Vermutlich ist bei Ihnen die Option Stille am Ende von .CDA Tracks entfernen an und der Track hat eine lange Pause am Ende.

Nero liest schon beim Drag&Drop der Audio-Tracks das Ende des Tracks ein um die Stille zu entfernen. D. h. die Stille wird schon beim Drag&Drop entfernt und nicht erst beim Brennvorgang selbst.