home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Otherware / Otherware_1_SB_Development.iso / mac / misc / biology / loopview.sit / LoopViewer / Help.text < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1990-11-27  |  7.5 KB  |  222 lines
  1. _____________________________________________
  2.                                                                 1 October 1990
  3.  
  4.                  LoopViewer
  5.  
  6.            ⌐ 1990 by D.G. Gilbert
  7.                     All rights reserved.
  8.  
  9.     This program may be used and distributed for free
  10.     as long as this copyright notice is retained.
  11.                                                                                 
  12.                                                                      Don Gilbert
  13.                                                           Biocomputing Office
  14.                                                            Biology Department
  15.                         Indiana University,  Bloomington, IN 47405
  16.                                Email:   GilbertD@IUBio.Bio.Indiana.Edu  
  17.  _____________________________________________
  18.  
  19.         
  20. LoopViewer╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩
  21. is a tool for drawing RNA secondary structures in 
  22. molecular biology.   
  23.  
  24. LoopViewer is a subset of a more complete RNA structure
  25. drawing and editing program, LoopDLoop.  As of this writing,
  26. the complete LoopDLoop is still under development.   
  27.  
  28. LoopViewer has two viewing modes:
  29.  
  30.  Ñ The drawing view which converts your sequence
  31.    to a display of the secondary structure.
  32.  
  33.  Ñ The text edit view where you can read in or type in the 
  34.    text of an RNA sequence with base pairings.
  35.     
  36. The current versions of LoopViewer and LoopDLoop will
  37. not run on Mac SE or Mac Plus machines.  They require
  38. Macintoshes with math coprocessors, color is an option
  39. but not required.
  40.    
  41. Input Data:
  42.   
  43.  LoopViewer accepts data in three forms:
  44.  
  45. Ñ  CT (connect) file format, as produced by Micheal Zuker's 
  46. MulFOLD  programs and others.  This CT format make contain
  47.  multiple RNA molecules.  All molecules are drawn.
  48.  
  49. Ñ  A string of sequences followed by a matching string of 
  50. pairing characters.  Each line contains only nucleotides or
  51. only pairings.  The base pairings are denoted by matching 
  52. parentheses "()" and brackets "[]".  
  53.  
  54. Ñ  The format for Gary Olsen's LOOPSOL program.  This is a
  55. sequence  of nucleotides with base pairings interlaced among 
  56. the nucleotides denoted by matching parentheses "()" and 
  57. brackets "[]".  
  58.   
  59. In all cases, the text style of nucleotides, including color, size,
  60. font and text face will be copied into the secondary structure
  61. drawing.
  62.  
  63.   CT Format╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩
  64.  
  65.     75 ENERGY =   -21.2    DROTRE4        75 bp ss-tRNA 
  66.     1 T       0    2   71    1
  67.     2 C       1    3   70    2
  68.     3 C       2    4   69    3
  69.     4 C       3    5   68    4
  70.     5 A       4    6   67    5
  71.     6 T       5    7   66    6
  72.     7 A       6    8   65    7
  73.     8 T       7    9   64    8
  74.     9 G       8   10    0    9
  75.    10 G       9   11   25   10
  76.    11 T      10   12   24   11
  77.    12 C      11   13   23   12
  78.    13 T      12   14   22   13
  79.    14 A      13   15    0   14
  80.    15 G      14   16    0   15
  81.    16 T      15   17    0   16
  82.    17 G      16   18    0   17
  83.    18 G      17   19    0   18
  84.    19 C      18   20    0   19
  85.    20 T      19   21    0   20
  86.    :          :
  87. _____________________________________________
  88.  This format is generated by various other programs.
  89.  
  90.  
  91. Pairing Format╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩
  92.  
  93.   !    Example_tRNA
  94.   The following will text will create a "cloverleaf" structure 
  95.   for Rhodospirillum rubrum tRNA Phe 
  96.   !
  97.  
  98. $ !sequence!
  99.    1  GCCCGGGUAGCUCAGCUGGUAGAGC
  100.   26  ACGUGACUGAAAAUCACGGUGUCGG
  101.   51  UGGUUCGACUCCGCCCCCGGGCACCA
  102. % !pairings!
  103.    1  (((((((--((((--------))))
  104.   26  ((((((-------))))))----((
  105.   51  (((-------))))))))))))----
  106.              
  107. !--- OR this form --- !           
  108.  
  109. $   1  GCCCGGGUAGCUCAGCUGGUAGAGC
  110. %   1  (((((((--((((--------))))
  111.  
  112. $  26  ACGUGACUGAAAAUCACGGUGUCGG
  113. %  26  ((((((-------))))))----((
  114.  
  115. $  51  UGGUUCGACUCCGCCCCCGGGCACCA
  116. %  51  (((-------))))))))))))----
  117.  
  118. _____________________________________________
  119. A dollar sign "$" signifies start of sequence, while a percent "%" 
  120. signifies the start of pairing information.  Pairing characters 
  121. may be "()", "<>", "{}" or "[]".   Comments  may be inserted 
  122. in the sequence when surrounded by exclamation points "!".
  123.  
  124.  
  125.  Olsen Format╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩╩
  126.  
  127.   !    Example_tRNA
  128.   The following will text will create a "cloverleaf" structure for
  129.   Rhodospirillum rubrum tRNA Phe 
  130.   !
  131.          G<5.8,0|(C(C(C(G(G(G(
  132.             UA
  133.             G(C(U(C(AGCUGGUA)G)A)G)C
  134.             A(C(G(U(G(A(CUGAAAA)U)C)A)C)G)G
  135.             UGUC
  136.             G(G(U(G(G(UUCGACU)C)C)G)C)C
  137.             )C)C)C)G)G)G)C
  138.          ACC>A
  139. _____________________________________________
  140.  Comments may be inserted in the sequence when surrounded 
  141.  by exclamation points "!".
  142.    
  143.   
  144.  Opening Data:
  145.  
  146.   LoopViewer works with plain TEXT type files.  These are 
  147.   usually created by another program, such as MulFOLD, or 
  148.   with a text editor.
  149.  
  150.   When you choose to Open a file, LoopViewer will attempt to
  151.   interpret it as one of the above formats and draw the structure.
  152.   Optionally, you may select the "Open As Text" radio button
  153.   on the File Open dialog, to edit your data.   
  154.   
  155.  
  156. Editing Data:
  157.   
  158.   The edit mode of LoopViewer is similar to basics of most Macintosh 
  159.   programs that process text, since it relies on the Mac
  160.   TextEdit routines.  You can open a window from a text file of 
  161.   sequence data, or create a new one, edit it and save it.  There 
  162.   is a limit of 32,000 characters per text window.  Font, style, size
  163.   and color can be applied to the text.  These styles are copied
  164.   to the loop drawing.
  165.   
  166.   
  167. Drawing Loops:
  168.  
  169.   When you have a text window open, you may choose
  170.   the Loops menu item "Text to Loop" to convert the sequence
  171.   into its secondary structure drawing.  This creates a new
  172.   picture window.   Note:  If you have selected a region of text,
  173.   only that region will be converted to a loop drawing.
  174.   
  175.   
  176. Editing Loops:
  177.  
  178.   The secondary structure editing abilities of LoopDLoop have
  179.   been left out of this LoopViewer release.  Please contact
  180.   the author (see below) for further information about the full 
  181.   LoopDLoop program.
  182.  
  183.   Some editing features remain in LoopViewer.  You can reposition
  184.   loops in the window by clicking and dragging them.  The view 
  185.   may be magnified or reduced with selections in the Objects
  186.   menu.  The Loops menu retains one active option:  
  187.   Loop Prefs╔,  which lets you choose among loop 
  188.    construction methods.  The default method, PolyGon loops, 
  189.    is generally the best automatic method.  The Arc method 
  190.    often looks better but generally requires editing to unravel 
  191.    overlapped stems.
  192.   
  193.    
  194. Printing and Saving Loops:
  195.  
  196.   You may print a loop drawing (see File menu Print item), 
  197.   save it as a standard Macintosh PICTure file (see File
  198.   menu Save item), or copy it to the clipboard (see Edit
  199.   menu Copy item).   A drawing is always printed at page
  200.   magnification regardless of what view reduction you may have
  201.   chosen.  However, you can alter the page magnification with
  202.   the Page Setup dialog.  Laserwriters can handle any size
  203.   reduction.  Imagewriters can select a 50% reduction.  
  204.   You can also select your Drawing Size, i.e., the number of 
  205.   pages an entire window will span.  The drawing size changes
  206.   when you change page magnification.
  207.  
  208.  
  209. Citation:
  210.  
  211. If you use results of this program in a publication, please 
  212. cite it with this format, as the original publication of it 
  213. was electronically on the Internet:
  214.  
  215.   Gilbert, D.G., 1990.  LoopViewer, a Macintosh program 
  216.   for visualizing RNA secondary structure.  Published 
  217.   electronically on the Internet, available via anonymous 
  218.   ftp to iubio.bio.indiana.edu.
  219.  
  220.  _____________________________________________
  221.  
  222.