home
***
CD-ROM
|
disk
|
FTP
|
other
***
search
/
Polish Programs 2
/
polishprograms2.iso
/
edukacja
/
ewolucja
/
ewolucja.doc
< prev
next >
Wrap
Text File
|
1993-08-25
|
20KB
|
436 lines
PROGRAM "BIO-BIT: EWOLUCJA"
Program ten pozwala uczniowi na aktywne uczesnictwo w
procesie symulowanej "filogenezy" - jest bowiem prostym
modelem procesów tzw. MAKROEWOLUCJI dotyczacej genów
programu rozwojowego i prowadzacej do powstawania duºych
jednostek taksonomicznych czyli od co najmniej rodzajów w
wzwyº. Oddaje do dyspozycji ucznia dwa typy istot:"czÆonowe"
i "krægowe" imitujace rzeczywiste typy systematyczne.
Moºna tworzyì linie ewolucyjne zaczynajåc od wspólnego
przodka lub juº istniejåcej formy z dowolnej linii. Program
dba o "rozród" modelowych organizmów i mutacje w ich
"genotypach". Selekcjonowanie form naleºy natomiast do
uºytkownika programu .
Dostarczane så przykÆadowe drzewa filogenetyczne dwu
typów pseudoorganizmów - "stawonogów" i "krægowców".
Zadaniem ucznia moºe byì tworzenie nowych odgaÆæzieñ tych
drzew - "linii filogenetycznych"( lub zupeÆnie nowych grup)
Odbywa siæ to poprzez selekcjæ potomstwa "osobnika" bædåcego
wspólnym przodkiem typu lub którymkolwiek z elementów juº
istniejåcych linii. Kaºdy osobnik danego typu opisany jest
przez kilkadziesiåt cech ₧ci₧le parametryzujåcych jego
wyglåd na ekranie komputera. W kolejnych krokach symulacji
program generuje potomstwo osobnika bædåcego "aktualnym
rodzicem", w taki sposób by kaºdy potomek róºniÆ siæ w
jednej z cech od rodzica. Uczeñ przejmuje zadania doboru
naturalnego -wg sobie tylko znanych kryteriów, wybiera
jednego potomka, który staje siæ "aktualnym rodzicem". Je₧li
uczeñ bædzie konsekwentnie trzymaÆ siæ okre₧lonego kierunku
zmian, czyli wybieraÆ tylko zgodne z nim "osobniki", moºe
uzyskaì dowolne formy mieszczåce siæ w ramach typu.
PrzykÆadem så dostarczane z programem linie
filogenetyczne na₧ladujåce schematycznie filogenezæ realnie
istniejåcych grup zwierzåt krægowych i stawonogów.
Program umoºliwia teº oglådanie utworzonych linii oraz
udostæpnia informacje, wg której uczeñ moºe sporzådziì
drzewo filogenetyczne.
URUCHOMIENIE PROGRAMU:
Program uruchamia siæ z poziomu systemu DOS piszåc:
d:>sciezka_dostepu\ewoXXXXX
gdzie "scieºka_dostæpu" jest poÆoºeniem pliku wykonywalnego
w systemie katalogów (po automatycznej instalacji
standardowo \BIOBIT\EWOLUCJA lub \EWOLUCJA, a "ewoXXXXX"
nazwå tego pliku (XXX oznaczajå litery i cyfry zaleºne od
wersji programu ). Przy takiej postaci wywoÆania program
Æaduje standardowy dla danej karty graficznej sterownik
*.BGI z katalogu ..\BGI lub aktualnego i ustala tryb
graficzny o najwiækszej moºliwej rozdzielczo₧ci.
W wypadku je₧li uºytkownik jest w posiadaniu
niestandardowego sterownika BGI, moºe wymusiì jego
wykorzystanie wywoÆujåc program z parametrami:
d:>sciezka_dostepu\ewoXXXXX N nazwa
Gdzie "N" to preferowany numer trybu, a "nazwa" jest nazwå
sterownika (bez rozszerzenia !).
UWAGA: Niektóre niefirmowe sterowniki BGI nieprawidÆowo
realizujå pewne funkcje i ich uºycie w programie jest
niemoºliwe.
Po uruchomieniu program wy₧wietla w oknie help. Moºliwe
jest przemieszczanie siæ po jego zawarto₧ci lub wyj₧cie do
gÆównego menu za pomocå klawisza ESC.
Ståd moºna przej₧ì do podstawowych funkcji programu .
Bezpo₧rednio po uruchomieniu (szczególnie pierwszym)
naleºy wej₧ì do opcji LINIE i ustaliì typ "zwierzåt".
Nastæpnie trzeba podaì nazwæ linii skÆadowej i przez ESC
wyj₧ì z tej opcji. Program przedstawi tre₧ì rozgaÆæzienia,
które po naci₧niæciu dowolnego klawisza z wyjåtkiem ESC
zostanie zapisanie w pliku "kladystycznym".
Wreszcie naleºy przej₧ì do opcji SELEKCJI.
DokÆadniejsze informacje o opcjach:
O P C J A " L I N I E "
SÆuºy do ustawienia opracowywanego typu pseudo-zwierzåt, i nazw
zbiorów dyskowych w których przechowywane så genotypy oraz zapisywane
rozgaÆæzienia filogenezy.
( Nazwy plików zgodne z konwencjå przyjætå dla DOS-u )
ZNACZENIE PODOPCJI:
T-moºno₧ì wyboru typu przez naci₧niæcie
pierwszej litery nazwy. Automatycznie
ustawiane så niektóre nazwy plików
i wspólny przodek jako rodzic.
Z-moºna jako rodzica wybraì jakikolwiek
genotyp z juº istniejåcej linii.Linia
musi byì zgodna z wybranym typem.
Numeracja wewnåtrz linii zaczyna siæ od
" 0 " !!!
S-ustawienie nazwy aktualnie tworzonej
linii. Operacja ta jest konieczna przy
rozpoczynaniu pracy z programem.
Je₧li nazwa linii nie jest ustalona nie
jest moºliwe wej₧cie do opcji selekcji.
K-ustawienie nazwy zbioru kladystycznego
z zapisami rozgaÆæzieñ filogenezy.
Operacja jest opcjonalna. Trzeba jå
wykonaì gdy nazwa ustalona standardowo
wydaje sie uºytkownikowi nieodpowiednia.
lub chce on przeÆåczyì siæ do pliku
alternatywnego.
P-Przywrócenie nazw obowiåzujacych przed
wej₧ciem do opcji LINIE.
Z opcji wychodzi siæ za pomocå klawisza ESC.
Je₧li jednak w wyniku poprzednich dziaÆañ zajdzie
konieczno₧ì zapisania na dysku rozgaÆæzienia to
program poprosi o potwierdzenie.
W odpowiedzi naleºy nacisnaì cokolwiek z wyjåtkiem
klawisza ESC, który powoduje, ºe program zrezygnuje z zapisu
rozgaÆæzienia na dysk.
W tej sytuacji tworzona linia nie jest uwzglædniona w pliku
kladystycznym - brak jest informacji o jej pochodzeniu.
O P C J A "G R A F I K A"
Informuje o parametrach pracy opcji graficznych i pozwala je
zmieniaì.
Program nie wymaga ekranu kolorowego, dostosowuje siæ do
rozdzielczo₧ci karty. Moºe dziaÆaì w trybach graficznych o jednej
lub dwu stronach.
OPIS PODFUNKCJI OPCJI GRAFIKA:
G-umoºliwia zmianæ trybu graficznego.
Np. gdy uºytkownikowi zaleºy bardziej
na dwu stronach a mniej na wysokiej
rozdzielczo₧ci.
(UWAGA! Przyjæcie przez program trybu
nie istniejåcego prowadzi do bÆædu przy
przej₧ciu do opcji graficznych !)
I-pozwala zmieniaì ilo₧ì potomków umie-
szczanych na ekranie w opcji SELEKCJI.
Zwykle na jednym ekranie rysowanych jest
5-ciu potomków, ale przy trybach wiækszej
rozdzielczo₧ci lub selekcjonowaniu
maÆych "organizmów" warto₧ì moºna zwiækszyì.
M-Ustala "mod" kopiowania ekranu na plik
DOS-u lub drukarkæ.( 1-peÆna gæsto₧ì,
2-szkic, 3-obraz zwæºony ).
Przy trybie szkicu - czyli zmniejszonej
gæsto₧ci grafiki, oraz w trybie zwæºenia
napisy mogå byì nieczytelne.
K-ustala scieºkæ DOS-u do zbioru w
którym umieszczana bædzie kopia ekranu
je₧li uºytkownik poleci jej wykonanie.
E-zmienia tryb w jakim program traktuje
kartæ graficznå:
1-ekran jednostronny
2-ekran dwustronny.
Wyspecyfikowanie "2" dla jednostronnego trybu
moºe prowadziì do bÆædnego dziaÆania
programu.
(Jesli zostanie przyjæte - bowiem dla
firmowych sterowników program posiada informacje
o liczbie stron !)
TABELA TRYBúW I STRON KART GRAFICZNYCH
karta tryb graficzny il.stron
CGA 0,1,2,3,4 1
MCGA 0,1,2,3,4,5 1
HercMono 0 2
EGA64K 0,1,2 1
EGA 0,1 2
2 1
VGA 0,1 2
2 1
VGA(320x200x256 kolorów) 1
ATT400,IBM8514,PC3270 1
O P C J A "S E L E K C J A"
Jest to gÆówna opcja programu. Do jej dziaÆania
wskazana jest grafika wysokiej rozdzielczo₧ci o dwóch stronach
( ale nie jest niezbædna ).
Po uruchomieniu najpierw rysowane så fenotypy przodka i
aktualnego rodzica.
Przez naci₧niæcie strzaÆek moºna wywoÆaì Menu umieszczone
w jednym z rogów ekranu. ( W stosunku do strzaÆek przekræcone o
90° w prawo ). W menu wypisane så wszystkie gÆówne podopcje.
WYJAÿNIENIE PODOPCJI:
Esc - powrot do gÆównego menu
Home lub PgUp - strona nr 1
End lub PgDn - strona nr 2
PrzeÆåczanie stron jest wskazane, gdyº
pozwala na Æatwiejsze porównanie zmienno₧ci
potomków.
Alt-P - wygenerowanie nowego potomstwa
wcze₧niej ustalonego rodzica.
Poprzednie potomstwo bezpowrotnie
znika z pamieci komputera.
Alt-F1..F10,
Ctrl-F1..F10 - ustala danego potomka jako
nowego rodzica i tworzy jego potomstwo.
( Alt-Fx dla potomków od 1 do 10 a
Ctrl-Fx od 11 do 20).
F1..F20 - zapisuje potomka jako formæ bezpotomnå.
Alt-R - rysuje fenotyp przodka i rodzica.
Alt-S - rysuje fenotypy poprzednio wygenerowanego potomstwa .
np. po chwilowy wyj₧ciu do gÆównego menu.
Alt-M - generuje potomstwo jak podopcja
P, ale tak by przynajmniej jeden
byÆ mutantem w genie ustalonym w
opcji INFORMACJA jako gen nad-aktywny.
Alt-X - "Rentgen"= wyÆåcznik wypeÆniania
konturów i tekstu.
Przyspiesza rysowanie, ale umoºliwia
przeºycie "duchom" czyli organizmom
o niezamkniætych konturach
Alt-C - Kopiowanie ekranu na plik lub drukarkæ.
Zgodnie z wcze₧niej ustalonymi parametrami.
O P C J A "F I L O G E N E Z A"
Pozwala na przeglådanie linii zapisanej na dysku.
Je₧li uºytkownik nie poda innej nazwy (opcja L) to zostanie przyjæta
nazwa linii, która aktualnie jest tworzona.
Przeglåd moºna zaczåì od dowolnego genotypu podajåc jego numer
(UWAGA! numeracja zaczyna sie od " 0 " !).
Pod kaºdym rysunkiem podany jest jego numer kolejny w linii i
informacja czy genotyp naleºy do pnia gÆównego ("L.gl") czyli jest
przodkiem wszystkich nastæpnych, czy teº jest bezpotomnym bocznym
odgaÆæzieniem (informacja "bezpotomny") filogenezy.
ZNACZENIE PRZYCISKúW OPCJI FILOGENEZA
ESC- wyj₧cie do gÆównego menu
x - rentgen = rysunki konturowe.
Rysowanie jest duºo szybsze.
c - kopiowanie ekranu na drukarkæ.
Zgodnie z wcze₧niej ustalonymi parametrami.
d,,,PgUp - cofniæcie o stronæ .
f,,-> PgDn - przeskoczenie strony .
h,Home - powrót do poczåtku pliku .
ENTER i inne - nastæpna strona lub
wykonanie wcze₧niejszych poleceñ.
O P C J A "K L A D Y S T Y K A"
Opcja ta pozwala na przeglåd dowolnego zbioru kladystycznego
(zwykle aktualnego ) czyli zawierajåcego zapisy rozgaÆæzieñ miædzy
liniami w postaci:
"n"-ty (element) linii ªródÆowej {nazwa linii,z której genotyp pochodzi}
==>(odpowiada)
"n"-temu elementowi linii potomnej .(Podopcja "w" - WGLÅD)
Pozwala to narysowaì drzewo zwiåzków "filogenetycznych" miædzy
liniami () wg jednocze₧nie generowanego zbioru tekstowego dostæpnego
po powrocie do DOS-u.
Wszystkie linie ostatecznie så "zakotwiczone" w korzeniu
drzewa filogezy okre₧lonym umownie jako " Wspólny przodek".
Sposób tworzenia plików filogenezy zapewnia unikalno₧ì nazw linii,
ale przy ich zmianach nie ma ograniczeñ - trzeba wiæc robiì to
ostroºnie by zachowaì spójno₧ì danych.
Poniºej przedstawione jest przykÆadowe "drzewo":
114 15
│ │«Duze.ewo
│ 1 53
100>├──┘=0 │
│ │«Male.ewo
udane.ewo » │ │
│ │
14│ 14 │
8 │ │ │ 1
│ │ │ ├──┘=0
stare.ewo »│ │ │ │ «srednie.ewo
1 1 1 1
Wspólny przodek»└─┴─┴────┴──...
PgDn
INNE PODOPCJE:
p - Pozwalajåca na zmianæ nazwy linii
poprzez przemianowanie jej pliku
na dysku i jednoczesne zmiany
wewnåtrz pliku kladystycznego .
u - Pozwala usunåì linie z pliku
kladystycznego razem z jej liniami
potomnymi. Polega to na utworzeniu
nowego, przefiltrowanego pliku kla-
dystycznego, przemianowaniu plików
"usuniætych" i starego pliku kladys-
tycznego.
z - Okre₧lenie innego niº aktualny
pliku kladystycznego.
k - Zmiana aktualnego katalogu .
d - Tymczasowe wyj₧cie do systemu DOS.
(Program szuka pliku command.com
wg zmiennej systemowej COMSPEC )
O P C J A "I N F O R M A C J A"
Pozwala porównaì genotyp aktualnego rodzica i
genotypy jego dwóch wybranych potomków (opcja "p") .
Warto₧ci liczbowe "genów" odpowiadajå konkretnym rozmiarom
rysunku , lub så procentowymi wspoÆczynnikami zmiany tych rozmiarów
( w szczególno₧ci gen "hormon wzrostu" modyfikujåcy wszystkie inne ).
Moºna teº ustaliì numer genu, który w opcji "SELEKCJA" bædzie
podlegaì wzmoºonej mutagenezie przez podopcjæ "Szukaj mut.(anta)"
W tym celu naleºy wcisnaì "g" i na pro₧bæ programu podaì numer genu.
Moºna teº ustaliì zakres genów podlegajacych mutowaniu.Nie ma to odpowiedni-
ka w naturze, ale w programie znacznie uÆatwia selekcjæ gdy potrzebne så
zmiany w konkretnych genach. Np gdy ze wspólnego przodka "krægowców" - "ryby
trzonopÆetwej" trzeba uzyskaì "pÆaza" wskazane jest mutowanie przede
wszystkim genów dotyczåcych koñczyn.
SPIS GENúW TYPU "CZ£ONOWE"
1-ilo₧ì segmentów tagmy
2-poÆowa dÆugo₧ci segmentu
3-poÆowa szeroko₧ci segmentu
4-dÆugo₧ì pÆytki segmentalnej
5-szeroko₧ì przydatku
6-odsuniæcie przydatku
7-rozpiæto₧ì 1-go czÆonu przydatku
8-rozpiæto₧ì 2-go czÆonu przydatku
9-odsuniecie segmentów wzglædem siebie
10-wspóÆczynnik zmiany dÆugo₧ci segm.
11-ws.zm. szeroko₧ci segmentu
12-ws.zm. dÆugo₧ci przydatku
13-ws.zm. szeroko₧ci przydatku
14-ws.zm. odsuniæcia przydatku
15-ws.zm. rozpiæto₧ci 1-go czÆonu przyd.
16-ws.zm. rozpiæto₧ci 2-go czÆonu przyd.
17-ws.zm. odsuniecia segmentów
52-wspoÆczynnik wzrostu(hormon wzrostu)
SPIS GENúW TYPU "KRÉGOWCE"
1-2 rozmiary nosa. 3-4 rozmiary szczæki
5-6 rozmiary oczu 7-8 rozmiary czoÆa
9-10 wym. puszki mózg.11 dÆugo₧ì szyji
12 szer.Æuku skrzelowego 15 kåt obræczy
13 il.kregów szyj. 14 szer. krægów
16 il.Æuków skrzel. 17 grubo₧ì tÆuszczu
18 dÆ.tÆowia 19 il.krægów tuÆowia
21 il.ºeber 22-23 zmienna dÆugo₧ì ºeber
przedni pas: 24-25 wymiary obojczyka
26-27 wymiary Æopatki 28-29 i ramienia
30-31 przed-ramie 33 stosunek grubo₧ci
ko₧ci strzaÆkowej do ko₧ci przedramienia
32 dÆugo₧ì palców 34 ilo₧ì palców
36 dÆugo₧ì ogona 35 il.krægów ogonowych
pas miednicowy: geny 37-47
odpowiedni nr. genu przedniego pasa+13
48-51 wzór ubarwienia ciaÆa
52 wspóÆczynnik modyfikujåcy rozmiary
O P C J A " Q U I T "
Naci₧niæcie "q"(bez Shift) powoduje
ustawienie w programie zmiennej "koniec" na warto₧ì "prawda" , co
umoºliwia zakoñczenie pracy z programem przez naci₧niæcie
przycisku ESC.
Przy normalnym zakoñczeniu nastæpuje
zamkniæcie systemu graficznego, oraz wszystkich otwartych plików ,
a nastæpnie powrót do programu wywoÆujåcego.
I N N E O P C J E M E N U G £ ú W N E G O:
c - powoduje oczyszczenie ekranu z pozostaÆo₧ci dziaÆañ innych
opcji.
r - powoduje pojawienie siæ ramki informujåcej o wersji programu,
prawach autora i producenta.
Shift-Litera - powoduje wy₧wietlenie okna z tekstem pomocy ("help'u")
do opcji wywoÆywanej tå samå - maÆå literå.
! - powoduje przeÆåczenie wy₧wietlania polskich liter w trybie tekstowym.
WYMAGANIA SPRZÉTOWE I PROGRAMOWE
Wszystkie programy serii BIO-BIT majå minimalne
wymagania. Najuboºsza konfiguracja, na której moºna uºywaì
pakietu to komputer PC/XT z 512kB RAM (a nawet mniej - je₧li
kto₧ jeszcze ma taki), dowolnå standardowå kartå graficznå
(Hercules, CGA, EGA, VGA) i pracujåcy pod systemem
operacyjnym DOS 3.30 lub póªniejszym.
Poniewaº jednak programy pakietu pracujå intensywnie w
trybie graficznym i znacznie obciåºajå procesor obliczeniami
caÆkowitoliczbowymi, wskazane så maszyny PC/AT.
Nowsze wersje kart VGA, SVGA, XGA mogå byì w peÆni
wykorzystane tylko pod warunkiem posiadania przez uºytkownika
odpowiednich dla nich specjalizowanych sterowników BGI.
Niektóre z kart SVGA (np Trident) så w stanie emulowaì
kartæ IBM8514. Moºliwe jest wtedy uºycie standardowego
sterownika BGI dla tej karty dostarczanego z programem.
Programy wspóÆpracujå ze wszystkimi typami drukarek
zdolnymi do pracy w trybie graficznym zgodnym ze standardem
EPSON.
Programy obsÆugujå polskie litery w standarcie MAZOVIA.
W trybie graficznym zawsze a w trybie tekstowym pod
warunkiem zainstalowania odpowiedniego programu rezydentnego
zapewniajåcego odnawianie generatora znaków po powrocie z
trybu graficznego.
O obecno₧ci lub nie takiego sterownika w pamiæci moºna
poinformowaì programy serii BIO-BIT definiujåc odpowiedniå
zmiennå ₧rodowiskowå DOS-u w sposób nastæpujåcy:
prompt> set mazovia=0 ENTER - gdy generator polskich
znaków nie jest zainstalowany i
prompt> set mazovia=1 ENTER - gdy odpowiedni program i
generator jest obecny w pamiæci.
Zmiennå takå moºna zdefiniowaì albo w pliku autoexec.bat,
albo bezpo₧rednio przed wywoÆaniem programu z linii komend
DOS-u, albo z batch'u wywoÆujåcego.
Nie moºna natomiast posÆuºyì siæ tå metodå gdy wywoÆuje
siæ program z nakÆadki "Norton Commander" poniewaº nie
zachowuje ona warto₧ci zmiennych ₧rodowiskowych pomiædzy
kolejnymi wywoÆaniami z linii poleceñ.
Gdy nie jest zdefiniowana zmienna ₧rodowiskowa MAZOVIA
program przyjmuje domy₧lnie obecno₧ì polskich liter dla kart
EGA i VGA , a ich brak dla karty Hercules.
Wreszcie gdy wszystkie powyºsze metody zawiodå i mamy
na ekranie "krzaczki" zamiast "ogonków" to w menu gÆównym
kaºdego programu serii wprowadzenie znaku "!" powoduje
naprzemiennie wyÆåczanie i wÆåczanie obecno₧ci polskich
liter na ekranie w trybie tekstowym.