home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ bioinformatics.org / bioinformatics.org_software.tar / www.bioinformatics.org / download / gipsy / GIPSy.jar / blosum40.txt < prev    next >
Text File  |  2012-11-30  |  2KB  |  32 lines
  1. #  Matrix made by matblas from blosum40.iij
  2. #  * column uses minimum score
  3. #  BLOSUM Clustered Scoring Matrix in 1/4 Bit Units
  4. #  Blocks Database = /data/blocks_5.0/blocks.dat
  5. #  Cluster Percentage: >= 40
  6. #  Entropy =   0.2851, Expected =  -0.2090
  7.    A  R  N  D  C  Q  E  G  H  I  L  K  M  F  P  S  T  W  Y  V  B  Z  X  *
  8. A  5 -2 -1 -1 -2  0 -1  1 -2 -1 -2 -1 -1 -3 -2  1  0 -3 -2  0 -1 -1  0 -6 
  9. R -2  9  0 -1 -3  2 -1 -3  0 -3 -2  3 -1 -2 -3 -1 -2 -2 -1 -2 -1  0 -1 -6 
  10. N -1  0  8  2 -2  1 -1  0  1 -2 -3  0 -2 -3 -2  1  0 -4 -2 -3  4  0 -1 -6 
  11. D -1 -1  2  9 -2 -1  2 -2  0 -4 -3  0 -3 -4 -2  0 -1 -5 -3 -3  6  1 -1 -6 
  12. C -2 -3 -2 -2 16 -4 -2 -3 -4 -4 -2 -3 -3 -2 -5 -1 -1 -6 -4 -2 -2 -3 -2 -6 
  13. Q  0  2  1 -1 -4  8  2 -2  0 -3 -2  1 -1 -4 -2  1 -1 -1 -1 -3  0  4 -1 -6 
  14. E -1 -1 -1  2 -2  2  7 -3  0 -4 -2  1 -2 -3  0  0 -1 -2 -2 -3  1  5 -1 -6 
  15. G  1 -3  0 -2 -3 -2 -3  8 -2 -4 -4 -2 -2 -3 -1  0 -2 -2 -3 -4 -1 -2 -1 -6 
  16. H -2  0  1  0 -4  0  0 -2 13 -3 -2 -1  1 -2 -2 -1 -2 -5  2 -4  0  0 -1 -6 
  17. I -1 -3 -2 -4 -4 -3 -4 -4 -3  6  2 -3  1  1 -2 -2 -1 -3  0  4 -3 -4 -1 -6 
  18. L -2 -2 -3 -3 -2 -2 -2 -4 -2  2  6 -2  3  2 -4 -3 -1 -1  0  2 -3 -2 -1 -6 
  19. K -1  3  0  0 -3  1  1 -2 -1 -3 -2  6 -1 -3 -1  0  0 -2 -1 -2  0  1 -1 -6 
  20. M -1 -1 -2 -3 -3 -1 -2 -2  1  1  3 -1  7  0 -2 -2 -1 -2  1  1 -3 -2  0 -6 
  21. F -3 -2 -3 -4 -2 -4 -3 -3 -2  1  2 -3  0  9 -4 -2 -1  1  4  0 -3 -4 -1 -6 
  22. P -2 -3 -2 -2 -5 -2  0 -1 -2 -2 -4 -1 -2 -4 11 -1  0 -4 -3 -3 -2 -1 -2 -6 
  23. S  1 -1  1  0 -1  1  0  0 -1 -2 -3  0 -2 -2 -1  5  2 -5 -2 -1  0  0  0 -6 
  24. T  0 -2  0 -1 -1 -1 -1 -2 -2 -1 -1  0 -1 -1  0  2  6 -4 -1  1  0 -1  0 -6 
  25. W -3 -2 -4 -5 -6 -1 -2 -2 -5 -3 -1 -2 -2  1 -4 -5 -4 19  3 -3 -4 -2 -2 -6 
  26. Y -2 -1 -2 -3 -4 -1 -2 -3  2  0  0 -1  1  4 -3 -2 -1  3  9 -1 -3 -2 -1 -6 
  27. V  0 -2 -3 -3 -2 -3 -3 -4 -4  4  2 -2  1  0 -3 -1  1 -3 -1  5 -3 -3 -1 -6 
  28. B -1 -1  4  6 -2  0  1 -1  0 -3 -3  0 -3 -3 -2  0  0 -4 -3 -3  5  2 -1 -6 
  29. Z -1  0  0  1 -3  4  5 -2  0 -4 -2  1 -2 -4 -1  0 -1 -2 -2 -3  2  5 -1 -6 
  30. X  0 -1 -1 -1 -2 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1  0 -1 -2  0  0 -2 -1 -1 -1 -1 -1 -6 
  31. * -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6  1 
  32.