home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Shareware Overload / ShartewareOverload.cdr / wp / bib311b.zip / BIBFILE.TXT < prev    next >
Text File  |  1989-03-26  |  51KB  |  1,049 lines
  1.                                                           Mar. 26, 1989
  2.  
  3.                               BiblioFile
  4.  
  5.                              Version 3.10
  6.  
  7. PURPOSE:
  8.  
  9.    The Biblio-File system is a citation management system designed to
  10. be used in keeping track of literature references.  Biblio-File differs
  11. in approach from other citation management packages by providing you
  12. with the automatic capacity to file citations by subject matter in
  13. addition to using key words.  The package is written to accommodate the
  14. way most of us collect and create our journal files.  That is, we start
  15. with a broad topic, collect a few citations in this category and then
  16. realize we need to subdivide the file folder into separate and more
  17. precise headings.  Biblio-File follows this same concept, and allows
  18. easy reclassification of articles originally filed in a broader
  19. category.  
  20.  
  21.    The system is menu driven, and uses multiple windows to provide easy
  22. and consistent entry of information.  All key words, subjects, authors
  23. and journals can be added during citation entry, or they can be added
  24. independently using the appropriate utility function included in the
  25. package.  Each of the utility functions as well as the set up and use
  26. of the system will be described in more detail below.  
  27.  
  28.    BiblioFile uses B+ tree indexes into the citation for authors,
  29. journals, key words and subjects.  This provides for unparalleled speed
  30. of retrieval on any combination on these index fields.
  31.  
  32. NOTE: If you have been using an earlier version of BiblioFile (prior
  33.       to 2.51) you MUST run the BIBCONV program on your ".CIT" files
  34.       to be able to use them under any version after 2.51.  A
  35.       description of this program and the procedure for converting is
  36.       given in Appendix A.
  37. FILES:
  38.  
  39. BiblioFile consists of the following programs:  
  40.  
  41. BIB.EXE:       The main executable program for the BiblioFile system.
  42.  
  43. BIB.OVR:       The overlay portion of the executable program.
  44.  
  45. REVISION.HST:  Revision history for BiblioFile.
  46.  
  47. CONFIG.SYS:    The configuration file to increase the number of files
  48.                and buffers available for BiblioFile.
  49.  
  50. CONTROL:       A user configurable file containing the colors for video
  51.                monitors.
  52.  
  53. CONTROL.MNO:   A control file for monochrome monitors.  Copy this to
  54.                CONTROL if the VSET program (below) doesn't create a
  55.                pleasing screen appearance.
  56.  
  57. BIBUTIL.EXE:   The utility program for BiblioFile that contains
  58.                modules for listing the index files, setting video
  59.                attributes, deleting duplicate citations, and deleting
  60.                entire databases.  Replaces DELBIB.EXE, VSET.EXE, and
  61.                DUPES.EXE.
  62.  
  63. BIBCONV.EXE    A conversion utility to transform the ".CIT" files of
  64.                earlier versions into the format needed by Bib251 or
  65.                later. CREDITS:
  66.  
  67.    Turbo Pascal and Database Toolbox are trademarks of Borland
  68. International.
  69.  
  70.    IBM, PS/2, and Compaq are the trademarks of the respective
  71. companies.
  72.  
  73.    The windows and the screen writes used in this program are
  74. accomplished using the QWIK and WINDOW routines of Jim LeMay (CIS
  75. 76011,217).
  76.  
  77.    Turbo Professional is the trademark of Turbo Power Software.
  78.  
  79.    MedLine and Grateful Med are copyright of the National Library of
  80. Medicine.
  81.  
  82. DISTRIBUTION RIGHTS
  83.    
  84.    This system is now distributed as ShareWare.  The author retains
  85. exclusive copyright to the material.
  86.  
  87.    Users may freely copy and distribute this software and
  88. documentation in its original, unmodified state.  Other than reasonable
  89. copying and shipping and handling charges, no remuneration may be
  90. accepted by any party other than the copyright holder.
  91.  
  92.    If you find BiblioFile useful after an evaluation period of one
  93. month, please register your copy by sending $40 to the author.  This
  94. registration fee is one-time only, and allows unlimited upgrades to
  95. future versions of the shareware BiblioFile System.  Registration fees
  96. will be used to defray development costs and to encourage further
  97. improvements.
  98.  
  99.    The latest version of BiblioFile will always be available on the
  100. Genesis Project BBS, and usually, CompuServe on the IBMAPP forum.
  101.  
  102. Please direct all inquiries and comments about BiblioFile to
  103.  
  104.    SYSOP 
  105.    Genesis Project
  106.    (505) 843-2389
  107.    300/1200/2400 baud, 
  108.    no parity, 8 data bits, 1 stop bit
  109.  
  110. Or to
  111.  
  112.    Dean Madar, M.D., Ph.D.
  113.    1855 Girard NE, #16
  114.    Albuquerque, NM  87106
  115.  
  116. Or to 
  117.  
  118.    Dean Madar
  119.    CIS 73210,2741 
  120.  
  121.  
  122. DISCLAIMER:
  123.  
  124. BiblioFile and its companion programs are distributed as is without
  125. warrantee of any kind expressed or implied.  The author will not be
  126. liable for any damage arising out of their use.  
  127.  
  128.  
  129. SYSTEM REQUIREMENTS:
  130.  
  131. BiblioFile will run on IBM PC, PC XT, PC AT, and PS/2.  BiblioFile has
  132. also been tested on IBM close compatibles including COMPAQ, UNISYS
  133. (Sperry), Tandy, ARC Turbo 12, and Northgate.
  134.  
  135. Minimum requirements are:
  136.    380 kilobytes of free memory;
  137.    MS DOS or PC DOS 2.0 or greater;
  138.    Two diskette drives, (although a hard disk is recommended for
  139.       performance reasons);
  140.    A color or monochrome monitor including CGA, EGA, VGA or Hercules;
  141.    A large collection of otherwise unorganized journal citations.
  142.    Grateful Med from the National Library of Medicine (if you wish to
  143.    use the direct importation facility.
  144.  
  145. LANGUAGES AND LIMITS:
  146.  
  147.    The current version of BiblioFile incarnation is written in Turbo
  148. Pascal 5.0, with some assembly language assists.  Windowing is handled
  149. using the QWIK and WINDW units of Jim LeMay.  Some units from Turbo
  150. Power Software's Turbo Professional are also used.  The data and index
  151. files use the Turbo Pascal Database Toolbox.  The final code has been
  152. analyzed with Turbo Power's Analyst to remove uncalled procedures,
  153. remove unused variables, and pack the .EXE file.
  154.  
  155.    As in any program, there were some design assumptions and limits
  156. made in BiblioFile.  Some of the known limits follow.  
  157.  
  158.       Your subject tree may have a maximum level of 10.  That is, 10
  159.       nested levels from parent to last child.  Within any level,
  160.       though, the only limit on number of siblings is disk space.  
  161.  
  162.       Only 20 databases may be active at any one time.
  163.  
  164.    Although the system will run on a dual floppy computer, a disk
  165. cache program would be very useful in speeding up disk input.  There is
  166. a LOT of disk activity associated with this program.  It is also
  167. written in such a way that the index and data files are flushed with
  168. each new addition to protect against disasters.  This is most
  169. noticeable, of course, on a floppy based system.
  170.  
  171.  
  172. GETTING STARTED:
  173.  
  174.    If you are currently using a version of BiblioFile prior to 2.51,
  175. read Appendix A: "Converting from BiblioFile Before 2.51".  You MUST
  176. convert your data files before using this version of BiblioFile.
  177.  
  178.    One of the files included in the BiblioFile distribution disk is a
  179. CONFIG.SYS file.  If you already have a CONFIG.SYS file without the
  180. lines the lines FILES = 20 and BUFFERS = 20, include those lines in
  181. that file.  If you do not have a CONFIG.SYS file, copy the CONFIG.SYS
  182. file provided onto your boot diskette, then reboot your computer. 
  183.  
  184.  
  185. Dual floppy system:
  186.  
  187.    If you will be running BiblioFile from a dual floppy system, the
  188.    program disk will be in drive A and the data disk will be drive B. 
  189.    Create a new formatted system disk in drive A and copy the
  190.    following files from the distribution disk to your new system disk:
  191.  
  192.    BIB.EXE
  193.    BIB.OVR
  194.    CONFIG.SYS
  195.    CONTROL
  196.    DEFAULT.FMT
  197.  
  198.    Create a second formatted system disk in drive A and copy the 
  199.    following files on to it:
  200.  
  201.    BIBUTIL.EXE
  202.    CONTROL
  203.    BIBCONV.EXE (only if you will be converting data files made prior to
  204.                version 2.51)
  205.    
  206.    This second disk now contains all of the utilities needed to run
  207. BiblioFile. These modules are used only occasionally, and need not be
  208. present on the main program disk.  Remove the distribution disk from
  209. the B floppy drive and replace it with a formatted blank disk. 
  210.  
  211. For hard disk systems:
  212.  
  213.    Create a new subdirectory of your choice and copy all of the files
  214. from the distribution disk into the subdirectory.  The CONFIG.SYS file
  215. should be filed to the root directory if you do not already have a
  216. CONFIG.SYS file present there.  See above for a more complete
  217. explanation of the use of CONFIG.SYS.
  218.  
  219.  
  220. General features: 
  221.  
  222.    BiblioFile consists of two main programs: BIB.EXE which contains
  223. the database definition, data entry and search features, and
  224. BIBUTIL.EXE which contains the less commonly used utilities to examine
  225. the index files, change the video colors, delete databases and scan for
  226. duplicate citations.  
  227.  
  228.    The main menu of the BiblioFile system consists of eight choices,
  229. with eight more choices in the Utility menu.  The selection of the
  230. module to execute is made by the "point and shoot" method.  Move the
  231. light bar cursor to the desired activity and press <Enter> to begin
  232. execution.  Alternatively, you may also press the number associated
  233. with the menu choice, or the capitalized first letter of the menu
  234. option.  
  235.  
  236.    In most cases, data entry in the BiblioFile system is completed by
  237. pressing the <F10> key.  The cursor moves from field to field by
  238. pressing either the <Enter> key or using the up or down arrow keys. 
  239. Any field may be visited as often as required prior to pressing the
  240. <F10> key.  Any invalid data input, or attempts to skip a required
  241. field will result in a message window appearing on the screen.
  242.  
  243.    Context sensitive help is available in many fields by pressing the
  244. <F2> key.  The active function keys are displayed on the last line of
  245. the CRT on all data entry screens.  A prompt which varies from field to
  246. field will appear on lines 19-23 of the CRT as the cursor is moved
  247. between fields.
  248.  
  249.  
  250. Umlauts and gravé marks:
  251.  
  252.    The valid character string changes as you move between fields.  For
  253. alphanumeric fields, you can enter any key from the keyboard, as well
  254. as characters with accent marks, umlauts, etc.  To access these special
  255. characters, press and hold the <Alt> key, and type the ASCII code for
  256. the corresponding character on the numeric keypad.  For example: the
  257. character " ü " is created with <Alt> 129.  See the ASCII table in the
  258. back of any DOS, BASIC or other programming manual for a complete
  259. listing of these characters and codes.
  260.  
  261.  
  262. Starting BiblioFile:
  263.  
  264. Change to the directory containing the BiblioFile system. (Probably
  265. hard drive users only).
  266.  
  267. From the DOS command line type BIB followed by <Enter>.  If you wish to
  268. use the utility functions, type BIBUTIL followed by <Enter>.  The
  269. primary menu of the program will be displayed.  
  270.  
  271.  
  272. Making a new database:
  273.  
  274.    The first step in using the BiblioFile system is creating a new
  275. database and telling the system where the data files will be stored. 
  276. Select option 6) "Make a New Database" from the main BiblioFile menu. 
  277. A database name may be any valid DOS file name up to eight characters
  278. in length.  After entering the database name, press <Enter> to advance
  279. the curser to the data drive field.  Enter the drive letter where the
  280. data files will be stored.  If the database is already in use, or if
  281. similarly named files already exist on the data disk, a message window
  282. will appear on the screen.
  283.  
  284.    For hard disk systems the data drive may be the same drive that
  285. contains the BiblioFile programs.  For dual floppy drive systems, it
  286. is recommended that the second floppy drive be used for data.  
  287.  
  288.    After pressing <F10>, BiblioFile will create fifteen files on the
  289. data drive.  These files all share a common name with different
  290. extensions depending on the purpose of the file.  For floppy based
  291. systems it is recommended that only a single database be placed on one
  292. floppy disk.  On a hard disk system any number of databases may be
  293. created, up to the capacity of the hard disk.  There are no shared
  294. files between various databases.  Each of the data files is created in
  295. the directory from which BiblioFile was activated.  Paths are
  296. currently not supported.  
  297.  
  298.    IMPORTANT:  If you are using a dual floppy system, you must copy the
  299. DBLIST file created by BiblioFile onto the second floppy you made with
  300. BIBUTIL.EXE.  Some of the utilities require this list of database
  301. names.
  302.  
  303.  
  304. Picking a Database:
  305.  
  306.    Whenever you use the BiblioFile system, you will first need to pick
  307. a database from the list of currently active entries.  Select option 1) 
  308. "Pick a Database" from the primary menu.  A list of all currently
  309. available database names will be displayed on the screen.  Move the
  310. cursor to the desired database by using either the up or down arrow
  311. keys.  Select the database by pressing <Enter>.  Each screen of the
  312. system will display the name of the database in use to guard against
  313. inadvertent corruption of datafiles.
  314.  
  315.  
  316. Subject Entry:
  317.  
  318.    Prior to using a particular database for the first time you must
  319. enter the subjects under which you will be filing citations.  The
  320. concept of the BiblioFile system is that subjects are arranged in a
  321. hierarchical, or conceptually, as a branching tree structure.  Each of
  322. the major subjects can be considered the root of a subject tree which
  323. may have up to 9 sub-headings (branches and leaves).  
  324.  
  325.    The first time that subject entry is selected after creating a
  326. database, you will be asked to enter a subject name.  After typing the
  327. subject and pressing the <Enter> key this first subject will be
  328. displayed in a window on the left border of the screen.  From this
  329. point on to add a new subject at this level of the tree, simply press
  330. the <Ins> key on your keyboard.  The "Add Subject" window will appear
  331. again and you may enter the new subject.
  332.  
  333.    As entries are made into the primary subject window, they will be
  334. alphabetized and displayed.  If there are more subjects than there are
  335. spaces on the screen, you may use the <PgUp> or <PgDn> keys of the
  336. keyboard to display other frames of subjects.
  337.  
  338.  
  339.    Adding subheadings
  340.  
  341.          To create a subheading under a subject, highlight the desired
  342.       subject by using the up or down arrow key, or if required the
  343.       <PgUp> or <PgDn> key.  To add a new sublevel press <F3> at this
  344.       point.  If a sublevel already exists for the selected heading, a
  345.       warning window will be displayed with instructions to proceed to
  346.       the lower level by pressing the <Enter> key.  If a sublevel does
  347.       not yet exist, you will be asked for the name of the sublevel in
  348.       an input window similar to the one displayed for subject entry.  
  349.  
  350.          After the first subheading is added to a subject, the parent
  351.       window is displayed showing an arrow to the right of the
  352.       selected subject, indicating the presence of sublevels.  By
  353.       moving the highlight to that subject and pressing the <Enter> or
  354.       right arrow key, a secondary window will be displayed.  The
  355.       title of the secondary window reflects the parent subject and
  356.       any available subheadings are printed within the newly displayed
  357.       window.
  358.  
  359.          This procedure may be repeated up to 10 levels for each
  360.       subject in the first window to create any level of complexity of
  361.       the tree structure.
  362.  
  363.          Please note that unlike the primary subject window, using the
  364.       "Add Subject" function in any sublevel DOES NOT alphabetize the
  365.       subheadings inserted in the windows.  Rather, the new subheading
  366.       is inserted directly below the highlighted subject at the time
  367.       the <Ins> key is pressed.  This is provided as an option for
  368.       users who prefer to arrange the subjects by frequency of use
  369.       rather than an alphabetical list.  You are free to create your
  370.       own alphabetical list in any of these subheadings by arranging
  371.       the highlighted bar in the appropriate location prior to using
  372.       the insert function.
  373.  
  374.    Deleting subject headings
  375.  
  376.          Any subject may be deleted at any level of the tree by
  377.       highlighting the appropriate subject and pressing the <Del> key. 
  378.       A warning window is displayed on screen asking for verification
  379.       of the delete, explaining the consequences.  Any citations which
  380.       are contained in the branches of the tree derived from the
  381.       deleted subject will be lost.  
  382.  
  383.    Editing subject headings
  384.  
  385.          The spelling of any of the subject headings can be modified at
  386.       any time by highlighting the appropriate subject or sublevel and
  387.       pressing the <F5> key.  A data entry window will be displayed
  388.       containing the current spelling.  Changes at this point affect
  389.       only the displayed subject and have no effect on any data
  390.       contained in the database.
  391.  
  392.  
  393.    Reclassification of citations by subject:
  394.  
  395.          After citations have been added to any particular subheading
  396.       or subject in the database, at some future time you may want to
  397.       subdivide the citations into more specific subheadings.  At that
  398.       time, any citations contained in the parent node may be
  399.       reclassified into any of the child nodes if desired.  Also, all
  400.       citations imported directly from the OUTPUT file of Grateful Med
  401.       will require reclassification (see below).  The steps involved in
  402.       this reclassification are as follows.
  403.  
  404.             Create the new entries to your subject tree using the
  405.          procedures described above, or from the Citation Entry
  406.          option. 
  407.  
  408.             Use the <CR> and <Esc> keys or <RtArr> and <LtArr> keys to
  409.          select the subject containing the citations you wish to
  410.          reclassify.  Press the <F7> key to begin reclassification.
  411.  
  412.             The citations currently located in the parent node will be
  413.          displayed to the screen, one at a time.  At this point the
  414.          citation may be skipped and left where it is, or reclassified
  415.          to any level of the tree.  This is accomplished by pressing
  416.          the R key (Case insensitive).  The subject window will appear
  417.          on the screen.  Use the right and left arrow keys to show
  418.          other windows of the tree, and the up and down arrow keys to
  419.          highlight the new "home" for the citation.  Press <Enter> to
  420.          complete the reclassification.  The process is automatic from
  421.          that point forward, and all associated links are adjusted in
  422.          both the parent and child nodes and indexes to accommodate the
  423.          reclassification.
  424.  
  425.             In case a mistake is made in reclassification, you can
  426.          "undo" it immediately by entering the reclassification
  427.          function and pressing "U" with any citation on the screen. 
  428.          The last reclassification will be reversed, no matter what
  429.          citation is displayed on the CRT.  
  430.  
  431.             Mistakes encountered later can be corrected by using the
  432.          Cut function in combination with Delete Citation, and then
  433.          Pasting the entry into the correct place during Citation
  434.          Entry.
  435.  
  436.  
  437.    Listing the subject tree
  438.          A visual picture of the subject tree can be printed by
  439.       pressing <F9> at any level of subject entry.  A window will be
  440.       displayed, asking if the entire tree should be printed. 
  441.       Answering "<N>o" will cause only the tree below the current
  442.       cursor location to be printed.  Otherwise, the entire tree will
  443.       be printed, using indentation to indicate child levels. 
  444.       Siblings subjects will have a similar level of indentation. 
  445.       NOTE:  Some printers cause an error here if they are not turned
  446.       on.  Other printers allow the program to trap the error and
  447.       recover.
  448.  
  449.  
  450. Citation Entry, Edit or Deletion
  451.  
  452.    At any time after the subjects have been added to the system,
  453. citations may be added by selecting option 3 from the main BiblioFile
  454. menu. 
  455.  
  456.    The first level of subjects will be displayed in the window to the
  457. left of the CRT screen.  Select the appropriate subject under which you
  458. wish to enter a citation.  Citations may be entered at any level,
  459. depending on the requirements of the citation.  If you wish to select a
  460. subheading under a particular subject, you may either press the <Enter>
  461. key or use the right arrow key to move to the sublevel window.  Note
  462. that new subjects may also be added here by pressing <F9>.
  463.  
  464.    After you have reached the appropriate sublevel, press the <Ins> key
  465. to display the citation input template.  
  466.  
  467.    The title field is up to 240 characters in length.  The first line
  468. is a required field and must contain at least one character.  The
  469. second and third lines are optional depending on your needs.  Within
  470. these fields, the right and left arrow keys are nondestructive cursor
  471. motion keys as are the home and end keys.  The backspace key is a
  472. destructive backspace. 
  473.  
  474.    After completing entry in the title field, move the cursor to the
  475. first author field using either the down arrow key or the <Enter> key. 
  476. Both author fields may be filled by either typing the author's name as
  477. desired or using the <F2> Help key.  Pressing <F2> will display a
  478. window asking for a name fragment.  Enter the beginning few letters,
  479. and a list of all authors whose names start with these letters will be
  480. displayed.  By moving the cursor to the appropriate author and
  481. pressing <Enter>, the author name will be transferred to the field
  482. underlying the window.  This insures uniform spelling of author names
  483. and will improve record retrieval by author in the Extended Search
  484. function.
  485.  
  486.    The first author field is likewise a required field.  It must
  487. contain some entry prior to pressing <F10> to file the record.
  488.  
  489.    If the author typed into the field is not currently in the author
  490. index file or data file, you will be asked to verify if you wish to add
  491. this author to those files.  Pressing "Y" for yes allows you to enter
  492. authors "on the fly" without having to leave the citation entry
  493. function.
  494.  
  495.    The second author field is an optional field and may be filled in
  496. as desired.  For complete citation entries, BiblioFile versions after
  497. 2.51 offer space to store a total of 20 authors.  To enter more than 2
  498. authors, place an "X" in the "et al." field of the citation entry/edit
  499. screen.  Moving to the "next" field will open a window that allows
  500. entry of up to 18 additional names.  The <F2> function key works for
  501. these fields as it does for the previous screen.  File the additional
  502. authors by pressing <F10>, or return to the previous screen without
  503. saving by pressing <Esc>.
  504.  
  505.    Move the cursor to the journal field and enter the abbreviation of
  506. the citation.  Again this field may be filled by typing an
  507. abbreviation, or by using the <F2> help function.  You will be asked to
  508. enter a name fragment, then the system will display a window containing
  509. all of the currently available journal abbreviations as well as their
  510. full text translations.  Selecting the appropriate journal with the up
  511. or down arrow keys and pressing <Enter> will transfer the abbreviation
  512. of the journal to the appropriate field.  
  513.  
  514.    The journal field is also a required field.
  515.  
  516.    Sentinel articles in any given subject may be indicated by pressing
  517. "Y" with the cursor in the sentinel article field.  This is a
  518. searchable criterion and may be used to retrieve important articles on
  519. any given subject. 
  520.  
  521.    Move the cursor to the volume field and enter the appropriate
  522. volume number.  Valid characters in this field include numbers as well
  523. as characters to allow entry of issue numbers as in:  183(2).
  524.  
  525.    The volume field is a required field.  
  526.  
  527.    Move the cursor to the beginning page field with the cursor key or
  528. the enter key.  The beginning page number is a required field and may
  529. be any number less than 32767.
  530.  
  531.    The ending page field is an optional field, but if any entry is
  532. made in this field it must be a page number greater than the beginning
  533. page number.
  534.  
  535.    The year field is a required field and the format may be either the
  536. last two digits of the year, or all four digits of the year. 
  537. Whichever format is selected, be consistent because this is a sort
  538. criterion for the search module.
  539.  
  540.    Up to six key words may be entered for any article.  These key
  541. words may be entered by typing them directly into the field, or by
  542. using the <F2> Help function.  As above, if you type a new key word
  543. that is not found in the index files, you will be asked to verify if
  544. you wish to add this key word to the index files prior to continuing. 
  545. Again this allows you to add new key words to your index list without
  546. exiting the citation entry function.
  547.  
  548.    One important restriction for key word entry is that you must fill
  549. the fields in order.  Do not leave a blank in the key word lists.
  550.  
  551.    Comments may be entered at any time by pressing the <F6> key.  A
  552. window will appear in the middle of the screen and any existing comment
  553. will also be displayed.  A comment up to 400 characters in length may
  554. be entered.  Within the comment window, the right and left arrow keys
  555. work as nondestructive cursor motion, and Ctrl-right arrow and Ctrl-
  556. left arrow work as expected for a standard word processor.  The <Ins>
  557. key toggles overstrike and the <Del> key removes the character at the
  558. current position.  Complete the comment entry by pressing the <F10>
  559. key.
  560.  
  561.    A cut and paste function is provided to allow easier and faster
  562. data entry.  After the desired fields have been filled, press the <F7>
  563. key to "cut" an image of the screen to a storage buffer.  At any time
  564. during the session when <F8> is pressed, a copy of the clipboard will
  565. be pasted onto the screen.  If you press <F7>, you will be asked to
  566. verify overwriting any data that may be present in the buffer.  An
  567. indicator appears on the lower right of the CRT screen whenever
  568. something has been placed in buffer.  
  569.  
  570.    Complete the entry of the citation by pressing the <F10> key. 
  571. Pressing the escape key will open a verification window asking if you
  572. truly wish to escape without saving the current citation.
  573.  
  574.    It is important to realize that the citation is NOT filed until the
  575. <F10> key is pressed with the citation input template on the screen.
  576.  
  577.    After <F10> is pressed, the blank input template will reappear.
  578.  
  579.    You may escape from the input template and return to the display of
  580. subjects and subheadings by pressing the escape key with a blank input
  581. template. 
  582.  
  583.    After the subject headings are redisplayed, you may continue data
  584. entry with a new subject by selecting it as described above.
  585.  
  586.  
  587. Editing Current citations:
  588.  
  589.    A current citation may be edited by selecting the appropriate
  590. subject, subheading, etc. and pressing the <F3> key.  The system will
  591. display the citations one at a time beginning at the first citation
  592. under the subject heading and continuing to the last entry.  Move
  593. between citations with the <PgUp> and <PgDn> keys.  When a citation is
  594. on the screen, any field may be changed in a manner similar to that
  595. used when originally filling the fields.  You may use either the
  596. keyboard or the <F2> function key to fill or change appropriate fields. 
  597. Notes may also be added or changed at this time.  Any changes must be
  598. filed by pressing <F10> before leaving the citation or the edit
  599. function.
  600.  
  601.    Exit from the citation edit function by pressing the <F1> key or
  602. the escape key as indicated.
  603.  
  604.  
  605.  
  606. Extended Search:
  607.       
  608.    The primary use of the search function is to locate articles
  609. dealing with a particular topic or key word quickly.  By selecting
  610. option 4 "Extended Search" in the main BiblioFile menu the search
  611. input screen is displayed.  If you wish to search by a particular
  612. subject, place an X in the subject field.  The actual selection of the
  613. subject to be used as a search criteria will be selected on the next
  614. screen. 
  615.  
  616.    If you wish to select by the sentinel article flag, place an X in
  617. the sentinel article field.
  618.  
  619.    The author fields should be filled using the <F2> Help function. 
  620. This insures that only authors who are actually in the database will
  621. be scanned.  The author search will find an author no matter which
  622. position they occupy in the actual citation (first through twentieth
  623. author).  You may search for up to two authors simultaneously.
  624.  
  625.    The journal for the citation may also be entered as a search
  626. criterion.  Again using the <F2> function key is recommended for
  627. filling the field. 
  628.  
  629.    Up to three keys may be also used as search criteria.  Individual
  630. keys may also be entered with the <F2> help function.
  631.  
  632.    If you wish to sort the retrieved records, place an X in the sort
  633. field.  The actual sort order will be specified on a later screen.
  634.  
  635.    If output is to be sent to a DOS text file, place an X in the File
  636. field.  All output is sent to a file named SEARCH.BIB.  If the file
  637. currently exists, new data will be appended to the existing citations.
  638.  
  639.    If output is to be sent to the printer, enter an X in the printer
  640. field.  Output may be directed to both the printer and a text file
  641. simultaneously, but not also to the CRT.  The output to the text file
  642. or printer may be numbered if desired by placing an X in the "Number"
  643. field.  A window will open asking for the first number to be assigned
  644. to citations found in this search.  Any number between 1 and 9999 may
  645. be used.
  646.  
  647.    A logical AND is performed on multiple search criteria.  That is, if
  648. you have asked for a search on subject and author and journal, only
  649. citations which meet all three criteria will be listed in the final
  650. output.
  651.  
  652.    For searches that will have output directed to either a text file or
  653. the printer, a window will appear on the screen asking for a particular
  654. format that should be used.  Move the light bar to the desired format
  655. with the arrow keys, and press <Enter> when the appropriate format is
  656. highlighted.  These format files are user defined and can be created
  657. using the MAKEFMT utility from the DOS command line.  They control
  658. which data are printed from the citations, in what order, and what
  659. punctuation is used between fields.
  660.  
  661.    If you have asked for a search by subject, the primary subject
  662. window will appear on the screen.  Select any level of the tree by
  663. using the arrow keys to move the light bar to the appropriate branch of
  664. the tree.  Press the <F10> key to select the highlighted subject as a
  665. search criteria.  If you are asking to search on some node that is not
  666. a leaf of the subject tree, you will be asked to verify that you wish
  667. to search at this level.  This is an important advantage of the
  668. BiblioFile system, and provides automatic hierarchical searching.
  669.  
  670.    If you have selected "Sort", the sort criteria screen will be
  671. displayed.  You may sort either by search author one, author two,
  672. journal or year.  The order in which the citations will be sorted is
  673. displayed at the bottom of the screen as you select.  Move the cursor
  674. to the desired field and press <F7> to select sort criteria.  As the
  675. cursor moves to another field, the selected options will remain
  676. highlighted as the cursor moves.  You may select up to four sort
  677. criteria from this frame.
  678.  
  679.    After input of all search criteria, the search is initiated by
  680. pressing <F10>.  If the data are being sorted, an indicator will appear
  681. on the screen to indicate that some activity is occurring.  Any matches
  682. to the search criteria will be displayed, filed or printed.  If output
  683. is to the CRT, a screen identical to that used for citation input will
  684. be displayed with all data pertinent to the particular citation.  The
  685. <PgUp> and <PgDn> keys may be used to scan through all citations.  Any
  686. comments may be viewed by pressing the <F5> "Show Comment" key. 
  687. Additional authors may be viewed by pressing <F4>.  After all
  688. citations have been scanned, you may return to the search input
  689. template by pressing <Esc>.  
  690.  
  691.    If output is to the printer, the listing of all matches will be
  692. produced, without any associated comments.  
  693.  
  694.  
  695. Import data from Grateful Med:
  696.  
  697.    Many users use BiblioFile for tracking citations downloaded from
  698. the National Library of Medicine's Medline computer.  NLM offers a PC-
  699. based front end to Medline known as Grateful Med that both simplifies
  700. and streamlines personal use of Medline.  The OUTPUT file of Grateful
  701. Med can be directly imported to a BiblioFile database without retyping
  702. any entries.  The major restriction to this import is the format of the
  703. OUTPUT file.  BiblioFile will correctly interpret the format of the
  704. Medline output only; other databases available through Grateful Med
  705. (e.g. TOXLINE) have a different format and cannot be imported.  If
  706. there is sufficient demand for other formats, they will be provided in
  707. future releases.
  708.  
  709.    Grateful Med version 4 no longer requires that the results of a
  710. search go to a file named OUTPUT.  BiblioFile 3.10 now allows you to
  711. select the file to be used for importing into your database.  More on
  712. this below.
  713.  
  714.    You can also use this facility if you can create an OUTPUT file in
  715. the same format as the Grateful Med file.  A description of the
  716. expected format is given in Appendix B.
  717.  
  718.    Create the OUTPUT file by performing a Grateful Med search or by
  719. creating a similar format if you are currently using a generalized
  720. database (See Appendix B for the format).  The search may include MeSH
  721. headings, abstracts, and/or extra lines before the source line.  Copy
  722. the OUTPUT file to the same subdirectory or disk as the BIB.EXE file,
  723. and keeping the name OUTPUT.  The OUTPUT file is read but not altered
  724. during the import.  
  725.  
  726.    Start BiblioFile, and select the database that will contain the
  727. imported citations.  Select option 5 "Import from Grateful Med" from
  728. the main menu.  
  729.  
  730.    Bib will first verify that you intend to do an import.  If you do,
  731. the first window of the subject tree will appear.  Beginning with Bib
  732. 3.10, you can direct the contents of the Grateful Med file to any level
  733. of your subject tree.  Select the desired category by highlighting it
  734. with the arrow keys, and press <F10>.  
  735.  
  736.    Next, you will be asked to indicate what data file the information
  737. should be read from.  All available files that have no extension will
  738. be displayed.  Select the desired file by highlighting it with the
  739. arrow keys, and press <Enter>.  
  740.  
  741.    From that point on, all operations are automatic.  The screen will
  742. display the current operations (Reading, Parsing, and Writing), as well
  743. as the line number of the data file being processed.  Any citations
  744. which cannot be processed accurately are appended to a PROBLEMS file,
  745. an error message appears on the screen, and a more specific message is
  746. printed on the printer.  Experience has indicated that less than 1% of
  747. the citations will fail importation, but these can be entered manually
  748. after examining the PROBLEMS file.
  749.  
  750.    If any of the imported citations do not properly belong to the
  751. selected subject, reclassify them into their correct locations by
  752. selecting option 2 "Subject Entry" from the main menu, highlighting the
  753. subject containing the imported data, and pressing <F7> to begin
  754. Reclassification of the citations.  See Reclassification, above, for a
  755. more complete description of the procedure.
  756.  
  757.  
  758. Creating a new output format file:
  759.       
  760.    The current version of BiblioFile allows you to control which
  761. fields are printed to a text file, or to the printer.  In addition, you
  762. can control what punctuation, words or characters, if any, should be
  763. placed before and after the various fields.  
  764.  
  765.    To create the file used to control this output, select option 7,
  766. "Generate File/Printer Format".  A window will appear asking for the
  767. name of the new format file.  Type the name of a new file, and press
  768. <Enter>.  If the file already exists, you will be asked for a unique
  769. filename.  A new window will appear containing all of the field
  770. elements which may be printed.  Select which elements you want to
  771. print, in the order in which you want them printed.  For example, if
  772. the authors should be printed first, move the cursor to the Author
  773. element and press <Enter>.
  774.  
  775.    As each element is selected, additional windows will open asking for
  776. any characters or punctuation that should be printed before, and after
  777. the selected element.  For authors, there is a third window asking for
  778. the punctuation and characters that should be printed between multiple
  779. authors.  Beginning with release 3.10, BiblioFile will now accept a "{"
  780. character in the punctuation field.  This will be interpreted as a
  781. carriage return/line feed combination when the citations are printed. 
  782. This allows individual fields to be isolated on single lines if
  783. desired.
  784.  
  785.    The Parameter window will reappear to allow you to select the next
  786. element to be printed.  If you don't want the output to contain one or
  787. more of the elements, don't select them from the Parameter window. 
  788. When all desired parameters have been selected, press the <Esc> key at
  789. the parameter window to save the file and complete the session.
  790.  
  791.    Any format files which are no longer needed can be deleted from the
  792. DOS command line at any time.  All format files end in the extension
  793. ".FMT".  
  794.  
  795.  
  796. Utility programs:
  797.    The BiblioFile utility programs are contained in the BIBUTIL.EXE
  798. file.  Dual floppy system users should place the second floppy created
  799. during installation into drive A for the utilities.  Type BIBUTIL from
  800. the DOS command line and press <Enter> to begin execution.  
  801.    
  802.    Three utility programs are provided to allow primary entry, editing
  803. or deleting of the journal name, author name and key word text
  804. entries.  All three of these utilities are similar in function, and
  805. provide the capacity to list, enter, edit, or deactivate entries.
  806.  
  807.    One common feature of these utilities is that entries are in fact
  808. deactivated and not deleted.  This provides the capacity to continue
  809. to look up previous data entered using any deactivated entry, but you
  810. can no longer use that entry in a new citation added to the system.  
  811.  
  812.    All of these utility functions may be used to enter data into the
  813. system.  Although they may be used as stand-alones, you will probably
  814. add entries to all three of these files automatically during citation
  815. entry.  The utilities are most useful for editing spelling previously
  816. entered by any mechanism, as well as generating a list of entries in
  817. the file sorted in any of three ways.
  818.  
  819.    In addition, all of these utilities provide the capacity to rebuild
  820. the index files into any of these data files.
  821.  
  822.  
  823. Duplicate citation deletion:
  824.  
  825.    Large databases may have duplicate citations in the same subject,
  826. especially if the automatic importation feature is used.  BiblioFile
  827. contains an automatic duplicate deletion utility that can be invoked
  828. from the utility menu.  As usual, be sure you have a backup copy of
  829. you BiblioFile data files before you begin this procedure.
  830.  
  831.    Invoke the deletion utility by selecting option 5 from the Utility
  832. menu.  The screen will display the list of current databases.  Move the
  833. light bar to the database and press <Enter>.  The screen will display
  834. each of the subject headings and a series of "."s to indicate records
  835. scanned.  Dots displayed in reverse video represent duplicates that are
  836. being deleted.
  837.  
  838.  
  839. Deleting a currently active database:
  840.  
  841.    At some point it may be desirable to remove a database from the
  842. active list.  To accomplish this two steps are required.  First, select
  843. option 6 from the BiblioFile Utilities menu.  
  844.  
  845.    The list of currently active databases will be displayed.  Move to
  846. the desired database by using the up or down arrow keys, and press
  847. <Enter> when the appropriate database is highlighted.  A verification
  848. window will be displayed at this time.  If you press "Y", the database
  849. will be removed from the list of active databases, however the
  850. database files themselves have not yet been deleted.
  851.  
  852.    The second step in the deletion process is to erase all of the data
  853. files for this particular database.  On a floppy drive system you will
  854. need to place the data disk in drive B.  On the DOS command line type
  855. the word DEL followed by the name of the database to be deleted and
  856. ".*".  For example if your database was named "PC", you would type
  857. "DEL PC.*" (without the quotes).  This will delete all the data files
  858. from the data disk.
  859.  
  860.    This two step process is intentionally designed to make accidental
  861. deletion of data difficult.  If you are using a floppy drive system,
  862. you should copy the DBLIST file from this disk to the primary system
  863. disk after completing the deletions.
  864.  
  865.    
  866. Changing the colors used by BiblioFile:
  867.    (Creating the CONTROL file)
  868.  
  869.    The video colors used by the BiblioFile system may be modified at
  870. any time by the user.  This may be accomplished by selecting option 7
  871. from the BiblioFile Utilities menu.  
  872.  
  873.    The screen will clear and display an initial blue background with
  874. bright white letters.  You should cycle through the available colors of
  875. the foreground by pressing the space bar until the desired color is
  876. displayed on the screen.  With each screen pressed, the current
  877. foreground color of text is displayed.  When an appropriate color is
  878. displayed, press the C key to continue.
  879.  
  880.    A similar procedure should be followed for selection of the
  881. background color as well as the selected text color.  A CONTROL file on
  882. the main program disk will be updated by VSET for use the next time
  883. BiblioFile is used.
  884.  
  885.    This may be used by anyone with a color monitor of any type
  886. including the VGA monitor on PS/2 computers.  It may also be necessary
  887. to invoke this function if you are using a monochrome monitor such as a
  888. COMPAQ which displays various shades of green or amber rather than a
  889. particular color.  The colors can be reset at any time without damage
  890. to the database.
  891.  
  892.    Invoking the video option on a system with a monochrome text
  893. adapter will create a CONTROL file with "white" letters on a black
  894. background.  No color selection will be offered.  If the Control file
  895. created does not look appealing, rename the CONTROL.MNO file on the
  896. distribution disk to CONTROL and try that one.
  897.  
  898.    If you are using a dual floppy system, copy the CONTROL file created
  899. by this option to the primary system disk as well. Appendix A
  900.                Converting From BiblioFile Prior to 2.51
  901.    
  902.    Beginning with BiblioFile 2.51, up to 20 authors can be included in
  903. each citation.  Unfortunately, this meant adding a new data field to
  904. the citation record, and requires a conversion of all data files with
  905. extension ".CIT" from versions of Bib prior to 2.51.  The conversion
  906. program, BIBCONV, is included in this package.
  907.  
  908.    To run BIBCONV, copy it to the drive or directory where your
  909. BIB.EXE file is located.  BIBCONV must be on the same drive or
  910. directory as your DBLIST file to work correctly.  
  911.  
  912.    PLEASE, work from a backup copy of your database !
  913.  
  914.    For floppy system users, note that your data drive must have
  915. slightly more free space available than your ".CIT" file currently
  916. occupies.  It may be necessary to temporarily copy the ".CIT" file
  917. (only) to another floppy drive, do the conversion, then copy the ".CIT"
  918. file back to its original floppy.  This strategy will give you enough
  919. room on the floppy containing only the ".CIT"; only the one file is
  920. modified during the conversion.
  921.  
  922.    Begin the conversion by typing BIBCONV at the DOS command prompt. 
  923. A list of all currently active databases will appear on the screen just
  924. as they do when you are running BiblioFile.  Select the appropriate
  925. database by moving the cursor to that name with the arrow keys and
  926. press <Enter>.  The screen will display the number of records to be
  927. translated, and the status of the conversion.
  928.  
  929.    When the conversion has completed, the screen will clear, and the
  930. DOS prompt will appear.  Your database is now ready to work with the
  931. latest version of BiblioFile.  You can add more authors to current
  932. citations if you wish, or just begin adding more authors from newly
  933. added citations.  If you don't put more than 2 authors into a
  934. citation, no additional space is used in your datafiles. Appendix B
  935.          Format Required in OUTPUT to use the Import Facility
  936.  
  937.    The Grateful Med citations are always written to a file named
  938. OUTPUT, and that's what Bib expects to find.  To use the Import
  939. facility, create an ASCII text file from your current database in the
  940. following format:
  941.  
  942. 1
  943. UI  - 88260958
  944. AU  - Barnett GO
  945. AU  - Justice N
  946. AU  - Souder DE
  947. TI  - An operational ambulatory medical record system.
  948. SO  - Methods Inf Med Suppl 1976;10:41-50
  949.  
  950. 2
  951. UI  - 88246180
  952. AU  - Grossman JH
  953. TI  - An ambulatory medical record system for patient care and health  
  954.       care management.
  955. SO  - Methods Inf Med Suppl 1972;6:375-82
  956.  
  957. 3
  958. UI  - 88231910
  959. AU  - Shapiro AR
  960. TI  - Exploratory analysis of the medical record.
  961. SO  - Med Inf (Lond) 1983 Jul-Sep;8(3):163-71
  962.  
  963.    The key features as far as Bib's parsing is concerned are: the "UI 
  964. - " that indicates the start of a citation, and the other line
  965. prefixes. 
  966.  
  967.    The number after the "UI  - " is optional but the dash and spaces
  968. must be there as shown on this and all the lines after the line
  969. prefixes.  Bib uses the "UI" line to mark the beginning of a new
  970. citation.  The number preceding the UI line doesn't need to be there;
  971. Bib ignores it scanning for UI. 
  972.  
  973.    The next most important item is the format of the Source (SO  - )
  974. line: Journal abbreviation followed by a space, the year, followed by a
  975. semicolon, the volume (with or without issue, its a text field)
  976. followed by a colon, beginning page, a dash, and ending page. The dash
  977. and ending page are optional. 
  978.  
  979.    The title may be more than one line, and spacing (shown in citation
  980. 2) is immaterial.  Bib deletes all the extra spaces as it imports.  You
  981. may have up to 20 authors per citation, each on one line.  Punctuation
  982. on the author line optional, and will be retained.
  983.  
  984.    After creating your OUTPUT file, place it in the same subdirectory
  985. as BIB.EXE, start Bib and select "Import" from the main menu. Index
  986.  
  987. Adding subheadings  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8
  988. Additional authors  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .  11, 15
  989. BIBCONV . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1, 20
  990. BUFFERS . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5
  991. Changing the colors . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .  19
  992. CIS . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4
  993. Citation entry edit or deletion . . . . . . . . . . . . . . . . . .  11
  994. Comments  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .  13
  995. CONFIG.SYS  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5
  996. CONTROL file  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .  19
  997. Converting pre-2.51 datafiles . . . . . . . . . . . . . . . . . . .  20
  998. Cut and paste . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .  13
  999. Deleting a data base  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .  18
  1000. Deleting subject headings . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9
  1001. DISCLAIMER  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4
  1002. DISTRIBUTION RIGHTS . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4
  1003. Dual floppy system  . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5, 7, 8, 18, 19
  1004. Duplicate citation deletion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .  18
  1005. Editing Current citations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .  13
  1006. Editing subject headings  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9
  1007. et al.  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .  12
  1008. Extended Search . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .  14
  1009. FILES . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .  2, 5
  1010. Format File . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .  15, 17
  1011. General features  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6
  1012. Generate File/Printer Format  . . . . . . . . . . . . . . . . . . .  17
  1013. GENESIS PROJECT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4
  1014. GETTING STARTED . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5
  1015. Grateful Med
  1016.    Format of OUTPUT File  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .  21
  1017.    Importing citations from . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .  15
  1018. Gravé Marks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7
  1019. Help  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7, 12, 14
  1020. Import File Format  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .  21
  1021. Import from Grateful Med  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .  15
  1022. Listing the subject tree  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .  10
  1023. Making a new data base  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7
  1024. Numbering citations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .  14
  1025. OUTPUT file
  1026.    from Grateful Med  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .  15
  1027. OUTPUT File Format  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .  21
  1028. Picking a Data Base . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8
  1029. PURPOSE . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
  1030. Reclassification
  1031.    Undo . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .  10
  1032. Reclassification of citations by subject  . . . . . . . . . . . . . . 9
  1033. Search  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .  14
  1034. Sentinel article  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .  12, 14
  1035. Sort criteria . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .  15
  1036. Starting Biblio-File  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7
  1037. Subject Entry . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8
  1038.    Adding subheadings . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8
  1039.    Deleting subject headings  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9
  1040.    Editing subject headings . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9
  1041.    Listing the subject tree . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .  10
  1042.    Reclassification of citations by subject . . . . . . . . . . . . . 9
  1043. SYSTEM REQUIREMENTS . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4
  1044. Text File . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .  14
  1045. Umlauts . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7
  1046. Undo Reclassification . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .  10
  1047. Utility programs  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .  17
  1048. Video colors  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .  19
  1049.