Außer den oben genannten Programmen können Sie beliebige andere Programme über den Menüeintrag „Other program ...`` im „File``-Menü aufrufen. In der angezeigten Dialogbox müssen Sie den Programmnamen angeben. Darüber hinaus können Sie Programmparameter übergeben, den Arbeitsordner auswählen und Standardeingabe und -ausgabe umlenken.
Die meisten Programme erwarten Dateinamen als Parameter. Aus diesem Grund erscheint nach einem Doppelklick in das Feld „Parameters`` die Dateiauswahlbox. Auf diese Weise können Sie z. B. zuerst bequem einen Dateinamen auswählen und danach ggf. das Feld per Hand weiter editieren.
Wenn Sie nicht explizit mit dem Dateiauswahlmanager einen Arbeitsordner festlegen, wird der Ordner, in dem das gerufene Programm steht, als Arbeitsordner verwendet. Achtung: Wenn ein GEM-Programm eine Ressource-Datei benötigt, sucht es diese normalerweise im Arbeitsordner und kann nicht ablaufen, wenn es sie dort nicht findet. Deshalb sollte der Arbeitsordner nicht umgesetzt werden, wenn ein solches Programm gestartet wird.