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C/C++ Source or Header  |  1993-08-23  |  6KB  |  90 lines
  1. /*
  2.     GEPASI - a simulator of metabolic pathways and other dynamical systems
  3.     Copyright (C) 1989, 1992, 1993 Pedro Mendes
  4. */
  5.  
  6. /*************************************/
  7. /*                                   */
  8. /*          global variables         */
  9. /*                                   */
  10. /*          MICROSOFT C 6.00         */
  11. /*           QuickC/WIN 1.0          */
  12. /*             ULTRIX cc             */
  13. /*              GNU gcc              */
  14. /*                                   */
  15. /*   (include here compilers that    */
  16. /*   compiled GEPASI successfully)   */
  17. /*                                   */
  18. /*************************************/
  19.  
  20.  
  21. #include <setjmp.h>
  22.  
  23.  extern double xss[MAX_MET];                     /* concentrations at the s.s.     */
  24.  extern double x[MAX_MET];                       /* concentrations at time t       */
  25.  extern double x0[MAX_MET];                      /* concentrations at time 0       */
  26.  extern double moiety[MAX_MET];                  /* total conserved moiety conc.   */
  27.  extern double rate[MAX_MET];                    /* rates at time t                */
  28.  extern double flux[MAX_STEP];                   /* fluxes at time t               */
  29.  extern double cum[MAX_MET];                      /* cumulative lyapunov exponents  */
  30.  extern double tt[MAX_MET];                      /* lifetimes                      */
  31.  extern double ttt;                              /* pathway lifetime               */
  32.  extern int totmet;                              /* number of total metabolites    */
  33.  extern int nmetab;                              /* number of internal metabolites */
  34.  extern int nextmet;                             /* number of external metabolites */
  35.  extern int indmet;                              /* number of int. indp. metabs.   */
  36.  extern int depmet;                              /* number of int. dep. metabs.    */
  37.  extern int nsteps;                              /* number of steps                */
  38.  extern double endtime;                          /* time value for last iteration  */
  39.  extern double actime;                           /* current time                   */
  40.  extern char metname[MAX_MET][NAME_L];           /* metabolite names               */
  41.  extern char stepname[MAX_STEP][NAME_L];         /* metabolite names               */
  42.  extern int intmet[MAX_MET];                     /* 1 if internal metabolite       */
  43.  extern int ur[MAX_MET];                         /* permut. on metabolites  u -> g */
  44.  extern int uc[MAX_MET];                         /* permutations on steps   u -> g */
  45.  extern float ml[MAX_MET][MAX_MET];              /* multipliers of gauss reduction */
  46.  extern float lm[MAX_MET][MAX_MET];              /* inverse of ml                  */
  47.  extern float ld[MAX_MET][MAX_MET];              /* metabolite linear dependencies */
  48.  extern int stoiu[MAX_MET][MAX_STEP];            /* user stoicheiometric matrix    */
  49.  extern int stoi[MAX_MET][MAX_STEP];             /* stoicheiometric matrix         */
  50.  extern float rstoi[MAX_MET][MAX_STEP];          /* reduced stoicheiometric matrix */
  51.  extern int kinetu[MAX_STEP];                    /* type of kinetics (user numb.)  */
  52.  extern int kinetype[MAX_STEP];                  /* type of kinetics of each step  */
  53.  extern unsigned char (*loop)[MAX_STEP][MAX_MET];/* def. of modification loops       */
  54.  extern int (*rstr)[MAX_STEP][MAX_MOL];             /* reaction structure               */
  55.  extern double jacob[MAX_MET][MAX_MET];          /* jacobian of rates at time t    */
  56.  extern double (*rateq[MAX_STEP])();             /* pointers to rate equations     */
  57.  extern double (*partder[MAX_STEP][MAX_MET])();  /* pointers to partial derivatives*/
  58.  extern double Dxv[MAX_STEP][MAX_MET];    /*  ---+                          */
  59.  extern double Duv[MAX_STEP][MAX_MET];    /*     |    defined in            */
  60.  extern double DuJ[MAX_STEP][MAX_MET];    /*     |    metcvars.c            */
  61.  extern double Gamma[MAX_MET][MAX_STEP];  /*     |    compiled              */
  62.  extern double C[MAX_STEP][MAX_STEP];     /*     |    separatly             */
  63.  extern double ttcc[MAX_MET];             /*     |                          */
  64.  extern double aux1[MAX_MET][MAX_MET];    /*     |                          */
  65.  extern double aux2[MAX_MET][MAX_MET];    /*  ---+                          */
  66.  
  67.  extern double intst, nfeval, njeval;            /* double vers. of nst, nfe & nje */
  68.  
  69.  extern float ver_no;                             /* .sim file version              */
  70.  extern unsigned long iter;                         /* number of current iteration       */
  71.  extern int delete;                                  /* 1 to delete list file at end   */
  72.  extern int newtlim;                             /* limit of interations in Newton */
  73.  extern int debugval;                            /* debug verbose mode             */
  74.  extern int cx, cy;                              /* ptrs for cursor position       */
  75.  extern char filename[MAX_FIL][PWIDTH];          /* run filenames                  */
  76.  extern char repfile[PWIDTH];                     /* filename for report file       */
  77.  extern char TopFile[PWIDTH];                    /* topology filename              */
  78.  extern char listfile[PWIDTH];                     /* file with list of simulations  */
  79.  extern char dyname[PWIDTH];                     /* filename for dyn file            */
  80.  extern char inputf[PWIDTH];                     /* list file name                 */
  81.  extern int nrunfiles;                           /* number of files to run         */
  82.  extern jmp_buf mark;                              /* mark for longjmp (fp exceptions*/
  83.  extern    int    jmpret;                                 /* return value of setjmp            */
  84.  extern int    fperr;                                 /* floting point error number       */
  85.  extern char fpstr[128];
  86.  extern char topname[256];                         /* pathway title                   */
  87.  extern char *errormsg[];
  88.  extern char *gepasi;
  89.  extern char *version_no;
  90.