Holst var opptatt av det atlantiske samarbeidet. Men han var i alle år også en forkjemper for europeisk samarbeid — blant annet som leder i Europabevegelsen.
Som utenriksminister understreket han meget sterkt den √∏kende betydningen av Den europeiske union. Holst mente at et forsterket og utvidet overnasjonalt samarbeid var det beste for Europas
sikkerhet.
"Man holdes i gang av betydningen av det som skjer," sa Johan Jørgen Holst under den kraftkrevende innspurten med Oslo-avtalen. Nå er han borte. Men betydningen av det som skjedde, står igjen. Han blir dypt savnet.”