home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Simtel MSDOS - Coast to Coast / simteldosarchivecoasttocoast2.iso / biology / gsrc208a.zip / README.UNX < prev    next >
Text File  |  1993-01-13  |  5KB  |  126 lines
  1. **************************************************************
  2. * THIS TEXT FILE CONTAINS INFORMATION ABOUT COMPILING GEPASI *
  3. **************************************************************
  4.  
  5. this is the source code for GEPASI 2.0, release 2.02c
  6.  
  7. Index
  8.  
  9. 1. COPYLEFT
  10. 2. MAKEFILES
  11. 3. LIBRARIES
  12. 4. COMMENTS
  13. 5. ANSI COMPLIANCE
  14. 6. HELP TEXT
  15. 7. PORTABILITY OF THE SIMULATION ENGINE
  16.  
  17.  
  18. 1. COPYLEFT
  19.  
  20.     GEPASI - a simulator of metabolic pathways and other dynamical systems
  21.     Copyright (C) 1989, 1992  Pedro Mendes
  22.                               University of Wales, Aberystwyth
  23.                               Dyfed, SY23 3DA, United Kingdom
  24.                               email: prm@aber.ac.uk
  25.  
  26.     This program is free software; you can redistribute it and/or modify
  27.     it under the terms of the GNU General Public License as published by
  28.     the Free Software Foundation; either version 1, or (at your option)
  29.     any later version.
  30.  
  31.     This program is distributed in the hope that it will be useful,
  32.     but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  33.     MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  34.     GNU General Public License for more details.
  35.  
  36.     You should have received a copy of the GNU General Public License
  37.     (file COPYING) along with this program; if not, write to the Free
  38.     Software Foundation, Inc., 675 Mass Ave, Cambridge, MA 02139, USA.
  39.  
  40.   All C source code modules contain comments with the copyright notice, and
  41. all *.c files include COPYLEFT.H which has the above copyright notice. In no
  42. circumstances should this be deleted from the source code files. Any new *.c
  43. files added to the project should also comply with this.
  44.  
  45.  
  46. 2. MAKEFILES
  47.  
  48.    The following makefiles are available:
  49.  
  50.      gepasi.mak        Quick C/Win 1.0,  simulation engine, MS-DOS
  51.      gwsim.mak         Quick C/Win 1.0,  Simulation, MS-Windows
  52.      gwtop.mak         Quick C/Win 1.0,  Topology, MS-Windows
  53.      gepasi.hpj        MS Help Compiler, Help, MS-Windows
  54.  
  55.        these makefiles require that the source code files are in a directory
  56.        with the following path:  c:\source\gepasi . If you want to change this
  57.        you are responsible for the alterations in these make (project) files.
  58.  
  59.      Makefile.cc   cc, simulation engine, unix
  60.  
  61.        this makefile compiles the simualtion engine with the standard (?) C 
  62.        compiler, cc. It has only been tested in a DEC 5830 running Ultrix 4.2. 
  63.        Before using it, it should be renamed to 'Makefile'
  64.  
  65.      Makefile.gcc      GNU gcc, simulation engine, unix
  66.  
  67.        this compiles the simulation engine with GNU gcc. It has only been 
  68.        tested in a SUN SPARC 4 under SunOS xxxx. Before using it, it should be 
  69.        renamed to 'Makefile'.
  70.  
  71.  
  72. 3. LIBRARIES
  73.  
  74.   To compile GWSIM (Simulation) and GWTOP (Topology) the MS-Windows 3.0 or 3.1 
  75. libraries must be on the INCLUDE path. No other libraries are needed to 
  76. compile the front end. The simulation engine does not require other libraries 
  77. than the standard C libraries, including support for double precision 
  78. floating-point calculations. 
  79.  
  80.  
  81. 4. COMMENTS
  82.  
  83.   The source code contains comments explaining what is being done. New bits 
  84. of code should be well explained inside comments and it would be useful to 
  85. add the date when such changes were made, by whom and an address (email 
  86. should be enough). 
  87.  
  88.   Each module has at the top a large block of comment lines providing a title 
  89. for the code block and also a list of compilers that have successfully handled 
  90. it. If you managed to compile this code with a different compiler, please add 
  91. it to the list. This should greatly facilitate other users efforts in 
  92. compiling GEPASI. 
  93.  
  94.  
  95. 5. ANSI COMPLIANCE
  96.  
  97.    As much as possible, the code is compliant with the ANSI standard. However, 
  98. the code has not been thourogly tested and there are certainly some parts that 
  99. need to be changed to the standard.
  100.  
  101.    The LSODA package, which was primarily converted from the original FORTRAN 
  102. version with the AT&T f2c program, is notably a non-compliant part. For 
  103. example, there are no function prototypes and the old K&R style of function 
  104. declarations is still used. This is going to be corrected in future versions.
  105.  
  106.  
  107. 6. HELP TEXT
  108.  
  109.    The text of the help file can be found in GEPASI.RTF, in Rich Text Format.
  110. This text can be used to build other help files, like man pages, etc. 
  111.  
  112. 7. PORTABILITY OF THE SIMULATION ENGINE
  113.  
  114.    The floating-point exception handler is not foolproof. It works for the 
  115. environments tested (compiler and OS) but there are no garantees for other 
  116. environments. 
  117.  
  118. Clearing the screen is a highly non-portable action and therefore the cls()
  119. function (in pmu.c) only clears the screen if compiled under MS-DOS. New 
  120. cls() functions to work with other operating systems are welcome, although
  121. this is by no means a critical need. Functions to read the cursor position 
  122. and to set it (get_cursor() and set_cursor()) are also on the same list. 
  123. Please do not suggest to use the CURSES package, I am trying to keep 
  124. GEPASI's simulation engine independent of libraries as much as possible.
  125.  
  126.