Modifikace Mistake of Pythagoras zavede Gordona Freemana do paralelního světa, kde na město útočí neznámí vetřelci. Společně s ním budete muset invazi zastavit a odhalit její příčiny. Tyto úkoly vás ovšem zavedou do dalekého světa vetřelců, jejichž likvidace vůbec nebude snadnou záležitostí.