Le informazioni sul World Wide Web vengono trasferite da un computer all'altro fino a quando non raggiungono la destinazione specificata. I dati trasmessi da un punto A a un punto B della rete possono essere rilevati da qualsiasi altro computer coinvolto nel processo, generando quindi innumerevoli problemi di protezione.
Si supponga ad esempio che un utente, dopo aver sfogliato un catalogo di abbigliamento sul World Wide Web, decida di acquistare un capo. Per effettuare l'acquisto, è necessario immettere in un modulo d'ordine specifico una serie di informazioni, incluso il numero della propria carta di credito, ed effettuare tutte le operazioni richieste, conferendo quindi piena fiducia alla società di abbigliamento. Durante la trasmissione da un computer all'altro le informazioni specificate potrebbero tuttavia essere intercettate da pirati informatici intenzionati a sottrarre dati riservati, quali i numeri delle carte di credito.
Un altro problema di protezione riguarda le modalità di invio e ricezione di file e programmi tra i siti Web e il computer in uso. Se non si imposta alcun tipo di protezione, è possibile che i file e i programmi eseguiti e scaricati da Internet danneggino il proprio computer o i dati in esso contenuti.
È difficile stabilire la frequenza con la quale si verificano problemi di questo genere. Tali operazioni sono tuttavia possibili da un punto di vista tecnico e, considerata la rapidità di espansione di Internet, potrebbero diventare sempre più frequenti.
Poiché il grado di attendibilità può variare da sito a sito, con Internet Explorer è possibile assegnare a qualunque file si desideri aprire o scaricare dal computer in uso o da Internet una cosiddetta "area di protezione". È quindi possibile impostare livelli di protezione diversi per ciascuna area in base alla provenienza e al grado di attendibilità delle informazioni sul Web.
Molti siti Internet dispongono di dispositivi tramite i quali è possibile impedire a utenti non autorizzati di leggere i dati inviati o ricevuti e vengono pertanto definiti "protetti". Poiché Internet Explorer supporta i protocolli di protezione utilizzati da questi siti, è possibile inviare informazioni a un sito protetto con una certa sicurezza. Per protocollo si intende un insieme di regole e standard che rendono possibile lo scambio di informazioni tra computer. Quando si visualizza una pagina da un sito protetto, sulla barra di stato viene visualizzata l'icona di un lucchetto.
Con Internet Explorer è inoltre possibile visualizzare un messaggio di avviso nel caso in cui l'utente desideri effettuare un'operazione che potrebbe comportare dei rischi di protezione. È ad esempio possibile impostare il programma in modo che venga visualizzato un messaggio di avviso quando si invia il numero della propria carta di credito a un sito non protetto oppure quando le credenziali di protezione di un sito risultano sospette nonostante il sito venga dichiarato protetto.