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Text File  |  1995-03-04  |  1.3 KB  |  26 lines
  1. *************************************************
  2. * HMG-I and HMG-Y DNA-binding domain (A+T-hook) *
  3. *************************************************
  4.  
  5. High mobility group (HMG) proteins  are a  family of  relatively low molecular
  6. weight non-histone components in chromatin.  HMG-I  and HMG-Y  are proteins of
  7. about 100 amino acid  residues which  are produced by the alternative splicing
  8. of a  single gene  (HMG-Y  differs  from  HMG-I by the internal deletion of 11
  9. amino acids).  HMG-I/Y bind  preferentially  to  the  minor groove of A+T-rich
  10. regions in double-stranded DNA.   It  is suggested  that these  proteins could
  11. function  in  nucleosome   phasing  and  in   the 3' end  processing  of  mRNA
  12. transcripts.  They are also involved in  the transcription regulation of genes
  13. containing, or in close proximity to, A+T-rich regions.
  14.  
  15. DNA-binding of these  proteins is effected by a 11 residues domain, called the
  16. A+T-hook [1], this domain is repeated three times in the sequence of HMG-I/Y.
  17.  
  18. -Consensus pattern: [AT]-x(1,2)-[RK](2)-[GP]-R-G-R-P-[RK]-x
  19. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  20. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: human zinc finger  protein HRX  and
  21.  herpesvirus Saimiri EDRF1.
  22. -Last update: October 1993 / Pattern and text revised.
  23.  
  24. [ 1] Reeves R., Nissen M.S.
  25.      J. Biol. Chem. 265:8573-8582(1990).
  26.