home
***
CD-ROM
|
disk
|
FTP
|
other
***
search
/
CICA 1992 November
/
CICA_MS_Windows_CD-ROM_Walnut_Creek_November_1992.iso
/
win3
/
util
/
macaw103
/
pam120.scr
< prev
next >
Wrap
Text File
|
1991-07-30
|
3KB
|
55 lines
MacawScoreFile ::= {
version { major 1, minor 02 },
scores {
title "PAM 120",
seq-type amino,
symbol-set "ARNBDCQZEGHILKMFPSTWYV",
score-table {
{ 3,-3, 0, 0, 0,-3,-1,-1, 0, 1,-3,-1,-3,-2,-2,-4, 1, 1, 1,-7,-4, 0 },
{ -3, 6,-1,-2,-3,-4, 1,-1,-3,-4, 1,-2,-4, 2,-1,-4,-1,-1,-2, 1,-6,-3 },
{ 0,-1, 4, 3, 2,-5, 0, 0, 1, 0, 2,-2,-4, 1,-3,-4,-2, 1, 0,-5,-2,-3 },
{ 0,-2, 3, 4, 3,-6, 0, 1, 2, 0, 1,-3,-5, 0,-4,-6,-2, 0,-1,-7,-4,-3 },
{ 0,-3, 2, 3, 5,-7, 1, 2, 3, 0, 0,-3,-5,-1,-4,-7,-2, 0,-1,-8,-5,-3 },
{ -3,-4,-5,-6,-7, 9,-7,-7,-7,-5,-4,-3,-7,-7,-6,-6,-3,-1,-3,-8,-1,-2 },
{ -1, 1, 0, 0, 1,-7, 6, 4, 2,-3, 3,-3,-2, 0,-1,-6, 0,-2,-2,-6,-5,-3 },
{ -1,-1, 0, 1, 2,-7, 4, 5, 3,-2, 1,-3,-3,-1,-3,-6,-1,-2,-2,-7,-5,-3 },
{ 0,-3, 1, 2, 3,-7, 2, 3, 5,-1,-1,-3,-4,-1,-4,-6,-1,-1,-2,-8,-4,-3 },
{ 1,-4, 0, 0, 0,-5,-3,-2,-1, 5,-4,-4,-5,-3,-4,-5,-2, 1,-1,-8,-6,-2 },
{ -3, 1, 2, 1, 0,-4, 3, 1,-1,-4, 7,-4,-3,-2,-4,-2,-1,-2,-3,-5,-1,-3 },
{ -1,-2,-2,-3,-3,-3,-3,-3,-3,-4,-4, 6, 1,-2, 1, 0,-3,-2, 0,-7,-2, 3 },
{ -3,-4,-4,-5,-5,-7,-2,-3,-4,-5,-3, 1, 5,-4, 3, 0,-3,-4,-3,-5,-3, 1 },
{ -2, 2, 1, 0,-1,-7, 0,-1,-1,-3,-2,-2,-4, 5, 0,-6,-2,-1,-1,-5,-6,-4 },
{ -2,-1,-3,-4,-4,-6,-1,-3,-4,-4,-4, 1, 3, 0, 8,-1,-3,-2,-1,-7,-4, 1 },
{ -4,-4,-4,-6,-7,-6,-6,-6,-6,-5,-2, 0, 0,-6,-1, 8,-5,-3,-4,-1, 4,-3 },
{ 1,-1,-2,-2,-2,-3, 0,-1,-1,-2,-1,-3,-3,-2,-3,-5, 6, 1,-1,-7,-6,-2 },
{ 1,-1, 1, 0, 0,-1,-2,-2,-1, 1,-2,-2,-4,-1,-2,-3, 1, 3, 2,-2,-3,-2 },
{ 1,-2, 0,-1,-1,-3,-2,-2,-2,-1,-3, 0,-3,-1,-1,-4,-1, 2, 4,-6,-3, 0 },
{ -7, 1,-5,-7,-8,-8,-6,-7,-8,-8,-5,-7,-5,-5,-7,-1,-7,-2,-6,12,-1,-8 },
{ -4,-6,-2,-4,-5,-1,-5,-5,-4,-6,-1,-2,-3,-6,-4, 4,-6,-3,-3,-1, 8,-3 },
{ 0,-3,-3,-3,-3,-2,-3,-3,-3,-2,-3, 3, 1,-4, 1,-3,-2,-2, 0,-8,-3, 5 }
},
-- Statistical constants computed according to
-- Karlin & Altschul (1990). Proc.Natl.Acad.Sci.USA 87, 2264-2268.
stats-table {
-- m lambda kappa
{ 2, 0.336, 0.179 },
{ 3, 0.255, 0.177 },
{ 4, 0.202, 0.137 },
{ 5, 0.165, 0.096 },
{ 6, 0.137, 0.068 },
{ 7, 0.117, 0.050 },
{ 8, 0.101, 0.039 },
{ 9, 0.089, 0.032 },
{ 10, 0.080, 0.027 },
{ 11, 0.072, 0.024 },
{ 12, 0.066, 0.021 },
{ 13, 0.060, 0.019 }, -- estimated
{ 14, 0.055, 0.018 }, -- estimated
{ 15, 0.051, 0.017 }, -- estimated
{ 16, 0.048, 0.016 }} -- estimated
}
}