home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ World Wide Catalog 1995 Summer / World_Wide_Catalog_InfoMagic_Summer_1995.iso / pages / nnlnih_o.gov / dbsts / how_to_k next >
Text File  |  1995-06-11  |  22KB  |  521 lines
  1. <TITLE> STS Data Submission</TITLE>
  2. WWC snapshot of <A HREF="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbSTS/how_to_submit">http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbSTS/how_to_submit</A> taken on Thu May  4  3:33:38 1995
  3.  
  4. <HR>
  5. <A HREF="../../nnlnih_o.gov/index.htm"></A>
  6. <IMG SRC="../../nnlnih_o.gov/gifs/ncbi_loy.gif" ALT="NCBI GenBank">
  7. <HR>
  8. <H1>Submission of STSs to GenBank and dbSTS</H1>
  9. <HR><P>
  10. STSs by nature are usually submitted to GenBank and dbSTS as batches of dozens to thousands of entries, with a great deal of redundancy in the citation, submittor and library information. To improve the efficiency of the submission process for this type of data, we have designed a separate
  11. <I>streamlined</I>
  12. submission process and data format.<P>
  13. STS entries may be submitted by email to "batch-sub@ncbi.nlm.nih.gov". A special tagged flat file input format (<I>see below</I>) has been designed for this data, to allow it to be submitted as one or more text files in this manner.<P>
  14. A document describing this data submission format is included below. If you have questions about this format, please contact "info@ncbi.nlm.nih.gov" and a member of the support staff will get back to you or pass your question on to Carolyn Tolstoshev or Mark Boguski for a response.<P>
  15. Once your data is ready to submit, email it to "batch-sub@ncbi.nlm.nih.gov" as described above. You will receive a list of dbSTS ids, and GenBank accession numbers from a dbSTS curator via email.<P>
  16. <ADDRESS>
  17. <DL>
  18. <DT>Carolyn Tolstoshev, carolyn@ncbi.nlm.nih.gov
  19. <DT>Mark Boguski, boguski@ncbi.nlm.nih.gov</DL>
  20. </ADDRESS>
  21. <HR>
  22. <H2>Submission Format</H2>
  23. The following is a specification for flat file formats for delivering STS and related data to the NCBI STS database. The format consists of colon delineated capitalized tags, followed by data. Except for sequence, comment, PCR profile and source, protocol and buffer description data, the data fields should appear on the same line as the tag, with no line wrapping. Each record (including the last record in the file) should end with a tag || to indicate the end of the record.
  24. <PRE>
  25. 1.1 File Types
  26. There are six types of deliverable files:
  27. a. Publication.
  28. b. Source
  29. c. Contact
  30. d. Protocol
  31. e. Buffer
  32. f. STS
  33. </PRE>
  34. 2.1 Publication Files The following is an example of the valid tags and some illustrative data:<P>
  35. <PRE>
  36. TYPE:       Entry type - must be "Pub" for publication entries. Obligatory field.
  37. MEDUID:   Medline unique identifier.
  38. CITATION: Journal citation for the publication. Obligatory field.
  39. AUTHORS:  Names of authors. Obligatory field.
  40. STATUS:   Status field.1=unpublished, 2=submitted, 3=in press, 4=published
  41.       Obligatory field.
  42.  
  43.  
  44. e.g.
  45. TYPE: Pub
  46. MEDUID:
  47. CITATION: Human chromosome 7 STS
  48. AUTHORS: Green,E.
  49. STATUS: 1
  50. ||
  51.  
  52. </PRE>
  53. The TYPE field is obligatory at the beginning of each entry, even if there are multiple entries of a given type in a file. The MEDUID field is a Medline record unique identifier. We do not normally expect you to supply this - we try to retrieve this from our relational version of Medline database. The status field is 1=unpublished, 2=submitted, 3=in press, 4=published. The authors field is a free format string. The citation field is a free format string. The only requirement is that you put an identical string in the CITATION field of STSs, since we will be matching that field automatically against the publications in the publication table and replacing the string with the publication id in the STS table.<P>
  54. 2.2 Source Files The following is an example of the valid tags and some illustrative data:
  55. <PRE>
  56. TYPE:     Entry type - must be "Source" for source entries. Obligatory field.
  57. NAME:     Name of source. Obligatory field.
  58. ORGANISM: Organism from which source prepared. Obligatory field.
  59. ABBREV:   Organism abbreviation e.g. C.elegans
  60. STRAIN:   Organism strain
  61. COMMON:   Common name of organism.
  62. VECTOR:   Name of vector.
  63. V_TYPE:   Type of vector (Cosmid, Phage,Plasmid,YAC, other)
  64. HOST:     Host name
  65. DESCR:    Description of source preparation methods, vector, etc. This field
  66.           starts on the line below the DESCR: tag.
  67. TAX:      Ignore this.(Taxonomy line for GenBank.) Internal use only.
  68.  
  69.  
  70. e.g.
  71. TYPE: Source
  72. NAME:  Human EGreen
  73. ORGANISM: Homo sapiens
  74. ABBREV: H.sapiens
  75. STRAIN:
  76. COMMON: human
  77. VECTOR:
  78. V_TYPE:
  79. HOST:
  80. DESCR:
  81. Put description text here.
  82. ||
  83.  
  84. </PRE>
  85. The TYPE field is obligatory at the beginning of each entry, even if there are multiple entries of a given type in a file. When refering to the source in the STS entries, you must use an identical string for the source name to the string used for source name in the source entry. The DESCR: field should contain as much detail about the source as seems appropriate.<P>
  86. 2.3 Contact Files The following is an example of the valid tags and some illustrative data:
  87. <PRE>      
  88.  
  89. TYPE:   Entry type - must be "Cont" for contact entries. Obligatory field.
  90. NAME:   Name of person who provided the STS.
  91. FAX:    Fax number as string of digits.
  92. TEL:    Telephone number as string of digits.
  93. EMAIL:  E-mail address
  94. LAB:    Laboratory providing STS.
  95. INST:   Institution name
  96. ADDR:   Address string, comma delineation.
  97.  
  98.  
  99. e.g.
  100. TYPE: Cont
  101. NAME: Eric Green
  102. EMAIL: egreen@wugenmail.wustl.edu
  103. LAB: Center for Genetics in Medicine
  104. INST: Washington University School of Medicine
  105. ADDR: Box 8232, 4566 Scott Avenue, St. Louis, MO 63110, USA
  106. ||
  107.  
  108. </PRE>
  109. The TYPE field is obligatory at the beginning of each entry, even if there are multiple entries of a given type in a file. None of the other fields are obligatory, but we require at least the name of a contact person or lab. We would like as many of the fields filled in as possible, to provide complete information to the user for contacting a source for the STS or further information about it. The contact name or contact lab fields in the STS entries must contain an identical string to the string used for NAME and LAB fields in the contact entry, for automatic matching.<P>
  110. 2.4 Protocol Files The following is an example of the valid tags and some illustrative data.
  111. <PRE>
  112. TYPE:     Entry type - must be Protocol for protocol entries. Obligatory field.
  113. NAME:     Name of protocol. Obligatory field.
  114. PROTOCOL: Description of protocol used. Starts on the line below the PROTOCOL
  115.           tag. Lay out this description as you want it to appear in GenBank, 
  116.           using blanks to line up columns, not tabs.
  117. ||
  118.  
  119.  
  120.  
  121. e.g.
  122. TYPE: Protocol
  123. NAME: STS-A
  124. PROTOCOL:
  125.         Template:       30-100 ng
  126.         Primer:         each 1 uM
  127.         dNTPs:          each 200 uM
  128.         Taq Polymerase: 0.05 units/ul
  129.         Total Vol:      5 ul
  130. ||
  131. TYPE: Protocol
  132. NAME: STS-B
  133. PROTOCOL:
  134.         Template:       30-100 ng
  135.         Primer:         each 1 uM
  136.         dNTPs:          each 200 uM
  137.         Taq Polymerase: 0.05 units/ul
  138.         Total Vol:      10 ul
  139. ||
  140.  
  141. </PRE>
  142. The TYPE field is obligatory at the beginning of each entry, even if there are multiple entries of a given type in a file. When refering to the protocol in the STS entries, you must use an identical string for the protocol name to the string used for protocol name in the protocol entry. The PROTOCOL: field should contain as much detail about the protocol as seems appropriate. Lay out this description as you want it to appear in GenBank, using blanks to line up columns, not tabs.<P>
  143. 2.5 Buffer Files The following is an example of the valid tags and some illustrative data.
  144. <PRE>
  145. TYPE:   Entry type - must be Buffer for buffer entries. Obligatory field.
  146. NAME:   Name of buffer. Obligatory field.
  147. BUFFER: Description of buffer used. Starts on the line below the BUFFER
  148.         tag. Lay out this description as you want it to appear in GenBank, 
  149.         using blanks to line up columns, not tabs.
  150. ||
  151.  
  152.  
  153.  
  154. e.g.
  155.  
  156. TYPE: Buffer
  157. NAME: STS-1
  158. BUFFER:
  159.         MgCl2:          1.5 mM
  160.         KCl:               50 mM
  161.         Tris-HCl:      10 mM
  162.         pH:                 8.3
  163. ||
  164. TYPE: Buffer
  165. NAME: STS-2
  166. BUFFER:
  167.         MgCl2:          2.5 mM
  168.         KCl:               50 mM
  169.         Tris-HCl:      10 mM
  170.         pH:                 8.3
  171. ||
  172.  
  173. </PRE>
  174. The TYPE field is obligatory at the beginning of each entry, even if there are multiple entries of a given type in a file. When refering to the buffer in the STS entries, you must use an identical string for the buffer name to the string used for buffer name in the buffer entry. The BUFFER: field should contain as much detail about the buffer as seems appropriate. Lay out this description as you want it to appear in GenBank, using blanks to line up columns, not tabs.<P>
  175. 2.6 STS Files The following is an example of the valid tags and some illustrative data:
  176. <PRE>
  177. TYPE:        Entry type - must be "STS" for STS entries. Obligatory field
  178. STATUS:      Status of STS entry - "New" or "Update". Obligatory field.
  179. CONT_NAME:   Name of contact (must be identical string to the contact entry)
  180. CONT_LAB:    Contact laboratory. (Must be identical string to contact entry.)
  181. PROTOCOL:    Protocol name. (Must be identical string to the protocol entry.)
  182. BUFFER:      Buffer name. (Must be identical string to the buffer entry.)
  183. SOURCE:      Source name.  (Must be identical string to source name entry.)
  184. CITATION:    Journal citation. (Must be identical string to publication entry)
  185. STS#:        STS id assigned by contact lab. Obligatory field. For STS entry
  186.              updates, this is the string we match on.
  187. SYNONYMS:    Synonyms list, separated by commas.
  188. GB#:         GenBank id.
  189. GDB#:        Human genome database accession number
  190. GDB_DSEG:    Human genome database Dsegment number
  191. CLONE:       Clone id.
  192. P_END:       Which end sequenced e.g. 5'
  193. DNA_TYPE:    Genomic (default),cDNA, Viral, Synthetic, Other
  194. SIZE:        Size of STS (in nucleotides)
  195. F_PRIMER:    Sequence of forward primer
  196. B_PRIMER:    Sequence of backward primer.
  197. PCR_PROFILE: Description of PCR profile. This starts on line below PCR_PROFILE:
  198.              tag. Line up data as you wish it to appear in GenBank. 
  199.              Use blanks, not tabs to format this data.
  200. PUBLIC:      1= for release to public, 0=confidential, no general release. 
  201.              Obligatory.
  202. GENE_SYMBOL: Putative gene symbol
  203. GENE_NAME:   Full name of putative gene.
  204. PRODUCT:     Putative product identification.
  205. COMMENT:     Comments about STS. Starts on line below COMMENT: tag.
  206. E_DATE:      EMBL date of entry (used for parsing EMBL entries only. Ignore.)
  207. U_DATE:      EMBL last update date. (used for EMBL entries only. Ignore.)
  208. OWNER:       N, L, E or D - submitter database (For internal use only. Ignore.)
  209. SEQUENCE:    Sequence string. Starts on line below SEQUENCE: tag. Obligatory
  210.              field
  211.  
  212.  
  213. e.g.
  214. TYPE: STS
  215. STATUS: New
  216. CONT_NAME: Eric Green
  217. PROTOCOL: STS-A
  218. BUFFER: STS-1
  219. CITATION: Human chromosome 7 STS
  220. SOURCE: Human EGreen
  221. STS#: sWSS282
  222. SYNONYMS:
  223. F_PRIMER: AAGCACAGGAGAAGATGG
  224. B_PRIMER: GAATTGACAGACAGTAAGGAAG
  225. DNA_TYPE: Genomic
  226. P_END:
  227. PUBLIC: 1
  228. PRODUCT:
  229. GENE_SYMBOL:
  230. GENE_NAME:
  231. SIZE: 143
  232. PCR_PROFILE:
  233.         Presoak:            0 degrees C for 0.00 minute(s)
  234.         Denaturation:    92 degrees C for 1.00 minute(s)
  235.         Annealing:         60 degrees C for 2.00 minute(s)
  236.         Polymerization: 72 degrees C for 2.00 minute(s)
  237.         PCR Cycles:      35
  238.         Thermal Cycler: Perkin Elmer TC
  239. SEQUENCE:
  240. ATTCTATCCAAGTCTCAAGGCCCCACAACCTGGAGCTCTGATGCTCAAGCACAGGAGAAG
  241. ATGGGTGTCCAGCTCAAACACAGAGAACACATTCACCCTTCCCTGCCTTTTTGTTCTGTT
  242. CAGACCCTCAGCAGATAGGATGCCTGCCCACAGCGGTAAGGGCACATCTTCCTTACTGTC
  243. TGTCAATTCAGATGCTGATCACTCTGGT
  244. ||
  245.  
  246.  
  247. </PRE>
  248. The TYPE field is obligatory at the beginning of each entry, even if there are multiple entries of a given type in a file. Valid data values for the STS status line are New (new entry) or Update (change existing STS entry). When updating an STS, only the fields present in the STS file will be changed. Sequences start on line below tag, and should be 60 per line with no blank spaces.<P>
  249. Notes:<P>
  250. <LI>If data is not available for some fields, the field can either be omitted entirely, or the tag may be included with an empty data field. Please do not put '*', "-", etc to indicate missing data.
  251. <LI>In the STS file, you are given a choice between contact name or contact lab. If the name of the person supplying the STSs is in the contact table, use the CONT_NAME field. If the contact entry is only identified with the name of a lab, use the CONT_LAB field instead.
  252. <LI>For the fields CONT_LAB, CONT_NAME, SOURCE, PROTOCOL, BUFFER and CITATION, it is very important that the string in the STS file field is completely identical to that provided for contact, source and publication files. We will be scanning these fields from the STS file and matching them automatically to source, contact, protocol, buffer and publication records in the other tables, so content, spelling, letter case and spacing must match.
  253. <LI>The DNA type is assumed to be Genomic, so this field may be omitted unless the DNA type differs from this.
  254. <LI>If you wish, you can submit sources, pubs, contacts, protocols, buffers and STSs all in one file - the TYPE field will differentiate them for the parsing software. However, if you are submitting new sources, protocols, buffers, contacts and/or publications in the file with STSs, and the new STSs refer to them, they must precede the STSs in the file, otherwise the STS crossmatching will not succeed.<P>
  255. <UL>
  256. <UL>
  257. <LI>National Center for Biotechnology Information
  258. <LI>National Library of Medicine, NIH
  259. <LI>Building 38A, 8600 Rockville Pike
  260. <LI>Bethesda, MD 20894
  261. <LI>tel: 301-496-2475, fax : 301-480-9241</UL>
  262. </UL><P>
  263. <ADDRESS>Carolyn Tolstoshev, NCBI, carolyn@ncbi.nlm.nih.gov,<P>
  264. On-Line EST Database, Data Input Format Specification</ADDRESS><P>
  265. version 2.1 July 27, 1993 Draft Copy<P>
  266. <HR>
  267. <I> This draft document is being made available solely for review purposes and should not be quoted, circulated, reproduced or represented as an official NCBI document. The draft is undergoing revisions and should not be considered or represented as reflecting the views, positions or intentions of the NCBI or the National Library of Medicine.</I>
  268. <H3>Submission Format for Map Data</H3>
  269. The following is a specification for flat file formats for delivering STS mapping and related data to the NCBI STS database. The format consists of colon delineated capitalized tags, followed by data. Each record (including the last record in the file) should end with a tag || to indicate the end of the record.
  270. <PRE>
  271. 1.1 File Types
  272. There are four types of deliverable files: 
  273. a. Publication.
  274. b. Contact
  275. c. Method
  276. d. Map data
  277. </PRE>
  278. 2.1 Publication Files The following is an example of the valid tags and some illustrative data:<P>
  279. <PRE>
  280. TYPE:     Entry type - must be "Pub" for publication entries. Obligatory field.
  281. MEDUID:   Medline unique identifier.
  282. CITATION: Journal citation for the publication. Obligatory field.
  283. STATUS:   Status field.1=unpublished, 2=submitted, 3=in press, 4=published
  284.       Obligatory field.
  285. ||      Entry separator
  286.  
  287. e.g.
  288. TYPE: Pub
  289. MEDUID: 
  290. CITATION: Nature Genetics, 2:180-185 (1992)
  291. STATUS: 4
  292. ||
  293.  
  294. </PRE>
  295. The TYPE field is obligatory at the beginning of each entry, even if there are multiple entries of a given type in a file. The MEDUID field is a Medline record unique identifier. We do not normally expect you to supply this - we try to retrieve this from our relational version of Medline database. The status field is 1=unpublished, 2=submitted, 3=in press, 4=published The citation field is a free format string. The only requirement is that you put an identical string in the publication field of map data, since we will be matching that field automatically against the publications in the publication table and replacing the string with the publication id in the map table.<P>
  296. 2.1 Contact Files
  297. <PRE>
  298. The following is an example of the valid tags and some illustrative data:
  299. TYPE:   Entry type - must be "Cont" for contact entries. Obligatory field.
  300. NAME:   Name of person who provided the mapping data. 
  301. FAX:    Fax number as string of digits.
  302. TEL:    Telephone number as string of digits.
  303. EMAIL:  E-mail address
  304. LAB:    Laboratory providing mapping data.
  305. INST:   Institution name
  306. ADDR:   Address string, comma delineation.
  307. ||      Entry separator
  308.  
  309.  
  310.  
  311. e.g.
  312. TYPE: Cont
  313. NAME: Sikela JM
  314. FAX: 3032707097
  315. TEL: 3032708637
  316. EMAIL: sikela_j%maui@vaxf.colorado.edu
  317. LAB: Sikela
  318. INST: University of Colorado Health Sciences Center
  319. ADDR: Pharmacology Box C236, 4200 E 9th Ave, Denver, CO 80262
  320. ||
  321.  
  322. </PRE>
  323. The TYPE field is obligatory at the beginning of each entry, even if there are multiple entries of a given type in a file. None of the other fields are obligatory, but we require at least the name of a contact person or lab. The contact name or contact lab fields in the map entries must contain an identical string to the string used for NAME and LAB fields in the contact entry, for automatic matching.<P>
  324. 2. 1 Method The following is an example of the valid tags and some illustrative data:
  325. <PRE>
  326. TYPE:     Entry type - must be "Meth" for method entries. Obligatory field.
  327. NAME:     Name of method. Obligatory field.
  328. ORGANISM: Organism from which library prepared. Obligatory field.
  329. ABSOLUTE: Method gives absolute or relative address? Y or N. Obligatory field.
  330. L1:       Interpretation of line 1.
  331. L2:       Interpretation of line 2.
  332. L3:       Interpretation of line 3.
  333. L4:       Interpretation of line 4.
  334. L5:       Interpretation of line 5.
  335. L6:       Interpretation of line 6.
  336. L7:       Interpretation of line 7.
  337. L8        Interpretation of line 8.
  338. L9:       Interpretation of line 9.
  339. L10:      Interpretation of line 10.
  340. DESCR:    Description of method. Description starts on line after 
  341.           DESCR heading. May be multi-line free format text.
  342. ||        Entry separator
  343.  
  344.  
  345.  
  346.  
  347. e.g.
  348. TYPE: Meth
  349. NAME:  YAC/CEPH JMS
  350. ORGANISM: Homo sapiens
  351. ABSOLUTE: n
  352. L1: plate
  353. L2: row
  354. L3: column
  355. L4: comment
  356. L5: comment
  357. L6: comment
  358. L7: comment
  359. DESCR:
  360. PCR-based mapping of 3'UT-derived primers to CEPH YAC DNA pools.
  361. Primers are chosen using the PRIMER program by Lincoln et al., ver 0.5 (1991).
  362. To date, MIT puts out YAC pools A and B;  if both pools
  363. were used for the mapping data given, then 'C' is designated.
  364. ||
  365.  
  366.  
  367.  
  368. TYPE: Meth
  369. NAME:  Radiation Hybrid JMS
  370. ORGANISM: Homo sapiens
  371. ABSOLUTE: y
  372. L1: chromosome
  373. L2: bin
  374. L3: comment
  375. L4: comment
  376. L5: comment
  377. DESCR:
  378. Radiation hybrid panels with binning.
  379. Primers are chosen using the PRIMER program by Lincoln et al., ver 0.5 (1991).
  380. ||
  381.  
  382.  
  383.  
  384. TYPE: Meth
  385. NAME:  Somatic Hybrid JMS
  386. ORGANISM: Homo sapiens
  387. ABSOLUTE: y
  388. L1: chromosome
  389. L2: arm
  390. L3: band
  391. L4: band range
  392. L5: comment
  393. L6: comment
  394. DESCR:
  395. Somatic cell hybrid mapping.
  396. Primers are chosen using the PRIMER program by Lincoln et al., ver 0.5 (1991).
  397. ||
  398.  
  399.  
  400. </PRE>
  401. The TYPE field is obligatory at the beginning of each entry, even if there are multiple entries of a given type in a file. Lines 1 to 10 are available for describing interpretation of data in the corresponding map data entries. There must be a method interpretation line for each map data line. When refering to the method in the map data entries, you must use an identical string for the method name to the string used for method name in the method entry.<P>
  402. 2.4 Map Data Files The following is an example of the valid tags and some illustrative data:
  403. <PRE>
  404. TYPE:       Entry type - must be "Map" for map data entries. Obligatory field
  405. STATUS:     Status of STS entry - "New","Replace" or "Update". Obligatory.
  406. CONT_NAME:  Name of contact (must be identical string to the contact entry)
  407. CONT_LAB:   Contact laboratory. (Must be identical string to  contact entry.)
  408. METHOD:     Method name. (Must be identical string to the method entry name)
  409. CITATION:   Journal citation. (Must be identical string to publication entry)
  410. NCBI#:      NCBI Id of STS. (Must have either NCBI#,  STS# or GB#)
  411. STS#:       Name of  STS (Must have STS#, NCBI# or GB#)
  412. GB#:        GenBank accession number of STS .
  413. PUBLIC:     1= for release to public, 0=confidential, no general release. 
  414.             Obligatory.
  415. MAPSTRING:  Full mapping information. Unparsed. For output only.
  416. CHROM:      Chromosome name or number
  417. L1:         Line 1 of parsed mapping information.
  418. L2:         Line 2 of parsed mapping information.
  419. L3:         Line 3.
  420. L4:         Line 4.
  421. L5:         Line 5.
  422. L6:         Line 6.
  423. L7:         Line 7.
  424. L8:         Line 8.
  425. L9:         Line 9.
  426. L10:        Line 10 of parsed mapping information..
  427. ||          Entry separator
  428.  
  429.  
  430. e.g.
  431. TYPE: Map
  432. STATUS:  New
  433. CONT_NAME: Sikela JM
  434. METHOD: YAC/CEPH JMS
  435. CITATION: Nature Genetics, 2:180-185 (1992)
  436. NCBI#:51839
  437. PUBLIC: 1
  438. MAPSTRING: 956H08
  439. CHROM: 
  440. L1: 959
  441. L2: H
  442. L3: 08
  443. L4: Pool B
  444. L5: Forward Primer: CCCCAGAGTTCCAAGTTAATT
  445. L6: Reverse Primer: GTCGCATTGCTCAACATTCGTTT
  446. L7: Product Length: 162
  447. ||
  448.  
  449. TYPE: Map
  450. STATUS:  New
  451. CONT_NAME: Sikela JM
  452. METHOD: Radiation hybrid JMS
  453. CITATION: Nature Genetics, 2:180-185 (1992)
  454. STS#: STST001a
  455. PUBLIC: 1
  456. MAPSTRING: 4, bin 2
  457. CHROM: 4
  458. L1: 4
  459. L2: 2
  460. L3: Forward Primer: TTDDGTAGAGGGTGCTAAGAAGG
  461. L4: Reverse Primer: GAAATGGACCTATTAAAACCAGCT
  462. L5: Product Length: 119
  463. ||
  464.  
  465. TYPE: Map
  466. STATUS:  New
  467. CONT_NAME: Sikela JM
  468. METHOD: Somatic hybrid JMS
  469. CITATION: Nature Genetics, 2:180-185 (1992)
  470. GB#: T12813
  471. PUBLIC: 1
  472. MAPSTRING: 20
  473. CHROM: 20
  474. L1: 20
  475. L2:
  476. L3:
  477. L4:
  478. L5: Forward Primer: CGTAATGTCCCTGTGTCTGAG
  479. L6: Reverse Primer: CACCTCACCCATAGCCTTAGCTA
  480. ||
  481.  
  482. <P>
  483. <UL>
  484. <UL>
  485.  
  486. <LI>National Center for Biotechnology Information
  487. <LI>National Library of Medicine, NIH
  488. <LI>Building 38A, 8600 Rockville Pike
  489. <LI>Bethesda, MD 20894
  490. <LI>tel: 301-496-2475,              fax : 301-480-9241
  491.  
  492. </UL>
  493. </UL>
  494.  
  495. <P>
  496.  
  497. <ADDRESS> Carolyn Tolstoshev, NCBI, carolyn@ncbi.nlm.nih.gov, <P>On-Line EST Dat
  498. abase, Data Input Format Specification
  499. </ADDRESS>
  500.  
  501. <P>
  502.  
  503. version 2.1
  504. July 27, 1993
  505.  
  506. Draft Copy
  507. <P>
  508. <HR>
  509. <I>
  510. This draft document is being made available solely for review purposes and
  511. should not be quoted, circulated, reproduced or represented as an
  512. official NCBI document. The draft is undergoing revisions and should not be
  513. considered or represented as reflecting  the views, positions or
  514. intentions of the NCBI or the National Library of Medicine. </I>
  515. <BR>
  516. <HR>
  517.  
  518. <A HREF="http://www.ncbi.nlm.nih.gov:80/index.html""><IMG SRC="../../nnlnih_o.gov/gifs/ncbi_bup.gif" ALT="NCBI Home></A>
  519.  
  520. <P></PRE>
  521.