1+1+26 'intensity'
  252. -g 1 0 18x1+1+28 'VisImages'
  253. -H 1  18x2+1+30 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  254. -Q 1 0 18x2+1+32 'QUIT'
  255. -E
  256. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  257. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  258. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  259. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  260. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  261. -E
  262. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  263. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  264. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  265. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  266. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  267. -E
  268. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  269. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  270. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  271. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  272. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  273. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  274. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  275. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  276. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  277. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  278. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  279. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  280. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  281. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  282. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  283. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  284. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  285. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  286. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  287. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  288. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  289. -E
  290. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  291. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  292. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  293. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  294. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  295. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  296. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  297. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  298. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  299. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  300. -E
  301. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  302. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  303. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  304. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  305. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  306. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  307. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  308. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  309. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  310. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  311. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  312. -E
  313. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  314. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  315. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  316. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  317. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  318. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  319. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  320. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  321. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  322. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  323. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  324. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  325. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  326. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  327. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  328. -E
  329. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  330. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  331. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  332. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  333. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  334. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  335. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  336. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  337. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  338. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  339. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  340. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  341. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  342. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  343. -E
  344. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  345. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  346. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  347. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  348. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  349. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  350. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  351. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  352. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  353. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  354. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  355. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  356. -E
  357. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  358. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  359. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  360. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  361. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  362. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  363. -E
  364. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  365. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  366. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  367. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  368. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  369. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  370. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  371. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  372. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  373. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  374. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  375. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  376. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  377. -E
  378. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  379. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  380. -E
  381. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  382. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  383. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg
  384. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector
  385. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector
  386. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  387. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh
  388. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta
  389. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  390. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  391. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  392. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  393. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  394. -E
  395. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  396. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  397. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  398. -E
  399. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  400. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg
  401. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  402. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  403. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  404. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  405. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  406. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  407. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  408. -E
  409. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  410. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  411. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg
  412. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  413. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  414. -E
  415. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  416. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  417. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  418. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  419. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  420. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  421. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  422. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  423. -E
  424. -P 1 1 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  425. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1 '/users4/bigtmp/remerHBAa03571' '/users4/bigtmp/remerHBAa03571'
  426. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2 '/users4/bigtmp/remerTBAa03571' '/users4/bigtmp/remerTBAa03571'
  427. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3 '/users4/bigtmp/remerFCAa03571' '/users4/bigtmp/remerFCAa03571'
  428. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg '/users4/bigtmp/threeTCAa03571' '/users4/bigtmp/threeTCAa03571'
  429. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  430. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  431. -E
  432. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  433. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  434. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  435. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  436. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  437. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  438. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  439. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  440. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  441. -E
  442. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  443. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  444. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  445. -E
  446. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Joey Griffith"s Dynamic Remerge' dyremerge
  447. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+1 +0+0 ' ' 'Intensity Image' 'Intensity Image' intensity
  448. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Red Image' 'Red Image' red
  449. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Green Image' 'Green Image' green
  450. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Blue Image' 'Blue Image' blue
  451. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Label Image' 'resulting label image' labels
  452. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 2 2 50 'Target Size' 'Target size' target
  453. -f 1 0 0 1 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 1 'Threshold' 'Threshold' thresh
  454. -R 1 0 1 13x2+1+12 'Execute' 'do operation' dyremerge
  455. -H 1  13x2+39+12 'HELP' 'documentation for dyremerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/dyremerge
  456. -E
  457. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'One By Two Edge Detector' onebytwo
  458. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' image
  459. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Horizontal Output Image' 'Horizontal Output Image' horiz
  460. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Vertical Output Image' 'Vertical Output Image' vert
  461. -l 1 0 0 1 0 50x1+2+6 +0+0 1 'Absolute Value' 'False' 'True' 'Absolute Value' absolute
  462. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' onebytwo
  463. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for onebytwo' KHOROS_HOME/doc/cantata/subforms/UMass/onebytwo
  464. -E
  465. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Threshold Edges' threshedg
  466. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Red Edge Image ' 'Red Edge Image ' red
  467. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Green Edge Image ' 'Green Edge Image ' green
  468. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Blue Edge Image ' 'Blue Edge Image ' blue
  469. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Edge Image' 'Output Edge Image' edges
  470. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 0 'Threshold' 'Threshold' thresh
  471. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' threshedg
  472. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for threshedg' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/threshedg
  473. -E
  474. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Create a region label plane from a pair of edge planes' reglabedg
  475. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Horizontal Edge Image' 'Horizontal Edge Image' horiz
  476. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Vertical Edge Image' 'Vertical Edge Image' vert
  477. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Output Label Image' 'Output Label Image' labels
  478. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 1 1 0 'Threshold' 'Edge threshold' thresh
  479. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 0 'Unlabeled value' 'Unlabeled value' unlabeled
  480. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Minimin Label' 'Minimum Label' minlabel
  481. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 'Eraser' 'False' 'True' 'Eraser' eraser
  482. -R 1 0 4 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' reglabedg
  483. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for reglabedg' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/reglabedg
  484. -E
  485. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  486. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  487. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  488. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  489. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  490. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  491. -E
  492. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  493. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  494. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  495. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  496. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  497. -E
  498. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  499. -b +18+1 'Intensity from color'
  500. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  501. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  502. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  503. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  504. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  505. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  506. -E
  507. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  508. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  509. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  510. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  511. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  512. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  513. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  514. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  515. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  516. -E
  517. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  518. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  519. -E
  520. -E
  521. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  522. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  523. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  524. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  525. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  526. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  527. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  528. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  529. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  530. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  531. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  532. -g 1 0 18x1+1+13 'ReMerge'
  533. -g 1 1 18x1+1+13 'RegLab'
  534. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  535. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  536. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  537. -g 1 0 18x1+1+18 'Dynamic Remerge'
  538. -g 1 0 18x1+1+19 'One By Two'
  539. -g 1 0 18x1+1+20 'Threshold Edges'
  540. -g 1 0 18x1+1+21 'Region Label Edges'
  541. -g 1 0 18x1+1+23 'ShowEdges'
  542. -g 1 0 18x1+1+24 'ShowLines'
  543. -g 1 0 18x1+1+26 'intensity'
  544. -g 1 0 18x1+1+28 'VisImages'
  545. -H 1  18x2+1+30 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  546. -Q 1 0 18x2+1+32 'QUIT'
  547. -E
  548. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  549. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  550. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  551. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  552. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  553. -E
  554. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  555. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  556. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  557. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  558. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  559. -E
  560. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  561. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  562. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  563. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  564. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  565. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  566. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  567. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  568. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  569. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  570. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  571. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  572. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  573. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  574. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  575. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  576. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  577. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  578. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  579. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  580. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  581. -E
  582. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  583. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  584. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  585. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  586. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  587. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  588. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  589. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  590. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  591. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  592. -E
  593. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  594. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  595. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  596. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  597. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  598. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  599. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  600. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  601. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  602. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  603. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  604. -E
  605. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  606. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  607. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  608. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  609. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  610. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  611. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  612. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  613. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  614. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  615. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  616. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  617. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  618. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  619. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  620. -E
  621. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  622. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  623. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  624. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  625. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  626. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  627. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  628. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  629. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  630. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  631. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  632. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  633. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  634. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  635. -E
  636. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  637. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  638. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  639. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  640. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  641. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  642. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  643. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  644. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  645. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  646. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  647. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  648. -E
  649. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  650. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  651. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  652. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  653. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  654. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  655. -E
  656. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  657. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  658. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  659. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  660. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  661. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  662. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  663. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  664. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  665. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  666. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  667. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  668. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  669. -E
  670. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  671. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  672. -E
  673. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  674. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  675. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg
  676. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector
  677. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector
  678. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  679. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh
  680. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta
  681. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  682. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  683. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  684. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  685. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  686. -E
  687. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  688. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  689. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  690. -E
  691. -P 1 1 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  692. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg '/users4/bigtmp/regsuVCAa03571' '/users4/bigtmp/regsuVCAa03571'
  693. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  694. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  695. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  696. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  697. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  698. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  699. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  700. -E
  701. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  702. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  703. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg '/users4/bigtmp/reglaUCAa03571' '/users4/bigtmp/reglaUCAa03571'
  704. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  705. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  706. -E
  707. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  708. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  709. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  710. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  711. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  712. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  713. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  714. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  715. -E
  716. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  717. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  718. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  719. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  720. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  721. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  722. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  723. -E
  724. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  725. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  726. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  727. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  728. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  729. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  730. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  731. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  732. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  733. -E
  734. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  735. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  736. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  737. -E
  738. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Joey Griffith"s Dynamic Remerge' dyremerge
  739. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+1 +0+0 ' ' 'Intensity Image' 'Intensity Image' intensity
  740. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Red Image' 'Red Image' red
  741. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Green Image' 'Green Image' green
  742. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Blue Image' 'Blue Image' blue
  743. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Label Image' 'resulting label image' labels
  744. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 2 2 50 'Target Size' 'Target size' target
  745. -f 1 0 0 1 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 1 'Threshold' 'Threshold' thresh
  746. -R 1 0 1 13x2+1+12 'Execute' 'do operation' dyremerge
  747. -H 1  13x2+39+12 'HELP' 'documentation for dyremerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/dyremerge
  748. -E
  749. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'One By Two Edge Detector' onebytwo
  750. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' image
  751. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Horizontal Output Image' 'Horizontal Output Image' horiz
  752. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Vertical Output Image' 'Vertical Output Image' vert
  753. -l 1 0 0 1 0 50x1+2+6 +0+0 1 'Absolute Value' 'False' 'True' 'Absolute Value' absolute
  754. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' onebytwo
  755. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for onebytwo' KHOROS_HOME/doc/cantata/subforms/UMass/onebytwo
  756. -E
  757. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Threshold Edges' threshedg
  758. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Red Edge Image ' 'Red Edge Image ' red
  759. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Green Edge Image ' 'Green Edge Image ' green
  760. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Blue Edge Image ' 'Blue Edge Image ' blue
  761. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Edge Image' 'Output Edge Image' edges
  762. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 0 'Threshold' 'Threshold' thresh
  763. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' threshedg
  764. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for threshedg' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/threshedg
  765. -E
  766. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Create a region label plane from a pair of edge planes' reglabedg
  767. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Horizontal Edge Image' 'Horizontal Edge Image' horiz
  768. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Vertical Edge Image' 'Vertical Edge Image' vert
  769. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Output Label Image' 'Output Label Image' labels
  770. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 1 1 0 'Threshold' 'Edge threshold' thresh
  771. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 0 'Unlabeled value' 'Unlabeled value' unlabeled
  772. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Minimin Label' 'Minimum Label' minlabel
  773. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 'Eraser' 'False' 'True' 'Eraser' eraser
  774. -R 1 0 4 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' reglabedg
  775. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for reglabedg' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/reglabedg
  776. -E
  777. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  778. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  779. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  780. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  781. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  782. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  783. -E
  784. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  785. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  786. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  787. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  788. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  789. -E
  790. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  791. -b +18+1 'Intensity from color'
  792. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  793. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  794. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  795. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  796. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  797. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  798. -E
  799. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  800. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  801. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  802. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  803. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  804. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  805. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  806. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  807. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  808. -E
  809. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  810. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  811. -E
  812. -E
  813. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  814. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  815. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  816. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  817. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  818. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  819. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  820. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  821. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  822. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  823. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  824. -g 1 0 18x1+1+13 'ReMerge'
  825. -g 1 0 18x1+1+13 'RegLab'
  826. -g 1 1 18x1+1+14 'RegSupp'
  827. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  828. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  829. -g 1 0 18x1+1+18 'Dynamic Remerge'
  830. -g 1 0 18x1+1+19 'One By Two'
  831. -g 1 0 18x1+1+20 'Threshold Edges'
  832. -g 1 0 18x1+1+21 'Region Label Edges'
  833. -g 1 0 18x1+1+23 'ShowEdges'
  834. -g 1 0 18x1+1+24 'ShowLines'
  835. -g 1 0 18x1+1+26 'intensity'
  836. -g 1 0 18x1+1+28 'VisImages'
  837. -H 1  18x2+1+30 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  838. -Q 1 0 18x2+1+32 'QUIT'
  839. -E
  840. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  841. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  842. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  843. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  844. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  845. -E
  846. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  847. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  848. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  849. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  850. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  851. -E
  852. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  853. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  854. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  855. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  856. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  857. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  858. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  859. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  860. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  861. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  862. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  863. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  864. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  865. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  866. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  867. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  868. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  869. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  870. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  871. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  872. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  873. -E
  874. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  875. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  876. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  877. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  878. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  879. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  880. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  881. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  882. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  883. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  884. -E
  885. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  886. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  887. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  888. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  889. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  890. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  891. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  892. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  893. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  894. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  895. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  896. -E
  897. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  898. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  899. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  900. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  901. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  902. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  903. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  904. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  905. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  906. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  907. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  908. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  909. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  910. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  911. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  912. -E
  913. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  914. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  915. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  916. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  917. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  918. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  919. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  920. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  921. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  922. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  923. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  924. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  925. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  926. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  927. -E
  928. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  929. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  930. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  931. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  932. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  933. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  934. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  935. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  936. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  937. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  938. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  939. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  940. -E
  941. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  942. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  943. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  944. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  945. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  946. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  947. -E
  948. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  949. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  950. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  951. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  952. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  953. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  954. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  955. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  956. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  957. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  958. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  959. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  960. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  961. -E
  962. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  963. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  964. -E
  965. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  966. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  967. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg
  968. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector
  969. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector
  970. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  971. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh
  972. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta
  973. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  974. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  975. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  976. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  977. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  978. -E
  979. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  980. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  981. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  982. -E
  983. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  984. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg
  985. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  986. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  987. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  988. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  989. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  990. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  991. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  992. -E
  993. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  994. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  995. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg
  996. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  997. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  998. -E
  999. -P 1 1 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  1000. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg '/users4/bigtmp/threeTCAa03571' '/users4/bigtmp/threeTCAa03571'
  1001. -I 1 0 1 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg '/users4/bigtmp/mergeRCAa03571' '/users4/bigtmp/mergeRCAa03571'
  1002. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  1003. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  1004. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg '/users4/bigtmp/regsuVCAa03571' '/users4/bigtmp/regsuVCAa03571'
  1005. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  1006. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  1007. -E
  1008. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  1009. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  1010. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  1011. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  1012. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  1013. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  1014. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  1015. -E
  1016. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  1017. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  1018. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  1019. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  1020. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  1021. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  1022. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  1023. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  1024. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  1025. -E
  1026. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  1027. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  1028. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  1029. -E
  1030. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Joey Griffith"s Dynamic Remerge' dyremerge
  1031. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+1 +0+0 ' ' 'Intensity Image' 'Intensity Image' intensity
  1032. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Red Image' 'Red Image' red
  1033. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Green Image' 'Green Image' green
  1034. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Blue Image' 'Blue Image' blue
  1035. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Label Image' 'resulting label image' labels
  1036. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 2 2 50 'Target Size' 'Target size' target
  1037. -f 1 0 0 1 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 1 'Threshold' 'Threshold' thresh
  1038. -R 1 0 1 13x2+1+12 'Execute' 'do operation' dyremerge
  1039. -H 1  13x2+39+12 'HELP' 'documentation for dyremerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/dyremerge
  1040. -E
  1041. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'One By Two Edge Detector' onebytwo
  1042. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' image
  1043. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Horizontal Output Image' 'Horizontal Output Image' horiz
  1044. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Vertical Output Image' 'Vertical Output Image' vert
  1045. -l 1 0 0 1 0 50x1+2+6 +0+0 1 'Absolute Value' 'False' 'True' 'Absolute Value' absolute
  1046. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' onebytwo
  1047. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for onebytwo' KHOROS_HOME/doc/cantata/subforms/UMass/onebytwo
  1048. -E
  1049. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Threshold Edges' threshedg
  1050. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Red Edge Image ' 'Red Edge Image ' red
  1051. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Green Edge Image ' 'Green Edge Image ' green
  1052. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Blue Edge Image ' 'Blue Edge Image ' blue
  1053. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Edge Image' 'Output Edge Image' edges
  1054. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 0 'Threshold' 'Threshold' thresh
  1055. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' threshedg
  1056. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for threshedg' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/threshedg
  1057. -E
  1058. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Create a region label plane from a pair of edge planes' reglabedg
  1059. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Horizontal Edge Image' 'Horizontal Edge Image' horiz
  1060. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Vertical Edge Image' 'Vertical Edge Image' vert
  1061. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Output Label Image' 'Output Label Image' labels
  1062. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 1 1 0 'Threshold' 'Edge threshold' thresh
  1063. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 0 'Unlabeled value' 'Unlabeled value' unlabeled
  1064. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Minimin Label' 'Minimum Label' minlabel
  1065. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 'Eraser' 'False' 'True' 'Eraser' eraser
  1066. -R 1 0 4 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' reglabedg
  1067. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for reglabedg' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/reglabedg
  1068. -E
  1069. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  1070. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  1071. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  1072. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  1073. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  1074. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  1075. -E
  1076. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  1077. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  1078. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  1079. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  1080. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  1081. -E
  1082. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  1083. -b +18+1 'Intensity from color'
  1084. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  1085. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  1086. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  1087. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  1088. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  1089. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  1090. -E
  1091. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  1092. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  1093. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  1094. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  1095. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  1096. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  1097. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  1098. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  1099. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  1100. -E
  1101. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  1102. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  1103. -E
  1104. -E
  1105. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  1106. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  1107. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  1108. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  1109. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  1110. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  1111. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  1112. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  1113. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  1114. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  1115. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  1116. -g 1 0 18x1+1+13 'ReMerge'
  1117. -g 1 1 18x1+1+13 'RegLab'
  1118. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  1119. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  1120. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  1121. -g 1 0 18x1+1+18 'Dynamic Remerge'
  1122. -g 1 0 18x1+1+19 'One By Two'
  1123. -g 1 0 18x1+1+20 'Threshold Edges'
  1124. -g 1 0 18x1+1+21 'Region Label Edges'
  1125. -g 1 0 18x1+1+23 'ShowEdges'
  1126. -g 1 0 18x1+1+24 'ShowLines'
  1127. -g 1 0 18x1+1+26 'intensity'
  1128. -g 1 0 18x1+1+28 'VisImages'
  1129. -H 1  18x2+1+30 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  1130. -Q 1 0 18x2+1+32 'QUIT'
  1131. -E
  1132. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  1133. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  1134. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  1135. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  1136. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  1137. -E
  1138. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  1139. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  1140. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  1141. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  1142. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  1143. -E
  1144. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  1145. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  1146. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  1147. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  1148. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  1149. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  1150. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  1151. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  1152. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  1153. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  1154. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  1155. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  1156. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  1157. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  1158. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  1159. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  1160. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  1161. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  1162. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  1163. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  1164. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  1165. -E
  1166. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  1167. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  1168. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  1169. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  1170. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  1171. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  1172. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  1173. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  1174. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  1175. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  1176. -E
  1177. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  1178. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  1179. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  1180. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  1181. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  1182. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  1183. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  1184. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  1185. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  1186. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  1187. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  1188. -E
  1189. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  1190. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  1191. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  1192. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  1193. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  1194. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  1195. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  1196. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  1197. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  1198. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  1199. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  1200. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  1201. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  1202. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  1203. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  1204. -E
  1205. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  1206. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  1207. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  1208. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  1209. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  1210. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  1211. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  1212. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  1213. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  1214. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  1215. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  1216. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  1217. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  1218. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  1219. -E
  1220. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  1221. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  1222. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  1223. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  1224. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  1225. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  1226. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  1227. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  1228. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  1229. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  1230. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  1231. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  1232. -E
  1233. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  1234. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  1235. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  1236. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  1237. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  1238. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  1239. -E
  1240. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  1241. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  1242. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  1243. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  1244. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  1245. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  1246. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  1247. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  1248. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  1249. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  1250. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  1251. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  1252. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  1253. -E
  1254. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  1255. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  1256. -E
  1257. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  1258. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  1259. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg
  1260. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector
  1261. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector
  1262. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  1263. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh
  1264. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta
  1265. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  1266. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  1267. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  1268. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  1269. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  1270. -E
  1271. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  1272. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  1273. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  1274. -E
  1275. -P 1 1 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  1276. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg '/users4/bigtmp/dyremXCAa03571' '/users4/bigtmp/dyremXCAa03571'
  1277. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  1278. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  1279. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  1280. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  1281. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  1282. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  1283. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  1284. -E
  1285. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  1286. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  1287. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg '/users4/bigtmp/reglaWCAa03571' '/users4/bigtmp/reglaWCAa03571'
  1288. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  1289. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  1290. -E
  1291. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  1292. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  1293. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  1294. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  1295. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  1296. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  1297. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  1298. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  1299. -E
  1300. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  1301. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  1302. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  1303. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  1304. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  1305. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  1306. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  1307. -E
  1308. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  1309. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  1310. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  1311. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  1312. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  1313. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  1314. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  1315. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  1316. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  1317. -E
  1318. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  1319. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  1320. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  1321. -E
  1322. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Joey Griffith"s Dynamic Remerge' dyremerge
  1323. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+1 +0+0 ' ' 'Intensity Image' 'Intensity Image' intensity
  1324. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Red Image' 'Red Image' red
  1325. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Green Image' 'Green Image' green
  1326. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Blue Image' 'Blue Image' blue
  1327. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Label Image' 'resulting label image' labels
  1328. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 2 2 50 'Target Size' 'Target size' target
  1329. -f 1 0 0 1 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 1 'Threshold' 'Threshold' thresh
  1330. -R 1 0 1 13x2+1+12 'Execute' 'do operation' dyremerge
  1331. -H 1  13x2+39+12 'HELP' 'documentation for dyremerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/dyremerge
  1332. -E
  1333. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'One By Two Edge Detector' onebytwo
  1334. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' image
  1335. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Horizontal Output Image' 'Horizontal Output Image' horiz
  1336. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Vertical Output Image' 'Vertical Output Image' vert
  1337. -l 1 0 0 1 0 50x1+2+6 +0+0 1 'Absolute Value' 'False' 'True' 'Absolute Value' absolute
  1338. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' onebytwo
  1339. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for onebytwo' KHOROS_HOME/doc/cantata/subforms/UMass/onebytwo
  1340. -E
  1341. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Threshold Edges' threshedg
  1342. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Red Edge Image ' 'Red Edge Image ' red
  1343. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Green Edge Image ' 'Green Edge Image ' green
  1344. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Blue Edge Image ' 'Blue Edge Image ' blue
  1345. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Edge Image' 'Output Edge Image' edges
  1346. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 0 'Threshold' 'Threshold' thresh
  1347. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' threshedg
  1348. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for threshedg' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/threshedg
  1349. -E
  1350. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Create a region label plane from a pair of edge planes' reglabedg
  1351. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Horizontal Edge Image' 'Horizontal Edge Image' horiz
  1352. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Vertical Edge Image' 'Vertical Edge Image' vert
  1353. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Output Label Image' 'Output Label Image' labels
  1354. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 1 1 0 'Threshold' 'Edge threshold' thresh
  1355. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 0 'Unlabeled value' 'Unlabeled value' unlabeled
  1356. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Minimin Label' 'Minimum Label' minlabel
  1357. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 'Eraser' 'False' 'True' 'Eraser' eraser
  1358. -R 1 0 4 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' reglabedg
  1359. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for reglabedg' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/reglabedg
  1360. -E
  1361. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  1362. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  1363. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  1364. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  1365. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  1366. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  1367. -E
  1368. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  1369. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  1370. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  1371. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  1372. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  1373. -E
  1374. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  1375. -b +18+1 'Intensity from color'
  1376. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  1377. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  1378. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  1379. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  1380. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  1381. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  1382. -E
  1383. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  1384. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  1385. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  1386. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  1387. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  1388. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  1389. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  1390. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  1391. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  1392. -E
  1393. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  1394. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  1395. -E
  1396. -E
  1397. -M 1 0 100x40+10+20 +28+1 'Execute UMass program' UMass
  1398. -P 1 1 80x38+22+2 +9+0 'Joey Griffith"s Dynamic Remerge' dyremerge
  1399. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+1 +0+0 ' ' 'Intensity Image' 'Intensity Image' intensity '/users4/bigtmp/mergePCAa03571' '/users4/bigtmp/mergePCAa03571'
  1400. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Red Image' 'Red Image' red '/users4/bigtmp/mergeRCAa03571' '/users4/bigtmp/mergeRCAa03571'
  1401. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Green Image' 'Green Image' green '/users4/bigtmp/mergeQCAa03571' '/users4/bigtmp/mergeQCAa03571'
  1402. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Blue Image' 'Blue Image' blue '/users4/bigtmp/mergeSCAa03571' '/users4/bigtmp/mergeSCAa03571'
  1403. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Over Segemnted Image' 'Over Segmented Image' overseg '/users4/bigtmp/reglaUCAa03571' '/users4/bigtmp/reglaUCAa03571'
  1404. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 ' ' 'Label Image' 'resulting label image' labels '/users4/bigtmp/dyremXCAa03571' '/users4/bigtmp/dyremXCAa03571'
  1405. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 50 'Target Size' 'Target size' target
  1406. -f 1 0 0 1 0 50x1+2+9 +0+0 1 1 1 'Threshold' 'Threshold' thresh
  1407. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' dyremerge
  1408. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for dyremerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/dyremerge
  1409. -E
  1410. -E
  1411. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  1412. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  1413. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  1414. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  1415. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  1416. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  1417. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  1418. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  1419. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  1420. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  1421. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  1422. -g 1 0 18x1+1+13 'ReMerge'
  1423. -g 1 0 18x1+1+13 'RegLab'
  1424. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  1425. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  1426. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  1427. -g 1 0 18x1+1+18 'Dynamic Remerge'
  1428. -g 1 0 18x1+1+19 'One By Two'
  1429. -g 1 0 18x1+1+20 'Threshold Edges'
  1430. -g 1 0 18x1+1+21 'Region Label Edges'
  1431. -g 1 1 18x1+1+23 'ShowEdges'
  1432. -g 1 0 18x1+1+24 'ShowLines'
  1433. -g 1 0 18x1+1+26 'intensity'
  1434. -g 1 0 18x1+1+28 'VisImages'
  1435. -H 1  18x2+1+30 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  1436. -Q 1 0 18x2+1+32 'QUIT'
  1437. -E
  1438. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  1439. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  1440. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  1441. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  1442. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  1443. -E
  1444. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  1445. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  1446. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  1447. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  1448. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  1449. -E
  1450. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  1451. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  1452. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  1453. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  1454. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  1455. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  1456. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  1457. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  1458. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  1459. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  1460. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  1461. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  1462. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  1463. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  1464. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  1465. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  1466. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  1467. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  1468. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  1469. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  1470. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  1471. -E
  1472. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  1473. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  1474. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  1475. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  1476. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  1477. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  1478. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  1479. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  1480. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  1481. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  1482. -E
  1483. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  1484. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  1485. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  1486. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  1487. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  1488. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  1489. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  1490. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  1491. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  1492. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  1493. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  1494. -E
  1495. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  1496. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  1497. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  1498. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  1499. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  1500. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  1501. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  1502. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  1503. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  1504. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  1505. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  1506. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  1507. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  1508. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  1509. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  1510. -E
  1511. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  1512. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  1513. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  1514. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  1515. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  1516. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  1517. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  1518. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  1519. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  1520. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  1521. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  1522. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  1523. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  1524. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  1525. -E
  1526. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  1527. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  1528. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  1529. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  1530. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  1531. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  1532. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  1533. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  1534. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  1535. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  1536. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  1537. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  1538. -E
  1539. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  1540. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  1541. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  1542. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  1543. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  1544. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  1545. -E
  1546. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  1547. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  1548. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  1549. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  1550. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  1551. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  1552. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  1553. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  1554. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  1555. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  1556. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  1557. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  1558. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  1559. -E
  1560. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  1561. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  1562. -E
  1563. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  1564. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  1565. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg
  1566. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector
  1567. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector
  1568. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  1569. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh
  1570. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta
  1571. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  1572. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  1573. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  1574. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  1575. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  1576. -E
  1577. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  1578. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  1579. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  1580. -E
  1581. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  1582. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg
  1583. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  1584. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  1585. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  1586. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  1587. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  1588. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  1589. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  1590. -E
  1591. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  1592. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  1593. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg
  1594. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  1595. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  1596. -E
  1597. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  1598. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  1599. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  1600. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  1601. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  1602. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  1603. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  1604. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  1605. -E
  1606. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  1607. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  1608. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  1609. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  1610. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  1611. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  1612. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  1613. -E
  1614. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  1615. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  1616. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  1617. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  1618. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  1619. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  1620. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  1621. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  1622. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  1623. -E
  1624. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  1625. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  1626. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  1627. -E
  1628. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Joey Griffith"s Dynamic Remerge' dyremerge
  1629. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+1 +0+0 ' ' 'Intensity Image' 'Intensity Image' intensity
  1630. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Red Image' 'Red Image' red
  1631. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Green Image' 'Green Image' green
  1632. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Blue Image' 'Blue Image' blue
  1633. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Label Image' 'resulting label image' labels
  1634. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 2 2 50 'Target Size' 'Target size' target
  1635. -f 1 0 0 1 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 1 'Threshold' 'Threshold' thresh
  1636. -R 1 0 1 13x2+1+12 'Execute' 'do operation' dyremerge
  1637. -H 1  13x2+39+12 'HELP' 'documentation for dyremerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/dyremerge
  1638. -E
  1639. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'One By Two Edge Detector' onebytwo
  1640. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' image
  1641. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Horizontal Output Image' 'Horizontal Output Image' horiz
  1642. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Vertical Output Image' 'Vertical Output Image' vert
  1643. -l 1 0 0 1 0 50x1+2+6 +0+0 1 'Absolute Value' 'False' 'True' 'Absolute Value' absolute
  1644. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' onebytwo
  1645. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for onebytwo' KHOROS_HOME/doc/cantata/subforms/UMass/onebytwo
  1646. -E
  1647. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Threshold Edges' threshedg
  1648. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Red Edge Image ' 'Red Edge Image ' red
  1649. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Green Edge Image ' 'Green Edge Image ' green
  1650. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Blue Edge Image ' 'Blue Edge Image ' blue
  1651. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Edge Image' 'Output Edge Image' edges
  1652. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 0 'Threshold' 'Threshold' thresh
  1653. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' threshedg
  1654. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for threshedg' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/threshedg
  1655. -E
  1656. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Create a region label plane from a pair of edge planes' reglabedg
  1657. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Horizontal Edge Image' 'Horizontal Edge Image' horiz
  1658. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Vertical Edge Image' 'Vertical Edge Image' vert
  1659. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Output Label Image' 'Output Label Image' labels
  1660. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 1 1 0 'Threshold' 'Edge threshold' thresh
  1661. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 0 'Unlabeled value' 'Unlabeled value' unlabeled
  1662. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Minimin Label' 'Minimum Label' minlabel
  1663. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 'Eraser' 'False' 'True' 'Eraser' eraser
  1664. -R 1 0 4 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' reglabedg
  1665. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for reglabedg' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/reglabedg
  1666. -E
  1667. -P 1 1 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  1668. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg '/users4/bigtmp/reglaWCAa03571' '/users4/bigtmp/reglaWCAa03571'
  1669. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  1670. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  1671. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  1672. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  1673. -E
  1674. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  1675. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  1676. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  1677. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  1678. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  1679. -E
  1680. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  1681. -b +18+1 'Intensity from color'
  1682. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  1683. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  1684. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  1685. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  1686. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  1687. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  1688. -E
  1689. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  1690. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  1691. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  1692. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  1693. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  1694. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  1695. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  1696. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  1697. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  1698. -E
  1699. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  1700. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  1701. -E
  1702. -E
  1703. -E
  1704. #  BeginVariables
  1705.  
  1706.  
  1707.  
  1708. # No variables currently declared. #
  1709.  
  1710. #  EndVariables
  1711. #  BeginEnvironment
  1712. #    Grid 1
  1713. #    GridSize 20
  1714. #    SmallGlyph 0
  1715. #    RubberBand 0
  1716. #    ParallelExec 0
  1717. #    ImageCache 0
  1718. #    Viewport 1
  1719. #    AttachCanvas 1
  1720. #    ShowDav 1
  1721. #    ShowModified 1
  1722. #    EchoRoutine 1
  1723. #    LeaveGlyph 1
  1724. #    DemandDriven 0
  1725. #    ShowClipboard 0
  1726. #    InheritAttributes 1
  1727. #    GlobalVariables 1
  1728. #    AutoPlacement 1
  1729. #    GlyphPlacement 0
  1730. #  EndEnvironment
  1731. # 'nkvh_red' 3 1 'nkvh_red4_procedure' 220+160
  1732. # BeginWorkspace
  1733. -F 4.2 1 1 0x0+0+0 +0+0 'Dummy Form' not_used
  1734. -S 1 0
  1735. -d 1 0 9x2+2+2 'Subform 22'
  1736. -d 1 0 9x2+22+2 'Subform 23'
  1737. -d 1 0 9x2+4+2 'Subform 25'
  1738. -d 1 0 9x2+8+2 'Subform 27'
  1739. -d 1 0 9x2+10+2 'Subform 28'
  1740. -d 1 0 9x2+12+2 'Subform 29'
  1741. -d 1 0 9x2+14+2 'Subform 30'
  1742. -d 1 0 9x2+28+2 'Subform 2'
  1743. -d 1 0 9x2+32+2 'Subform 4'
  1744. -d 1 0 9x2+34+2 'Subform 5'
  1745. -d 1 0 9x2+36+2 'Subform 6'
  1746. -d 1 0 9x2+38+2 'Subform 3'
  1747. -d 1 0 9x2+46+2 'Subform 8'
  1748. -d 1 0 9x2+44+2 'Subform 1'
  1749. -d 1 0 9x2+46+2 'Subform 2'
  1750. -E
  1751. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  1752. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  1753. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  1754. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  1755. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  1756. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  1757. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  1758. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  1759. -g 1 1 18x1+1+10 'GenMu'
  1760. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  1761. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  1762. -g 1 0 18x1+1+13 'ReMerge'
  1763. -g 1 0 18x1+1+13 'RegLab'
  1764. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  1765. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  1766. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  1767. -g 1 0 18x1+1+18 'ShowEdges'
  1768. -g 1 0 18x1+1+19 'ShowLines'
  1769. -g 1 0 18x1+1+21 'intensity'
  1770. -g 1 0 18x1+1+23 'VisImages'
  1771. -H 1  18x2+1+25 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  1772. -Q 1 0 18x2+1+27 'QUIT'
  1773. -E
  1774. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  1775. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  1776. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  1777. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  1778. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  1779. -E
  1780. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  1781. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  1782. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  1783. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  1784. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  1785. -E
  1786. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  1787. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  1788. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  1789. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  1790. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  1791. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  1792. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  1793. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  1794. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  1795. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  1796. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  1797. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  1798. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  1799. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  1800. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  1801. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  1802. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  1803. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  1804. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  1805. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  1806. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  1807. -E
  1808. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  1809. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  1810. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  1811. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  1812. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  1813. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  1814. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  1815. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  1816. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  1817. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  1818. -E
  1819. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  1820. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  1821. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  1822. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  1823. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  1824. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  1825. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  1826. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  1827. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  1828. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  1829. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  1830. -E
  1831. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  1832. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  1833. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  1834. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  1835. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  1836. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  1837. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  1838. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  1839. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  1840. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  1841. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  1842. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  1843. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  1844. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  1845. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  1846. -E
  1847. -P 1 1 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  1848. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg '/users4/bigtmp/varviQBAa03571' '/users4/bigtmp/varviQBAa03571'
  1849. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector 16 'RSector'
  1850. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector 16 'CSector'
  1851. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval 0 'MinVal'
  1852. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval 0 'MaxVal'
  1853. -i 1 1 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin 0 '0'
  1854. -i 1 1 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth 1 '1'
  1855. -i 1 1 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize 3 '3'
  1856. -s 1 1 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0'
  1857. -T 1 1 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound 0
  1858. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  1859. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  1860. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  1861. -E
  1862. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist 15 'MinPeakDistance'
  1863. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp 0 'MinPeakDistanceAddp'
  1864. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight 3 'MinPeakHeight'
  1865. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp 1 'MinPeakHeightAddp'
  1866. -f 1 1 1 1 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr 3 'MinPeakValleyRatio'
  1867. -f 1 1 1 1 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp 1 'MinPeakValleyRatioAddp'
  1868. -i 1 1 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim 5 '5'
  1869. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer 2 'PeakAdditionIterations'
  1870. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg '/users4/bigtmp/genmuFBAa03571' '/users4/bigtmp/genmuFBAa03571'
  1871. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  1872. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  1873. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  1874. -E
  1875. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  1876. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  1877. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  1878. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  1879. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  1880. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  1881. -E
  1882. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  1883. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  1884. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  1885. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  1886. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  1887. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  1888. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  1889. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  1890. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  1891. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  1892. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  1893. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  1894. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  1895. -E
  1896. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  1897. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  1898. -E
  1899. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  1900. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  1901. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg
  1902. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector
  1903. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector
  1904. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  1905. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh
  1906. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta
  1907. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  1908. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  1909. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  1910. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  1911. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  1912. -E
  1913. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  1914. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  1915. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  1916. -E
  1917. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  1918. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg
  1919. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  1920. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  1921. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  1922. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  1923. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  1924. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  1925. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  1926. -E
  1927. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  1928. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  1929. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg
  1930. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  1931. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  1932. -E
  1933. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  1934. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  1935. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  1936. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  1937. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  1938. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  1939. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  1940. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  1941. -E
  1942. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  1943. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  1944. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  1945. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  1946. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  1947. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  1948. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  1949. -E
  1950. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  1951. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  1952. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  1953. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  1954. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  1955. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  1956. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  1957. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  1958. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  1959. -E
  1960. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  1961. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  1962. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  1963. -E
  1964. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  1965. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  1966. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  1967. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  1968. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  1969. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  1970. -E
  1971. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  1972. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  1973. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  1974. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  1975. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  1976. -E
  1977. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  1978. -b +18+1 'Intensity from color'
  1979. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  1980. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  1981. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  1982. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  1983. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  1984. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  1985. -E
  1986. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  1987. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  1988. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  1989. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  1990. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  1991. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  1992. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  1993. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  1994. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  1995. -E
  1996. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  1997. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  1998. -E
  1999. -E
  2000. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  2001. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  2002. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  2003. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  2004. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  2005. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  2006. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  2007. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  2008. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  2009. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  2010. -g 1 1 18x1+1+12 'NK Normalize'
  2011. -g 1 0 18x1+1+13 'ReMerge'
  2012. -g 1 0 18x1+1+13 'RegLab'
  2013. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  2014. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  2015. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  2016. -g 1 0 18x1+1+18 'ShowEdges'
  2017. -g 1 0 18x1+1+19 'ShowLines'
  2018. -g 1 0 18x1+1+21 'intensity'
  2019. -g 1 0 18x1+1+23 'VisImages'
  2020. -H 1  18x2+1+25 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  2021. -Q 1 0 18x2+1+27 'QUIT'
  2022. -E
  2023. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  2024. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  2025. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  2026. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  2027. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  2028. -E
  2029. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  2030. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  2031. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  2032. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  2033. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  2034. -E
  2035. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  2036. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  2037. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  2038. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  2039. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  2040. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  2041. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  2042. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  2043. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  2044. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  2045. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  2046. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  2047. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  2048. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  2049. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  2050. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  2051. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  2052. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  2053. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  2054. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  2055. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  2056. -E
  2057. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  2058. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  2059. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  2060. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  2061. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  2062. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  2063. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  2064. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  2065. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  2066. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  2067. -E
  2068. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  2069. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  2070. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  2071. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  2072. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  2073. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  2074. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  2075. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  2076. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  2077. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  2078. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  2079. -E
  2080. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  2081. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  2082. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  2083. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  2084. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  2085. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  2086. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  2087. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  2088. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  2089. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  2090. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  2091. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  2092. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  2093. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  2094. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  2095. -E
  2096. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  2097. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  2098. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  2099. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  2100. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  2101. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  2102. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  2103. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  2104. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  2105. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  2106. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  2107. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  2108. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  2109. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  2110. -E
  2111. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  2112. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  2113. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  2114. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  2115. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  2116. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  2117. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  2118. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  2119. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  2120. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  2121. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  2122. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  2123. -E
  2124. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  2125. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  2126. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  2127. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  2128. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  2129. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  2130. -E
  2131. -P 1 1 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  2132. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  2133. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  2134. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg '/users4/bigtmp/mergeOBAa03571' '/users4/bigtmp/mergeOBAa03571'
  2135. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  2136. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  2137. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper 89 'ScalingMaxval'
  2138. -T 1 1 1 1 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype 1
  2139. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x 0
  2140. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  2141. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  2142. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  2143. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x 0
  2144. -E
  2145. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg '/users4/bigtmp/nknorGBAa03571' '/users4/bigtmp/nknorGBAa03571'
  2146. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  2147. -E
  2148. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  2149. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  2150. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg
  2151. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector
  2152. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector
  2153. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  2154. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh
  2155. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta
  2156. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  2157. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  2158. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  2159. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  2160. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  2161. -E
  2162. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  2163. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  2164. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  2165. -E
  2166. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  2167. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg
  2168. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  2169. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  2170. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  2171. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  2172. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  2173. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  2174. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  2175. -E
  2176. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  2177. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  2178. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg
  2179. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  2180. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  2181. -E
  2182. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  2183. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  2184. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  2185. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  2186. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  2187. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  2188. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  2189. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  2190. -E
  2191. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  2192. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  2193. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  2194. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  2195. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  2196. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  2197. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  2198. -E
  2199. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  2200. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  2201. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  2202. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  2203. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  2204. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  2205. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  2206. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  2207. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  2208. -E
  2209. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  2210. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  2211. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  2212. -E
  2213. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  2214. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  2215. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  2216. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  2217. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  2218. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  2219. -E
  2220. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  2221. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  2222. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  2223. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  2224. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  2225. -E
  2226. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  2227. -b +18+1 'Intensity from color'
  2228. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  2229. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  2230. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  2231. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  2232. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  2233. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  2234. -E
  2235. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  2236. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  2237. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  2238. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  2239. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  2240. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  2241. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  2242. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  2243. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  2244. -E
  2245. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  2246. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  2247. -E
  2248. -E
  2249. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  2250. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  2251. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  2252. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  2253. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  2254. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  2255. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  2256. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  2257. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  2258. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  2259. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  2260. -g 1 1 18x1+1+13 'ReMerge'
  2261. -g 1 0 18x1+1+13 'RegLab'
  2262. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  2263. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  2264. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  2265. -g 1 0 18x1+1+18 'ShowEdges'
  2266. -g 1 0 18x1+1+19 'ShowLines'
  2267. -g 1 0 18x1+1+21 'intensity'
  2268. -g 1 0 18x1+1+23 'VisImages'
  2269. -H 1  18x2+1+25 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  2270. -Q 1 0 18x2+1+27 'QUIT'
  2271. -E
  2272. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  2273. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  2274. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  2275. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  2276. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  2277. -E
  2278. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  2279. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  2280. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  2281. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  2282. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  2283. -E
  2284. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  2285. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  2286. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  2287. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  2288. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  2289. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  2290. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  2291. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  2292. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  2293. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  2294. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  2295. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  2296. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  2297. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  2298. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  2299. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  2300. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  2301. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  2302. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  2303. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  2304. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  2305. -E
  2306. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  2307. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  2308. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  2309. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  2310. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  2311. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  2312. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  2313. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  2314. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  2315. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  2316. -E
  2317. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  2318. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  2319. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  2320. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  2321. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  2322. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  2323. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  2324. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  2325. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  2326. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  2327. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  2328. -E
  2329. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  2330. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  2331. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  2332. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  2333. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  2334. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  2335. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  2336. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  2337. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  2338. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  2339. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  2340. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  2341. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  2342. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  2343. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  2344. -E
  2345. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  2346. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  2347. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  2348. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  2349. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  2350. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  2351. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  2352. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  2353. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  2354. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  2355. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  2356. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  2357. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  2358. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  2359. -E
  2360. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  2361. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  2362. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  2363. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  2364. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  2365. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  2366. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  2367. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  2368. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  2369. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  2370. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  2371. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  2372. -E
  2373. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  2374. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  2375. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  2376. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  2377. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  2378. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  2379. -E
  2380. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  2381. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  2382. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  2383. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  2384. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  2385. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  2386. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  2387. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  2388. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  2389. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  2390. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  2391. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  2392. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  2393. -E
  2394. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  2395. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  2396. -E
  2397. -P 1 1 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  2398. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg '/users4/bigtmp/reglaIBAa03571' '/users4/bigtmp/reglaIBAa03571'
  2399. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg '/users4/bigtmp/nknorGBAa03571' '/users4/bigtmp/nknorGBAa03571'
  2400. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector 16 'RSector'
  2401. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector 16 'CSector'
  2402. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  2403. -f 1 1 1 1 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh 1.1 'NormalMergeThreshold'
  2404. -f 1 1 1 1 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta 2.5 'RemergeTheta'
  2405. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  2406. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  2407. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  2408. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  2409. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  2410. -E
  2411. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg '/users4/bigtmp/remerHBAa03571' '/users4/bigtmp/remerHBAa03571'
  2412. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  2413. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  2414. -E
  2415. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  2416. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg
  2417. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  2418. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  2419. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  2420. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  2421. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  2422. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  2423. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  2424. -E
  2425. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  2426. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  2427. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg
  2428. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  2429. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  2430. -E
  2431. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  2432. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  2433. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  2434. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  2435. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  2436. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  2437. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  2438. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  2439. -E
  2440. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  2441. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  2442. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  2443. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  2444. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  2445. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  2446. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  2447. -E
  2448. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  2449. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  2450. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  2451. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  2452. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  2453. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  2454. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  2455. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  2456. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  2457. -E
  2458. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  2459. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  2460. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  2461. -E
  2462. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  2463. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  2464. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  2465. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  2466. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  2467. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  2468. -E
  2469. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  2470. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  2471. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  2472. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  2473. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  2474. -E
  2475. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  2476. -b +18+1 'Intensity from color'
  2477. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  2478. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  2479. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  2480. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  2481. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  2482. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  2483. -E
  2484. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  2485. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  2486. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  2487. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  2488. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  2489. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  2490. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  2491. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  2492. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  2493. -E
  2494. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  2495. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  2496. -E
  2497. -E
  2498. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  2499. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  2500. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  2501. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  2502. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  2503. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  2504. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  2505. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  2506. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  2507. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  2508. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  2509. -g 1 0 18x1+1+13 'ReMerge'
  2510. -g 1 1 18x1+1+13 'RegLab'
  2511. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  2512. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  2513. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  2514. -g 1 0 18x1+1+18 'ShowEdges'
  2515. -g 1 0 18x1+1+19 'ShowLines'
  2516. -g 1 0 18x1+1+21 'intensity'
  2517. -g 1 0 18x1+1+23 'VisImages'
  2518. -H 1  18x2+1+25 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  2519. -Q 1 0 18x2+1+27 'QUIT'
  2520. -E
  2521. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  2522. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  2523. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  2524. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  2525. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  2526. -E
  2527. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  2528. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  2529. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  2530. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  2531. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  2532. -E
  2533. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  2534. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  2535. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  2536. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  2537. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  2538. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  2539. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  2540. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  2541. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  2542. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  2543. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  2544. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  2545. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  2546. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  2547. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  2548. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  2549. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  2550. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  2551. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  2552. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  2553. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  2554. -E
  2555. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  2556. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  2557. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  2558. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  2559. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  2560. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  2561. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  2562. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  2563. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  2564. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  2565. -E
  2566. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  2567. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  2568. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  2569. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  2570. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  2571. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  2572. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  2573. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  2574. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  2575. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  2576. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  2577. -E
  2578. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  2579. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  2580. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  2581. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  2582. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  2583. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  2584. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  2585. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  2586. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  2587. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  2588. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  2589. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  2590. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  2591. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  2592. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  2593. -E
  2594. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  2595. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  2596. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  2597. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  2598. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  2599. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  2600. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  2601. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  2602. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  2603. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  2604. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  2605. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  2606. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  2607. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  2608. -E
  2609. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  2610. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  2611. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  2612. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  2613. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  2614. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  2615. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  2616. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  2617. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  2618. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  2619. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  2620. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  2621. -E
  2622. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  2623. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  2624. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  2625. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  2626. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  2627. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  2628. -E
  2629. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  2630. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  2631. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  2632. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  2633. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  2634. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  2635. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  2636. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  2637. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  2638. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  2639. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  2640. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  2641. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  2642. -E
  2643. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  2644. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  2645. -E
  2646. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  2647. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  2648. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg
  2649. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector
  2650. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector
  2651. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  2652. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh
  2653. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta
  2654. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  2655. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  2656. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  2657. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  2658. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  2659. -E
  2660. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  2661. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  2662. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  2663. -E
  2664. -P 1 1 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  2665. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg '/users4/bigtmp/genmuFBAa03571' '/users4/bigtmp/genmuFBAa03571'
  2666. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  2667. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector 16 'RSector'
  2668. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector 16 'CSector'
  2669. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  2670. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  2671. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  2672. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  2673. -E
  2674. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  2675. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  2676. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg '/users4/bigtmp/reglaIBAa03571' '/users4/bigtmp/reglaIBAa03571'
  2677. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  2678. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  2679. -E
  2680. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  2681. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  2682. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  2683. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  2684. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  2685. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  2686. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  2687. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  2688. -E
  2689. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  2690. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  2691. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  2692. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  2693. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  2694. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  2695. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  2696. -E
  2697. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  2698. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  2699. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  2700. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  2701. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  2702. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  2703. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  2704. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  2705. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  2706. -E
  2707. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  2708. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  2709. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  2710. -E
  2711. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  2712. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  2713. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  2714. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  2715. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  2716. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  2717. -E
  2718. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  2719. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  2720. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  2721. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  2722. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  2723. -E
  2724. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  2725. -b +18+1 'Intensity from color'
  2726. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  2727. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  2728. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  2729. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  2730. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  2731. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  2732. -E
  2733. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  2734. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  2735. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  2736. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  2737. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  2738. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  2739. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  2740. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  2741. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  2742. -E
  2743. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  2744. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  2745. -E
  2746. -E
  2747. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  2748. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  2749. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  2750. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  2751. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  2752. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  2753. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  2754. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  2755. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  2756. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  2757. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  2758. -g 1 0 18x1+1+13 'ReMerge'
  2759. -g 1 0 18x1+1+13 'RegLab'
  2760. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  2761. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  2762. -g 1 1 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  2763. -g 1 0 18x1+1+18 'ShowEdges'
  2764. -g 1 0 18x1+1+19 'ShowLines'
  2765. -g 1 0 18x1+1+21 'intensity'
  2766. -g 1 0 18x1+1+23 'VisImages'
  2767. -H 1  18x2+1+25 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  2768. -Q 1 0 18x2+1+27 'QUIT'
  2769. -E
  2770. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  2771. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  2772. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  2773. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  2774. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  2775. -E
  2776. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  2777. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  2778. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  2779. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  2780. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  2781. -E
  2782. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  2783. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  2784. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  2785. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  2786. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  2787. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  2788. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  2789. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  2790. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  2791. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  2792. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  2793. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  2794. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  2795. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  2796. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  2797. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  2798. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  2799. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  2800. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  2801. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  2802. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  2803. -E
  2804. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  2805. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  2806. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  2807. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  2808. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  2809. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  2810. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  2811. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  2812. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  2813. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  2814. -E
  2815. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  2816. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  2817. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  2818. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  2819. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  2820. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  2821. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  2822. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  2823. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  2824. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  2825. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  2826. -E
  2827. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  2828. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  2829. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  2830. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  2831. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  2832. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  2833. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  2834. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  2835. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  2836. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  2837. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  2838. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  2839. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  2840. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  2841. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  2842. -E
  2843. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  2844. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  2845. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  2846. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  2847. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  2848. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  2849. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  2850. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  2851. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  2852. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  2853. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  2854. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  2855. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  2856. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  2857. -E
  2858. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  2859. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  2860. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  2861. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  2862. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  2863. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  2864. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  2865. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  2866. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  2867. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  2868. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  2869. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  2870. -E
  2871. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  2872. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  2873. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  2874. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  2875. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  2876. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  2877. -E
  2878. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  2879. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  2880. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  2881. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  2882. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  2883. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  2884. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  2885. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  2886. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  2887. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  2888. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  2889. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  2890. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  2891. -E
  2892. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  2893. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  2894. -E
  2895. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  2896. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  2897. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg
  2898. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector
  2899. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector
  2900. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  2901. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh
  2902. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta
  2903. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  2904. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  2905. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  2906. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  2907. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  2908. -E
  2909. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  2910. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  2911. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  2912. -E
  2913. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  2914. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg
  2915. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  2916. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  2917. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  2918. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  2919. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  2920. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  2921. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  2922. -E
  2923. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  2924. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  2925. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg
  2926. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  2927. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  2928. -E
  2929. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  2930. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  2931. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  2932. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  2933. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  2934. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  2935. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  2936. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  2937. -E
  2938. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  2939. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  2940. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  2941. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  2942. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  2943. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  2944. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  2945. -E
  2946. -P 1 1 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  2947. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg '/users4/bigtmp/if_elLBAa03571' '/users4/bigtmp/if_elLBAa03571'
  2948. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations 5 'WeymouthIterations'
  2949. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  2950. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  2951. -T 1 1 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version 2
  2952. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal 1
  2953. -l 1 0 1 1 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified 0
  2954. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  2955. -E
  2956. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg '/users4/bigtmp/weymoJBAa03571' '/users4/bigtmp/weymoJBAa03571'
  2957. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  2958. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  2959. -E
  2960. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  2961. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  2962. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  2963. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  2964. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  2965. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  2966. -E
  2967. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  2968. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  2969. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  2970. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  2971. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  2972. -E
  2973. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  2974. -b +18+1 'Intensity from color'
  2975. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  2976. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  2977. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  2978. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  2979. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  2980. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  2981. -E
  2982. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  2983. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  2984. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  2985. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  2986. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  2987. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  2988. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  2989. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  2990. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  2991. -E
  2992. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  2993. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  2994. -E
  2995. -E
  2996. -M 1 0 100x40+10+20 +31+1 'File Information' info
  2997. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  2998. -g 1 0 18x1+1+1 'VIFF Information'
  2999. -g 1 1 18x1+1+2 'Image (2D) Stats'
  3000. -g 1 0 18x1+1+3 'Signal (1D) Stats'
  3001. -g 1 0 18x1+1+4 '1D Peak Detector'
  3002. -g 1 0 18x1+1+6 'Extract VIFF Data'
  3003. -g 1 0 18x1+1+8 'Print Data'
  3004. -g 1 0 18x1+1+9 'Print Map Data'
  3005. -g 1 0 18x1+1+11 'Edit VIFF Comment'
  3006. -g 1 0 18x1+1+12 'Edit VIFF Header'
  3007. -g 1 0 18x1+1+14 'ASCII File Viewer'
  3008. -H 1  18x2+1+16 'HELP' 'guide help' KHOROS_HOME/doc/cantata/subforms/info/help
  3009. -Q 1 0 18x2+1+18 'QUIT'
  3010. -E
  3011. -P 1 0 80x38+22+2 +8+0 'Information about a VIFF Image File' vfileinfo
  3012. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' i
  3013. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f
  3014. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation ' vfileinfo
  3015. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vfileinfo' KHOROS_HOME/doc/manpages/vfileinfo.1
  3016. -E
  3017. -P 1 1 80x38+22+2 +7+0 'Compute Statistics on VIFF File (2-D)' vstats
  3018. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+1 +0+0 ' ' 'Input Image        ' 'input image' i '/users4/bigtmp/nknorGBAa03571' '/users4/bigtmp/nknorGBAa03571'
  3019. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Masking Image   ' 'statistics operation masking image' m ' ' ' '
  3020. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f '/users4/bigtmp/vstatBBAa28013' '/users4/bigtmp/vstatBBAa28013'
  3021. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'VIFF Output File' 'VIFF format output file' o '/users4/bigtmp/vstatVAAa01257' '/users4/bigtmp/vstatVAAa01257'
  3022. -b +3+5 'Select statistics for VIFF output file:  '
  3023. -l 1 1 1 1 0 30x1+5+6 +0+0 1 'Save ALL statistics ' 'False' 'True' 'if yes, all stats saved' all 0
  3024. -b +3+7 'OR Save (selected):'
  3025. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+8 +0+0 0 'mean                ' 'False' 'True' 'if yes, mean is a band of output' mu 0
  3026. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+9 +0+0 0 'variance            ' 'False' 'True' 'if yes, variance is a band of output' var 0
  3027. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+10 +0+0 0 'standard deviation  ' 'False' 'True' 'if yes, std deviation is a band of output' sd 0
  3028. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+11 +0+0 0 'rms                 ' 'False' 'True' 'if yes, rms is a band of output' rms 0
  3029. -l 1 1 1 1 0 30x1+5+12 +0+0 0 'maximum value       ' 'False' 'True' 'if yes, maximum value is a band of output' vmax 1
  3030. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+13 +0+0 0 'x coord of max value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of max value is a band of output' xmax 0
  3031. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+14 +0+0 0 'y coord of max value' 'False' 'True' 'if yes, y coord of max value is a band of output' ymax 0
  3032. -l 1 1 1 1 0 30x1+5+15 +0+0 0 'minimum value       ' 'False' 'True' 'if yes, minimum value is a band of output' vmin 1
  3033. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+16 +0+0 0 'x coord of min value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of min value is a band of output' xmin 0
  3034. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+17 +0+0 0 'y coord of min value' 'False' 'True' 'if yes, y coord of min value is a band of output' ymin 0
  3035. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+18 +0+0 0 'integral            ' 'False' 'True' 'if yes, integral value is a band of output' in 0
  3036. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+19 +0+0 0 'pos part of integral' 'False' 'True' 'if yes, pos part of integral is a band of output' pin 0
  3037. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+20 +0+0 0 'neg part of integral' 'False' 'True' 'if yes, neg part of integral is a band of output' nin 0
  3038. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+21 +0+0 0 'num contributing pts' 'False' 'True' 'if yes, num contributing pts is a band of output' pts 0
  3039. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+22 +0+0 0 'num positive points ' 'False' 'True' 'if yes, num positive pts is a band of output' ppts 0
  3040. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+23 +0+0 0 'num negative points ' 'False' 'True' 'if yes, num negative pts is a band of output' npts 0
  3041. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+24 +0+0 0 'skewness            ' 'False' 'True' 'if yes, skewness is a band of output' sk 0
  3042. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+25 +0+0 0 'kurtosis            ' 'False' 'True' 'if yes, kurtosis is a band of output' kur 0
  3043. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+26 +0+0 0 'entropy             ' 'False' 'True' 'if yes, entropy is a band of output' ent 0
  3044. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+27 +0+0 0 'contrast            ' 'False' 'True' 'if yes, contrast is a band of output' con 0
  3045. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+29 +0+0 1 'Compute Each Data Band Separately?' 'No ' 'Yes' 'if yes, Compute each data band statistics separately' b
  3046. -R 1 0 1 13x2+1+31 'Execute' 'do operation ' vstats
  3047. -H 1  13x2+39+31 'Help' 'man page for vstats' KHOROS_HOME/doc/manpages/vstats.1
  3048. -E
  3049. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Compute Statistics on VIFF File (1-D)' dstats
  3050. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+1 +0+0 ' ' 'Input VIFF File     ' 'input file' i
  3051. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Masking File     ' 'statistics operation masking file' m
  3052. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output ASCII File' 'output ASCII file' f
  3053. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'VIFF Output File ' 'VIFF format output file' o
  3054. -b +3+5 'Select Statistics for VIFF Output File:  '
  3055. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+6 +0+0 1 'Save ALL statistics ' 'False' 'True' 'if yes, all stats saved' all
  3056. -b +3+7 'OR Save (selected):'
  3057. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+8 +0+0 0 'mean                ' 'False' 'True' 'if yes, mean is a band of output' mu
  3058. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+9 +0+0 0 'variance            ' 'False' 'True' 'if yes, variance is a band of output' var
  3059. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+10 +0+0 0 'standard deviation  ' 'False' 'True' 'if yes, std deviation is a band of output' sd
  3060. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+11 +0+0 0 'rms                 ' 'False' 'True' 'if yes, rms is a band of output' rms
  3061. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+12 +0+0 0 'maximum value       ' 'False' 'True' 'if yes, maximum value is a band of output' vmax
  3062. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+13 +0+0 0 'x coord of max value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of max value is a band of output' xmax
  3063. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+14 +0+0 0 'minimum value       ' 'False' 'True' 'if yes, minimum value is a band of output' vmin
  3064. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+15 +0+0 0 'x coord of min value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of min value is a band of output' xmin
  3065. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+16 +0+0 0 'integral            ' 'False' 'True' 'if yes, integral value is a band of output' in
  3066. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+17 +0+0 0 'pos part of integral' 'False' 'True' 'if yes, pos part of integral is a band of output' pin
  3067. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+18 +0+0 0 'neg part of integral' 'False' 'True' 'if yes, neg part of integral is a band of output' nin
  3068. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+19 +0+0 0 'num contributing pts' 'False' 'True' 'if yes, num contributing pts is a band of output' pts
  3069. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+20 +0+0 0 'num positive points ' 'False' 'True' 'if yes, num positive pts is a band of output' ppts
  3070. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+21 +0+0 0 'num negative points ' 'False' 'True' 'if yes, num negative pts is a band of output' npts
  3071. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+22 +0+0 0 'skewness            ' 'False' 'True' 'if yes, skewness is a band of output' sk
  3072. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+23 +0+0 0 'kurtosis            ' 'False' 'True' 'if yes, kurtosis is a band of output' kur
  3073. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+24 +0+0 0 'entropy             ' 'False' 'True' 'if yes, entropy is a band of output' ent
  3074. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+25 +0+0 0 'contrast            ' 'False' 'True' 'if yes, contrast is a band of output' con
  3075. -T 1 0 1 1 0 40x1+2+27 +0+0 1 'Data Processing Option (select one):' 'process dir. (0=down vectors, 1=across bands, 2=entire file)' d
  3076. -i 1 0 1 1 0 10x1+3+1 +0+0 0 2 1 'Across Bands' 'Process by Bands' d
  3077. -i 1 0 1 0 0 10x1+3+2 +0+0 0 2 0 'Down Vectors' 'direction of processing (1 = across bands, 0 = down vectors)' d
  3078. -i 1 0 1 0 0 10x1+3+3 +0+0 0 2 2 'Calculate One Stat Set for Entire File' 'Process by Bands' d
  3079. -E
  3080. -R 1 0 1 13x2+1+31 'Execute' 'do operation ' dstats
  3081. -H 1  13x2+39+31 'Help' 'man page for dstats' KHOROS_HOME/doc/manpages/dstats.1
  3082. -E
  3083. -P 1 0 80x40+22+2 +13+0 'Find Peaks or Troughs in Data' dpeakpick
  3084. -I 1 0 0 1 0 1 51x1+1+2 +0+0 ' ' 'Input File          ' 'input file' i ' '
  3085. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f ' '
  3086. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'VIFF Output File' 'VIFF format output file' o ' '
  3087. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+6 +0+0 1    'find peaks or troughs:' 'Troughs' 'Peaks' 'if true, find peaks ' p
  3088. -b +1+8 'Specify Number of Peaks or Troughs to Detect (N):'
  3089. -C 0
  3090. -l 1 0 1 1 0 40x1+4+9 +0+0 1     'Find All               ' 'False' 'True' 'Find all peaks or troughs' all
  3091. -i 1 0 1 0 0 42x1+4+10 +0+0 2 2 1 'Specify Number of Peaks' 'Number of peaks or troughs to find ' n
  3092. -E
  3093. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+12 +0+0 1    'Find ' 'max/min' 'first' 'if FALSE find first n, and if TRUE find max/min n, peaks or troughs' m
  3094. -b +22+12 'N peaks/troughs in sequence.'
  3095. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+13 +0+0 0    'Include Endpoints for P/T Designation' 'False' 'True' 'If TRUE, endpoints will be considered for peak designation' e
  3096. -i 1 0 1 1 0 42x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Window Size              ' 'Num steps on both sides of point on which to base peak decision' w
  3097. -f 1 0 1 0 0 42x1+2+16 +0+0 1 1 0 'Min Height to Width Ratio' 'min that abs value of average slope over window can be' hwr
  3098. -l 1 0 1 1 0 40x1+2+18 +0+0 1 'Data Processing Direction' 'Down Vectors' 'Across Bands' 'data processing direction (0 = down vectors, 1 = across bands)' d 1
  3099. -R 1 0 1 13x2+1+20 'Execute' 'do operation ' dpeakpick
  3100. -H 1   13x2+39+20 'Help' 'man page for dpeakpick' ~KHOROS_HOME/doc/manpages/dpeakpick.1
  3101. -E
  3102. -P 1 0 80x38+22+2 +6+0 'Extract Data for PARSER from a VIFF File' varviff
  3103. -b +0+1 'Connection Filenames:'
  3104. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File' 'input file' i1
  3105. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Gating VIFF File' 'input file that is passed to output unmodified (used to gate operation)' i2
  3106. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Optional Output File' 'connecting file' o
  3107. -b +0+6 'Location of Data in VIFF Structure:'
  3108. -i 1 0 0 1 1 30x1+2+7 +0+0 0 0 0 'X location ' 'x location' x
  3109. -i 1 0 0 1 1 30x1+2+8 +0+0 0 0 0 'Y location ' 'y location' y
  3110. -i 1 0 0 1 1 30x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Band number' 'band number' b
  3111. -s 1 0 0 1 1 47x1+0+11 +0+0 ' ' 'Data Variable Name:' 'variable' v
  3112. -R 1 0 4 13x2+1+13 'Execute' 'Execute operation' varviff
  3113. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'Man page for varviff' KHOROS_HOME/doc/manpages/varviff.1
  3114. -E
  3115. -P 1 0 80x38+22+2 +4+0 'Print (Image or Plot) Data to the Screen File' vprdata
  3116. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' i
  3117. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Output ASCII File' 'output ASCII file' f
  3118. -l 1 0 1 1 0 50x1+2+7 +0+0 1 'Print Data Format:' 'Column Form' 'Matrix Form' 'if yes (default) print data as matrix, if no then column' m
  3119. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' vprdata
  3120. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vprdata' KHOROS_HOME/doc/manpages/vprdata.1
  3121. -E
  3122. -P 1 0 80x38+22+2 +15+0 'Print the Colormap Values' vprmap
  3123. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image  ' 'input image filename' i
  3124. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f
  3125. -l 1 0 1 1 0 50x1+2+7 +0+0 1 'Print Values Format:' 'Column Form' 'Matrix Form' 'default: print data as matrix' m
  3126. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation ' vprmap
  3127. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vprmap' KHOROS_HOME/doc/manpages/vprmap.1
  3128. -E
  3129. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Change the Comment Field on a VIFF Image File' vcomment
  3130. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'input image' i
  3131. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' xterm -e vcomment
  3132. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vcomment' KHOROS_HOME/doc/manpages/vcomment.1
  3133. -E
  3134. -P 1 0 80x38+22+2 +17+0 'Edit VIFF Header' vheaded
  3135. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input image ' 'Input image' i
  3136. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output image' 'output image' o
  3137. -l 1 0 1 1 0 50x1+2+5 +0+0 0 'Edit dangerous fields' 'No' 'Yes' 'edit dangerous fields' danger
  3138. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'execute operation' xterm -e vheaded
  3139. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vheaded' KHOROS_HOME/doc/manpages/vheaded.1
  3140. -E
  3141. -P 1 0 80x38+22+2 +17+0 'View an ASCII File' xvviewer
  3142. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Filename' 'filename to view' i
  3143. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation ' xvviewer
  3144. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for xvviewer' KHOROS_HOME/doc/manpages/xvviewer.1
  3145. -E
  3146. -E
  3147. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Standard Control Structures' control
  3148. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  3149. -g 1 0 18x1+1+2 'Count-Loop'
  3150. -g 1 0 18x1+1+3 'While-Loop'
  3151. -g 1 0 18x1+1+5 'If-Then-Else'
  3152. -g 1 1 18x1+1+6 'Merge'
  3153. -H 1  18x2+1+11 'HELP' 'guide help' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/help/Overview
  3154. -Q 1 0 18x2+1+13 'QUIT'
  3155. -E
  3156. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'Counting-Loop Control Structure' count_loop
  3157. -b +0+1 'Counting-Loop Parameters:'
  3158. -s 1 0 0 1 0 40x1+1+2 +0+0 ' ' 'Loop Control Variable' 'loop control variable' lcv
  3159. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+3 +0+0 0 0 1 'Initial Value     ' 'initial value' init
  3160. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+4 +0+0 0 0 1 'Increment Value   ' 'increment value' incr
  3161. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+5 +0+0 0 0 1 'Final Value       ' 'test value' test
  3162. -b +0+6 'Control Path Connections:'
  3163. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+7 +0+0 ' ' 'Initial input' 'Initial input file' i_in
  3164. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +0+0 ' ' '   Loop input ' 'Loop input file' i_lp
  3165. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Exit output' 'Exit output file' o_ex
  3166. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+10 +0+0 ' ' '   Loop output' 'Loop output file' o_lp
  3167. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for count_loop' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/count_loop/help
  3168. -E
  3169. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'While-Loop Control Structure' while_loop
  3170. -b +0+1 'While-Loop Parameters:'
  3171. -i 1 0 1 0 0 50x1+1+2 +0+0 0 0 1 'Initial Expression' 'Initial expression' init
  3172. -i 1 0 1 0 0 50x1+1+3 +0+0 0 0 1 'Update Expression ' 'Update expression' update
  3173. -i 1 0 0 1 0 50x1+1+4 +0+0 0 0 1 '   Test Condition    ' 'Test condition' test
  3174. -b +0+6 'Control Path Connections:'
  3175. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+7 +0+0 ' ' 'Initial input' 'Initial input file' i_in
  3176. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +0+0 ' ' '   Loop input ' 'Loop input file' i_lp
  3177. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Exit output' 'Exit output file' o_ex
  3178. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+10 +0+0 ' ' '   Loop output' 'Loop output file' o_lp
  3179. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for while_loop' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/while_loop/help
  3180. -E
  3181. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'If-Then-Else Control Structure' if_else
  3182. -i 1 0 0 1 0 50x1+1+2 +0+0 0 0 1 'If Conditional Expression' 'Boolean expression' cond
  3183. -b +0+4 'Control Path Connections:'
  3184. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+5 +3+0 ' ' 'Input ' 'input_file' i
  3185. -b +1+6 'Then (TRUE)'
  3186. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+7 +3+0 ' ' 'Output' 'TRUE output file' o1
  3187. -b +1+8 'Else (FALSE)'
  3188. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Output' 'FALSE output file' o2
  3189. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for if_then_else' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/if_else/help
  3190. -E
  3191. -P 1 1 80x38+22+2 +18+0 'Merge Structure' merge
  3192. -b +1+2 'Control Path Connections:'
  3193. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+4 +3+0 ' ' 'Input 1' 'input file 1' i1 '/users4/bigtmp/mergeRCAa03571' '/users4/bigtmp/mergeRCAa03571'
  3194. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+6 +0+0 ' ' 'Input 2' 'input file 2' i2 ' ' ' '
  3195. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +3+0 ' ' 'Output ' 'output file' o '/users4/bigtmp/mergeKBAa03571' '/users4/bigtmp/mergeKBAa03571'
  3196. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for merge' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/merge/help
  3197. -E
  3198. -E
  3199. -M 1 0 80x38+0+0 +5+1 'Enter Comment' comment
  3200. -P 1 1 80x38+0+0 +6+1 'Comment Pane used to comment a cantata workspace' comment
  3201. -s 1 0 0 1 0 22x1+1+3 +0+0 ' comment' 'Glyph  Label' 'Label for cantata glyph' label 'READ 1st' 'READ 1st'
  3202. -b +1+5 'Text area for commenting the cantata workspace'
  3203. -s 1 0 0 1 0 55x10+0+6 +0+0 ' ' ' ' 'first string' comment 'This is the NaginKohler segmentation procedure.\n\nIt has a number of different settings: medium, high, very \nhigh, low, and very low - see the comment boxes labeled\nmedium, high, very high, low, and very low.\n\n' 'This is the NaginKohler segmentation procedure.\n\nIt has a number of different settings: medium, high, very \nhigh, low, and very low - see the comment boxes labeled\nmedium, high, very high, low, and very low.\n\n'
  3204. -Q 1 0 13x2+2+15 'QUIT'
  3205. -H 1  13x2+42+15 'Help' 'man page for workspace management' KHOROS_HOME/doc/cantata/edit/comment/help
  3206. -E
  3207. -E
  3208. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Standard Control Structures' control
  3209. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  3210. -g 1 0 18x1+1+2 'Count-Loop'
  3211. -g 1 0 18x1+1+3 'While-Loop'
  3212. -g 1 1 18x1+1+5 'If-Then-Else'
  3213. -g 1 0 18x1+1+6 'Merge'
  3214. -H 1  18x2+1+11 'HELP' 'guide help' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/help/Overview
  3215. -Q 1 0 18x2+1+13 'QUIT'
  3216. -E
  3217. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'Counting-Loop Control Structure' count_loop
  3218. -b +0+1 'Counting-Loop Parameters:'
  3219. -s 1 0 0 1 0 40x1+1+2 +0+0 ' ' 'Loop Control Variable' 'loop control variable' lcv
  3220. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+3 +0+0 0 0 1 'Initial Value     ' 'initial value' init
  3221. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+4 +0+0 0 0 1 'Increment Value   ' 'increment value' incr
  3222. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+5 +0+0 0 0 1 'Final Value       ' 'test value' test
  3223. -b +0+6 'Control Path Connections:'
  3224. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+7 +0+0 ' ' 'Initial input' 'Initial input file' i_in
  3225. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +0+0 ' ' '   Loop input ' 'Loop input file' i_lp
  3226. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Exit output' 'Exit output file' o_ex
  3227. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+10 +0+0 ' ' '   Loop output' 'Loop output file' o_lp
  3228. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for count_loop' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/count_loop/help
  3229. -E
  3230. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'While-Loop Control Structure' while_loop
  3231. -b +0+1 'While-Loop Parameters:'
  3232. -i 1 0 1 0 0 50x1+1+2 +0+0 0 0 1 'Initial Expression' 'Initial expression' init
  3233. -i 1 0 1 0 0 50x1+1+3 +0+0 0 0 1 'Update Expression ' 'Update expression' update
  3234. -i 1 0 0 1 0 50x1+1+4 +0+0 0 0 1 '   Test Condition    ' 'Test condition' test
  3235. -b +0+6 'Control Path Connections:'
  3236. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+7 +0+0 ' ' 'Initial input' 'Initial input file' i_in
  3237. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +0+0 ' ' '   Loop input ' 'Loop input file' i_lp
  3238. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Exit output' 'Exit output file' o_ex
  3239. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+10 +0+0 ' ' '   Loop output' 'Loop output file' o_lp
  3240. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for while_loop' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/while_loop/help
  3241. -E
  3242. -P 1 1 80x38+22+2 +10+0 'If-Then-Else Control Structure' if_else
  3243. -i 1 0 0 1 0 50x1+1+2 +0+0 0 0 1 'If Conditional Expression' 'Boolean expression' cond 1 'EnhancementAlgorithm'
  3244. -b +0+4 'Control Path Connections:'
  3245. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+5 +3+0 ' ' 'Input ' 'input_file' i '/users4/bigtmp/mergeKBAa03571' '/users4/bigtmp/mergeKBAa03571'
  3246. -b +1+6 'Then (TRUE)'
  3247. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+7 +3+0 ' ' 'Output' 'TRUE output file' o1 '/users4/bigtmp/if_elLBAa03571' '/users4/bigtmp/if_elLBAa03571'
  3248. -b +1+8 'Else (FALSE)'
  3249. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Output' 'FALSE output file' o2 '/users4/bigtmp/if_elMBAa03571' '/users4/bigtmp/if_elMBAa03571'
  3250. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for if_then_else' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/if_else/help
  3251. -E
  3252. -P 1 0 80x38+22+2 +18+0 'Merge Structure' merge
  3253. -b +1+2 'Control Path Connections:'
  3254. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+4 +3+0 ' ' 'Input 1' 'input file 1' i1
  3255. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+6 +0+0 ' ' 'Input 2' 'input file 2' i2
  3256. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +3+0 ' ' 'Output ' 'output file' o
  3257. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for merge' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/merge/help
  3258. -E
  3259. -E
  3260. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  3261. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  3262. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  3263. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  3264. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  3265. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  3266. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  3267. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  3268. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  3269. -g 1 1 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  3270. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  3271. -g 1 0 18x1+1+13 'ReMerge'
  3272. -g 1 0 18x1+1+13 'RegLab'
  3273. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  3274. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  3275. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  3276. -g 1 0 18x1+1+18 'ShowEdges'
  3277. -g 1 0 18x1+1+19 'ShowLines'
  3278. -g 1 0 18x1+1+21 'intensity'
  3279. -g 1 0 18x1+1+23 'VisImages'
  3280. -H 1  18x2+1+25 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  3281. -Q 1 0 18x2+1+27 'QUIT'
  3282. -E
  3283. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  3284. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  3285. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  3286. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  3287. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  3288. -E
  3289. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  3290. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  3291. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  3292. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  3293. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  3294. -E
  3295. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  3296. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  3297. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  3298. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  3299. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  3300. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  3301. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  3302. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  3303. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  3304. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  3305. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  3306. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  3307. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  3308. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  3309. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  3310. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  3311. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  3312. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  3313. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  3314. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  3315. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  3316. -E
  3317. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  3318. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  3319. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  3320. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  3321. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  3322. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  3323. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  3324. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  3325. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  3326. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  3327. -E
  3328. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  3329. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  3330. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  3331. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  3332. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  3333. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  3334. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  3335. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  3336. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  3337. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  3338. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  3339. -E
  3340. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  3341. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  3342. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  3343. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  3344. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  3345. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  3346. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  3347. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  3348. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  3349. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  3350. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  3351. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  3352. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  3353. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  3354. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  3355. -E
  3356. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  3357. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  3358. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  3359. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  3360. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  3361. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  3362. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  3363. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  3364. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  3365. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  3366. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  3367. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  3368. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  3369. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  3370. -E
  3371. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  3372. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  3373. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  3374. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  3375. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  3376. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  3377. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  3378. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  3379. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  3380. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  3381. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  3382. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  3383. -E
  3384. -P 1 1 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  3385. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg '/users4/bigtmp/if_elMBAa03571' '/users4/bigtmp/if_elMBAa03571'
  3386. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations 1 'NagaoIterations'
  3387. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg '/users4/bigtmp/nagaoNBAa03571' '/users4/bigtmp/nagaoNBAa03571'
  3388. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  3389. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  3390. -E
  3391. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  3392. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  3393. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  3394. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  3395. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  3396. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  3397. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  3398. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  3399. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  3400. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  3401. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  3402. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  3403. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  3404. -E
  3405. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  3406. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  3407. -E
  3408. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  3409. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  3410. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg
  3411. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector
  3412. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector
  3413. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  3414. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh
  3415. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta
  3416. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  3417. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  3418. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  3419. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  3420. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  3421. -E
  3422. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  3423. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  3424. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  3425. -E
  3426. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  3427. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg
  3428. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  3429. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  3430. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  3431. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  3432. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  3433. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  3434. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  3435. -E
  3436. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  3437. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  3438. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg
  3439. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  3440. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  3441. -E
  3442. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  3443. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  3444. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  3445. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  3446. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  3447. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  3448. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  3449. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  3450. -E
  3451. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  3452. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  3453. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  3454. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  3455. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  3456. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  3457. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  3458. -E
  3459. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  3460. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  3461. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  3462. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  3463. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  3464. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  3465. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  3466. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  3467. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  3468. -E
  3469. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  3470. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  3471. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  3472. -E
  3473. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  3474. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  3475. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  3476. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  3477. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  3478. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  3479. -E
  3480. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  3481. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  3482. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  3483. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  3484. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  3485. -E
  3486. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  3487. -b +18+1 'Intensity from color'
  3488. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  3489. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  3490. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  3491. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  3492. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  3493. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  3494. -E
  3495. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  3496. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  3497. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  3498. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  3499. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  3500. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  3501. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  3502. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  3503. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  3504. -E
  3505. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  3506. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  3507. -E
  3508. -E
  3509. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Standard Control Structures' control
  3510. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  3511. -g 1 0 18x1+1+2 'Count-Loop'
  3512. -g 1 0 18x1+1+3 'While-Loop'
  3513. -g 1 0 18x1+1+5 'If-Then-Else'
  3514. -g 1 1 18x1+1+6 'Merge'
  3515. -H 1  18x2+1+11 'HELP' 'guide help' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/help/Overview
  3516. -Q 1 0 18x2+1+13 'QUIT'
  3517. -E
  3518. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'Counting-Loop Control Structure' count_loop
  3519. -b +0+1 'Counting-Loop Parameters:'
  3520. -s 1 0 0 1 0 40x1+1+2 +0+0 ' ' 'Loop Control Variable' 'loop control variable' lcv
  3521. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+3 +0+0 0 0 1 'Initial Value     ' 'initial value' init
  3522. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+4 +0+0 0 0 1 'Increment Value   ' 'increment value' incr
  3523. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+5 +0+0 0 0 1 'Final Value       ' 'test value' test
  3524. -b +0+6 'Control Path Connections:'
  3525. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+7 +0+0 ' ' 'Initial input' 'Initial input file' i_in
  3526. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +0+0 ' ' '   Loop input ' 'Loop input file' i_lp
  3527. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Exit output' 'Exit output file' o_ex
  3528. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+10 +0+0 ' ' '   Loop output' 'Loop output file' o_lp
  3529. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for count_loop' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/count_loop/help
  3530. -E
  3531. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'While-Loop Control Structure' while_loop
  3532. -b +0+1 'While-Loop Parameters:'
  3533. -i 1 0 1 0 0 50x1+1+2 +0+0 0 0 1 'Initial Expression' 'Initial expression' init
  3534. -i 1 0 1 0 0 50x1+1+3 +0+0 0 0 1 'Update Expression ' 'Update expression' update
  3535. -i 1 0 0 1 0 50x1+1+4 +0+0 0 0 1 '   Test Condition    ' 'Test condition' test
  3536. -b +0+6 'Control Path Connections:'
  3537. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+7 +0+0 ' ' 'Initial input' 'Initial input file' i_in
  3538. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +0+0 ' ' '   Loop input ' 'Loop input file' i_lp
  3539. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Exit output' 'Exit output file' o_ex
  3540. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+10 +0+0 ' ' '   Loop output' 'Loop output file' o_lp
  3541. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for while_loop' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/while_loop/help
  3542. -E
  3543. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'If-Then-Else Control Structure' if_else
  3544. -i 1 0 0 1 0 50x1+1+2 +0+0 0 0 1 'If Conditional Expression' 'Boolean expression' cond
  3545. -b +0+4 'Control Path Connections:'
  3546. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+5 +3+0 ' ' 'Input ' 'input_file' i
  3547. -b +1+6 'Then (TRUE)'
  3548. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+7 +3+0 ' ' 'Output' 'TRUE output file' o1
  3549. -b +1+8 'Else (FALSE)'
  3550. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Output' 'FALSE output file' o2
  3551. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for if_then_else' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/if_else/help
  3552. -E
  3553. -P 1 1 80x38+22+2 +18+0 'Merge Structure' merge
  3554. -b +1+2 'Control Path Connections:'
  3555. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+4 +3+0 ' ' 'Input 1' 'input file 1' i1 '/users4/bigtmp/weymoJBAa03571' '/users4/bigtmp/weymoJBAa03571'
  3556. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+1+6 +0+0 ' ' 'Input 2' 'input file 2' i2 '/users4/bigtmp/nagaoNBAa03571' '/users4/bigtmp/nagaoNBAa03571'
  3557. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +3+0 ' ' 'Output ' 'output file' o '/users4/bigtmp/mergeOBAa03571' '/users4/bigtmp/mergeOBAa03571'
  3558. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for merge' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/merge/help
  3559. -E
  3560. -E
  3561. -M 1 0 80x38+0+0 +5+1 'Enter Comment' comment
  3562. -P 1 1 80x38+0+0 +6+1 'Comment Pane used to comment a cantata workspace' comment
  3563. -s 1 0 0 1 0 22x1+1+3 +0+0 ' comment' 'Glyph  Label' 'Label for cantata glyph' label 'VeryHigh' 'VeryHigh'
  3564. -b +1+5 'Text area for commenting the cantata workspace'
  3565. -s 1 0 0 1 0 55x10+0+6 +0+0 ' ' ' ' 'first string' comment 'RSector =  16\nCSector = 16\nPeakAdditionIterations = 0\nMinPeakDistanceRelative = 2\nMinPeakDistanceRelativeAddp = 2\nMinPeakHeightFactor = 0.3\nMinPeakHeightFactorAddp = 0.3\nMinPeakValleyRatio = 1.0\nMinPeakValleyRatioAddp = 1.0\nNormalMergeThreshold = 1.1\nWeakMergeThreshold = 0.6\nStrongMergeThreshold  = 1.7\n' 'RSector =  16\nCSector = 16\nPeakAdditionIterations = 0\nMinPeakDistanceRelative = 2\nMinPeakDistanceRelativeAddp = 2\nMinPeakHeightFactor = 0.3\nMinPeakHeightFactorAddp = 0.3\nMinPeakValleyRatio = 1.0\nMinPeakValleyRatioAddp = 1.0\nNormalMergeThreshold = 1.1\nWeakMergeThreshold = 0.6\nStrongMergeThreshold  = 1.7\n'
  3566. -Q 1 0 13x2+2+15 'QUIT'
  3567. -H 1  13x2+42+15 'Help' 'man page for workspace management' KHOROS_HOME/doc/cantata/edit/comment/help
  3568. -E
  3569. -E
  3570. -M 1 0 80x38+0+0 +5+1 'Enter Comment' comment
  3571. -P 1 1 80x38+0+0 +6+1 'Comment Pane used to comment a cantata workspace' comment
  3572. -s 1 0 0 1 0 22x1+1+3 +0+0 ' comment' 'Glyph  Label' 'Label for cantata glyph' label 'base def' 'base def'
  3573. -b +1+5 'Text area for commenting the cantata workspace'
  3574. -s 1 0 0 1 0 55x10+0+6 +0+0 ' ' ' ' 'first string' comment 'ScalingMaxval = 89\nNagaoIterations = 1\nWeymouthIterations = 5\nEnhancementAlgorithm = 1\nRemergeTheta = 2.5\n' 'ScalingMaxval = 89\nNagaoIterations = 1\nWeymouthIterations = 5\nEnhancementAlgorithm = 1\nRemergeTheta = 2.5\n'
  3575. -Q 1 0 13x2+2+15 'QUIT'
  3576. -H 1  13x2+42+15 'Help' 'man page for workspace management' KHOROS_HOME/doc/cantata/edit/comment/help
  3577. -E
  3578. -E
  3579. -M 1 0 100x40+10+20 +31+1 'File Information' info
  3580. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  3581. -g 1 0 18x1+1+1 'VIFF Information'
  3582. -g 1 0 18x1+1+2 'Image (2D) Stats'
  3583. -g 1 0 18x1+1+3 'Signal (1D) Stats'
  3584. -g 1 0 18x1+1+4 '1D Peak Detector'
  3585. -g 1 1 18x1+1+6 'Extract VIFF Data'
  3586. -g 1 0 18x1+1+8 'Print Data'
  3587. -g 1 0 18x1+1+9 'Print Map Data'
  3588. -g 1 0 18x1+1+11 'Edit VIFF Comment'
  3589. -g 1 0 18x1+1+12 'Edit VIFF Header'
  3590. -g 1 0 18x1+1+14 'ASCII File Viewer'
  3591. -H 1  18x2+1+16 'HELP' 'guide help' KHOROS_HOME/doc/cantata/subforms/info/help
  3592. -Q 1 0 18x2+1+18 'QUIT'
  3593. -E
  3594. -P 1 0 80x38+22+2 +8+0 'Information about a VIFF Image File' vfileinfo
  3595. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' i
  3596. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f
  3597. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation ' vfileinfo
  3598. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vfileinfo' KHOROS_HOME/doc/manpages/vfileinfo.1
  3599. -E
  3600. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Compute Statistics on VIFF File (2-D)' vstats
  3601. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+1 +0+0 ' ' 'Input Image        ' 'input image' i
  3602. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Masking Image   ' 'statistics operation masking image' m
  3603. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f
  3604. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'VIFF Output File' 'VIFF format output file' o
  3605. -b +3+5 'Select statistics for VIFF output file:  '
  3606. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+6 +0+0 1 'Save ALL statistics ' 'False' 'True' 'if yes, all stats saved' all
  3607. -b +3+7 'OR Save (selected):'
  3608. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+8 +0+0 0 'mean                ' 'False' 'True' 'if yes, mean is a band of output' mu
  3609. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+9 +0+0 0 'variance            ' 'False' 'True' 'if yes, variance is a band of output' var
  3610. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+10 +0+0 0 'standard deviation  ' 'False' 'True' 'if yes, std deviation is a band of output' sd
  3611. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+11 +0+0 0 'rms                 ' 'False' 'True' 'if yes, rms is a band of output' rms
  3612. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+12 +0+0 0 'maximum value       ' 'False' 'True' 'if yes, maximum value is a band of output' vmax
  3613. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+13 +0+0 0 'x coord of max value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of max value is a band of output' xmax
  3614. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+14 +0+0 0 'y coord of max value' 'False' 'True' 'if yes, y coord of max value is a band of output' ymax
  3615. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+15 +0+0 0 'minimum value       ' 'False' 'True' 'if yes, minimum value is a band of output' vmin
  3616. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+16 +0+0 0 'x coord of min value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of min value is a band of output' xmin
  3617. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+17 +0+0 0 'y coord of min value' 'False' 'True' 'if yes, y coord of min value is a band of output' ymin
  3618. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+18 +0+0 0 'integral            ' 'False' 'True' 'if yes, integral value is a band of output' in
  3619. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+19 +0+0 0 'pos part of integral' 'False' 'True' 'if yes, pos part of integral is a band of output' pin
  3620. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+20 +0+0 0 'neg part of integral' 'False' 'True' 'if yes, neg part of integral is a band of output' nin
  3621. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+21 +0+0 0 'num contributing pts' 'False' 'True' 'if yes, num contributing pts is a band of output' pts
  3622. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+22 +0+0 0 'num positive points ' 'False' 'True' 'if yes, num positive pts is a band of output' ppts
  3623. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+23 +0+0 0 'num negative points ' 'False' 'True' 'if yes, num negative pts is a band of output' npts
  3624. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+24 +0+0 0 'skewness            ' 'False' 'True' 'if yes, skewness is a band of output' sk
  3625. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+25 +0+0 0 'kurtosis            ' 'False' 'True' 'if yes, kurtosis is a band of output' kur
  3626. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+26 +0+0 0 'entropy             ' 'False' 'True' 'if yes, entropy is a band of output' ent
  3627. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+27 +0+0 0 'contrast            ' 'False' 'True' 'if yes, contrast is a band of output' con
  3628. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+29 +0+0 1 'Compute Each Data Band Separately?' 'No ' 'Yes' 'if yes, Compute each data band statistics separately' b
  3629. -R 1 0 1 13x2+1+31 'Execute' 'do operation ' vstats
  3630. -H 1  13x2+39+31 'Help' 'man page for vstats' KHOROS_HOME/doc/manpages/vstats.1
  3631. -E
  3632. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Compute Statistics on VIFF File (1-D)' dstats
  3633. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+1 +0+0 ' ' 'Input VIFF File     ' 'input file' i
  3634. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Masking File     ' 'statistics operation masking file' m
  3635. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output ASCII File' 'output ASCII file' f
  3636. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'VIFF Output File ' 'VIFF format output file' o
  3637. -b +3+5 'Select Statistics for VIFF Output File:  '
  3638. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+6 +0+0 1 'Save ALL statistics ' 'False' 'True' 'if yes, all stats saved' all
  3639. -b +3+7 'OR Save (selected):'
  3640. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+8 +0+0 0 'mean                ' 'False' 'True' 'if yes, mean is a band of output' mu
  3641. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+9 +0+0 0 'variance            ' 'False' 'True' 'if yes, variance is a band of output' var
  3642. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+10 +0+0 0 'standard deviation  ' 'False' 'True' 'if yes, std deviation is a band of output' sd
  3643. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+11 +0+0 0 'rms                 ' 'False' 'True' 'if yes, rms is a band of output' rms
  3644. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+12 +0+0 0 'maximum value       ' 'False' 'True' 'if yes, maximum value is a band of output' vmax
  3645. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+13 +0+0 0 'x coord of max value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of max value is a band of output' xmax
  3646. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+14 +0+0 0 'minimum value       ' 'False' 'True' 'if yes, minimum value is a band of output' vmin
  3647. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+15 +0+0 0 'x coord of min value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of min value is a band of output' xmin
  3648. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+16 +0+0 0 'integral            ' 'False' 'True' 'if yes, integral value is a band of output' in
  3649. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+17 +0+0 0 'pos part of integral' 'False' 'True' 'if yes, pos part of integral is a band of output' pin
  3650. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+18 +0+0 0 'neg part of integral' 'False' 'True' 'if yes, neg part of integral is a band of output' nin
  3651. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+19 +0+0 0 'num contributing pts' 'False' 'True' 'if yes, num contributing pts is a band of output' pts
  3652. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+20 +0+0 0 'num positive points ' 'False' 'True' 'if yes, num positive pts is a band of output' ppts
  3653. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+21 +0+0 0 'num negative points ' 'False' 'True' 'if yes, num negative pts is a band of output' npts
  3654. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+22 +0+0 0 'skewness            ' 'False' 'True' 'if yes, skewness is a band of output' sk
  3655. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+23 +0+0 0 'kurtosis            ' 'False' 'True' 'if yes, kurtosis is a band of output' kur
  3656. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+24 +0+0 0 'entropy             ' 'False' 'True' 'if yes, entropy is a band of output' ent
  3657. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+25 +0+0 0 'contrast            ' 'False' 'True' 'if yes, contrast is a band of output' con
  3658. -T 1 0 1 1 0 40x1+2+27 +0+0 1 'Data Processing Option (select one):' 'process dir. (0=down vectors, 1=across bands, 2=entire file)' d
  3659. -i 1 0 1 1 0 10x1+3+1 +0+0 0 2 1 'Across Bands' 'Process by Bands' d
  3660. -i 1 0 1 0 0 10x1+3+2 +0+0 0 2 0 'Down Vectors' 'direction of processing (1 = across bands, 0 = down vectors)' d
  3661. -i 1 0 1 0 0 10x1+3+3 +0+0 0 2 2 'Calculate One Stat Set for Entire File' 'Process by Bands' d
  3662. -E
  3663. -R 1 0 1 13x2+1+31 'Execute' 'do operation ' dstats
  3664. -H 1  13x2+39+31 'Help' 'man page for dstats' KHOROS_HOME/doc/manpages/dstats.1
  3665. -E
  3666. -P 1 0 80x40+22+2 +13+0 'Find Peaks or Troughs in Data' dpeakpick
  3667. -I 1 0 0 1 0 1 51x1+1+2 +0+0 ' ' 'Input File          ' 'input file' i ' '
  3668. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f ' '
  3669. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'VIFF Output File' 'VIFF format output file' o ' '
  3670. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+6 +0+0 1    'find peaks or troughs:' 'Troughs' 'Peaks' 'if true, find peaks ' p
  3671. -b +1+8 'Specify Number of Peaks or Troughs to Detect (N):'
  3672. -C 0
  3673. -l 1 0 1 1 0 40x1+4+9 +0+0 1     'Find All               ' 'False' 'True' 'Find all peaks or troughs' all
  3674. -i 1 0 1 0 0 42x1+4+10 +0+0 2 2 1 'Specify Number of Peaks' 'Number of peaks or troughs to find ' n
  3675. -E
  3676. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+12 +0+0 1    'Find ' 'max/min' 'first' 'if FALSE find first n, and if TRUE find max/min n, peaks or troughs' m
  3677. -b +22+12 'N peaks/troughs in sequence.'
  3678. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+13 +0+0 0    'Include Endpoints for P/T Designation' 'False' 'True' 'If TRUE, endpoints will be considered for peak designation' e
  3679. -i 1 0 1 1 0 42x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Window Size              ' 'Num steps on both sides of point on which to base peak decision' w
  3680. -f 1 0 1 0 0 42x1+2+16 +0+0 1 1 0 'Min Height to Width Ratio' 'min that abs value of average slope over window can be' hwr
  3681. -l 1 0 1 1 0 40x1+2+18 +0+0 1 'Data Processing Direction' 'Down Vectors' 'Across Bands' 'data processing direction (0 = down vectors, 1 = across bands)' d 1
  3682. -R 1 0 1 13x2+1+20 'Execute' 'do operation ' dpeakpick
  3683. -H 1   13x2+39+20 'Help' 'man page for dpeakpick' ~KHOROS_HOME/doc/manpages/dpeakpick.1
  3684. -E
  3685. -P 1 1 80x38+22+2 +6+0 'Extract Data for PARSER from a VIFF File' varviff
  3686. -b +0+1 'Connection Filenames:'
  3687. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File' 'input file' i1 '/users4/bigtmp/vstatVAAa01257' '/users4/bigtmp/vstatVAAa01257'
  3688. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Gating VIFF File' 'input file that is passed to output unmodified (used to gate operation)' i2 '/users4/bigtmp/nknorGBAa03571' '/users4/bigtmp/nknorGBAa03571'
  3689. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Optional Output File' 'connecting file' o '/users4/bigtmp/varviPBAa03571' '/users4/bigtmp/varviPBAa03571'
  3690. -b +0+6 'Location of Data in VIFF Structure:'
  3691. -i 1 0 0 1 1 30x1+2+7 +0+0 0 0 0 'X location ' 'x location' x
  3692. -i 1 0 0 1 1 30x1+2+8 +0+0 0 0 0 'Y location ' 'y location' y
  3693. -i 1 0 0 1 1 30x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Band number' 'band number' b
  3694. -s 1 1 0 1 1 47x1+0+11 +0+0 ' ' 'Data Variable Name:' 'variable' v 'MaxVal' 'MaxVal'
  3695. -R 1 0 4 13x2+1+13 'Execute' 'Execute operation' varviff
  3696. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'Man page for varviff' KHOROS_HOME/doc/manpages/varviff.1
  3697. -E
  3698. -P 1 0 80x38+22+2 +4+0 'Print (Image or Plot) Data to the Screen File' vprdata
  3699. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' i
  3700. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Output ASCII File' 'output ASCII file' f
  3701. -l 1 0 1 1 0 50x1+2+7 +0+0 1 'Print Data Format:' 'Column Form' 'Matrix Form' 'if yes (default) print data as matrix, if no then column' m
  3702. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' vprdata
  3703. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vprdata' KHOROS_HOME/doc/manpages/vprdata.1
  3704. -E
  3705. -P 1 0 80x38+22+2 +15+0 'Print the Colormap Values' vprmap
  3706. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image  ' 'input image filename' i
  3707. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f
  3708. -l 1 0 1 1 0 50x1+2+7 +0+0 1 'Print Values Format:' 'Column Form' 'Matrix Form' 'default: print data as matrix' m
  3709. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation ' vprmap
  3710. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vprmap' KHOROS_HOME/doc/manpages/vprmap.1
  3711. -E
  3712. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Change the Comment Field on a VIFF Image File' vcomment
  3713. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'input image' i
  3714. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' xterm -e vcomment
  3715. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vcomment' KHOROS_HOME/doc/manpages/vcomment.1
  3716. -E
  3717. -P 1 0 80x38+22+2 +17+0 'Edit VIFF Header' vheaded
  3718. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input image ' 'Input image' i
  3719. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output image' 'output image' o
  3720. -l 1 0 1 1 0 50x1+2+5 +0+0 0 'Edit dangerous fields' 'No' 'Yes' 'edit dangerous fields' danger
  3721. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'execute operation' xterm -e vheaded
  3722. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vheaded' KHOROS_HOME/doc/manpages/vheaded.1
  3723. -E
  3724. -P 1 0 80x38+22+2 +17+0 'View an ASCII File' xvviewer
  3725. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Filename' 'filename to view' i
  3726. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation ' xvviewer
  3727. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for xvviewer' KHOROS_HOME/doc/manpages/xvviewer.1
  3728. -E
  3729. -E
  3730. -M 1 0 100x40+10+20 +31+1 'File Information' info
  3731. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  3732. -g 1 0 18x1+1+1 'VIFF Information'
  3733. -g 1 0 18x1+1+2 'Image (2D) Stats'
  3734. -g 1 0 18x1+1+3 'Signal (1D) Stats'
  3735. -g 1 0 18x1+1+4 '1D Peak Detector'
  3736. -g 1 1 18x1+1+6 'Extract VIFF Data'
  3737. -g 1 0 18x1+1+8 'Print Data'
  3738. -g 1 0 18x1+1+9 'Print Map Data'
  3739. -g 1 0 18x1+1+11 'Edit VIFF Comment'
  3740. -g 1 0 18x1+1+12 'Edit VIFF Header'
  3741. -g 1 0 18x1+1+14 'ASCII File Viewer'
  3742. -H 1  18x2+1+16 'HELP' 'guide help' KHOROS_HOME/doc/cantata/subforms/info/help
  3743. -Q 1 0 18x2+1+18 'QUIT'
  3744. -E
  3745. -P 1 0 80x38+22+2 +8+0 'Information about a VIFF Image File' vfileinfo
  3746. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' i
  3747. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f
  3748. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation ' vfileinfo
  3749. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vfileinfo' KHOROS_HOME/doc/manpages/vfileinfo.1
  3750. -E
  3751. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Compute Statistics on VIFF File (2-D)' vstats
  3752. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+1 +0+0 ' ' 'Input Image        ' 'input image' i
  3753. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Masking Image   ' 'statistics operation masking image' m
  3754. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f
  3755. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'VIFF Output File' 'VIFF format output file' o
  3756. -b +3+5 'Select statistics for VIFF output file:  '
  3757. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+6 +0+0 1 'Save ALL statistics ' 'False' 'True' 'if yes, all stats saved' all
  3758. -b +3+7 'OR Save (selected):'
  3759. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+8 +0+0 0 'mean                ' 'False' 'True' 'if yes, mean is a band of output' mu
  3760. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+9 +0+0 0 'variance            ' 'False' 'True' 'if yes, variance is a band of output' var
  3761. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+10 +0+0 0 'standard deviation  ' 'False' 'True' 'if yes, std deviation is a band of output' sd
  3762. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+11 +0+0 0 'rms                 ' 'False' 'True' 'if yes, rms is a band of output' rms
  3763. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+12 +0+0 0 'maximum value       ' 'False' 'True' 'if yes, maximum value is a band of output' vmax
  3764. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+13 +0+0 0 'x coord of max value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of max value is a band of output' xmax
  3765. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+14 +0+0 0 'y coord of max value' 'False' 'True' 'if yes, y coord of max value is a band of output' ymax
  3766. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+15 +0+0 0 'minimum value       ' 'False' 'True' 'if yes, minimum value is a band of output' vmin
  3767. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+16 +0+0 0 'x coord of min value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of min value is a band of output' xmin
  3768. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+17 +0+0 0 'y coord of min value' 'False' 'True' 'if yes, y coord of min value is a band of output' ymin
  3769. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+18 +0+0 0 'integral            ' 'False' 'True' 'if yes, integral value is a band of output' in
  3770. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+19 +0+0 0 'pos part of integral' 'False' 'True' 'if yes, pos part of integral is a band of output' pin
  3771. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+20 +0+0 0 'neg part of integral' 'False' 'True' 'if yes, neg part of integral is a band of output' nin
  3772. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+21 +0+0 0 'num contributing pts' 'False' 'True' 'if yes, num contributing pts is a band of output' pts
  3773. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+22 +0+0 0 'num positive points ' 'False' 'True' 'if yes, num positive pts is a band of output' ppts
  3774. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+23 +0+0 0 'num negative points ' 'False' 'True' 'if yes, num negative pts is a band of output' npts
  3775. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+24 +0+0 0 'skewness            ' 'False' 'True' 'if yes, skewness is a band of output' sk
  3776. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+25 +0+0 0 'kurtosis            ' 'False' 'True' 'if yes, kurtosis is a band of output' kur
  3777. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+26 +0+0 0 'entropy             ' 'False' 'True' 'if yes, entropy is a band of output' ent
  3778. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+27 +0+0 0 'contrast            ' 'False' 'True' 'if yes, contrast is a band of output' con
  3779. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+29 +0+0 1 'Compute Each Data Band Separately?' 'No ' 'Yes' 'if yes, Compute each data band statistics separately' b
  3780. -R 1 0 1 13x2+1+31 'Execute' 'do operation ' vstats
  3781. -H 1  13x2+39+31 'Help' 'man page for vstats' KHOROS_HOME/doc/manpages/vstats.1
  3782. -E
  3783. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Compute Statistics on VIFF File (1-D)' dstats
  3784. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+1 +0+0 ' ' 'Input VIFF File     ' 'input file' i
  3785. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Masking File     ' 'statistics operation masking file' m
  3786. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output ASCII File' 'output ASCII file' f
  3787. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'VIFF Output File ' 'VIFF format output file' o
  3788. -b +3+5 'Select Statistics for VIFF Output File:  '
  3789. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+6 +0+0 1 'Save ALL statistics ' 'False' 'True' 'if yes, all stats saved' all
  3790. -b +3+7 'OR Save (selected):'
  3791. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+8 +0+0 0 'mean                ' 'False' 'True' 'if yes, mean is a band of output' mu
  3792. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+9 +0+0 0 'variance            ' 'False' 'True' 'if yes, variance is a band of output' var
  3793. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+10 +0+0 0 'standard deviation  ' 'False' 'True' 'if yes, std deviation is a band of output' sd
  3794. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+11 +0+0 0 'rms                 ' 'False' 'True' 'if yes, rms is a band of output' rms
  3795. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+12 +0+0 0 'maximum value       ' 'False' 'True' 'if yes, maximum value is a band of output' vmax
  3796. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+13 +0+0 0 'x coord of max value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of max value is a band of output' xmax
  3797. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+14 +0+0 0 'minimum value       ' 'False' 'True' 'if yes, minimum value is a band of output' vmin
  3798. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+15 +0+0 0 'x coord of min value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of min value is a band of output' xmin
  3799. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+16 +0+0 0 'integral            ' 'False' 'True' 'if yes, integral value is a band of output' in
  3800. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+17 +0+0 0 'pos part of integral' 'False' 'True' 'if yes, pos part of integral is a band of output' pin
  3801. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+18 +0+0 0 'neg part of integral' 'False' 'True' 'if yes, neg part of integral is a band of output' nin
  3802. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+19 +0+0 0 'num contributing pts' 'False' 'True' 'if yes, num contributing pts is a band of output' pts
  3803. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+20 +0+0 0 'num positive points ' 'False' 'True' 'if yes, num positive pts is a band of output' ppts
  3804. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+21 +0+0 0 'num negative points ' 'False' 'True' 'if yes, num negative pts is a band of output' npts
  3805. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+22 +0+0 0 'skewness            ' 'False' 'True' 'if yes, skewness is a band of output' sk
  3806. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+23 +0+0 0 'kurtosis            ' 'False' 'True' 'if yes, kurtosis is a band of output' kur
  3807. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+24 +0+0 0 'entropy             ' 'False' 'True' 'if yes, entropy is a band of output' ent
  3808. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+25 +0+0 0 'contrast            ' 'False' 'True' 'if yes, contrast is a band of output' con
  3809. -T 1 0 1 1 0 40x1+2+27 +0+0 1 'Data Processing Option (select one):' 'process dir. (0=down vectors, 1=across bands, 2=entire file)' d
  3810. -i 1 0 1 1 0 10x1+3+1 +0+0 0 2 1 'Across Bands' 'Process by Bands' d
  3811. -i 1 0 1 0 0 10x1+3+2 +0+0 0 2 0 'Down Vectors' 'direction of processing (1 = across bands, 0 = down vectors)' d
  3812. -i 1 0 1 0 0 10x1+3+3 +0+0 0 2 2 'Calculate One Stat Set for Entire File' 'Process by Bands' d
  3813. -E
  3814. -R 1 0 1 13x2+1+31 'Execute' 'do operation ' dstats
  3815. -H 1  13x2+39+31 'Help' 'man page for dstats' KHOROS_HOME/doc/manpages/dstats.1
  3816. -E
  3817. -P 1 0 80x40+22+2 +13+0 'Find Peaks or Troughs in Data' dpeakpick
  3818. -I 1 0 0 1 0 1 51x1+1+2 +0+0 ' ' 'Input File          ' 'input file' i ' '
  3819. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f ' '
  3820. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'VIFF Output File' 'VIFF format output file' o ' '
  3821. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+6 +0+0 1    'find peaks or troughs:' 'Troughs' 'Peaks' 'if true, find peaks ' p
  3822. -b +1+8 'Specify Number of Peaks or Troughs to Detect (N):'
  3823. -C 0
  3824. -l 1 0 1 1 0 40x1+4+9 +0+0 1     'Find All               ' 'False' 'True' 'Find all peaks or troughs' all
  3825. -i 1 0 1 0 0 42x1+4+10 +0+0 2 2 1 'Specify Number of Peaks' 'Number of peaks or troughs to find ' n
  3826. -E
  3827. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+12 +0+0 1    'Find ' 'max/min' 'first' 'if FALSE find first n, and if TRUE find max/min n, peaks or troughs' m
  3828. -b +22+12 'N peaks/troughs in sequence.'
  3829. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+13 +0+0 0    'Include Endpoints for P/T Designation' 'False' 'True' 'If TRUE, endpoints will be considered for peak designation' e
  3830. -i 1 0 1 1 0 42x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Window Size              ' 'Num steps on both sides of point on which to base peak decision' w
  3831. -f 1 0 1 0 0 42x1+2+16 +0+0 1 1 0 'Min Height to Width Ratio' 'min that abs value of average slope over window can be' hwr
  3832. -l 1 0 1 1 0 40x1+2+18 +0+0 1 'Data Processing Direction' 'Down Vectors' 'Across Bands' 'data processing direction (0 = down vectors, 1 = across bands)' d 1
  3833. -R 1 0 1 13x2+1+20 'Execute' 'do operation ' dpeakpick
  3834. -H 1   13x2+39+20 'Help' 'man page for dpeakpick' ~KHOROS_HOME/doc/manpages/dpeakpick.1
  3835. -E
  3836. -P 1 1 80x38+22+2 +6+0 'Extract Data for PARSER from a VIFF File' varviff
  3837. -b +0+1 'Connection Filenames:'
  3838. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File' 'input file' i1 '/users4/bigtmp/vstatVAAa01257' '/users4/bigtmp/vstatVAAa01257'
  3839. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Gating VIFF File' 'input file that is passed to output unmodified (used to gate operation)' i2 '/users4/bigtmp/varviPBAa03571' '/users4/bigtmp/varviPBAa03571'
  3840. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Optional Output File' 'connecting file' o '/users4/bigtmp/varviQBAa03571' '/users4/bigtmp/varviQBAa03571'
  3841. -b +0+6 'Location of Data in VIFF Structure:'
  3842. -i 1 0 0 1 1 30x1+2+7 +0+0 0 0 0 'X location ' 'x location' x
  3843. -i 1 0 0 1 1 30x1+2+8 +0+0 0 0 0 'Y location ' 'y location' y
  3844. -i 1 1 0 1 1 30x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Band number' 'band number' b 1 '1'
  3845. -s 1 1 0 1 1 47x1+0+11 +0+0 ' ' 'Data Variable Name:' 'variable' v 'MinVal' 'MinVal'
  3846. -R 1 0 4 13x2+1+13 'Execute' 'Execute operation' varviff
  3847. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'Man page for varviff' KHOROS_HOME/doc/manpages/varviff.1
  3848. -E
  3849. -P 1 0 80x38+22+2 +4+0 'Print (Image or Plot) Data to the Screen File' vprdata
  3850. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' i
  3851. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Output ASCII File' 'output ASCII file' f
  3852. -l 1 0 1 1 0 50x1+2+7 +0+0 1 'Print Data Format:' 'Column Form' 'Matrix Form' 'if yes (default) print data as matrix, if no then column' m
  3853. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' vprdata
  3854. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vprdata' KHOROS_HOME/doc/manpages/vprdata.1
  3855. -E
  3856. -P 1 0 80x38+22+2 +15+0 'Print the Colormap Values' vprmap
  3857. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image  ' 'input image filename' i
  3858. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f
  3859. -l 1 0 1 1 0 50x1+2+7 +0+0 1 'Print Values Format:' 'Column Form' 'Matrix Form' 'default: print data as matrix' m
  3860. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation ' vprmap
  3861. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vprmap' KHOROS_HOME/doc/manpages/vprmap.1
  3862. -E
  3863. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Change the Comment Field on a VIFF Image File' vcomment
  3864. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'input image' i
  3865. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' xterm -e vcomment
  3866. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vcomment' KHOROS_HOME/doc/manpages/vcomment.1
  3867. -E
  3868. -P 1 0 80x38+22+2 +17+0 'Edit VIFF Header' vheaded
  3869. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input image ' 'Input image' i
  3870. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output image' 'output image' o
  3871. -l 1 0 1 1 0 50x1+2+5 +0+0 0 'Edit dangerous fields' 'No' 'Yes' 'edit dangerous fields' danger
  3872. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'execute operation' xterm -e vheaded
  3873. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vheaded' KHOROS_HOME/doc/manpages/vheaded.1
  3874. -E
  3875. -P 1 0 80x38+22+2 +17+0 'View an ASCII File' xvviewer
  3876. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Filename' 'filename to view' i
  3877. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation ' xvviewer
  3878. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for xvviewer' KHOROS_HOME/doc/manpages/xvviewer.1
  3879. -E
  3880. -E
  3881. -E
  3882. #  BeginVariables
  3883.  
  3884.  
  3885. #
  3886. # list of currently declared variables
  3887. #
  3888.  
  3889. # Simple expression 'NormalMergeThreshold'
  3890. NormalMergeThreshold = 1.1
  3891.  
  3892. # Simple expression 'MinPeakValleyRatioAddp'
  3893. MinPeakValleyRatioAddp = 1
  3894.  
  3895. # Simple expression 'MinPeakValleyRatio'
  3896. MinPeakValleyRatio = 1
  3897.  
  3898. # Simple expression 'PeakAdditionIterations'
  3899. PeakAdditionIterations = 0
  3900.  
  3901. # Simple expression 'ScalingMaxval'
  3902. ScalingMaxval = 89
  3903.  
  3904. # Simple expression 'NagaoIterations'
  3905. NagaoIterations = 1
  3906.  
  3907. # Simple expression 'WeymouthIterations'
  3908. WeymouthIterations = 5
  3909.  
  3910. # Simple expression 'EnhancementAlgorithm'
  3911. EnhancementAlgorithm = 1
  3912.  
  3913. # Simple expression 'RemergeTheta'
  3914. RemergeTheta = 2.5
  3915.  
  3916. # Simple expression 'WeakMergeThreshold'
  3917. WeakMergeThreshold = 0.6
  3918.  
  3919. # Simple expression 'StrongMergeThreshold'
  3920. StrongMergeThreshold = 1.7
  3921.  
  3922. # Simple expression 'MinPeakDistanceRelative'
  3923. MinPeakDistanceRelative = 2
  3924.  
  3925. # Dependant expression 'MinPeakDistance'
  3926. # current evaluated value = 0
  3927.   MinPeakDistance = floor((Range*(MinPeakDistanceRelative/100)))
  3928.  
  3929. # Simple expression 'MinPeakDistanceRelativeAddp'
  3930. MinPeakDistanceRelativeAddp = 2
  3931.  
  3932. # Dependant expression 'MinPeakDistanceAddp'
  3933. # current evaluated value = 0
  3934.   MinPeakDistanceAddp = floor((Range*(MinPeakDistanceRelativeAddp/100)))
  3935.  
  3936. # Simple expression 'MinPeakHeightFactor'
  3937. MinPeakHeightFactor = 0.3
  3938.  
  3939. # Dependant expression 'MinPeakHeight'
  3940. # current evaluated value = 76
  3941.   MinPeakHeight = floor((MinPeakHeightFactor*(SectorFactor/Range)))
  3942.  
  3943. # Simple expression 'CSector'
  3944. CSector = 16
  3945.  
  3946. # Simple expression 'RSector'
  3947. RSector = 16
  3948.  
  3949. # Currently Undefined symbol 'MaxVal'
  3950. MaxVal
  3951.  
  3952. # Currently Undefined symbol 'MinVal'
  3953. MinVal
  3954.  
  3955. # Dependant expression 'Range'
  3956. # current evaluated value = 0
  3957.   Range = abs((MaxVal-MinVal))
  3958.  
  3959. # Dependant expression 'SectorFactor'
  3960. # current evaluated value = 256
  3961.   SectorFactor = (RSector*CSector)
  3962.  
  3963. # Simple expression 'MinPeakHeightFactorAddp'
  3964. MinPeakHeightFactorAddp = 0.3
  3965.  
  3966. # Dependant expression 'MinPeakHeightAddp'
  3967. # current evaluated value = 76
  3968.   MinPeakHeightAddp = floor((MinPeakHeightFactorAddp*(SectorFactor/Range)))
  3969.  
  3970.  
  3971. #  EndVariables
  3972. #  BeginEnvironment
  3973. #    Grid 1
  3974. #    GridSize 20
  3975. #    SmallGlyph 0
  3976. #    RubberBand 0
  3977. #    ParallelExec 1
  3978. #    ImageCache 0
  3979. #    Viewport 1
  3980. #    AttachCanvas 1
  3981. #    ShowDav 0
  3982. #    ShowModified 0
  3983. #    EchoRoutine 1
  3984. #    LeaveGlyph 0
  3985. #    DemandDriven 0
  3986. #    ShowClipboard 0
  3987. #    InheritAttributes 1
  3988. #    GlobalVariables 1
  3989. #    AutoPlacement 1
  3990. #    GlyphPlacement 0
  3991. #  EndEnvironment
  3992. # 'genmu' 2 1 'genmu36_glyph' 620+120
  3993. # 'nknormalize' 2 1 'nknormalize37_glyph' 220+280
  3994. # 'remerge' 2 1 'remerge38_glyph' 820+120
  3995. # 'reglab' 2 1 'reglab39_glyph' 720+120
  3996. # 'weymouth' 2 1 'weymouth40_glyph' 300+0
  3997. # 'vstats' 2 1 'vstats41_glyph' 320+200
  3998. # 'merge' 4 1 'merge5_control' 0+80
  3999. # 'READ 1st' 6 1 'READ 1st10_comment' 0+0
  4000. # 'if_else' 4 1 'if_else6_control' 140+80
  4001. # 'nagao' 2 1 'nagao42_glyph' 300+100
  4002. # 'merge' 4 1 'merge7_control' 400+0
  4003. # 'VeryHigh' 6 1 'VeryHigh11_comment' 0+180
  4004. # 'base def' 6 1 'base def12_comment' 60+0
  4005. # 'varviff' 2 1 'varviff43_glyph' 420+140
  4006. # 'varviff' 2 1 'varviff44_glyph' 520+120
  4007. # EndWorkspace
  4008. # 'nkvh_green' 3 1 'nkvh_green5_procedure' 220+280
  4009. # BeginWorkspace
  4010. -F 4.2 1 1 0x0+0+0 +0+0 'Dummy Form' not_used
  4011. -S 1 0
  4012. -d 1 0 9x2+2+2 'Subform 22'
  4013. -d 1 0 9x2+22+2 'Subform 23'
  4014. -d 1 0 9x2+4+2 'Subform 25'
  4015. -d 1 0 9x2+8+2 'Subform 27'
  4016. -d 1 0 9x2+10+2 'Subform 28'
  4017. -d 1 0 9x2+12+2 'Subform 29'
  4018. -d 1 0 9x2+14+2 'Subform 30'
  4019. -d 1 0 9x2+28+2 'Subform 2'
  4020. -d 1 0 9x2+32+2 'Subform 4'
  4021. -d 1 0 9x2+34+2 'Subform 5'
  4022. -d 1 0 9x2+36+2 'Subform 6'
  4023. -d 1 0 9x2+38+2 'Subform 3'
  4024. -d 1 0 9x2+46+2 'Subform 8'
  4025. -d 1 0 9x2+44+2 'Subform 1'
  4026. -d 1 0 9x2+46+2 'Subform 2'
  4027. -E
  4028. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  4029. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  4030. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  4031. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  4032. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  4033. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  4034. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  4035. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  4036. -g 1 1 18x1+1+10 'GenMu'
  4037. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  4038. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  4039. -g 1 0 18x1+1+13 'ReMerge'
  4040. -g 1 0 18x1+1+13 'RegLab'
  4041. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  4042. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  4043. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  4044. -g 1 0 18x1+1+18 'ShowEdges'
  4045. -g 1 0 18x1+1+19 'ShowLines'
  4046. -g 1 0 18x1+1+21 'intensity'
  4047. -g 1 0 18x1+1+23 'VisImages'
  4048. -H 1  18x2+1+25 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  4049. -Q 1 0 18x2+1+27 'QUIT'
  4050. -E
  4051. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  4052. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  4053. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  4054. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  4055. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  4056. -E
  4057. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  4058. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  4059. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  4060. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  4061. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  4062. -E
  4063. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  4064. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  4065. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  4066. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  4067. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  4068. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  4069. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  4070. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  4071. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  4072. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  4073. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  4074. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  4075. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  4076. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  4077. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  4078. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  4079. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  4080. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  4081. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  4082. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  4083. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  4084. -E
  4085. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  4086. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  4087. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  4088. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  4089. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  4090. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  4091. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  4092. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  4093. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  4094. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  4095. -E
  4096. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  4097. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  4098. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  4099. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  4100. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  4101. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  4102. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  4103. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  4104. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  4105. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  4106. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  4107. -E
  4108. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  4109. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  4110. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  4111. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  4112. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  4113. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  4114. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  4115. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  4116. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  4117. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  4118. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  4119. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  4120. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  4121. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  4122. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  4123. -E
  4124. -P 1 1 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  4125. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg '/users4/bigtmp/varviCCAa03571' '/users4/bigtmp/varviCCAa03571'
  4126. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector 16 'RSector'
  4127. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector 16 'CSector'
  4128. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval 0 'MinVal'
  4129. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval 0 'MaxVal'
  4130. -i 1 1 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin 0 '0'
  4131. -i 1 1 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth 1 '1'
  4132. -i 1 1 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize 3 '3'
  4133. -s 1 1 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0'
  4134. -T 1 1 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound 0
  4135. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  4136. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  4137. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  4138. -E
  4139. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist 15 'MinPeakDistance'
  4140. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp 0 'MinPeakDistanceAddp'
  4141. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight 3 'MinPeakHeight'
  4142. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp 1 'MinPeakHeightAddp'
  4143. -f 1 1 1 1 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr 3 'MinPeakValleyRatio'
  4144. -f 1 1 1 1 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp 1 'MinPeakValleyRatioAddp'
  4145. -i 1 1 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim 5 '5'
  4146. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer 2 'PeakAdditionIterations'
  4147. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg '/users4/bigtmp/genmuRBAa03571' '/users4/bigtmp/genmuRBAa03571'
  4148. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  4149. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  4150. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  4151. -E
  4152. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  4153. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  4154. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  4155. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  4156. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  4157. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  4158. -E
  4159. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  4160. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  4161. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  4162. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  4163. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  4164. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  4165. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  4166. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  4167. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  4168. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  4169. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  4170. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  4171. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  4172. -E
  4173. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  4174. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  4175. -E
  4176. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  4177. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  4178. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg
  4179. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector
  4180. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector
  4181. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  4182. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh
  4183. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta
  4184. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  4185. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  4186. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  4187. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  4188. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  4189. -E
  4190. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  4191. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  4192. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  4193. -E
  4194. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  4195. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg
  4196. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  4197. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  4198. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  4199. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  4200. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  4201. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  4202. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  4203. -E
  4204. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  4205. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  4206. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg
  4207. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  4208. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  4209. -E
  4210. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  4211. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  4212. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  4213. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  4214. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  4215. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  4216. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  4217. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  4218. -E
  4219. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  4220. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  4221. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  4222. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  4223. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  4224. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  4225. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  4226. -E
  4227. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  4228. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  4229. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  4230. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  4231. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  4232. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  4233. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  4234. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  4235. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  4236. -E
  4237. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  4238. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  4239. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  4240. -E
  4241. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  4242. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  4243. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  4244. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  4245. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  4246. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  4247. -E
  4248. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  4249. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  4250. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  4251. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  4252. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  4253. -E
  4254. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  4255. -b +18+1 'Intensity from color'
  4256. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  4257. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  4258. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  4259. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  4260. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  4261. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  4262. -E
  4263. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  4264. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  4265. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  4266. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  4267. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  4268. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  4269. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  4270. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  4271. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  4272. -E
  4273. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  4274. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  4275. -E
  4276. -E
  4277. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  4278. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  4279. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  4280. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  4281. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  4282. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  4283. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  4284. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  4285. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  4286. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  4287. -g 1 1 18x1+1+12 'NK Normalize'
  4288. -g 1 0 18x1+1+13 'ReMerge'
  4289. -g 1 0 18x1+1+13 'RegLab'
  4290. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  4291. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  4292. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  4293. -g 1 0 18x1+1+18 'ShowEdges'
  4294. -g 1 0 18x1+1+19 'ShowLines'
  4295. -g 1 0 18x1+1+21 'intensity'
  4296. -g 1 0 18x1+1+23 'VisImages'
  4297. -H 1  18x2+1+25 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  4298. -Q 1 0 18x2+1+27 'QUIT'
  4299. -E
  4300. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  4301. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  4302. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  4303. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  4304. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  4305. -E
  4306. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  4307. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  4308. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  4309. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  4310. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  4311. -E
  4312. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  4313. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  4314. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  4315. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  4316. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  4317. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  4318. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  4319. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  4320. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  4321. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  4322. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  4323. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  4324. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  4325. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  4326. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  4327. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  4328. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  4329. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  4330. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  4331. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  4332. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  4333. -E
  4334. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  4335. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  4336. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  4337. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  4338. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  4339. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  4340. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  4341. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  4342. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  4343. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  4344. -E
  4345. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  4346. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  4347. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  4348. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  4349. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  4350. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  4351. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  4352. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  4353. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  4354. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  4355. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  4356. -E
  4357. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  4358. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  4359. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  4360. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  4361. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  4362. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  4363. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  4364. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  4365. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  4366. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  4367. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  4368. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  4369. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  4370. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  4371. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  4372. -E
  4373. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  4374. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  4375. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  4376. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  4377. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  4378. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  4379. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  4380. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  4381. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  4382. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  4383. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  4384. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  4385. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  4386. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  4387. -E
  4388. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  4389. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  4390. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  4391. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  4392. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  4393. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  4394. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  4395. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  4396. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  4397. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  4398. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  4399. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  4400. -E
  4401. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  4402. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  4403. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  4404. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  4405. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  4406. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  4407. -E
  4408. -P 1 1 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  4409. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  4410. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  4411. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg '/users4/bigtmp/mergeACAa03571' '/users4/bigtmp/mergeACAa03571'
  4412. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  4413. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  4414. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper 89 'ScalingMaxval'
  4415. -T 1 1 1 1 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype 1
  4416. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x 0
  4417. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  4418. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  4419. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  4420. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x 0
  4421. -E
  4422. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg '/users4/bigtmp/nknorSBAa03571' '/users4/bigtmp/nknorSBAa03571'
  4423. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  4424. -E
  4425. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  4426. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  4427. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg
  4428. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector
  4429. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector
  4430. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  4431. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh
  4432. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta
  4433. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  4434. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  4435. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  4436. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  4437. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  4438. -E
  4439. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  4440. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  4441. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  4442. -E
  4443. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  4444. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg
  4445. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  4446. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  4447. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  4448. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  4449. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  4450. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  4451. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  4452. -E
  4453. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  4454. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  4455. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg
  4456. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  4457. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  4458. -E
  4459. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  4460. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  4461. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  4462. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  4463. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  4464. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  4465. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  4466. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  4467. -E
  4468. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  4469. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  4470. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  4471. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  4472. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  4473. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  4474. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  4475. -E
  4476. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  4477. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  4478. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  4479. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  4480. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  4481. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  4482. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  4483. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  4484. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  4485. -E
  4486. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  4487. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  4488. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  4489. -E
  4490. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  4491. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  4492. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  4493. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  4494. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  4495. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  4496. -E
  4497. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  4498. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  4499. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  4500. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  4501. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  4502. -E
  4503. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  4504. -b +18+1 'Intensity from color'
  4505. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  4506. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  4507. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  4508. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  4509. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  4510. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  4511. -E
  4512. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  4513. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  4514. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  4515. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  4516. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  4517. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  4518. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  4519. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  4520. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  4521. -E
  4522. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  4523. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  4524. -E
  4525. -E
  4526. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  4527. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  4528. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  4529. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  4530. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  4531. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  4532. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  4533. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  4534. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  4535. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  4536. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  4537. -g 1 1 18x1+1+13 'ReMerge'
  4538. -g 1 0 18x1+1+13 'RegLab'
  4539. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  4540. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  4541. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  4542. -g 1 0 18x1+1+18 'ShowEdges'
  4543. -g 1 0 18x1+1+19 'ShowLines'
  4544. -g 1 0 18x1+1+21 'intensity'
  4545. -g 1 0 18x1+1+23 'VisImages'
  4546. -H 1  18x2+1+25 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  4547. -Q 1 0 18x2+1+27 'QUIT'
  4548. -E
  4549. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  4550. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  4551. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  4552. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  4553. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  4554. -E
  4555. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  4556. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  4557. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  4558. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  4559. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  4560. -E
  4561. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  4562. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  4563. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  4564. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  4565. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  4566. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  4567. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  4568. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  4569. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  4570. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  4571. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  4572. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  4573. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  4574. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  4575. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  4576. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  4577. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  4578. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  4579. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  4580. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  4581. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  4582. -E
  4583. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  4584. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  4585. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  4586. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  4587. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  4588. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  4589. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  4590. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  4591. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  4592. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  4593. -E
  4594. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  4595. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  4596. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  4597. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  4598. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  4599. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  4600. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  4601. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  4602. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  4603. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  4604. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  4605. -E
  4606. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  4607. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  4608. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  4609. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  4610. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  4611. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  4612. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  4613. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  4614. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  4615. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  4616. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  4617. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  4618. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  4619. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  4620. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  4621. -E
  4622. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  4623. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  4624. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  4625. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  4626. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  4627. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  4628. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  4629. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  4630. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  4631. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  4632. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  4633. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  4634. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  4635. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  4636. -E
  4637. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  4638. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  4639. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  4640. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  4641. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  4642. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  4643. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  4644. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  4645. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  4646. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  4647. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  4648. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  4649. -E
  4650. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  4651. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  4652. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  4653. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  4654. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  4655. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  4656. -E
  4657. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  4658. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  4659. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  4660. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  4661. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  4662. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  4663. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  4664. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  4665. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  4666. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  4667. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  4668. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  4669. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  4670. -E
  4671. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  4672. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  4673. -E
  4674. -P 1 1 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  4675. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg '/users4/bigtmp/reglaUBAa03571' '/users4/bigtmp/reglaUBAa03571'
  4676. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg '/users4/bigtmp/nknorSBAa03571' '/users4/bigtmp/nknorSBAa03571'
  4677. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector 16 'RSector'
  4678. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector 16 'CSector'
  4679. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  4680. -f 1 1 1 1 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh 1.1 'NormalMergeThreshold'
  4681. -f 1 1 1 1 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta 2.5 'RemergeTheta'
  4682. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  4683. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  4684. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  4685. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  4686. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  4687. -E
  4688. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg '/users4/bigtmp/remerTBAa03571' '/users4/bigtmp/remerTBAa03571'
  4689. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  4690. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  4691. -E
  4692. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  4693. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg
  4694. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  4695. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  4696. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  4697. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  4698. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  4699. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  4700. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  4701. -E
  4702. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  4703. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  4704. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg
  4705. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  4706. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  4707. -E
  4708. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  4709. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  4710. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  4711. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  4712. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  4713. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  4714. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  4715. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  4716. -E
  4717. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  4718. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  4719. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  4720. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  4721. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  4722. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  4723. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  4724. -E
  4725. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  4726. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  4727. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  4728. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  4729. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  4730. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  4731. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  4732. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  4733. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  4734. -E
  4735. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  4736. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  4737. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  4738. -E
  4739. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  4740. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  4741. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  4742. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  4743. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  4744. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  4745. -E
  4746. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  4747. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  4748. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  4749. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  4750. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  4751. -E
  4752. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  4753. -b +18+1 'Intensity from color'
  4754. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  4755. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  4756. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  4757. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  4758. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  4759. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  4760. -E
  4761. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  4762. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  4763. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  4764. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  4765. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  4766. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  4767. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  4768. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  4769. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  4770. -E
  4771. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  4772. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  4773. -E
  4774. -E
  4775. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  4776. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  4777. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  4778. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  4779. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  4780. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  4781. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  4782. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  4783. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  4784. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  4785. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  4786. -g 1 0 18x1+1+13 'ReMerge'
  4787. -g 1 1 18x1+1+13 'RegLab'
  4788. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  4789. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  4790. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  4791. -g 1 0 18x1+1+18 'ShowEdges'
  4792. -g 1 0 18x1+1+19 'ShowLines'
  4793. -g 1 0 18x1+1+21 'intensity'
  4794. -g 1 0 18x1+1+23 'VisImages'
  4795. -H 1  18x2+1+25 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  4796. -Q 1 0 18x2+1+27 'QUIT'
  4797. -E
  4798. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  4799. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  4800. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  4801. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  4802. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  4803. -E
  4804. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  4805. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  4806. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  4807. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  4808. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  4809. -E
  4810. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  4811. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  4812. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  4813. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  4814. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  4815. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  4816. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  4817. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  4818. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  4819. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  4820. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  4821. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  4822. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  4823. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  4824. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  4825. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  4826. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  4827. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  4828. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  4829. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  4830. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  4831. -E
  4832. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  4833. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  4834. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  4835. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  4836. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  4837. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  4838. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  4839. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  4840. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  4841. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  4842. -E
  4843. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  4844. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  4845. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  4846. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  4847. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  4848. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  4849. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  4850. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  4851. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  4852. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  4853. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  4854. -E
  4855. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  4856. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  4857. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  4858. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  4859. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  4860. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  4861. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  4862. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  4863. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  4864. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  4865. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  4866. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  4867. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  4868. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  4869. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  4870. -E
  4871. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  4872. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  4873. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  4874. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  4875. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  4876. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  4877. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  4878. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  4879. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  4880. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  4881. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  4882. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  4883. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  4884. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  4885. -E
  4886. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  4887. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  4888. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  4889. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  4890. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  4891. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  4892. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  4893. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  4894. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  4895. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  4896. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  4897. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  4898. -E
  4899. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  4900. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  4901. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  4902. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  4903. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  4904. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  4905. -E
  4906. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  4907. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  4908. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  4909. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  4910. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  4911. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  4912. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  4913. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  4914. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  4915. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  4916. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  4917. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  4918. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  4919. -E
  4920. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  4921. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  4922. -E
  4923. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  4924. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  4925. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg
  4926. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector
  4927. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector
  4928. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  4929. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh
  4930. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta
  4931. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  4932. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  4933. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  4934. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  4935. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  4936. -E
  4937. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  4938. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  4939. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  4940. -E
  4941. -P 1 1 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  4942. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg '/users4/bigtmp/genmuRBAa03571' '/users4/bigtmp/genmuRBAa03571'
  4943. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  4944. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector 16 'RSector'
  4945. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector 16 'CSector'
  4946. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  4947. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  4948. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  4949. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  4950. -E
  4951. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  4952. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  4953. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg '/users4/bigtmp/reglaUBAa03571' '/users4/bigtmp/reglaUBAa03571'
  4954. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  4955. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  4956. -E
  4957. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  4958. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  4959. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  4960. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  4961. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  4962. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  4963. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  4964. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  4965. -E
  4966. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  4967. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  4968. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  4969. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  4970. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  4971. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  4972. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  4973. -E
  4974. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  4975. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  4976. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  4977. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  4978. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  4979. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  4980. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  4981. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  4982. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  4983. -E
  4984. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  4985. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  4986. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  4987. -E
  4988. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  4989. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  4990. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  4991. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  4992. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  4993. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  4994. -E
  4995. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  4996. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  4997. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  4998. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  4999. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  5000. -E
  5001. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  5002. -b +18+1 'Intensity from color'
  5003. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  5004. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  5005. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  5006. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  5007. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  5008. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  5009. -E
  5010. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  5011. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  5012. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  5013. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  5014. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  5015. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  5016. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  5017. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  5018. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  5019. -E
  5020. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  5021. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  5022. -E
  5023. -E
  5024. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  5025. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  5026. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  5027. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  5028. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  5029. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  5030. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  5031. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  5032. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  5033. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  5034. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  5035. -g 1 0 18x1+1+13 'ReMerge'
  5036. -g 1 0 18x1+1+13 'RegLab'
  5037. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  5038. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  5039. -g 1 1 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  5040. -g 1 0 18x1+1+18 'ShowEdges'
  5041. -g 1 0 18x1+1+19 'ShowLines'
  5042. -g 1 0 18x1+1+21 'intensity'
  5043. -g 1 0 18x1+1+23 'VisImages'
  5044. -H 1  18x2+1+25 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  5045. -Q 1 0 18x2+1+27 'QUIT'
  5046. -E
  5047. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  5048. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  5049. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  5050. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  5051. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  5052. -E
  5053. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  5054. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  5055. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  5056. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  5057. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  5058. -E
  5059. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  5060. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  5061. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  5062. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  5063. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  5064. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  5065. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  5066. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  5067. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  5068. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  5069. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  5070. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  5071. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  5072. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  5073. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  5074. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  5075. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  5076. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  5077. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  5078. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  5079. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  5080. -E
  5081. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  5082. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  5083. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  5084. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  5085. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  5086. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  5087. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  5088. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  5089. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  5090. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  5091. -E
  5092. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  5093. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  5094. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  5095. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  5096. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  5097. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  5098. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  5099. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  5100. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  5101. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  5102. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  5103. -E
  5104. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  5105. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  5106. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  5107. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  5108. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  5109. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  5110. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  5111. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  5112. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  5113. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  5114. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  5115. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  5116. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  5117. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  5118. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  5119. -E
  5120. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  5121. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  5122. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  5123. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  5124. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  5125. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  5126. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  5127. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  5128. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  5129. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  5130. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  5131. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  5132. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  5133. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  5134. -E
  5135. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  5136. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  5137. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  5138. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  5139. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  5140. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  5141. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  5142. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  5143. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  5144. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  5145. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  5146. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  5147. -E
  5148. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  5149. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  5150. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  5151. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  5152. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  5153. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  5154. -E
  5155. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  5156. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  5157. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  5158. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  5159. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  5160. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  5161. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  5162. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  5163. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  5164. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  5165. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  5166. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  5167. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  5168. -E
  5169. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  5170. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  5171. -E
  5172. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  5173. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  5174. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg
  5175. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector
  5176. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector
  5177. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  5178. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh
  5179. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta
  5180. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  5181. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  5182. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  5183. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  5184. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  5185. -E
  5186. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  5187. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  5188. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  5189. -E
  5190. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  5191. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg
  5192. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  5193. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  5194. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  5195. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  5196. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  5197. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  5198. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  5199. -E
  5200. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  5201. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  5202. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg
  5203. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  5204. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  5205. -E
  5206. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  5207. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  5208. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  5209. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  5210. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  5211. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  5212. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  5213. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  5214. -E
  5215. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  5216. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  5217. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  5218. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  5219. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  5220. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  5221. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  5222. -E
  5223. -P 1 1 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  5224. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg '/users4/bigtmp/if_elXBAa03571' '/users4/bigtmp/if_elXBAa03571'
  5225. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations 5 'WeymouthIterations'
  5226. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  5227. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  5228. -T 1 1 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version 2
  5229. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal 1
  5230. -l 1 0 1 1 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified 0
  5231. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  5232. -E
  5233. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg '/users4/bigtmp/weymoVBAa03571' '/users4/bigtmp/weymoVBAa03571'
  5234. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  5235. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  5236. -E
  5237. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  5238. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  5239. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  5240. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  5241. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  5242. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  5243. -E
  5244. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  5245. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  5246. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  5247. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  5248. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  5249. -E
  5250. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  5251. -b +18+1 'Intensity from color'
  5252. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  5253. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  5254. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  5255. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  5256. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  5257. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  5258. -E
  5259. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  5260. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  5261. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  5262. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  5263. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  5264. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  5265. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  5266. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  5267. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  5268. -E
  5269. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  5270. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  5271. -E
  5272. -E
  5273. -M 1 0 100x40+10+20 +31+1 'File Information' info
  5274. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  5275. -g 1 0 18x1+1+1 'VIFF Information'
  5276. -g 1 1 18x1+1+2 'Image (2D) Stats'
  5277. -g 1 0 18x1+1+3 'Signal (1D) Stats'
  5278. -g 1 0 18x1+1+4 '1D Peak Detector'
  5279. -g 1 0 18x1+1+6 'Extract VIFF Data'
  5280. -g 1 0 18x1+1+8 'Print Data'
  5281. -g 1 0 18x1+1+9 'Print Map Data'
  5282. -g 1 0 18x1+1+11 'Edit VIFF Comment'
  5283. -g 1 0 18x1+1+12 'Edit VIFF Header'
  5284. -g 1 0 18x1+1+14 'ASCII File Viewer'
  5285. -H 1  18x2+1+16 'HELP' 'guide help' KHOROS_HOME/doc/cantata/subforms/info/help
  5286. -Q 1 0 18x2+1+18 'QUIT'
  5287. -E
  5288. -P 1 0 80x38+22+2 +8+0 'Information about a VIFF Image File' vfileinfo
  5289. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' i
  5290. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f
  5291. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation ' vfileinfo
  5292. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vfileinfo' KHOROS_HOME/doc/manpages/vfileinfo.1
  5293. -E
  5294. -P 1 1 80x38+22+2 +7+0 'Compute Statistics on VIFF File (2-D)' vstats
  5295. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+1 +0+0 ' ' 'Input Image        ' 'input image' i '/users4/bigtmp/nknorSBAa03571' '/users4/bigtmp/nknorSBAa03571'
  5296. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Masking Image   ' 'statistics operation masking image' m ' ' ' '
  5297. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f '/users4/bigtmp/vstatBBAa28013' '/users4/bigtmp/vstatBBAa28013'
  5298. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'VIFF Output File' 'VIFF format output file' o '/users4/bigtmp/vstatVAAa01257' '/users4/bigtmp/vstatVAAa01257'
  5299. -b +3+5 'Select statistics for VIFF output file:  '
  5300. -l 1 1 1 1 0 30x1+5+6 +0+0 1 'Save ALL statistics ' 'False' 'True' 'if yes, all stats saved' all 0
  5301. -b +3+7 'OR Save (selected):'
  5302. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+8 +0+0 0 'mean                ' 'False' 'True' 'if yes, mean is a band of output' mu 0
  5303. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+9 +0+0 0 'variance            ' 'False' 'True' 'if yes, variance is a band of output' var 0
  5304. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+10 +0+0 0 'standard deviation  ' 'False' 'True' 'if yes, std deviation is a band of output' sd 0
  5305. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+11 +0+0 0 'rms                 ' 'False' 'True' 'if yes, rms is a band of output' rms 0
  5306. -l 1 1 1 1 0 30x1+5+12 +0+0 0 'maximum value       ' 'False' 'True' 'if yes, maximum value is a band of output' vmax 1
  5307. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+13 +0+0 0 'x coord of max value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of max value is a band of output' xmax 0
  5308. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+14 +0+0 0 'y coord of max value' 'False' 'True' 'if yes, y coord of max value is a band of output' ymax 0
  5309. -l 1 1 1 1 0 30x1+5+15 +0+0 0 'minimum value       ' 'False' 'True' 'if yes, minimum value is a band of output' vmin 1
  5310. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+16 +0+0 0 'x coord of min value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of min value is a band of output' xmin 0
  5311. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+17 +0+0 0 'y coord of min value' 'False' 'True' 'if yes, y coord of min value is a band of output' ymin 0
  5312. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+18 +0+0 0 'integral            ' 'False' 'True' 'if yes, integral value is a band of output' in 0
  5313. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+19 +0+0 0 'pos part of integral' 'False' 'True' 'if yes, pos part of integral is a band of output' pin 0
  5314. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+20 +0+0 0 'neg part of integral' 'False' 'True' 'if yes, neg part of integral is a band of output' nin 0
  5315. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+21 +0+0 0 'num contributing pts' 'False' 'True' 'if yes, num contributing pts is a band of output' pts 0
  5316. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+22 +0+0 0 'num positive points ' 'False' 'True' 'if yes, num positive pts is a band of output' ppts 0
  5317. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+23 +0+0 0 'num negative points ' 'False' 'True' 'if yes, num negative pts is a band of output' npts 0
  5318. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+24 +0+0 0 'skewness            ' 'False' 'True' 'if yes, skewness is a band of output' sk 0
  5319. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+25 +0+0 0 'kurtosis            ' 'False' 'True' 'if yes, kurtosis is a band of output' kur 0
  5320. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+26 +0+0 0 'entropy             ' 'False' 'True' 'if yes, entropy is a band of output' ent 0
  5321. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+27 +0+0 0 'contrast            ' 'False' 'True' 'if yes, contrast is a band of output' con 0
  5322. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+29 +0+0 1 'Compute Each Data Band Separately?' 'No ' 'Yes' 'if yes, Compute each data band statistics separately' b
  5323. -R 1 0 1 13x2+1+31 'Execute' 'do operation ' vstats
  5324. -H 1  13x2+39+31 'Help' 'man page for vstats' KHOROS_HOME/doc/manpages/vstats.1
  5325. -E
  5326. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Compute Statistics on VIFF File (1-D)' dstats
  5327. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+1 +0+0 ' ' 'Input VIFF File     ' 'input file' i
  5328. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Masking File     ' 'statistics operation masking file' m
  5329. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output ASCII File' 'output ASCII file' f
  5330. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'VIFF Output File ' 'VIFF format output file' o
  5331. -b +3+5 'Select Statistics for VIFF Output File:  '
  5332. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+6 +0+0 1 'Save ALL statistics ' 'False' 'True' 'if yes, all stats saved' all
  5333. -b +3+7 'OR Save (selected):'
  5334. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+8 +0+0 0 'mean                ' 'False' 'True' 'if yes, mean is a band of output' mu
  5335. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+9 +0+0 0 'variance            ' 'False' 'True' 'if yes, variance is a band of output' var
  5336. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+10 +0+0 0 'standard deviation  ' 'False' 'True' 'if yes, std deviation is a band of output' sd
  5337. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+11 +0+0 0 'rms                 ' 'False' 'True' 'if yes, rms is a band of output' rms
  5338. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+12 +0+0 0 'maximum value       ' 'False' 'True' 'if yes, maximum value is a band of output' vmax
  5339. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+13 +0+0 0 'x coord of max value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of max value is a band of output' xmax
  5340. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+14 +0+0 0 'minimum value       ' 'False' 'True' 'if yes, minimum value is a band of output' vmin
  5341. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+15 +0+0 0 'x coord of min value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of min value is a band of output' xmin
  5342. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+16 +0+0 0 'integral            ' 'False' 'True' 'if yes, integral value is a band of output' in
  5343. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+17 +0+0 0 'pos part of integral' 'False' 'True' 'if yes, pos part of integral is a band of output' pin
  5344. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+18 +0+0 0 'neg part of integral' 'False' 'True' 'if yes, neg part of integral is a band of output' nin
  5345. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+19 +0+0 0 'num contributing pts' 'False' 'True' 'if yes, num contributing pts is a band of output' pts
  5346. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+20 +0+0 0 'num positive points ' 'False' 'True' 'if yes, num positive pts is a band of output' ppts
  5347. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+21 +0+0 0 'num negative points ' 'False' 'True' 'if yes, num negative pts is a band of output' npts
  5348. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+22 +0+0 0 'skewness            ' 'False' 'True' 'if yes, skewness is a band of output' sk
  5349. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+23 +0+0 0 'kurtosis            ' 'False' 'True' 'if yes, kurtosis is a band of output' kur
  5350. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+24 +0+0 0 'entropy             ' 'False' 'True' 'if yes, entropy is a band of output' ent
  5351. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+25 +0+0 0 'contrast            ' 'False' 'True' 'if yes, contrast is a band of output' con
  5352. -T 1 0 1 1 0 40x1+2+27 +0+0 1 'Data Processing Option (select one):' 'process dir. (0=down vectors, 1=across bands, 2=entire file)' d
  5353. -i 1 0 1 1 0 10x1+3+1 +0+0 0 2 1 'Across Bands' 'Process by Bands' d
  5354. -i 1 0 1 0 0 10x1+3+2 +0+0 0 2 0 'Down Vectors' 'direction of processing (1 = across bands, 0 = down vectors)' d
  5355. -i 1 0 1 0 0 10x1+3+3 +0+0 0 2 2 'Calculate One Stat Set for Entire File' 'Process by Bands' d
  5356. -E
  5357. -R 1 0 1 13x2+1+31 'Execute' 'do operation ' dstats
  5358. -H 1  13x2+39+31 'Help' 'man page for dstats' KHOROS_HOME/doc/manpages/dstats.1
  5359. -E
  5360. -P 1 0 80x40+22+2 +13+0 'Find Peaks or Troughs in Data' dpeakpick
  5361. -I 1 0 0 1 0 1 51x1+1+2 +0+0 ' ' 'Input File          ' 'input file' i ' '
  5362. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f ' '
  5363. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'VIFF Output File' 'VIFF format output file' o ' '
  5364. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+6 +0+0 1    'find peaks or troughs:' 'Troughs' 'Peaks' 'if true, find peaks ' p
  5365. -b +1+8 'Specify Number of Peaks or Troughs to Detect (N):'
  5366. -C 0
  5367. -l 1 0 1 1 0 40x1+4+9 +0+0 1     'Find All               ' 'False' 'True' 'Find all peaks or troughs' all
  5368. -i 1 0 1 0 0 42x1+4+10 +0+0 2 2 1 'Specify Number of Peaks' 'Number of peaks or troughs to find ' n
  5369. -E
  5370. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+12 +0+0 1    'Find ' 'max/min' 'first' 'if FALSE find first n, and if TRUE find max/min n, peaks or troughs' m
  5371. -b +22+12 'N peaks/troughs in sequence.'
  5372. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+13 +0+0 0    'Include Endpoints for P/T Designation' 'False' 'True' 'If TRUE, endpoints will be considered for peak designation' e
  5373. -i 1 0 1 1 0 42x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Window Size              ' 'Num steps on both sides of point on which to base peak decision' w
  5374. -f 1 0 1 0 0 42x1+2+16 +0+0 1 1 0 'Min Height to Width Ratio' 'min that abs value of average slope over window can be' hwr
  5375. -l 1 0 1 1 0 40x1+2+18 +0+0 1 'Data Processing Direction' 'Down Vectors' 'Across Bands' 'data processing direction (0 = down vectors, 1 = across bands)' d 1
  5376. -R 1 0 1 13x2+1+20 'Execute' 'do operation ' dpeakpick
  5377. -H 1   13x2+39+20 'Help' 'man page for dpeakpick' ~KHOROS_HOME/doc/manpages/dpeakpick.1
  5378. -E
  5379. -P 1 0 80x38+22+2 +6+0 'Extract Data for PARSER from a VIFF File' varviff
  5380. -b +0+1 'Connection Filenames:'
  5381. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File' 'input file' i1
  5382. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Gating VIFF File' 'input file that is passed to output unmodified (used to gate operation)' i2
  5383. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Optional Output File' 'connecting file' o
  5384. -b +0+6 'Location of Data in VIFF Structure:'
  5385. -i 1 0 0 1 1 30x1+2+7 +0+0 0 0 0 'X location ' 'x location' x
  5386. -i 1 0 0 1 1 30x1+2+8 +0+0 0 0 0 'Y location ' 'y location' y
  5387. -i 1 0 0 1 1 30x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Band number' 'band number' b
  5388. -s 1 0 0 1 1 47x1+0+11 +0+0 ' ' 'Data Variable Name:' 'variable' v
  5389. -R 1 0 4 13x2+1+13 'Execute' 'Execute operation' varviff
  5390. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'Man page for varviff' KHOROS_HOME/doc/manpages/varviff.1
  5391. -E
  5392. -P 1 0 80x38+22+2 +4+0 'Print (Image or Plot) Data to the Screen File' vprdata
  5393. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' i
  5394. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Output ASCII File' 'output ASCII file' f
  5395. -l 1 0 1 1 0 50x1+2+7 +0+0 1 'Print Data Format:' 'Column Form' 'Matrix Form' 'if yes (default) print data as matrix, if no then column' m
  5396. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' vprdata
  5397. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vprdata' KHOROS_HOME/doc/manpages/vprdata.1
  5398. -E
  5399. -P 1 0 80x38+22+2 +15+0 'Print the Colormap Values' vprmap
  5400. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image  ' 'input image filename' i
  5401. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f
  5402. -l 1 0 1 1 0 50x1+2+7 +0+0 1 'Print Values Format:' 'Column Form' 'Matrix Form' 'default: print data as matrix' m
  5403. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation ' vprmap
  5404. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vprmap' KHOROS_HOME/doc/manpages/vprmap.1
  5405. -E
  5406. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Change the Comment Field on a VIFF Image File' vcomment
  5407. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'input image' i
  5408. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' xterm -e vcomment
  5409. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vcomment' KHOROS_HOME/doc/manpages/vcomment.1
  5410. -E
  5411. -P 1 0 80x38+22+2 +17+0 'Edit VIFF Header' vheaded
  5412. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input image ' 'Input image' i
  5413. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output image' 'output image' o
  5414. -l 1 0 1 1 0 50x1+2+5 +0+0 0 'Edit dangerous fields' 'No' 'Yes' 'edit dangerous fields' danger
  5415. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'execute operation' xterm -e vheaded
  5416. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vheaded' KHOROS_HOME/doc/manpages/vheaded.1
  5417. -E
  5418. -P 1 0 80x38+22+2 +17+0 'View an ASCII File' xvviewer
  5419. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Filename' 'filename to view' i
  5420. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation ' xvviewer
  5421. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for xvviewer' KHOROS_HOME/doc/manpages/xvviewer.1
  5422. -E
  5423. -E
  5424. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Standard Control Structures' control
  5425. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  5426. -g 1 0 18x1+1+2 'Count-Loop'
  5427. -g 1 0 18x1+1+3 'While-Loop'
  5428. -g 1 0 18x1+1+5 'If-Then-Else'
  5429. -g 1 1 18x1+1+6 'Merge'
  5430. -H 1  18x2+1+11 'HELP' 'guide help' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/help/Overview
  5431. -Q 1 0 18x2+1+13 'QUIT'
  5432. -E
  5433. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'Counting-Loop Control Structure' count_loop
  5434. -b +0+1 'Counting-Loop Parameters:'
  5435. -s 1 0 0 1 0 40x1+1+2 +0+0 ' ' 'Loop Control Variable' 'loop control variable' lcv
  5436. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+3 +0+0 0 0 1 'Initial Value     ' 'initial value' init
  5437. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+4 +0+0 0 0 1 'Increment Value   ' 'increment value' incr
  5438. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+5 +0+0 0 0 1 'Final Value       ' 'test value' test
  5439. -b +0+6 'Control Path Connections:'
  5440. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+7 +0+0 ' ' 'Initial input' 'Initial input file' i_in
  5441. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +0+0 ' ' '   Loop input ' 'Loop input file' i_lp
  5442. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Exit output' 'Exit output file' o_ex
  5443. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+10 +0+0 ' ' '   Loop output' 'Loop output file' o_lp
  5444. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for count_loop' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/count_loop/help
  5445. -E
  5446. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'While-Loop Control Structure' while_loop
  5447. -b +0+1 'While-Loop Parameters:'
  5448. -i 1 0 1 0 0 50x1+1+2 +0+0 0 0 1 'Initial Expression' 'Initial expression' init
  5449. -i 1 0 1 0 0 50x1+1+3 +0+0 0 0 1 'Update Expression ' 'Update expression' update
  5450. -i 1 0 0 1 0 50x1+1+4 +0+0 0 0 1 '   Test Condition    ' 'Test condition' test
  5451. -b +0+6 'Control Path Connections:'
  5452. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+7 +0+0 ' ' 'Initial input' 'Initial input file' i_in
  5453. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +0+0 ' ' '   Loop input ' 'Loop input file' i_lp
  5454. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Exit output' 'Exit output file' o_ex
  5455. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+10 +0+0 ' ' '   Loop output' 'Loop output file' o_lp
  5456. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for while_loop' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/while_loop/help
  5457. -E
  5458. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'If-Then-Else Control Structure' if_else
  5459. -i 1 0 0 1 0 50x1+1+2 +0+0 0 0 1 'If Conditional Expression' 'Boolean expression' cond
  5460. -b +0+4 'Control Path Connections:'
  5461. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+5 +3+0 ' ' 'Input ' 'input_file' i
  5462. -b +1+6 'Then (TRUE)'
  5463. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+7 +3+0 ' ' 'Output' 'TRUE output file' o1
  5464. -b +1+8 'Else (FALSE)'
  5465. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Output' 'FALSE output file' o2
  5466. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for if_then_else' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/if_else/help
  5467. -E
  5468. -P 1 1 80x38+22+2 +18+0 'Merge Structure' merge
  5469. -b +1+2 'Control Path Connections:'
  5470. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+4 +3+0 ' ' 'Input 1' 'input file 1' i1 '/users4/bigtmp/mergeQCAa03571' '/users4/bigtmp/mergeQCAa03571'
  5471. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+6 +0+0 ' ' 'Input 2' 'input file 2' i2 ' ' ' '
  5472. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +3+0 ' ' 'Output ' 'output file' o '/users4/bigtmp/mergeWBAa03571' '/users4/bigtmp/mergeWBAa03571'
  5473. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for merge' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/merge/help
  5474. -E
  5475. -E
  5476. -M 1 0 80x38+0+0 +5+1 'Enter Comment' comment
  5477. -P 1 1 80x38+0+0 +6+1 'Comment Pane used to comment a cantata workspace' comment
  5478. -s 1 0 0 1 0 22x1+1+3 +0+0 ' comment' 'Glyph  Label' 'Label for cantata glyph' label 'READ 1st' 'READ 1st'
  5479. -b +1+5 'Text area for commenting the cantata workspace'
  5480. -s 1 0 0 1 0 55x10+0+6 +0+0 ' ' ' ' 'first string' comment 'This is the NaginKohler segmentation procedure.\n\nIt has a number of different settings: medium, high, very \nhigh, low, and very low - see the comment boxes labeled\nmedium, high, very high, low, and very low.\n\n' 'This is the NaginKohler segmentation procedure.\n\nIt has a number of different settings: medium, high, very \nhigh, low, and very low - see the comment boxes labeled\nmedium, high, very high, low, and very low.\n\n'
  5481. -Q 1 0 13x2+2+15 'QUIT'
  5482. -H 1  13x2+42+15 'Help' 'man page for workspace management' KHOROS_HOME/doc/cantata/edit/comment/help
  5483. -E
  5484. -E
  5485. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Standard Control Structures' control
  5486. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  5487. -g 1 0 18x1+1+2 'Count-Loop'
  5488. -g 1 0 18x1+1+3 'While-Loop'
  5489. -g 1 1 18x1+1+5 'If-Then-Else'
  5490. -g 1 0 18x1+1+6 'Merge'
  5491. -H 1  18x2+1+11 'HELP' 'guide help' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/help/Overview
  5492. -Q 1 0 18x2+1+13 'QUIT'
  5493. -E
  5494. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'Counting-Loop Control Structure' count_loop
  5495. -b +0+1 'Counting-Loop Parameters:'
  5496. -s 1 0 0 1 0 40x1+1+2 +0+0 ' ' 'Loop Control Variable' 'loop control variable' lcv
  5497. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+3 +0+0 0 0 1 'Initial Value     ' 'initial value' init
  5498. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+4 +0+0 0 0 1 'Increment Value   ' 'increment value' incr
  5499. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+5 +0+0 0 0 1 'Final Value       ' 'test value' test
  5500. -b +0+6 'Control Path Connections:'
  5501. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+7 +0+0 ' ' 'Initial input' 'Initial input file' i_in
  5502. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +0+0 ' ' '   Loop input ' 'Loop input file' i_lp
  5503. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Exit output' 'Exit output file' o_ex
  5504. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+10 +0+0 ' ' '   Loop output' 'Loop output file' o_lp
  5505. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for count_loop' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/count_loop/help
  5506. -E
  5507. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'While-Loop Control Structure' while_loop
  5508. -b +0+1 'While-Loop Parameters:'
  5509. -i 1 0 1 0 0 50x1+1+2 +0+0 0 0 1 'Initial Expression' 'Initial expression' init
  5510. -i 1 0 1 0 0 50x1+1+3 +0+0 0 0 1 'Update Expression ' 'Update expression' update
  5511. -i 1 0 0 1 0 50x1+1+4 +0+0 0 0 1 '   Test Condition    ' 'Test condition' test
  5512. -b +0+6 'Control Path Connections:'
  5513. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+7 +0+0 ' ' 'Initial input' 'Initial input file' i_in
  5514. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +0+0 ' ' '   Loop input ' 'Loop input file' i_lp
  5515. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Exit output' 'Exit output file' o_ex
  5516. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+10 +0+0 ' ' '   Loop output' 'Loop output file' o_lp
  5517. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for while_loop' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/while_loop/help
  5518. -E
  5519. -P 1 1 80x38+22+2 +10+0 'If-Then-Else Control Structure' if_else
  5520. -i 1 0 0 1 0 50x1+1+2 +0+0 0 0 1 'If Conditional Expression' 'Boolean expression' cond 1 'EnhancementAlgorithm'
  5521. -b +0+4 'Control Path Connections:'
  5522. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+5 +3+0 ' ' 'Input ' 'input_file' i '/users4/bigtmp/mergeWBAa03571' '/users4/bigtmp/mergeWBAa03571'
  5523. -b +1+6 'Then (TRUE)'
  5524. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+7 +3+0 ' ' 'Output' 'TRUE output file' o1 '/users4/bigtmp/if_elXBAa03571' '/users4/bigtmp/if_elXBAa03571'
  5525. -b +1+8 'Else (FALSE)'
  5526. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Output' 'FALSE output file' o2 '/users4/bigtmp/if_elYBAa03571' '/users4/bigtmp/if_elYBAa03571'
  5527. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for if_then_else' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/if_else/help
  5528. -E
  5529. -P 1 0 80x38+22+2 +18+0 'Merge Structure' merge
  5530. -b +1+2 'Control Path Connections:'
  5531. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+4 +3+0 ' ' 'Input 1' 'input file 1' i1
  5532. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+6 +0+0 ' ' 'Input 2' 'input file 2' i2
  5533. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +3+0 ' ' 'Output ' 'output file' o
  5534. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for merge' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/merge/help
  5535. -E
  5536. -E
  5537. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  5538. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  5539. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  5540. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  5541. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  5542. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  5543. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  5544. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  5545. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  5546. -g 1 1 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  5547. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  5548. -g 1 0 18x1+1+13 'ReMerge'
  5549. -g 1 0 18x1+1+13 'RegLab'
  5550. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  5551. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  5552. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  5553. -g 1 0 18x1+1+18 'ShowEdges'
  5554. -g 1 0 18x1+1+19 'ShowLines'
  5555. -g 1 0 18x1+1+21 'intensity'
  5556. -g 1 0 18x1+1+23 'VisImages'
  5557. -H 1  18x2+1+25 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  5558. -Q 1 0 18x2+1+27 'QUIT'
  5559. -E
  5560. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  5561. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  5562. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  5563. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  5564. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  5565. -E
  5566. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  5567. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  5568. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  5569. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  5570. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  5571. -E
  5572. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  5573. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  5574. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  5575. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  5576. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  5577. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  5578. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  5579. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  5580. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  5581. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  5582. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  5583. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  5584. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  5585. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  5586. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  5587. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  5588. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  5589. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  5590. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  5591. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  5592. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  5593. -E
  5594. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  5595. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  5596. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  5597. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  5598. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  5599. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  5600. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  5601. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  5602. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  5603. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  5604. -E
  5605. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  5606. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  5607. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  5608. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  5609. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  5610. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  5611. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  5612. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  5613. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  5614. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  5615. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  5616. -E
  5617. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  5618. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  5619. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  5620. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  5621. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  5622. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  5623. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  5624. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  5625. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  5626. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  5627. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  5628. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  5629. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  5630. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  5631. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  5632. -E
  5633. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  5634. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  5635. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  5636. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  5637. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  5638. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  5639. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  5640. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  5641. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  5642. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  5643. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  5644. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  5645. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  5646. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  5647. -E
  5648. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  5649. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  5650. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  5651. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  5652. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  5653. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  5654. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  5655. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  5656. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  5657. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  5658. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  5659. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  5660. -E
  5661. -P 1 1 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  5662. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg '/users4/bigtmp/if_elYBAa03571' '/users4/bigtmp/if_elYBAa03571'
  5663. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations 1 'NagaoIterations'
  5664. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg '/users4/bigtmp/nagaoZBAa03571' '/users4/bigtmp/nagaoZBAa03571'
  5665. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  5666. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  5667. -E
  5668. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  5669. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  5670. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  5671. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  5672. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  5673. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  5674. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  5675. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  5676. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  5677. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  5678. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  5679. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  5680. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  5681. -E
  5682. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  5683. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  5684. -E
  5685. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  5686. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  5687. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg
  5688. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector
  5689. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector
  5690. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  5691. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh
  5692. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta
  5693. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  5694. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  5695. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  5696. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  5697. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  5698. -E
  5699. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  5700. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  5701. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  5702. -E
  5703. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  5704. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg
  5705. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  5706. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  5707. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  5708. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  5709. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  5710. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  5711. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  5712. -E
  5713. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  5714. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  5715. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg
  5716. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  5717. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  5718. -E
  5719. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  5720. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  5721. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  5722. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  5723. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  5724. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  5725. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  5726. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  5727. -E
  5728. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  5729. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  5730. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  5731. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  5732. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  5733. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  5734. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  5735. -E
  5736. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  5737. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  5738. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  5739. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  5740. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  5741. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  5742. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  5743. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  5744. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  5745. -E
  5746. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  5747. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  5748. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  5749. -E
  5750. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  5751. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  5752. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  5753. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  5754. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  5755. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  5756. -E
  5757. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  5758. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  5759. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  5760. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  5761. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  5762. -E
  5763. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  5764. -b +18+1 'Intensity from color'
  5765. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  5766. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  5767. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  5768. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  5769. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  5770. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  5771. -E
  5772. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  5773. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  5774. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  5775. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  5776. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  5777. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  5778. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  5779. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  5780. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  5781. -E
  5782. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  5783. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  5784. -E
  5785. -E
  5786. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Standard Control Structures' control
  5787. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  5788. -g 1 0 18x1+1+2 'Count-Loop'
  5789. -g 1 0 18x1+1+3 'While-Loop'
  5790. -g 1 0 18x1+1+5 'If-Then-Else'
  5791. -g 1 1 18x1+1+6 'Merge'
  5792. -H 1  18x2+1+11 'HELP' 'guide help' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/help/Overview
  5793. -Q 1 0 18x2+1+13 'QUIT'
  5794. -E
  5795. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'Counting-Loop Control Structure' count_loop
  5796. -b +0+1 'Counting-Loop Parameters:'
  5797. -s 1 0 0 1 0 40x1+1+2 +0+0 ' ' 'Loop Control Variable' 'loop control variable' lcv
  5798. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+3 +0+0 0 0 1 'Initial Value     ' 'initial value' init
  5799. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+4 +0+0 0 0 1 'Increment Value   ' 'increment value' incr
  5800. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+5 +0+0 0 0 1 'Final Value       ' 'test value' test
  5801. -b +0+6 'Control Path Connections:'
  5802. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+7 +0+0 ' ' 'Initial input' 'Initial input file' i_in
  5803. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +0+0 ' ' '   Loop input ' 'Loop input file' i_lp
  5804. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Exit output' 'Exit output file' o_ex
  5805. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+10 +0+0 ' ' '   Loop output' 'Loop output file' o_lp
  5806. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for count_loop' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/count_loop/help
  5807. -E
  5808. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'While-Loop Control Structure' while_loop
  5809. -b +0+1 'While-Loop Parameters:'
  5810. -i 1 0 1 0 0 50x1+1+2 +0+0 0 0 1 'Initial Expression' 'Initial expression' init
  5811. -i 1 0 1 0 0 50x1+1+3 +0+0 0 0 1 'Update Expression ' 'Update expression' update
  5812. -i 1 0 0 1 0 50x1+1+4 +0+0 0 0 1 '   Test Condition    ' 'Test condition' test
  5813. -b +0+6 'Control Path Connections:'
  5814. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+7 +0+0 ' ' 'Initial input' 'Initial input file' i_in
  5815. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +0+0 ' ' '   Loop input ' 'Loop input file' i_lp
  5816. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Exit output' 'Exit output file' o_ex
  5817. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+10 +0+0 ' ' '   Loop output' 'Loop output file' o_lp
  5818. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for while_loop' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/while_loop/help
  5819. -E
  5820. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'If-Then-Else Control Structure' if_else
  5821. -i 1 0 0 1 0 50x1+1+2 +0+0 0 0 1 'If Conditional Expression' 'Boolean expression' cond
  5822. -b +0+4 'Control Path Connections:'
  5823. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+5 +3+0 ' ' 'Input ' 'input_file' i
  5824. -b +1+6 'Then (TRUE)'
  5825. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+7 +3+0 ' ' 'Output' 'TRUE output file' o1
  5826. -b +1+8 'Else (FALSE)'
  5827. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Output' 'FALSE output file' o2
  5828. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for if_then_else' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/if_else/help
  5829. -E
  5830. -P 1 1 80x38+22+2 +18+0 'Merge Structure' merge
  5831. -b +1+2 'Control Path Connections:'
  5832. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+4 +3+0 ' ' 'Input 1' 'input file 1' i1 '/users4/bigtmp/weymoVBAa03571' '/users4/bigtmp/weymoVBAa03571'
  5833. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+1+6 +0+0 ' ' 'Input 2' 'input file 2' i2 '/users4/bigtmp/nagaoZBAa03571' '/users4/bigtmp/nagaoZBAa03571'
  5834. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +3+0 ' ' 'Output ' 'output file' o '/users4/bigtmp/mergeACAa03571' '/users4/bigtmp/mergeACAa03571'
  5835. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for merge' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/merge/help
  5836. -E
  5837. -E
  5838. -M 1 0 80x38+0+0 +5+1 'Enter Comment' comment
  5839. -P 1 1 80x38+0+0 +6+1 'Comment Pane used to comment a cantata workspace' comment
  5840. -s 1 0 0 1 0 22x1+1+3 +0+0 ' comment' 'Glyph  Label' 'Label for cantata glyph' label 'VeryHigh' 'VeryHigh'
  5841. -b +1+5 'Text area for commenting the cantata workspace'
  5842. -s 1 0 0 1 0 55x10+0+6 +0+0 ' ' ' ' 'first string' comment 'RSector =  16\nCSector = 16\nPeakAdditionIterations = 0\nMinPeakDistanceRelative = 2\nMinPeakDistanceRelativeAddp = 2\nMinPeakHeightFactor = 0.3\nMinPeakHeightFactorAddp = 0.3\nMinPeakValleyRatio = 1.0\nMinPeakValleyRatioAddp = 1.0\nNormalMergeThreshold = 1.1\nWeakMergeThreshold = 0.6\nStrongMergeThreshold  = 1.7\n' 'RSector =  16\nCSector = 16\nPeakAdditionIterations = 0\nMinPeakDistanceRelative = 2\nMinPeakDistanceRelativeAddp = 2\nMinPeakHeightFactor = 0.3\nMinPeakHeightFactorAddp = 0.3\nMinPeakValleyRatio = 1.0\nMinPeakValleyRatioAddp = 1.0\nNormalMergeThreshold = 1.1\nWeakMergeThreshold = 0.6\nStrongMergeThreshold  = 1.7\n'
  5843. -Q 1 0 13x2+2+15 'QUIT'
  5844. -H 1  13x2+42+15 'Help' 'man page for workspace management' KHOROS_HOME/doc/cantata/edit/comment/help
  5845. -E
  5846. -E
  5847. -M 1 0 80x38+0+0 +5+1 'Enter Comment' comment
  5848. -P 1 1 80x38+0+0 +6+1 'Comment Pane used to comment a cantata workspace' comment
  5849. -s 1 0 0 1 0 22x1+1+3 +0+0 ' comment' 'Glyph  Label' 'Label for cantata glyph' label 'base def' 'base def'
  5850. -b +1+5 'Text area for commenting the cantata workspace'
  5851. -s 1 0 0 1 0 55x10+0+6 +0+0 ' ' ' ' 'first string' comment 'ScalingMaxval = 89\nNagaoIterations = 1\nWeymouthIterations = 5\nEnhancementAlgorithm = 1\nRemergeTheta = 2.5\n' 'ScalingMaxval = 89\nNagaoIterations = 1\nWeymouthIterations = 5\nEnhancementAlgorithm = 1\nRemergeTheta = 2.5\n'
  5852. -Q 1 0 13x2+2+15 'QUIT'
  5853. -H 1  13x2+42+15 'Help' 'man page for workspace management' KHOROS_HOME/doc/cantata/edit/comment/help
  5854. -E
  5855. -E
  5856. -M 1 0 100x40+10+20 +31+1 'File Information' info
  5857. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  5858. -g 1 0 18x1+1+1 'VIFF Information'
  5859. -g 1 0 18x1+1+2 'Image (2D) Stats'
  5860. -g 1 0 18x1+1+3 'Signal (1D) Stats'
  5861. -g 1 0 18x1+1+4 '1D Peak Detector'
  5862. -g 1 1 18x1+1+6 'Extract VIFF Data'
  5863. -g 1 0 18x1+1+8 'Print Data'
  5864. -g 1 0 18x1+1+9 'Print Map Data'
  5865. -g 1 0 18x1+1+11 'Edit VIFF Comment'
  5866. -g 1 0 18x1+1+12 'Edit VIFF Header'
  5867. -g 1 0 18x1+1+14 'ASCII File Viewer'
  5868. -H 1  18x2+1+16 'HELP' 'guide help' KHOROS_HOME/doc/cantata/subforms/info/help
  5869. -Q 1 0 18x2+1+18 'QUIT'
  5870. -E
  5871. -P 1 0 80x38+22+2 +8+0 'Information about a VIFF Image File' vfileinfo
  5872. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' i
  5873. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f
  5874. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation ' vfileinfo
  5875. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vfileinfo' KHOROS_HOME/doc/manpages/vfileinfo.1
  5876. -E
  5877. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Compute Statistics on VIFF File (2-D)' vstats
  5878. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+1 +0+0 ' ' 'Input Image        ' 'input image' i
  5879. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Masking Image   ' 'statistics operation masking image' m
  5880. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f
  5881. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'VIFF Output File' 'VIFF format output file' o
  5882. -b +3+5 'Select statistics for VIFF output file:  '
  5883. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+6 +0+0 1 'Save ALL statistics ' 'False' 'True' 'if yes, all stats saved' all
  5884. -b +3+7 'OR Save (selected):'
  5885. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+8 +0+0 0 'mean                ' 'False' 'True' 'if yes, mean is a band of output' mu
  5886. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+9 +0+0 0 'variance            ' 'False' 'True' 'if yes, variance is a band of output' var
  5887. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+10 +0+0 0 'standard deviation  ' 'False' 'True' 'if yes, std deviation is a band of output' sd
  5888. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+11 +0+0 0 'rms                 ' 'False' 'True' 'if yes, rms is a band of output' rms
  5889. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+12 +0+0 0 'maximum value       ' 'False' 'True' 'if yes, maximum value is a band of output' vmax
  5890. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+13 +0+0 0 'x coord of max value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of max value is a band of output' xmax
  5891. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+14 +0+0 0 'y coord of max value' 'False' 'True' 'if yes, y coord of max value is a band of output' ymax
  5892. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+15 +0+0 0 'minimum value       ' 'False' 'True' 'if yes, minimum value is a band of output' vmin
  5893. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+16 +0+0 0 'x coord of min value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of min value is a band of output' xmin
  5894. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+17 +0+0 0 'y coord of min value' 'False' 'True' 'if yes, y coord of min value is a band of output' ymin
  5895. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+18 +0+0 0 'integral            ' 'False' 'True' 'if yes, integral value is a band of output' in
  5896. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+19 +0+0 0 'pos part of integral' 'False' 'True' 'if yes, pos part of integral is a band of output' pin
  5897. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+20 +0+0 0 'neg part of integral' 'False' 'True' 'if yes, neg part of integral is a band of output' nin
  5898. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+21 +0+0 0 'num contributing pts' 'False' 'True' 'if yes, num contributing pts is a band of output' pts
  5899. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+22 +0+0 0 'num positive points ' 'False' 'True' 'if yes, num positive pts is a band of output' ppts
  5900. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+23 +0+0 0 'num negative points ' 'False' 'True' 'if yes, num negative pts is a band of output' npts
  5901. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+24 +0+0 0 'skewness            ' 'False' 'True' 'if yes, skewness is a band of output' sk
  5902. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+25 +0+0 0 'kurtosis            ' 'False' 'True' 'if yes, kurtosis is a band of output' kur
  5903. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+26 +0+0 0 'entropy             ' 'False' 'True' 'if yes, entropy is a band of output' ent
  5904. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+27 +0+0 0 'contrast            ' 'False' 'True' 'if yes, contrast is a band of output' con
  5905. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+29 +0+0 1 'Compute Each Data Band Separately?' 'No ' 'Yes' 'if yes, Compute each data band statistics separately' b
  5906. -R 1 0 1 13x2+1+31 'Execute' 'do operation ' vstats
  5907. -H 1  13x2+39+31 'Help' 'man page for vstats' KHOROS_HOME/doc/manpages/vstats.1
  5908. -E
  5909. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Compute Statistics on VIFF File (1-D)' dstats
  5910. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+1 +0+0 ' ' 'Input VIFF File     ' 'input file' i
  5911. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Masking File     ' 'statistics operation masking file' m
  5912. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output ASCII File' 'output ASCII file' f
  5913. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'VIFF Output File ' 'VIFF format output file' o
  5914. -b +3+5 'Select Statistics for VIFF Output File:  '
  5915. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+6 +0+0 1 'Save ALL statistics ' 'False' 'True' 'if yes, all stats saved' all
  5916. -b +3+7 'OR Save (selected):'
  5917. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+8 +0+0 0 'mean                ' 'False' 'True' 'if yes, mean is a band of output' mu
  5918. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+9 +0+0 0 'variance            ' 'False' 'True' 'if yes, variance is a band of output' var
  5919. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+10 +0+0 0 'standard deviation  ' 'False' 'True' 'if yes, std deviation is a band of output' sd
  5920. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+11 +0+0 0 'rms                 ' 'False' 'True' 'if yes, rms is a band of output' rms
  5921. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+12 +0+0 0 'maximum value       ' 'False' 'True' 'if yes, maximum value is a band of output' vmax
  5922. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+13 +0+0 0 'x coord of max value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of max value is a band of output' xmax
  5923. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+14 +0+0 0 'minimum value       ' 'False' 'True' 'if yes, minimum value is a band of output' vmin
  5924. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+15 +0+0 0 'x coord of min value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of min value is a band of output' xmin
  5925. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+16 +0+0 0 'integral            ' 'False' 'True' 'if yes, integral value is a band of output' in
  5926. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+17 +0+0 0 'pos part of integral' 'False' 'True' 'if yes, pos part of integral is a band of output' pin
  5927. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+18 +0+0 0 'neg part of integral' 'False' 'True' 'if yes, neg part of integral is a band of output' nin
  5928. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+19 +0+0 0 'num contributing pts' 'False' 'True' 'if yes, num contributing pts is a band of output' pts
  5929. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+20 +0+0 0 'num positive points ' 'False' 'True' 'if yes, num positive pts is a band of output' ppts
  5930. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+21 +0+0 0 'num negative points ' 'False' 'True' 'if yes, num negative pts is a band of output' npts
  5931. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+22 +0+0 0 'skewness            ' 'False' 'True' 'if yes, skewness is a band of output' sk
  5932. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+23 +0+0 0 'kurtosis            ' 'False' 'True' 'if yes, kurtosis is a band of output' kur
  5933. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+24 +0+0 0 'entropy             ' 'False' 'True' 'if yes, entropy is a band of output' ent
  5934. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+25 +0+0 0 'contrast            ' 'False' 'True' 'if yes, contrast is a band of output' con
  5935. -T 1 0 1 1 0 40x1+2+27 +0+0 1 'Data Processing Option (select one):' 'process dir. (0=down vectors, 1=across bands, 2=entire file)' d
  5936. -i 1 0 1 1 0 10x1+3+1 +0+0 0 2 1 'Across Bands' 'Process by Bands' d
  5937. -i 1 0 1 0 0 10x1+3+2 +0+0 0 2 0 'Down Vectors' 'direction of processing (1 = across bands, 0 = down vectors)' d
  5938. -i 1 0 1 0 0 10x1+3+3 +0+0 0 2 2 'Calculate One Stat Set for Entire File' 'Process by Bands' d
  5939. -E
  5940. -R 1 0 1 13x2+1+31 'Execute' 'do operation ' dstats
  5941. -H 1  13x2+39+31 'Help' 'man page for dstats' KHOROS_HOME/doc/manpages/dstats.1
  5942. -E
  5943. -P 1 0 80x40+22+2 +13+0 'Find Peaks or Troughs in Data' dpeakpick
  5944. -I 1 0 0 1 0 1 51x1+1+2 +0+0 ' ' 'Input File          ' 'input file' i ' '
  5945. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f ' '
  5946. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'VIFF Output File' 'VIFF format output file' o ' '
  5947. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+6 +0+0 1    'find peaks or troughs:' 'Troughs' 'Peaks' 'if true, find peaks ' p
  5948. -b +1+8 'Specify Number of Peaks or Troughs to Detect (N):'
  5949. -C 0
  5950. -l 1 0 1 1 0 40x1+4+9 +0+0 1     'Find All               ' 'False' 'True' 'Find all peaks or troughs' all
  5951. -i 1 0 1 0 0 42x1+4+10 +0+0 2 2 1 'Specify Number of Peaks' 'Number of peaks or troughs to find ' n
  5952. -E
  5953. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+12 +0+0 1    'Find ' 'max/min' 'first' 'if FALSE find first n, and if TRUE find max/min n, peaks or troughs' m
  5954. -b +22+12 'N peaks/troughs in sequence.'
  5955. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+13 +0+0 0    'Include Endpoints for P/T Designation' 'False' 'True' 'If TRUE, endpoints will be considered for peak designation' e
  5956. -i 1 0 1 1 0 42x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Window Size              ' 'Num steps on both sides of point on which to base peak decision' w
  5957. -f 1 0 1 0 0 42x1+2+16 +0+0 1 1 0 'Min Height to Width Ratio' 'min that abs value of average slope over window can be' hwr
  5958. -l 1 0 1 1 0 40x1+2+18 +0+0 1 'Data Processing Direction' 'Down Vectors' 'Across Bands' 'data processing direction (0 = down vectors, 1 = across bands)' d 1
  5959. -R 1 0 1 13x2+1+20 'Execute' 'do operation ' dpeakpick
  5960. -H 1   13x2+39+20 'Help' 'man page for dpeakpick' ~KHOROS_HOME/doc/manpages/dpeakpick.1
  5961. -E
  5962. -P 1 1 80x38+22+2 +6+0 'Extract Data for PARSER from a VIFF File' varviff
  5963. -b +0+1 'Connection Filenames:'
  5964. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File' 'input file' i1 '/users4/bigtmp/vstatVAAa01257' '/users4/bigtmp/vstatVAAa01257'
  5965. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Gating VIFF File' 'input file that is passed to output unmodified (used to gate operation)' i2 '/users4/bigtmp/nknorSBAa03571' '/users4/bigtmp/nknorSBAa03571'
  5966. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Optional Output File' 'connecting file' o '/users4/bigtmp/varviBCAa03571' '/users4/bigtmp/varviBCAa03571'
  5967. -b +0+6 'Location of Data in VIFF Structure:'
  5968. -i 1 0 0 1 1 30x1+2+7 +0+0 0 0 0 'X location ' 'x location' x
  5969. -i 1 0 0 1 1 30x1+2+8 +0+0 0 0 0 'Y location ' 'y location' y
  5970. -i 1 0 0 1 1 30x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Band number' 'band number' b
  5971. -s 1 1 0 1 1 47x1+0+11 +0+0 ' ' 'Data Variable Name:' 'variable' v 'MaxVal' 'MaxVal'
  5972. -R 1 0 4 13x2+1+13 'Execute' 'Execute operation' varviff
  5973. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'Man page for varviff' KHOROS_HOME/doc/manpages/varviff.1
  5974. -E
  5975. -P 1 0 80x38+22+2 +4+0 'Print (Image or Plot) Data to the Screen File' vprdata
  5976. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' i
  5977. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Output ASCII File' 'output ASCII file' f
  5978. -l 1 0 1 1 0 50x1+2+7 +0+0 1 'Print Data Format:' 'Column Form' 'Matrix Form' 'if yes (default) print data as matrix, if no then column' m
  5979. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' vprdata
  5980. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vprdata' KHOROS_HOME/doc/manpages/vprdata.1
  5981. -E
  5982. -P 1 0 80x38+22+2 +15+0 'Print the Colormap Values' vprmap
  5983. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image  ' 'input image filename' i
  5984. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f
  5985. -l 1 0 1 1 0 50x1+2+7 +0+0 1 'Print Values Format:' 'Column Form' 'Matrix Form' 'default: print data as matrix' m
  5986. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation ' vprmap
  5987. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vprmap' KHOROS_HOME/doc/manpages/vprmap.1
  5988. -E
  5989. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Change the Comment Field on a VIFF Image File' vcomment
  5990. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'input image' i
  5991. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' xterm -e vcomment
  5992. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vcomment' KHOROS_HOME/doc/manpages/vcomment.1
  5993. -E
  5994. -P 1 0 80x38+22+2 +17+0 'Edit VIFF Header' vheaded
  5995. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input image ' 'Input image' i
  5996. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output image' 'output image' o
  5997. -l 1 0 1 1 0 50x1+2+5 +0+0 0 'Edit dangerous fields' 'No' 'Yes' 'edit dangerous fields' danger
  5998. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'execute operation' xterm -e vheaded
  5999. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vheaded' KHOROS_HOME/doc/manpages/vheaded.1
  6000. -E
  6001. -P 1 0 80x38+22+2 +17+0 'View an ASCII File' xvviewer
  6002. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Filename' 'filename to view' i
  6003. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation ' xvviewer
  6004. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for xvviewer' KHOROS_HOME/doc/manpages/xvviewer.1
  6005. -E
  6006. -E
  6007. -M 1 0 100x40+10+20 +31+1 'File Information' info
  6008. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  6009. -g 1 0 18x1+1+1 'VIFF Information'
  6010. -g 1 0 18x1+1+2 'Image (2D) Stats'
  6011. -g 1 0 18x1+1+3 'Signal (1D) Stats'
  6012. -g 1 0 18x1+1+4 '1D Peak Detector'
  6013. -g 1 1 18x1+1+6 'Extract VIFF Data'
  6014. -g 1 0 18x1+1+8 'Print Data'
  6015. -g 1 0 18x1+1+9 'Print Map Data'
  6016. -g 1 0 18x1+1+11 'Edit VIFF Comment'
  6017. -g 1 0 18x1+1+12 'Edit VIFF Header'
  6018. -g 1 0 18x1+1+14 'ASCII File Viewer'
  6019. -H 1  18x2+1+16 'HELP' 'guide help' KHOROS_HOME/doc/cantata/subforms/info/help
  6020. -Q 1 0 18x2+1+18 'QUIT'
  6021. -E
  6022. -P 1 0 80x38+22+2 +8+0 'Information about a VIFF Image File' vfileinfo
  6023. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' i
  6024. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f
  6025. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation ' vfileinfo
  6026. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vfileinfo' KHOROS_HOME/doc/manpages/vfileinfo.1
  6027. -E
  6028. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Compute Statistics on VIFF File (2-D)' vstats
  6029. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+1 +0+0 ' ' 'Input Image        ' 'input image' i
  6030. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Masking Image   ' 'statistics operation masking image' m
  6031. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f
  6032. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'VIFF Output File' 'VIFF format output file' o
  6033. -b +3+5 'Select statistics for VIFF output file:  '
  6034. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+6 +0+0 1 'Save ALL statistics ' 'False' 'True' 'if yes, all stats saved' all
  6035. -b +3+7 'OR Save (selected):'
  6036. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+8 +0+0 0 'mean                ' 'False' 'True' 'if yes, mean is a band of output' mu
  6037. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+9 +0+0 0 'variance            ' 'False' 'True' 'if yes, variance is a band of output' var
  6038. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+10 +0+0 0 'standard deviation  ' 'False' 'True' 'if yes, std deviation is a band of output' sd
  6039. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+11 +0+0 0 'rms                 ' 'False' 'True' 'if yes, rms is a band of output' rms
  6040. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+12 +0+0 0 'maximum value       ' 'False' 'True' 'if yes, maximum value is a band of output' vmax
  6041. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+13 +0+0 0 'x coord of max value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of max value is a band of output' xmax
  6042. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+14 +0+0 0 'y coord of max value' 'False' 'True' 'if yes, y coord of max value is a band of output' ymax
  6043. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+15 +0+0 0 'minimum value       ' 'False' 'True' 'if yes, minimum value is a band of output' vmin
  6044. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+16 +0+0 0 'x coord of min value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of min value is a band of output' xmin
  6045. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+17 +0+0 0 'y coord of min value' 'False' 'True' 'if yes, y coord of min value is a band of output' ymin
  6046. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+18 +0+0 0 'integral            ' 'False' 'True' 'if yes, integral value is a band of output' in
  6047. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+19 +0+0 0 'pos part of integral' 'False' 'True' 'if yes, pos part of integral is a band of output' pin
  6048. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+20 +0+0 0 'neg part of integral' 'False' 'True' 'if yes, neg part of integral is a band of output' nin
  6049. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+21 +0+0 0 'num contributing pts' 'False' 'True' 'if yes, num contributing pts is a band of output' pts
  6050. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+22 +0+0 0 'num positive points ' 'False' 'True' 'if yes, num positive pts is a band of output' ppts
  6051. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+23 +0+0 0 'num negative points ' 'False' 'True' 'if yes, num negative pts is a band of output' npts
  6052. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+24 +0+0 0 'skewness            ' 'False' 'True' 'if yes, skewness is a band of output' sk
  6053. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+25 +0+0 0 'kurtosis            ' 'False' 'True' 'if yes, kurtosis is a band of output' kur
  6054. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+26 +0+0 0 'entropy             ' 'False' 'True' 'if yes, entropy is a band of output' ent
  6055. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+27 +0+0 0 'contrast            ' 'False' 'True' 'if yes, contrast is a band of output' con
  6056. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+29 +0+0 1 'Compute Each Data Band Separately?' 'No ' 'Yes' 'if yes, Compute each data band statistics separately' b
  6057. -R 1 0 1 13x2+1+31 'Execute' 'do operation ' vstats
  6058. -H 1  13x2+39+31 'Help' 'man page for vstats' KHOROS_HOME/doc/manpages/vstats.1
  6059. -E
  6060. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Compute Statistics on VIFF File (1-D)' dstats
  6061. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+1 +0+0 ' ' 'Input VIFF File     ' 'input file' i
  6062. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Masking File     ' 'statistics operation masking file' m
  6063. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output ASCII File' 'output ASCII file' f
  6064. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'VIFF Output File ' 'VIFF format output file' o
  6065. -b +3+5 'Select Statistics for VIFF Output File:  '
  6066. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+6 +0+0 1 'Save ALL statistics ' 'False' 'True' 'if yes, all stats saved' all
  6067. -b +3+7 'OR Save (selected):'
  6068. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+8 +0+0 0 'mean                ' 'False' 'True' 'if yes, mean is a band of output' mu
  6069. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+9 +0+0 0 'variance            ' 'False' 'True' 'if yes, variance is a band of output' var
  6070. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+10 +0+0 0 'standard deviation  ' 'False' 'True' 'if yes, std deviation is a band of output' sd
  6071. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+11 +0+0 0 'rms                 ' 'False' 'True' 'if yes, rms is a band of output' rms
  6072. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+12 +0+0 0 'maximum value       ' 'False' 'True' 'if yes, maximum value is a band of output' vmax
  6073. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+13 +0+0 0 'x coord of max value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of max value is a band of output' xmax
  6074. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+14 +0+0 0 'minimum value       ' 'False' 'True' 'if yes, minimum value is a band of output' vmin
  6075. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+15 +0+0 0 'x coord of min value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of min value is a band of output' xmin
  6076. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+16 +0+0 0 'integral            ' 'False' 'True' 'if yes, integral value is a band of output' in
  6077. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+17 +0+0 0 'pos part of integral' 'False' 'True' 'if yes, pos part of integral is a band of output' pin
  6078. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+18 +0+0 0 'neg part of integral' 'False' 'True' 'if yes, neg part of integral is a band of output' nin
  6079. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+19 +0+0 0 'num contributing pts' 'False' 'True' 'if yes, num contributing pts is a band of output' pts
  6080. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+20 +0+0 0 'num positive points ' 'False' 'True' 'if yes, num positive pts is a band of output' ppts
  6081. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+21 +0+0 0 'num negative points ' 'False' 'True' 'if yes, num negative pts is a band of output' npts
  6082. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+22 +0+0 0 'skewness            ' 'False' 'True' 'if yes, skewness is a band of output' sk
  6083. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+23 +0+0 0 'kurtosis            ' 'False' 'True' 'if yes, kurtosis is a band of output' kur
  6084. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+24 +0+0 0 'entropy             ' 'False' 'True' 'if yes, entropy is a band of output' ent
  6085. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+25 +0+0 0 'contrast            ' 'False' 'True' 'if yes, contrast is a band of output' con
  6086. -T 1 0 1 1 0 40x1+2+27 +0+0 1 'Data Processing Option (select one):' 'process dir. (0=down vectors, 1=across bands, 2=entire file)' d
  6087. -i 1 0 1 1 0 10x1+3+1 +0+0 0 2 1 'Across Bands' 'Process by Bands' d
  6088. -i 1 0 1 0 0 10x1+3+2 +0+0 0 2 0 'Down Vectors' 'direction of processing (1 = across bands, 0 = down vectors)' d
  6089. -i 1 0 1 0 0 10x1+3+3 +0+0 0 2 2 'Calculate One Stat Set for Entire File' 'Process by Bands' d
  6090. -E
  6091. -R 1 0 1 13x2+1+31 'Execute' 'do operation ' dstats
  6092. -H 1  13x2+39+31 'Help' 'man page for dstats' KHOROS_HOME/doc/manpages/dstats.1
  6093. -E
  6094. -P 1 0 80x40+22+2 +13+0 'Find Peaks or Troughs in Data' dpeakpick
  6095. -I 1 0 0 1 0 1 51x1+1+2 +0+0 ' ' 'Input File          ' 'input file' i ' '
  6096. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f ' '
  6097. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'VIFF Output File' 'VIFF format output file' o ' '
  6098. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+6 +0+0 1    'find peaks or troughs:' 'Troughs' 'Peaks' 'if true, find peaks ' p
  6099. -b +1+8 'Specify Number of Peaks or Troughs to Detect (N):'
  6100. -C 0
  6101. -l 1 0 1 1 0 40x1+4+9 +0+0 1     'Find All               ' 'False' 'True' 'Find all peaks or troughs' all
  6102. -i 1 0 1 0 0 42x1+4+10 +0+0 2 2 1 'Specify Number of Peaks' 'Number of peaks or troughs to find ' n
  6103. -E
  6104. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+12 +0+0 1    'Find ' 'max/min' 'first' 'if FALSE find first n, and if TRUE find max/min n, peaks or troughs' m
  6105. -b +22+12 'N peaks/troughs in sequence.'
  6106. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+13 +0+0 0    'Include Endpoints for P/T Designation' 'False' 'True' 'If TRUE, endpoints will be considered for peak designation' e
  6107. -i 1 0 1 1 0 42x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Window Size              ' 'Num steps on both sides of point on which to base peak decision' w
  6108. -f 1 0 1 0 0 42x1+2+16 +0+0 1 1 0 'Min Height to Width Ratio' 'min that abs value of average slope over window can be' hwr
  6109. -l 1 0 1 1 0 40x1+2+18 +0+0 1 'Data Processing Direction' 'Down Vectors' 'Across Bands' 'data processing direction (0 = down vectors, 1 = across bands)' d 1
  6110. -R 1 0 1 13x2+1+20 'Execute' 'do operation ' dpeakpick
  6111. -H 1   13x2+39+20 'Help' 'man page for dpeakpick' ~KHOROS_HOME/doc/manpages/dpeakpick.1
  6112. -E
  6113. -P 1 1 80x38+22+2 +6+0 'Extract Data for PARSER from a VIFF File' varviff
  6114. -b +0+1 'Connection Filenames:'
  6115. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File' 'input file' i1 '/users4/bigtmp/vstatVAAa01257' '/users4/bigtmp/vstatVAAa01257'
  6116. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Gating VIFF File' 'input file that is passed to output unmodified (used to gate operation)' i2 '/users4/bigtmp/varviBCAa03571' '/users4/bigtmp/varviBCAa03571'
  6117. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Optional Output File' 'connecting file' o '/users4/bigtmp/varviCCAa03571' '/users4/bigtmp/varviCCAa03571'
  6118. -b +0+6 'Location of Data in VIFF Structure:'
  6119. -i 1 0 0 1 1 30x1+2+7 +0+0 0 0 0 'X location ' 'x location' x
  6120. -i 1 0 0 1 1 30x1+2+8 +0+0 0 0 0 'Y location ' 'y location' y
  6121. -i 1 1 0 1 1 30x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Band number' 'band number' b 1 '1'
  6122. -s 1 1 0 1 1 47x1+0+11 +0+0 ' ' 'Data Variable Name:' 'variable' v 'MinVal' 'MinVal'
  6123. -R 1 0 4 13x2+1+13 'Execute' 'Execute operation' varviff
  6124. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'Man page for varviff' KHOROS_HOME/doc/manpages/varviff.1
  6125. -E
  6126. -P 1 0 80x38+22+2 +4+0 'Print (Image or Plot) Data to the Screen File' vprdata
  6127. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' i
  6128. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Output ASCII File' 'output ASCII file' f
  6129. -l 1 0 1 1 0 50x1+2+7 +0+0 1 'Print Data Format:' 'Column Form' 'Matrix Form' 'if yes (default) print data as matrix, if no then column' m
  6130. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' vprdata
  6131. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vprdata' KHOROS_HOME/doc/manpages/vprdata.1
  6132. -E
  6133. -P 1 0 80x38+22+2 +15+0 'Print the Colormap Values' vprmap
  6134. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image  ' 'input image filename' i
  6135. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f
  6136. -l 1 0 1 1 0 50x1+2+7 +0+0 1 'Print Values Format:' 'Column Form' 'Matrix Form' 'default: print data as matrix' m
  6137. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation ' vprmap
  6138. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vprmap' KHOROS_HOME/doc/manpages/vprmap.1
  6139. -E
  6140. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Change the Comment Field on a VIFF Image File' vcomment
  6141. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'input image' i
  6142. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' xterm -e vcomment
  6143. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vcomment' KHOROS_HOME/doc/manpages/vcomment.1
  6144. -E
  6145. -P 1 0 80x38+22+2 +17+0 'Edit VIFF Header' vheaded
  6146. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input image ' 'Input image' i
  6147. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output image' 'output image' o
  6148. -l 1 0 1 1 0 50x1+2+5 +0+0 0 'Edit dangerous fields' 'No' 'Yes' 'edit dangerous fields' danger
  6149. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'execute operation' xterm -e vheaded
  6150. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vheaded' KHOROS_HOME/doc/manpages/vheaded.1
  6151. -E
  6152. -P 1 0 80x38+22+2 +17+0 'View an ASCII File' xvviewer
  6153. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Filename' 'filename to view' i
  6154. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation ' xvviewer
  6155. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for xvviewer' KHOROS_HOME/doc/manpages/xvviewer.1
  6156. -E
  6157. -E
  6158. -E
  6159. #  BeginVariables
  6160.  
  6161.  
  6162. #
  6163. # list of currently declared variables
  6164. #
  6165.  
  6166. # Simple expression 'NormalMergeThreshold'
  6167. NormalMergeThreshold = 1.1
  6168.  
  6169. # Simple expression 'MinPeakValleyRatioAddp'
  6170. MinPeakValleyRatioAddp = 1
  6171.  
  6172. # Simple expression 'MinPeakValleyRatio'
  6173. MinPeakValleyRatio = 1
  6174.  
  6175. # Simple expression 'PeakAdditionIterations'
  6176. PeakAdditionIterations = 0
  6177.  
  6178. # Simple expression 'ScalingMaxval'
  6179. ScalingMaxval = 89
  6180.  
  6181. # Simple expression 'NagaoIterations'
  6182. NagaoIterations = 1
  6183.  
  6184. # Simple expression 'WeymouthIterations'
  6185. WeymouthIterations = 5
  6186.  
  6187. # Simple expression 'EnhancementAlgorithm'
  6188. EnhancementAlgorithm = 1
  6189.  
  6190. # Simple expression 'RemergeTheta'
  6191. RemergeTheta = 2.5
  6192.  
  6193. # Simple expression 'WeakMergeThreshold'
  6194. WeakMergeThreshold = 0.6
  6195.  
  6196. # Simple expression 'StrongMergeThreshold'
  6197. StrongMergeThreshold = 1.7
  6198.  
  6199. # Simple expression 'MinPeakDistanceRelative'
  6200. MinPeakDistanceRelative = 2
  6201.  
  6202. # Dependant expression 'MinPeakDistance'
  6203. # current evaluated value = 0
  6204.   MinPeakDistance = floor((Range*(MinPeakDistanceRelative/100)))
  6205.  
  6206. # Simple expression 'MinPeakDistanceRelativeAddp'
  6207. MinPeakDistanceRelativeAddp = 2
  6208.  
  6209. # Dependant expression 'MinPeakDistanceAddp'
  6210. # current evaluated value = 0
  6211.   MinPeakDistanceAddp = floor((Range*(MinPeakDistanceRelativeAddp/100)))
  6212.  
  6213. # Simple expression 'MinPeakHeightFactor'
  6214. MinPeakHeightFactor = 0.3
  6215.  
  6216. # Dependant expression 'MinPeakHeight'
  6217. # current evaluated value = 76
  6218.   MinPeakHeight = floor((MinPeakHeightFactor*(SectorFactor/Range)))
  6219.  
  6220. # Simple expression 'CSector'
  6221. CSector = 16
  6222.  
  6223. # Simple expression 'RSector'
  6224. RSector = 16
  6225.  
  6226. # Currently Undefined symbol 'MaxVal'
  6227. MaxVal
  6228.  
  6229. # Currently Undefined symbol 'MinVal'
  6230. MinVal
  6231.  
  6232. # Dependant expression 'Range'
  6233. # current evaluated value = 0
  6234.   Range = abs((MaxVal-MinVal))
  6235.  
  6236. # Dependant expression 'SectorFactor'
  6237. # current evaluated value = 256
  6238.   SectorFactor = (RSector*CSector)
  6239.  
  6240. # Simple expression 'MinPeakHeightFactorAddp'
  6241. MinPeakHeightFactorAddp = 0.3
  6242.  
  6243. # Dependant expression 'MinPeakHeightAddp'
  6244. # current evaluated value = 76
  6245.   MinPeakHeightAddp = floor((MinPeakHeightFactorAddp*(SectorFactor/Range)))
  6246.  
  6247.  
  6248. #  EndVariables
  6249. #  BeginEnvironment
  6250. #    Grid 1
  6251. #    GridSize 20
  6252. #    SmallGlyph 0
  6253. #    RubberBand 0
  6254. #    ParallelExec 1
  6255. #    ImageCache 0
  6256. #    Viewport 1
  6257. #    AttachCanvas 1
  6258. #    ShowDav 0
  6259. #    ShowModified 0
  6260. #    EchoRoutine 1
  6261. #    LeaveGlyph 0
  6262. #    DemandDriven 0
  6263. #    ShowClipboard 0
  6264. #    InheritAttributes 1
  6265. #    GlobalVariables 1
  6266. #    AutoPlacement 1
  6267. #    GlyphPlacement 0
  6268. #  EndEnvironment
  6269. # 'genmu' 2 1 'genmu45_glyph' 620+120
  6270. # 'nknormalize' 2 1 'nknormalize46_glyph' 220+280
  6271. # 'remerge' 2 1 'remerge47_glyph' 820+120
  6272. # 'reglab' 2 1 'reglab48_glyph' 720+120
  6273. # 'weymouth' 2 1 'weymouth49_glyph' 300+0
  6274. # 'vstats' 2 1 'vstats50_glyph' 320+200
  6275. # 'merge' 4 1 'merge8_control' 0+80
  6276. # 'READ 1st' 6 1 'READ 1st13_comment' 0+0
  6277. # 'if_else' 4 1 'if_else9_control' 140+80
  6278. # 'nagao' 2 1 'nagao51_glyph' 300+100
  6279. # 'merge' 4 1 'merge10_control' 400+0
  6280. # 'VeryHigh' 6 1 'VeryHigh14_comment' 0+180
  6281. # 'base def' 6 1 'base def15_comment' 60+0
  6282. # 'varviff' 2 1 'varviff52_glyph' 420+140
  6283. # 'varviff' 2 1 'varviff53_glyph' 520+120
  6284. # EndWorkspace
  6285. # 'nkvh_blue' 3 1 'nkvh_blue6_procedure' 220+400
  6286. # BeginWorkspace
  6287. -F 4.2 1 1 0x0+0+0 +0+0 'Dummy Form' not_used
  6288. -S 1 0
  6289. -d 1 0 9x2+2+2 'Subform 22'
  6290. -d 1 0 9x2+22+2 'Subform 23'
  6291. -d 1 0 9x2+4+2 'Subform 25'
  6292. -d 1 0 9x2+8+2 'Subform 27'
  6293. -d 1 0 9x2+10+2 'Subform 28'
  6294. -d 1 0 9x2+12+2 'Subform 29'
  6295. -d 1 0 9x2+14+2 'Subform 30'
  6296. -d 1 0 9x2+28+2 'Subform 2'
  6297. -d 1 0 9x2+32+2 'Subform 4'
  6298. -d 1 0 9x2+34+2 'Subform 5'
  6299. -d 1 0 9x2+36+2 'Subform 6'
  6300. -d 1 0 9x2+38+2 'Subform 3'
  6301. -d 1 0 9x2+46+2 'Subform 8'
  6302. -d 1 0 9x2+44+2 'Subform 1'
  6303. -d 1 0 9x2+46+2 'Subform 2'
  6304. -E
  6305. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  6306. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  6307. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  6308. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  6309. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  6310. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  6311. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  6312. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  6313. -g 1 1 18x1+1+10 'GenMu'
  6314. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  6315. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  6316. -g 1 0 18x1+1+13 'ReMerge'
  6317. -g 1 0 18x1+1+13 'RegLab'
  6318. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  6319. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  6320. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  6321. -g 1 0 18x1+1+18 'ShowEdges'
  6322. -g 1 0 18x1+1+19 'ShowLines'
  6323. -g 1 0 18x1+1+21 'intensity'
  6324. -g 1 0 18x1+1+23 'VisImages'
  6325. -H 1  18x2+1+25 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  6326. -Q 1 0 18x2+1+27 'QUIT'
  6327. -E
  6328. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  6329. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  6330. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  6331. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  6332. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  6333. -E
  6334. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  6335. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  6336. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  6337. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  6338. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  6339. -E
  6340. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  6341. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  6342. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  6343. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  6344. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  6345. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  6346. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  6347. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  6348. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  6349. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  6350. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  6351. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  6352. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  6353. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  6354. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  6355. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  6356. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  6357. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  6358. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  6359. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  6360. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  6361. -E
  6362. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  6363. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  6364. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  6365. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  6366. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  6367. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  6368. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  6369. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  6370. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  6371. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  6372. -E
  6373. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  6374. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  6375. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  6376. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  6377. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  6378. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  6379. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  6380. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  6381. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  6382. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  6383. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  6384. -E
  6385. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  6386. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  6387. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  6388. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  6389. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  6390. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  6391. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  6392. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  6393. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  6394. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  6395. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  6396. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  6397. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  6398. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  6399. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  6400. -E
  6401. -P 1 1 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  6402. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg '/users4/bigtmp/varviOCAa03571' '/users4/bigtmp/varviOCAa03571'
  6403. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector 16 'RSector'
  6404. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector 16 'CSector'
  6405. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval 0 'MinVal'
  6406. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval 0 'MaxVal'
  6407. -i 1 1 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin 0 '0'
  6408. -i 1 1 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth 1 '1'
  6409. -i 1 1 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize 3 '3'
  6410. -s 1 1 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0'
  6411. -T 1 1 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound 0
  6412. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  6413. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  6414. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  6415. -E
  6416. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist 15 'MinPeakDistance'
  6417. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp 0 'MinPeakDistanceAddp'
  6418. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight 3 'MinPeakHeight'
  6419. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp 1 'MinPeakHeightAddp'
  6420. -f 1 1 1 1 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr 3 'MinPeakValleyRatio'
  6421. -f 1 1 1 1 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp 1 'MinPeakValleyRatioAddp'
  6422. -i 1 1 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim 5 '5'
  6423. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer 2 'PeakAdditionIterations'
  6424. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg '/users4/bigtmp/genmuDCAa03571' '/users4/bigtmp/genmuDCAa03571'
  6425. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  6426. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  6427. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  6428. -E
  6429. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  6430. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  6431. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  6432. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  6433. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  6434. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  6435. -E
  6436. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  6437. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  6438. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  6439. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  6440. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  6441. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  6442. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  6443. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  6444. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  6445. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  6446. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  6447. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  6448. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  6449. -E
  6450. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  6451. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  6452. -E
  6453. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  6454. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  6455. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg
  6456. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector
  6457. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector
  6458. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  6459. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh
  6460. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta
  6461. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  6462. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  6463. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  6464. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  6465. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  6466. -E
  6467. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  6468. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  6469. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  6470. -E
  6471. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  6472. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg
  6473. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  6474. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  6475. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  6476. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  6477. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  6478. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  6479. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  6480. -E
  6481. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  6482. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  6483. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg
  6484. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  6485. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  6486. -E
  6487. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  6488. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  6489. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  6490. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  6491. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  6492. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  6493. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  6494. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  6495. -E
  6496. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  6497. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  6498. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  6499. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  6500. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  6501. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  6502. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  6503. -E
  6504. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  6505. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  6506. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  6507. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  6508. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  6509. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  6510. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  6511. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  6512. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  6513. -E
  6514. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  6515. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  6516. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  6517. -E
  6518. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  6519. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  6520. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  6521. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  6522. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  6523. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  6524. -E
  6525. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  6526. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  6527. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  6528. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  6529. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  6530. -E
  6531. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  6532. -b +18+1 'Intensity from color'
  6533. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  6534. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  6535. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  6536. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  6537. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  6538. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  6539. -E
  6540. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  6541. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  6542. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  6543. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  6544. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  6545. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  6546. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  6547. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  6548. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  6549. -E
  6550. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  6551. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  6552. -E
  6553. -E
  6554. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  6555. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  6556. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  6557. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  6558. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  6559. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  6560. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  6561. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  6562. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  6563. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  6564. -g 1 1 18x1+1+12 'NK Normalize'
  6565. -g 1 0 18x1+1+13 'ReMerge'
  6566. -g 1 0 18x1+1+13 'RegLab'
  6567. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  6568. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  6569. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  6570. -g 1 0 18x1+1+18 'ShowEdges'
  6571. -g 1 0 18x1+1+19 'ShowLines'
  6572. -g 1 0 18x1+1+21 'intensity'
  6573. -g 1 0 18x1+1+23 'VisImages'
  6574. -H 1  18x2+1+25 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  6575. -Q 1 0 18x2+1+27 'QUIT'
  6576. -E
  6577. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  6578. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  6579. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  6580. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  6581. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  6582. -E
  6583. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  6584. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  6585. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  6586. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  6587. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  6588. -E
  6589. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  6590. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  6591. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  6592. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  6593. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  6594. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  6595. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  6596. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  6597. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  6598. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  6599. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  6600. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  6601. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  6602. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  6603. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  6604. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  6605. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  6606. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  6607. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  6608. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  6609. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  6610. -E
  6611. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  6612. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  6613. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  6614. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  6615. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  6616. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  6617. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  6618. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  6619. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  6620. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  6621. -E
  6622. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  6623. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  6624. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  6625. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  6626. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  6627. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  6628. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  6629. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  6630. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  6631. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  6632. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  6633. -E
  6634. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  6635. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  6636. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  6637. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  6638. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  6639. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  6640. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  6641. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  6642. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  6643. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  6644. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  6645. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  6646. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  6647. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  6648. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  6649. -E
  6650. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  6651. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  6652. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  6653. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  6654. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  6655. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  6656. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  6657. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  6658. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  6659. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  6660. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  6661. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  6662. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  6663. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  6664. -E
  6665. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  6666. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  6667. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  6668. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  6669. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  6670. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  6671. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  6672. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  6673. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  6674. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  6675. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  6676. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  6677. -E
  6678. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  6679. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  6680. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  6681. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  6682. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  6683. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  6684. -E
  6685. -P 1 1 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  6686. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  6687. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  6688. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg '/users4/bigtmp/mergeMCAa03571' '/users4/bigtmp/mergeMCAa03571'
  6689. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  6690. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  6691. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper 89 'ScalingMaxval'
  6692. -T 1 1 1 1 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype 1
  6693. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x 0
  6694. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  6695. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  6696. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  6697. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x 0
  6698. -E
  6699. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg '/users4/bigtmp/nknorECAa03571' '/users4/bigtmp/nknorECAa03571'
  6700. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  6701. -E
  6702. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  6703. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  6704. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg
  6705. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector
  6706. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector
  6707. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  6708. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh
  6709. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta
  6710. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  6711. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  6712. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  6713. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  6714. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  6715. -E
  6716. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  6717. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  6718. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  6719. -E
  6720. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  6721. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg
  6722. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  6723. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  6724. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  6725. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  6726. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  6727. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  6728. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  6729. -E
  6730. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  6731. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  6732. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg
  6733. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  6734. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  6735. -E
  6736. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  6737. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  6738. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  6739. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  6740. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  6741. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  6742. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  6743. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  6744. -E
  6745. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  6746. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  6747. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  6748. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  6749. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  6750. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  6751. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  6752. -E
  6753. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  6754. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  6755. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  6756. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  6757. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  6758. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  6759. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  6760. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  6761. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  6762. -E
  6763. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  6764. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  6765. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  6766. -E
  6767. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  6768. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  6769. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  6770. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  6771. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  6772. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  6773. -E
  6774. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  6775. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  6776. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  6777. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  6778. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  6779. -E
  6780. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  6781. -b +18+1 'Intensity from color'
  6782. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  6783. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  6784. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  6785. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  6786. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  6787. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  6788. -E
  6789. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  6790. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  6791. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  6792. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  6793. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  6794. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  6795. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  6796. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  6797. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  6798. -E
  6799. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  6800. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  6801. -E
  6802. -E
  6803. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  6804. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  6805. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  6806. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  6807. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  6808. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  6809. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  6810. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  6811. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  6812. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  6813. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  6814. -g 1 1 18x1+1+13 'ReMerge'
  6815. -g 1 0 18x1+1+13 'RegLab'
  6816. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  6817. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  6818. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  6819. -g 1 0 18x1+1+18 'ShowEdges'
  6820. -g 1 0 18x1+1+19 'ShowLines'
  6821. -g 1 0 18x1+1+21 'intensity'
  6822. -g 1 0 18x1+1+23 'VisImages'
  6823. -H 1  18x2+1+25 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  6824. -Q 1 0 18x2+1+27 'QUIT'
  6825. -E
  6826. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  6827. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  6828. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  6829. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  6830. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  6831. -E
  6832. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  6833. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  6834. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  6835. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  6836. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  6837. -E
  6838. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  6839. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  6840. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  6841. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  6842. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  6843. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  6844. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  6845. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  6846. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  6847. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  6848. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  6849. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  6850. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  6851. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  6852. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  6853. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  6854. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  6855. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  6856. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  6857. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  6858. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  6859. -E
  6860. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  6861. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  6862. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  6863. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  6864. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  6865. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  6866. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  6867. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  6868. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  6869. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  6870. -E
  6871. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  6872. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  6873. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  6874. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  6875. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  6876. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  6877. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  6878. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  6879. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  6880. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  6881. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  6882. -E
  6883. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  6884. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  6885. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  6886. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  6887. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  6888. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  6889. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  6890. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  6891. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  6892. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  6893. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  6894. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  6895. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  6896. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  6897. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  6898. -E
  6899. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  6900. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  6901. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  6902. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  6903. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  6904. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  6905. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  6906. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  6907. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  6908. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  6909. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  6910. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  6911. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  6912. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  6913. -E
  6914. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  6915. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  6916. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  6917. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  6918. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  6919. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  6920. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  6921. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  6922. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  6923. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  6924. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  6925. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  6926. -E
  6927. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  6928. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  6929. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  6930. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  6931. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  6932. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  6933. -E
  6934. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  6935. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  6936. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  6937. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  6938. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  6939. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  6940. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  6941. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  6942. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  6943. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  6944. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  6945. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  6946. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  6947. -E
  6948. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  6949. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  6950. -E
  6951. -P 1 1 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  6952. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg '/users4/bigtmp/reglaGCAa03571' '/users4/bigtmp/reglaGCAa03571'
  6953. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg '/users4/bigtmp/nknorECAa03571' '/users4/bigtmp/nknorECAa03571'
  6954. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector 16 'RSector'
  6955. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector 16 'CSector'
  6956. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  6957. -f 1 1 1 1 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh 1.1 'NormalMergeThreshold'
  6958. -f 1 1 1 1 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta 2.5 'RemergeTheta'
  6959. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  6960. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  6961. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  6962. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  6963. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  6964. -E
  6965. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg '/users4/bigtmp/remerFCAa03571' '/users4/bigtmp/remerFCAa03571'
  6966. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  6967. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  6968. -E
  6969. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  6970. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg
  6971. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  6972. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  6973. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  6974. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  6975. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  6976. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  6977. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  6978. -E
  6979. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  6980. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  6981. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg
  6982. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  6983. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  6984. -E
  6985. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  6986. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  6987. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  6988. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  6989. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  6990. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  6991. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  6992. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  6993. -E
  6994. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  6995. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  6996. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  6997. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  6998. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  6999. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  7000. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  7001. -E
  7002. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  7003. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  7004. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  7005. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  7006. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  7007. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  7008. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  7009. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  7010. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  7011. -E
  7012. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  7013. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  7014. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  7015. -E
  7016. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  7017. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  7018. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  7019. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  7020. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  7021. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  7022. -E
  7023. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  7024. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  7025. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  7026. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  7027. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  7028. -E
  7029. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  7030. -b +18+1 'Intensity from color'
  7031. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  7032. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  7033. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  7034. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  7035. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  7036. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  7037. -E
  7038. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  7039. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  7040. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  7041. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  7042. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  7043. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  7044. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  7045. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  7046. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  7047. -E
  7048. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  7049. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  7050. -E
  7051. -E
  7052. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  7053. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  7054. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  7055. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  7056. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  7057. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  7058. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  7059. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  7060. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  7061. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  7062. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  7063. -g 1 0 18x1+1+13 'ReMerge'
  7064. -g 1 1 18x1+1+13 'RegLab'
  7065. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  7066. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  7067. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  7068. -g 1 0 18x1+1+18 'ShowEdges'
  7069. -g 1 0 18x1+1+19 'ShowLines'
  7070. -g 1 0 18x1+1+21 'intensity'
  7071. -g 1 0 18x1+1+23 'VisImages'
  7072. -H 1  18x2+1+25 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  7073. -Q 1 0 18x2+1+27 'QUIT'
  7074. -E
  7075. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  7076. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  7077. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  7078. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  7079. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  7080. -E
  7081. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  7082. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  7083. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  7084. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  7085. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  7086. -E
  7087. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  7088. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  7089. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  7090. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  7091. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  7092. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  7093. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  7094. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  7095. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  7096. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  7097. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  7098. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  7099. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  7100. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  7101. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  7102. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  7103. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  7104. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  7105. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  7106. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  7107. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  7108. -E
  7109. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  7110. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  7111. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  7112. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  7113. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  7114. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  7115. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  7116. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  7117. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  7118. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  7119. -E
  7120. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  7121. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  7122. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  7123. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  7124. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  7125. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  7126. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  7127. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  7128. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  7129. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  7130. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  7131. -E
  7132. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  7133. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  7134. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  7135. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  7136. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  7137. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  7138. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  7139. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  7140. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  7141. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  7142. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  7143. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  7144. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  7145. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  7146. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  7147. -E
  7148. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  7149. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  7150. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  7151. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  7152. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  7153. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  7154. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  7155. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  7156. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  7157. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  7158. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  7159. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  7160. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  7161. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  7162. -E
  7163. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  7164. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  7165. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  7166. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  7167. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  7168. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  7169. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  7170. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  7171. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  7172. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  7173. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  7174. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  7175. -E
  7176. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  7177. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  7178. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  7179. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  7180. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  7181. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  7182. -E
  7183. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  7184. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  7185. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  7186. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  7187. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  7188. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  7189. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  7190. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  7191. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  7192. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  7193. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  7194. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  7195. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  7196. -E
  7197. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  7198. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  7199. -E
  7200. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  7201. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  7202. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg
  7203. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector
  7204. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector
  7205. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  7206. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh
  7207. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta
  7208. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  7209. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  7210. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  7211. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  7212. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  7213. -E
  7214. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  7215. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  7216. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  7217. -E
  7218. -P 1 1 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  7219. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg '/users4/bigtmp/genmuDCAa03571' '/users4/bigtmp/genmuDCAa03571'
  7220. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  7221. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector 16 'RSector'
  7222. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector 16 'CSector'
  7223. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  7224. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  7225. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  7226. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  7227. -E
  7228. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  7229. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  7230. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg '/users4/bigtmp/reglaGCAa03571' '/users4/bigtmp/reglaGCAa03571'
  7231. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  7232. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  7233. -E
  7234. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  7235. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  7236. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  7237. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  7238. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  7239. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  7240. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  7241. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  7242. -E
  7243. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  7244. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  7245. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  7246. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  7247. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  7248. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  7249. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  7250. -E
  7251. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  7252. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  7253. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  7254. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  7255. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  7256. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  7257. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  7258. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  7259. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  7260. -E
  7261. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  7262. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  7263. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  7264. -E
  7265. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  7266. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  7267. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  7268. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  7269. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  7270. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  7271. -E
  7272. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  7273. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  7274. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  7275. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  7276. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  7277. -E
  7278. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  7279. -b +18+1 'Intensity from color'
  7280. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  7281. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  7282. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  7283. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  7284. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  7285. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  7286. -E
  7287. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  7288. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  7289. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  7290. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  7291. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  7292. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  7293. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  7294. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  7295. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  7296. -E
  7297. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  7298. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  7299. -E
  7300. -E
  7301. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  7302. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  7303. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  7304. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  7305. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  7306. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  7307. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  7308. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  7309. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  7310. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  7311. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  7312. -g 1 0 18x1+1+13 'ReMerge'
  7313. -g 1 0 18x1+1+13 'RegLab'
  7314. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  7315. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  7316. -g 1 1 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  7317. -g 1 0 18x1+1+18 'ShowEdges'
  7318. -g 1 0 18x1+1+19 'ShowLines'
  7319. -g 1 0 18x1+1+21 'intensity'
  7320. -g 1 0 18x1+1+23 'VisImages'
  7321. -H 1  18x2+1+25 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  7322. -Q 1 0 18x2+1+27 'QUIT'
  7323. -E
  7324. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  7325. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  7326. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  7327. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  7328. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  7329. -E
  7330. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  7331. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  7332. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  7333. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  7334. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  7335. -E
  7336. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  7337. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  7338. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  7339. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  7340. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  7341. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  7342. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  7343. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  7344. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  7345. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  7346. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  7347. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  7348. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  7349. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  7350. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  7351. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  7352. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  7353. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  7354. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  7355. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  7356. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  7357. -E
  7358. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  7359. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  7360. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  7361. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  7362. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  7363. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  7364. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  7365. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  7366. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  7367. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  7368. -E
  7369. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  7370. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  7371. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  7372. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  7373. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  7374. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  7375. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  7376. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  7377. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  7378. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  7379. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  7380. -E
  7381. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  7382. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  7383. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  7384. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  7385. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  7386. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  7387. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  7388. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  7389. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  7390. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  7391. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  7392. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  7393. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  7394. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  7395. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  7396. -E
  7397. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  7398. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  7399. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  7400. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  7401. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  7402. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  7403. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  7404. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  7405. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  7406. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  7407. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  7408. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  7409. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  7410. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  7411. -E
  7412. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  7413. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  7414. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  7415. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  7416. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  7417. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  7418. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  7419. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  7420. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  7421. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  7422. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  7423. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  7424. -E
  7425. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  7426. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  7427. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  7428. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  7429. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  7430. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  7431. -E
  7432. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  7433. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  7434. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  7435. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  7436. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  7437. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  7438. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  7439. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  7440. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  7441. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  7442. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  7443. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  7444. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  7445. -E
  7446. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  7447. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  7448. -E
  7449. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  7450. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  7451. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg
  7452. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector
  7453. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector
  7454. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  7455. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh
  7456. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta
  7457. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  7458. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  7459. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  7460. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  7461. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  7462. -E
  7463. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  7464. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  7465. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  7466. -E
  7467. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  7468. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg
  7469. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  7470. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  7471. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  7472. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  7473. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  7474. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  7475. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  7476. -E
  7477. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  7478. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  7479. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg
  7480. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  7481. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  7482. -E
  7483. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  7484. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  7485. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  7486. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  7487. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  7488. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  7489. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  7490. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  7491. -E
  7492. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  7493. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  7494. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  7495. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  7496. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  7497. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  7498. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  7499. -E
  7500. -P 1 1 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  7501. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg '/users4/bigtmp/if_elJCAa03571' '/users4/bigtmp/if_elJCAa03571'
  7502. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations 5 'WeymouthIterations'
  7503. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  7504. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  7505. -T 1 1 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version 2
  7506. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal 1
  7507. -l 1 0 1 1 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified 0
  7508. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  7509. -E
  7510. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg '/users4/bigtmp/weymoHCAa03571' '/users4/bigtmp/weymoHCAa03571'
  7511. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  7512. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  7513. -E
  7514. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  7515. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  7516. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  7517. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  7518. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  7519. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  7520. -E
  7521. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  7522. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  7523. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  7524. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  7525. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  7526. -E
  7527. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  7528. -b +18+1 'Intensity from color'
  7529. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  7530. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  7531. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  7532. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  7533. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  7534. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  7535. -E
  7536. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  7537. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  7538. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  7539. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  7540. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  7541. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  7542. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  7543. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  7544. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  7545. -E
  7546. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  7547. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  7548. -E
  7549. -E
  7550. -M 1 0 100x40+10+20 +31+1 'File Information' info
  7551. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  7552. -g 1 0 18x1+1+1 'VIFF Information'
  7553. -g 1 1 18x1+1+2 'Image (2D) Stats'
  7554. -g 1 0 18x1+1+3 'Signal (1D) Stats'
  7555. -g 1 0 18x1+1+4 '1D Peak Detector'
  7556. -g 1 0 18x1+1+6 'Extract VIFF Data'
  7557. -g 1 0 18x1+1+8 'Print Data'
  7558. -g 1 0 18x1+1+9 'Print Map Data'
  7559. -g 1 0 18x1+1+11 'Edit VIFF Comment'
  7560. -g 1 0 18x1+1+12 'Edit VIFF Header'
  7561. -g 1 0 18x1+1+14 'ASCII File Viewer'
  7562. -H 1  18x2+1+16 'HELP' 'guide help' KHOROS_HOME/doc/cantata/subforms/info/help
  7563. -Q 1 0 18x2+1+18 'QUIT'
  7564. -E
  7565. -P 1 0 80x38+22+2 +8+0 'Information about a VIFF Image File' vfileinfo
  7566. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' i
  7567. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f
  7568. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation ' vfileinfo
  7569. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vfileinfo' KHOROS_HOME/doc/manpages/vfileinfo.1
  7570. -E
  7571. -P 1 1 80x38+22+2 +7+0 'Compute Statistics on VIFF File (2-D)' vstats
  7572. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+1 +0+0 ' ' 'Input Image        ' 'input image' i '/users4/bigtmp/nknorECAa03571' '/users4/bigtmp/nknorECAa03571'
  7573. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Masking Image   ' 'statistics operation masking image' m ' ' ' '
  7574. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f '/users4/bigtmp/vstatBBAa28013' '/users4/bigtmp/vstatBBAa28013'
  7575. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'VIFF Output File' 'VIFF format output file' o '/users4/bigtmp/vstatVAAa01257' '/users4/bigtmp/vstatVAAa01257'
  7576. -b +3+5 'Select statistics for VIFF output file:  '
  7577. -l 1 1 1 1 0 30x1+5+6 +0+0 1 'Save ALL statistics ' 'False' 'True' 'if yes, all stats saved' all 0
  7578. -b +3+7 'OR Save (selected):'
  7579. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+8 +0+0 0 'mean                ' 'False' 'True' 'if yes, mean is a band of output' mu 0
  7580. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+9 +0+0 0 'variance            ' 'False' 'True' 'if yes, variance is a band of output' var 0
  7581. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+10 +0+0 0 'standard deviation  ' 'False' 'True' 'if yes, std deviation is a band of output' sd 0
  7582. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+11 +0+0 0 'rms                 ' 'False' 'True' 'if yes, rms is a band of output' rms 0
  7583. -l 1 1 1 1 0 30x1+5+12 +0+0 0 'maximum value       ' 'False' 'True' 'if yes, maximum value is a band of output' vmax 1
  7584. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+13 +0+0 0 'x coord of max value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of max value is a band of output' xmax 0
  7585. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+14 +0+0 0 'y coord of max value' 'False' 'True' 'if yes, y coord of max value is a band of output' ymax 0
  7586. -l 1 1 1 1 0 30x1+5+15 +0+0 0 'minimum value       ' 'False' 'True' 'if yes, minimum value is a band of output' vmin 1
  7587. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+16 +0+0 0 'x coord of min value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of min value is a band of output' xmin 0
  7588. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+17 +0+0 0 'y coord of min value' 'False' 'True' 'if yes, y coord of min value is a band of output' ymin 0
  7589. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+18 +0+0 0 'integral            ' 'False' 'True' 'if yes, integral value is a band of output' in 0
  7590. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+19 +0+0 0 'pos part of integral' 'False' 'True' 'if yes, pos part of integral is a band of output' pin 0
  7591. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+20 +0+0 0 'neg part of integral' 'False' 'True' 'if yes, neg part of integral is a band of output' nin 0
  7592. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+21 +0+0 0 'num contributing pts' 'False' 'True' 'if yes, num contributing pts is a band of output' pts 0
  7593. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+22 +0+0 0 'num positive points ' 'False' 'True' 'if yes, num positive pts is a band of output' ppts 0
  7594. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+23 +0+0 0 'num negative points ' 'False' 'True' 'if yes, num negative pts is a band of output' npts 0
  7595. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+24 +0+0 0 'skewness            ' 'False' 'True' 'if yes, skewness is a band of output' sk 0
  7596. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+25 +0+0 0 'kurtosis            ' 'False' 'True' 'if yes, kurtosis is a band of output' kur 0
  7597. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+26 +0+0 0 'entropy             ' 'False' 'True' 'if yes, entropy is a band of output' ent 0
  7598. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+27 +0+0 0 'contrast            ' 'False' 'True' 'if yes, contrast is a band of output' con 0
  7599. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+29 +0+0 1 'Compute Each Data Band Separately?' 'No ' 'Yes' 'if yes, Compute each data band statistics separately' b
  7600. -R 1 0 1 13x2+1+31 'Execute' 'do operation ' vstats
  7601. -H 1  13x2+39+31 'Help' 'man page for vstats' KHOROS_HOME/doc/manpages/vstats.1
  7602. -E
  7603. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Compute Statistics on VIFF File (1-D)' dstats
  7604. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+1 +0+0 ' ' 'Input VIFF File     ' 'input file' i
  7605. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Masking File     ' 'statistics operation masking file' m
  7606. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output ASCII File' 'output ASCII file' f
  7607. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'VIFF Output File ' 'VIFF format output file' o
  7608. -b +3+5 'Select Statistics for VIFF Output File:  '
  7609. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+6 +0+0 1 'Save ALL statistics ' 'False' 'True' 'if yes, all stats saved' all
  7610. -b +3+7 'OR Save (selected):'
  7611. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+8 +0+0 0 'mean                ' 'False' 'True' 'if yes, mean is a band of output' mu
  7612. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+9 +0+0 0 'variance            ' 'False' 'True' 'if yes, variance is a band of output' var
  7613. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+10 +0+0 0 'standard deviation  ' 'False' 'True' 'if yes, std deviation is a band of output' sd
  7614. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+11 +0+0 0 'rms                 ' 'False' 'True' 'if yes, rms is a band of output' rms
  7615. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+12 +0+0 0 'maximum value       ' 'False' 'True' 'if yes, maximum value is a band of output' vmax
  7616. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+13 +0+0 0 'x coord of max value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of max value is a band of output' xmax
  7617. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+14 +0+0 0 'minimum value       ' 'False' 'True' 'if yes, minimum value is a band of output' vmin
  7618. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+15 +0+0 0 'x coord of min value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of min value is a band of output' xmin
  7619. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+16 +0+0 0 'integral            ' 'False' 'True' 'if yes, integral value is a band of output' in
  7620. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+17 +0+0 0 'pos part of integral' 'False' 'True' 'if yes, pos part of integral is a band of output' pin
  7621. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+18 +0+0 0 'neg part of integral' 'False' 'True' 'if yes, neg part of integral is a band of output' nin
  7622. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+19 +0+0 0 'num contributing pts' 'False' 'True' 'if yes, num contributing pts is a band of output' pts
  7623. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+20 +0+0 0 'num positive points ' 'False' 'True' 'if yes, num positive pts is a band of output' ppts
  7624. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+21 +0+0 0 'num negative points ' 'False' 'True' 'if yes, num negative pts is a band of output' npts
  7625. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+22 +0+0 0 'skewness            ' 'False' 'True' 'if yes, skewness is a band of output' sk
  7626. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+23 +0+0 0 'kurtosis            ' 'False' 'True' 'if yes, kurtosis is a band of output' kur
  7627. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+24 +0+0 0 'entropy             ' 'False' 'True' 'if yes, entropy is a band of output' ent
  7628. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+25 +0+0 0 'contrast            ' 'False' 'True' 'if yes, contrast is a band of output' con
  7629. -T 1 0 1 1 0 40x1+2+27 +0+0 1 'Data Processing Option (select one):' 'process dir. (0=down vectors, 1=across bands, 2=entire file)' d
  7630. -i 1 0 1 1 0 10x1+3+1 +0+0 0 2 1 'Across Bands' 'Process by Bands' d
  7631. -i 1 0 1 0 0 10x1+3+2 +0+0 0 2 0 'Down Vectors' 'direction of processing (1 = across bands, 0 = down vectors)' d
  7632. -i 1 0 1 0 0 10x1+3+3 +0+0 0 2 2 'Calculate One Stat Set for Entire File' 'Process by Bands' d
  7633. -E
  7634. -R 1 0 1 13x2+1+31 'Execute' 'do operation ' dstats
  7635. -H 1  13x2+39+31 'Help' 'man page for dstats' KHOROS_HOME/doc/manpages/dstats.1
  7636. -E
  7637. -P 1 0 80x40+22+2 +13+0 'Find Peaks or Troughs in Data' dpeakpick
  7638. -I 1 0 0 1 0 1 51x1+1+2 +0+0 ' ' 'Input File          ' 'input file' i ' '
  7639. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f ' '
  7640. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'VIFF Output File' 'VIFF format output file' o ' '
  7641. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+6 +0+0 1    'find peaks or troughs:' 'Troughs' 'Peaks' 'if true, find peaks ' p
  7642. -b +1+8 'Specify Number of Peaks or Troughs to Detect (N):'
  7643. -C 0
  7644. -l 1 0 1 1 0 40x1+4+9 +0+0 1     'Find All               ' 'False' 'True' 'Find all peaks or troughs' all
  7645. -i 1 0 1 0 0 42x1+4+10 +0+0 2 2 1 'Specify Number of Peaks' 'Number of peaks or troughs to find ' n
  7646. -E
  7647. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+12 +0+0 1    'Find ' 'max/min' 'first' 'if FALSE find first n, and if TRUE find max/min n, peaks or troughs' m
  7648. -b +22+12 'N peaks/troughs in sequence.'
  7649. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+13 +0+0 0    'Include Endpoints for P/T Designation' 'False' 'True' 'If TRUE, endpoints will be considered for peak designation' e
  7650. -i 1 0 1 1 0 42x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Window Size              ' 'Num steps on both sides of point on which to base peak decision' w
  7651. -f 1 0 1 0 0 42x1+2+16 +0+0 1 1 0 'Min Height to Width Ratio' 'min that abs value of average slope over window can be' hwr
  7652. -l 1 0 1 1 0 40x1+2+18 +0+0 1 'Data Processing Direction' 'Down Vectors' 'Across Bands' 'data processing direction (0 = down vectors, 1 = across bands)' d 1
  7653. -R 1 0 1 13x2+1+20 'Execute' 'do operation ' dpeakpick
  7654. -H 1   13x2+39+20 'Help' 'man page for dpeakpick' ~KHOROS_HOME/doc/manpages/dpeakpick.1
  7655. -E
  7656. -P 1 0 80x38+22+2 +6+0 'Extract Data for PARSER from a VIFF File' varviff
  7657. -b +0+1 'Connection Filenames:'
  7658. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File' 'input file' i1
  7659. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Gating VIFF File' 'input file that is passed to output unmodified (used to gate operation)' i2
  7660. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Optional Output File' 'connecting file' o
  7661. -b +0+6 'Location of Data in VIFF Structure:'
  7662. -i 1 0 0 1 1 30x1+2+7 +0+0 0 0 0 'X location ' 'x location' x
  7663. -i 1 0 0 1 1 30x1+2+8 +0+0 0 0 0 'Y location ' 'y location' y
  7664. -i 1 0 0 1 1 30x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Band number' 'band number' b
  7665. -s 1 0 0 1 1 47x1+0+11 +0+0 ' ' 'Data Variable Name:' 'variable' v
  7666. -R 1 0 4 13x2+1+13 'Execute' 'Execute operation' varviff
  7667. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'Man page for varviff' KHOROS_HOME/doc/manpages/varviff.1
  7668. -E
  7669. -P 1 0 80x38+22+2 +4+0 'Print (Image or Plot) Data to the Screen File' vprdata
  7670. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' i
  7671. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Output ASCII File' 'output ASCII file' f
  7672. -l 1 0 1 1 0 50x1+2+7 +0+0 1 'Print Data Format:' 'Column Form' 'Matrix Form' 'if yes (default) print data as matrix, if no then column' m
  7673. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' vprdata
  7674. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vprdata' KHOROS_HOME/doc/manpages/vprdata.1
  7675. -E
  7676. -P 1 0 80x38+22+2 +15+0 'Print the Colormap Values' vprmap
  7677. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image  ' 'input image filename' i
  7678. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f
  7679. -l 1 0 1 1 0 50x1+2+7 +0+0 1 'Print Values Format:' 'Column Form' 'Matrix Form' 'default: print data as matrix' m
  7680. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation ' vprmap
  7681. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vprmap' KHOROS_HOME/doc/manpages/vprmap.1
  7682. -E
  7683. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Change the Comment Field on a VIFF Image File' vcomment
  7684. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'input image' i
  7685. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' xterm -e vcomment
  7686. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vcomment' KHOROS_HOME/doc/manpages/vcomment.1
  7687. -E
  7688. -P 1 0 80x38+22+2 +17+0 'Edit VIFF Header' vheaded
  7689. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input image ' 'Input image' i
  7690. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output image' 'output image' o
  7691. -l 1 0 1 1 0 50x1+2+5 +0+0 0 'Edit dangerous fields' 'No' 'Yes' 'edit dangerous fields' danger
  7692. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'execute operation' xterm -e vheaded
  7693. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vheaded' KHOROS_HOME/doc/manpages/vheaded.1
  7694. -E
  7695. -P 1 0 80x38+22+2 +17+0 'View an ASCII File' xvviewer
  7696. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Filename' 'filename to view' i
  7697. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation ' xvviewer
  7698. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for xvviewer' KHOROS_HOME/doc/manpages/xvviewer.1
  7699. -E
  7700. -E
  7701. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Standard Control Structures' control
  7702. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  7703. -g 1 0 18x1+1+2 'Count-Loop'
  7704. -g 1 0 18x1+1+3 'While-Loop'
  7705. -g 1 0 18x1+1+5 'If-Then-Else'
  7706. -g 1 1 18x1+1+6 'Merge'
  7707. -H 1  18x2+1+11 'HELP' 'guide help' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/help/Overview
  7708. -Q 1 0 18x2+1+13 'QUIT'
  7709. -E
  7710. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'Counting-Loop Control Structure' count_loop
  7711. -b +0+1 'Counting-Loop Parameters:'
  7712. -s 1 0 0 1 0 40x1+1+2 +0+0 ' ' 'Loop Control Variable' 'loop control variable' lcv
  7713. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+3 +0+0 0 0 1 'Initial Value     ' 'initial value' init
  7714. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+4 +0+0 0 0 1 'Increment Value   ' 'increment value' incr
  7715. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+5 +0+0 0 0 1 'Final Value       ' 'test value' test
  7716. -b +0+6 'Control Path Connections:'
  7717. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+7 +0+0 ' ' 'Initial input' 'Initial input file' i_in
  7718. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +0+0 ' ' '   Loop input ' 'Loop input file' i_lp
  7719. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Exit output' 'Exit output file' o_ex
  7720. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+10 +0+0 ' ' '   Loop output' 'Loop output file' o_lp
  7721. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for count_loop' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/count_loop/help
  7722. -E
  7723. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'While-Loop Control Structure' while_loop
  7724. -b +0+1 'While-Loop Parameters:'
  7725. -i 1 0 1 0 0 50x1+1+2 +0+0 0 0 1 'Initial Expression' 'Initial expression' init
  7726. -i 1 0 1 0 0 50x1+1+3 +0+0 0 0 1 'Update Expression ' 'Update expression' update
  7727. -i 1 0 0 1 0 50x1+1+4 +0+0 0 0 1 '   Test Condition    ' 'Test condition' test
  7728. -b +0+6 'Control Path Connections:'
  7729. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+7 +0+0 ' ' 'Initial input' 'Initial input file' i_in
  7730. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +0+0 ' ' '   Loop input ' 'Loop input file' i_lp
  7731. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Exit output' 'Exit output file' o_ex
  7732. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+10 +0+0 ' ' '   Loop output' 'Loop output file' o_lp
  7733. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for while_loop' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/while_loop/help
  7734. -E
  7735. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'If-Then-Else Control Structure' if_else
  7736. -i 1 0 0 1 0 50x1+1+2 +0+0 0 0 1 'If Conditional Expression' 'Boolean expression' cond
  7737. -b +0+4 'Control Path Connections:'
  7738. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+5 +3+0 ' ' 'Input ' 'input_file' i
  7739. -b +1+6 'Then (TRUE)'
  7740. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+7 +3+0 ' ' 'Output' 'TRUE output file' o1
  7741. -b +1+8 'Else (FALSE)'
  7742. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Output' 'FALSE output file' o2
  7743. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for if_then_else' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/if_else/help
  7744. -E
  7745. -P 1 1 80x38+22+2 +18+0 'Merge Structure' merge
  7746. -b +1+2 'Control Path Connections:'
  7747. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+4 +3+0 ' ' 'Input 1' 'input file 1' i1 '/users4/bigtmp/mergeSCAa03571' '/users4/bigtmp/mergeSCAa03571'
  7748. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+6 +0+0 ' ' 'Input 2' 'input file 2' i2 ' ' ' '
  7749. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +3+0 ' ' 'Output ' 'output file' o '/users4/bigtmp/mergeICAa03571' '/users4/bigtmp/mergeICAa03571'
  7750. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for merge' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/merge/help
  7751. -E
  7752. -E
  7753. -M 1 0 80x38+0+0 +5+1 'Enter Comment' comment
  7754. -P 1 1 80x38+0+0 +6+1 'Comment Pane used to comment a cantata workspace' comment
  7755. -s 1 0 0 1 0 22x1+1+3 +0+0 ' comment' 'Glyph  Label' 'Label for cantata glyph' label 'READ 1st' 'READ 1st'
  7756. -b +1+5 'Text area for commenting the cantata workspace'
  7757. -s 1 0 0 1 0 55x10+0+6 +0+0 ' ' ' ' 'first string' comment 'This is the NaginKohler segmentation procedure.\n\nIt has a number of different settings: medium, high, very \nhigh, low, and very low - see the comment boxes labeled\nmedium, high, very high, low, and very low.\n\n' 'This is the NaginKohler segmentation procedure.\n\nIt has a number of different settings: medium, high, very \nhigh, low, and very low - see the comment boxes labeled\nmedium, high, very high, low, and very low.\n\n'
  7758. -Q 1 0 13x2+2+15 'QUIT'
  7759. -H 1  13x2+42+15 'Help' 'man page for workspace management' KHOROS_HOME/doc/cantata/edit/comment/help
  7760. -E
  7761. -E
  7762. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Standard Control Structures' control
  7763. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  7764. -g 1 0 18x1+1+2 'Count-Loop'
  7765. -g 1 0 18x1+1+3 'While-Loop'
  7766. -g 1 1 18x1+1+5 'If-Then-Else'
  7767. -g 1 0 18x1+1+6 'Merge'
  7768. -H 1  18x2+1+11 'HELP' 'guide help' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/help/Overview
  7769. -Q 1 0 18x2+1+13 'QUIT'
  7770. -E
  7771. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'Counting-Loop Control Structure' count_loop
  7772. -b +0+1 'Counting-Loop Parameters:'
  7773. -s 1 0 0 1 0 40x1+1+2 +0+0 ' ' 'Loop Control Variable' 'loop control variable' lcv
  7774. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+3 +0+0 0 0 1 'Initial Value     ' 'initial value' init
  7775. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+4 +0+0 0 0 1 'Increment Value   ' 'increment value' incr
  7776. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+5 +0+0 0 0 1 'Final Value       ' 'test value' test
  7777. -b +0+6 'Control Path Connections:'
  7778. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+7 +0+0 ' ' 'Initial input' 'Initial input file' i_in
  7779. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +0+0 ' ' '   Loop input ' 'Loop input file' i_lp
  7780. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Exit output' 'Exit output file' o_ex
  7781. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+10 +0+0 ' ' '   Loop output' 'Loop output file' o_lp
  7782. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for count_loop' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/count_loop/help
  7783. -E
  7784. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'While-Loop Control Structure' while_loop
  7785. -b +0+1 'While-Loop Parameters:'
  7786. -i 1 0 1 0 0 50x1+1+2 +0+0 0 0 1 'Initial Expression' 'Initial expression' init
  7787. -i 1 0 1 0 0 50x1+1+3 +0+0 0 0 1 'Update Expression ' 'Update expression' update
  7788. -i 1 0 0 1 0 50x1+1+4 +0+0 0 0 1 '   Test Condition    ' 'Test condition' test
  7789. -b +0+6 'Control Path Connections:'
  7790. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+7 +0+0 ' ' 'Initial input' 'Initial input file' i_in
  7791. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +0+0 ' ' '   Loop input ' 'Loop input file' i_lp
  7792. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Exit output' 'Exit output file' o_ex
  7793. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+10 +0+0 ' ' '   Loop output' 'Loop output file' o_lp
  7794. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for while_loop' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/while_loop/help
  7795. -E
  7796. -P 1 1 80x38+22+2 +10+0 'If-Then-Else Control Structure' if_else
  7797. -i 1 0 0 1 0 50x1+1+2 +0+0 0 0 1 'If Conditional Expression' 'Boolean expression' cond 1 'EnhancementAlgorithm'
  7798. -b +0+4 'Control Path Connections:'
  7799. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+5 +3+0 ' ' 'Input ' 'input_file' i '/users4/bigtmp/mergeICAa03571' '/users4/bigtmp/mergeICAa03571'
  7800. -b +1+6 'Then (TRUE)'
  7801. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+7 +3+0 ' ' 'Output' 'TRUE output file' o1 '/users4/bigtmp/if_elJCAa03571' '/users4/bigtmp/if_elJCAa03571'
  7802. -b +1+8 'Else (FALSE)'
  7803. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Output' 'FALSE output file' o2 '/users4/bigtmp/if_elKCAa03571' '/users4/bigtmp/if_elKCAa03571'
  7804. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for if_then_else' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/if_else/help
  7805. -E
  7806. -P 1 0 80x38+22+2 +18+0 'Merge Structure' merge
  7807. -b +1+2 'Control Path Connections:'
  7808. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+4 +3+0 ' ' 'Input 1' 'input file 1' i1
  7809. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+6 +0+0 ' ' 'Input 2' 'input file 2' i2
  7810. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +3+0 ' ' 'Output ' 'output file' o
  7811. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for merge' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/merge/help
  7812. -E
  7813. -E
  7814. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  7815. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  7816. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  7817. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  7818. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  7819. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  7820. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  7821. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  7822. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  7823. -g 1 1 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  7824. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  7825. -g 1 0 18x1+1+13 'ReMerge'
  7826. -g 1 0 18x1+1+13 'RegLab'
  7827. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  7828. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  7829. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  7830. -g 1 0 18x1+1+18 'ShowEdges'
  7831. -g 1 0 18x1+1+19 'ShowLines'
  7832. -g 1 0 18x1+1+21 'intensity'
  7833. -g 1 0 18x1+1+23 'VisImages'
  7834. -H 1  18x2+1+25 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  7835. -Q 1 0 18x2+1+27 'QUIT'
  7836. -E
  7837. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  7838. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  7839. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  7840. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  7841. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  7842. -E
  7843. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  7844. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  7845. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  7846. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  7847. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  7848. -E
  7849. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  7850. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  7851. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  7852. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  7853. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  7854. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  7855. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  7856. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  7857. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  7858. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  7859. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  7860. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  7861. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  7862. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  7863. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  7864. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  7865. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  7866. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  7867. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  7868. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  7869. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  7870. -E
  7871. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  7872. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  7873. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  7874. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  7875. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  7876. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  7877. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  7878. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  7879. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  7880. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  7881. -E
  7882. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  7883. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  7884. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  7885. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  7886. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  7887. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  7888. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  7889. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  7890. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  7891. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  7892. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  7893. -E
  7894. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  7895. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  7896. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  7897. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  7898. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  7899. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  7900. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  7901. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  7902. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  7903. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  7904. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  7905. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  7906. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  7907. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  7908. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  7909. -E
  7910. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  7911. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  7912. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  7913. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  7914. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  7915. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  7916. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  7917. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  7918. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  7919. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  7920. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  7921. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  7922. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  7923. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  7924. -E
  7925. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  7926. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  7927. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  7928. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  7929. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  7930. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  7931. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  7932. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  7933. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  7934. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  7935. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  7936. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  7937. -E
  7938. -P 1 1 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  7939. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg '/users4/bigtmp/if_elKCAa03571' '/users4/bigtmp/if_elKCAa03571'
  7940. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations 1 'NagaoIterations'
  7941. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg '/users4/bigtmp/nagaoLCAa03571' '/users4/bigtmp/nagaoLCAa03571'
  7942. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  7943. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  7944. -E
  7945. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  7946. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  7947. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  7948. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  7949. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  7950. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  7951. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  7952. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  7953. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  7954. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  7955. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  7956. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  7957. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  7958. -E
  7959. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  7960. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  7961. -E
  7962. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  7963. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  7964. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg
  7965. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector
  7966. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector
  7967. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  7968. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh
  7969. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta
  7970. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  7971. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  7972. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  7973. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  7974. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  7975. -E
  7976. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  7977. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  7978. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  7979. -E
  7980. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  7981. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg
  7982. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  7983. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  7984. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  7985. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  7986. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  7987. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  7988. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  7989. -E
  7990. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  7991. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  7992. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg
  7993. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  7994. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  7995. -E
  7996. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  7997. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  7998. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  7999. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  8000. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  8001. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  8002. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  8003. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  8004. -E
  8005. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  8006. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  8007. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  8008. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  8009. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  8010. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  8011. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  8012. -E
  8013. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  8014. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  8015. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  8016. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  8017. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  8018. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  8019. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  8020. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  8021. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  8022. -E
  8023. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  8024. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  8025. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  8026. -E
  8027. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  8028. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  8029. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  8030. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  8031. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  8032. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  8033. -E
  8034. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  8035. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  8036. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  8037. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  8038. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  8039. -E
  8040. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  8041. -b +18+1 'Intensity from color'
  8042. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  8043. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  8044. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  8045. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  8046. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  8047. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  8048. -E
  8049. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  8050. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  8051. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  8052. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  8053. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  8054. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  8055. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  8056. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  8057. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  8058. -E
  8059. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  8060. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  8061. -E
  8062. -E
  8063. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Standard Control Structures' control
  8064. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  8065. -g 1 0 18x1+1+2 'Count-Loop'
  8066. -g 1 0 18x1+1+3 'While-Loop'
  8067. -g 1 0 18x1+1+5 'If-Then-Else'
  8068. -g 1 1 18x1+1+6 'Merge'
  8069. -H 1  18x2+1+11 'HELP' 'guide help' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/help/Overview
  8070. -Q 1 0 18x2+1+13 'QUIT'
  8071. -E
  8072. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'Counting-Loop Control Structure' count_loop
  8073. -b +0+1 'Counting-Loop Parameters:'
  8074. -s 1 0 0 1 0 40x1+1+2 +0+0 ' ' 'Loop Control Variable' 'loop control variable' lcv
  8075. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+3 +0+0 0 0 1 'Initial Value     ' 'initial value' init
  8076. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+4 +0+0 0 0 1 'Increment Value   ' 'increment value' incr
  8077. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+5 +0+0 0 0 1 'Final Value       ' 'test value' test
  8078. -b +0+6 'Control Path Connections:'
  8079. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+7 +0+0 ' ' 'Initial input' 'Initial input file' i_in
  8080. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +0+0 ' ' '   Loop input ' 'Loop input file' i_lp
  8081. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Exit output' 'Exit output file' o_ex
  8082. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+10 +0+0 ' ' '   Loop output' 'Loop output file' o_lp
  8083. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for count_loop' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/count_loop/help
  8084. -E
  8085. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'While-Loop Control Structure' while_loop
  8086. -b +0+1 'While-Loop Parameters:'
  8087. -i 1 0 1 0 0 50x1+1+2 +0+0 0 0 1 'Initial Expression' 'Initial expression' init
  8088. -i 1 0 1 0 0 50x1+1+3 +0+0 0 0 1 'Update Expression ' 'Update expression' update
  8089. -i 1 0 0 1 0 50x1+1+4 +0+0 0 0 1 '   Test Condition    ' 'Test condition' test
  8090. -b +0+6 'Control Path Connections:'
  8091. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+7 +0+0 ' ' 'Initial input' 'Initial input file' i_in
  8092. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +0+0 ' ' '   Loop input ' 'Loop input file' i_lp
  8093. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Exit output' 'Exit output file' o_ex
  8094. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+10 +0+0 ' ' '   Loop output' 'Loop output file' o_lp
  8095. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for while_loop' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/while_loop/help
  8096. -E
  8097. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'If-Then-Else Control Structure' if_else
  8098. -i 1 0 0 1 0 50x1+1+2 +0+0 0 0 1 'If Conditional Expression' 'Boolean expression' cond
  8099. -b +0+4 'Control Path Connections:'
  8100. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+5 +3+0 ' ' 'Input ' 'input_file' i
  8101. -b +1+6 'Then (TRUE)'
  8102. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+7 +3+0 ' ' 'Output' 'TRUE output file' o1
  8103. -b +1+8 'Else (FALSE)'
  8104. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Output' 'FALSE output file' o2
  8105. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for if_then_else' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/if_else/help
  8106. -E
  8107. -P 1 1 80x38+22+2 +18+0 'Merge Structure' merge
  8108. -b +1+2 'Control Path Connections:'
  8109. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+4 +3+0 ' ' 'Input 1' 'input file 1' i1 '/users4/bigtmp/weymoHCAa03571' '/users4/bigtmp/weymoHCAa03571'
  8110. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+1+6 +0+0 ' ' 'Input 2' 'input file 2' i2 '/users4/bigtmp/nagaoLCAa03571' '/users4/bigtmp/nagaoLCAa03571'
  8111. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +3+0 ' ' 'Output ' 'output file' o '/users4/bigtmp/mergeMCAa03571' '/users4/bigtmp/mergeMCAa03571'
  8112. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for merge' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/merge/help
  8113. -E
  8114. -E
  8115. -M 1 0 80x38+0+0 +5+1 'Enter Comment' comment
  8116. -P 1 1 80x38+0+0 +6+1 'Comment Pane used to comment a cantata workspace' comment
  8117. -s 1 0 0 1 0 22x1+1+3 +0+0 ' comment' 'Glyph  Label' 'Label for cantata glyph' label 'VeryHigh' 'VeryHigh'
  8118. -b +1+5 'Text area for commenting the cantata workspace'
  8119. -s 1 0 0 1 0 55x10+0+6 +0+0 ' ' ' ' 'first string' comment 'RSector =  16\nCSector = 16\nPeakAdditionIterations = 0\nMinPeakDistanceRelative = 2\nMinPeakDistanceRelativeAddp = 2\nMinPeakHeightFactor = 0.3\nMinPeakHeightFactorAddp = 0.3\nMinPeakValleyRatio = 1.0\nMinPeakValleyRatioAddp = 1.0\nNormalMergeThreshold = 1.1\nWeakMergeThreshold = 0.6\nStrongMergeThreshold  = 1.7\n' 'RSector =  16\nCSector = 16\nPeakAdditionIterations = 0\nMinPeakDistanceRelative = 2\nMinPeakDistanceRelativeAddp = 2\nMinPeakHeightFactor = 0.3\nMinPeakHeightFactorAddp = 0.3\nMinPeakValleyRatio = 1.0\nMinPeakValleyRatioAddp = 1.0\nNormalMergeThreshold = 1.1\nWeakMergeThreshold = 0.6\nStrongMergeThreshold  = 1.7\n'
  8120. -Q 1 0 13x2+2+15 'QUIT'
  8121. -H 1  13x2+42+15 'Help' 'man page for workspace management' KHOROS_HOME/doc/cantata/edit/comment/help
  8122. -E
  8123. -E
  8124. -M 1 0 80x38+0+0 +5+1 'Enter Comment' comment
  8125. -P 1 1 80x38+0+0 +6+1 'Comment Pane used to comment a cantata workspace' comment
  8126. -s 1 0 0 1 0 22x1+1+3 +0+0 ' comment' 'Glyph  Label' 'Label for cantata glyph' label 'base def' 'base def'
  8127. -b +1+5 'Text area for commenting the cantata workspace'
  8128. -s 1 0 0 1 0 55x10+0+6 +0+0 ' ' ' ' 'first string' comment 'ScalingMaxval = 89\nNagaoIterations = 1\nWeymouthIterations = 5\nEnhancementAlgorithm = 1\nRemergeTheta = 2.5\n' 'ScalingMaxval = 89\nNagaoIterations = 1\nWeymouthIterations = 5\nEnhancementAlgorithm = 1\nRemergeTheta = 2.5\n'
  8129. -Q 1 0 13x2+2+15 'QUIT'
  8130. -H 1  13x2+42+15 'Help' 'man page for workspace management' KHOROS_HOME/doc/cantata/edit/comment/help
  8131. -E
  8132. -E
  8133. -M 1 0 100x40+10+20 +31+1 'File Information' info
  8134. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  8135. -g 1 0 18x1+1+1 'VIFF Information'
  8136. -g 1 0 18x1+1+2 'Image (2D) Stats'
  8137. -g 1 0 18x1+1+3 'Signal (1D) Stats'
  8138. -g 1 0 18x1+1+4 '1D Peak Detector'
  8139. -g 1 1 18x1+1+6 'Extract VIFF Data'
  8140. -g 1 0 18x1+1+8 'Print Data'
  8141. -g 1 0 18x1+1+9 'Print Map Data'
  8142. -g 1 0 18x1+1+11 'Edit VIFF Comment'
  8143. -g 1 0 18x1+1+12 'Edit VIFF Header'
  8144. -g 1 0 18x1+1+14 'ASCII File Viewer'
  8145. -H 1  18x2+1+16 'HELP' 'guide help' KHOROS_HOME/doc/cantata/subforms/info/help
  8146. -Q 1 0 18x2+1+18 'QUIT'
  8147. -E
  8148. -P 1 0 80x38+22+2 +8+0 'Information about a VIFF Image File' vfileinfo
  8149. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' i
  8150. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f
  8151. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation ' vfileinfo
  8152. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vfileinfo' KHOROS_HOME/doc/manpages/vfileinfo.1
  8153. -E
  8154. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Compute Statistics on VIFF File (2-D)' vstats
  8155. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+1 +0+0 ' ' 'Input Image        ' 'input image' i
  8156. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Masking Image   ' 'statistics operation masking image' m
  8157. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f
  8158. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'VIFF Output File' 'VIFF format output file' o
  8159. -b +3+5 'Select statistics for VIFF output file:  '
  8160. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+6 +0+0 1 'Save ALL statistics ' 'False' 'True' 'if yes, all stats saved' all
  8161. -b +3+7 'OR Save (selected):'
  8162. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+8 +0+0 0 'mean                ' 'False' 'True' 'if yes, mean is a band of output' mu
  8163. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+9 +0+0 0 'variance            ' 'False' 'True' 'if yes, variance is a band of output' var
  8164. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+10 +0+0 0 'standard deviation  ' 'False' 'True' 'if yes, std deviation is a band of output' sd
  8165. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+11 +0+0 0 'rms                 ' 'False' 'True' 'if yes, rms is a band of output' rms
  8166. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+12 +0+0 0 'maximum value       ' 'False' 'True' 'if yes, maximum value is a band of output' vmax
  8167. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+13 +0+0 0 'x coord of max value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of max value is a band of output' xmax
  8168. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+14 +0+0 0 'y coord of max value' 'False' 'True' 'if yes, y coord of max value is a band of output' ymax
  8169. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+15 +0+0 0 'minimum value       ' 'False' 'True' 'if yes, minimum value is a band of output' vmin
  8170. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+16 +0+0 0 'x coord of min value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of min value is a band of output' xmin
  8171. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+17 +0+0 0 'y coord of min value' 'False' 'True' 'if yes, y coord of min value is a band of output' ymin
  8172. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+18 +0+0 0 'integral            ' 'False' 'True' 'if yes, integral value is a band of output' in
  8173. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+19 +0+0 0 'pos part of integral' 'False' 'True' 'if yes, pos part of integral is a band of output' pin
  8174. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+20 +0+0 0 'neg part of integral' 'False' 'True' 'if yes, neg part of integral is a band of output' nin
  8175. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+21 +0+0 0 'num contributing pts' 'False' 'True' 'if yes, num contributing pts is a band of output' pts
  8176. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+22 +0+0 0 'num positive points ' 'False' 'True' 'if yes, num positive pts is a band of output' ppts
  8177. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+23 +0+0 0 'num negative points ' 'False' 'True' 'if yes, num negative pts is a band of output' npts
  8178. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+24 +0+0 0 'skewness            ' 'False' 'True' 'if yes, skewness is a band of output' sk
  8179. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+25 +0+0 0 'kurtosis            ' 'False' 'True' 'if yes, kurtosis is a band of output' kur
  8180. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+26 +0+0 0 'entropy             ' 'False' 'True' 'if yes, entropy is a band of output' ent
  8181. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+27 +0+0 0 'contrast            ' 'False' 'True' 'if yes, contrast is a band of output' con
  8182. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+29 +0+0 1 'Compute Each Data Band Separately?' 'No ' 'Yes' 'if yes, Compute each data band statistics separately' b
  8183. -R 1 0 1 13x2+1+31 'Execute' 'do operation ' vstats
  8184. -H 1  13x2+39+31 'Help' 'man page for vstats' KHOROS_HOME/doc/manpages/vstats.1
  8185. -E
  8186. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Compute Statistics on VIFF File (1-D)' dstats
  8187. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+1 +0+0 ' ' 'Input VIFF File     ' 'input file' i
  8188. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Masking File     ' 'statistics operation masking file' m
  8189. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output ASCII File' 'output ASCII file' f
  8190. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'VIFF Output File ' 'VIFF format output file' o
  8191. -b +3+5 'Select Statistics for VIFF Output File:  '
  8192. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+6 +0+0 1 'Save ALL statistics ' 'False' 'True' 'if yes, all stats saved' all
  8193. -b +3+7 'OR Save (selected):'
  8194. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+8 +0+0 0 'mean                ' 'False' 'True' 'if yes, mean is a band of output' mu
  8195. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+9 +0+0 0 'variance            ' 'False' 'True' 'if yes, variance is a band of output' var
  8196. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+10 +0+0 0 'standard deviation  ' 'False' 'True' 'if yes, std deviation is a band of output' sd
  8197. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+11 +0+0 0 'rms                 ' 'False' 'True' 'if yes, rms is a band of output' rms
  8198. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+12 +0+0 0 'maximum value       ' 'False' 'True' 'if yes, maximum value is a band of output' vmax
  8199. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+13 +0+0 0 'x coord of max value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of max value is a band of output' xmax
  8200. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+14 +0+0 0 'minimum value       ' 'False' 'True' 'if yes, minimum value is a band of output' vmin
  8201. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+15 +0+0 0 'x coord of min value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of min value is a band of output' xmin
  8202. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+16 +0+0 0 'integral            ' 'False' 'True' 'if yes, integral value is a band of output' in
  8203. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+17 +0+0 0 'pos part of integral' 'False' 'True' 'if yes, pos part of integral is a band of output' pin
  8204. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+18 +0+0 0 'neg part of integral' 'False' 'True' 'if yes, neg part of integral is a band of output' nin
  8205. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+19 +0+0 0 'num contributing pts' 'False' 'True' 'if yes, num contributing pts is a band of output' pts
  8206. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+20 +0+0 0 'num positive points ' 'False' 'True' 'if yes, num positive pts is a band of output' ppts
  8207. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+21 +0+0 0 'num negative points ' 'False' 'True' 'if yes, num negative pts is a band of output' npts
  8208. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+22 +0+0 0 'skewness            ' 'False' 'True' 'if yes, skewness is a band of output' sk
  8209. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+23 +0+0 0 'kurtosis            ' 'False' 'True' 'if yes, kurtosis is a band of output' kur
  8210. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+24 +0+0 0 'entropy             ' 'False' 'True' 'if yes, entropy is a band of output' ent
  8211. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+25 +0+0 0 'contrast            ' 'False' 'True' 'if yes, contrast is a band of output' con
  8212. -T 1 0 1 1 0 40x1+2+27 +0+0 1 'Data Processing Option (select one):' 'process dir. (0=down vectors, 1=across bands, 2=entire file)' d
  8213. -i 1 0 1 1 0 10x1+3+1 +0+0 0 2 1 'Across Bands' 'Process by Bands' d
  8214. -i 1 0 1 0 0 10x1+3+2 +0+0 0 2 0 'Down Vectors' 'direction of processing (1 = across bands, 0 = down vectors)' d
  8215. -i 1 0 1 0 0 10x1+3+3 +0+0 0 2 2 'Calculate One Stat Set for Entire File' 'Process by Bands' d
  8216. -E
  8217. -R 1 0 1 13x2+1+31 'Execute' 'do operation ' dstats
  8218. -H 1  13x2+39+31 'Help' 'man page for dstats' KHOROS_HOME/doc/manpages/dstats.1
  8219. -E
  8220. -P 1 0 80x40+22+2 +13+0 'Find Peaks or Troughs in Data' dpeakpick
  8221. -I 1 0 0 1 0 1 51x1+1+2 +0+0 ' ' 'Input File          ' 'input file' i ' '
  8222. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f ' '
  8223. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'VIFF Output File' 'VIFF format output file' o ' '
  8224. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+6 +0+0 1    'find peaks or troughs:' 'Troughs' 'Peaks' 'if true, find peaks ' p
  8225. -b +1+8 'Specify Number of Peaks or Troughs to Detect (N):'
  8226. -C 0
  8227. -l 1 0 1 1 0 40x1+4+9 +0+0 1     'Find All               ' 'False' 'True' 'Find all peaks or troughs' all
  8228. -i 1 0 1 0 0 42x1+4+10 +0+0 2 2 1 'Specify Number of Peaks' 'Number of peaks or troughs to find ' n
  8229. -E
  8230. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+12 +0+0 1    'Find ' 'max/min' 'first' 'if FALSE find first n, and if TRUE find max/min n, peaks or troughs' m
  8231. -b +22+12 'N peaks/troughs in sequence.'
  8232. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+13 +0+0 0    'Include Endpoints for P/T Designation' 'False' 'True' 'If TRUE, endpoints will be considered for peak designation' e
  8233. -i 1 0 1 1 0 42x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Window Size              ' 'Num steps on both sides of point on which to base peak decision' w
  8234. -f 1 0 1 0 0 42x1+2+16 +0+0 1 1 0 'Min Height to Width Ratio' 'min that abs value of average slope over window can be' hwr
  8235. -l 1 0 1 1 0 40x1+2+18 +0+0 1 'Data Processing Direction' 'Down Vectors' 'Across Bands' 'data processing direction (0 = down vectors, 1 = across bands)' d 1
  8236. -R 1 0 1 13x2+1+20 'Execute' 'do operation ' dpeakpick
  8237. -H 1   13x2+39+20 'Help' 'man page for dpeakpick' ~KHOROS_HOME/doc/manpages/dpeakpick.1
  8238. -E
  8239. -P 1 1 80x38+22+2 +6+0 'Extract Data for PARSER from a VIFF File' varviff
  8240. -b +0+1 'Connection Filenames:'
  8241. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File' 'input file' i1 '/users4/bigtmp/vstatVAAa01257' '/users4/bigtmp/vstatVAAa01257'
  8242. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Gating VIFF File' 'input file that is passed to output unmodified (used to gate operation)' i2 '/users4/bigtmp/nknorECAa03571' '/users4/bigtmp/nknorECAa03571'
  8243. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Optional Output File' 'connecting file' o '/users4/bigtmp/varviNCAa03571' '/users4/bigtmp/varviNCAa03571'
  8244. -b +0+6 'Location of Data in VIFF Structure:'
  8245. -i 1 0 0 1 1 30x1+2+7 +0+0 0 0 0 'X location ' 'x location' x
  8246. -i 1 0 0 1 1 30x1+2+8 +0+0 0 0 0 'Y location ' 'y location' y
  8247. -i 1 0 0 1 1 30x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Band number' 'band number' b
  8248. -s 1 1 0 1 1 47x1+0+11 +0+0 ' ' 'Data Variable Name:' 'variable' v 'MaxVal' 'MaxVal'
  8249. -R 1 0 4 13x2+1+13 'Execute' 'Execute operation' varviff
  8250. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'Man page for varviff' KHOROS_HOME/doc/manpages/varviff.1
  8251. -E
  8252. -P 1 0 80x38+22+2 +4+0 'Print (Image or Plot) Data to the Screen File' vprdata
  8253. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' i
  8254. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Output ASCII File' 'output ASCII file' f
  8255. -l 1 0 1 1 0 50x1+2+7 +0+0 1 'Print Data Format:' 'Column Form' 'Matrix Form' 'if yes (default) print data as matrix, if no then column' m
  8256. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' vprdata
  8257. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vprdata' KHOROS_HOME/doc/manpages/vprdata.1
  8258. -E
  8259. -P 1 0 80x38+22+2 +15+0 'Print the Colormap Values' vprmap
  8260. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image  ' 'input image filename' i
  8261. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f
  8262. -l 1 0 1 1 0 50x1+2+7 +0+0 1 'Print Values Format:' 'Column Form' 'Matrix Form' 'default: print data as matrix' m
  8263. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation ' vprmap
  8264. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vprmap' KHOROS_HOME/doc/manpages/vprmap.1
  8265. -E
  8266. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Change the Comment Field on a VIFF Image File' vcomment
  8267. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'input image' i
  8268. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' xterm -e vcomment
  8269. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vcomment' KHOROS_HOME/doc/manpages/vcomment.1
  8270. -E
  8271. -P 1 0 80x38+22+2 +17+0 'Edit VIFF Header' vheaded
  8272. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input image ' 'Input image' i
  8273. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output image' 'output image' o
  8274. -l 1 0 1 1 0 50x1+2+5 +0+0 0 'Edit dangerous fields' 'No' 'Yes' 'edit dangerous fields' danger
  8275. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'execute operation' xterm -e vheaded
  8276. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vheaded' KHOROS_HOME/doc/manpages/vheaded.1
  8277. -E
  8278. -P 1 0 80x38+22+2 +17+0 'View an ASCII File' xvviewer
  8279. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Filename' 'filename to view' i
  8280. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation ' xvviewer
  8281. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for xvviewer' KHOROS_HOME/doc/manpages/xvviewer.1
  8282. -E
  8283. -E
  8284. -M 1 0 100x40+10+20 +31+1 'File Information' info
  8285. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  8286. -g 1 0 18x1+1+1 'VIFF Information'
  8287. -g 1 0 18x1+1+2 'Image (2D) Stats'
  8288. -g 1 0 18x1+1+3 'Signal (1D) Stats'
  8289. -g 1 0 18x1+1+4 '1D Peak Detector'
  8290. -g 1 1 18x1+1+6 'Extract VIFF Data'
  8291. -g 1 0 18x1+1+8 'Print Data'
  8292. -g 1 0 18x1+1+9 'Print Map Data'
  8293. -g 1 0 18x1+1+11 'Edit VIFF Comment'
  8294. -g 1 0 18x1+1+12 'Edit VIFF Header'
  8295. -g 1 0 18x1+1+14 'ASCII File Viewer'
  8296. -H 1  18x2+1+16 'HELP' 'guide help' KHOROS_HOME/doc/cantata/subforms/info/help
  8297. -Q 1 0 18x2+1+18 'QUIT'
  8298. -E
  8299. -P 1 0 80x38+22+2 +8+0 'Information about a VIFF Image File' vfileinfo
  8300. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' i
  8301. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f
  8302. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation ' vfileinfo
  8303. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vfileinfo' KHOROS_HOME/doc/manpages/vfileinfo.1
  8304. -E
  8305. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Compute Statistics on VIFF File (2-D)' vstats
  8306. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+1 +0+0 ' ' 'Input Image        ' 'input image' i
  8307. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Masking Image   ' 'statistics operation masking image' m
  8308. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f
  8309. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'VIFF Output File' 'VIFF format output file' o
  8310. -b +3+5 'Select statistics for VIFF output file:  '
  8311. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+6 +0+0 1 'Save ALL statistics ' 'False' 'True' 'if yes, all stats saved' all
  8312. -b +3+7 'OR Save (selected):'
  8313. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+8 +0+0 0 'mean                ' 'False' 'True' 'if yes, mean is a band of output' mu
  8314. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+9 +0+0 0 'variance            ' 'False' 'True' 'if yes, variance is a band of output' var
  8315. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+10 +0+0 0 'standard deviation  ' 'False' 'True' 'if yes, std deviation is a band of output' sd
  8316. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+11 +0+0 0 'rms                 ' 'False' 'True' 'if yes, rms is a band of output' rms
  8317. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+12 +0+0 0 'maximum value       ' 'False' 'True' 'if yes, maximum value is a band of output' vmax
  8318. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+13 +0+0 0 'x coord of max value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of max value is a band of output' xmax
  8319. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+14 +0+0 0 'y coord of max value' 'False' 'True' 'if yes, y coord of max value is a band of output' ymax
  8320. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+15 +0+0 0 'minimum value       ' 'False' 'True' 'if yes, minimum value is a band of output' vmin
  8321. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+16 +0+0 0 'x coord of min value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of min value is a band of output' xmin
  8322. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+17 +0+0 0 'y coord of min value' 'False' 'True' 'if yes, y coord of min value is a band of output' ymin
  8323. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+18 +0+0 0 'integral            ' 'False' 'True' 'if yes, integral value is a band of output' in
  8324. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+19 +0+0 0 'pos part of integral' 'False' 'True' 'if yes, pos part of integral is a band of output' pin
  8325. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+20 +0+0 0 'neg part of integral' 'False' 'True' 'if yes, neg part of integral is a band of output' nin
  8326. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+21 +0+0 0 'num contributing pts' 'False' 'True' 'if yes, num contributing pts is a band of output' pts
  8327. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+22 +0+0 0 'num positive points ' 'False' 'True' 'if yes, num positive pts is a band of output' ppts
  8328. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+23 +0+0 0 'num negative points ' 'False' 'True' 'if yes, num negative pts is a band of output' npts
  8329. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+24 +0+0 0 'skewness            ' 'False' 'True' 'if yes, skewness is a band of output' sk
  8330. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+25 +0+0 0 'kurtosis            ' 'False' 'True' 'if yes, kurtosis is a band of output' kur
  8331. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+26 +0+0 0 'entropy             ' 'False' 'True' 'if yes, entropy is a band of output' ent
  8332. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+27 +0+0 0 'contrast            ' 'False' 'True' 'if yes, contrast is a band of output' con
  8333. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+29 +0+0 1 'Compute Each Data Band Separately?' 'No ' 'Yes' 'if yes, Compute each data band statistics separately' b
  8334. -R 1 0 1 13x2+1+31 'Execute' 'do operation ' vstats
  8335. -H 1  13x2+39+31 'Help' 'man page for vstats' KHOROS_HOME/doc/manpages/vstats.1
  8336. -E
  8337. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Compute Statistics on VIFF File (1-D)' dstats
  8338. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+1 +0+0 ' ' 'Input VIFF File     ' 'input file' i
  8339. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Masking File     ' 'statistics operation masking file' m
  8340. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output ASCII File' 'output ASCII file' f
  8341. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'VIFF Output File ' 'VIFF format output file' o
  8342. -b +3+5 'Select Statistics for VIFF Output File:  '
  8343. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+6 +0+0 1 'Save ALL statistics ' 'False' 'True' 'if yes, all stats saved' all
  8344. -b +3+7 'OR Save (selected):'
  8345. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+8 +0+0 0 'mean                ' 'False' 'True' 'if yes, mean is a band of output' mu
  8346. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+9 +0+0 0 'variance            ' 'False' 'True' 'if yes, variance is a band of output' var
  8347. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+10 +0+0 0 'standard deviation  ' 'False' 'True' 'if yes, std deviation is a band of output' sd
  8348. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+11 +0+0 0 'rms                 ' 'False' 'True' 'if yes, rms is a band of output' rms
  8349. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+12 +0+0 0 'maximum value       ' 'False' 'True' 'if yes, maximum value is a band of output' vmax
  8350. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+13 +0+0 0 'x coord of max value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of max value is a band of output' xmax
  8351. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+14 +0+0 0 'minimum value       ' 'False' 'True' 'if yes, minimum value is a band of output' vmin
  8352. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+15 +0+0 0 'x coord of min value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of min value is a band of output' xmin
  8353. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+16 +0+0 0 'integral            ' 'False' 'True' 'if yes, integral value is a band of output' in
  8354. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+17 +0+0 0 'pos part of integral' 'False' 'True' 'if yes, pos part of integral is a band of output' pin
  8355. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+18 +0+0 0 'neg part of integral' 'False' 'True' 'if yes, neg part of integral is a band of output' nin
  8356. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+19 +0+0 0 'num contributing pts' 'False' 'True' 'if yes, num contributing pts is a band of output' pts
  8357. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+20 +0+0 0 'num positive points ' 'False' 'True' 'if yes, num positive pts is a band of output' ppts
  8358. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+21 +0+0 0 'num negative points ' 'False' 'True' 'if yes, num negative pts is a band of output' npts
  8359. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+22 +0+0 0 'skewness            ' 'False' 'True' 'if yes, skewness is a band of output' sk
  8360. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+23 +0+0 0 'kurtosis            ' 'False' 'True' 'if yes, kurtosis is a band of output' kur
  8361. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+24 +0+0 0 'entropy             ' 'False' 'True' 'if yes, entropy is a band of output' ent
  8362. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+25 +0+0 0 'contrast            ' 'False' 'True' 'if yes, contrast is a band of output' con
  8363. -T 1 0 1 1 0 40x1+2+27 +0+0 1 'Data Processing Option (select one):' 'process dir. (0=down vectors, 1=across bands, 2=entire file)' d
  8364. -i 1 0 1 1 0 10x1+3+1 +0+0 0 2 1 'Across Bands' 'Process by Bands' d
  8365. -i 1 0 1 0 0 10x1+3+2 +0+0 0 2 0 'Down Vectors' 'direction of processing (1 = across bands, 0 = down vectors)' d
  8366. -i 1 0 1 0 0 10x1+3+3 +0+0 0 2 2 'Calculate One Stat Set for Entire File' 'Process by Bands' d
  8367. -E
  8368. -R 1 0 1 13x2+1+31 'Execute' 'do operation ' dstats
  8369. -H 1  13x2+39+31 'Help' 'man page for dstats' KHOROS_HOME/doc/manpages/dstats.1
  8370. -E
  8371. -P 1 0 80x40+22+2 +13+0 'Find Peaks or Troughs in Data' dpeakpick
  8372. -I 1 0 0 1 0 1 51x1+1+2 +0+0 ' ' 'Input File          ' 'input file' i ' '
  8373. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f ' '
  8374. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'VIFF Output File' 'VIFF format output file' o ' '
  8375. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+6 +0+0 1    'find peaks or troughs:' 'Troughs' 'Peaks' 'if true, find peaks ' p
  8376. -b +1+8 'Specify Number of Peaks or Troughs to Detect (N):'
  8377. -C 0
  8378. -l 1 0 1 1 0 40x1+4+9 +0+0 1     'Find All               ' 'False' 'True' 'Find all peaks or troughs' all
  8379. -i 1 0 1 0 0 42x1+4+10 +0+0 2 2 1 'Specify Number of Peaks' 'Number of peaks or troughs to find ' n
  8380. -E
  8381. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+12 +0+0 1    'Find ' 'max/min' 'first' 'if FALSE find first n, and if TRUE find max/min n, peaks or troughs' m
  8382. -b +22+12 'N peaks/troughs in sequence.'
  8383. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+13 +0+0 0    'Include Endpoints for P/T Designation' 'False' 'True' 'If TRUE, endpoints will be considered for peak designation' e
  8384. -i 1 0 1 1 0 42x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Window Size              ' 'Num steps on both sides of point on which to base peak decision' w
  8385. -f 1 0 1 0 0 42x1+2+16 +0+0 1 1 0 'Min Height to Width Ratio' 'min that abs value of average slope over window can be' hwr
  8386. -l 1 0 1 1 0 40x1+2+18 +0+0 1 'Data Processing Direction' 'Down Vectors' 'Across Bands' 'data processing direction (0 = down vectors, 1 = across bands)' d 1
  8387. -R 1 0 1 13x2+1+20 'Execute' 'do operation ' dpeakpick
  8388. -H 1   13x2+39+20 'Help' 'man page for dpeakpick' ~KHOROS_HOME/doc/manpages/dpeakpick.1
  8389. -E
  8390. -P 1 1 80x38+22+2 +6+0 'Extract Data for PARSER from a VIFF File' varviff
  8391. -b +0+1 'Connection Filenames:'
  8392. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File' 'input file' i1 '/users4/bigtmp/vstatVAAa01257' '/users4/bigtmp/vstatVAAa01257'
  8393. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Gating VIFF File' 'input file that is passed to output unmodified (used to gate operation)' i2 '/users4/bigtmp/varviNCAa03571' '/users4/bigtmp/varviNCAa03571'
  8394. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Optional Output File' 'connecting file' o '/users4/bigtmp/varviOCAa03571' '/users4/bigtmp/varviOCAa03571'
  8395. -b +0+6 'Location of Data in VIFF Structure:'
  8396. -i 1 0 0 1 1 30x1+2+7 +0+0 0 0 0 'X location ' 'x location' x
  8397. -i 1 0 0 1 1 30x1+2+8 +0+0 0 0 0 'Y location ' 'y location' y
  8398. -i 1 1 0 1 1 30x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Band number' 'band number' b 1 '1'
  8399. -s 1 1 0 1 1 47x1+0+11 +0+0 ' ' 'Data Variable Name:' 'variable' v 'MinVal' 'MinVal'
  8400. -R 1 0 4 13x2+1+13 'Execute' 'Execute operation' varviff
  8401. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'Man page for varviff' KHOROS_HOME/doc/manpages/varviff.1
  8402. -E
  8403. -P 1 0 80x38+22+2 +4+0 'Print (Image or Plot) Data to the Screen File' vprdata
  8404. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' i
  8405. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Output ASCII File' 'output ASCII file' f
  8406. -l 1 0 1 1 0 50x1+2+7 +0+0 1 'Print Data Format:' 'Column Form' 'Matrix Form' 'if yes (default) print data as matrix, if no then column' m
  8407. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' vprdata
  8408. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vprdata' KHOROS_HOME/doc/manpages/vprdata.1
  8409. -E
  8410. -P 1 0 80x38+22+2 +15+0 'Print the Colormap Values' vprmap
  8411. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image  ' 'input image filename' i
  8412. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f
  8413. -l 1 0 1 1 0 50x1+2+7 +0+0 1 'Print Values Format:' 'Column Form' 'Matrix Form' 'default: print data as matrix' m
  8414. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation ' vprmap
  8415. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vprmap' KHOROS_HOME/doc/manpages/vprmap.1
  8416. -E
  8417. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Change the Comment Field on a VIFF Image File' vcomment
  8418. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'input image' i
  8419. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' xterm -e vcomment
  8420. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vcomment' KHOROS_HOME/doc/manpages/vcomment.1
  8421. -E
  8422. -P 1 0 80x38+22+2 +17+0 'Edit VIFF Header' vheaded
  8423. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input image ' 'Input image' i
  8424. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output image' 'output image' o
  8425. -l 1 0 1 1 0 50x1+2+5 +0+0 0 'Edit dangerous fields' 'No' 'Yes' 'edit dangerous fields' danger
  8426. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'execute operation' xterm -e vheaded
  8427. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vheaded' KHOROS_HOME/doc/manpages/vheaded.1
  8428. -E
  8429. -P 1 0 80x38+22+2 +17+0 'View an ASCII File' xvviewer
  8430. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Filename' 'filename to view' i
  8431. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation ' xvviewer
  8432. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for xvviewer' KHOROS_HOME/doc/manpages/xvviewer.1
  8433. -E
  8434. -E
  8435. -E
  8436. #  BeginVariables
  8437.  
  8438.  
  8439. #
  8440. # list of currently declared variables
  8441. #
  8442.  
  8443. # Simple expression 'NormalMergeThreshold'
  8444. NormalMergeThreshold = 1.1
  8445.  
  8446. # Simple expression 'MinPeakValleyRatioAddp'
  8447. MinPeakValleyRatioAddp = 1
  8448.  
  8449. # Simple expression 'MinPeakValleyRatio'
  8450. MinPeakValleyRatio = 1
  8451.  
  8452. # Simple expression 'PeakAdditionIterations'
  8453. PeakAdditionIterations = 0
  8454.  
  8455. # Simple expression 'ScalingMaxval'
  8456. ScalingMaxval = 89
  8457.  
  8458. # Simple expression 'NagaoIterations'
  8459. NagaoIterations = 1
  8460.  
  8461. # Simple expression 'WeymouthIterations'
  8462. WeymouthIterations = 5
  8463.  
  8464. # Simple expression 'EnhancementAlgorithm'
  8465. EnhancementAlgorithm = 1
  8466.  
  8467. # Simple expression 'RemergeTheta'
  8468. RemergeTheta = 2.5
  8469.  
  8470. # Simple expression 'WeakMergeThreshold'
  8471. WeakMergeThreshold = 0.6
  8472.  
  8473. # Simple expression 'StrongMergeThreshold'
  8474. StrongMergeThreshold = 1.7
  8475.  
  8476. # Simple expression 'MinPeakDistanceRelative'
  8477. MinPeakDistanceRelative = 2
  8478.  
  8479. # Dependant expression 'MinPeakDistance'
  8480. # current evaluated value = 0
  8481.   MinPeakDistance = floor((Range*(MinPeakDistanceRelative/100)))
  8482.  
  8483. # Simple expression 'MinPeakDistanceRelativeAddp'
  8484. MinPeakDistanceRelativeAddp = 2
  8485.  
  8486. # Dependant expression 'MinPeakDistanceAddp'
  8487. # current evaluated value = 0
  8488.   MinPeakDistanceAddp = floor((Range*(MinPeakDistanceRelativeAddp/100)))
  8489.  
  8490. # Simple expression 'MinPeakHeightFactor'
  8491. MinPeakHeightFactor = 0.3
  8492.  
  8493. # Dependant expression 'MinPeakHeight'
  8494. # current evaluated value = 76
  8495.   MinPeakHeight = floor((MinPeakHeightFactor*(SectorFactor/Range)))
  8496.  
  8497. # Simple expression 'CSector'
  8498. CSector = 16
  8499.  
  8500. # Simple expression 'RSector'
  8501. RSector = 16
  8502.  
  8503. # Currently Undefined symbol 'MaxVal'
  8504. MaxVal
  8505.  
  8506. # Currently Undefined symbol 'MinVal'
  8507. MinVal
  8508.  
  8509. # Dependant expression 'Range'
  8510. # current evaluated value = 0
  8511.   Range = abs((MaxVal-MinVal))
  8512.  
  8513. # Dependant expression 'SectorFactor'
  8514. # current evaluated value = 256
  8515.   SectorFactor = (RSector*CSector)
  8516.  
  8517. # Simple expression 'MinPeakHeightFactorAddp'
  8518. MinPeakHeightFactorAddp = 0.3
  8519.  
  8520. # Dependant expression 'MinPeakHeightAddp'
  8521. # current evaluated value = 76
  8522.   MinPeakHeightAddp = floor((MinPeakHeightFactorAddp*(SectorFactor/Range)))
  8523.  
  8524.  
  8525. #  EndVariables
  8526. #  BeginEnvironment
  8527. #    Grid 1
  8528. #    GridSize 20
  8529. #    SmallGlyph 0
  8530. #    RubberBand 0
  8531. #    ParallelExec 1
  8532. #    ImageCache 0
  8533. #    Viewport 1
  8534. #    AttachCanvas 1
  8535. #    ShowDav 0
  8536. #    ShowModified 0
  8537. #    EchoRoutine 1
  8538. #    LeaveGlyph 0
  8539. #    DemandDriven 0
  8540. #    ShowClipboard 0
  8541. #    InheritAttributes 1
  8542. #    GlobalVariables 1
  8543. #    AutoPlacement 1
  8544. #    GlyphPlacement 0
  8545. #  EndEnvironment
  8546. # 'genmu' 2 1 'genmu54_glyph' 620+120
  8547. # 'nknormalize' 2 1 'nknormalize55_glyph' 220+280
  8548. # 'remerge' 2 1 'remerge56_glyph' 820+120
  8549. # 'reglab' 2 1 'reglab57_glyph' 720+120
  8550. # 'weymouth' 2 1 'weymouth58_glyph' 300+0
  8551. # 'vstats' 2 1 'vstats59_glyph' 320+200
  8552. # 'merge' 4 1 'merge11_control' 0+80
  8553. # 'READ 1st' 6 1 'READ 1st16_comment' 0+0
  8554. # 'if_else' 4 1 'if_else12_control' 140+80
  8555. # 'nagao' 2 1 'nagao60_glyph' 300+100
  8556. # 'merge' 4 1 'merge13_control' 400+0
  8557. # 'VeryHigh' 6 1 'VeryHigh17_comment' 0+180
  8558. # 'base def' 6 1 'base def18_comment' 60+0
  8559. # 'varviff' 2 1 'varviff61_glyph' 420+140
  8560. # 'varviff' 2 1 'varviff62_glyph' 520+120
  8561. # EndWorkspace
  8562. # 'merge' 4 1 'merge14_control' 80+40
  8563. # 'merge' 4 1 'merge15_control' 80+280
  8564. # 'merge' 4 1 'merge16_control' 80+160
  8565. # 'merge' 4 1 'merge17_control' 80+400
  8566. # 'threeseg' 2 1 'threeseg63_glyph' 380+160
  8567. # 'reglab' 2 1 'reglab64_glyph' 580+160
  8568. # 'regsupp' 2 1 'regsupp65_glyph' 480+160
  8569. # 'reglab' 2 1 'reglab66_glyph' 780+80
  8570. # 'dyremerge' 2 1 'dyremerge67_glyph' 680+80
  8571. # 'showedges' 2 1 'showedges68_glyph' 880+80
  8572. # EndWorkspace
  8573. # GlyphBegin 'genmu36_glyph'
  8574. # ConnectionBegin
  8575.    #    /users4/bigtmp/genmuFBAa03571 1 1
  8576. # 'reglab39_glyph' 932 0
  8577. # ConnectionEnd
  8578. # GlyphEnd
  8579. # GlyphBegin 'nknormalize37_glyph'
  8580. # ConnectionBegin
  8581.    #    /users4/bigtmp/nknorGBAa03571 1 1
  8582. # 'vstats41_glyph' 1285 0
  8583. # 'remerge38_glyph' 666 1
  8584. # 'varviff43_glyph' 1955 1
  8585. # ConnectionEnd
  8586. # GlyphEnd
  8587. # GlyphBegin 'remerge38_glyph'
  8588. # ConnectionBegin
  8589.    #    /users4/bigtmp/remerHBAa03571 1 1
  8590. # 'threeseg63_glyph' 417 0
  8591. # ConnectionEnd
  8592. # GlyphEnd
  8593. # GlyphBegin 'reglab39_glyph'
  8594. # ConnectionBegin
  8595.    #    /users4/bigtmp/reglaIBAa03571 1 1
  8596. # 'remerge38_glyph' 665 0
  8597. # ConnectionEnd
  8598. # GlyphEnd
  8599. # GlyphBegin 'weymouth40_glyph'
  8600. # ConnectionBegin
  8601.    #    /users4/bigtmp/weymoJBAa03571 1 1
  8602. # 'merge7_control' 1822 0
  8603. # ConnectionEnd
  8604. # GlyphEnd
  8605. # GlyphBegin 'vstats41_glyph'
  8606. # ConnectionBegin
  8607.    #    /users4/bigtmp/vstatBBAa28013 0 0
  8608. # ConnectionEnd
  8609. # ConnectionBegin
  8610.    #    /users4/bigtmp/vstatVAAa01257 0 1
  8611. # 'varviff43_glyph' 1954 0
  8612. # 'varviff44_glyph' 2105 0
  8613. # ConnectionEnd
  8614. # GlyphEnd
  8615. # GlyphBegin 'merge5_control'
  8616. # ConnectionBegin
  8617.    #    /users4/bigtmp/mergeKBAa03571 1 1
  8618. # 'if_else6_control' 1512 0
  8619. # ConnectionEnd
  8620. # GlyphEnd
  8621. # GlyphBegin 'READ 1st10_comment'
  8622. # GlyphEnd
  8623. # GlyphBegin 'if_else6_control'
  8624. # ConnectionBegin
  8625.    #    /users4/bigtmp/if_elLBAa03571 1 1
  8626. # 'weymouth40_glyph' 1214 0
  8627. # ConnectionEnd
  8628. # ConnectionBegin
  8629.    #    /users4/bigtmp/if_elMBAa03571 1 1
  8630. # 'nagao42_glyph' 1652 0
  8631. # ConnectionEnd
  8632. # GlyphEnd
  8633. # GlyphBegin 'nagao42_glyph'
  8634. # ConnectionBegin
  8635.    #    /users4/bigtmp/nagaoNBAa03571 1 1
  8636. # 'merge7_control' 1823 1
  8637. # ConnectionEnd
  8638. # GlyphEnd
  8639. # GlyphBegin 'merge7_control'
  8640. # ConnectionBegin
  8641.    #    /users4/bigtmp/mergeOBAa03571 1 1
  8642. # 'nknormalize37_glyph' 401 0
  8643. # ConnectionEnd
  8644. # GlyphEnd
  8645. # GlyphBegin 'VeryHigh11_comment'
  8646. # GlyphEnd
  8647. # GlyphBegin 'base def12_comment'
  8648. # GlyphEnd
  8649. # GlyphBegin 'varviff43_glyph'
  8650. # ConnectionBegin
  8651.    #    /users4/bigtmp/varviPBAa03571 1 1
  8652. # 'varviff44_glyph' 2106 1
  8653. # ConnectionEnd
  8654. # GlyphEnd
  8655. # GlyphBegin 'varviff44_glyph'
  8656. # ConnectionBegin
  8657.    #    /users4/bigtmp/varviQBAa03571 1 1
  8658. # 'genmu36_glyph' 115 0
  8659. # ConnectionEnd
  8660. # GlyphEnd
  8661. # GlyphBegin 'genmu45_glyph'
  8662. # ConnectionBegin
  8663.    #    /users4/bigtmp/genmuRBAa03571 1 1
  8664. # 'reglab48_glyph' 932 0
  8665. # ConnectionEnd
  8666. # GlyphEnd
  8667. # GlyphBegin 'nknormalize46_glyph'
  8668. # ConnectionBegin
  8669.    #    /users4/bigtmp/nknorSBAa03571 1 1
  8670. # 'vstats50_glyph' 1285 0
  8671. # 'remerge47_glyph' 666 1
  8672. # 'varviff52_glyph' 1955 1
  8673. # ConnectionEnd
  8674. # GlyphEnd
  8675. # GlyphBegin 'remerge47_glyph'
  8676. # ConnectionBegin
  8677.    #    /users4/bigtmp/remerTBAa03571 1 1
  8678. # 'threeseg63_glyph' 418 1
  8679. # ConnectionEnd
  8680. # GlyphEnd
  8681. # GlyphBegin 'reglab48_glyph'
  8682. # ConnectionBegin
  8683.    #    /users4/bigtmp/reglaUBAa03571 1 1
  8684. # 'remerge47_glyph' 665 0
  8685. # ConnectionEnd
  8686. # GlyphEnd
  8687. # GlyphBegin 'weymouth49_glyph'
  8688. # ConnectionBegin
  8689.    #    /users4/bigtmp/weymoVBAa03571 1 1
  8690. # 'merge10_control' 1822 0
  8691. # ConnectionEnd
  8692. # GlyphEnd
  8693. # GlyphBegin 'vstats50_glyph'
  8694. # ConnectionBegin
  8695.    #    /users4/bigtmp/vstatBBAa28013 0 0
  8696. # ConnectionEnd
  8697. # ConnectionBegin
  8698.    #    /users4/bigtmp/vstatVAAa01257 0 1
  8699. # 'varviff52_glyph' 1954 0
  8700. # 'varviff53_glyph' 2105 0
  8701. # ConnectionEnd
  8702. # GlyphEnd
  8703. # GlyphBegin 'merge8_control'
  8704. # ConnectionBegin
  8705.    #    /users4/bigtmp/mergeWBAa03571 1 1
  8706. # 'if_else9_control' 1512 0
  8707. # ConnectionEnd
  8708. # GlyphEnd
  8709. # GlyphBegin 'READ 1st13_comment'
  8710. # GlyphEnd
  8711. # GlyphBegin 'if_else9_control'
  8712. # ConnectionBegin
  8713.    #    /users4/bigtmp/if_elXBAa03571 1 1
  8714. # 'weymouth49_glyph' 1214 0
  8715. # ConnectionEnd
  8716. # ConnectionBegin
  8717.    #    /users4/bigtmp/if_elYBAa03571 1 1
  8718. # 'nagao51_glyph' 1652 0
  8719. # ConnectionEnd
  8720. # GlyphEnd
  8721. # GlyphBegin 'nagao51_glyph'
  8722. # ConnectionBegin
  8723.    #    /users4/bigtmp/nagaoZBAa03571 1 1
  8724. # 'merge10_control' 1823 1
  8725. # ConnectionEnd
  8726. # GlyphEnd
  8727. # GlyphBegin 'merge10_control'
  8728. # ConnectionBegin
  8729.    #    /users4/bigtmp/mergeACAa03571 1 1
  8730. # 'nknormalize46_glyph' 401 0
  8731. # ConnectionEnd
  8732. # GlyphEnd
  8733. # GlyphBegin 'VeryHigh14_comment'
  8734. # GlyphEnd
  8735. # GlyphBegin 'base def15_comment'
  8736. # GlyphEnd
  8737. # GlyphBegin 'varviff52_glyph'
  8738. # ConnectionBegin
  8739.    #    /users4/bigtmp/varviBCAa03571 1 1
  8740. # 'varviff53_glyph' 2106 1
  8741. # ConnectionEnd
  8742. # GlyphEnd
  8743. # GlyphBegin 'varviff53_glyph'
  8744. # ConnectionBegin
  8745.    #    /users4/bigtmp/varviCCAa03571 1 1
  8746. # 'genmu45_glyph' 115 0
  8747. # ConnectionEnd
  8748. # GlyphEnd
  8749. # GlyphBegin 'genmu54_glyph'
  8750. # ConnectionBegin
  8751.    #    /users4/bigtmp/genmuDCAa03571 1 1
  8752. # 'reglab57_glyph' 932 0
  8753. # ConnectionEnd
  8754. # GlyphEnd
  8755. # GlyphBegin 'nknormalize55_glyph'
  8756. # ConnectionBegin
  8757.    #    /users4/bigtmp/nknorECAa03571 1 1
  8758. # 'vstats59_glyph' 1285 0
  8759. # 'remerge56_glyph' 666 1
  8760. # 'varviff61_glyph' 1955 1
  8761. # ConnectionEnd
  8762. # GlyphEnd
  8763. # GlyphBegin 'remerge56_glyph'
  8764. # ConnectionBegin
  8765.    #    /users4/bigtmp/remerFCAa03571 1 1
  8766. # 'threeseg63_glyph' 419 2
  8767. # ConnectionEnd
  8768. # GlyphEnd
  8769. # GlyphBegin 'reglab57_glyph'
  8770. # ConnectionBegin
  8771.    #    /users4/bigtmp/reglaGCAa03571 1 1
  8772. # 'remerge56_glyph' 665 0
  8773. # ConnectionEnd
  8774. # GlyphEnd
  8775. # GlyphBegin 'weymouth58_glyph'
  8776. # ConnectionBegin
  8777.    #    /users4/bigtmp/weymoHCAa03571 1 1
  8778. # 'merge13_control' 1822 0
  8779. # ConnectionEnd
  8780. # GlyphEnd
  8781. # GlyphBegin 'vstats59_glyph'
  8782. # ConnectionBegin
  8783.    #    /users4/bigtmp/vstatBBAa28013 0 0
  8784. # ConnectionEnd
  8785. # ConnectionBegin
  8786.    #    /users4/bigtmp/vstatVAAa01257 0 1
  8787. # 'varviff61_glyph' 1954 0
  8788. # 'varviff62_glyph' 2105 0
  8789. # ConnectionEnd
  8790. # GlyphEnd
  8791. # GlyphBegin 'merge11_control'
  8792. # ConnectionBegin
  8793.    #    /users4/bigtmp/mergeICAa03571 1 1
  8794. # 'if_else12_control' 1512 0
  8795. # ConnectionEnd
  8796. # GlyphEnd
  8797. # GlyphBegin 'READ 1st16_comment'
  8798. # GlyphEnd
  8799. # GlyphBegin 'if_else12_control'
  8800. # ConnectionBegin
  8801.    #    /users4/bigtmp/if_elJCAa03571 1 1
  8802. # 'weymouth58_glyph' 1214 0
  8803. # ConnectionEnd
  8804. # ConnectionBegin
  8805.    #    /users4/bigtmp/if_elKCAa03571 1 1
  8806. # 'nagao60_glyph' 1652 0
  8807. # ConnectionEnd
  8808. # GlyphEnd
  8809. # GlyphBegin 'nagao60_glyph'
  8810. # ConnectionBegin
  8811.    #    /users4/bigtmp/nagaoLCAa03571 1 1
  8812. # 'merge13_control' 1823 1
  8813. # ConnectionEnd
  8814. # GlyphEnd
  8815. # GlyphBegin 'merge13_control'
  8816. # ConnectionBegin
  8817.    #    /users4/bigtmp/mergeMCAa03571 1 1
  8818. # 'nknormalize55_glyph' 401 0
  8819. # ConnectionEnd
  8820. # GlyphEnd
  8821. # GlyphBegin 'VeryHigh17_comment'
  8822. # GlyphEnd
  8823. # GlyphBegin 'base def18_comment'
  8824. # GlyphEnd
  8825. # GlyphBegin 'varviff61_glyph'
  8826. # ConnectionBegin
  8827.    #    /users4/bigtmp/varviNCAa03571 1 1
  8828. # 'varviff62_glyph' 2106 1
  8829. # ConnectionEnd
  8830. # GlyphEnd
  8831. # GlyphBegin 'varviff62_glyph'
  8832. # ConnectionBegin
  8833.    #    /users4/bigtmp/varviOCAa03571 1 1
  8834. # 'genmu54_glyph' 115 0
  8835. # ConnectionEnd
  8836. # GlyphEnd
  8837. # GlyphBegin 'merge14_control'
  8838. # ConnectionBegin
  8839.    #    /users4/bigtmp/mergePCAa03571 1 1
  8840. # 'dyremerge67_glyph' 1391 0
  8841. # ConnectionEnd
  8842. # GlyphEnd
  8843. # GlyphBegin 'merge15_control'
  8844. # ConnectionBegin
  8845.    #    /users4/bigtmp/mergeQCAa03571 1 1
  8846. # 'merge8_control' 1460 0
  8847. # 'dyremerge67_glyph' 1393 2
  8848. # ConnectionEnd
  8849. # GlyphEnd
  8850. # GlyphBegin 'merge16_control'
  8851. # ConnectionBegin
  8852.    #    /users4/bigtmp/mergeRCAa03571 1 1
  8853. # 'merge5_control' 1460 0
  8854. # 'regsupp65_glyph' 993 1
  8855. # 'dyremerge67_glyph' 1392 1
  8856. # ConnectionEnd
  8857. # GlyphEnd
  8858. # GlyphBegin 'merge17_control'
  8859. # ConnectionBegin
  8860.    #    /users4/bigtmp/mergeSCAa03571 1 1
  8861. # 'merge11_control' 1460 0
  8862. # 'dyremerge67_glyph' 1394 3
  8863. # ConnectionEnd
  8864. # GlyphEnd
  8865. # GlyphBegin 'threeseg63_glyph'
  8866. # ConnectionBegin
  8867.    #    /users4/bigtmp/threeTCAa03571 1 1
  8868. # 'regsupp65_glyph' 992 0
  8869. # ConnectionEnd
  8870. # GlyphEnd
  8871. # GlyphBegin 'reglab64_glyph'
  8872. # ConnectionBegin
  8873.    #    /users4/bigtmp/reglaUCAa03571 1 1
  8874. # 'dyremerge67_glyph' 1395 4
  8875. # ConnectionEnd
  8876. # GlyphEnd
  8877. # GlyphBegin 'regsupp65_glyph'
  8878. # ConnectionBegin
  8879.    #    /users4/bigtmp/regsuVCAa03571 1 1
  8880. # 'reglab64_glyph' 684 0
  8881. # ConnectionEnd
  8882. # GlyphEnd
  8883. # GlyphBegin 'reglab66_glyph'
  8884. # ConnectionBegin
  8885.    #    /users4/bigtmp/reglaWCAa03571 1 1
  8886. # 'showedges68_glyph' 1660 0
  8887. # 'viff2llvs69_glyph' 3048 0
  8888. # ConnectionEnd
  8889. # GlyphEnd
  8890. # GlyphBegin 'dyremerge67_glyph'
  8891. # ConnectionBegin
  8892.    #    /users4/bigtmp/dyremXCAa03571 1 1
  8893. # 'reglab66_glyph' 1268 0
  8894. # ConnectionEnd
  8895. # GlyphEnd
  8896. # GlyphBegin 'showedges68_glyph'
  8897. # GlyphEnd
  8898.