home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ alphant.com / ftp.alphant.com.zip / ftp.alphant.com / Applications / macawnta.exe / README.TXT < prev   
Text File  |  1993-10-19  |  4KB  |  71 lines
  1. INSTALLATION
  2. o  Start Windows
  3. o  Run the SETUP.EXE program on the distribution diskette and follow the 
  4.    directions. This can be done using either the File Manager or the Program 
  5.    Manager.
  6.  
  7.  
  8. RELEASE NOTES 
  9. What's New
  10. o  A new algorithm for finding ungapped local multiple alignments (blocks), 
  11.    the Gibbs Sampler (Lawrence, et al., 1993), has been incorporated.
  12. o  On-line help has been added.  Please note that this replaces the printed 
  13.    User's Manual that was distributed with previous releases.
  14. o  Score tables and color definitions are now specified in a new Summary Info 
  15.    dialog box instead of requiring the use of the File Open command as before. 
  16.    In addition, the sequence type (protein, DNA, or RNA) is explicitly 
  17.    specified in the same dialog box (instead of being inferred from the 
  18.    selected score table).
  19. o  The choice between "yes/no/maybe" and numerical styles of statistical 
  20.    significance reporting is now a global setting that is selected in the 
  21.    Summary Info dialog box (previously it was set on a per-block basis using 
  22.    "Significance Options").
  23. o  You can now use the Copy command to put the selected block in the Blocks 
  24.    Window onto the clipboard as plain ASCII text for pasting into other 
  25.    applications, such as word processors and graphics applications.
  26. o  Many minor improvements in addition to those mentioned above have been 
  27.    made. Consequently, the menus have been changed around quite a bit, so you 
  28.    should take a few moments to familiarize yourself with the new layout.
  29.  
  30. Known Bugs and Limitations
  31. o  Although the hard limit on the number of sequences you can load has been 
  32.    increased (to 32), there is a bug that causes the program to hang on the 
  33.    22nd (approx) sequence.  It is recommended that you limit yourself to 20 
  34.    sequences until a fix can be worked out.
  35. o  The program may crash when using the Segment Pair Overlap method and the 
  36.    score cutoff is too low.  In general, it is a good idea to cancel a search 
  37.    if the progress monitor stalls at 25% for more than a few seconds and try 
  38.    again with a higher cutoff.
  39. o  The program may crash if you attempt to link a block that is inconsistent 
  40.    with blocks that are already linked.  If you want to link something that, 
  41.    in the Schematic Window appears to "cross over" a linked block, unlink the 
  42.    old block first.
  43.  
  44.  
  45. MACAW SUPPORT POLICY
  46.     Scientists at the National Center for Biotechnology Information (NCBI) 
  47. develop a variety of computational tools (MACAW is one example) as part of 
  48. their own research and make them available to the scientific community.  
  49. Descriptions of software tools and algorithms are published in appropriate 
  50. journals, and both executables and source code are available upon request from 
  51. the authors.  However, the NCBI cannot provide user support for these tools.  
  52. If you have questions on the use of MACAW, first consult the on-line help 
  53. system as well as the original published sources (see References).  As a last 
  54. resort, you may send e-mail to Greg Schuler (schuler@ncbi.nlm.nih.gov) or 
  55. Stephen Altschul (altschul@ncbi.nlm.nih.gov), however, you should not expect a 
  56. prompt reply.
  57.  
  58.  
  59. REFERENCES
  60. Gregory D. Schuler, Stephen F. Altschul, and David J. Lipman (1991). A 
  61.    Workbench for  Multiple Alignment Construction and Analysis.  Proteins 
  62.    Struct. Funct. Genet. 9, 180-190.
  63. Charles E. Lawrence, Stephen F. Altschul, Mark S. Boguski, Jun S. Liu, Andrew 
  64.    F. Neuwald, and John C. Wootton (1993).  Detecting  Subtle Sequence 
  65.    Signals:  A Gibbs Sampling Strategy for Multiple Alignment.  Science  262, 
  66.    208-214.
  67. Samuel Karlin and Stephen F. Altschul (1990).  Methods for Assessing the 
  68.    Statistical Significance of Molecular Sequence Features by Using General 
  69.    Scoring Schemes. Proc. Natl. Acad. Sci. USA  87, 2264-2268 (1990)
  70.  
  71.