home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ ftp.ncsa.uiuc.edu / ftp.ncsa.uiuc.edu.zip / ftp.ncsa.uiuc.edu / GelReader / README < prev    next >
Text File  |  2017-03-03  |  3KB  |  89 lines
  1. Congratulations on your acquisition of NCSA GelReader 2.0.5 for the 
  2. Macintosh! Note that there are two different versions of this 
  3. program: one for machines that have not floating point processor, 
  4. and one for machines that do.
  5.  
  6. NCSA GelReader is a product designed to automate to some degree 
  7. the measurement of DNA length using digitized electrophoretic gels. 
  8. First, a digitized gel image is read into GelReader, and displayed as an 
  9. image. GelReader has the capability to find the lanes and the bands 
  10. in the gel. Lanes and bands can be interactively added and deleted if 
  11. necessary. Then, known molecular weights (standards) can be used 
  12. to approximate the molecular weight of the remaining molecules. The 
  13. result is a text report listing the approximated molecular weights of 
  14. the molecules.
  15.  
  16. To get started, you will need to open the UnStuffit application to 
  17. decompress the GelReader application, documentation, and sample 
  18. files.
  19.  
  20. NEW FEATURES IN VERSION 2.0
  21.  
  22. This version has been completely rewriten, and now provides a much 
  23. more intuitive user interface. Creating, deleting and editing 
  24. standards is now much easier, and assigning standards to lanes in a 
  25. gel has been greatly improved.
  26.  
  27. Profiles now appear in the same window with the gel. You may 
  28. superimpose several profiles in the same view. You can also save a 
  29. gel file, its' lanes and bands and its notebook into an HDF file. When 
  30. you open the HDF file again, you will see all the lanes and bands that 
  31. were there when you saved it, and the notebook will still be intact.
  32.  
  33. Multiplexing is also supported now. You can run standards and 
  34. unknowns in the same lane, probe for the knowns and generate the 
  35. image, then probe for the unknowns and generate a separate image. 
  36. The results of the analysis of the image with the knowns can then be 
  37. superimposed onto the image with the unknowns.
  38.  
  39. And much, much more.
  40.  
  41. FIXES
  42.   in 2.0.2:
  43.  
  44. 1) There was a bug that would cause the program to crash whenever
  45.      you manually added more than one lane. Fixed!
  46. 2) It no longer reports standards.
  47. 3) It would sometimes report than the program was out of memory
  48.     when using the copy lanes command. Fixed.
  49. 4) It no longer crashes when you try to generate a report and you
  50.     have unknowns above internal controls (knows imbedded in the
  51.     lane.
  52. 5) Computations for unknowns outside of the range of the knowns
  53.     are still less accurate, but tend to be much more reasonable now,
  54.     and the fact that these computation are less accurate are flagged 
  55.     in the report.
  56.  
  57.   in 2.0.3:
  58.  
  59. 1) it no longer refreshes the entire screen when deleting or adding
  60.     bands.
  61. 2) I can no longer reproduce the file save problems, although I don't
  62.     know why.
  63.  
  64.   in 2.0.5:
  65.  
  66. 1) TIFF file reading has been enhanced.
  67. 2) Support for machines with no floating point units was enhanced as of 10/12/93.
  68.  
  69.  
  70. WHAT THIS DISK CONTAINS
  71.  
  72. GelReader2.0.5LCsi.sit    compressed GelReader application(No FPU)
  73.     or
  74. GelReader2.0.5mac.sit    compressed GelReader application
  75. Samples.sit    compressed sample files
  76. README    this file
  77. UnStuffit 1.51        decompression utility
  78.  
  79. Send bugs and suggestions to:
  80.     bugs@ncsa.uiuc.edu
  81.  
  82. Thomas Redman
  83. Project Leader
  84. National Center for Supercomputing Appls.
  85. 152 Computing Applications Building
  86. Champaign, IL  61820
  87.  
  88.  
  89.