Keskiaikainen Tartto perustettiin vuonna 1224 Saksalaisen ritarikunnan valloitettua paikalla sijainneen vanhan virolaisen kauppa-asutuksen. Tarttoon perustettiin piispanistuin ja kaupunki oli 1200-luvun lopussa itäisin kaikista hansakaupungeista. Kauppareitit kulkivat sieltä aina Novgorodiin saakka ja kaupunki kukoistikin 1300-luvulta 1500-luvun puoliväliin idän ja lännen välisenä keskuksena. Keskiaikainen Tartto, jonka päälle rakennettiin 1700-luvulta lähtien uutta kaupunkia, on ollut intensiivisen arkeologisen tutkimuksen kohteena.