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/ bioinformatics.org / bioinformatics.org_software.tar / www.bioinformatics.org / download / strainer / Strainer-0.9.3b.jar / README.txt < prev   
Text File  |  2008-09-10  |  4KB  |  96 lines
  1. Strainer is a visualization and analysis tool for metagenomics data
  2.  
  3. To obtain or learn more about strainer visit: 
  4.   http://bioinformatics.org/strainer
  5.  
  6. Copyright (c) 2007 The Regents of the University of California.  All rights
  7. reserved.
  8.  
  9. This program is free software; you can redistribute it and/or modify 
  10. it under the terms of the GNU Lesser General Public License as published 
  11. by the Free Software Foundation; either version 2.1 of the License, or 
  12. (at your option) any later version. You may not use this file except in 
  13. compliance with the License. 
  14.  
  15. You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  16. License along with this library; if not, write to the Free Software
  17. Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  
  18. USA or visit http://www.gnu.org/licenses/lgpl.html
  19.  
  20. IN NO EVENT SHALL REGENTS BE LIABLE TO ANY PARTY FOR DIRECT,
  21. INDIRECT, SPECIAL, INCIDENTAL, OR CONSEQUENTIAL DAMAGES, INCLUDING
  22. LOST PROFITS, ARISING OUT OF THE USE OF THIS SOFTWARE AND ITS
  23. DOCUMENTATION, EVEN IF REGENTS HAS BEEN ADVISED OF THE POSSIBILITY
  24. OF SUCH DAMAGE.
  25.  
  26. REGENTS SPECIFICALLY DISCLAIMS ANY WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT
  27. LIMITED TO, THE IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS
  28. FOR A PARTICULAR PURPOSE. THE SOFTWARE AND ACCOMPANYING
  29. DOCUMENTATION, IF ANY, PROVIDED HEREUNDER IS PROVIDED "AS
  30. IS". REGENTS HAS NO OBLIGATION TO PROVIDE MAINTENANCE, SUPPORT,
  31. UPDATES, ENHANCEMENTS, OR MODIFICATIONS. 
  32.  
  33. Contributor(s):
  34.  John Eppley <jmeppley@berkeley.edu>
  35.  
  36. License information for bundled software is at the end of this document.
  37.  
  38. To run strainer:
  39.  
  40.  1. unpack the distribution archive:
  41.    > jar -xf Strainer-0.1b.jar
  42.   
  43.  2. execute the jar file
  44.    > java -jar Strainer-0.1b/lib/strainer.jar
  45.    (in most modern graphical operating systems, 
  46.     you may be able to double-click on the jar file)
  47.  
  48. Memory issues:
  49.  
  50.  Large data sets may require more memory than Java will supply by default. 
  51.  To adjust the maximum heap size (i.e. allocate more memory) run strainer
  52.  from the command line with the -Xmx option. The following instructs java
  53.  to let strainer use upt to 1GB of RAM:
  54.    > java -jar Strainer-0.1b/lib/strainer.jar -Xmx1024m
  55.  
  56. Bundled Software and Libraries:
  57.  
  58. BIOJAVA
  59. BioJava is distributed under the Lesser Gnu Public License. The  
  60. unmodified BioJava code is provided in binary form as a convenience. 
  61. Modified BioJava class files are included in the Strainer source 
  62. distribution and re-distributed under the LGPL.
  63.  
  64. JAVA LOOK AND FEEL GRAPHICS REPOSITORY
  65. SWING WORKER
  66. The Java-Look-and-Feel graphics and the SwingWorker class repository is distributed 
  67. by Sun Microsystems under the following terms:
  68.  
  69. Copyright 1994-2007 Sun Microsystems, Inc. All Rights Reserved.
  70. Redistribution and use in source and binary forms, with or without modification,
  71. are permitted provided that the following conditions are met:
  72.  
  73.     * Redistribution of source code must retain the above copyright notice, this 
  74.       list of conditions and the following disclaimer.
  75.     * Redistribution in binary form must reproduce the above copyright notice, 
  76.       this list of conditions and the following disclaimer in the documentation 
  77.       and/or other materials provided with the distribution.
  78.  
  79. Neither the name of Sun Microsystems, Inc. or the names of contributors may be 
  80. used to endorse or promote products derived from this software without specific
  81. prior written permission.
  82.  
  83. This software is provided "AS IS," without a warranty of any kind. ALL EXPRESS 
  84. OR IMPLIED CONDITIONS, REPRESENTATIONS AND WARRANTIES, INCLUDING ANY IMPLIED 
  85. WARRANTY OF MERCHANTABILITY, FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE OR NON-INFRINGEMENT, 
  86. ARE HEREBY EXCLUDED. SUN MICROSYSTEMS, INC. ("SUN") AND ITS LICENSORS SHALL NOT 
  87. BE LIABLE FOR ANY DAMAGES SUFFERED BY LICENSEE AS A RESULT OF USING, MODIFYING 
  88. OR DISTRIBUTING THIS SOFTWARE OR ITS DERIVATIVES. IN NO EVENT WILL SUN OR ITS 
  89. LICENSORS BE LIABLE FOR ANY LOST REVENUE, PROFIT OR DATA, OR FOR DIRECT, INDIRECT, 
  90. SPECIAL, CONSEQUENTIAL, INCIDENTAL OR PUNITIVE DAMAGES, HOWEVER CAUSED AND 
  91. REGARDLESS OF THE THEORY OF LIABILITY, ARISING OUT OF THE USE OF OR INABILITY TO 
  92. USE THIS SOFTWARE, EVEN IF SUN HAS BEEN ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGES.
  93.  
  94. You acknowledge that this software is not designed, licensed or intended for use in
  95.  the design, construction, operation or maintenance of any nuclear facility.  
  96.