home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Collection of Hack-Phreak Scene Programs / cleanhpvac.zip / cleanhpvac / TIERRA40.ZIP / DOC / ANNOUNCE.312 < prev    next >
Text File  |  1992-09-11  |  14KB  |  310 lines
  1.                                 TIERRA UPDATE:
  2.            (Version 3.12 Now Available, Unified License Agreement,
  3.        FTP Site Reorganized, Bug Fixes, Resolution Toggle, Phylogeny,
  4.    Tierra in the News, Tierra Publications, Mailing Lists, What Tierra Is)
  5.  
  6. Note: V3.12 has been released because of an additional bug fix, the
  7.       template search bug.  See section 4) below.
  8.  
  9. This message contains:
  10.  
  11. 1) Availability of Tierra V3.12 Source Code
  12.    a) by ftp
  13.    b) by snail mail on disk
  14. 2) Unified License Agreement
  15. 3) FTP Site Reorganized
  16. 4) Bug Fix
  17. 5) Resolution Toggle
  18. 6) Future Phylogeny
  19. 7) Tierra in the News
  20. 8) Tierra Publications
  21. 9) Mailing Lists
  22. 10) What Tierra Is
  23.  
  24. 1) Availability of Tierra V3.12 Source Code
  25.  
  26.      The Tierra V3.12 source code; and the source code, and DOS executables of
  27. all tools is available now.  Please note that the source code in the ftp
  28. site and the source code provided on disk will each compile and run on either
  29. DOS or UNIX platforms.  It is exactly the same source code in either case.
  30.  
  31.      If you purchase this program on disk, thank you for your support.
  32. If you obtain the source code through the net or friends, we invite you to
  33. contribute an amount that represents the program's worth to you.  You may
  34. make a check in US dollars payable to Virtual Life, and mail the check to
  35. one of the two addresses listed below.
  36.  
  37.    a) by ftp
  38.  
  39.      If you use the software, be sure to pick up new versions from the ftp
  40. site.  The source in the ftp site will be replaced on a roughly monthly or
  41. bi-monthly basis.
  42.  
  43.      The complete source code and documentation is available by anonymous
  44. ftp at:
  45.  
  46. tierra.slhs.udel.edu [128.175.41.34] and
  47.   life.slhs.udel.edu [128.175.41.33]
  48.  
  49. in the directories: DOS/, almond/, beagle/, doc/, and tierra/.
  50.  
  51. To get it, ftp to tierra or life, log in as user "anonymous" and give your
  52. email address (eg. tom@udel.edu) as a password.  Be sure to transfer binaries
  53. in binary mode (it is safe to transfer everything in binary mode).
  54. Each directory contains a compressed tar file (filename.tar.Z) and a SRC
  55. directory that contains all the files in raw ascii format.  You can just
  56. pick up the .tar.Z files, and they will expand into the complete directory
  57. structure with the following commands (Unix only):
  58.  
  59. uncompress tierra.tar.Z
  60. tar oxvf tierra.tar
  61.  
  62.    b) by snail mail on disk
  63.  
  64.      The source code, documentation and the beagle.exe file can be distributed
  65. freely, however, the executables (the .exe files in DOS) are for sale and
  66. cannot be freely distributed (with the exeception of beagle.exe).
  67.  
  68.      If you do not have ftp access you may obtain everything on DOS disks
  69. by making a check for $65 (US dollars drawn on a US bank) payable to
  70. Virtual Life.  Specify 3.5" or 5.25" disks.  Send the check to one of the
  71. following addresses:
  72.  
  73. Tom Ray                  (January through August)
  74. Santa Fe Institute
  75. 1660 Old Pecos Trail
  76. Suite A
  77. Santa Fe, NM 87501
  78.  
  79. Virtual Life             (September through December)
  80. P.O. Box 625
  81. Newark, Delaware 19715
  82.  
  83.      The DOS disks contain everything but ALmond (ALmond can be provided on
  84. disk by request, but it only runs on a Unix platform).  The disks include DOS
  85. executables, source code and documentation.  The DOS disks include an easy
  86. installation program.  This is the same source code available in the ftp
  87. site.  If you have ftp access, there is no need to buy the disks.
  88.  
  89. 2) Unified License Agreement
  90.  
  91.      If you have seen the earlier versions, you may have noticed that there
  92. were different license agreements for the DOS and Unix versions.  There is
  93. now a single and perhaps more coherent license agreement.
  94.  
  95. 3) FTP Site Reorganized
  96.  
  97.      With Version 3.11 the ftp site was reorganized.  The files are no
  98. longer distributed in shar format.  They are in both raw form, and in
  99. compressed tar files.  All the documentation has been moved to the doc/
  100. directory.  The doc/ directory also includes manuscripts on Tierra in LaTeX
  101. and Postscripts formats.
  102.  
  103. 4) Bug Fix
  104.  
  105. template search - Version 3.11 and earlier had a bug in the bi-directional
  106.      template search algorithm.  God intended that the search should move
  107.      outward at equal rates in both directions.  However, some situations
  108.      caused one direction to get ahead of the other.  This does not matter
  109.      to the creatures or evolution; evolution makes due with whatever
  110.      physics or chemistry it has at hand.  However, it makes it difficult
  111.      for the observer reading the genome files to tell what the outcome of
  112.      a bi-directional template search might be.  Another problem with the
  113.      same algorithm is that the limit on the distance of the template
  114.      search was not properly implemented, they tend to search farther than
  115.      the intended limit.  Both these bugs are fixed in V3.12.
  116.  
  117. 5) Resolution Toggle
  118.  
  119.      In V3.12 on DOS machines with a VGA display, the simulator will come
  120. up in low resolution mode.  If you select a histogram or size list display,
  121. it will toggle into high resolution mode.  When you return to the plan
  122. display, it will toggle back into low resolution mode.  This is easier
  123. on the eyes.
  124.  
  125. 6) Future Phylogeny
  126.  
  127.      At the moment, the primary effort in new code development is dedicated
  128. to an extension to the genebanker that will produce an ironclad phylogeny.
  129. The requires that we trace the genetic source of every instruction written
  130. into every creature.  Stay tuned.
  131.  
  132. 7) Tierra in the News
  133.  
  134. The Tierra Simulator has been widely reported in the media.  Below is a
  135. list of most of the national or international reports that I am aware of.
  136. If you know of some news report not on this list, please send me a hard
  137. copy.
  138.  
  139. Nature (John Maynard Smith, UK) February 27, 1992: ``Byte-sized evolution.
  140. ...we badly need a comparative biology.  So far, we have been able to study
  141. only one evolving system and we cannot wait for interstellar flight to
  142. provide us with a second.  If we want to discover generalizations about
  143. evolving systems, we will have to look at artificial ones.  Ray's study is a
  144. good start.''
  145.  
  146. New York Times (Malcolm Browne, USA) August 27, 1991: ``Lively Computer
  147. Creation Blurs Definition of Life.  Software forms, obeying Darwin's rules,
  148. vie to avoid the `reaper'.''
  149.  
  150. Science News (John Travis, USA) August 10, 1991: ``Digital Darwinism:
  151. Electronic Ecosystem.  Evolving `life' flourishes and surprises in a
  152. novel electronic world''.
  153.  
  154. Scientific American (John Rennie, USA) January 1992: ``Cybernetic Parasites...
  155. Tierra... has been hailed as the most sophisticated artificial-life program
  156. yet developed...''
  157.  
  158. New Scientist (Roger Lewin, UK) February 22, 1992: ``Life and death in a
  159. digital world.  No one can turn back the evolutionary clock, but we can
  160. follow the fate of a rich menagerie of artificial organisms as they evolve
  161. in a model world.''
  162.  
  163. The Economist (Anon, UK) January 4, 1992: ``The meaning of `life'.
  164. In order to understand the origin of life, scientists are switching from the
  165. chemistry set to the computer.  In the process, they are beginning to
  166. understand what it means to be alive.''
  167.  
  168. Actuel (Ariel Kyrou, France) April 1992: ``Visite Guidee Aux Extremes De
  169. La Science: La Vie Artificielle.  Etes-vous pr\^{e}ts \`{a} entrer dans
  170. l'univers vertigineux de la vie artificielle?  Un champ scientifique tout neuf
  171. sur lequel se penchent les grosses t\^{e}tes et les Nobel de labos
  172. am\'{e}ricains.''
  173.  
  174. The Chronicle of Higher Education (David Wilson, USA) December 4, 1991:
  175. ``Approaching Artificial Life on a Computer.  Survival-of-the-fittest
  176. electronic organisms dramatically illustrate Darwinian principles.''
  177.  
  178. Mikrobitti (Pekka Tolonen, Finland) November 1991: ``Olemmeko humanoiden
  179. biologinen koe?  Tierra simuloi el\"{a}m\"{a}\"{a}.''
  180.  
  181. Europeo (Giovanni Caprara, Italy) September 1991: ``Anche il computer ha
  182. fatto un figlio.  Un biologo americano ha creato un software capace di
  183. elaborare programmi che si evolvono da soli.''
  184.  
  185. GenteMoney (Riccardo Orizio, Italy) November 1991: ``Cos\`{\i} ho dato
  186. la vita al software.''
  187.  
  188. Computerworld (Michael Alexander, USA) September 30, 1991: ``Tierra adds to
  189. evolutionary studies.  A computerized world created on an IBM PC could
  190. have real-world benefits for scientists.''
  191.  
  192. Sueddeutsche Zeitung (Konrad Peters, Germany) October 21, 1991:
  193. ``Die Evolution im Computer.  `K\"{u}nstliches Leben' hilft Biologen und
  194. Informatikern auf die Spr\"{u}nge.''
  195.  
  196. Super Interessante (Anon, Brazil) November 1991: ``A vida dentro do
  197. computador.''
  198.  
  199. Technology Review (Susan Scheck, USA) April 14, 1991: ``Is It Live Or Is
  200. It Memory?''
  201.  
  202. Corriere Della Sera (Giovanni Capara, Italy) August 28, 1991: ``Pronto in
  203. USA il programma che si riproduce.  Il computer `padre' crea vita
  204. informatica.''
  205.  
  206. Fakta (Tom Ottmar, Norway) March 1992: ``Den Lever!  En `skabning', der
  207. best\aa r af nuller og \'{e}nere, er vokset ud af indamaden p\aa \ en
  208. computer og er blevet en videnskabelig sensation i USA.''
  209.  
  210. Associated Press (Theresa Humphrey, USA) October 1991: ``Bringing life to
  211. computer.  U of D biologist's program is self-replicating, shows evolution.''
  212.  
  213. Hovedomr\aa det (Jakob Skipper, Denmark) December 6, 1990: ``Kunstigt liv.
  214. Nu kommer det kunstige liv.  En voksende gruppe af dataloger, biologer,
  215. fysikere, psykologer og mange andre forskere efterlinger p\aa \ computer
  216. det naturlige liv.''
  217.  
  218. 8) Tierra Publications
  219.  
  220. Ray, T. S.  1991.  ``Is it alive, or is it GA?''
  221. Proceedings of the 1991 International Conference on Genetic Algorithms,
  222. Eds. Belew, R. K., and L. B. Booker, San Mateo, CA: Morgan Kaufmann, 527-534.
  223.  
  224. Ray, T. S.  1991.  ``An approach to the synthesis of life.''
  225. Artificial Life II, Santa Fe Institute Studies in the Sciences of
  226. Complexity, vol. XI, Eds. Farmer, J. D., C. Langton, S. Rasmussen, &
  227. C. Taylor, Redwood City, CA: Addison-Wesley, 371-408.
  228.  
  229. Ray, T. S.  1991.  ``Population dynamics of digital organisms.''
  230. Artificial Life II Video Proceedings,  Ed. C.G. Langton,
  231. Redwood City, CA: Addison Wesley.
  232.  
  233. Ray, T. S.  1991.  ``Evolution and optimization of digital organisms.''
  234. Scientific Excellence in Supercomputing: The IBM 1990 Contest Prize
  235. Papers, Eds. Keith R. Billingsley, Ed Derohanes, Hilton Brown, III.
  236. Athens, GA, 30602, The Baldwin Press, The University of Georgia.
  237.  
  238. 9) Mailing Lists
  239.  
  240.      There are two mailing lists for Tierra users.  The first list is for
  241. people who only want to get the official announcements, updates and bug-fixes.
  242. The other will carry the official postings, and are intended for discussion
  243. of Tierra by users.  This one is distributed in digest form, when there is
  244. enough material.  The lists are:
  245.  
  246. tierra-announce    official updates, patches and announcements only
  247. tierra-digest      discussion, updates, etc. (digest form)
  248.  
  249. The addresses are: 
  250.  
  251. tierra-request@life.slhs.udel.edu   the list administrator (Tom Uffner). to
  252.                                     be added, removed, or complain about
  253.                                     problems with any of these lists.
  254.  
  255. tierra-digest@life.slhs.udel.edu    to post to the list.
  256.  
  257. tierra-bug@life.slhs.udel.edu       for bug-reports or questions about the
  258.                                     code or installation.
  259.  
  260.      You may also be interested in the Artificial Life mailing list.
  261. Subscribe to the list by sending a message to:
  262.  
  263. alife-request@cognet.ucla.edu
  264.  
  265.      Post to the list by sending a message to:
  266.  
  267. alife@cognet.ucla.edu
  268.  
  269. 10) What Tierra Is
  270.  
  271.      The C source code creates a virtual computer and its operating system,
  272. whose architecture has been designed in such a way that the executable
  273. machine codes are evolvable.  This means that the machine code can be mutated
  274. (by flipping bits at random) or recombined (by swapping segments of code
  275. between algorithms), and the resulting code remains functional enough of the
  276. time for natural (or presumably artificial) selection to be able to improve
  277. the code over time.
  278.  
  279.      Along with the C source code which generates the virtual computer, we
  280. provide several programs written in the assembler code of the virtual
  281. computer.  One of these was written by a human and does nothing more than make
  282. copies of itself in the RAM of the virtual computer.  The others evolved from
  283. the first, and are included to illustrate the power of natural selection.
  284.  
  285.      The operating system of the virtual computer provides memory management
  286. and timesharing services.  It also provides control for a variety of factors
  287. that affect the course of evolution: three kinds of mutation rates,
  288. disturbances, the allocation of CPU time to each creature, the size of the
  289. soup, etc.  In addition, the operating system provides a very elaborate
  290. observational system that keeps a record of births and deaths, sequences
  291. the code of every creature, and maintains a genebank of successful genomes.
  292. The operating system also provides facilities for automating the ecological
  293. analysis, that is, for recording the kinds of interactions taking place
  294. between creatures.
  295.  
  296.      This system results in the production of synthetic organisms based on
  297. a computer metaphor of organic life in which CPU time is the ``energy''
  298. resource and memory is the ``material'' resource.  Memory is organized into
  299. informational patterns that exploit CPU time for self-replication.  Mutation
  300. generates new forms, and evolution proceeds by natural selection as different
  301. genotypes compete for CPU time and memory space.
  302.  
  303.      Diverse ecological communities have emerged.  These digital communities
  304. have been used to experimentally examine ecological and evolutionary
  305. processes: e.g., competitive exclusion and coexistence, host/parasite density
  306. dependent population regulation, the effect of parasites in enhancing
  307. community diversity, evolutionary arms race, punctuated equilibrium, and the
  308. role of chance and historical factors in evolution.  This evolution in a
  309. bottle may prove to be a valuable tool for the study of evolution and ecology.
  310.