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Text File  |  1995-03-04  |  2.1 KB  |  48 lines
  1. *********************************
  2. * Osteonectin domain signatures *
  3. *********************************
  4.  
  5. The following extracellular proteins  contain, in their C-terminal section,  a
  6. domain of  about 240 amino acids which is highly conserved [1]. These proteins
  7. are:
  8.  
  9.  - SPARC  (also known as Osteonectin or BM-40), a glycoprotein that appears to
  10.    regulate cell growth through interactions with the extracellular matrix and
  11.    cytokines. It binds calcium and copper, several types of collagen, albumin,
  12.    thrombospondin, PDGF  and  cell  membranes.  There  are two calcium binding
  13.    sites; a acidic domain that binds 5 to 8 Ca++ with a low affinity and a EF-
  14.    hand loop that binds a Ca++ ion with a high affinity. SPARC is expressed at
  15.    high levels in tissues undergoing morphogenesis, remodeling and repair.
  16.  - SC1, a mammalian brain extracellular matrix protein.
  17.  - QR1, an avian protein, specifically expressed in the neuroretina.
  18.  
  19. This domain    has  a N-terminal section of about 90 residues that contains 11
  20. conserved cysteines, a  central  section  that is probably in an alpha-helical
  21. conformation,  and a C-terminal section that contains an EF-hand type calcium-
  22. binding region  and three conserved cysteines.  This topology is schematically
  23. represented below.
  24.  
  25.  xCxCxCxxCCxCxxxCxxCxCxxxxxCxCxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxCxxC<Ca>Cxx
  26.   ***********                   ***
  27.  
  28. 'C' : conserved cysteine probably involved in a disulfide bond.
  29. 'Ca': EF-hand region.
  30. '*' : position of the patterns.
  31.  
  32. We developed two signature   patterns for  this  domain. One is located in the
  33. C-terminal  cysteine-rich  section, the  other  consists in a highly conserved
  34. stretch of 11 residues in the central section.
  35.  
  36. -Consensus pattern: C-x-[DN]-x(2)-C-x(2)-G-[KRH]-x-C-x(7)-P-x-C-x-C-x(3,5)-C-P
  37. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  38. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  39.  
  40. -Consensus pattern: F-P-x-R-[IM]-x-D-W-L-x-[NQ]
  41. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  42. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  43.  
  44. -Last update: June 1994 / Patterns and text revised.
  45.  
  46. [ 1] Lane T.F., Sage E.H.
  47.      FASEB J. 8:163-173(1994).
  48.