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Text File  |  1993-12-14  |  5KB  |  137 lines
  1. Jon Maber
  2. =========
  3.  
  4. 5th May 1993
  5. ============
  6.  
  7. (Update postscript 12th May 1993)
  8.  
  9.  
  10. There are several files - three from Toolbook and one
  11. molecular graphics animation.
  12.  
  13. What you need
  14. =============
  15.  
  16. You need run-time Video for Windows.  If you were at St Andrews
  17. and attended the Toolbook stuff run by Frank you will have
  18. an installation disc for it already.  (Look in the pocket at the
  19. back of the manual.)
  20.  
  21. If I get many requests I'll put it on the server.
  22.  
  23. As to hardware a 256 colour screen would be nice for the molecular
  24. graphics and plenty of RAM is advisable.  If you only have a slow
  25. 386 you can fiddle with the Vid4Win config. to get the best results.
  26. More later.....
  27.  
  28. Getting the files
  29. =================
  30.  
  31. These files are not compressed or archived in any way because they
  32. are already well compressed images.  They are binary so switch into
  33. binary mode (also use hash command with the big files so you know the
  34. machine hasn't crashed).
  35.  
  36. Running the Movies
  37. ==================
  38.  
  39. Run the Media Player programme.  You should have an icon for this
  40. somewhere in your Windows Desktop (picture of unwinding reel of film
  41. stock.)  Use File-Open to open a file.
  42.  
  43. transprt.avi
  44. ------------
  45. This is a short clip showing one model for the operation of a membrane
  46. bound transport protein.  The file is short, well-compressed and so should
  47. run OK even on a slightly slower machine.  Because it is short you
  48. might like to get Media Player to Loop the sequence.  You can do this
  49. with the Edit Options... dialog box.  Tp get a good look at the
  50. crucial part where the red blob crosses the membrane stop the movie,
  51. drag the slider to get the blob just above the protein and then use the
  52. advance frame button to step though the next few frames.  This way
  53. you can see the conformational change at your leisure!
  54.  
  55. g-spot.avi
  56. ----------
  57. This is an example of how this method wins out over the straight
  58. toolbook animation.  There are several objects moving at the same
  59. time.  When played back in toolbook the screen refresh is very poor
  60. (jerky).  It works out much smoother this way.  (By the way the
  61. name of the file is a red herring - it's no where near as exciting
  62. as you think.)
  63. On a slow PC you may get a jerky display.  This is because frames
  64. are skipped when it lags behind.  For animation you would prefer
  65. a smooth transition but slowed down a bit.  You can set it to do
  66. this.  After you have loaded the file in go to the 'Confiure...'
  67. command of the Device menu.  In the dialog box switch off 'Skip
  68. video frames if behind' option.
  69.  
  70.  
  71. glyclys1.avi
  72. ------------
  73. This is a very short clip from a longer movie I produced.  The movie
  74. follows through the whole of glycolsis.  It has more than 700 frames
  75. and lasts several minutes - the picture size is much bigger than
  76. you usually see for 'live' video clips.  This is possible because
  77. of the good compressiion.  The file is about 4Mbytes (the complete
  78. movie).
  79. This clip is much shorter.  I found the frame refresh was poor for
  80. this one on my office machine but I have a very old 16MHz 386 with
  81. a high res 256 colour display.
  82.  
  83. ketglu.avi
  84. ----------
  85. This shows a shaded space filling model of alpha ketoglutarate rotating
  86. first about  the y axis then the x axis.  Swicth off the 'Skip
  87. video frames if behind' option on a slower PC for a smooth effect.
  88. Switch on Auto Repeat on the Options... dialog to get an endless
  89. loop.  I am seriously thinking about putting together a small
  90. library of these movies for use in tutorial material - there are some
  91. advantages over linking in with a molecular graphics package.
  92. 1) You don't have to teach the students how to use it.
  93. 2) Some students have poor 3d visualisation and can't rotate a
  94. molecule to its desired orientation even if you show them the
  95. knobs and buttons.  (Also they waste time getting the perfect
  96. picture.)
  97. 3) You don't need to shell out cash for more multi license software.
  98. 4) If you choose a good starting position and appropriate transforms
  99. the user can use the media player controls to see any feature/group
  100. they want to.
  101. Drawbacks....
  102. 1) You can't smoothly switch between stick and space fillling models.
  103. You would have to make separate movies.
  104. 2) For bigger molecules you might need the interaction provided by
  105. proper mol. graph. programmes.
  106. 3) The picture size is limited.  With the shading compression is
  107. intermediate to the Toolbook animations and 'live' video.
  108. Things to try...
  109. 1) Space filling models of proteins.  Doing the rotations as for small
  110. molecules doesn't work very well.  For a given angle of rotation the
  111. atoms being smaller jump across the screen with each frame.  This means
  112. you have to turn very slowly to get a smooth image. There are two
  113. ways rounf this. a) position to get a good view of feature and rock
  114. the molecule from side to side to get the 3d effect.  (much as
  115. you might move your head from side to side when threading a needle.)
  116. b) go to some simpler representation e.g. ribbon with side chains
  117. added at active site.
  118.  
  119.  
  120. Making your own movies
  121. ======================
  122.  
  123. When I've polished it up I'll put the original Toolbook files on
  124. the server with some authoring notes.  Authoring with Vid4Win as
  125. your target is even easier than normal because you don't worry about
  126. the performance of Toolbook and if there are glitches you can cut 
  127. them out later.  You can also paste together sequences so you
  128. can break down the problem into managable chunks.
  129.  
  130.  
  131. Let me know what you think of these.
  132.  
  133. Jon Maber
  134.  
  135.  
  136. ----------------------------------------------------------------------
  137.