home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ bioinformatics.org / bioinformatics.org_software.tar / www.bioinformatics.org / download / gipsy / GIPSy.jar / gonnet250.txt < prev    next >
Text File  |  2012-11-30  |  2KB  |  27 lines
  1. # PAM 250 matrix recommended by Gonnet, Cohen & Benner
  2. # Science June 5, 1992.
  3. # Values rounded to nearest integer
  4.    C  S  T  P  A  G  N  D  E  Q  H  R  K  M  I  L  V  F  Y  W  X  *
  5. C 12  0  0 -3  0 -2 -2 -3 -3 -2 -1 -2 -3 -1 -1 -2  0 -1  0 -1 -3 -8
  6. S  0  2  2  0  1  0  1  0  0  0  0  0  0 -1 -2 -2 -1 -3 -2 -3  0 -8
  7. T  0  2  2  0  1 -1  0  0  0  0  0  0  0 -1 -1 -1  0 -2 -2 -4  0 -8
  8. P -3  0  0  8  0 -2 -1 -1  0  0 -1 -1 -1 -2 -3 -2 -2 -4 -3 -5 -1 -8
  9. A  0  1  1  0  2  0  0  0  0  0 -1 -1  0 -1 -1 -1  0 -2 -2 -4  0 -8
  10. G -2  0 -1 -2  0  7  0  0 -1 -1 -1 -1 -1 -4 -4 -4 -3 -5 -4 -4 -1 -8
  11. N -2  1  0 -1  0  0  4  2  1  1  1  0  1 -2 -3 -3 -2 -3 -1 -4  0 -8
  12. D -3  0  0 -1  0  0  2  5  3  1  0  0  0 -3 -4 -4 -3 -4 -3 -5 -1 -8
  13. E -3  0  0  0  0 -1  1  3  4  2  0  0  1 -2 -3 -3 -2 -4 -3 -4 -1 -8
  14. Q -2  0  0  0  0 -1  1  1  2  3  1  2  2 -1 -2 -2 -2 -3 -2 -3 -1 -8
  15. H -1  0  0 -1 -1 -1  1  0  0  1  6  1  1 -1 -2 -2 -2  0  2 -1 -1 -8
  16. R -2  0  0 -1 -1 -1  0  0  0  2  1  5  3 -2 -2 -2 -2 -3 -2 -2 -1 -8
  17. K -3  0  0 -1  0 -1  1  0  1  2  1  3  3 -1 -2 -2 -2 -3 -2 -4 -1 -8
  18. M -1 -1 -1 -2 -1 -4 -2 -3 -2 -1 -1 -2 -1  4  2  3  2  2  0 -1 -1 -8
  19. I -1 -2 -1 -3 -1 -4 -3 -4 -3 -2 -2 -2 -2  2  4  3  3  1 -1 -2 -1 -8
  20. L -2 -2 -1 -2 -1 -4 -3 -4 -3 -2 -2 -2 -2  3  3  4  2  2  0 -1 -1 -8
  21. V  0 -1  0 -2  0 -3 -2 -3 -2 -2 -2 -2 -2  2  3  2  3  0 -1 -3 -1 -8
  22. F -1 -3 -2 -4 -2 -5 -3 -4 -4 -3  0 -3 -3  2  1  2  0  7  5  4 -2 -8
  23. Y  0 -2 -2 -3 -2 -4 -1 -3 -3 -2  2 -2 -2  0 -1  0 -1  5  8  4 -2 -8
  24. W -1 -3 -4 -5 -4 -4 -4 -5 -4 -3 -1 -2 -4 -1 -2 -1 -3  4  4 14 -4 -8
  25. X -3  0  0 -1  0 -1  0 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -2 -2 -4 -1 -8
  26. * -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8  1
  27.