V nastavenφ programu nastavujeme chovßnφ programu, tarify, monitor p°ipojenφ a dalÜφ programovΘ volby. V nßsledujφcφ Φßsti nßpov∞dy je popis jednotliv²ch nastavovacφch voleb programu.
Nastavenφ programu a monitoru p°ipojenφ je rozd∞leno do p∞ti Φßstφ.

• Monitor
  Prvnφ Φßstφ nastavenφ monitoru p°ipojenφ je nastavenφ notifikace konce impulsu. Notifikaci zajiÜ¥uje monitor p°ipojenφ a to bu∩ zvukov²m signßlem nebo zobrazenφm informaΦnφho dialogu. Pokud je notifikace konce impulsu zapnuta musφ b²t zvolena alespo≥ jedna z variant.
  Pokud zatrhnete volbu "Ikona pouze p°i p°ipojenφ" bude monitor za normßlnφch okolnostφ neviditeln² a pouze p°i p°ipojenφ se zobrazφ v SysTray jeho ikona. Volbou "Po spuÜt∞nφ skr²t okno" je mo₧nΘ zapnout viditelnost okna monitoru ihned po zavedenφ. Nastavenφ procent pro ukazatel vyu₧itφ impulsu mß vliv na barvu ukazatele v monitoru, ale i v zobrazenφ vyu₧itφ finanΦnφho limitu ve v²poΦtech. Volba ZjiÜ¥ovat aktualizaci slou₧φ k automatickΘmu oznamovßnφ novΘ verze (viz. AutomatickΘ oznamovßnφ aktualizace).
  V Φßsti DΘlka p°ipojenφ je mo₧nΘ urΦit dΘlku, nebo cenu p°ipojenφ, p°i kterΘ monitor zobrazφ informaΦnφ zprßvu. Vlastnost je urΦena pro ty, kte°φ se na Internetu rßdi zapomφnajφ.
  Volba Synchronizace Φasu slou₧φ k synchronizaci Φasu s libovoln²m Φasov²m serverem (viz. Synchronizace Φasu).
  Skupina voleb Monitor slou₧φ k ovlßdßnφ monitoru p°ipojenφ.

  
  

• V²poΦet
  Skupina nastavenφ v²poΦtu zahrnuje nastavenφ viditeln²ch polo₧ek p°i v²poΦtu a rovn∞₧ nastavenφ formßtovßnφ ·daj∙ ve v²poΦtu. Zatr₧enφm polo₧ky "Automatickß Üφ°ka" bude program automaticky p°izp∙sobovat Üφ°ku sloupc∙ ve v²poΦtech zobrazen²m ·daj∙m. Zatr₧enφm "Zobrazovat den" se p°ed poΦßtek a konec impulsu dosadφ nßzev dne ve zkrßcenΘm tvaru (Po,┌t,St,╚t,Pß,So,Ne). Zatr₧enφm "ZkrßcenΘ datum" se bude z data zobrazovat pouze den p°ipojenφ, proto₧e m∞sφc a rok jsou jednonaΦnΘ z vybranΘho obdobφ. Zatr₧enφm volby "Zobrazovat sekundy" se budou u poΦßtku, konce a dΘlky p°ipojenφ zobrazovat sekundy. Volba "Hlßsit chyby" bude hlßsit chyby ve v²poΦtu zp∙sobenΘ chybnou definicφ tarifu.
  SouΦßstφ nastavenφ programu je nastavenφ v²chozφ karty programu po spuÜt∞nφ. Volbou "Zobrazovat ikony na ouÜkßch" je mo₧nΘ vypnout zobrazovßnφ ikon na ouÜkßch jednotliv²ch karet.
  Hodnoty v²chozφho nastavenφ obdobφ jsou hodnoty, kterΘ se nastavφ do nov∞ vzniklΘho obdobφ p°i prvnφm p°ipojenφ v novΘm m∞sφci. Program uchovßvß kv∙li obnovenφ v²poΦtu nastavenφ t∞chto parametr∙ pro ka₧dΘ existujφcφ obdobφ. Rovn∞₧ se nep°edpoklßdß, ₧e p°i zm∞n∞ tarif∙ se star² tarif vyma₧e, ale koncepce programu je naprogramovßna tak, aby se tarify postupn∞ jak se budou m∞nit p°idßvaly s tφm, ₧e budou mφt jin² rozsah platnosti.
• Tarify
  Karta je urΦena k nastavenφ tarif∙ programu, podle kter²ch se provßdφ v²poΦet (viz. Tarify programu).
• Svßtky
  Definice svßtk∙ a dnφ se snφ₧enou sazbou (viz. Tarify programu).
• Ostatnφ
  Ostatnφ volby se t²kajφ p°edevÜφm ·kol∙ a akcφ. Je zde mo₧nΘ vypnout p°ipomφnßnφ ·kol∙ (tato akce se projevφ a₧ po restartu monitoru). Rovn∞₧ je mo₧nΘ nadefinovat v²chozφ (implicitnφ) zvuk, a p°φkaz, kter² bude dosazen do p°φsluÜn²ch polφ p°i vklßdßnφ novΘho ·kolu.

Zp∙sob uchovßvßnφ nastavenφ programu:
VeÜkerß nastavenφ programu s n∞kolika mßlo v²jimkami se uklßdß do souboru (COUNT99.INI) v binßrnφm formßtu, kter² je umφst∞n ve stejnΘm adresß°i jako vlastnφ program. Program nekopφruje ₧ßdnΘ soubory do adresß°e systΘmu Windows a vyu₧φvß pouze standardnφ knihovny operaΦnφho systΘmu Win95/98/NT. N∞kterß nastavenφ, p°evß₧n∞ nastavenφ velikosti oken monitoru a programu pro v²poΦet, Üφ°ky sloupc∙ v zobrazenφ apod. se uklßdajφ do registry systΘmu Windows do v∞tve (HKEY_CURRENT_USER\Software\Petronica\Count99 a Cmon99).
Soubor tarif∙ je ulo₧en odd∞len∞ od souboru nastavenφ programu a to sice v souboru COUNT99.TAR.