Sebbene i programmi inseriti sul cd rom siano stati tutti verificati e provati, per garantire la loro funzionalità, non è escluso che eseguendo l'installazione di uno di essi, come di qualunque altro programma anche commerciale, non si danneggi qualcosa nel proprio sistema.
 
Windows nelle versioni 95, 98, Millennium e 2000 tende infatti a diventare "instabile" se si installano vari programmi. In particolare, sebbene i programmi per Windows 3.1 siano compatibili con le successive versioni di Windows a 32 bit (eccetto Windows 2000), alcuni software male preparati (anche commerciali) possono sovrascrivere dei file di sistema con versioni più vecchie e non adatte a Windows 95/98, causando in seguito, con le altre applicazioni in Windows 95/98, problemi di funzionamento o addirittura blocchi del sistema. Windows Millennium e 2000 precludono comunque l'installazione di applicativi che non rispettino certi standard di sicurezza sulla sovrascrittura dei file di sistema.
 
Inoltre, una mancanza di tensione, l'operazione errata di qualunque programma o altre situazioni accidentali possono danneggiare file di sistema di Windows e quindi la sua stabilità. La conseguenza può essere immediata o apparire dopo qualche tempo. Spesso, questi problemi appaiono poi installando qualche nuovo programma.
 
Eseguire il cosiddetto "backup" significa mettersi al riparo da spiacevoli perdite di dati. In particolare, qualunque dato importante (ad esempio, le proprie lettere o la contabilità) andrebbero regolarmente salvate su una memoria diversa dall'hard disk interno del computer. Esistono molte unità di backup: gli streamer (basati su nastrini magnetici simili alle audiocassette), Dat (come i precedenti, ma digitali e più capaci), dischi rimuovibili Zip, Jaz Syquest, hard disk esterni, dischi magneto ottici e altro ancora.
 
Se non si dispone di alcuno di questi sistemi, usare sempre molta prudenza e cerrcare di evitare l'installazione di nuovi programmi se non si è prima eseguita almeno su floppy disk il salvataggio dei file più importanti del proprio computer: corrispondenza realizzata con la videoscrittura, fax ricevuti, dati della contabilità eccetera.
 
La cosa migliore, prima di eseguire installazioni di nuovi programmi, è di eseguire un backup del proprio sistema Windows. E' sufficiente copiare tutta la cartella Windows sull'unità di backup. Naturalmente, questa operazione è pressoché impossibile se si usano floppy disk, dato che anche una installazione minima di Windows con qualche applicativo potrebbe richiederebbe, per il backup, decine di floppy ed un'operazione estremamente lunga e tediosa.
 
Windows 95, 98, Me e 2000 sono provvisti di programmi di backup che possono funzionare con floppy disk. La versione per Windows 95, 98 e Me consente di usare anche cartucce di stramer o di salvare su un unico file compresso di backup i contenuti delle cartelle più importanti. Per usare questi programmi, fare riferimento ai manuali di istruzione del sistema operativo usato.
 
Il problema dell'installazione di nuovi applicativi che possano rovinare i file di sistema di Windows è sensibilmente ridotto con Windows ME e 2000. Questi sistemi operativi, infatti, dispogono di due meccanismi di protezione: possomo ripristinare la configurazione originale dei file ad una certa data e proteggono i file di sistema dalla sovrascrittura, ripristinando le versioni originali in modo trasparente all'utente ("PC Health").
 
Ripetiamo che è fortemente consigliabile usare unità di memoria adatte, come streamer a nastro o Dat, dischi Zip, Jaz o Imation Superdisk, dischi magneto ottici e simili per eseguire il backup in modo rapido e efficiente di grosse moli di dati.