home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Frozen Fish 1: Amiga / FrozenFish-Apr94.iso / bbs / alib / d5xx / d574 / chemesthetics.lha / Chemesthetics / Chemesthetics.doc next >
Text File  |  1991-12-22  |  40KB  |  951 lines
  1.  
  2.  
  3.  
  4.  
  5.  
  6.  
  7.  
  8.  
  9.  
  10.  
  11.  
  12.  
  13.  
  14.  
  15.  
  16.  
  17.  
  18.  
  19.  
  20.  
  21.  
  22.  
  23.  
  24.  
  25.  
  26.  
  27.  
  28.  
  29.  
  30.                                Chemesthetics V2.10
  31.  
  32.                                      Manual
  33.  
  34.                           (C) 1990, 1991 by Joerg Fenin
  35.  
  36.  
  37.  
  38.                                Chemesthetics V2.10
  39.      ----------------------------------------------------------------------
  40.  
  41.  
  42.                                 Table of contents
  43.  
  44.  
  45.             What is Chemesthetics . . . . . . . . . . . . . . . . . . .    3
  46.  
  47.             Copyright, Distribution etc.  . . . . . . . . . . . . . . .    3
  48.  
  49.             Installation  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .    4
  50.                Files  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .    5
  51.  
  52.             How to use Chemesthetics  . . . . . . . . . . . . . . . . .    6
  53.                The entering of data . . . . . . . . . . . . . . . . . .    6
  54.                Display a molecule . . . . . . . . . . . . . . . . . . .    8
  55.                Save a molecule  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .    8
  56.  
  57.             Short menu overview . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .    9
  58.                Copyright  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .    9
  59.                     Credits . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .    9
  60.                Project  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .    9
  61.                     Load Mol (Amiga-L)  . . . . . . . . . . . . . . . .    9
  62.                     Save Mol (Amiga-S)  . . . . . . . . . . . . . . . .    9
  63.                     new Mol (Amiga-N) . . . . . . . . . . . . . . . . .    9
  64.                     Save as IFF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .   10
  65.                     End (Amiga-Q) . . . . . . . . . . . . . . . . . . .   10
  66.                Edit . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .   10
  67.                     Molecule data (Amiga-M) . . . . . . . . . . . . . .   10
  68.                     Palette (Amiga-P) . . . . . . . . . . . . . . . . .   10
  69.                Paint  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .   11
  70.                     Outlines (Amiga-O)  . . . . . . . . . . . . . . . .   11
  71.                     Calottes (Amiga-K)  . . . . . . . . . . . . . . . .   11
  72.                Preferences  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .   11
  73.                     Y/X relation  . . . . . . . . . . . . . . . . . . .   11
  74.                     Icon for .CDM-files . . . . . . . . . . . . . . . .   11
  75.                     Icon for IFF  . . . . . . . . . . . . . . . . . . .   11
  76.                     Title line  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .   12
  77.  
  78.             Hints for data selection  . . . . . . . . . . . . . . . . .   12
  79.  
  80.             Miscalleanous . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .   13
  81.  
  82.             Revision History  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .   14
  83.  
  84.  
  85.  
  86.  
  87.  
  88.  
  89.  
  90.  
  91.  
  92.  
  93.  
  94.  
  95.      ----------------------------------------------------------------------
  96.                                Manual - 10/20 1991                         2
  97.  
  98.  
  99.                                Chemesthetics V2.10
  100.      ----------------------------------------------------------------------
  101.  
  102.  
  103.  
  104.      1      What is Chemesthetics
  105.  
  106.             Chemesthetics, a  symbiose of  the words chemistry and esthetics
  107.             is a program that  displays molecules  as a  calotte model. This
  108.             kind  of  display  contains  a  certain  esthetic attitude, even
  109.             extremely poisonous  molecules  like  nicotine  or  dioxine look
  110.             quite nice.
  111.  
  112.             In June  89 a  program that did this called CDCHEM was published
  113.             in the c't computer magazine. It was written  by Robert Kaufmann
  114.             in TurboPascal  for an  MS-DOS compatible.  Unfortunately it had
  115.             two great disadvantages: the  input  of  new  data  was extremly
  116.             uncomfortable, and  of course, it was written for a PC (gualp!).
  117.             So I decided to re-write the program for the Amiga.
  118.  
  119.             But it wasn't as easy  as  I  had  expected.  Function  calls in
  120.             Pascal are  being done by 'call by reference' where as in C they
  121.             are     processed   by   'call   by   value'.   I   didn't  like
  122.             pointer-arithmetic  at  this  time  very  much,  so  I  had some
  123.             difficulty in working this over.
  124.  
  125.             Finally I was given the deciding  kick by  a program  called P2C
  126.             that translates  Pascal into C automatically. A totaly confusing
  127.             but *RUNNING*  program  was  generated,  but  it  was  even more
  128.             uncomfortable than the original. So it took me another couple of
  129.             months and a lot of work to write a resonable user interface and
  130.             to make the program readable again.
  131.  
  132.  
  133.      2      Copyright, Distribution etc.
  134.  
  135.             Chemesthetics  V2.10  is  copyrighted  (C)  1991  Joerg  Fenin /
  136.             Metalworx
  137.             The arp.library is (C) copyright AmigaDos Resource Project.
  138.             The palette requester is (C) copyright 1989 Jonathan Potter.
  139.             The req.library is (C) copyright 1989 Bruce Dawson & Colin Fox.
  140.             A lot of the example files have been  taken from  'Molec3D' from
  141.             S.  Albrecht  and  have  been  converted into Chemesthetics data
  142.             files.
  143.  
  144.             Chemesthetics is  Freeware,  that  means  it  may  be  copied or
  145.             distributed freely as long as the following rules are obeyed:
  146.  
  147.            -   The copyright-information remains unchanged
  148.            -   The following files are distributed *TOGETHER*:
  149.                  Chemesthetics (English version)
  150.                  Chem_E.dat
  151.                  Chemesthetics.doc
  152.                 or
  153.                  Chemesthetics (German version)
  154.                  Chem_G.dat
  155.  
  156.      ----------------------------------------------------------------------
  157.                                Manual - 10/20 1991                         3
  158.  
  159.  
  160.                                Chemesthetics V2.10
  161.      ----------------------------------------------------------------------
  162.  
  163.  
  164.                  Chemesthetics.doc
  165.            -   The copying  fee may  not be  more than  DM 5,- rsp. not more
  166.                than $ 5 in the current currency in foreign (out  of Germany)
  167.                countries (exeception: Fred Fish, he may charge more).
  168.            -   None of the files listed above or the source file may be part
  169.                of a commercial product  without the  (written) permission of
  170.                the author.
  171.  
  172.             Copying and/or  distributing is forbidden on PD-series of Stefan
  173.             Ossowski PD-Versand,  Rainer  Wolf  PD-Versand  (OASE),  Markt &
  174.             Technik Verlag AG and all other PD-distributors that charge more
  175.             than DM 5,- / $ 5,- for one disk.
  176.  
  177.             After a call from  Mr Schweitzer  from the  Karstadt AG  Essen I
  178.             removed the restrictions for the Karstadt AG after he assured me
  179.             that, despite of the high copying fee, they  are not  making any
  180.             profit with the pd-disks. However, I recommend to compare prices
  181.             carefully.
  182.  
  183.             As I am very lazy concerning donating money for freeware myself,
  184.             I don't expect to receive any donation for this program. However
  185.             I won't reject it; especially not from chemistry teachers.
  186.  
  187.             For sending  me DM  15,- /  US$ 15  you can  become a registered
  188.             user. After  sending me  the money  you will  recieve the latest
  189.             version (including serial  number).  Unfortunately  I  could not
  190.             send a  printed manual  anymore, 'cause I don't have access to a
  191.             laser printer anymore and  I would  not allow  anyone to  put up
  192.             with a  printout by  my last  century nine needler. On the other
  193.             hand I reduced the registration fee down by DM 5,- / US $ 5,-.
  194.  
  195.             (Since banks  charge  a  high  amount  for  foreign  cheques the
  196.             registration fee  is US$ 15, although it is (still) more than DM
  197.             15,-. Actually not much more than  DM 15,-  will be  left from a
  198.             US$ 15,- cheque.)
  199.  
  200.             The program may be ordered at:
  201.  
  202.                                    Joerg Fenin
  203.                                 Zum Jaegerfeld 19
  204.                                  2100 Hamburg 90
  205.                                      Germany
  206.  
  207.  
  208.      3      Installation
  209.  
  210.             Copy the Arp- and the req.library into your LIBS: drawer. That's
  211.             it! 
  212.  
  213.             (I know it's quite annoying to fill up  your boot  disk with two
  214.             libs but  for the sake of a good user interface I decided to use
  215.             the file requester of the req.library. Even though it would have
  216.  
  217.      ----------------------------------------------------------------------
  218.                                Manual - 10/20 1991                         4
  219.  
  220.  
  221.                                Chemesthetics V2.10
  222.      ----------------------------------------------------------------------
  223.  
  224.  
  225.             been possible  to skip  the arp.library  in this release because
  226.             just two routines are used of  it (ArpAlloc, CloseWindowSafely),
  227.             I  decided  to  leave  in  the  program  because  it has so many
  228.             interesting routines, some  of  them  I  will  certainly  use in
  229.             future  releases.  From  Version  2.06 onward I use the official
  230.             ILBM-writing-routine  (ilbmw.c)   from   Commodore's   IFF  disk
  231.             (AmigaLibDisk #185), so that I could kick out iff.library (sorry
  232.             Christian, it really wasn't bad, it was faster than ilbmw.c, but
  233.             it was  too much copying mess just for the one feature I used of
  234.             it.).
  235.  
  236.             I hope most of the PD distributors will publish my  package as a
  237.             whole.   In   that   case   you   just  have  to  click  on  the
  238.             'InstallLibs'-icons. All  needed  libraries  will  be  copied to
  239.             libs: automatically.
  240.  
  241.      3.1    Files
  242.  
  243.             The following  files are  supplied (if  not changed  by some pd-
  244.             distributor) (.info files left out!):
  245.  
  246.             Chemesthetics/
  247.                c/
  248.                     IconX               -    used by the script files
  249.                     LhArc               -    Version   1.30   of   the  file
  250.                                              compressor  (needed  to extract
  251.                                              Source.LZH)
  252.                     MuchMore            -    Text displayer
  253.  
  254.                Contents                 -    small     entry     for     the
  255.                                              AmigaLibDisk-contents file
  256.                English/
  257.                     Chemesthetics       -    main executable (English)
  258.                     Chemesthetics.doc   -    english documentation
  259.                     Chems_g.dat         -    data  file  (includes atoms and
  260.                                              its colors), needed!
  261.                     Examples/           -    some example files
  262.  
  263.                German/
  264.                     Chemesthetics       -    main executable (German)
  265.                     Chemesthetics.doc   -    German documentation
  266.                     Chems_e.dat         -    data file  (includes  atoms and
  267.                                              its colors), needed!
  268.                     Examples/           -    some example files
  269.  
  270.                Hints_for_Distributors   -    a few hints for those who would
  271.                                              like  to  include Chemesthetics
  272.                                              in a PD series
  273.                InstallLibs              -    small script that installs arp-
  274.                                              and  req.library  in  the LIBS:
  275.                                              drawer
  276.                libs/
  277.  
  278.      ----------------------------------------------------------------------
  279.                                Manual - 10/20 1991                         5
  280.  
  281.  
  282.                                Chemesthetics V2.10
  283.      ----------------------------------------------------------------------
  284.  
  285.  
  286.                     arp.library         -    nothing left to say
  287.                     req.library         -    for the requesters
  288.  
  289.                Pictures/                -    Pictures made of the examples
  290.  
  291.                Source/
  292.                     SrcReadMe!          -    Some facts for programmers
  293.                     Source.LZH          -    all    needed    source   files
  294.                                              compressed  into   one  archive
  295.                                              (use lharc to extract)
  296.  
  297.                          lmkfile        -    type  lmk  (Lattice users only)
  298.                                              for automatic compile and link,
  299.                                              copy  it  to  the  source  root
  300.                                              directory
  301.                          pdomain/
  302.                               *.h       -    include files  for  the  use of
  303.                                              the   arp.library,  req.library
  304.                                              and ilbm.w, you have  to change
  305.                                              the -i directive in the lmkfile
  306.                                              to    this     directory    for
  307.                                              successful compilation
  308.                          *.c            -    C source files
  309.                          *.h            -    includes for the above
  310.                          convm3d/
  311.                               *.c       -    source files for ConvM3D
  312.                               lmkfile   -    type  lmk  (Lattice users only)
  313.                                              for automatic compile and link
  314.  
  315.  
  316.      4      How to use Chemesthetics
  317.  
  318.             The basis for  each  molecule  are  atoms.  A  watermolecule for
  319.             example  consists  of  one  oxygen  and  two hydrogen atoms. The
  320.             position of the atoms must be told to the program as well as the
  321.             position of the light source, the twisting and the reflection of
  322.             the molecule.
  323.  
  324.             Out of this data a calotte model of the molecule  is calculated.
  325.             Entered  data  may  be  saved  and  restored  for  later  use. A
  326.             completed picture can be saved as an IFF graphics file.
  327.  
  328.  
  329.      4.1    The entering of data
  330.  
  331.             Select 'Molecule data' from the input menu.
  332.  
  333.             A new  window opens  where you  can enter  the data.  To do this
  334.             switch the  edit gadget  to ADD. The cursor appears in the first
  335.             of the input gadgets. Enter here the short sign of the atom, for
  336.             example O for oxygen. Press <RETURN> and the cursor jumps to the
  337.             next string gadget, the  position  field  for  the x-coordinate.
  338.  
  339.      ----------------------------------------------------------------------
  340.                                Manual - 10/20 1991                         6
  341.  
  342.  
  343.                                Chemesthetics V2.10
  344.      ----------------------------------------------------------------------
  345.  
  346.  
  347.             Enter 160  for example. Do this analogly for the coordinates for
  348.             Y and Z. Finally enter  the  radius  for  the  atom.  The radius
  349.             describes the size of the atom. The higher the radius the bigger
  350.             the atom. Size relationships of the  atoms  can  be  found  in a
  351.             usual chemistry book.
  352.  
  353.             The axises lay in space as follows:
  354.  
  355.  
  356.                    ^   _
  357.                  z |   /|
  358.                    |  / y
  359.                    | /
  360.                    |/
  361.                    *-----> x
  362.  
  363.             You'll find some examples in the .cdm-files.
  364.  
  365.             Enter all  atoms of  a molecule one after another. The locations
  366.             of the atoms to each other can be also found in chemistry books.
  367.             In addition you'll find some examples on the disk. With "Project
  368.             - Load molecule" they may be loaded.
  369.  
  370.             You can delete an atom by clicking on the 'DELETE' gadget in the
  371.             upper  right  corner.  Therefore  you  have  to  select it first
  372.             (remember to set the mode-gadget to 'EDIT').
  373.  
  374.             After  entering  all  atoms,   Chemesthetics  needs   some  data
  375.             concerning the molecule as a whole:
  376.  
  377.             The magnifiction factor (MagnFactor) expresses the magnification
  378.             of the whole molecule. A magnification facter of  1.0 leaves the
  379.             molecule  unchanged,  a  magnification  factor  < 1.0 shrinks, a
  380.             magnification factor > 1.0 expands the molecule.
  381.  
  382.             The following three values express the twisting of  the molecule
  383.             in  space.  It  may  be  twisted around any of the three axises.
  384.             Therefore enter the desired values in the string gadgets.
  385.  
  386.             Now follow the values for the light source. Chemesthetics uses a
  387.             kind  of  ray  tracing  algorithm  to create a three dimensional
  388.             appearance for the calotte model. Even  shadowing is  taken into
  389.             consideration. To do this a vector of the light source has to be
  390.             entered. A reasonable value  is for  example X=20000, Y=-100000,
  391.             Z=20000.  All  inputs  are  made  in  picometers  (1  pm = 10-12
  392.             meters). All example molecules on the disk use this vector.
  393.  
  394.             The last value that has to be entered, declares the  relexion of
  395.             the atoms. The higher the reflection the stronger will the light
  396.             source be reflected in each atom.  A value  of 100  will reflect
  397.             the light like a mirror (i.e. the atom will appear white).
  398.  
  399.  
  400.      ----------------------------------------------------------------------
  401.                                Manual - 10/20 1991                         7
  402.  
  403.  
  404.                                Chemesthetics V2.10
  405.      ----------------------------------------------------------------------
  406.  
  407.  
  408.             Is  everything  correct  click  on  the OK-gadget, to cancel all
  409.             inputs click the CANCEL-gadget or the closegadget.
  410.  
  411.  
  412.      4.2    Display a molecule
  413.  
  414.             You'll find two menuitems  in the  menu "Paint",  i.e. 'Outline'
  415.             and 'Calottes'.  If you  select 'Outline'  just a circle will be
  416.             painted for each atom. It  gives  you  a  quick  survey  how the
  417.             molecoule  will  look  like.  This  mode gives you the chance to
  418.             experiment with different data (mostly twists) without having to
  419.             wait for  hours just  to see it's not what you wanted. Certainly
  420.             the stereoscopic effect may be lost.
  421.  
  422.             If you are satisfied with all the values  select 'Calottes'. The
  423.             molecule will  be drawn considering all the data including light
  424.             and reflection. Because of the mass of data large molecules like
  425.             dioxine can take up to one hour until they are finished. But the
  426.             result compensates the efforts.
  427.  
  428.             In order to get some information on how long you  can spend some
  429.             time with  your girl  friend I provided the time-info window. It
  430.             will  display  the  time  taken  so  far  for  drawing  and will
  431.             calculate  an  excepted  end  time for the drawing process after
  432.             each molecule. To keep calculation effort as low  as possible it
  433.             will not be the exact result but it will become more exact after
  434.             each finished atom. See also ->Preferences... time-info window.
  435.  
  436.             A calotte painting may be interrupted anytime by clicking on the
  437.             left mouse button.
  438.  
  439.  
  440.      4.3    Save a molecule
  441.  
  442.             In   the   "Project"   menu   you'll  find,  among  others,  two
  443.             'save'-menuitems, i.e. 'Save molecule'  and 'Save  IFF'. Use the
  444.             first to  save the  molecule as a Chemsthetics datafile, it will
  445.             get, if not changed, the extension .cdm. As default an icon will
  446.             be saved  along with the data file. You can turn this off in the
  447.             preferences.
  448.  
  449.             With 'Save IFF' the screen will  be  saved  as  an  IFF graphics
  450.             file. If  'Icon for IFF' was selected in the preferences menu an
  451.             icon will be saved along with the file.
  452.  
  453.  
  454.  
  455.  
  456.  
  457.  
  458.  
  459.  
  460.  
  461.      ----------------------------------------------------------------------
  462.                                Manual - 10/20 1991                         8
  463.  
  464.  
  465.                                Chemesthetics V2.10
  466.      ----------------------------------------------------------------------
  467.  
  468.  
  469.      5      Short menu overview
  470.  
  471.  
  472.      5.1    Copyright
  473.  
  474.             Copyright-Information
  475.  
  476.  
  477.      5.1.1  Credits
  478.  
  479.             Information about who supported the completion of this programm.
  480.  
  481.  
  482.      5.2    Project
  483.  
  484.             Input and output functions
  485.  
  486.  
  487.      5.2.1  Load Mol (Amiga-L)
  488.  
  489.             Opens the (great) file requester of  the req.library  (thanks to
  490.             Bruce  &  Colin)  and  loads,  after  selecting  the  name,  the
  491.             corresponding molecule file. If  Chemesthetics detects  an error
  492.             in the data it will display a warning. In this case it is highly
  493.             recommended   that   you   check    the   data    by   selecting
  494.             "Input...molecular data".
  495.  
  496.  
  497.      5.2.2  Save Mol (Amiga-S)
  498.  
  499.             Opens the  file requester and saves, after entering or selecting
  500.             the name, the current data as a Chemesthetics  data file (.cdm).
  501.             As default a Project icon will be saved along with the data file
  502.             (with /Chemesthetics as it's  tool). However  Chemesthetics does
  503.             not (yet)  recognize if it is launched via one of this icons. So
  504.             you still have to load a molecule manually.  You can  switch off
  505.             the icon creation in the preferencs.
  506.  
  507.  
  508.      5.2.3  new Mol (Amiga-N)
  509.  
  510.             If you  have a  molecule in memory and you would like to load or
  511.             enter a new one, I recommend  to delete  the values  for the old
  512.             molecule first.  After a  security verification,  the values for
  513.             magnification  and  the  light  source  will  be  set  to  their
  514.             defaults, all other values will be set to zero.
  515.  
  516.             (Hint for  the technical  user: Due  to using  ArpAlloc() of the
  517.             arp.library for memory allocation, the used  memory for  the old
  518.             memory will  not be  released until  the program terminates (the
  519.             arp.library will be closed). If you enter or load a new molecule
  520.             new memory will be allocated.)
  521.  
  522.      ----------------------------------------------------------------------
  523.                                Manual - 10/20 1991                         9
  524.  
  525.  
  526.                                Chemesthetics V2.10
  527.      ----------------------------------------------------------------------
  528.  
  529.  
  530.  
  531.      5.2.4  Save as IFF
  532.  
  533.             Saves the screen as an IFF file. This file may be read by any of
  534.             the current graphic programs (like DPaint or Butcher).
  535.  
  536.             By default an icon will be saved along with the file. It will be
  537.             a  PROJECT  icon  with  'C:IView'  as  the  project's  tool. See
  538.             'Preferences...Icon for IFF' to prevent icon creation.
  539.  
  540.             Any IFF file will be compressed, using the  official compression
  541.             algorithm provided by ilbmw.c from Commodore's official IFF disk
  542.             (AmigaLibDisk #185). I personally don't know any tool  that does
  543.             not work  with this compression mode. However there are tools to
  544.             convert compressed files into uncompressed ones.
  545.  
  546.  
  547.      5.2.5  End (Amiga-Q)
  548.  
  549.             Terminates the program.
  550.  
  551.  
  552.      5.3    Edit
  553.  
  554.             Data input and color changing
  555.  
  556.  
  557.      5.3.1  Molecule data (Amiga-M)
  558.  
  559.             The input  window will  be opened  and, if  present, the current
  560.             molecule data  will be  displayed in  a list. You can scroll the
  561.             list with the arrows or the proportional gadget. The atom's data
  562.             may be  changed if  you click  on an atom and the mode gadget is
  563.             switched to "EDIT". You can add new atoms to the molecule if you
  564.             switch the mode gadget to "ADD".
  565.             You can  delete an  atom after first selecting it (i.e. clicking
  566.             on it) and then click on the 'DELETE' gadget in  the upper right
  567.             corner. ATTENTION:  No security  verfication will be made before
  568.             the deletion.
  569.  
  570.  
  571.      5.3.2  Palette (Amiga-P)
  572.  
  573.             Here you can change  all  of  the  16  colors  of Chemesthetics.
  574.             Please note that most of the colors are used by Chemesthetics to
  575.             draw the atoms. The  color distribution  vastly corresponds with
  576.             Antropow's  color   distribution  for  atoms.  You  can  restore
  577.             Chemesthetics' defaults by clicking on the "DEFAULT" gadget.
  578.             At this point I would like  to  thank  Jonathan  Potter  for his
  579.             paletterequester.
  580.  
  581.  
  582.  
  583.      ----------------------------------------------------------------------
  584.                                Manual - 10/20 1991                        10
  585.  
  586.  
  587.                                Chemesthetics V2.10
  588.      ----------------------------------------------------------------------
  589.  
  590.  
  591.      5.4    Paint
  592.  
  593.             Selection of the paint mode.
  594.  
  595.  
  596.      5.4.1  Outlines (Amiga-O)
  597.  
  598.             Draws  only  the  outlines  of  each  atom. It serves as a quick
  599.             survey whether the entered data is  right or  wrong. Reflection,
  600.             shadowing etc. are not considered.
  601.  
  602.  
  603.      5.4.2  Calottes (Amiga-K)
  604.  
  605.             Draws a  calotte model  considering ALL entered data. Because of
  606.             the mass of data it can take up to one  hour or  more to  draw a
  607.             large molecule.  By default a time-info window will be displayed
  608.             during the drawing process. It will show the  time taken  so far
  609.             by the drawing and the time still needed (approximately).
  610.  
  611.  
  612.      5.5    Preferences
  613.  
  614.             Preferences of Chemesthetics
  615.  
  616.  
  617.      5.5.1  Y/X relation
  618.  
  619.             Because of  different screen  resolutions in x- and y-direction,
  620.             circles usually  appear  as  ellipses.  The  y/x  relation value
  621.             corrects  this.  Chemesthetics  automatically assumes a value of
  622.             1.5 for PAL screens (256 pixels in y-direction) and 2.0 for NTSC
  623.             screens (200  pixels in y-direction). However you could manually
  624.             overwrite this value.
  625.  
  626.  
  627.      5.5.2  Icon for .CDM-files
  628.  
  629.             By default a PROJECT icon will  be  saved  along  with  the data
  630.             file.  It  will  have  '/Chemesthetics'  as  it's  default tool.
  631.             However, Chemesthetics currently does  not  recognise  if  it is
  632.             launched via  one of theses icons or normally. So you still have
  633.             to load a datafile by hand. You can switch off icon creation for
  634.             data files if you want to.
  635.  
  636.  
  637.      5.5.3  Icon for IFF
  638.  
  639.             Here you can decide whether an icon will be saved along with the
  640.             IFF graphics file (default)  or not.  The icon  will be  of type
  641.             PROJECT with  'C:IView' as its tool. If you copy IView (provided
  642.             for example on this disk, if this is an AmigaLibDisk)  to the C:
  643.  
  644.      ----------------------------------------------------------------------
  645.                                Manual - 10/20 1991                        11
  646.  
  647.  
  648.                                Chemesthetics V2.10
  649.      ----------------------------------------------------------------------
  650.  
  651.  
  652.             drawer of your boot(hard)disk, you can easily view all the drawn
  653.             pictures by simply double-clicking on the icons.
  654.  
  655.  
  656.      5.5.4  Title line
  657.  
  658.             In order to get more space for the drawing (especially important
  659.             on NTSC  screens I  guess), I  switched off  the menu line since
  660.             version 2.05. That means that you have to press the  menu button
  661.             of your  mouse (right  mouse button) to get the program's menus.
  662.             However if you would like to have it  there permanently  you can
  663.             switch this gadget (and the menu line) on. Another click on this
  664.             gadget switches off the title line again.
  665.  
  666.  
  667.      5.5.5  Time-info window
  668.  
  669.             To get an idea about how  long a  drawing will  take, I provided
  670.             this  info  window  during  calotte  painting.  It will show the
  671.             following information:
  672.  
  673.             Atom Ss: uuu/xxx  time: yyy.yy min.
  674.             exepected time: zzz.zz min.
  675.  
  676.             Ss:     short sign of the atom (e.g. O for Oxygen)
  677.             uuu:    current atom just drawn
  678.             xxx:    total number of atoms in molecule
  679.             yyy.yy: time in minutes and seconds taken so far for drawing
  680.             zzz.zz: expected total time for drawing process
  681.  
  682.             If you don't want this window to show up switch off this gadget.
  683.  
  684.  
  685.      6      Hints for data selection
  686.  
  687.             Most of the needed data may  be extracted  from simple chemistry
  688.             books. Calotte  models are  shown there  very often. If they are
  689.             not too complex they  may be  taken over  easily. Also  the size
  690.             relationships between  atoms are shown in tables or outlines, so
  691.             there is no need to guess. Another good source for  atom data is
  692.             the  shareware  program  Elements  by  Paul  Miller  located for
  693.             example on AmigaLibDisk 384.
  694.  
  695.             To get a feeling for the data you  could also  have a  look into
  696.             the example data files that (should) come with this program. You
  697.             could compare those data easily with the corresponding data in a
  698.             chemistry  book.  The  water  molecule  for example can be found
  699.             almost every chemistry book.
  700.  
  701.             May be I will release  some  more  data  files  later  on public
  702.             domain disks.
  703.  
  704.  
  705.      ----------------------------------------------------------------------
  706.                                Manual - 10/20 1991                        12
  707.  
  708.  
  709.                                Chemesthetics V2.10
  710.      ----------------------------------------------------------------------
  711.  
  712.  
  713.  
  714.      7      Miscalleanous
  715.  
  716.             I  would  be  very  pleased  to  receive suggestions of any kind
  717.             (improvements, error  reports  etc.).  If  someone  modifies the
  718.             source  code  I  would  like  to  receive  a  copy. Besides I am
  719.             interested in  modifications concerning  the new  5.0 Version of
  720.             the Aztec C Compiler.
  721.  
  722.             Chemesthetics automatically  recognises if it runs on a NTSC- or
  723.             PAL-machine. 
  724.  
  725.             This program has been  written in  C and  has been  compiled and
  726.             optimized  under  the  SAS/Lattice  C  compiler  V5.10a. It uses
  727.             routines of  the  arp.library  (ArpAlloc(), CloseWindowSafely())
  728.             and    the    req.library   (FileRequester(),   SimpleRequest(),
  729.             TwoGadRequest(), SetLocation(), ReadLocation, SetSize()).
  730.  
  731.             The program was tested under the following environment:
  732.             Amiga500
  733.             Kickstart 1.2
  734.             512 KByte RAM Extension
  735.             arp.library Version 39.1
  736.             req.library Version 2.5
  737.  
  738.  
  739.  
  740.  
  741.  
  742.  
  743.  
  744.  
  745.  
  746.  
  747.  
  748.  
  749.  
  750.  
  751.  
  752.  
  753.  
  754.  
  755.  
  756.  
  757.  
  758.  
  759.  
  760.  
  761.  
  762.  
  763.  
  764.  
  765.  
  766.      ----------------------------------------------------------------------
  767.                                Manual - 10/20 1991                        13
  768.  
  769.  
  770.                                Chemesthetics V2.10
  771.      ----------------------------------------------------------------------
  772.  
  773.  
  774.      8      Revision History
  775.  
  776.             (sorted descending, the most recent version is at the top of the
  777.             list)
  778.  
  779.             V2.10 - Oct 20 91 -    removed terrible bug in memory management
  780.                                    in the main input routine
  781.                               -    added   time-info    window    for   time
  782.                                    statistics during the drawing process
  783.                               -    icons  will  now  by  default created for
  784.                                    data (.CDM) files
  785.                               -    added preferences  items  for  'icons for
  786.                                    .CDM-files' and 'time-info window'
  787.                               -    expanded the  magnification gadget in the
  788.                                    input routine for two decimal places
  789.  
  790.             V2.07 - 16.10.91  -    third published  version  (becauese  of a
  791.                                    bug, see below!)
  792.                               -    Memory   for   atoms   is  now  requested
  793.                                    dynamically and not  by  a  static array.
  794.                                    You can  now have  up to 500 atoms in one
  795.                                    molecule.
  796.                               -    During I/O operations the mousepointer is
  797.                                    changed into a waitpointer.
  798.                               -    Library calls are now made direct and not
  799.                                    with the  amiga.lib  gluecode  (now using
  800.                                    #pragmas).  This  should make those calls
  801.                                    faster and more compact.
  802.                               -    For startup  the  catch.o  code  is used.
  803.                                    This  means  that certain software errors
  804.                                    may be trapped  and  caught,  producing a
  805.                                    snapshot of  the situation  that leads to
  806.                                    the error. This snapshot file may be used
  807.                                    by  the  SAS/Lattice traceback utility tb
  808.                                    to get information about the exception.
  809.                               -    Due to a bug in the optimization process,
  810.                                    global  optimzing  has  been switched off
  811.                                    for  eingabe.c   and  palettereq.c.  This
  812.                                    caused V2.06 to meditate when calling the
  813.                                    main  input  function   or   the  palette
  814.                                    requster.
  815.  
  816.             V2.06 - 13.06.91  -    second published version
  817.                               -    Now  using   ilbmw.c  from  the  official
  818.                                    Commodore IFF disk (AmigaLibDisk #185) to
  819.                                    do the  IFF saving,  as a result I kicked
  820.                                    out the iff.library (sorry Christian).
  821.                               -    Possibility to  let  an  icon  be created
  822.                                    automatically when an iff file is written
  823.                                    (default)
  824.  
  825.             V2.05 - 29.04.91  -    Switched off the menu  line  to  get more
  826.  
  827.      ----------------------------------------------------------------------
  828.                                Manual - 10/20 1991                        14
  829.  
  830.  
  831.                                Chemesthetics V2.10
  832.      ----------------------------------------------------------------------
  833.  
  834.  
  835.                                    space for  the drawings, i.e. you have to
  836.                                    use the menu button of your  mouse to get
  837.                                    the menus.  (could be  turned on again in
  838.                                    the preferences menu)
  839.                               -    Changed  the   main   window's   type  to
  840.                                    BACKDROP,  that   means  that  requesters
  841.                                    could  not  be  put   in  the  background
  842.                                    anymore, also it does not contain a title
  843.                                    line anymore to get  a bit  more room for
  844.                                    the drawings.
  845.  
  846.             V2.04 - 21.04.91  -    Implemented  use  of  the  req.library of
  847.                                    Bruce Dawson & Colin  Fox.  Now  its file
  848.                                    requester is  used instead  of the one of
  849.                                    the  arp.library.  Also  removed  my  own
  850.                                    MessageRequest() and  exchanged it by the
  851.                                    related routines of the req.library
  852.                               -    Small window with the  serial number will
  853.                                    be displayed  on startup, detaches itself
  854.                                    after a few seconds if not  closed by the
  855.                                    user
  856.  
  857.             V2.03 - 13.04.91  -    preferences window to set up y/x relation
  858.                                    and  iff  saving  mode  (actually because
  859.                                    there was a bug with the checkmark in the
  860.                                    preferences menu)
  861.                               -    fixed  bug   in   SaveIFF  (Chemesthetics
  862.                                    didn't take over the entered file name)
  863.                               -    changed  colors  to  get  a  slight OS2.0
  864.                                    feeling
  865.                               -    drawing statistics  (time  and  number of
  866.                                    atoms)
  867.                               -    removed some minor bugs
  868.  
  869.                          (This version became possible because the first (!,
  870.                          not bad ?) registered user wrote  in and  asked for
  871.                          the  latest  version.  Actually  the  was no runnig
  872.                          version at this time, so I had to sit down  and did
  873.                          some work to get it run again. Thanks Jim!)
  874.  
  875.             V2.02 - 10.03.91  -    recompiled  under  SAS/Lattice  C  5.10a,
  876.                                    therefore   some    minor   changes   and
  877.                                    adaptions had to be done
  878.                               -    optimized  run-time performance, drawings
  879.                                    are now ca. 30% faster
  880.  
  881.             V2.01 - 17.02.91  -    data   is   not   linked   into  chip-mem
  882.                                    automatically       anymore,      instead
  883.                                    TypeOfMem() is used for  graphics data to
  884.                                    decide wheter  to transfer  it into chip-
  885.                                    mem  or  if  it   is  already   there  by
  886.                                    coincidence.
  887.  
  888.      ----------------------------------------------------------------------
  889.                                Manual - 10/20 1991                        15
  890.  
  891.  
  892.                                Chemesthetics V2.10
  893.      ----------------------------------------------------------------------
  894.  
  895.  
  896.                               -    editing  of  non  existing  atoms  is not
  897.                                    longer possible
  898.                               -    editing is  not longer  possible when you
  899.                                    are in ADD-mode
  900.                               -    several minor changes
  901.  
  902.             V2.00 - 27.12.90  -    first published version
  903.  
  904.             V1.00 - Spring 1990 -  first running version
  905.  
  906.      Chemesthetics V2.10 (C) 1990,1991 Metalwox, Manual update: 10/20 1991
  907.  
  908.  
  909.  
  910.  
  911.  
  912.  
  913.  
  914.  
  915.  
  916.  
  917.  
  918.  
  919.  
  920.  
  921.  
  922.  
  923.  
  924.  
  925.  
  926.  
  927.  
  928.  
  929.  
  930.  
  931.  
  932.  
  933.  
  934.  
  935.  
  936.  
  937.  
  938.  
  939.  
  940.  
  941.  
  942.  
  943.  
  944.  
  945.  
  946.  
  947.  
  948.  
  949.      ----------------------------------------------------------------------
  950.                                Manual - 10/20 1991                        16
  951.