home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ vis-ftp.cs.umass.edu / vis-ftp.cs.umass.edu.tar / vis-ftp.cs.umass.edu / pub / Software / Khoros / UMassWorkSpaces / NaginKohler.Z / NaginKohler
Text File  |  1991-07-09  |  264KB  |  3,967 lines
  1. # Khoros Image Processing System Workspace
  2. #
  3. # cantata workspace file (NaginKohler.Z) was created 
  4. # on Tue Jul  9 13:01:35 1991
  5. # by user heller
  6. #
  7. # BeginWorkspace
  8. -F 4.2 1 1 0x0+0+0 +0+0 'Dummy Form' not_used
  9. -S 1 0
  10. -d 1 0 9x2+2+2 'Subform 22'
  11. -d 1 0 9x2+22+2 'Subform 23'
  12. -d 1 0 9x2+2+2 'Subform 24'
  13. -d 1 0 9x2+4+2 'Subform 25'
  14. -d 1 0 9x2+6+2 'Subform 26'
  15. -d 1 0 9x2+8+2 'Subform 27'
  16. -d 1 0 9x2+10+2 'Subform 28'
  17. -d 1 0 9x2+12+2 'Subform 29'
  18. -d 1 0 9x2+14+2 'Subform 30'
  19. -d 1 0 9x2+16+2 'Subform 31'
  20. -d 1 0 9x2+18+2 'Subform 32'
  21. -d 1 0 9x2+20+2 'Subform 33'
  22. -d 1 0 9x2+22+2 'Subform 34'
  23. -d 1 0 9x2+28+2 'Subform 2'
  24. -d 1 0 9x2+32+2 'Subform 4'
  25. -d 1 0 9x2+34+2 'Subform 5'
  26. -d 1 0 9x2+36+2 'Subform 6'
  27. -d 1 0 9x2+38+2 'Subform 3'
  28. -d 1 0 9x2+40+2 'Subform 4'
  29. -d 1 0 9x2+42+2 'Subform 5'
  30. -d 1 0 9x2+44+2 'Subform 6'
  31. -d 1 0 9x2+46+2 'Subform 7'
  32. -d 1 0 9x2+46+2 'Subform 8'
  33. -d 1 0 9x2+44+2 'Subform 1'
  34. -d 1 0 9x2+46+2 'Subform 2'
  35. -E
  36. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  37. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  38. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  39. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  40. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  41. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  42. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  43. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  44. -g 1 1 18x1+1+10 'GenMu'
  45. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  46. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  47. -g 1 0 18x1+1+13 'ReMerge'
  48. -g 1 0 18x1+1+13 'RegLab'
  49. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  50. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  51. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  52. -g 1 0 18x1+1+18 'ShowEdges'
  53. -g 1 0 18x1+1+19 'ShowLines'
  54. -g 1 0 18x1+1+21 'intensity'
  55. -g 1 0 18x1+1+23 'VisImages'
  56. -H 1  18x2+1+25 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  57. -Q 1 0 18x2+1+27 'QUIT'
  58. -E
  59. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  60. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  61. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  62. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  63. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  64. -E
  65. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  66. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  67. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  68. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  69. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  70. -E
  71. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  72. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  73. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  74. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  75. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  76. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  77. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  78. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  79. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  80. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  81. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  82. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  83. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  84. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  85. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  86. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  87. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  88. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  89. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  90. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  91. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  92. -E
  93. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  94. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  95. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  96. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  97. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  98. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  99. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  100. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  101. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  102. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  103. -E
  104. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  105. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  106. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  107. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  108. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  109. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  110. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  111. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  112. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  113. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  114. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  115. -E
  116. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  117. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  118. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  119. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  120. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  121. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  122. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  123. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  124. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  125. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  126. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  127. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  128. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  129. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  130. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  131. -E
  132. -P 1 1 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  133. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg '/users4/bigtmp/varviEBAa04090' '/users4/bigtmp/varviEBAa04090'
  134. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector 16 'RSector'
  135. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector 16 'CSector'
  136. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval 0 'MinVal'
  137. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval 0 'MaxVal'
  138. -i 1 1 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin 0 '0'
  139. -i 1 1 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth 1 '1'
  140. -i 1 1 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize 3 '3'
  141. -s 1 1 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0'
  142. -T 1 1 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound 0
  143. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  144. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  145. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  146. -E
  147. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist 15 'MinPeakDistance'
  148. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp 0 'MinPeakDistanceAddp'
  149. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight 3 'MinPeakHeight'
  150. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp 1 'MinPeakHeightAddp'
  151. -f 1 1 1 1 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr 3 'MinPeakValleyRatio'
  152. -f 1 1 1 1 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp 1 'MinPeakValleyRatioAddp'
  153. -i 1 1 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim 5 '5'
  154. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer 2 'PeakAdditionIterations'
  155. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg '/users4/bigtmp/genmuQAAa04090' '/users4/bigtmp/genmuQAAa04090'
  156. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  157. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  158. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  159. -E
  160. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  161. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  162. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  163. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  164. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  165. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  166. -E
  167. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  168. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  169. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  170. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  171. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  172. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  173. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  174. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  175. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  176. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  177. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  178. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  179. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  180. -E
  181. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  182. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  183. -E
  184. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  185. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  186. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg
  187. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector
  188. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector
  189. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  190. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh
  191. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta
  192. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  193. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  194. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  195. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  196. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  197. -E
  198. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  199. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  200. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  201. -E
  202. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  203. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg
  204. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  205. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  206. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  207. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  208. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  209. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  210. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  211. -E
  212. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  213. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  214. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg
  215. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  216. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  217. -E
  218. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  219. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  220. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  221. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  222. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  223. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  224. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  225. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  226. -E
  227. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  228. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  229. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  230. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  231. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  232. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  233. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  234. -E
  235. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  236. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  237. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  238. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  239. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  240. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  241. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  242. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  243. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  244. -E
  245. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  246. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  247. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  248. -E
  249. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  250. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  251. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  252. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  253. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  254. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  255. -E
  256. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  257. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  258. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  259. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  260. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  261. -E
  262. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  263. -b +18+1 'Intensity from color'
  264. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  265. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  266. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  267. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  268. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  269. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  270. -E
  271. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  272. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  273. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  274. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  275. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  276. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  277. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  278. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  279. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  280. -E
  281. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  282. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  283. -E
  284. -E
  285. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  286. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  287. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  288. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  289. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  290. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  291. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  292. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  293. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  294. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  295. -g 1 1 18x1+1+12 'NK Normalize'
  296. -g 1 0 18x1+1+13 'ReMerge'
  297. -g 1 0 18x1+1+13 'RegLab'
  298. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  299. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  300. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  301. -g 1 0 18x1+1+18 'ShowEdges'
  302. -g 1 0 18x1+1+19 'ShowLines'
  303. -g 1 0 18x1+1+21 'intensity'
  304. -g 1 0 18x1+1+23 'VisImages'
  305. -H 1  18x2+1+25 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  306. -Q 1 0 18x2+1+27 'QUIT'
  307. -E
  308. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  309. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  310. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  311. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  312. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  313. -E
  314. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  315. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  316. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  317. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  318. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  319. -E
  320. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  321. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  322. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  323. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  324. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  325. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  326. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  327. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  328. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  329. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  330. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  331. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  332. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  333. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  334. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  335. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  336. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  337. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  338. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  339. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  340. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  341. -E
  342. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  343. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  344. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  345. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  346. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  347. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  348. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  349. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  350. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  351. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  352. -E
  353. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  354. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  355. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  356. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  357. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  358. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  359. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  360. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  361. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  362. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  363. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  364. -E
  365. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  366. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  367. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  368. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  369. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  370. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  371. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  372. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  373. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  374. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  375. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  376. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  377. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  378. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  379. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  380. -E
  381. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  382. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  383. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  384. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  385. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  386. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  387. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  388. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  389. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  390. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  391. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  392. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  393. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  394. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  395. -E
  396. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  397. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  398. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  399. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  400. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  401. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  402. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  403. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  404. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  405. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  406. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  407. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  408. -E
  409. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  410. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  411. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  412. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  413. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  414. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  415. -E
  416. -P 1 1 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  417. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  418. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  419. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg '/users4/bigtmp/mergeCBAa04090' '/users4/bigtmp/mergeCBAa04090'
  420. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  421. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  422. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper 89 'ScalingMaxval'
  423. -T 1 1 1 1 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype 1
  424. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x 0
  425. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  426. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  427. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  428. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x 0
  429. -E
  430. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg '/users4/bigtmp/nknorRAAa04090' '/users4/bigtmp/nknorRAAa04090'
  431. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  432. -E
  433. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  434. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  435. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg
  436. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector
  437. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector
  438. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  439. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh
  440. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta
  441. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  442. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  443. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  444. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  445. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  446. -E
  447. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  448. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  449. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  450. -E
  451. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  452. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg
  453. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  454. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  455. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  456. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  457. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  458. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  459. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  460. -E
  461. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  462. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  463. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg
  464. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  465. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  466. -E
  467. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  468. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  469. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  470. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  471. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  472. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  473. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  474. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  475. -E
  476. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  477. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  478. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  479. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  480. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  481. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  482. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  483. -E
  484. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  485. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  486. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  487. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  488. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  489. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  490. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  491. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  492. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  493. -E
  494. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  495. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  496. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  497. -E
  498. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  499. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  500. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  501. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  502. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  503. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  504. -E
  505. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  506. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  507. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  508. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  509. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  510. -E
  511. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  512. -b +18+1 'Intensity from color'
  513. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  514. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  515. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  516. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  517. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  518. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  519. -E
  520. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  521. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  522. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  523. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  524. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  525. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  526. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  527. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  528. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  529. -E
  530. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  531. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  532. -E
  533. -E
  534. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  535. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  536. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  537. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  538. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  539. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  540. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  541. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  542. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  543. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  544. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  545. -g 1 0 18x1+1+13 'ReMerge'
  546. -g 1 0 18x1+1+13 'RegLab'
  547. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  548. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  549. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  550. -g 1 1 18x1+1+18 'ShowEdges'
  551. -g 1 0 18x1+1+19 'ShowLines'
  552. -g 1 0 18x1+1+21 'intensity'
  553. -g 1 0 18x1+1+23 'VisImages'
  554. -H 1  18x2+1+25 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  555. -Q 1 0 18x2+1+27 'QUIT'
  556. -E
  557. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  558. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  559. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  560. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  561. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  562. -E
  563. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  564. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  565. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  566. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  567. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  568. -E
  569. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  570. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  571. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  572. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  573. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  574. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  575. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  576. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  577. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  578. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  579. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  580. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  581. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  582. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  583. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  584. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  585. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  586. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  587. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  588. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  589. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  590. -E
  591. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  592. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  593. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  594. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  595. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  596. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  597. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  598. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  599. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  600. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  601. -E
  602. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  603. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  604. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  605. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  606. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  607. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  608. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  609. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  610. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  611. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  612. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  613. -E
  614. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  615. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  616. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  617. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  618. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  619. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  620. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  621. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  622. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  623. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  624. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  625. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  626. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  627. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  628. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  629. -E
  630. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  631. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  632. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  633. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  634. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  635. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  636. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  637. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  638. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  639. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  640. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  641. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  642. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  643. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  644. -E
  645. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  646. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  647. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  648. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  649. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  650. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  651. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  652. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  653. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  654. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  655. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  656. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  657. -E
  658. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  659. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  660. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  661. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  662. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  663. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  664. -E
  665. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  666. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  667. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  668. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  669. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  670. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  671. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  672. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  673. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  674. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  675. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  676. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  677. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  678. -E
  679. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  680. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  681. -E
  682. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  683. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  684. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg
  685. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector
  686. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector
  687. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  688. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh
  689. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta
  690. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  691. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  692. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  693. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  694. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  695. -E
  696. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  697. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  698. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  699. -E
  700. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  701. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg
  702. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  703. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  704. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  705. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  706. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  707. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  708. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  709. -E
  710. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  711. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  712. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg
  713. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  714. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  715. -E
  716. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  717. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  718. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  719. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  720. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  721. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  722. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  723. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  724. -E
  725. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  726. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  727. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  728. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  729. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  730. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  731. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  732. -E
  733. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  734. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  735. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  736. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  737. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  738. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  739. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  740. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  741. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  742. -E
  743. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  744. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  745. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  746. -E
  747. -P 1 1 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  748. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg '/users4/bigtmp/remerSAAa04090' '/users4/bigtmp/remerSAAa04090'
  749. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  750. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  751. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  752. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  753. -E
  754. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  755. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  756. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  757. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  758. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  759. -E
  760. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  761. -b +18+1 'Intensity from color'
  762. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  763. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  764. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  765. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  766. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  767. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  768. -E
  769. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  770. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  771. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  772. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  773. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  774. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  775. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  776. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  777. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  778. -E
  779. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  780. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  781. -E
  782. -E
  783. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  784. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  785. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  786. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  787. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  788. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  789. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  790. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  791. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  792. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  793. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  794. -g 1 1 18x1+1+13 'ReMerge'
  795. -g 1 0 18x1+1+13 'RegLab'
  796. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  797. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  798. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  799. -g 1 0 18x1+1+18 'ShowEdges'
  800. -g 1 0 18x1+1+19 'ShowLines'
  801. -g 1 0 18x1+1+21 'intensity'
  802. -g 1 0 18x1+1+23 'VisImages'
  803. -H 1  18x2+1+25 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  804. -Q 1 0 18x2+1+27 'QUIT'
  805. -E
  806. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  807. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  808. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  809. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  810. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  811. -E
  812. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  813. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  814. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  815. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  816. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  817. -E
  818. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  819. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  820. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  821. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  822. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  823. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  824. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  825. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  826. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  827. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  828. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  829. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  830. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  831. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  832. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  833. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  834. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  835. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  836. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  837. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  838. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  839. -E
  840. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  841. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  842. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  843. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  844. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  845. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  846. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  847. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  848. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  849. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  850. -E
  851. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  852. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  853. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  854. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  855. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  856. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  857. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  858. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  859. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  860. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  861. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  862. -E
  863. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  864. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  865. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  866. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  867. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  868. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  869. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  870. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  871. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  872. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  873. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  874. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  875. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  876. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  877. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  878. -E
  879. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  880. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  881. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  882. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  883. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  884. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  885. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  886. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  887. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  888. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  889. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  890. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  891. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  892. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  893. -E
  894. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  895. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  896. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  897. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  898. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  899. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  900. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  901. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  902. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  903. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  904. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  905. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  906. -E
  907. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  908. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  909. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  910. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  911. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  912. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  913. -E
  914. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  915. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  916. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  917. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  918. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  919. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  920. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  921. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  922. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  923. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  924. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  925. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  926. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  927. -E
  928. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  929. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  930. -E
  931. -P 1 1 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  932. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg '/users4/bigtmp/regsuTAAa04090' '/users4/bigtmp/regsuTAAa04090'
  933. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg '/users4/bigtmp/nknorRAAa04090' '/users4/bigtmp/nknorRAAa04090'
  934. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector 16 'RSector'
  935. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector 16 'CSector'
  936. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  937. -f 1 1 1 1 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh 1.1 'NormalMergeThreshold'
  938. -f 1 1 1 1 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta 2.5 'RemergeTheta'
  939. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  940. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  941. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  942. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  943. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  944. -E
  945. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg '/users4/bigtmp/remerSAAa04090' '/users4/bigtmp/remerSAAa04090'
  946. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  947. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  948. -E
  949. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  950. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg
  951. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  952. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  953. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  954. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  955. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  956. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  957. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  958. -E
  959. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  960. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  961. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg
  962. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  963. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  964. -E
  965. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  966. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  967. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  968. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  969. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  970. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  971. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  972. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  973. -E
  974. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  975. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  976. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  977. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  978. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  979. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  980. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  981. -E
  982. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  983. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  984. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  985. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  986. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  987. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  988. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  989. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  990. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  991. -E
  992. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  993. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  994. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  995. -E
  996. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  997. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  998. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  999. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  1000. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  1001. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  1002. -E
  1003. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  1004. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  1005. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  1006. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  1007. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  1008. -E
  1009. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  1010. -b +18+1 'Intensity from color'
  1011. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  1012. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  1013. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  1014. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  1015. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  1016. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  1017. -E
  1018. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  1019. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  1020. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  1021. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  1022. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  1023. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  1024. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  1025. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  1026. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  1027. -E
  1028. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  1029. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  1030. -E
  1031. -E
  1032. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  1033. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  1034. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  1035. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  1036. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  1037. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  1038. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  1039. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  1040. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  1041. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  1042. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  1043. -g 1 0 18x1+1+13 'ReMerge'
  1044. -g 1 0 18x1+1+13 'RegLab'
  1045. -g 1 1 18x1+1+14 'RegSupp'
  1046. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  1047. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  1048. -g 1 0 18x1+1+18 'ShowEdges'
  1049. -g 1 0 18x1+1+19 'ShowLines'
  1050. -g 1 0 18x1+1+21 'intensity'
  1051. -g 1 0 18x1+1+23 'VisImages'
  1052. -H 1  18x2+1+25 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  1053. -Q 1 0 18x2+1+27 'QUIT'
  1054. -E
  1055. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  1056. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  1057. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  1058. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  1059. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  1060. -E
  1061. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  1062. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  1063. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  1064. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  1065. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  1066. -E
  1067. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  1068. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  1069. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  1070. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  1071. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  1072. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  1073. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  1074. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  1075. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  1076. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  1077. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  1078. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  1079. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  1080. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  1081. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  1082. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  1083. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  1084. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  1085. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  1086. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  1087. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  1088. -E
  1089. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  1090. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  1091. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  1092. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  1093. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  1094. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  1095. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  1096. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  1097. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  1098. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  1099. -E
  1100. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  1101. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  1102. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  1103. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  1104. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  1105. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  1106. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  1107. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  1108. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  1109. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  1110. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  1111. -E
  1112. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  1113. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  1114. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  1115. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  1116. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  1117. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  1118. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  1119. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  1120. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  1121. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  1122. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  1123. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  1124. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  1125. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  1126. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  1127. -E
  1128. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  1129. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  1130. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  1131. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  1132. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  1133. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  1134. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  1135. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  1136. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  1137. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  1138. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  1139. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  1140. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  1141. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  1142. -E
  1143. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  1144. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  1145. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  1146. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  1147. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  1148. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  1149. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  1150. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  1151. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  1152. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  1153. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  1154. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  1155. -E
  1156. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  1157. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  1158. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  1159. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  1160. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  1161. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  1162. -E
  1163. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  1164. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  1165. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  1166. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  1167. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  1168. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  1169. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  1170. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  1171. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  1172. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  1173. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  1174. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  1175. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  1176. -E
  1177. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  1178. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  1179. -E
  1180. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  1181. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  1182. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg
  1183. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector
  1184. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector
  1185. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  1186. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh
  1187. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta
  1188. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  1189. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  1190. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  1191. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  1192. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  1193. -E
  1194. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  1195. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  1196. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  1197. -E
  1198. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  1199. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg
  1200. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  1201. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  1202. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  1203. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  1204. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  1205. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  1206. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  1207. -E
  1208. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  1209. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  1210. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg
  1211. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  1212. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  1213. -E
  1214. -P 1 1 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  1215. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg '/users4/bigtmp/reglaUAAa04090' '/users4/bigtmp/reglaUAAa04090'
  1216. -I 1 0 1 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg '/users4/bigtmp/nknorRAAa04090' '/users4/bigtmp/nknorRAAa04090'
  1217. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  1218. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  1219. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg '/users4/bigtmp/regsuTAAa04090' '/users4/bigtmp/regsuTAAa04090'
  1220. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  1221. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  1222. -E
  1223. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  1224. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  1225. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  1226. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  1227. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  1228. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  1229. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  1230. -E
  1231. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  1232. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  1233. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  1234. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  1235. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  1236. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  1237. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  1238. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  1239. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  1240. -E
  1241. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  1242. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  1243. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  1244. -E
  1245. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  1246. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  1247. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  1248. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  1249. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  1250. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  1251. -E
  1252. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  1253. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  1254. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  1255. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  1256. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  1257. -E
  1258. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  1259. -b +18+1 'Intensity from color'
  1260. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  1261. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  1262. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  1263. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  1264. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  1265. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  1266. -E
  1267. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  1268. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  1269. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  1270. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  1271. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  1272. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  1273. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  1274. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  1275. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  1276. -E
  1277. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  1278. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  1279. -E
  1280. -E
  1281. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  1282. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  1283. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  1284. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  1285. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  1286. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  1287. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  1288. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  1289. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  1290. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  1291. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  1292. -g 1 0 18x1+1+13 'ReMerge'
  1293. -g 1 1 18x1+1+13 'RegLab'
  1294. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  1295. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  1296. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  1297. -g 1 0 18x1+1+18 'ShowEdges'
  1298. -g 1 0 18x1+1+19 'ShowLines'
  1299. -g 1 0 18x1+1+21 'intensity'
  1300. -g 1 0 18x1+1+23 'VisImages'
  1301. -H 1  18x2+1+25 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  1302. -Q 1 0 18x2+1+27 'QUIT'
  1303. -E
  1304. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  1305. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  1306. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  1307. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  1308. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  1309. -E
  1310. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  1311. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  1312. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  1313. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  1314. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  1315. -E
  1316. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  1317. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  1318. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  1319. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  1320. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  1321. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  1322. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  1323. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  1324. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  1325. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  1326. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  1327. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  1328. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  1329. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  1330. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  1331. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  1332. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  1333. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  1334. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  1335. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  1336. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  1337. -E
  1338. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  1339. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  1340. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  1341. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  1342. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  1343. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  1344. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  1345. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  1346. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  1347. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  1348. -E
  1349. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  1350. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  1351. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  1352. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  1353. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  1354. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  1355. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  1356. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  1357. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  1358. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  1359. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  1360. -E
  1361. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  1362. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  1363. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  1364. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  1365. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  1366. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  1367. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  1368. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  1369. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  1370. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  1371. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  1372. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  1373. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  1374. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  1375. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  1376. -E
  1377. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  1378. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  1379. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  1380. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  1381. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  1382. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  1383. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  1384. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  1385. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  1386. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  1387. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  1388. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  1389. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  1390. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  1391. -E
  1392. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  1393. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  1394. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  1395. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  1396. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  1397. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  1398. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  1399. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  1400. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  1401. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  1402. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  1403. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  1404. -E
  1405. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  1406. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  1407. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  1408. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  1409. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  1410. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  1411. -E
  1412. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  1413. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  1414. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  1415. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  1416. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  1417. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  1418. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  1419. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  1420. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  1421. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  1422. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  1423. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  1424. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  1425. -E
  1426. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  1427. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  1428. -E
  1429. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  1430. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  1431. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg
  1432. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector
  1433. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector
  1434. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  1435. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh
  1436. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta
  1437. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  1438. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  1439. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  1440. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  1441. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  1442. -E
  1443. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  1444. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  1445. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  1446. -E
  1447. -P 1 1 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  1448. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg '/users4/bigtmp/genmuQAAa04090' '/users4/bigtmp/genmuQAAa04090'
  1449. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  1450. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector 16 'RSector'
  1451. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector 16 'CSector'
  1452. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  1453. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  1454. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  1455. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  1456. -E
  1457. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  1458. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  1459. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg '/users4/bigtmp/reglaUAAa04090' '/users4/bigtmp/reglaUAAa04090'
  1460. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  1461. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  1462. -E
  1463. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  1464. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  1465. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  1466. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  1467. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  1468. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  1469. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  1470. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  1471. -E
  1472. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  1473. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  1474. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  1475. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  1476. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  1477. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  1478. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  1479. -E
  1480. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  1481. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  1482. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  1483. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  1484. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  1485. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  1486. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  1487. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  1488. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  1489. -E
  1490. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  1491. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  1492. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  1493. -E
  1494. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  1495. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  1496. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  1497. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  1498. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  1499. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  1500. -E
  1501. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  1502. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  1503. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  1504. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  1505. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  1506. -E
  1507. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  1508. -b +18+1 'Intensity from color'
  1509. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  1510. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  1511. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  1512. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  1513. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  1514. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  1515. -E
  1516. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  1517. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  1518. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  1519. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  1520. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  1521. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  1522. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  1523. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  1524. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  1525. -E
  1526. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  1527. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  1528. -E
  1529. -E
  1530. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  1531. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  1532. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  1533. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  1534. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  1535. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  1536. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  1537. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  1538. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  1539. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  1540. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  1541. -g 1 0 18x1+1+13 'ReMerge'
  1542. -g 1 0 18x1+1+13 'RegLab'
  1543. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  1544. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  1545. -g 1 1 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  1546. -g 1 0 18x1+1+18 'ShowEdges'
  1547. -g 1 0 18x1+1+19 'ShowLines'
  1548. -g 1 0 18x1+1+21 'intensity'
  1549. -g 1 0 18x1+1+23 'VisImages'
  1550. -H 1  18x2+1+25 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  1551. -Q 1 0 18x2+1+27 'QUIT'
  1552. -E
  1553. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  1554. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  1555. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  1556. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  1557. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  1558. -E
  1559. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  1560. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  1561. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  1562. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  1563. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  1564. -E
  1565. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  1566. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  1567. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  1568. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  1569. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  1570. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  1571. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  1572. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  1573. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  1574. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  1575. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  1576. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  1577. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  1578. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  1579. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  1580. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  1581. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  1582. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  1583. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  1584. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  1585. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  1586. -E
  1587. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  1588. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  1589. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  1590. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  1591. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  1592. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  1593. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  1594. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  1595. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  1596. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  1597. -E
  1598. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  1599. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  1600. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  1601. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  1602. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  1603. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  1604. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  1605. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  1606. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  1607. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  1608. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  1609. -E
  1610. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  1611. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  1612. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  1613. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  1614. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  1615. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  1616. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  1617. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  1618. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  1619. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  1620. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  1621. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  1622. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  1623. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  1624. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  1625. -E
  1626. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  1627. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  1628. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  1629. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  1630. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  1631. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  1632. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  1633. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  1634. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  1635. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  1636. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  1637. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  1638. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  1639. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  1640. -E
  1641. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  1642. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  1643. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  1644. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  1645. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  1646. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  1647. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  1648. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  1649. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  1650. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  1651. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  1652. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  1653. -E
  1654. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  1655. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  1656. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  1657. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  1658. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  1659. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  1660. -E
  1661. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  1662. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  1663. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  1664. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  1665. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  1666. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  1667. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  1668. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  1669. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  1670. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  1671. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  1672. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  1673. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  1674. -E
  1675. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  1676. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  1677. -E
  1678. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  1679. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  1680. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg
  1681. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector
  1682. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector
  1683. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  1684. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh
  1685. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta
  1686. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  1687. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  1688. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  1689. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  1690. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  1691. -E
  1692. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  1693. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  1694. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  1695. -E
  1696. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  1697. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg
  1698. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  1699. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  1700. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  1701. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  1702. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  1703. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  1704. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  1705. -E
  1706. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  1707. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  1708. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg
  1709. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  1710. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  1711. -E
  1712. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  1713. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  1714. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  1715. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  1716. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  1717. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  1718. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  1719. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  1720. -E
  1721. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  1722. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  1723. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  1724. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  1725. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  1726. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  1727. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  1728. -E
  1729. -P 1 1 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  1730. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg '/users4/bigtmp/if_elZAAa04090' '/users4/bigtmp/if_elZAAa04090'
  1731. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations 5 'WeymouthIterations'
  1732. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  1733. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  1734. -T 1 1 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version 2
  1735. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal 1
  1736. -l 1 0 1 1 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified 0
  1737. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  1738. -E
  1739. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg '/users4/bigtmp/weymoVAAa04090' '/users4/bigtmp/weymoVAAa04090'
  1740. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  1741. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  1742. -E
  1743. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  1744. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  1745. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  1746. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  1747. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  1748. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  1749. -E
  1750. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  1751. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  1752. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  1753. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  1754. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  1755. -E
  1756. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  1757. -b +18+1 'Intensity from color'
  1758. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  1759. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  1760. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  1761. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  1762. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  1763. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  1764. -E
  1765. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  1766. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  1767. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  1768. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  1769. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  1770. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  1771. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  1772. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  1773. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  1774. -E
  1775. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  1776. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  1777. -E
  1778. -E
  1779. -M 1 0 100x40+10+20 +31+1 'File Information' info
  1780. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  1781. -g 1 0 18x1+1+1 'VIFF Information'
  1782. -g 1 1 18x1+1+2 'Image (2D) Stats'
  1783. -g 1 0 18x1+1+3 'Signal (1D) Stats'
  1784. -g 1 0 18x1+1+4 '1D Peak Detector'
  1785. -g 1 0 18x1+1+6 'Extract VIFF Data'
  1786. -g 1 0 18x1+1+8 'Print Data'
  1787. -g 1 0 18x1+1+9 'Print Map Data'
  1788. -g 1 0 18x1+1+11 'Edit VIFF Comment'
  1789. -g 1 0 18x1+1+12 'Edit VIFF Header'
  1790. -g 1 0 18x1+1+14 'ASCII File Viewer'
  1791. -H 1  18x2+1+16 'HELP' 'guide help' KHOROS_HOME/doc/cantata/subforms/info/help
  1792. -Q 1 0 18x2+1+18 'QUIT'
  1793. -E
  1794. -P 1 0 80x38+22+2 +8+0 'Information about a VIFF Image File' vfileinfo
  1795. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' i
  1796. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f
  1797. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation ' vfileinfo
  1798. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vfileinfo' KHOROS_HOME/doc/manpages/vfileinfo.1
  1799. -E
  1800. -P 1 1 80x38+22+2 +7+0 'Compute Statistics on VIFF File (2-D)' vstats
  1801. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+1 +0+0 ' ' 'Input Image        ' 'input image' i '/users4/bigtmp/nknorRAAa04090' '/users4/bigtmp/nknorRAAa04090'
  1802. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Masking Image   ' 'statistics operation masking image' m ' ' ' '
  1803. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f '/users4/bigtmp/vstatBBAa28013' '/users4/bigtmp/vstatBBAa28013'
  1804. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'VIFF Output File' 'VIFF format output file' o '/users4/bigtmp/vstatVAAa01257' '/users4/bigtmp/vstatVAAa01257'
  1805. -b +3+5 'Select statistics for VIFF output file:  '
  1806. -l 1 1 1 1 0 30x1+5+6 +0+0 1 'Save ALL statistics ' 'False' 'True' 'if yes, all stats saved' all 0
  1807. -b +3+7 'OR Save (selected):'
  1808. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+8 +0+0 0 'mean                ' 'False' 'True' 'if yes, mean is a band of output' mu 0
  1809. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+9 +0+0 0 'variance            ' 'False' 'True' 'if yes, variance is a band of output' var 0
  1810. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+10 +0+0 0 'standard deviation  ' 'False' 'True' 'if yes, std deviation is a band of output' sd 0
  1811. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+11 +0+0 0 'rms                 ' 'False' 'True' 'if yes, rms is a band of output' rms 0
  1812. -l 1 1 1 1 0 30x1+5+12 +0+0 0 'maximum value       ' 'False' 'True' 'if yes, maximum value is a band of output' vmax 1
  1813. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+13 +0+0 0 'x coord of max value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of max value is a band of output' xmax 0
  1814. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+14 +0+0 0 'y coord of max value' 'False' 'True' 'if yes, y coord of max value is a band of output' ymax 0
  1815. -l 1 1 1 1 0 30x1+5+15 +0+0 0 'minimum value       ' 'False' 'True' 'if yes, minimum value is a band of output' vmin 1
  1816. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+16 +0+0 0 'x coord of min value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of min value is a band of output' xmin 0
  1817. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+17 +0+0 0 'y coord of min value' 'False' 'True' 'if yes, y coord of min value is a band of output' ymin 0
  1818. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+18 +0+0 0 'integral            ' 'False' 'True' 'if yes, integral value is a band of output' in 0
  1819. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+19 +0+0 0 'pos part of integral' 'False' 'True' 'if yes, pos part of integral is a band of output' pin 0
  1820. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+20 +0+0 0 'neg part of integral' 'False' 'True' 'if yes, neg part of integral is a band of output' nin 0
  1821. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+21 +0+0 0 'num contributing pts' 'False' 'True' 'if yes, num contributing pts is a band of output' pts 0
  1822. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+22 +0+0 0 'num positive points ' 'False' 'True' 'if yes, num positive pts is a band of output' ppts 0
  1823. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+23 +0+0 0 'num negative points ' 'False' 'True' 'if yes, num negative pts is a band of output' npts 0
  1824. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+24 +0+0 0 'skewness            ' 'False' 'True' 'if yes, skewness is a band of output' sk 0
  1825. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+25 +0+0 0 'kurtosis            ' 'False' 'True' 'if yes, kurtosis is a band of output' kur 0
  1826. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+26 +0+0 0 'entropy             ' 'False' 'True' 'if yes, entropy is a band of output' ent 0
  1827. -l 1 1 1 0 0 30x1+5+27 +0+0 0 'contrast            ' 'False' 'True' 'if yes, contrast is a band of output' con 0
  1828. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+29 +0+0 1 'Compute Each Data Band Separately?' 'No ' 'Yes' 'if yes, Compute each data band statistics separately' b
  1829. -R 1 0 1 13x2+1+31 'Execute' 'do operation ' vstats
  1830. -H 1  13x2+39+31 'Help' 'man page for vstats' KHOROS_HOME/doc/manpages/vstats.1
  1831. -E
  1832. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Compute Statistics on VIFF File (1-D)' dstats
  1833. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+1 +0+0 ' ' 'Input VIFF File     ' 'input file' i
  1834. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Masking File     ' 'statistics operation masking file' m
  1835. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output ASCII File' 'output ASCII file' f
  1836. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'VIFF Output File ' 'VIFF format output file' o
  1837. -b +3+5 'Select Statistics for VIFF Output File:  '
  1838. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+6 +0+0 1 'Save ALL statistics ' 'False' 'True' 'if yes, all stats saved' all
  1839. -b +3+7 'OR Save (selected):'
  1840. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+8 +0+0 0 'mean                ' 'False' 'True' 'if yes, mean is a band of output' mu
  1841. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+9 +0+0 0 'variance            ' 'False' 'True' 'if yes, variance is a band of output' var
  1842. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+10 +0+0 0 'standard deviation  ' 'False' 'True' 'if yes, std deviation is a band of output' sd
  1843. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+11 +0+0 0 'rms                 ' 'False' 'True' 'if yes, rms is a band of output' rms
  1844. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+12 +0+0 0 'maximum value       ' 'False' 'True' 'if yes, maximum value is a band of output' vmax
  1845. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+13 +0+0 0 'x coord of max value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of max value is a band of output' xmax
  1846. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+14 +0+0 0 'minimum value       ' 'False' 'True' 'if yes, minimum value is a band of output' vmin
  1847. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+15 +0+0 0 'x coord of min value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of min value is a band of output' xmin
  1848. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+16 +0+0 0 'integral            ' 'False' 'True' 'if yes, integral value is a band of output' in
  1849. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+17 +0+0 0 'pos part of integral' 'False' 'True' 'if yes, pos part of integral is a band of output' pin
  1850. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+18 +0+0 0 'neg part of integral' 'False' 'True' 'if yes, neg part of integral is a band of output' nin
  1851. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+19 +0+0 0 'num contributing pts' 'False' 'True' 'if yes, num contributing pts is a band of output' pts
  1852. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+20 +0+0 0 'num positive points ' 'False' 'True' 'if yes, num positive pts is a band of output' ppts
  1853. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+21 +0+0 0 'num negative points ' 'False' 'True' 'if yes, num negative pts is a band of output' npts
  1854. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+22 +0+0 0 'skewness            ' 'False' 'True' 'if yes, skewness is a band of output' sk
  1855. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+23 +0+0 0 'kurtosis            ' 'False' 'True' 'if yes, kurtosis is a band of output' kur
  1856. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+24 +0+0 0 'entropy             ' 'False' 'True' 'if yes, entropy is a band of output' ent
  1857. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+25 +0+0 0 'contrast            ' 'False' 'True' 'if yes, contrast is a band of output' con
  1858. -T 1 0 1 1 0 40x1+2+27 +0+0 1 'Data Processing Option (select one):' 'process dir. (0=down vectors, 1=across bands, 2=entire file)' d
  1859. -i 1 0 1 1 0 10x1+3+1 +0+0 0 2 1 'Across Bands' 'Process by Bands' d
  1860. -i 1 0 1 0 0 10x1+3+2 +0+0 0 2 0 'Down Vectors' 'direction of processing (1 = across bands, 0 = down vectors)' d
  1861. -i 1 0 1 0 0 10x1+3+3 +0+0 0 2 2 'Calculate One Stat Set for Entire File' 'Process by Bands' d
  1862. -E
  1863. -R 1 0 1 13x2+1+31 'Execute' 'do operation ' dstats
  1864. -H 1  13x2+39+31 'Help' 'man page for dstats' KHOROS_HOME/doc/manpages/dstats.1
  1865. -E
  1866. -P 1 0 80x40+22+2 +13+0 'Find Peaks or Troughs in Data' dpeakpick
  1867. -I 1 0 0 1 0 1 51x1+1+2 +0+0 ' ' 'Input File          ' 'input file' i ' '
  1868. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f ' '
  1869. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'VIFF Output File' 'VIFF format output file' o ' '
  1870. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+6 +0+0 1    'find peaks or troughs:' 'Troughs' 'Peaks' 'if true, find peaks ' p
  1871. -b +1+8 'Specify Number of Peaks or Troughs to Detect (N):'
  1872. -C 0
  1873. -l 1 0 1 1 0 40x1+4+9 +0+0 1     'Find All               ' 'False' 'True' 'Find all peaks or troughs' all
  1874. -i 1 0 1 0 0 42x1+4+10 +0+0 2 2 1 'Specify Number of Peaks' 'Number of peaks or troughs to find ' n
  1875. -E
  1876. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+12 +0+0 1    'Find ' 'max/min' 'first' 'if FALSE find first n, and if TRUE find max/min n, peaks or troughs' m
  1877. -b +22+12 'N peaks/troughs in sequence.'
  1878. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+13 +0+0 0    'Include Endpoints for P/T Designation' 'False' 'True' 'If TRUE, endpoints will be considered for peak designation' e
  1879. -i 1 0 1 1 0 42x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Window Size              ' 'Num steps on both sides of point on which to base peak decision' w
  1880. -f 1 0 1 0 0 42x1+2+16 +0+0 1 1 0 'Min Height to Width Ratio' 'min that abs value of average slope over window can be' hwr
  1881. -l 1 0 1 1 0 40x1+2+18 +0+0 1 'Data Processing Direction' 'Down Vectors' 'Across Bands' 'data processing direction (0 = down vectors, 1 = across bands)' d 1
  1882. -R 1 0 1 13x2+1+20 'Execute' 'do operation ' dpeakpick
  1883. -H 1   13x2+39+20 'Help' 'man page for dpeakpick' ~KHOROS_HOME/doc/manpages/dpeakpick.1
  1884. -E
  1885. -P 1 0 80x38+22+2 +6+0 'Extract Data for PARSER from a VIFF File' varviff
  1886. -b +0+1 'Connection Filenames:'
  1887. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File' 'input file' i1
  1888. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Gating VIFF File' 'input file that is passed to output unmodified (used to gate operation)' i2
  1889. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Optional Output File' 'connecting file' o
  1890. -b +0+6 'Location of Data in VIFF Structure:'
  1891. -i 1 0 0 1 1 30x1+2+7 +0+0 0 0 0 'X location ' 'x location' x
  1892. -i 1 0 0 1 1 30x1+2+8 +0+0 0 0 0 'Y location ' 'y location' y
  1893. -i 1 0 0 1 1 30x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Band number' 'band number' b
  1894. -s 1 0 0 1 1 47x1+0+11 +0+0 ' ' 'Data Variable Name:' 'variable' v
  1895. -R 1 0 4 13x2+1+13 'Execute' 'Execute operation' varviff
  1896. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'Man page for varviff' KHOROS_HOME/doc/manpages/varviff.1
  1897. -E
  1898. -P 1 0 80x38+22+2 +4+0 'Print (Image or Plot) Data to the Screen File' vprdata
  1899. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' i
  1900. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Output ASCII File' 'output ASCII file' f
  1901. -l 1 0 1 1 0 50x1+2+7 +0+0 1 'Print Data Format:' 'Column Form' 'Matrix Form' 'if yes (default) print data as matrix, if no then column' m
  1902. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' vprdata
  1903. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vprdata' KHOROS_HOME/doc/manpages/vprdata.1
  1904. -E
  1905. -P 1 0 80x38+22+2 +15+0 'Print the Colormap Values' vprmap
  1906. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image  ' 'input image filename' i
  1907. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f
  1908. -l 1 0 1 1 0 50x1+2+7 +0+0 1 'Print Values Format:' 'Column Form' 'Matrix Form' 'default: print data as matrix' m
  1909. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation ' vprmap
  1910. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vprmap' KHOROS_HOME/doc/manpages/vprmap.1
  1911. -E
  1912. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Change the Comment Field on a VIFF Image File' vcomment
  1913. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'input image' i
  1914. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' xterm -e vcomment
  1915. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vcomment' KHOROS_HOME/doc/manpages/vcomment.1
  1916. -E
  1917. -P 1 0 80x38+22+2 +17+0 'Edit VIFF Header' vheaded
  1918. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input image ' 'Input image' i
  1919. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output image' 'output image' o
  1920. -l 1 0 1 1 0 50x1+2+5 +0+0 0 'Edit dangerous fields' 'No' 'Yes' 'edit dangerous fields' danger
  1921. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'execute operation' xterm -e vheaded
  1922. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vheaded' KHOROS_HOME/doc/manpages/vheaded.1
  1923. -E
  1924. -P 1 0 80x38+22+2 +17+0 'View an ASCII File' xvviewer
  1925. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Filename' 'filename to view' i
  1926. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation ' xvviewer
  1927. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for xvviewer' KHOROS_HOME/doc/manpages/xvviewer.1
  1928. -E
  1929. -E
  1930. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Standard Control Structures' control
  1931. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  1932. -g 1 0 18x1+1+2 'Count-Loop'
  1933. -g 1 0 18x1+1+3 'While-Loop'
  1934. -g 1 0 18x1+1+5 'If-Then-Else'
  1935. -g 1 1 18x1+1+6 'Merge'
  1936. -H 1  18x2+1+11 'HELP' 'guide help' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/help/Overview
  1937. -Q 1 0 18x2+1+13 'QUIT'
  1938. -E
  1939. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'Counting-Loop Control Structure' count_loop
  1940. -b +0+1 'Counting-Loop Parameters:'
  1941. -s 1 0 0 1 0 40x1+1+2 +0+0 ' ' 'Loop Control Variable' 'loop control variable' lcv
  1942. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+3 +0+0 0 0 1 'Initial Value     ' 'initial value' init
  1943. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+4 +0+0 0 0 1 'Increment Value   ' 'increment value' incr
  1944. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+5 +0+0 0 0 1 'Final Value       ' 'test value' test
  1945. -b +0+6 'Control Path Connections:'
  1946. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+7 +0+0 ' ' 'Initial input' 'Initial input file' i_in
  1947. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +0+0 ' ' '   Loop input ' 'Loop input file' i_lp
  1948. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Exit output' 'Exit output file' o_ex
  1949. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+10 +0+0 ' ' '   Loop output' 'Loop output file' o_lp
  1950. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for count_loop' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/count_loop/help
  1951. -E
  1952. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'While-Loop Control Structure' while_loop
  1953. -b +0+1 'While-Loop Parameters:'
  1954. -i 1 0 1 0 0 50x1+1+2 +0+0 0 0 1 'Initial Expression' 'Initial expression' init
  1955. -i 1 0 1 0 0 50x1+1+3 +0+0 0 0 1 'Update Expression ' 'Update expression' update
  1956. -i 1 0 0 1 0 50x1+1+4 +0+0 0 0 1 '   Test Condition    ' 'Test condition' test
  1957. -b +0+6 'Control Path Connections:'
  1958. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+7 +0+0 ' ' 'Initial input' 'Initial input file' i_in
  1959. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +0+0 ' ' '   Loop input ' 'Loop input file' i_lp
  1960. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Exit output' 'Exit output file' o_ex
  1961. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+10 +0+0 ' ' '   Loop output' 'Loop output file' o_lp
  1962. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for while_loop' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/while_loop/help
  1963. -E
  1964. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'If-Then-Else Control Structure' if_else
  1965. -i 1 0 0 1 0 50x1+1+2 +0+0 0 0 1 'If Conditional Expression' 'Boolean expression' cond
  1966. -b +0+4 'Control Path Connections:'
  1967. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+5 +3+0 ' ' 'Input ' 'input_file' i
  1968. -b +1+6 'Then (TRUE)'
  1969. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+7 +3+0 ' ' 'Output' 'TRUE output file' o1
  1970. -b +1+8 'Else (FALSE)'
  1971. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Output' 'FALSE output file' o2
  1972. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for if_then_else' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/if_else/help
  1973. -E
  1974. -P 1 1 80x38+22+2 +18+0 'Merge Structure' merge
  1975. -b +1+2 'Control Path Connections:'
  1976. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+4 +3+0 ' ' 'Input 1' 'input file 1' i1 '/users4/bigtmp/intenAAAa04090' '/users4/bigtmp/intenAAAa04090'
  1977. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+6 +0+0 ' ' 'Input 2' 'input file 2' i2 ' ' ' '
  1978. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +3+0 ' ' 'Output ' 'output file' o '/users4/bigtmp/mergeWAAa04090' '/users4/bigtmp/mergeWAAa04090'
  1979. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for merge' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/merge/help
  1980. -E
  1981. -E
  1982. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  1983. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  1984. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  1985. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  1986. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  1987. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  1988. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  1989. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  1990. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  1991. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  1992. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  1993. -g 1 1 18x1+1+13 'ReMerge'
  1994. -g 1 0 18x1+1+13 'RegLab'
  1995. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  1996. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  1997. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  1998. -g 1 0 18x1+1+18 'ShowEdges'
  1999. -g 1 0 18x1+1+19 'ShowLines'
  2000. -g 1 0 18x1+1+21 'intensity'
  2001. -g 1 0 18x1+1+23 'VisImages'
  2002. -H 1  18x2+1+25 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  2003. -Q 1 0 18x2+1+27 'QUIT'
  2004. -E
  2005. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  2006. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  2007. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  2008. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  2009. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  2010. -E
  2011. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  2012. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  2013. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  2014. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  2015. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  2016. -E
  2017. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  2018. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  2019. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  2020. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  2021. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  2022. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  2023. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  2024. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  2025. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  2026. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  2027. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  2028. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  2029. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  2030. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  2031. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  2032. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  2033. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  2034. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  2035. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  2036. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  2037. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  2038. -E
  2039. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  2040. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  2041. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  2042. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  2043. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  2044. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  2045. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  2046. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  2047. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  2048. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  2049. -E
  2050. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  2051. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  2052. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  2053. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  2054. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  2055. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  2056. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  2057. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  2058. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  2059. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  2060. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  2061. -E
  2062. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  2063. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  2064. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  2065. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  2066. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  2067. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  2068. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  2069. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  2070. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  2071. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  2072. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  2073. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  2074. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  2075. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  2076. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  2077. -E
  2078. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  2079. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  2080. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  2081. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  2082. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  2083. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  2084. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  2085. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  2086. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  2087. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  2088. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  2089. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  2090. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  2091. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  2092. -E
  2093. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  2094. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  2095. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  2096. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  2097. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  2098. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  2099. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  2100. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  2101. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  2102. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  2103. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  2104. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  2105. -E
  2106. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  2107. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  2108. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  2109. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  2110. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  2111. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  2112. -E
  2113. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  2114. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  2115. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  2116. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  2117. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  2118. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  2119. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  2120. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  2121. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  2122. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  2123. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  2124. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  2125. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  2126. -E
  2127. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  2128. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  2129. -E
  2130. -P 1 1 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  2131. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg '/users4/bigtmp/regsuTAAa04090' '/users4/bigtmp/regsuTAAa04090'
  2132. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg '/users4/bigtmp/nknorRAAa04090' '/users4/bigtmp/nknorRAAa04090'
  2133. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector 16 'RSector'
  2134. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector 16 'CSector'
  2135. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  2136. -f 1 1 1 1 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh 1.7 'StrongMergeThreshold'
  2137. -f 1 1 1 1 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta 2.5 'RemergeTheta'
  2138. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  2139. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  2140. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  2141. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  2142. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  2143. -E
  2144. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg '/users4/bigtmp/remerXAAa04090' '/users4/bigtmp/remerXAAa04090'
  2145. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  2146. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  2147. -E
  2148. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  2149. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg
  2150. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  2151. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  2152. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  2153. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  2154. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  2155. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  2156. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  2157. -E
  2158. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  2159. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  2160. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg
  2161. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  2162. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  2163. -E
  2164. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  2165. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  2166. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  2167. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  2168. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  2169. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  2170. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  2171. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  2172. -E
  2173. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  2174. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  2175. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  2176. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  2177. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  2178. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  2179. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  2180. -E
  2181. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  2182. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  2183. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  2184. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  2185. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  2186. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  2187. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  2188. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  2189. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  2190. -E
  2191. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  2192. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  2193. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  2194. -E
  2195. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  2196. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  2197. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  2198. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  2199. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  2200. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  2201. -E
  2202. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  2203. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  2204. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  2205. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  2206. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  2207. -E
  2208. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  2209. -b +18+1 'Intensity from color'
  2210. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  2211. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  2212. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  2213. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  2214. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  2215. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  2216. -E
  2217. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  2218. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  2219. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  2220. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  2221. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  2222. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  2223. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  2224. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  2225. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  2226. -E
  2227. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  2228. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  2229. -E
  2230. -E
  2231. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  2232. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  2233. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  2234. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  2235. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  2236. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  2237. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  2238. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  2239. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  2240. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  2241. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  2242. -g 1 1 18x1+1+13 'ReMerge'
  2243. -g 1 0 18x1+1+13 'RegLab'
  2244. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  2245. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  2246. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  2247. -g 1 0 18x1+1+18 'ShowEdges'
  2248. -g 1 0 18x1+1+19 'ShowLines'
  2249. -g 1 0 18x1+1+21 'intensity'
  2250. -g 1 0 18x1+1+23 'VisImages'
  2251. -H 1  18x2+1+25 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  2252. -Q 1 0 18x2+1+27 'QUIT'
  2253. -E
  2254. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  2255. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  2256. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  2257. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  2258. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  2259. -E
  2260. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  2261. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  2262. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  2263. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  2264. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  2265. -E
  2266. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  2267. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  2268. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  2269. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  2270. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  2271. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  2272. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  2273. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  2274. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  2275. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  2276. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  2277. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  2278. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  2279. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  2280. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  2281. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  2282. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  2283. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  2284. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  2285. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  2286. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  2287. -E
  2288. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  2289. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  2290. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  2291. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  2292. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  2293. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  2294. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  2295. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  2296. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  2297. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  2298. -E
  2299. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  2300. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  2301. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  2302. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  2303. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  2304. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  2305. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  2306. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  2307. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  2308. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  2309. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  2310. -E
  2311. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  2312. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  2313. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  2314. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  2315. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  2316. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  2317. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  2318. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  2319. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  2320. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  2321. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  2322. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  2323. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  2324. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  2325. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  2326. -E
  2327. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  2328. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  2329. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  2330. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  2331. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  2332. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  2333. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  2334. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  2335. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  2336. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  2337. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  2338. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  2339. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  2340. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  2341. -E
  2342. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  2343. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  2344. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  2345. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  2346. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  2347. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  2348. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  2349. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  2350. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  2351. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  2352. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  2353. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  2354. -E
  2355. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  2356. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  2357. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  2358. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  2359. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  2360. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  2361. -E
  2362. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  2363. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  2364. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  2365. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  2366. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  2367. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  2368. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  2369. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  2370. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  2371. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  2372. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  2373. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  2374. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  2375. -E
  2376. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  2377. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  2378. -E
  2379. -P 1 1 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  2380. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg '/users4/bigtmp/regsuTAAa04090' '/users4/bigtmp/regsuTAAa04090'
  2381. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg '/users4/bigtmp/nknorRAAa04090' '/users4/bigtmp/nknorRAAa04090'
  2382. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector 16 'RSector '
  2383. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector 16 'CSector'
  2384. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  2385. -f 1 1 1 1 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh 0.6 'WeakMergeThreshold'
  2386. -f 1 1 1 1 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta 2.5 'RemergeTheta'
  2387. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  2388. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  2389. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  2390. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  2391. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  2392. -E
  2393. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg '/users4/bigtmp/remerYAAa04090' '/users4/bigtmp/remerYAAa04090'
  2394. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  2395. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  2396. -E
  2397. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  2398. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg
  2399. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  2400. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  2401. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  2402. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  2403. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  2404. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  2405. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  2406. -E
  2407. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  2408. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  2409. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg
  2410. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  2411. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  2412. -E
  2413. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  2414. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  2415. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  2416. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  2417. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  2418. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  2419. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  2420. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  2421. -E
  2422. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  2423. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  2424. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  2425. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  2426. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  2427. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  2428. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  2429. -E
  2430. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  2431. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  2432. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  2433. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  2434. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  2435. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  2436. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  2437. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  2438. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  2439. -E
  2440. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  2441. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  2442. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  2443. -E
  2444. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  2445. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  2446. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  2447. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  2448. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  2449. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  2450. -E
  2451. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  2452. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  2453. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  2454. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  2455. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  2456. -E
  2457. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  2458. -b +18+1 'Intensity from color'
  2459. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  2460. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  2461. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  2462. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  2463. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  2464. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  2465. -E
  2466. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  2467. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  2468. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  2469. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  2470. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  2471. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  2472. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  2473. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  2474. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  2475. -E
  2476. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  2477. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  2478. -E
  2479. -E
  2480. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  2481. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  2482. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  2483. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  2484. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  2485. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  2486. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  2487. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  2488. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  2489. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  2490. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  2491. -g 1 0 18x1+1+13 'ReMerge'
  2492. -g 1 0 18x1+1+13 'RegLab'
  2493. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  2494. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  2495. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  2496. -g 1 1 18x1+1+18 'ShowEdges'
  2497. -g 1 0 18x1+1+19 'ShowLines'
  2498. -g 1 0 18x1+1+21 'intensity'
  2499. -g 1 0 18x1+1+23 'VisImages'
  2500. -H 1  18x2+1+25 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  2501. -Q 1 0 18x2+1+27 'QUIT'
  2502. -E
  2503. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  2504. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  2505. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  2506. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  2507. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  2508. -E
  2509. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  2510. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  2511. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  2512. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  2513. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  2514. -E
  2515. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  2516. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  2517. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  2518. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  2519. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  2520. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  2521. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  2522. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  2523. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  2524. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  2525. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  2526. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  2527. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  2528. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  2529. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  2530. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  2531. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  2532. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  2533. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  2534. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  2535. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  2536. -E
  2537. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  2538. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  2539. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  2540. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  2541. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  2542. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  2543. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  2544. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  2545. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  2546. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  2547. -E
  2548. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  2549. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  2550. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  2551. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  2552. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  2553. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  2554. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  2555. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  2556. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  2557. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  2558. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  2559. -E
  2560. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  2561. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  2562. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  2563. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  2564. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  2565. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  2566. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  2567. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  2568. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  2569. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  2570. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  2571. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  2572. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  2573. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  2574. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  2575. -E
  2576. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  2577. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  2578. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  2579. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  2580. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  2581. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  2582. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  2583. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  2584. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  2585. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  2586. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  2587. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  2588. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  2589. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  2590. -E
  2591. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  2592. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  2593. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  2594. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  2595. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  2596. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  2597. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  2598. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  2599. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  2600. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  2601. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  2602. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  2603. -E
  2604. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  2605. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  2606. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  2607. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  2608. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  2609. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  2610. -E
  2611. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  2612. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  2613. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  2614. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  2615. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  2616. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  2617. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  2618. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  2619. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  2620. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  2621. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  2622. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  2623. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  2624. -E
  2625. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  2626. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  2627. -E
  2628. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  2629. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  2630. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg
  2631. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector
  2632. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector
  2633. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  2634. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh
  2635. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta
  2636. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  2637. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  2638. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  2639. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  2640. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  2641. -E
  2642. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  2643. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  2644. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  2645. -E
  2646. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  2647. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg
  2648. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  2649. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  2650. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  2651. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  2652. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  2653. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  2654. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  2655. -E
  2656. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  2657. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  2658. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg
  2659. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  2660. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  2661. -E
  2662. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  2663. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  2664. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  2665. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  2666. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  2667. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  2668. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  2669. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  2670. -E
  2671. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  2672. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  2673. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  2674. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  2675. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  2676. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  2677. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  2678. -E
  2679. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  2680. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  2681. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  2682. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  2683. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  2684. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  2685. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  2686. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  2687. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  2688. -E
  2689. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  2690. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  2691. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  2692. -E
  2693. -P 1 1 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  2694. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg '/users4/bigtmp/remerXAAa04090' '/users4/bigtmp/remerXAAa04090'
  2695. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  2696. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  2697. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  2698. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  2699. -E
  2700. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  2701. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  2702. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  2703. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  2704. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  2705. -E
  2706. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  2707. -b +18+1 'Intensity from color'
  2708. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  2709. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  2710. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  2711. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  2712. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  2713. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  2714. -E
  2715. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  2716. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  2717. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  2718. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  2719. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  2720. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  2721. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  2722. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  2723. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  2724. -E
  2725. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  2726. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  2727. -E
  2728. -E
  2729. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  2730. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  2731. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  2732. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  2733. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  2734. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  2735. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  2736. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  2737. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  2738. -g 1 0 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  2739. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  2740. -g 1 0 18x1+1+13 'ReMerge'
  2741. -g 1 0 18x1+1+13 'RegLab'
  2742. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  2743. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  2744. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  2745. -g 1 1 18x1+1+18 'ShowEdges'
  2746. -g 1 0 18x1+1+19 'ShowLines'
  2747. -g 1 0 18x1+1+21 'intensity'
  2748. -g 1 0 18x1+1+23 'VisImages'
  2749. -H 1  18x2+1+25 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  2750. -Q 1 0 18x2+1+27 'QUIT'
  2751. -E
  2752. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  2753. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  2754. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  2755. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  2756. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  2757. -E
  2758. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  2759. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  2760. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  2761. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  2762. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  2763. -E
  2764. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  2765. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  2766. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  2767. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  2768. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  2769. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  2770. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  2771. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  2772. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  2773. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  2774. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  2775. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  2776. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  2777. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  2778. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  2779. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  2780. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  2781. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  2782. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  2783. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  2784. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  2785. -E
  2786. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  2787. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  2788. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  2789. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  2790. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  2791. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  2792. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  2793. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  2794. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  2795. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  2796. -E
  2797. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  2798. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  2799. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  2800. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  2801. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  2802. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  2803. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  2804. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  2805. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  2806. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  2807. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  2808. -E
  2809. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  2810. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  2811. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  2812. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  2813. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  2814. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  2815. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  2816. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  2817. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  2818. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  2819. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  2820. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  2821. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  2822. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  2823. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  2824. -E
  2825. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  2826. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  2827. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  2828. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  2829. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  2830. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  2831. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  2832. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  2833. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  2834. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  2835. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  2836. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  2837. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  2838. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  2839. -E
  2840. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  2841. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  2842. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  2843. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  2844. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  2845. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  2846. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  2847. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  2848. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  2849. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  2850. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  2851. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  2852. -E
  2853. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  2854. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  2855. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  2856. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  2857. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  2858. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  2859. -E
  2860. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  2861. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  2862. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  2863. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  2864. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  2865. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  2866. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  2867. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  2868. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  2869. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  2870. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  2871. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  2872. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  2873. -E
  2874. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  2875. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  2876. -E
  2877. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  2878. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  2879. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg
  2880. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector
  2881. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector
  2882. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  2883. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh
  2884. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta
  2885. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  2886. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  2887. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  2888. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  2889. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  2890. -E
  2891. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  2892. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  2893. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  2894. -E
  2895. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  2896. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg
  2897. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  2898. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  2899. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  2900. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  2901. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  2902. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  2903. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  2904. -E
  2905. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  2906. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  2907. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg
  2908. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  2909. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  2910. -E
  2911. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  2912. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  2913. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  2914. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  2915. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  2916. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  2917. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  2918. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  2919. -E
  2920. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  2921. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  2922. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  2923. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  2924. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  2925. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  2926. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  2927. -E
  2928. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  2929. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  2930. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  2931. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  2932. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  2933. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  2934. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  2935. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  2936. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  2937. -E
  2938. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  2939. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  2940. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  2941. -E
  2942. -P 1 1 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  2943. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg '/users4/bigtmp/remerYAAa04090' '/users4/bigtmp/remerYAAa04090'
  2944. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  2945. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  2946. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  2947. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  2948. -E
  2949. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  2950. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  2951. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  2952. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  2953. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  2954. -E
  2955. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  2956. -b +18+1 'Intensity from color'
  2957. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  2958. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  2959. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  2960. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  2961. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  2962. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  2963. -E
  2964. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  2965. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  2966. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  2967. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  2968. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  2969. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  2970. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  2971. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  2972. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  2973. -E
  2974. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  2975. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  2976. -E
  2977. -E
  2978. -M 1 0 80x38+0+0 +5+1 'Enter Comment' comment
  2979. -P 1 1 80x38+0+0 +6+1 'Comment Pane used to comment a cantata workspace' comment
  2980. -s 1 0 0 1 0 22x1+1+3 +0+0 ' comment' 'Glyph  Label' 'Label for cantata glyph' label 'READ 1st' 'READ 1st'
  2981. -b +1+5 'Text area for commenting the cantata workspace'
  2982. -s 1 0 0 1 0 55x10+0+6 +0+0 ' ' ' ' 'first string' comment 'This is the NaginKohler segmentation procedure.\n\nIt has a number of different settings: medium, high, very \nhigh, low, and very low - see the comment boxes labeled\nmedium, high, very high, low, and very low.\n\n' 'This is the NaginKohler segmentation procedure.\n\nIt has a number of different settings: medium, high, very \nhigh, low, and very low - see the comment boxes labeled\nmedium, high, very high, low, and very low.\n\n'
  2983. -Q 1 0 13x2+2+15 'QUIT'
  2984. -H 1  13x2+42+15 'Help' 'man page for workspace management' KHOROS_HOME/doc/cantata/edit/comment/help
  2985. -E
  2986. -E
  2987. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Standard Control Structures' control
  2988. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  2989. -g 1 0 18x1+1+2 'Count-Loop'
  2990. -g 1 0 18x1+1+3 'While-Loop'
  2991. -g 1 1 18x1+1+5 'If-Then-Else'
  2992. -g 1 0 18x1+1+6 'Merge'
  2993. -H 1  18x2+1+11 'HELP' 'guide help' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/help/Overview
  2994. -Q 1 0 18x2+1+13 'QUIT'
  2995. -E
  2996. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'Counting-Loop Control Structure' count_loop
  2997. -b +0+1 'Counting-Loop Parameters:'
  2998. -s 1 0 0 1 0 40x1+1+2 +0+0 ' ' 'Loop Control Variable' 'loop control variable' lcv
  2999. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+3 +0+0 0 0 1 'Initial Value     ' 'initial value' init
  3000. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+4 +0+0 0 0 1 'Increment Value   ' 'increment value' incr
  3001. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+5 +0+0 0 0 1 'Final Value       ' 'test value' test
  3002. -b +0+6 'Control Path Connections:'
  3003. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+7 +0+0 ' ' 'Initial input' 'Initial input file' i_in
  3004. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +0+0 ' ' '   Loop input ' 'Loop input file' i_lp
  3005. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Exit output' 'Exit output file' o_ex
  3006. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+10 +0+0 ' ' '   Loop output' 'Loop output file' o_lp
  3007. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for count_loop' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/count_loop/help
  3008. -E
  3009. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'While-Loop Control Structure' while_loop
  3010. -b +0+1 'While-Loop Parameters:'
  3011. -i 1 0 1 0 0 50x1+1+2 +0+0 0 0 1 'Initial Expression' 'Initial expression' init
  3012. -i 1 0 1 0 0 50x1+1+3 +0+0 0 0 1 'Update Expression ' 'Update expression' update
  3013. -i 1 0 0 1 0 50x1+1+4 +0+0 0 0 1 '   Test Condition    ' 'Test condition' test
  3014. -b +0+6 'Control Path Connections:'
  3015. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+7 +0+0 ' ' 'Initial input' 'Initial input file' i_in
  3016. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +0+0 ' ' '   Loop input ' 'Loop input file' i_lp
  3017. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Exit output' 'Exit output file' o_ex
  3018. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+10 +0+0 ' ' '   Loop output' 'Loop output file' o_lp
  3019. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for while_loop' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/while_loop/help
  3020. -E
  3021. -P 1 1 80x38+22+2 +10+0 'If-Then-Else Control Structure' if_else
  3022. -i 1 0 0 1 0 50x1+1+2 +0+0 0 0 1 'If Conditional Expression' 'Boolean expression' cond 1 'EnhancementAlgorithm'
  3023. -b +0+4 'Control Path Connections:'
  3024. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+5 +3+0 ' ' 'Input ' 'input_file' i '/users4/bigtmp/mergeWAAa04090' '/users4/bigtmp/mergeWAAa04090'
  3025. -b +1+6 'Then (TRUE)'
  3026. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+7 +3+0 ' ' 'Output' 'TRUE output file' o1 '/users4/bigtmp/if_elZAAa04090' '/users4/bigtmp/if_elZAAa04090'
  3027. -b +1+8 'Else (FALSE)'
  3028. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Output' 'FALSE output file' o2 '/users4/bigtmp/if_elABAa04090' '/users4/bigtmp/if_elABAa04090'
  3029. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for if_then_else' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/if_else/help
  3030. -E
  3031. -P 1 0 80x38+22+2 +18+0 'Merge Structure' merge
  3032. -b +1+2 'Control Path Connections:'
  3033. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+4 +3+0 ' ' 'Input 1' 'input file 1' i1
  3034. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+6 +0+0 ' ' 'Input 2' 'input file 2' i2
  3035. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +3+0 ' ' 'Output ' 'output file' o
  3036. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for merge' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/merge/help
  3037. -E
  3038. -E
  3039. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Execute UMass program.' UMass
  3040. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  3041. -g 1 0 18x1+1+1 'llvs2viff'
  3042. -g 1 0 18x1+1+2 'viff2llvs'
  3043. -g 1 0 18x1+1+4 'burns'
  3044. -g 1 0 18x1+1+5 'gradient'
  3045. -g 1 0 18x1+1+6 'labtheta'
  3046. -g 1 0 18x1+1+8 'boldtline'
  3047. -g 1 0 18x1+1+10 'GenMu'
  3048. -g 1 1 18x1+1+11 'NagaoEnhance'
  3049. -g 1 0 18x1+1+12 'NK Normalize'
  3050. -g 1 0 18x1+1+13 'ReMerge'
  3051. -g 1 0 18x1+1+13 'RegLab'
  3052. -g 1 0 18x1+1+14 'RegSupp'
  3053. -g 1 0 18x1+1+15 'ThreeSegUnion'
  3054. -g 1 0 18x1+1+16 'WeymouthEnhance'
  3055. -g 1 0 18x1+1+18 'ShowEdges'
  3056. -g 1 0 18x1+1+19 'ShowLines'
  3057. -g 1 0 18x1+1+21 'intensity'
  3058. -g 1 0 18x1+1+23 'VisImages'
  3059. -H 1  18x2+1+25 'HELP' 'guide help' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help
  3060. -Q 1 0 18x2+1+27 'QUIT'
  3061. -E
  3062. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert LLVS Input File to VIFF File Format' llvs2viff
  3063. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input LLVS File  ' 'input LLVS data file' i
  3064. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output VIFF File' 'resulting output image (viff file)' o
  3065. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' llvs2viff
  3066. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for llvs2viff' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/llvs2viff
  3067. -E
  3068. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Convert input VIFF File Format to LLVS plane file format' viff2llvs
  3069. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File  ' 'input image (VIFF file)' i
  3070. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output LLVS File' 'resulting LLVS plane file' o
  3071. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' viff2llvs
  3072. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for viff2llvs' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/viff2llvs
  3073. -E
  3074. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Brian Burns Lines' burns
  3075. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  3076. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 Image' lab1img
  3077. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 Image' lab2img
  3078. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Magnitude' 'Magnitude Image' magimg
  3079. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'RowOrigin' 'Row Origin' roworig
  3080. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 -1.0 1.0 0.0 'ColOrigin' 'Col Origin' colorig
  3081. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+8 +0+0 -7.0 7.0 -7.0 'MinTheta' 'Minimum Theta' mintheta
  3082. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+9 +0+0 -7.0 7.0  7.0 'MaxTheta' 'Maximum Theta' maxtheta
  3083. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+10 +0+0 0.0 5000.0 1.0 'MinLength' 'Minimum Length' minlength
  3084. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+11 +0+0 0.0 5000.0 5000.0 'MaxLength' 'Maximum Length' maxlength
  3085. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+12 +0+0 -255.0 255.0 -255.0 'MinContrast' 'Minimum Contrast' mincontrast
  3086. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+13 +0+0 -255.0 255.0 255.0 'MaxContrast' 'Maximum Contrast' maxcontrast
  3087. -f 1 0 1 1 0  50x1+2+14 +0+0 0.0 10.0 0.5 'MinVote' 'Minimum Vote' minvote
  3088. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'MinRegion' 'Minimum Region' minregion
  3089. -i 1 0 1 1 0  50x1+2+16 +0+0 2 2 10000000 'MaxRegion' 'Maximum Region' maxregion
  3090. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  3091. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+19 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  3092. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+20 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII line file for showlines' olines
  3093. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' burns
  3094. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for burns' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/burns
  3095. -E
  3096. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Generate Theta Planes' gentheta
  3097. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  3098. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Grad  Mask  ' 'Gradient mask' gradmask
  3099. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Multiplier  ' 'Multiplier plane' multiplier
  3100. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 2 2 8 'Quantum     ' 'Quantum value (bucket count)' quantum
  3101. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Radius image' 'resulting output image (radius)' radimg
  3102. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+8 +0+0 ' ' 'Theta1 image' 'resulting output image (theta1)' theta1img
  3103. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Theta2 image' 'resulting output image (theta2)' theta2img
  3104. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' gradient
  3105. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for gradient' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/gradient
  3106. -E
  3107. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Label Theta Plane' labtheta
  3108. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'MagImage  ' 'Magnitude Image' magimg
  3109. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Theta1Image' 'Theta1 Image' theta1img
  3110. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Theta2Image' 'Theta2 Image' theta2img
  3111. -f 1 0 1 1 0   50x1+2+5 +0+0 1 1 0.0 'MagThresh' 'Magnitude threshold' magthresh
  3112. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+6 +0+0 2 2 3 'MinPixelCount' 'Minimum Pixel Count' minpixcount
  3113. -i 1 0 1 1 0   50x1+2+7 +0+0 2 2 1 'MinLabel' 'Minimum label' minlabel
  3114. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Label1Image' 'Label1 image' lab1img
  3115. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+10 +0+0 ' ' 'Label2Image' 'Label2 image' lab2img
  3116. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' labtheta
  3117. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for labtheta' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/labtheta
  3118. -E
  3119. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Michael Boldts Lines' boldtline
  3120. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'RawImage' 'Raw Input Image' rawimage
  3121. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'LapImage' 'Lap Input Image' lapimage
  3122. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+4 +0+0 'po_io_grouping_schedule.lis' 'SchedFile' 'Grouping schedule file' schedfile
  3123. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 20 10 'NumCycles' 'Number of cycles' numcycles
  3124. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 255 1 'MinContrast' 'Minimum contrast filter for line tokens' mincontrast
  3125. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 255 1 'MintLength' 'Minimum length filter for line tokens' minlength
  3126. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 64 1 'MinBixSize' 'Minimum size of a bixel' minbixsize
  3127. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 1 64 64 'MaxBixSize' 'Maximum size of a bixel' maxbixsize
  3128. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 'frame' 'FrameName' 'Name of the ISR2 frame' isr2frame
  3129. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+12 +0+0 ' ' 'ASCII Lines' 'ASCII  file  of lines (for showlines)' olines
  3130. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+13 +0+0 ' ' 'StatsFile' 'Output statistics file' statsfile
  3131. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+14 +0+0 ' ' 'ISR2File' 'ISR2 Output file' isr2out
  3132. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' boldtline
  3133. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for boldt' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/boldtline
  3134. -E
  3135. -P 1 0 80x40+22+2 +0+0 'Generate Mu                                    ' genmu
  3136. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' inpimg
  3137. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Size in rows of the sector' rsector
  3138. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'CSector' 'Size in columns of the sector' csector
  3139. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'Minval' 'Minumum value to use in histogramming' minval
  3140. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 0 0 0 'Maxval' 'The maximum value to use in histogramming' maxval
  3141. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 0 0 0 'Margin' 'border size to use around sectors' margin
  3142. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Smooth Iterations' 'Number of smoothing iterations' smooth
  3143. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 2 2 3 'Window Size' 'size of window in smoothing' wsize
  3144. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+10 +0+0 '5,2.0,1.0,0.0,0.0,0.0' 'Window Coeffs' 'smoothing window coefficients' histsmoothvect
  3145. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+11 +0+0 3 'Decision Bound:' 'Decision Bound method' decisionbound
  3146. -l 1 0 1 0 0 1x1+18+0 +0+0 0 'MinHgt' 'False' 'True' 'Minimum Height' minhgt
  3147. -l 1 0 1 0 0 1x1+28+0 +0+0 0 'MinErr' 'False' 'True' 'Minimum Error' minerr
  3148. -l 1 0 1 1 0 1x1+38+0 +0+0 0 'Heuristics' 'False' 'True' 'Heuristics' heuristics
  3149. -E
  3150. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+12 +0+0 0 0 15 'Min Peak Distance' 'peak distance allowed' minpdist
  3151. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+13 +0+0 2 2 7 'Min Peak Dist Addp' 'peak distance allowed in peak addition' minpdistaddp
  3152. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+14 +0+0 2 2 3 'Min Peak Height' 'minimum peak height allowed' minpheight
  3153. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Min Peak Height Addp' 'minimum peak height allowed in peak addition' minpheightaddp
  3154. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+16 +0+0 2 2 3 'Min Peak Valley Ratio' 'peak/valley ration allowed' minpvallyr
  3155. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+17 +0+0 2 2 1 'Min Peak Valley Ratio Addp' 'peak/valley ration allowed in peak addition' minpvallyraddp
  3156. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+18 +0+0 2 2 5 'Match Limit' 'Match limit' matchlim
  3157. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+19 +0+0 2 2 1 'Peak Addition Iterations' 'how many times to add new peaks' peakadditer
  3158. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+21 +0+0 ' ' 'Mu Image' 'Mu Image (output)' muimg
  3159. -R 1 0 1 7x2+1+23 'Run' 'do operation' genmu
  3160. -Q 1 0 7x2+11+23 'QUIT'
  3161. -H 1  8x2+39+23 'HELP' 'documentation for generatemu' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/genmu
  3162. -E
  3163. -P 1 1 80x38+22+2 +7+0 'Nagao-Matsuyama Enhancement' nagao
  3164. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg '/users4/bigtmp/if_elABAa04090' '/users4/bigtmp/if_elABAa04090'
  3165. -i 1 1 1 1 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations 1 'NagaoIterations'
  3166. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg '/users4/bigtmp/nagaoBBAa04090' '/users4/bigtmp/nagaoBBAa04090'
  3167. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' nagao
  3168. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for nagao' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nagao
  3169. -E
  3170. -P 1 0 80x38+22+2 +16+0 'NK Normalize an Image' nknormalize
  3171. -Q 1 0 7x2+15+14 'QUIT'
  3172. -R 1 0 1 13x2+1+14 'Execute' 'do operation' nknormal
  3173. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image filename' inpimg
  3174. -l 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 'Use Power of 2?' 'No' 'Yes' 'Use a compression factor to avoid uneven rounding problems' powerof2
  3175. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Lower Bound' 'lower bound of result plane' lower
  3176. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 255 'Upper Bound' 'Upper bound of result plane' upper
  3177. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 5 'Result Type:' 'Result type of image' resulttype
  3178. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'byte' 'False' 'True' 'Byte result' x
  3179. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+1 +0+0 0 'short' 'False' 'True' 'Short result' x
  3180. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+2 +0+0 0 'int' 'False' 'True' 'Int result' x
  3181. -l 1 0 1 0 0 50x1+20+2 +0+0 0 'float' 'False' 'True' 'FLoat result' x
  3182. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+3 +0+0 0 'Same as Input Image' 'False' 'True' 'Same as input image result' x
  3183. -E
  3184. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Image' 'output image filename' outimg
  3185. -H 1  13x2+39+14 'HELP' 'documentation for normalize' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/nknormal
  3186. -E
  3187. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Remerge Plane' remerge
  3188. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  3189. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' rawimg
  3190. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 2 2 16 'RSector' 'Row sector size' rsector
  3191. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 2 2 16 'CRSector' 'Column sector size' csector
  3192. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+6 +0+0 2 2 4 'Margin' 'The distance to look from sector boundaries' margin
  3193. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 1 1 2.5 'Normal Merge Threshold' 'Normal Merge Threshold' normmthresh
  3194. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 1 1 2.5 'Remerge Theta' 'Remerge Theta' remergetheta
  3195. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+9 +0+0 0 'Merge Statistic:' 'Merge statistic to use for merging' mergestat
  3196. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+4 +0+0 0 'Raw difference of Means' 'False' 'True' 'Raw difference of Means' logical
  3197. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+3 +0+0 0 'Difference normalized by sum of standard deviation' 'False' 'True' 'Difference normalized by sum of standard deviation' logical
  3198. -l 1 0 1 1 0 50x1+5+2 +0+0 0 'Nagin version of Yakamovski' 'False' 'True' 'Nagin version of Yakamovski' logical
  3199. -l 1 0 1 0 0 50x1+5+1 +0+0 0 'Yakamovski Measure - Log' 'False' 'True' 'Yakamovski Measure - Log' logical
  3200. -E
  3201. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+15 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  3202. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' remerge
  3203. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/remerge
  3204. -E
  3205. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region Label Plane' reglab
  3206. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'Input Image' inpimg
  3207. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 0 0 0 'Threshold' 'Labeling threshold' threshold
  3208. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 0 'Rsector' 'Row size of sectors (0 means no sectors)' rsector
  3209. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0 'CRsector' 'Column size of sectors (0 means no sectors)' csector
  3210. -T 1 0 1 0 0 40x1+2+6 +0+0 2 'Result type:' 'Type of output plane' restype
  3211. -l 1 0 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 0 'Byte' 'False' 'True' 'selects one or zero' logical
  3212. -l 1 0 1 1 0 50x1+20+1 +0+0 0 'Short' 'False' 'True' 'Short int result plane' logical
  3213. -l 1 0 1 0 0 50x1+40+1 +0+0 0 'Int' 'False' 'True' 'Long int result plane' logical
  3214. -E
  3215. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+8 +0+0 2 2 1 'Min Label' 'Minimum Label value ro use' minlabel
  3216. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Mask' 'Mask value' mask
  3217. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+11 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' labimg
  3218. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' reglab
  3219. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for reglab' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/reglab
  3220. -E
  3221. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Region SUppress Plane' regsupp
  3222. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image' labimg
  3223. -I 1 0 1 0 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Raw Image' 'Raw Image' rawimg
  3224. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 0 1000 'Threshold' 'Threshold' threshold
  3225. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 0 0.35 'Epsilon' 'Epsilon' epsilon
  3226. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  3227. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' regsupp
  3228. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for regsupp' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/regsupp
  3229. -E
  3230. -P 1 0 80x40+22+2 +5+0 'Three Seg Union Plane' threeseg
  3231. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image 1' 'Label Image 1' labimg1
  3232. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Label Image 2' 'Label Image 2' labimg2
  3233. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Label Image 3' 'Label Image 3' labimg3
  3234. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Output Label image' 'Label plane (output)' olabimg
  3235. -R 1 0 1 13x2+1+22 'Execute' 'do operation' threeseg
  3236. -H 1  13x2+39+22 'Help' 'man page for remerge' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/threeseg
  3237. -E
  3238. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Weymouth-Overton Enhancement' weymouth
  3239. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'Input image (raw data)' inpimg
  3240. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 2 2 1 'Iterations' 'Number of iterations' iterations
  3241. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 0 10 1 'MultConst' 'Multiplicative constant' k
  3242. -f 1 0 1 0 0 50x1+2+5 +0+0 0 10 1 'PowerConst' 'Power constant' s
  3243. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+6 +0+0 1 'Version to run:' 'Version to run' version
  3244. -l 1 0 1 1 0 50x1+0+1 +0+0 1 'Normal' 'False' 'True' 'Normal version (slow)' normal
  3245. -l 1 0 1 0 0 50x1+15+1 +0+0 0 'Modified' 'False' 'True' 'Modified version (medium)' modified
  3246. -l 1 0 1 0 0 50x1+33+1 +0+0 0 'Not Quite' 'False' 'True' 'Not Quite version (slow)' notquite
  3247. -E
  3248. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+9 +0+0 ' ' 'Output image' 'resulting output image' outimg
  3249. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' weymouth
  3250. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for weymouth' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/weymouth
  3251. -E
  3252. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Display Segmentation' showedges
  3253. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Label Image' 'Label Image file' labimg
  3254. -i 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 1 32 1 'EdgeWidth' 'Edge Width' edgewidth
  3255. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+4 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Disdplay' display
  3256. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showedges
  3257. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showedges' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showedges
  3258. -E
  3259. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Show lines generated by line finding routines' showlines
  3260. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Lines' 'ASCII Line FIle' lines
  3261. -s 1 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 'unix:0.0' 'Display' 'X Display' display
  3262. -H 1  13x2+39+13 'HELP' 'documentation for showlines' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/showlines
  3263. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' showlines
  3264. -E
  3265. -P 1 0 80x38+22+2 +9+0 'Convert Color to Greyscale' intensity
  3266. -b +18+1 'Intensity from color'
  3267. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Red Input Image ' 'red input image filename' red
  3268. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Green Input Image ' 'green input image filename' green
  3269. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+5 +0+0 ' ' 'Blue Input Image ' 'blue input image filename' blue
  3270. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+2+7 +0+0 ' ' 'Intensity Output Image' 'intensity output image filename' intensity
  3271. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' intensity
  3272. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for intensity' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/intensity
  3273. -E
  3274. -P 1 1 80x38+22+2 +4+0 'Input From VISIONS imagelib' visimages
  3275. -T 1 0 0 1 0 40x1+2+1 +0+0 0 'Standard image plane' 'Standard VISIONS image Plane' visimage
  3276. -O 1 0 1 1 0 0 50x1+0+1 +0+0 '/visimg/visimg/im1i8.plane' 'Puffton House (im1i8)' ' ' o
  3277. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+2 +0+0 '/visimg/visimg/im8i8.plane' 'House behind trees (im8i8)' ' ' o
  3278. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+3 +0+0 '/visimg/visimg/im10i8.plane' 'End view of house House (im10i8)' ' ' o
  3279. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+0+4 +0+0 '/visimg/amherst_roads/amroad10i.plane' 'Road Scene with arrow sign' ' ' o
  3280. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+1 +0+0 '/visimg/space_the_final_frontier/io.plane' 'View of IO' ' ' o
  3281. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+2 +0+0 '/visimg/webfield/webster8a.plane' 'Webster Field' ' ' o
  3282. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+35+3 +0+0 '/visimg/anandan_soccer_seq/soccer1.plane' 'Soccer Ball' ' ' o
  3283. -E
  3284. -O 1 0 1 0 0 0 50x1+2+7 +0+0 '/visimg/.' 'Select Image Plane' 'User selected image plane' userimage
  3285. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for images' KHOROS_CONTRIB/doc/cantata/subforms/UMass/help/visimages
  3286. -E
  3287. -E
  3288. -M 1 0 100x40+10+20 +23+1 'Standard Control Structures' control
  3289. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  3290. -g 1 0 18x1+1+2 'Count-Loop'
  3291. -g 1 0 18x1+1+3 'While-Loop'
  3292. -g 1 0 18x1+1+5 'If-Then-Else'
  3293. -g 1 1 18x1+1+6 'Merge'
  3294. -H 1  18x2+1+11 'HELP' 'guide help' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/help/Overview
  3295. -Q 1 0 18x2+1+13 'QUIT'
  3296. -E
  3297. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'Counting-Loop Control Structure' count_loop
  3298. -b +0+1 'Counting-Loop Parameters:'
  3299. -s 1 0 0 1 0 40x1+1+2 +0+0 ' ' 'Loop Control Variable' 'loop control variable' lcv
  3300. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+3 +0+0 0 0 1 'Initial Value     ' 'initial value' init
  3301. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+4 +0+0 0 0 1 'Increment Value   ' 'increment value' incr
  3302. -i 1 0 0 1 0 37x1+4+5 +0+0 0 0 1 'Final Value       ' 'test value' test
  3303. -b +0+6 'Control Path Connections:'
  3304. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+7 +0+0 ' ' 'Initial input' 'Initial input file' i_in
  3305. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +0+0 ' ' '   Loop input ' 'Loop input file' i_lp
  3306. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Exit output' 'Exit output file' o_ex
  3307. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+10 +0+0 ' ' '   Loop output' 'Loop output file' o_lp
  3308. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for count_loop' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/count_loop/help
  3309. -E
  3310. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'While-Loop Control Structure' while_loop
  3311. -b +0+1 'While-Loop Parameters:'
  3312. -i 1 0 1 0 0 50x1+1+2 +0+0 0 0 1 'Initial Expression' 'Initial expression' init
  3313. -i 1 0 1 0 0 50x1+1+3 +0+0 0 0 1 'Update Expression ' 'Update expression' update
  3314. -i 1 0 0 1 0 50x1+1+4 +0+0 0 0 1 '   Test Condition    ' 'Test condition' test
  3315. -b +0+6 'Control Path Connections:'
  3316. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+1+7 +0+0 ' ' 'Initial input' 'Initial input file' i_in
  3317. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +0+0 ' ' '   Loop input ' 'Loop input file' i_lp
  3318. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Exit output' 'Exit output file' o_ex
  3319. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+10 +0+0 ' ' '   Loop output' 'Loop output file' o_lp
  3320. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for while_loop' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/while_loop/help
  3321. -E
  3322. -P 1 0 80x38+22+2 +10+0 'If-Then-Else Control Structure' if_else
  3323. -i 1 0 0 1 0 50x1+1+2 +0+0 0 0 1 'If Conditional Expression' 'Boolean expression' cond
  3324. -b +0+4 'Control Path Connections:'
  3325. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+5 +3+0 ' ' 'Input ' 'input_file' i
  3326. -b +1+6 'Then (TRUE)'
  3327. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+7 +3+0 ' ' 'Output' 'TRUE output file' o1
  3328. -b +1+8 'Else (FALSE)'
  3329. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+1+9 +0+0 ' ' 'Output' 'FALSE output file' o2
  3330. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for if_then_else' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/if_else/help
  3331. -E
  3332. -P 1 1 80x38+22+2 +18+0 'Merge Structure' merge
  3333. -b +1+2 'Control Path Connections:'
  3334. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+1+4 +3+0 ' ' 'Input 1' 'input file 1' i1 '/users4/bigtmp/weymoVAAa04090' '/users4/bigtmp/weymoVAAa04090'
  3335. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+1+6 +0+0 ' ' 'Input 2' 'input file 2' i2 '/users4/bigtmp/nagaoBBAa04090' '/users4/bigtmp/nagaoBBAa04090'
  3336. -O 1 0 0 1 0 1 50x1+1+8 +3+0 ' ' 'Output ' 'output file' o '/users4/bigtmp/mergeCBAa04090' '/users4/bigtmp/mergeCBAa04090'
  3337. -H 1  13x2+38+11 'Help' 'man page for merge' KHOROS_HOME/doc/cantata/control/merge/help
  3338. -E
  3339. -E
  3340. -M 1 0 80x38+0+0 +5+1 'Enter Comment' comment
  3341. -P 1 1 80x38+0+0 +6+1 'Comment Pane used to comment a cantata workspace' comment
  3342. -s 1 0 0 1 0 22x1+1+3 +0+0 ' comment' 'Glyph  Label' 'Label for cantata glyph' label 'VeryHigh' 'VeryHigh'
  3343. -b +1+5 'Text area for commenting the cantata workspace'
  3344. -s 1 0 0 1 0 55x10+0+6 +0+0 ' ' ' ' 'first string' comment 'RSector =  16\nCSector = 16\nPeakAdditionIterations = 0\nMinPeakDistanceRelative = 2\nMinPeakDistanceRelativeAddp = 2\nMinPeakHeightFactor = 0.3\nMinPeakHeightFactorAddp = 0.3\nMinPeakValleyRatio = 1.0\nMinPeakValleyRatioAddp = 1.0\nNormalMergeThreshold = 1.1\nWeakMergeThreshold = 0.6\nStrongMergeThreshold  = 1.7\n' 'RSector =  16\nCSector = 16\nPeakAdditionIterations = 0\nMinPeakDistanceRelative = 2\nMinPeakDistanceRelativeAddp = 2\nMinPeakHeightFactor = 0.3\nMinPeakHeightFactorAddp = 0.3\nMinPeakValleyRatio = 1.0\nMinPeakValleyRatioAddp = 1.0\nNormalMergeThreshold = 1.1\nWeakMergeThreshold = 0.6\nStrongMergeThreshold  = 1.7\n'
  3345. -Q 1 0 13x2+2+15 'QUIT'
  3346. -H 1  13x2+42+15 'Help' 'man page for workspace management' KHOROS_HOME/doc/cantata/edit/comment/help
  3347. -E
  3348. -E
  3349. -M 1 0 80x38+0+0 +5+1 'Enter Comment' comment
  3350. -P 1 1 80x38+0+0 +6+1 'Comment Pane used to comment a cantata workspace' comment
  3351. -s 1 0 0 1 0 22x1+1+3 +0+0 ' comment' 'Glyph  Label' 'Label for cantata glyph' label 'High' 'High'
  3352. -b +1+5 'Text area for commenting the cantata workspace'
  3353. -s 1 0 0 1 0 55x10+0+6 +0+0 ' ' ' ' 'first string' comment 'RSector = 16\nCSector = 16\nPeakAdditionIterations = 2\nMinPeakDistanceRelative  = 7\nMinPeakDistanceRelativeAddp = 3\nMinPeakHeightFactor = 0.6\nMinPeakHeightFactorAddp = 0.3\nMinPeakValleyRatio = 1.5\nMinPeakValleyRatioAddp =  1.0\nNormalMergeThreshold  = 1.1\nWeakMergeThreshold = 0.6\nStrongMergeThreshold = 1.7' 'RSector = 16\nCSector = 16\nPeakAdditionIterations = 2\nMinPeakDistanceRelative  = 7\nMinPeakDistanceRelativeAddp = 3\nMinPeakHeightFactor = 0.6\nMinPeakHeightFactorAddp = 0.3\nMinPeakValleyRatio = 1.5\nMinPeakValleyRatioAddp =  1.0\nNormalMergeThreshold  = 1.1\nWeakMergeThreshold = 0.6\nStrongMergeThreshold = 1.7'
  3354. -Q 1 0 13x2+2+15 'QUIT'
  3355. -H 1  13x2+42+15 'Help' 'man page for workspace management' KHOROS_HOME/doc/cantata/edit/comment/help
  3356. -E
  3357. -E
  3358. -M 1 0 80x38+0+0 +5+1 'Enter Comment' comment
  3359. -P 1 1 80x38+0+0 +6+1 'Comment Pane used to comment a cantata workspace' comment
  3360. -s 1 0 0 1 0 22x1+1+3 +0+0 ' comment' 'Glyph  Label' 'Label for cantata glyph' label 'Medium' 'Medium'
  3361. -b +1+5 'Text area for commenting the cantata workspace'
  3362. -s 1 0 0 1 0 55x10+0+6 +0+0 ' ' ' ' 'first string' comment 'RSector = 16\nCSector = 16\nPeakAdditionIterations = 2\nMinPeakDistanceRelative = 15\nMinPeakDistanceRelativeAddp  = 7\nMinPeakHeightFactor = 1.0\nMinPeakHeightFactorAddp  = 0.4\nMinPeakValleyRatio = 3.0\nMinPeakValleyRatioAddp = 1.0\nNormalMergeThreshold = 1.1\nWeakMergeThreshold = 0.6\nStrongMergeThreshold = 1.7' 'RSector = 16\nCSector = 16\nPeakAdditionIterations = 2\nMinPeakDistanceRelative = 15\nMinPeakDistanceRelativeAddp  = 7\nMinPeakHeightFactor = 1.0\nMinPeakHeightFactorAddp  = 0.4\nMinPeakValleyRatio = 3.0\nMinPeakValleyRatioAddp = 1.0\nNormalMergeThreshold = 1.1\nWeakMergeThreshold = 0.6\nStrongMergeThreshold = 1.7'
  3363. -Q 1 0 13x2+2+15 'QUIT'
  3364. -H 1  13x2+42+15 'Help' 'man page for workspace management' KHOROS_HOME/doc/cantata/edit/comment/help
  3365. -E
  3366. -E
  3367. -M 1 0 80x38+0+0 +5+1 'Enter Comment' comment
  3368. -P 1 1 80x38+0+0 +6+1 'Comment Pane used to comment a cantata workspace' comment
  3369. -s 1 0 0 1 0 22x1+1+3 +0+0 ' comment' 'Glyph  Label' 'Label for cantata glyph' label 'Low' 'Low'
  3370. -b +1+5 'Text area for commenting the cantata workspace'
  3371. -s 1 0 0 1 0 55x10+0+6 +0+0 ' ' ' ' 'first string' comment 'RSector = 16\nCSector = 16\nPeakAdditionIterations = 2\nMinPeakDistanceRelative = 22\nMinPeakDistanceRelativeAddp  = 16\nMinPeakHeightFactor = 1.5\nMinPeakHeightFactorAddp = 0.6\nMinPeakValleyRatio = 4.0\nMinPeakValleyRatioAddp = 1.5\nNormalMergeThreshold = 1.1\nWeakMergeThreshold = 0.6\nStrongMergeThreshold = 1.7' 'RSector = 16\nCSector = 16\nPeakAdditionIterations = 2\nMinPeakDistanceRelative = 22\nMinPeakDistanceRelativeAddp  = 16\nMinPeakHeightFactor = 1.5\nMinPeakHeightFactorAddp = 0.6\nMinPeakValleyRatio = 4.0\nMinPeakValleyRatioAddp = 1.5\nNormalMergeThreshold = 1.1\nWeakMergeThreshold = 0.6\nStrongMergeThreshold = 1.7'
  3372. -Q 1 0 13x2+2+15 'QUIT'
  3373. -H 1  13x2+42+15 'Help' 'man page for workspace management' KHOROS_HOME/doc/cantata/edit/comment/help
  3374. -E
  3375. -E
  3376. -M 1 0 80x38+0+0 +5+1 'Enter Comment' comment
  3377. -P 1 1 80x38+0+0 +6+1 'Comment Pane used to comment a cantata workspace' comment
  3378. -s 1 0 0 1 0 22x1+1+3 +0+0 ' comment' 'Glyph  Label' 'Label for cantata glyph' label 'VeryLow' 'VeryLow'
  3379. -b +1+5 'Text area for commenting the cantata workspace'
  3380. -s 1 0 0 1 0 55x10+0+6 +0+0 ' ' ' ' 'first string' comment 'RSector = 16\nCSector = 16\nPeakAdditionIterations = 2\nMinPeakDistanceRelative = 33\nMinPeakDistanceRelativeAddp = 33\nMinPeakHeightFactor = 2.0\nMinPeakHeightFactorAddp = 0.7\nMinPeakValleyRatio = 10.0\nMinPeakValleyRatioAddp = 2.5\nNormalMergeThreshold = 1.1\nWeakMergeThreshold = 0.6\nStrongMergeThreshold = 1.7' 'RSector = 16\nCSector = 16\nPeakAdditionIterations = 2\nMinPeakDistanceRelative = 33\nMinPeakDistanceRelativeAddp = 33\nMinPeakHeightFactor = 2.0\nMinPeakHeightFactorAddp = 0.7\nMinPeakValleyRatio = 10.0\nMinPeakValleyRatioAddp = 2.5\nNormalMergeThreshold = 1.1\nWeakMergeThreshold = 0.6\nStrongMergeThreshold = 1.7'
  3381. -Q 1 0 13x2+2+15 'QUIT'
  3382. -H 1  13x2+42+15 'Help' 'man page for workspace management' KHOROS_HOME/doc/cantata/edit/comment/help
  3383. -E
  3384. -E
  3385. -M 1 0 80x38+0+0 +5+1 'Enter Comment' comment
  3386. -P 1 1 80x38+0+0 +6+1 'Comment Pane used to comment a cantata workspace' comment
  3387. -s 1 0 0 1 0 22x1+1+3 +0+0 ' comment' 'Glyph  Label' 'Label for cantata glyph' label 'base def' 'base def'
  3388. -b +1+5 'Text area for commenting the cantata workspace'
  3389. -s 1 0 0 1 0 55x10+0+6 +0+0 ' ' ' ' 'first string' comment 'ScalingMaxval = 89\nNagaoIterations = 1\nWeymouthIterations = 5\nEnhancementAlgorithm = 1\nRemergeTheta = 2.5\n' 'ScalingMaxval = 89\nNagaoIterations = 1\nWeymouthIterations = 5\nEnhancementAlgorithm = 1\nRemergeTheta = 2.5\n'
  3390. -Q 1 0 13x2+2+15 'QUIT'
  3391. -H 1  13x2+42+15 'Help' 'man page for workspace management' KHOROS_HOME/doc/cantata/edit/comment/help
  3392. -E
  3393. -E
  3394. -M 1 0 100x40+10+20 +31+1 'File Information' info
  3395. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  3396. -g 1 0 18x1+1+1 'VIFF Information'
  3397. -g 1 0 18x1+1+2 'Image (2D) Stats'
  3398. -g 1 0 18x1+1+3 'Signal (1D) Stats'
  3399. -g 1 0 18x1+1+4 '1D Peak Detector'
  3400. -g 1 1 18x1+1+6 'Extract VIFF Data'
  3401. -g 1 0 18x1+1+8 'Print Data'
  3402. -g 1 0 18x1+1+9 'Print Map Data'
  3403. -g 1 0 18x1+1+11 'Edit VIFF Comment'
  3404. -g 1 0 18x1+1+12 'Edit VIFF Header'
  3405. -g 1 0 18x1+1+14 'ASCII File Viewer'
  3406. -H 1  18x2+1+16 'HELP' 'guide help' KHOROS_HOME/doc/cantata/subforms/info/help
  3407. -Q 1 0 18x2+1+18 'QUIT'
  3408. -E
  3409. -P 1 0 80x38+22+2 +8+0 'Information about a VIFF Image File' vfileinfo
  3410. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' i
  3411. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f
  3412. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation ' vfileinfo
  3413. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vfileinfo' KHOROS_HOME/doc/manpages/vfileinfo.1
  3414. -E
  3415. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Compute Statistics on VIFF File (2-D)' vstats
  3416. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+1 +0+0 ' ' 'Input Image        ' 'input image' i
  3417. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Masking Image   ' 'statistics operation masking image' m
  3418. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f
  3419. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'VIFF Output File' 'VIFF format output file' o
  3420. -b +3+5 'Select statistics for VIFF output file:  '
  3421. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+6 +0+0 1 'Save ALL statistics ' 'False' 'True' 'if yes, all stats saved' all
  3422. -b +3+7 'OR Save (selected):'
  3423. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+8 +0+0 0 'mean                ' 'False' 'True' 'if yes, mean is a band of output' mu
  3424. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+9 +0+0 0 'variance            ' 'False' 'True' 'if yes, variance is a band of output' var
  3425. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+10 +0+0 0 'standard deviation  ' 'False' 'True' 'if yes, std deviation is a band of output' sd
  3426. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+11 +0+0 0 'rms                 ' 'False' 'True' 'if yes, rms is a band of output' rms
  3427. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+12 +0+0 0 'maximum value       ' 'False' 'True' 'if yes, maximum value is a band of output' vmax
  3428. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+13 +0+0 0 'x coord of max value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of max value is a band of output' xmax
  3429. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+14 +0+0 0 'y coord of max value' 'False' 'True' 'if yes, y coord of max value is a band of output' ymax
  3430. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+15 +0+0 0 'minimum value       ' 'False' 'True' 'if yes, minimum value is a band of output' vmin
  3431. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+16 +0+0 0 'x coord of min value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of min value is a band of output' xmin
  3432. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+17 +0+0 0 'y coord of min value' 'False' 'True' 'if yes, y coord of min value is a band of output' ymin
  3433. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+18 +0+0 0 'integral            ' 'False' 'True' 'if yes, integral value is a band of output' in
  3434. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+19 +0+0 0 'pos part of integral' 'False' 'True' 'if yes, pos part of integral is a band of output' pin
  3435. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+20 +0+0 0 'neg part of integral' 'False' 'True' 'if yes, neg part of integral is a band of output' nin
  3436. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+21 +0+0 0 'num contributing pts' 'False' 'True' 'if yes, num contributing pts is a band of output' pts
  3437. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+22 +0+0 0 'num positive points ' 'False' 'True' 'if yes, num positive pts is a band of output' ppts
  3438. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+23 +0+0 0 'num negative points ' 'False' 'True' 'if yes, num negative pts is a band of output' npts
  3439. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+24 +0+0 0 'skewness            ' 'False' 'True' 'if yes, skewness is a band of output' sk
  3440. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+25 +0+0 0 'kurtosis            ' 'False' 'True' 'if yes, kurtosis is a band of output' kur
  3441. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+26 +0+0 0 'entropy             ' 'False' 'True' 'if yes, entropy is a band of output' ent
  3442. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+27 +0+0 0 'contrast            ' 'False' 'True' 'if yes, contrast is a band of output' con
  3443. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+29 +0+0 1 'Compute Each Data Band Separately?' 'No ' 'Yes' 'if yes, Compute each data band statistics separately' b
  3444. -R 1 0 1 13x2+1+31 'Execute' 'do operation ' vstats
  3445. -H 1  13x2+39+31 'Help' 'man page for vstats' KHOROS_HOME/doc/manpages/vstats.1
  3446. -E
  3447. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Compute Statistics on VIFF File (1-D)' dstats
  3448. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+1 +0+0 ' ' 'Input VIFF File     ' 'input file' i
  3449. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Masking File     ' 'statistics operation masking file' m
  3450. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output ASCII File' 'output ASCII file' f
  3451. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'VIFF Output File ' 'VIFF format output file' o
  3452. -b +3+5 'Select Statistics for VIFF Output File:  '
  3453. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+6 +0+0 1 'Save ALL statistics ' 'False' 'True' 'if yes, all stats saved' all
  3454. -b +3+7 'OR Save (selected):'
  3455. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+8 +0+0 0 'mean                ' 'False' 'True' 'if yes, mean is a band of output' mu
  3456. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+9 +0+0 0 'variance            ' 'False' 'True' 'if yes, variance is a band of output' var
  3457. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+10 +0+0 0 'standard deviation  ' 'False' 'True' 'if yes, std deviation is a band of output' sd
  3458. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+11 +0+0 0 'rms                 ' 'False' 'True' 'if yes, rms is a band of output' rms
  3459. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+12 +0+0 0 'maximum value       ' 'False' 'True' 'if yes, maximum value is a band of output' vmax
  3460. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+13 +0+0 0 'x coord of max value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of max value is a band of output' xmax
  3461. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+14 +0+0 0 'minimum value       ' 'False' 'True' 'if yes, minimum value is a band of output' vmin
  3462. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+15 +0+0 0 'x coord of min value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of min value is a band of output' xmin
  3463. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+16 +0+0 0 'integral            ' 'False' 'True' 'if yes, integral value is a band of output' in
  3464. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+17 +0+0 0 'pos part of integral' 'False' 'True' 'if yes, pos part of integral is a band of output' pin
  3465. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+18 +0+0 0 'neg part of integral' 'False' 'True' 'if yes, neg part of integral is a band of output' nin
  3466. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+19 +0+0 0 'num contributing pts' 'False' 'True' 'if yes, num contributing pts is a band of output' pts
  3467. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+20 +0+0 0 'num positive points ' 'False' 'True' 'if yes, num positive pts is a band of output' ppts
  3468. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+21 +0+0 0 'num negative points ' 'False' 'True' 'if yes, num negative pts is a band of output' npts
  3469. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+22 +0+0 0 'skewness            ' 'False' 'True' 'if yes, skewness is a band of output' sk
  3470. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+23 +0+0 0 'kurtosis            ' 'False' 'True' 'if yes, kurtosis is a band of output' kur
  3471. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+24 +0+0 0 'entropy             ' 'False' 'True' 'if yes, entropy is a band of output' ent
  3472. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+25 +0+0 0 'contrast            ' 'False' 'True' 'if yes, contrast is a band of output' con
  3473. -T 1 0 1 1 0 40x1+2+27 +0+0 1 'Data Processing Option (select one):' 'process dir. (0=down vectors, 1=across bands, 2=entire file)' d
  3474. -i 1 0 1 1 0 10x1+3+1 +0+0 0 2 1 'Across Bands' 'Process by Bands' d
  3475. -i 1 0 1 0 0 10x1+3+2 +0+0 0 2 0 'Down Vectors' 'direction of processing (1 = across bands, 0 = down vectors)' d
  3476. -i 1 0 1 0 0 10x1+3+3 +0+0 0 2 2 'Calculate One Stat Set for Entire File' 'Process by Bands' d
  3477. -E
  3478. -R 1 0 1 13x2+1+31 'Execute' 'do operation ' dstats
  3479. -H 1  13x2+39+31 'Help' 'man page for dstats' KHOROS_HOME/doc/manpages/dstats.1
  3480. -E
  3481. -P 1 0 80x40+22+2 +13+0 'Find Peaks or Troughs in Data' dpeakpick
  3482. -I 1 0 0 1 0 1 51x1+1+2 +0+0 ' ' 'Input File          ' 'input file' i ' '
  3483. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f ' '
  3484. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'VIFF Output File' 'VIFF format output file' o ' '
  3485. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+6 +0+0 1    'find peaks or troughs:' 'Troughs' 'Peaks' 'if true, find peaks ' p
  3486. -b +1+8 'Specify Number of Peaks or Troughs to Detect (N):'
  3487. -C 0
  3488. -l 1 0 1 1 0 40x1+4+9 +0+0 1     'Find All               ' 'False' 'True' 'Find all peaks or troughs' all
  3489. -i 1 0 1 0 0 42x1+4+10 +0+0 2 2 1 'Specify Number of Peaks' 'Number of peaks or troughs to find ' n
  3490. -E
  3491. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+12 +0+0 1    'Find ' 'max/min' 'first' 'if FALSE find first n, and if TRUE find max/min n, peaks or troughs' m
  3492. -b +22+12 'N peaks/troughs in sequence.'
  3493. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+13 +0+0 0    'Include Endpoints for P/T Designation' 'False' 'True' 'If TRUE, endpoints will be considered for peak designation' e
  3494. -i 1 0 1 1 0 42x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Window Size              ' 'Num steps on both sides of point on which to base peak decision' w
  3495. -f 1 0 1 0 0 42x1+2+16 +0+0 1 1 0 'Min Height to Width Ratio' 'min that abs value of average slope over window can be' hwr
  3496. -l 1 0 1 1 0 40x1+2+18 +0+0 1 'Data Processing Direction' 'Down Vectors' 'Across Bands' 'data processing direction (0 = down vectors, 1 = across bands)' d 1
  3497. -R 1 0 1 13x2+1+20 'Execute' 'do operation ' dpeakpick
  3498. -H 1   13x2+39+20 'Help' 'man page for dpeakpick' ~KHOROS_HOME/doc/manpages/dpeakpick.1
  3499. -E
  3500. -P 1 1 80x38+22+2 +6+0 'Extract Data for PARSER from a VIFF File' varviff
  3501. -b +0+1 'Connection Filenames:'
  3502. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File' 'input file' i1 '/users4/bigtmp/vstatVAAa01257' '/users4/bigtmp/vstatVAAa01257'
  3503. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Gating VIFF File' 'input file that is passed to output unmodified (used to gate operation)' i2 '/users4/bigtmp/nknorRAAa04090' '/users4/bigtmp/nknorRAAa04090'
  3504. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Optional Output File' 'connecting file' o '/users4/bigtmp/varviDBAa04090' '/users4/bigtmp/varviDBAa04090'
  3505. -b +0+6 'Location of Data in VIFF Structure:'
  3506. -i 1 0 0 1 1 30x1+2+7 +0+0 0 0 0 'X location ' 'x location' x
  3507. -i 1 0 0 1 1 30x1+2+8 +0+0 0 0 0 'Y location ' 'y location' y
  3508. -i 1 0 0 1 1 30x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Band number' 'band number' b
  3509. -s 1 1 0 1 1 47x1+0+11 +0+0 ' ' 'Data Variable Name:' 'variable' v 'MaxVal' 'MaxVal'
  3510. -R 1 0 4 13x2+1+13 'Execute' 'Execute operation' varviff
  3511. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'Man page for varviff' KHOROS_HOME/doc/manpages/varviff.1
  3512. -E
  3513. -P 1 0 80x38+22+2 +4+0 'Print (Image or Plot) Data to the Screen File' vprdata
  3514. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' i
  3515. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Output ASCII File' 'output ASCII file' f
  3516. -l 1 0 1 1 0 50x1+2+7 +0+0 1 'Print Data Format:' 'Column Form' 'Matrix Form' 'if yes (default) print data as matrix, if no then column' m
  3517. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' vprdata
  3518. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vprdata' KHOROS_HOME/doc/manpages/vprdata.1
  3519. -E
  3520. -P 1 0 80x38+22+2 +15+0 'Print the Colormap Values' vprmap
  3521. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image  ' 'input image filename' i
  3522. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f
  3523. -l 1 0 1 1 0 50x1+2+7 +0+0 1 'Print Values Format:' 'Column Form' 'Matrix Form' 'default: print data as matrix' m
  3524. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation ' vprmap
  3525. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vprmap' KHOROS_HOME/doc/manpages/vprmap.1
  3526. -E
  3527. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Change the Comment Field on a VIFF Image File' vcomment
  3528. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'input image' i
  3529. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' xterm -e vcomment
  3530. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vcomment' KHOROS_HOME/doc/manpages/vcomment.1
  3531. -E
  3532. -P 1 0 80x38+22+2 +17+0 'Edit VIFF Header' vheaded
  3533. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input image ' 'Input image' i
  3534. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output image' 'output image' o
  3535. -l 1 0 1 1 0 50x1+2+5 +0+0 0 'Edit dangerous fields' 'No' 'Yes' 'edit dangerous fields' danger
  3536. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'execute operation' xterm -e vheaded
  3537. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vheaded' KHOROS_HOME/doc/manpages/vheaded.1
  3538. -E
  3539. -P 1 0 80x38+22+2 +17+0 'View an ASCII File' xvviewer
  3540. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Filename' 'filename to view' i
  3541. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation ' xvviewer
  3542. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for xvviewer' KHOROS_HOME/doc/manpages/xvviewer.1
  3543. -E
  3544. -E
  3545. -M 1 0 100x40+10+20 +31+1 'File Information' info
  3546. -G 1 20x38+1+2 +2+0 'Choose Selection'
  3547. -g 1 0 18x1+1+1 'VIFF Information'
  3548. -g 1 0 18x1+1+2 'Image (2D) Stats'
  3549. -g 1 0 18x1+1+3 'Signal (1D) Stats'
  3550. -g 1 0 18x1+1+4 '1D Peak Detector'
  3551. -g 1 1 18x1+1+6 'Extract VIFF Data'
  3552. -g 1 0 18x1+1+8 'Print Data'
  3553. -g 1 0 18x1+1+9 'Print Map Data'
  3554. -g 1 0 18x1+1+11 'Edit VIFF Comment'
  3555. -g 1 0 18x1+1+12 'Edit VIFF Header'
  3556. -g 1 0 18x1+1+14 'ASCII File Viewer'
  3557. -H 1  18x2+1+16 'HELP' 'guide help' KHOROS_HOME/doc/cantata/subforms/info/help
  3558. -Q 1 0 18x2+1+18 'QUIT'
  3559. -E
  3560. -P 1 0 80x38+22+2 +8+0 'Information about a VIFF Image File' vfileinfo
  3561. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' i
  3562. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f
  3563. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation ' vfileinfo
  3564. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vfileinfo' KHOROS_HOME/doc/manpages/vfileinfo.1
  3565. -E
  3566. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Compute Statistics on VIFF File (2-D)' vstats
  3567. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+1 +0+0 ' ' 'Input Image        ' 'input image' i
  3568. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Masking Image   ' 'statistics operation masking image' m
  3569. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f
  3570. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'VIFF Output File' 'VIFF format output file' o
  3571. -b +3+5 'Select statistics for VIFF output file:  '
  3572. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+6 +0+0 1 'Save ALL statistics ' 'False' 'True' 'if yes, all stats saved' all
  3573. -b +3+7 'OR Save (selected):'
  3574. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+8 +0+0 0 'mean                ' 'False' 'True' 'if yes, mean is a band of output' mu
  3575. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+9 +0+0 0 'variance            ' 'False' 'True' 'if yes, variance is a band of output' var
  3576. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+10 +0+0 0 'standard deviation  ' 'False' 'True' 'if yes, std deviation is a band of output' sd
  3577. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+11 +0+0 0 'rms                 ' 'False' 'True' 'if yes, rms is a band of output' rms
  3578. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+12 +0+0 0 'maximum value       ' 'False' 'True' 'if yes, maximum value is a band of output' vmax
  3579. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+13 +0+0 0 'x coord of max value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of max value is a band of output' xmax
  3580. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+14 +0+0 0 'y coord of max value' 'False' 'True' 'if yes, y coord of max value is a band of output' ymax
  3581. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+15 +0+0 0 'minimum value       ' 'False' 'True' 'if yes, minimum value is a band of output' vmin
  3582. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+16 +0+0 0 'x coord of min value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of min value is a band of output' xmin
  3583. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+17 +0+0 0 'y coord of min value' 'False' 'True' 'if yes, y coord of min value is a band of output' ymin
  3584. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+18 +0+0 0 'integral            ' 'False' 'True' 'if yes, integral value is a band of output' in
  3585. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+19 +0+0 0 'pos part of integral' 'False' 'True' 'if yes, pos part of integral is a band of output' pin
  3586. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+20 +0+0 0 'neg part of integral' 'False' 'True' 'if yes, neg part of integral is a band of output' nin
  3587. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+21 +0+0 0 'num contributing pts' 'False' 'True' 'if yes, num contributing pts is a band of output' pts
  3588. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+22 +0+0 0 'num positive points ' 'False' 'True' 'if yes, num positive pts is a band of output' ppts
  3589. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+23 +0+0 0 'num negative points ' 'False' 'True' 'if yes, num negative pts is a band of output' npts
  3590. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+24 +0+0 0 'skewness            ' 'False' 'True' 'if yes, skewness is a band of output' sk
  3591. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+25 +0+0 0 'kurtosis            ' 'False' 'True' 'if yes, kurtosis is a band of output' kur
  3592. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+26 +0+0 0 'entropy             ' 'False' 'True' 'if yes, entropy is a band of output' ent
  3593. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+27 +0+0 0 'contrast            ' 'False' 'True' 'if yes, contrast is a band of output' con
  3594. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+29 +0+0 1 'Compute Each Data Band Separately?' 'No ' 'Yes' 'if yes, Compute each data band statistics separately' b
  3595. -R 1 0 1 13x2+1+31 'Execute' 'do operation ' vstats
  3596. -H 1  13x2+39+31 'Help' 'man page for vstats' KHOROS_HOME/doc/manpages/vstats.1
  3597. -E
  3598. -P 1 0 80x38+22+2 +7+0 'Compute Statistics on VIFF File (1-D)' dstats
  3599. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+1 +0+0 ' ' 'Input VIFF File     ' 'input file' i
  3600. -I 1 0 1 0 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Masking File     ' 'statistics operation masking file' m
  3601. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output ASCII File' 'output ASCII file' f
  3602. -O 1 0 1 0 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'VIFF Output File ' 'VIFF format output file' o
  3603. -b +3+5 'Select Statistics for VIFF Output File:  '
  3604. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+6 +0+0 1 'Save ALL statistics ' 'False' 'True' 'if yes, all stats saved' all
  3605. -b +3+7 'OR Save (selected):'
  3606. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+8 +0+0 0 'mean                ' 'False' 'True' 'if yes, mean is a band of output' mu
  3607. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+9 +0+0 0 'variance            ' 'False' 'True' 'if yes, variance is a band of output' var
  3608. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+10 +0+0 0 'standard deviation  ' 'False' 'True' 'if yes, std deviation is a band of output' sd
  3609. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+11 +0+0 0 'rms                 ' 'False' 'True' 'if yes, rms is a band of output' rms
  3610. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+12 +0+0 0 'maximum value       ' 'False' 'True' 'if yes, maximum value is a band of output' vmax
  3611. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+13 +0+0 0 'x coord of max value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of max value is a band of output' xmax
  3612. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+14 +0+0 0 'minimum value       ' 'False' 'True' 'if yes, minimum value is a band of output' vmin
  3613. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+15 +0+0 0 'x coord of min value' 'False' 'True' 'if yes, x coord of min value is a band of output' xmin
  3614. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+16 +0+0 0 'integral            ' 'False' 'True' 'if yes, integral value is a band of output' in
  3615. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+17 +0+0 0 'pos part of integral' 'False' 'True' 'if yes, pos part of integral is a band of output' pin
  3616. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+18 +0+0 0 'neg part of integral' 'False' 'True' 'if yes, neg part of integral is a band of output' nin
  3617. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+19 +0+0 0 'num contributing pts' 'False' 'True' 'if yes, num contributing pts is a band of output' pts
  3618. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+20 +0+0 0 'num positive points ' 'False' 'True' 'if yes, num positive pts is a band of output' ppts
  3619. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+21 +0+0 0 'num negative points ' 'False' 'True' 'if yes, num negative pts is a band of output' npts
  3620. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+22 +0+0 0 'skewness            ' 'False' 'True' 'if yes, skewness is a band of output' sk
  3621. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+23 +0+0 0 'kurtosis            ' 'False' 'True' 'if yes, kurtosis is a band of output' kur
  3622. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+24 +0+0 0 'entropy             ' 'False' 'True' 'if yes, entropy is a band of output' ent
  3623. -l 1 0 1 1 0 30x1+5+25 +0+0 0 'contrast            ' 'False' 'True' 'if yes, contrast is a band of output' con
  3624. -T 1 0 1 1 0 40x1+2+27 +0+0 1 'Data Processing Option (select one):' 'process dir. (0=down vectors, 1=across bands, 2=entire file)' d
  3625. -i 1 0 1 1 0 10x1+3+1 +0+0 0 2 1 'Across Bands' 'Process by Bands' d
  3626. -i 1 0 1 0 0 10x1+3+2 +0+0 0 2 0 'Down Vectors' 'direction of processing (1 = across bands, 0 = down vectors)' d
  3627. -i 1 0 1 0 0 10x1+3+3 +0+0 0 2 2 'Calculate One Stat Set for Entire File' 'Process by Bands' d
  3628. -E
  3629. -R 1 0 1 13x2+1+31 'Execute' 'do operation ' dstats
  3630. -H 1  13x2+39+31 'Help' 'man page for dstats' KHOROS_HOME/doc/manpages/dstats.1
  3631. -E
  3632. -P 1 0 80x40+22+2 +13+0 'Find Peaks or Troughs in Data' dpeakpick
  3633. -I 1 0 0 1 0 1 51x1+1+2 +0+0 ' ' 'Input File          ' 'input file' i ' '
  3634. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f ' '
  3635. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'VIFF Output File' 'VIFF format output file' o ' '
  3636. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+6 +0+0 1    'find peaks or troughs:' 'Troughs' 'Peaks' 'if true, find peaks ' p
  3637. -b +1+8 'Specify Number of Peaks or Troughs to Detect (N):'
  3638. -C 0
  3639. -l 1 0 1 1 0 40x1+4+9 +0+0 1     'Find All               ' 'False' 'True' 'Find all peaks or troughs' all
  3640. -i 1 0 1 0 0 42x1+4+10 +0+0 2 2 1 'Specify Number of Peaks' 'Number of peaks or troughs to find ' n
  3641. -E
  3642. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+12 +0+0 1    'Find ' 'max/min' 'first' 'if FALSE find first n, and if TRUE find max/min n, peaks or troughs' m
  3643. -b +22+12 'N peaks/troughs in sequence.'
  3644. -l 1 0 1 1 0 30x1+2+13 +0+0 0    'Include Endpoints for P/T Designation' 'False' 'True' 'If TRUE, endpoints will be considered for peak designation' e
  3645. -i 1 0 1 1 0 42x1+2+15 +0+0 2 2 1 'Window Size              ' 'Num steps on both sides of point on which to base peak decision' w
  3646. -f 1 0 1 0 0 42x1+2+16 +0+0 1 1 0 'Min Height to Width Ratio' 'min that abs value of average slope over window can be' hwr
  3647. -l 1 0 1 1 0 40x1+2+18 +0+0 1 'Data Processing Direction' 'Down Vectors' 'Across Bands' 'data processing direction (0 = down vectors, 1 = across bands)' d 1
  3648. -R 1 0 1 13x2+1+20 'Execute' 'do operation ' dpeakpick
  3649. -H 1   13x2+39+20 'Help' 'man page for dpeakpick' ~KHOROS_HOME/doc/manpages/dpeakpick.1
  3650. -E
  3651. -P 1 1 80x38+22+2 +6+0 'Extract Data for PARSER from a VIFF File' varviff
  3652. -b +0+1 'Connection Filenames:'
  3653. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input VIFF File' 'input file' i1 '/users4/bigtmp/vstatVAAa01257' '/users4/bigtmp/vstatVAAa01257'
  3654. -I 1 0 1 1 0 1 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Gating VIFF File' 'input file that is passed to output unmodified (used to gate operation)' i2 '/users4/bigtmp/varviDBAa04090' '/users4/bigtmp/varviDBAa04090'
  3655. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Optional Output File' 'connecting file' o '/users4/bigtmp/varviEBAa04090' '/users4/bigtmp/varviEBAa04090'
  3656. -b +0+6 'Location of Data in VIFF Structure:'
  3657. -i 1 0 0 1 1 30x1+2+7 +0+0 0 0 0 'X location ' 'x location' x
  3658. -i 1 0 0 1 1 30x1+2+8 +0+0 0 0 0 'Y location ' 'y location' y
  3659. -i 1 1 0 1 1 30x1+2+9 +0+0 0 0 0 'Band number' 'band number' b 1 '1'
  3660. -s 1 1 0 1 1 47x1+0+11 +0+0 ' ' 'Data Variable Name:' 'variable' v 'MinVal' 'MinVal'
  3661. -R 1 0 4 13x2+1+13 'Execute' 'Execute operation' varviff
  3662. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'Man page for varviff' KHOROS_HOME/doc/manpages/varviff.1
  3663. -E
  3664. -P 1 0 80x38+22+2 +4+0 'Print (Image or Plot) Data to the Screen File' vprdata
  3665. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image ' 'input image' i
  3666. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Output ASCII File' 'output ASCII file' f
  3667. -l 1 0 1 1 0 50x1+2+7 +0+0 1 'Print Data Format:' 'Column Form' 'Matrix Form' 'if yes (default) print data as matrix, if no then column' m
  3668. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' vprdata
  3669. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vprdata' KHOROS_HOME/doc/manpages/vprdata.1
  3670. -E
  3671. -P 1 0 80x38+22+2 +15+0 'Print the Colormap Values' vprmap
  3672. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image  ' 'input image filename' i
  3673. -O 1 0 1 1 0 1 50x1+2+4 +0+0 ' ' 'Ouput ASCII File' 'output ASCII file' f
  3674. -l 1 0 1 1 0 50x1+2+7 +0+0 1 'Print Values Format:' 'Column Form' 'Matrix Form' 'default: print data as matrix' m
  3675. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation ' vprmap
  3676. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vprmap' KHOROS_HOME/doc/manpages/vprmap.1
  3677. -E
  3678. -P 1 0 80x38+22+2 +3+0 'Change the Comment Field on a VIFF Image File' vcomment
  3679. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input Image' 'input image' i
  3680. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation' xterm -e vcomment
  3681. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vcomment' KHOROS_HOME/doc/manpages/vcomment.1
  3682. -E
  3683. -P 1 0 80x38+22+2 +17+0 'Edit VIFF Header' vheaded
  3684. -I 1 0 0 1 0 0 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Input image ' 'Input image' i
  3685. -O 1 0 0 1 0 0 50x1+2+3 +0+0 ' ' 'Output image' 'output image' o
  3686. -l 1 0 1 1 0 50x1+2+5 +0+0 0 'Edit dangerous fields' 'No' 'Yes' 'edit dangerous fields' danger
  3687. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'execute operation' xterm -e vheaded
  3688. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for vheaded' KHOROS_HOME/doc/manpages/vheaded.1
  3689. -E
  3690. -P 1 0 80x38+22+2 +17+0 'View an ASCII File' xvviewer
  3691. -I 1 0 0 1 0 1 50x1+2+2 +0+0 ' ' 'Filename' 'filename to view' i
  3692. -R 1 0 1 13x2+1+13 'Execute' 'do operation ' xvviewer
  3693. -H 1  13x2+39+13 'Help' 'man page for xvviewer' KHOROS_HOME/doc/manpages/xvviewer.1
  3694. -E
  3695. -E
  3696. -E
  3697. #  BeginVariables
  3698.  
  3699.  
  3700. #
  3701. # list of currently declared variables
  3702. #
  3703.  
  3704. # Simple expression 'NormalMergeThreshold'
  3705. NormalMergeThreshold = 1.1
  3706.  
  3707. # Simple expression 'MinPeakValleyRatioAddp'
  3708. MinPeakValleyRatioAddp = 1
  3709.  
  3710. # Simple expression 'MinPeakValleyRatio'
  3711. MinPeakValleyRatio = 3
  3712.  
  3713. # Simple expression 'PeakAdditionIterations'
  3714. PeakAdditionIterations = 2
  3715.  
  3716. # Simple expression 'ScalingMaxval'
  3717. ScalingMaxval = 89
  3718.  
  3719. # Simple expression 'NagaoIterations'
  3720. NagaoIterations = 1
  3721.  
  3722. # Simple expression 'WeymouthIterations'
  3723. WeymouthIterations = 5
  3724.  
  3725. # Simple expression 'EnhancementAlgorithm'
  3726. EnhancementAlgorithm = 1
  3727.  
  3728. # Simple expression 'RemergeTheta'
  3729. RemergeTheta = 2.5
  3730.  
  3731. # Simple expression 'WeakMergeThreshold'
  3732. WeakMergeThreshold = 0.6
  3733.  
  3734. # Simple expression 'StrongMergeThreshold'
  3735. StrongMergeThreshold = 1.7
  3736.  
  3737. # Simple expression 'MinPeakDistanceRelative'
  3738. MinPeakDistanceRelative = 15
  3739.  
  3740. # Dependant expression 'MinPeakDistance'
  3741. # current evaluated value = 0
  3742.   MinPeakDistance = floor((Range*(MinPeakDistanceRelative/100)))
  3743.  
  3744. # Simple expression 'MinPeakDistanceRelativeAddp'
  3745. MinPeakDistanceRelativeAddp = 7
  3746.  
  3747. # Dependant expression 'MinPeakDistanceAddp'
  3748. # current evaluated value = 0
  3749.   MinPeakDistanceAddp = floor((Range*(MinPeakDistanceRelativeAddp/100)))
  3750.  
  3751. # Simple expression 'MinPeakHeightFactor'
  3752. MinPeakHeightFactor = 1
  3753.  
  3754. # Dependant expression 'MinPeakHeight'
  3755. # current evaluated value = 256
  3756.   MinPeakHeight = floor((MinPeakHeightFactor*(SectorFactor/Range)))
  3757.  
  3758. # Simple expression 'CSector'
  3759. CSector = 16
  3760.  
  3761. # Simple expression 'RSector'
  3762. RSector = 16
  3763.  
  3764. # Simple expression 'MaxVal'
  3765. MaxVal = 1
  3766.  
  3767. # Simple expression 'MinVal'
  3768. MinVal = 0
  3769.  
  3770. # Dependant expression 'Range'
  3771. # current evaluated value = 1
  3772.   Range = abs((MaxVal-MinVal))
  3773.  
  3774. # Dependant expression 'SectorFactor'
  3775. # current evaluated value = 256
  3776.   SectorFactor = (RSector*CSector)
  3777.  
  3778. # Simple expression 'MinPeakHeightFactorAddp'
  3779. MinPeakHeightFactorAddp = 0.4
  3780.  
  3781. # Dependant expression 'MinPeakHeightAddp'
  3782. # current evaluated value = 102
  3783.   MinPeakHeightAddp = floor((MinPeakHeightFactorAddp*(SectorFactor/Range)))
  3784.  
  3785. # Simple expression 'minval'
  3786. minval = 0
  3787.  
  3788. # Simple expression 'maxval'
  3789. maxval = 1
  3790.  
  3791.  
  3792. #  EndVariables
  3793. #  BeginEnvironment
  3794. #    Grid 1
  3795. #    GridSize 20
  3796. #    SmallGlyph 0
  3797. #    RubberBand 0
  3798. #    ParallelExec 1
  3799. #    ImageCache 0
  3800. #    Viewport 1
  3801. #    AttachCanvas 1
  3802. #    ShowDav 0
  3803. #    ShowModified 0
  3804. #    EchoRoutine 1
  3805. #    LeaveGlyph 0
  3806. #    DemandDriven 0
  3807. #    ShowClipboard 0
  3808. #    InheritAttributes 1
  3809. #    GlobalVariables 1
  3810. #    AutoPlacement 1
  3811. #    GlyphPlacement 0
  3812. #  EndEnvironment
  3813. # 'genmu' 2 1 'genmu18_glyph' 620+120
  3814. # 'nknormalize' 2 1 'nknormalize19_glyph' 220+280
  3815. # 'showedges' 2 1 'showedges20_glyph' 1040+120
  3816. # 'remerge' 2 1 'remerge21_glyph' 940+120
  3817. # 'regsupp' 2 1 'regsupp22_glyph' 820+120
  3818. # 'reglab' 2 1 'reglab23_glyph' 720+120
  3819. # 'weymouth' 2 1 'weymouth24_glyph' 300+0
  3820. # 'vstats' 2 1 'vstats25_glyph' 320+200
  3821. # 'merge' 4 1 'merge2_control' 0+80
  3822. # 'remerge' 2 1 'remerge26_glyph' 940+360
  3823. # 'remerge' 2 1 'remerge27_glyph' 940+240
  3824. # 'showedges' 2 1 'showedges28_glyph' 1040+360
  3825. # 'showedges' 2 1 'showedges29_glyph' 1040+240
  3826. # 'READ 1st' 6 1 'READ 1st3_comment' 0+0
  3827. # 'if_else' 4 1 'if_else3_control' 140+80
  3828. # 'nagao' 2 1 'nagao30_glyph' 300+100
  3829. # 'merge' 4 1 'merge4_control' 400+0
  3830. # 'VeryHigh' 6 1 'VeryHigh4_comment' 0+180
  3831. # 'High' 6 1 'High5_comment' 60+180
  3832. # 'Medium' 6 1 'Medium6_comment' 120+180
  3833. # 'Low' 6 1 'Low7_comment' 180+180
  3834. # 'VeryLow' 6 1 'VeryLow8_comment' 240+180
  3835. # 'base def' 6 1 'base def9_comment' 60+0
  3836. # 'varviff' 2 1 'varviff31_glyph' 420+140
  3837. # 'varviff' 2 1 'varviff32_glyph' 520+120
  3838. # EndWorkspace
  3839. # GlyphBegin 'genmu18_glyph'
  3840. # ConnectionBegin
  3841.    #    /users4/bigtmp/genmuQAAa04090 1 1
  3842. # 'reglab23_glyph' 1440 0
  3843. # ConnectionEnd
  3844. # GlyphEnd
  3845. # GlyphBegin 'nknormalize19_glyph'
  3846. # ConnectionBegin
  3847.    #    /users4/bigtmp/nknorRAAa04090 1 1
  3848. # 'vstats25_glyph' 1793 0
  3849. # 'remerge21_glyph' 925 1
  3850. # 'remerge27_glyph' 2373 1
  3851. # 'remerge26_glyph' 2124 1
  3852. # 'varviff31_glyph' 3495 1
  3853. # 'regsupp22_glyph' 1208 1
  3854. # ConnectionEnd
  3855. # GlyphEnd
  3856. # GlyphBegin 'showedges20_glyph'
  3857. # GlyphEnd
  3858. # GlyphBegin 'remerge21_glyph'
  3859. # ConnectionBegin
  3860.    #    /users4/bigtmp/remerSAAa04090 1 1
  3861. # 'showedges20_glyph' 740 0
  3862. # 'viff2llvs33_glyph' 2297 0
  3863. # ConnectionEnd
  3864. # GlyphEnd
  3865. # GlyphBegin 'regsupp22_glyph'
  3866. # ConnectionBegin
  3867.    #    /users4/bigtmp/regsuTAAa04090 1 1
  3868. # 'remerge21_glyph' 924 0
  3869. # 'remerge26_glyph' 2123 0
  3870. # 'remerge27_glyph' 2372 0
  3871. # ConnectionEnd
  3872. # GlyphEnd
  3873. # GlyphBegin 'reglab23_glyph'
  3874. # ConnectionBegin
  3875.    #    /users4/bigtmp/reglaUAAa04090 1 1
  3876. # 'regsupp22_glyph' 1207 0
  3877. # ConnectionEnd
  3878. # GlyphEnd
  3879. # GlyphBegin 'weymouth24_glyph'
  3880. # ConnectionBegin
  3881.    #    /users4/bigtmp/weymoVAAa04090 1 1
  3882. # 'merge4_control' 3326 0
  3883. # ConnectionEnd
  3884. # GlyphEnd
  3885. # GlyphBegin 'vstats25_glyph'
  3886. # ConnectionBegin
  3887.    #    /users4/bigtmp/vstatBBAa28013 0 0
  3888. # ConnectionEnd
  3889. # ConnectionBegin
  3890.    #    /users4/bigtmp/vstatVAAa01257 0 1
  3891. # 'varviff31_glyph' 3494 0
  3892. # 'varviff32_glyph' 3645 0
  3893. # ConnectionEnd
  3894. # GlyphEnd
  3895. # GlyphBegin 'merge2_control'
  3896. # ConnectionBegin
  3897.    #    /users4/bigtmp/mergeWAAa04090 1 1
  3898. # 'if_else3_control' 3016 0
  3899. # ConnectionEnd
  3900. # GlyphEnd
  3901. # GlyphBegin 'remerge26_glyph'
  3902. # ConnectionBegin
  3903.    #    /users4/bigtmp/remerXAAa04090 1 1
  3904. # 'showedges28_glyph' 2686 0
  3905. # 'viff2llvs35_glyph' 2795 0
  3906. # ConnectionEnd
  3907. # GlyphEnd
  3908. # GlyphBegin 'remerge27_glyph'
  3909. # ConnectionBegin
  3910.    #    /users4/bigtmp/remerYAAa04090 1 1
  3911. # 'showedges29_glyph' 2935 0
  3912. # 'viff2llvs34_glyph' 2546 0
  3913. # ConnectionEnd
  3914. # GlyphEnd
  3915. # GlyphBegin 'showedges28_glyph'
  3916. # GlyphEnd
  3917. # GlyphBegin 'showedges29_glyph'
  3918. # GlyphEnd
  3919. # GlyphBegin 'READ 1st3_comment'
  3920. # GlyphEnd
  3921. # GlyphBegin 'if_else3_control'
  3922. # ConnectionBegin
  3923.    #    /users4/bigtmp/if_elZAAa04090 1 1
  3924. # 'weymouth24_glyph' 1722 0
  3925. # ConnectionEnd
  3926. # ConnectionBegin
  3927.    #    /users4/bigtmp/if_elABAa04090 1 1
  3928. # 'nagao30_glyph' 3156 0
  3929. # ConnectionEnd
  3930. # GlyphEnd
  3931. # GlyphBegin 'nagao30_glyph'
  3932. # ConnectionBegin
  3933.    #    /users4/bigtmp/nagaoBBAa04090 1 1
  3934. # 'merge4_control' 3327 1
  3935. # ConnectionEnd
  3936. # GlyphEnd
  3937. # GlyphBegin 'merge4_control'
  3938. # ConnectionBegin
  3939.    #    /users4/bigtmp/mergeCBAa04090 1 1
  3940. # 'nknormalize19_glyph' 411 0
  3941. # ConnectionEnd
  3942. # GlyphEnd
  3943. # GlyphBegin 'VeryHigh4_comment'
  3944. # GlyphEnd
  3945. # GlyphBegin 'High5_comment'
  3946. # GlyphEnd
  3947. # GlyphBegin 'Medium6_comment'
  3948. # GlyphEnd
  3949. # GlyphBegin 'Low7_comment'
  3950. # GlyphEnd
  3951. # GlyphBegin 'VeryLow8_comment'
  3952. # GlyphEnd
  3953. # GlyphBegin 'base def9_comment'
  3954. # GlyphEnd
  3955. # GlyphBegin 'varviff31_glyph'
  3956. # ConnectionBegin
  3957.    #    /users4/bigtmp/varviDBAa04090 1 1
  3958. # 'varviff32_glyph' 3646 1
  3959. # ConnectionEnd
  3960. # GlyphEnd
  3961. # GlyphBegin 'varviff32_glyph'
  3962. # ConnectionBegin
  3963.    #    /users4/bigtmp/varviEBAa04090 1 1
  3964. # 'genmu18_glyph' 125 0
  3965. # ConnectionEnd
  3966. # GlyphEnd
  3967.