Veškerá nastavení NetMonu se provádějí v okně NetMon Configuration, které otevřete volbou Actions / Setup v hlavním menu nebo stiskem kláves Ctrl+S.
Okno NetMon Configuration obsahuje následující záložky:
- IP addresses - dle této tabulky NetMon určuje, které IP adresy patří do lokální sítě a které do Internetu. Správné nastavení je důležité, aby NetMon rozpoznal, která data jsou přenášena z/do Internetu a mají být počítána, a která jsou v rámci lokální sítě a počítána být nemusejí.
- Services - zde můžete zadat služby, které se mají sledovat odděleně. Služba je určena typem protokolu a číslem portu. Speciální volba For displaying only (do not collect data) způsobí, že daemon přestane službu sledovat. Pak je možné pouze zobrazovat data, která byla pro tuto službu naměřena dříve, ale žádná další data již měřena nebudou.
- Comp. names - tabulka určuje, jaká jména počítačů jsou přiřazena jednotlivým IP adresám. Jména lze zadat buď ručně (tlačítkem Edit po vybrání některé adresy), nebo automatickým dotazováním DNS vždy při nalezení nové adresy (volba Automatically resolve names) anebo jednorázovou komunikací s DNS (tlačítko Resolve from DNS). Mají-li se jména zjišťovat z DNS a pro určitou adresu není v DNS záznam, zobrazí se pak ve tvaru "no DNS - 192.168.1.1".
- Database - zde je možno zvolit adresář pro uložení datových souborů programu NetMon a maximální doby, po které mají být naměřená data uchovávána. Pole "high resolution data" udává dobu, po kterou budou uchována data s třísekundovými průměry a pole "low resolution data" dobu pro data s hodinovými průměry.
- Status - umožňuje zastavení a znovuspuštění daemona (nutné pro případný upgrade či odinstalování programu). Kromě toho je zde možno zvolit, zda ze ikona spuštěného programu NetMon bude zobrazovat na liště nebo v system tray.