home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ bioinformatics.org / bioinformatics.org_software.tar / www.bioinformatics.org / download / gipsy / GIPSy.jar / blosum50.txt < prev    next >
Text File  |  2012-11-30  |  2KB  |  32 lines
  1. #  Matrix made by matblas from blosum50.iij
  2. #  * column uses minimum score
  3. #  BLOSUM Clustered Scoring Matrix in 1/3 Bit Units
  4. #  Blocks Database = /data/blocks_5.0/blocks.dat
  5. #  Cluster Percentage: >= 50
  6. #  Entropy =   0.4808, Expected =  -0.3573
  7.    A  R  N  D  C  Q  E  G  H  I  L  K  M  F  P  S  T  W  Y  V  B  Z  X  *
  8. A  5 -2 -1 -2 -1 -1 -1  0 -2 -1 -2 -1 -1 -3 -1  1  0 -3 -2  0 -2 -1 -1 -5 
  9. R -2  7 -1 -2 -4  1  0 -3  0 -4 -3  3 -2 -3 -3 -1 -1 -3 -1 -3 -1  0 -1 -5 
  10. N -1 -1  7  2 -2  0  0  0  1 -3 -4  0 -2 -4 -2  1  0 -4 -2 -3  4  0 -1 -5 
  11. D -2 -2  2  8 -4  0  2 -1 -1 -4 -4 -1 -4 -5 -1  0 -1 -5 -3 -4  5  1 -1 -5 
  12. C -1 -4 -2 -4 13 -3 -3 -3 -3 -2 -2 -3 -2 -2 -4 -1 -1 -5 -3 -1 -3 -3 -2 -5 
  13. Q -1  1  0  0 -3  7  2 -2  1 -3 -2  2  0 -4 -1  0 -1 -1 -1 -3  0  4 -1 -5 
  14. E -1  0  0  2 -3  2  6 -3  0 -4 -3  1 -2 -3 -1 -1 -1 -3 -2 -3  1  5 -1 -5 
  15. G  0 -3  0 -1 -3 -2 -3  8 -2 -4 -4 -2 -3 -4 -2  0 -2 -3 -3 -4 -1 -2 -2 -5 
  16. H -2  0  1 -1 -3  1  0 -2 10 -4 -3  0 -1 -1 -2 -1 -2 -3  2 -4  0  0 -1 -5 
  17. I -1 -4 -3 -4 -2 -3 -4 -4 -4  5  2 -3  2  0 -3 -3 -1 -3 -1  4 -4 -3 -1 -5 
  18. L -2 -3 -4 -4 -2 -2 -3 -4 -3  2  5 -3  3  1 -4 -3 -1 -2 -1  1 -4 -3 -1 -5 
  19. K -1  3  0 -1 -3  2  1 -2  0 -3 -3  6 -2 -4 -1  0 -1 -3 -2 -3  0  1 -1 -5 
  20. M -1 -2 -2 -4 -2  0 -2 -3 -1  2  3 -2  7  0 -3 -2 -1 -1  0  1 -3 -1 -1 -5 
  21. F -3 -3 -4 -5 -2 -4 -3 -4 -1  0  1 -4  0  8 -4 -3 -2  1  4 -1 -4 -4 -2 -5 
  22. P -1 -3 -2 -1 -4 -1 -1 -2 -2 -3 -4 -1 -3 -4 10 -1 -1 -4 -3 -3 -2 -1 -2 -5 
  23. S  1 -1  1  0 -1  0 -1  0 -1 -3 -3  0 -2 -3 -1  5  2 -4 -2 -2  0  0 -1 -5 
  24. T  0 -1  0 -1 -1 -1 -1 -2 -2 -1 -1 -1 -1 -2 -1  2  5 -3 -2  0  0 -1  0 -5 
  25. W -3 -3 -4 -5 -5 -1 -3 -3 -3 -3 -2 -3 -1  1 -4 -4 -3 15  2 -3 -5 -2 -3 -5 
  26. Y -2 -1 -2 -3 -3 -1 -2 -3  2 -1 -1 -2  0  4 -3 -2 -2  2  8 -1 -3 -2 -1 -5 
  27. V  0 -3 -3 -4 -1 -3 -3 -4 -4  4  1 -3  1 -1 -3 -2  0 -3 -1  5 -4 -3 -1 -5 
  28. B -2 -1  4  5 -3  0  1 -1  0 -4 -4  0 -3 -4 -2  0  0 -5 -3 -4  5  2 -1 -5 
  29. Z -1  0  0  1 -3  4  5 -2  0 -3 -3  1 -1 -4 -1  0 -1 -2 -2 -3  2  5 -1 -5 
  30. X -1 -1 -1 -1 -2 -1 -1 -2 -1 -1 -1 -1 -1 -2 -2 -1  0 -3 -1 -1 -1 -1 -1 -5 
  31. * -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5  1 
  32.