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Text File  |  1980-02-06  |  20KB  |  545 lines
  1.  
  2.                       HDF Newsletter #3
  3.  
  4. Contents:
  5.  
  6.    HDF 3.1 Release 2 
  7.    HDF 3.1 Release 3
  8.    HDF ported to IBM/MVS by UCLA
  9.    Docs available in postscript
  10.    DECStations now supported
  11.    IBM PC/Microsoft C Version Now Available
  12.    Convex update
  13.    Correction: VMS
  14.    Bug fix: 24-bit interface
  15.    Bug fix: annotations interface
  16.    Reformat released
  17.    Image 3.0 released
  18.    Contributions Directory Added
  19.    New utility: hdfpack
  20.    New Version of fptohdf: fp2hdf
  21.    Examples directory expanded
  22.    ACR/NEMA and HDF
  23.    Goodbye Chin-Chau / hello Doug
  24.  
  25.   
  26. +++++++++++++++++
  27.  
  28.                       HDF 3.1 Release 2 
  29.  
  30. On October 2 we released an updated version of HDF 3.1. 
  31. These are changes made in Release3.1r2
  32.  
  33. *   added many new subdirectories, includine a "contributions"
  34.     directory and a greatly expanded examples directory.
  35.  
  36. *   fixed bug in DFSDIgetslice
  37.  
  38. *   reduced overhead of checking in DFSDIgetslice by adding DFIseek
  39.     and DFIread, which do not do the redundant checking
  40.  
  41. *   added MIPSEL machine type for DEC 3100 and DEC 5000
  42.  
  43. *   fixed inconsistency in dfivms.h
  44.  
  45.  
  46.  
  47. +++++++++++++++++
  48.  
  49.                       HDF 3.1 Release 3 
  50.  
  51. On December 6 we released another update of HDF 3.1. 
  52. These are changes made in Release3.1r3
  53.  
  54. *   fixed bug in DFIemptyDD where contents of tbuf is clobbered
  55.  
  56. *   fixed bug in CSPK32 where floating point Cray numbers are
  57.     converted incorrectly to IEEE
  58.  
  59. *   changed DFconvert to call CSPK32 and SCUP32 with icheck so that
  60.     underflow, overflow and NaNs are handled correctly.
  61.  
  62. +++++++++++++++++
  63.  
  64.                    HDF ported to IBM/MVS by UCLA
  65.  
  66.  
  67. The good folks at UCLA have ported much of HDF to an IBM/MVS
  68. system and have given it all to us for distribution.  All of 
  69. the porting was done by Joan Slottow at UCLA.  This has been 
  70. a major effort, and we are very grateful to Joan and her 
  71. supervisor, Virginia Hetrick, for undertaking such a major
  72. effort.
  73.  
  74. The current version of the port supports all 6 HDF interfaces: basic (DF),
  75. raster-8 (DFR8), scientific (DFSD), annotation (DFAN), palette (DFP),
  76. and raster-24 (DF24).  The port comes complete with everything you
  77. need to install HDF on an MVS system, source code, install jobs, test
  78. jobs, test programs, and test files.
  79.  
  80. This software has NOT been compiled or tested on any VM/CMS systems.  
  81. (Any volunteers?)
  82.  
  83. We have placed all relevant files in a directory called 
  84. HDF.MVS on anonymous ftp. The README file contains notes 
  85. on the files that you need to install this version of 
  86. HDF on an MVS system.  Details of the changes and additions 
  87. that had to be made are described in the file "porting.notes".
  88.  
  89. Once again, thanks, Joan, for your valuable contribution.
  90.  
  91.  
  92. +++++++++++++++++
  93.  
  94.                      Docs available in postscript
  95.  
  96. By popular demand, Jill Peacock (our docs person) has figured out 
  97. how to produce postscript versions of our documentation from the 
  98. original Microsoft Word versions.  You will find them in 
  99. doc/postscript on the ftp server.
  100.  
  101. +++++++++++++++++
  102.  
  103.                        DECStations now supported
  104.  
  105. Thanks to the generosity of Digital, we now have a DEC 3100 in our
  106. group.  And, thanks to several of you who had already ported HDF to 
  107. 3100s, we were able to use the fruits of your experience to do a 
  108. quick port.  It appears to work fine, but only time will tell if 
  109. everything works perfectly.
  110.  
  111. MAKE.DECST, a makefile for Decstations, has been placed on anonymous
  112. ftp in the HDF/src directory.   Also, look at the HINTS file in the
  113. same directory for pointers on a few possible problems.
  114.  
  115. Conrad Wilgus of Lawrence Livermore National Laboratory was able
  116. to port HDF to a DEC 5000 as well as a 3100.  He reports that the
  117. machines appear to be identical as far as installing HDF is concerned.
  118.  
  119. Also, several people have apparently been using the NCSA X window tools
  120. on their 3100s with success.
  121.  
  122. Let us know if you run into any problems.
  123.  
  124.  
  125. +++++++++++++++++
  126.  
  127.               IBM PC/Microsoft C Version Now Available
  128.  
  129. The PC version of HDF that is currently stored on the server is 3.0.  
  130. Contrary to what was reported in the last newsletter, this version
  131. does work with Microsoft C.
  132.  
  133. HDF 3.1 has not been ported to the PC yet, but we are working on it.
  134.  
  135.  
  136. ++++++++++++++++
  137.                       Convex support update
  138.  
  139. One of the most popular unofficial platforms for HDF has been Convex.
  140. A number of people have ported HDF to Convexes, thanks largely to 
  141. initial efforts by Paul Fons at U of Illinois  and Greg Cook at
  142. UNC Chapel Hill.  Paul did the initial work, then Greg did a port
  143. and sent me a description of what he did.  Paul and Greg's ports
  144. assume that Convex "native mode" is in effect, (i.e., Convex's
  145. floating point representation is used for floats).
  146.  
  147. Just recently Fred Walsteijn of the U of Utrecht (The Netherlands)
  148. did an "IEEE mode" port.  He also sent me a description of what he
  149. did.  If you want more details about either of these ports, contact
  150. me.
  151.  
  152.  
  153. ++++++++++++++++
  154.                         Correction: VMS 
  155.  
  156. In Newsletter #2: In the VMS section, there is
  157. a missing dollar sign before the "sys$login"
  158.  
  159. Original text:
  160. ...
  161. corresponding executable procedure.  For example, if the full path
  162. name for the executable hdfls is sys$login:[hdf]hdfls.exe, you
  163. would enter
  164.  
  165.     hdfls :== sys$login:[hdf]hdfls.exe
  166.  
  167. Correction:
  168.  
  169.     hdfls :== $sys$login:[hdf]hdfls.exe
  170.  
  171. ++++++++++++++++
  172.  
  173.                         Bug fix: 24-bit interface
  174.  
  175. A bug has been discovered in the 24-bit routines.  When reading in
  176. a 24-bit image that is stored in pixel-interlace form, if you ask
  177. to convert it to scan-line interlace or plane-interlace form you
  178. get an incorrect image.  To fix the bug, find the routine DFGRIgetimlut
  179. in dfgr.c and find the lines that say:
  180.  
  181.                 currmax[1] = Grread.datadesc[type].ydim;
  182.                 currmax[2] = Grread.datadesc[type].xdim;
  183.  
  184. change them to
  185.  
  186.                 currmax[1] = Grread.datadesc[type].xdim;
  187.                 currmax[2] = Grread.datadesc[type].ydim;
  188.  
  189. Note that the x and y are interchanged.  This should fix the bug.
  190. The code that is now on anonymous ftp reflects this change.
  191.  
  192. ++++++++++++++++
  193.  
  194.                     Bug fix: annotations interface
  195.  
  196. A bug has been discovered in the annotations interface. The routine
  197. DFANlablist does not return the correct number of reference numbers
  198. in the parameter reflist.  On some machines, this bug also causes
  199. a segmentation fault. To fix the bug, find the routine dailist in
  200. dfanF.c and make the following changes.
  201.  
  202. Change the line:
  203.       tempreflist = (uint16 *) DFIgetspace( (*maxlen) * sizeof(uint16) );
  204. to:
  205.       tempreflist = (uint16 *) DFIgetspace( (*listsize) * sizeof(uint16) );
  206.  
  207. and change:
  208.       for (i=0; i < *maxlen; i++)
  209. to:
  210.       for (i=0; i < *listsize; i++)
  211.  
  212. The code that is now on anonymous ftp in "HDF/src" reflects this change,
  213. but the release 3 tar files, etc., do not.
  214.  
  215. ++++++++++++++++
  216.  
  217.                 Import2HDF and Reformat released
  218.  
  219. Two utilities that we announced as beta releases in the last
  220. newsletter have now been officially released.
  221.  
  222. NCSA Reformat, the UNIX-based file converter that we announced as a
  223. beta release in the last newsletter, has been expanded a bit. 
  224. It has been tested on Crays, Suns, and SGIs, and seems to work
  225. pretty well. It now converts X window dumps, Sun Raster, TIFF,
  226. FITS, and GIFF files to HDF.  NCSA Reformat is in a directory
  227. on anonymous ftp called "Reformat."
  228.  
  229. NCSA Import2HDF, the Mac II equivalent, has also been formally released.  
  230. This utility converts FITS, TIFF, GIFF, PICT, Ras raster, and ascii 
  231. files to HDF.  NCSA Import2HDF is in a directory on anonymous ftp called 
  232. "Import2HDF."
  233.  
  234. ++++++++++++++++
  235.  
  236.                    Image 3.0 released
  237.  
  238. This is the newest installation of the Image program.  We
  239. have added many new features to the program which we hope
  240. you will find useful.  Below is a quick description of the
  241. new features. 
  242.  
  243. (1) HDF List window:
  244.  
  245. You can now display the contents of an HDF file in a list 
  246. form.  The list window allows you to load images and
  247. animations.
  248.  
  249. (2) Distributed Computing:
  250.  
  251. We have added a distributed computing feature to image. This
  252. feature is implemented via the items in the Tools menu, "Load
  253. calculations," and "Show calculations." Either of these two options
  254. will create a text edit window.
  255.  
  256. To execute a command from the Calculations window, use the Enter
  257. key on the keypad. Initially, the Calculations window will be in 
  258. Parser mode. In this  mode, Image3 will try to interpret anything 
  259. you enter (using the Enter key) as a command. It understands only 
  260. one command, StartDTM. This command will allow  you to connect to a
  261. remote machine and run a program there. The program on the remote 
  262. machine must be modified to communicate using the Data Transport 
  263. Mechanism, developed at NCSA by Jeff Terstriep and others.
  264. ...
  265.  
  266. (3) Support for 3D datasets.
  267.  
  268. Image 3 has limited 3D volume visualization capability.  
  269. To open a 3D data set, which must be stored as an SDS record in an
  270. HDF file, use the Open item in the File menu and select either the
  271. HDF or HDF List option in the open file dialog.  If you select HDF
  272. List, then simply open the SDS record from the HDF List window.
  273.  
  274. When you open a 3D volume, first a 3D Options dialog appears to request
  275. the type of display and parameters to control the display.  Along the
  276. left are the options Animate, Dots, Wire Frame, and Shaded Polygons.
  277.  
  278. Animate, the default, creates an animation window where each frame
  279. of the animation is a plane of the volume.  You can specify which
  280. axis to animate across by selecting either X, Y, or Z.
  281.  
  282. If you select Dots, a fairly fast algorithm, is used to plot a dot for
  283. each unit cube of the volume that contains one of the data values
  284. specified.  You may enter the data values individually or specify
  285. an evenly spaced list of values.  The other two display types, Wire
  286. Frame, and Shaded Polygons, both use a "marching cubes" algorithm to
  287. plot isosurfaces for given data values.  The color used when plotting
  288. each value is taken from the corresponding position in the current
  289. palette.
  290.  
  291. For the last three display types, two additional tools are available to
  292. manipulate the display.  The rotation tool rotates the view of the data
  293. volume while the perspective tool alters the apparent depth, keeping
  294. the data volume at the same distance.  You can change the size of the
  295. window with the grow box, and the volume will be magnified to fit, but
  296. no option exists to magnify independently or to select part of the
  297. volume to display.
  298.  
  299. Thomas Redman
  300. Project Leader
  301. redman@ncsa.uiuc.edu
  302.  
  303. ++++++++++++++++
  304.  
  305.             Contributions Directory Added
  306.  
  307. Now there is a "contrib" directory with several subdirectories
  308. containing contributions donated by HDF users.
  309.  
  310. Unfortunately, NCSA is not able to support this software at
  311. this time, but we encourage you to use it and send comments, 
  312. upgrades, etc., to us and the authors.
  313.  
  314.  
  315. We sincerely thank the people who have gone to the trouble of
  316. packaging and donating this software, and we encourage others
  317. to do the same.
  318.  
  319. Listed below are brief descriptions of the contents of each of
  320. the directories.  Each directory has a README file with further
  321. details.  
  322.  
  323. =================== amiga ================
  324.  
  325. Richard Gerber at the U of Illinois has ported HDF to an amiga.
  326. See the README file in this directory for details.
  327.  
  328.  
  329. =================== olsen ================
  330.  
  331.  
  332. Several utilities (with man pages):
  333.  
  334. xwdtohdf       - converts X-windows display to hdf
  335. hdftoxwd       - converts hdf to X-windows display 
  336. qdvtohdf       - converts qdv to hdf converter
  337. paltohdf       - converts raw palette to hdf 
  338. hdfxdis        - directly displays HDF image on an X server
  339.  
  340. Dave Olsen
  341. Materials Science Center, Cornell Univ.
  342. olsen@msc2.tn.cornell.edu
  343.  
  344.  
  345. =================== gerardi ================
  346.  
  347. A new version of the hdfrseq utility:
  348.  
  349. hdfrseq_new     - new hdfrseq routine with special Sunview features
  350.  
  351. Paul Gerardi
  352. Schlumberger-Doll
  353.  
  354. =================== salem  ================
  355.  
  356. HDF Image Format Conversion Utilities
  357.  
  358. hdf2tiff    - converts HDF images to TIFF images
  359. tiff2hdf    - converts TIFF images to HDF images
  360. hdf2ras        - converts HDF images to Sun Rasterfile images
  361. ras2hdf        - converts Sun Rasterfile images to HDF images
  362.  
  363. Jim Salem (salem@think.com)
  364. Thinking Machines Corporation
  365.  
  366. +++++++++++++++
  367.  
  368.                  New Utility: hdfpack
  369.  
  370. A new utility named hdfpack has been made available on the 
  371. ftp server.  The purpose of this program is to clean up HDF files 
  372. which have been subjected to a lot of deleting or appending.  An 
  373. invocation of hdfpack looks like this:
  374.  
  375.     hdfpack <oldfile> <newfile>
  376.  
  377. Where <oldfile> is the name of the file you wish to clean up and 
  378. <newfile> is the new name for the cleaned up file.
  379.  
  380. Some caveats for the use of hdfpack:
  381.  
  382.     1. Your system must have enough RAM to read in the 
  383.     largest element in the file you are trying to pack.
  384.  
  385.     2.Your system must have enough disk space to accomodate 
  386.     the new packed file.
  387.  
  388.     3.Although the logical organization of your file will remain 
  389.     intact, the physical order of your data elements will 
  390.     likely change.  This should not affect any well-behaved 
  391.     HDF tool.
  392.  
  393. +++++++++++++++
  394.  
  395.                  New Version of fptohdf
  396.  
  397. Bob Weaver and his colleagues at INEL have greatly enhanced fptohdf.
  398. The new version, which we are calling fp2hdf,  supports native
  399. mode floating point (both single and double precision), and 3D floating
  400. point data sets.  Bob has also provided C and FORTRAN programs for 
  401. generating test files.
  402.  
  403. Fred Walsteijn of the University of Utrecht has made some
  404. very useful suggestions about improvements to fp2hdf, and 
  405. supplied some bug fixes.
  406.  
  407. You will find all of this in the anonymous ftp directory HDF/fp2hdf.
  408.  
  409.  
  410.  
  411. ++++++++++++++++
  412.  
  413.                 Examples Directory Expanded
  414.  
  415. The examples directory on anonymous ftp now contains several 
  416. subdirectories, which contain sample and test programs that we
  417. and several users have written.
  418.  
  419. This is NOT a test suite.  I.e. it does not systematically test all
  420. of the HDF routines.  But it exercises many of the most common
  421. routines that are used with HDF, and should give a pretty good
  422. indication of what works and what doesn't.
  423.  
  424. Another purpose for these programs is to serve as examples of how
  425. to make HDF calls.
  426.  
  427. These programs have only been tested on the CRAY and Sun
  428. systems at NCSA, so please let us know if they reveal any
  429. bugs on your system.
  430.  
  431. If you have a program that you think might be a useful addition to
  432. these, please let us know.
  433.  
  434. Here is a listing of the sample programs, by subdirectory.  More 
  435. programs may have been added by the time you get this.  File names
  436. ending in ".c" are C programs; names ending in ".f" are FORTRAN
  437. programs:
  438.  
  439. sds/buildsds.c          - generate and write an SDS
  440. sds/sdsampl1F.f         - write SDS, read it back and compare with original
  441. sds/multi_test/multi_test.c  - tests basic SDS read/write functions
  442. sds/speed/speedtestF.f  - tests speed writing floats to HDF and raw files
  443. sds/speed/speedtest.c   - C version
  444. sds/slices/putslices.c  - tests storage of 2d array in slices
  445. sds/slices/getslices.c  - tests 2d sub-array access
  446.  
  447. ris8/putim.c            - create and image and store it in an HDF file
  448. ris8/putimF.f           - FORTRAN version
  449. ris8/manyRIS.c          - generate and read back images of different sizes
  450. ris8/getputim.c         - show use of DFR8getdims, DFR8getimage, DFR8addimage
  451. ris8/getputimF.f        - FORTRAN version
  452. ris8/threeRISF.f        - read three RIS's from one file and write to another
  453. ris8/t_bigbufF.f        - tests DFR8getimage when buffers larger than image
  454.  
  455. ann/ann.test            - a script that runs the programs
  456. ann/ann_test_results    - results you should get when running ann.test
  457. ann/file_ann_test.c     - C program to test reading/writing *file* annotations
  458. ann/file_ann_testF.f    - FORTRAN version
  459. ann/putSDS_RISan.c      - puts some HDF-object annotations in file
  460. ann/get1anF.f           - gets one label and one description
  461. ann/getSDSan.c          - gets all SDS annotations
  462. ann/getSDSlablist.c     - gets list of all SDS labels
  463. ann/getSDSlablistF.f    - FORTRAN version of same program
  464.  
  465. err/err.c               - illustrates use of DFerror
  466. err/errF.f              - FORTRAN version
  467.  
  468. util/hdf24hdf8/hdf24hdf8.test - test the utility hdf24hdf8
  469. util/r8tohdf/r8tohdf.test     - test the utility r8tohdf
  470.  
  471. files/                  - various files used by the other programs
  472. files/README            - describes the files
  473. files/corn.r24      - isosurface from a 3-D nmr array describing 
  474.                       moisture content in a piece of corn.
  475. files/head.r24      - isosurface rendering of human head
  476. files/h200x150.hdf  - hdf file with a 200x150 RIS; also a small SDS
  477. files/many.hdf      - contains many labels, descriptions, RISs and SDSs
  478. files/old.hdf       - contains a label, description, RIS8 and SDS
  479. files/default.pal   - default ("rainbow") palette in hdf file
  480. files/grey.pal      - grey scale palette in HDF file
  481. files/palette.raw   - contains a raw palette
  482. files/greypal.raw   - contains a raw grey-scale palette
  483. files/storm110.raw  - raw image of data from storm simulation
  484. files/storm120.raw  - raw image of data from storm simulation
  485. files/storm130.raw  - raw image of data from storm simulation
  486. files/storm140.raw  - raw image of data from storm simulation
  487. files/storm110.hdf  - hdf image of data from storm simulation
  488. files/storm120.hdf  - hdf image of data from storm simulation
  489. files/storm130.hdf  - hdf image of data from storm simulation
  490. files/storm140.hdf  - hdf image of data from storm simulation
  491.  
  492.  
  493. ++++++++++++++++
  494.  
  495.                      ACR-NEMA and HDF
  496.  
  497. ACR-NEMA is a standard developed jointly between the American College
  498. of Radiology (ACR) and National Electrical Manufacturers Association
  499. (NEMA)  for transmitting digital images and other information used
  500. in the radiology community.  In the last several months we have
  501. discussed with several people the possible benefits of using HDF
  502. as an "envelope" for storing and transmitting ACR-NEMA data.
  503.  
  504. Much of the groundwork for this has occurred at Massachusetts
  505. General Hospital's (MGH) Radiology PAC group, spearheaded by Sean
  506. Doyle and Jaime Taafe, with a lot of interest in their work
  507. coming from NYNEX.  Rick Lonon and Dr. Randy Perry at UNC 
  508. Radiology are also interested, having independently looked at
  509. the possibility of using HDF rather than a home-grown format
  510. for handling their data.
  511.  
  512. I had an opportunity to meet the MGH group in September, and we
  513. decided to explore the use of Vsets for ACR-NEMA data.  So they
  514. are working on that now.  Also during my visit I met Steve Horii,
  515. who is on the ACR-NEMA standards committee, and we were able
  516. to discuss some of the issues involved.
  517.  
  518. In the future we hope to pursue the directions that MGH and 
  519. UNC have started us in.  If any of you are interested in being 
  520. involved in this effort, or know of someone who might be,
  521. let us know.
  522.  
  523. +++++++++++++++++
  524.  
  525.                    Goodbye Chin-Chau / Hello Doug
  526.  
  527. In December, Chin-Chau Low, whom many of you know so well as
  528. the HDF guru, finished his masters degree and returned home to 
  529. Singapore to help establish a brand new supercomputing center 
  530. there.  (He may return to us in August to work on his PhD.) 
  531. We can't say enough about the tremendous contribution Chin-Chau
  532. has made to the HDF project, both in terms of providing consulting
  533. help and in terms of ongoing development.  Besides that, he was
  534. a wonderful guy to work with. So long, Chin-Chau.
  535.  
  536. Doug Ilg joined us in September, and he will be replacing Chin-Chau.
  537. Doug comes to us from the Naval Research Lab, and has experience
  538. with a number of systems.  He has been breaking himself into HDF
  539. during his initial months by testing routines in the new HDF 4.0 
  540. general purpose interface, which has included implementing
  541. the HDF 3.1 general purpose interface on top of it.  Doug is in
  542. graduate school working on an advanced degree in computer science.
  543. Welcome, Doug!
  544.  
  545.