home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ ftptest.leeds.ac.uk / 2015.02.ftptest.leeds.ac.uk.tar / ftptest.leeds.ac.uk / bionet / biochem / lacop54.tbk (.txt) < prev    next >
Asymetrix ToolBook File  |  1994-06-16  |  336KB  |  3,916 lines
  1. c) Lactose present, glucose present:
  2. Lactose taken up at slow rate by small amount of permease present in the cell.
  3. Some lactose turned into allolactose.
  4. Allolactose binds to repressor which loses its affinity for the operator.
  5. Glucose high, cAMP low 
  6.  CAP cannot bind to CAP site
  7. RNA polymerase binds  and a modest level of transcription takes place.
  8. d) Lactose present, glucose absent:
  9. Lactose taken up at slow rate by small amount of permease present in the cell.
  10. Some lactose turned into allolactose.
  11. Allolactose binds to repressor which loses its affinity for the operator.
  12. Glucose low, cAMP high 
  13.  CAP-cAMP complex binds to CAP site.
  14. RNA polymerase binds readily to the promoter and a high level of transcription takes place. 
  15. 16 of  30
  16. backPage
  17. Previous
  18. default
  19. buttonUp
  20. buttonUp
  21. Previous
  22. default
  23. NextPage
  24. default
  25. buttonUp
  26. buttonUp
  27. default
  28. ExitProgram
  29. "Really quit?"\
  30. f"Yes" 
  31. SysSuspendMessages 
  32. buttonUp
  33. buttonUp
  34. Really quit?
  35. FirstPage
  36. buttonUp
  37. buttonUp
  38. 1st Page
  39. "textgo"
  40. "text1"
  41. --Repressor already present on DNA
  42. --RNA polymerase moves 
  43. "RNApol" 
  44. )-1095, 510
  45. -1080, 420
  46. -1005, 435
  47. -945, 435
  48. -900, 480
  49. -825, 510
  50. -765, 525
  51. -675, 630
  52. -585, 705
  53. -465, 780
  54. -315, 855
  55. -150, 1020
  56. 0, 1230
  57. 240, 1485
  58. 615, 1485
  59. 990, 1485
  60. 1485, 1485
  61. "text2"
  62. --2 allolactose molecules (al1,al4) 
  63. holes 
  64. repressor
  65. )4326, 510
  66. 3906, 675
  67. 3471, 825
  68. 2886, 990
  69. 2436, 1275
  70. )4540, 421
  71. 4030, 676
  72. 3505, 931
  73. 3250, 
  74. "al4" 
  75. 2796, 1485
  76. , al1 
  77. ! hidden 
  78. replaced 
  79. Hrep2
  80. --Rep2 
  81. square 
  82. es bound (al5,al8) 
  83. same 
  84. --positions 
  85. C= rep1b (
  86. $empty) + 
  87. )2265, 1095
  88. off DNA
  89. 2340, 1050
  90. 2415, 1005
  91. 2475, 945
  92. --Remaining 2 
  93. es (al6,al7) join 
  94. )3831, -84
  95. 3801, 81
  96. 3696, 321
  97. 3576, 576
  98. 3306, 786
  99. 2991, 1056
  100. )3366, -84
  101. 3156, 306
  102. 3006, 471
  103. 2736, 771
  104. 2646, 1281
  105. es grouped together so can 
  106. %1 unit
  107. + al6 + al7 = rep3
  108. Group
  109. --Rep3 moved 
  110. screen
  111. 2340, 1050
  112. 2415, 1005
  113. 2475, 945
  114. 2580, 885
  115. 2700, 810
  116. 2790, 750
  117. 2865, 675
  118. 2955, 585
  119. 3015, 495
  120. 3195, 405
  121. 3390, 315
  122. "text3"
  123. "text4"
  124. --Open complex (
  125. trans) shown, 
  126. Shalf 
  127. )1935, 1615
  128. "leftrans"
  129. 240, 75.125, 100
  130. 240, 75.125, 100
  131. "rightrans"
  132. 0, 75.3125, 0
  133. 0, 75.6875, 0
  134. "text5"
  135. --Abortive initiation strans 
  136. ungrouped 
  137. s (sigma 
  138. rna-s
  139. --(core enzyme). Sigma 
  140.  dissociates 
  141. leaves.
  142. !"ab1" 
  143. )1785, 2070
  144. 795, 2480
  145. !"ab2" 
  146. )1785, 2070
  147. 950, 2750
  148. !"ab3" 
  149. )1785, 2070
  150. 585, 2655
  151. Ungroup
  152. 1275, 1305
  153. 1185, 1215
  154. 1125, 1155
  155. 1065, 1065
  156. 1005, 1035
  157. 930, 945
  158. 885, 870
  159. 840, 795
  160. 780, 705
  161. 630, 480
  162. 525, 405
  163. 330, 285
  164. 105, 165
  165. -105, 75
  166. -315, -15
  167. 630, 480
  168. !"pa"
  169. "text6"
  170. --Elongation starts-
  171. mRNA strand (
  172. pa-po) 
  173. --Core 
  174. nalong 1 
  175. --Each 
  176. Qcolour
  177. !"pa"
  178. 2235, 1455
  179. 0, 75.3125, 0
  180. 0, 75.3125, 0
  181. 120, 75.125, 100
  182. 120, 75.125, 100
  183. 2295, 1645
  184. 2610, 1455
  185. 120, 75.125, 100
  186. 120, 75.125, 100
  187. 60, 87.625, 100
  188. 60, 87.625, 100
  189. 2670, 1645
  190. "pc" 
  191. 2985, 1455
  192. 60, 87.625, 100
  193. 60, 87.625, 100
  194. 0, 87.625, 100
  195. 0, 87.625, 100
  196. 3060, 1645
  197. "pd" 
  198. 3345, 1455
  199. 0, 87.625, 100
  200. 0, 87.625, 100
  201. 0, 87.625, 100
  202. 0, 87.625, 100
  203. 3420, 1645
  204. "pe" 
  205. 3720, 1455
  206. 0, 87.625, 100
  207. 0, 87.625, 100
  208. 0, 87.625, 100
  209. 0, 87.625, 100
  210. 3810, 1645
  211. "pf" 
  212. 4080, 1455
  213. 0, 87.625, 100
  214. 0, 87.625, 100
  215. 60, 87.625, 100
  216. 60, 87.625,100
  217. 4185, 1645
  218. "pg" 
  219. 4500, 1455
  220. 60, 87.625, 100
  221. 60, 87.625, 100
  222. 180, 87.625, 100 
  223. 180, 87.625, 100
  224. 4575, 1645
  225. "ph" 
  226. 4845, 1455
  227. 180, 87.625, 100 
  228. 180, 87.625, 100
  229. 180, 87.625, 100 
  230. 180, 87.625, 100
  231. 4965, 1645
  232. 5280, 1455
  233. 180, 87.625, 100 
  234. 180, 87.625, 100
  235. 60, 87.625, 100 
  236. 60, 87.625, 100
  237. 5325, 1645
  238. "pj" 
  239. 5610, 1455
  240. 60, 87.625, 100 
  241. 60, 87.625, 100
  242. 0, 75.125, 100 
  243. 0, 75.125, 100
  244. 5700, 1645
  245. "pk" 
  246. 6015, 1455
  247. 0, 75.125, 100 
  248. 0, 75.125, 100
  249. 0, 75.125, 100 
  250. 0, 75.125, 100
  251. 6090, 1645
  252. "pl" 
  253. 6360, 1455
  254. 0, 75.125, 100 
  255. 0, 75.125, 100
  256. 60, 87.625, 100 
  257. 60, 87.625, 100
  258. 6450, 1645
  259. "pm" 
  260. "text7"
  261. 6750, 1455
  262. 60, 87.625, 100
  263. 60, 87.625, 100
  264. 60, 87.625, 100 
  265. 60, 87.625, 100
  266. 6840, 1645
  267. "pn" 
  268. --Last 
  269. Hlinear 
  270. "po" 
  271. renamed
  272. loses 
  273. ). This 
  274. xseen on 
  275. 990, 120
  276. "text8"
  277. "text9"
  278. leaving 
  279. es al5-al6.
  280. --Allolactose 
  281. "al7"
  282. 3441, 591
  283. 3396, 471
  284. 3381, 351
  285. 3351, 246
  286. 3321, 126
  287. 3306, 66
  288. 3291, -9
  289. 3276, -84
  290. "al6"
  291. 3921, 381
  292. 3921, 336
  293. 3921, 291
  294. 3951, 276
  295. 3951, 246
  296. 3966, 216
  297. 3981, 156
  298. 3981, 111
  299. 4011, 81
  300. 4011, 36
  301. 4011, -9
  302. 4011, -24
  303. 4011, -84
  304.  al5 
  305. --Rep1b 
  306. Hrep 
  307. al4 which 
  308. form rep4
  309. 3591, 366
  310. )3408, 321
  311. --Rep4 
  312. where 
  313. "al5" 
  314. 3606, 306
  315. 3636, 231
  316. 3636, 186
  317. 3636, 111
  318. 3636, 66
  319. 3636, 36
  320. 3636, -24
  321. 3636, -69
  322. 3348, 426
  323. 3258, 516
  324. 3108, 591
  325. 3033, 636
  326. 2898, 696
  327. 2763, 771
  328. 2673, 831
  329. 2538, 921
  330. 2463, 981
  331. 2373, 1086
  332. 2313, 1146
  333. 2283, 1161
  334. 2916, 1476
  335. 3066, 1401
  336. 3186, 1296
  337. 3381, 1131
  338. 3546, 876
  339. 3636, 666
  340. 3741, 456
  341. 3831, 261
  342. 3921, 126
  343. 3951, -69
  344. --re1b, 
  345. reform 
  346. )3390, 315
  347. "al8"
  348. 3561, 426
  349. 3891, 651
  350. --Text fields 
  351. default 
  352. buttonUp
  353. 7buttonUp
  354. textgo
  355. text1
  356. RNApol
  357. RNApol
  358. text2
  359. Group
  360. text3
  361. text4
  362. leftrans
  363. leftrans
  364. leftrans
  365. rightrans
  366. rightrans
  367. rightrans
  368. text5
  369. RNApol
  370. WUngroup
  371. text6
  372. rna-s
  373. leftrans
  374. leftrans
  375. rightrans
  376. rightrans
  377. trans
  378. rna-s
  379. leftrans
  380. leftrans
  381. rightrans
  382. rightrans
  383. trans
  384. rna-s
  385. leftrans
  386. leftrans
  387. rightrans
  388. rightrans
  389. trans
  390. rna-s
  391. leftrans
  392. leftrans
  393. rightrans
  394. rightrans
  395. trans
  396. rna-s
  397. leftrans
  398. leftrans
  399. rightrans
  400. rightrans
  401. trans
  402. rna-s
  403. leftrans
  404. leftrans
  405. rightrans
  406. rightrans
  407. trans
  408. rna-s
  409. leftrans
  410. leftrans
  411. rightrans
  412. rightrans
  413. trans
  414. rna-s
  415. leftrans
  416. leftrans
  417. rightrans
  418. rightrans
  419. trans
  420. rna-s
  421. leftrans
  422. leftrans
  423. rightrans
  424. rightrans
  425. trans
  426. rna-s
  427. leftrans
  428. leftrans
  429. rightrans
  430. rightrans
  431. trans
  432. rna-s
  433. leftrans
  434. leftrans
  435. rightrans
  436. rightrans
  437. trans
  438. rna-s
  439. leftrans
  440. leftrans
  441. rightrans
  442. rightrans
  443. trans
  444. text7
  445. rna-s
  446. leftrans
  447. leftrans
  448. rightrans
  449. rightrans
  450. trans
  451. trans
  452. rna-s
  453. Group
  454. RNApol
  455. RNApol
  456. text8
  457. text9
  458. WUngroup
  459. WUngroup
  460. rep1b
  461. Group
  462. WUngroup
  463. rep1b
  464. rep1b
  465. Group
  466. text1
  467. text2
  468. text3
  469. text4
  470. text5
  471. text6
  472. text7
  473. text8
  474. text9
  475. textgo
  476. default
  477. trans
  478. Basic
  479. AIMS AND OBJECTIVES
  480.       
  481.       2.         g animations the significant features of haemostasis
  482.       2.         tudents in their first or second years.
  483.       1. To illustrate using animations the significant features of haemostasis
  484.       2.               1. To illustrate using animations the significant features of haemostasis
  485.       2.         
  486. This program is intended for use by students in their first or second year taking Biochemistry as part of their course. The program makes use of animations to illustrate the dynamic aspects of the control of transcription in prokaryotes. The aims and objectives are as follows:
  487. 1. To show the elements of the lac operon involved in transcription control.
  488.      
  489. 2. To illustrate the process of transcription and the repressor-mediated 
  490.     control imposed by the presence or absence of lactose.
  491. 3. To illustrate additional control exerted through catabolite activator protein 
  492.    (CAP) under the influence of glucose concentration.
  493. 4. To test your understanding of the tutorial by means of a multiple-choice 
  494.     quiz.iple-choice 
  495.     quiz..
  496.     quiz.ultiple-choice 
  497.     quiz.ple-choice 
  498.     quiz.
  499. ExitProgram
  500. "Really quit?"\
  501. f"Yes" 
  502. SysSuspendMessages 
  503. buttonUp
  504. buttonUp
  505. Really quit?
  506. FirstPage
  507. buttonUp
  508. buttonUp
  509. 1st Page
  510. backPage
  511. Previous
  512. default
  513. buttonUp
  514. buttonUp
  515. Previous
  516. default
  517. NextPage
  518. default
  519. buttonUp
  520. buttonUp
  521. default
  522. --removes cross 
  523. the answer boxes
  524. "quest1" 
  525. "quest2" 
  526. leavePage
  527. leavePage
  528. quest1
  529. quest2
  530. quest1
  531. 2. RNA polymerase binds to ::::
  532. The operator
  533. The repressor
  534. The promoter
  535. The CAP site
  536. Allolactose
  537. quest2
  538. NextPage
  539. --see 
  540. --questscore1 
  541. question 1. It 
  542. zero 
  543. Fincreases
  544. decreases depending on which answer boxes are 
  545. --same applies 
  546. questscores 2-20
  547. --checkboxes 
  548. 6labelled a-z 
  549. Fa1-z1 
  550. Fa2-z2 etc (could have been 
  551. /better)
  552. --All forthcoming 
  553. fquestions on 
  554. layout except 
  555. 4questscore2
  556. B"a" 
  557. B"b" 
  558. B"c" 
  559. B"d" 
  560. B"e" 
  561. B"f" 
  562. B"g" 
  563. B"h" 
  564. B"i" 
  565. B"j" 
  566. default
  567. buttonUp
  568. buttonUp
  569. default
  570. questscore2
  571. questscore1
  572. 1. Which genes are controlled by the Lac Operon ::
  573. b-galactosidase
  574. Lactate dehydrogenase
  575. Lactose Transacetylase
  576. Lactose Permease
  577. Lac repressor
  578. 18 of  30
  579. "quest11" 
  580. "quest12" 
  581. leavePage
  582. leavePage
  583. quest11
  584. quest12
  585. NextPage
  586. 4questscore11
  587. 4questscore12
  588. B"y1" 
  589. B"z1" 
  590. B"a2" 
  591. B"b2" 
  592. B"c2" 
  593. B"d2" 
  594. B"e2" 
  595. B"f2" 
  596. B"g2" 
  597. B"h2" 
  598. default
  599. buttonUp
  600. buttonUp
  601. default
  602. questscore12
  603. questscore11
  604. 11. The CAP site binds :::::::::
  605. CAP-cAMP complex
  606. Catabolite Activator Protein
  607. RNA polymerase
  608. Lactose-repressor complex
  609. Allolactose-repressor complex
  610. quest11
  611. quest12
  612. 12. Lactose has which conformation :
  613. Gluc b(1
  614. 4) Gal
  615. Gal b(1
  616. 4) Gluc
  617. Gluc a(1
  618. 4) Gal
  619. Gal  b(1
  620. 6) Gluc
  621. Gluc  b(1
  622. 6) Gal
  623. 23 of  30
  624. "quest13" 
  625. "quest14" 
  626. leavePage
  627. leavePage
  628. quest13
  629. quest14
  630. NextPage
  631. 4questscore13
  632. 4questscore14
  633. B"i2" 
  634. B"j2" 
  635. B"k2" 
  636. B"l2" 
  637. B"m2" 
  638. B"n2" 
  639. B"o2" 
  640. B"p2" 
  641. B"q2" 
  642. B"r2" 
  643. default
  644. buttonUp
  645. buttonUp
  646. default
  647. questscore14
  648. questscore13
  649. quest13
  650. quest14
  651. 13. Which of the following are inducers? ::
  652. Allolactose
  653. Lactose
  654. Glucose
  655. Galactose
  656. Cyclic AMP
  657. 14. Dissociation constant of the repressor-operator complex is about :
  658. 24 of  30
  659. "quest15" 
  660. "quest16" 
  661. leavePage
  662. leavePage
  663. quest15
  664. quest16
  665. NextPage
  666. 4questscore15
  667. 4questscore16
  668. B"s2" 
  669. B"t2" 
  670. B"u2" 
  671. B"v2" 
  672. B"w2" 
  673. B"x2" 
  674. B"y2" 
  675. B"z2" 
  676. B"a3" 
  677. B"b3" 
  678. default
  679. buttonUp
  680. buttonUp
  681. default
  682. questscore16
  683. questscore15
  684. quest15
  685. quest16
  686. 15. The repressor molecule is a  ::::::::::
  687. Monomer
  688. Dimer
  689. Trimer
  690. Tetramer
  691. Pentamer
  692. 16. Function of b-galactosidase ::
  693. To allow entry of lactose into cell
  694. Breakdown of lactose into glucose + mannose
  695. To allow lactose to be used as a carbon source
  696. Breakdown of lactose into glucose + galactose
  697. To allow lactose to be used as an energy sourceM
  698. 25 of  30
  699. "quest17" 
  700. "quest18" 
  701. leavePage
  702. leavePage
  703. quest17
  704. quest18
  705. NextPage
  706. 4questscore17
  707. 4questscore18
  708. B"c3" 
  709. B"d3" 
  710. B"e3" 
  711. B"f3" 
  712. B"g3" 
  713. B"h3" 
  714. B"i3" 
  715. B"j3" 
  716. B"k3" 
  717. B"l3" 
  718. default
  719. buttonUp
  720. buttonUp
  721. default
  722. questscore18
  723. questscore17
  724. quest17
  725. quest18
  726. 17. The Catabolite Activator Protein is a  :
  727. Monomer
  728. Dimer
  729. Trimer
  730. Tetramer
  731. Pentamer
  732. 18 Maximum number of molecules of allolactose repressor can bind is  :
  733. 26 of  30
  734. B"NextPage"
  735. "quest19" 
  736. "quest20" 
  737. enterPage
  738. leavePage
  739. enterPage
  740. NextPage
  741. leavePage
  742. quest19
  743. quest20
  744. NextPage
  745. 4questscore19
  746. 4questscore20
  747. buttonUp
  748. buttonUp
  749. questscore20
  750. questscore19
  751. quest19
  752. quest20
  753. 19. Maximum number of molecules of cyclic AMP CAP can bind is  :is  ::
  754. 20. Which of the following DNA sequences exhibit a two fold axis of symmetry  :
  755. Promoter
  756. Operator
  757. CAP site
  758. b-galactosidase gene
  759. Permease geneeeeeeeeeeeeeeee
  760. Score
  761. Press the 'Score' button after finshing the questions to obtain your final score.  
  762. 27 of  30
  763. 4questscore19
  764. 4questscore20
  765. B"m3" 
  766. B"n3" 
  767. B"o3" 
  768. B"p3" 
  769. B"q3" 
  770. B"r3" 
  771. B"s3" 
  772. B"t3" 
  773. B"u3" 
  774. B"v3" 
  775. 4questscore18
  776. 4questscore17
  777. 4questscore16
  778. 4questscore15
  779. 4questscore14
  780. 4questscore13
  781. 4questscore12
  782. 4questscore11
  783. 4questscore10
  784. 4questscore9
  785. 4questscore8
  786. 4questscore7
  787. 4questscore6
  788. 4questscore5
  789. 4questscore4
  790. 4questscore3
  791. --System count 
  792. questscores
  793. --Obtain dialog box showing total no 
  794. points    
  795. "You scored" && 
  796.  out 
  797. a possible 100"
  798. --shows nextpage 
  799. B- avoids 
  800. Bbeing pressed without 
  801. --obtaining 
  802. B"NextPage"
  803. default
  804. buttonUp
  805. buttonUp
  806. You scored
  807. points out of a possible 100
  808. NextPage
  809. default
  810. count
  811. questscore1
  812. questscore2
  813. questscore3
  814. questscore4
  815. questscore5
  816. questscore6
  817. questscore7
  818. questscore8
  819. questscore9
  820. questscore10
  821. questscore11
  822. questscore12
  823. questscore13
  824. questscore14
  825. questscore15
  826. questscore16
  827. questscore17
  828. questscore18
  829. questscore20
  830. questscore19
  831. "textgo"
  832. "text0.5"
  833. --RNA polymerase goes 
  834. moves 
  835. forth 
  836. Zpromoter
  837. --region 
  838. reached
  839. "RNApol" 
  840. )-1150, 480
  841. ZhorizPos
  842. nthe 
  843. -1080, 420
  844. -1005, 435
  845. -945, 435
  846. -900, 480
  847. -825, 510
  848. -765, 525
  849. -675, 630
  850. -585, 705
  851. -465, 780
  852. -315, 855
  853. -150, 1020
  854. 0, 1230
  855. 240, 1485
  856. 6615 
  857. , 1485
  858. 6615 
  859. -135 
  860. H-750
  861. , 1485 
  862. -135 
  863. 6615 
  864. , 1485
  865. 6615 
  866. -135 
  867. H-375
  868. , 1485 
  869. 240, 1485
  870. 615, 1485
  871. 990, 1485
  872. 1485, 1485
  873. "text1"
  874. --Open complex (
  875. trans) appears 
  876. half coloured 
  877. )1890, 1645
  878. "leftrans"
  879. 240, 75.125, 100
  880. 240, 75.125, 100
  881. "rightrans"
  882. 0, 75.3125, 0
  883. 0, 75.6875, 0
  884. --Abortive initiation takes place, releasing strands 
  885. (ab1-ab3)
  886. --Sigma unit
  887. s) dissociates
  888. )1785, 2070
  889. 795, 2480
  890. !"ab2" 
  891. )1785, 2070
  892. 1055, 2655
  893. )1785, 2070
  894. 585, 2655
  895. Ungroup
  896. 1275, 1305
  897. 1185, 1215
  898. 1125, 1155
  899. 1065, 1065
  900. 1005, 1035
  901. 930, 945
  902. 885, 870
  903. 840, 795
  904. 780, 705
  905. 630, 480
  906. 525, 405
  907. 330, 285
  908. 105, 165
  909. -105, 75
  910. -315, -15
  911. 630, 480
  912. !"pa"
  913. "text3"
  914. --Elongation starts - 
  915. mRNA 
  916.  (pa-po)hidden
  917. --Core enzyme (
  918. rna-s) 
  919. along DNA
  920. hanging 
  921. !"pa"
  922. 2235, 1455
  923. 0, 75.3125, 0
  924. 0, 75.3125, 0
  925. 120, 75.125, 100
  926. 120, 75.125, 100
  927. 2280, 1645
  928. !"ab1"
  929. !"ab3"
  930. 2610, 1455
  931. 120, 75.125, 100
  932. 120, 75.125, 100
  933. 60, 87.625, 100
  934. 60, 87.625, 100
  935. 2655, 1645
  936. "pc" 
  937. 2985, 1455
  938. 60, 87.625, 100
  939. 60, 87.625, 100
  940. 0, 87.625, 100
  941. 0, 87.625, 100
  942. 3030, 1645
  943. "pd" 
  944. 3345, 1455
  945. 0, 87.625, 100
  946. 0, 87.625, 100
  947. 0, 87.625, 100
  948. 0, 87.625, 100
  949. 3420, 1645
  950. "pe" 
  951. 3720, 1455
  952. 0, 87.625, 100
  953. 0, 87.625, 100
  954. 0, 87.625, 100
  955. 0, 87.625, 100
  956. 3780, 1645
  957. "pf" 
  958. 4080, 1455
  959. 0, 87.625, 100
  960. 0, 87.625, 100
  961. 60, 87.625, 100
  962. 60, 87.625,100
  963. 4155, 1645
  964. "pg" 
  965. 4500, 1455
  966. 60, 87.625, 100
  967. 60, 87.625, 100
  968. 180, 87.625, 100 
  969. 180, 87.625, 100
  970. 4560, 1645
  971. "ph" 
  972. 4845, 1455
  973. 180, 87.625, 100 
  974. 180, 87.625, 100
  975. 180, 87.625, 100 
  976. 180, 87.625, 100
  977. 4920, 1645
  978. 5280, 1455
  979. 180, 87.625, 100 
  980. 180, 87.625, 100
  981. 60, 87.625, 100 
  982. 60, 87.625, 100
  983. 5325, 1645
  984. "pj" 
  985. 5610, 1455
  986. 60, 87.625, 100 
  987. 60, 87.625, 100
  988. 0, 75.125, 100 
  989. 0, 75.125, 100
  990. 5685, 1645
  991. "pk" 
  992. 6015, 1455
  993. 0, 75.125, 100 
  994. 0, 75.125, 100
  995. 0, 75.125, 100 
  996. 0, 75.125, 100
  997. 6060, 1645
  998. "pl" 
  999. 6360, 1455
  1000. 0, 75.125, 100 
  1001. 0, 75.125, 100
  1002. 60, 87.625, 100 
  1003. 60, 87.625, 100
  1004. 6420, 1645
  1005. "pm" 
  1006. "text4"
  1007. 6750, 1455
  1008. 60, 87.625, 100
  1009. 60, 87.625, 100
  1010. 60, 87.625, 100 
  1011. 60, 87.625, 100
  1012. 6810, 1645
  1013. "pn" 
  1014. --Straight piece 
  1015. po) shown
  1016. moved 
  1017. sigma 
  1018. grouped together
  1019. "po" 
  1020. 990, 120
  1021. Group
  1022. --Text fields 
  1023. "text5"
  1024. "text2"
  1025. sysLockscreen 
  1026. default
  1027. buttonUp
  1028. #buttonUp
  1029. textgo
  1030. text0.5
  1031. RNApol
  1032. RNApol
  1033. RNApol
  1034. RNApol
  1035. RNApol
  1036. RNApol
  1037. RNApol
  1038. RNApol
  1039. RNApol
  1040. RNApol
  1041. text1
  1042. leftrans
  1043. leftrans
  1044. leftrans
  1045. rightrans
  1046. rightrans
  1047. rightrans
  1048. RNApol
  1049. WUngroup
  1050. text3
  1051. rna-s
  1052. leftrans
  1053. leftrans
  1054. rightrans
  1055. rightrans
  1056. trans
  1057. rna-s
  1058. leftrans
  1059. leftrans
  1060. rightrans
  1061. rightrans
  1062. trans
  1063. rna-s
  1064. leftrans
  1065. leftrans
  1066. rightrans
  1067. rightrans
  1068. trans
  1069. rna-s
  1070. leftrans
  1071. leftrans
  1072. rightrans
  1073. rightrans
  1074. trans
  1075. rna-s
  1076. leftrans
  1077. leftrans
  1078. rightrans
  1079. rightrans
  1080. trans
  1081. rna-s
  1082. leftrans
  1083. leftrans
  1084. rightrans
  1085. rightrans
  1086. trans
  1087. rna-s
  1088. leftrans
  1089. leftrans
  1090. rightrans
  1091. rightrans
  1092. trans
  1093. rna-s
  1094. leftrans
  1095. leftrans
  1096. rightrans
  1097. rightrans
  1098. trans
  1099. rna-s
  1100. leftrans
  1101. leftrans
  1102. rightrans
  1103. rightrans
  1104. trans
  1105. rna-s
  1106. leftrans
  1107. leftrans
  1108. rightrans
  1109. rightrans
  1110. trans
  1111. rna-s
  1112. leftrans
  1113. leftrans
  1114. rightrans
  1115. rightrans
  1116. trans
  1117. rna-s
  1118. leftrans
  1119. leftrans
  1120. rightrans
  1121. rightrans
  1122. trans
  1123. text4
  1124. rna-s
  1125. leftrans
  1126. leftrans
  1127. rightrans
  1128. rightrans
  1129. trans
  1130. trans
  1131. rna-s
  1132. Group
  1133. RNApol
  1134. RNApol
  1135. text5
  1136. textgo
  1137. text0.5
  1138. text1
  1139. text2
  1140. text3
  1141. text4
  1142. text5
  1143. default
  1144. trans
  1145. horizPos:by
  1146. horizPos:to
  1147. horizPos
  1148. "textgo"
  1149. leavePage
  1150. leavePage
  1151. textgo
  1152. "D$N(
  1153. ChE4F
  1154. H2JxN
  1155. QHQ0S`S
  1156. URV6W
  1157. RNApol
  1158. rna-s
  1159. o    B    "
  1160. !"ab3"
  1161. buttonUp
  1162. buttonUp
  1163. !"ab2"
  1164. buttonUp
  1165. buttonUp
  1166. !"ab1"
  1167. buttonUp
  1168. buttonUp
  1169. Press the "Animate" button
  1170. buttonUp
  1171. buttonUp
  1172. !"pa"
  1173. buttonUp
  1174. buttonUp
  1175. buttonUp
  1176. buttonUp
  1177. buttonUp
  1178. buttonUp
  1179. buttonUp
  1180. buttonUp
  1181. buttonUp
  1182. buttonUp
  1183. buttonUp
  1184. buttonUp
  1185. buttonUp
  1186. buttonUp
  1187. buttonUp
  1188. buttonUp
  1189. buttonUp
  1190. buttonUp
  1191. buttonUp
  1192. buttonUp
  1193. buttonUp
  1194. buttonUp
  1195. buttonUp
  1196. buttonUp
  1197. buttonUp
  1198. buttonUp
  1199. buttonUp
  1200. buttonUp
  1201. text1
  1202. "text1"
  1203. buttonUp
  1204. buttonUp
  1205. text1
  1206. Cyclic AMP binds to the CAP to form the CAP-cAMP complex. This then binds to the CAP siteeeeore readily.
  1207. text1a
  1208. "text1a"
  1209. buttonUp
  1210. buttonUp
  1211. text1a
  1212. The RNA polymerase binds to the DNA and moves along the DNA until it reaches the promoter
  1213. text1b
  1214. "text1b"
  1215. buttonUp
  1216. buttonUp
  1217. text1b
  1218. When the RNA polymerase reaches the promoter the CAP-cAMP complex interacts with the RNA polymerase increasing the probability that the RNA polymerase will bind to the promoter. The repressor also increases this probability.
  1219. text2
  1220. "text2"
  1221. buttonUp
  1222. buttonUp
  1223. text2
  1224. Allolactose binds to the repressor causing a conformational change which results in the repressor leaving the operator.
  1225. text3
  1226. "text3"
  1227. buttonUp
  1228. buttonUp
  1229. text3
  1230. RNA polymerase free to carry out transcription.ormational change which results in the repressor leaving the operator.
  1231. text4
  1232. "text4"
  1233. buttonUp
  1234. buttonUp
  1235. text4
  1236. RNA polymerase binds then melts a section of DNA into single strands to form  the open complex.
  1237. text5
  1238. "text5"
  1239. buttonUp
  1240. buttonUp
  1241. text5
  1242. Abortive initiation occurs until the sigma unit dissociates and the core enzyme can move along the DNA.
  1243. text6
  1244. "text6"
  1245. buttonUp
  1246. buttonUp
  1247. text6
  1248. Elongation   binds to DNA, melts a section into single strands to form open complex.
  1249. text7
  1250. "text7"
  1251. buttonUp
  1252. buttonUp
  1253. text7
  1254. Termination
  1255. binds to DNA, melts a section into single strands to form open complex.
  1256. text8
  1257. "text8"
  1258. buttonUp
  1259. buttonUp
  1260. text8
  1261. Strand of mRNA formed
  1262. text9
  1263. "text9"
  1264. buttonUp
  1265. buttonUp
  1266. text9
  1267. Once the lactose concentration decreases, the repressor can once more bind to the operator. The CAP-cAMP complex will remain on the CAP site until the glucose concentration increases...
  1268. textgo
  1269. "textgo"
  1270. buttonUp
  1271. buttonUp
  1272. textgo
  1273. REPEAT OR MOVE ON TO THE NEXT PAGEEE
  1274. Allolactose
  1275. Cyclic AMP
  1276. \B4BYB
  1277. Allolactose binding site
  1278. 14 of  30
  1279. Button
  1280. d) Events when Lactose present & Glucose                  concentration loww
  1281. XE0EUE
  1282. & Glucose concentration low
  1283. camp1
  1284. "camp1"
  1285. buttonUp
  1286. buttonUp
  1287. camp1
  1288. "cap"
  1289. buttonUp
  1290. buttonUp
  1291. camp2
  1292. "camp2"
  1293. buttonUp
  1294. buttonUp
  1295. camp2
  1296. cap-camp
  1297. trans
  1298.     3    .P
  1299. intrans
  1300. "trans"
  1301. buttonUp
  1302. buttonUp
  1303. trans
  1304. rightrans
  1305.     3    |P
  1306. leftrans
  1307. outrans
  1308. Animate2
  1309. Animate
  1310. rep1b
  1311. "al4"
  1312. buttonUp
  1313. buttonUp
  1314. "al1"
  1315. buttonUp
  1316. buttonUp
  1317. backPage
  1318. Previous
  1319. default
  1320. buttonUp
  1321. buttonUp
  1322. Previous
  1323. default
  1324. NextPage
  1325. default
  1326. buttonUp
  1327. buttonUp
  1328. default
  1329. ExitProgram
  1330. "Really quit?"\
  1331. f"Yes" 
  1332. SysSuspendMessages 
  1333. buttonUp
  1334. buttonUp
  1335. Really quit?
  1336. FirstPage
  1337. buttonUp
  1338. buttonUp
  1339. 1st Page
  1340. Buttons Used In The Following Pagess
  1341. ExitProgram
  1342. backPage
  1343. NextPage
  1344. FirstPage
  1345. 1st Page
  1346. Move to the next page
  1347. Return to previous page
  1348. Return to the first page of 
  1349. Exit to Windows
  1350. Animate
  1351. Animate
  1352. Animates the sequence of events on that page
  1353. Hotwords -     These are words that are scattered round the text and are shown in italic,             bold,  underlined  type  and are  larger  than the  surrounding  text. They             become  active when  the mouse  operated cursor  is placed  over them. 
  1354.         Try pressing this Hotword now! 
  1355. -- Puts the sentence 
  1356. quotation marks 
  1357. a dialog box which can be removed 
  1358. Hclicking 
  1359. "Activating a HOTWORD will present you 
  1360. dthat may contain definitions, references, hints 
  1361. tips, prompts 
  1362. other forms 
  1363. encouragement. Press OK 
  1364. buttonDown
  1365. buttonDown
  1366. Activating a HOTWORD will present you with a dialog box that may contain definitions, references, hints and tips, prompts or other forms of encouragement. Press OK to continue
  1367. ExitProgram
  1368. "Really quit?"\
  1369. f"Yes" 
  1370. SysSuspendMessages 
  1371. buttonUp
  1372. buttonUp
  1373. Really quit?
  1374. NextPage
  1375. default
  1376. buttonUp
  1377. buttonUp
  1378. default
  1379. FirstPage
  1380. buttonUp
  1381. buttonUp
  1382. 1st Page
  1383. Go on to the next page by clicking the  
  1384.   button below: 
  1385. barchart
  1386. X"k"o"
  1387. "textgo"
  1388. "cap-camp"
  1389. "text1"
  1390. --CAP moves 
  1391. screen
  1392. --2 molecules 
  1393. cyclic AMP (camp1,camp2) appear 
  1394. binding sites
  1395. 1 are hidden 
  1396. be replaced 
  1397. -cAMP complex (
  1398. ), which 
  1399. )-630, 2880
  1400. -495, 2790
  1401. -285, 2640
  1402. -105, 2520
  1403. 90, 2370
  1404. 270, 2280
  1405. 405, 2190
  1406. )-90, 3525
  1407. 15, 3465
  1408. 120, 3360
  1409. 195, 3270
  1410. 255, 3150
  1411. 345, 3000
  1412. 405, 2895
  1413. 480, 2805
  1414. 570, 2625
  1415. )-75, 3390
  1416. 60, 3315
  1417. 180, 3210
  1418. 330, 3090
  1419. 465, 2955
  1420. 630, 2835
  1421. 765, 2760
  1422. 810, 2625
  1423. "cap"
  1424. )400, 2180
  1425. 505, 2165
  1426. 625, 2135
  1427. 805, 2090
  1428. 940, 2075
  1429. 1075, 2045
  1430. 1240, 2000
  1431. 1375, 1955
  1432. 1495, 1895
  1433. 1525, 1805
  1434. "text1a"
  1435. --RNA polymerase enters 
  1436. "RNApol" 
  1437. )8430, 165
  1438. 8295, 255
  1439. 8130, 345
  1440. 7890, 495
  1441. 7785, 540
  1442. 7665, 585
  1443. 7500, 645
  1444. 7380, 690
  1445. 7170, 795
  1446. 7005, 915
  1447. 6840, 1035
  1448. 6630, 1230
  1449. 6510, 1320
  1450. 6450, 1350
  1451. 6360, 1440
  1452. down 
  1453. Hsteps 
  1454. horizPos 
  1455. 6360 
  1456. 3735 
  1457. H-375
  1458. ", 1440
  1459. 3735 
  1460. 6735 
  1461. L, 1440
  1462. leaves 
  1463. exits 
  1464. 6885, 1320
  1465. 7095, 1200
  1466. 7320, 1110
  1467. 7470, 1050
  1468. 7680, 945
  1469. 7890, 825
  1470. 8085, 720
  1471. 8325, 585
  1472. "text1b"
  1473. promoter
  1474. )-975, 510
  1475. -855, 525
  1476. -660, 630
  1477. -450, 645
  1478. -180, 705
  1479. 60, 705
  1480. 345, 765
  1481. 705, 810
  1482. 1140, 930
  1483. 1470, 1020
  1484. 2220, 1455
  1485. "text2"
  1486. --Allolactose 
  1487. repressor
  1488. )4326, 510
  1489. 3966, -90
  1490. 3861, 60
  1491. 3771, 195
  1492. 3651, 315
  1493. 3531, 495
  1494. 3411, 705
  1495. 3276, 885
  1496. 3186, 1005
  1497. 3156, 1275
  1498. )4941, -90
  1499. 4941, -90
  1500. "al4" 
  1501. 4911, 45
  1502. 4836, 255
  1503. 4746, 435
  1504. 4626, 600
  1505. 4476, 780
  1506. 4311, 945
  1507. 4131, 1095
  1508. 3936, 1275
  1509. 3516, 1485
  1510.  + 2 allolactose 
  1511. Hrep2.
  1512. --Rep2 
  1513. square 
  1514.  consisting 
  1515. rep1b 
  1516. "al1"
  1517. )2985, 1050
  1518.     off DNA
  1519. --2 remaining 
  1520.     (al6,al7) 
  1521. 3045, 1050
  1522. 3135, 990
  1523. 3225, 960
  1524. )4611, -84
  1525. 4551, 126
  1526. 4431, 276
  1527. 4311, 441
  1528. 4086, 711
  1529. 3741, 1071
  1530. )5286, -69
  1531. 5031, 141
  1532. 4716, 441
  1533. 4371, 606
  1534. 4116, 801
  1535. 3396, 1296
  1536. grouped 
  1537. fal6 
  1538. form rep3
  1539. Group
  1540. --Rep3 
  1541. 3330, 840
  1542. 3420, 780
  1543. 3525, 705
  1544. 3645, 615
  1545. 3690, 570
  1546. 3795, 465
  1547. 3900, 300
  1548. 3960, 240
  1549. 3975, 180
  1550. "text3"
  1551. "text4"
  1552. --Open 
  1553. appears (
  1554. Hmajic)
  1555. trans 
  1556. )2655, 1615
  1557. "leftrans" 
  1558. 240, 75.125, 100
  1559. 240, 75.125, 100
  1560. "rightrans" 
  1561. 0, 75.3125, 0
  1562. 0, 75.6875, 0
  1563. "text5"
  1564. --Abortive initiation strands (ab1-ab3) shown
  1565. )2630, 2060
  1566. 2415, 2195
  1567. 2220, 2330
  1568. 2025, 2450
  1569. 1965, 2525
  1570. !"ab2" 
  1571. )2630, 2060
  1572. 2615, 2210
  1573. 2540, 2375
  1574. 2375, 2570
  1575. )2630, 2060
  1576. !"ab3"
  1577. 2490, 2250
  1578. 2415, 2370
  1579. ungrouped - gives sigma unit (
  1580. core enzyme
  1581. rna-s)
  1582. --Sigma 
  1583. Ungroup
  1584. 2190, 1665
  1585. 2190, 1530
  1586. 2100, 1395
  1587. 1965, 1275
  1588. 1770, 1125
  1589. 1590, 1005
  1590. 1410, 915
  1591. 1125, 780
  1592. 900, 720
  1593. 600, 630
  1594. 360, 540
  1595. 150, 465
  1596. -15, 375
  1597. -150, 285
  1598. -285, 195
  1599. 630, 480
  1600. !"pa"
  1601. "text6"
  1602. --Elongation begins (see scripts 
  1603. events (a) 
  1604. !"pa"
  1605. 2940, 1455
  1606. 0, 75.3125, 0
  1607. 0, 75.3125, 0
  1608. 120, 75.125, 100
  1609. 120, 75.125, 100
  1610. 3015, 1615
  1611. !"ab1"
  1612. 3330, 1455
  1613. 120, 75.125, 100
  1614. 120, 75.125, 100
  1615. 60, 87.625, 100
  1616. 60, 87.625, 100
  1617. 3390, 1615
  1618. "pc" 
  1619. 3720, 1455
  1620. 60, 87.625, 100
  1621. 60, 87.625, 100
  1622. 0, 87.625, 100
  1623. 0, 87.625, 100
  1624. 3765, 1615
  1625. "pd" 
  1626. 4095, 1455
  1627. 0, 87.625, 100
  1628. 0, 87.625, 100
  1629. 0, 87.625, 100
  1630. 0, 87.625, 100
  1631. 4140, 1615
  1632. "pe" 
  1633. 4455, 1455
  1634. 0, 87.625, 100
  1635. 0, 87.625, 100
  1636. 0, 87.625, 100
  1637. 0, 87.625, 100
  1638. 4515, 1615
  1639. "pf" 
  1640. 4830, 1455
  1641. 0, 87.625, 100
  1642. 0, 87.625, 100
  1643. 60, 87.625, 100
  1644. 60, 87.625,100
  1645. 4905, 1615
  1646. "pg" 
  1647. 5205, 1455
  1648. 60, 87.625, 100
  1649. 60, 87.625, 100
  1650. 180, 87.625, 100 
  1651. 180, 87.625, 100
  1652. 5310, 1615
  1653. "ph" 
  1654. 5595, 1455
  1655. 180, 87.625, 100 
  1656. 180, 87.625, 100
  1657. 180, 87.625, 100 
  1658. 180, 87.625, 100
  1659. 5670, 1615
  1660. 5970, 1455
  1661. 180, 87.625, 100 
  1662. 180, 87.625, 100
  1663. 60, 87.625, 100 
  1664. 60, 87.625, 100
  1665. 6045, 1615
  1666. "pj" 
  1667. 6345, 1455
  1668. 60, 87.625, 100 
  1669. 60, 87.625, 100
  1670. 0, 75.125, 100 
  1671. 0, 75.125, 100
  1672. 6435, 1615
  1673. "pk" 
  1674. 6735, 1455
  1675. 0, 75.125, 100 
  1676. 0, 75.125, 100
  1677. 0, 75.125, 100 
  1678. 0, 75.125, 100
  1679. 6825, 1615
  1680. "pl" 
  1681. 7095, 1455
  1682. 0, 75.125, 100 
  1683. 0, 75.125, 100
  1684. 60, 87.625, 100 
  1685. 60, 87.625, 100
  1686. 7170, 1615
  1687. "pm" 
  1688. "text7"
  1689. 7455, 1455
  1690. 60, 87.625, 100
  1691. 60, 87.625, 100
  1692. 60, 87.625, 100 
  1693. 60, 87.625, 100
  1694. 7545, 1615
  1695. "pn" 
  1696. "po" 
  1697. --Core 
  1698.  moved 
  1699. together
  1700. 990, 120
  1701. "text8"
  1702. "text9"
  1703. , al5-al8
  1704. "al7"
  1705. 4026, 516
  1706. 3891, 441
  1707. 3846, 336
  1708. 3786, 231
  1709. 3786, 111
  1710. 3786, 36
  1711. 3786, -54
  1712. "al6"
  1713. 4596, 261
  1714. 4716, 201
  1715. 4776, 111
  1716. 4791, 51
  1717. 4791, -9
  1718. 4791, -69
  1719. away 
  1720. Hrep (ordinary 
  1721. --Rep 
  1722. "al5" 
  1723. 4086, 291
  1724. "al8"
  1725. "rep4"
  1726. )3945, 186
  1727. where 
  1728. 4011, 276
  1729. 3891, 216
  1730. 3786, 156
  1731. 3681, 96
  1732. 3606, 51
  1733. 3591, -54
  1734. 3591, -84
  1735. 3795, 231
  1736. 3705, 336
  1737. 3600, 456
  1738. 3435, 576
  1739. 3315, 666
  1740. 3225, 801
  1741. 3150, 936
  1742. 3075, 1056
  1743. 3030, 1116
  1744. 3000, 1161
  1745. 3681, 1395
  1746. 3831, 1275
  1747. 3936, 1065
  1748. 3981, 885
  1749. 3996, 660
  1750. 3996, 420
  1751. 4011, 210
  1752. 4011, 75
  1753. 4011, -75
  1754. --Rep1b 
  1755. reform 
  1756. )3390, 315
  1757. 3561, 426
  1758. 3891, 651
  1759. fields 
  1760. default 
  1761. buttonUp
  1762. AbuttonUp
  1763. textgo
  1764. cap-camp
  1765. text1
  1766. camp1
  1767. camp1
  1768. camp2
  1769. camp2
  1770. camp1
  1771. camp2
  1772. cap-camp
  1773. cap-camp
  1774. text1a
  1775. RNApol
  1776. RNApol
  1777. RNApol
  1778. RNApol
  1779. RNApol
  1780. RNApol
  1781. text1b
  1782. RNApol
  1783. RNApol
  1784. text2
  1785. Group
  1786. text3
  1787. text4
  1788. leftrans
  1789. leftrans
  1790. rightrans
  1791. rightrans
  1792. text5
  1793. RNApol
  1794. WUngroup
  1795. text6
  1796. rna-s
  1797. leftrans
  1798. leftrans
  1799. rightrans
  1800. rightrans
  1801. trans
  1802. rna-s
  1803. leftrans
  1804. leftrans
  1805. rightrans
  1806. rightrans
  1807. trans
  1808. rna-s
  1809. leftrans
  1810. leftrans
  1811. rightrans
  1812. rightrans
  1813. trans
  1814. rna-s
  1815. leftrans
  1816. leftrans
  1817. rightrans
  1818. rightrans
  1819. trans
  1820. rna-s
  1821. leftrans
  1822. leftrans
  1823. rightrans
  1824. rightrans
  1825. trans
  1826. rna-s
  1827. leftrans
  1828. leftrans
  1829. rightrans
  1830. rightrans
  1831. trans
  1832. rna-s
  1833. leftrans
  1834. leftrans
  1835. rightrans
  1836. rightrans
  1837. trans
  1838. rna-s
  1839. leftrans
  1840. leftrans
  1841. rightrans
  1842. rightrans
  1843. trans
  1844. rna-s
  1845. leftrans
  1846. leftrans
  1847. rightrans
  1848. rightrans
  1849. trans
  1850. rna-s
  1851. leftrans
  1852. leftrans
  1853. rightrans
  1854. rightrans
  1855. trans
  1856. rna-s
  1857. leftrans
  1858. leftrans
  1859. rightrans
  1860. rightrans
  1861. trans
  1862. rna-s
  1863. leftrans
  1864. leftrans
  1865. rightrans
  1866. rightrans
  1867. trans
  1868. text7
  1869. rna-s
  1870. leftrans
  1871. leftrans
  1872. rightrans
  1873. rightrans
  1874. trans
  1875. trans
  1876. rna-s
  1877. Group
  1878. RNApol
  1879. RNApol
  1880. sendToBack
  1881. RNApol
  1882. text8
  1883. text9
  1884. WUngroup
  1885. WUngroup
  1886. rep1b
  1887. Group
  1888. WUngroup
  1889. rep1b
  1890. rep1b
  1891. Group
  1892. text1
  1893. text1a
  1894. text1b
  1895. text2
  1896. text3
  1897. text4
  1898. text5
  1899. text6
  1900. text7
  1901. text8
  1902. text9
  1903. textgo
  1904. default
  1905. trans
  1906. horizPos:by
  1907. horizPos:to
  1908. horizPos
  1909. "textgo"
  1910. leavePage
  1911. leavePage
  1912. textgo
  1913. RNApol
  1914. rna-s
  1915. text0.5
  1916. "text0.5"
  1917. buttonUp
  1918. buttonUp
  1919. text0.5
  1920. No lactose is present so the lac repressor binds to the operator...he probability that the RNA polymerase will bind to the promoter. The repressor also increases this probability.he RNA polymerase for the promoter
  1921. text1
  1922. "text1"
  1923. buttonUp
  1924. buttonUp
  1925. text1
  1926. Cyclic AMP binds to the CAP to form the CAP-cAMP complex. This then binds to the CAP siteeeeore readily.
  1927. text1.5
  1928. "text1.5"
  1929. buttonUp
  1930. buttonUp
  1931. text1.5
  1932. The RNA polymerase binds to the DNA and moves along the DNA strand until it reaches the promoter..reg##
  1933. text2
  1934. "text2"
  1935. buttonUp
  1936. buttonUp
  1937. text2
  1938. The CAP-cAMP complex interacts with the RNA polymerase increasing the probability that the RNA polymerase will bind to the promoter. The repressor also increases this probability...he RNA polymerase for the promoter
  1939. text3
  1940. "text3"
  1941. buttonUp
  1942. buttonUp
  1943. text3
  1944. The repressor stops the RNA polymerase from carrying out transcription so no mRNA is synthesised. This condition is observed until lactose is present in the cell. ell.   
  1945. textgo
  1946. "textgo"
  1947. buttonUp
  1948. buttonUp
  1949. textgo
  1950. REPEAT OR MOVE ON TO THE NEXT PAGE
  1951. Press the "Animate" button
  1952. c) Events when Lactose & Glucose are absentttt.   concentration low
  1953. Cyclic AMP
  1954. RNA polymerase
  1955. Repressor
  1956. 13 of  30
  1957. Animation 4
  1958. Animate
  1959. camp1
  1960. "camp1"
  1961. buttonUp
  1962. buttonUp
  1963. camp1
  1964. "cap"
  1965. buttonUp
  1966. buttonUp
  1967. camp2
  1968. buttonUp
  1969. buttonUp
  1970. cap-camp
  1971. backPage
  1972. Previous
  1973. default
  1974. buttonUp
  1975. buttonUp
  1976. Previous
  1977. default
  1978. NextPage
  1979. default
  1980. buttonUp
  1981. buttonUp
  1982. default
  1983. ExitProgram
  1984. "Really quit?"\
  1985. f"Yes" 
  1986. SysSuspendMessages 
  1987. buttonUp
  1988. buttonUp
  1989. Really quit?
  1990. FirstPage
  1991. buttonUp
  1992. buttonUp
  1993. 1st Page
  1994. Basic
  1995.     0    4    
  1996. B"NextPage"
  1997. 4questscore20
  1998. 4questscore19
  1999. 4questscore18
  2000. 4questscore17
  2001. 4questscore16
  2002. 4questscore15
  2003. 4questscore14
  2004. 4questscore13
  2005. 4questscore12
  2006. 4questscore11
  2007. 4questscore10
  2008. 4questscore9
  2009. 4questscore8
  2010. 4questscore7
  2011. 4questscore6
  2012. 4questscore5
  2013. 4questscore4
  2014. 4questscore3
  2015. 4count
  2016. -- If the 
  2017. a question 
  2018. < 5, i.e 
  2019. got something wrong, 
  2020. -- answer 
  2021. that 
  2022. shown.
  2023. "answer1"     
  2024. "answer2"     
  2025. "answer3"     
  2026. "answer4"     
  2027. "answer5"     
  2028. "answer6"     
  2029. "answer7"     
  2030. "answer8"     
  2031. "answer9"     
  2032. "answer10"     
  2033. "answer11"     
  2034. "answer12"     
  2035. "answer13"     
  2036. "answer14"     
  2037. "answer15"     
  2038. "answer16"     
  2039. "answer17"     
  2040. "answer18"     
  2041. "answer19"     
  2042. "answer20"     
  2043. "answer14a"
  2044. enterPage
  2045. leavePage
  2046. enterPage
  2047. NextPage
  2048. answer1
  2049. answer1
  2050. answer2
  2051. answer2
  2052. answer3
  2053. answer3
  2054. answer4
  2055. answer4
  2056. answer5
  2057. answer5
  2058. answer6
  2059. answer6
  2060. answer7
  2061. answer7
  2062. answer8
  2063. answer8
  2064. answer9
  2065. answer9
  2066. answer10
  2067. answer10
  2068. answer11
  2069. answer11
  2070. answer12
  2071. answer12
  2072. answer13
  2073. answer13
  2074. answer14
  2075. answer14
  2076. answer15
  2077. answer15
  2078. answer16
  2079. answer16
  2080. answer17
  2081. answer17
  2082. answer18
  2083. answer18
  2084. answer19
  2085. answer19
  2086. answer20
  2087. answer20
  2088. NextPage
  2089. count
  2090. questscore1
  2091. questscore2
  2092. questscore3
  2093. questscore4
  2094. questscore5
  2095. questscore6
  2096. questscore7
  2097. questscore8
  2098. questscore9
  2099. questscore10
  2100. questscore11
  2101. questscore12
  2102. questscore13
  2103. questscore14
  2104. questscore15
  2105. questscore16
  2106. questscore17
  2107. questscore18
  2108. questscore19
  2109. questscore20
  2110. leavePage
  2111. answer1
  2112. answer2
  2113. answer3
  2114. answer4
  2115. answer5
  2116. answer6
  2117. answer7
  2118. answer8
  2119. answer9
  2120. answer10
  2121. answer11
  2122. answer12
  2123. answer13
  2124. answer14
  2125. answer14a
  2126. answer15
  2127. answer16
  2128. answer17
  2129. answer18
  2130. answer19
  2131. answer20
  2132. count
  2133. questscore1
  2134. questscore2
  2135. questscore3
  2136. questscore4
  2137. questscore5
  2138. questscore6
  2139. questscore7
  2140. questscore8
  2141. questscore9
  2142. questscore10
  2143. questscore11
  2144. questscore12
  2145. questscore13
  2146. questscore14
  2147. questscore15
  2148. questscore16
  2149. questscore17
  2150. questscore18
  2151. questscore19
  2152. questscore20
  2153. "textgo"
  2154. "text1"
  2155. --Repressor protein (
  2156. rep) moves 
  2157. screen 
  2158. )4668, -384 
  2159. 4608, -324
  2160. 4533, -279
  2161. 4428, -189
  2162. 4278, -54
  2163. 4143, 96
  2164. 4008, 201
  2165. 3783, 351
  2166. 3573, 471
  2167. 3363, 606
  2168. 3183, 696
  2169. 3003, 816
  2170. 2718, 996
  2171. 2298, 1191
  2172. "text2"
  2173. --RNA polymerase 
  2174. squashes up against 
  2175. repressor 3 times
  2176. "RNApol" 
  2177. )-1095, 510
  2178. -1080, 420
  2179. -1005, 435
  2180. -945, 435
  2181. -900, 480
  2182. -825, 510
  2183. -765, 525
  2184. -675, 630
  2185. -585, 705
  2186. -465, 780
  2187. -315, 855
  2188. -150, 1020
  2189. 0, 1230
  2190. 240, 1485
  2191. 615, 1485
  2192. 1065, 1485
  2193. 1125, 1470, 2298, 2185
  2194. 1185, 1470, 2298, 2185
  2195. 1260, 1470, 2298, 2185
  2196. 1335, 1470, 2298, 2185
  2197. 1395, 1470, 2298, 2185
  2198. 1425, 1470, 2298, 2185
  2199. 1395, 1470, 2298, 2185
  2200. 1365, 1470, 2298, 2185
  2201. 1305, 1470, 2298, 2185
  2202. 1215, 1470, 2298, 2185
  2203. 1155, 1470, 2298, 2185
  2204. 1125, 1470, 2298, 2185
  2205. 1185, 1470, 2298, 2185
  2206. 1260, 1470, 2298, 2185
  2207. 1335, 1470, 2298, 2185
  2208. 1395, 1470, 2298, 2185
  2209. 1425, 1470, 2298, 2185
  2210. 1395, 1470, 2298, 2185
  2211. 1365, 1470, 2298, 2185
  2212. 1305, 1485, 2298, 2185
  2213. 1215, 1500, 2298, 2185
  2214. 1155, 1515, 2298, 2185
  2215. 1125, 1470, 2298, 2185
  2216. 1185, 1470, 2298, 2185
  2217. 1260, 1470, 2298, 2185
  2218. 1335, 1470, 2298, 2185
  2219. 1395, 1470, 2298, 2185
  2220. 1425, 1470, 2298, 2185
  2221. 1395, 1470, 2298, 2185
  2222. 1335, 1470, 2298, 2185
  2223. 1260, 1500, 2298, 2185
  2224. 1185, 1515, 2298, 2185
  2225. 1125, 1515, 2298, 2185
  2226. "rep"
  2227. default 
  2228. buttonUp
  2229. buttonUp
  2230. textgo
  2231. text1
  2232. text2
  2233. RNApol
  2234. RNApol
  2235. text1
  2236. text2
  2237. RNApol
  2238. textgo
  2239. default
  2240. Basic
  2241. The lac operon has an inefficient promoter, meaning that the RNA polymerase  has a low probability of binding to the promoter. This means that the normal rate of transcription of the  lac operon is low. 
  2242. The 'Catabolite Activator Protein' (CAP), when bound to cyclic AMP, causes an increase in the rate of transcription by two possible methods:
  2243. 1. CAP  may induce a bend in the DNA of approximately 90
  2244.  which is usually induced by the RNA polymerase. DNA bending may encourage RNA polymerase - promoter association, or produce elastic energy which may be used later on in transcription.   
  2245.  2. CAP may increase the rate of formation of the closed complex by directly interacting with the RNA polymerase, decreasing the probability of dissociation of the RNA polymerase from the promoter. However this seems less likely from evidence gained from the study of other operons where the promoter and CAP site are further apart.     nsidered.    
  2246. "The CAP 
  2247. a dimer 
  2248. two 22,500 dalton polypeptide chains. 
  2249. 5can only bind 
  2250. Fsite 
  2251. complexed 
  2252. fcyclic AMP, due 
  2253. a change 
  2254. shape 
  2255. ;protein. Binding 
  2256. -cAMP 
  2257. [results 
  2258. a increased rate 
  2259. transcription."
  2260. buttonUp
  2261. buttonUp
  2262. The CAP is a dimer of two 22,500 dalton polypeptide chains. The CAP can only bind to the CAP site when it is complexed with cyclic AMP, due to a change in shape of the protein. Binding of the CAP-cAMP complex to the CAP site results in a increased rate of transcription.
  2263. 12 of  30
  2264. backPage
  2265. Previous
  2266. default
  2267. buttonUp
  2268. buttonUp
  2269. Previous
  2270. default
  2271. NextPage
  2272. default
  2273. buttonUp
  2274. buttonUp
  2275. default
  2276. ExitProgram
  2277. "Really quit?"\
  2278. f"Yes" 
  2279. SysSuspendMessages 
  2280. buttonUp
  2281. buttonUp
  2282. Really quit?
  2283. FirstPage
  2284. buttonUp
  2285. buttonUp
  2286. 1st Page
  2287. NextPage
  2288. default
  2289. buttonUp
  2290. buttonUp
  2291. default
  2292. BIBLIOGRAPHY
  2293. D. Voet &  J.G Voet- BIOCHEMISTRY-  published  1990   Pages 868-870
  2294. L. Styrer - BIOCHEMISTRY - 3rd Edition, published 1988, Pages 799 - 805
  2295. B. Lewin - GENES IV - published 1990, Pages 240 - 261 
  2296. W.A. Rees et al. - Evidence of DNA Bending in Transcription Complexes                                                           Imaged by Scanning Force Microscopy -SCIENCE, Vol 260, 11th June 1993333333333333333 11th June 1993
  2297. 29 of  30
  2298. ExitProgram
  2299. "Really quit?"\
  2300. f"Yes" 
  2301. SysSuspendMessages 
  2302. buttonUp
  2303. buttonUp
  2304. Really quit?
  2305. FirstPage
  2306. buttonUp
  2307. buttonUp
  2308. 1st Page
  2309. Summary of events under different conditions
  2310. a) Lactose absent, glucose absent:
  2311. Repressor binds to operator. 
  2312. Glucose low, cAMP high 
  2313.  CAP-cAMP complex binds to CAP site.
  2314. RNA polymerase binds readily but no transcription due to presence of repressor
  2315. b) Lactose absent, glucose present:
  2316. Repressor binds to operator.
  2317. Glucose high, cAMP low 
  2318.  CAP cannot bind to CAP site
  2319. RNA polymerase binds but no transcription due to presence of repressor.
  2320.                                 Continued overleaf.
  2321. 15 of  30
  2322. backPage
  2323. Previous
  2324. default
  2325. buttonUp
  2326. buttonUp
  2327. Previous
  2328. default
  2329. NextPage
  2330. default
  2331. buttonUp
  2332. buttonUp
  2333. default
  2334. ExitProgram
  2335. "Really quit?"\
  2336. f"Yes" 
  2337. SysSuspendMessages 
  2338. buttonUp
  2339. buttonUp
  2340. Really quit?
  2341. FirstPage
  2342. buttonUp
  2343. buttonUp
  2344. 1st Page
  2345. ZhorizPos
  2346. "textgo"
  2347. "text0.5"
  2348. --Repressor protein (rep) moves 
  2349. )4953, -429
  2350. nthe 
  2351. 4923, -279
  2352. 4863, -69
  2353. 4803, 21
  2354. 4698, 141
  2355. 4548, 261
  2356. 4383, 351
  2357. 4203, 471
  2358. 4023, 576
  2359. 3858, 711
  2360. 3678, 831
  2361. 3438, 951
  2362. 3258, 1056
  2363. 3003, 1131
  2364. "text1"
  2365. --CAP 
  2366. screen
  2367. "cap" 
  2368. )-585, 2715
  2369. -540, 2685
  2370. -465, 2640
  2371. -375, 2565
  2372. -255, 2505
  2373. -150, 2445
  2374. -45, 2370
  2375. 90, 2265
  2376. 150, 2220
  2377. 225, 2160
  2378. 255, 2145
  2379. --2 molecules 
  2380. cAMP (camp1, camp2) 
  2381. binding sites 
  2382. , are hidden 
  2383. be replaced 
  2384. Ycomplex 
  2385. g) which 
  2386. )-75, 3159
  2387. 15, 3084
  2388. 135, 2949
  2389. 195, 2904
  2390. 225, 2874
  2391. 285, 2829
  2392. 345, 2769
  2393. 390, 2709
  2394. 420, 2664
  2395. 420, 2589
  2396. )-75, 3459
  2397. -15, 3429
  2398. 45, 3369
  2399. 105, 3309
  2400. 180, 3249
  2401. 240, 3144
  2402. 285, 3099
  2403. 345, 3009
  2404. 405, 2979
  2405. 450, 2919
  2406. 510, 2889
  2407. 555, 2844
  2408. 600, 2814
  2409. 630, 2754
  2410. 645, 2709
  2411. 645, 2679
  2412. 660, 2649
  2413. 660, 2589
  2414. )249, 2157
  2415. 354, 2127
  2416. 519, 2112
  2417. 654, 2097
  2418. 789, 2067
  2419. 909, 2052
  2420. 999, 2037
  2421. 1089, 2007
  2422. 1179, 1977
  2423. 1254, 1962
  2424. 1344, 1947
  2425. 1389, 1902
  2426. 1434, 1902
  2427. 1464, 1857
  2428. 1509, 1797
  2429. --RNA polymerase 
  2430. forth along 
  2431. steps 
  2432. 375, keeping
  2433. --verticle 
  2434. constant.
  2435. "RNApol" 
  2436. )8430, 165
  2437. 8295, 255
  2438. 8130, 345
  2439. 7890, 495
  2440. 7785, 540
  2441. 7665, 585
  2442. 7500, 645
  2443. 7380, 690
  2444. 7170, 795
  2445. 7005, 915
  2446. 6840, 1035
  2447. 6630, 1230
  2448. 6510, 1320
  2449. 6450, 1350
  2450. 6360, 1440
  2451. 6360 
  2452. 3735 
  2453. H-375
  2454. , 1440
  2455. 3735 
  2456. 6735 
  2457. , 1440
  2458. enters 
  2459. DNA, jumps over CAP!
  2460. suggestions 
  2461. problem would be appreciated)
  2462. promoter 
  2463. 6735, 1365
  2464. 6855, 1320
  2465. 7035, 1305
  2466. 7095, 1245
  2467. 7245, 1155
  2468. 7365, 1125
  2469. 7470, 1095
  2470. 7545, 975
  2471. 7740, 855
  2472. 7845, 840
  2473. 7995, 810
  2474. 8055, 795
  2475. 8160, 780
  2476. 8370, 765
  2477. "text2"
  2478. )-1095, 1410
  2479. -975, 1410
  2480. -765, 1410
  2481. -555, 1410
  2482. -375, 1410
  2483. -240, 1410
  2484. -120, 1410
  2485. -15, 1410
  2486. 105, 1410
  2487. 240, 1410
  2488. 315, 1305
  2489. 465, 1155
  2490. 570, 1095
  2491. 615, 1005
  2492. 660, 885
  2493. 885, 780
  2494. 990, 720
  2495. 1110, 720
  2496. 1260, 765
  2497. 1365, 780
  2498. 1545, 870
  2499. 1695, 900
  2500. 1860, 975
  2501. 2175, 1095
  2502. 2265, 1305
  2503. 2265, 1455
  2504. "text3"
  2505. --CAP-
  2506. fields 
  2507. "rep"
  2508. default
  2509. buttonUp
  2510. buttonUp
  2511. textgo
  2512. text0.5
  2513. text1
  2514. camp1
  2515. camp1
  2516. camp2
  2517. camp2
  2518. camp1
  2519. camp2
  2520. cap-camp
  2521. cap-camp
  2522. text1.5
  2523. RNApol
  2524. RNApol
  2525. RNApol
  2526. RNApol
  2527. RNApol
  2528. RNApol
  2529. text2
  2530. RNApol
  2531. RNApol
  2532. text3
  2533. cap-camp
  2534. RNApol
  2535. text0.5
  2536. text1
  2537. text1.5
  2538. text2
  2539. text3
  2540. textgo
  2541. default
  2542. horizPos:by
  2543. horizPos:to
  2544. horizPos
  2545. "quest3" 
  2546. "quest4" 
  2547. leavePage
  2548. leavePage
  2549. quest3
  2550. quest4
  2551. 3.  The repressor binds to:sor:
  2552. Promoter
  2553. Operator
  2554. Lactose
  2555. Allolactose
  2556. CAP siteee
  2557. 4. Lactose binds to :::::::::::::::::::
  2558. quest3
  2559. Repressor
  2560. Operator
  2561. Catabolite Activator Protein
  2562. Permease
  2563. B-galactosidase
  2564. quest4
  2565. NextPage
  2566. 4questscore3
  2567. 4questscore4
  2568. B"k" 
  2569. B"l" 
  2570. B"m" 
  2571. B"n" 
  2572. B"o" 
  2573. B"p" 
  2574. B"q" 
  2575. B"r" 
  2576. B"s" 
  2577. B"t" 
  2578. default
  2579. buttonUp
  2580. buttonUp
  2581. default
  2582. questscore4
  2583. questscore3
  2584. 19 of  30
  2585. "quest5" 
  2586. "quest6" 
  2587. leavePage
  2588. leavePage
  2589. quest5
  2590. quest6
  2591. 5. Allolactose binds to ::::or:
  2592. Promoter
  2593. Operator
  2594. Repressor
  2595. CAP site
  2596. Lactose permease
  2597. 6. The Catabolite Activator Protein binds to ::
  2598. Allolactose
  2599. CAP site
  2600. Cyclic AMP
  2601. Promoter
  2602. Operator
  2603. quest5
  2604. quest6
  2605. NextPage
  2606. 4questscore5
  2607. 4questscore6
  2608. B"u" 
  2609. B"v" 
  2610. B"w" 
  2611. B"x" 
  2612. B"y" 
  2613. B"z" 
  2614. B"a1" 
  2615. B"b1" 
  2616. B"c1" 
  2617. B"d1" 
  2618. default
  2619. buttonUp
  2620. buttonUp
  2621. default
  2622. questscore6
  2623. questscore5
  2624. 20 of  30
  2625. "quest7" 
  2626. "quest8" 
  2627. leavePage
  2628. leavePage
  2629. quest7
  2630. quest8
  2631. 7. High glucose concentration leads to :
  2632. Low rate of transcription
  2633. High concentration of cyclic AMP
  2634. Repressor dissociates from operator
  2635. RNA polymerase cannot bind to promoter
  2636. Reduced entry of lactose into cell
  2637. 8. If cellular glucose concentration falls :
  2638. Lactose concentration rises
  2639. Cyclic AMP concentration falls
  2640. Allolactose concentration changes
  2641. Cyclic AMP concentration rises
  2642. Lactose concentration falls 
  2643. quest7
  2644. quest8
  2645. NextPage
  2646. 4questscore7
  2647. 4questscore8
  2648. B"e1" 
  2649. B"f1" 
  2650. B"g1" 
  2651. B"h1" 
  2652. B"i1" 
  2653. B"j1" 
  2654. B"k1" 
  2655. B"l1" 
  2656. B"m1" 
  2657. B"n1" 
  2658. default
  2659. buttonUp
  2660. buttonUp
  2661. default
  2662. questscore8
  2663. questscore7
  2664. 21 of  30
  2665. "quest9" 
  2666. "quest10" 
  2667. leavePage
  2668. leavePage
  2669. quest9
  2670. quest10
  2671. 9. The repressor :::::::::::::::7
  2672. Increases affinity of RNA polymerase for promoter
  2673. Decreases affinity of RNA polymerase for promoter
  2674. Blocks transcription
  2675. Increases rate of transcription
  2676. Binds when glucose is present as a substrate
  2677. 10. The binding of the CAP-cAMP complex to the CAP site ::
  2678. Decreases the probability of RNA polymerase binding to the promoter
  2679. Stops the repressor from binding to the operator
  2680. Decreases the rate of transcription by causing a bend in the DNA
  2681. Increases the rate of transcription by interacting with RNA polymerase
  2682. Occurs when the glucose level is low
  2683. s are low
  2684. d as substrate
  2685. quest9
  2686. quest10
  2687. NextPage
  2688. 4questscore9
  2689. 4questscore10
  2690. B"o1" 
  2691. B"p1" 
  2692. B"q1" 
  2693. B"r1" 
  2694. B"s1" 
  2695. B"t1" 
  2696. B"u1" 
  2697. B"v1" 
  2698. B"w1" 
  2699. B"x1" 
  2700. default
  2701. buttonUp
  2702. buttonUp
  2703. default
  2704. questscore10
  2705. questscore9
  2706. 22 of  30
  2707. +x.40
  2708. Answers to Lac Operon Questions
  2709. The answers to the problems that you got wrong can be seen below. Once you have read the correct answer click the mouse in the white box to move onto the next answer.
  2710. NextPage
  2711. default
  2712. buttonUp
  2713. buttonUp
  2714. default
  2715. answer20
  2716. "answer20"
  2717. buttonUp
  2718. buttonUp
  2719. answer20
  2720.  Question 20:
  2721. The DNA sequences that exhibit  two-fold axes of symmetry are the operator and the CAP site. These symmetrical sites are involved in the binding of the repressor and CAP-cAMP complex to the repressor site and CAP site respectively.to the DNA.
  2722. answer19
  2723. "answer19"
  2724. buttonUp
  2725. buttonUp
  2726. answer19
  2727.  Question 19:
  2728. The maximum number of molecules of cyclic AMP the Catabolite Activator Protein can bind is 2 - one in each subunit of the CAP. inding of the appropriate molecule to the DNA strand.
  2729. answer18
  2730. "answer18"
  2731. buttonUp
  2732. buttonUp
  2733. answer18
  2734.  Question 18:
  2735.  The maximum number of allolactose molecules that the repressor can bind is four. However, only two must bind before the repressor can dissociate from the operator. the DNA strand.
  2736. answer17
  2737. "answer17"
  2738. buttonUp
  2739. buttonUp
  2740. answer17
  2741.  Question 17:
  2742.  The catabolite activator protein is a dimer consisting of two 210 residue subunits. Each subunit is able to bind one molecule of cyclic AMP.iate from the operator. the DNA strand.
  2743. answer16
  2744. "answer16"
  2745. buttonUp
  2746. buttonUp
  2747. answer16
  2748.  Question 16:
  2749.  The function of b-galactosidase is hydrolyse the glycosidic bond of the lactose to produce glucose and galactose. Both these molecules can be used for energy and as a carbon source.
  2750. answer15
  2751. "answer15"
  2752. buttonUp
  2753. buttonUp
  2754. answer15
  2755.  Question 15:
  2756.  The repressor molecule is a tetramer although the repressor binds to the operator using only two of the possible four binding sites.es can be used for energy and as a carbon source.
  2757. answer14
  2758. "answer14"
  2759. buttonUp
  2760. buttonUp
  2761. answer14
  2762. answer14
  2763. "answer14"
  2764. "answer14a"
  2765. buttonUp
  2766. buttonUp
  2767. answer14
  2768. answer14a
  2769.  Question 14:
  2770.  The dissociation constant of the repressor-operator complex is 10  M, meaning that the binding is practically irreversible without the inducer.    for energy and as a carbon source.
  2771. answer14a
  2772. -13 M
  2773. answer13
  2774. "answer13"
  2775. buttonUp
  2776. buttonUp
  2777. answer13
  2778.  Question 13:
  2779.  Allolactose is the inducer because its presence brings about the process of transcription and the production of the proteins. None of the others can directly induce transcription.
  2780. answer12
  2781. "answer12"
  2782. buttonUp
  2783. buttonUp
  2784. answer12
  2785.  Question 12:
  2786.   Lactose has the configuration Galactose b(1
  2787. 4) Glucose ut the process of transcription and the production of the proteins. None of the others can directly induce transcription.
  2788. answer11
  2789. "answer11"
  2790. buttonUp
  2791. buttonUp
  2792. answer11
  2793.  Question 11:
  2794.  The CAP site binds only the catabolite activator protein-cyclic AMP complex. It will not bind the CAP on its own.he proteins. None of the others can directly induce transcription.
  2795. answer10
  2796. "answer10"
  2797. buttonUp
  2798. buttonUp
  2799. answer10
  2800.  Question 10:
  2801.  Low glucose concentration results in a high level of cyclic AMP. Under these conditions the CAP-cAMP complex is formed. The binding of this complex to the CAP site increases transcription by interacting with the RNA polymerase or by forming a bend in the DNA.nteracting with the RNA polymerase or by forming a bend in the DNA.by forming a bend in the DNA.
  2802. answer9
  2803. "answer9"
  2804. buttonUp
  2805. buttonUp
  2806. answer9
  2807.  Question 9:
  2808.  The repressor blocks transcription by stopping the RNA polymerase from moving off the promoter. The repressor also increases the affinity of RNA polymerase for the promoter by 100 fold. The result of this is that when lactose enters the cell the RNA polymerase is ready to start transcription immediately, leading to very quick production of the proteins.   
  2809. answer8
  2810. "answer8"
  2811. buttonUp
  2812. buttonUp
  2813. answer8
  2814.  Question 8:
  2815.  If the cellular glucose concentration falls the cyclic AMP concentration rises. Glucose concentration has no effect on the lactose concentration or the allolactose concentration.   on or the allolactose concentration.   enters the cell the RNA polymerase is ready to start transcription immediately, leading to very quick production of the proteins.   
  2816. answer7
  2817. "answer7"
  2818. buttonUp
  2819. buttonUp
  2820. answer7
  2821.  Question 7:
  2822.  A high glucose concentration leads to a low rate of transcription. In the absence of cyclic AMP the CAP cannot bind to the CAP site so the promoter remains relatively inefficient. Thus only small amounts of permease made leading to low lactose uptake into the cell. is made so only a small amount of lactose enters the cell.  uction of the proteins.   
  2823. answer6
  2824. "answer6"
  2825. buttonUp
  2826. buttonUp
  2827. answer6
  2828.  Question 6:
  2829.  The catabolite activator protein can only bind to cyclic AMP. It is the complex between the two that can bind to the CAP site.   ecient. It also leads to the reduced entry of lactose because only a small amount of permease is made so only a small amount of lactose enters the cell.  ion immediately, leading to very quick production of the proteins.   
  2830. answer5
  2831. "answer5"
  2832. buttonUp
  2833. buttonUp
  2834. answer5
  2835.  Question 5:
  2836.  Allolactose binds to the repressor. This causes a conformational change in the repressor so that the repressor can no longer bind to the operator.  ds to the reduced entry of lactose because only a small amount of permease is made so only a small amount of lactose enters the cell.  ion immediately, leading to very quick production of the proteins.   
  2837. answer4
  2838. "answer4"
  2839. buttonUp
  2840. buttonUp
  2841. answer4
  2842.  Question 4:
  2843.  Lactose binds to permease and b-galactosidase. The permease transports the lactose into the cell and the b-galactosidase hydrolyses the lactose into glucose and galactose.  f lactose because only a small amount of permease is made so only a small amount of lactose enters the cell.  ion immediately, leading to very quick production of the proteins.   
  2844. answer3
  2845. "answer3"
  2846. buttonUp
  2847. buttonUp
  2848. answer3
  2849.  Question 3:
  2850.  The repressor binds to the operator to stop transcription. It also binds allolactose which causes a conformational change and lifts repression.      .   and galactose.  ry of lactose because only a small amount of permease is made so only a small amount of lactose enters the cell.  ion immediately, leading to very quick production of the proteins.   
  2851. answer2
  2852. "answer2"
  2853. buttonUp
  2854. buttonUp
  2855. answer2
  2856.  Question 2:
  2857.  RNA polymerase binds to the promoter in order to initiate transcription. It also binds to the CAP-cAMP complex, increasing the efficiency with which the enzyme can bind to the promoter.       nly a small amount of permease is made so only a small amount of lactose enters the cell.  ion immediately, leading to very quick production of the proteins.   
  2858. answer1
  2859. "answer1"
  2860. buttonUp
  2861. buttonUp
  2862. answer1
  2863.  Question 1:
  2864. The three genes that the Lac Operon controls are b-galactosidase, lactose permease and lactose transacetylase - i.e those that control the entry and metabolism of lactose.
  2865. 28 of  30
  2866. ExitProgram
  2867. "Really quit?"\
  2868. f"Yes" 
  2869. SysSuspendMessages 
  2870. buttonUp
  2871. buttonUp
  2872. Really quit?
  2873. FirstPage
  2874. buttonUp
  2875. buttonUp
  2876. 1st Page
  2877. "image"
  2878. enterPage
  2879. enterPage
  2880. image
  2881. THE END
  2882. 30 of  30
  2883. image
  2884. ExitProgram
  2885. "Really quit?"\
  2886. f"Yes" 
  2887. SysSuspendMessages 
  2888. buttonUp
  2889. buttonUp
  2890. Really quit?
  2891. FirstPage
  2892. buttonUp
  2893. buttonUp
  2894. 1st Page
  2895. "textgo"
  2896. leavePage
  2897. leavePage
  2898. textgo
  2899. ">$H(
  2900. KbLJNzN
  2901. RNApol
  2902. rna-s
  2903. !"ab3"
  2904. buttonUp
  2905. buttonUp
  2906. !"ab2"
  2907. buttonUp
  2908. buttonUp
  2909. !"ab1"
  2910. buttonUp
  2911. buttonUp
  2912. Animate2
  2913. Animate
  2914. Press the "Animate" button
  2915. buttonUp
  2916. buttonUp
  2917. !"pa"
  2918. buttonUp
  2919. buttonUp
  2920. buttonUp
  2921. buttonUp
  2922. buttonUp
  2923. buttonUp
  2924. buttonUp
  2925. buttonUp
  2926. buttonUp
  2927. buttonUp
  2928. buttonUp
  2929. buttonUp
  2930. buttonUp
  2931. buttonUp
  2932. buttonUp
  2933. buttonUp
  2934. buttonUp
  2935. buttonUp
  2936. buttonUp
  2937. buttonUp
  2938. buttonUp
  2939. buttonUp
  2940. buttonUp
  2941. buttonUp
  2942. buttonUp
  2943. buttonUp
  2944. buttonUp
  2945. buttonUp
  2946. ^0d1u
  2947. text1
  2948. "text1"
  2949. buttonUp
  2950. buttonUp
  2951. text1
  2952. Repressor increases affinity of RNA polymerase for promoter so the enzyme binds to the DNA more readily.
  2953. text2
  2954. "text2"
  2955. buttonUp
  2956. buttonUp
  2957. text2
  2958. Allolactose binds to the repressor causing a conformational change which results in the repressor leaving the operator.
  2959. text3
  2960. "text3"
  2961. buttonUp
  2962. buttonUp
  2963. text3
  2964. RNA polymerase free to carry out transcription.nformational change which results in the repressor leaving the operator.
  2965. ^0r5u
  2966. text4
  2967. "text4"
  2968. buttonUp
  2969. buttonUp
  2970. text4
  2971. RNA polymerase binds, then melts a section of DNA into single strands to form  the open complex.
  2972. text5
  2973. "text5"
  2974. buttonUp
  2975. buttonUp
  2976. text5
  2977. Abortive initiation occurs until the sigma unit dissociates and the core enzyme can move along the DNA.
  2978. ^028u
  2979. text6
  2980. "text6"
  2981. buttonUp
  2982. buttonUp
  2983. text6
  2984. Elongation e binds to DNA, melts a section into single strands to form open complex.
  2985. ^0r9u
  2986. text7
  2987. "text7"
  2988. buttonUp
  2989. buttonUp
  2990. text7
  2991. Termination
  2992. binds to DNA, melts a section into single strands to form open complex.
  2993. text8
  2994. "text8"
  2995. buttonUp
  2996. buttonUp
  2997. text8
  2998. f;>;c;
  2999. Strand of mRNA formed
  3000. text9
  3001. "text9"
  3002. buttonUp
  3003. buttonUp
  3004. text9
  3005. When the lactose concentration decreases the allolactose dissociates from the repressor so the repressor can once more bind to the operator....
  3006. ~=V={=
  3007. Allolactose
  3008. L>$>I>
  3009. Repressor
  3010. RNA polymerase
  3011. `?8?]?
  3012. Allolactose binding site
  3013. "al1"
  3014. buttonUp
  3015. buttonUp
  3016. "al2"
  3017. buttonUp
  3018. buttonUp
  3019. "al3"
  3020. buttonUp
  3021. buttonUp
  3022. "al4"
  3023. buttonUp
  3024. buttonUp
  3025. textgo
  3026. "textgo"
  3027. buttonUp
  3028. buttonUp
  3029. textgo
  3030. REPEAT OR MOVE ON TO THE NEXT PAGE
  3031. LI$III
  3032. Events when lactose is present:
  3033. trans
  3034.     3    lJ
  3035. intrans
  3036. "trans"
  3037. buttonUp
  3038. buttonUp
  3039. trans
  3040. rightrans
  3041.     3    `K
  3042. leftrans
  3043. outrans
  3044. RL*LOL
  3045. 9 of  30
  3046. rep1b
  3047. backPage
  3048. Previous
  3049. default
  3050. buttonUp
  3051. buttonUp
  3052. Previous
  3053. default
  3054. NextPage
  3055. default
  3056. buttonUp
  3057. buttonUp
  3058. default
  3059. ExitProgram
  3060. "Really quit?"\
  3061. f"Yes" 
  3062. SysSuspendMessages 
  3063. buttonUp
  3064. buttonUp
  3065. Really quit?
  3066. FirstPage
  3067. buttonUp
  3068. buttonUp
  3069. 1st Page
  3070. !rL`L`L
  3071. enterPage
  3072. leavePage
  3073. enterPage
  3074. leavePage
  3075. +f,*-
  3076. 4n526
  3077. 8t96:
  3078. AHB^?
  3079. bacteriaah
  3080. :PHYSSIZE
  3081. Teaching and Learning Technology Programme
  3082. produced by the
  3083.  The Lac Operon      emmunoglobulins
  3084. bacteriaah2
  3085.  Andrew MacLennan & John M Basford
  3086. Biochemistry Department
  3087. University of Wales, Cardifffffffffffffffff
  3088. default
  3089. buttonUp
  3090. buttonUp
  3091. default
  3092. Start
  3093. image
  3094. You can distribute the unmodified material freely and modify it to your own requirements. However, we ask the following:
  3095. 1. By all means give yourself credit for your work in your books but please leave this page unaltered in this book.
  3096. 2. It is important that teaching material of this kind is disseminated as widely as possible, so please ensure that your material is also freely available.
  3097. 3. Please send a copy of any modified or expanded versions of this program to Dr J.M Basford, Department of Biochemistry, University of Wales, Cardiff, CF1 1ST , Tel 44 222-874119 Fax 44 222-874116. 
  3098. Internet Basford @Cardiff.ac.uk
  3099. default
  3100. buttonUp
  3101. buttonUp
  3102. default
  3103. Continue
  3104. Basic
  3105. UDUgmJ
  3106. System
  3107. Wingdings
  3108. mes New Roman
  3109. mes New Roman
  3110. Times New Roman
  3111. Times New Roman
  3112. The Lac Operon
  3113. Times New Roman
  3114. Times New Roman
  3115. Times New Roman
  3116. Times New Roman
  3117. Times New Roman
  3118. Times New Roman
  3119. Times New Roman
  3120. Times New Roman
  3121. Times New Roman
  3122. Arial
  3123. Times New Roman
  3124. Symbol
  3125. Times New Roman
  3126. Times New Roman
  3127. p    ial
  3128. Times New Roman
  3129. :PRINTLAYOUT
  3130. p    ial
  3131. Times New Roman
  3132. Times New Roman
  3133. mes New Roman
  3134. Times New Roman
  3135. Symbol
  3136. Times New Roman
  3137. Arial
  3138. Wingdings
  3139. Times New Roman
  3140. Times New Roman
  3141. c"Edit" 
  3142. c"Text" 
  3143. c"File" 
  3144. sysScreenLock 
  3145. LeaveBook 
  3146. EnterBook
  3147. LeaveBook
  3148. EnterBook
  3149. sysScreenLock
  3150. LeaveBook
  3151. Wingdings
  3152. Times New Roman
  3153. Times New Roman
  3154. Times New Roman
  3155. Arial
  3156. -- Puts the 
  3157. mode 
  3158. hides 
  3159. menus 
  3160. file 
  3161. EnterBook
  3162. Reader
  3163. sysRuntime 
  3164. c"Edit" 
  3165. c"Help" 
  3166. c"Text" 
  3167. c"File" 
  3168. sysScreenLock 
  3169. LeaveBook 
  3170. EnterBook
  3171. LeaveBook
  3172. EnterBook
  3173. sizetopage
  3174. sysScreenLock
  3175. LeaveBook
  3176. Basic
  3177. Questions
  3178. FirstPage
  3179. 1st Page
  3180. This section contains 20 questions based on the information in the previous pages which will take about 10 minutes to complete. Once in the quiz it is only possible to go forwards - it is not possible to exit or return to previous pages. 
  3181. N.B. For each question there are 5 checkboxes. The correct answer    
  3182.          may  involve the checking of any number of boxes from 0 to 5.
  3183. GOOD LUCK!
  3184. backPage
  3185. Previous
  3186. default
  3187. buttonUp
  3188. buttonUp
  3189. Previous
  3190. default
  3191. NextPage
  3192. default
  3193. buttonUp
  3194. buttonUp
  3195. default
  3196. ExitProgram
  3197. "Really quit?"\
  3198. f"Yes" 
  3199. SysSuspendMessages 
  3200. buttonUp
  3201. buttonUp
  3202. Really quit?
  3203. buttonUp
  3204. buttonUp
  3205. Basic
  3206.               INTRODUCTION
  3207. The lac operon is found in the bacterium E.coli. The proteins coded for by this gene cluster are required for the uptake and utilisation of lactose. The genes are only switched on when the proteins are required, i.e. only when lactose is present.  This follows the rule of survival in bacteria that proteins are made when they are needed.
  3208. Lactose is a disaccharide with the structure [ b-galactose (1
  3209. 4) b-glucose ]. Lactose may be utilised both as an energy source and as a carbon source. In order to be utilised it must be taken up by the cell, hydrolysed to glucose and galactose and then enter the glycolysis sequence.
  3210. operon
  3211. --Script that opens a simple dialog box
  3212. " An operon 
  3213. a gene cluster where several genes are under the control 
  3214. a single promoter."
  3215. buttonDown
  3216. buttonDown
  3217.  An operon is a gene cluster where several genes are under the control of a single promoter.
  3218. backPage
  3219. Previous
  3220. default
  3221. buttonUp
  3222. buttonUp
  3223. Previous
  3224. default
  3225. NextPage
  3226. default
  3227. buttonUp
  3228. buttonUp
  3229. default
  3230. 1 of  30
  3231. ExitProgram
  3232. "Really quit?"\
  3233. f"Yes" 
  3234. SysSuspendMessages 
  3235. buttonUp
  3236. buttonUp
  3237. Really quit?
  3238. FirstPage
  3239. buttonUp
  3240. buttonUp
  3241. 1st Page
  3242. Lactose
  3243. Lactose
  3244. b - Galactosidase
  3245. Glucose + Galactose
  3246. TCA cycle
  3247. Glycolysis
  3248. Permease
  3249. 2 of  30
  3250. backPage
  3251. Previous
  3252. default
  3253. buttonUp
  3254. buttonUp
  3255. Previous
  3256. default
  3257. NextPage
  3258. default
  3259. buttonUp
  3260. buttonUp
  3261. default
  3262. ExitProgram
  3263. "Really quit?"\
  3264. f"Yes" 
  3265. SysSuspendMessages 
  3266. buttonUp
  3267. buttonUp
  3268. Really quit?
  3269. FirstPage
  3270. buttonUp
  3271. buttonUp
  3272. 1st Page
  3273. !4#X#
  3274. Structure of the Lac Operon
  3275. Move the mouse into each of the coloured boxes.
  3276. Dialog
  3277. "Dialog"
  3278. mouseEnter
  3279. mouseEnter
  3280. Dialog
  3281. siteeeeee
  3282. --Promoter--
  3283. Operator
  3284. Lac Z
  3285. Lac Y
  3286. Lac A
  3287. -- Text 
  3288. removed 
  3289. cursor leaves the coloured areas
  3290. "dialog"
  3291. mouseleave
  3292. mouseleave
  3293. dialog
  3294. CAP site
  3295. Put "CAP site - binds Catabolite Activator Protein 
  3296. attached 
  3297. cyclic AMP, i.e. only 
  3298. the glucose concentration 
  3299. low. The 
  3300. qattachment enhances 
  3301. 7efficiency 
  3302. fwhich 
  3303. LRNA polymerase 
  3304. apromoter, 
  3305. hence 
  3306. urate 
  3307. transcription. Like 
  3308. operator 
  3309. has a two-fold axis 
  3310. symmetry 
  3311. binding 
  3312. CAP-cAMP complex." 
  3313. "Dialog"
  3314. mouseEnter
  3315. mouseEnter
  3316. CAP site - binds Catabolite Activator Protein when attached to cyclic AMP, i.e. only when the glucose concentration is low. The CAP attachment enhances the efficiency with which the RNA polymerase binds with the promoter, and hence the rate of transcription. Like the operator it has a two-fold axis of symmetry for the binding of the CAP-cAMP complex.
  3317. Dialog
  3318. Promotor
  3319. MouseEnter
  3320. "Promoter region - site 
  3321. which RNA polymerase binds 
  3322. order 
  3323. initiate transcription. It occupies approximately 70 bp, starting 
  3324. -50 upstream 
  3325. finishing 
  3326. +20 downstream 
  3327. "Dialog"
  3328. MouseEnter
  3329. MouseEnter
  3330. Promoter region - site to which RNA polymerase binds in order to initiate transcription. It occupies approximately 70 bp, starting at position -50 upstream of the transcription start site and finishing at position +20 downstream of the transcription start site.
  3331. Dialog
  3332. Operator
  3333. "Operator 
  3334. repressor binding site - 
  3335. stopping transcription 
  3336. being initiated. It 
  3337. approximately 26 bp 
  3338. \, starting 
  3339. -5 upstream 
  3340. ending 
  3341. +21 downstream 
  3342. . The operator has a two-fold axis 
  3343. symmetry which plays a part 
  3344. "Dialog"
  3345. mouseEnter
  3346. mouseEnter
  3347. Operator or repressor binding site - repressor binds to this site stopping transcription from being initiated. It is approximately 26 bp long, starting at position -5 upstream from the transcription start site and ending at position +21 downstream from transcription start site. The operator has a two-fold axis of symmetry which plays a part in the binding of the repressor.
  3348. Dialog
  3349. Lac Z
  3350. Put "LacZ: gene that codes 
  3351. Beta-galactosidase - breaks the glycosidic bond 
  3352. lactose 
  3353. yield glucose 
  3354. galactose. 
  3355. a tetramer 
  3356. four 125,000 dalton polypeptide chains." 
  3357. "Dialog"
  3358. mouseEnter
  3359. mouseEnter
  3360. LacZ: gene that codes for Beta-galactosidase - breaks the glycosidic bond in the lactose to yield glucose and galactose. Beta-galactosidase is a tetramer of four 125,000 dalton polypeptide chains.
  3361. Dialog
  3362. Lac Y
  3363. Put "LacY: gene that codes 
  3364. lactose permease - a membrane bound protein 
  3365. 6allows the transport 
  3366. Athrough 
  3367. cell. The 
  3368. 8has a molecular weight 
  3369. 30,000 daltons." 
  3370. Sext 
  3371. "Dialog"
  3372. mouseEnter
  3373. mouseEnter
  3374. LacY: gene that codes for lactose permease - a membrane bound protein that allows the transport of lactose through the membrane into the cell. The protein has a molecular weight of 30,000 daltons.
  3375. Dialog
  3376. Lac A
  3377. "LacA: gene that codes 
  3378. lactose transacetylase - transfers 
  3379. -CoA 
  3380. .. The reason 
  3381. xfully understood but may give 
  3382. advantage 
  3383. bacteria are grown 
  3384. a medium containing analogs 
  3385. 7cannot metabolise, because acetylation results 
  3386. detoxification 
  3387. excretion." 
  3388. "Dialog"
  3389. mouseEnter
  3390. mouseEnter
  3391. LacA: gene that codes for lactose transacetylase - transfers acetyl group from acetyl-CoA to lactose. The reason for this is not fully understood but may give an advantage when bacteria are grown in a medium containing analogs of lactose that the bacteria cannot metabolise, because acetylation results in detoxification and excretion.
  3392. Dialog
  3393. Overlap
  3394. "There 
  3395. overlap between the promoter region 
  3396. operator. However, 
  3397. (RNA polymerase 
  3398. ;repressor can bind 
  3399. Qoperon 
  3400. \same 
  3401. I- they are 
  3402. xmutually exclusive." 
  3403. "Dialog"
  3404. mouseEnter
  3405. mouseEnter
  3406. There is an overlap between the promoter region and the operator. However, the RNA polymerase and the repressor can bind to the operon at the same time - they are not mutually exclusive.
  3407. Dialog
  3408. 3 of  30
  3409. backPage
  3410. Previous
  3411. default
  3412. buttonUp
  3413. buttonUp
  3414. Previous
  3415. default
  3416. NextPage
  3417. default
  3418. buttonUp
  3419. buttonUp
  3420. default
  3421. ExitProgram
  3422. "Really quit?"\
  3423. f"Yes" 
  3424. SysSuspendMessages 
  3425. buttonUp
  3426. buttonUp
  3427. Really quit?
  3428. FirstPage
  3429. buttonUp
  3430. buttonUp
  3431. 1st Page
  3432.         Transcription of the Lac Operon
  3433. Process of Transcription:
  3434.     a) The operator is free of repressor.
  3435.     b) RNA polymerase binds to the promoter to form a closed complex.
  3436.         
  3437.       A short sequence of  the DNA enclosed by the enzyme 'melts' into single strands             to form the open complex.
  3438.       Transcription  starts  but  if  the  sigma  subunit does  not   then dissociate  the             transcription process aborts releasing a small piece of RNA. This is known as             abortive initiation and is repeated until the sigma subunit dissociates.
  3439.     c) Elongation - RNA polymerase moves along the DNA strand synthesising RNA         until terminator reached.
  3440.     d) Termination.
  3441. 4 of  30
  3442. backPage
  3443. Previous
  3444. default
  3445. buttonUp
  3446. buttonUp
  3447. Previous
  3448. default
  3449. NextPage
  3450. default
  3451. buttonUp
  3452. buttonUp
  3453. default
  3454. ExitProgram
  3455. "Really quit?"\
  3456. f"Yes" 
  3457. SysSuspendMessages 
  3458. buttonUp
  3459. buttonUp
  3460. Really quit?
  3461. FirstPage
  3462. buttonUp
  3463. buttonUp
  3464. 1st Page
  3465. "textgo"
  3466. leavePage
  3467. leavePage
  3468. textgo
  3469. RNApol
  3470. rna-s
  3471. textall
  3472. text0.5
  3473. "text0.5"
  3474. buttonUp
  3475. buttonUp
  3476. text0.5
  3477. RNA polymerase binds to the DNA then moves up and down the DNA strand until the promoter is reached. The interaction between the promoter and RNA polymerase is weak so the enzyme has a low probability of binding to the promoter........................................
  3478. text1
  3479. "text1"
  3480. buttonUp
  3481. buttonUp
  3482. text1
  3483. When RNA polymerase does bind to the DNA, it melts a section into single strands to form open complex. Abortive initiation occurs until sigma unit dissociates and the core enzyme can move along the DNA.
  3484. text2
  3485. "text2"
  3486. buttonUp
  3487. buttonUp
  3488. text2
  3489. Abortive initiation occurs until sigma unit dissociates and the core enzyme can move along the DNA.
  3490. text3
  3491. "text3"
  3492. buttonUp
  3493. buttonUp
  3494. text3
  3495. Elongation e binds to DNA, melts a section into single strands to form open complex.
  3496. text4
  3497. "text4"
  3498. buttonUp
  3499. buttonUp
  3500. text4
  3501. Termination
  3502. binds to DNA, melts a section into single strands to form open complex.
  3503. text5
  3504. "text5"
  3505. buttonUp
  3506. buttonUp
  3507. text5
  3508. Strand of mRNA formed
  3509. !"ab3"
  3510. buttonUp
  3511. buttonUp
  3512. !"ab2"
  3513. buttonUp
  3514. buttonUp
  3515. !"ab1"
  3516. buttonUp
  3517. buttonUp
  3518. Animate2
  3519. Animate
  3520. Press the "Animate" button
  3521. Repressor
  3522. RNA polymerase
  3523. Allolactose binding site
  3524. buttonUp
  3525. buttonUp
  3526. trans
  3527. intrans
  3528. "trans"
  3529. buttonUp
  3530. buttonUp
  3531. trans
  3532. rightrans
  3533. leftrans
  3534. outrans
  3535. buttonUp
  3536. buttonUp
  3537. !"pa"
  3538. buttonUp
  3539. buttonUp
  3540. buttonUp
  3541. buttonUp
  3542. buttonUp
  3543. buttonUp
  3544. buttonUp
  3545. buttonUp
  3546. buttonUp
  3547. buttonUp
  3548. buttonUp
  3549. buttonUp
  3550. buttonUp
  3551. buttonUp
  3552. buttonUp
  3553. buttonUp
  3554. buttonUp
  3555. buttonUp
  3556. buttonUp
  3557. buttonUp
  3558. buttonUp
  3559. buttonUp
  3560. buttonUp
  3561. buttonUp
  3562. buttonUp
  3563. buttonUp
  3564. textgo
  3565. "textgo"
  3566. buttonUp
  3567. buttonUp
  3568. textgo
  3569. REPEAT OR GO ON TO NEXT PAGE
  3570. 5 of  30
  3571. Events in Transcription:
  3572. backPage
  3573. Previous
  3574. default
  3575. buttonUp
  3576. buttonUp
  3577. Previous
  3578. default
  3579. NextPage
  3580. default
  3581. buttonUp
  3582. buttonUp
  3583. default
  3584. ExitProgram
  3585. "Really quit?"\
  3586. f"Yes" 
  3587. SysSuspendMessages 
  3588. buttonUp
  3589. buttonUp
  3590. Really quit?
  3591. FirstPage
  3592. buttonUp
  3593. buttonUp
  3594. 1st Page
  3595. Transcription of Lac Operon under different physiological conditions.
  3596. a) Events when lactose is absent::
  3597. A small amount of lac repressor protein is continually made by the cell.
  3598. The repressor binds to the operator with a dissociation constant of 10     M, so  binding is virtually irreversible. The binding of the repressor increases the affinity of the RNA polymerase for the promoter 100 fold. This occurs so that when lactose does become available the initiation of transcription is very rapid because the enzyme is already bound.
  3599. The RNA polymerase cannot initiate transcription due to the presence of the repressor so none of the proteins are synthesised..
  3600. repressor protein
  3601. -- Script that opens a simple dialog box 
  3602. "The lac repressor protein 
  3603. a tetramer 
  3604. four 38,000 dalton polypeptide chains. Each 
  3605. the subunits has two recognition sites - one 
  3606. ,operator 
  3607. 9other 
  3608. Cinducer molecule allolactose. However, only 
  3609. `molecules 
  3610. % need 
  3611. bind 
  3612. repression 
  3613. transcription 
  3614. be lifted."
  3615. buttonDown
  3616. buttonDown
  3617. The lac repressor protein is a tetramer of four 38,000 dalton polypeptide chains. Each of the subunits has two recognition sites - one for the operator and the other for the inducer molecule allolactose. However, only two molecules of allolactose need to bind to the repressor for repression of transcription to be lifted.
  3618. 6 of  30
  3619. backPage
  3620. Previous
  3621. default
  3622. buttonUp
  3623. buttonUp
  3624. Previous
  3625. default
  3626. NextPage
  3627. default
  3628. buttonUp
  3629. buttonUp
  3630. default
  3631. ExitProgram
  3632. "Really quit?"\
  3633. f"Yes" 
  3634. SysSuspendMessages 
  3635. buttonUp
  3636. buttonUp
  3637. Really quit?
  3638. FirstPage
  3639. buttonUp
  3640. buttonUp
  3641. 1st Page
  3642. "textgo"
  3643. leavePage
  3644. leavePage
  3645. textgo
  3646. RNApol
  3647. rna-s
  3648. Events when  lactose is absent::o
  3649. Animate
  3650. Animate
  3651. text1
  3652. "text1"
  3653. buttonUp
  3654. buttonUp
  3655. text1
  3656. No lactose is present so repressor binds to the operator.
  3657. text2
  3658. "text2"
  3659. buttonUp
  3660. buttonUp
  3661. text2
  3662. The repressor increases the affinity of the RNA polymerase for the promoter. The RNA polymerase binds more readily to the promoter. However, no transcription can take place as the repressor blocks the RNA polymerase.      
  3663. textgo
  3664. "textgo"
  3665. buttonUp
  3666. buttonUp
  3667. textgo
  3668. REPEAT OR MOVE ON TO THE NEXT PAGE
  3669. Repressor
  3670. RNA polymerase
  3671. Allolactose binding site
  3672. 7 of  30
  3673. Press the "Animate" button
  3674. backPage
  3675. Previous
  3676. default
  3677. buttonUp
  3678. buttonUp
  3679. Previous
  3680. default
  3681. NextPage
  3682. default
  3683. buttonUp
  3684. buttonUp
  3685. default
  3686. ExitProgram
  3687. "Really quit?"\
  3688. f"Yes" 
  3689. SysSuspendMessages 
  3690. buttonUp
  3691. buttonUp
  3692. Really quit?
  3693. FirstPage
  3694. buttonUp
  3695. buttonUp
  3696. 1st Page
  3697. b) Lactose present as substrate::::::
  3698. Lactose
  3699. Permease
  3700. Lactose
  3701. [Allolactose] 
  3702. There is a small amount of permease always present in the cell membrane of the E.coli so lactose is able to enter the cell, but the rate of uptake is slow.
  3703. Some of the lactose is converted to allolactose which binds to the repressor, causing the affinity of the repressor for the operator to be lost             
  3704. Some of the lactose is converted to allolactose which binds to the repressor, reducing the affinity of the repressor for the operator.                slow.
  3705. Some of the lactose is converted to allolactose which binds to the repressor, causing the affinity of the repressor for the operator to be lost.            
  3706. allolactose
  3707. that opens a simple dialog box
  3708. "Allolactose 
  3709. isomer 
  3710. whose structure 
  3711. [Beta Gal (1-6) 
  3712. luc].It 
  3713. known 
  3714. inducer molecule because 
  3715. brings about the initiation 
  3716. transcription"
  3717. buttonDown
  3718. buttonDown
  3719. Allolactose is an isomer of lactose whose structure is [Beta Gal (1-6) Beta Gluc].It is known as an inducer molecule because it brings about the initiation of transcription
  3720. The repressor dissociates from the operator allowing transcription to proceed. The three proteins are synthesised in large quantites.The elevated permease level allows  lactose to  enter the cell at a much higher rate than before.  e. rate than before. 
  3721. 8 of  30
  3722. backPage
  3723. Previous
  3724. default
  3725. buttonUp
  3726. buttonUp
  3727. Previous
  3728. default
  3729. NextPage
  3730. default
  3731. buttonUp
  3732. buttonUp
  3733. default
  3734. ExitProgram
  3735. "Really quit?"\
  3736. f"Yes" 
  3737. SysSuspendMessages 
  3738. buttonUp
  3739. buttonUp
  3740. Really quit?
  3741. FirstPage
  3742. buttonUp
  3743. buttonUp
  3744. 1st Page
  3745. barchart
  3746. -- y1 
  3747. the height 
  3748. bar (glucose), y2 
  3749. cAMP)
  3750. -- speed 
  3751. how much 
  3752. Gbars increase 
  3753. decrease 
  3754. -- On entering 
  3755. 8are returned 
  3756. their 
  3757. positions
  3758. 4y1, y2
  3759. "barchart" 
  3760. 2670, 3210, 3360, 4080
  3761. 3735, 3210, 4425, 4080
  3762. enterPage
  3763. enterPage
  3764. barchart
  3765. barchart
  3766. speed
  3767. Glucose
  3768. Cyclic AMP
  3769.     ^    `    p
  3770. Cyclic AMP (cAMP) is a secondary messenger molecule in many cells. The level of cyclic AMP is controlled by the amount of glucose present in a cell. When the glucose concentration is high, the cyclic AMP concentration is low. As the glucose concentration decreases the cyclic AMP concentration increases. Cyclic AMP is therefore known as the 'starvation signal'.
  3771.     % 1_
  3772. "Adenosine-3',5'-cyclic monophosphate (cAMP) 
  3773. formed 
  3774. Hthe action 
  3775. adenylate cyclase. The 5' 
  3776. )3' hydroxy 
  3777. 9ribose are linked together 
  3778. d a ring."
  3779. buttonUp
  3780. buttonUp
  3781. Adenosine-3',5'-cyclic monophosphate (cAMP) is formed from AMP by the action of adenylate cyclase. The 5' phosphate group and the 3' hydroxy group of the ribose are linked together to form a ring.
  3782. Glucose 
  3783. Concentration 
  3784. (mM)%)
  3785. --See 
  3786. --y1 
  3787. )their maximum height 
  3788. 2 = 2280
  3789. --If 
  3790. 2 has a value > 2280 
  3791. C bar 
  3792. bellow 
  3793. Ncan be increased.)
  3794. --When 
  3795. Bpressed 
  3796. ?(y2/cAMP) decreased 
  3797. H180 
  3798. --minimum 
  3799. (4080) 
  3800. which 
  3801. will 
  3802. no further, 
  3803. (y1/glucose) increases 
  3804. reached 
  3805. -- remains 2280
  3806. 4y1, y2, speed
  3807. y1 > 2280
  3808. y1 < 2280
  3809. y2 < 4080
  3810. y2> 4080
  3811. buttonUp
  3812. buttonUp
  3813. speed
  3814. "Really quit?"\
  3815. f"Yes" 
  3816. SysSuspendMessages 
  3817. buttonUp
  3818. buttonUp
  3819. Really quit?
  3820. Increase
  3821. [Glucose]   
  3822. -- See 
  3823. increase glucose 
  3824. --When 
  3825. Bpressed height 
  3826. bar (y1/
  3827. ,) decreased 
  3828. H180 
  3829. --minimum value (4080) 
  3830. which 
  3831. will 
  3832. no further, 
  3833. [2/cAMP) increases 
  3834. Zmaximum 
  3835. reached 
  3836. remains
  3837. --2280
  3838. 4y1, y2, speed
  3839. y1 < 4080
  3840. y1 > 4080
  3841. y2 > 2280
  3842. y2 < 2280
  3843. buttonUp
  3844. buttonUp
  3845. speed
  3846. "Really quit?"\
  3847. f"Yes" 
  3848. SysSuspendMessages 
  3849. buttonUp
  3850. buttonUp
  3851. Really quit?
  3852. Decrease
  3853. [Glucose]   
  3854. height
  3855. Cyclic AMP 
  3856. Concentration 
  3857. (x 10   M)
  3858. 11 of  30
  3859. backPage
  3860. Previous
  3861. default
  3862. buttonUp
  3863. buttonUp
  3864. Previous
  3865. default
  3866. NextPage
  3867. default
  3868. buttonUp
  3869. buttonUp
  3870. default
  3871. ExitProgram
  3872. "Really quit?"\
  3873. f"Yes" 
  3874. SysSuspendMessages 
  3875. buttonUp
  3876. buttonUp
  3877. Really quit?
  3878. FirstPage
  3879. buttonUp
  3880. buttonUp
  3881. 1st Page
  3882. b -Galactosidasee
  3883. Lactose
  3884. Lactose
  3885. Glucose + Galactose
  3886. TCA cycle
  3887. Glycolysis
  3888. Permease
  3889. Glucose
  3890. The situation is more complex than this because glucose is the preferred substrate of the E.coli. Therefore, if glucose is present then the bacterium will metabolise the glucose in preference to the lactose- no additional enzymes are needed.  eded.  etabolized.tabolized. be metabolized.metabolized.abolized.tabolized.tabolized.e metabolized.
  3891. However -
  3892. 10 of  30
  3893. backPage
  3894. Previous
  3895. default
  3896. buttonUp
  3897. buttonUp
  3898. Previous
  3899. default
  3900. NextPage
  3901. default
  3902. buttonUp
  3903. buttonUp
  3904. default
  3905. ExitProgram
  3906. "Really quit?"\
  3907. f"Yes" 
  3908. SysSuspendMessages 
  3909. buttonUp
  3910. buttonUp
  3911. Really quit?
  3912. FirstPage
  3913. buttonUp
  3914. buttonUp
  3915. 1st Page
  3916.