De volgende stap is uw keuzes doorvoeren in de source code. Zoals gezegd zijn allerlei zaken van elkaar afhankelijk. Bij andere besturingssystemen worden drivers vaak voorbereid op alle mogelijk omstandigheden, echter omdat u hebt aangegeven wat uw systeem wel of niet bevat, kan de kernel behoorlijk geoptimaliseerd worden. Het volgende commando voert uw keuzes door in de nodige bestanden:

# make dep

De dep staat voor dependencies ofwel op zijn Nederlands afhankelijkheden. Als alles goed gaat komt na verloop van tijd de commandprompt terug. Controleer of in de laatste paar regels niet het wordt error voorkomt. Als alles goed eruit ziet kunt u verder.